KR20180083902A

KR20180083902A - 다낭성 신장병의 바이오마커 및 그의 용도

Info

Publication number: KR20180083902A
Application number: KR1020187016766A
Authority: KR
Inventors: 니콜라이 부카노브; 사라 모레노; 티모시 이. 위든
Original assignee: 젠자임 코포레이션
Priority date: 2015-11-18
Filing date: 2016-11-15
Publication date: 2018-07-23
Also published as: ZA201803035B; EA201891170A1; MX2018006250A; WO2017087409A1; CO2018006126A2; JP2019502902A; US11116755B2; JP6895963B2; CN108700594B; US20180338961A1; AU2016357720A1; US20210379031A1; EP3377908A1; EP3377908B1; BR112018009879A2; CN108700594A

Abstract

환자에서의 다낭성 신장병(PKD)에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법은 AMBP의 단회 또는 다회 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 또한 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 및 PKD의 추가의 마커에 특이적으로 결합하는 적어도 하나의 항체를 포함하는 키트가 제공된다.

Description

다낭성 신장병의 바이오마커 및 그의 용도

관련 출원의 상호 참조

본 출원은 2015년 11월 18일에 출원된 미국 특허 가출원 제62/257,089호에 대해 우선권을 주장하며, 이의 전체 내용이 참조로 본원에 포함된다.

기술분야

본 발명은 분자 의학 및 분자 생물학의 방법에 관한 것이다.

다낭성 신장병(PKD)은 시간이 지남에 따라 환자의 신장에서 유체-충전된 상피-라이닝 낭종이 형성되는 것을 특징으로 하는 흔한 유전 장애이다(문헌[Park et al., BMB Reports 44:359-368, 2011]). PKD 환자에서 낭종은 수십 년에 걸쳐 크기와 수가 증가할 수 있으며, 인접한 신실질(renal parenchyma)을 대신하고 이를 파괴하며, 이는 궁극적으로 환자에서 말기 신장병을 야기할 수 있다(문헌[Chapin et al., J. Cell Biol. 191:701-710, 2010]). 분화 및 극성 소실에 부가하여, 증가된 증식 및 아폽토시스를 포함하는 여러 메커니즘이 PKD에 기여하는 것으로 나타났다(문헌[Belibi et al., Expert. Opin. Invest. Drugs 19:315-328, 2010]). 많은 말기 PKD 환자는 신부전을 약화시키기 위하여 이식 또는 혈액투석에 의존한다(상기 문헌[Park et al., 2011]).

2가지 유형의 PKD: 상염색체 우성 PKD(ADPKD) 및 상염색체 열성 PKD(ARPKD)가 존재한다. 2006년도에, 미국에서 약 500,000명의 사람들이 PKD를 갖는 것으로 진단받았으며, 500 내지 1,000명의 사람들 중 약 1명의 사람이 ADPKD에 이환되고, 20,000 내지 40,000명의 사람들 중 약 1명의 사람이 ARPKD에 이환된다. ADPKD는 가장 흔한 신장 유전 장애이며, 미국에서 말기 신장병 환자의 약 5%를 차지한다(문헌[Pei et al., Adv. Chronic Kidney Dis. 17:140-152, 2010]).

본 발명은 적어도 부분적으로, α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준이 PKD를 갖는 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변 시료) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료에서 상승되며, 초기 단계 PKD를 갖는 환자에서의 수준에 비해 후기 단계 PKD를 갖는 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변 시료) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료에서 증가되고, PKD의 치료적으로 유효한 치료를 투여받은 PKD 대상체로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변 시료) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료에서 감소된다는 발견에 기반한다. 상기 발견의 관점에서, AMBP 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 환자에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다.

(a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; (c) 환자에게 PKD 치료를 투여하는 단계; (d) 단계 (c) 이후 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (e) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준보다 낮은 경우 투여되는 치료를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)에 대한 치료 효능의 결정 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 환자는 상염색체 우성 PKD를 갖는다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 환자는 상염색체 열성 PKD를 갖는다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 치료는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드); 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 및 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르의 군으로부터 선택된다.

이들 방법의 일부 구현예는 (f) 치료가 유효한 것으로 확인되는 경우, 추가 용량의 GCS 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 추가 용량의 GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 또는 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르를 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 치료는 CDK 억제제(예를 들어, R-로스코비틴 또는 S-CR8)를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예는 (f) 치료가 유효한 것으로 확인되는 경우, 추가 용량의 CDK 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 추가 용량의 CDK 억제제는 R-로스코비틴 또는 S-CR8을 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (d)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계는 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (d)는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함한다.

또한 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 병기결정 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 우성 PKD이다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 열성 PKD이다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 시료는 소변을 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예는 (d) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예는 (d) (c) 이후 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확정하는 단계를 추가로 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계는 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, (b)는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함한다.

또한 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 병기결정 방법이 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 우성 PKD이다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 열성 PKD이다.

또한 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준이 대조군 수준에 비해 상승된 경우 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법이 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 우성 PKD이다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 열성 PKD이다. 상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 시료는 소변을 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예는 (d) 환자에게 PKD 치료를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 치료는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드); 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 및 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르의 군으로부터 선택된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 치료는 CDK 억제제(예를 들어, R-로스코비틴 또는 S-CR8)를 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예는 (d) 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 대조군 수준은 역치 수준 또는 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 수준이다.

또한 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준이 대조군 수준에 비해 상승된 경우 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 우성 PKD이다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD는 상염색체 열성 PKD이다.

또한 (a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; (c) 단계 (b) 이후 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (d) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준 이하인 경우 환자가 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 모니터링 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 환자는 상염색체 우성 PKD를 갖는다. 이들 방법의 일부 구현예에서, PKD 환자는 상염색체 열성 PKD를 갖는다. 이들 방법의 일부 구현예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 포함한다.

이들 방법의 일부 구현예는 (e) 동일한 치료를 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (c)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계는 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (c)는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함한다.

또한 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 및 다낭성 신장병의 추가의 단백질 마커에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하거나, 이로 이루어지거나, 이로 본질적으로 이루어지는 키트가 제공된다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 명사 앞의 단수형을 나타내는 단어 ("a")는 하나 이상의 그 특정 명사를 나타낸다. 예를 들어, 어구 "하나의 마커"는 "하나 이상의 마커"를 나타낸다.

용어 "환자"는 인간, 가축 및 농장 동물 및 동물원, 스포츠 또는 애완 동물, 예를 들어, 마우스, 토끼, 돼지, 양, 염소, 소, 말(예를 들어, 경마용 말) 및 보다 고등한 영장류를 포함하는 포유강의 임의의 구성원을 포함하는 척추동물을 의미한다. 바람직한 구현예에서, 환자는 인간이다.

용어 "생물학적 유체"는 포유류 환자로부터 수득되는 임의의 유체(예를 들어, 혈액, 혈장, 혈청 또는 다른 혈액 분획, 림프, 소변, 뇌척수액, 복수, 타액, 모유, 눈물, 질 분비물, 양수, 세척액, 정액, 샘 분비물, 삼출물 및 낭종의 내용물 또는 대변)를 의미한다. 바람직한 구현예에서, 생물학적 유체는 소변, 혈액, 혈청 또는 혈장이다.

다르게 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 당업자에 의해 보편적으로 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 방법 및 물질은 본 발명에서의 용도를 위해 본원에 기재되어 있으며; 해당 분야에 알려진 다른 적합한 방법 및 물질 또한, 사용될 수 있다. 물질, 방법 및 예는 단지 예시적인 것일 뿐 제한하려는 것이 아니다. 본원에 언급된 모든 공개, 특허 출원, 특허, 서열, 데이터베이스 엔트리 및 다른 참고문헌들은 그 전체가 참조로 포함된다. 상충하는 경우, 정의를 포함한 본 명세서가 좌우할 것이다.

본 발명의 다른 특징 및 이점들은 하기 상세한 설명 및 도면, 및 청구항으로부터 명확해질 것이다.

도 1은 2명의 건강한 환자로부터의 소변 내 AMBP 단백질 수준(왼쪽 3개 레인; 정상) 및 256 mL 내지 1972 mL 범위의 총 신장 부피를 갖는 ADPKD 환자로부터의 소변 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 2는 환자에서 총 신장 부피(TKV)의 함수로서 건강한 환자(흰 원; 정상) 및 ADPKD를 갖는 환자(검은 원) 모두의 소변 내 AMBP 단백질의 정량화된 수준(도 1의 면역블롯으로부터 정량화됨)을 나타내는 그래프이다.
도 3은 건강한 환자(N; 정상) 및 ADPKD를 갖는 3명의 환자(P1, P2, 및 P3)로부터의 신장 용해액 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 4는 건강한 환자(정상 환자)(왼쪽 패널) 및 ADPKD를 갖는 환자(오른쪽 패널)로부터의 신장 조직의 면역형광 현미경사진이다. AMBP 단백질을 나타내며, 근위 요세관(PT)(화살표로 나타냄)에 편재되며, PT의 마커인 지단백질 리파제(LTL), 및 DNA 염색제인 4',6-디아미디노-2-페닐인돌(DAPI)을 나타낸다.
도 5는 야생형(WT) 마우스 대비 64일령 jck 마우스로부터의 신장에서 AMBP mRNA의 배율-발현 수준을 나타내는 그래프이다. 64일령 jck 마우스 및 WT 마우스로부터의 신장에서 AMBP mRNA의 발현은 RT-PCR을 사용하여 결정하였다.
도 6은 출생 후 26일, 50일, 및 64일차에 야생형(WT) 대조군 마우스 및 jck 마우스로부터의 신장 용해액 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 7은 출생 후 26일, 50일, 및 64일차에 야생형(WT) 대조군 마우스 및 jck 마우스로부터의 신장 용해액 내 AMBP 단백질의 정량화된 수준을 나타내는 그래프이다(도 6의 면역블롯으로부터 정량화됨).
도 8은 출생 후 26일, 50일, 및 64일차에 야생형 대조군 마우스(상부 왼쪽 패널) 및 jck 마우스(각각 상부 오른쪽, 하부 왼쪽, 및 하부 오른쪽)로부터의 신장 조직의 면역형광 현미경사진이다. AMBP 단백질, LTL, 및 DAPI를 나타낸다.
도 9는 출생 후 26일, 33일, 41일, 48일, 및 64일차에 야생형 마우스 및 jck 마우스로부터 수집된 소변 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 10은 출생 후 26일, 33일, 41일, 48일, 및 64일차에 야생형 마우스 및 jck 마우스로부터 수집된 소변 내 AMBP 단백질의 정량화된 수준을 나타내는 그래프이다(도 9의 면역블롯으로부터 정량화됨).
도 11은 출생 후 26일 및 64일차에 야생형(대조군) 마우스 및 Pkd1 cKO 마우스로부터의 신장 용해액 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 12는 출생 후 26일차에 야생형(대조군) 마우스(왼쪽 패널), Pkd1 cKO 마우스, 및 출생 후 64일차에 Pkd1 cKO 마우스의 신장 조직의 면역형광 현미경사진이다. AMBP 단백질 및 LTL을 나타내며, “PT”는 근위 요세관을 나타내고, “CY”는 낭종을 나타낸다.
도 13은 출생 후 26일, 33일, 41일, 48일 및 64일차에 야생형(대조군; C) 마우스 또는 Pkd1 cKO 마우스로부터 수집된 소변 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 14는 출생 후 26일, 33일, 41일, 48일, 및 64일차에 대조군(밝은 데이터) 및 3마리의 Pkd1 cKO 마우스로부터 수집된 소변 내 AMBP 단백질의 정량화된 수준을 나타내는 그래프이다(도 13의 면역블롯으로부터 정량화됨).
도 15는 jck 마우스에서 AMBP 단백질 수준에 대한 출생 후 26일 내지 64일차에 사료에 존재하는 0.2% 로스코비틴의 효과를 검사하기 위한 동물 모델 연구의 모식도이다.
도 16은 출생 후 26일 내지 64일차에 사료에서 비히클 또는 0.2% 로스코비틴을 수여받은 64일령 jck 마우스에서 신장 대 체중 측정을 나타내는 그래프이다.
도 17은 출생 후 26일 내지 64일차에 사료에서 비히클 또는 0.2% 로스코비틴을 수여받은 64일령 jck 마우스의 신장 용해액 및 소변 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 그래프이다.
도 18은 jck 마우스에서 낭종 부피 및 AMBP 수준에 대한 S-CR8의 상이한 치료 일정의 효과를 검사하기 위한 동물 모델 연구의 모식도이다. 연구에서 Jck 마우스를 하기 S-CR8 치료 일정 중 하나로 치료하였다(각각 출생 후 26일차에 시작함): (A) 5주 동안 1일 1회 복강내 주사; (B) 3주 매일 복강내 주사, 및 2주 비치료; 및 (D) 1주 매일 복강내 주사, 및 4주 비치료. 출생 후 64일차에 모든 마우스로부터 소변을 수집하였다.
도 19는 5주 동안 매일(출생 후 26일차에 시작함) 비히클이 투여된 jck 마우스 및 S-CR8 치료 일정 A, B, 및 D가 투여된 jck 마우스(도 18에 기재된 바와 같음)에서 낭종 부피를(체중의 백분율로) 나타내는 그래프이다.
도 20은 5주 동안 매일(출생 후 26일차에 시작함) 비히클이 투여된 마우스 및 S-CR8 치료 일정 A, B, 및 D가 투여된 jck 마우스(도 18에 기재된 바와 같음)에서 출생 후 64일차에 수집된 소변 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.
도 21은 5주 동안 매일(출생 후 26일차에 시작함) 비히클이 투여된 마우스 및 S-CR8 치료 일정 A, B, 및 D가 투여된 jck 마우스(도 18에 기재된 바와 같음)에서 출생 후 64일차에 수집된 소변 내 AMBP 단백질의 정량화된 수준을 나타내는 그래프이다(도 20의 면역블롯으로부터 정량화됨).
도 22는 출생 후 26일 내지 64일차에 GCSi로 만성 치료 후 64일령 jck 마우스로부터 수득되는 소변 및 신장 용해액 내 AMBP 단백질 수준을 나타내는 면역블롯이다.

