KR20180132376A

KR20180132376A - 대장암 진단 마커로서의 신규 folr2 융합유전자 및 이의 용도

Info

Publication number: KR20180132376A
Application number: KR1020170069232A
Authority: KR
Inventors: 박도윤; 권채화; 최유리; 원여진
Original assignee: 부산대학교 산학협력단; 부산대학교병원
Priority date: 2017-06-02
Filing date: 2017-06-02
Publication date: 2018-12-12
Also published as: KR102110338B1

Abstract

본 발명은 대장암 마커로서의 신규 융합유전자 및 이의 용도에 관한 것으로, RNF121-FOLR2 융합단백질, 상기 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물을 측정하는 제제를 포함하는 대장암 진단용 조성물; 대장암 진단용 키트; 대장암 진단을 위한 정보 제공 방법; 대장암 치료제의 스크리닝 방법 및 RNF121-FOLR2 융합저해제를 유효성분으로 포함하는 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다. 본 발명은 대장암에 특이적인 진단 마커로서 신규한 RNF121-FOLR2 융합유전자를 제공함으로써, 정확한 대장암 진단을 가능하게 하며, 대장암 환자의 계층화를 통해 임상예후를 예측하는 것, 대장암에 대한 치료의 유효성을 예측하는 것, RNF121-FOLR2 저해제에 의한 대장암 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능해진다. 또한, 이에 따라, 약물을 투여하는 것이 유효하지 않다고 생각되는 대장암 환자에 대한 약물의 투여를 제한할 수 있으므로, 효율적이고 안전한 맞춤형 대장암 치료를 실현하는 것이 가능해진다.

Description

대장암 진단 마커로서의 신규 FOLR2 융합유전자 및 이의 용도{Novel FOLR2 Fusion Gene As Colon Cancer Diagnosis Marker and Uses Thereof}

본 발명은 대장암 진단 마커로서의 신규 FOLR2 융합유전자 및 이의 용도에 관한 것이다.

대장암 (colorectal cancer)은 세계에서 3 번째로 많이 발생하는 암이며, 한국에서도 12.3%의 발생률로 전체 암 발생에서 3 번째를 차지한다(중앙암등록본부, 국가암등록사업 연례보고서(2013년 암등록통계), 보건복지부, 2015).

대장암을 일으킬 수 있는 양성 용종이 상피세포에만 국한되어있을 경우에는 내시경으로 치료가 가능하나, 점차 그 크기가 증가하여 암으로 발전할 경우 외과적 절제술 후 항암 약물치료나 방사선 치료를 병행하는 방법으로 진행한다.

항암 약물치료에 있어 최근에는 분자표적 항암제를 사용하여 선택적으로 암세포만을 공격하는 치료법이 각광받고 있다(MacConail LE and Vink-Borger ME).

그러나, 대장암의 분자세포생물학적 특성에 대한 연구가 부족하여 대장암을 위한 분자표적 치료법을 개발하고 임상에 적용하는데 한계가 있다.

암 세포는 정상 세포와 다른 생물학적 특성을 갖는다. 정상 세포는 약 50회의 세포 주기를 반복하거나 DNA에 손상을 입으면 세포사멸(apoptosis)가 일어난다. 반면에, 암 세포는 염색체가 변형되고, 세포사멸이 일어나지 않으며, 접촉 저해(contact inhibition) 없이 계속 분열되는 특성을 갖는다. 또한, 암세포는 신생혈관형성(angiogenesis)를 유도하여 혈액 공급을 통해 암이 전이되기도 한다.

이러한 암 세포와 정상 세포의 차이는 세포뿐만 아니라 유전자 수준에서도 나타나며, 대부분의 암 세포에서 염색체 이상(chromosomal aberration)이 발견된다. 특히 사람의 신생세포(neoplasm)에는 약 45,000개의 염색체 이상이 존재하는 것으로 보고되었다. 대부분의 암 유전자 변이는 염색체 전좌(chromosomal translocation)에 의해 일어나며, 이는 서로 다른 유전자가 융합되어 발현되는 융합 유전자(fusion gene)의 발생을 야기시킨다.

즉, 융합유전자는 염색체 재배열(전좌, 삭제, 역위), trans-splicing, read-through event에 의해 형성되는 하이브리드 유전자이다. 융합유전자는 혈액암, 육종, 전립선암 등 다양한 종양의 발생 및 활성 기전에 관련이 있다고 알려져있다 (Nowell PC, and et al.). 또한, 같은 암종이라고 하더라도 환자마다 암의 다양성 (tumor heterogeneity)을 가지는데 융합유전자는 개인별 맞춤치료를 위한 암의 다양성을 구분하는 기준을 제시하므로서 분자표적 약물을 개발하는데 도움이 될 수 있다. 융합유전자를 이용한 분자표적 치료법으로 BCR-ABL 융합유전자가 활성화시키는 tyrosin kinase를 선택적으로 억제하는 만성골수성 백혈병 치료제인 Imatinib이 있고 (Goldman JM and Melo JV) ROS1 융합유전자가 발현되는 비소세포 폐암 환자에게 Crizotinib을 사용했을 때 50% 높은 반응률을 보인다는 보고도 있다 (Forde PM and Rudin CM).

따라서, 유전자의 특정 변이는 암을 예측하고 진단하는데 유용한 정보로 사용될 수 있다.

이에, 본 발명자들은 대장암의 유전체학적 연구를 통해 대장암 진단, 대장암 예후예측, 및 치료의 타겟이 될 수 있는 마커로서 발암성 융합유전자를 개발하기 위하여 예의 노력하였다. 그 결과, 본 발명자들은 다수의 대장암 환자의 조직을 이용하여 NGS(next-generation sequencing) 기반의 RNA-시퀀싱을 실시하여 대장암 조직에서만 발현하는 발암성 융합유전자들을 스크리닝하였고, 이중 신규한 융합유전자 FOLR2(이하, RNF121-FOLR2)를 선별하였다. 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자 및 이에 의해 암호화되는 융합전사산물 및 융합단백질은 대장암의 진단뿐만 아니라 임상예후를 결정하는 인자로서, 이를 암세포 및 정상세포에 과발현시킨 경우 세포의 생존률이 증가하는 것을 확인함으로써, 본 발명을 완성하게 되었다.

따라서, 본 발명의 목적은 RNF121과 FOLR2의 융합단백질 및 이를 암호화하는 융합유전자 폴리뉴클레오티드를 제공하는 것이다.

또한, 본 발명의 다른 목적은, 상기 융합단백질, 상기 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물을 측정하는 제제를 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 대장암 진단용 조성물을 포함하는 대장암 진단용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 치료 예후를 예측하는데 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은, 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 치료제의 스크리닝 방법을 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은, RNF121-FOLR2 융합단백질 저해제를 유효성분으로 포함하는 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공하는 것이다.

이하, 본 발명에 대하여 보다 상세히 설명한다.

본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 RNF121(Ring Finger Protein 121)과 FOLR2(Folate receptor beta)의 융합단백질 및 이를 암호화하는 융합유전자 폴리뉴클레오티드를 제공한다.

구체적으로, 본 발명은 하기의 구조식으로 이루어진 융합단백질을 제공한다:

N-[RNF121(Ring Finger Protein 121)의 N 말단을 포함하는 단편]-[FOLR2(Folate receptor beta)의 C 말단을 포함하는 단편]-C.

또한, 본 발명은 하기의 구조식으로 이루어진 융합유전자 폴리뉴클레오티드를 제공한다:

5'-[RNF121(Ring Finger Protein 121) 유전자의 5' 말단을 포함하는 단편]-[FOLR2(Folate receptor beta) 유전자의 3' 말단을 포함하는 단편]-3'.

즉, 본 발명은 RNF121의 N 말단을 포함하는 단편과 FOLR2의 C 말단을 포함하는 단편이 연결된 융합단백질; 및 RNF121 유전자의 5' 말단을 포함하는 단편과 FOLR2 유전자의 3' 말단을 포함하는 단편이 연결된 융합유전자에 관한 것으로, 상기 RNF121 또는 FOLR2은 인간 유래일 수 있다. 본 발명의 융합단백질은 RNF121-FOLR2 융합단백질과 혼용될 수 있다.

본 발명자들은 본 발명의 실시예에 있어서 나타내는 바와 같이, 인간 대장암 환자에서 RNF121 단백질과 FOLR2 단백질의 융합예를 최초로 발견하였다. 또한, RNF121 유전자와 FOLR2 유전자의 융합 및 이에 암호화된 융합전사산물과 융합단백질을 갖는 세포의 경우 세포 증식능이 증가하는 것을 확인하였다.

본 발명에서 RNF121 단백질을 암호화하는 RNF121 유전자는 인간으로부터 유래하는 것일 수 있고 인간의 염색체 11번(q13.4)에 위치하며, 이로부터 암호화되는 RNF121 단백질은 총 아미노산 길이가 327aa인 폴리펩티드이다. RNF121 단백질 또는 RNF121 단백질 단편은 RNF121-FOLR2 융합단백질의 N 말단쪽 융합파트너이다.

예컨대, RNF121 유전자는 GenBank accession no. NM_018320에서 제공되는 염기 서열을 갖는 것일 수 있으며, RNF121 단백질은 NM_018320에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 단백질일 수 있다. 특히 상기 RNF121 단백질은 서열번호 3의 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드일 수 있으며, 상기 RNF121 유전자는 서열번호 2의 핵산 서열로 구성된 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 RNF121의 N 말단을 포함하는 단편은 NM_018320의 1번째 엑손(1번 염색체 상의 (+) 가닥(strand)을 기준으로 71639768 내지 71640170 염기위치)까지의 뉴클레오타이드 서열에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있으며, 특히 상기 RNF121의 N 말단을 포함하는 단편은 서열번호 4의 아미노산 서열로 구성되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 FOLR2 단백질을 암호화하는 FOLR2 유전자는 인간으로부터 유래하는 것일 수 있고 인간의 염색체 11번(q13.4)에 위치하며, 이로부터 암호화되는 FOLR2 단백질은 총 아미노산 길이가 255aa인 폴리펩티드이다. FOLR2 단백질 또는 FOLR2 단백질 단편은 RNF121-FOLR2 융합단백질의 C 말단쪽 융합파트너이다.

예컨대, FOLR2 유전자는 GenBank accession no. NM_000803에서 제공되는 염기 서열을 갖는 것일 수 있으며, FOLR2 단백질은 NM_000803에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 단백질일 수 있다. 특히 상기 FOLR2 단백질은 서열번호 7의 아미노산 서열로 이루어진 폴리펩티드일 수 있으며, 상기 FOLR2 유전자는 서열번호 6의 핵산 서열로 구성된 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 FOLR2의 N 말단을 포함하는 단편은 NM_000803의 3번째 엑손(1번 염색체 상의 (+) 가닥(strand)을 기준으로 71931914 내지 71932994 염기위치)까지의 뉴클레오타이드 서열에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 것일 수 있으며, 특히 상기 FOLR2의 N 말단을 포함하는 단편은 서열번호 8의 아미노산 서열로 구성되는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 명세서에 있어서 융합파트너인 단백질의 단편들의 절단점(break point; 또는 융합 부위)은 이들을 암호화하는 유전자의 엑손(exon)을 기준으로 설명되며, 상기 단편의 N말단(C말단 융합파트너의 경우) 또는 C말단(N말단 융합 파트너의 경우) 마지막에 포함되는 엑손과 절단되어 제거되는 엑손 사이의 인트론(intron) 부위 중 어느 지점에서 절단되어도 암호화되는 단백질 단편의 아미노산 서열에는 영향을 미치지 않게 되므로, 실제 절단되는 지점은 상기 인트론 위치 중 어느 지점이어도 무방하다.

