KR20230173302A - 페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 마커세트 및 이의 용도 - Google Patents
페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 마커세트 및 이의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 마커세트 및 이의 용도에 관한 것으로, 페포계 호박의 순도 검정 및 품종을 신속히 판별할 수 있고, 이를 통해 페포계 호박 품종의 진위성 검정과 품종보호 출원 시 대조 품종의 선정 등 다양한 방면에서 활용될 수 있다.
Description
본 발명은 페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 마커세트 및 이의 용도에 관한 것이다.
호박은 박과에 속하는 작물로 전 세계적으로 12~14종이 존재하는 것으로 보고되고 있으나 우리가 주로 식용으로하는 것은 쿠쿠르비타 모샤타(애호박 종류), 쿠쿠르비타 페포(쥬키니호박 종류), 쿠쿠르비타 맥시마(단호박 종류) 등이 90% 이상 차지하고 있다.
쥬키니호박은 페포계 호박으로도 불리며, 일본, 미국, 유럽과는 다른 길이, 모양 및 과피색을 지니고 있는데 쥬키니호박 품종을 시판하기 시작한 후 지금까지 그 품종적 특성은 변화가 거의 없었다. 즉, 국내 쥬키니호박은 왜성 초형으로 과실의 길이가 28~32cm, 굵기는 4~6cm, 녹색 바탕에 흰점박이 무늬의 과피를 가진다.
한편, 작물의 품종을 검정하는 방법은 크게 재배 시험을 통한 형태학적 특성을 검정하는 방법과 DNA에 기초한 분자 마커를 이용한 검정 방법으로 나눌 수 있다. 이러한 분자마커는 조기 선발 및 계통 분석을 통하여 육종기간의 단축뿐만이 아니라 육성을 위한 비용도 감소시킬 수 있다. 분자마커는 대표적으로 RAPD(Randomly amplified polymorphic DNA), RFLP(restriction fragment length polymorphism), AFLP(amplified fragment length polymorphism), SSR(simple sequence repeat), SNP(single nucleotide polymorphism) 등이 있다. 국제 식물 신품종 보호 동맹(UPOV: International Union for the Protection of New Varieties of Plants)에서도 분자표지에 의한 품종별 데이터베이스 구축에 대한 가이드 라인을 제시하고 있으며, 재현성 및 품종별 다형성 정도가 높은 SSR 또는 SNP 마커 활용을 권장하고 있다(UPOV, 2010).
이에 본 발명자들은 페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 마커세트를 연구한 결과 본 발명을 완성하였다.
서열번호 1 내지 23로 표시되는 염기서열에서 각 염기서열의 일 말단의 100번째 염기에 위치한 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP) 전부를 검출하기 위한 제제를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별용 조성물를 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 다른 일 양상은 상기 조성물을 포함하는, 페포계 호박 순도검정 및 품종판별용 키트를 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 다른 일 양상은 페포계 호박 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 분리하고, 서열번호 1 내지 23번으로 표시되는 각각의 염기서열의 100번째 위치에 존재하는 단일염기다형성 전부의 유전자형을 결정하는 단계; 및 상기 단일염기다형성의 유전자형을 분석하여 페포계 호박 순도 및 품종을 결정하는 단계를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.
본 발명의 일 양상은 서열번호 1 내지 23로 표시되는 염기서열에서 각 염기서열의 일 말단의 100번째 염기에 위치한 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP) 전부를 검출하기 위한 제제를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별용 조성물을 제공한다.
상기 서열번호 1 내지 23의 염기서열은 다음과 같다:
| Assays ID | Chr. | SNP Pos (bp) | Sequence | 서열번호 |
| CpSPT01 | Cp4.1LG01 | 4937835 | CCCCTCCACTCCCAACACACACATGGAACTGCGGCAGCCTTGCTGCATTCTTGGGCAACAGATATCCCTTGCTCAGCGCGGGACGTTCGTAAGGTGCCAC[C/A]GACTCCTCCGAAATTATACCAACCTCCCCTGCCTTCACGCCCTGTTTAACAAACTCCCTTGCTGCATATCCTGCTGCCACTCCTCCTCCAAGTATCAAAT | 1 |
| CpSPT02 | Cp4.1LG01 | 19611421 | TGTGGGAAGGTCATTTTTACTACGACGCTGCCACTGCGGACAGCTCGCAGCTGTCCGGGTATTTGCAATGGTTGGAGGAGAGGAAATTAGAGAGCGAGAC[G/C]GCGGCGGGGGTGACGACGACGATGGCAACGGAGATGAATGAGATCGACAAATTGGCGGAGATGTTCATAGCAAGCTGCCATGAGAAATTTAGGCTGGAGA | 2 |
| CpSPT03 | Cp4.1LG02 | 4763387 | TTCTTCTGCTTTGCTGCATCTTCAAGCTACAAACACAGAAAACAAGAAACTTCAGCTTCAAGAATTGCAGATTTTTGTAAGCTTTTTTGGTCTTTACCTT[C/T]TCGAAGTTGTCGAATAATCGGTTTGCTAAATCGGTGAGAGGCTGCTTCTCACCGTCTTCTGCTGCCGAAATAACATTGTCGAAATCATAGTACATGAACG | 3 |
| CpSPT04 | Cp4.1LG03 | 1057254 | CCAAGCTTCTCGCTCAACGTGGAGTCACTGTCACCCTCGTCACCACCCCCCACAACGCAGCCCGCAACAGCCCCGTCGTTTCCCGCGCCATTACTTCCGG[C/T]TTGCCACTCCACATCGCCCAACTGCCATTCCCATGCAAGCAAGCCGGCCTCCCCGAAGGCTGCGAGAATCTAGACTTACTCCCTTCATTCGATTCCGCCT | 4 |
