KR20170033436A

KR20170033436A - 다낭성 신장병의 바이오마커 및 그의 용도

Info

Publication number: KR20170033436A
Application number: KR1020177005740A
Authority: KR
Inventors: 옥사나 베스크로브나야; 니콜라이 부카노브; 사라 모레노
Original assignee: 젠자임 코포레이션
Priority date: 2014-08-04
Filing date: 2015-08-03
Publication date: 2017-03-24
Also published as: US10871495B2; EP3177932A2; CN106716136B; WO2016022500A2; JP2017525955A; JP6730252B2; US20170227551A1; EP3177932B1; AU2015301278A1; SG11201700290SA; CO2017001596A2; MX2017001648A; JP7005695B2; BR112017002003A2; WO2016022500A3; RU2017106891A; CN106716136A; RU2017106891A3; JP2020170013A

Abstract

환자에서의 다낭성 신장병(PKD)에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다. 이들 방법은 증식세포핵항원(Proliferating Cell Nuclear Antigen; PCNA), 사이클린(cyclin) D1, 사이클린 D3, MAPKERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제(caspase)-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커의 단일의 또는 다수의 수준을 결정하는 단계를 포함한다. 또한, 이들 마커 중 하나 이상에 특이적으로 결합하는 적어도 3개의 항체를 포함하는 키트가 제공된다.

Description

다낭성 신장병의 바이오마커 및 그의 용도{BIOMARKERS OF POLYCYSTIC KIDNEY DISEASE AND USES THEREOF}

관련 출원에 관한 상호-참조

본 출원은 전체 내용이 본원에 참고로 포함되는 2014년 8월 14일에 출원된 미국 가특허 출원 제62/033,031호에 대한 우선권을 주장한다.

기술분야

본 발명은 분자 의학 및 분자 생물학 방법에 관한 것이다.

다낭성 신장병(PKD)은 시간이 지남에 따라 환자의 신장에서 유체-충전된 상피-라이닝 낭종이 형성되는 것을 특징으로 하는 흔한 유전 장애이다(문헌[Park et al., BMB Reports 44:359-368, 2011]). PKD 환자에서 낭종은 수십년에 걸쳐 크기와 수가 증가할 수 있으며, 인접 신실질(renal parenchyma)을 대신하고 이를 파괴하며, 이는 궁극적으로 환자에서 말기 신장병을 야기할 수 있다(문헌[Chapin et al., J. Cell Biol. 191:701-710, 2010]). 분화 및 극성의 소실에 더하여, 증가된 증식 및 아폽토시스를 포함하는 다수의 메커니즘이 PKD에 기여하는 것으로 나타났다(문헌[Belibi et al., Expert. Opin. Invest. Drugs 19:315-328, 2010]). 많은 말기 PKD 환자는 신부전을 약화시키기 위하여 이식 또는 혈액투석에 의존한다(상기 문헌[Park et al., 2011]).

2가지 유형의 PKD: 상염색체 우성 PKD(ADPKD) 및 상염색체 열성 PKD(ARPKD)가 존재한다. 2006년도에, 미국에서 약 500,000명의 사람들이 PKD를 갖는 것으로 진단받았으며, 500 내지 1,000명의 사람들 중 약 1명의 사람이 ADPKD에 이환되고, 20,000 내지 40,000명의 사람들 중 약 1명의 사람이 ARPKD에 이환된다. ADPKD는 가장 흔한 신장 유전 장애이며, 미국에서 말기 신장병 환자의 약 5%를 차지한다(문헌[Pei et al., Adv. Chronic Kidney Dis. 17:140-152, 2010]).

요약

본 발명은 적어도 부분적으로, 증식세포핵항원(Proliferating Cell Nuclear Antigen; PCNA), 사이클린(cyclin) D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제(caspase)-2, 전체 리보솜 단백질 S6(S6 + pS6) 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 수준이 PKD를 갖는 환자로부터의 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 소변 시료 또는 엑소좀에 대해 농축된 소변 시료)에서 상승되고, 조기의 PKD를 갖는 환자에서의 수준에 비하여 후기의 PKD를 갖는 환자로부터의 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 소변 시료 또는 엑소좀에 대해 농축된 소변 시료)에서 증가되고, 치료적으로 유효한 PKD의 치료제가 투여된 PKD 대상체로부터의 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 소변 시료 또는 엑소좀에 대해 농축된 소변 시료)에서 감소한다는 발견에 기초한다. 이러한 관찰을 고려하여, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 리보솜 단백질 S6 및 RBBP 중 하나 이상의 수준을 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다.

(a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 제1 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 리보솜 단백질 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; (d) PKD에 대한 치료제를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (e) 단계 (d) 이후의 제2 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및 (f) 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 수준이 감소되면 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD) 환자에서의 PKD의 치료 효능의 결정 방법이 본원에 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드의 군으로부터 선택된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (f) 이후에, (g) PKD 환자에게 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (g)에서, PKD 환자에는 추가의 용량의 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드가 투여된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 PKD 환자로의 CDK 억제제(예를 들어, R-로스코비틴(R-roscovitine))의 투여이다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (b) 및 (e)에서 농축시키는 것은 각각 제1 및 제2 시료를 초원심분리하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 포함한다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (c) 및 (e)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 사이클린 D1 및 MEK 중 하나 또는 둘 모두의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (f) 이후에, (g) PKD 환자에게 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료제는 CDK 억제제이며, 단계 (g)에서, PKD 환자에는 추가의 용량의 CDK 억제제(예를 들어, S-CR8)가 투여된다.

또한, (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득된 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; (c) PKD에 대한 치료제를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (d) 단계 (c) 이후의 제2 시점에 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b)를 수행하는 단계; 및 (e) 제1 시점에서의 수준에 비하여 제2 시점에서 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD)을 갖는 것으로 확인된 환자에서의 치료 효능의 결정 방법이 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일) 피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드로 이루어진 군으로부터 선택된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (e) 이후에, (f) PKD 환자에게 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (f)에서, PKD 환자에는 추가의 용량의 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드가 투여된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 CDK 억제제 또는 R-로스코비틴의 투여이다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (b) 및 (d)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D3, pERK 및 Akt 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (e) 이후에, (f) PKD 환자에게 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료제는 CDK 억제제이며, 단계 (f)에서, PKD 환자에는 추가의 용량의 CDK 억제제가 투여된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (f)에서, PKD 환자에는 추가의 용량의 로스코비틴이 투여된다.

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (d) 대조군 수준에 비하여 수준이 상승된다면, 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법이 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준(들)에 비하여 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 둘 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 3개 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 4개 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (b)에서 농축시키는 것은 시료를 초원심분리하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 시료는 소변을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (c)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 단계 (d) 이후에, (e) PKD에 대한 치료제를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 치료는 환자에게 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 투여하는 것이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드의 군으로부터 선택된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 치료는 환자에게 CDK 억제제(예를 들어, S-CR8)를 투여하는 것이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준은 역치 수준 또는 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 수준이다.

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (c) 대조군 수준에 비하여 수준이 상승된다면, 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법이 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준(들)에 비하여 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 둘 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 3개 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 대조군 수준에 비하여 4개 모두의 수준이 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (b)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)는 사이클린 D1, MEK, ERK, pAkt, Akt, S6 및 pS6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 단계 (c) 이후에, (d) PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 PKD에 대한 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 치료는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 환자에게 투여하는 것이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드의 군으로부터 선택된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 치료는 CDK 억제제(예를 들어, S-CR8)를 환자에게 투여하는 것이다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하는 단계를 추가로 포함한다.

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (d) 상기 수준으로부터 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 병기의 결정 방법이 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 환자에서 PKD의 병기는 2개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자에서 PKD의 병기는 둘 모두의 수준으로부터 결정된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 환자에서 PKD의 병기는 3개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자에서 PKD의 병기는 3개 모두의 수준으로부터 결정된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 환자에서 PKD의 병기는 4개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 환자에서 PKD의 병기는 4개 모두의 수준으로부터 결정된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (b)에서 농축시키는 것은 시료를 초원심분리하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 시료는 소변을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (c)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료제를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) (d) 이후에 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확인하는 단계를 추가로 포함한다.

또한, (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 제1 시료에서 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; (d) 제1 시점 이후의 제2 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및 (e) 제1 시점에서의 수준에 비하여 제2 시점에서 수준이 상승되지 않으면, 환자를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD) 환자의 모니터링 방법이 제공된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, (b) 및 (d)에서 농축시키는 것은 시료를 초원심분리하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (e) 이후에, (f) PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 동일한 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

또한, 증식세포핵항원(PCNA)에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체, MAPK-ERK 키나제 1(MEK)에 특이적으로 결합하는 항체, 리보솜 단백질 S6(S6)에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6)에 특이적으로 결합하는 항체, 세포외 신호-조절 키나제(ERK)에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK)에 특이적으로 결합하는 항체, 단백질 키나제 B에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 단백질 키나제 B(pAkt)에 특이적으로 결합하는 항체, 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)에 특이적으로 결합하는 항체의 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 항체를 포함하거나, 본질적으로 이로 이루어지거나, 이로 이루어진 키트가 제공된다.

본원에 사용되는 명사 앞의 용어 "하나의"는 하나 이상의 특정 명사를 나타낸다. 예를 들어, 어구 "하나의 마커"는 "하나 이상의 마커"를 나타낸다.

용어 "환자"는 인간, 가축 및 농장 동물 및 동물원, 스포츠 또는 애완 동물, 예를 들어, 마우스, 토끼, 돼지, 양, 염소, 소, 말(예를 들어, 경마용 말) 및 보다 고등한 영장류를 포함하는 포유강의 임의의 구성원을 포함하는 척추동물을 의미한다. 바람직한 구현예에서, 환자는 인간이다.

용어 "생물학적 유체"는 포유류 환자로부터 수득되는 임의의 유체(예를 들어, 혈액, 혈장, 혈청 또는 다른 혈액 분획, 림프, 소변, 뇌척수액, 복수, 타액, 모유, 눈물, 질 분비물, 양수, 세척액, 정액, 샘 분비물, 삼출물 및 낭종의 내용물 또는 대변)를 의미한다. 바람직한 구현예에서, 생물학적 유체는 소변, 혈액, 혈청 또는 혈장이다.

용어 "엑소좀"은 해당 분야에 알려져 있으며, 환자로부터 수득되는 시료(예를 들어, 생물학적 유체) 중에 존재하는 지질계 마이크로입자 또는 나노입자 또는 단백질-풍부 응집물을 의미한다. 엑소좀은 해당 분야에서, 세포외 소낭, 마이크로소낭(microvesicle) 또는 나노소낭(nanovesicle)으로도 지칭된다. 본 명세서에서, 세포외 소낭은 직경이 약 20 nm 내지 약 1 ㎛(예를 들어, 20 nm 내지 약 90 nm)일 수 있다. 또한, 직경이 마이크로미터 범위, 예를 들어, 1 내지 10 ㎛인 경우 소낭의 크기는 훨씬 더 클 수 있다. 엑소좀은 다양한 상이한 포유류 세포 유형으로부터 분비되거나, 흘러나온다. 엑소좀 및 엑소좀에 대하여 시료(예를 들어, 생물학적 유체)를 농축시키는 방법의 비제한적인 예는 본원에 기재되어 있다. 엑소좀 및 엑소좀에 대하여 시료를 농축시키는 방법의 추가의 예는 해당 분야에 알려져 있다.

