KR20240041438A - 아포크린아형 삼중음성유방암의 진단 또는 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도 - Google Patents
아포크린아형 삼중음성유방암의 진단 또는 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 아포크린아형 삼중음성유방암의 진단 또는 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것으로, 본 발명의 바이오마커는 삼중음성유방암의 특정 유형인 아포크린 아형의 진단 또는 예후를 예측 가능하게 하며, 그에 따라 최근 개발되고 있는 치료 방법을 조기에 적용하여 치료 효과를 극대화할 수 있다.
Description
본 발명은 아포크린아형 삼중음성유방암의 진단 또는 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도에 관한 것이다.
아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)은 드문 유형의 삼중음성유방암(Triple Negative Breast Cancer, TNBC)으로, 병리조직학적으로 호산성이 풍부한 미세과립성 세포질을 가지고 분비선의 내강으로 세포질첨부가 나와있고 핵은 둥굴며 핵소체가 뚜렷한 양상을 보이는 것이 특징이며, 일반적으로 에스트로겐 수용체(ER), 프로게스테론 수용체(PgR) 및 인간 표피 성장 인자 수용체 2(HER2)의 발현이 없어 표준 내분비 또는 항 HER2 기반 전략에 반응하지 않는 것으로 알려져 있다.
그러나, 여러 연구에서 비교적 세포분화도 (histologic grade)가 좋고(low grade), 증식속도(Ki-67)가 비교적 낮아, 대부분의 비-아포크린 삼중 음성 종양과 비교할 때, 유의하게 그 예후가 좋은 것으로 보고되고 있음에도 불구하고, 이 유형을 진단 또는 예후를 예측하는 데 따른 명확하고 재현성 높은 기준이 존재하지 않아, 다른 삼중음성유방암과 동일하게 치료하고 있는 상태이다.
또한, 아포크린아형 삼중음성유방암에 대한 연구가 부족한 상태이며, 기존의 IHC subtype (ER/PR/HER2 status)만으로는 진단 및/또는 예후 예측이 정확하지 않으므로, 아포크린아형 삼중음성유방암 환자를 진단 및/또는 예후를 예측할 수 있는 바이오마커의 개발이 필요하다.
따라서, 치료 전에 이러한 환자를 진단하고 예후를 판별할 수 있다면, 개인별 맞춤의학을 실현하여, 표적 치료를 통해 환자의 생존률을 높일 뿐만 아니라, 불필요한 항암제 치료를 제외할 수 있어, 환자의 삶의 질의 향상에 기여할 것이다.
이러한 상황하에서, 본 발명자들은 삼중음성유방암(TNBC)의 특정 아형인 아포크린아형 삼중음성유방암(TNAC)을 진단 또는 이의 예후를 예측할 수 있는 신규한 바이오마커를 제공하고자 예의 연구 노력하였다. 그 결과, TNAC와 TNBC의 차이를 평가하기 위해 환자 중 Ki-67 수준이 일치하는 TNAC 시료와 TNBC 시료를 선별하고 상기 종양 조직으로부터 얻은 유전자 정보 및 임상정보를 수집, 분석하여 관련된 바이오마커를 발굴하였고, 이에 의해 아포크린아형 삼중음성유방암을 진단할 수 있을 뿐만 아니라, 그 환자의 예후를 예측할 수 있음을 규명함으로써, 본 발명을 완성하였다.
따라서, 본 발명의 일 목적은, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커를 제공하는 데 있다.
또한, 본 발명의 다른 목적은, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물을 제공하는 데 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 목적은, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공하는 데 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 목적은, 생체외에서 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 데 있다.
본 명세서에서 사용한 용어는 단지 설명을 목적으로 사용된 것으로, 한정하려는 의도로 해석되어서는 안된다. 단수의 표현은 문맥상 명백하게 다르게 뜻하지 않는 한, 복수의 표현을 포함한다. 본 명세서에서, "포함하다" 또는 "가지다" 등의 용어는 명세서 상에 기재된 특징, 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것이 존재함을 지정하려는 것이지, 하나 또는 그 이상의 다른 특징들이나 숫자, 단계, 동작, 구성요소, 부품 또는 이들을 조합한 것들의 존재 또는 부가 가능성을 미리 배제하지 않는 것으로 이해되어야 한다.
다르게 정의되지 않는 한, 기술적이거나 과학적인 용어를 포함해서 여기서 사용되는 모든 용어들은 실시예가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가지고 있다. 일반적으로 사용되는 사전에 정의되어 있는 것과 같은 용어들은 관련 기술의 문맥 상 가지는 의미와 일치하는 의미를 가지는 것으로 해석되어야 하며, 본 출원에서 명백하게 정의하지 않는 한, 이상적이거나 과도하게 형식적인 의미로 해석되지 않는다.
이하, 본 발명을 보다 상세하게 설명한다.
본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은, PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PANPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이; COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21; PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형; Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형; CTNNB1 유전자; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처; 를 포함하는 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PANPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하는 제제; 상기 COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하는 제제; 상기 PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하는 제제; 상기 Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하는 제제; 상기 CTNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제; 및 상기 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 제제; 를 포함하는, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물을 제공한다.
즉, 본 발명은 바이오마커로서 다수의 유전자, 분자 아형 시그니처 및 종양 미세환경 시그니처를 포함하는 마커 조합을 포함하는 것을 특징으로 하며, 진단 또는 예후 예측의 효과를 더욱 높이기 위하여 추가적으로 마커를 더 포함할 수 있다.
용어 "마커(marker)"는, 생물학적 현상의 존재와 정량적으로 또는 정성적으로 관련된 분자를 의미한다. 이러한 "마커"의 예에는, 상기 현상의 기본이 되는 기작에 직접적으로 또는 간접적으로 관련이 있는 유전자 또는 유전자 단편, RNA 또는 RNA 단편과 같은 폴리뉴클레오타이드; 또는 펩타이드, 올리고펩타이드, 단백질 또는 단백질 단편과 같은 폴리펩타이드를 포함하는 유전자 산물; 또는 상기 산물에 의한, 관련된 대사산물, 또는 항체 또는 항체 단편과 같은 기타의 동정 분자; 또는 종양 미세환경 시그니처가 있다.
보다 구체적으로, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는 TNAC에서 현저한 것으로 나타난 유전자의 체세포 변이를 포함한다.
본 발명의 마커에는 본원에 기술된 뉴클레오타이드 서열(예를 들면, GenBank 서열), 특히 전장 서열, 임의의 코딩 서열, 임의의 단편, 또는 이의 상보체, 및 상기 정의된 바와 같은 이의 임의의 측정가능한 마커가 포함된다.
본 발명의 바이오마커들은, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 공지의 데이터베이스에서 서열 정보를 알 수 있는 모든 유전자 또는 이의 단백질을 이용할 수 있다. 예를 들어, NCBI에 등록된 유전자 정보를 활용할 수 있으나, 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 상기 유전자의 mRNA 또는 상기 단백질과 일부 뉴클레오티드 서열 또는 아미노산 서열이 일치하지 않더라도, 생물학적으로 동등한 활성을 갖는 뉴클레오티드 서열 또는 아미노산 서열은 각 유전자의 mRNA 또는 단백질로 간주될 수 있다.