| CpSPT05 | Cp4.1LG04 | 4480135 | GCAGCAAATCTTGGGTCTGTTAAGTCACTTGGGTTTTCTTCAGCTTTCGCTATATCCACAAATGCATCTCCAGTCTTCACCTTCTTACCCTTCGGGAACC[G/T]GACTCGCTTTTGGCTGAAAAACAGAAAATTCCAACGTTGAGAGGGAAAATATCCCATTTTCACGGCTGCAGTAAATGAATTAGCAGAATAATCACGAAAC | 5 |
| CpSPT06 | Cp4.1LG04 | 8002355 | CACACTTCTGGGAAGATTGTGATTTCTTGACCCTCGTCCCGGCCGCCACGGTCGGGTTGCTGCTCATCGACGTGGTCGAATGTACCGAGAAAATCTCAGA[A/G]GCTGTTCAAGAACTAGCCTCTTTGGCTCATTTCAAGAGTGGGAAGGCTGAGCCAATGCAAATTGAGAAGGAAAAAGTGCAGCCCAATATTGGTGTTTCTT | 6 |
| CpSPT07 | Cp4.1LG05 | 9784280 | CCGCCACGTACCGGTCGTTGGCCACCATGGCCGTGGCAGCCCCGACCCTCTCCCTAAACCTGTACAGAAACTGTCCATGCTCGATTTCCCAAACTTTCAT[T/C]GCCCCGCTCGAGTTCATCACTGCATAACCCATGTTGATGCAGCCCATGGCCCCTCTCTGACCTGCCCCGCTCACTAAGAACCTACAAACTTCCTCCATTG | 7 |
| CpSPT08 | Cp4.1LG06 | 2810625 | CTTAAATCTAGGGTTTCTACTCCGAGCAGCATACCAACAGGTTAGGGGCAACAACATCCAATTCTTGATACGAACAAATCAATCGAGACGCGTTTCGTAA[A/C]CAAAAACAAATCCAGATAGCAGCATTGATTAAACAGAGATTGAAGCACACAATTCCTCAACCAGAGTCCGATTAAAACGTCGATGATACAAATAATACAG | 8 |
| CpSPT09 | Cp4.1LG07 | 2221961 | GCACTCCCGAACGAGATAGTGCCGCTCCTACAAGCTGCTCAAGCTGCAGAACTCGATGTCGTTGGCGTTTCGTTCCACATTGGAAGTGGAGGTAGCGACG[T/C]GGGCCTTTATCGTATTGCCATAGCTGCCATCAAAGCCGTGTTTGATGCTACAGTTCGACTAGGAATGTCGAGAATGAAGGTAAAATTGCAAAGGGTATCA | 9 |
| CpSPT10 | Cp4.1LG08 | 7667868 | CGGCTCAGCTGCATCGCCGCCATTGGCTTTCGAGCTCTTCCCGATTAAATCCTCCTCCCACTCCCTTACCTACACTTCTCTCAGAGACATTTTGCCATCT[T/C]CGACTTCCATGAGCTCCCCCACCGCCGCCTCTGCAGCGAATTCGGGCTTTGAGATCTCGATCCGCAACCGCCTCGTGAAGCAAGCCGCGTGGGCGTATCT | 10 |
| CpSPT11 | Cp4.1LG09 | 6553502 | TAATACCCCACGAACAACTCCTCGGTTGTGTAAATGGAACTTCGAGTTCAACAGCAGCAATGAGAGCTGTAGACTTATACTTCGTCTTATAATTCGATGT[T/C]GTTCGAGTTCCTTCCGATTCAGAACAAGCATCATCATCTACAAGACTACTCGAACCATTAGTTGTTGTTGTTCCTTTTCGCTGCCTCTGGTGTCGAGTAT | 11 |
| CpSPT12 | Cp4.1LG10 | 4456446 | CCGTAACCTTATCCTCTTAAGTCGCAGCACAACCCATCTCATTCCTAGTGACAGTCAGAGAACCTCAGTAATCTATTTCCATTGCTTTTTTCAATCTCTG[A/G]AGCTGGCCTTGAAGGAGGTGCCAGAGGAGTAAAAGCACTTAATTTGCTTCTGCCTTGCTGCTGCATTGAGATATGTGACACAAGTTTTGGCCACCAAGGA | 12 |
| CpSPT13 | Cp4.1LG11 | 98746 | AAGATTGTCACAGCACAAATCACTCCCATCCCATTTCACCGCGTGTATGTTGAATTTGGAGACAACGTGGGCAGCGACTAGACACTAAAAACTTATCCAT[C/T]CCGAGGCTCACCTTTGAAATGGGTTTCCAATTTCTCTCTATGTTGTTGTGACCATTCATTTTGAAGGCAGCTGATCTAAAATAATGGGATCAATCAACCA | 13 |
| CpSPT14 | Cp4.1LG11 | 6464849 | AATTCCGATTCCTTTTGTAACTGCGTTTCTCTGCCGTTTGAGATTTGGGAATTTTCCGGCGACGGCCATCTCCGGCGATGGGCTGCGCTTCCTCCAAGCT[C/T]GACAATCTTCCGGCGGTGGCTCTTTGCCGTGACCGCTGCAAATTCCTTGACCAAGCTCTCGTTTTTACCCATTCCCTTATTGATTCCCACTCTGCTTATG | 14 |
| CpSPT15 | Cp4.1LG12 | 8574902 | TCTTCAAGCGATCCGAGATCGAACAGAAGCAAATCCAGCAGCTGCGAGAGAAAGAGAAGCGCGAATTGGAAGCTAAAGCTCTCCGCCAATCCTCCACCAC[A/C]TCTCCCAACGCCGAGGCCACCTCCGCATCTTCCAAATCCAATTCATTAGCCTCGGCCTCCACTACTTCCTCCTCTGCTGCAATCAATTCTACCGCCACCA | 15 |
| CpSPT16 | Cp4.1LG13 | 3644893 | CGTCATTACTCTCTATCCTGACGTCTGCTACACTTCTCTCTCTCGCTACGCCAATGCCATTCAGCAGGACCCGGCCTCTCTCACTCGCGTCGCCATTACC[A/T]TCAGCCTTGCCAACGCCCGTAGAATGGCTGCTTACGTCTCCAACCTGTCTCACGTCGGTGACTACGGCGCTGACCACAGAGTCTCCTCCGCGCTTCACGA | 16 |
| CpSPT17 | Cp4.1LG14 | 321991 | GCCGCCCTTCGATTCTCTGCTTGAGAATCTCAGCAGCGATTTTTATGGCACGTAATAACGAGGTCTCTGTAGTCAATACCGGTCTGTTTTCTAGCTTGCT[T/C]GTCGAGGAAACTGGTGCGTCTTTAGTTTCCAGAGAAATAGGGATCCCCATTTCATTGGATGCTTGGATCCAGCAGTCCCTTAGAAGAGCAGCTGAAGTTG | 17 |