어구 "엑소좀에 대하여 시료를 농축시키는 것"은 해당 분야에 알려져 있으며, 엑소좀의 농도를 증가시키기 위한 시료의 하나 이상의 조작을 의미한다. 엑소좀에 대한 시료의 농축 단계는 예를 들어, 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 시료의 원심분리(예를 들어, 임의로 밀도 기울기에서의 초원심분리), 크로마토그래피 컬럼(예를 들어, 친화성 또는 분자체 크로마토그래피 컬럼, 예를 들어, 스핀 컬럼)을 통한 시료의 통과 및 엑소좀의 표면 상의 항원에 특이적으로 결합하는 항체 및/또는 비드(예를 들어, 엑소좀의 표면 상의 항원에 특이적으로 결합하는 항체로 코팅된 비드 또는 엑소좀의 표면 상의 항원에 특이적으로 결합하는 항체에 특이적으로 결합하는 분자로 코팅된 비드)의 이용. 예시적인 시료의 농축 방법은 예를 들어, 본원에 기재되어 있으며, 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 해당 분야의 숙련자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다. 본 발명에 사용하기 위한 방법 및 재료가 본원에 기재되어 있으며; 해당 분야에 알려져 있는 다른 적합한 방법 및 재료도 또한 사용될 수 있다. 재료, 방법 및 실시예는 오직 예시적인 것이며, 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 본원에 언급된 모든 간행물, 특허 출원서, 특허, 서열, 데이터베이스 엔트리 및 다른 참고문헌은 그들의 전문이 참조로 포함된다. 상충되는 경우에는, 정의를 포함하는 본 명세서가 좌우할 것이다.

본 발명의 다른 특징 및 이점은 하기의 상세한 설명 및 도면으로부터, 그리고 청구범위로부터 명백해질 것이다.

도 1은 정상(N) 및 PKD(P) 인간 환자로부터의 및 야생형(wt) 및 jck 마우스(Mut)로부터의 신장 용해물 시료에서의, 그리고 야생형(wt) 및 jck 마우스(Mut)로부터의 소변 엑소좀에서의 마커의 수준을 보여주는 면역블롯이다. 신장 용해물 시료(β-액틴)에 대한, 그리고 소변 엑소좀(아쿠아포린-2; AQP2)에 대한 로딩 대조군이 나타나 있다.
도 2는 총 5주 동안 GCS 억제제 C9로의 jck 마우스의 연속 처치의 실험 설계를 보여주는 개략도이다.
도 3은 5주 동안 비히클(V) 또는 GCS 억제제 C9(T)를 투여한 야생형 마우스(wt) 및 jck 마우스로부터의 신장 용해물에서의 마커의 수준, 및 5주 동안 비히클(V) 또는 GCS 억제제 C9(T)를 투여한 야생형 마우스(wt) 및 jck 마우스로부터의 소변 엑소좀에서의 마커의 수준을 보여주는 면역블롯이다. 화살표는 비히클- 및 GCS 억제제 C9-처치된 jck 마우스 간에 더욱 강력한 변화를 보이는 마커를 나타낸다. 신장 용해물 시료(글리세르알데히드 3-포스페이트 데하이드로게나제; GAPDH) 및 소변 엑소좀(아쿠아포린-2; AQP2)에 대한 로딩 대조군이 나타나 있다.
도 4는 30주 동안 비히클(V) 또는 GCS 억제제 C9(T)를 투여한 야생형 마우스(wt) 또는 pcy 마우스로부터의 신장 용해물에서의 마커의 수준, 및 30주 동안 비히클(V) 또는 GCS 억제제 C9(T)를 투여한 야생형 마우스(wt) 또는 pcy 마우스로부터의 소변 엑소좀에서의 마커의 수준을 보여주는 면역블롯이다. 신장 용해물 시료(글리세르알데히드 3-포스페이트 데하이드로게나제; GAPDH) 및 소변 엑소좀(아쿠아포린-2; AQP2)에 대한 로딩 대조군이 나타나 있다.
도 5는 열거된 측정된 총 신장 부피(TKV) 및 높이-조정 총 신장 부피(htTKV)를 갖는 정상 인간 환자 및 ADPKD 인간 환자의 소변 엑소좀에서의 마커의 수준을 보여주는 면역블롯이다. 소변 엑소좀에 대한 로딩 대조군(아쿠아포린-2, AQP2; 아폽토시스-연결 유전자 2-상호작용 단백질 X, ALIX; 및 종양 감수성 유전자 101, TSG101)이 나타나 있다.

상세한 설명

증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 리보솜 단백질 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)의 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커의 단일의 또는 다수의 수준을 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법, 환자에서의 PKD의 진단 방법, 환자에서의 PKD의 병기결정 방법 및 환자에서의 PKD의 모니터링 방법이 본원에 제공된다. 또한, PCNA에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체, MEK에 특이적으로 결합하는 항체, S6에 특이적으로 결합하는 항체, pS6에 특이적으로 결합하는 항체, ERK에 특이적으로 결합하는 항체, pERK에 특이적으로 결합하는 항체, Akt에 특이적으로 결합하는 항체, pAkt에 특이적으로 결합하는 항체, 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체 및 RBBP에 특이적으로 결합하는 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 항체를 포함하는 키트가 제공된다. 이들 방법의 비제한적인 양태는 하기에 기재되어 있다. 해당 분야에서 인식될 수 있는 바와 같이, 하기에 기재된 다양한 양태가 제한 없이 임의의 조합으로 사용될 수 있다.

다낭성 신장병

본원에 기재된 방법은 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하거나, 진단하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 환자를 PKD를 갖는 것으로 진단하는 비제한적인 예가 본원에 제공되어 있으며, 하기에 기재되어 있다.

다른 예에서, 환자는 환자에서의 하기의 증상 중 하나 이상의 증상의 관찰 또는 평가에 기초하여 PKD를 갖는 것으로 확인된다: 고혈압, 요통 또는 옆구리 통증, 두통, 복부 크기 증가, 소변에서의 혈액 존재, 빈뇨, 신장 결석, 신부전, 요로 또는 신장 감염, 신장에서의 낭종, 간에서의 낭종, 췌장 낭종, 승모판막탈출증, 동맥류, 구역, 구토, 좌심실비대, 탈장, 게실염, 피로, 식욕부진, 체중 감소, 집중력 문제, 건성/가려운 피부, 근경련, 발 및 발목 부기, 경증 내지 중등도 우울증 및 거품 소변. 또한, PKD는 유전자 검사(예를 들어, 아테나 디아그노스틱스(Athena Diagnostics)(미국 매사추세츠주 우스터 소재) 및 CGC 지네틱스(CGC Genetics)(포르투갈 포르토 소재)를 포함하는 다양한 판매사로부터의 PKD1 유전자 진단 검사; 센트로진 아게(Centrogene AG)(독일 소재), 프리벤션지네틱스(PreventionGenetics)(미국 위스콘신주 마시필드 소재), GCG 지네틱스(GCG Genetics)(포르투갈 소재) 및 인비타에 코포레이션(InVitae Corporation)(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재)을 포함하는 다양한 판매사로부터의 PKD2 유전자 진단 검사; 및 센트로진 아게(독일 소재), 프리벤션 지네틱스(미국 위스콘신주 마시필드 소재), 카운실(Counsyl)(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재) 및 인비타에(미국 캘리포니아주 샌프란시스코 소재)를 포함하는 다양한 판매사로부터 입수가능한 PKHD1 유전자 진단 검사) 참조)를 수행함으로써 대상체에서 진단될 수 있다. PKD1 및/또는 PKD2 유전자의 돌연변이 또는 결실의 검출을 사용하여, 상염색체 우성 PKD를 진단하고, PKHD1 내의 돌연변이 또는 결실의 검출을 사용하여, 상염색체 열성 PKD를 진단할 수 있다.

PKD(예를 들어, 상염색체 우성 PKD 및 상염색체 열성 PKD)는 영상화 연구를 수행함으로써 진단될 수 있다. 예를 들어, 초음파, 컴퓨터 단층 촬영(CT) 및 자기 공명 영상화(MRI)를 사용하여, 신장(들)에서 낭종을 찾고, 총 신장 부피(TKV) 또는 높이-조정 총 신장 부피(htTKV)를 결정할 수 있다. 예를 들어, 환자(예를 들어, 질병의 가족력이 있는 환자)에서 30세까지 각 신장에서의 적어도 2개의 낭종(예를 들어, 적어도 3개, 4개, 5개 또는 6개의 낭종)의 검출에 의해 PKD의 진단을 확인할 수 있다. 태아(예를 들어, 임신 기간이 14주 초과인 태아)에서의 다낭성 이형성 신장(들)의 검출을 사용하여 상염색체 열성 PKD를 진단할 수 있다. 또한, 태아로부터의 양수를 사용하여, PKHD1에서 돌연변이 또는 결실을 검출할 수 있다(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 PKHD1에 대한 유전자 진단 시험 중 임의의 것 사용).

또한, PKD는 부분적으로 환자의 신장 기능을 결정함으로써 대상체에서 진단되거나 확인될 수 있다. 예를 들어, PKD는 부분적으로 환자의 크레아티닌 수준(예를 들어, 환자가 PKD를 갖는 것을 나타내는 1.3 ㎎/㎗ 초과의 크레아티닌의 수준), 사구체 여과율(예를 들어, 환자가 PKD를 갖는 것을 나타내는 80 ㎖/분 미만인 속도) 및 혈중 우레아 질소(예를 들어, 20 ㎎/㎗ 초과의 혈중 우레아 질소 수준) 중 하나 이상을 측정함으로써 진단되고 확인될 수 있다.

본원에 기재된 PKD 환자는 본원에 기재되거나, 제공된 방법 중 임의의 것 또는 해당 분야에 알려져 있는 임의의 방법을 사용하여 진단되거나 확인될 수 있다. PKD 환자는 태내에 있거나(예를 들어, 임신 기간이 14주, 15주, 17주, 20주, 25주, 30주 또는 35주 초과인 태아), 유아, 청소년(13세 내지 18세, 예를 들어, 13세 내지 15세 또는 15세 내지 18세) 또는 성인(18세 초과, 예를 들어, 20세, 22세, 24세, 26세, 28세, 30세, 32세, 34세, 36세, 38세, 40세, 45세, 50세, 55세, 60세, 65세, 70세, 75세, 80세, 85세, 90세 또는 95세 초과)일 수 있다. PKD 환자는 여성(예를 들어, 임신 여성)이거나, 남성일 수 있다. PKD 환자는 이미 PKD에 대한 치료를 받고 있을 수 있다. 다른 예에서, PKD 환자는 PKD에 대한 치료를 받은 적이 없을 수 있다. 추가의 예에서, PKD 환자는 PKD에 대한 이전의 치료를 받은 적이 있을 수 있으며, 이전의 치료는 치료적으로 성공적이지 않았다(예를 들어, 부정적인 유해한 부작용의 발생을 야기하고/거나, 낭종의 발생률 및/또는 성장률을 감소시키지 않고/거나, 환자의 신장(들)의 기능의 소실률을 감소시키지 않음). PKD 환자는 임상 연구의 참여자일 수 있다.

PKD 치료

PKD에 대한 치료의 일부 예는 하나 이상의 글루코실세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여이다. GSC 억제제의 비제한적인 예는 문헌[Lee et al. (J. Biol. Chem. 274:14662-14669, 1999)], 문헌[Shayman et al. (Methods Enzymol. 311:373-387, 2000)], 문헌[Huang et al. (FASEB J. 25:3661-3673, 2011)], 문헌[Kolton et al. (Bioorg. Med. Chem. Lett. 21:6773-6777, 2011)], 문헌[Larsen et al. (J. Lipid Res. 53:282-291, 2012)], 문헌[Niino et al. (Biochem. Biophys. Res. Comm. 433:170-174, 2013)], 문헌[Richards et al. (J. Med. Chem. 55:4322-4325, 2012)], 문헌[Nietupski et al. (Mol. Genet. Metab. 105:621-628, 2012)], 문헌[Ashe et al. (PLoS One 6:e21758, 2011)], 문헌[Shayman (Drugs Future 35:613-620, 2010)], 문헌[Bijl et al. (J. Pharmacol. Exp. Ther. 326:849-855, 2008)], 문헌[Treiber et al. (Xenobiotica 37:298-314, 2007)], 문헌[McEachern et al. (Mol. Genet. Metab. 91:259-267, 2007)], 문헌[Wennekes et al. (Diabetes 56:1341-1349, 2007)], 문헌[Jimbo et al. (J. Biochem. 127:485-291, 2000)], 문헌[Miura et al. (Bioorg. Med. Chem. 6:1481-1489, 1998)], 문헌[Abe et al. (J. Biochem. 111:191-196, 1992)], 문헌[Inokuchi et al. (J. Cell Physiol. 141:573-583, 1989)] 및 문헌[Inokuchi et al. (J. Lipid Res. 28:565-571, 1987)]에 기재되어 있다. GCS 억제제의 추가의 예는 미국 특허 출원 공개 제2013/0225573호, 제2013/0137743호, 제2013/0095089호, 제2012/0322787호, 제2012/0322786호, 제2011/0184021호, 제2011/0166134호, 제2010/0256216호 및 제2007/0259918호에 기재되어 있다(각각은 본원에 참조로 포함됨).

