KR20230086462A - 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도 - Google Patents

전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명의 바이오마커를 특정 유형의 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 마커로 이용하는 경우, 항암제 치료 반응성 또는 예후를 예측 가능하게 하며, 그에 따라 환자에 적합한 치료 방법을 적용하여 치료 효과를 극대화할 수 있다.

Description

전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도{Novel Biomarker for Predicting Therapeutic Response and Prognosis of Metastatic Breast Cancer To Chemotherapeutic Agents and Uses Thereof}
본 발명은 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
전 세계적으로 전체 유방암 환자에서 폐경 전 유방암 환자의 비율은 15% 정도로 매우 낮지만, 한국의 폐경 전 유방암 발생률은 서구에 비해 월등히 높은 발생률을 보인다. 한국의 폐경 전 유빙암 환자의 비율은 50% 가량 이고, 40대 젊은 환자의 발생률이 높고, 40세 이하 환자도 약 13%를 차지하는데 이는 서구에 비해 2배 이상 높은 수치이다. 국내외 가이드라인은 폐경 전후 모두 내분비요법을 1차 치료로 권고하고 있지만, 우리나라에서는 대부분의 유방암 치료제가 폐경후 환자에서 허가를 받아 가이드라인을 따르기 어려운 측면이 있어 실제 임상에서는 항암화학요법이 주로 적용되고 있다.
유방암 중 호르몬 수용체 양성(HR+) 및 인간 표피 성장 인자 수용체 2-음성(HER2-) 전이성 유방암(MBC)에서도 폐경 후 환자뿐만 아니라 폐경 전 환자에게도 내분비요법이 임상 가이드라인에서 권고되고 있다. 최근에는 내분비요법과 사이클린 의존성 키나제 4 및 6(CDK4/6) 억제제를 병용할 경우, 임상적으로 의미있게 무진행 생존(PFS) 및 전체 생존 (OS)이 증가한다는 연구결과들이 발표되고 있다. 하지만 실제 임상에서는 상당 수의 환자가 내분비요법에 대한 내성 또는 공격적인 암 특성과 젊은 나이로 인해 예후가 나쁠 것으로 예측되는 경우 항함화학요법으로 치료받고 있다. 카페시타빈은 HR+/HER2- 전이성 유방암 환자에게 적용하는 항암화학요법으로, 가장 많이 사용되는 치료제 중 하나이다. 전향적 연구를 통해 카페시타빈의 약효와 안전성은 전향적 연구들을 통해 입증되었다. 안트라사이클린이 포함된 항함화학요법이 실패한 환자들에게는 도세탁셀과 카페시타빈을 함께 처방하고, 탁산이나 안트라사이클린이 포함된 항암화학요법이 실패한 환자에게는 카페시타빈 단독요법을 적용한다. 임상에서는 HR+/HER2- 전이성 유방암 환자 중 내분비요법 치료 중에 재발한 경우에 카페시타빈을 첫번째 화학요법제로 사용하기도 한다. 공격적인 성향의 폐경 전 HR+ 전이성 유방암 환자에서는 카페시타빈이 사이클린 의존성 키나제 4 및 6(CDK4/6) 억제제와 내분비요법의 병용치료에 비해 치료반응속도가 빨라 항암화학요법을 선택하는게 유리한 경우도 있다.
즉, 상당 수의 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암 환자가 항암화학요법으로 치료받고 있고, 이에 따른 치료반응성을 예측할 수 있는 바이오마커의 필요성이 대두되고 있다. 그러나 현재까지 HR+/HER2- 전이성 유방암 환자에서 항암화학요법에 대한 치료 반응성을 예측할 수 있는 바이오마커로 상용화 것이 없으며, 기존의 IHC subtype (ER/PR/HER2 status)만으로는 예후 예측이 어려운 문제점이 존재하였는바, 신규 바이오마커의 개발이 요구되었다.
한국등록특허 10-1421326호: 유방암 예후 예측을 위한 조성물 및 이를 포함하는 키트.
Clinical cancer research: an official journal of the American Association for Cancer Research 14(16):5158-5165. Lancet Oncology, 2019 Dec;20(12):1750-1759.
이러한 상황하에서, 본 발명자들은 유방암의 특정 아형인 HR+/HER2- 폐경 전 전이성 유방암의 예후를 예측하면서도 항암제에 대한 치료 반응성을 예측할 수 있는 신규한 바이오마커를 개발하고자 연구를 수행하였으며, 유방암 조직으로부터 얻은 유전자 정보 및 임상정보를 수집, 분석하여 관련된 유전자 세트를 발굴하고, 발굴된 유전자 중 임상에 적용시키기 적합한 유전자 세트를 선별 및 조합하여 이의 유용성을 규명함으로써, 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 일 목적은, HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물을 제공하는 데 있다.
또한, 본 발명의 다른 목적은, HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트를 제공하는 데 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 목적은, 생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 데 있다.