| CpSPT18 | Cp4.1LG15 | 7276434 | TAAAATGTTTGTGTGTAAGAGAGATTCAAGTACCTTGGTTGTTGTTGTTGTTGTGGCTTCTTTGGTGTTGCTCTTTGGAGCAGTGGGCAGCCAAACGATC[C/T]GTGAGCGTCGTTTTTCGTATGTTCGATTCGATGAAAGGGAGCATAATCAAGACTTCATCTTCACCGGAGGCTCTTCCATCGACGGTGGGGCGCTGCAGTT | 18 |
| CpSPT19 | Cp4.1LG16 | 6127148 | CATTGCCACCAAAAACAAGCCTCTTCCGATTCAGCTGAGGCTTGACGGTCTCATAGTCTTCCGCTTCGGGAGTGGCAAGGGGCGTAACAATGGTGCTGGG[G/C]GCGCTGGGAGGGACGCAGCGAGCAGCCATTGATAGGGAAGGAGAAGATAGAAGAAGTAAGAAGAGGAGATAAAAGAGAAATGGGAAAAGGGAAGCCATAG | 19 |
| CpSPT20 | Cp4.1LG17 | 6617063 | TAGTGCCATCAAATGGTATGCAAGTAAAGCAGTCGACAGAACAGCATTTGTCACTCTCTAACCAATCTTGCAAGCATGAGAGTGAGGCCAGTGGAGAAGA[T/C]GCGACATCGTTTTCTGACAAGCGGGCAGCTCCGGTACAGAAAAGTGCTCATGAACAAAACTTCATTTTGCCTGTTCAGGCACTGGGATTCACTTTGATGC | 20 |
| CpSPT21 | Cp4.1LG18 | 7420702 | TCCTGCCATTGGCGGTGGCAGCAGTGGTGGGCAAACTATTCCCTCCATTGCCAGCTCTCTTCTGAGCCGGTATATTGTCTAGTCCCATGTCTCTACTTCT[G/T]CTCTCTATCCAGTAATCAGAATTTGGAGCTATGGGTTATGAGATAAACAGCCTATTTTCCTGTATCCAGCAGCTCTCTCCACCTTCAACTCAGCTATGTG | 21 |
| CpSPT22 | Cp4.1LG19 | 3564972 | CGAAACACAGTTTGGATCTTGATTGCTGCAACTTCCTCCTTAGATAGTCCAACAAATCGTGTCTCCGTCGCAACGTGCACGACTTTGGCAGCAACAAACG[G/A]AGTAGCAACATTAGGCTCAAAAGTAGAAACACTTGCCTCATTAGCCTGAGCAGCTGCAGAAGTCACTTCTGTTGCAGTAGCAACTTCAACAGAGCAAGGC | 22 |
| CpSPT23 | Cp4.1LG20 | 1168081 | TCCGGCAGAGTCCTATTCAATCAGCTTCCTGCAAGCCACCCAGCACCACCGATCCAACAAACAATCCGGCAGCCCCAAGCGTGAGTCCGCCGGCGACCAC[A/C]GCCTGTAACGCCACAAGCGGCGCTGAGTCATCGGGAATGAGAACAATCGCCGCCAGCGCAGCAACGAGAATGGGAAGGGCAAGAGAGGCCAATGTGGACG | 23 |
상기 서열번호 1 내지 23의 염기서열은 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP)일 수 있고,
상기 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP)은 DNA에서 한 개의 뉴클레오티드의 삽입, 소실, 또는 치환이 일어나는 것을 말한다. '다형성'이라는 용어는 군집 내에서 변하는 유전자의 서열에서의 배치를 지칭한다. 다형성은 상이한 "대립유전자"로 구성된다. "대립유전자"는 한 쌍의 상동염색 체에서 서로 대응하는 부위, 즉 상동하는 유전자자리에 위치하는 대립형질에 대응하는 유전자를 말하며, 같은 염색체 위치 (same chromosomallocus)를 점유하는 한 유전자의 둘 또는 그 이상의 선택적인 형태 (alternative forms) 중 하나를 뜻한다. 이러한 다형성의 배치는 유전자에서의 그의 위치 및 그에서 발견되는 상이한 아미노산 또는 염기에 의해 확인될 수 있다. 이러한 아미노산 변이는 2개의 상이한 대립유전자인, 2개의 가능한 변이체 염기, C 및 T의 결과이다. 유전자형은 2개의 다른 별개의 대립유전자로 구성되기 때문에, 여러 가능한 변이체 중 임의의 변이체가 어느 한 개체에서 관찰될 수 있다 (예를 들어, CC (A로 표시), CT (H로 표시) 또는 TT (B로 표시) 등). 개개의 다형성은 또한 당업자에게 공지되어 있다.
구체적으로 상기 단일염기다형성은 각 서열번호 1 내지 23의 염기서열 일 말단으로부터 100번째 염기에 위치하는 것일 수 있다. 더욱 구체적으로, 각 염기서열의 5'(전단) 또는 3'(말단) 위치에서부터 100번째 염기에 위치하는 것일 수 있다.
상기 제제는 페포계 호박의 순도검정 및 품종을 판별하기 위해 이용될 수 있다.
상기 제제는 선택된 단일염기다형성에 해당하는 염기를 포함하는 연속염기와 동일하거나 상보적인 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 상기 연속 염기는 5 내지 200개의 염기로 이루어질 수 있다. 예를 들면, 상기 제제는 서열번호 1 내지 23번의 염기서열 중 어느 하나에서, 100번째 위치한 대립유전자 중 어느 하나의 염기 및 이의 측면 서열의 전부 또는 일부로 구성된 폴리뉴클레오티드, 또는 이와 상보적인 서열로 구성된 폴리뉴클레오티드일 수 있다. 각 서열번호의 염기서열은 100번째 염기에 단일염기다형성이 위치하고, 100번째 염기를 기준으로 상류(upstream) 및 하류(downstream) 방향으로 각각 99bp의 측면 서열(flanking sequence)이 SNP에 연결되어 있다. 각 서열번호의 염기서열에는 1개의 단일염기다형성이 위치한다. 상기 연속 염기의 길이는 SNP 유전자형 판단 방법에 따라 길이가 달라질 수 있다.
일 구체예에 따르면 상기 제제는 검출 또는 증폭하고자 하는 폴리뉴클레오티드에 해당하는 서열번호의 100번째 염기에 위치한 단일염기다형성을 식별하기 위한 것일 수 있다. 상기 제제는 서열번호 중 어느 하나의 100번째 염기에 해당하는 단일염기다형성 대립유전자형 중 어느 하나의 염기 및 이와 연속적인 측면서열의 전부 또는 일부를 포함하는 프라이머일 수 있다.
일 구체예에 따르면 상기 제제는 프로브, 프라이머 및 이들의 조합 중 어느 하나일 수 있다.
용어 "프로브"는 특정 표적 서열에 특이적으로 결합하는 폴리뉴클레오티드를 말한다. 상기 프로브는 단일염기다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드에 상보적이거나 특이적 결합을 이룰 수 있는 것일 수 있다. 상기 프로브는 단일염기다형성의 염기 차이에 따라 결합력의 차이가 있는 것일 수 있다. 상기 프로브는 라벨링(labeling)되어 있어서 특정 핵산의 존재 유무를 확인할 수 있는 것일 수 있다.