GCS 억제제의 추가의 예는 제WO 14/043068호(본원에 참조로 포함)에 기재되어 있다. 예를 들어, GCS 억제제는 하기의 화학식 I로 나타낸 구조를 가질 수 있다.

[화학식 I]

상기 식에서,

n은 1, 2 또는 3이고;

m은 0 또는 1이고;

p는 0 또는 1이고;

t는 0, 1 또는 2이고;

E는 S, O, NH, NOH, NNO₂, NCN, NR, NOR 또는 NSO₂R이고;

X¹은 m이 1인 경우 CR¹이거나, m이 0인 경우 N이고;

X²는 O, -NH, -CH₂, SO₂, NH-SO₂, CH(C₁-C₆) 알킬 또는 -NR²이고;

X³은 직접 결합, O, -NH, -CH₂-, CO, -CH(C₁-C₆) 알킬, SO₂NH, -CO-NH- 또는 NR³이고;

X⁴는 직접 결합, CR⁴R⁵, CH₂CR⁴R⁵ 또는 CH₂-(C₁-C₆) 알킬-CR⁴R⁵이고;

X⁵는 직접 결합, O, S, SO₂, CR⁴R⁵, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬옥시, -O-(C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알케닐, (C₁-C₆)알케닐옥시, -R⁷-(C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₃-C₁₀)사이클로알킬-R⁷-, -R⁷-(C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C₁₂)아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉)헤테로사이클로알킬 및 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬-R⁷-이고, R⁷은 직접 결합, O, S, SO₂, CR⁴R⁵, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬옥시, -O- (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알케닐, (C₁-C₆)알케닐옥시이고; 추가로, X⁵가 -R⁷-(C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₃-C₁₀)사이클로알킬-R⁷-, -R⁷-(C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C₁₂)아릴-R⁷-, -R⁷-(C²-C⁹)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴-R⁷-, -R⁷-(C₂-C₉) 헤테로사이클로알킬 및 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬-R⁷-로 정의되는 경우, (C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₆-C₁₂) 아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉) 헤테로사이클로알킬기는 할로, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆) 알킬레닐, 아미노, (C₁-C₆) 알킬아미노, (C₁-C₆)디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, O(C₃-C₆ 사이클로알킬), (C₃-C₆) 사이클로알콕시, 니트로, CN, OH, (C₁-C₆)알킬옥시, (C₃-C₆) 사이클로알킬, (C₁-C₆) 알콕시카르보닐, (C₁-C₆) 알킬카르보닐, (C₁-C₆)할로 알킬, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 임의로 치환되고, R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C¹-C⁶)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나, R⁸ 및 R⁹는 그들이 부착되는 질소와 함께 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬 또는 1 내지 3개의 할로기, 임의로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)사이클로알킬로부터 선택되는 1 또는 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환기로 치환된 (C₁-C₆)알킬; 및

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환기로 치환된 (C₁-C₆)알킬옥시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬기를 형성할 수 있으며;

R은 (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬, (C₂-C₉)헤테로아릴(C₁-C₆)알킬이며; R¹은 H, CN, (C₁-C₆)알킬카르보닐 또는 (C₁-C₆)알킬이며;

R² 및 R³은 각각 독립적으로, -H, 임의로 할로겐, (C₁-C₆)알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬(C₆-C₁₂)아릴, 할로(C₆-C₁₂)아릴 및 할로(C₂-C₉)헤테로아릴로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬이거나, 또는 임의로 X²가 -NR²이고, X³이 -NR³인 경우, R² 및 R³은 그들이 부착되는 질소 원자와 함께 할로겐, (C₁-C₆)알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₁-C₆)알킬(C₆-C₁₂)아릴, 할로(C₆-C₁₂)아릴 및 할로(C₂-C₉)헤테로아릴로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 임의로 치환되는 비방향족 헤테로사이클릭 고리를 형성할 수 있으며;

R⁴ 및 R⁵는 독립적으로 H, (C₁-C₆)알킬로부터 선택되거나, 그들이 부착되는 탄소와 함께, 스피로 (C₃-C₁₀)사이클로알킬 고리 또는 스피로 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시 고리를 형성하며;

R⁶은 -H, 할로겐, -CN, (C₆-C₁₂)아릴, (C₆-C_I2)아릴옥시, (C₁-C₆)알킬옥시; 1 내지 4개의 할로 또는 (C₁-C₆)알킬로 임의로 치환되는 (C₁-C₆)알킬이며;

A¹은 (C₂-C₆)알키닐; (C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬 또는 벤조(C₂-C₉)헤테로사이클로알킬이며, A¹은 할로, 1 내지 3개의 할로로 임의로 치환되는 (C₁-C₆)알킬; (C₁-C₆)알케닐, 아미노, (C₁-C₆)알킬아미노, (C₁-C₆) 디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, 니트로, CN, -OH, 1 내지 3개의 할로로 임의로 치환되는 (C₁-C₆)알킬옥시; (C₁-C₆)알콕시카르보닐 및 (C₁-C₆)알킬카르보닐로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 임의로 치환되며;

A²는 H, (C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₆-C12)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬 또는 벤조(C₂-C₉)헤테로사이클로알킬이며, A²는 할로, (C₁-C₆)알킬, (C₁-C₆)알킬레닐, 아미노, (C₁-C₆) 알킬아미노, (C₁-C₆)디알킬아미노, (C₁-C₆)알콕시, O(C₃-C₆ 사이클로알킬), (C₃-C₆) 사이클로알콕시, 니트로, CN, OH, (C₁-C₆)알킬옥시, (C₃-C₆) 사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시카르보닐, (C₁-C₆) 알킬카르보닐, (C₁-C₆) 할로 알킬, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 임의로 치환되며, R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C₁-C₆)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나, R8 및 R9는 그들이 부착되는 질소와 함께 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, 또는 1 내지 3개의 할로기, 임의로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)사이클로알킬로부터 선택되는 1 또는 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

할로, 하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환기로 치환된 (C₁-C₆)알킬옥시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬기를 형성할 수 있되;

단, n + t + Y + z의 합은 6 이하이며;

단, p가 0인 경우; X²는 NH-SO²이며, X³은 NH이며;

단, n이 1이며; t가 O이며; y가 1이며; z가 1이며; X²가 NH이며; E가 O이며; X³이 NH이며;

A²가 H이며, X⁵가 직접 결합인 경우; A¹은 비치환된 페닐, 할로페닐 또는 이소프로페닐 페닐이 아니며;

단, n이 1이며; t가 O이며; y가 1이며; z가 1이며; X²가 O이며; E가 O이며; X³이 NH이며; A¹이 (C⁶-C¹²)아릴이며, X⁵가 직접 결합이며; A²가 H이며, R⁴가 H인 경우, R⁵는 사이클로헥실이 아니며;

단, n이 1이며; t가 O이며; y가 1이며; z가 1이며; X²가 NH이며; E가 O이며; X³이 CH₂이며; R⁴ 및 R⁵가 둘 모두 수소이며; A²가 H이며, X⁵가 직접 결합인 경우; A¹은 비치환된 페닐이 아니며;

단, X³이 O, -NH, -CH₂-, CO, -CH(C₁-C₆) 알킬, SO₂NH, -CO-NH- 또는 -NR³이고; X⁴가 CR⁴R⁵, CH₂CR⁴R⁵ 또는 CH₂-(C₁-C₆) 알킬-CR⁴R⁵인 경우, A²는 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, R⁸R⁹N-CO-로 이루어진 군으로부터 선택되는 하나 이상의 치환기로 치환된 (C₃-C₁₀)사이클로알킬, (C₆-C₁₂)아릴, (C₂-C₉)헤테로아릴, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬 또는 벤조(C₂-C₉)헤테로사이클로알킬이어야 하며, R⁸ 및 R⁹는 각각 독립적으로 수소 및 (C₁-C₆)알킬로 이루어진 군으로부터 선택되거나, R⁸ 및 R⁹는 그들이 부착되는 질소와 함께, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, 또는 1 내지 3개의 할로기, 임의로 (C₁-C₆)알콕시 및 (C₃-C₁₀)사이클로알킬로부터 선택되는 1 또는 2개의 기로 치환되는 (C₁-C₆)알킬설포닐;

하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환기로 치환된 (C₁-C₆)알킬; 또는

하이드록시, 시아노, (C₁-C₆)알콕시, (C₁-C₆)알콕시(C₁-C₆)알콕시, (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬, (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로아릴; 또는 (C₁-C₆)알콕시로 임의로 치환되는 (C₃-C₁₀)사이클로알콕시로 이루어진 군으로부터 선택되는 1 내지 4개의 치환기로 치환된 (C₁-C₆)알킬옥시로 임의로 치환되는 (C₂-C₉)헤테로사이클로알킬기를 형성할 수 있다.

추가의 예시적인 GCS 억제제는 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 [2-(2,4'-디플루오로비페닐-4-일)프로판-2-일]카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[4-(1,3-벤조티아졸-6-일)페닐]프로판-2-일} 카르바메이트; 1-아자비사이클로 [3.2.2]논-4-일 {1-[5-(4-플루오로페닐)피리딘-2-일] 사이클로프로필} 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[3-(4-플루오로페녹시)페닐]사이클로프로필} 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[4-(1,3-벤조티아졸-5-일)페닐]사이클로프로필} 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 [1-(4'-플루오로-3'-메톡시비페닐-4일)사이클로프로필] 카르바메이트; 1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일 [3-(4'-플루오로비페닐-4-일)옥세탄-3-일] 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {1-[6-(4-플루오로페녹시) 피리딘-2-일]사이클로프로필} 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 [3-(4'-플루오로비페닐-4-일)펜탄-3-일] 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[2-(4-플루오로페닐)-2H-인다졸-6-일]프로판-2-일} 카르바메이트; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 {2-[2-(IH-피롤-l-일)피리딘-4-일]프로판-2-일} 카르바메이트; 1-(3-에틸-1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일)-3-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)사이클로프로필]우레아; N-(I-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일)-N'-[I-(4'-플루오로비페닐-4일)사이클로프로필]에탄디아미드; 1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일 (1-{4[(4,4디플루오로사이클로헥실)옥시]페닐} 사이클로프로필) 카르바메이트; 1-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]논-4-일)-3-[1-(5-페닐피리딘-2-일)사이클로프로필] 우레아; 1-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)사이클로프로필]-I-메틸-3-(3-메틸-1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일)우레아; 1-[1-(4'-플루오로비페닐-4-일)사이클로프로필]-I-메틸-3-(3-메틸-1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일)우레아; 1-{2-[4'-(2-메톡시에톡시)비페닐-4-일]프로판-2-일}-3-(3-메틸-l아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일)우레아; 2-(1-아자비사이클로 [3.2.2]논-4-일)-N-[1-(5-페닐피리딘-2-일)사이클로프로필]아세트아미드; 3-(4'-플루오로비페닐-4-일)-3-메틸-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]논-4-5 일)부탄아미드; N-[2-(비페닐-4-일)프로판-2-일]-N'-(3-메틸-1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일)설푸릭 디아미드; N-[2-(4'-플루오로비페닐-4-일)프로판-2-일]-N'-(3-메틸-1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일)설푸릭 디아미드; 1-(3-부틸-1-아자비사이클로 [2.2.2]옥트-3-일)-3-{2-[1-(4-플루오로페닐)-IH-피라졸-4-일]프로판-2-일} 우레아; 1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일 [4-(4-플루오로페닐)-2-메틸부트-3-인-2-일]카르바메이트; 1-(3-부틸-1-아자비사이클로[2.2.2]옥트-3-일)-3-[4-(4-플루오로페닐)-2-메틸부트-3-인-2-일]우레아; N-[I-(4'-플루오로비페닐-4-일)사이클로프로필]-1,4-디아자비사이클로[3.2.2]노난-4-카르복사미드; 1-(2-(4'-플루오로-[I,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(3-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-3-일)우레아; 1-(2-(4'-플루오로-[I,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(4-메틸-1-아자비사이클로[4.2.2]데칸-4-일)우레아; 1-(2-(4'-플루오로-[I,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(3-메틸-1-아자비사이클로[4.2.2]데칸-3-일)우레아; 및 1-(2-(4'-플루오로-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)-3-(5-메틸-1-아자비사이클로[4.2.2]데칸-5-일)우레아를 포함한다.