한편, 본 발명에서 RNF121-FOLR2 융합유전자는 서열번호 9의 염기서열을 가지는 것일 수 있으며, RNF121-FOLR2 융합단백질은 서열번호 10의 서열을 가지는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

본 발명에서 별다른 언급이 없는 한, 본 명세서에 기재된 유전자, 전사산물 또는 전사산물 유래 cDNA 또는 DNA 분자를 시퀀싱하여 결정된 모든 뉴클레오타이드 서열들은 자동화된 차세대 염기서열 시퀀서 또는 생거법 염기서열 시퀀서를 사용하여 결정될 수 있고, 결정된 뉴클레오타이드 서열에 의하여 암호화되는 모든 아미노산 서열들은 자동화된 펩타이드 시퀀서를 사용하여 결정될 수 있다. 이 자동화된 접근에 의하여 결정된 뉴클레오타이드 서열은 실제 서열과 비교하여 일부 에러를 포함할 수 있다. 예컨대, 자동에 의하여 결정된 뉴클레오타이드 서열들은 시퀀싱된 cDNA 또는 DNA 분자의 실제 뉴클레오타이드 서열과 전형적으로 약 90% 이상, 구체적으로 약 95% 이상, 보다 구체적으로 약 99% 이상, 더욱 구체적으로 약 99.9% 이상의 서열 상동성을 가질 수 있다. 실제 서열과 비교하여 결정된 뉴클레오타이드에서 하나의 삽입 또는 결손은 포함할 수 있으며, 이와 같은 삽입 또는 결손에 의하여 뉴클레오타이드 서열 번역시의 프레임시프트(frameshift)가 야기되어, 암호화되는 아미노산 서열이 실제 아미노산 서열과 완전하게 다르게 될 수 있다.

본 발명의 다른 양태에 따르면, 본 발명은 상기 융합단백질, 상기 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물을 측정하는 제제를 포함하는 대장암 진단용 조성물을 제공한다.

본 발명에서 상기 융합단백질 및 융합유전자는 상기 설명한 바와 같다.

본 발명에서 용어, "진단"은 병리 상태의 존재 또는 특징을 확인하는 것을 의미한다. 본 발명의 목적상, 진단은 대장암 발병 여부를 확인하는 것이다.

본 발명에서 용어, "대장암(colon cancer)"은 대장의 가장 안쪽 표면인 점막에서 발생한 암으로, 직장암, 결장암 및 항문암을 통칭한 것을 의미한다.

한편, 본 발명에서 RNF121-FOLR2 융합단백질 및 융합유전자는 대장암을 진단하는 진단용 마커로 사용될 수 있으며, 본 발명에서 용어, "진단용 마커, 진단하기 위한 마커 또는 진단 마커(diagnosis marker)"란 대장암 세포를 정상 세포와 구분하여 진단할 수 있는 물질로, 정상 세포에 비하여 대장암을 가진 세포에서 증가양상을 보이는 폴리펩타이드 또는 핵산(예: mRNA 등), 지질, 당지질, 당단백질, 당(단당류, 이당류, 올리고당류 등) 등과 같은 유기 생체 분자 등을 포함한다. 본 발명의 목적상, 대장암 진단 마커는 RNF121-FOLR2 융합유전자로, 대장암 조직 또는 세포에서 발현이 증가하는 유전자이다.

유의성 있는 진단 마커의 선택과 적용은 진단 결과의 신뢰도를 결정짓는다. 유의성 있는 진단 마커란, 진단하여 얻은 결과가 정확하여 타당도(validity)가 높고 반복 측정시에도 일관된 결과를 나타내도록 신뢰도가(reliability)가 높은 마커를 의미한다. 본 발명의 대장암 진단 마커는, 대장암의 발병과 함께 직접적 또는 간접적 요인으로 발현이 항상 증가하는 유전자들로 반복된 실험에도 동일한 결과를 나타내며, 발현 수준의 차이가 대조군과 비교할 때 매우 커서 잘못된 결과를 내린 확률이 거의 없는 신뢰도가 높은 마커들이다. 그러므로 본 발명의 유의성 있는 진단 마커의 발현 정도를 측정하여 얻은 결과를 토대로 진단된 결과는 타당하게 신뢰할 수 있다. 이때, 정상 대장 상피 세포와 대장암 세포에서 거의 동일한 양으로 발현되는 유전자들은 제외하고, 예를 들어 대조군으로 사용한 정상 조직에서 발현되는 유전자들에 비해 대장암 조직에서 발현이 2배 이상으로 증가되는 유전자들을 선별할 수 있다.

본 발명의 구체적인 일 실시예에서는, RNF121 유전자와 FOLR2 유전자의 융합유전자는 대장암에 있어서의 원인 유전자이며, 상기의 융합에 의해 세포의 증식 및 이동능이 활성화되는 것을 확인하였다.

따라서, 본 발명의 융합유전자 또는 이에 암호화되는 융합전사산물 및 융합단백질은 고형암, 구체적으로 대장암 환자에게서 특이적으로 발견되거나 발현되는 것으로 확인되었으므로, 상기 융합유전자 또는 이에 암호화되는 융합전사산물 및 융합단백질은 고형암, 구체적으로 대장암의 예후예측 진단 마커로서 유용하게 사용될 수 있으며, 또한 상기 융합단백질 저해제에 의한 치료의 개연성을 높일 수 있다는 것을 제시한다.

생물학적 시료 중의 본 발명의 융합유전자 발현 수준은 융합유전자의 전사산물, 특히 mRNA 등과 융합단백질의 양을 확인함으로써 확인할 수 있다. 바람직하게는, 상기 융합유전자 mRNA의 수준을 측정하는 제제는 상기 유전자에 특이적으로 결합하는 프라이머를 포함하는 것인 대장암 진단용 조성물일 수 있다.

본 발명에서 "mRNA 발현수준 측정"이란 대장암을 진단하기 위하여 생물학적 시료에서 대장암 마커 유전자들의 mRNA 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로 mRNA의 양을 측정한다. 이를 위한 분석 방법으로는 역전사 중합효소반응(RT-PCR), 경쟁적 역전사 중합효소반응(Competitive RT-PCR), 실시간 역전사 중합효소반응(Real-time RT-PCR), RNase 보호 분석법(RPA; RNase protection assay), 노던 블랏팅(Northern blotting), DNA 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.

본 발명에서 상기 융합유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머는 상기 융합유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머는 프라이머에 의해 증폭되는 영역이 융합 대상인 두 유전자의 융합점을 포함하도록, 융합점을 사이에 두도록 설계된 프라이머일 수 있으며, 상기 융합유전자를 구성하는 융합 대상인 두 유전자가 RNF121 유전자 및 FOLR2 유전자의 경우, RNF121 단백질의 N 말단을 암호화하는 염기서열에 특이적인 프라이머와 FOLR2의 C 말단을 암호화하는 염기서열에 특이적인 프라이머를 포함하는 프라이머쌍이며, 특히, 서열번호 17 및 서열번호 18의 염기서열로 구성된 프라이머쌍일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.

한편, 본 발명의 "프라이머"는 짧은 자유 3말단 수산화기를 가지는 핵산 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍을 형성할 수 있고 템플레이트 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 핵산 서열을 의미한다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 중합효소 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성이 개시할 수 있다. 본 발명의 프라이머는, 각 마커 유전자 특이적인 프라이머로 7개 내지 50개의 뉴클레오타이드 서열을 가진 센스 및 안티센스 핵산이다. 프라이머는 DNA 합성의 개시점으로 작용하는 프라이머의 기본 성질을 변화시키지 않는 추가의 특징을 혼입할 수 있다.

본 발명의 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비제한적인 예로는 메틸화, "캡화", 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예: 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그날 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예: 아크리딘, 프소랄렌 등), 킬레이트화제(예: 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등), 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 본 발명의 핵산 서열은 또한 검출 가능한 시그날을 직접적으로 또는 간접적으로 제공할 수 있는 표지를 이용하여 변형시킬 수 있다. 표지의 예로는 방사성 동위원소, 형광성 분자, 바이오틴 등이 있다.

본 발명에서 "융합유전자를 측정하는 제제"는 대장암을 진단하기 위하여 생물학적 시료에서 대장암 마커 유전자인 본 발명의 융합유전자 존재 자체를 확인하는 과정으로, 예를 들어, 상기 융합유전자에 특이적으로 결합하는 프로브 또는 프라이머를 포함하는 것일 수 있다. 상기 융합유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 한, 임의의 프로브 또는 프라이머를 사용할 수 있다.

본 발명에서 "단백질 발현수준 측정"이란 대장암을 진단하기 위하여 생물학적 시료에서 대장암 마커 유전자인 본 발명의 융합유전자로부터 발현된 단백질의 존재 여부와 발현 정도를 확인하는 과정으로, 바람직하게는, 상기 융합유전자의 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체를 이용하여 단백질의 양을 확인할 수 있다.

특히, 본 발명에서 상기 융합유전자의 단백질에 대하여 특이적으로 결합하는 항체는 RNF121과 FOLR2 의 융합위치 근방 또는 FOLR2의 C 말단에 결합하는 것일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다. 이를 위한 분석 방법으로는 웨스턴 블랏, 엘라이자(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA), 방사선면역분석(RIA: Radioimmunoassay), 방사 면역 확산법(radioimmunodiffusion), 오우크테로니(Ouchterlony) 면역 확산법, 로케트(rocket) 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법(Immunoprecipitation Assay), 보체 고정 분석법(Complement Fixation Assay), 유세포분석(Fluorescence Activated Cell Sorter, FACS), 단백질 칩(protein chip) 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다.

바람직하게는, 상기 단백질의 수준을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체를 포함하는 것인 대장암 진단용 조성물일 수 있다.

본 발명에서, "항체"란 항원성 부위에 대해서 지시되는 특이적인 단백질 분자를 의미한다. 본 발명의 목적상, 항체는 마커 단백질에 대해 특이적으로 결합하는 항체를 의미하며, 다클론 항체, 단클론 항체 및 재조합 항체를 모두 포함한다.

상기한 바와 같이 본 발명에서는 신규한 대장암 마커 융합단백질이 규명되었으므로, 이를 이용하여 항체를 생성하는 것은 당업계에 널리 공지된 기술을 이용하여 용이하게 제조할 수 있다.

다클론 항체는 상기한 대장암 마커 단백질 항원을 동물에 주사하고 동물로부터 채혈하여 항체를 포함하는 혈청을 수득하는 당업계에 널리 공지된 방법에 의해 생산할 수 있다. 이러한 다클론 항체는 염소, 토끼, 양, 원숭이, 말, 돼지, 소 개 등의 임의의 동물 종 숙주로부터 제조 가능하다.

단클론 항체는 당업계에 널리 공지된 하이브리도마 방법(hybridoma method)(Kohler 및 Milstein (1976) European Jounral of Immunology 6:511-519 참조), 또는 파지 항체 라이브러리(Clackson et al, Nature, 352:624-628, 1991; Marks et al, J. Mol. Biol., 222:58, 1-597, 1991) 기술을 이용하여 제조될 수 있다. 상기 방법으로 제조된 항체는 겔 전지영동, 투석, 염 침전, 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피 등의 방법을 이용하여 분리, 정제할 수 있다.

또한 본 발명의 항체는 2개의 전체 길이의 경쇄 및 2개의 전체 길이의 중쇄를 가지는 완전한 형태뿐만 아니라, 항체 분자의 기능적인 단편을 포함한다. 항체 분자의 기능적인 단편이란 적어도 항원 결합 기능을 보유하고 있는 단편을 뜻하며, Fab, F(ab'), F(ab') 2 및 Fv 등이 있다.

본 발명의 또 다른 양태에서는, 본 발명에 따른 상기 대장암 진단용 조성물을 포함하는 대장암 진단용 키트를 제공한다.

구체적으로, 상기 대장암 진단용 키트는 역전자 중합효소-PCR(RT-PCR) 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트일 수 있다. 특히, 상기 대장암 진단용 키트는 분석 방법에 적합한 한 종류 또는 그 이상의 다른 구성성분 조성물, 용액 또는 장치를 더 포함하여 구성될 수 있다.

