JP7005695B2 - 多発性嚢胞腎のバイオマーカーおよびその使用 - Google Patents

多発性嚢胞腎のバイオマーカーおよびその使用 Download PDF

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１４年８月４日に出願された米国仮特許出願第６２／０３３，０３１号の優先権を主張するものであり、参照によりその内容全体が本明細書に組み入れられる。
本発明は、分子医学および分子生物学の方法に関する。
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）は、患者の腎臓に液体の詰まった上皮嚢胞が時間と共に形成されることを特徴とする、よく見られる遺伝性障害である（非特許文献１）。ＰＫＤ患者の嚢胞は、数十年にわたって大きさおよび数が増加し、隣接する腎実質を圧排および破壊し、最終的に患者に末期の腎臓疾患をもたらす（非特許文献２）。分化および極性の喪失に加えて、増殖およびアポトーシスの増加を含む複数の機序がＰＫＤに寄与することが示されている（非特許文献３）。多くの末期ＰＫＤ患者は、腎不全を軽減するのに移植または血液透析に頼っている（Ｐａｒｋら、２０１１；上記参照）。
２種類のＰＫＤ：常染色体優性ＰＫＤ（ＡＤＰＫＤ）および常染色体劣性ＰＫＤ（ＡＲＰＫＤ）がある。２００６年に、米国では約５００，０００人がＰＫＤを有すると診断され、ＡＤＰＫＤは５００から１，０００人中約１人に発症し、ＡＲＰＫＤは２０，０００から４０，０００人中約１人に発症した。ＡＤＰＫＤは腎臓の最もよく見られる遺伝性障害であり、米国における末期腎臓疾患患者の約５％を占める（非特許文献４）。
Ｐａｒｋら、ＢＭＢ Ｒｅｐｏｒｔｓ ４４：３５９～３６８頁、２０１１ Ｃｈａｐｉｎら、Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１９１：７０１～７１０頁、２０１０ Ｂｅｌｉｂｉら、Ｅｘｐｅｒｔ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．Ｄｒｕｇｓ １９：３１５～３２８頁、２０１０ Ｐｅｉら、Ａｄｖ．Ｃｈｒｏｎｉｃ Ｋｉｄｎｅｙ Ｄｉｓ．７：１４０～１５２頁、２０１０
本発明は、増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６＋ｐＳ６）、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）のレベルは、ＰＫＤを有する患者由来の体液（例えば、尿試料またはエクソソームに富む尿試料）を含有する試料において上昇し、初期ＰＫＤを有する患者のレベルと比較して後期ＰＫＤ患者由来の体液（例えば、尿試料またはエクソソームに富む尿試料）を含有する試料において増加し、ＰＫＤに対する治療効果のある治療を施されたＰＫＤ被験者由来の体液（例えば、尿試料またはエクソソームに富む尿試料）を含有する試料において減少するという発見に少なくとも部分的に基づく。この発見を考慮し、本明細書において、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリ
ンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６、およびＲＢＢＰの１つまたはそれ以上のレベルを決定することを含む、患者におけるＰＫＤ治療の効能を決定する方法、患者におけるＰＫＤを診断する方法、患者におけるＰＫＤを病期診断する方法、および患者におけるＰＫＤをモニタリングする方法が提供される。
本明細書において、ＰＫＤ患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）治療の効能を決定する方法であって、（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程；（ｃ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；（ｄ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｅ）工程（ｄ）後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程；ならびに（ｆ）第１の時点と比較して第２の時点でレベルが低下していれば、施行された治療を有効と同定する工程を含む、方法が提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤の投与である。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの群から選択される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｆ）後に、（ｇ）有効と同定された投与されたＧＣＳ阻害剤の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｇ）でＰＫＤ患者に：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキ
シ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの追加用量が投与される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定する工程を含み、２つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、両方のレベルが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、３つのレベル全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、４つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、４つのレベル全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、ＰＫＤ患者へのＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ－ロスコビチン）の投与である。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｂ）および（
ｅ）における濃縮は、第１および第２の試料をそれぞれ超遠心分離することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、第１および第２の試料は尿を含む。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｃ）および（ｅ）における少なくとも１つのマーカーのレベルを決定することは、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は、サイクリンＤ１およびＭＥＫの１つまたは両方のレベルを決定することを含む。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｆ）後に、（ｇ）有効と同定された施行された治療の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、有効と同定された施行された治療はＣＤＫ阻害剤であり、工程（ｇ）でＰＫＤ患者に、ＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｓ－ＣＲ８）の追加用量が投与される。
また、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を有すると同定された患者における治療の効能を決定する方法であって、（ａ）ＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を第１の時点で提供する工程；（ｂ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；（ｃ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、第２の時点で患者から得られた体液を含む第２の試料を提供する工程、および第２の試料で工程（ｂ）を行う工程；ならびに（ｅ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが低下していれば、施行された治療を有効と同定する工程を含む、方法も提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤の投与である。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－
４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドからなる群から選択される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された投与されたＧＣＳ阻害剤の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｆ）でＰＫＤ患者に：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの追加用量が投与される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、両方のレベルが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、３つのレベル全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）およ
び（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、４つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、４つのレベル全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、ＣＤＫ阻害剤またはＲ－ロスコビチンの投与である。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）における少なくとも１つのマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ｐＥＲＫ、およびＡｋｔの少なくとも２つのレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された施行された治療の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、有効と同定された施行された治療はＣＤＫ阻害剤であり、工程（ｆ）でＰＫＤ患者にＣＤＫ阻害剤の追加用量が投与される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｆ）でＰＫＤ患者にロスコビチンの追加用量が投与される。
また、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程；（ｃ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｄ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程を含む、方法も提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、両方のレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、３つのレベル全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、４つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、４つのレベル全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｂ）における濃縮は、試料を超遠心分離することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、試料は尿を含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｃ）における少なくとも１つのマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：工程（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を患者に投与することである。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの群から選択される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、治療は、ＣＤＫ阻害剤を患者に投与することである（例えば、Ｓ－ＣＲ８）。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤを有すると同定された患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、対照レベルは、閾値または健康な被験者もしくは健康な被験者の集団におけるレベルである。
また、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断する方法であって、（ａ）ＰＫＤを
有することが疑われる患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程；（ｂ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｃ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程を含む、方法も提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、両方のレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、３つのレベル全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、４つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、４つのレベル全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｂ）における少なくとも１つのマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｂ）は、サイクリンＤ１、ＭＥＫ、ＥＲＫ、ｐＡｋｔ、Ａｋｔ、Ｓ６、およびｐＳ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：工程（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＰＫＤ治療を施行する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤を患者に投与することである。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］
ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの群から選択される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、治療は、ＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｓ－ＣＲ８）を患者に投与することである。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程をさらに含む。
また、患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程；（ｃ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｄ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む、方法も提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、患者におけるＰＫＤの病期は、２つのレベルの少なくとも１つから決定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者におけるＰＫＤの病期は両方のレベルから決定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、患者におけるＰＫＤの病期は、３つのレベルの少なくとも１つから決定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者におけるＰＫＤの病期は、３つのレベル全てから決定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、患者におけるＰＫＤの病期は、４つのレベルの少なくとも１つから決定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、患者におけるＰＫＤの病期は、４つのレベル全てから決定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、