본 명세서에서 사용한 용어는 단지 설명을 목적으로 사용된 것으로, 한정하려는 의도로 해석되어서는 안된다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서 상에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 실시예가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가지고 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥 상 가지는 의미와 일치하는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 유전자에 존재하는 돌연변이 여부를 측정하기 위한 제제를 포함하는, HR(hormone-receptor) 양성 및 HER2 음성(HR+/HER2-) 전이성 유방암(metastatic breast cancer, MBC)의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물을 제공한다.
본 발명에 있어서, 상기 조성물은 NH2 또는 FAT3 중 어느 하나 이상; 및 LRP1B, PTEN, 및 RAD50;을 포함하는 것을 특징으로 한다. 즉, 상기 바이오마커 조성물은 4종 또는 5종 유전자의 조합일 수 있다.
용어 "마커(marker)"는, 생물학적 현상의 존재와 정량적으로 또는 정성적으로 관련된 분자를 의미한다. 이러한 "마커"의 예에는, 상기 현상의 기본이 되는 기작에 직접적으로 또는 간접적으로 관련이 있는 유전자 또는 유전자 단편, RNA 또는 RNA 단편과 같은 폴리뉴클레오타이드; 또는 펩타이드, 올리고펩타이드, 단백질 또는 단백질 단편과 같은 폴리펩타이드를 포함하는 유전자 산물; 또는 상기 산물에 의한, 관련된 대사산물, 또는 항체 또는 항체 단편과 같은 기타의 동정 분자가 있다. 본 발명의 마커에는 본원에 기술된 뉴클레오타이드 서열(예를 들면, GenBank 서열), 특히 전장 서열, 임의의 코딩 서열, 임의의 단편, 또는 이의 상보체, 및 상기 정의된 바와 같은 이의 임의의 측정가능한 마커가 포함된다.
본 발명의 바이오마커로서 "NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50"는, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 공지의 데이터베이스에서 서열 정보를 알 수 있는 임의의 유전자 또는 이의 단백질을 이용할 수 있다. 예를 들어, NCBI에 등록된 유전자 정보를 활용할 수 있고, 이에 한정되는 것은 아니다. (예: NF2 (NM_016418), FAT3 (NM_001008781), LRP1B (NM_018557), PTEN (NM_000314), RAD50 (NM_005732)). 또한, 상기 유전자의 mRNA 또는 상기 단백질과 일부 뉴클레오티드 서열 또는 아미노산 서열이 일치하지 않더라도, 생물학적으로 동등한 활성을 갖는 뉴클레오티드 서열또는 아미노산 서열은 각 유전자의 mRNA 또는 단백질로 간주될 수 있다. 또한, 상기 각 유전자 및 이에 의해 암호화되는 단백질에 돌연변이가 생길 수 있다.
본 발명자들은, NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 여부가, HR(hormone-receptor) 양성 및 HER2 음성(HR+/HER2-) 전이성 유방암(metastatic breast cancer, MBC)의 예후 및 특정 항암제에 대한 반응성에 유의한 영향을 미친다는 것을 최초로 발견하였다.
이에, 본 발명은, NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 여부를 마커로서 이용하여, 다른 유방암의 유형과 구별된, 폐경전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 예후 및 특정 항암제에 대한 반응성을 효과적으로 예측할 수 있다는 데 특징이 있다.
이러한 유의성 있는 마커의 선택과 적용은 결과의 신뢰도를 결정할 수 있다. 유의성 있는 마커란 판단하여 얻은 결과가 정확하여 타당도(validity)가 높고, 반복 측정 시에도 일관된 결과를 나타내도록 신뢰도(reliability)가 높은 마커를 의미할 수 있다. 상기 예후 및 특정 항암제에 대한 반응성 예측 마커로서 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이의 존재는 폐경전 HR+/HER2- 전이성 유방암에서만 검출이 되고, 대조군(다른 유형 환자 및/또는 정상인)에서는 검출될 확률이 거의 없는 신뢰도가 높은 마커이다. 따라서, 상기 본 발명의 바이오마커의 존재 여부를 검출하여 얻은 결과를 토대로 판단된 결과는 타당하게 신뢰할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "예후 예측"은 질환의 경과 및 결과를 미리 예측하는 행위를 의미한다. 보다 구체적으로, 예후 예측이란 질환의 치료 후 경과가 환자의 생리적 또는 환경적 상태에 따라 달라질 수 있는 데, 이러한 환자의 상태를 종합적으로 고려하여 치료 후 병의 경과를 예측하는 모든 행위를 의미하는 것으로 해석될 수 있다.
상기 "예후"는, 병세의 진행, 회복에 관한 예측을 의미하는 것으로, 전망 내지는 예비적 평가를 말한다. 본 발명의 목적상, 예후란 암 치료 후 해당 개체에서 치료 성공 여부, 생존, 재발, 전이, 약물반응성, 내성 등과 같은 여부를 판단하는 것을 의미한다. 즉, 의학적 귀추(예컨대, 장기 생존 가능성, 무진행생존 가능성, 무병생존율 등)에 대한 예상을 의미하며, 양성적 예후(긍정적 예후) 또는 음성적 예후(부정적 예후)를 포함하며, 상기 음성적 예후는 재발, 약 저항성 등의 병의 진행 또는 치명성(mortality)을 포함하고, 양성적 예후는 질병이 없는 상태 등의 질병의 차도, 질병의 개선 또는 안정화(stabilization)를 포함한다.