GCS 억제제의 추가의 예는 하기에 열거되어 있다.

((S)- 퀴누클리딘 -3-일 (2-(4'-(2- 메톡시에톡시 )-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트)

(4- 플루오로 -1-(5- 플루오로 -4-(4-((2- 메톡시에톡시 ) 메틸 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-((2- 메톡시에톡시 ) 메틸 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(3- 메틸퀴누클리딘 -3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-((2- 메톡시에톡시 ) 메틸 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(4- 메틸 -1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-( 메톡시메틸 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(3 메틸퀴누클리딘 -3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-( 메톡시메틸 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(4- 메틸 -1- 아자비사이클로[3.2.2]노난 -4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-(2- 메톡시에톡시 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(3- 메틸퀴누클리딘 -3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-(2- 메톡시에톡시 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(4- 메틸 -1- 아자비사이클로[3.2.2]노난 -4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-(2- 플루오로에톡시 )페닐)피리미딘-2-일)-N-( 퀴누클리딘 -3-일)피페리딘-4-카르복사미드)

(4- 플루오로 -1-(4-(4-(2- 플루오로에톡시 )페닐)피리미딘-2-일)-N-(4- 메틸 -1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)

PKD에 대한 치료의 일부 예는 하나 이상의 사이클린 의존성 키나제(CDK) 억제제의 투여를 포함한다. CDK 억제제의 비제한적인 예는 S-CR8, 올로마우신(olomoucine), LEE011, 팔보시클립(palbociclib), P1446A-05, PD-0332991 및 R-로스코비틴을 포함한다. CDK 억제제의 추가의 예는 문헌[Cicenas et al. (J. Cancer Res. Clin. Oncol. 138:1409-1418, 2011)], 문헌[Blachly et al. (Leuk. Lymphoma 54:2133-2143, 2013)], 문헌[Galons et al. (Expert Opin. Ther. Pat. 20:377-404, 2010)], 문헌[Geyer et al. (Biochim. Biophys. Acta 1754:160-170, 2005)]에 기재되어 있다. CDK 억제제의 추가의 예는 미국 특허 출원 공개 제2006/0178371호, 제2006/0173017호, 제2006/0173016호, 제2006/0135589호, 제2006/0128725호, 제2006/0106023호, 제2006/0041131호, 제2006/0040958호, 제2006/0030555호, 제2005/0261353호, 제2005/0130980호, 제2005/0004007호, 제2004/0248905호, 제2004/0209878호, 제2004/0198757호, 제2004/0116442호, 제2004/0110775호, 제2004/0106624호, 제2004/0102451호, 제2004/0097517호, 제2004/0097516호, 제2004/0073969호, 제2004/0072835호, 제2004/0063715호, 제2004/0048849호, 제2004/0006074호, 제2003/0073686호, 제2002/0065293호, 제2002/0042412호, 제2002/0013328호, 제2002/0002178호 및 제2001/0025379호에 기재되어 있다.

PKD에 대한 치료의 다른 예는 혈액투석 또는 복막 투석이다. PKD에 대한 치료의 추가의 예는 외과적 신장 이식이다.

마커

본원에 제공되는 방법은 환자(예를 들어, PKD 환자)로부터의 적어도 하나의 시료에서의 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAKT, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)의 결정을 포함한다. 예를 들어, 하나 이상의 마커의 수준(들)은 환자(예를 들어, PKD 환자)로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 소변)를 함유하는 시료(예를 들어, 엑소좀에 대해 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)에서 결정될 수 있다. 일부 예에서, 마커는 단백질이다. 다른 예에서, 마커는 마커 단백질을 인코딩하는 mRNA이다.

본원에 기재된 마커의 수준의 결정 방법은 해당 분야에 널리 인식되어 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 각 마커의 단백질 수준은 항체 기반의 검정(예를 들어, 효소-연결 면역흡착 검정, 항체 어레이, 항체-표지 비드 및 면역블롯)을 사용하여 결정될 수 있다. 이들 항체 기반의 검정에 사용될 수 있는 예시적인 항체는 실시예에 기재되어 있다. 항체 기반의 검정에 사용될 수 있는 추가의 항체는 해당 분야에 알려져 있다. 마커에 특이적으로 결합하는 항체의 제조 방법도 또한 해당 분야에 널리 알려져 있다. 각 마커의 단백질 수준을 결정하기 위한 추가의 방법은 질량 분광법, 액체 크로마토그래피(예를 들어, 고성능 액체 크로마토그래피) 질량 분광법(LC-MS) 및 액체 크로마토그래피(예를 들어, 고성능 액체 크로마토그래피) 탠덤 질량 분광법(LC-MS/MS)을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)에서 마커의 단백질 수준을 결정하기 위한 방법의 비제한적인 예는 문헌[Pisitkun et al. (Proteomics Clin. Appl. 6:268-278, 2012)]에 기재되어 있다. 마커의 수준(들)을 결정하는 이들 예시적인 방법은 본원에 제공된 임의의 방법에 사용될 수 있다.

본원에 기재된 각 마커의 mRNA 수준은 예를 들어, 중합효소 연쇄 반응(PCR)-기반의 검정(예를 들어, 리얼-타임 PCR 및 역전사효소 PCR)을 사용하여 결정될 수 있다. 각 마커의 mRNA 수준을 결정하기 위한 추가의 방법은 유전자 칩의 사용을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)에서 마커의 mRNA 수준을 결정하기 위한 추가의 방법의 예는 문헌[Chen et al. (Lab Chip 10:505-511, 2010)], 문헌[Schageman et al. (BioMed Res. Int., Article ID 253957, 2013)] 및 문헌[Alvarez et al. (Kidney Inter. 82:1024-1032, 2012)]에 기재되어 있다. 마커의 mRNA 수준을 결정하기 위한 추가의 방법은 해당 분야에 널리 알려져 있다.

일부 예에서, 대상체로부터의 시료(예를 들어, 생물학적 유체를 포함하는 시료)는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 시료에서 결정하기 이전에 소정의 기간(예를 들어, 약 10℃, 약 0℃, 약 -20℃, 약 -40℃, 약 -70℃ 또는 약 -80℃의 온도에서 예를 들어, 적어도 2, 4, 6, 8, 12 또는 24시간 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 14 또는 21일) 동안 보관될 수 있다. 예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 포함하는 시료는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 시료에서 결정하기 이전에 소정의 기간 동안 보관(예를 들어, 본원에 기재된 시간 및/또는 온도 중 임의의 것 동안 보관)될 수 있다. 일부 예는 적어도 하나의 마커(예를 들어, 본원에 기재된 임의의 마커 또는 마커의 임의의 조합)의 수준(들)을 결정하기 이전에, 생물학적 유체를 함유하는 시료를 농축시키는 단계를 추가로 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 방법의 비제한적인 예는 본원에 기재되어 있다. 일부 예에서, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 생물학적 시료는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 시료에서 결정하기 이전에 소정의 기간 동안 보관(예를 들어, 본원에 기재된 시간 및/또는 온도 중 임의의 것 동안 보관)된다.

본원에 기재된 임의의 마커 또는 마커의 임의의 조합의 수준(들)은 본원에 기재된 방법 중 임의의 것에서 시료(예를 들어, 생물학적 유체를 함유하는 시료 또는 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)에서 결정될 수 있다. 본원에 기재된 방법 중 임의의 것에서 시료(예를 들어, 생물학적 유체를 함유하는 시료 또는 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)에서 결정(즉, 수준 결정)될 수 있는 마커의 조합 또는 단일의 마커의 예는 표 1에 나타나 있다. 본원에 기재된 각각의 마커의 설명은 하기에 제공되어 있다.

PCNA

증식세포핵항원(PCNA)은 261개 아미노산을 갖는 28.8 kDa 단백질이다. 인간 PCNA의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 1이다. 본원에 기재된 PCNA의 단백질 수준은 비-인산화되거나 SEQ ID NO: 1에서의 아미노산 위치 248의 티로신에서 인산화된 PCNA의 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 1에서의 아미노산 위치 248의 티로신에서 인산화된 PCNA의 형태만을 포함하거나, PCNA의 비인산화 형태만을 포함할 수 있다.

사이클린 D1

사이클린 D1은 295개 아미노산을 갖는 33.7 kDa 단백질이다. 인간 사이클린 D1의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 2이다. 사이클린 D1의 단백질 수준은 비인산화된 및 SEQ ID NO: 2에서의 아미노산 위치 286의 트레오닌에서 인산화된 사이클린 D1의 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 2에서의 아미노산 위치 286의 트레오닌에서 인산화된 사이클린 D1의 형태만을 포함하거나, 비인산화된 사이클린 D1의 형태만을 포함할 수 있다.

사이클린 D3

사이클린 D3은 292개 아미노산을 갖는 단백질이다. 인간 사이클린 D3의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 3이다. 사이클린 D3의 단백질 수준은 비인산화된 및 SEQ ID NO: 3에서의 아미노산 위치 279의 세린에서 인산화된 사이클린 D3의 형태를 포함하거나, SEQ ID NO: 3에서의 아미노산 위치 279의 세린에서 인산화된 사이클린 D3의 형태만을 포함하거나, 비인산화된 사이클린 D3의 형태만을 포함할 수 있다.

MEK

MAPK-ERK 키나제 1(MEK)은 2개의 아이소폼을 갖는 단백질이다. 인간 MEK의 제1 아이소폼은 393개 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 4)을 가지며, 인간 MEK의 제2 아이소폼은 367개 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 5)을 갖는다. MEK의 단백질 수준은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 비인산화 형태의 MEK의 제1 아이소폼; 비인산화 형태의 MEK의 제2 아이소폼; SEQ ID NO: 4에서의 아미노산 위치 218의 세린에서의 인산화, SEQ ID NO: 4에서의 아미노산 위치 222의 세린에서의 인산화, SEQ ID NO: 4에서의 아미노산 위치 286의 트레오닌에서의 인산화, SEQ ID NO: 4에서의 아미노산 위치 292의 트레오닌에서의 인산화 및 SEQ ID NO: 4에서의 아미노산 위치 298의 세린에서의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 MEK의 제1 아이소폼의 하나 이상의 형태(들); 및 SEQ ID NO: 5의 아미노산 위치 192의 세린에서의 인산화, SEQ ID NO: 5의 아미노산 위치 196의 세린에서의 인산화, SEQ ID NO: 5에서의 아미노산 위치 260의 트레오닌에서의 인산화, SEQ ID NO: 5에서의 아미노산 위치 266의 트레오닌에서의 인산화 및 SEQ ID NO: 5에서의 아미노산 위치 272의 세린에서의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 MEK의 제2 아이소폼 중 하나 이상의 형태(들).

S6, pS6 및 전체 S6

리보솜 단백질 S6(S6)은 249개 아미노산을 갖는 28.7 kDa 단백질이다. 인간 S6의 아미노산 서열은 SEQ ID NO: 6이다. 어구 "S6의 수준" 또는 "리보솜 단백질 S6의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, 모든 검출가능한 형태(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 S6의 수준의 합을 의미한다. 인산화 형태의 S6 단백질은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 235에서 세린의 인산화, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 236에서 세린의 인산화, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 240에서 세린의 인산화, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 242에서 세린의 인산화, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 244에서 세린의 인산화 및 SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 247에서 세린의 인산화. 일부 구현예에서, S6의 수준은 모든 검출가능한 형태(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 S6에 통상적인 항원에 결합하는 항체의 사용을 통해 결정될 수 있다.

어구 "pS6의 수준" 또는 "리보솜 단백질 pS6의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 235에서 세린의 인산화, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 236에서 세린의 인산화, 또는 SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 235 및 236에서 세린의 인산화를 갖는 인산화 형태의 리보솜 S6 단백질 중 하나 이상의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 의미한다. pS6의 수준은 예를 들어, SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 235에 인산화 세린 및/또는 SEQ ID NO: 6에서의 아미노산 위치 236에 인산화 세린을 포함하는 S6 내의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체 또는 항체들을 사용함으로써 결정될 수 있다.