工程（ｂ）における濃縮は、試料を超遠心分離することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、試料は尿を含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｃ）における少なくとも１つのマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）（ｄ）後の患者における１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する工程をさらに含む。
また、多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）患者をモニタリングする方法であって、（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程；（ｃ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；（ｄ）第１の時点後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程；ならびに（ｅ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが上昇していなければ、ＰＫＤは改善しているかまたは変化がないと患者を同定する工程を含む、方法も提供される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、第１の時点と比較して第２の時点で両方のレベルが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で３つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、第１の時点と比較して第２の時点で３つのレベル全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。
本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時
点と比較して第２の時点で４つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、第１の時点と比較して第２の時点で４つのレベル全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）における濃縮は、試料を超遠心分離することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、第１および第２の試料は尿を含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）における少なくとも１つのマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。本明細書に記載された方法のいずれかのいくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）ＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定された患者に、同じ治療を施行する工程をさらに含む。
また、増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）に特異的に結合する抗体、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）に特異的に結合する抗体、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）に特異的に結合する抗体、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）に特異的に結合する抗体、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）に特異的に結合する抗体、プロテインキナーゼＢに特異的に結合する抗体、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）に特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）に特異的に結合する抗体の群から選択される少なくとも３つの抗体を含む、該抗体から本質的になる、または該抗体からなるキットも提供される。
本明細書で使用されるとき、名詞の前の語「１つの（ａ）」は１つまたはそれ以上の特定の名詞を表す。例えば、語句「マーカー（ａ ｍａｒｋｅｒ）」は、「１つまたはそれ以上のマーカー」を表す。
用語「患者」は、マウス、ウサギ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ウマ（例えば、競馬馬）、および高等霊長類のようなヒト、家畜（ｄｏｍｅｓｔｉｃ、ｆａｒｍ ａｎｉｍａｌｓ）、および動物園動物、競技用動物または愛玩動物を含むあらゆる種類の哺乳類を含む脊椎動物を意味する。好ましい実施形態において、患者はヒトである。
用語「体液」は、哺乳動物患者から得られる任意の液体（例えば、血液、血漿、血清、または他の血液分画、リンパ液、尿、脳脊髄液、腹水、唾液、母乳、涙、膣分泌物、羊水、洗浄液、精液、腺分泌物、滲出液、および嚢胞または糞便の内容物）を意味する。好ましい実施形態において、体液は尿、血液、血清、または血漿である。
用語「エクソソーム」は周知技術であり、患者から得られた試料（例えば、体液）中に存在する脂質ベースの微小粒子もしくはナノ粒子、またはタンパク質に富む凝集物を意味する。エクソソームは、当技術分野において細胞外小胞、微小胞、またはナノ小胞とも呼ばれる。本開示において、細胞外小胞は、直径約２０ｎｍから約１μｍの間（例えば、２０ｎｍから約９０ｎｍ）であってもよい。小胞の大きさは、はるかに高い、直径がミクロン範囲、例えば１～１０μｍであってもよい。エクソソームは、様々な種々の哺乳動物細胞タイプから分泌または排出される。エクソソームの非限定的な例、および試料（例えば
、体液）をエクソソームについて濃縮する方法の非限定的な例は本明細書に記載されている。エクソソームの追加の例、および試料をエクソソームについて濃縮する方法の追加の例は、当技術分野で公知である。
語句「試料をエクソソームについて濃縮」は周知技術であり、エクソソームの濃度を高めるための試料の１つまたはそれ以上の操作を意味する。試料をエクソソームについて濃縮する工程は、例えば、以下の工程：試料の遠心分離（例えば、場合により密度勾配で超遠心分離）、クロマトグラフィーカラム（例えば、スピンカラムのようなアフィニティーまたは分子篩クロマトグラフィーカラム）への試料の通液、ならびにエクソソームの表面の抗原に特異的に結合する抗体および／またはビーズ（例えば、エクソソームの表面の抗原に特異的に結合する抗体でコーティングされたビーズ、またはエクソソームの表面の抗原に特異的に結合する抗体に特異的に結合する分子でコーティングされたビーズ）の使用の１つまたはそれ以上を含んでもよい。例えば試料を濃縮する例示的な方法は本明細書に記載されており、追加の方法は当技術分野で公知である。
特に定義されない限り、本明細書に使用される全ての専門用語および科学用語は、本発明が属する当業者により通常理解されるのと同じ意味を有する。方法および材料は、本発明で使用するために本明細書に記載されている；当技術分野で公知の他の適切な方法および材料も使用することができる。材料、方法、および例は例示のみであり、限定することを意図するものではない。本明細書に言及される全ての刊行物、特許出願、特許、配列、データベース登録、および他の参考文献は、参照によりその全体が組み入れられる。矛盾する場合、定義を含む本明細書が支配する。
本発明の他の特徴および利点は、以下の発明を実施するための形態および図、ならびに特許請求の範囲から明らかとなろう。
正常（Ｎ）およびＰＫＤ（Ｐ）ヒト患者、ならびに野生型（ｗｔ）およびｊｃｋマウス（Ｍｕｔ）由来の腎臓溶解物試料、ならびに野生型（ｗｔ）およびｊｃｋマウス（Ｍｕｔ）由来の尿中エクソソームにおけるマーカーのレベルを示す免疫ブロットである。腎臓溶解物試料（β－アクチン）および尿中エクソソーム（アクアポリン２；ＡＱＰ２）のローディングコントロールが示されている。 計５週間のＧＣＳ阻害剤Ｃ９によるｊｃｋマウスの継続治療の実験デザインを示す概略図である。 野生型マウス（ｗｔ）およびビヒクル（Ｖ）またはＧＣＳ阻害剤Ｃ９（Ｔ）を５週間投与されたｊｃｋマウス由来の腎臓溶解物におけるマーカーのレベル、ならびに野生型マウス（ｗｔ）またはビヒクル（Ｖ）もしくはＧＣＳ阻害剤Ｃ９（Ｔ）を５週間投与されたｊｃｋマウス由来の尿中エクソソームにおけるマーカーのレベルを示す免疫ブロットである。矢印は、ビヒクル治療ｊｃｋマウスとＧＣＳ阻害剤Ｃ９治療ｊｃｋマウス間のより強い変化を示すマーカーを示している。腎臓溶解物試料（グリセルアルデヒド３－リン酸デヒドロゲナーゼ；ＧＡＰＤＨ）および尿中エクソソーム（アクアポリン２；ＡＱＰ２）に対するローディングコントロールが示されている。 野生型マウス（ｗｔ）またはビヒクル（Ｖ）もしくはＧＣＳ阻害剤Ｃ９（Ｔ）を３０週間投与されたｐｃｙマウス由来の腎臓溶解物におけるマーカーのレベル、ならびに野生型マウス（ｗｔ）またはビヒクル（Ｖ）もしくはＧＣＳ阻害剤Ｃ９（Ｔ）を３０週間投与されたｐｃｙマウス由来の尿中エクソソームにおけるマーカーのレベルを示す免疫ブロットである。腎臓溶解物試料（グリセルアルデヒド３－リン酸デヒドロゲナーゼ；ＧＡＰＤＨ）および尿中エクソソーム（アクアポリン２；ＡＱＰ２）に対するローディングコントロールが示されている。 正常ヒト患者ならびに列挙された測定総腎容積（ＴＫＶ）および身長補正総腎容積（ｈｔＴＫＶ）を有するＡＤＰＫＤヒト患者の尿中エクソソームにおけるマーカーのレベルを示す免疫ブロットである。尿中エクソソームに対するローディングコントロール（アクアポリン２、ＡＱＰ２；アポトーシス関連遺伝子２相互作用タンパク質Ｘ（ａｐｏｐｔｏｓｉｓ－ｌｉｎｋｅｄ ｇｅｎｅ２－ｉｎｔｅｒａｃｔｉｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ Ｘ）、ＡＬＩＸ；および腫瘍感受性遺伝子１０１、ＴＳＧ１０１）が示されている。
本明細書において、増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）の群から選択される１つまたはそれ以上のマーカーの単一または複数のレベルを決定することを含む、患者におけるＰＫＤ治療の効能を決定する方法、患者におけるＰＫＤを診断する方法、患者におけるＰＫＤを病期診断する方法、および患者におけるＰＫＤをモニタリングする方法が提供される。また、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体からなる群から選択される少なくとも３つの抗体を含むキットも提供される。これらの方法の非限定的態様が以下に記載される。当技術分野で理解されているように、以下に記載された様々な態様は、限定されることなく任意の組合せで使用することができる。
多発性嚢胞腎
本明細書に記載された方法は、ＰＫＤを有すると患者を同定または診断する工程をさらに含むことができる。ＰＫＤを有すると患者を診断する非限定的な例は、本明細書に提供され、以下に記載される。
他の例において患者は、患者における以下の症状：高血圧、背部または脇腹痛、頭痛、腹部サイズの増加、血尿の存在、頻尿、腎臓結石、腎不全、尿路感染または腎感染、腎嚢胞、肝嚢胞、膵嚢胞、僧帽弁逸脱、動脈瘤、悪心、嘔吐、左室肥大、ヘルニア、憩室炎、倦怠感、食欲不振、体重減少、集中力の低下、乾燥／敏感肌、筋痙攣、足および足首のむくみ、軽度または中程度のうつ病、および泡沫尿の１つまたはそれ以上の症状の観察または評価に基づきＰＫＤを有すると同定される。ＰＫＤは、遺伝子検査（例えば、Ａｔｈｅｎａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（ウースター、ＭＡ）およびＣＧＣ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（ポルト、ポルトガル）を含む様々なベンダーからのＰＫＤ１遺伝子診断検査；Ｃｅｎｔｒｏｇｅｎｅ ＡＧ（ドイツ）、ＰｒｅｖｅｎｔｉｏｎＧｅｎｅｔｉｃｓ（マーシュフィールド、ＷＩ）、ＧＣＧ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（ポルトガル）、およびＩｎＶｉｔａｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（サンフランシスコ、ＣＡ）を含む様々なベンダーからのＰＫＤ２遺伝子診断検査；ならびにＣｅｎｔｒｏｇｅｎｅ ＡＧ（ドイツ）、Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ
Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（マーシュフィールド、ＷＩ）、Ｃｏｕｎｓｙｌ（サンフランシスコ、ＣＡ）、およびＩｎｖｉｔａｅ（サンフランシスコ、ＣＡ）を含む様々なベンダーから入手可能なＰＫＨＤ１遺伝子診断検査を参照のこと）を行うことにより被験者において診断することもできる。ＰＫＤ１および／またはＰＫＤ２遺伝子の変異または欠失の検出は、常染色体優性ＰＫＤを診断するのに使用され、ＰＫＨＤ１における変異または欠失の検出は、常染色体劣性ＰＫＤを診断するのに使用される。
ＰＫＤ（例えば、常染色体優性ＰＫＤおよび常染色体劣性ＰＫＤ）は、画像研究を行う
ことにより診断することができる。例えば、超音波検査、コンピューター断層撮影法（ＣＴ）、および磁気共鳴画像法（ＭＲＩ）は、腎臓の嚢胞を探し、総腎容積（ＴＫＶ）または身長補正総腎容積（ｈｔＴＫＶ）を決定するのに使用することができる。例えば、患者（例えば、該疾患の家族歴を有する患者）において３０歳までに各腎臓に少なくとも２個の嚢胞（例えば、少なくとも３個、４個、５個、または６個の嚢胞）を検出することは、ＰＫＤの診断を裏付け得る。胎児（例えば、妊娠１４週を超える胎児）における多嚢胞性異形成腎の検出は、常染色体劣性ＰＫＤを診断するのに使用することができる。さらに、胎児由来の羊水は、ＰＫＨＤ１における変異または欠失を（例えば、本明細書に記載されたまたは当技術分野で公知のＰＫＨＤ１の遺伝子診断検査のいずれかを用いて）検出するのに使用することができる。
ＰＫＤは、一つには患者の腎機能を決定して被験者において診断または同定することもできる。例えば、ＰＫＤは、一つには患者のクレアチニンレベル（例えば、患者がＰＫＤを有することを示す１．３ｍｇ／ｄＬを超えるクレアチニンのレベル）、糸球体濾過率（例えば、患者がＰＫＤを有することを示す８０ｍＬ／分未満の速度）、および血中尿素窒素（例えば、２０ｍｇ／ｄＬを超える血中尿素窒素レベル）の１つまたはそれ以上を測定して診断または同定することができる。
本明細書に記載されたＰＫＤ患者は、本明細書に記載もしくは提供された方法のいずれか、または当技術分野で公知の任意の方法を用いて診断または同定することができる。ＰＫＤ患者は、子宮内にあってもよく（例えば、在胎期間が１４週、１５週、１７週、２０週、２５週、３０週、または３５週を超える胎児）、幼児、青少年（１３から１８歳（例えば、１３から１５歳または１５から１８歳）、または成人（１８歳を超える（例えば、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える）であってもよい。ＰＫＤ患者は、女性（例えば、妊婦）であってもよく、または男性であってもよい。ＰＫＤ患者は、ＰＫＤ治療を既に受けていてもよい。他の例においてＰＫＤ患者は、ＰＫＤ治療を受けていなくてもよい。追加の例においてＰＫＤ患者は、ＰＫＤに対する前治療を受けていた可能性があり、前治療は治療的に不成功であった（例えば、マイナスの有害な副作用の発生をもたらした、嚢胞の発生率および／もしくは増殖率を低減しなかった、ならびに／または患者の腎臓の機能の喪失速度を低減しなかった）。ＰＫＤ患者は、臨床試験の参加者であってもよい。
ＰＫＤ治療
ＰＫＤ治療のいくつかの例は、１つまたはそれ以上のグルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤の投与である。ＧＳＣ阻害剤の非限定的な例は、Ｌｅｅら（Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：１４６６２～１４６６９頁、１９９９）、Ｓｈａｙｍａｎら（Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．３１１：３７３～３８７頁、２０００）、Ｈｕａｎｇら（ＦＡＳＥＢ Ｊ．２５：３６６１～３６７３頁、２０１１）、Ｋｏｌｔｏｎら（Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．２１：６７７３～６７７７頁、２０１１）、Ｌａｒｓｅｎら（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．５３：２８２～２９１頁、２０１２）、Ｎｉｉｎｏら（Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．４３３：１７０～１７４頁、２０１３）、Ｒｉｃｈａｒｄｓら（Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．５５：４３２２～４３２５頁、２０１２）、Ｎｉｅｔｕｐｓｋｉら（Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．１０５：６２１～６２８頁、２０１２）、Ａｓｈｅら（ＰＬｏＳ Ｏｎｅ ６：ｅ２１７５８頁、２０１１）、Ｓｈａｙｍａｎ（Ｄｒｕｇｓ Ｆｕｔｕｒｅ ３５：６１３～６２０頁、２０１０）、Ｂｉｊｌら（Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．３２６：８４９～８５５頁、２００８）、Ｔｒｅｉｂｅｒら（Ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃａ３７：２９８～３１４頁、２００７）、ＭｃＥａｃｈｅｒｎら（Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｔａｂ．９１：２５９～２６７頁、２００７）、Ｗｅｎｎｅｋｅｓら（Ｄｉａｂｅｔｅｓ５６：１３４１～１３４