따라서, 본 발명에 있어서, 예후 예측은 "무진행생존(PFS,　Progression-free survival)"을 예측하는 행위로 해석될 수 있다. 상기 무진행생존이란 질병을 치료 중이거나 치료 후, 암의 재발 없이 상태를 유지하는 것을 의미한다. 예를 들어, "예후가 좋다"라고 예측하는 것은 환자의 무진행생존이 높은 수준을 나타내어, 환자가 재발없이 상태를 유지하는 것을 의미하고, "예후가 나쁘다"라고 예측하는 것은 환자의 무진행 생존이 낮은 수준을 나타내어, 암이 재발하는 것을 의미한다.
본 발명에서 있어서 "치료제 반응성(항암제 치료 반응성) 예측"이란, 환자가 치료제, 예컨대 항암제에 대해 선호적으로 또는 비선호적으로 반응할지 여부를 예측하는 것, 또는 항암제에 대한 내성의 위험성을 예측하는 것, 치료 후 환자의 예후, 즉, 무진행생존을 예측하는 것을 의미한다. 본 발명에 따른 치료제 반응성 예측을 위한 바이오마커는 HR+/HER2- 전이성 유방암 환자에 대한 가장 적절한 치료 방식을 선택하도록 하기 위한 정보를 제공할 수 있다.
본 발명의 목적상, 생물학적 시료 또는 조직 샘플에서 본 발명의 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 유전자 상 존재하는 돌연변이의 존재 또는 부재를 측정함으로써 상기 유전자의 발현과 관련된 질환의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다.
본 명세서에서 용어 "항암제에 대한 내성"은 암 치료제를 이용하여 암 환자를 치료할 때, 치료 초기부터 치료 효과가 없거나 초기에는 암 치료 효과가 있으나 계속적인 치료 과정에서 암 치료 효과가 상실되는 것을 의미한다. 예를 들어, 항암제 치료에 있어서 일반적인 치료 효과 판정은 고형 종양 그룹의 반응 평가 기준에 기초하여 결정할 수 있다. 상기 기준에 따라 암 치료의 효과는　종양의 크기 변화 등으로부터 완전 반응(Complete Response: CR), 부분 반응(Partial Response: PR), 진행(Progressive Disease: PD) 또는 안정(Stable Disease: SD) 그룹으로 분류할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "돌연변이 여부 측정"은 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN, RAD50 또는 이들의 조합의 유전자에 존재하는 돌연변이의 존재 여부 또는 상기 유전자가 발현된 수준, 즉, 상기 유전자에 의해 코딩되는 돌연변이 단백질의 발현을 확인함으로써 알 수 있다.
상기 제제는 상기 돌연변이를 검출할 수 있는 제제는 돌연변이된 유전자 부위를 증폭하여 검출하는데 필요한 제제를 의미하며, 해당 기술분야의 통상의 기술자 수준에서 유전자 증폭에 사용될 수 있는 제제들을 모두 포함하는 개념이다. 예를 들어, 상기 돌연변이의 검출을 위해 중합효소연쇄반응(PCR)에 필요한 제제를 의미할 수 있으며, 상기 PCR은 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 역전사 PCR(Reverse Transcription PCR, RT-PCR), 고체상 PCR(Solid Phase PCR), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 오버랩 PCR(Overlap-extension PCR), 멀티플렉스 PCR(Multiplex PCR), 네스티드 PCR(Nested PCR), 역 PCR(Inverse PCR), 라이게이션-연관 PCR(Ligation-mediated PCR), ISSR(Intersequence-specific PCR), 메틸화-특이 PCR(Methylation-specific PCR, MSP), 콜로니 PCR(colony PCR), 미니프라이머 PCR(Miniprimer PCR), 나노 PCR(Nanoparticle-Assisted PCR, nanoPCR), TAIL-PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR), 터치다운 PCR(Touchdown(Step-down) PCR), 핫 스타트 PCR(Hot start PCR), 인-실리코 PCR(In silico PCR), 대립유전자 특이 PCR(allele-specific PCR), 어셈블리 PCR(Assembly PCR), 비대칭 PCR(asymmetric PCR), 다이알-아웃 PCR(Dial-out PCR), 디지털 PCR(Digital PCR, dPCR) 또는 헬리카제-의존형 증폭 기술(helicasedependent amplification)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 돌연변이의 검출은 당업계에 알려진 시퀀싱 방법(예를 들어, NGS(next generation sequencing))을 활용할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
또한, 상기 제제는 상기 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 유전자(돌연변이) 또는 이의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머(primer), 프로브 (probe) 및 안티센스 (anti-sense) 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상일 수 있으나, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 상기 제제는 상기 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 단백질(돌연변이)에 특이적으로 결합하는 올리고펩타이드, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 키메릭(chimeric) 항체, 리간드, PNA(Peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상일 수 있으나, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 돌연변이 여부 측정은, "NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 검출"을 포함하며, 이는 HR+/HER2- 전이성 유방암의 예후를 예측하고 약물(항암제) 반응성을 예측하기 위하여 생물학적 시료에서 본 발명의 마커 유전자에 존재하는 돌연변이의 존재 여부를 확인하는 것으로, 바람직하게는 염기서열분석 (sequencing)을 통해 이루어질 수 있다.