ERK

어구 "ERK의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, 모든 검출가능한 형태의 ERK1(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태의 ERK1의 각 아이소폼) 및/또는 모든 검출가능한 형태의 ERK2(예를 들어, 모든 인산화 형태 및 비인산화 형태)의 수준의 합을 의미한다. 인간 ERK1의 제1 아이소폼은 379개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 7)을 갖는다. 인간 ERK1의 제2 아이소폼은 335개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 8)을 갖는다. 인간 ERK1의 제3 아이소폼은 357개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 9)을 갖는다. 인간 ERK2의 제1 아이소폼은 360개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 10)을 갖는다. 인간 ERK2의 제2 아이소폼은 316개의 아미노산의 서열(SEQ ID NO: 11)을 갖는다.

인산화 형태의 ERK1의 제1 아이소폼은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 170의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 198의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화 및 SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 207의 트레오닌의 인산화. 인산화 형태의 ERK1의 제2 아이소폼은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 170의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 198의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화 및 SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 207의 트레오닌의 인산화. 인산화 형태의 ERK1의 제3 아이소폼은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 170의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 198의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화 및 SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 207의 트레오닌의 인산화. 모든 검출가능한 형태의 ERK1은 예를 들어, 비인산화 형태의 ERK1의 제1, 제2 및 제3 아이소폼, 및 모든 다양한 인산화 형태의 ERK1의 제1, 제2 및 제3 아이소폼 간에 공유되는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 확인될 수 있다.

인산화 형태의 ERK2의 제1 아이소폼은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 29의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 190의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 246의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 248의 세린의 인산화 및 SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 284의 세린의 인산화. 인산화 형태의 ERK2의 제2 아이소폼은 다음 중 하나 이상을 포함할 수 있다: SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 29의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화 및 SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 190의 트레오닌의 인산화. 모든 검출가능한 형태의 ERK2는 예를 들어, 비인산화 형태의 ERK2의 제1 및 제2 아이소폼, 및 모든 다양한 인산화 형태의 ERK2의 제1 및 제2 아이소폼 간에 공유되는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 확인될 수 있다.

pERK

어구 "pERK의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, 다음 중 하나 이상의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 의미한다: SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 7에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌 및 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제1 아이소폼, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 8에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌 및 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 9에서의 아미노산 위치 202의 트레오닌 및 아미노산 위치 204의 티로신의 인산화를 갖는 ERK1의 제3 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 10에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌 및 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제1 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태, SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태, 및 SEQ ID NO: 11에서의 아미노산 위치 185의 트레오닌 및 아미노산 위치 187의 티로신의 인산화를 갖는 ERK2의 제2 아이소폼의 형태. pERK의 수준은 예를 들어, 각각 SEQ ID NO: 7, 8 또는 9에서의 아미노산 위치 202에서 인산화된 트레오닌 및/또는 SEQ ID NO: 7, 8 또는 9에서의 아미노산 위치 204에서 인산화된 티로신을 포함하는 ERK1의 제1, 제2 또는 제3 아이소폼에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체, 또는 각각 SEQ ID NO: 10 또는 11에서의 아미노산 위치 185에서 인산화된 트레오닌 및/또는 SEQ ID NO: 10 또는 11에서의 아미노산 위치 187에서 인산화된 티로신을 포함하는 ERK2의 제1 또는 제2 아이소폼에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 결정될 수 있다.

Akt

Akt는 480개의 아미노산(SEQ ID NO: 12)을 갖는 55.7 kDa 단백질이다. Akt의 단백질 수준은 다음 중 둘 이상을 포함할 수 있다: 비인산화 Akt 형태, 및 SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 124의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 126의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 129의 세린의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 176의 티로신의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 308의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 450의 트레오닌의 인산화, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 473의 세린의 인산화 및 SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 474의 티로신의 인산화 중 하나 이상을 포함하는 하나 이상의 Akt의 형태(들).

pAkt

어구 "pAkt의 수준"은 단백질 수준을 지칭하는 경우, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 473의 세린의 인산화를 갖는 하나 이상의 Akt의 형태의 수준(또는 둘 이상의 수준의 합)을 의미한다. pAkt의 수준은 예를 들어, SEQ ID NO: 12에서의 아미노산 위치 473에 인산화된 세린을 포함하는 Akt에서의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체를 사용함으로써 결정될 수 있다.

카스파제 -2

인간에는 카스파제-2의 3가지의 상이한 아이소폼이 존재한다. 카스파제-2의 제1 아이소폼은 그의 미가공 형태가 총 452개 아미노산(SEQ ID NO: 13)을 갖는다. 가공 후에, 카스파제-2의 제1 아이소폼은 3개의 서브유닛 펩티드를 형성한다: SEQ ID NO: 13의 아미노산 170 내지 325(카스파제-2 서브유닛 p18), SEQ ID NO: 13의 아미노산 334 내지 452(카스파제-2 서브유닛 p13) 및 SEQ ID NO: 13의 아미노산 348 내지 452(카스파제-2 서브유닛 p12). SEQ ID NO: 13의 아미노산 2 내지 169는 미가공 형태의 카스파제-2의 프로서열(prosequence)을 나타낸다. 제2 아이소폼은 총 313개의 아미노산(SEQ ID NO: 14)을 갖는다. 제3 아이소폼은 총 91개의 아미노산(SEQ ID NO: 15)을 갖는다. 인산화 형태의 카스파제-2의 제1 아이소폼은 SEQ ID NO: 13에서의 아미노산 위치 340의 세린의 인산화를 갖는다. 카스파제-2의 단백질 수준은 미가공 형태의 카스파제-2의 제1 아이소폼, 카스파제-2 서브유닛 p18, 카스파제-2 서브유닛 p13, 카스파제-2 서브유닛 p12, SEQ ID NO: 13에서의 아미노산 위치 340의 세린의 인산화를 갖는 카스파제-2의 제1 아이소폼의 형태 및 카스파제-2 서브유닛 p13에서의 아미노산 위치 7의 세린의 인산화를 갖는 카스파제-2 서브유닛 p13의 형태 중 하나 이상을 포함할 수 있다.

RBBP

인간 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)은 425개의 아미노산(SEQ ID NO: 16)을 갖는다. 인산화 형태의 RBBP는 SEQ ID NO: 16에서의 아미노산 위치 110의 세린의 인산화를 갖는다. RBBP의 단백질 수준은 다음 중 하나 또는 둘 모두를 포함할 수 있다: 비인산화 형태의 RBBP 및 SEQ ID NO: 16에서의 아미노산 위치 110의 세린의 인산화를 갖는 RBBP의 형태.

시료에서의 엑소좀의 농축

본원에 기재된 방법 중 일부는 생물학적 유체(예를 들어, 본원에 기재된 생물학적 유체 중 임의의 것)를 함유하는 생물학적 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계를 포함한다. 예를 들어, 생물학적 유체를 함유하는 시료는 (예를 들어, 수크로스 기울기에서 또는 분별 원심분리를 사용하여) 시료를 초원심분리하고(예를 들어, 문헌[Gonzalez et al., J. Am. Soc. Nephrol. 20:363-379, 2009] 및 문헌[Alvarez et al., Kidney Int. 82:1024-1032, 2012]에 기재된 방법 참조), 농축된 엑소좀을 함유하는 시료의 분취물 또는 전체 시료를 제거함으로써 엑소좀에 대하여 농축될 수 있다. 다른 예에서, 생물학적 유체를 함유하는 시료는 한외여과(예를 들어, 나노여과)(예를 들어, 문헌[Cheruvanky et al., Am. J. Physiol. Renal Physiol. 292:F1657-F1661, 2007] 및 문헌[Alvarez et al., Kidney Int. 82:1024-1032, 2012]에 기재된 방법 참조), 침전(예를 들어, 문헌[Alvarez et al., Kidney Int. 82:1024-1032, 2012]에 기재된 방법 참조) 또는 크로마토그래피 수지(예를 들어, 헤파린 컬럼) 또는 엑소좀의 표면 상의 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체로 코팅된 비드의 이용을 포함하는 친화성 정제, 미세유체공학(예를 들어, 문헌[Chen et al., Lap Chip 10:505-511, 2010]에 기재된 방법 참조)을 사용하여 엑소좀에 대하여 농축될 수 있다. 엑소좀에 대하여 시료를 농축시키는 추가의 방법은 문헌[Schageman et al., BioMed Research Int., Article 253957, 2013]에 기재되어 있다.

생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키기 위한 예시적인 방법은 실시예에도 기재되어 있다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키기 위한 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다.

PKD의 치료 효능의 결정 방법

PKD 대상체에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법이 본원에 제공된다. 일부 예에서, 이들 방법은 (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체(예를 들어, 소변)를 함유하는 시료를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 제1 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나(예를 들어, 임의의 조합으로, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12개)의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; (d) PKD에 대한 치료제를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (e) 단계 (d) 이후의 제2 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 함유하는 제2 시료를 제공하고, 상기 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및 (f) 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 수준이 감수된다면, 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함한다. 일부 구현예는 (f) 이후에, (g) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1 아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)를 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 방법의 일부 예는 (f) 이후에, (g) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제(예를 들어, CDK 억제제, 예를 들어, S-CR8)를 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (e)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (e)에서 농축시키는 것은 제1 및 제2 시료를 각각 초원심분리(예를 들어, 분별 원심분리 또는 밀도 기울기에서의 원심분리)하거나 여과하는 것을 포함한다. 일부 예에서, (b) 및 (e)에서 농축시키는 것은 각각 제1 및 제2 시료에서 엑소좀을 침전시키거나; 각각 제1 및 제2 시료를 미세유체 장치를 각각 통과시키거나; 제1 및 제2 시료를 각각 엑소좀의 표면상에 존재하는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체가 표지된 친화성 수지와 접촉시키는 것을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다. 일부 예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 함유한다.

일부 예에서, (c) 및 (e)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (c) 및 (e)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (c) 및 (e)는 사이클린 D1 및 MEK 중 하나 또는 둘 모두의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

또한, (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나(예를 들어, 임의의 조합으로, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개 또는 12개)의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; (c) PKD에 대한 치료제를 PKD 환자에게 투여하는 단계; (d) 단계 (c) 이후의 제2 시점에 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b)를 수행하는 단계; 및 (e) 제1 시점에 비하여 제2 시점에 수준이 감소된다면, 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 PKD 대상체에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예는 (e) 이후에, (f) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)를 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 상기 방법의 일부 예는 (e) 이후에, (f) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제(예를 들어, CDK 억제제, 예를 들어, S-CR8)를 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 감소된다면, 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인된다.

일부 예에서, (b) 및 (d)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (b) 및 (d)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D3, pERK 및 Akt 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 GCS 억제제 중 임의의 것)의 투여이다. 예를 들어, GCS 억제제는 (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시) 메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드의 군으로부터 선택된다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예에서, 투여되는 치료제는 PKD 환자로의 CDK 억제제(예를 들어, 본원에 기재되거나 해당 분야에 알려져 있는 CDK 억제제 중 임의의 것, 예를 들어, R-로스코비틴)의 투여이다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 PKD를 갖는 환자를 선택하거나 PKD를 갖는 환자를 진단하는 단계(예를 들어, 본원에 기재된 PKD를 진단하는 예시적인 방법 중 임의의 것 사용)를 추가로 포함한다. 이들 방법 중 임의의 것에서 환자는 본원에 기재된 환자 중 임의의 환자일 수 있다. 예를 들어, PKD를 갖는 환자에는 이전에 PKD에 대한 치료제가 투여된 적이 있을 수 있으며, 치료는 성공적이지 않았다. 상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 PKD 환자로부터 제1 및/또는 제2 시료를 수득하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예는 투여되는 치료제의 확인된 효능을 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 투여되는 치료제의 확인된 효능을 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료제의 재충전의 승인을 추가로 포함한다.