본 발명자들은, 대상에서의 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이; COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21; PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형; Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형; CTNNB1 유전자; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처의 판별이, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)의 진단 또는 예후에 유의한 영향을 미친다는 것을 최초로 발견하였다.
이에, 본 발명은, 상술한 인자들을 본 발명의 마커로서 이용하여, 삼중음성유방암과 상이한 양상을 나타내는, 아포크린아형 삼중음성유방암을 진단하고 이의 예후를 효과적으로 예측할 수 있다는 데 특징이 있다.
즉, 본 발명의 상술한 인자들은 삼중 음성 유방암과 아포크린아형 삼중음성유방암을 구별하여 진단할 수 있으며, 아포크린아형 삼중음성유방암은 삼중 음성 유방암과 비교하여 좋은 예후를 나타내므로, 환자의 예후에 대한 정보를 제공할 수 있다.
이러한 유의성 있는 마커의 선택과 적용은 결과의 신뢰도를 결정할 수 있다. 유의성 있는 마커란 판단하여 얻은 결과가 정확하여 타당도(validity)가 높고, 반복 측정 시에도 일관된 결과를 나타내도록 신뢰도(reliability)가 높은 마커를 의미할 수 있다.
예컨대, 본 발명의 일 구현예에 따르면, 상기 진단 및 예후 예측 마커로서, PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이; COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21; PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형; Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형; CTNNB1 유전자; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처의 판별을 마커로 이용할 경우, 이는 TNAC에서만 검출이 되고, 대조군인 Ki-67이 낮은 수준으로 발현되는 LK-TNBC(low ki-67 TNBC)에서는 함께 검출될 확률이 거의 없는 신뢰도가 높은 마커이다. 따라서, 상기 본 발명의 바이오마커의 존재(또는 발현 수준) 여부를 검출하여 얻은 결과를 토대로 판단된 결과는 타당하게 신뢰할 수 있다.
본 명세서에서 용어 "예후 예측"은 질환의 경과 및 결과를 미리 예측하는 행위를 의미한다. 보다 구체적으로, 예후 예측이란 질환의 치료 후 경과가 환자의 생리적 또는 환경적 상태에 따라 달라질 수 있는데, 이러한 환자의 상태를 종합적으로 고려하여 치료 후 병의 경과를 예측하는 모든 행위를 의미하는 것으로 해석될 수 있다.
상기 "예후"는, 병세의 진행, 회복에 관한 예측을 의미하는 것으로, 전망 내지는 예비적 평가를 말한다. 본 발명의 목적상, 예후란 암 치료 후 해당 개체에서 치료 성공 여부, 생존, 재발, 전이, 약물반응성, 내성 등과 같은 여부를 판단하는 것을 의미한다. 즉, 의학적 귀추(예컨대, 장기 생존 가능성, 무진행생존 가능성, 무병생존율 등)에 대한 예상을 의미하며, 양성적 예후(긍정적 예후) 또는 음성적 예후(부정적 예후)를 포함하며, 상기 음성적 예후는 재발, 약 저항성 등의 병의 진행 또는 치명성(mortality)을 포함하고, 양성적 예후는 질병이 없는 상태 등의 질병의 차도, 질병의 개선 또는 안정화(stabilization)를 포함한다.
따라서, 본 발명에 있어서, 예후 예측은 "무진행생존(PFS, Progression-free survival)"을 예측하는 행위로 해석될 수 있다. 상기 무진행생존이란 질병을 치료 중이거나 치료 후, 암의 재발 없이 상태를 유지하는 것을 의미한다. 예를 들어, "예후가 좋다"라고 예측하는 것은 환자의 무진행생존이 높은 수준을 나타내어, 환자가 재발없이 상태를 유지하는 것을 의미하고, "예후가 나쁘다"라고 예측하는 것은 환자의 무진행 생존이 낮은 수준을 나타내어, 암이 재발하는 것을 의미한다.
본 발명의 목적상, 생물학적 시료에서 본 발명의 바이오마커인 유전자 변이의 존재 또는 부재(또는 발현 수준)를 확인하고, 분자 아형 및 종양 미세환경 시그니처를 판별함으로써 진단 및 예후를 예측하는 것을 의미한다.
본 명세서에서 용어 "체세포 변이 검출"은 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자에 존재하는 체세포 변이의 존재 여부 또는 상기 유전자가 발현된 수준, 즉, 상기 유전자에 의해 코딩되는 변이 단백질의 발현을 확인함으로써 알 수 있다.
상기 변이를 검출할 수 있는 제제는 변이된 유전자 부위를 증폭하여 검출하는데 필요한 제제를 의미하며, 해당 기술분야의 통상의 기술자 수준에서 유전자 증폭에 사용될 수 있는 제제들을 모두 포함하는 개념이다.
예를 들어, 상기 변이의 검출을 위해 중합효소연쇄반응(PCR)에 필요한 제제를 의미할 수 있으며, 상기 PCR은 정량적 PCR(quantitative PCR, qPCR), 실시간 PCR(real-time PCR), 역전사 PCR(Reverse Transcription PCR, RT-PCR), 고체상 PCR(Solid Phase PCR), 경쟁적 PCR(Competitive PCR), 오버랩 PCR(Overlap-extension PCR), 멀티플렉스 PCR(Multiplex PCR), 네스티드 PCR(Nested PCR), 역 PCR(Inverse PCR), 라이게이션-연관 PCR(Ligation-mediated PCR), ISSR(Intersequence-specific PCR), 메틸화-특이 PCR(Methylation-specific PCR, MSP), 콜로니 PCR(colony PCR), 미니프라이머 PCR(Miniprimer PCR), 나노 PCR(Nanoparticle-Assisted PCR, nanoPCR), TAIL-PCR(Thermal asymmetric interlaced PCR), 터치다운 PCR(Touchdown(Step-down) PCR), 핫 스타트 PCR(Hot start PCR), 인-실리코 PCR(In silico PCR), 대립유전자 특이 PCR(allele-specific PCR), 어셈블리 PCR(Assembly PCR), 비대칭 PCR(asymmetric PCR), 다이알-아웃 PCR(Dial-out PCR), 디지털 PCR(Digital PCR, dPCR) 또는 헬리카제-의존형 증폭 기술(helicasedependent amplification)을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 또한, 상기 변이의 검출은 당업계에 알려진 시퀀싱 방법(예를 들어, NGS(next generation sequencing))을 활용할 수 있으며, 이에 제한되지 않는다.
또한, 상기 제제는 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 유전자(변이) 또는 이의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머(primer), 프로브 (probe) 및 안티센스 (anti-sense) 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상일 수 있으나, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 이에 한정되는 것은 아니다.
또한, 상기 제제는 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 단백질(변이)에 특이적으로 결합하는 올리고펩타이드, 모노클로날 항체, 폴리클로날 항체, 키메릭(chimeric) 항체, 리간드, PNA(Peptide nucleic acid) 및 앱타머(aptamer)로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상일 수 있으나, 본 발명의 목적을 달성할 수 있는 한, 이에 한정되는 것은 아니다.
본 발명에서 상기 변이 여부 측정은, "PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 변이 검출"을 포함하며, 이는 TNAC를 진단 및 예후를 예측하기 위하여 생물학적 시료에서 본 발명의 마커 유전자에 존재하는 체세포 변이의 존재 여부를 확인하는 것으로, 바람직하게는 염기서열분석 (sequencing)을 통해 이루어질 수 있다.