일 구현예로서, 상기 진단용 키트는 역전사 중합효소반응을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단용 키트일 수 있다. 역전사 중합효소반응 키트는 마커 유전자에 대한 특이적인 각각의 프라이머 쌍을 포함한다. 프라이머는 각 마커 유전자의 핵산서열에 특이적인 서열을 가지는 뉴클레오타이드로서, 약 7 bp 내지 50 bp의 길이, 보다 바람직하게는 약 10 bp 내지 30 bp 의 길이이다. 또한 대조군 유전자의 핵산 서열에 특이적인 프라이머를 포함할 수 있다. 그 외 역전사 중합효소반응 키트는 테스트 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오타이드(dNTPs), Taq-폴리머라아제 및 역전사효소와 같은 효소, DNAse, RNAse 억제제 DEPC-수(DEPC-water), 멸균수 등을 포함할 수 있다.

다른 구현예로는, 바람직하게 DNA 칩을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 키트일 수 있다. DNA 칩 키트는 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드 (oligonucleotide)가 부착되어 있는 기판, 및 형광표식 프로브를 제작하기 위한 시약, 제제, 효소 등을 포함할 수 있다. 또한 기판은 대조군 유전자 또는 그의 단편에 해당하는 cDNA 또는 올리고뉴클레오티드를 포함할 수 있다.

또한 바람직하게는, 단백질 칩을 수행하거나, ELISA를 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 것을 특징으로 하는 진단 키트일 수 있다. 단백질 칩 키트나 ELISA 키트는 마커 단백질에 대한 특이적인 항체를 포함한다. 항체는 각 마커 단백질에 대한 특이성 및 친화성이 높고 다른 단백질에 대한 교차 반응성이 거의 없는 항체로, 단클론 항체, 다클론 항체 또는 재조합 항체이다. 또한 ELISA 키트는 대조군 단백질에 특이적인 항체를 포함할 수 있다. 그 외 ELISA 키트는 결합된 항체를 검출할 수 있는 시약, 예를 들면, 표지된 2차 항체, 발색단(chromophores), 효소(예: 항체와 컨주게이트됨) 및 그의 기질 또는 항체와 결합할 수 있는 다른 물질 등을 포함할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 대장암 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다. 구체적으로, 대장암이 의심되는 개체의 분리된 시료로부터 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계; 및 상기 측정된 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준을 정상 대조군 시료의 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준과 비교하는 단계를 포함하는, 대장암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.

본 발명에서 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자는 RNF121 유전자의 5' 말단을 구성하는 폴리뉴클레오티드; 및 FOLR2 유전자의 3' 말단을 구성하는 폴리뉴클레오티드일 수 있다.

본 발명에서 "개체"란 대장암이 생길 수 있는 동물로, 대장암이 의심되는 한 제한되지 않는다. 또한, 상기 방법을 통하여 진단에 필요한 정보를 얻을 수 있는 질환으로는 RNF121 유전자와 FOLR2 유전자와의 융합유전자의 발현이 인정되는 암종이라면 제한되지 않으며, 특히 대장암일 수 있다.

본 발명에서 용어, 개체의 시료란 대장암 마커인 RNF121-FOLR2 융합유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 수준이 차이나는 조직, 예를 들면, 세포, 조직, 장기, 체액(혈액, 림프액 등), 소화액, 객담, 폐포-기관지 세정액, 뇨, 변뿐만 아니라, 이들의 생체 시료로부터 얻어지는 핵산 추출물(유전체 추출물, 전사체 추출물, 전사체 추출물로부터 조제된 cDNA 조제물이나 aRNA 조제물 등)이나 단백질 추출물도 포함등을 포함하며, 이에 제한되지 않는다. 한다. 또한, 상기 시료는, 포르말린 고정 처리, 알코올 고정 처리, 동결 처리 또는 파라핀 포매 처리가 실시되어 있는 것이어도 된다. 또한, 유전자, 전사산물, cDNA 또는 단백질은, 상기 시료의 종류 및 상태 등을 고려하여, 거기에 적합한 공지의 수법을 선택하여 조제하는 것이 가능하다.

상기 검출 방법들을 통하여, 정상 대조군에서의 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 발현 수준을 대장암 의심 개체에서의 발현 수준과 비교함으로써 대장암 의심 개체의 실제 대장암 여부를 진단할 수 있다. 즉, 대장암으로 추측되는 세포에 대해서 본 발명의 마커의 발현 수준을 측정하고, 정상 세포에 대해서 본 발명의 마커의 발현 수준을 측정하여 양자를 비교한 후, 본 발명의 마커의 발현 수준이 정상 세포의 것보다 대장암으로 추측되는 세포 유래에서 더 많이 발현되면 대장암으로 추측되는 세포를 대장암으로 판단할 수 있는 것이다. 즉, 상기 방법에서 대장암이 의심되는 개체의 분리된 시료로부터 측정된 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준이 정상 대조군 시료의 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준보다 높을 경우, 대장암으로 진단하는 것을 특징으로 할 수 있다.

RNF121-FOLR2 융합유전자의 mRNA 또는 이의 단백질의 수준을 측정하기 위한 분석 방법으로는, 웨스턴 블랏, ELISA, 방사선면역분석, 방사 면역 확산법, 오우크테로니 면역 확산법, 로케트 면역전기영동, 조직면역 염색, 면역침전 분석법, 보체 고정 분석법, FACS, 단백질 칩 등이 있으나 이로 제한되는 것은 아니다. 상기 분석 방법들을 통하여, 정상 대조군에서의 항원-항체 복합체의 형성량과 대장암 의심 개체에서의 항원-항체 복합체의 형성량을 비교할 수 있고, 대장암 마커 유전자에서 RNF121-FOLR2 융합단백질으로의 유의한 발현량의 증가여부를 판단하여, 대장암 의심 환자의 실제 대장암 발병 여부를 진단할 수 있다.

본 발명에서 용어 항원-항체 복합체란 대장암 마커 단백질과 이에 특이적인 항체의 결합물을 의미하고, 항원-항체 복합체의 형성 량은 검출 라벨(detection label)의 시그널의 크기를 통해서 정량적으로 측정 가능하다.

이러한 검출 라벨은 효소, 형광물, 리간드, 발광물, 미소입자(microparticle), 레독스 분자 및 방사선 동위원소로 이루어진 그룹중에서 선택할 수 있으며, 반드시 이로 제한되는 것은 아니다. 검출 라벨로서 효소가 사용되는 경우 이용 가능한 효소에는 β-글루쿠로니다제, β-D-글루코시다제, β-D-갈락토시다제, 우레아제, 퍼옥시다아제 또는 알칼라인 포스파타아제, 아세틸콜린에스테라제, 글루코즈 옥시다제, 헥소키나제와 GDPase, RNase, 글루코즈 옥시다제와 루시페라제, 포스포프럭토키나제, 포스포에놀피루베이트 카복실라제, 아스파르테이트 아미노트랜스페라제, 포스페놀피루베이트 데카복실라제, β-라타마제 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 형광물에는 플루오레신, 이소티오시아네이트, 로다민, 피코에리테린, 피코시아닌, 알로피코시아닌, o-프탈데히드, 플루오레스카민 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 리간드에는 바이오틴 유도체 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 발광물에는 아크리디늄 에스테르, 루시페린, 루시퍼라아제 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 미소입자에는 콜로이드 금, 착색된 라텍스 등이 있으며 이로 제한되지 않는다. 레독스 분자에는 페로센, 루테늄 착화합물, 바이올로젠, 퀴논, Ti 이온, Cs 이온, 디이미드, 1,4-벤조퀴논, 하이드로퀴논, K4 W(CN)8 , [Os(bpy) 3 ] 2+ ,[RU(bpy) 3 ] 2+, [MO(CN) 8 ] 4- 등이 포함되며 이로 제한되지 않는다. 방사선동위원소에는 3H, 14C, 32P, 35S, 36Cl, 51Cr, 57Co, 58Co, 59Fe, 90Y, 125I, 131I , 186Re 등이 포함되며 이로 제한되지 않는다.

단백질 발현수준 측정은 바람직하게는, ELISA법을 이용하는 것이다. ELISA는 고체 지지체에 부착된 항원을 인지하는 표지된 항체를 이용하는 직접적 ELISA, 고체 지지체에 부착된 항원을 인지하는 항체의 복합체에서 포획 항체를 인지하는 표지된 항체를 이용하는 간접적 ELISA, 고체 지지체에 부착된 항체와 항원의 복합체에서 항원을 인지하는 표지된 또 다른 항체를 이용하는 직접적 샌드위치 ELISA, 고체 지지체에 부착된 항체와 항원의 복합체에서 항원을 인지하는 또 다른 항체와 반응시킨 후 이 항체를 인지하는 표지된 2차 항체를 이용하는 간접적 샌드위치 ELISA 등 다양한 ELISA 방법을 포함한다. 보다 바람직하게는, 고체 지지체에 항체를 부착시키고 시료를 반응시킨 후 항원-항체 복합체의 항원을 인지하는 표지된 항체를 부착시켜 효소 적으로 발색시키거나 항원-항체 복합체의 항원을 인지하는 항체에 대해 표지된 2차 항체를 부착시켜 효소 적으로 발색시키는 샌드위치 ELISA 방법에 의해서 검출한다. 대장암 마커 단백질과 항체의 복합체 형성 정도를 확인하여, 대장암 발병 여부를 확인할 수 있다.

또한, 바람직하게는, 상기 대장암 마커에 대한 하나 이상의 항체를 이용한 웨스턴 블랏을 이용하는 것이다. 시료에서 전체 단백질을 분리하고, 이를 전기영동하여 단백질을 크기에 따라 분리한 다음, 니트로셀룰로즈 막으로 이동시켜 항체와 반응시킨다. 생성된 항원-항체 복합체의 양을 표지된 항체를 이용하여 확인하는 방법으로 유전자의 발현에 의해 생성된 단백질의 양을 확인하여, 대장암 발병 여부를 확인할 수 있다. 상기 검출 방법은 대조군에서의 마커 유전자의 발현 량과 대장암이 발병한 세포에서의 마커 유전자의 발현량을 조사하는 방법으로 이루어진다. 펩티드 단편의 수준은 상기한 마커 단백질의 절대적(예: ㎍/㎖) 또는 상대적(예: 시그널의 상대 강도) 차이로 나타낼 수 있다.

또한, 바람직하게는, 상기 대장암 마커에 대한 하나 이상의 항체가 기판 위의 정해진 위치에 배열되어 고밀도로 고정화되어 있는 단백질 칩을 이용하는 것이다. 단백질 칩을 이용하여 시료를 분석하는 방법은, 시료에서 단백질을 분리하고, 분리한 단백질을 단백질 칩과 혼성화시켜서 항원-항체 복합체를 형성시키고, 이를 판독하여, 단백질의 존재 또는 발현 정도를 확인하여, 대장암 발병 여부를 확인할 수 있다.