제1 및 제2 시점 사이의 시차는 예를 들어, 1주 내지 40주, 1주 내지 30주, 1주 내지 20주, 1주 내지 12주, 1주 내지 8주, 1주 내지 4주, 1주 내지 2주, 2주 내지 12주, 2주 내지 8주 또는 2주 내지 4주일 수 있다.

PKD의 진단 방법

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (d) 대조군 수준에 비하여 수준이 상승된다면, 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD의 진단 방법이 제공된다. 이들 방법 중 일부 예는 (d) 이후에, (e) PKD에 대한 치료제(예를 들어, 본원에 기재된 PKD에 대한 예시적인 치료제 중 임의의 것)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) CDK 억제제(예를 들어, 로스코비틴)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) 하나 이상의 추가의 시험(예를 들어, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서의 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)의 영상화)을 수행하여, 환자에서 PKD를 확인하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 상기 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 상승된다면, 대상체가 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b)에서 농축시키는 것은 시료를 초원심분리(예를 들어, 분별 원심분리 또는 밀도 기울기에서의 원심분리)하는 것을 포함한다. 일부 예에서, (b)에서 농축시키는 것은 시료에서 엑소좀을 침전시키거나; 시료를 미세유체 장치를 통과시키거나; 시료를 엑소좀의 표면상에 존재하는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체로 표지된 친화성 수지와 접촉시키는 것을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다. 일부 예에서, 시료는 소변을 함유한다.

일부 예에서, (c)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (c)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (c) 대조군 수준에 비하여 수준이 상승된다면, 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD의 진단 방법이 제공된다. 이들 방법 중 일부 예는 (c) 이후에, (d) PKD에 대한 치료제(예를 들어, 본원에 기재된 PKD에 대한 예시적인 치료제 중 임의의 것)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2] 노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐) 피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) CDK 억제제(예를 들어, S-CR8)를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) 하나 이상의 추가의 시험(예를 들어, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서의 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)의 영상화)을 수행하여, 환자에서 PKD를 확인하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 상승된다면, 환자는 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 상승된다면, 대상체가 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

일부 예에서, (b)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (b)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b)는 사이클린 D1, MEK, ERK, pAkt, S6 및 pS6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

이들 방법 중 임의의 것에서, 대조군 수준은 예를 들어, PKD의 하나 이상의 증상을 제시하지 않고/거나, PKD를 갖는 것으로 진단되지 않은 대상체에서의 적어도 하나의 마커의 수준, 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 적어도 하나의 마커의 수준 또는 역치 수준(예를 들어, 대상체가 PKD를 갖는 것을 나타내는 것을 초과하는 수준)일 수 있다.

일부 구현예는 환자에서의 PKD의 확인을 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 환자에서의 PKD의 확인을 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자에서의 PKD의 확인을 환자의 보험회사에게 알리는 단계를 추가로 포함한다.

PKD의 병기의 결정 방법

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (d) 상기 수준으로부터 환자에서의 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD의 병기의 결정 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, (d)에서 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 결정된 수준을 PKD의 특정 병기(예를 들어, I기, II기, III기, IV기 또는 V기)에 대한 값의 범위와 비교하고, 적어도 하나의 수준이 PKD의 특정 병기에 대한 값의 범위에 속한다면, 대상체를 PKD의 특정 병기를 갖는 것으로 확인하는 것을 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료제를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) 하나 이상의 검정을 수행하여, PKD의 병기를 확인하는 단계(예를 들어, (d) 이후에 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확인하는 단계)를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 대상체를 입원시키는 단계를 추가로 포함한다. 특정 병기의 PKD(예를 들어, I기, II기, III기, IV기 또는 병기 PKD)를 갖는 대상체로부터의 생물학적 유체(예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 포함하는 시료 또는 소변)를 포함하는 시료에서의 본원에 기재된 적어도 하나의 마커의 수준의 범위는 해당 분야에 알려져 있는 기술을 사용하여 결정될 수 있다. 5기의 PKD는 Kidney Support 웹페이지(kidney-support.org)에 기재되어 있다: 1기(출현기), 2기(성장기), 3기(확장 또는 팽창기), 4기(낭종 파열기) 및 5기(최종기).

일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 단계 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두로부터 결정된다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b)에서 농축시키는 것은 시료를 초원심분리(분별 원심분리 또는 밀도 기울기에서의 원심분리)하는 것을 포함한다. 일부 예에서, (b)에서 농축시키는 것은 시료에서 엑소좀을 침전시키거나; 시료를 미세유체 장치를 통과시키거나; 시료를 엑소좀의 표면상에 존재하는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체로 표지된 친화성 수지와 접촉시키는 것을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다. 일부 예에서, 시료는 소변을 함유한다.

일부 예에서, (c)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (c)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (c)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

또한, (a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계; (b) 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및 (c) 상기 수준으로부터 환자에서의 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 PKD의 병기의 결정 방법이 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, (c)에서 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 결정된 수준을 PKD의 특정 병기(예를 들어, I기, II기, III기, IV기 또는 V기)에 대한 값의 범위와 비교하고, 적어도 하나의 수준이 PKD의 특정 병기에 대한 값의 범위에 속한다면, 대상체를 PKD의 특정 병기를 갖는 것으로 확인하는 것을 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료제를 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) 하나 이상의 검정을 수행하여, PKD의 병기를 확인하는 단계(예를 들어, (c) 이후에 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하여, 환자에서 PKD의 병기를 확인하는 단계)를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 (c) 이후에, (d) IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 대상체를 입원시키는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두로부터 결정된다. 일부 구현예에서, 단계 (b)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, PKD의 병기는 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두로부터 결정된다.

일부 예에서, (b)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (b)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함한다.

PKD의 모니터링 방법

또한, (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계; (c) 제1 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커(예를 들어, 임의의 조합으로, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개 또는 12개)의 수준(들)을 결정하는 단계; (d) 단계 (c) 이후의 제2 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및 (e) 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 환자를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 PKD 환자의 모니터링 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

이들 방법의 일부 구현예에서, (b) 및 (d)에서 농축시키는 것은 제1 및 제2 시료를 각각 초원심분리(예를 들어, 분별 원심분리 또는 밀도 기울기에서 원심분리)하거나 여과하는 것을 포함한다. 일부 예에서, (b) 및 (d)에서 농축시키는 것은 각각 제1 및 제2 시료에서 엑소좀을 침전시키거나; 각각 제1 및 제2 시료를 미세유체 장치를 각각 통과시키거나; 제1 및 제2 시료를 각각 엑소좀의 표면상에 존재하는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체로 표지된 친화성 수지와 접촉시키는 것을 포함한다. 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 추가의 방법은 해당 분야에 알려져 있다. 일부 예에서, 제1 및 제2 시료는 소변을 함유한다.

일부 예에서, (c) 및 (d)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (c) 및 (d)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (c) 및 (d)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개(예를 들어, 3개 또는 4개)의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예는 (e) 이후에, (f) 동일한 치료제(예를 들어, 본원에 기재되거나, 해당 분야에 알려져 있는 PKD의 예시적인 치료제 중 임의의 것)를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, (f)에서 투여하는 것은 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)의 투여일 수 있다.

또한, (a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계; (b) 제1 시료에서 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, ERK, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2, 전체 S6 및 RBBP의 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커(예를 들어, 임의의 조합으로, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개 또는 12개)의 수준(들)을 결정하는 단계; (c) 단계 (b) 이후의 제2 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 제2 시료에서 단계 (b)를 수행하는 단계; 및 (d) 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 제1 시점에 비하여 제2 시점에 상승되지 않는다면, 환자를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 PKD 환자의 모니터링 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 2개(예를 들어, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 2개의 수준 중 적어도 하나 또는 둘 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (b) 및 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개의 수준 중 적어도 1개, 2개 또는 3개 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다. 일부 구현예에서, 단계 (c) 및 (c)는 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6의 군으로부터 선택되는 적어도 4개(예를 들어, 5개, 6개 또는 7개)의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 수준 중 적어도 1개, 2개, 3개 또는 4개 모두가 상승되지 않는다면, 환자는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된다.

일부 예에서, (b) 및 (c)에서 하나 이상의 마커(들)의 수준(들)을 결정하는 것은 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 예를 들어, (b) 및 (c)에서 결정하는 것은 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, (b) 및 (c)는 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개(예를 들어, 3개 또는 4개)의 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 구현예는 (d) 이후에, (e) 동일한 치료제(예를 들어, 본원에 기재되거나, 해당 분야에 알려져 있는 PKD의 예시적인 치료제 중 임의의 것)를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, (e)에서 투여하는 것은 GCS 억제제(예를 들어, (S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트; 4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2메톡시에톡시)메틸) 페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로 [3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시) 메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드; 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는 4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드)의 투여일 수 있다.

상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 (단계 (a) 이전에) (예를 들어, 본원에 기재된 PKD의 예시적인 진단 방법 중 임의의 것을 사용하여) PKD를 갖는 환자를 선택하거나 PKD를 갖는 환자를 진단하는 단계를 추가로 포함한다. 이들 방법 중 임의의 것에서 환자는 본원에 기재된 환자 중 임의의 환자일 수 있다. 상기 방법 중 임의의 것의 일부 구현예는 PKD 환자로부터 제1 및/또는 제2 시료를 수득하는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예는 환자의 PKD의 개선 또는 정적 PKD 상태를 환자의 의료 기록(예를 들어, 컴퓨터 판독가능한 매체)에 기록하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 예는 환자, 환자의 가족 및/또는 환자의 주치의 또는 담당의에게 환자의 PKD의 개선 또는 정적 PKD 상태를 알리는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예는 대상체가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 경우, 제1 시점과 제2 시점 사이에 대상체로 투여되는 치료제의 재충전의 승인을 추가로 포함한다. 일부 구현예는 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 대상체를 확인함에 기초하여, 입원 시설(예를 들어, 병원)로부터 대상체를 퇴원시키는 단계를 포함한다.

키트

또한, PCNA에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체, MEK에 특이적으로 결합하는 항체, S6에 특이적으로 결합하는 항체, pS6에 특이적으로 결합하는 항체, pERK에 특이적으로 결합하는 항체, 단백질 키나제 B(Akt)에 특이적으로 결합하는 항체, pAkt에 특이적으로 결합하는 항체, 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체 및 RBBP에 특이적으로 결합하는 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개(예를 들어, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개 또는 12개)의 항체로 본질적으로 이루어지거나, 이로 이루어진 키트가 본원에 제공된다. 일부 예에서, 3개 이상의 항체의 임의의 조합이 표지된다(예를 들어, 방사성동위원소, 형광단 또는 소광제 사용).

키트의 일부 예는 하나 이상의 엑소좀 단백질 마커(예를 들어, 아쿠아포린-2, TSG101 및/또는 ALIX)에 특이적으로 결합하는 항체를 추가로 포함한다. 키트의 일부 예는 하나 이상의 양성 대조군 재조합 단백질(예를 들어, 분리된 재조합 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6, pS6, pERK, Akt, pAkt, 카스파제-2 및 RBBP를 추가로 포함한다. 일부 예에서, 적어도 3개의 항체는 Fc 도메인에 의해 고체 표면(예를 들어, 칩, 비드 또는 멤브레인)에 공유적으로 부착된다.

본원에 기재된 키트의 일부 예는 생물학적 유체를 함유하는 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는데 사용하기 위한 하나 이상의 시약(예를 들어, 나노멤브레인 필터 및/또는 엑소좀의 표면상에 존재하는 에피토프에 특이적으로 결합하는 항체로 코팅된 비드)을 추가로 포함한다.

일부 키트는 PKD 환자(예를 들어, PKD의 중증도가 알려져 있는 PKD 환자) 또는 PKD의 동물 모델(예를 들어, 실시예에 기재된 동물 모델 중 임의의 것)으로부터의 생물학적 유체를 함유하는 시료(예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체를 함유하는 시료)를 추가로 함유한다.

본 발명은 청구범위에 기재된 본 발명의 범주를 제한하지 않는 하기의 실시예에 추가로 기재되어 있다.

실시예

실시예 1. PKD의 치료 효능의 결정, PKD의 진단, PKD의 모니터링 및 PKD의 병기결정 방법에 유용한 바이오마커의 확인

일련의 실험을 수행하여, 일련의 바이오마커가 PKD의 치료 효능의 결정 및 PKD의 진단, 모니터링 및 병기결정 방법에 유용할지 여부를 결정하였다.