９頁、２００７）、Ｊｉｍｂｏら（Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１２７：４８５～２９１頁、２０００）、Ｍｉｕｒａら（Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．６：１４８１～１４８９頁、１９９８）、Ａｂｅら（Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１１１：１９１～１９６頁、１９９２）、Ｉｎｏｋｕｃｈｉら（Ｊ．Ｃｅｌｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ．１４１：５７３～５８３頁、１９８９）、およびＩｎｏｋｕｃｈｉら（Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．２８：５６５～５７１頁、１９８７）に記載されている。ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、特許出願公開第２０１３／０２２５５７３号、第２０１３／０１３７７４３号、第２０１３／００９５０８９号、第２０１２／０３２２７８７号、第２０１２／０３２２７８６号、第２０１１／０１８４０２１号、第２０１１／０１６６１３４号、第２０１０／０２５６２１６号、および第２００７／０２５９９１８号（これらの各々は参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。
ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、ＷＯ１４／０４３０６８（参照により本明細書に組み入れられる）に記載されている。例えば、ＧＣＳ阻害剤は、以下の式Ｉ
Figure 0007005695000001
 により表される構造を有してもよく、式中、
ｎは１、２、または３であり；
ｍは０または１であり；
ｐは０または１であり；
ｔは０、１、または２であり；
ＥはＳ、Ｏ、ＮＨ、ＮＯＨ、ＮＮＯ２、ＮＣＮ、ＮＲ、ＮＯＲまたはＮＳＯ２Ｒであり；
Ｘ１はｍが１の場合ＣＲ１であり、またはｍが０の場合Ｎであり；
Ｘ２はＯ、－ＮＨ、－ＣＨ２、ＳＯ２、ＮＨ－ＳＯ２、ＣＨ（Ｃ１～Ｃ６）アルキルまたは－ＮＲ２であり；
Ｘ３は直接結合、Ｏ、－ＮＨ、－ＣＨ２－、ＣＯ、－ＣＨ（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、ＳＯ２ＮＨ、－ＣＯ－ＮＨ－、またはＮＲ３であり；
Ｘ４は直接結合、ＣＲ４Ｒ５、ＣＨ２ＣＲ４Ｒ５またはＣＨ２－（Ｃ１～Ｃ６）アルキル－ＣＲ４Ｒ５であり；
Ｘ５は直接結合、Ｏ、Ｓ、ＳＯ２、ＣＲ４Ｒ５、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニルオキシ、－Ｒ７－（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル－Ｒ７－、－Ｒ７－（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール－Ｒ７－、－Ｒ７－（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール－Ｒ７－、－Ｒ７－（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、および（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル－Ｒ７－であり、Ｒ７は直接結合、Ｏ、Ｓ、ＳＯ２、ＣＲ４Ｒ５、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニルオキシであり；ならびにさらにＸ５が－Ｒ７－（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル－Ｒ７
－、－Ｒ７－（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール－Ｒ７－、－Ｒ７－（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール－Ｒ７－、－Ｒ７－（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、および（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル－Ｒ７－と定義される場合、（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基は、ハロ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、Ｏ（Ｃ３～Ｃ６シクロアルキル）、（Ｃ３～Ｃ６）シクロアルコキシ、ニトロ、ＣＮ、ＯＨ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ、（Ｃ３～Ｃ６）シクロアルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシカルボニル、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルカルボニル、（Ｃ１～Ｃ６）ハロアルキル、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ－ＣＯ－からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基により場合により置換されており、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１～Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、これらが結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは１つから３つのハロ基により場合により置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つもしくは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルスルホニル；
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される、１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキル；または（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシ；ならびに
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される、１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ；または（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより場合により置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシを形成していてもよく；
Ｒは、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；Ｒ１は、Ｈ、ＣＮ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルカルボニル、または（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；
Ｒ２およびＲ３は、それぞれ独立に－Ｈ、場合によりハロゲン、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、ハロ（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、およびハロ（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリールからなる群から選択される１つもしくそれ以上の置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり、または場合によりＸ２が－ＮＲ２であり、Ｘ３が－ＮＲ３である場合、Ｒ２およびＲ３は、Ｒ２およびＲ３が結合している窒素原子と一緒になって、ハロゲン、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、ハロ（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、およびハロ（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリールから選択される１つまたはそれ以上の置換基により場合により置換されている非芳香族複素環を形成していてもよく；
Ｒ４およびＲ５は、独立にＨ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルから選択され、またはＲ４およびＲ５が結合している炭素と共に、スピロ（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル環もしくはスピロ（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシ環を形成し；
Ｒ６は、－Ｈ、ハロゲン、－ＣＮ、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ６～ＣＩ２）アリールオキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ；１つから４つのハロまたは（Ｃ１～Ｃ６）アルキルにより場合により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルであり；
Ａ１は、（Ｃ２～Ｃ６）アルキニル；（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、またはベンゾ（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、Ａ１は、ハロ、場合により１つから３つハロにより置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキル；（Ｃ１～Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、ニトロ、ＣＮ、－ＯＨ、１つから３つハロにより場合により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ；（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシカルボニル、および（Ｃ１～Ｃ６）アルキルカルボニルからなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で場合により置換されており；
Ａ２は、Ｈ、（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、またはベンゾ（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、Ａ２は、ハロ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルケニル、アミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）ジアルキルアミノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、Ｏ（Ｃ３～Ｃ６シクロアルキル）、（Ｃ３～Ｃ６）シクロアルコキシ、ニトロ、ＣＮ、ＯＨ、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシ、（Ｃ３～Ｃ６）シクロアルキル、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシカルボニル、（Ｃ１～Ｃ６）アルキルカルボニル、（Ｃ１～Ｃ６）ハロアルキル、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ－ＣＯ－からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で場合により置換されており、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１～Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、Ｒ８およびＲ９が結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは場合により１つから３つのハロ基により置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つまたは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルスルホニル；
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキル；ならびに
ハロ、ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシを形成してもよく；
ただし、ｎ＋ｔ＋Ｙ＋ｚの合計が６以下であり；
ただし、ｐが０である場合；Ｘ２はＮＨ－ＳＯ２であり、Ｘ３はＮＨであり；
ただし、ｎが１であり；ｔがＯであり；ｙが１であり；ｚが１である場合；Ｘ２はＮＨであり；ＥはＯであり；Ｘ３はＮＨであり；
Ａ２はＨであり、Ｘ５は直接結合であり；Ａ１は非置換フェニル、ハロフェニルまたはイソプロペニルフェニルではなく；
ただし、ｎが１であり；ｔがＯであり；ｙが１であり；ｚが１であり；Ｘ２はＯであり；ＥはＯであり；Ｘ３はＮＨであり；Ａ１は（Ｃ６～Ｃ１２）アリールであり、Ｘ５は直接結合であり；Ａ２はＨであり、Ｒ４がＨである場合、Ｒ５はシクロへキシルではなく；
ただし、ｎが１であり；ｔがＯであり；ｙが１であり；ｚが１であり；Ｘ２がＮＨであり；ＥがＯであり；Ｘ３がＣＨ２であり；Ｒ４およびＲ５が両方とも水素であり；Ａ２がＨであり、Ｘ５が直接結合である場合；Ａ１は非置換フェニルではなく；ならびに
ただし、Ｘ３がＯ、－ＮＨ、－ＣＨ２－、ＣＯ、－ＣＨ（Ｃ１～Ｃ６）アルキル、ＳＯ２ＮＨ、－ＣＯ－ＮＨ－または－ＮＲ３であり；およびＸ４がＣＲ４Ｒ５、ＣＨ２ＣＲ４Ｒ５またはＣＨ２－（Ｃ１～Ｃ６）アルキル－ＣＲ４Ｒ５である場合；Ａ２は（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキル、（Ｃ６～Ｃ１２）アリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキルであり、または（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、Ｒ８Ｒ９Ｎ－ＣＯ－からなる群から選択される１つまたはそれ以上の置換基で置換されているベンゾ（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキルでなければならず、Ｒ８およびＲ９は、それぞれ独立に水素および（Ｃ１～Ｃ６）アルキルからなる群から選択され、またはＲ８およびＲ９は、Ｒ８およびＲ９が結合している窒素と一緒になって、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、もしくは１つから３つのハロ基により場合により置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル基、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシおよび（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルキルから選択される１つもしくは２つの基により場合により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルスルホニル；
ヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキル；
もしくはヒドロキシ、シアノ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシ、（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロシクロアルキル、場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ２～Ｃ９）ヘテロアリール；もしくは場合により（Ｃ１～Ｃ６）アルコキシにより置換されている（Ｃ３～Ｃ１０）シクロアルコキシからなる群から選択される１つから４つの置換基により置換されている（Ｃ１～Ｃ６）アルキルオキシを形成してもよい。