구체적으로, 본 발명의 구체적인 대장암 의심 개체의 임상 시료에서 상기 융합단백질, 융합유전자 또는 전사산물을 검출하기 위하여 (a) 상기 임상 시료에 상기 융합단백질, 이를 암호화하는 융합유전자 및 상기 융합유전자에 상응하는 전사산물로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상과 상호작용하는 물질을 처리(첨가)하고 반응시키는 단계; 및 (b) 상기 과정을 통해 얻어진 반응물을 검출하는 단계를 포함할 수 있다. 상기 단계 (a) 이전에 임상 시료를 준비하는 단계를 추가로 포함할 수 있으며, 상기 임상 시료를 준비하는 단계는 대장암 의심 개체로부터 임상 시료를 얻는(분리하는) 단계를 포함하는 것일 수 있다. 상기 단계 (a)에서 상기 상호작용하는 물질은 상기 융합단백질(전부 또는 일부; 예컨대 융합 부위)에 특이적으로 결합하는 화합물, 항체, 앱타머 및 상기 융합유전자 또는 전사산물(전부 또는 일부; 예컨대 융합 부위)에 결합하는 핵산 분자(예컨대, 프라이머, 프로브, 앱타머 등), 화합물 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 이들 상호작용 하는 물질은 자유 래디컬, 방사성-동위원소, 형광염료, 발색기질, 효소, 박테리오파지, 조효소 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 면역화학적 표지 물질이 부착되거나, 상기 표지 물질과 함께 사용될 수 있다. 상기 단계 (b)에서, 상기 반응물은 단계 (a)에서 얻어진 상기 융합단백질, 융합유전자, 및 전사산물로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상과 이와 상호작용하는 물질이 상호작용(결합)하여 생성된 복합체(complex)일 수 있다. 상기 반응물을 검출하는 단계에서 반응물이 검출되면 상기 융합단백질, 융합유전자 또는 전사산물이 존재하는 것으로 판단할 수 있다.

RNF121-FOLR2 융합단백질을 암호화하는 융합유전자 또는 이에 상응하는 전사산물과 상호작용하는 물질은 상기 융합유전자 또는 전사산물과 혼성화가 가능한 핵산 분자일 수 있다. 예컨대, 상기 핵산 분자는 임상 시료 내의 상기 융합유전자, 상기 융합유전자의 융합 부위 또는 상기 융합유전자 또는 융합 부위에 상응하는 전사산물과 특이적으로 혼성화가 가능한 안티센스 올리고뉴클레오타이드(예컨대, siRNA, 마이크로RNA 등), 프로브(예컨대, 5 내지 100 bp, 5 내지 50bp, 5 내지 30bp, 또는 5 내지 25bp), 앱타머 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상일 수 있다. 예컨대, 상기 융합단백질을 암호화하는 융합유전자 또는 융합유전자에 상응하는 전사산물 분자와 혼성화가 가능한 핵산 분자는 상기 융합유전자 내의 융합 부위를 포함하는 연속하는 50 내지 250개, 구체적으로 100 내지 200개의 염기로 이루어진 폴리뉴클레오타이드 단편을 증폭할 수 있도록 상기 폴리뉴클레오타이드 단편의 양 말단에 인접하는 20 내지 100개, 구체적으로 25 내지 50개의 염기서열 또는 이와 상보적인 서열과 혼성화가 가능한 20 내지 100bp, 또는 25 내지 50bp 길이의 프라이머쌍일 수 있다. 상기 '혼성화가 가능하다'함은 검출 대상 염기서열과 완전히 상보적이거나, 80% 이상(예컨대 80-100%), 구체적으로 90% 이상(예컨대 90-100%) 상보적인 염기서열을 가져서 상기 검출 대상 유전자 또는 전사산물과 특이적으로 결합 가능함을 의미한다.

또 다른 예에서, RNF121-FOLR2 융합유전자 또는 이의 전사산물과 특이적으로 상호작용하는 물질은 자유 래디컬, 방사성-동위원소, 형광염료, 발색기질, 효소, 박테리오파지, 조효소 등으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 면역화학적 표지 물질이 부착되거나, 상기 표지 물질과 함께 사용될 수 있다. 예컨대, 각 융합유전자에 연쇄중합반응(polymerase chain reaction)용 프라이머쌍을 이용할 수 있다.

또 다른 예에서, RNF121-FOLR2 융합단백질의 검출은 상기 융합단백질 또는 대장암에서 RNF121-FOLR2 유전자의 융합에 의존적으로 발현하는 RNF121-FOLR2 단백질과 상호작용하는 물질, 예컨대 특이적으로 결합하는 물질(예컨대, 항체, 앱타머 또는 화합물 등)을 이용하여 상기 융합단백질과 상기 물질(예컨대, 항체 또는 앱타머)과의 상호작용, 즉 복합체 형성을 검출하는 통상적인 에세이법, 예컨대, 면역크로마토그래피(immunochromatography), 면역조직학염색(immunohistochemistry), 효소결합 면역흡착 분석(enzyme linked immunosorbent assay), 방사선 면역측정법(radioimmunoassay), 효소 면역분석(enzyme immunoassay), 형광면역분석(fluorescence immunoassay), 발광면역분석(luminescence immunoassay), 웨스턴블라팅(western blotting) 및 유세포분석(flow cytometry cell sorting) 등에 의하여 검출할 수 있다.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 대장암 환자의 분리된 시료로부터 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 치료 예후를 예측하는데 필요한 정보를 제공하는 방법을 제공한다.

구체적으로, 본 발명은 대장암 환자의 분리된 시료로부터 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계; 및 상기 측정된 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준을 정상 대조군 시료의 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준과 비교하는 단계를 포함한다.

상기 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 수준을 측정하는 단계는 상기 대장암 진단에 필요한 정보를 제공하는 방법에서 설명한 바와 거의 동일하다.

다만, 측정하는 시료가 대장암 의심 개체의 분리된 시료가 아닌 대장암 환자의 분리된 시료라는 측면과, 본 발명에서 정상 대조군이란 RNF121-FOLR2 융합유전자가 발현되지 않은 정상군 및 대장암 환자군이라는 측면에서 차이가 있다.

본 발명에서 대장암 치료 예후를 예측하는데 필요한 정보를 제공하는 방법은 대장암 환자의 분리된 시료로부터 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준이 정상 대조군 시료의 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준보다 높을 경우, 같거나 낮을 경우보다 대장암 치료 예후가 나쁠 것으로 예측하는 것을 특징으로 하는 것일 수 있다. 또한, RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준을 비교하는 것에는 RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 여부를 확인하는 것이 포함된다. 즉, RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현되지 않은 대장암 환자보다 발현된 대장암 환자가 대장암 치료 예후가 나쁠 것으로 예측하는 것을 포함한다.

또한, 본 발명에서 대장암 치료 예후를 예측하는데 필요한 정보를 제공하는 방법은 대장암 환자의 분리된 시료로부터 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준이 정상 대조군 시료의 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 수준보다 높을 경우, RNF121-FOLR2 저해제(RNF121-FOLR2 융합유전자; 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 또는 활성을 억제하는 억제제)에 의한 대장암 치료 유효성이 높다고 예측하는 것을 특징으로 하는 것일 수 있다.

한편, 본 발명에서 대장암 치료 예후를 예측하는데 필요한 정보를 제공하는 방법은 대장암 환자의 분리된 세포에 RNF121-FOLR2 저해제를 처리하여, RNF121-FOLR2 융합유전자, 이의 전사산물 또는 이의 단백질의 수준을 측정하는 단계를 포함하는 것일 수 있다.

본 발명에 있어서 대장암 치료의 유효성을 평가하는 대상이 되는 'RNF121-FOLR2 저해제'로서는, RNF121-FOLR2 융합유전자; 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 또는 활성을 직접적으로 또는 간접적으로 억제할 수 있는 물질이면 특별한 제한은 없다.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 NTRK1 융합유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는 대장암 치료제의 스크리닝 방법을 제공하며, 구체적으로 대장암 치료용 후보물질을 RNF121-FOLR2 융합유전자를 발현하는 세포에 처리하는 단계; 및 상기 세포에서 상기 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하는 단계를 포함하는, 대장암 치료제의 스크리닝 방법을 제공한다.

본 발명에서 RNF121-FOLR2 융합유전자는 상기 설명한 바와 같다.

본 발명에서 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하는 것에는, 융합유전자의 전사산물 및 이의 단백질 등의 수준을 측정하는 방법 등이 있고, 상기 융합유전자의 전사산물의 수준을 측정하는 방법이나 융합단백질의 수준을 측정하는 방법은 상기 설명한 바와 같다.

본 발명의 대장암 치료제의 스크리닝 방법은 특히 대장암 치료용 후보물질 처리에 의해 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준이 낮아질 경우, 대장암 치료제로 판단하는 것일 수 있다.

구체적으로, 대장암 치료 후보 물질의 존재 및 부재 하에서 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현의 증가 또는 감소를 비교하는 방법으로 대장암 치료제를 스크리닝하는데 유용하게 사용할 수 있다. RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 이로부터 발현되는 단백질의 농도를 간접적으로 또는 직접적으로 감소시키는 물질은 대장암의 치료제로서 선택할 수 있다. 즉, 대장암 치료 후보 물질의 부재 하에 대장암 세포에서의 본 발명의 마커 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하고, 또한 대장암 치료 후보 물질의 존재 하에서 본 발명의 마커 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하여 양자를 비교한 후, 대장암 치료 후보 물질이 존재할 때의 본 발명의 마커의 발현 수준이 대장암 치료 후보 물질의 부재 하에서의 마커 발현 수준보다 감소시키는 물질을 대장암의 치료제로 예측할 수 있는 것이다.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 RNF121-FOLR2 억제제를 유효성분으로 포함하는 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 제공한다.

상기 RNF121-FOLR2 억제제는 RNF121-FOLR2 융합유전자; 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 또는 활성을 억제하는 저해제로서 융합단백질의 활성이나 융합유전자의 발현을 억제하는 등의 작용을 할 수 있다. 상기 RNF121-FOLR2 융합단백질 저해제는 상술한 바와 같이, RNF121-FOLR2 유전자 또는 단백질의 기능을 직접적으로 또는 간접적으로 억제할 수 있는 물질이면 특별한 제한은 없다.

또한, 상기 RNF121-FOLR2 저해제는 siRNA(small interference RNA), shRNA(short hairpin RNA), miRNA(microRNA), 리보자임(ribozyme), DNAzyme, PNA(peptide nucleic acids), 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 항체, 앱타머, 천연 추출물 및 화학물질로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상일 수 있다.

상기 항체는 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체 또는 항원 결합성을 갖는 것이면 그것의 일부도 본 발명의 항체에 포함되고 모든 면역 글로불린 항체가 포함된다. 나아가, 본 발명의 항체에는 인간화 항체 등의 특수 항체도 포함하며, 신규한 항체 외에 이미 당해 기술분야에서 공지된 항체들도 포함될 수 있다.

본 발명의 조성물은 약제학적으로 허용되는 담체와 함께 투여될 수 있고, 경구 투여시에는 결합체, 활택제, 붕해제, 부형제, 가용화제, 분산제, 안정화제, 현탁화제, 색소, 향료 등을 사용할 수 있으며, 주사제의 경우에는 완충제, 보존제, 무통화제, 가용화제, 등장제, 안정화제 등을 혼합하여 사용할 수 있으며, 국소 투여용의 경우에는 기제, 부형제, 윤활제, 보존제 등을 사용할 수 있다. 본 발명의 조성물의 제형은 상술한 바와 같은 약제학적으로 허용되는 담체와 혼합하여 다양하게 제조될 수 있다. 예를 들어, 경구 투여시에는 정제, 트로키, 캡슐, 엘릭시르, 서스펜션, 시럽, 웨이퍼 등의 형태로 제조할 수 있으며, 주사제의 경우에는 단위 투약 앰플 또는 다수회 투약 형태로 제조될 수 있다.

또 하나의 양태로서, 본 발명은 상기 RNF121-FOLR2 저해제를 유효성분으로 포함하는 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물을 개체에 투여하는 단계를 포함하는, 대장암 예방 또는 치료방법을 제공한다.

본 발명의 RNF121-FOLR2 저해제, 개체 및 조성물은 상기 설명한 바와 같다.

본 발명의 조성물은 단독으로 사용할 수 있지만, 치료 효율을 증가시키기 위해 방사선 요법 또는 화학요법(세포 성장 정지 또는 세포 독성 물질, 항생 물질형 물질, 알킬화제, 항대사성 물질, 호르몬제, 면역제, 인터페론형 물질, 사이클로옥시게나제 억제제, 메탈로매트릭스프로테아제 억제제, 텔로머라제 억제제, 티로신 키나제 억제제, 항성장인자 수용체 물질, 항-HER 물질, 항-EGFR 물질, 항-혈관생성 물질, 파르네실 트랜스퍼라제 억제제, ras-raf 시그날 전도 경로 억제제, 세포 주기 억제제, 기타 cdk 억제제, 튜불린 결합체, 토포이소머라제I 억제제, 토포이소머라제 II 억제제 등)과 같은 다른 항암 치료법과 병용하여 사용할 수 있다.