재료 및 방법

동물 및 소변 수집

C57BL/6J jck/+ 마우스를 교배를 위해 유지하였다. 낭성 jck/jck 마우스를 이전에 기재된 바와 같이 유전형 분석하였다(문헌[Smith et al., J. Am. Soc. Nephrol. 17:2821-2831, 2006]). Pcy 마우스를 이전에 기재된 바와 같이 CD1 유전적 백그라운드에서 유지시켰다(문헌[Takahashi et al., J. Am. Soc. Nephrol. 1:980-989, 1991]). GCS 억제제 C9를 분말 5053 식이에 0.225%로 혼합함으로써 각각 26 내지 64일 및 4 내지 30주령에 jck 및 pcy 마우스에게 자유롭게 투여하였다(문헌[Natoli et al., Nature Medicine 16:788-792, 2010]에 기재된 바와 같음). 마우스로부터의 소변 시료를 24시간 기간에 걸쳐 대사 케이지에서 수집하고, -80℃에 보관하였다.

인간 환자 시료 수집

정상 및 PKD 인간 환자 신장 시료를 미국 국립 질병 연구소(National Disease Research Institute; NDRI)로부터 구입하였다. 상염색체 우성 PKD 소변 시료를 토론토 대학(University of Toronto)에서 수집하고, 모든 환자에게 사전 동의를 받았다. 약술하면, 중간 배설 아침 소변 시편을 수집하고, 완전한 프로테이나제 억제제 칵테일(Complete proteinase inhibitor cocktail)(스위스 바젤 소재의 로슈(Roche))로 안정화시켰다. 소변을 2000 x g에서 10분 동안 원심분리하여, 세포 데브리스를 제거하고, -80℃에 보관하였다. 총 신장 부피(TKV)를 자기 공명 영상화(MRI)(가돌리늄 부재)에 의해 상염색체 우성 PKD 환자에서 정량화하였다. 연구에 참여한 각 인간 상염색체 우성 PKD 인간 환자의 프로파일은 하기 표 2에 나타나 있다.

[표 2]

소변 엑소좀의 분리

엑소좀을 2시간 동안 100,000 g에서의 초원심분리에 의해 풀링된 소변 시료(동물 연구) 또는 중간 배설 소변 시료(인간 시료)로부터 분리하였다. 초원심분리 후에, 엑소좀 펠렛을 황산도데실나트륨-폴리아크릴아미드 겔 전기영동(SDS-PAGE) 및 면역블롯 분석을 위해 2.5 x 램라이(Laemmli) 완충제(5X: 15% SDS, 0.575 M 수크로스, 0.325 M 트리스(Tris), pH 6.8, 5% 베타-머캅토 에탄올 및 0.002% 브로모페놀 블루)에서 재현탁화시켰다.

면역블롯 분석

신장 시료를 1 mM 디티오트레이톨, 5 mM 에틸렌디아민테트라아세트산(EDTA), 2 mM NaF, 1 mM Na₃VO₄(미국 미주리주 세인트 루이스 소재의 시그마-알드리치(Sigma-Aldrich)에 의해 모두 공급), 페파블록(Pefabloc) SC 및 완전한 프로테아제 억제제 칵테일(둘 모두 스위스 바젤 소재의 로슈)를 함유하는 방사성면역침전 검정(RIPA) 완충제(미국 매사추세츠주 애슐랜드 소재의 보스톤 바이오프로덕츠(Boston BioProducts)) 중에 얼음에서 균질화시켰다. BCA 단백질 검정(미국 일리노이주 록포드 소재의 피어스(Pierce))에 의해 단백질 농도를 측정하였다. 시료를 제조처의 프로토콜(미국 뉴욕주 그랜드 아일랜드 소재의 인비트로겐(Invitrogen))에 따라 4 내지 12% NuPage Bis-Tris 겔 상으로 로딩하였다. 니트로셀룰로스 상으로의 겔 내의 단백질의 전기영동 전달을 제조처의 지침(인비트로겐)에 따라 반건식 장치에서 수행하였다. 전기영동 전달 후에, 얻어진 멤브레인을 0.1% Tween-20을 함유하는 트리스-완충 염수(TBS) 중 5% 무지방유로 블로킹하고, 4℃에서 하룻밤 일차 항체와 함께 인큐베이션시켰다. 일차 항체를 1:10,000 희석률에서 서양고추냉이 퍼옥시다제-표지 이차 항체로 검출하였다(미국 위스콘신주 피츠버그 소재의 프로메가(Promega)). 면역반응성 단백질은 증강 화학발광(미국 위스콘신주 워와토서 소재의 지이 헬쓰케어(GE Healthcare) 및 미국 매사추세츠주 월섬 소재의 써모 사이언티픽(Thermo Scientific))에 의해 드러났다. 하기의 항원에 대한 일차 항체를 사용하였다: PCNA(미국 캘리포니아주 카핀테리아 소재의 다코(DAKO)), 사이클린 D1, S6, 포스포-S6(Ser235/236), 포스포-AKT(ser473), 전체 ERK, 포스포-ERK(Thr202/Tyr204)(미국 매사추세츠주 댄버스 소재의 셀 시그널링 테크놀로지(Cell Signaling Technology)), 사이클린 D3, 전체 AKT, 카스파제-2, RBBP(미국 매사추세츠주 빌레리카 소재의 비디 바이오사이언스즈(BD Biosciences)), MEK1(미국 뉴욕주 레이크 플라시드 소재의 업스테이트 바이오테크놀로지(Upstate Biotechnology)), 아쿠아포린-2(미국 매사추세츠주 빌레리카 소재의 밀리포어(Millipore)), β-액틴, TSG101(미각 매사추세츠주 캠브리지 소재의 아브캄(Abcam)), ALIX(미국 텍사스주 달라스 소재의 산타 크루즈 바이오테크놀로지(Santa Cruz Biotechnology)) 및 GAPDH(미국 매사추세츠주 세일럼 소재의 유에스 바이올로지컬(US Biological)).

결과

예비임상 및 임상 환경 둘 모두에서 인간 환자에서의 PKD의 정확한 진단 및 평가를 위해 사용될 수 있는 마커를 3-단계 방법 및 PKD 인간 환자 및 PKD의 마우스 모델 둘 모두로부터의 시료를 사용하여 확인하였다. 제1 단계에서, 정상 대조군 마우스에 비하여 jck 마우스(PKD의 마우스 모델)에서 차등적으로 발현되는 마커를 확인하였다. 세포 주기, Akt/mTOR를 포함하는 몇몇의 상이한 경로로부터의 마커를 확인하였으며, 아폽토시스 및 유사분열촉진 캐스케이드의 단백질은 대조군 마우스에 비하여 jck 마우스의 소변으로부터 정제된 엑소좀에서 유의미하게 상승하였다(도 1). 도 1의 데이터는 단백질 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, Erk, 인산화-Akt, Akt, 인산화 S6 및 카스파제-2의 수준이 대조군에 비하여 jck 마우스로부터의 소변 엑소좀에서 상승되는 것을 보여준다. 또한, 도 1의 데이터는 단백질 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, 인산화 Erk, Erk, 인산화 Akt, Akt, 인산화 S6 및 카스파제-2의 수준이 건강한 대조군에 비하여 인간 PKD 환자 및 jck 마우스로부터의 신장 용해물 시료에서 상승되는 것을 보여준다. 이들 데이터는 본원에 기재된 마커의 수준이 환자를 PKD를 갖는 것으로 진단하는데 사용될 수 있는 것을 시사한다.

추가의 세트의 실험을 수행하여, 동일한 마커가 PKD를 갖는 환자에서 PKD에 대한 치료제의 효능을 결정하는데 사용될 수 있는지 여부를 결정하였다. 이들 실험에서, 5주 동안 지속적으로 GCS 억제제 C9로 처치한 jck 마우스로부터의 소변 시료를 모으고(도 2), 각 바이오마커의 수준을 소변 엑소좀 및 신장 용해물 시료에서 분석하였다. 대조군 마우스에 비하여 GCS 억제제를 제공한 jck 마우스에서의 신장 용해물 시료 및 소변 엑소좀 둘 모두에서 바이오마커에 대한 수준의 감소가 관찰되었다(도 3). 예를 들어, 이들 데이터는 세포 주기 마커(PCNA, 사이클린 D1 및 사이클린 D3) 및 유사분열촉진 마커, MEK 및 Akt/mTOR 관련 마커, S6의 발현이 GCS 억제제로의 처치에 반응하여, 생물학적 유체(예를 들어, 엑소좀에 대하여 농축된 생물학적 유체(예를 들어, 소변)를 포함하는 시료 또는 소변)에서 강력하게 감소되는 것을 시사한다. 도 3의 데이터는 예를 들어, PCNA, 사이클린 D3, RBBP, MEK, Erk, 인산화 ERK, Akt, 인산화 Akt, S6, 인산화 S6 및 카스파제-2의 수준이 대조군 마우스로부터의 신장 용해물 시료에서의 수준에 비하여 GCS 억제제로 처치된 jck 마우스로부터의 신장 용해물 시료에서 감소되는 것을 보여준다. 또한, 도 3의 데이터는 예를 들어, PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK 및 S6의 수준이 대조군 마우스로부터의 소변 엑소좀에서의 수준에 비하여 GCS 억제제로 처치된 jck 마우스로부터의 소변 엑소좀에서 감소되는 것을 보여준다. 이들 데이터는 본원에 기재된 마커의 수준을 사용하여, PKD를 갖는 인간 환자에서 PKD의 치료제(예를 들어, GCS 억제제)의 효능을 결정할 수 있음을 시사한다.

추가의 세트의 실험을 수행하여, PKD를 갖는 인간 환자를 진단하고, PKD를 갖는 인간 환자에서 치료의 효능을 결정하기 위한 본원에 기재된 마커의 용도를 입증하였다. 이들 실험에서, 다른 PKD의 마우스 모델, pcy 마우스를 사용하였다. pcy 마우스 모델은 낭종 형성 및 섬유증을 특징으로 하는 천천히 진행하는 성인형의 PKD이다. GCS 억제제 C9로의 pcy 마우스의 처치에 의해, 낭종발생(cystogenesis) 및 섬유발생의 효과적인 억제가 초래된다(문헌[Natoli et al., Nature Medicine 16:788-792, 2010]). 이들 실험에서, pcy 마우스를 30주 동안 미처치한 채 놔두거나, GCS 억제제 C9로 처치한 다음, 본원에 기재된 마커의 발현 수준을 신장 용해물 및 소변 엑소좀 시료 둘 모두에서 결정하였다. 이들 실험으로부터의 데이터는 마커의 수준이 미처치 마우스에서의 상응하는 수준에 비하여 GCS 억제제 C9로 처치된 pcy 마우스로부터의 신장 용해물 시료 및 소변 엑소좀 시료 둘 모두에서 감소되었음을 보여준다(도 4). 예를 들어, 도 4의 데이터는 PCNA, 인산화 Erk, 인산화 Akt, S6 및 인산화 S6의 수준이 미처치 마우스에 비하여 GCS 억제제 C9로 처치된 pcy 마우스로부터의 신장 용해물 시료에서 감소되는 것을 보여준다. 또한, 도 4의 데이터는 예를 들어, PCNA, 인산화 Erk, 인산화 Akt 및 S6의 수준이 미처치 마우스에 비하여 GCS 억제제 C9로 처치된 pcy 마우스로부터의 소변 엑소좀에서 감소되는 것을 보여준다.

추가의 세트의 실험을 수행하여, 본원에 기재된 마커의 수준이 환자에서 PKD의 병기를 결정하기 위해 사용될 수 있는지 여부를 결정하였다. 이들 실험에서, 본원에 기재된 마커의 수준을 상이한 병기의 PKD(I기 내지 V기, 각 환자에 대하여 측정된 총 신장 부피 및 높이-조정 총 신장 부피에 의해 입증되고, 도 5에 나타낸 바와 같음)를 갖는 13명의 인간 PKD 환자의 모집단으로부터의 소변 엑소좀에서 결정하였다. 얻어진 데이터는 본원에 기재된 마커의 수준이 각각의 PKD의 병기의 진행에 걸쳐 더욱 상승되는 것을 보여준다. 예를 들어, 도 5의 데이터는 소변 엑소좀 시료에서의 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 인산화 S6의 수준이 PKD 병기의 악화를 갖는 환자에서 점진적으로 상승되는 것을 보여준다. 이들 데이터는 본원에 기재된 마커를 사용하여 인간 환자에서 PKD의 병기를 결정할 수 있음을 보여준다.