追加の例示的なＧＣＳ阻害剤には：１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル［２－（２，４’－ジフルオロビフェニル－４－イル）プロパン－２－イル］カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛２－［４－（１，３－ベンゾチアゾール－６－イル）フェニル］プロパン－２－イル｝カルバメート；１－アザビシクロ［３．２．２］ノン－４－イル｛１－［５－（４－フルオロフェニル）ピリジン－２－イル］シクロプロピル｝カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛１－［３－（４－フルオロフェノキシ）フェニル］シクロプロピル｝カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛１－［４－（１，３－ベンゾチアゾール－５－イル）フェニル］シクロプロピル｝カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル［１－（４’－フルオロ－３’－メトキシビフェニル－４イル）シクロプロピル］カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル［３－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）オキセタン－３－イル］カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛１－［６－（４－フルオロフェノキシ）ピリジン－２－イル］シクロプロピル｝カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル［３－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）ペンタン－３－イル］カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛２－［２－（４－フルオロフェニル）－２Ｈ－インダゾール－６－イル］プロパン－２－イル｝カルバメート；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル｛２－［２－（１Ｈ－ピロール－１－イル）ピリジン－４－イル］プロパン－２－イル｝カルバメート；１－（３－エチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）－３－［１－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）シクロプロピル］尿素；Ｎ－（１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）－Ｎ’－［１－（４’－フルオロビフェニル－４イル）シクロプロピル］エタンジアミド；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル（１－｛４［（４，４ジフルオロシクロヘキシル）オキシ］フェニル｝シクロプロピル）カルバメート；１－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノン－４－イル）－３－［１－（５－フェ
ニルピリジン－２－イル）シクロプロピル］尿素；１－［１－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）シクロプロピル］－１－メチル－３－（３－メチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）尿素；１－［１－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）シクロプロピル］－１－メチル－３－（３－メチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）尿素；１－｛２－［４’－（２－メトキシエトキシ）ビフェニル－４－イル］プロパン－２－イル｝－３－（３－メチル－１アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）尿素；２－（１－アザビシクロ［３．２．２］ノン－４－イル）－Ｎ－［１－（５－フェニルピリジン－２－イル）シクロプロピル］アセトアミド；３－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）－３－メチル－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノン－４－５イル）ブタンアミド；Ｎ－［２－（ビフェニル－４－イル）プロパン－２－イル］－Ｎ’－（３－メチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）硫酸ジアミド；Ｎ－［２－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）プロパン－２－イル］－Ｎ’－（３－メチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）硫酸ジアミド；１－（３－ブチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）－３－｛２－［１－（４－フルオロフェニル）－１Ｈ－ピラゾール－４－イル］プロパン－２－イル｝尿素；１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル［４－（４－フルオロフェニル）－２－メチルブタ－３－イン－２－イル］カルバメート；１－（３－ブチル－１－アザビシクロ［２．２．２］オクタ－３－イル）－３－［４－（４－フルオロフェニル）－２－メチルブタ－３－イン－２－イル］尿素；Ｎ－［１－（４’－フルオロビフェニル－４－イル）シクロプロピル］－１，４－ジアザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－カルボキサミド；１－（２－（４’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）－３－（３－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－３－イル）尿素；１－（２－（４’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）－３－（４－メチル－１－アザビシクロ［４．２．２］デカン－４－イル）尿素；１－（２－（４’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）－３－（３－メチル－１－アザビシクロ［４．２．２］デカン－３－イル）尿素；および１－（２－（４’－フルオロ－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）－３－（５－メチル－１－アザビシクロ［４．２．２］デカン－５－イル）尿素が挙げられる。
ＧＣＳ阻害剤の追加の例は、以下に列挙される。
（（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート）
Figure 0007005695000002
（４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）
フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000003
（４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000004
（４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000005
（４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000006
（４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000007
（４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000008
（４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000009
（４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000010
（４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）
Figure 0007005695000011
ＰＫＤ治療のいくつかの例には、１つまたはそれ以上のサイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤の投与が挙げられる。ＣＤＫ阻害剤の非限定的な例には、Ｓ－ＣＲ８、オロモウシン、ＬＥＥ０１１、パルボシクリブ、Ｐ１４４６Ａ－０５、ＰＤ－０３３２９９１、およびＲ－ロスコビチンが挙げられる。ＣＤＫ阻害剤の追加の例は、Ｃｉｃｅｎａｓら（Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１３８：１４０９～１４１８頁、
２０１１）、Ｂｌａｃｈｌｙら（Ｌｅｕｋ．Ｌｙｍｐｈｏｍａ５４：２１３３～２１４３頁、２０１３）、Ｇａｌｏｎｓら（Ｅｘｐｅｒｔ Ｏｐｉｎ．Ｔｈｅｒ．Ｐａｔ．２０：３７７～４０４頁、２０１０）、Ｇｅｙｅｒら（Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ１７５４：１６０～１７０頁、２００５）に記載されている。ＣＤＫ阻害剤の追加の例は、米国特許出願公開第２００６／０１７８３７１号、第２００６／０１７３０１７号、第２００６／０１７３０１６号、第２００６／０１３５５８９号、第２００６／０１２８７２５号、第２００６／０１０６０２３号、第２００６／００４１１３１号、第２００６／００４０９５８号、第２００６／００３０５５５号、第２００５／０２６１３５３号、第２００５／０１３０９８０号、第２００５／０００４００７号、第２００４／０２４８９０５号、第２００４／０２０９８７８号、第２００４／０１９８７５７号、第２００４／０１１６４４２号、第２００４／０１１０７７５号、第２００４／０１０６６２４号、第２００４／０１０２４５１号、第２００４／００９７５１７号、第２００４／００９７５１６号、第２００４／００７３９６９号、第２００４／００７２８３５号、第２００４／００６３７１５号、第２００４／００４８８４９号、第２００４／０００６０７４号、第２００３／００７３６８６号、第２００２／００６５２９３号、第２００２／００４２４１２号、第２００２／００１３３２８号、第２００２／０００２１７８号、および第２００１／００２５３７９号に記載されている。
ＰＫＤ治療の別の例は、血液透析または腹膜透析である。ＰＫＤ治療のさらなる例は、腎臓の外科移植である。
マーカー
本明細書に提供された方法は、患者（例えば、ＰＫＤ患者）由来の少なくとも１つ試料中の：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡＫＴ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルの決定を含む。例えば、１つまたはそれ以上のマーカーのレベルは、患者（例えば、ＰＫＤ患者）由来の体液（例えば、尿）を含有する試料（例えば、エクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）において決定することができる。いくつかの例において、マーカーはタンパク質である。他の例において、マーカーはマーカータンパク質をコードするｍＲＮＡである。
本明細書に記載されたマーカーのレベルを決定する方法は、当技術分野で周知である。例えば、本明細書に記載された各マーカーのタンパク質レベルは、抗体ベースのアッセイ（例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ、抗体アレイ、抗体標識ビーズ、および免疫ブロット）を用いて決定することができる。これらの抗体ベースのアッセイにおいて使用することができる例示的な抗体は、実施例に記載されている。抗体ベースのアッセイにおいて使用することができる追加の抗体は、当技術分野で公知である。マーカーに特異的に結合する抗体を製造する方法も、当技術分野で周知である。各マーカーのタンパク質レベルを決定する追加の方法には、質量分析法、液体クロマトグラフィー（例えば、高速液体クロマトグラフィー）質量分析法（ＬＣ－ＭＳ）、および液体クロマトグラフィー（例えば、高速液体クロマトグラフィー）タンデム質量分析法（ＬＣ－ＭＳ／ＭＳ）が挙げられる。体液を含有する試料（例えば、エクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）中のマーカーのタンパク質レベルを決定する方法の非限定的な例は、Ｐｉｓｉｔｋｕｎら（Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．６：２６８～２７８頁、２０１２）に記載されている。マーカーのレベルを決定するこれらの例示的な方法は、本明細書に提供された方法のいずれにおいても使用することができる。
本明細書に記載された各マーカーのｍＲＮＡレベルは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）ベースのアッセイ（例えば、リアルタイムＰＣＲおよび逆転写酵素ＰＣＲ）を用いて決定することができる。各マーカーのｍＲＮＡレベルを決定する追加の方法には、
遺伝子チップの使用が挙げられる。体液を含有する試料（例えば、エクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）中のマーカーのｍＲＮＡレベルを決定する方法のさらなる例は、Ｃｈｅｎら（Ｌａｂチップ１０：５０５～５１１頁、２０１０）、Ｓｃｈａｇｅｍａｎら（ＢｉｏＭｅｄ Ｒｅｓ．Ｉｎｔ．、Ａｒｔｉｃｌｅ ＩＤ２５３９５７、２０１３）、およびＡｌｖａｒｅｚら（Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔｅｒ．８２：１０２４～１０３２頁、２０１２）に記載されている。マーカーのｍＲＮＡレベルを決定する追加の方法は、当技術分野で周知である。
いくつかの例において被験者由来の試料（例えば、体液を含む試料）は、少なくとも１つのマーカーのレベルが該試料において決定される前に、一定期間保管（例えば、少なくとも１時間（例えば、少なくとも２、４、６、８、１２、もしくは２４時間、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、１４、もしくは２１日間、例えば、約１０℃、約０℃、約－２０℃、約－４０℃、約－７０℃、または約－８０℃の温度で保管）される。例えば、体液を含みおよびエクソソームについて濃縮された試料は、少なくとも１つのマーカーのレベルが該試料において決定される前に、一定期間保管（例えば、本明細書に記載された時間および／または温度のいずれかで保管）される。いくつかの例は、少なくとも１つのマーカー（例えば、本明細書に記載された任意のマーカーまたはマーカーの任意の組合せ）のレベルが決定される前に、体液を含有する試料を濃縮する工程をさらに含む。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する方法の非限定的な例は、本明細書に記載されている。いくつかの例において、エクソソームについて濃縮された体液を含有する試料は、少なくとも１つのマーカーのレベルが試料において決定される前に、一定期間保管（例えば、本明細書に記載された時間および／または温度のいずれかで保管）される。
本明細書に記載された任意のマーカーまたはマーカーの任意の組合せのレベルは、本明細書に記載された方法のいずれかで、試料（例えば、体液を含有する試料、またはエクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）において決定することができる。本明細書に記載された方法のいずれかで、試料（例えば、体液を含有する試料、またはエクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）において決定することができるマーカーの組合せまたは単一のマーカーの例（すなわち、決定されたレベル）は、表１に示されている。本明細書に記載されたそれぞれのマーカーの記載は、以下に提供されている。
ＰＣＮＡ
増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）は、２６１個のアミノ酸を有する２８．８ｋＤａのタンパク質である。ヒトＰＣＮＡのアミノ酸配列は、配列番号１である。本明細書に記載されたＰＣＮＡのタンパク質レベルは、配列番号１のアミノ酸２４８位のチロシンで非リン酸化およびリン酸化されたＰＣＮＡの形態を含み得、配列番号１のアミノ酸２４８位のチロシンでリン酸化されたＰＣＮＡの形態のみを含み得、またはＰＣＮＡの非リン酸化形態のみを含み得る。
サイクリンＤ１
サイクリンＤ１は、２９５個のアミノ酸を有する３３．７ｋＤａのタンパク質である。ヒトサイクリンＤ１のアミノ酸配列は、配列番号２である。サイクリンＤ１のタンパク質レベルは、配列番号２のアミノ酸２８６位のスレオニンで非リン酸化およびリン酸化されたサイクリンＤ１の形態を含み得、配列番号２のアミノ酸２８６位のスレオニンでリン酸化されたサイクリンＤ１の形態のみを含み得、またはサイクリンＤ１の非リン酸化形態のみを含み得る。
サイクリンＤ３
サイクリンＤ３は、２９２個のアミノ酸を有するタンパク質である。ヒトサイクリンＤ
３のアミノ酸配列は、配列番号３である。サイクリンＤ３のタンパク質レベルは、配列番号３のアミノ酸２７９位のセリンで非リン酸化およびリン酸化されたサイクリンＤ３の形態を含み得、配列番号３のアミノ酸２７９位のセリンでリン酸化されたサイクリンＤ３の形態のみを含み得、またはサイクリンＤ３の非リン酸化形態のみを含み得る。
ＭＥＫ
ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）は、２つのアイソフォームを有するタンパク質である。ヒトＭＥＫの第１のアイソフォームは、３９３個のアミノ酸の配列を有し（配列番号４）、ヒトＭＥＫの第２のアイソフォームは、３６７個のアミノ酸の配列を有する（配列番号５）。ＭＥＫのタンパク質レベルは、１つまたはそれ以上の：ＭＥＫの第１のアイソフォームの非リン酸化形態；ＭＥＫの第２のアイソフォームの非リン酸化形態；配列番号４のアミノ酸２１８位のセリンのリン酸化、配列番号４のアミノ酸２２２位のセリンのリン酸化、配列番号４のアミノ酸２８６位のスレオニンのリン酸化、配列番号４のアミノ酸２９２位のスレオニンのリン酸化、および配列番号４のアミノ酸２９８位のセリンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含む、ＭＥＫの第１のアイソフォームの１つまたはそれ以上の形態；ならびに配列番号５のアミノ酸１９２位のセリンのリン酸化、配列番号５のアミノ酸１９６位のセリンのリン酸化、配列番号５のアミノ酸２６０位のスレオニンのリン酸化、配列番号５のアミノ酸２６６位のスレオニンのリン酸化、および配列番号５のアミノ酸２７２位のセリンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含む、ＭＥＫの第２のアイソフォームの１つまたはそれ以上の形態を含み得る。
Ｓ６、ｐＳ６、および総Ｓ６
リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）は、２４９個のアミノ酸を有する２８．７ｋＤａのタンパク質である。ヒトＳ６のアミノ酸配列は、配列番号６である。語句「Ｓ６のレベル」または「リボソームタンパク質Ｓ６のレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、Ｓ６の全ての検出可能な形態（例えば、Ｓ６の全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）のレベルの合計を意味する。Ｓ６タンパク質のリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号６のアミノ酸２３５位のセリンのリン酸化、配列番号６のアミノ酸２３６位のセリンのリン酸化、配列番号６のアミノ酸２４０位のセリンのリン酸化、配列番号６のアミノ酸２４２位のセリンのリン酸化、配列番号６のアミノ酸２４４位のセリンのリン酸化、および配列番号６のアミノ酸２４７位のセリンのリン酸化を含み得る。いくつかの実施形態において、Ｓ６のレベルは、Ｓ６の全ての検出可能な形態（例えば、全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）に共通する抗原に結合する抗体の使用により決定することができる。
語句「ｐＳ６のレベル」または「リボソームタンパク質ｐＳ６のレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、配列番号６のアミノ酸２３５位のセリンのリン酸化、配列番号６のアミノ酸２３６位のセリンのリン酸化、または配列番号６のアミノ酸２３５および２３６位のセリンのリン酸化を有するリボソームＳ６タンパク質のリン酸化形態の１つまたはそれ以上のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を意味する。ｐＳ６のレベルは、例えば、配列番号６のアミノ酸２３５位のリン酸化セリンおよび／もしくは配列番号６のアミノ酸２３６位のリン酸化セリンを含むＳ６のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
ＥＲＫ
語句「ＥＲＫのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、ＥＲＫ１の全ての検出可能な形態（例えば、ＥＲＫ１の各アイソフォームの全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）および／またはＥＲＫ２の全ての検出可能な形態（例えば、全てのリン酸化形態および非リン酸化形態）のレベルの合計を意味する。ヒトＥＲＫ１の第１のアイソフォームは、３７９個のアミノ酸の配列を有する（配列番号７）。ヒトＥＲＫ１の第２のアイソフォ
ームは、３３５個のアミノ酸の配列を有する（配列番号８）。ヒトＥＲＫ１の第３のアイソフォームは、３５７個のアミノ酸の配列を有する（配列番号９）。ヒトＥＲＫ２の第１のアイソフォームは、３６０個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１０）。ヒトＥＲＫ２の第２のアイソフォームは、３１６個のアミノ酸の配列を有する（配列番号１１）。
ＥＲＫ１の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号７のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号７のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号７のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号７のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号７のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の第２のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号８のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号８のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号８のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号８のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号８のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の第３のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号９のアミノ酸１７０位のセリンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸１９８位のスレオニンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸２０２位のスレオニンのリン酸化、配列番号９のアミノ酸２０４位のチロシンのリン酸化、および配列番号９のアミノ酸２０７位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ１の全ての検出可能な形態は、例えば、ＥＲＫ１の第１、第２、および第３のアイソフォームの非リン酸化形態と、ＥＲＫ１の第１、第２、および第３のアイソフォームの様々なリン酸化形態の全ての間で共有されるエピトープに特異的に結合する抗体を用いて特定することができる。
ＥＲＫ２の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１０のアミノ酸２９位のセリンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸１８５位のスレオニンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸１８７位のチロシンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸１９０位のスレオニンのリン酸化、配列番号１０のアミノ酸２４６位のセリンのリン酸化、アミノ酸２４８位のセリンのリン酸化、および配列番号１０のアミノ酸２８４位のセリンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ２の第２のアイソフォームのリン酸化形態は、１つまたはそれ以上の：配列番号１１のアミノ酸２９位のセリンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸１８５位のスレオニンのリン酸化、配列番号１１のアミノ酸１８７位のチロシンのリン酸化、および配列番号１１のアミノ酸１９０位のスレオニンのリン酸化を含み得る。ＥＲＫ２の全ての検出可能な形態は、例えば、ＥＲＫ２の第１および第２のアイソフォームの非リン酸化形態と、ＥＲＫ２の第１および第２のアイソフォームの様々なリン酸化形態の全ての間で共有されるエピトープに特異的に結合する抗体を用いて特定することができる。
ｐＥＲＫ
語句「ｐＥＲＫのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、１つまたはそれ以上の：配列番号７のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォームの形態、配列番号７のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォームの形態、配列番号７のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第１のアイソフォーム、配列番号８のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号８のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号８のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第２のアイソフォームの形態、配列番号９のアミノ酸２０２位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号９のアミノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号９のアミノ酸２０２位にスレオニンの、およびアミ
ノ酸２０４位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ１の第３のアイソフォームの形態、配列番号１０のアミノ酸１８５位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１０のアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１０のアミノ酸１８５位にスレオニンの、およびアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第１のアイソフォームの形態、配列番号１１のアミノ酸１８５位にスレオニンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態、配列番号１１のアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態、ならびに配列番号１１のアミノ酸１８５位にスレオニンの、およびアミノ酸１８７位にチロシンのリン酸化を有するＥＲＫ２の第２のアイソフォームの形態のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を意味する。ｐＥＲＫのレベルは、例えば、配列番号７、８、もしくは９のアミノ酸２０２位にリン酸化スレオニンを、および／もしくは配列番号７、８、もしくは９のアミノ酸２０４位にリン酸化チロシンをそれぞれ含む、ＥＲＫ１の第１、第２、もしくは第３のアイソフォーム中のエピトープに特異的に結合する抗体、または配列番号１０もしくは１１のアミノ酸１８５位にリン酸化スレオニンを、および／もしくは配列番号１０もしくは１１のアミノ酸１８７位にリン酸化チロシンをそれぞれ含む、ＥＲＫ２の第１もしくは第２のアイソフォーム上のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
Ａｋｔ
Ａｋｔは、４８０個のアミノ酸を有する５５．７ｋＤａのタンパク質である（配列番号１２）。Ａｋｔのタンパク質レベルは、Ａｋｔの非リン酸化形態、ならびに配列番号１２のアミノ酸１２４位のセリンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸１２６位のセリンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸１２９位のセリンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸１７６位のチロシンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸３０８位のスレオニンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸４５０位のスレオニンのリン酸化、配列番号１２のアミノ酸４７３位のセリンのリン酸化、および配列番号１２のアミノ酸４７４位のチロシンのリン酸化の１つまたはそれ以上を含むＡｋｔの１つまたはそれ以上の形態：の２つ以上を含み得る。
ｐＡｋｔ
語句「ｐＡｋｔのレベル」は、タンパク質レベルを指す場合、配列番号１２のアミノ酸４７３位にセリンのリン酸化を有するＡｋｔの１つまたはそれ以上の形態のレベル（または２つ以上のレベルの合計）を意味する。ｐＡｋｔのレベルは、例えば、配列番号１２のアミノ酸４７３位にリン酸化セリンを含むＡｋｔ中のエピトープに特異的に結合する抗体を用いて決定することができる。
カスパーゼ２
ヒトにおいてカスパーゼ２の３つの異なるアイソフォームがある。プロセシングされていない形態のカスパーゼ２の第１のアイソフォームは、合計４５２個のアミノ酸を有する（配列番号１３）。処理後、カスパーゼ２の第１のアイソフォームは、３つのサブユニットペプチド：配列番号１３のアミノ酸１７０～３２５（カスパーゼ２サブユニットｐ１８）、配列番号１３のアミノ酸３３４～４５２（カスパーゼ２サブユニットｐ１３）、および配列番号１３のアミノ酸３４８～４５２（カスパーゼ２サブユニットｐ１２）を形成する。配列番号１３のアミノ酸２～１６９は、カスパーゼ２のプロセシングされていない形態のプロ配列を表している。第２のアイソフォームは、合計３１３個のアミノ酸を有する（配列番号１４）。第３のアイソフォームは、合計９１個のアミノ酸を有する（配列番号１５）。カスパーゼ２の第１のアイソフォームのリン酸化形態は、配列番号１３のアミノ酸３４０位にセリンのリン酸化を有する。カスパーゼ２のタンパク質レベルは、カスパーゼ２の第１のアイソフォームのプロセシングされていない形態、カスパーゼ２サブユニットｐ１８、カスパーゼ２サブユニットｐ１３、カスパーゼ２サブユニットｐ１２、配列番
号１３のアミノ酸３４０位にセリンのリン酸化を有するカスパーゼ２の第１のアイソフォームの形態、およびカスパーゼ２サブユニットｐ１３のアミノ酸７位にセリンのリン酸化を有するカスパーゼ２サブユニットｐ１３の形態の１つまたはそれ以上を含み得る。
ＲＢＢＰ
ヒト網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）は、４２５個のアミノ酸を有する（配列番号１６）。ＲＢＢＰのリン酸化形態は、配列番号１６のアミノ酸１１０位にセリンのリン酸化を有する。ＲＢＢＰのタンパク質レベルは：ＲＢＢＰの非リン酸化形態、および配列番号１６のアミノ酸１１０位にセリンのリン酸化を有するＲＢＢＰの形態の１つまたは両方を含み得る。
試料中のエクソソームの濃度
本明細書に記載された方法の幾つかは、体液（例えば、本明細書に記載された体液のいずれか）を含有する試料をエクソソームについて濃縮する工程を含む。例えば、体液を含有する試料は、試料を超遠心分離し（例えば、スクロース勾配でまたは分画遠心分離を用いて）（例えば、Ｇｏｎｚａｌｅｚら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．２０：３６３～３７９頁、２００９、およびＡｌｖａｒｅｚら、Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ．８２：１０２４～１０３２頁、２０１２に記載された方法を参照のこと）、濃縮されたエクソソームを含有する試料のアリコートまたは試料全体を取り除いてエクソソームについて濃縮される。他の例において体液を含有する試料は、限外濾過（例えば、ナノ濾過）（例えば、Ｃｈｅｒｕｖａｎｋｙら、Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｎａｌ Ｐｈｙｓｉｏｌ．２９２：Ｆ１６５７～Ｆ１６６１頁、２００７、およびＡｌｖａｒｅｚら、Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ．８２：１０２４～１０３２頁、２０１２に記載された方法を参照のこと）、沈殿（例えば、Ａｌｖａｒｅｚら、Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔ．８２：１０２４～１０３２頁、２０１２に記載された方法を参照のこと）の使用、またはクロマトグラフィー樹脂（例えば、ヘパリンカラム）もしくはエクソソームの表面のエピトープに特異的に結合する抗体でコーティングされたビーズ、マイクロ流体（例えば、Ｃｈｅｎら、Ｌａｂチップ １０：５０５～５１１頁、２０１０に記載されている方法を参照のこと）の使用を含むアフィニティー精製の使用により、エクソソームについて濃縮される。試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、Ｓｃｈａｇｅｍａｎら、ＢｉｏＭｅｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｔ．、Ａｒｔｉｃｌｅ２５３９５７、２０１３に記載されている。
体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する例示的な方法は、実施例にも記載されている。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、当技術分野で公知である。
ＰＫＤの治療の効能を決定する方法