본 발명에서 사용되는 용어, 투여는 어떠한 적절한 방법으로 환자에게 본 발명의 조성물을 도입하는 것을 의미하며, 본 발명의 조성물의 투여경로는 해당 저해제의 종류나 대장암의 종류 등에 따라 선택되지만, 목적 조직에 도달할 수 있는 한 어떠한 일반적인 경로를 통하여 투여될 수 있다. 경구 투여, 복강 내 투여, 정맥 내 투여, 근육 내 투여, 피하 투여, 피내 투여, 비내 투여, 폐내 투여, 직장내 투여, 강내 투여, 복강 내 투여, 경막 내 투여가 이루어질 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.

본 발명의 조성물의 유효 투여량의 범위는 성별, 체표면적, 질환의 종류 및 중증도, 연령, 약물에 대한 민감도, 투여경로 및 배출비율, 투여시간, 치료기간, 표적세포, 발현 수준 등 기타 의학 분야에 잘 알려진 다양한 요인에 따라 달라질 수 있으며, 당 분야의 전문가들에 의해 용이하게 결정될 수 있다.

본 발명은 대장암에 특이적인 진단 마커로서 신규한 RNF121-FOLR2 융합유전자를 제공함으로써, 정확한 대장암 진단을 가능하게 하며, 대장암 환자의 계층화를 통해 임상예후를 예측하는 것, 대장암에 대한 치료의 유효성을 예측하는 것, RNF121-FOLR2 저해제에 의한 대장암 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능해진다. 또한, 이에 따라, 약물을 투여하는 것이 유효하지 않다고 생각되는 대장암 환자에 대한 약물의 투여를 제한할 수 있으므로, 효율적이고 안전한 맞춤형 대장암 치료를 실현하는 것이 가능해진다.

도 1은 융합유전자 선택 기준을 보여준다.
도 2는 융합유전자 연결부위 확인한 결과를 보여준다.
(M; DNA 마커, 1; B4GALT1-BAG1, 2; GTF3A-CDK8, 3; NAGLU-IKZF3, 4; RNF121-FOLR2, 5; STRN-ALK, 6; TAF4-NDRG3)
도 3은 융합유전자의 생어 시퀀싱 결과를 보여준다.
(화살표는 절단점을 의미한다)
도 4는 RNF121-FOLR2, TAF4-NDRG3 융합유전자의 도식적 구조를 보여준다.
도 5는 대장암 세포주에서 수용유전자와 융합유전자의 발현을 보여준다.
도 6은 HT29 세포주에서 발현된 RNF121-FOLR2 융합유전자의 생어 시퀀싱 결과를 보여준다.
도 7은 대장암 세포주(DLD-1 및 SW620)에서 RNF121-FOLR2 융합유전자 과발현시 세포 증식 결과를 보여준다. MTT 어세이는 세번 반복하였다. EV; 공벡터(empty vector), RF; RNF121-FORL2. (*; p<0.05 versus EV in a Student's t-test. #; p<0.05 versus each fusion gene expression vector in a Student's t-test)
도 8은 정상 섬유아세포주(NIH-3T3)에서 RNF121-FOLR2 융합유전자 과발현시 세포 증식 결과를 보여준다. MTT 어세이는 세번 반복하였다. EV; 공벡터(empty vector), RF; RNF121-FORL2. (*; p<0.05 versus EV in a Student's t-test. #; p<0.05 versus each fusion gene expression vector in a Student's t-test)

이하 본 발명을 실시예를 통하여 보다 상세하게 설명한다. 그러나, 이들 실시예는 본 발명을 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 발명의 범위가 이들 실시예에 한정되는 것은 아니다.

실시예 1 : 대장암 마커로서 신규한 융합유전자의 후보 선별

본 발명자들은 대장암 진단 마커를 개발하기 위해, 대규모 대장암 환자 코호트 분석을 통해 대장암-특이적으로 존재하는 융합유전자를 동정 및 선별하였다.

1-1. RNA-시퀀싱(sequencing)

본 발명자들은 2008년부터 2012년까지 부산대학병원과 화순 전남대학병원에서 대장암 진단하에 수술을 시행한 환자 조직을 사용하였다. 150 명의 환자 조직 중 50명의 환자는 정상조직도 함께 분석하였다. RNAiso Plus를 이용하여 환자 조직에서 총 RNA를 추출하였고(Takara Bio, 일본) TruSeq RNA sample Preparation Kit로 RNA-seq 라이브러리를 생성하였다(Illumina, 미국). cDNA 라이브러리는 HiSeq 2000으로 시퀀싱하여(Illumina, 미국) 인간참조게놈hg19 버전에 맞춰 분석하였다.

또한, 본 발명자들은 GFP 알고리즘으로 정상 조직에서는 나타나지 않는 in-frame shift 융합유전자를 찾고, 그 중 spanning reads가 10 이상이면서 염색체간의 거리가 85kb 이상인 융합유전자를 동정하여 deFuse, FusionMap 알고리즘으로 교차 검증하였다.

보다 상세하게, 150 명의 한국인 대장암 조직을 사용하여 RNA-시퀀싱을 수행하였고 GFP 알고리즘으로 찾은 융합유전자 2460개 중 in-frame shift를 유지하면서 정상조직에서는 발현되지않는 융합유전자는 101개였다. 그 중 spanning reads 10이상, 염색체간 거리 85kb이상인 융합유전자는 25개로 교차검증을 위해 deFuse, FusionMap 알고리즘을 추가로 적용하니 세 알고리즘 공통으로 나타난 융합유전자는 20개, GFP, deFuse 공통은 21개, GFP, FusionMap 공통은 24개인 것으로 나타났다. 최소 두 개이상의 알고리즘에서 나타난 25개의 융합유전자 중 수용 유전자의 FPKM 값과 기능을 분석였다.

그 결과, 도 1 및 표 1에 나타낸 바와 같이, 수용유전자의 발현값과 기능에 따라 최종 후보 발암성 융합 유전자 6 종(B4GALT1-BAG1, GTF3A-CDK8, NAGLU-IKZF3, RNF121-FOLR2, STRN-ALK, TAF4-NDRG3)을 선택하였다.

1-2. 융합유전자 검증

본 발명자들은 융합유전자 전사체를 검증하기 위해 융합유전자가 발현된 환자 샘플의 cDNA를 이용하여 역전사연쇄중합반응(reverse transcriptase-polymerase chain reaction, RT-PCR)과 생어 시퀀싱(sanger sequencing)을 실시하였다.

이때, RT-PCR 조건은 표 2에 나타내었다.

	프라이머 서열	산물 크기 (bp)	Tm (℃)
B4GALT1- BAG1	정방향: 5' - CCACACCACCGCACTGTC - 3'(서열번호 11)	200	55
	역방향: 5' - TTTCCTTCAGAGATTTTCCCTT - 3'(서열번호 12)
GTF3A - CDK8	정방향: 5' - ATCTGCTCCTTCCCTGACTG - 3'(서열번호 13)	208	55
	역방향: 5' - TGAAACTTGATTATATGCCAGAGG - 3'(서열번호 14)
NAGLU - IKZF3	정방향 : 5' - CTCTTCCTGCGAGAGCTGAT - 3'(서열번호 15)	248	55
	역방향: 5' - GCGTTATTGATGGCTTGGTC - 3'(서열번호 16)
RNF121 - FOLR2	정방향 : 5' - GAGGTGGAGGTTGGAGGTG - 3'(서열번호 17)	249	55
	역방향: 5' - GCTCTGATTCACCTGCTGGA - 3'(서열번호 18)
STRN - ALK	정방향 : 5' - CCACAAGTTGAAATACGGGACAGAA- 3'(서열번호 19)	134	55
	역방향: 5' - TCAGCTTGTACTCAGGGCTCT - 3'(서열번호 20)
TAF4 - NDRG3	정방향 : 5' - AAAGGAGATGCAGCAACAGG - 3'(서열번호 21)	240	55
	역방향: 5' - TCTCTGCGTCCATTGTAGGA - 3'(서열번호 22)

보다 상세하게, 각 환자샘플을 이용하여 융합유전자의 정션(junction) 부분을 RT-PCR로 증폭해 실제 융합유전자인지 확인하고자 하였다.

겔 로딩 결과, 도 2에 나타낸 바와 같이, RNF121-FOLR2 및 TAF4-NDRG3에서 예측하지 않았던 위치의 윗 밴드를 포함하는 두 개의 밴드가 확인되었고, 나머지 융합유전자들은 기대했던 사이즈에 밴드가 확인되었다.

또한, 모든 밴드에 대하여 생어 시퀀싱을 실시한 결과, 도 3에 나타낸 바와 같이, 융합유전자 연결부위가 RNA-시퀀싱 결과와 일치하는 것을 확인하였다.

또한, 도 4에 나타낸 바와 같이, 융합유전자 중 RNF121-FOLR2 밴드의 윗 밴드는 FOLR2 2번 엑손 영역의 비해석 부위를 포함하고 있었고, TAF4-NDRG3 밴드의 윗 밴드는 TAF4 14번 인트론을 포함하고 있었다.

따라서, 6개의 융합유전자 모두 각 환자에서 발현되는 융합유전자임이 확인되었다. 이후 하기 실시예에서는 융합유전자의 생물학적 기능 확인을 위하여 해석부위만을 포함하는 아래 밴드의 서열(수용 유전자에 해당)을 사용하였다.

실시예 2. 세포주에서의 융합유전자 발현

본 발명자들은 다양한 대장암 세포주(DLD-1, HT-29, SW480, SW620 및 HCT15)에서 수용유전자의 발현을 통해 융합유전자의 발현을 확인하기 위해 표 3에 개시된 프라이머를 이용하여 RT-PCR을 실시하였다.

간략하게, 94℃ 4분 동안 변성시킨 후 94℃ 40초, 55℃ 40초, 72℃ 40초를 30 사이클로 실시하였고 그 후 72℃ 7분 동안 반응시키는 과정을 Veriti Thermal cycler (Bio-Rad)을 이용하여 실시하였다.

	프라이머 서열	산물 크기 (bp)	Tm (℃)
BAG1	정방향 : 5' - GGTTTTCTGCCCAAGGATTT - 3'(서열번호 23)	108	55
	역방향: 5' - CAGTGTGTCAATCTCCTCCAAG - 3'(서열번호 24)
CDK8	정방향 : 5' - AGCAGGGCAATAACCACACT - 3'(서열번호 25)	118	55
	역방향: 5' - CCACCTGAGGTAGTGGTAGGA - 3'(서열번호 26)
IKZF3	정방향 : 5' - ATCAACAAGGAAGGGGAGGT - 3'(서열번호 27)	195	55
	역방향: 5' - GGCTCTGTGTTCTCCTCTGG - 3'(서열번호 28)
FOLR2	정방향 : 5' - GTGAAGGCCTCTGGAGTCAC - 3'(서열번호 29)	168	55
	역방향: 5' - CAGTCCCATGAAGCATCTCA - 3'(서열번호 30)
ALK	정방향 : 5' - GCAACATCAGCCTGAAGACA - 3'(서열번호 31)	192	55
	역방향: 5' - GCCTGTTGAGAGACCAGGAG - 3'(서열번호 32)
NDRG3	정방향 : 5' - CCACTCAACCTCGAGTAGCC - 3'(서열번호 33)	102	55
	역방향: 5' - TCAGGGGACTCACAGGATTC - 3'(서열번호 34)

그 결과, 도 5에 나타낸 바와 같이, BAG1, CDK8 및 NDRG3 수용유전자는 모든 대장암 세포주에서 발현된 반면, IKZF3, FOLR2 및 ALK 수용유전자는 발현되지 않았다.