만약, 상기 돌연변이에 의해 mRNA에 변화가 생긴다면 mRNA의 양을 측정함으로써 돌연변이의 존재 유무를 알 수 있다. 이를 위한 분석 방법으로는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR (Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅 (Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 돌연변이에 의해 발현되는 단백질 구조 또는 발현에 변화가 생긴다면, 변이 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인함으로써 돌연변이 여부를 측정할 수 있고, 이는 상기 유전자의 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 단백질의 양을 확인하는 것이 바람직하다. 이를 위한 분석 방법으로는 웨스턴 블럿, ELISA (enzyme linked immunosorbent asay), 방사선면역분석 (RIA: Radioimmunoassay), 방사면역확산법 (radioimmunodiffusion), 오우크테로니 (Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation assay), 보체고정분석법 (Complement Fixation Assay), FACS, 단백질 칩 (protein chip) 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 용어, "프라이머 (primer)"는 짧은 자유 3말단 수산화기 (free 3'-hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트 (template)와 염기쌍 (base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명에서는 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 폴리뉴클레오티드의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 HR+/HER2- 전이성 유방암의 약물 반응성 및/또는 예후를 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 하여 적절하게 변형할 수 있다.
본 발명에서 용어, "프로브 (probe)" 란 DNA 또는 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며, 라벨링 (labeling) 되어 있어 특정 DNA 또는 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오타이드 (oligonucleotide) 프로브, 단일 사슬 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중 사슬 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명에서는, 본 발명의 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이의 폴리뉴클레오티드와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후를 예측할 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체 (예: 메틸 포스포네이트, 포스소트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
상기 프라이머 또는 프로브는 8개 또는 그 이상의 뉴클레오티드를 포함하는 것이 바람직하며, 하이브리드화 방법은 본 발명의 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 폴리뉴클레오티드에 상기 프라이머 또는 프로브를 노출 또는 접촉시킴으로써 달성될 수 있다. 바람직하게 이들 서열은, 비특이적 결합을 최소화 하도록 적절히 조절된 조건에서 혼성화 되며, 예를 들면 약 80% 내지 90%의 동일한 서열의 검출을 위한 적절한 조건은, 0.25M Na2HPO4, pH 7.2, 6.5% SDS, 10% 덱스트란 설페이트 내, 42
Figure pat00001
에서 밤새 (overnight) 혼성화시키고, 0.1 Υ SSC, 0.1% SDS 내, 55
Figure pat00002
에서 최종 세척하는 것을 포함한다. 또한 약 90% 이상의 동일한 서열의 검출을 위한 적절한 조건은 0.25M Na2HPO4, pH 7.2, 6.5% SDS, 10% 덱스트란 설페이트 내, 65
Figure pat00003
에서 밤새 혼성화시키고, 0.1 Υ SSC, 0.1% SDS 내, 60
Figure pat00004
에서 최종 세척하는 것을 포함할 수 있다.
본 발명에서 용어, "항체"란 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 본 발명의 마커인 폴리펩티드에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 이러한 항체는, 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함되며, 본 발명의 부분 펩티드로는, 최소한 7개의 아미노산, 바람직하게는 9개 아미노산, 더욱 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다. 이러한 본 발명의 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 단백질에 대한 항체는 당업계의 공지된 방법으로 제조될 수 있는 모든 항체를 포함한다.
본 발명의 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측 마커의 검출에 사용되는 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.
본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 본 발명의 마커 유전자의 돌연변이는 단일염기변이(Single nucleotide variation, SNV), 삽입/결실변이(Indel), 복제수 변이(Copy number variation, CNV), 결실(deletion) 및 역위(Inversion)로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 변이인 것일 수 있다.
본 명세서에서 용어 "단일염기변이(Single Nucleotide Variation, SNV)"는 단일염기서열다형성(Single Nucleotide Polymorphism)이 하나의 종내 다수의 집단에서 나타나는 단일염기의 차이를 말하는 것에 비해, 하나의 서열 또는 종내 소수의 집단에서 나타나는 단일염기의 차이를 의미하고, 주로 시퀀싱 데이터에서 나타나는 표준염기서열과의 차이를 의미한다.
본 명세서에서 용어 "삽입/결실변이(Indel)"는 유전자의 핵산 개수를 변화시킬 수 있는 삽입 또는 결실 변이를 의미한다.
본 명세서에서 용어 "복제수 변이(copy number variation, CNV)"는 유전자의 복제수가 증가하거나 감소한 상태를 의미한다.