本明細書において、ＰＫＤ被験者におけるＰＫＤ治療の効能を決定する方法が提供される。いくつかの例において、これらの方法は：（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液（例えば、尿）を含む試料を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程；（ｃ）：第１の試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つ（例えば、任意の組合せにおける２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）のマーカーのレベルを決定する工程；（ｄ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｅ）工程（ｄ）後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程；ならびに（ｆ）第１の時点と比較して第２の時点でレベルが低下していれば、施行された治療を有効と同定する工程を含む。いくつかの実施形態は：（ｆ）後に、（ｇ）有効と同定された投与されたＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ
）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。該方法のいくつかの例は：（ｆ）後に、（ｇ）有効と同定された施行された治療（例えば、Ｓ－ＣＲ８のようなＣＤＫ阻害剤）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｅ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｅ）における濃縮は、第１および第２の試料をそれぞれ超遠心分離（例えば、分画遠心分離または密度勾配で遠心分離）または濾過することを含む。いくつかの例において、（ｂ）および（ｅ）における濃縮は、第１および第２の試料中のエクソソームをそれぞれ沈殿させること；第１および第２の試料をそれぞれマイクロ流体装置に通すこと；または第１および第２の試料を、エクソソームの表面に存在するエピトープに特異的に結合する抗体で標識された親和性樹脂とそれぞれ接触させることを含む。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、当技術分野で公知である。いくつかの例において、第１および第２の試料は尿を含有する。
いくつかの例において、（ｃ）および（ｅ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｃ）および（ｅ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｃ）および（ｅ）は、サイクリンＤ１およびＭＥＫの１つまたは両方のレベルを決定することを含む。
また本明細書において、ＰＫＤ被験者におけるＰＫＤ治療の効能を決定する方法であって、（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）：第１の試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される、少なくとも１つ（例えば、任意の組合せにおける２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）のマーカーのレベルを決定する工程；（ｃ）ＰＫＤ患者にＰＫＤ治療を施行する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、第２の時点で患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）を行う工程；ならびに（ｅ）第１の時点と比較して第２の時点でレベルが低下していれば、施行された治療を有効と同定する工程を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された投与されたＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。該方法のいくつかの例は：（ｅ）後に、（ｆ）有効と同定された施行された治療（例えば、Ｓ－ＣＲ８のようなＣＤＫ阻害剤）の追加用量をＰＫＤ患者に投与する工程をさらに含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、および
ｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、施行された治療は有効と同定される。
いくつかの例において、（ｂ）および（ｄ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）および（ｄ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ｐＥＲＫ、およびＡｋｔの少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤（例えば、本明細書に記載された、または当技術分野で公知のＧＣＳ阻害剤のいずれか）の投与である。例えば、ＧＣＳ阻害剤は：（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミドの群から選択される
方法のいずれかのいくつかの実施形態において、施行される治療は、ＰＫＤ患者へのＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｒ－ロスコビチンのような、本明細書に記載されまたは当技術分野で公知のＣＤＫ阻害剤のいずれか）の投与である。
方法のいずれかのいくつかの実施形態は、ＰＫＤを有する患者を選択し、またはＰＫＤを有する患者を診断する工程（例えば、本明細書に記載されたＰＫＤを診断する例示的な方法のいずれかを用いて）をさらに含む。これらの方法のいずれかにおいて患者は、本明細書に記載された患者のいずれかであってもよい。例えば、ＰＫＤを有する患者は、ＰＫ
Ｄ治療を以前に施された可能性があり、該治療は不成功であった。方法のいずれかのいくつかの実施形態は、第１および／または第２の試料をＰＫＤ患者から得ることをさらに含む。
いくつかの実施形態は、施行された治療の特定された効能を患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者のかかりつけ医もしくは主治医に、施行された治療の特定された効能を知らせることをさらに含む。いくつかの実施形態は、有効と同定された施行された治療の再施行を認可することをさらに含む。
第１と第２の時点の間の時間差は、例えば、１週間から４０週間、１週間から３０週間、１週間から２０週間、１週間から１２週間、１週間から８週間、１週間から４週間、１週間から２週間、２週間から１２週間、２週間から８週間、または２週間から４週間であってもよい。
ＰＫＤを診断する方法
また、患者におけるＰＫＤを診断する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程；（ｃ）：試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｄ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程を含む、方法も提供される。これらの方法のいくつかの例は：（ｄ）後に、ｅ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＰＫＤ治療（例えば、本明細書に記載された例示的なＰＫＤ治療のいずれか）を施行する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＣＤＫ阻害剤（例えば、ロスコビチン）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）
１つまたはそれ以上の追加の検査を行って、患者におけるＰＫＤを確認する工程（例えば、ＰＫＤを有すると同定された患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程）をさらに含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが対照レベルと比較して上昇していれば、被験者はＰＫＤを有すると同定される。
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）における濃縮は、超遠心分離（例えば、分画遠心分離または密度勾配で遠心分離）または試料を含む。いくつかの例において、（ｂ）における濃縮は、試料中のエクソソームを沈殿させること；試料をマイクロ流体装置に通すこと；またはエクソソームの表面に存在するエピトープに特異的に結合する抗体で標識された親和性樹脂と試料を接触させることを含む。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、当技術分野で公知である。いくつかの例において、試料は尿を含有する。
いくつかの例において、（ｃ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｃ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
また、患者におけるＰＫＤを診断する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）：試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｃ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定する工程を含む、方法も提供される。これらの方法のいくつかの例は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＰＫＤ治療（例えば、本明細書に記載された例示的なＰＫＤ治療のいずれか）を施行する工程をｘさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（
４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＰＫＤを有すると同定された患者にＣＤＫ阻害剤（例えば、Ｓ－ＣＲ８）を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）１つまたはそれ以上の追加の検査を行って、患者におけるＰＫＤを確認する工程（例えば、ＰＫＤを有すると同定された患者において１つまたは両方の腎臓を撮像する工程）をさらに含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが対照レベルと比較して上昇していれば、被験者はＰＫＤを有すると同定される。
いくつかの例において、（ｂ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）は、サイクリンＤ１、ＭＥＫ、ＥＲＫ、ｐＡｋｔ、Ｓ６、およびｐＳ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
これらの方法のいずれかにおいて、対照レベルは、例えば、ＰＫＤの１つもしくはそれ以上の症状を示さないおよび／もしくはＰＫＤを有すると診断されない被験者における少なくとも１つのマーカーのレベル、健康な被験者もしくは健康な被験者の集団の少なくとも１つのマーカーのレベル、または閾値（例えば、被験者がＰＫＤを有することを示すレベルを上回るレベル）であってもよい。
いくつかの実施形態は、患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に患者におけるＰＫＤの同定を記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者のかかりつけ医もしくは主治医に、患者におけるＰＫＤの同定を知らせ
ることをさらに含む。いくつかの例は、患者の保険業者に患者におけるＰＫＤの同定を知らせることをさらに含む。
ＰＫＤの病期を決定する方法
また本明細書において、患者におけるＰＫＤの病期を決定する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程；（ｃ）：試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程；ならびに（ｄ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態において、（ｄ）における決定は、少なくとも１つのマーカーの決定されたレベルを、ＰＫＤの特定の病期（例えば、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期）に関する値の範囲と比較すること、および少なくとも１つレベルがＰＫＤの特定の病期に関する値の範囲内にあれば、被験者をＰＫＤの特定の病期を有すると同定することを含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）１つまたはそれ以上のアッセイを行って、ＰＫＤの病期を確認する（例えば、（ｄ）後の患者における１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する）工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＩＶ期またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された被験者を入院させる工程をさらに含む。ＰＫＤの特定の病期（例えば、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤ）を有する被験者由来の体液（例えば、尿、またはエクソソームについて濃縮された体液を含む試料）を含む試料中の、本明細書に記載された少なくとも１つのマーカーのレベルの範囲は、当技術分野で公知の技術を用いて決定することができる。ＰＫＤの５つの病期：１期（発生期）、２期（増殖期）、３期（増大または腫大期）、４期（嚢胞破裂期）、および５期（末期）は、Ｋｉｄｎｅｙ Ｓｕｐｐｏｒｔウェブページ（Ｋｉｄｎｅｙ－ｓｕｐｐｏｒｔ．ｏｒｇ）で説明されている。
いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方から決定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てから決定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てから決定される。
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）における濃縮は、超遠心分離（例えば、分画遠心分離または密度勾配で遠心分離）または試料を含む。いくつかの例において、（ｂ）における濃縮は、試料中のエクソソームを沈殿させること；試料をマイクロ流体装置に通すこと；またはエクソソームの表面に存在するエピトープに特異的に結合する抗体で標識された親和性樹脂と試料を接触させること含む。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、当技術分野で公知である。いくつかの例において、試料は尿を含有する。
いくつかの例において、（ｃ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｃ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
また本明細書において、患者におけるＰＫＤの病期を決定する方法であって、（ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程；（ｂ）：試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルの決定を決定する工程；ならびに（ｃ）該レベルから患者におけるＰＫＤの病期を決定する工程を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態において、（ｃ）における決定は、少なくとも１つのマーカーの決定されたレベルを、ＰＫＤの特定の病期（例えば、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期）に関する値の範囲と比較すること、および少なくとも１つレベルがＰＫＤの特定の病期に関する値の範囲内にあれば、被験者をＰＫＤの特定の病期を有すると同定することを含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された患者に、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、ＩＶ期、またはＶ期ＰＫＤに対する治療をそれぞれ施行する工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）１つまたはそれ以上のアッセイを行ってＰＫＤの病期を確認する（例えば、（ｃ）後の患者における１つまたは両方の腎臓を撮像して、患者におけるＰＫＤの病期を確認する）工程をさらに含む。いくつかの実施形態は：（ｃ）後に、（ｄ）ＩＶ期またはＶ期ＰＫＤを有すると同定された被験者を入院させる工程をさらに含む。
いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、２つのレベルの少なくとも１つまたは両方から決定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てから決定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、ＰＫＤの病期は、該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てから決定される。