용어 "프라이머"는 중합효소에 의한 뉴클레오티드의 중합반응에서 개시점으로 작용할 수 있는 단일가닥의 폴리뉴클레오티드를 의미한다. 상기 프라이머는 선택한 SNP 분석 방법에 따라 통상 기술자에게 알려진 방법을 이용하여 제작할 수 있다. 상기 프라이머 서열은 서열번호 1 내지 23번의 염기서열 중 일부 연속염기와 동일하거나 상보적일 수 있다. 상기 프라이머의 길이는 다양한 인자, 예를 들어 온도 및 프라이머의 용도에 따라 달라질 수 있다. 상기 서열번호 1 내지 23의 식별하기 위한 프라이머들은 아래의 표 2와 같다:
| 목표 서열번호 | Assays ID | Chr. | SNP Pos (bp) | Primer Seq Allele X (FAM) | Primer Seq Allele Y (HEX) | Primer Seq common |
| 1 | CpSPT01 | Cp4.1LG01 | 4937835 | GTTGGTATAATTTCGGAGGAGTCG | GGTTGGTATAATTTCGGAGGAGTCT | CTCAGCGCGGGACGTTCGTAA |
| 2 | CpSPT02 | Cp4.1LG01 | 19611421 | AGAGGAAATTAGAGAGCGAGACG | AGAGGAAATTAGAGAGCGAGACC | CGATCTCATTCATCTCCGTTGCCAT |
| 3 | CpSPT03 | Cp4.1LG02 | 4763387 | CAAACCGATTATTCGACAACTTCGAG | CAAACCGATTATTCGACAACTTCGAA | CAAGAAACTTCAGCTTCAAGAATTGCAGAT |
| 4 | CpSPT04 | Cp4.1LG03 | 1057254 | CCGCGCCATTACTTCCGGC | CCCGCGCCATTACTTCCGGT | GTTGGGCGATGTGGAGTGGCAA |
| 5 | CpSPT05 | Cp4.1LG04 | 4480135 | GTTTTTCAGCCAAAAGCGAGTCC | CTGTTTTTCAGCCAAAAGCGAGTCA | TCTTCACCTTCTTACCCTTCGGGAA |
| 6 | CpSPT06 | Cp4.1LG04 | 8002355 | CAAAGAGGCTAGTTCTTGAACAGCT | AAAGAGGCTAGTTCTTGAACAGCC | GACGTGGTCGAATGTACCGAGAAAA |
| 7 | CpSPT07 | Cp4.1LG05 | 9784280 | CGATTTCCCAAACTTTCATT | CATGCTCGATTTCCCAAACTTTCATC | CATCAACATGGGTTATGCAGTGATGAA |
| 8 | CpSPT08 | Cp4.1LG06 | 2810625 | AAATCAATCGAGACGCGTTTCGTAAA | AATCAATCGAGACGCGTTTCGTAAC | CTCTGTTTAATCAATGCTGCTATCTGGAT |
| 9 | CpSPT09 | Cp4.1LG07 | 2221961 | TGGAAGTGGAGGTAGCGACGT | GGAAGTGGAGGTAGCGACGC | TTTGATGGCAGCTATGGCAATACGATAAA |
| 10 | CpSPT10 | Cp4.1LG08 | 7667868 | TCTCTCAGAGACATTTTGCCATCTT | CTCTCAGAGACATTTTGCCATCTC | CGGCGGTGGGGGAGCTCAT |
| 11 | CpSPT11 | Cp4.1LG09 | 6553502 | TCTGAATCGGAAGGAACTCGAACA | CTGAATCGGAAGGAACTCGAACG | GAGAGCTGTAGACTTATACTTCGTCTTAT |
| 12 | CpSPT12 | Cp4.1LG10 | 4456446 | CACCTCCTTCAAGGCCAGCTT | CACCTCCTTCAAGGCCAGCTC | GTCAGAGAACCTCAGTAATCTATTTCCAT |
| 13 | CpSPT13 | Cp4.1LG11 | 98746 | CATTTCAAAGGTGAGCCTCGGG | CCATTTCAAAGGTGAGCCTCGGA | CAGCGACTAGACACTAAAAACTTATCCAT |
| 14 | CpSPT14 | Cp4.1LG11 | 6464849 | GCGCTTCCTCCAAGCTC | GGCTGCGCTTCCTCCAAGCTT | CAAAGAGCCACCGCCGGAAGAT |
| 15 | CpSPT15 | Cp4.1LG12 | 8574902 | CCGCCAATCCTCCACCACA | CCGCCAATCCTCCACCACC | CGGAGGTGGCCTCGGCGTT |
| 16 | CpSPT16 | Cp4.1LG13 | 3644893 | CACTCGCGTCGCCATTACCA | CACTCGCGTCGCCATTACCT | GCCATTCTACGGGCGTTGGCAA |
| 17 | CpSPT17 | Cp4.1LG14 | 321991 | ACCGGTCTGTTTTCTAGCTTGCTT | CCGGTCTGTTTTCTAGCTTGCTC | CTCTGGAAACTAAAGACGCACCAGTT |
| 18 | CpSPT18 | Cp4.1LG15 | 7276434 | AACATACGAAAAACGACGCTCACG | GAACATACGAAAAACGACGCTCACA | GAGCAGTGGGCAGCCAAACGAT |
| 19 | CpSPT19 | Cp4.1LG16 | 6127148 | GCGTCCCTCCCAGCGCC | GCGTCCCTCCCAGCGCG | GGAGTGGCAAGGGGCGTAACAA |
| 20 | CpSPT20 | Cp4.1LG17 | 6617063 | GAGTGAGGCCAGTGGAGAAGAT | AGTGAGGCCAGTGGAGAAGAC | GGAGCTGCCCGCTTGTCAGAAA |
| 21 | CpSPT21 | Cp4.1LG18 | 7420702 | CTAGTCCCATGTCTCTACTTCTG | GTCTAGTCCCATGTCTCTACTTCTT | CCATAGCTCCAAATTCTGATTACTGGATA |
| 22 | CpSPT22 | Cp4.1LG19 | 3564972 | CGACTTTGGCAGCAACAAACGG | ACGACTTTGGCAGCAACAAACGA | GTGTTTCTACTTTTGAGCCTAATGTTGCTA |
| 23 | CpSPT23 | Cp4.1LG20 | 1168081 | AGTCCGCCGGCGACCACA | GTCCGCCGGCGACCACC | TCAGCGCCGCTTGTGGCGTTA |
상기 프라이머는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별을 위한 KASP 마커를 증폭시키기 위한 프라이머일 수 있다.
상기 "KASP(kompetitive allele specific PCR)"는 PCR 기반의 분석 방법 중 하나로, 상동의 (homogenous) 그리고 형광(fluorescence) 기반의 유전형 분석 기술이다. KASP는 대립형질(allele)-특이적 올리고 연장(extension) 및 신호생성을 위한 형광공명에너지전이(fluorescence resonance energy transfer)를 기반으로 하는 기술이다.
상기 프라이머는 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트와 같은 뉴클레오티드 유사체(analogue), 펩티드 핵산(peptide nucleic acid) 또는 삽입 물질(intercalating agent)을 포함할 수 있다.
본 발명의 일 구체예로 상기 마커는 검출 가능한 물질로 표지되어 있는 것일 수 있고, 검출 가능한 물질의 예시로서 형광, 인광 또는 방사성을 발하는 표지물질일 수 있다. 상기 표지 물질은 상기 마커의 5' 말단에 표지될 수 있다.
상기 마커는 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티 오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 발명의 다른 일 양상은 상기 조성물을 포함하는, 페포계 호박 순도검정 및 품종판별용 키트를 제공한다.
본 발명의 일 구체예로, 상기 키트는 PCR 키트, 마이크로어레이, 및 KASP 키트 중 어느 하나일 수 있다.