상세한 설명

AMBP의 단회 또는 다회 수준을 결정하는 단계를 포함하는, 환자에서의 PKD(예를 들어, ADPKD 또는 ARPKD)에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다. 또한 AMBP에 특이적으로 결합하는 항체, 및 PKD의 추가의 단백질 마커(예를 들어, 본원에 기재되거나, 해당 분야에 알려져 있는 PKD의 추가의 단백질 마커 중 임의의 것)에 특이적으로 결합하는 항체를 포함하는 키트가 제공된다. 이들 방법의 비제한적인 양태는 하기에 기재되어 있다. 해당 분야에서 인식될 수 있는 바와 같이, 하기에 기재된 다양한 양태가 제한 없이 임의의 조합으로 사용될 수 있다.

다낭성 신장병

본원에 기재된 방법은 환자가 PKD를 가짐을 확인하거나, 진단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 환자가 PKD를 갖는 것으로 진단하는 비제한적인 예가 본원에 제공되어 있으며, 하기에 기재되어 있다.

다른 예에서, 환자에서 하기 증상들: 고혈압, 등 또는 측부 통증, 두통, 복부 크기 증가, 혈뇨, 빈뇨, 신장 결석, 신부전, 요관 또는 신장 감염, 신장 낭종, 간 낭종, 췌장 낭종, 승모판 탈출증, 동맥류, 오심, 구토, 좌심실 비대, 탈장, 게실염, 피로, 식욕 부진, 체중 감소, 집중에 대한 어려움, 건조한/가려운 피부, 근육 경련, 발 및 발목 부종, 경도 내지 중등도 우울증, 및 거품이 나는 소변 중 하나 이상의 증상의 관찰 또는 평가에 기반하여 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 또한, PKD는 유전자 검사(예를 들어, 아테나 디아그노스틱스(Athena Diagnostics)(미국 매사추세츠주 우스터 소재) 및 CGC 지네틱스(CGC Genetics)(포르투갈 포르토 소재)를 포함하는 다양한 판매사로부터의 PKD1 유전자 진단 검사; 센트로진 아게(Centrogene AG)(독일 소재), 프리벤션지네틱스(PreventionGenetics)(미국 위스콘신주 마시필드 소재), GCG 지네틱스(GCG Genetics)(포르투갈 소재) 및 인비타에 코포레이션(InVitae Corporation)(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재)을 포함하는 다양한 판매사로부터의 PKD2 유전자 진단 검사; 및 센트로진 아게(독일 소재), 프리벤션 지네틱스(미국 위스콘신주 마시필드 소재), 카운실(Counsyl)(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재) 및 인비타에(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재)를 포함하는 다양한 판매사로부터 입수가능한 PKHD1 유전자 진단 검사 참조)를 수행함으로써 대상체에서 진단될 수 있다. PKD1 및/또는 PKD2 유전자의 돌연변이 또는 결실의 검출을 사용하여, ADPKD를 진단하고, PKHD1 내의 돌연변이 또는 결실의 검출을 사용하여, ARPKD를 진단할 수 있다.

PKD(예를 들어, ADPKD 및 ARPKD)는 영상화 연구를 수행하여 진단될 수 있다. 예를 들어, 초음파, 컴퓨터 단층 촬영(CT) 및 자기 공명 영상화(MRI)를 사용하여, 신장(들)에서 낭종을 찾고, 총 신장 부피(TKV) 또는 높이-조정 총 신장 부피(htTKV)를 결정할 수 있다. 예를 들어, 환자(예를 들어, 질병의 가족력이 있는 환자)에서 30세까지 각 신장에서의 적어도 2개의 낭종(예를 들어, 적어도 3개, 4개, 5개 또는 6개의 낭종)의 검출에 의해 PKD의 진단을 확정할 수 있다. 태아(예를 들어, 임신 기간이 14주 초과인 태아)에서의 다낭성 이형성 신장(들)의 검출을 사용하여 ARPKD를 진단할 수 있다. 또한, 태아로부터의 양수를 사용하여, PKHD1에서 돌연변이 또는 결실을 검출할 수 있다(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 PKHD1에 대한 유전자 진단 검사 중 임의의 것 사용).

또한, PKD는 부분적으로 환자의 신장 기능을 결정함으로써 대상체에서 진단되거나 확인될 수 있다. 예를 들어, PKD는 부분적으로 환자의 크레아티닌 수준(예를 들어, 환자가 PKD를 가짐을 시사하는 1.3 ㎎/㎗ 초과의 크레아티닌 수준), 사구체 여과율(예를 들어, 환자가 PKD를 가짐을 시사하는 80 ㎖/분 미만인 속도) 및 혈중 우레아 질소(예를 들어, 20 ㎎/㎗ 초과의 혈중 우레아 질소 수준) 중 하나 이상을 측정함으로써 진단되고 확인될 수 있다.

본원에 기재된 PKD 환자는 본원에 기재되거나 제공된 방법 중 임의의 것, 또는 해당 분야에 알려진 임의의 방법을 사용하여 진단되거나 확인될 수 있다. PKD 환자는 자궁에 있거나(예를 들어, 14주, 15주, 17주, 20주, 25주, 30주, 또는 35주 초과 임신 연령의 태아), 영아, 사춘기(13세 내지 18세(예를 들어, 13세 내지 15세 또는 15세 내지 18세)), 또는 성인(18세 초과(예를 들어, 20세, 22세, 24세, 26세, 28세, 30세, 32세, 34세, 36세, 38세, 40세, 45세, 50세, 55세, 60세, 65세, 70세, 75세, 80세, 85세, 90세, 또는 95세 초과))일 수 있다. PKD 환자는 여성(예를 들어, 임신 여성)이거나, 남성일 수 있다. PKD 환자는 이미 PKD에 대한 치료를 받고 있을 수 있다. 다른 예에서, PKD 환자는 PKD에 대한 치료를 받은 적이 없을 수 있다. 추가의 예에서, PKD 환자는 PKD에 대한 이전의 치료를 받은 적이 있을 수 있으며, 이전의 치료는 치료적으로 성공적이지 않았다(예를 들어, 부정적인 유해한 부작용의 발생을 야기하고/거나, 낭종의 발생률 및/또는 성장률을 감소시키지 않고/거나, 환자의 신장(들)의 기능의 소실률을 감소시키지 않음). PKD 환자는 임상 연구의 참여자일 수 있다.

PKD 치료

PKD에 대한 치료의 일부 예는 하나 이상의 글루코실세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여이다. GSC 억제제의 비제한적인 예는 문헌[Lee et al. (J. Biol. Chem. 274:14662-14669, 1999), Shayman et al. (Methods Enzymol. 311:373-387, 2000), Huang et al. (FASEB J. 25:3661-3673, 2011), Kolton et al. (Bioorg. Med. Chem. Lett. 21:6773-6777, 2011), Larsen et al. (J. Lipid Res. 53:282-291, 2012), Niino et al. (Biochem. Biophys. Res. Comm. 433:170-174, 2013), Richards et al. (J. Med. Chem. 55:4322-4325, 2012), Nietupski et al. (Mol. Genet. Metab. 105:621-628, 2012), Ashe et al. (PLoS One 6:e21758, 2011), Shayman (Drugs Future 35:613-620, 2010), Bijl et al. (J. Pharmacol. Exp. Ther. 326:849-855, 2008), Treiber et al. (Xenobiotica 37:298-314, 2007), McEachern et al. (Mol. Genet. Metab. 91:259-267, 2007), Wennekes et al. (Diabetes 56:1341-1349, 2007), Jimbo et al. (J. Biochem. 127:485-291, 2000), Miura et al. (Bioorg. Med. Chem. 6:1481-1489, 1998), Abe et al. (J. Biochem. 111:191-196, 1992), Inokuchi et al. (J. Cell Physiol. 141:573-583, 1989) 및 Inokuchi et al. (J. Lipid Res. 28:565-571, 1987)]에 기재되어 있다. GCS 억제제의 추가의 예는 미국 특허 출원 공개 제2013/0225573호, 제2013/0137743호, 제2013/0095089호, 제2012/0322787호, 제2012/0322786호, 제2011/0184021호, 제2011/0166134호, 제2010/0256216호 및 제2007/0259918호에 기재되어 있다(각각은 본원에 참조로 포함됨).

GCS 억제제의 추가의 예는 제WO 14/043068호(본원에 참조로 포함)에 기재되어 있다. 예를 들어, GCS 억제제는 하기의 화학식 I로 나타낸 구조를 가질 수 있다.

[화학식 I]

식 중,

n은 1, 2 또는 3이고;

m은 0 또는 1이고;

p는 0 또는 1이고;

t는 0, 1 또는 2이고;

E는 S, O, NH, NOH, NNO₂, NCN, NR, NOR 또는 NSO₂R이고;

X¹은 m이 1인 경우 CR¹이거나, m이 0인 경우 N이고;

X²는 O, -NH, -CH₂, SO₂, NH-SO₂, CH(C₁-C₆)알킬 또는 -NR²이고;

X³은 직접 결합, O, -NH, -CH₂-, CO, -CH(C₁-C₆)알킬, SO₂NH, -CO-NH- 또는 NR³이고;

X⁴는 직접 결합, CR⁴R⁵, CH₂CR⁴R⁵또는 CH₂-(C₁-C₆)알킬-CR⁴R⁵이고;

X⁵는 직접 결합, O, S, SO₂, CR⁴R⁵, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬옥시, -O-(C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알케닐, (C₁-C₆)알케닐옥시, -R⁷-(C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₃-C₁₀)시클로알킬-R⁷-, -R⁷-(C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C₁₂)아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 및 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬-R⁷-이고, 여기서 R⁷은 직접 결합, O, S, SO₂, CR⁴R⁵, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬옥시, -O-(C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알케닐, (C₁-C₆)알케닐옥시이고; 추가로 X⁵는 -R⁷-(C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₃-C₁₀)시클로알킬-R⁷-, -R⁷-(C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C₁₂)아릴-R⁷-, -R⁷-(C²-C⁹)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 및 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬-R⁷-로 정의되며, (C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₆-C₁₂) 아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬기는 선택적으로 할로, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬레닐, 아미노, (C₁-C₆)알킬아미노, (C₁-C₆)디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, O(C₃-C₆ 시클로알킬), (C₃-C₆)시클로알콕시, 니트로, CN, OH, (C₁-C₆)알킬옥시, (C₃-C₆)시클로알킬, (C₁-C₆)알콕시카르보닐, (C₁-C₆)알킬카르보닐, (C₁-C₆)할로 알킬, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되고, R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C¹-C⁶)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나 R⁸ 및 R⁹는 이들이 부착된 질소와 함께 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 선택적으로 1 내지 3개의 할로기로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬기, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)시클로알킬로부터 선택되는 1 또는 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₃-C₁₀)시클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬; 및

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₃-C₁₀)시클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬옥시를 형성할 수 있고;

R은 (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬, (C₂-C₉)헤테로아릴(C₁-C₆)알킬이고;

R¹은 H, CN, (C₁-C₆)알킬카보닐, 또는 (C₁-C₆)알킬이고;

R² 및 R³은 각각 독립적으로, -H, 선택적으로 할로겐, (C₁-C₆)알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬(C₆-C₁₂)아릴, 할로(C₆-C₁₂)아릴 및 할로(C₂-C₉)헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬이거나, 또는 선택적으로 X²가 -NR²이고, X³이 -NR³인 경우, R² 및 R³은 이들이 부착되는 질소 원자와 함께 선택적으로 할로겐, (C₁-C₆)알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬(C₆-C₁₂)아릴, 할로(C₆-C₁₂)아릴, 및 할로(C₂-C₉)헤테로아릴로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되는 비방향족 헤테로시클릭 고리를 형성할 수 있으며;

R⁴ 및 R⁵는 독립적으로 H, (C₁-C₆)알킬로부터 선택되거나, 이들이 부착되는 탄소와 함께, 스피로(C₃-C₁₀)시클로알킬 고리 또는 스피로(C₃-C₁₀)시클로알콕시 고리를 형성하며;

R⁶은 -H, 할로겐, -CN, (C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C_I2)아릴옥시, (C₁-C₆)알킬옥시; 선택적으로 1 내지 4개의 할로 또는 (C₁-C₆)알킬로 치환되는 (C₁-C₆)알킬이며;

A¹은 (C₂-C₆)알키닐; (C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 벤조(C₂-C₉)헤테로시클로알킬이며, 여기서 A¹은 선택적으로 할로, 선택적으로 1 내지 3개 할로로 치환되는 (C₁-C₆)알킬; (C₁-C₆)알케닐, 아미노, (C₁-C₆)알킬아미노, (C₁-C₆)디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, 니트로, CN, -OH, 선택적으로 1 내지 3개 할로로 치환되는 (C₁-C₆)알킬옥시; (C₁-C₆)알콕시카르보닐, 및 (C₁-C₆)알킬카르보닐로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되고;

A²는 H, (C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₆-C12)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 벤조(C₂-C₉)헤테로시클로알킬이며, 여기서 A²는 선택적으로 할로, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬레닐, 아미노, (C₁-C₆)알킬아미노, (C₁-C₆)디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, O(C₃-C₆)시클로알킬, (C₃-C₆)시클로알콕시, 니트로, CN, OH, (C₁-C₆)알킬옥시, (C₃-C₆)시클로알킬, (C₁-C₆)알콕시카르보닐, (C₁-C₆)알킬카르보닐, (C₁-C₆)할로 알킬, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되고, R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C₁-C₆)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나 R8 및 R9는 이들이 부착된 질소와 함께 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 선택적으로 1 내지 3개 할로기로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬기, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)시클로알킬로부터 선택되는 1 내지 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬옥시; 또는 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₃-C₁₀)시클로알콕시를 형성할 수 있고;

단, n + t + Y + z의 합은 6 이하이며;

단, p가 0인 경우; X²는 NH-SO²이며, X³은 NH이며;

단, n이 1이며; t가 O이며; y가 1이며; z가 1이며; X²가 NH이며; E가 O이며; X³이 NH이며; A²가 H이며, X⁵가 직접 결합인 경우; A¹은 비치환된 페닐, 할로페닐 또는 이소프로페닐 페닐이 아니며;

단, n이 1이며; t가 O이며; y가 1이며; z가 1이며; X²가 O이며; E가 O이며; X³이 NH이며; A¹이 (C⁶-C¹²)아릴이며 X⁵가 직접 결합이며; A²가 H이며 R⁴가 H인 경우, R⁵는 시클로헥실이 아니며; 및

단, X³이 O, -NH, -CH₂-, CO, -CH(C₁-C₆)알킬, SO₂NH, -CO-NH- 또는 -NR³이며; X⁴가 CR⁴R⁵, CH₂CR⁴R⁵ 또는 CH₂-(C₁-C₆)알킬-CR⁴R⁵인 경우; A²는 (C₃-C₁₀)시클로알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환체로 치환되는 벤조(C₂-C₉)헤테로시클로알킬이어야 하며, 여기서 R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C₁-C₆)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나 R⁸ 및 R⁹는 이들이 부착된 질소와 함께 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬 또는 선택적으로 1 내지 3개의 할로기로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로시클로알킬기, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)시클로알킬로부터 선택되는 1 또는 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₃-C₁₀)시클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬; 또는

하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로시클로알킬, 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환체로 치환되는 (C₁-C₆)알킬옥시; 또는 선택적으로 (C₁-C₆)알콕시로 치환되는 (C₃-C₁₀)시클로알콕시를 형성할 수 있다.