만약, 상기 체세포 변이에 의해 mRNA에 변화가 생긴다면 mRNA의 양을 측정함으로써 변이의 존재 유무를 알 수 있다. 이를 위한 분석 방법으로는 RT-PCR, 경쟁적 RT-PCR(Competitive RT-PCR), 실시간 RT-PCR (Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블럿팅 (Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.
또한, 상기 변이에 의해 발현되는 단백질 구조 또는 발현에 변화가 생긴다면, 변이 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인함으로써 변이 여부를 측정할 수 있고, 이는 상기 유전자의 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 단백질의 양을 확인하는 것이 바람직하다. 이를 위한 분석 방법으로는 웨스턴 블럿, ELISA (enzyme linked immunosorbent asay), 방사선면역분석 (RIA: Radioimmunoassay), 방사면역확산법 (radioimmunodiffusion), 오우크테로니 (Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation assay), 보체고정분석법 (Complement Fixation Assay), FACS, 단백질 칩 (protein chip) 등이 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명에서 용어, "프라이머 (primer)"는 짧은 자유 3말단 수산화기 (free 3'-hydroxyl group)를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트 (template)와 염기쌍 (base pair)을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재 하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 본 발명에서는 변이 폴리뉴클레오티드의 센스 및 안티센스 프라이머를 이용하여 PCR 증폭을 실시하여 원하는 생성물의 생성 여부를 통해 TNAC 진단 및/또는 예후를 예측할 수 있다. PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 하여 적절하게 변형할 수 있다.
본 발명에서 용어, "프로브 (probe)" 란 DNA 또는 mRNA와 특이적 결합을 이룰 수 있는, 짧게는 수 염기 내지 길게는 수백 염기에 해당하는 RNA 또는 DNA 등의 핵산 단편을 의미하며, 라벨링 (labeling) 되어 있어 특정 DNA 또는 mRNA의 존재 유무를 확인할 수 있다. 프로브는 올리고 뉴클레오타이드 (oligonucleotide) 프로브, 단일 사슬 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중 사슬 DNA(double stranded DNA) 프로브, RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.
본 발명에서는, 본 발명의 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559의 체세포 변이의 폴리뉴클레오티드와 상보적인 프로브를 이용하여 혼성화를 실시하여, 혼성화 여부를 통해 진단 또는 예후를 예측할 수 있다. 적당한 프로브의 선택 및 혼성화 조건은 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체 (예: 메틸 포스포네이트, 포스소트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체 (예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
상기 프라이머 또는 프로브는 8개 또는 그 이상의 뉴클레오티드를 포함하는 것이 바람직하며, 하이브리드화 방법은 본 발명의 변이 폴리뉴클레오티드에 상기 프라이머 또는 프로브를 노출 또는 접촉시킴으로써 달성될 수 있다. 바람직하게 이들 서열은, 비특이적 결합을 최소화 하도록 적절히 조절된 조건에서 혼성화되며, 예를 들면 약 80% 내지 90%의 동일한 서열의 검출을 위한 적절한 조건은, 0.25M Na2HPO4, pH 7.2, 6.5% SDS, 10% 덱스트란 설페이트 내, 42℃에서 밤새 (overnight) 혼성화시키고, 0.1% SSC, 0.1% SDS 내, 55℃에서 최종 세척하는 것을 포함한다. 또한 약 90% 이상의 동일한 서열의 검출을 위한 적절한 조건은 0.25M Na2HPO4, pH 7.2, 6.5% SDS, 10% 덱스트란 설페이트 내, 65℃에서 밤새 혼성화시키고, 0.1% SSC, 0.1% SDS 내, 60℃에서 최종 세척하는 것을 포함할 수 있다.
본 발명에서 용어, "항체"란 당해 분야에서 공지된 용어로서 항원성 부위에 대해 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 본 발명의 마커인 폴리펩티드에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 이러한 항체는, 각 유전자를 통상적인 방법에 따라 발현벡터에 클로닝하여 상기 마커 유전자에 의해 코딩되는 단백질을 얻고, 얻어진 단백질로부터 통상적인 방법에 의해 제조될 수 있다. 여기에는 상기 단백질에서 만들어질 수 있는 부분 펩티드도 포함되며, 본 발명의 부분 펩티드로는, 최소한 7개의 아미노산, 바람직하게는 9개 아미노산, 더욱 바람직하게는 12개 이상의 아미노산을 포함한다. 본 발명의 항체의 형태는 특별히 제한되지 않으며 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함된다. 이러한 본 발명의 변이 단백질에 대한 항체는 당업계의 공지된 방법으로 제조될 수 있는 모든 항체를 포함한다.
본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측 마커의 검출에 사용되는 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.
본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 본 발명의 마커 유전자의 체세포 변이는 단일염기변이(Single nucleotide variation, SNV), 삽입/결실변이(Indel), 복제수 변이(Copy number variation, CNV), 결실(deletion) 및 역위(Inversion)로 이루어진 군에서 선택되는 하나 이상의 변이인 것일 수 있다.
본 명세서에서 용어 "단일염기변이(Single Nucleotide Variation, SNV)"는 단일염기서열다형성(Single Nucleotide Polymorphism)이 하나의 종내 다수의 집단에서 나타나는 단일염기의 차이를 말하는 것에 비해, 하나의 서열 또는 종내 소수의 집단에서 나타나는 단일염기의 차이를 의미하고, 주로 시퀀싱 데이터에서 나타나는 표준염기서열과의 차이를 의미한다.
본 명세서에서 용어 "삽입/결실변이(Indel)"는 유전자의 핵산 개수를 변화시킬 수 있는 삽입 또는 결실 변이를 의미한다.
본 명세서에서 용어 "복제수 변이(copy number variation, CNV)"는 유전자의 복제수가 증가하거나 감소한 상태를 의미한다.
상기 유전자의 변이는 임의의 하나 이상의 변이를 포함할 수 있고, 예를 들면, 상기 기재된 변이뿐만 아니라, 절단형(truncating) 변이, 미스센스(missense) 변이(또는 과오 변이), 넌센스(nonsense) 변이, 프레임 시프트(frame shift) 변이, 인프레임(in-frame) 변이(또는 해독틀내 변이), 스플라이스 변이 및 스플라이스 사이트(splice_region) 변이로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 변이를 가질 수 있다. 상기 프레임 시프트 변이는 프레임 시프트 삽입(frame shift insertion, FS ins)변이 및 프레임 시프트 결실 변이(frame shift deletion, FS del) 중 적어도 하나일 수 있다. 상기 인-프레임 변이는 인-프레임 삽입(in-frame insertion, IF ins) 변이 및 인-프레임 결실(in-frame deletion, IF del) 변이 중 적어도 하나일 수 있다.
또한, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는, COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해, TNAC에서 현저한 것으로 입증된 것으로서, COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21를 포함한다. 상기 COSMIC SBS 5 및 21은 당업계에 공지된 COSMIC(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer)(www.sanger.ac.uk/genetics/CGP/cosmic/) 암 데이터 베이스에서 찾을 수 있다.