いくつかの例において、（ｂ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つのレベルを決定することを含む。
ＰＫＤをモニタリングする方法
また、ＰＫＤ患者をモニタリングする方法であって、（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）第１の試料をエクソソームにつ
いて濃縮する工程；（ｃ）：第１の試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つ（例えば、任意の組合せにおける２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）のマーカーのレベルを決定する工程；（ｄ）工程（ｃ）後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程；ならびに（ｅ）第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、ＰＫＤは改善しているかまたは変化がないと患者を同定する工程を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｄ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。
これらの方法のいくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｄ）における濃縮は、第１および第２の試料をそれぞれ超遠心分離（例えば、分画遠心分離または密度勾配で遠心分離）または濾過することを含む。いくつかの例において、（ｂ）および（ｄ）における濃縮は、第１および第２の試料中のエクソソームをそれぞれ沈殿させること；第１および第２の試料をそれぞれマイクロ流体装置に通すこと；または第１および第２の試料を、エクソソームの表面に存在するエピトープに特異的に結合する抗体で標識された親和性樹脂とそれぞれ接触させることを含む。体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮する追加の方法は、当技術分野で公知である。いくつかの例において、第１および第２の試料は尿を含有する。
いくつかの例において、（ｃ）および（ｄ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｃ）および（ｄ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つ（例えば、３つまたは４つ）のレベルを決定することを含む。いくつかの実施形態は：（ｅ）後に、（ｆ）ＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定された患者に、同じ治療（例えば、本明細書に記載されまたは当技術分野で公知のＰＫＤの例示的な治療）を施行する工程をさらに含む。例えば、（ｆ）における施行は、ＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（
（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）の投与であってもよい。
また、ＰＫＤ患者をモニタリングする方法であって、（ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程；（ｂ）：第１の試料中のＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ＥＲＫ、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、総Ｓ６、およびＲＢＢＰの群から選択される少なくとも１つ（例えば、任意の組合せにおける２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）のマーカーのレベルを決定する工程；（ｃ）工程（ｂ）後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）を行う工程；ならびに（ｄ）第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、ＰＫＤは改善しているかまたは変化がないと患者を同定する工程を含む、方法も提供される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも２つ（例えば、３つ、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つまたは両方が上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｂ）および（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で３つのレベルの少なくとも１つ、２つ、または３つ全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。いくつかの実施形態において、工程（ｃ）および（ｃ）は：ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６の群から選択される少なくとも４つ（例えば、５つ、６つ、または７つ）のマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で該レベルの少なくとも１つ、２つ、３つ、または４つ全てが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される。
いくつかの例において、（ｂ）および（ｃ）における１つまたはそれ以上のマーカーのレベルの決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質のレベルを決定することを含む。例えば、（ｂ）および（ｃ）における決定は、少なくとも１つのマーカーのタンパク質に特異的に結合する抗体と試料を接触させることを含み得る。いくつかの実施形態において、（ｂ）および（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびリン酸化Ｓ６の少なくとも２つ（例えば、３つまたは４つ）のレベルを決定することを含む。いくつかの実施形態は：（ｄ）後に、（ｅ）ＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定された
患者に、同じ治療（例えば、本明細書に記載されまたは当技術分野で公知のＰＫＤの例示的な治療のいずれか）を施行する工程をさらに含む。例えば、（ｅ）における施行は、ＧＣＳ阻害剤（例えば、（Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；または４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド）の投与であってもよい。
方法のいずれかのいくつかの実施形態は、ＰＫＤを有する患者を選択し、またはＰＫＤを有する患者を診断する（工程（ａ）の前に）（例えば、本明細書に記載されたＰＫＤを診断する例示的な方法のいずれかを用いて）工程をさらに含む。これらの方法のいずれかにおいて患者は、本明細書に記載された患者のいずれかであってもよい。方法のいずれかのいくつかの実施形態は、第１および／または第２の試料をＰＫＤ患者から得ることをさらに含む。
いくつかの実施形態は、患者の改善しているかまたは変化がないＰＫＤ状態を患者の診療記録（例えば、コンピュータ可読媒体）に記録することをさらに含む。いくつかの例は、患者、患者の家族、および／または患者のかかりつけ医もしくは主治医に、患者の改善しているかまたは変化がないＰＫＤ状態を知らせることをさらに含む。いくつかの実施形態は、被験者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定された場合、第１と第２の時点の間に被験者に施行された治療の再施行を認可することをさらに含む。いくつかの実施形態は、被験者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないという同定に基づき、入院施設（例えば、病院）から被験者を退院させることを含む。
第１と第２の時点の間の時間差、例えば、１週間から４０週間、１週間から３０週間、１週間から２０週間、１週間から１２週間、１週間から８週間、１週間から４週間、１週間から２週間、２週間から１２週間、２週間から８週間、または２週間から４週間であってもよい。
キット
また本明細書において、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体
、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、プロテインキナーゼＢに特異的に結合する抗体（Ａｋｔ）、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体からなる群から選択される少なくとも３つ（例えば、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、１１、または１２）の抗体から本質的になる、または該抗体からなるキットも提供される。いくつかの例において、３つ以上の抗体の任意の組合せが標識される（例えば、放射性同位体、フルオロフォア、またはクエンチャーで）。
キットのいくつかの例は、１つまたはそれ以上のエクソソームタンパク質マーカー（例えば、アクアポリン２、ＴＳＧ１０１、および／またはＡＬＩＸ）に特異的に結合する抗体をさらに含む。キットのいくつかの例は、１つまたはそれ以上の陽性対照組換えタンパク質（例えば、単離された組換えＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、ｐＳ６、ｐＥＲＫ、Ａｋｔ、ｐＡｋｔ、カスパーゼ２、およびＲＢＢＰ）をさらに含む。いくつかの例において、少なくとも３つの抗体は、Ｆｃドメインにより固体表面（例えば、チップ、ビーズ、または膜）に共有結合される。
本明細書に記載されたキットのいくつかの例は、体液を含有する試料をエクソソームについて濃縮するのに使用する１つまたはそれ以上の試薬（例えば、エクソソームの表面に存在するエピトープに特異的に結合する抗体でコーティングされたナノメンブレンフィルターおよび／またはビーズ）をさらに含む。
いくつかのキットは、ＰＫＤ患者（例えば、ＰＫＤの既知の重症度を有するＰＫＤ患者）またはＰＫＤの動物モデル（例えば、実施例に記載された動物モデルのいずれか）由来の体液を含有する試料（例えば、エクソソームについて濃縮された体液を含有する試料）をさらに含有する。
本発明を以下の実施例でさらに説明するが、これらにより特許請求の範囲に記載された本発明の範囲は限定されない。
〔実施例１〕
ＰＫＤの治療の効能を決定し、ＰＫＤを診断し、ＰＫＤをモニタリングし、ＰＫＤを病期診断する方法において有用なバイオマーカーの同定
一連のバイオマーカーが、ＰＫＤの治療の効能を決定し、ＰＫＤを診断、モニタリング、病期診断する方法において有用となるかを決定するために、一連の実験を行った。
材料および方法
動物および採尿
Ｃ５７ＢＬ／６Ｊ ｊｃｋ／＋マウスを交差用に維持した。嚢胞性ｊｃｋ／ｊｃｋマウスを、以前に記載されているように遺伝子型判定した（Ｓｍｉｔｈら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１７：２８２１～２８３１頁、２００６）。Ｐｃｙマウスは、以前に記載されているようにＣＤ１遺伝的背景で維持した（Ｔａｋａｈａｓｈｉら、Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．１：９８０～９８９頁、１９９１）。ＧＣＳ阻害剤Ｃ９を粉末化５０５３ダイエットに０．２２５％で混合して、ｊｃｋおよびｐｃｙマウスにそれぞれ２６から６４日齢および４から３０週齢で適宜投与した（Ｎａｔｏｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ
Ｍｅｄｉｃｉｎｅ１６：７８８～７９２頁、２０１０に記載されているように）。マウスからの尿試料を２４時間にわたり代謝ケージで採取し、－８０℃で保管した。
ヒト患者試料採取
正常およびＰＫＤヒト患者腎臓試料はＮａｔｉｏｎａｌ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｒｅｓｅａ
ｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＮＤＲＩ）から購入した。常染色体優性ＰＫＤ尿試料はトロント大学で採取し、全ての患者が承認を与えた。簡単には、早朝中間尿標本を採取し、コンプリートプロテイナーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ、バーゼル、スイス）で固定した。尿を２０００×ｇで１０分間遠心分離して細胞残屑を除去し、－８０℃で保管した。総腎容積（ＴＫＶ）を常染色体優性ＰＫＤ患者において、磁気共鳴画像（ＭＲＩ）（ガドリニウムなし）により定量した。試験に参加したヒト常染色体優性ＰＫＤヒト患者それぞれのプロフィールを以下の表２に示す。
Figure 0007005695000012
尿中エクソソームの単離
エクソソームは、超遠心分離により１００，０００ｇで２時間、プール尿試料（動物試験）または中間尿試料（ヒト試料）から単離した。超遠心分離後、エクソソームペレットを、ドデシル硫酸ナトリウム－ポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＳＤＳ－ＰＡＧＥ）および免疫ブロット分析用に、２．５×レムリバッファー（５×：１５％ＳＤＳ、０．５７５Ｍスクロース、０．３２５Ｍトリス、ｐＨ６．８、５％ベータ－メルカプトエタノール、および０．００２％ブロモフェノールブルー）に再懸濁した。
免疫ブロット分析
腎臓試料は、１ｍＭジチオスレイトール、５ｍＭエチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、２ｍＭ ＮａＦ、１ｍＭ Ｎａ３ＶＯ４（全てＳｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ、セントルイス、ＭＯにより供給）、Ｐｅｆａｂｌｏｃ ＳＣおよびコンプリートプロテアーゼ阻害剤カクテル（両方ともＲｏｃｈｅ、バーゼル、スイス製）を含有する放射性免疫沈降法（ＲＩＰＡ）バッファー（Ｂｏｓｔｏｎ ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ、アシュランド、ＭＡ）中、氷上でホモジナイズした。タンパク質濃度は、ＢＣＡタンパク質アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ、ロックフォード、ＩＬ）により決定した。試料を４～１２％ＮｕＰａｇｅ Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓゲルに製造者のプロトコル（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、グランドアイランド、ＮＹ）に従って加えた。ゲル中のタンパク質のニトロセルロースへの電気泳動転写を、セミドライ装置で製造者の指示（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）に従って行った。電気泳動転写後、得られた膜を０．１％Ｔｗｅｅｎ－２０を含有するトリス緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）中、５％非脂肪乳でブロックし、一次抗体と４℃で一晩インキュベートした。一次抗体を西洋
ワサビペルオキシダーゼ標識二次抗体（Ｐｒｏｍｅｇａ、フィッチバーグ、ＷＩ）を用いて１：１０，０００希釈で検出した。免疫反応性タンパク質を増強化学発光（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、ウォーワトサ、ＷＩ、およびＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ウォルサム、ＭＡ）により示した。以下の抗原に対する一次抗体を使用した：ＰＣＮＡ（ＤＡＫＯ、カーピンテリア、ＣＡ）、サイクリンＤ１、Ｓ６、ホスホＳ６（Ｓｅｒ２３５／２３６）、ホスホＡＫＴ（ｓｅｒ４７３）、総ＥＲＫ、ホスホＥＲＫ（Ｔｈｒ２０２／Ｔｙｒ２０４）（Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、ダンバーズ、ＭＡ）、サイクリンＤ３、総ＡＫＴ、カスパーゼ２、ＲＢＢＰ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ビルリカ、ＭＡ）、ＭＥＫ１（Ｕｐｓｔａｔｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、レークプラシッド、ＮＹ）、アクアポリン２（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、ビルリカ、ＭＡ）、β－アクチン、ＴＳＧ１０１（Ａｂｃａｍ、ケンブリッジ、ＭＡ）、ＡＬＩＸ（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、ダラス、ＴＸ）、およびＧＡＰＤＨ（ＵＳ
Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ、セーレム、ＭＡ）。
結果