추가의 예시적인 GCS 억제제는

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 [2-(2,4'-디플루오로비페닐-4-일)프로판-2-일]카르바메이트;

15 1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[4-(1,3-벤조티아졸-6-일)페닐]프로판-2-일}카르바메이트;

1-아자비시클로[3.2.2]논-4-일 {1-[5-(4-플루오로페닐)피리딘-2-일]시클로프로필}카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[3-(4-플루오로페녹시)페닐]시클로프로필}카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[4-(1,3-벤조티아졸-5-일)페닐]시클로프로필}카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 [1-(4'-플루오로-3'-메톡시비페닐-4일)시클로프로필]카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 [3-(4'-플루오로비페닐-4-일)옥세탄-3-일]카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[6-(4-플루오로페녹시)피리딘-2-일]시클로프로필}카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 [3-(4'-플루오로비페닐-4-일)펜탄-3-일]카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[2-(4-플루오로페닐)-2H-인다졸-6-일]프로판-2 일}카르바메이트;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[2-(1H-피롤-1-일)피리딘-4-일]프로판-2-일}카르바메이트;

1-(3-에틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)-3-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)시클로프로필]우레아;

N-(1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)-N'-[1-(4'-플루오로비페닐-4일)시클로프로필]에탄디아미드;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 (1-{4[(4,4디플루오로시클로헥실)옥시]페닐}시클로프로필) 카르바메이트;

1-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]논-4-일)-3-[1-(5-페닐피리딘-2-일)시클로프로필]우레아;

1-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)시클로프로필]-1-메틸-3-(3-메틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)우레아;

1-{2-[4'-(2-메톡시에톡시)비페닐-4-일]프로판-2-일}-3-(3-메틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)우레아;

2-(1-아자비시클로[3.2.2]논-4-일)-N-[1-(5-페닐피리딘-2-일)시클로프로필] 아세트아미드;

3-(4'-플루오로비페닐-4-일)-3-메틸-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]논-4-5일)부탄아미드;

N-[2-(비페닐-4-일)프로판-2-일]-N'-(3-메틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)설퍼릭 디아미드;

N-[2-(4'-플루오로비페닐-4-일)프로판-2-일]-N'-(3-메틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)설퍼릭 디아미드;

1-(3-부틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)-3-{2-[1-(4-플루오로페닐)-1H-피라졸-4-일]프로판-2-일}우레아;

1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 [4-(4-플루오로페닐)-2-메틸부트-3-인-2-일]카르바메이트;

1-(3-부틸-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일)-3-[4-(4-플루오로페닐)-2-메틸부트-3-인-2-일]우레아;

N-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)시클로프로필]-1,4-디아자비시클로[3.2.2]노난-4-카르복사미드;

1-(2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(3-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-3-일)우레아;

1-(2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(4-메틸-1-아자비시클로[4.2.2]데칸-4-일)우레아;

1-(2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(3-메틸-1-아자비시클로[4.2.2]데칸-3-일)우레아; 그리고

1-(2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(5-메틸-1-아자비시클로[4.2.2]데칸-5-일)우레아를 포함한다.

GCS 억제제의 추가의 예는 하기에 열거되어 있다.

((S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트)

(4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3 메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

다른 예시적인 GCS 억제제는 하기의 화학식 II로 나타내는 바와 같은, 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르이다:

[화학식 II]

다른 예시적인 GCS 억제제는 하기의 화학식 III으로 나타내는 바와 같은, 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트이다:

[화학식 III]

PKD에 대한 치료의 일부 예는 하나 이상의 사이클린 의존성 키나제(CDK) 억제제의 투여를 포함한다. CDK 억제제의 비제한적인 예는 S-CR8, 올로마우신(olomoucine), LEE011, 팔보시클립(palbociclib), P1446A-05, PD-0332991 및 R-로스코비틴을 포함한다. CDK 억제제의 추가의 예는 문헌[Cicenas et al. (J. Cancer Res. Clin. Oncol. 138:1409-1418, 2011), Blachly et al. (Leuk. Lymphoma 54:2133-2143, 2013), Galons et al. (Expert Opin. Ther. Pat. 20:377-404, 2010), Geyer et al. (Biochim. Biophys. Acta 1754:160-170, 2005)]에 기재되어 있다. CDK 억제제의 추가의 예는 미국 특허 출원 공개 제2006/0178371호, 제2006/0173017호, 제2006/0173016호, 제2006/0135589호, 제2006/0128725호, 제2006/0106023호, 제2006/0041131호, 제2006/0040958호, 제2006/0030555호, 제2005/0261353호, 제2005/0130980호, 제2005/0004007호, 제2004/0248905호, 제2004/0209878호, 제2004/0198757호, 제2004/0116442호, 제2004/0110775호, 제2004/0106624호, 제2004/0102451호, 제2004/0097517호, 제2004/0097516호, 제2004/0073969호, 제2004/0072835호, 제2004/0063715호, 제2004/0048849호, 제2004/0006074호, 제2003/0073686호, 제2002/0065293호, 제2002/0042412호, 제2002/0013328호, 제2002/0002178호 및 제2001/0025379호에 기재되어 있다.

PKD에 대한 치료의 다른 예는 혈액투석 또는 복막 투석이다. PKD에 대한 치료의 추가의 예는 외과적 신장 이식이다.

마커(들) 수준의 결정

본원에 제공되는 방법은 환자(예를 들어, PKD 환자)로부터의 적어도 하나의 시료에서 마커(들)(예를 들어, AMBP 및/또는 AMBP 및 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커) 수준(들)의 결정을 포함한다. 예를 들어, 마커(들)(예를 들어, AMBP 및/또는 AMBP 및 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커) 수준(들)은 환자(예를 들어, PKD 환자)로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료에서 결정될 수 있다. 일부 예에서, 마커(들)는 단백질이다. 다른 예에서, 마커(들)는 마커 단백질을 인코딩하는 mRNA이다.

본원에 기재된 마커(들)(예를 들어, AMBP 또는 AMBP 및 PKD의 하나 이상의 추가의 마커) 수준의 결정 방법은 해당 분야에 널리 알려져 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 마커(들)(예를 들어, AMBP 또는 AMBP 및 PKD의 하나 이상의 추가의 마커)의 단백질 수준(들)은 항체-기반 검정(예를 들어, 효소-연관 면역흡착 검정, 항체 어레이, 항체-표지된 비드, 또는 면역블롯)을 사용하여 결정될 수 있다. 이들 항체 기반의 검정에 사용될 수 있는 예시적인 항체는 실시예에 기재되어 있다. 항체-기반 검정에서 사용될 수 있는 추가의 항체는 해당 분야에 알려져 있다. 인간 AMBP에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Thermo Fisher Scientific(Waltham, MA), 및 Altas Antibodies(Stockholm, Sweden)로부터 상업적으로 이용 가능하다. PCNA에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Abcam(Cambridge, MA), 및 Acris Antibodies(San Diego, CA)로부터 상업적으로 이용 가능하다. 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Cell Signaling Technology(Danvers, MA), 및 Abcam(Cambridge, MA)으로부터 상업적으로 이용 가능하다. 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Abcam(Cambridge, MA), 및 Novus Biologicals(Littleton, CO)로부터 상업적으로 이용 가능하다. MEK에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Sigma-Aldrich(St. Louis, MO), 및 Cell Signaling Technology(Danvers, MA)로부터 상업적으로 이용 가능하다. S6에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Thermo Fisher Scientific(Waltham, MA), 및 GenWay Biotech. Inc.(San Diego, CA)로부터 상업적으로 이용 가능하다. pS6에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Cell Signaling Technology(Danvers, MA), Abcam(Cambridge, MA), 및 Abbiotec(San Diego, CA)로부터 상업적으로 이용 가능하다. ERK에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Cell Signaling Technology(Danvers, MA), Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), 및 Thermo Fisher Scientific(Waltham, MA)으로부터 상업적으로 이용 가능하다. pERK에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Cell Signaling Technologies(Danvers, MA), EMD Millipore(Billerica, MA), 및 eBioscience(San Diego, CA)로부터 상업적으로 이용 가능하다. AKT에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Cell Signaling Technologies(Danvers, MA), Abcam(Cambridge, MA), 및 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX)로부터 상업적으로 이용 가능하다. pAkt에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Cell Signaling Technologies(Dallas, TX), EMD Millipore(Billerica, MA), 및 Signalway Antibody(College Park, MD)로부터 상업적으로 이용 가능하다. 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX), Acris Antibodies(San Diego, CA), 및 Abcam(Cambridge, MA)으로부터 상업적으로 이용 가능하다. RBBP에 특이적으로 결합하는 항체의 비제한적인 예는 Santa Cruz Biotechnology(Dallas, TX)로부터 상업적으로 이용 가능하다.

마커(예를 들어, AMBP 또는 본원에 기재되는 PKD의 추가의 마커중 임의의 것)에 특이적으로 결합하는 항체의 제조 방법도 해당 분야에 널리 알려져 있다. 마커(들)의 단백질 수준(들)의 추가의 결정 방법은 질량 분광측정, 액체 크로마토그래피(예를 들어, 고성능 액체 크로마토그래피) 질량 분광측정(LC-MS), 및 액체 크로마토그래피(예를 들어, 고성능 액체 크로마토그래피) 일렬 질량 분광측정(LC-MS/MS)을 포함한다. 생물학적 유체를 포함하는 시료에서 마커의 단백질 수준 결정 방법의 비제한적인 예는 문헌[Pisitkun et al. (Proteomics Clin. Appl. 6:268-278, 2012)]에 기재되어 있다. 마커(들)(예를 들어, AMBP 또는 AMBP 및 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커) 수준(들)의 이러한 예시적인 결정 방법은 본원에 제공되는 방법 중 임의의 것에서 사용될 수 있다.

본원에 기재되는 마커(들)(예를 들어, AMBP 또는 AMBP 및 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커)의 mRNA 수준(들)은, 예를 들어, 폴리머라제 연쇄 반응(PCR)-기반 검정(예를 들어, 실시간 PCR 및 역전사효소 PCR)을 사용하여 결정될 수 있다. 각 마커의 mRNA 수준을 결정하기 위한 추가의 방법은 유전자 칩의 사용을 포함한다. 생물학적 유체를 포함하는 시료에서 마커의 mRNA 수준의 결정 방법의 추가의 예는 문헌[Chen et al. (Lab Chip 10:505-511, 2010), Schageman et al. (BioMed Res. Int., Article ID 253957, 2013) 및 Alvarez et al. (Kidney Inter. 82:1024-1032, 2012)]에 기재되어 있다. 마커의 mRNA 수준을 결정하기 위한 추가의 방법은 해당 분야에 널리 알려져 있다.

일부 예에서, 대상체로부터의 시료(예를 들어, 생물학적 유체 또는 신장 조직을 포함하는 시료, 예를 들어 신장 생검 시료)는 마커(들) 수준(들)을 시료에서 결정하기 전에 소정의 기간(예를 들어, 적어도 1시간(예를 들어, 약 10℃, 약 0℃, 약 -20℃, 약 -40℃, 약 -70℃ 또는 약 -80℃의 온도에서 예를 들어, 적어도 2, 4, 6, 8, 12 또는 24시간 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 14 또는 21일) 동안 보관될 수 있다. 일부 예는 마커(들)(예를 들어, AMBP 또는 AMBP 및 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커)의 수준(들)이 결정되기 전에 생물학적 유체를 포함하는 시료를 농축하는 단계를 추가로 포함한다.

AMBP 수준(들)(및 선택적으로 PKD의 적어도 하나의 추가의 마커(들) 수준(들))은 본원에 기재되는 방법 중 임의의 것에서 시료(예를 들어, 생물학적 유체 또는 신장 조직을 포함하는 시료(예를 들어 신장 생검 시료)에서 결정될 수 있다. AMBP 및 PKD의 예시적인 추가의 마커의 설명이 하기에 제공된다.

AMBP

알파-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP)는 352개 아미노산을 갖는 39 kDa 프리-프로-단백질이다. 인간 AMBP의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 1에 나타나 있다. AMBP는 전형적으로 세포내 소화되어 먼저 신호 서열(SEQ ID NO: 1의 처음 19개 아미노산)을 제거하여 프로-단백질(본원에 SEQ ID NO: 2로 예시됨)을 생성한 후, 프로테아제에 의해 추가 절단되어 3개의 상이한 하류 단백질 산물: 알파-1-마이크로글로불린(SEQ ID NO: 3에 나타낸 아미노산 서열을 가짐), 비쿠닌(SEQ ID NO: 4에 나타낸 아미노산 서열을 가짐), 및 트립스타틴(SEQ ID NO: 5에 나타낸 아미노산 서열을 가짐)을 생성한다. 인간 AMBP(즉, SEQ ID NO: 1)는 SEQ ID NO: 1에서 하나 이상의 하기 아미노산 위치: 아미노산 위치 24에서의 트레오닌, 아미노산 위치 36에서의 아스파라긴, 아미노산 위치 115에서의 아스파라긴, 아미노산 위치 215에서의 세린, 및 아미노산 위치 250에서의 아스파라긴에서 글리코실화될 수 있다. AMBP의 단백질 수준을 측정하는 경우, 측정된 수준은 AMBP의 비-글리코실화 형태 및 하나 이상의 아미노산 위치에서 글리코실화된 하나 이상의 AMBP 형태를 포함할 수 있다.