또한, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는, PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 TNAC에서 현저한 것으로 입증된 것으로서, PAM50 아형 중 내강 (Luminal) 형을 포함한다. 본 발명에 있어서, 상기 내강형 (luminal type)은 루미날 A (Luminal A) 또는 루미날 B (Luminal B)일 수 있으며, Her2 양성 (Her2-enriched), 기저양 (Basal-like) 및 정상유방 (Normal-like)형을 포함하는 비-내강형(non-luminal)과 구분되는 것을 의미한다. 상기 내강형의 판별은 PAM50 아형을 이용할 수 있으나, 이에 제한되지 않고 당업계에 알려진 방식을 모두 이용할 수 있다.
또한, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는, Lehmann 아형 분석에 의해 TNAC에서 현저한 것으로 입증된 것으로서, Lehmann 아형 중 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 포함한다. 상기 LAR 형의 판별은 Lehmann 아형 분석(Lehmann TNBC 아형 분류)을 이용할 수 있으나, 이에 제한되지 않고 당업계에 알려진 방식을 모두 이용할 수 있다.
또한, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는, TNAC에서 유의하게 저발현된 것으로 확인된 CTNNB1 유전자를 포함한다.
또한, 본 발명의 TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커는, TNAC에서 현저한 것으로 나타난, 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 포함한다.
상기 TME 시그니처는 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하며, TNAC의 상태를 정확하게 결정하기 위한 유용한 TME 시그니처(signature)를 제공할 수 있다.
또한, 본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하는 제제; COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하는 제제; PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하는 제제; Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하는 제제; CTNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 제제;를 포함하는, 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 키트를 제공한다.
상기 키트는 RT-PCR 키트, 마이크로어레이 칩 키트, 단백질 칩 키트, 또는 NGS 키트일 수 있다.
본 발명의 키트는 본 발명의 바이오마커에 존재하는 변이 여부를 확인하거나, 폴리펩티드 또는 이를 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 발현 수준을 확인하거나 또는 분자 시그니처의 발현 수준을 확인함으로써 마커를 검출할 수 있다. 본 발명의 키트는 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측 마커의 발현을 측정하기 위한 프라이머, 프로브 또는 선택적으로 마커를 인지하는 항체 또는 항원 결합능을 유지하는 이의 단편뿐만 아니라, 상기 폴리펩티드 또는 폴리뉴클레오티드 분석 방법에 적합한 하나 또는 그 이상의 다른 구성 성분 조성물 또는 장치가 포함될 수 있다.
예를 들면, 본 발명의 폴리뉴클레오티드 또는 유전자 변이 검출을 위한 항암제 치료 반응성 또는 예후 예측용 키트는 변이 폴리펩티드를 코딩하는 폴리뉴클레오티드에 특이적으로 결합하는 1 종 이상의 올리고 뉴클레오티드를 포함할 수 있는데, 변이의 뉴클레오티드 또는 일부 서열에 대응하는 프라이머, 역전사 효소, Taq 폴리머레이즈, PCR용 프라이머 및 dNTP를 포함할 수 있으며, 폴리뉴클레오티드 발현 수준을 측정하기 위해 상기 "mRNA 발현 수준 측정"과 관련하여 기술된 분석 방법을 이용한 키트를 이용할 수 있다.
또한, 본 발명의 키트는 변이 단백질의 존재를 검출하는 TNAC 진단 또는 예후 예측용 키트이고, 본 발명의 변이 단백질에 특이적으로 결합하는 항체를 포함할 수 있다. 또한 단백질 수준을 측정하는 키트는 "단백질 발현 수준 측정"을 위해 사용되는 상기 기술된 방법을 이용한 키트를 제한 없이 사용할 수 있으며, 바람직하게는 ELISA 키트 또는 단백질칩 키트일 수 있다.
항체를 이용한 단백질 발현 여부 측정은 변이 단백질 및 그의 항체 간의 항원-항체 복합체를 형성함으로써 측정되며, 다양한 방법에 의해 상기 복합체의 형성량을 측정함으로써 정량적으로 검출할 수 있게 된다.
본 발명에서 용어 항원-항체 복합체란 마커 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성량은 검출 라벨 (detection label)의 시그널의 크기를 통해서 정량적인 측정이 가능하다.
또한, 본 발명의 키트는 마커 성분에 특이적으로 결합하는 항체, 기질과의 반응에 의해서 발색하는 표지체가 접합된 2차 항체 접합체(conjugate), 상기 표지체와 발색 반응할 발색 기질 용액, 세척액 및 효소반응 정지용액 등을 포함할 수 있으며, 사용되는 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.
또한, 본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 다음 단계를 포함하는, 생체외에서 TNAC의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법을 제공한다:
(a) 대상으로부터 분리된 생물학적 시료에서, PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하고; COSMIC 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하고; PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하고; Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하고; TNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하고; 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 단계; 및
(b) 상기 결과를 대조군 시료와 비교 및 분석하는 단계.
본 명세서에서 용어 "대상"은 TNAC의 발병 여부를 확인 또는 예측하고자 하는 개체를 의미한다. 상기 개체는 척추동물일 수 있고, 구체적으로 포유류, 양서류, 파충류, 조류 등일 수 있으며, 보다 구체적으로 포유동물, 예를 들면, 인간(Homo sapiens)일 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 용어 "생물학적 시료"란 본 발명의 마커 유전자 또는 단백질의 발현이 검출될 수 있는 대상 개체로부터 얻어지는 모든 시료를 의미한다.
바람직하게는, 상기 생물학적 시료는 유방조직, 전혈, 림프액, 혈청, 소변, 혈장, 순환하는 암세포 및 유두삼출물(nipple aspirate)으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상일 수 있으며, 특별히 이에 제한되지 않고, 본 발명의 기술분야에서 통상적으로 사용되는 방법으로 처리하여 준비될 수 있다.
본 발명의 방법은, 대조군에서의 변이 여부 및 분자 아형 여부를 대상 개체와 비교함으로써 실제 TNAC의 의심 개체를 진단 또는 예후를 판단할 수 있다.
본 발명에서 본 방법은, 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이가 존재하고; COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21로 판별되며; PAM50 아형 중 내강 (Luminal) 형으로 판별되며; Lehmann 아형 중 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형으로 판별되고; CTNNB1 유전자의 발현 수준이 낮고; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처가 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하는 것으로 판별될 경우, 상기 대상은 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)으로 분류(진단)하는 (c) 단계를 추가적으로 포함할 수 있다.
또한, 본 방법은, 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이가 존재하고; COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21로 판별되며; PAM50 아형 중 내강 (Luminal) 형으로 판별되며; Lehmann 아형 중 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형으로 판별되고; CTNNB1 유전자의 발현 수준이 낮고; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처가 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하는 것으로 판별될 경우, 상기 대상은 치료 예후가 좋을 것으로 분류(예측)하는 (c-1) 단계를 추가적으로 포함할 수 있다.
상기 대조군은 Ki-6이 낮은 수준으로 발현되는 삼중음성유방암(Triple Negative Breast Cancer, TNBC)인 LK-TNBC(low ki-67 TNBC)을 의미한다.
본 발명의 방법은 상술한 바이오마커를 이용하므로, 이와 중복된 내용은 본 명세서의 과도한 복잡성을 피하기 위하여 그 기재를 생략한다.
본 발명의 바이오마커는 삼중음성유방암의 특정 유형인 아포크린 아형의 진단 또는 예후를 예측 가능하게 하며, 그에 따라 최근 개발되고 있는 치료 방법을 조기에 적용하여 치료 효과를 극대화할 수 있다.