상기 유전자의 돌연변이는 임의의 하나 이상의 돌연변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 상기 기재된 변이 뿐만 아니라, 절단형(truncating) 돌연변이, 미스센스(missense) 돌연변이(또는 과오 돌연변이), 넌센스(nonsense) 돌연변이, 프레임 시프트(frame shift) 돌연변이, 인프레임(in-frame) 돌연변이(또는 해독틀내 돌연변이), 스플라이스 돌연변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 돌연변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 돌연변이를 가질 수 있다. 상기 프레임 시프트 돌연변이는 프레임 시프트 삽입(frame shift insertion, FS ins)돌연변이 및 프레임 시프트 결실 돌연변이(frame shift deletion, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 돌연변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 돌연변이 및 인-프레임 결실(in-frame deletion, IF del) 돌연변이 중 적어도 하나일 수 있다.
본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 상기 항암제(암 치료제 또는 약물)는 본 발명의 목적을 달성하는 한, 임의의 항암제를 이용할 수 있고, 예를 들어, 카페시타빈(capecitabine) 또는 5-플루오로우라실(5-fluorouracil)일 수 있으며, 바람직하게는 카페시타빈이나, 이에 한정되지 않는다.
본 발명의 일 실시예에 따르면, 폐경전 HR+/HER2- 전이성 유방암 세포 또는 조직 내 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 형성(존재)은 폐경전 HR+/HER2- 전이성 유방암 치료제(카페시타빈)의 내성과 연관성이 있는 것으로 밝혀졌다.
예를 들어, 본 발명의 일 실시예에서는 하기와 같은 돌연변이가 존재할 경우 항암제 내성이 존재하고 예후가 나쁨을 확인하였다. 보다 구체적으로, NF2의 경우 서열번호 1로 표시되는(NM_016418) 폴리뉴클레오티드 상 1400번째 위치의 뉴클레오타이드에 G가 A로 바뀐 변이가 일어난 돌연변이를 포함할 수 있고, FAT3의 경우 서열번호 2로 표시되는(NM_001008781) 폴리뉴클레오티드 상 1067번째 위치의 뉴클레오타이드에 G기 A로 바뀐 변이가 일어난 돌연변이를 포함할 수 있으며, LRP1B의 경우 서열번호 3으로 표시되는 폴리뉴클레오티드(NM_018557) 상 12956번째 위치의 뉴클레오타이드에 C가 T로 변이가 일어난 돌연변이를 포함할 수 있고, PTEN의 경우 서열번호 4으로 표시되는 폴리뉴클레오티드((NM_000314.4) 폴리뉴클레오티드 상 544번째 위치의 뉴클레오타이드에 T가 G로 바뀐 변이가 일어난 돌연변이를 포함할 수 있으며, RAD50의 경우 서열번호 5로 표시되는 폴리뉴클레오티드(NM_005732) 상 353번째 위치의 뉴클레오타이드에 T가 C로 변이가 일어난 것을 포함할 수 있다. 상술한 돌연변이의 종류를 예시 일뿐, 이에 제한되지 않고, 본 발명의 실시예에서 확인한 구체적인 돌연변이의 예시를 표 1에 나타내었다. 상술한 바와 같이, NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 여부는 HR+/HER2- 전이성 유방암 치료제 내성을 진단하고, 예후를 예측하는데 사용될 수 있다.
또한, 본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 돌연변이 여부를 측정하기 위한 제제를 포함하는, HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, 단백질 칩 키트, 또는 NGS 키트일 수 있다.
본 발명의 키트는 항암제 치료 반응성 및 예후 예측 마커인 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 발현 수준(존재 여부)을 확인함으로써 마커를 검출할 수 있다. 본 발명의 키트는 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측 마커의 발현을 측정하기 위한 프라이머, 프로브 또는 선택적으로 마커를 인지하는 항체 또는 항원 결합능을 유지하는 이의 단편뿐만 아니라, 상기 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 분석 방법에 적합한 하나 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물 또는 장치가 포함될 수 있다.
예를 들면, 본 발명의 폴리뉴클레오티드 또는 유전자 변이 검출을 위한 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트는 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50의 돌연변이 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드에 특이적으로 결합하는 1 종 이상의 올리고 뉴클레오티드를 포함할 수 있는데, NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이의 뉴클레오티드 또는 일부 서열에 대응하는 프라이머, 역전사 효소, Taq 폴리머레이즈, PCR용 프라이머 및 dNTP를 포함할 수 있으며, 폴리뉴클레오티드 발현 수준을 측정하기 위해 상기 "mRNA 발현 수준 측정"과 관련하여 기술된 분석 방법을 이용한 키트를 이용할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 단백질의 존재를 검출하는 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트이고, 본 발명의 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 돌연변이 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 포함할 수 있다. 또한 단백질 수준을 측정하는 키트는 "단백질 발현 수준 측정"을 위해 사용되는 상기 기술된 방법을 이용한 키트를 제한 없이 사용할 수 있으며, 바람직하게는 ELISA 키트 또는 단백질칩 키트일 수 있다.