상기 PCR 키트는 상기 단일염기다형성을 검출할 수 있는 프라이머 세트를 포함하는 것일 수 있다. 상기 PCR 키트는 DNA 중합효소, dNTP 혼합물 및 PCR 완충 용액을 더 포함하는 것일 수 있다. 상기 DNA 중합효소는 예를 들면, E.coli DNA 중합효소 I의 클레나우(klenow) 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파아지 T7 중합효소인 것일 수 있다. 상기 PCR 완충용액은 KCl, Tris-HCl 및 MgCl2를 함유하는 것일 수 있다. 또한 상기 PCR 키트는 증폭 산물의 확인에 필요한 구성 성분을 포함할 수 있다. 상기 PCR 키트는 안내서를 포함하는 것일 수 있다. 상기 안내서는 키트 사용법, 예를 들면, PCR 완충 용액 제조방법, 제시되는 반응 조건 등을 설명하는 인쇄물일 수 있다.
상기 마이크로어레이(microarray)는 기판 표면의 구분된 영역에 상기 단일염기다형성을 검출할 수 있는 폴리뉴클레오티드, 예를 들면 프로브가 높은 밀도로 고정화되어 있는 것일 수 있다.
상기 KASP 분석용 키트는 KASP용 프라이머 세트; 및 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 포함하는 것일 수 있고, 상기 증폭 반응을 수행하기 위한 시약은 DNA 폴리머라제, dNTPs, 및 버퍼를 포함할 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 dNTPs는 dATP, dCTP, dGTP, dTTP를 포함하며, DNA 폴리머라제는 내열성 DNA 중합효소로서 Taq DNA 폴리머라제, Tth DNA 폴리머라제 등 시판되는 폴리머라제를 이용할 수 있다.
본 발명의 다른 일 양상은 페포계 호박 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 분리하고, 서열번호 1 내지 23번으로 표시되는 각각의 염기서열의 100번째 위치에 존재하는 단일염기다형성 전부의 유전자형을 결정하는 단계; 및 상기 단일염기다형성의 유전자형을 분석하여 페포계 호박 순도 및 품종을 결정하는 단계를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별방법을 제공한다.
상기 유전자형을 결정하는 단계는 페포계 호박 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 분리하고, 서열번호 1 내지 23번으로 표시되는 각각의 염기서열의 100번째 위치에 존재하는 단일염기다형성 전부의 유전자형을 결정하는 단계로, 시료로부터 분리된 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계를 더 포함할 수 있다. 상기 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들어, 중합효소연쇄반응(PCR), 리가아제 연쇄반응(ligase chain reaction), 핵산 서열 기재 증폭(nucleic acid sequence-based amplification), 전사 기재 증폭 시스템(transcription-based amplification system), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification) 또는 복제효소(replicase)를 사용할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
상기 게놈 DNA는 상기 페포계 호박의 잎, 줄기, 과실, 또는 그의 조합으로부터 유래된 것일 수 있다. 구체적으로 페포계 호박의 잎 조직으로부터 유래된 것일 수 있다.
상기 페포계 호박의 순도검정 및 품종을 결정하는 단계는 상기 단일염기다형성의 유전자형을 분석하여 페포계 호박 순도검정 및 품종을 결정하는 단계이다.
본 발명의 일 구체예로 상기 증폭 산물로부터 상기 페포계 호박 순도검정 및 품종을 결정하는 단계는 얻어진 증폭 산물을, 공지된 페포계 호박 품종의 핵산을 증폭한 결과와 비교함으로써 수행되는 것일 수 있다.
구체적으로, 상기 증폭된 산물로부터 페포계 호박 순도검정 및 품종을 결정하는 단계는 자동 염기서열 분석기를 이용하여 증폭 산물 (밴드)의 양을 컴퓨터 프로그램에 의해 확인함으로써 수행되는 것일 수 있다.
본 발명의 마커 세트, 이를 포함하는 키트 및 이를 이용한 페포계 호박 순도검정 및 품종판별 방법은 페포계 호박의 순도 검정 및 품종을 신속히 판별할 수 있고, 이를 통해 페포계 호박 품종의 진위성 검정과 품종보호 출원 시 대조 품종의 선정 등 다양한 방면에서 활용될 수 있다.
도 1은 페포계 호박 핵심계통 10개, F1 품종 2개와 그 양친 계통 4개, 시판품종 7개에 대한 유전자형 분석 결과(빨간색 : FAM 형광, 녹색 : HEX 형광, 파란색 : 이형접합형, 흰색 : 결측값) 를 나타낸 것이다.
도 2는 페포계 호박 SNP 분자표지 활용한 유전자형 분석 결과(예시 : 4개 프라이머에 대한 결과)를 나타낸 것이다.
도 3은 효용성이 검정된 페포계 호박 SNP 23개 마커세트의 위치를 나타낸 물리적지도(주황색 : 효용성 검정된 23개 SNP 위치)를 나타낸 것이다.
도 4는 페포계 호박 핵심계통 및 F1 품종, 육성계통 등(총 23개)에 대한 유전적 계통수 분석 및 분류 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 페포계 호박 핵심계통 및 F1 품종, 육성계통 등(총 23개)에 대한 주성분분석(PCA) 결과를 나타낸 것이다.
도 2는 페포계 호박 SNP 분자표지 활용한 유전자형 분석 결과(예시 : 4개 프라이머에 대한 결과)를 나타낸 것이다.
도 3은 효용성이 검정된 페포계 호박 SNP 23개 마커세트의 위치를 나타낸 물리적지도(주황색 : 효용성 검정된 23개 SNP 위치)를 나타낸 것이다.
도 4는 페포계 호박 핵심계통 및 F1 품종, 육성계통 등(총 23개)에 대한 유전적 계통수 분석 및 분류 결과를 나타낸 것이다.
도 5는 페포계 호박 핵심계통 및 F1 품종, 육성계통 등(총 23개)에 대한 주성분분석(PCA) 결과를 나타낸 것이다.
이하 하나 이상의 구체예를 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 하나 이상의 구체예를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.
실시예 1: 재료 및 방법
1-1. 시험 재료
페포계 호박의 다양한 육종 조합에 이용할 수 있는 SNP를 선발하기 위하여, 다양한 형질에서 특성이 중복되지 않는 페포계 호박 핵심계통 10개를 선발하였다(A사 및 B사 분양).
개발할 마커세트 검정을 위한 재료로 핵심계통 10개와 페포계 호박 F1 2개 품종과 그것의 양친인 4계통, 그리고 시판품종 7개를 활용하였다 (A사, B사, C사 등 분양).
1-2. 페포계 호박 핵심계통의 GBS 분석, 계통 간 SNP 탐색 및 선발
CTAB방법으로 고순도 gDNA를 분리하였고, Nanodrop을 이용하여 A260/280 값이 1.8이상이고 농도가 100ng/μL 이상의 기준에 충족함을 확인하였다.
제한효소 ApeKI를 이용하여 GBS 라이브러리를 구축하였으며, 해당 라이브러리를 Illumina Nextseq 500 장비를 이용하여 페포계 호박 핵심계통별로 염기서열 분석을 실시하였다.