도 1a 및 1b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 체세포 변이(Somatic point mutation)를 보여준다.
도 2a 및 2b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 변이 시그니처(Mutational signature)를 보여준다.
도 3a 내지 3d는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 고유 아형(Intrinsic subtype)을 보여준다.
도 4a 및 4b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 TNBC 아형을 보여준다.
도 5a 및 5b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 차등 발현되는 것으로 나타난 유전자들을 보여준다.
도 6a 및 6b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 TNAC의 종양 미세 환경 시그니처를 보여준다.
도 7a 및 7b는 본 발명의 마커를 이용하여 진단한 TNAC 및 이의 예후 결과를 보여준다.
도 2a 및 2b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 변이 시그니처(Mutational signature)를 보여준다.
도 3a 내지 3d는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 고유 아형(Intrinsic subtype)을 보여준다.
도 4a 및 4b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 TNBC 아형을 보여준다.
도 5a 및 5b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 차등 발현되는 것으로 나타난 유전자들을 보여준다.
도 6a 및 6b는 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 현저한 것으로 나타난 TNAC의 종양 미세 환경 시그니처를 보여준다.
도 7a 및 7b는 본 발명의 마커를 이용하여 진단한 TNAC 및 이의 예후 결과를 보여준다.
이하, 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로서, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 본 발명이 속하는 기술분야에서 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 자명할 것이다.
실험 방법
환자
본 발명자들은 서울 삼성서울병원 기관심사위원회의 승인을 받아(IRB No: 2020-05-159), 삼성서울병원에서 근치적 수술을 받은 73명의 아포크린아형(아포크린 암종) 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 환자들로부터 종양 샘플을 채취하였다. 또한, TNAC와 TNBC(삼중음성유방암, Triple Negative Breast Cancer)의 차이를 평가하기 위해 근치적 수술을 받은 환자에서 32개의 TNBC와 일치하는 Ki-67 수준을 선정하였다. BC의 아포크린 유형과 삼중음성을 확인하기 위해 샘플을 채취한 대상 환자들의 조직학 분류(Histologic classification) 및 종양기(tumor stage)는 병리학자에 의해 독립적으로 검토되었다.
유전자 분석 플랫폼
본 발명자들은 상기 샘플의 전체 엑솜 시퀀싱 및 전체 전사체 시퀀싱을 실시하여 변이(mutation), 변이 시그니처(mutational signature), 체세포 복제수 변경(somatic copy number alteration), 전령 RNA(mRNA) 발현을 이용한 아형분류, 세포 유형 추정, DEG(differentially expressed gene) 분석 및 유전자 융합을 결정하였다.
통계 분석
본 발명자들은 Fisher's exact test를 사용하여 TNAC와 이의 대조군으로서 Ki-67의 낮은 수준이 일치하는 TNBC(low ki-67 TNBC, LK-TNBC) 간의 차이를 평가하였다. 무병생존기간(DFS)은 1차 치료 후 질병의 징후나 증상이 없는 생존 기간으로 정의되었다. 전체 생존(OS)은 근치적 수술과 사망 사이의 기간으로 정의되었다. DFS 및 OS는 Kaplan-Meier 방법을 사용하여 분석되었다. Cox 비례 위험 회귀를 사용하여 위험 비율과 95% 신뢰 구간(CI)을 추정하였다.
실시예 1. 아포크린아형 삼중음성유방암 바이오마커의 선별
본 발명자들은, 삼중음성유방암 환자와는 상이한 예후를 나타내는, 아포크린아형(아포크린 암종) 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 환자와 구별하여 진단 또는 예후를 예측할 수 있는 바이오마커를 발굴하기 위해, 하기와 같은 유전체 및 임상적 분석을 실시하였고, 대조군으로서 Ki-67의 낮은 수준이 일치하는 TNBC(low ki-67 TNBC, LK-TNBC)를 이용하여, 아포크린 암종의 임상적 특성과 유전체 상관 관계 분석을 통해, 아포크린 암종에 대한 임상적 정보, 예후에 대한 정보를 제공할 수 있는 바이오마커를 제공하였다.
1-1. TNAC와 LK-TNBC 간의 기준 특성 확인
표 1에 나타낸 바와 같이, TNAC와 LK-TNBC의 기준선 임상 및 병리학적 특성을 구분하였을 때, TNAC와 LK-TNBC 간에는 진단 시 병기만이 달랐고(p=0.038), 핵 등급, 조직학적 등급, Ki-67 및 (신)보조 치료 상태를 포함한 다른 특성에서는 유의한 차이가 관찰되지 않았다.
| Baseline characteristics | Triple negative apocrine carcinoma (N=73) | Triple negative breast cancer (N=32) | p-value |
| Age | 0.178 | ||
| Median (range) | 56.7 (28.0, 82.5) | 52.9 (30.7, 78.8) | |
| Sex | NA | ||
| Female | 73 (100%) | 32 (100%) | |
| Initial stage | 0.038 | ||
| Stage I | 30 (41.1%) | 5 (15.6%) | |
| Stage IIA | 27 (37.0%) | 14 (43.8%) | |
| Stage IIB | 10 (13.7%) | 7 (21.9%) | |
| Stage IIIA-B | 2 (2.7%) | 4 (12.5%) | |
| Stage IIIC | 4 (5.5%) | 2 (6.3%) | |
| Histologic grade | 0.683 | ||
| I | 7 (9.6%) | 3 (9.4%) | |
| II | 49 (67.1%) | 19 (9.4%) | |
| III | 17 (23.3%) | 10 (23.3%) | |
| Nuclear grade | 0.353 | ||
| I | 2 (2.7%) | 0 (0.0%) | |
| II | 33 (45.2%) | 19 (59.4%) | |
| III | 38 (52.1%) | 13 (40.6%) | |
| Ki-67 | 0.077 | ||
| ≤15 | 51 (69.9%) | 16 (50.0%) | |
| > 15 | 22 (30.1%) | 16 (50.0%) | |
| Chemotherapy | 0.622 | ||
| Neoadjuvant | 10 (13.7%) | 2 (6.3%) | |
| Adjuvant | 51 (69.9%) | 25 (78.1%) | |
| No | 12 (16.4%) | 5 (15.6%) | |
| Radiotherapy | 0.333 | ||
| Yes | 57 (78.1%) | 22 (68.8%) | |
| No | 16 (21.9%) | 10 (31.3%) |
1-2. LK-TNBC 대비 TNAC에서의 체세포 변이(Somatic point mutation), 변이 시그니처(Mutational signature) 및 체세포 복제 수 변경 확인
본 발명자들은 TNAC에서의 비동의성(nonsynonymous) 체세포 점 변이(Somatic point mutation)를 규명하기 위하여, TNAC 및 LK-TNBC WES 데이터에서 각각 18,747 및 2,097개의 비동의성(nonsynonymous) 체세포 점 변이(Somatic point mutation)를 확인하였다. 체세포 점 변이는 FFPE 샘플 필터링 프로세스를 사용하여 검출되었다.
그 결과, 도 1a에 나타낸 바와 같이, 대조군인 LK-TNBC와 비교하여, TNAC에서 변이가 일어난 유전자들을 확인하였다.