항체를 이용한 단백질 발현 여부 측정은 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50 변이 단백질 및 그의 항체 간의 항원-항체 복합체를 형성함으로써 측정되며, 다양한 방법에 의해 상기 복합체의 형성량을 측정함으로써 정량적으로 검출할 수 있게 된다.
본 발명에서 용어 항원-항체 복합체란 마커 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성량은 검출 라벨 (detection label)의 시그널의 크기를 통해서 정량적인 측정이 가능하다.
또한, 본 발명의 키트는 마커 성분에 특이적으로 결합하는 항체, 기질과의 반응에 의해서 발색하는 표지체가 접합된 2차 항체 접합체(conjugate), 상기 표지체와 발색 반응할 발색 기질 용액, 세척액 및 효소반응 정지용액 등을 포함할 수 있으며, 사용되는 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법을 제공한다:
(a) 대상으로부터 분리된 생물학적 시료에서 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 돌연변이 여부를 측정하는 단계; 및
(b) 상기 시료 내 측정된 유전자의 돌연변이 여부를 대조군 시료의 돌연변이 여부와 비교하는 단계.
본 명세서에서 용어 "대상"은 암 치료제에 대한 내성의 존재 여부를 확인 또는 예측하고자 하는 개체를 의미한다. 상기 개체는 척추동물일 수 있고, 구체적으로 포유류, 양서류, 파충류, 조류 등일 수 있으며, 보다 구체적으로 포유동물, 예를 들면, 인간(Homo sapiens)일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "생물학적 시료"란 본 발명의 마커 유전자 또는 단백질의 발현이 검출될 수 있는 대상 개체로부터 얻어지는 모든 시료를 의미한다.
바람직하게는, 상기 생물학적 시료는 타액(saliva), 생검(biopsy), 혈액, 혈청, 혈장, 림프액, 뇌척수액, 복수, 피부 조직, 액체 배양물, 분변 및 소변으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상일 수 있으며, 특별히 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.
본 발명의 방법은, 대조군에서의 돌연변이 여부를 대상 개체의 돌연변이 여부와 비교함으로써 실제 HR+/HER2- 전이성 유방암의 의심 개체의 항암제 치료 반응성 또는 예후를 판단할 수 있다.
본 발명에서 (c) 상기 대조군과의 비교 결과, 돌연변이가 존재하는 경우, 상기 대상은 항암제에 대한 반응성이 나쁜 것으로 판단하는 단계를 추가적으로 포함한다. 즉, 대상 개체의 시료로부터 측정된 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50가 대조군에 비해 돌연변이가 형성(존재)된 경우, 암 치료제에 대한 내성을 갖는 것으로 판단할 수 있다.
또한, (c-1) 상기 대조군과의 비교 결과, 돌연변이가 존재하는 경우, 상기 대상은 치료 예후가 나쁜 것으로 판단하는 단계를 추가적으로 포함한다. 예를 들어, 상기 대상에서 돌연변이가 존재하는 경우, 무진행생존 기간이 짧을 것으로 예측할 수 있다.
상기 대조군은 돌연변이가 없는 개체, 즉, 정상군을 의미한다.
본 발명의 방법은 상술한 돌연변이 검출 방법을 이용하므로, 이와 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 바이오마커를 특정 유형의 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 및 예후 예측용 마커로 이용하는 경우, 항암제 치료 반응성 또는 예후를 예측 가능하게 하며, 그에 따라 환자에 적합한 치료 방법을 적용하여 치료 효과를 극대화할 수 있다.
도 1은 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 약물 치료 반응성 및 예후와 연관된 선별된 바이오마커 유전자 5종의 조합에 따른 결과를 보여준다.
도 2는 IHC 분류를 이용한 PFS 분석 결과이다.
도 3은 본 발명에서 선별된 5종의 마커 조합을 이용한 PFS 분석 결과이다.
이하, 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실시예 1. 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 약물 치료 반응성 및 예후와 연관된 바이오마커 유전자의 선별
본 발명자들은, 조기 유방암 환자와는 상이한 치료 방법(반응성) 및 예후를 나타내는, HR+/HER2-[HR(hormone-receptor)-양성 및 HER2-음성]의 폐경 전 전이성 유방암 환자(metastatic breast cancer, MBC)에 대한 특정 약물치료 반응성 및 예후를 예측할 수 있는 바이오마커를 발굴하고자 하였다.
이에, 카페시타빈(capecitabine; Xeloda○R)으로 치료받은 환자들의 전장 유전체 분석(DNA/RNA)을 통해, 유방암 환자의 생존과 연관된 특정 유전자 변이(mutation), CNV(유전자 복제수 변이형)을 확인하였다. 또한, 상기 약물을 투여받은 환자들을 추적 관찰(Median follow-up=17.7개월)한 생존자료를 NGS 결과와 결합한 후 생존 분석을 통해 모델을 구축하였다.
상기 유방암 샘플을 채취한 대상 환자는 본 발명에 따른 연구의 목적으로 임상표본 조직의 사용을 동의하였고, 상기 유방암 샘플을 채취한 대상 환자들의 조직학 분류(Histologic classification) 및 종양기(tumor stage)는 병리학자에 의해 검토되었다.