PKD의 추가의 마커

본원에 기재된 방법 중 임의의 것에서, PKD의 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) 추가의 마커 중 하나의 수준 또는 여러 개의 수준(들)이 결정될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 가출원 제62/033,031호에 기재된 바와 같은 임의의 조합으로). PKD의 추가의 마커의 비제한적인 예가 하기에 기재되어 있다.

PCNA

증식 세포 핵 항원(PCNA)은 261개 아미노산을 갖는 28.8 kDa 단백질이다. 인간 PCNA의 아미노산 서열은 SEQ ID NO:6에 나타나 있다. PCNA의 단백질 수준을 측정하는 경우, 측정된 수준은 비인산화 PCNA 형태 및 SEQ ID NO: 6의 아미노산 위치 248에서의 티로신에서 인산화 PCNA 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 6의 아미노산 위치 248에서의 티로신에서 인산화 PCNA 형태만을 포함하거나, PCNA의 비인산화 형태만을 포함할 수 있다.

사이클린 D1

사이클린 D1은 295개 아미노산을 갖는 33.7 kDa 단백질이다. 인간 사이클린 D1의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 7에 나타나 있다. 사이클린 D1의 단백질 수준을 측정하는 경우, 측정된 수준은 비인산화 사이클린 D1 형태 및 SEQ ID NO: 7의 아미노산 위치 286에서의 트레오닌에서 인산화 사이클린 D1 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 7의 아미노산 위치 286에서의 트레오닌에서 인산화 사이클린 D1 형태만을 포함하거나, 사이클린 D1의 비인산화 형태만을 포함할 수 있다.

사이클린 D3

사이클린 D3은 292개 아미노산을 갖는 단백질이다. 인간 사이클린 D3의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 8에 나타나 있다. 사이클린 D3의 단백질 수준을 측정하는 경우, 측정된 수준은 비인산화 사이클린 D3 형태 및 SEQ ID NO: 8의 아미노산 위치 279에서의 세린에서 인산화 사이클린 D3 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 8의 아미노산 위치 279에서의 세린에서 인산화 사이클린 D3 형태만을 포함하거나, 사이클린 D3의 비인산화 형태만을 포함할 수 있다.

MEK

MAPK-ERK 키나제 1(MEK)은 2개의 아이소폼을 갖는 단백질이다. 인간 MEK의 제1 아이소폼은 393개 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 9에 나타냄)을 가지며, 인간 MEK의 제2 아이소폼은 367개 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 10에 나타냄)을 갖는다. MEK의 단백질 수준을 측정하는 경우, 이 수준은 MEK의 제1 아이소폼의 비인산화 형태; MEK의 제2 아이소폼의 비인산화 형태; SEQ ID NO: 9에서 아미노산 위치 218에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 9에서 아미노산 위치 222에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 9에서 아미노산 위치 286에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 9에서 아미노산 위치 292에서의 트레오닌의 인산화, 및 SEQ ID NO: 9에서 아미노산 위치 298에서의 세린의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 MEK의 제1 아이소폼의 하나 이상의 형태(들); 및 SEQ ID NO: 10에서 아미노산 위치 192에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 10에서 아미노산 위치 196에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 10에서 아미노산 위치 260에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 10에서 아미노산 위치 266에서의 트레오닌의 인산화, 및 SEQ ID NO: 10에서 아미노산 위치 272에서의 세린의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 MEK의 제2 아이소폼의 하나 이상의 형태(들) 중 하나 이상을 포함할 수 있다.

S6, pS6 및 총 S6

리보솜 단백질 S6(S6)은 249개 아미노산을 갖는 28.7 kDa 단백질이다. 인간 S6의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 11에 나타나 있다. 어구 "S6의 수준", "총 S6", 또는 "리보솜 단백질 S6의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, 모든 검출가능한 형태(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 S6의 수준의 합을 포함할 수 있다. S6 단백질의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 235에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 236에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 240에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 242에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 244에서의 세린의 인산화, 및 SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 247에서의 세린의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, S6의 수준은 모든 검출가능한 형태(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 S6에 공통적인 항원에 결합하는 항체의 사용을 통해 결정될 수 있다.

어구 "pS6의 수준" 또는 "리보솜 단백질 pS6의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 235에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 236에서의 세린의 인산화, 또는 SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 235 및 236에서의 세린의 인산화를 갖는 리보솜 S6 단백질의 하나 이상의 인산화 형태의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 의미한다. pS6의 수준은 예를 들어, SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 235에서의 인산화된 세린 및/또는 SEQ ID NO: 11에서 아미노산 위치 236에서의 인산화된 세린을 포함하는 S6 내의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항체들을 사용함으로써 결정될 수 있다.

ERK

어구 "ERK의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, 모든 검출가능한 형태의 ERK1(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태의 ERK1의 각 아이소폼) 및/또는 모든 검출가능한 형태의 ERK2(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 수준의 합을 포함할 수 있다. 인간 ERK1의 제1 아이소폼은 379개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 12에 나타냄)을 갖는다. 인간 ERK1의 제2 아이소폼은 335개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 13에 나타냄)을 갖는다. 인간 ERK1의 제3 아이소폼은 357개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 14에 나타냄)을 갖는다. 인간 ERK2의 제1 아이소폼은 360개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 15에 나타냄)을 갖는다. 인간 ERK2의 제2 아이소폼은 316개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 16에 나타냄)을 갖는다.

ERK1의 제1 아이소폼의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 170에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 198에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화, 및 SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 207에서의 트레오닌의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. ERK1의 제2 아이소폼의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 170에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 198에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화, 및 SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 207에서의 트레오닌의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. ERK1의 제3 아이소폼의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 170에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 198에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화, 및 SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 207에서의 트레오닌의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 모든 검출가능한 형태의 ERK1은 예를 들어, 비인산화 형태의 ERK1의 제1, 제2 및 제3 아이소폼, 및 모든 다양한 인산화 형태의 ERK1의 제1, 제2 및 제3 아이소폼 간에 공유되는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 확인될 수 있다.

ERK2의 제1 아이소폼의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 29에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 190에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 246에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 248에서의 세린의 인산화, 및 아미노산 위치 284에서의 세린의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. ERK2의 제2 아이소폼의 인산화 형태는 SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 29에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화, 및 SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 190에서의 트레오닌의 인산화 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 모든 검출가능한 형태의 ERK2는 예를 들어, 비인산화 형태의 ERK2의 제1 및 제2 아이소폼, 및 모든 다양한 인산화 형태의 ERK2의 제1 및 제2 아이소폼 간에 공유되는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 확인될 수 있다.

pERK

어구 "pERK의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌 및 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 13에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌 및 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 14에서 아미노산 위치 202에서의 트레오닌 및 아미노산 위치 204에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 15에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌 및 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태, 및 SEQ ID NO: 16에서 아미노산 위치 185에서의 트레오닌 및 아미노산 위치 187에서의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태 중 하나 이상의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 포함할 수 있다. pERK의 수준은 예를 들어, 각각 SEQ ID NO: 12, 13 또는 14에서 아미노산 위치 202에서 인산화된 트레오닌 및/또는 SEQ ID NO: 12, 13 또는 14에서 아미노산 위치 204에서 인산화된 티로신을 포함하는 ERK1의 제1, 제2 또는 제3 아이소폼에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 각각 SEQ ID NO: 15 또는 16에서 아미노산 위치 185에서 인산화된 트레오닌 및/또는 SEQ ID NO: 15 또는 16에서 아미노산 위치 187에서 인산화된 티로신을 포함하는 ERK2의 제1 또는 제2 아이소폼에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용하여 결정될 수 있다.

Akt

Akt는 480개의 아미노산(SEQ ID NO: 17에 나타냄)을 갖는 55.7 kDa 단백질이다. Akt의 단백질 수준을 측정하는 경우, 이 수준은 Akt의 비인산화 형태 및 SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 124에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 126에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 12에서 아미노산 위치 129에서의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 176에서의 티로신의 인산화, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 308에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 450에서의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 473에서의 세린의 인산화, 및 SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 474에서의 티로신의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 Akt의 하나 이상의 형태(들) 중 2개 이상을 포함할 수 있다.

pAkt

어구 "pAkt의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 473에서의 세린의 인산화를 갖는 하나 이상의 Akt 형태의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 포함할 수 있다. pAkt의 수준은 예를 들어, SEQ ID NO: 17에서 아미노산 위치 473에서의 인산화된 세린을 포함하는 Akt에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 결정될 수 있다.

카스파제-2

인간에는 카스파제-2의 3가지의 상이한 아이소폼이 존재한다. 카스파제-2의 제1 아이소폼은 그의 미가공 형태가 총 452개 아미노산(SEQ ID NO: 18에 나타냄)을 갖는다. 가공 후, 카스파제-2의 제1 아이소폼은 하기 3개의 서브유닛 펩티드를 형성한다: SEQ ID NO: 18의 아미노산 170 내지 325(카스파제-2 서브유닛 p18), SEQ ID NO: 18의 아미노산 334 내지 452(카스파제-2 서브유닛 p13), 및 SEQ ID NO: 18의 아미노산 348 내지 452(카스파제-2 서브유닛 p12). SEQ ID NO: 18의 아미노산 2 내지 169는 카스파제-2의 미가공 형태의 프로서열을 나타낸다. 제2 아이소폼은 총 313개의 아미노산(SEQ ID NO: 19)을 갖는다. 제3 아이소폼은 총 91개의 아미노산(SEQ ID NO: 20)을 갖는다. 인산화 형태의 카스파제-2의 제1 아이소폼은 SEQ ID NO: 18에서 아미노산 위치 340에서의 세린에 인산화를 갖는다. 카스파제-2의 단백질 수준을 측정하는 경우, 이 수준은 미가공 형태의 카스파제-2의 제1 아이소폼, 카스파제-2 서브유닛 p18, 카스파제-2 서브유닛 p13, 카스파제-2 서브유닛 p12, SEQ ID NO: 18에서 아미노산 위치 340에서의 세린에 인산화를 갖는 카스파제-2의 제1 아이소폼의 형태, 및 카스파제-2 서브유닛 p13에서 아미노산 위치 7에서의 세린에 인산화를 갖는 카스파제-2 서브유닛 p13의 형태 중 하나 이상을 포함할 수 있다.

RBBP

인간 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)은 425개의 아미노산(SEQ ID NO: 21에 나타냄)을 갖는다. 인산화 형태의 RBBP는 SEQ ID NO: 21에서 아미노산 위치 110에서의 세린에 인산화를 갖는다. RBBP의 단백질 수준을 측정하는 경우, 이 수준은 RBBP의 비인산화 형태 및 SEQ ID NO: 21에서 아미노산 위치 110에서의 세린에 인산화를 갖는 RBBP의 형태 중 하나 또는 둘 다를 포함할 수 있다.

PKD의 치료 효능의 결정 방법

PKD 환자에서 PKD(예를 들어, ADPKD 또는 ARPKD)의 치료 효능의 결정 방법이 본원에 제공된다. 일부 예에서, 이들 방법은 (a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; (c) PKD에 대한 치료를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (d) 단계 (c) 이후 PKD 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (e) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준보다 낮은 경우 투여되는 치료가 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함한다. 일부 예에서, 이들 방법은 (a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 AMBP 수준 및 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) PKD의 추가의 마커(예를 들어, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 총 S6, 및 RBBP) 수준(들)을 결정하는 단계; (c) PKD에 대한 치료를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (d) 단계 (c) 이후 PKD 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준 및 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (e) (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준보다 낮은 경우, 및 (ii) 제2 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들)보다 낮은 경우, 투여된 치료가 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함한다.

일부 구현예는 (e) 이후, (f) 유효한 것으로 확인된, 투여된 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4 (메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르(화학식 II로 나타냄); 또는 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트(화학식 III으로 나타냄))의 추가 용량을 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 방법의 일부 예는 (e) 이후 (f) 유효한 것으로 확인된, 투여된 치료(예를 들어, CDK 억제제, 예컨대 S-CR8)의 추가 용량을 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, 및 pS6의 군으로부터 선택되는 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5 또는 6개의 수준)을 결정하는 단계를 포함하며, (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준보다 낮은 경우, 및 (ii) 제2 시료에서의 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들) 미만인 경우, 투여된 치료가 유효한 것으로 확인된다.

일부 예에서, (b) 및 (d)에서 AMBP 수준을 결정하고 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 바이오마커 수준을 결정하는 단계는 AMBP의 단백질 수준 및 선택적으로, 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 단백질 수준(들)을 결정하는 단계를 포함한다. 예를 들어, (b) 및 (d)에서 결정하는 단계는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 및 선택적으로, 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b) 및 (d)는 사이클린 D1 및 MEK 중 하나 또는 둘 다의 PKD의 추가의 마커(들)의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (c)에서 투여되는 치료는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 GCS 억제제 중 임의의 것)의 투여이다. 예를 들어, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르(화학식 II로 나타냄); 및 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트(화학식 III으로 나타냄)의 군으로부터 선택된다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (c)에서 투여되는 치료는 PKD 환자로의 CDK 억제제(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 CDK 억제제 중 임의의 것, 예를 들어, R-로스코비틴)의 투여이다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (예를 들어, 본원에 기재된 PKD를 진단하는 예시적인 방법 중 임의의 것을 사용하여) PKD를 갖는 환자를 선택하거나 PKD를 갖는 환자를 진단하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법 중 임의의 것에서 환자는 본원에 기재된 임의의 환자일 수 있다. 예를 들어, PKD를 갖는 환자는 이전에 PKD에 대한 치료가 투여된 적이 있을 수 있으며, 치료는 성공적이지 않았다. 상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 PKD 환자로부터 제1 및/또는 제2 시료를 수득하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예는 투여되는 치료의 확인된 효능을 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 투여되는 치료의 확인된 효능을 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료의 재충전을 승인하는 단계를 추가로 포함한다.