흥미롭게도, 알려진 LK-TNBC 및 TCGA-TNBC 데이터 세트를 이용한 이전 연구 결과와 달리, 본 코호트에서의 TP53 변이의 발생률은 TNAC에서 더 낮았다. 또한, PIK3CA 변이는 상술한 TNAC 및 TCGA-TNBC 데이터 세트에서보다 LK-TNBC 및 TCGA-내강(Luminal) A 아형에서 더 빈번하게 관찰되었다. 또한, TNAC 환자 중 한 명에게서 확인된 PIK3R1 p.M326I 변이는 내강 유형, 특히, 내강 A 아형에서 우세한 것으로 알려져 있다(도 1b).
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서, PIK3R1(phosphoinositide-3-Kinase Regulatory Subunit 1; Gene ID:18708), ZNF717(Zinc Finger Protein 717; Gene ID:100131827), EEF2KMT (Eukaryotic elongation factor 2 lysine methyltransferase; Gene ID:196483), KRT38 (Keratin38 ; Gene ID:8687), PABPC3 (Poly(A) Binding Protein Cytoplasmic 3; Gene ID:5042), WDR92 (WD-repeated domain 92; Gene ID:39997) 및 ZNF559 (Zinc Finger Protein 559; Gene ID:84527)를 선별하였다.
또한, 본 발명자들은, TNAC에서의 변이 시그니처(Mutational signature) 규명하기 위하여, COSMIC(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 데이터베이스에 기재된 다양한 단일 염기 치환(Single Base Substitution Signature, SBS) 시그니처를 기반으로 deconstructSigs 알고리즘을 사용하여, TNAC 및 LK-TNBC 샘플 각각에 대해 30개의 서로 다른 SBS 시그니처 비율을 계산하였다.
그 결과, 총 28개의 변이 시그니처를 확인했으며 SBS1은 거의 모든 BC 샘플에서 관찰되었다(도 2a). 구체적으로, 결함 DNA 불일치 복구(MMR) 관련 시그니처(SBS6 및 SBS21) 및 SBS5 시그니처는 LK-TNBC에 비해 TNAC에서 더 풍부하였다. 또한, MMR 관련 유전자는 통계적 유의성 없이 LK-TNBC(1/27, 3.70%)보다 TNAC(8/56, 14.29%)에서 변이가 더 자주 발생했다(Fisher's exact test, P=0.2595). 그러나, APOBEC 활성 관련 변이 시그니처(SBS13)는 LK-TNBC(Student's t-test, p<0.05)에서 더 두드러졌다(도 2b).
또한, 본 발명자들은 TMB(tumor mutational burden)가 높은 TNAC 8개 및 LK-TNBC 샘플 7개를 발견하였다(Mb당 >10 변이)(도 2a). 고-TMB TNAC 샘플은 고-TMB LK-TNBC(평균값: 17.85)보다 TMB(평균값: 368.72)가 20배 이상 높았다. 이전에, APOBEC 활성(SBS2 및 SBS13) 및 불일치 복구 관련 변이 프로세스(SBS3, SBS6, SBS10, SBS15 및 SBS20)가 고-TMB BC 샘플에서 가장 흔한 것으로 보고된 바 있다. 본 TNAC 코호트에서 SBS20은 과변이가 되지 않은 샘플에 비해 과변이된 샘플이 상당히 풍부했다(Student's t-test, p<0.05)(도 2b).
흥미롭게도, 모든 MMR 유전자 변이는 8개의 과변이된 TNAC 샘플에서만 확인되었다.
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서, COSMIC 변이 시그니처(Mutation signature) SBS5 및 SBS21를 선별하였다.
또한, 본 발명자들은 TNAC에서의 체세포 복제 수 변경(Somatic copy number alterations)을 규명하고자 하였다.
전반적으로, TNAC의 체세포 복제 수 변경(Somatic copy number alterations, SCNA)은 LK-TNBC의 것과 비교하여 전체 염색체에서 완만하였다. 그러나, TNAC는 GISTIC16 분석에 기초하여 0.05 미만의 q-값의 LK-TNBC보다 7p 및 8q의 증폭 및 6q, 9p, 18의 결실이 유의하게 더 빈번하였다(표 2).
유의한 이득 및 손실의 모든 TNAC-특이 광범위한 이벤트는 TCGA BRCA 데이터세트의 내강 A 아형에서 자주 관찰되었다. 또한, 6q는 Burstein TNBC 아형 중 내강 안드로겐 수용체(luminal androgen receptor, LAR) 아형에서 빈번하게 결실되는 것으로 보고되었다.
국소 SCNA의 경우, 본 발명자들은 1q44, 9p21.3, 14q32.33 및 17p12에서 4개의 중요한 TNAC-특이 국소 결실 및 5q35.3에서 하나의 국소 증폭을 확인하였다(q-값<0.05, 표 2). 특히, CDKN2A에 걸쳐 있는 9p21.3 국소 결실 및 MAP2K4와 겹치는 17p12 결실은 TCGA 유방암 코호트의 내강 A 아형과 관련이 있는 것으로 알려져 있다. 또한, CDKN2A 9p21 결실은 Burstein LAR 아형 및 FUSCC LAR 아형 환자에서 빈번한 것으로 보고되었다.
| TNAC-specific SCNAs | |||
| Broad SCNA in arm level | |||
| Broad SCNA | Frequency score | q-value | TCGA (Koboldt, D. C. F. R., et al. Nature, 2012.) |
| 6q del | 0.09 | 2.48E-02 | LumA, LumB |
| 7p amp | 0.11 | 6.80E-03 | LumA, Basal |
| 8q amp | 0.18 | 5.97E-10 | LumA, LumB, HER2-E, Basal |
| 9p del | 0.12 | 2.81E-03 | LumA, LumB, HER2-E |
| 18p del | 0.11 | 2.87E-02 | LumA, HER2-E |
| 18q del | 0.11 | 1.96E-02 | LumA, HER2-E |
| Focal SCNA matched with CGC genes | |||
| Focal SCNA | q-value | Genes matched with CGC | |
| 5q35.3 amp | 2.61E-03 | FLT4, FGFR4, NSD1 | |
| 1q44 del | 3.33E-05 | AKT3 | |
| 9p21.3 del | 2.19E-04 | CDKN2A | |
| 14q32.33 del | 4.55E-14 | AKT1, HSP90AA1, TSHR, TCL1A, TRIP11, GOLGA5, DICER1, BCL11B | |
| 17p12 del | 2.71E+02 | MAP2K4, GAS7 | |
1-3. TNAC에서의 고유 아형(Intrinsic subtype), TNBC 아형
본 발명자들은 분자로 정의된 아형(즉, PAM50)으로 TNAC에서의 고유 아형(Intrinsic subtype)을 규명하고자 PAM50 분류를 이용하였다.
PAM50 분류는 TCGA BRCA 데이터 세트에서 73개의 TNAC, 32개의 LK-TNBC 및 466개의 BC를 사용하여 수행되었다(도 3a). TNAC 샘플은 50%가 넘는 비율로 내강형(내강 A형 및 내강 B형; 녹색)이 우세한 아형으로 분류되었다. 대조적으로, LK-TNBC에서는 기저형이 가장 우세한 아형이었다(p<0.001).