또한, 흥미롭게도 발암성 융합유전자 후보 중 하나인 RNF121-FOLR2 융합유전자가 HT-29 세포주에서 발현되었다. 이를 생어 시퀀싱으로 분석한 결과, RNF121-FOLR2 참조서열과 일치하였다(도 6). HT-29에서 발현되는 RNF121-FOLR2를 제외하고 융합유전자가 발현되는 대장암 세포주는 없었다.

이에, 본 발명의 신규한 대장암 진단 마커로서 발암성 융합유전자 RNF121-FOLR2를 선별하여 하기 실시예에서는 RNF121-FOLR2를 이용하였다.

실시예 3. 세포주에서의 RNF121 - FOLR2 융합유전자 과발현시 세포 증식능 확인

본 발명자들은 RNF121-FOLR2 융합유전자가 코딩하고 있는 융합단백질의 발현이 발암과정에 기여하는지 여부를 확인하기 위하여, 상술한 선별된 발암성 융합유전자 RNF121-FOLR2로 형질 전환된 세포주들의 세포 증식능을 확인하였다.

먼저, 본 발명자들은 RNF121-FOLR2 융합유전자를 발현하는 환자샘플에서 수용유전자[정방향 프라이머: 5'-GTGGCGGCCGctcgaATGGTCTGGAAATGGATGCCACTT-3'(서열번호 35), 역방향 프라이머: 5'-GCCCTCTAGActcgaGCCAAGGAGCCAGAGTTGCA-3'(서열번호 36)]와 융합유전자 [정방향 프라이머: 5'-GTGGCGGCCGctcgaATGGCGGCAGTGGTGGAGGTGGA-3'(서열번호 37), 역방향 프라이머: 5'-GCCCTCTAGActcgaGCCAAGGAGCCAGAGTTGCA-3'(서열번호 36)]를 증폭하였다. 이때, 과발현 벡터를 만들기 위해서는 mRNA의 전체서열이 필요하므로 mRNA 서열의 5' 시작과 3' 끝 부분을 정확하게 잡는 프라이머로 제작하였다. 상기 프라이머 서열에서 GTGGCGGCCGctcga 및 GCCCTCTAGActcga 서열은 one step ligation 방법으로 mRNA을 벡터에 ligation 시킬 때 필요한 서열로 ligation 되는 부분의 벡터서열과 enzyme 서열로 이루어진 것이다.

pcDNA3.1-V5-His B(invitrogene, 미국) 벡터를 XhoI (NEB, 미국) enzyme으로 잘라에 one step ligation 방법을 통해 과발현 벡터를 제작하였다. 대조군으로는 pcDNA3.1-V5-His B를 이용하였다.

대장암 세포주인 DLD-1 및 SW620 세포주(한국세포주은행, 한국) 및 정상 세포주 NIH-3T3에 상기 과발현 벡터를 주입한 후 MTT 어세이를 실시하여 세포 증식율을 비교하였다.

그 결과, 도 7에 나타낸 바와 같이, RNF121-FOLR2 융합유전자로 형질 전환된 대장암 세포주들은 증가된 세포증식률을 나타냈다.

또한, 도 8에 나타낸 바와 같이, RNF121-FOLR2 융합유전자로 형질 전환된 정상 세포주인 NIH-3T3에서도 동일한 결과가 나타났다.

이는 RNF121-FOLR2 융합단백질의 발현이 세포주의 특성을 변하게 하였고, RNF121-FOLR2 융합유전자로 형질 전환된 세포들은 RNF121-FOLR2 융합단백질에 의해 생존과 증식률이 증가함을 보여준다.

실시예 4. RNF121 - FOLR2 융합유전자 및 이에 의해 암호화된 전사산물 및 융합단백질 분석

본 발명자들은 상기 실시예들을 통하여, 대장암 환자의 염색체 역위에 의해 발생한 융합유전자를 동정하였으며, 상기 융합유전자는 대장암에 있어서 RNF121 단백질과 FOLR2 단백질의 융합예로서 본 발명에서 처음으로 밝혔다.

4-1. RNF121 및 FOLR2 융합

본 발명에서 확인된 대장암 조직에서 특이적으로 존재하는 신규한 융합유전자 RNF121-FOLR2에 대하여 보다 상세하게 정리하였다.

공여유전자 (donor gene)	영역	수용유전자 (acceptor gene)	영역	거리 (bp)
RNF121	chr11: 71,640,170	FOLR2	chr11: 71,931,914	291,744

본 발명의 RNF121-FOLR2 융합유전자는 상기 표 4에서 정리하고 있는 단백질 단편들의 절단점(break point; 또는 융합 부위)에서 절단 및 융합된다. 상기 단편의 N말단(C말단 융합파트너의 경우) 또는 C말단(N말단 융합 파트너의 경우) 마지막에 포함되는 엑손과 절단되어 제거되는 엑손 사이의 인트론(intron) 부위 중 어느 지점에서 절단되어도 암호화되는 단백질 단편의 아미노산 서열에는 영향을 미치지 않게 되므로, 실제 절단되는 지점은 상기 인트론 위치 중 어느 지점이어도 무방하다.

4-2. RNF121 - FOLR2 융합유전자 및 RNF121 - FOLR2 융합단백질

본 발명에서 RNF121 단백질을 암호화하는 RNF121 유전자는 인간 유래 RNF121 유전자를 이용하였으며 인간의 염색체 11번(q13.4)에 위치하며, 이로부터 암호화되는 RNF121 단백질은 총 아미노산 길이가 327aa인 단백질이다. RNF121 단백질 또는 RNF121 단백질 단편은 RNF121-FOLR2 융합단백질의 N 말단쪽 융합파트너이다.

본 발명에서는 상기 GenBank accession no. NM_018320의 염기 서열을 갖는 RNF121 유전자를 사용하였다.

상기 RNF121 단백질의 단편은 GenBank accession no. NM_018320의 1번째 엑손(1번 염색체 상의 (+) 가닥(strand)을 기준으로 71639768 내지 71640170 염기위치)까지의 뉴클레오타이드 서열에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 것을 사용하였다.

상기 RNF121 단백질의 단편을 암호화하는 유전자 및 이로부터 암호화되는 RNF121 단백질에 대하여 하기 표 5 및 6에 정리하였다.

RNF121 단백질의 단편을 암호화하는 유전자

RNF121 유전자 (Accession No.)	RNF121 단백질 암호화 부위 (CDS)	RNF121 단백질 단편 암호화 부위: 엑손 기준	RNF121 단백질 단편 암호화 부위: cDNA 기준	염색체 상 절단위치	5' 말단 방향 절단위치
NM_018320	984 bp (서열번호 1)	엑손 1	서열번호 2	chr11: 71,640,170	1-63bp

RNF121 단백질의 단편

RNF121 단백질의 전체 길이 (Accession No.)	RNF121 단백질 단편 부위	N-말단방향 절단위치
327aa (Accession No. NP_060790) (서열번호 3)	서열번호 4	1-21aa

본 발명에서 FOLR2 단백질을 암호화하는 FOLR2 유전자는 인간 유래 FOLR2 유전자를 이용하였으며 인간의 염색체 11번(q13.4)에 위치하며, 이로부터 암호화되는 FOLR2 단백질은 총 아미노산 길이가 255aa인 단백질이다. FOLR2 단백질 또는 FOLR2 단백질 단편은 RNF121-FOLR2 융합단백질의 C 말단쪽 융합파트너이다.

본 발명에서는 상기 GenBank accession no. NM_000803의 염기 서열을 갖는 FOLR2 유전자를 사용하였다.

상기 FOLR2 단백질의 단편은 GenBank accession no. NM_000803의 3번째 엑손(1번 염색체 상의 (+) 가닥(strand)을 기준으로 71931914 내지 71932994 염기위치)까지의 뉴클레오타이드 서열에 의하여 암호화되는 아미노산 서열을 갖는 것을 사용하였다.

상기 FOLR2 단백질의 단편을 암호화하는 유전자 및 이로부터 암호화되는 FOLR2 단백질에 대하여 하기 표 7 및 8에 정리하였다.

FOLR2 단백질의 단편을 암호화 하는 유전자

FOLR2 유전자 Accession No.	FOLR2 단백질 암호화 부위 (CDS)	FOLR2 단백질 단편 암호화 부위: 엑손 기준	FOLR2 단백질 단편 암호화 부위: cDNA 기준	염색체 상 절단위치	5' 말단 방향 절단위치
NM_000803	768bp (서열번호 5)	엑손 3 - 엑손 5	서열번호 6	chr11: 71,931,914	151-768bp

FOLR2 단백질의 단편

FOLR2 단백질의 전체 길이 (Accession No.)	FOLR2 단백질 단편 부위	C-말단방향 절단위치
255aa (Accession No. NP_000794) (서열번호 7)	서열번호 8	51-255aa

상기 RNF121 단백질 또는 그의 단편과 FOLR2 단백질 또는 그의 단편이 융합된 RNF121-FOLR2 융합단백질을 암호화하는 융합유전자(RNF121-FOLR2 융합유전자 또는 FOLR2 융합유전자)는 5' 말단에 상기한 바와 같은 RNF121 단백질 또는 그의 단편을 암호화하는 뉴클레오타이드 분자 및 3' 말단에 상기한 바와 같은 FOLR2 단백질 또는 그의 단편을 암호화하는 뉴클레오타이드 분자를 포함하였다.

구체적으로, 본 발명에서 5' 말단 쪽에 NM_018320의 엑손 1의 뉴클레오타이드 서열과 3' 말단 쪽에 NM_000803의 엑손 3부터 엑손 5까지의 뉴클레오타이드 서열이 연결된 RNF121-FOLR2 융합유전자를 제조하였다.

보다 구체적으로, 본 발명에서는 5' 말단 쪽에 NM_018320의 1번째부터 63번째까지의 뉴클레오타이드 서열(서열번호 2)과 3' 말단 쪽에 NM_000803의 151번째부터 768번째까지의 뉴클레오타이드 서열(서열번호 6)이 연결된 RNF121-FOLR2 융합유전자(서열번호 9)를 제조하였다.

또한, 본 발명에서 상기 제조된 RNF121-FOLR2 융합유전자로부터 암호화된 RNF121-FOLR2 융합단백질은 N-말단 쪽에 RNF121 단백질의 1번째부터 21번째까지의 아미노산 서열(서열번호 4)과 C-말단 쪽에 FOLR2 단백질의 51번째부터 255번째까지의 아미노산 서열(서열번호 8)이 연결된 융합단백질(서열번호 10)이었다.

역전사연쇄중합반응 및 생어시퀀싱을 이용하여 RNF121-FOLR2 융합전사산물을 분석한 결과, RNF121-FOLR2 융합유전자는 RNF121 유전자 중 chr11: 71,640,170 위치에서 절단되어 서열번호 2를 5' 말단방향으로 보존하고, FOLR2 유전자 중 chr11: 71,931,914 위치에서 절단되어 서열번호 8을 3' 말단방향으로 보존한 형태로 융합되었음이 확인되었다.

이상 설명한 바와 같이, 본 발명에 따르면, 본 발명의 RNF121-FOLR2 융합유전자 또는 이에 암호화된 융합전사산물 및 융합단백질의 검출에 의하여 대장암 진단 및 대장암 환자의 예후를 진단하고, 더 나아가 RNF121-FOLR2를 타겟으로 하여 억제하는 저해제에 의한 대장암 치료의 유효성을 예측하는 것이 가능해진다.