제1 시료가 PKD 환자로부터 수득되는 시점 및 제2 시료가 PKD 대상체로부터 수득되는 시점 사이의 시차는 예를 들어, 1주 내지 40주, 1주 내지 30주, 1주 내지 20주, 1주 내지 12주, 1주 내지 8주, 1주 내지 4주, 1주 내지 2주, 2주 내지 12주, 2주 내지 8주 또는 2주 내지 4주일 수 있다.

PKD의 진단 방법

또한 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준이 상승된 경우, 예를 들어, AMBP 수준이 대조군 수준(예를 들어, 사전-결정된 역치 수준)을 초과하는 경우, 환자가 PKD를 가지는 것으로 확인하는 단계를 포함하는, 환자에서 PKD(예를 들어, ADPKD 또는 ARPKD)의 진단 방법이 제공된다.

일부 예에서, 환자에서 PKD(예를 들어, ADPKD 또는 ARPKD)의 진단 방법은 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 AMP 수준을 결정하고 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) PKD의 추가의 마커(예를 들어, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 총 S6, 및 RBBP) 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (c) (i) AMDA 수준이, 예를 들어 대조군 수준에 비해 상승된 경우, 및 (ii) 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 수준)이 대조군 수준(들)에 비해 상승되는 경우, 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다.

이들 방법의 일부 예는 (c) 이후, (d) PKD의 치료(예를 들어, 본원에 기재된 PKD에 대한 예시적 치료 중 임의의 것)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르(화학식 II로 나타냄); 또는 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트(화학식 III으로 나타냄))를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) CDK 억제제(예를 들어, 로스코비틴)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) 환자에서 PKD를 확정하기 위한 하나 이상의 추가 검사를 수행하는(예를 들어, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서 하나 또는 둘 모두의 신장의 영상화를 수행하는) 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, 및 pS6의 군으로부터 선택되는 PKD의 추가의 마커 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6 또는 7개의 수준)을 결정하는 단계를 포함하며, 대상체가 대조군 수준에 비해 상승된 AMBP 수준을 가지며, PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5 또는 6개의 수준)이 대조군 수준에 비해 상승되는 경우, 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

일부 예에서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하고, 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 바이오마커 수준을 결정하는 단계는 AMBP의 단백질 수준 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 예를 들어, (b)에서 결정하는 단계는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, 및 pS6 중 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커(들)의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다.

이들 방법 중 임의의 것에서, 대조군 수준은 하나의 수준, 예를 들어, PKD의 하나 이상의 증상을 제시하지 않고/거나, PKD를 갖는 것으로 진단되지 않은 대상체에서의 AMBP 수준 (및 선택적으로, 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들)), 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 적어도 하나의 마커의 수준 또는 역치 수준(예를 들어, 그 초과 수준은 대상체가 PKD를 갖거나 가질 수 있음을 시사하는 수준)일 수 있다.

일부 구현예는 환자에서의 PKD의 확인을 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 환자에서의 PKD의 확인을 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자에서의 PKD의 확인을 환자의 보험회사에 알리는 단계를 추가로 포함한다.

환자에서 PKD의 병기결정 방법

또한 환자에서 PKD(예를 들어, ADPKD 또는 ARPKD)의 병기결정 방법이 본원에 제공된다. 당업자는 환자에서 PKD의 병기결정이, 예를 들어 환자를 치료하기 위한 적절한 치료 요법을 설계 및 투여하고 이에 따라 요망되는 결과를 수득하는 데 유용할 수 있음을 쉽게 이해할 것이다. 예시적 방법은 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (c) 이 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함할 수 있다. 일부 예에서, 환자에서 PKD의 병기결정 방법은 (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 AMBP 수준 및 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) PKD의 추가의 마커(예를 들어, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 총 S6, 및 RBBP) 수준을 결정하는 단계; 및 (c) AMBP 수준 및 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 중 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함한다.

일부 구현예에서, (b)에서 결정하는 단계는 결정된 AMBP 수준 (및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 수준(들))을 PKD의 특정 병기(예를 들어, I기, II기, III기, IV기, 또는 V기)에 대한 값 범위와 비교하는 단계 및 AMBP 수준 (및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 수준))이 PKD의 특정 병기에 대한 값 범위 내에 속하는 경우, 대상체가 PKD의 특정 병기를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) 하나 이상의 검정을 수행하여, PKD의 병기를 확정하는 단계(예를 들어, (c) 이후 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확정하는 단계)를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후, (d) IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 대상체를 입원시키는 단계를 추가로 포함한다. PKD의 소정 병기(예를 들어, I기, II기, III기, IV기, 또는 V기 PKD)를 갖는 대상체로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 시료에서 AMBP 수준 범위(및 선택적으로 또한 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들) 범위)는 해당 분야에 알려진 방법을 사용해서 결정될 수 있다. PKD의 5개 병기는 해당 분야에 알려져 있고 병기의 설명은 다양한 공개문헌에서 이용 가능하다. 예를 들어, 5개 병기는 신장 지원(Kidney Support) 웹페이지(kidney-support.org)에서 1기(출현 병기), 2기(성장 병기), 3기(확대 또는 팽윤 병기, 4기(낭종 파열 병기), 및 5기(최종 병기)로 기재되어 있다.

일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, 및 pS6의 군으로부터 선택되는 PKD의 추가의 마커의 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 수준)을 결정하는 단계를 포함하며, PKD의 병기는 AMBP 수준 및 PKD의 추가의 마커의 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 또는 7개의 수준)으로부터 결정된다.

일부 예에서, (b)에서 AMBP 수준 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 바이오마커 수준을 결정하는 단계는 AMBP의 단백질 수준 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 예를 들어, (b)에서 결정하는 단계는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b)는 적어도 하나의 PCNA, 사이클린 D3, MEK, 및 인산화 S6의 PKD의 추가의 마커(들)의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다.

PKD의 모니터링 방법

또한 PKD 환자(예를 들어, ADPKD 환자 또는 ARPKD 환자)의 모니터링 방법이 제공된다. 모니터링은, 예를 들어 주어진 치료에 대한 PKD 환자의 반응을 관찰하고 치료가 계속되어야 하는지, 변형되어야 하는지, 또는 중단되어야 하는지에 대한 정보를 당업자에게 제공하는 데 유용할 수 있다. 예시적인 방법은 (a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; (c) 단계 (b) 이후 또는 제1 시료가 환자로부터 수득된 후 PKD 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및 (d) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준 이하인 경우 환자가 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계(또는 선택적으로, 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준보다 높은 경우 대상체가 악화 또는 진행 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계)를 포함할 수 있다.

또한 (a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 AMBP 수준 및 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의) PKD의 추가의 마커(예를 들어, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 총 S6, 및 RBBP)의 수준(들)을 결정하는 단계; (c) 단계 (b) 이후 또는 제1 시료가 환자로부터 수득된 후 PKD 환자로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변) 또는 신장 조직(예를 들어, 신장 생검 시료)을 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 AMBP 수준 및 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (d) (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준 이하인 경우, 및 (ii) 제2 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들) 이하인 경우, 환자가 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계(또는 선택적으로, (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준보다 높은 경우, 및 (ii) 제2 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 또는 13개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커(들) 수준보다 높은 경우, 대상체가 악화 또는 진행 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계)를 포함하는, PKD 환자의 모니터링 방법이 제공된다.

일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, 및 pS6의 군으로부터 선택되는 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 수준)을 결정하는 단계를 포함하며, (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준 이하인 경우, 및 (ii) 제2 시료에서의 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들) 이하인 경우, 환자는 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다(또는 선택적으로, (i) 제2 시료에서의 AMBP 수준이 제1 시료에서의 AMBP 수준보다 높고, 및 (ii) 제2 시료에서의 PKD의 추가의 마커(들) 중 하나의 수준(또는 2, 3, 4, 5 또는 6개의 수준)이 제1 시료에서의 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 수준(들)보다 높은 경우 환자는 악화 또는 진행 PKD를 갖는 것으로 확인된다).

일부 예에서, (b) 및 (c)에서 AMBP 수준을 결정하고 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 바이오마커 수준을 결정하는 단계는 AMBP의 단백질 수준 및 선택적으로 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커의 단백질 수준(들)을 결정하는 단계를 포함한다. 예를 들어, (b) 및 (c)에서 결정하는 단계는 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 및 선택적으로, 적어도 하나의 PKD의 추가의 마커에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b) 및 (c)는 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 또는 4개의) PCNA, 사이클린 D3, MEK, 및 인산화 S6)의 PKD의 추가의 마커(들)의 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함한다.

일부 구현예는 (d) 이후, (e) 동일한 치료(예를 들어, 본원에 기재되거나, 해당 분야에 알려져 있는 PKD의 예시적인 치료 중 임의의 것)를 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, (e)에서 투여하는 단계는 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르(화학식 II로 나타냄); 또는 퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트(화학식 III으로 나타냄))의 투여일 수 있다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (단계 (a) 전에)(예를 들어, 본원에 기재된 PKD의 예시적인 진단 방법 중 임의의 것을 사용하여) PKD를 갖는 환자를 선택하거나 PKD를 갖는 환자를 진단하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법 중 임의의 것에서 환자는 본원에 기재된 환자 중 임의의 환자일 수 있다. 상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 PKD 환자로부터 제1 및/또는 제2 시료를 수득하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예는 환자의 개선 또는 정적 PKD 상태(또는 대안적으로 악화 또는 진행 상태)를 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 환자의 개선 또는 정적 PKD 상태(또는 대안적으로 악화 또는 진행 상태)를 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 제1 및 제2 시료가 환자로부터 수득되는 시점, 환자가 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 시점 사이에 환자에게 투여되는 치료의 재충전의 승인을 추가로 포함한다(또는 대안적으로 제1 및 제2 시료가 환자로부터 수득되는 시점, 환자가 악화 또는 진행 PKD를 갖는 것으로 확인된 시점 사이에 환자에게 투여되는 치료를 재충전하지 않도록 하는 승인을 추가로 포함한다). 일부 구현예는 대상체가 개선 또는 정적 PKD를 갖는다는 확인에 기반하여 대상체를 입원 시설(예를 들어, 병원)에서 퇴원시키거나 입원 치료(예를 들어, 투석)를 감소시키는 단계를 포함한다(또는 대상체가 악화 또는 진행 PKD를 갖는다는 확인에 기반하여 대상체의 입원 치료(예를 들어, 입원)를 계속하거나 입원 치료(예를 들어, 투석)를 증가시키는 단계를 포함한다).

제1 및 제2 시료가 환자로부터 수득되는 시점 사이의 시차는 예를 들어, 1주 내지 40주, 1주 내지 30주, 1주 내지 20주, 1주 내지 12주, 1주 내지 8주, 1주 내지 4주, 1주 내지 2주, 2주 내지 12주, 2주 내지 8주 또는 2주 내지 4주일 수 있다.

키트

또한 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체, 및 PKD의 추가의 단백질 마커에 특이적으로 결합하는 적어도 하나의(예를 들어, 2, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의) 항체로 본질적으로 이루어지거나 이로 이루어지는 키트가 본원에 제공된다. 예를 들어, 키트는 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 및 PCNA에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체, MEK에 특이적으로 결합하는 항체, S6에 특이적으로 결합하는 항체, pS6에 특이적으로 결합하는 항체, ERK에 특이적으로 결합하는 항체, pERK에 특이적으로 결합하는 항체, Akt에 특이적으로 결합하는 항체, pAkt에 특이적으로 결합하는 항체, 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)에 특이적으로 결합하는 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의(예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 또는 12개의) 항체로 본질적으로 이루어지거나 이로 이루어질 수 있다. 일부 예에서, AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 및/또는 PKD의 추가의 단백질 마커에 특이적으로 결합하는 적어도 하나의 항체의 임의의 조합은 표지된다(예를 들어, 방사선 동위원소, 형광단, 또는 켄처(quencher))로).

일부 예시적 키트는 하나 이상의 양성 대조군 재조합 단백질(예를 들어, 분리된 재조합 AMBP, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2 및 RBBP)을 추가로 포함한다. 일부 예에서, AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 및 적어도 하나의 PKD의 추가의 단백질 마커에 특이적으로 결합하는 항체는 Fc 도메인에 의해 고체 표면(예를 들어, 칩, 비드, 또는 막)에 공유 부착된다.

일부 키트는 PKD 환자(예를 들어, PKD의 중증도가 알려져 있는 PKD 환자) 또는 PKD의 동물 모델(예를 들어, 실시예에 기재된 동물 모델 중 임의의 것)로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료(예를 들어, 생물학적 유체, 신장 조직, 또는 신장 세포를 포함하는 시료)를 추가로 포함한다. 이러한 시료는, 예를 들어 양성 대조군으로서 유용하다.

본 발명을 하기 실시예에서 더 설명하기로 하며, 이러한 실시예는 청구범위에 기술된 본 발명의 범주를 제한하지 않는다.

실시예

실시예 1. PKD 마커로서의 AMBP의 확인 및 인간 PKD 환자 및 PKD의 두 상이한 마우스 모델에서의 AMBP 수준

AMBP가 인간 및 PKD의 두 상이한 동물 모델에서 PKD의 정확한 마커인지를 결정하기 위해 한 세트의 실험을 수행하였다.

물질 및 방법

동물 및 소변 수집

C57BL/6J jck/+ 마우스를 교배를 위해 유지하였다. 낭종 jck/jck 마우스를 이전에 기재된 바와 같이 유전형분석하였다(문헌[Smith et al., J. Am. Soc. Nephrol. 17:2821-2831, 2006]). Pdk1 조건 녹아웃 마우스를 이전에 기재된 바와 같이 생성하였다(문헌[Natoli iet al., Nature Med. 16:788-792, 2010]). 생후 1일차에 해바라기유 중 전달되는 타목시펜(Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) 100 mg/kg으로 Cre 재조합효소 활성을 유도하여 Pdk1 유전자를 결실시켰다.

환자 시료 수집

정상 인간 환자 및 인간 ADPKD 환자로부터의 시료를 국립 질환 연구소(National Disease Research Institute(NDRI))로부터 구매하였다. 인간 ADPKD 환자로부터의 소변 시료를 토론토 대학(University of Toronto)에서 수집하였다. 간략하게, 배뇨 중기 오전 소변 시료를 수집하고 완전 프로티나제 억제제 칵테일(Complete Proteinase Proteinase Inhibitor Cocktail(Roche))로 안정화하였다. 소변을 2000×g에서 10분 동안 원심분리하여, 세포 파편을 제거하고, -80℃에 보관하였다. 총 신장 부피(TKV)를 자기 공명 영상화(MRI)(가돌리늄 부재)에 의해 ADPKD 환자에서 정량화하였다(표 1).