SAM Tools 프로그램을 이용하여 핵심계통의 SNP calling을 진행하였고, SNP filtering을 진행하여 선발조건을 만족하는 SNP를 선발하였다.
1-3. KASP 마커세트 형태로 개발하여 종자회사 F1 품종 및 육성계통에 적용
선발된 SNP는 KASPTM 유전자형 분석시스템 맞춤 프라이머(또는 탐침) 세트로 개발하였으며, 이를 활용하면 짧은 시간 내에 다수의 시료에 대한 다수의 분자표지 검정이 가능하다.
디자인된 SNP 마커세트는 핵심계통 10개에 대하여 적용하였으며, 또한 F1 2개 품종과 그 양친인 4계통 그리고 페포계 호박 시판품종 7개에 대해 유전자형 분석을 실시하였다.
고속대량(high-throughput) 마커세트의 유전자형 분석 결과를 통해 페포계 호박 육종 시 활용되는 계통들 간의 다형성을 보이는 SNP를 선발하였으며, 이를 통해 순도검정 및 품종판별이 가능하다.
각 계통별로 유전적 다양성(genetic diversity)을 분석하기 위해 유전적 계통수 분석 및 주성분 분석을 실시하였다.
실시예 2: 연구 결과
2-1. 페포계 호박 핵심계통 선발 및 수집
호박 형질인 절성성, 과피색, 과장 등 등에 다양한 특성이 포함되어 있는 페포계 핵심계통으로 10개 선발하여 어린 잎(신초)을 수집하였다(A사 및 B사 분양)(표 3). 추후 개발한 마커세트는 핵심계통 10개와 F1 2개 품종과 그것의 양친인 4계통, 그리고 시판품종 7개에 대해 효용성을 검정하였다(A사, B사, C사 등 분양)(표 4).
| 번호 | 샘플명 | 절성성 | 과피색 | 얼룩(반점) | 과장 | 과형 | 종자회사 |
| 1 | A01 | 중 | 녹색 | 무 | 장 | 쥬키니형 | A사 |
| 2 | A02 | 중 | 녹색 | 무 | 장 | 쥬키니형 | A사 |
| 3 | A03 | 중강 | 녹색 | 유 | 중 | 쥬키니형 | B사 |
| 4 | A04 | 중 | 녹색 | 무 | 장 | 쥬키니형 | B사 |
| 5 | A05 | 중강 | 녹색 | 무 | 중 | 쥬키니형 | B사 |
| 6 | A06 | 중 | 녹색 | 무 | 장 | 쥬키니형 | B사 |
| 7 | A07 | 중강 | 담록색 | 유 | 중 | 쥬키니형 | B사 |
| 8 | A08 | 중강 | 노란색 | 무 | 중 | 쥬키니형 | B사 |
| 9 | A09 | 약 | 연두색 | 무 | 단 | 쥬키니형 | B사 |
| 10 | A10 | 중 | 담록색 | 무 | 중 | 쥬키니형 | B사 |
| 번호 | 샘플명 | 품종명 | 과피색 | 종자회사 |
| 1 | C01 | 최고봉쥬키니 | 녹색 | 농우바이오 |
| 2 | C02 | 태양쥬키니 | 녹색 | 농우바이오 |
| 3 | C03 | 스타올쥬키니 | 녹색 | 아시아종묘 |
| 4 | C04 | 골든프린스 | 노란색 | 아시아종묘 |
| 5 | C05 | 동오쥬키니 | 녹색 | 동오시드 |
| 6 | C06 | 애향쥬키니 | 녹색 | 세계종묘 |
| 7 | C07 | 남강쥬키니 | 녹색 | 팜한농 |
2-2. 페포계 호박 핵심계통의 GBS 분석 및 SNP 탐색
고순도의 gDNA를 추출하여 GBS 라이브러리를 구축하기 위해 ApeKI 제한효소를 사용하여 read로 조각내었다. 조각 양 끝에 서로 다른 adapter를 붙이고 이를 T4 DNA ligase로 ligation 시켰다.
구축된 GBS 라이브러리의 염기서열에 대해 Illumina Nextseq 500 장비를 활용하여 호박 자원별로 시퀀싱을 실시하였으며, 이후 trimmomatic 프로그램을 통하여 adapter 서열을 제거하고 trimming 작업을 실시하였다. 그 결과 수집한 계통에 대한 평균 reads 수는 1,563,382개였다.
Bowtie2 프로그램을 이용하여 표준유전체에 read mapping을 수행하였으며, 평균 overall read mapping rate는 A사는 82.9%이었다.
VCFtools 프로그램을 이용하여 표준유전체와 수집한 호박 자원 중 페포계 계통(10개) 간의 유전체 변이 정보를 탐색하는 SNP calling을 실시하였으며, 그 결과 7,943개의 SNP를 탐색하였다.
2-3. 고속대량 분석시스템(high-throughput) 맞춤 SNP 선발 및 마커세트 개발
A사 및 B사에서 탐색한 총 7,943개의 SNP를 depth가 5x 이상에 해당되는 유전자형 결과를 선발하고 동형접합성이 0.96이상이며 PIC(Polymorphism Information Content) 값이 약 0.35~0.5 값을 나타내고, 20개의 염색체에 균등하게 분포하는 SNP를 최종적으로 195개를 확보하였다.
SNP 위치에서 upstream 및 downstream 양방향으로 인접한 60bp 염기서열인 인접 염기서열(flanking 또는 amplicon sequence) 정보를 바탕으로 PCR 증폭을 하는 KASPTM 프라이머 (또는 탐침) 세트를 합성하였다.
2-4. 페포계 호박 계통 및 품종에 KASP 마커세트를 적용하여 효용성 검정
디자인한 24개 KASPTM 프라이머를 페포계 호박 품종개발에 활용되고 있는 종자회사의 F1 품종 및 육성계통에 대해 적용하여 효용성을 검정하였다.
핵심계통 10개와 F1 2개 품종과 그 양친인 4계통, 그리고 페포계 호박 시판품종 7개에 유전자형 분석을 분석하였다 (도 1).
분석결과, 개발된 24개 KASPTM 마커세트 중에 대부분의 계통에서 이형접합성(heterozygote) 유전자형을 나타내거나 형광 탐침으로 탐지하기 모호한 1개를 제외한 23개가 분자표지로서 기능함을 확인하였다 (도 2). 효용성이 검정된 SNP 마커세트 23개에 대한 물리적 지도를 작성하였다 (도 3).
상기한 결과들은 다음과 같이 요약할 수 있다:
F1 품종과 육성계통들의 다형성 있는 유전자형 분석 결과를 통해, 개발된 23개의 페포계 호박 SNP 마커세트를 이용하여 순도검정 및 품종판별에 활용할 수 있음을 확인하였다 (도 1).
분석에 사용된 각 계통들의 유전적 다양성을 분석하기 위해 유전적 계통수(Phylogenetic tree) 분석을 실시하였다. PowerMaker 프로그램ver. 3.2.5)을 통해 유전적 거리(Nei's distance)를 계산하였으며, 이를 기반으로 비가중 쌍 그룹 방법(unweighted pair group method with arithmetic mean, UPGMA)을 사용하여 MEGA 소프트웨어(ver. 11.0.9)에서 수행하였다. 부트스트랩(bootstraps)은 1,000 반복(replicates)으로 결정하였다.