이상의 설명으로부터, 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자는 본 발명이 그 기술적 사상이나 필수적 특징을 변경하지 않고서 다른 구체적인 형태로 실시될 수 있다는 것을 이해할 수 있을 것이다. 이와 관련하여, 이상에서 기술한 실시 예들은 모든 면에서 예시적인 것이며 한정적인 것이 아닌 것으로서 이해해야만 한다. 본 발명의 범위는 상기 상세한 설명보다는 후술하는 특허 청구범위의 의미 및 범위 그리고 그 등가 개념으로부터 도출되는 모든 변경 또는 변형된 형태가 본 발명의 범위에 포함되는 것으로 해석되어야 한다.

<110> Pusan National University Industry-University Cooperation Foundation PUSAN NATIONAL UNIVERSITY HOSPITAL <120> Novel FOLR2 Fusion Gene As Colon Cancer Diagnosis Marker and Uses Thereof <130> PNU1-328p <160> 37 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 984 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 1 atggcggcag tggtggaggt ggaggttgga ggtggtgctg ctggggaacg ggagctggat 60 gaggttgata tgtcagatct ctctccagaa gagcaatgga gggtcgagca cgcacgcatg 120 catgccaagc accgtggcca tgaagctatg catgctgaaa tggtcctcat cctcatcgca 180 accttggtgg tggcccagct gctcctggtg cagtggaagc agaggcaccc acgctcctac 240 aatatggtga ccctctttca gatgtgggtt gttcccctct atttcacagt gaagctgcac 300 tggtggaggt tcctagtgat ctggatcttg ttctctgctg tcacagcctt tgttaccttc 360 cgagccaccc gaaaacctct agtacagaca accccaaggt tggtttataa gtggttcctg 420 ctaatctata aaatcagcta tgccactggc attgttggct acatggctgt catgtttacc 480 ctctttggtc ttaacttatt attcaagatc aaaccagaag atgccatgga ctttggcatc 540 tcccttctct tctatggcct ctactatgga gttctggaac gggactttgc agaaatgtgt 600 gcagactaca tggcatctac catagggttc tacagcgagt cgggcatgcc taccaaacat 660 ctttcagaca gtgtgtgtgc tgtgtgtggg cagcagatct ttgtggacgt cagtgaagag 720 gggatcattg agaacacgta taggctgtcc tgcaatcatg tcttccacga gttctgcatc 780 cgtggctggt gcatcgtggg aaagaagcaa acgtgtccct actgcaaaga gaaggtagac 840 ctcaagagga tgttcagcaa tccctgggag aggcctcacg tcatgtatgg gcaactgctg 900 gactggcttc gatacttggt agcctggcag cctgtcatca ttggtgtagt ccaaggcatc 960 aactacatcc tgggcctgga atag 984 <210> 2 <211> 63 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121 fragment cDNA <400> 2 atggcggcag tggtggaggt ggaggttgga ggtggtgctg ctggggaacg ggagctggat 60 gag 63 <210> 3 <211> 327 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Met Ala Ala Val Val Glu Val Glu Val Gly Gly Gly Ala Ala Gly Glu 1 5 10 15 Arg Glu Leu Asp Glu Val Asp Met Ser Asp Leu Ser Pro Glu Glu Gln 20 25 30 Trp Arg Val Glu His Ala Arg Met His Ala Lys His Arg Gly His Glu 35 40 45 Ala Met His Ala Glu Met Val Leu Ile Leu Ile Ala Thr Leu Val Val 50 55 60 Ala Gln Leu Leu Leu Val Gln Trp Lys Gln Arg His Pro Arg Ser Tyr 65 70 75 80 Asn Met Val Thr Leu Phe Gln Met Trp Val Val Pro Leu Tyr Phe Thr 85 90 95 Val Lys Leu His Trp Trp Arg Phe Leu Val Ile Trp Ile Leu Phe Ser 100 105 110 Ala Val Thr Ala Phe Val Thr Phe Arg Ala Thr Arg Lys Pro Leu Val 115 120 125 Gln Thr Thr Pro Arg Leu Val Tyr Lys Trp Phe Leu Leu Ile Tyr Lys 130 135 140 Ile Ser Tyr Ala Thr Gly Ile Val Gly Tyr Met Ala Val Met Phe Thr 145 150 155 160 Leu Phe Gly Leu Asn Leu Leu Phe Lys Ile Lys Pro Glu Asp Ala Met 165 170 175 Asp Phe Gly Ile Ser Leu Leu Phe Tyr Gly Leu Tyr Tyr Gly Val Leu 180 185 190 Glu Arg Asp Phe Ala Glu Met Cys Ala Asp Tyr Met Ala Ser Thr Ile 195 200 205 Gly Phe Tyr Ser Glu Ser Gly Met Pro Thr Lys His Leu Ser Asp Ser 210 215 220 Val Cys Ala Val Cys Gly Gln Gln Ile Phe Val Asp Val Ser Glu Glu 225 230 235 240 Gly Ile Ile Glu Asn Thr Tyr Arg Leu Ser Cys Asn His Val Phe His 245 250 255 Glu Phe Cys Ile Arg Gly Trp Cys Ile Val Gly Lys Lys Gln Thr Cys 260 265 270 Pro Tyr Cys Lys Glu Lys Val Asp Leu Lys Arg Met Phe Ser Asn Pro 275 280 285 Trp Glu Arg Pro His Val Met Tyr Gly Gln Leu Leu Asp Trp Leu Arg 290 295 300 Tyr Leu Val Ala Trp Gln Pro Val Ile Ile Gly Val Val Gln Gly Ile 305 310 315 320 Asn Tyr Ile Leu Gly Leu Glu 325 <210> 4 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121 protein fragment <400> 4 Met Ala Ala Val Val Glu Val Glu Val Gly Gly Gly Ala Ala Gly Glu 1 5 10 15 Arg Glu Leu Asp Glu 20 <210> 5 <211> 768 <212> DNA <213> Homo sapiens <400> 5 atggtctgga aatggatgcc acttctgctg cttctggtct gtgtagccac catgtgcagt 60 gcccaggaca ggactgatct cctcaatgtc tgtatggatg ccaagcacca caagacaaag 120 ccaggtcctg aggacaagct gcatgaccaa tgcagtccct ggaagaagaa tgcctgctgc 180 acagccagca ccagccagga gctgcacaag gacacctccc gcctgtacaa ctttaactgg 240 gaccactgcg gcaagatgga gcccgcctgc aagcgccact tcatccagga cacctgtctc 300 tatgagtgct cacccaacct ggggccctgg atccagcagg tgaatcagag ctggcgcaaa 360 gaacgcttcc tggatgtgcc cttatgcaaa gaggactgtc agcgctggtg ggaggattgt 420 cacacctccc acacgtgcaa gagcaactgg cacagaggat gggactggac ctcaggagtt 480 aacaagtgcc cagctggggc tctctgccgc acctttgagt cctacttccc cactccagct 540 gccctttgtg aaggcctctg gagtcactca tacaaggtca gcaactacag ccgagggagc 600 ggccgctgca tccagatgtg gtttgattca gcccagggca accccaacga ggaagtggcg 660 aggttctatg ctgcagccat gcatgtgaat gctggtgaga tgcttcatgg gactgggggt 720 ctcctgctca gtctggccct gatgctgcaa ctctggctcc ttggctga 768 <210> 6 <211> 617 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FOLR2 fragment cDNA <400> 6 gcagtccctg gaagaagaat gcctgctgca cagccagcac cagccaggag ctgcacaagg 60 acacctcccg cctgtacaac tttaactggg accactgcgg caagatggag cccgcctgca 120 agcgccactt catccaggac acctgtctct atgagtgctc acccaacctg gggccctgga 180 tccagcaggt gaatcagagc tggcgcaaag aacgcttcct ggatgtgccc ttatgcaaag 240 aggactgtca gcgctggtgg gaggattgtc acacctccca cacgtgcaag agcaactggc 300 acagaggatg ggactggacc tcaggagtta acaagtgccc agctggggct ctctgccgca 360 cctttgagtc ctacttcccc actccagctg ccctttgtga aggcctctgg agtcactcat 420 acaaggtcag caactacagc cgagggagcg gccgctgcat ccagatgtgg tttgattcag 480 cccagggcaa ccccaacgag gaagtggcga ggttctatgc tgcagccatg catgtgaatg 540 ctggtgagat gcttcatggg actgggggtc tcctgctcag tctggccctg atgctgcaac 600 tctggctcct tggctga 617 <210> 7 <211> 255 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 7 Met Val Trp Lys Trp Met Pro Leu Leu Leu Leu Leu Val Cys Val Ala 1 5 10 15 Thr Met Cys Ser Ala Gln Asp Arg Thr Asp Leu Leu Asn Val Cys Met 20 25 30 Asp Ala Lys His His Lys Thr Lys Pro Gly Pro Glu Asp Lys Leu His 35 40 45 Asp Gln Cys Ser Pro Trp Lys Lys Asn Ala Cys Cys Thr Ala Ser Thr 50 55 60 Ser Gln Glu Leu His Lys Asp Thr Ser Arg Leu Tyr Asn Phe Asn Trp 65 70 75 80 Asp His Cys Gly Lys Met Glu Pro Ala Cys Lys Arg His Phe Ile Gln 85 90 95 Asp Thr Cys Leu Tyr Glu Cys Ser Pro Asn Leu Gly Pro Trp Ile Gln 100 105 110 Gln Val Asn Gln Ser Trp Arg Lys Glu Arg Phe Leu Asp Val Pro Leu 115 120 125 Cys Lys Glu Asp Cys Gln Arg Trp Trp Glu Asp Cys His Thr Ser His 130 135 140 Thr Cys Lys Ser Asn Trp His Arg Gly Trp Asp Trp Thr Ser Gly Val 145 150 155 160 Asn Lys Cys Pro Ala Gly Ala Leu Cys Arg Thr Phe Glu Ser Tyr Phe 165 170 175 Pro Thr Pro Ala Ala Leu Cys Glu Gly Leu Trp Ser His Ser Tyr Lys 180 185 190 Val Ser Asn Tyr Ser Arg Gly Ser Gly Arg Cys Ile Gln Met Trp Phe 195 200 205 Asp Ser Ala Gln Gly Asn Pro Asn Glu Glu Val Ala Arg Phe Tyr Ala 210 215 220 Ala Ala Met His Val Asn Ala Gly Glu Met Leu His Gly Thr Gly Gly 225 230 235 240 Leu Leu Leu Ser Leu Ala Leu Met Leu Gln Leu Trp Leu Leu Gly 245 250 255 <210> 8 <211> 205 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> FOLR2 protein fragment <400> 8 Cys Ser Pro Trp Lys Lys Asn Ala Cys Cys Thr Ala Ser Thr Ser Gln 1 5 10 15 Glu Leu His Lys Asp Thr Ser Arg Leu Tyr Asn Phe Asn Trp Asp His 20 25 30 Cys Gly Lys Met Glu Pro Ala Cys Lys Arg His Phe Ile Gln Asp Thr 35 40 45 Cys Leu Tyr Glu Cys Ser Pro Asn Leu Gly Pro Trp Ile Gln Gln Val 50 55 60 Asn Gln Ser Trp Arg Lys Glu Arg Phe Leu Asp Val Pro Leu Cys Lys 65 70 75 80 Glu Asp Cys Gln Arg Trp Trp Glu Asp Cys His Thr Ser His Thr Cys 85 90 95 Lys Ser Asn Trp His Arg Gly Trp Asp Trp Thr Ser Gly Val Asn Lys 100 105 110 Cys Pro Ala Gly Ala Leu Cys Arg Thr Phe Glu Ser Tyr Phe Pro Thr 115 120 125 Pro Ala Ala Leu Cys Glu Gly Leu Trp Ser His Ser Tyr Lys Val Ser 130 135 140 Asn Tyr Ser Arg Gly Ser Gly Arg Cys Ile Gln Met Trp Phe Asp Ser 145 150 155 160 Ala Gln Gly Asn Pro Asn Glu Glu Val Ala Arg Phe Tyr Ala Ala Ala 165 170 175 Met His Val Asn Ala Gly Glu Met Leu His Gly Thr Gly Gly Leu Leu 180 185 190 Leu Ser Leu Ala Leu Met Leu Gln Leu Trp Leu Leu Gly 195 200 205 <210> 9 <211> 681 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121-FOLR2 fusion <400> 9 atggcggcag tggtggaggt ggaggttgga ggtggtgctg ctggggaacg ggagctggat 60 gagtgcagtc cctggaagaa gaatgcctgc tgcacagcca gcaccagcca ggagctgcac 120 aaggacacct cccgcctgta caactttaac tgggaccact gcggcaagat ggagcccgcc 180 tgcaagcgcc acttcatcca ggacacctgt ctctatgagt gctcacccaa cctggggccc 240 tggatccagc aggtgaatca gagctggcgc aaagaacgct tcctggatgt gcccttatgc 300 aaagaggact gtcagcgctg gtgggaggat tgtcacacct cccacacgtg caagagcaac 360 tggcacagag gatgggactg gacctcagga gttaacaagt gcccagctgg ggctctctgc 420 cgcacctttg agtcctactt ccccactcca gctgcccttt gtgaaggcct ctggagtcac 480 tcatacaagg tcagcaacta cagccgaggg agcggccgct gcatccagat gtggtttgat 540 tcagcccagg gcaaccccaa cgaggaagtg gcgaggttct atgctgcagc catgcatgtg 600 aatgctggtg agatgcttca tgggactggg ggtctcctgc tcagtctggc cctgatgctg 660 caactctggc tccttggctg a 681 <210> 10 <211> 226 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121-FOLR2 fusion <400> 10 Met Ala Ala Val Val Glu Val Glu Val Gly Gly Gly Ala Ala Gly Glu 1 5 10 15 Arg Glu Leu Asp Glu Cys Ser Pro Trp Lys Lys Asn Ala Cys Cys Thr 20 25 30 Ala Ser Thr Ser Gln Glu Leu His Lys Asp Thr Ser Arg Leu Tyr Asn 35 40 45 Phe Asn Trp Asp His Cys Gly Lys Met Glu Pro Ala Cys Lys Arg His 50 55 60 Phe Ile Gln Asp Thr Cys Leu Tyr Glu Cys Ser Pro Asn Leu Gly Pro 65 70 75 80 Trp Ile Gln Gln Val Asn Gln Ser Trp Arg Lys Glu Arg Phe Leu Asp 85 90 95 Val Pro Leu Cys Lys Glu Asp Cys Gln Arg Trp Trp Glu Asp Cys His 100 105 110 Thr Ser His Thr Cys Lys Ser Asn Trp His Arg Gly Trp Asp Trp Thr 115 120 125 Ser Gly Val Asn Lys Cys Pro Ala Gly Ala Leu Cys Arg Thr Phe Glu 130 135 140 Ser Tyr Phe Pro Thr Pro Ala Ala Leu Cys Glu Gly Leu Trp Ser His 145 150 155 160 Ser Tyr Lys Val Ser Asn Tyr Ser Arg Gly Ser Gly Arg Cys Ile Gln 165 170 175 Met Trp Phe Asp Ser Ala Gln Gly Asn Pro Asn Glu Glu Val Ala Arg 180 185 190 Phe Tyr Ala Ala Ala Met His Val Asn Ala Gly Glu Met Leu His Gly 195 200 205 Thr Gly Gly Leu Leu Leu Ser Leu Ala Leu Met Leu Gln Leu Trp Leu 210 215 220 Leu Gly 225 <210> 11 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> B4GALT1-BAG1 primer F <400> 11 ccacaccacc gcactgtc 18 <210> 12 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> B4GALT1-BAG1 primer R <400> 12 tttccttcag agattttccc tt 22 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GTF3A-CDK8 primer F <400> 13 atctgctcct tccctgactg 20 <210> 14 <211> 24 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GTF3A-CDK8 primer R <400> 14 tgaaacttga ttatatgcca gagg 24 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NAGLU-IKZF3 primer F <400> 15 ctcttcctgc gagagctgat 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NAGLU-IKZF3 primer R <400> 16 gcgttattga tggcttggtc 20 <210> 17 <211> 19 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121-FOLR2 primer F <400> 17 gaggtggagg ttggaggtg 19 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> RNF121-FOLR2 primer R <400> 18 gctctgattc acctgctgga 20 <210> 19 <211> 25 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> STRN-ALK primer F <400> 19 ccacaagttg aaatacggga cagaa 25 <210> 20 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> STRN-ALK primer R <400> 20 tcagcttgta ctcagggctc t 21 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TAF4-NDRG3 primer F <400> 21 aaaggagatg cagcaacagg 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TAF4-NDRG3 primer R <400> 22 tctctgcgtc cattgtagga 20 <210> 23 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BAG1 primer F <400> 23 ggttttctgc ccaaggattt 20 <210> 24 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BAG1 primer R <400> 24 cagtgtgtca atctcctcca ag 22 <210> 25 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CDK8 primer F <400> 25 agcagggcaa taaccacact 20 <210> 26 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CDK8 primer R <400> 26 ccacctgagg tagtggtagg a 21 <210> 27 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IKZF3 primer F <400> 27 atcaacaagg aaggggaggt 20 <210> 28 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> IKZF3 primer R <400> 28 ggctctgtgt tctcctctgg 20 <210> 29 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FOLR2 primer F <400> 29 gtgaaggcct ctggagtcac 20 <210> 30 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> FOLR2 primer R <400> 30 cagtcccatg aagcatctca 20 <210> 31 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ALK primer F <400> 31 gcaacatcag cctgaagaca 20 <210> 32 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ALK primer R <400> 32 gcctgttgag agaccaggag 20 <210> 33 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NDRG3 primer F <400> 33 ccactcaacc tcgagtagcc 20 <210> 34 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> NDRG3 primer R <400> 34 tcaggggact cacaggattc 20 <210> 35 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer F <400> 35 gtggcggccg ctcgaatggt ctggaaatgg atgccactt 39 <210> 36 <211> 35 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer R <400> 36 gccctctaga ctcgagccaa ggagccagag ttgca 35 <210> 37 <211> 38 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> primer F <400> 37 gtggcggccg ctcgaatggc ggcagtggtg gaggtgga 38