LC-MS/MS 시료 제조

Proteoseek HAS/IgG 항체 기반 제거 키트(Pierce, Rockford, IL)를 사용하여 100 ㎍의 소변 시료로부터 알부민 및 IgG의 주요 서브클래스를 고갈시켰다. 고갈된 시료를 얼음 상에서 2시간 동안 10%(v/v) TCA(EMD Chemical) 중에 침전시켰다. 침전물을 15분 동안 14000×g에서 펠렛화하고 상청액을 폐기하였다. 펠렛을 200 ㎕ 아세톤(-80℃) 중에 세척하고, 볼텍싱하고, 10분 동안 14000×g에서 다시 펠렛화하고, 상청액을 폐기하였다. 펠렛을 재현탁하고, 환원시키고, 알킬화하고, ProteaseMax 분해가능 계면활성제 및 기재된 Insolution 프로토콜(Promega)을 사용하여 트립신 소화시켰다. 시료를 15분 동안 14,000×g에서 원심분리하여 분해된 계면활성제를 제거하고, 상청액을 nLC-MS/MS 분석을 위해 Total Recovery Vial(Waters)로 옮겼다.

nanoUPLC-MS

3분 동안 99% 완충액 A(수중 0.1% v/v 포름산) 및 1% 완충액 B(아세토니트릴 중 0.1% v/v 포름산)를 사용하여 15 ㎕/분의 유속으로 온라인 Symmetry C18 트랩 컬럼(180 ㎛ x 20 mm x 5 ㎛(Waters))으로 펩티드 소화물을 탈염하였다. C18 BEH 100 ㎛ x 100 ㎛, 1.7 ㎛(Waters) 컬럼 상에서 90분 구배에 걸쳐 펩티드를 용출하였다. nanoAcuity UPLC를 TaperTip 방출장치(New Objective)를 통해 Synapt G1(Waters)에 커플링하였다. 연속 포맷으로 데이터 독립적 획득 모드(MS^E)를 사용하여 200~3000 m/z. 범위에서 용출 펩티드를 분석하였다. 락스프레이(lockspray) 교정인자([Glu1]-피브리노펩티드 B([M+2H]²⁺, 785.84206 m/z, Genzyme, Framingham, MA))를 사용해서 질량 정확도를 유지하였다.

데이터 분석

MS^E 미가공 데이터를 자동 평활화하고, 배경을 감산하고, 중심을 맞추고, 탈동위원소화하고, 전하 상태를 감소시키고, Protein Lynx Global Server v 2.4(Waters)로 질량 교정하였다. 가공된 데이터를 인간 IPI 단백질 데이터베이스 v3.131에 대해 검색하였다. 95% 초과 신뢰도 스코어를 갖는 단백질만 포함하도록 필터링 기준을 설정하였다. Expression Analysis(Waters)를 사용하는 무표지 정량화를 또한 사용하여 대조군에 비해 1.5배를 초과하는 차별적 발현을 갖는 단백질의 순위를 매겼다.

웨스턴 블롯(면역블롯) 분석

1 mM DTT, 5 mM EDTA, 2 mM NaF, 1 mM Na₃VO₄(모두 Sigma-Aldrich에서 공급받음), Pefabloc SC 및 완전 프로티나제 억제제 칵테일(둘 다 Roche Applied Sceince에서 공급받음)을 포함하는 RIPA 완충액(Boston BioProducts) 중에 신장 시료를 균질화하였다. 단백질 농도는 BCA 단백질 검정(Pierce)에 의해 결정하였다. 소변 시료를 4℃에서 10분 동안 3000 RPM에서 짧게 원심분리하여(Beckman Coulter Allegra 6A) 세포 파편을 제거하였다. 동일 부피의 소변을 5X Laemmli 완충액(15% SDS, 0.575 M 수크로스, 0.325 M 트리스, pH 6.8, 5% 베타-머캅토에탄올 및 0.002% 브로모페놀 블루) 중에 희석하였다. 동량의 단백질 및 소변을 제조업체의 프로토콜(Invitrogen)에 따라 4~14% NuPage 비스-트리스 겔 상에 로딩하였다. 0.1% Tween-20을 포함하는 트리스-완충 식염수(TBS) 중 5% 탈지유로 막을 차단하고, 4℃에서 하룻밤 동안 일차 항체와 인큐베이션하였다. 일차 항체를 홀스래디쉬 퍼옥시다제-표지된 이차 항체(Promega)로 검출하였다. 면역반응성 단백질을 증강된 화학발광(GE Healthcare)에 의해 검출하였다. α-1-마이크로글로불린 및 β-액틴(Abcam), 및 GAPDH(US Biological)에 대한 일차 항체를 사용하였다.

정량적 RT-PCR 분석

제조업체의 지침에 따라 5 ㎍ 글리코겐(Invitrogen)의 존재 하에 TRIzol 시약에서 신장을 균질화하여 RNA 추출을 수행하였다. 제조업체의 권장사항(Invitrogen)에 따라 qRT-PCR용 SuperScript III First-Strand Synthesis SuperMix로 추출된 RNA를 사용하여 역전사 효소 반응을 수행하였다. AMBP에 대응하는 Applied Biosystems 사전설계 Taqman Gene Expression 검정(Mm00431788_m1)으로부터 TaqMan 프라이머를 수득하였다. TaqMan Gene Expression Master Mix를 사용하여 반응을 수행하고, Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR 시스템 상에 걸어 설치류 GAPDH 발현에 대해 정상화하였다.

면역형광

정상 환자 및 ADPKD 환자로부터의 파라핀-포매된 신장 시료를 국립 질환 연구소로부터 수득하였다. 야생형, jck, 대조군, 및 Pkd1 cKO로부터의 파라핀-포매된 신장을 4-마이크로미터 섹션으로 절단하고 가압 쿠커에서 항원 회수 용액(Antigen Retrieval Solution(DAKO)) 중에 끓여 항원 차폐를 제거하였다. 신장 섹션을 4℃에서 하룻밤 동안 혈청 비함유 단백질 차단액(Protein Block Serum Free(DAKO))으로 1시간 동안 차단하였다. 로투스 테트라고놀로부스(Lotus tetragonolobus) 렉틴(LTL)(Vector Laboratories)에 대한 일차 항체를 1:1000의 희석도로 사용하였다. 염색을 20x 또는 40x 대물렌즈로 Olympus 1X70 현미경(Olympus-America) 상에서 가시화하였다. Metamorph Imaging Series 소프트웨어(Molecular Devices Corporation)로 영상을 포착하였다.

결과

ADPKD를 갖는 8명의 인간 환자(여성 7명 및 남성 1명) 및 3명의 정상 인간 환자로부터의 소변. 각각의 인간 ADPKD 환자에 대한 임상 파라미터를 표 1에 열거한다. 각각의 인간 대상체에 대한 소변을 경도 질환을 갖는 3명의 환자(TKV < 600 mL) 및 중등도 중증의 ADPKD를 갖는 5명의 환자(TKV > 750 mL)로부터 배뇨-중기에 수집하였다. LC-MS/MS를 사용하는 전체 소변 프로테옴 프로필분석을 사용하여 정상 대조군으로부터의 소변 내 단백질 발현을 각각의 개별 ADPKD 시료와 비교하였다. 데이터는 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 단백질이 ADPKD 환자에서 증가되며 AMBP 단백질 수준이 총 신장 부피(TKV) 측정과 연관됨을 드러내었다. 최소 이환 ADPKD 환자(환자 1) 및 최대 이환 ADPKD 환자(환자 8)로부터의 AMBP 발현 비교는 AMBP 발현에서 30배 차이를 나타내어, AMBP 단백질 수준이 인간에서 ADPKD의 중증도 증가와 함께 증가함을 제시하였다.

인간 ADPKD에서 AMBP 발현의 분석

AMBP 단백질은 원래 간에서 독점적으로 발현되는 것으로 나타났으나(문헌[Salier et al., Biochem. J. 296:85-91, 1993; Salier et al., Biochem. J. 315:1-9, 1996; Daveau et al., Biochem. J. 292:485-492, 1993]), 신장에서 발현되는 것으로 나타났다(문헌[Grewal et al., Biochem. J. 387:609-616, 2005]). 신장에서, AMBP 유전자의 발현은 A1M 특이적 시스 요소 및 전사 인자에 의해 조절된다. 신장 요세관 세포에서, AMBP 단백질의 절단이 부재한다는 증거가 존재한다(문헌[Grewal et al., Biochem. J. 387:609-616, 2005]).

인간 ADPKD 환자로부터의 소변 시료에서 AMBP 단백질 수준의 면역블로팅 분석을 수행하여 LC-MS/MS 데이터를 확정하였다. 이 분석은 AMBP가 인간 ADPKD 환자로부터의 소변 시료에서 상향 조절되며 AMBP 발현 수준이 질환 진행(TKV에 의해 시사됨)과 연관됨을 실증하였다(r² = 0.7782)(도 1~3). 정상 및 인간 ADPKD 환자 신장으로부터의 섹션을 A1M 및 근위 요세관 마커 LTL에 대한 일차 항체로 염색하여 인간 신장에서 AMBP 발현의 편재를 결정하였다. 도 4에 나타낸 바와 같이, 근위 요세관 마커 LTL로 염색된 요세관이 ADPKD 환자 신장에서 AMBP 단백질 발현 부위(화살표로 나타냄)인 반면, 정상 환자 신장에서는 이러한 발현이 관찰되지 않는다. ADPKD 낭액에서 AMBP 단백질의 발현을 1명의 인간 ADPKD 환자에서 3개의 상이한 낭종으로부터의 낭액을 사용하여 확정하였다.

이들 데이터는 AMDP가 PKD의 마커임을 시사한다.

PKD의 jck 모델에서 AMBP 발현의 평가

PKD의 jck 마우스 모델(문헌[Smith et al., J. Am. Soc. Nephrol. 17:2821-2831, 2006])을 사용하여 AMBP의 발현을 평가하였다. Jck 마우스는 중등도 진행 신장 낭종 질환의 발생을 특징으로 한다. jck 마우스 모델로부터의 신장은 출생 후 26일경 확대되어 있으며 여러 낭종을 갖는다. 64일경, 정상 조직이 거의 남아있지 않으며 낭종의 수 및 크기가 상당히 증가해 있다. 혈청 크레아티닌 및 혈중 우레아 질소에 의해 측정되는 바와 같이, jck 마우스에서의 신장 기능은 경시적으로 점차 상승한다. jck 마우스에서, 낭종은 질환 초기에 수집 관으로부터 유래되며, 세포발생의 진행에 걸쳐 원위 요세관 및 헨레(Henle) 고리로부터 낭종이 발달한다. 근위 요세관에서 유래되는 낭종은 jck 마우스에서 검출되지 않는다(문헌[Smith et al., J. Am. Soc. Nephrol. 17:2821-2831, 2006]).

도 5에서의 데이터는 64일령 jck 마우스가 야생형 마우스 대조군에 비해 60배 높은 수준의 AMBP 유전자 발현을 가짐을 나타낸다. 이들 데이터는 또한 50일령 및 60일령 jck 마우스로부터의 신장에서 야생형 마우스에 비해 AMBP 단백질 수준의 상당한 상승을 나타내는, 해당 면역블롯에 의해 뒷받침된다(도 6 및 7). 출생 후 26일, 50일 및 60일차의 jck 마우스 및 출생 후 64일차의 야생형 마우스로부터의 신장 섹션의 면역형광 현미경사진은 jck 마우스에서 질환 진행에 걸쳐 근위 요세관 및 사구체에서 AMBP 단백질의 증가하는 발현을 나타내는 반면, 64일령 야생형 마우스에서는 AMBP 단백질 발현이 거의 관찰되지 않는다(도 8).

다음 실험 세트에서, 상이한 질환 진행 병기에서 jck 마우스로부터의 소변 시료에서 AMBP 단백질 수준을 측정하였다. 출생 후 64일차에 신장 대 체중 비(최종 K/BW)에 의해 측정되는 질환 중증도 범위가 6.95 내지 8.72 범위인 5마리의 jck 마우스로부터 5주 기간에 걸쳐 소변을 연속 수집하였다. 면역블롯 데이터는 AMBP 단백질 수준에서의 상승이 출생 후 33일 내지 41일차에 시작되어 jck 마우스에서 점차 증가하며, 보다 중증 질환은 jck 마우스에서 소변 AMBP 단백질 수준의 더 빠른 상향조절 및 출생 후 64일차에 더 높은 AMBP 단백질 수준을 특징으로 함을 나타낸다(도 9 및 10). 이들 데이터는 AMBP 단백질 수준(예를 들어, 소변 또는 신장 조직 AMBP 수준)이 PKD의 병기 또는 중증도를 결정하기 위해 사용될 수 있음을 제시한다.

ADPKD의 오르쏘로그(Orthologous) 모델에서의 AMBP 발현

PKD의 오르쏘로그 마우스 모델에서 AMBP의 발현을 연구하기 위해 Pkd1 cKO(조건 녹아웃) 마우스(문헌[Natoli et al., Nature Med. 16:788-792, 2010])를 사용해서 실험을 수행하였다. 이 모델에서, 생후 1일차에 Pkd1의 비활성화는 증가된 신장 대 체중 비, 낭종 백분율, 및 혈중 우레아 질소(BUN)에 의해 뚜렷한 상당한 낭종형성을 일으킨다(문헌[Natoli et al., Nature Med. 16:788-792, 2010]). 피질 및 수질 영역에서 낭종의 점진적 확대는 2개 상, 초기의 신속한 낭종 성장(18일령 내지 26일령)에 이어 더 느린 성장 속도로 일어난다.