보다 상세하게는 다음과 같다:
폐경 전 HR+/HER2- MBC 환자 141명 중 카페시타빈을 투여한 그룹(n=62)에 서, 종양 샘플을 분리하였으며, 상기 샘플에서 시퀀싱을 진행하였다. CancerSCANTM 타겟 패널 시퀀싱을 진행하여 375개의 암 관련 유전자 변이를 검출하였고, 전체 유전자 발현 패턴을 검출하기 위해 전사체 분석을 실시했다. 유전자 변이 및 유전자 발현을 이용하여 예후가 나쁜 환자와 좋은 환자를 대상으로 PFS에서 약물 반응과 관련된 게놈 상 차이를 조사하였다.
각 유전자 변이/CNV에 대해 univariate Cox proportional hazard model을 분석했고, log-rank Test로 도출된 p-value를 pvalue cutoff 0.05를 통계적으로 유의미한 차이의 기준으로 정의하여 pvalue<0.05인 30개의 바이오마커를 후보 마커로 선별하였다. 이를 바탕으로 multivariate cox proportional model 분석의 stepwise variable selection 과정을 거쳐 최종 5 개의 유전자, 즉 NF2(moesin-ezrin-radixin like (MERLIN) tumor suppressor), FAT3(FAT atypical cadherin 3), LRP1B(LDL receptor related protein 1B), PTEN(phosphatase and tensin homolog) 및 RAD50(RAD50 double strand break repair protein)를 바이오마커로 도출하였다. 이 중, Hippo pathway 유전자에 포함되는 NF2 및 FAT3 유전자의 경우, 돌연변이를 가진 개체의 수가 적고 Hippo pathway와 관련하여 동일한 기능을 수행하는 유전자군에 속하는바, 두 개의 유전자를 묶어 하나의 마커로 간주하여 생존 분석을 진행하였다. 즉, 'NF2+FAT3'로 기재한 것은 NF2 또는 FAT3 유전자 중 어느 하나에 돌연변이가 있는 경우를 포함하는 것이다.
상술한 유전자 돌연변이를 모두 통합한 multivariate cox proportional model 분석 결과를 도 1에 나타내었다.
도 1에 나타낸 바와 같이, HR+/HER2-[HR(hormone-receptor)-양성 및 HER2-음성]의 폐경 전 젊은 전이성 유방암 환자에서 FAT3+NF2 돌연변이 (35.5%), LRP1B 돌연변이(14.5%), PTEN 돌연변이(4.8%) 및 RAD50 돌연변이(12.9%)가 존재하는 경우, 예후가 나쁜 것으로 나타났다.
즉, HR+/HER2- 폐경 전 MBC 그룹에서 발견된, NF2 돌연변이, FAT3 돌연변이, LRP1B 돌연변이, PTEN 돌연변이 및 RAD50 돌연변이와 같은 유전자의 변형이 환자의 무진행 생존(PFS) 및 카페시타빈 내성과 유의한 관련이 있음을 알 수 있다.
또한, 본 분석에 이용된 환자 중 돌연변이를 가진 환자의 비율 및 정상인 중에서 해당 돌연변이를 가진 환자의 비율을 분석한 결과를 표 1에 나타내었으며, 본 분석에 이용된 환자가 보유하고 있는 돌연변이의 종류를 표 2에 나타내었다.
Gene YoungPEARL_Capecitabine X1000Genome
NF2 2% 0%
FAT3 34% 2%
LRP1B 15% 0%
PTEN 5% 0%
RAD50 13% 0%
표 1에서 1000Genome이란 정상 인구의 돌연변이 빈도를 분석한 데이터베이스를 활용한 것이며 (https://www.internationalgenome.org/), 정상인의 경우 본 발명에서 선별한 유전자에 대해 돌연변이가 없거나 매우 낮은 비율로만 보유한 것을 확인할 수 있다.
Figure pat00005
실시예 2. 선별된 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 약물 치료 반응성 및 예후 관련 바이오마커 유전자의 검증
본 발명자들은 상기 실시예 1에서 확인한 바와 같이 NF2 돌연변이, FAT3 돌연변이, LRP1B 돌연변이, PTEN 돌연변이 및 RAD50 돌연변이 5 종의 마커 조합이 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 예후 및/또는 카페시타빈에 대한 반응성 여부를 판단하는 데 중요한 지표로 적용할 수 있음을 입증하기 위해, 기존 IHC 모델을 이용하여 PFS 분석을 실시하였고, 예후 예측에 유의미한 결과를 가지는지 비교 분석을 수행하였다.
먼저, Cox 비례위험 분석을 사용해 임상정보 기반 예후 평가 모델보다 유의성을 가지는지 통계적 유의성을 확인하였다. IHC 분류를 이용한 임상정보, 개별 마커 및 실시예 1에서 선별한 5종의 마커 조합 각각에 대해 예측모델의 성능을 C-index 로 계산하여 비교하였다. 일반적으로 C-index가 0.7보다 크면 진단마커 성능평가 지표인 AUC가 0.7보다 큰 값에 상응하다고 판단하여, 예측모델의 성능이 우수하다고 판단할 수 있다. 그 결과를 표 3에 나타내었다.