A사, B사 및 C사에서 분양받은 페포계 호박 핵심계통 및 육성재료에 대한 유전적 다양성 분석 결과 크게 3개의 cluster로 분류되었다 (도 4).
그리고 TASSEL 소프트웨어(ver. 5.2.73)에서 주성분분석(PCA)을 통해 계산된 PC1과 PC2 값들에 대해서 통계 R패키지(ggplot2)를 이용하여 핵심계통 및 육성계통 등의 분포도를 분석하였는데, 유연관계 분석에서 나타난 cluster 1과 cluster 2가 하나의 그룹으로 묶이고, cluster 3가 별도의 그룹으로 분류되는 것을 확인하였다 (도 5).
즉, 다양한 형질(절성성, 과피색, 과장 등)의 특성을 가지는 페포계 호박 핵심계통을 10개를 선발하였고, 어린 잎에서 DNA를 추출하여 ApeKI 제한효소를 이용하여 GBS 라이브러리를 구축하였다. 해당 염기서열은 Illumina Nextseq 500을 활용하여 분석하였다.
염기서열 신뢰도(depth), 다형성지수(PIC, polymorphism information content), 동형접합성 등의 기준에 따라 195개의 SNP를 선발하였고, 이 중 KASPTM 유전자형 분석시스템 맞춤 24개의 SNP 프라이머(또는 탐침) 세트를 개발하였다.
개발된 마커세트는 핵심계통 10개와 F1과 그 양친 계통 6개, 시판품종 7개에 적용하였다. 그 결과, 총 24개 중에 23개의 프라이머(또는 탐침)가 분자표지로서 기능함을 확인하였다.
최종적으로 효용성이 검정된 23개의 마커세트는 각각의 육성계통에 대해 유전자형을 검정할 수 있기 때문에 종자의 순도검정 및 품종의 판별 등에 활용할 수 있다.
이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.
<110> REPUBLIC OF KOREA(MANAGEMENT : RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION)
<120> SNP marker set for identification of purities and varieties in
Cucurbita pepo
<130> RDA-BPN220010
<160> 23
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT01
<400> 1
cccctccact cccaacacac acatggaact gcggcagcct tgctgcattc ttgggcaaca 60
gatatccctt gctcagcgcg ggacgttcgt aaggtgccac kgactcctcc gaaattatac 120
caacctcccc tgccttcacg ccctgtttaa caaactccct tgctgcatat cctgctgcca 180
ctcctcctcc aagtatcaaa t 201
<210> 2
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT02
<400> 2
tgtgggaagg tcatttttac tacgacgctg ccactgcgga cagctcgcag ctgtccgggt 60
atttgcaatg gttggaggag aggaaattag agagcgagac wgcggcgggg gtgacgacga 120
cgatggcaac ggagatgaat gagatcgaca aattggcgga gatgttcata gcaagctgcc 180
atgagaaatt taggctggag a 201
<210> 3
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT03
<400> 3
ttcttctgct ttgctgcatc ttcaagctac aaacacagaa aacaagaaac ttcagcttca 60
agaattgcag atttttgtaa gcttttttgg tctttacctt mtcgaagttg tcgaataatc 120
ggtttgctaa atcggtgaga ggctgcttct caccgtcttc tgctgccgaa ataacattgt 180
cgaaatcata gtacatgaac g 201
<210> 4
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT04
<400> 4
ccaagcttct cgctcaacgt ggagtcactg tcaccctcgt caccaccccc cacaacgcag 60
cccgcaacag ccccgtcgtt tcccgcgcca ttacttccgg mttgccactc cacatcgccc 120
aactgccatt cccatgcaag caagccggcc tccccgaagg ctgcgagaat ctagacttac 180
tcccttcatt cgattccgcc t 201
<210> 5
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT05
<400> 5
gcagcaaatc ttgggtctgt taagtcactt gggttttctt cagctttcgc tatatccaca 60
aatgcatctc cagtcttcac cttcttaccc ttcgggaacc sgactcgctt ttggctgaaa 120
aacagaaaat tccaacgttg agagggaaaa tatcccattt tcacggctgc agtaaatgaa 180
ttagcagaat aatcacgaaa c 201
<210> 6
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT06
<400> 6
cacacttctg ggaagattgt gatttcttga ccctcgtccc ggccgccacg gtcgggttgc 60
tgctcatcga cgtggtcgaa tgtaccgaga aaatctcaga ygctgttcaa gaactagcct 120
ctttggctca tttcaagagt gggaaggctg agccaatgca aattgagaag gaaaaagtgc 180
agcccaatat tggtgtttct t 201
<210> 7
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT07
<400> 7
ccgccacgta ccggtcgttg gccaccatgg ccgtggcagc cccgaccctc tccctaaacc 60
tgtacagaaa ctgtccatgc tcgatttccc aaactttcat mgccccgctc gagttcatca 120
ctgcataacc catgttgatg cagcccatgg cccctctctg acctgccccg ctcactaaga 180
acctacaaac ttcctccatt g 201
<210> 8
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT08
<400> 8
cttaaatcta gggtttctac tccgagcagc ataccaacag gttaggggca acaacatcca 60
attcttgata cgaacaaatc aatcgagacg cgtttcgtaa kcaaaaacaa atccagatag 120
cagcattgat taaacagaga ttgaagcaca caattcctca accagagtcc gattaaaacg 180
tcgatgatac aaataataca g 201
<210> 9
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT09
<400> 9
gcactcccga acgagatagt gccgctccta caagctgctc aagctgcaga actcgatgtc 60
gttggcgttt cgttccacat tggaagtgga ggtagcgacg mgggccttta tcgtattgcc 120
atagctgcca tcaaagccgt gtttgatgct acagttcgac taggaatgtc gagaatgaag 180
gtaaaattgc aaagggtatc a 201
<210> 10
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT10
<400> 10
cggctcagct gcatcgccgc cattggcttt cgagctcttc ccgattaaat cctcctccca 60
ctcccttacc tacacttctc tcagagacat tttgccatct mcgacttcca tgagctcccc 120
caccgccgcc tctgcagcga attcgggctt tgagatctcg atccgcaacc gcctcgtgaa 180
gcaagccgcg tgggcgtatc t 201
<210> 11
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT11
<400> 11
taatacccca cgaacaactc ctcggttgtg taaatggaac ttcgagttca acagcagcaa 60
tgagagctgt agacttatac ttcgtcttat aattcgatgt mgttcgagtt ccttccgatt 120
cagaacaagc atcatcatct acaagactac tcgaaccatt agttgttgtt gttccttttc 180
gctgcctctg gtgtcgagta t 201
<210> 12
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT12
<400> 12
ccgtaacctt atcctcttaa gtcgcagcac aacccatctc attcctagtg acagtcagag 60
aacctcagta atctatttcc attgcttttt tcaatctctg yagctggcct tgaaggaggt 120
gccagaggag taaaagcact taatttgctt ctgccttgct gctgcattga gatatgtgac 180
acaagttttg gccaccaagg a 201
<210> 13
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT13
<400> 13
aagattgtca cagcacaaat cactcccatc ccatttcacc gcgtgtatgt tgaatttgga 60