면역블롯 분석을 사용하여 Pkd1 cKO 마우스에서 경시적인 AMBP 단백질 수준을 결정하였다. 데이터는 Pkd1 cKO 마우스로부터의 신장 시료에서 경시적인 AMBP 단백질 수준 증가를 나타낸다(출생 후 64일차의 발현 수준을 출생 후 26일차의 발현 수준과 비교)(도 11). 광범위한 질환 중증도(낭종 백분율에 의해 측정됨)를 갖는 Pkd1 마우스(출생 후 64일차에 최종 낭종%가 23.3 내지 39.6 범위임)로부터 소변을 5주 기간에 걸쳐 연속 수집하여 Pkd1 cKO 마우스에서 AMBP 단백질의 소변 수준을 추가 연구하였다. 도 13 및 14의 데이터는 소변에서의 AMBP 단백질 수준이 Pkd1 마우스에서 출생 후 26일 내지 33일차에 증가된 후 64일(본 연구에 대한 최종 시점으로 사용됨)까지 수준이 상대적으로 느리게 증가함을 나타낸다. jck 마우스 신장과 유사하게, Pkd1 cKO 신장 섹션의 면역형광 분석은 근위 요세관에서 AMBP의 상승을 나타내었다(도 12).

실시예 2. 치료적 개입 후 PKD의 전임상 모델에서의 AMBP 발현

이전에 사이클린 의존적 키나제 억제제(CDKi) 및 글루코실세라미드 신타제 억제제(GCSi)는 PKD의 마우스 모델에서 낭종 파라미터를 감소시키는 것으로 나타났다(문헌[Natoli et al., Nature Med. 16:788-792, 2010; Bukanov et al., Nature 444:949-952, 2006; Bukanov et al., Cell Cycle 11:4040-4046, 2012]). jck 마우스에서 신장 및 소변 AMBP 발현이 CDKi 로스코비틴 및 S-CR8, 및 GCSi(Genz-123346)를 사용한 성공적인 치료적 개입 후 감소될 것인지를 결정하기 위해 한 세트의 실험을 수행하였다.

물질 및 방법

본 실험 세트에서 사용된 물질 및 방법은 하기에 기재된 마우스 모델 치료에 대한 것을 제외하고, 실시예 1에서와 동일하다.

동물 치료

로스코비틴을 분말화된 5053 식이에 0.2%로 혼합하여 26일 내지 64일령의 jck 마우스에 자유롭게 투여하였다. GCSi(Genz-123346)를 분말화된 5053 식이에 0.225%로 혼합하여 출생 후 26일 내지 64일차의 jck 마우스에 자유롭게 투여하였다(문헌[Natoli et al., Nature Med. 16:788-792, 2010]). S-CR8을 사용한 만성 및 펄스 치료는 출생 후 26일부터 시작하여 24 mg/kg으로 매일 복강내 주사에 의해 수행하였다. S-CR8 치료를 위한 일정을 도 18에 나타낸다. 신장 내 체중 비(K/BW) 및 낭종 백분율(C%)로 결정되는 광범위한 질환 중증도를 갖는 동물로부터 5주 기간에 걸쳐 소변을 연속해서(출생 후 26일, 33일, 41일, 48일, 및 64일차에) 24시간 동안 수집하였다.

결과

Jck 마우스에서 CDK 억제제 로스코비틴 및 S-CR8을 사용한 치료

로스코비틴의 투여가 AMBP 수준 및 신장 부피를 둘 다 감소시킬 것인지를 결정하기 위해 jck 마우스에서 첫 번째 세트의 실험을 수행하였다. 데이터는 출생 후 26일 내지 64일차에 0.2% 로스코비틴의 경구 투여(도 15)가 출생 후 26일 내지 64일차에 비히클만 투여된 64일령 jck 마우스에서 측정된 동일 파라미터에 비해, 출생 후 64일차에 신장 부피의 감소(도 16) 및 jck 마우스로부터의 소변 및 신장 시료 둘 다에서 AMBP 단백질 수준의 감소(도 17)를 모두 일으킴을 나타낸다.

jck 마우스에서 두 번째 CDK 억제제인 S-CR8이 AMBP 수준 및 신장 부피를 둘 다 감소시킬 것인지를 결정하기 위해 두 번째 세트의 실험을 수행하였다. 이들 실험에서, jck 동물에 출생 후 26일차에 시작하는 하기 치료 일정: (A) 5주 동안 24 mg/kg S-CR8을 사용하여 매일 복강내 주사; (B) 3주 동안 24 mg/kg S-CR8을 사용하여 매일 복강내 주사, 및 2주 비치료; 및 (D) 1주 동안 24 mg/kg S-CR8을 사용하여 매일 복강내 주사 및 4주 비치료 중 하나를 투여하였다(도 18). 대조군으로서, jck 동물에 출생 후 26일 내지 64일차에 비히클을 투여하였다.

데이터는 24 mg/kg S-CR8의 매일 복강내 주사(모든 검사된 치료 일정에서)가 낭종 부피의 감소(도 19) 및 상응하는 소변 AMBP 단백질 수준의 감소(도 20 및 21)를 일으켰음을 나타낸다. 이들 데이터는 AMBP 수준 감소가 대상체에서 PKD에 대한 치료의 효능을 시사할 수 있음을 나타낸다.

Jck 마우스에서 GCS 억제제를 사용한 치료

jck 마우스의 소변 및 신장 시료에서의 AMBP 수준에 대한 GCS 억제제인 Genz-123346의 투여 효과를 검사하기 위해 추가 세트의 실험을 수행하였다. 데이터는 출생 후 26일 내지 64일차에 jck 마우스에 대한 0.225% Genz123346의 매일 투여가 출생 후 26일 내지 64일차에 비히클이 투여된 64일령 대조군 jck 마우스에서의 대응하는 수준에 비해 출생 후 64일차에 소변 및 신장 조직 시료 둘 다에서 감소를 일으킴을 나타낸다(도 22).

다른 구현예

본 발명이 이의 상세한 설명과 함께 기재되어 있긴 하지만, 상기 상세한 설명은 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐 이의 범위를 제한하려는 것이 아니며, 본 발명의 범위는 첨부된 청구항의 범위에 의해 한정됨을 이해해야 한다. 다른 양태, 이점 및 변형들은 하기 청구항의 범위 내에 포함된다.