Figure pat00006
표 3에 나타낸 바와 같이, C-index는 임상정보인 IHC type을 이용한 군에서는 0.514, 개별 마커는 0.537~0.584의 성능을 보여 예측모델의 성능이 우수하다고 말하기 어려웠으나, 본 발명에 따른 5종의 마커 조합을 이용한 군에서는 C-index값이 0.737로 확인되어 매우 우수한 성능을 가짐을 확인하였다.
또한, IHC 분류를 이용한 임상정보 및 실시예 1에서 선별한 5종의 마커 조합을 이용하여 PFS를 분석한 결과를 카플란 마이어 분석을 적용하여 도 2 및 도 3에 나타내었다.
도 2에 나타낸 바와 같이, IHC 분류를 이용할 경우 각 군에 따른 유의미한 PFS 차이를 확인할 수 없었으며, 이에 따른 예후 분석이 불가능함을 확인하였다.
그러나, 도 3에 나타낸 바와 같이, 5개 유전자 중 모두에 대해 돌연변이가 검출되지 않은 환자를 WT (정상군)으로 돌연변이 군과 비교 분석한 결과, 본 발명에 따른 마커 조합을 이용할 경우 돌연변이 군은 정상 군에 비해 위험도가 약 5배나 높고 median PFS가 12개월로 짧아 상대적으로 예후가 나쁜 것을 확인하였다.
따라서, 상기 분석 결과를 통하여, 본 발명에서 선별한 바이오마커 세트를 이용할 경우, 폐경 전 HR+/HER2- 전이성 유방암의 약물 치료 반응성 및 예후 예측이 가능함을 확인하였으며, 이를 통해 치료 방식의 선택을 최적화하고 치료 효과를 높일 수 있음을 확인하였다.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.

Claims (11)

  1. NF2(moesin-ezrin-radixin like (MERLIN) tumor suppressor), FAT3(FAT atypical cadherin 3), LRP1B(LDL receptor related protein 1B), PTEN(phosphatase and tensin homolog) 및 RAD50(RAD50 double strand break repair protein)으로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 돌연변이 여부를 측정하기 위한 제제를 포함하는, HR(hormone-receptor) 양성 및 HER2 음성(HR+/HER2-) 전이성 유방암(metastatic breast cancer, MBC)의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 상기 조성물은
    NH2 또는 FAT3 중 어느 하나 이상; 및 LRP1B, PTEN, 및 RAD50;을 포함하는 것을 특징으로 하는, HR(hormone-receptor) 양성 및 HER2 음성(HR+/HER2-) 전이성 유방암(metastatic breast cancer, MBC)의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  3. 제1항에 있어서,
    상기 돌연변이는 단일염기변이(Single nucleotide variation, SNV), 삽입/결실변이(Indel), 복제수 변이(Copy number variation, CNV), 결실(deletion) 및 역위(Inversion)로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 변이인 특징으로 하는,
    HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  4. 제1항에 있어서,
    상기 항암제는 카페시타빈(capecitabine) 또는 5-플루오로우라실(5-fluorouracil)인 것을 특징으로 하는,
    HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  5. 제1항에 있어서,
    상기 제제는 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머(primer), 프로브 (probe) 및 안티센스 (anti-sense) 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는,
    HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  6. 제1항에 있어서,
    상기 HR+/HER2- 전이성 유방암은 폐경전 발생한 것을 특징으로 하는,
    HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
  7. NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50으로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 돌연변이 여부를 측정하기 위한 제제를 포함하는, HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트.
  8. 다음 단계를 포함하는, 생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법:
    (a) 대상으로부터 분리된 생물학적 시료에서 NF2, FAT3, LRP1B, PTEN 및 RAD50로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 돌연변이 여부를 측정하는 단계; 및
    (b) 상기 시료 내 측정된 유전자의 돌연변이 여부를 대조군 시료와 비교하는 단계.
  9. 제8항에 있어서,
    (c) 상기 돌연변이가 존재하는 경우, 상기 대상은 항암제에 대한 반응성이 나쁜 것으로 판단하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는,
    생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
  10. 제8항에 있어서,
    (c-1) 상기 돌연변이 여부가 존재하는 경우, 상기 대상은 치료 예후가 나쁜 것으로 판단하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는,
    생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
  11. 제8항에 있어서,
    상기 생물학적 시료는 타액(saliva), 생검(biopsy), 혈액, 혈청, 혈장, 림프액, 뇌척수액, 복수, 피부 조직, 액체 배양물, 분변 및 소변으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는,
    생체외에서 HR+/HER2- 전이성 유방암의 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
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Clinical cancer research: an official journal of the American Association for Cancer Research 14(16):5158-5165.
Lancet Oncology, 2019 Dec;20(12):1750-1759.

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