Kaplan-Meier 생존 분석에서 고유 아형은 유의하게 다른 예후를 보였다(도 3b). 기저 아형은 최저 생존 결과를 보인 반면, 정상 유사 및 내강 A형은 다른 아형에 비해 더 나은 결과를 보였으며, 이는 이전 연구와 일치한다: 기저, HER2-E, 내강 B, 내강 A 및 정상-유사의 5년 DFS는 각각 50%, 80.2%, 84.5%, 92.8% 및 100%(p=0.007)이고, 5년 OS는 각각 68.8%, 95.0%, 82.9%, 96.0% 및 100%(p=0.033). TNAC 및 LK-TNBC와 관련하여 고유 아형은 TNAC에서만 생존 결과에 영향을 미치고 LK-TNBC에는 영향을 미치지 않았다(도 3c 및 3d).
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서, 당업계에 공지된 암 분자 아형 시그니처인 PAM50 아형 분석에 의해 분류되는 아형인 내강 A, B형(Luminal A, B)을 선별하였다. 또한, 아포크린아형 삼중음성유방암 예후 관련 바이오마커로서 PAM50 예측(prediction) 상에서 내강 A형(Luminal A)을 선별하였다.
또한, 본 발명자들은 TNBC 아형을 규명하고자, Lehmann의 분류법에 따른 TNBC 아형 분류를 TNAC 및 LK-TNBC 코호트와 TCGA-TNBC 코호트에 적용하였다. 본 TNAC 코호트에서는, 아포크린 유형 유방암과 밀접하게 관련된 것으로 알려진 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형이 가장 우세하였다(도 4a). 반면, LK-TNBC에서는, BL1(10/32, 31.3%) 및 BL2(10/32, 31.3%) 아형이 우세하게 나타났다.
또한, TNBC 아형은 BC 생존 결과에 영향을 미쳤다(도 4b). UNS(unstable) TNBC 아형은 재발이 없었고 LAR 아형은 5년 무진행생존율의 96.8%를 보였다. MSL(mesenchymal stem-like) 아형은 5년 무진행생존(DFS) 비율의 90.9%, 면역조절(IM)에서 81.5%, BL1에서 58.3%, BL2에서 50.5%, 중간엽(M) 아형에서 50%를 가졌다(p=0.005). OS에서 UNS는 사망이 없었으며 BL1 58.3%, BL2 76.6%, IM 100%, LAR 92.2%, M 100%, MSL 90.9%이었다(p=0.049).
또한, Burstein 및 FUSCC (Fudan University Shanghai Cancer Center) TNBC 아형 분류에 의해서도 평가되었다.
각 Burstein 아형을 대표하는 총 55개의 유전자 발현을 사용하여 TNAC 및 LK-TNBC의 아형을 예측한 결과, Burstein LAR 아형과 관련된 유전자가 고발현되는 클러스터에는, 이전에 고유 내강 A 및 Lehmann LAR 아형으로 지정된 대부분의 TNAC가 포함되었다.
FUSCC TNBC 아형 분류에 따라 TNAC 및 LK-TNBC의 아형을 분류한 결과, 대부분의 TNAC(39/73, 53.4%)가 LAR 형으로 분류된 반면, LK-TNBC에서는 3개 샘플(9.4%)만이 LAR 형으로 포함되었다.
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서, 당업계에 공지된 암 분자 아형 시그니처인 Lehmann TNBC 아형 분석에 의해 분류되는 아형인 LAR형을 선별하였다.
1-4. TNAC에서 차등 발현되는 유전자 확인
본 발명자들은 TNAC에서 차등 발현되는 유전자를 규명하고자, TNAC와 LK-TNBC 간의 DEG 분석을 실시하였다.
그 결과, TNAC와 LK-TNBC 간의 DEG(Differentially expressed gene) 분석은 TNAC가 LK-TNBC와 비교하여 1174개의 상향 조절된 유전자와 217개의 하향 조절된 유전자를 가지고 있음을 보여주었다(도 5a).
271개의 하향-조절된 유전자 중, 기저-유사 유방암에서 풍부하고 나쁜 예후와 관련된 것으로 알려진 CTNNB1의 발현 수준은 TNAC에서 현저하게 감소하였다.
그러나, ACSM1, FABP7 및 HMGCS2과 같은 아포크린 암종 관련 유전자는 LK-TNBC(Wilcoxon signed-rank test, p<0.05)에 비해, TNAC에서 유의한 상향 조절을 보여주었다.
GSEA(Gene set enrichment analysis)을 통해, 호르몬과 산의 대사 과정이 TNAC에서 풍부하나, 유전자 발현 및 염색질 조직-관련 경로의 후성 유전적 조절은 LK-TNBC에서 상당히 풍부하다는 것을 확인하였다.
TNAC의 고유 아형 중에서 DEG 분석 및 유전자 농축 테스트를 수행했을 때 상피 중간엽 전이(EMT) 및 TNF-알파 신호 전달 경로는 상향 조절되었으나, E2F 표적 및 mTORC1 신호 전달 경로는 내강 A TNAC 샘플에서 하향 조절되었다(도 5b). 이러한 결과는 EMT가 아포크린 암종의 발병 기전에 관여하며, E2F 표적 유전자 세트는 내강 또는 정상 유사 아형보다 기저 아형에서 더 두드러진다고 보고된 이전 연구 결과와 일치하였다.
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서 TNAC에서 저발현되는 CTNNB1을 선별하였다.
1-5. TNAC의 종양 미세 환경 시그니처
본 발명자들은 TNAC와 LK-TNBC 사이의 서로 상이한 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME)을 CIBERSORTx 알고리즘으로 확인하였다. 그 결과, 종양 미세환경(TME) 시그니처로서 대식세포, CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, B 세포 기억 및 NK-T 세포가, LK-TNBC와 비교할 때 TNAC에서 상당히 풍부한 것으로 나타났다(Wilcoxon signed-rank test, p<0.05, 도 6a). 반면 순환골수형과 암순환형은 TNAC보다 LK-TNBC에서 더 두드러졌다(Wilcoxon signed-rank test, p<0.05).
TNAC에서 CD4+ T 세포의 상대적 풍부를 추가로 검증하기 위해, 본 발명자들은 CD4+ T-helper 2 세포의 대표적인 마커 유전자이고 내강 A 아형에서 상향조절되는 것으로 보고된 GATA3의 발현 수준을 확인하였다. 그 결과, GATA3 뿐만 아니라 세포내 Th2 마커 유전자로 알려진 STAT5B와 BATF28도 LK-TNBC보다 TNAC에서 유의한 상향조절을 보였다(Wilcoxon signed-rank test, p<0.05, 도 6b).
이에, 상기 결과들을 종합하여, 아포크린아형 삼중음성유방암 진단 관련 바이오마커로서 TNAC에서 풍부한 종양 미세환경(TME) 시그니처인 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 선별하였다.
1-6. 유전자 융합
COSMIC 데이터베이스에 나열된 FGFR2-TACC2 융합은 본 코호트의 한 TNAC 환자에서 발견되었다. TNAC 및 LK-TNBC 코호트에서 확인된 유전자 융합 이벤트 목록은 표 에 정렬하였다.