SEQUENCE LISTING <110> Genzyme Corporation <120> BIOMARKER OF POLYCYSTIC KIDNEY DISEASE AND USES THEREOF <130> 37488-0050WO1 <150> 62/257,089 <151> 2015-11-18 <160> 21 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 352 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Arg Ser Leu Gly Ala Leu Leu Leu Leu Leu Ser Ala Cys Leu Ala 1 5 10 15 Val Ser Ala Gly Pro Val Pro Thr Pro Pro Asp Asn Ile Gln Val Gln 20 25 30 Glu Asn Phe Asn Ile Ser Arg Ile Tyr Gly Lys Trp Tyr Asn Leu Ala 35 40 45 Ile Gly Ser Thr Cys Pro Trp Leu Lys Lys Ile Met Asp Arg Met Thr 50 55 60 Val Ser Thr Leu Val Leu Gly Glu Gly Ala Thr Glu Ala Glu Ile Ser 65 70 75 80 Met Thr Ser Thr Arg Trp Arg Lys Gly Val Cys Glu Glu Thr Ser Gly 85 90 95 Ala Tyr Glu Lys Thr Asp Thr Asp Gly Lys Phe Leu Tyr His Lys Ser 100 105 110 Lys Trp Asn Ile Thr Met Glu Ser Tyr Val Val His Thr Asn Tyr Asp 115 120 125 Glu Tyr Ala Ile Phe Leu Thr Lys Lys Phe Ser Arg His His Gly Pro 130 135 140 Thr Ile Thr Ala Lys Leu Tyr Gly Arg Ala Pro Gln Leu Arg Glu Thr 145 150 155 160 Leu Leu Gln Asp Phe Arg Val Val Ala Gln Gly Val Gly Ile Pro Glu 165 170 175 Asp Ser Ile Phe Thr Met Ala Asp Arg Gly Glu Cys Val Pro Gly Glu 180 185 190 Gln Glu Pro Glu Pro Ile Leu Ile Pro Arg Val Arg Arg Ala Val Leu 195 200 205 Pro Gln Glu Glu Glu Gly Ser Gly Gly Gly Gln Leu Val Thr Glu Val 210 215 220 Thr Lys Lys Glu Asp Ser Cys Gln Leu Gly Tyr Ser Ala Gly Pro Cys 225 230 235 240 Met Gly Met Thr Ser Arg Tyr Phe Tyr Asn Gly Thr Ser Met Ala Cys 245 250 255 Glu Thr Phe Gln Tyr Gly Gly Cys Met Gly Asn Gly Asn Asn Phe Val 260 265 270 Thr Glu Lys Glu Cys Leu Gln Thr Cys Arg Thr Val Ala Ala Cys Asn 275 280 285 Leu Pro Ile Val Arg Gly Pro Cys Arg Ala Phe Ile Gln Leu Trp Ala 290 295 300 Phe Asp Ala Val Lys Gly Lys Cys Val Leu Phe Pro Tyr Gly Gly Cys 305 310 315 320 Gln Gly Asn Gly Asn Lys Phe Tyr Ser Glu Lys Glu Cys Arg Glu Tyr 325 330 335 Cys Gly Val Pro Gly Asp Gly Asp Glu Glu Leu Leu Arg Phe Ser Asn 340 345 350 <210> 2 <211> 333 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Gly Pro Val Pro Thr Pro Pro Asp Asn Ile Gln Val Gln Glu Asn Phe 1 5 10 15 Asn Ile Ser Arg Ile Tyr Gly Lys Trp Tyr Asn Leu Ala Ile Gly Ser 20 25 30 Thr Cys Pro Trp Leu Lys Lys Ile Met Asp Arg Met Thr Val Ser Thr 35 40 45 Leu Val Leu Gly Glu Gly Ala Thr Glu Ala Glu Ile Ser Met Thr Ser 50 55 60 Thr Arg Trp Arg Lys Gly Val Cys Glu Glu Thr Ser Gly Ala Tyr Glu 65 70 75 80 Lys Thr Asp Thr Asp Gly Lys Phe Leu Tyr His Lys Ser Lys Trp Asn 85 90 95 Ile Thr Met Glu Ser Tyr Val Val His Thr Asn Tyr Asp Glu Tyr Ala 100 105 110 Ile Phe Leu Thr Lys Lys Phe Ser Arg His His Gly Pro Thr Ile Thr 115 120 125 Ala Lys Leu Tyr Gly Arg Ala Pro Gln Leu Arg Glu Thr Leu Leu Gln 130 135 140 Asp Phe Arg Val Val Ala Gln Gly Val Gly Ile Pro Glu Asp Ser Ile 145 150 155 160 Phe Thr Met Ala Asp Arg Gly Glu Cys Val Pro Gly Glu Gln Glu Pro 165 170 175 Glu Pro Ile Leu Ile Pro Arg Val Arg Arg Ala Val Leu Pro Gln Glu 180 185 190 Glu Glu Gly Ser Gly Gly Gly Gln Leu Val Thr Glu Val Thr Lys Lys 195 200 205 Glu Asp Ser Cys Gln Leu Gly Tyr Ser Ala Gly 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Pro Lys His Arg 130 135 140 Val Thr Met Asn Glu Phe Glu Tyr Leu Lys Leu Leu Gly Lys Gly Thr 145 150 155 160 Phe Gly Lys Val Ile Leu Val Lys Glu Lys Ala Thr Gly Arg Tyr Tyr 165 170 175 Ala Met Lys Ile Leu Lys Lys Glu Val Ile Val Ala Lys Asp Glu Val 180 185 190 Ala His Thr Leu Thr Glu Asn Arg Val Leu Gln Asn Ser Arg His Pro 195 200 205 Phe Leu Thr Ala Leu Lys Tyr Ser Phe Gln Thr His Asp Arg Leu Cys 210 215 220 Phe Val Met Glu Tyr Ala Asn Gly Gly Glu Leu Phe Phe His Leu Ser 225 230 235 240 Arg Glu Arg Val Phe Ser Glu Asp Arg Ala Arg Phe Tyr Gly Ala Glu 245 250 255 Ile Val Ser Ala Leu Asp Tyr Leu His Ser Glu Lys Asn Val Val Tyr 260 265 270 Arg Asp Leu Lys Leu Glu Asn Leu Met Leu Asp Lys Asp Gly His Ile 275 280 285 Lys Ile Thr Asp Phe Gly Leu Cys Lys Glu Gly Ile Lys Asp Gly Ala 290 295 300 Thr Met Lys Thr Phe Cys Gly Thr Pro Glu Tyr Leu Ala Pro Glu Val 305 310 315 320 Leu Glu Asp Asn Asp Tyr Gly Arg Ala Val Asp Trp Trp Gly Leu Gly 325 330 335 Val Val Met Tyr Glu Met Met Cys Gly Arg Leu Pro Phe Tyr Asn Gln 340 345 350 Asp His Glu Lys Leu Phe Glu Leu Ile Leu Met Glu Glu Ile Arg Phe 355 360 365 Pro Arg Thr Leu Gly Pro Glu Ala Lys Ser Leu Leu Ser Gly Leu Leu 370 375 380 Lys Lys Asp Pro Lys Gln Arg Leu Gly Gly Gly Ser Glu Asp Ala Lys 385 390 395 400 Glu Ile Met Gln His Arg Phe Phe Ala Gly Ile Val Trp Gln His Val 405 410 415 Tyr Glu Lys Lys Leu Ser Pro Pro Phe Lys Pro Gln Val Thr Ser Glu 420 425 430 Thr Asp Thr Arg Tyr Phe Asp Glu Glu Phe Thr Ala Gln Met Ile Thr 435 440 445 Ile Thr Pro Pro Asp Gln Asp Asp Ser Met Glu Cys Val Asp Ser Glu 450 455 460 Arg Arg Pro His Phe Pro Gln Phe Ser Tyr Ser Ala Ser Gly Thr Ala 465 470 475 480 <210> 18 <211> 452 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 18 Met Ala Ala Pro Ser Ala Gly Ser Trp Ser Thr Phe Gln His Lys Glu 1 5 10 15 Leu Met Ala Ala Asp Arg Gly Arg Arg Ile Leu Gly Val Cys Gly Met 20 25 30 His Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu Ala 35 40 45 Lys Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys Asp 50 55 60 Ile Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly Ser 65 70 75 80 Phe Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly Pro 85 90 95 Gln Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu Arg Glu Thr Lys Gln Gly 100 105 110 His Leu Glu Asp Met Leu Leu Thr Thr Leu Ser Gly Leu Gln His Val 115 120 125 Leu Pro Pro Leu Ser Cys Asp Tyr Asp Leu Ser Leu Pro Phe Pro Val 130 135 140 Cys Glu Ser Cys Pro Leu Tyr Lys Lys Leu Arg Leu Ser Thr Asp Thr 145 150 155 160 Val Glu His Ser Leu Asp Asn Lys Asp Gly Pro Val Cys Leu Gln Val 165 170 175 Lys Pro Cys Thr Pro Glu Phe Tyr Gln Thr His Phe Gln Leu Ala Tyr 180 185 190 Arg Leu Gln Ser Arg Pro Arg Gly Leu Ala Leu Val Leu Ser Asn Val 195 200 205 His Phe Thr Gly Glu Lys Glu Leu Glu Phe Arg Ser Gly Gly Asp Val 210 215 220 Asp His Ser Thr Leu Val Thr Leu Phe Lys Leu Leu Gly Tyr Asp Val 225 230 235 240 His Val Leu Cys Asp Gln Thr Ala Gln Glu Met Gln Glu Lys Leu Gln 245 250 255 Asn Phe Ala Gln Leu Pro Ala His Arg Val Thr Asp Ser Cys Ile Val 260 265 270 Ala Leu Leu Ser His Gly Val Glu Gly Ala Ile Tyr Gly Val Asp Gly 275 280 285 Lys Leu Leu Gln Leu Gln Glu Val Phe Gln Leu Phe Asp Asn Ala Asn 290 295 300 Cys Pro Ser Leu Gln Asn Lys Pro Lys Met Phe Phe Ile Gln Ala Cys 305 310 315 320 Arg Gly Asp Glu Thr Asp Arg Gly Val Asp Gln Gln Asp Gly Lys Asn 325 330 335 His Ala Gly Ser Pro Gly Cys Glu Glu Ser Asp Ala Gly Lys Glu Lys 340 345 350 Leu Pro Lys Met Arg Leu Pro Thr Arg Ser Asp Met Ile Cys Gly Tyr 355 360 365 Ala Cys Leu Lys Gly Thr Ala Ala Met Arg Asn Thr Lys Arg Gly Ser 370 375 380 Trp Tyr Ile Glu Ala Leu Ala Gln Val Phe Ser Glu Arg Ala Cys Asp 385 390 395 400 Met His Val Ala Asp Met Leu Val Lys Val Asn Ala Leu Ile Lys Asp 405 410 415 Arg Glu Gly Tyr Ala Pro Gly Thr Glu Phe His Arg Cys Lys Glu Met 420 425 430 Ser Glu Tyr Cys Ser Thr Leu Cys Arg His Leu Tyr Leu Phe Pro Gly 435 440 445 His Pro Pro Thr 450 <210> 19 <211> 313 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 19 Met His Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu 1 5 10 15 Ala Lys Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys 20 25 30 Asp Ile Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly 35 40 45 Ser Phe Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly 50 55 60 Pro Gln Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu Arg Glu Thr Lys Gln 65 70 75 80 Gly His Leu Glu Asp Met Leu Leu Thr Thr Leu Ser Gly Leu Gln His 85 90 95 Val Leu Pro Pro Leu Ser Cys Asp Tyr Asp Leu Ser Leu Pro Phe Pro 100 105 110 Val Cys Glu Ser Cys Pro Leu Tyr Lys Lys Leu Arg Leu Ser Thr Asp 115 120 125 Thr Val Glu His Ser Leu Asp Asn Lys Asp Gly Pro Val Cys Leu Gln 130 135 140 Val Lys Pro Cys Thr Pro Glu Phe Tyr Gln Thr His Phe Gln Leu Ala 145 150 155 160 Tyr Arg Leu Gln Ser Arg Pro Arg Gly Leu Ala Leu Val Leu Ser Asn 165 170 175 Val His Phe Thr Gly Glu Lys Glu Leu Glu Phe Arg Ser Gly Gly Asp 180 185 190 Val Asp His Ser Thr Leu Val Thr Leu Phe Lys Leu Leu Gly Tyr Asp 195 200 205 Val His Val Leu Cys Asp Gln Thr Ala Gln Glu Met Gln Glu Lys Leu 210 215 220 Gln Asn Phe Ala Gln Leu Pro Ala His Arg Val Thr Asp Ser Cys Ile 225 230 235 240 Val Ala Leu Leu Ser His Gly Val Glu Gly Ala Ile Tyr Gly Val Asp 245 250 255 Gly Lys Leu Leu Gln Leu Gln Glu Val Phe Gln Leu Phe Asp Asn Ala 260 265 270 Asn Cys Pro Ser Leu Gln Asn Lys Pro Lys Met Phe Phe Ile Gln Ala 275 280 285 Cys Arg Gly Gly Gly Ala Ile Gly Ser Leu Gly His Leu Leu Leu Phe 290 295 300 Thr Ala Ala Thr Ala Ser Leu Ala Leu 305 310 <210> 20 <211> 91 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 20 Met Ala Ala Asp Arg Gly Arg Arg Ile Leu Gly Val Cys Gly Met His 1 5 10 15 Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu Ala Lys 20 25 30 Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys Asp Ile 35 40 45 Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly Ser Phe 50 55 60 Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly Pro Gln 65 70 75 80 Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu His Ser 85 90 <210> 21 <211> 425 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 21 Met Ala Asp Lys Glu Ala Ala Phe Asp Asp Ala Val Glu Glu Arg Val 1 5 10 15 Ile Asn Glu Glu Tyr Lys Ile Trp Lys Lys Asn Thr Pro Phe Leu Tyr 20 25 30 Asp Leu Val Met Thr His Ala Leu Glu Trp Pro Ser Leu Thr Ala Gln 35 40 45 Trp Leu Pro Asp Val Thr Arg Pro Glu Gly Lys Asp Phe Ser Ile His 50 55 60 Arg Leu Val Leu Gly Thr His Thr Ser Asp Glu Gln Asn His Leu Val 65 70 75 80 Ile Ala Ser Val Gln Leu Pro Asn Asp Asp Ala Gln Phe Asp Ala Ser 85 90 95 His Tyr Asp Ser Glu Lys Gly Glu Phe Gly Gly Phe Gly Ser Val Ser 100 105 110 Gly Lys Ile Glu Ile Glu Ile Lys Ile Asn His Glu Gly Glu Val Asn 115 120 125 Arg Ala Arg Tyr Met Pro Gln Asn Pro Cys Ile Ile Ala Thr Lys Thr 130 135 140 Pro Ser Ser Asp Val Leu Val Phe Asp Tyr Thr Lys His Pro Ser Lys 145 150 155 160 Pro Asp Pro Ser Gly Glu Cys Asn Pro Asp Leu Arg Leu Arg Gly His 165 170 175 Gln Lys Glu Gly Tyr Gly Leu Ser Trp Asn Pro Asn Leu Ser Gly His 180 185 190 Leu Leu Ser Ala Ser Asp Asp His Thr Ile Cys Leu Trp Asp Ile Ser 195 200 205 Ala Val Pro Lys Glu Gly Lys Val Val Asp Ala Lys Thr Ile Phe Thr 210 215 220 Gly His Thr Ala Val Val Glu Asp Val Ser Trp His Leu Leu His Glu 225 230 235 240 Ser Leu Phe Gly Ser Val Ala Asp Asp Gln Lys Leu Met Ile Trp Asp 245 250 255 Thr Arg Ser Asn Asn Thr Ser Lys Pro Ser His Ser Val Asp Ala His 260 265 270 Thr Ala Glu Val Asn Cys Leu Ser Phe Asn Pro Tyr Ser Glu Phe Ile 275 280 285 Leu Ala Thr Gly Ser Ala Asp Lys Thr Val Ala Leu Trp Asp Leu Arg 290 295 300 Asn Leu Lys Leu Lys Leu His Ser Phe Glu Ser His Lys Asp Glu Ile 305 310 315 320 Phe Gln Val Gln Trp Ser Pro His Asn Glu Thr Ile Leu Ala Ser Ser 325 330 335 Gly Thr Asp Arg Arg Leu Asn Val Trp Asp Leu Ser Lys Ile Gly Glu 340 345 350 Glu Gln Ser Pro Glu Asp Ala Glu Asp Gly Pro Pro Glu Leu Leu Phe 355 360 365 Ile His Gly Gly His Thr Ala Lys Ile Ser Asp Phe Ser Trp Asn Pro 370 375 380 Asn Glu Pro Trp Val Ile Cys Ser Val Ser Glu Asp Asn Ile Met Gln 385 390 395 400 Val Trp Gln Met Ala Glu Asn Ile Tyr Asn Asp Glu Asp Pro Glu Gly 405 410 415 Ser Val Asp Pro Glu Gly Gln Gly Ser 420 425

Claims

환자에서 다낭성 신장병(PKD)에 대한 치료 효능의 결정 방법으로서,
(a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계;
(b) 제1 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계;
(c) 환자에게 PKD 치료를 투여하는 단계;
(d) 단계 (c) 이후 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및
(e) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준보다 낮은 경우 투여되는 치료가 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.
제1항에 있어서, PKD 환자가 상염색체 우성 PKD를 가지는 방법.
제1항에 있어서, PKD 환자가 상염색체 열성 PKD를 가지는 방법.
제1항에 있어서, 제1 및 제2 시료가 소변을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, PKD 치료가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 포함하는 방법.
제5항에 있어서, GCS 억제제가
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 및
카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법.
제5항에 있어서, (f) 치료가 유효한 것으로 확인되는 경우, 추가 용량의 GCS 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제7항에 있어서, 추가 용량의 GCS 억제제가
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 또는
카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르를 포함하는 방법.
제1항에 있어서, PKD 치료가 CDK 억제제를 포함하는 방법.
제9항에 있어서, CDK 억제제가 R-로스코비틴 또는 S-CR8인 방법.
제9항에 있어서, (f) 치료가 유효한 것으로 확인되는 경우, 추가 용량의 CDK 억제제를 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제11항에 있어서, 추가 용량의 CDK 억제제가 R-로스코비틴 또는 S-CR8을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, (b) 및 (d)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제13항에 있어서, (b) 및 (d)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
환자에서 다낭성 신장병(PKD)의 병기결정 방법으로서,
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및
(c) 이 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제15항에 있어서, PKD가 상염색체 우성 PKD인 방법.
제15항에 있어서, PKD가 상염색체 열성 PKD인 방법.
제15항에 있어서, 시료가 소변을 포함하는 방법.
제15항에 있어서, (d) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제19항에 있어서, (d) (c) 이후 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제15항에 있어서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제21항에 있어서, (b)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
환자에서 다낭성 신장병(PKD)의 병기결정 방법으로서,
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및
(c) 이 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제23항에 있어서, PKD가 상염색체 우성 PKD인 방법.
제23항에 있어서, PKD가 상염색체 열성 PKD인 방법.
제23항에 있어서, (d) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제23항에 있어서, (d) (c) 이후 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확정하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제23항에 있어서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제28항에 있어서, (b)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
환자에서 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법으로서,
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및
(c) 이 수준이 대조군 수준에 비해 상승된 경우 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.
제30항에 있어서, PKD가 상염색체 우성 PKD인 방법.
제30항에 있어서, PKD가 상염색체 열성 PKD인 방법.
제30항에 있어서, 시료가 소변을 포함하는 방법.
제30항에 있어서, (d) 환자에게 PKD 치료를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제34항에 있어서, PKD 치료가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 포함하는 방법.
제35항에 있어서, GCS 억제제가
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 및
카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법.
제34항에 있어서, PKD 치료가 CDK 억제제를 포함하는 방법.
제37항에 있어서, CDK 억제제가 R-로스코비틴 또는 S-CR8인 방법.
제30항에 있어서, (d) 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제30항에 있어서, 대조군 수준이 역치 수준 또는 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 수준인 방법.
제30항에 있어서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제41항에 있어서, (b)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
환자에서 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법으로서,
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계; 및
(c) 이 수준이 대조군 수준에 비해 상승된 경우 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.
제43항에 있어서, PKD가 상염색체 우성 PKD인 방법.
제43항에 있어서, PKD가 상염색체 열성 PKD인 방법.
제43항에 있어서, (d) 환자에게 PKD 치료를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제46항에 있어서, PKD 치료가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 포함하는 방법.
제47항에 있어서, GCS 억제제가
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비시클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-3-일)프로판-2-일)카르바메이트; 및
카르밤산, N-[1-[2-(4-플루오로페닐)-4-티아졸릴]-1-메틸에틸]-, (3S)-1-아자비시클로[2.2.2]옥트-3-일 에스테르로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법.
제46항에 있어서, PKD 치료가 CDK 억제제를 포함하는 방법.
제49항에 있어서, CDK 억제제가 R-로스코비틴 또는 S-CR8인 방법.
제43항에 있어서, (d) 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장을 영상화하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제43항에 있어서, 대조군 수준이 역치 수준 또는 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 수준인 방법.
제43항에 있어서, (b)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제53항에 있어서, (b)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
환자에서 다낭성 신장병(PKD)의 모니터링 방법으로서,
(a) PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계;
(b) 제1 시료에서 α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 수준을 결정하는 단계;
(c) 단계 (b) 이후 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고 제2 시료에서 AMBP 수준을 결정하는 단계; 및
(d) 제2 시료에서의 수준이 제1 시료에서의 수준 이하인 경우 환자가 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 방법.
제55항에 있어서, PKD 환자가 상염색체 우성 PKD를 가지는 방법.
제55항에 있어서, PKD 환자가 상염색체 열성 PKD를 가지는 방법.
제55항에 있어서, 제1 및 제2 시료가 소변을 포함하는 방법.
제55항에 있어서, (e) 동일한 치료를 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제55항에 있어서, (b) 및 (c)에서 AMBP 수준을 결정하는 단계가 AMBP 단백질 수준을 결정하는 단계를 포함하는 방법.
제60항에 있어서, (b) 및 (c)가 시료를 AMBP 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법.
α-1-마이크로글로불린/비쿠닌 전구체(AMBP) 단백질에 특이적으로 결합하는 항체; 및 다낭성 신장병의 추가의 단백질 마커에 특이적으로 결합하는 항체로 본질적으로 이루어지는 키트.