前臨床および臨床設定の両方で、ＰＫＤヒト患者およびＰＫＤのマウスモデルの両方におけるＰＫＤの正確な診断および評価に使用することができるマーカーを、３段階アプローチおよび両方からの試料を用いて同定した。第１の工程において、正常対照マウスと比較してｊｃｋマウス（ＰＫＤのマウスモデル）で差次的に発現されたマーカーを同定した。細胞周期、Ａｋｔ／ｍＴＯＲ、およびアポトーシス中のタンパク質を含むいくつかの異なる経路由来のマーカーが同定され、マイトジェンカスケードは、対照マウスと比較してｊｃｋマウスの尿から精製されたエクソソームにおいて有意に上昇していた（図１）。図１のデータは、タンパク質ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｅｒｋ、リン酸化Ａｋｔ、Ａｋｔ、リン酸化Ｓ６、およびカスパーゼ２のレベルが、対照と比較してｊｃｋマウス由来の尿中エクソソームにおいて上昇したことを示している。図１のデータはまた、タンパク質ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、リン酸化Ｅｒｋ、Ｅｒｋ、リン酸化Ａｋｔ、Ａｋｔ、リン酸化Ｓ６、およびカスパーゼ２のレベルが、健常対照と比較してヒトＰＫＤ患者およびｊｃｋマウス由来の腎臓溶解物試料において上昇したことも示している。これらのデータは、本明細書に記載されたマーカーのレベルが、ＰＫＤを有すると患者を診断するのに使用できることを示唆している。
同じマーカーが、ＰＫＤを有する患者におけるＰＫＤ治療の効能を決定するのに使用できるかを決定するために、さらなる一連の実験を行った。これらの実験において、ＧＣＳ阻害剤Ｃ９で連続５週間治療したｊｃｋマウス由来の尿試料を集め（図２）、各バイオマーカーのレベルを尿中エクソソームおよび腎臓溶解物試料で分析した。対照マウスと比較して、ＧＣＳ阻害剤を受け取っているｊｃｋマウスの腎臓溶解物試料および尿中エクソソームの両方で、バイオマーカーに関してレベルの低下が観察された（図３）。例えば、これらのデータは、細胞周期マーカー（ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、およびサイクリンＤ３）、ならびにマイトジェンマーカー、ＭＥＫ、およびＡｋｔ／ｍＴＯＲ関連マーカー、Ｓ６の発現が、ＧＣＳ阻害剤による治療に応答して体液（例えば、エクソソームについて濃縮された尿または体液（例えば、尿）を含む試料）において確実に減少することを示唆している。図３のデータは、例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ３、ＲＢＢＰ、ＭＥＫ、Ｅｒｋ、リン酸化ＥＲＫ、Ａｋｔ、リン酸化Ａｋｔ、Ｓ６、リン酸化Ｓ６、およびカスパーゼ２のレベルは、対照マウス由来の腎臓溶解物試料におけるレベルと比較して、ＧＣＳ阻害剤で治療したｊｃｋマウス由来の腎臓溶解物試料において低下することを示している。図３のデータはまた、例えば、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、およびＳ６のレベルが、対照マウス由来の尿中エクソソームにおけるレベルと比較して、ＧＣＳ阻害剤で治療したｊｃｋマウス由来の尿中エクソソームにおいて低下することも示している。これらのデータは、本明細書に記載されたマーカーのレベルが、ヒトＰＫＤを有する患者におけるＰＫＤの治療（例えば、ＧＣＳ阻害剤）の効能を決定するのに使用できる
ことを示唆している。
ヒトＰＫＤを有する患者における治療の効能の診断および決定の両方に対する本明細書に記載されたマーカーの使用を検証するために、さらなる一連の実験を行った。これらの実験において、別のＰＫＤのマウスモデル、ｐｃｙマウスを使用した。ｐｃｙマウスモデルは、嚢胞形成および線維症を特徴とする緩徐進行性成人型のＰＫＤである。ＧＣＳ阻害剤Ｃ９によるｐｃｙマウスの治療は、嚢胞形成および線維形成の有効な素材をもたらした（Ｎａｔｏｌｉら、Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ１６：７８８～７９２頁、２０１０）。これらの実験において、ｐｃｙマウスは未治療のままにし、またはＧＣＳ阻害剤Ｃ９で３０週間治療し、次いで本明細書に記載されたマーカーの発現レベルを腎臓溶解物および尿中エクソソーム試料の両方において決定した。これらの実験からのデータは、未治療マウスにおける対応するレベルと比較して、マーカーのレベルが、ＧＣＳ阻害剤Ｃ９で治療したｐｃｙマウス由来の腎臓溶解物試料および尿中エクソソーム試料において低下することを示している（図４）。例えば、図４のデータは、未治療マウスと比較して、ＰＣＮＡ、リン酸化Ｅｒｋ、リン酸化Ａｋｔ、Ｓ６、およびリン酸化Ｓ６のレベルが、ＧＣＳ阻害剤Ｃ９で治療したｐｃｙマウス由来の腎臓溶解物試料において低下することを示している。図４のデータはまた、例えば、未治療マウスと比較して、ＰＣＮＡ、リン酸化Ｅｒｋ、リン酸化Ａｋｔ、およびＳ６のレベルが、ＧＣＳ阻害剤Ｃ９で治療したｐｃｙマウス由来の尿中エクソソームにおいて低下することも示している。
本明細書に記載されたマーカーのレベルが、患者におけるＰＫＤを病期診断するのに使用できるかを決定するために、さらなる一連の実験を行った。これらの実験において、本明細書に記載されたマーカーのレベルは、ＰＫＤの異なる病期（各患者について測定した総腎容積および身長補正総腎容積から明らかな、ならびに図５に示されたＩ期からＶ期）を有する、１３名のヒトＰＫＤ患者の集団由来の尿中エクソソームにおいて決定した。得られたデータは、本明細書に記載されたマーカーのレベルが、ＰＫＤの病期が進行するごとにより上昇するようになることを示している。例えば、図５のデータは、尿中エクソソーム試料におけるＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびリン酸化Ｓ６のレベルが、ＰＫＤの病期が悪化している患者において次第に上昇することを示している。これらのデータは、本明細書に記載されたマーカーが、ヒト患者におけるＰＫＤを病期診断するのに使用できることを示している。
要するに、本明細書に提供されたデータは、本明細書に記載されたマーカーが、患者におけるＰＫＤの治療の効能を正確に決定し、患者におけるＰＫＤを正確に診断、モニタリング、および病期診断するのに使用できることを示している。
他の実施形態
本発明は、その発明を実施するための形態と併せて記載されているが、前述は、添付された特許請求の範囲の範囲により定義される本発明の範囲を例証するためであり、該範囲を限定しないことが意図されることを理解するべきである。他の態様、利点、および変更は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
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Claims (24)

  1. ＰＫＤ患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）治療の効能を決定するためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
    （ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程と；
    （ｃ）工程（ｂ）後の第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総リボソームタンパク質Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｄ）第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程であって、ここでＰＫＤ患者は第１の時点と第２の時点との間でＰＫＤに対する治療を受けている、前記工程と；
    （ｅ）第１の時点と比較して第２の時点でレベルが低下していれば、ＰＫＤに対する治療が有効であると同定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の１以上を含む
    前記キット。
  2. ＰＫＤに対する治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤である、請求項１に記載のキット。
  3. 前記ＧＣＳ阻害剤は：
    （Ｓ）－キヌクリジン－３－イル（２－（４’－（２－メトキシエトキシ）－［１，１’－ビフェニル］－４－イル）プロパン－２－イル）カルバメート；
    ４－フルオロ－１－（５－フルオロ－４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（（２－メトキシエトキシ）メチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（メトキシメチル）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（３－メチルキヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（２－メトキシエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（キヌクリジン－３－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド；および
    ４－フルオロ－１－（４－（４－（２－フルオロエトキシ）フェニル）ピリミジン－２－イル）－Ｎ－（４－メチル－１－アザビシクロ［３．２．２］ノナン－４－イル）ピペリジン－４－カルボキサミド
    からなる群から選択される、請求項２に記載のキット。
  4. 工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、ＰＫＤに対する治療は有効と同定される、請求項１に記載のキット。
  5. 両方のレベルが第１の時点と比較して第２の時点で低下していれば、ＰＫＤに対する治療は有効と同定される、請求項４に記載のキット。
  6. ＰＫＤに対する治療はＣＤＫ阻害剤である、請求項１に記載のキット。
  7. ＣＤＫ阻害剤はＲ－ロスコビチンである、請求項６に記載のキット。
  8. 第１および第２の試料は尿を含む、請求項１に記載のキット。
  9. 多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を有すると同定された患者におけるＰＫＤに対する治療の効能を決定するためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
    （ｂ）第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸
    化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｃ）第２の時点で患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）を行う工程であって、ここでＰＫＤ患者は第１の時点と第２の時点との間でＰＫＤに対する治療を受けている、前記工程と；
    （ｄ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが低下していれば、ＰＫＤに対する治療が有効であると同定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の１以上を含む
    前記キット。
  10. ＰＫＤに対する治療は、グルコシルセラミド合成酵素（ＧＣＳ）阻害剤である、請求項９に記載のキット。
  11. 患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断するためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
    （ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程と；
    （ｃ）工程（ｂ）後の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｄ）対照レベルと比較してレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の１以上を含む、
    前記キット。
  12. 工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、２つのレベルの少なくとも１つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１１に記載のキット。
  13. 両方のレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１２に記載のキット。
  14. 試料は尿を含む、請求項１１に記載のキット。
  15. 患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を診断するためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）ＰＫＤを有することが疑われる患者由来の腎臓組織を含む試料を提供する工程と；（ｂ）試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも３つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｃ）対照レベルと比較して少なくとも３つのレベルが上昇していれば、患者がＰＫＤを有していると同定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の３つ以上を含む、
    前記キット。
  16. 工程（ｂ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも４つのマーカーのレベルを決定することを含み、４つのレベルの少なくとも３つが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１５に記載のキット。
  17. ４つのすべてのレベルが対照レベルと比較して上昇していれば、患者はＰＫＤを有すると同定される、請求項１６に記載のキット。
  18. 患者における多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）の病期を決定するためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）ＰＫＤを有することが疑われる、またはＰＫＤを有すると同定された患者由来の体液を含む試料を提供する工程と；
    （ｂ）エクソソームについて試料を濃縮する工程と；
    （ｃ）工程（ｂ）後の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｄ）レベルから患者におけるＰＫＤの病期が決定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の１以上を含む、
    前記キット。
  19. 工程（ｃ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、患者におけるＰＫＤの病期は、２つのレベルの少なくとも１つから決定される、請求項１８に記載のキット。
  20. 患者におけるＰＫＤの病期は、両方のレベルから決定される、請求項１９に記載のキット。
  21. 試料は尿を含む、請求項１８に記載のキット。
  22. 多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）患者をモニタリングするためのインビトロの方法を実施するためのキットであって：
    該方法は、
    （ａ）第１の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第１の試料を提供する工程と；
    （ｂ）第１の試料をエクソソームについて濃縮する工程と；
    （ｃ）工程（ｂ）後の第１の試料中の増殖細胞核抗原（ＰＣＮＡ）、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＡＰＫ－ＥＲＫキナーゼ１（ＭＥＫ）、リボソームタンパク質Ｓ６（Ｓ６）、リン酸化リボソームタンパク質Ｓ６（ｐＳ６）、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）、リン酸化細胞外シグナル調節キナーゼ（ｐＥＲＫ）、プロテインキナーゼＢ（Ａｋｔ）、リン酸化プロテインキナーゼＢ（ｐＡｋｔ）、カスパーゼ２、総Ｓ６、および網膜芽細胞腫結合タンパク質（ＲＢＢＰ）からなる群から選択される少なくとも１つのマーカーのレベルを決定する工程と；
    （ｄ）第１の時点後、第２の時点でＰＫＤ患者から得られた体液を含む第２の試料を提供し、第２の試料で工程（ｂ）および（ｃ）を行う工程と；
    （ｅ）第１の時点のレベルと比較して第２の時点でレベルが上昇していなければ、ＰＫＤは改善しているかまたは変化がないと患者が同定される工程と
    を含み、
    該キットは、ＰＣＮＡに特異的に結合する抗体、サイクリンＤ１に特異的に結合する抗体、サイクリンＤ３に特異的に結合する抗体、ＭＥＫに特異的に結合する抗体、Ｓ６に特異的に結合する抗体、ｐＳ６に特異的に結合する抗体、ＥＲＫに特異的に結合する抗体、ｐＥＲＫに特異的に結合する抗体、Ａｋｔに特異的に結合する抗体、ｐＡｋｔに特異的に結合する抗体、カスパーゼ２に特異的に結合する抗体、およびＲＢＢＰに特異的に結合する抗体の１以上を含む、
    前記キット。
  23. 工程（ｃ）および（ｄ）は、ＰＣＮＡ、サイクリンＤ１、サイクリンＤ３、ＭＥＫ、Ｓ６、およびｐＳ６からなる群から選択される少なくとも２つのマーカーのレベルを決定することを含み、第１の時点と比較して第２の時点で２つのレベルの少なくとも１つが上昇していなければ、患者はＰＫＤが改善しているかまたは変化がないと同定される、請求項２２に記載のキット。
  24. 第１および第２の試料は尿を含む、請求項２２に記載のキット。
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