Claims

하기의 구조식으로 이루어진 RNF121-FOLR2 융합단백질:
N-[RNF121(Ring Finger Protein 121)의 N 말단을 포함하는 단편]-[FOLR2(Folate receptor beta)의 C 말단을 포함하는 단편]-C.
제1항에 있어서, 상기 RNF121 또는 FOLR2는 인간 유래인 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제2항에 있어서, 상기 인간 유래 RNF121은 서열번호 3의 아미노산 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제1항에 있어서, 상기 RNF121의 N 말단을 포함하는 단편은 인간 유래 RNF121 단백질에 있어서 N 말단으로부터 1번째 내지 21번째 아미노산을 포함하는 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제1항에 있어서, 상기 RNF121의 N 말단을 포함하는 단편은 서열번호 4의 아미노산 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제2항에 있어서, 상기 인간 유래 FOLR2은 서열번호 7의 아미노산 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제1항에 있어서, 상기 FOLR2의 C 말단을 포함하는 단편은 인간 유래 FOLR2 단백질에 있어서 N 말단으로부터 51번째 내지 255번째 아미노산을 포함하는 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
제1항에 있어서, 상기 FOLR2의 C 말단을 포함하는 단편은 서열번호 8의 아미노산 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합단백질.
하기의 구조식으로 이루어진 RNF121-FOLR2 융합유전자 폴리뉴클레오티드:
5'-[RNF121(Ring Finger Protein 121) 유전자의 5' 말단을 포함하는 단편]-[FOLR2(Folate receptor beta) 유전자의 3' 말단을 포함하는 단편]-3'.
제9항에 있어서, 상기 RNF121 유전자는 서열번호 2의 염기 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합유전자 폴리뉴클레오티드.
제9항에 있어서, 상기 FOLR2 유전자는 서열번호 6의 염기 서열로 이루어진 것을 특징으로 하는, RNF121-FOLR2 융합유전자 폴리뉴클레오티드.
제1항에 따른 RNF121-FOLR2 융합단백질, 제9항에 따른 RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물을 측정하는 제제를 포함하는 대장암 진단용 조성물.
제12항에 있어서, 상기 융합유전자의 전사산물은 mRNA인 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제13항에 있어서, 상기 융합유전자의 mRNA를 측정하는 제제는 상기 융합유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머를 포함하는 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제14항에 있어서, 상기 융합유전자의 mRNA에 특이적으로 결합하는 프라이머는 프라이머에 의해 증폭되는 영역이 융합 대상인 두 유전자의 절단점(break point)을 포함하도록 하기 위해, 절단점을 사이에 두도록 설계된 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제15항에 있어서, 상기 프라이머는, RNF121 단백질의 N 말단을 암호화하는 염기서열에 특이적인 프라이머 및 FOLR2의 C 말단을 암호화하는 염기서열에 특이적인 프라이머를 포함하는 프라이머쌍인 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제16항에 있어서, 상기 프라이머쌍은 서열번호 17 및 서열번호 18의 염기서열로 구성된 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제12항에 있어서, 상기 융합유전자를 측정하는 제제는 상기 융합유전자에 특이적으로 결합하는 프로브 또는 프라이머를 포함하는 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제12항에 있어서, 상기 융합단백질을 측정하는 제제는 상기 단백질에 특이적인 항체를 포함하는 것을 특징으로 하는, 대장암 진단용 조성물.
제12항의 조성물을 포함하는 대장암 진단용 키트.
제20항에 있어서, 상기 키트는 RT-PCR 키트, DNA 칩 키트 또는 단백질 칩 키트인 것을 특징으로 하는 대장암 진단용 키트.
다음 단계를 포함하는 대장암 진단을 위한 정보 제공 방법:
(a) 대장암이 의심되는 개체의 분리된 시료로부터 제1항에 따른 RNF121-FOLR2 융합단백질, 제9항에 따른 RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물의 수준을 측정하는 단계; 및
(b) 상기 측정된 RNF121-FOLR2 융합단백질, RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물의 발현 수준을 정상 대조군 시료의 RNF121-FOLR2 융합단백질, RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물의 발현 수준과 비교하는 단계.
제22항에 있어서, 상기 대장암이 의심되는 개체의 분리된 시료로부터 측정된 RNF121-FOLR2 융합단백질, RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물의 발현 수준이 정상 대조군 시료의 RNF121-FOLR2 융합단백질, RNF121-FOLR2 융합유전자, 또는 상기 융합유전자의 전사산물의 발현 수준보다 높을 경우, 대장암으로 진단하는 것을 특징으로 하는, 대장암 진단을 위한 정보 제공 방법.
다음 단계를 포함하는 대장암 치료제의 스크리닝 방법:
(a) 대장암 치료용 후보물질을 제9항의 RNF121-FOLR2 융합유전자를 발현하는 세포에 처리하는 단계; 및
(b) 상기 (a) 단계의 세포에서 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준을 측정하는 단계.
제24항에 있어서, 상기 대장암 치료용 후보물질 처리에 의해 RNF121-FOLR2 융합유전자의 발현 수준이 낮아질 경우, 대장암 치료제로 판단하는 것을 특징으로 하는, 대장암 치료제의 스크리닝 방법.
RNF121-FOLR2 융합유전자; 이의 전사산물 또는 이의 단백질 발현 또는 활성을 억제하는 억제제를 유효성분으로 포함하는 대장암의 예방 또는 치료용 약학적 조성물.
제26항에 있어서, 상기 억제제는 siRNA(small interference RNA), shRNA(short hairpin RNA), miRNA(microRNA), 리보자임(ribozyme), DNAzyme, PNA(peptide nucleic acids), 안티센스 올리고뉴클레오타이드, 항체, 앱타머, 천연 추출물 및 화학물질로 이루어진 군으로부터 선택된 1 종 이상인 것을 특징으로 하는 조성물.