gacaacgtgg gcagcgacta gacactaaaa acttatccat mccgaggctc acctttgaaa 120
tgggtttcca atttctctct atgttgttgt gaccattcat tttgaaggca gctgatctaa 180
aataatggga tcaatcaacc a 201
<210> 14
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT14
<400> 14
aattccgatt ccttttgtaa ctgcgtttct ctgccgtttg agatttggga attttccggc 60
gacggccatc tccggcgatg ggctgcgctt cctccaagct mgacaatctt ccggcggtgg 120
ctctttgccg tgaccgctgc aaattccttg accaagctct cgtttttacc cattccctta 180
ttgattccca ctctgcttat g 201
<210> 15
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT15
<400> 15
tcttcaagcg atccgagatc gaacagaagc aaatccagca gctgcgagag aaagagaagc 60
gcgaattgga agctaaagct ctccgccaat cctccaccac ktctcccaac gccgaggcca 120
cctccgcatc ttccaaatcc aattcattag cctcggcctc cactacttcc tcctctgctg 180
caatcaattc taccgccacc a 201
<210> 16
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT16
<400> 16
cgtcattact ctctatcctg acgtctgcta cacttctctc tctcgctacg ccaatgccat 60
tcagcaggac ccggcctctc tcactcgcgt cgccattacc btcagccttg ccaacgcccg 120
tagaatggct gcttacgtct ccaacctgtc tcacgtcggt gactacggcg ctgaccacag 180
agtctcctcc gcgcttcacg a 201
<210> 17
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT17
<400> 17
gccgcccttc gattctctgc ttgagaatct cagcagcgat ttttatggca cgtaataacg 60
aggtctctgt agtcaatacc ggtctgtttt ctagcttgct mgtcgaggaa actggtgcgt 120
ctttagtttc cagagaaata gggatcccca tttcattgga tgcttggatc cagcagtccc 180
ttagaagagc agctgaagtt g 201
<210> 18
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT18
<400> 18
taaaatgttt gtgtgtaaga gagattcaag taccttggtt gttgttgttg ttgtggcttc 60
tttggtgttg ctctttggag cagtgggcag ccaaacgatc mgtgagcgtc gtttttcgta 120
tgttcgattc gatgaaaggg agcataatca agacttcatc ttcaccggag gctcttccat 180
cgacggtggg gcgctgcagt t 201
<210> 19
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT19
<400> 19
cattgccacc aaaaacaagc ctcttccgat tcagctgagg cttgacggtc tcatagtctt 60
ccgcttcggg agtggcaagg ggcgtaacaa tggtgctggg wgcgctggga gggacgcagc 120
gagcagccat tgatagggaa ggagaagata gaagaagtaa gaagaggaga taaaagagaa 180
atgggaaaag ggaagccata g 201
<210> 20
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT20
<400> 20
tagtgccatc aaatggtatg caagtaaagc agtcgacaga acagcatttg tcactctcta 60
accaatcttg caagcatgag agtgaggcca gtggagaaga mgcgacatcg ttttctgaca 120
agcgggcagc tccggtacag aaaagtgctc atgaacaaaa cttcattttg cctgttcagg 180
cactgggatt cactttgatg c 201
<210> 21
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT21
<400> 21
tcctgccatt ggcggtggca gcagtggtgg gcaaactatt ccctccattg ccagctctct 60
tctgagccgg tatattgtct agtcccatgt ctctacttct sctctctatc cagtaatcag 120
aatttggagc tatgggttat gagataaaca gcctattttc ctgtatccag cagctctctc 180
caccttcaac tcagctatgt g 201
<210> 22
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT22
<400> 22
cgaaacacag tttggatctt gattgctgca acttcctcct tagatagtcc aacaaatcgt 60
gtctccgtcg caacgtgcac gactttggca gcaacaaacg yagtagcaac attaggctca 120
aaagtagaaa cacttgcctc attagcctga gcagctgcag aagtcacttc tgttgcagta 180
gcaacttcaa cagagcaagg c 201
<210> 23
<211> 201
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CpSPT23
<400> 23
tccggcagag tcctattcaa tcagcttcct gcaagccacc cagcaccacc gatccaacaa 60
acaatccggc agccccaagc gtgagtccgc cggcgaccac kgcctgtaac gccacaagcg 120
gcgctgagtc atcgggaatg agaacaatcg ccgccagcgc agcaacgaga atgggaaggg 180
caagagaggc caatgtggac g 201
Claims (6)
- 서열번호 1 내지 23로 표시되는 염기서열에서 각 염기서열의 일 말단의 100번째 염기에 위치한 단일염기다형성 (single nucleotide polymorphism, SNP) 전부를 검출하기 위한 제제를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별용 조성물.
- 제1항에 있어서,
상기 제제는 서열번호 1 내지 23의 염기서열에서 각 염기서열의 100번째에 위치한 단일염기다형성 부위를 포함하는 5 내지 200개의 연속염기, 또는 이와 상보적인 염기서열로 이루어진 폴리뉴클레오티드를 검출할 수 있는 것인 조성물.
- 제1 항에 있어서,
상기 제제는 프로브, 프라이머, 및 이들의 조합 중 어느 하나인 것인, 조성물.
제1항의 조성물을 포함하는, 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별용 키트.
- 제1항의 조성물을 포함하는, 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별용 키트.
- 제4항에 있어서, 상기 키트는 PCR 키트, 마이크로어레이, 및 KASP 키트 중 어느 하나인 것인 키트.
- 페포계 호박 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 분리하고, 서열번호 1 내지 23번으로 표시되는 각각의 염기서열의 100번째 위치에 존재하는 단일염기다형성 전부의 유전자형을 결정하는 단계; 및
상기 단일염기다형성의 유전자형을 분석하여 페포계 호박 순도 및 품종을 결정하는 단계를 포함하는 페포계 호박 순도검정 및 품종 판별방법.
Priority Applications (1)
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Family Applications (1)
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| KR1020220073889A KR20230173302A (ko) | 2022-06-17 | 2022-06-17 | 페포계 호박 순도검정 및 품종판별을 위한 단일염기다형성 마커세트 및 이의 용도 |
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Citations (1)
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|---|---|---|---|---|
| KR20150047016A (ko) | 2013-10-23 | 2015-05-04 | 대한민국(국립종자원장) | 초위성체 마커를 이용한 호박 품종 식별 방법 |
-
2022
- 2022-06-17 KR KR1020220073889A patent/KR20230173302A/ko unknown
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20150047016A (ko) | 2013-10-23 | 2015-05-04 | 대한민국(국립종자원장) | 초위성체 마커를 이용한 호박 품종 식별 방법 |
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