유전자 융합 이벤트의 빈도는 종양 유형 및 고유 아형에 따라 크게 다르다. TNAC는 LK-TNBC보다 적은 수의 유전자 융합 이벤트를 나타냈다(Wilcoxon signed-rank test, p<0.05). 흥미롭게도 내강 A 아형은 유전자 융합 빈도가 가장 낮았고, 내강 B, HER2-E, 기저 아형 순으로 빈도가 유의하게 증가하였다(Kruskal-Wallis, p<0.05).
실시예 2. 아포크린아형 삼중음성유방암 바이오마커의 검증
본 발명자들은, 상기 실시예 1에서 선별된 본 발명의 아포크린아형(아포크린 암종) 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커가 실제 이에 대한 임상적 진단 또는 예후에 대한 정보를 제공할 수 있는 지 규명하고자, 본 발명의 방법을 통해 진단된 TNAC 및 LK-TNBC 모두에서 DFS(Disease free survival) 및 BC 특이 전체 OS(overall survival)을 분석하였다. 추적관찰 기간 중간 값은 71.3개월(사분위수 범위: 41.2, 90.0)이었다.
그 결과, DFS 및 OS 모두에서, TNAC는 LK-TNBC에 비해 우수한 생존 결과를 보였다([TNAC 대 LK-TNBC의 5년 DFS 비율: 92.2% 대 59.1%, p=0.001] 및 [TNAC 대 LK-TNBC의 5년 OS 비율: 95.3% 대 74.6%, p=0.0099])(도 7a). 다른 임상 특성 중에서 병기와 Ki-67은 BC 예후와 관련이 있었다. 동일한 병기에서 TNAC 및 LK-TNBC에 따라 추가 생존 분석을 수행하였다. II 단계에서 TNAC는 LK-TNBC에 비해 DFS가 더 좋았다.
또한, 본 발명자들은 TNAC, 병기, Ki-67 및 고유 아형으로 다변량 분석을 수행하였다. 이 분석에서 TNAC는 LK-TNBC에 비해 DFS가 더 좋았고(HR[hazard ratio]:0.360, 95% CI[confidence interval]:0.148, 0.878, p=0.025), 단계 역시 DFS에 통계적으로 유의하게 영향을 받았다(II기 HR [vs. I기]: 6.070, 95% CI: 0.771, 47.801, p=0.087, III기 HR: 28.226, 95% CI: 3.483, 228.719, p=0.002)(도 7b).
따라서, 상기 분석 결과를 통하여, 본 발명에서 선별한 바이오마커 세트를 이용할 경우, 아포크린아형의 삼중음성유방암의 진단 및 예후 예측이 가능함을 확인하였으며, 이를 통해 치료 방식의 선택을 최적화하고 치료 효과를 높일 수 있음을 입증한다.
이상으로 본 발명 내용의 특정한 부분을 상세히 기술하였는 바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서, 이러한 구체적 기술은 단지 바람직한 실시양태일 뿐이며, 이에 의해 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백할 것이다. 따라서 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항들과 그것들의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.
Claims (14)
- 다음을 포함하는 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커:
PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이;
COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21;
PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형;
Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형;
CTNNB1 유전자; 및
종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처.
- 다음을 포함하는 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물:
PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하는 제제;
COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하는 제제;
PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하는 제제;
Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하는 제제;
CTNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제; 및
종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 제제.
- 제2항에 있어서,
상기 체세포 변이는 단일염기변이(Single nucleotide variation, SNV), 삽입/결실변이(Indel), 복제수 변이(Copy number variation, CNV), 결실(deletion) 및 역위(Inversion)로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상의 변이인 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
- 제2항에 있어서,
상기 내강형은 내강 A (PAM50_Luminal A)형, 내강 B (PAM50_Luminal B)형 또는 이의 조합을 포함하는 것을 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
- 제2항에 있어서,
상기 CTNNB1 유전자는 저발현인 것을 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
- 제2항에 있어서,
상기 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처는 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하는 것을 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
- 제2항에 있어서,
상기 제제는 프라이머(primer), 프로브 (probe) 및 안티센스 (anti-sense) 뉴클레오티드로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상을 포함하는 것을 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 바이오마커 조성물.
- 다음을 포함하는 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC) 진단 또는 예후 예측용 키트:
PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하는 제제;
COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하는 제제;
PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하는 제제;
Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하는 제제;
CTNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하는 제제; 및
종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 제제.
- 제8항에 있어서,
상기 키트는 RT-PCR 키트, 경쟁적 RT-PCR 키트, 실시간 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질칩 키트인 것을 특징으로 하는,
TNAC 진단 또는 예후 예측용 키트
- 다음 단계를 포함하는, 생체외에서 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법:
(a) 대상으로부터 분리된 생물학적 시료에서,
PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이를 검출하고;
COSMIC 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 분석에 의해 분류되는 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21을 검출하고;
PAM50 (Predictor Analysis of Microarray 50) 분석에 의해 분류되는 내강 (Luminal) 형을 검출하고;
Lehmann 아형 분석에 의해 분류되는 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형을 검출하고;
TNNB1 유전자의 발현 수준을 측정하고; 및
종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처를 검출하는 단계;
(b) 상기 결과를 대조군 시료와 비교 및 분석하는 단계.
- 제10항에 있어서,
상기 대조군은 Ki-67이 낮은 수준으로 발현되는 삼중음성유방암(Triple Negative Breast Cancer, TNBC)인 LK-TNBC(low ki-67 TNBC)인 것을 특징으로 하는,
TNAC의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
- 제10항에 있어서,
상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이가 존재하고; COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21로 판별되며; PAM50 아형 중 내강 (Luminal) 형으로 판별되며; Lehmann 아형 중 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형으로 판별되고; CTNNB1 유전자의 발현 수준이 낮고; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처가 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하는 것으로 판별될 경우, 상기 대상은 아포크린아형 삼중음성유방암 (Triple Negative Apocrine Carcinoma, TNAC)으로 분류하는 (c) 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는,
TNAC의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
- 제10항에 있어서,
상기 방법은, 상기 PIK3R1, ZNF717, EEF2KMT, KRT38, PABPC3, WDR92 및 ZNF559 유전자의 체세포 변이가 존재하고; COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 5 및 COSMIC 단일 염기 치환 시그니처 (Single Base Substitution Signature, SBS) 21로 판별되며; PAM50 아형 중 내강 (Luminal) 형으로 판별되며; Lehmann 아형 중 LAR (Luminal Androgen Receptor) 형으로 판별되고; CTNNB1 유전자의 발현 수준이 낮고; 및 종양 미세환경(Tumor microenvironment, TME) 시그니처가 대식세포(Macrophage), CD4+ T 세포, 암 HER2_sc, 암 LumB_sc, 기억 B 세포(Memory B cells) 및 NK-T 세포를 포함하는 것으로 판별될 경우, 상기 대상은 치료 예후가 좋을 것으로 분류하는 (c-1) 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는,
TNAC의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
- 제10항에 있어서,
상기 생물학적 시료는 유방조직, 전혈, 림프액, 혈청, 소변, 혈장, 순환하는 암세포 및 유두삼출물(nipple aspirate)으로 이루어진 군에서 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는,
TNAC의 진단 또는 예후 예측에 관한 정보를 제공하는 방법.
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| KR1020220120432A KR20240041438A (ko) | 2022-09-23 | 2022-09-23 | 아포크린아형 삼중음성유방암의 진단 또는 예후 예측용 신규한 바이오마커 및 이의 용도 |
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