요약하면, 본원에 제공된 데이터는 본원에 기재된 마커를 사용하여 환자에서 PKD의 치료의 효능을 정확하게 결정하고, 환자에서 PKD를 정확하게 진단하고, 모니터링하고, 병기 결정할 수 있음을 입증한다.

다른 구현예

본 발명이 그의 상세한 설명과 함께 기재되지만, 전술한 설명은 본 발명을 예시하려는 의도이며, 그의 범주를 제한하지 않으며, 이는 첨부된 청구범위의 범주에 의해 정의되는 것이 이해되어야 한다. 다른 양태, 이점 및 변형이 하기의 청구범위의 범주 내에 있다.

[표 1] 단일의 마커 및 마커의 조합의 예

SEQUENCE LISTING <110> Genzyme Corporation Beskrovnaya, Oxana Bukanov, Nikolai Moreno, Sarah <120> Biomarkers of Polycystic Kidney Disease and Uses Thereof <130> 37488-0044WO1 <150> US 62/033,031 <151> 2014-08-04 <160> 16 <170> FastSEQ for Windows Version 4.0 <210> 1 <211> 261 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Phe Glu Ala Arg Leu Val Gln Gly Ser Ile Leu Lys Lys Val Leu 1 5 10 15 Glu Ala Leu Lys Asp Leu Ile Asn Glu Ala Cys Trp Asp Ile Ser Ser 20 25 30 Ser Gly Val Asn Leu Gln Ser Met Asp Ser Ser His Val Ser Leu Val 35 40 45 Gln Leu Thr Leu Arg Ser Glu Gly Phe Asp Thr Tyr Arg Cys Asp Arg 50 55 60 Asn Leu Ala Met Gly Val Asn Leu Thr Ser Met Ser Lys Ile Leu Lys 65 70 75 80 Cys Ala Gly Asn Glu Asp Ile Ile Thr Leu Arg Ala Glu Asp Asn Ala 85 90 95 Asp Thr Leu Ala Leu Val Phe Glu Ala Pro Asn Gln Glu Lys Val Ser 100 105 110 Asp Tyr Glu Met Lys Leu Met Asp Leu Asp Val Glu Gln Leu Gly Ile 115 120 125 Pro Glu Gln Glu Tyr Ser Cys Val Val Lys Met Pro Ser Gly Glu Phe 130 135 140 Ala Arg Ile Cys Arg Asp Leu Ser His Ile Gly Asp Ala Val Val Ile 145 150 155 160 Ser Cys Ala Lys Asp Gly Val Lys Phe Ser Ala Ser Gly Glu Leu Gly 165 170 175 Asn Gly Asn Ile Lys Leu Ser Gln Thr Ser Asn Val Asp Lys Glu Glu 180 185 190 Glu Ala Val Thr Ile Glu Met Asn Glu Pro Val Gln Leu Thr Phe Ala 195 200 205 Leu Arg Tyr Leu Asn Phe Phe Thr Lys Ala Thr Pro Leu Ser Ser Thr 210 215 220 Val Thr Leu Ser Met Ser Ala Asp Val Pro Leu Val Val Glu Tyr Lys 225 230 235 240 Ile Ala Asp Met Gly His Leu Lys Tyr Tyr Leu Ala Pro Lys Ile Glu 245 250 255 Asp Glu Glu Gly Ser 260 <210> 2 <211> 295 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Met Glu His Gln Leu Leu Cys Cys Glu Val Glu Thr Ile Arg Arg Ala 1 5 10 15 Tyr Pro Asp Ala Asn Leu Leu Asn Asp Arg Val Leu Arg Ala Met Leu 20 25 30 Lys Ala Glu Glu Thr Cys Ala Pro Ser Val Ser Tyr Phe Lys Cys Val 35 40 45 Gln Lys Glu Val Leu Pro Ser Met Arg Lys Ile Val Ala Thr Trp Met 50 55 60 Leu Glu Val Cys Glu Glu Gln Lys Cys Glu Glu Glu Val Phe Pro Leu 65 70 75 80 Ala Met Asn Tyr Leu Asp Arg Phe Leu Ser Leu Glu Pro Val Lys Lys 85 90 95 Ser Arg Leu Gln Leu Leu Gly Ala Thr Cys Met Phe Val Ala Ser Lys 100 105 110 Met Lys Glu Thr Ile Pro Leu Thr Ala Glu Lys Leu Cys Ile Tyr Thr 115 120 125 Asp Asn Ser Ile Arg Pro Glu Glu Leu Leu Gln Met Glu Leu Leu Leu 130 135 140 Val Asn Lys Leu Lys Trp Asn Leu Ala Ala Met Thr Pro His Asp Phe 145 150 155 160 Ile Glu His Phe Leu Ser Lys Met Pro Glu Ala Glu Glu Asn Lys Gln 165 170 175 Ile Ile Arg Lys His Ala Gln Thr Phe Val Ala Leu Cys Ala Thr Asp 180 185 190 Val Lys Phe Ile Ser Asn Pro Pro Ser Met Val Ala Ala Gly Ser Val 195 200 205 Val Ala Ala Val Gln Gly Leu Asn Leu Arg Ser Pro Asn Asn Phe Leu 210 215 220 Ser Tyr Tyr Arg Leu Thr Arg Phe Leu Ser Arg Val Ile Lys Cys Asp 225 230 235 240 Pro Asp Cys Leu Arg Ala Cys Gln Glu Gln Ile Glu Ala Leu Leu Glu 245 250 255 Ser Ser Leu Arg Gln Ala Gln Gln Asn Met Asp Pro Lys Ala Ala Glu 260 265 270 Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Glu Val Asp Leu Ala Cys Thr Pro Thr 275 280 285 Asp Val Arg Asp Val Asp Ile 290 295 <210> 3 <211> 292 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 3 Met Glu Leu Leu Cys Cys Glu Gly Thr Arg His Ala Pro Arg Ala Gly 1 5 10 15 Pro Asp Pro Arg Leu Leu Gly Asp Gln Arg Val Leu Gln Ser Leu Leu 20 25 30 Arg Leu Glu Glu Arg Tyr Val Pro Arg Ala Ser Tyr Phe Gln Cys Val 35 40 45 Gln Arg Glu Ile Lys Pro His Met Arg Lys Met Leu Ala Tyr Trp Met 50 55 60 Leu Glu Val Cys Glu Glu Gln Arg Cys Glu Glu Glu Val Phe Pro Leu 65 70 75 80 Ala Met Asn Tyr Leu Asp Arg Tyr Leu Ser Cys Val Pro Thr Arg Lys 85 90 95 Ala Gln Leu Gln Leu Leu Gly Ala Val Cys Met Leu Leu Ala Ser Lys 100 105 110 Leu Arg Glu Thr Thr Pro Leu Thr Ile Glu Lys Leu Cys Ile Tyr Thr 115 120 125 Asp His Ala Val Ser Pro Arg Gln Leu Arg Asp Trp Glu Val Leu Val 130 135 140 Leu Gly Lys Leu Lys Trp Asp Leu Ala Ala Val Ile Ala His Asp Phe 145 150 155 160 Leu Ala Phe Ile Leu His Arg Leu Ser Leu Pro Arg Asp Arg Gln Ala 165 170 175 Leu Val Lys Lys His Ala Gln Thr Phe Leu Ala Leu Cys Ala Thr Asp 180 185 190 Tyr Thr Phe Ala Met Tyr Pro Pro Ser Met Ile Ala Thr Gly Ser Ile 195 200 205 Gly Ala Ala Val Gln Gly Leu Gly Ala Cys Ser Met Ser Gly Asp Glu 210 215 220 Leu Thr Glu Leu Leu Ala Gly Ile Thr Gly Thr Glu Val Asp Cys Leu 225 230 235 240 Arg Ala Cys Gln Glu Gln Ile Glu Ala Ala Leu Arg Glu Ser Leu Arg 245 250 255 Glu Ala Ser Gln Thr Ser Ser Ser Pro Ala Pro Lys Ala Pro Arg Gly 260 265 270 Ser Ser Ser Gln Gly Pro Ser Gln Thr Ser Thr Pro Thr Asp Val Thr 275 280 285 Ala Ile His Leu 290 <210> 4 <211> 393 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 4 Met Pro Lys Lys Lys Pro Thr Pro Ile Gln Leu Asn Pro Ala Pro Asp 1 5 10 15 Gly Ser Ala Val Asn Gly Thr Ser Ser Ala Glu Thr Asn Leu Glu Ala 20 25 30 Leu Gln Lys Lys Leu Glu Glu Leu Glu Leu Asp Glu Gln Gln Arg Lys 35 40 45 Arg Leu Glu Ala Phe Leu Thr Gln Lys Gln Lys Val Gly Glu Leu Lys 50 55 60 Asp Asp Asp Phe Glu Lys Ile Ser Glu Leu Gly Ala Gly Asn Gly Gly 65 70 75 80 Val Val Phe Lys Val Ser His Lys Pro Ser Gly Leu Val Met Ala Arg 85 90 95 Lys Leu Ile His Leu Glu Ile Lys Pro Ala Ile Arg Asn Gln Ile Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Gln Val Leu His Glu Cys Asn Ser Pro Tyr Ile Val Gly 115 120 125 Phe Tyr Gly Ala Phe Tyr Ser Asp Gly Glu Ile Ser Ile Cys Met Glu 130 135 140 His Met Asp Gly Gly Ser Leu Asp Gln Val Leu Lys Lys Ala Gly Arg 145 150 155 160 Ile Pro Glu Gln Ile Leu Gly Lys Val Ser Ile Ala Val Ile Lys Gly 165 170 175 Leu Thr Tyr Leu Arg Glu Lys His Lys Ile Met His Arg Asp Val Lys 180 185 190 Pro Ser Asn Ile Leu Val Asn Ser Arg Gly Glu Ile Lys Leu Cys Asp 195 200 205 Phe Gly Val Ser Gly Gln Leu Ile Asp Ser Met Ala Asn Ser Phe Val 210 215 220 Gly Thr Arg Ser Tyr Met Ser Pro Glu Arg Leu Gln Gly Thr His Tyr 225 230 235 240 Ser Val Gln Ser Asp Ile Trp Ser Met Gly Leu Ser Leu Val Glu Met 245 250 255 Ala Val Gly Arg Tyr Pro Ile Pro Pro Pro Asp Ala Lys Glu Leu Glu 260 265 270 Leu Met Phe Gly Cys Gln Val Glu Gly Asp Ala Ala Glu Thr Pro Pro 275 280 285 Arg Pro Arg Thr Pro Gly Arg Pro Leu Ser Ser Tyr Gly Met Asp Ser 290 295 300 Arg Pro Pro Met Ala Ile Phe Glu Leu Leu Asp Tyr Ile Val Asn Glu 305 310 315 320 Pro Pro Pro Lys Leu Pro Ser Gly Val Phe Ser Leu Glu Phe Gln Asp 325 330 335 Phe Val Asn Lys Cys Leu Ile Lys Asn Pro Ala Glu Arg Ala Asp Leu 340 345 350 Lys Gln Leu Met Val His Ala Phe Ile Lys Arg Ser Asp Ala Glu Glu 355 360 365 Val Asp Phe Ala Gly Trp Leu Cys Ser Thr Ile Gly Leu Asn Gln Pro 370 375 380 Ser Thr Pro Thr His Ala Ala Gly Val 385 390 <210> 5 <211> 367 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 5 Met Pro Lys Lys Lys Pro Thr Pro Ile Gln Leu Asn Pro Ala Pro Asp 1 5 10 15 Gly Ser Ala Val Asn Gly Thr Ser Ser Ala Glu Thr Asn Leu Glu Ala 20 25 30 Leu Gln Lys Lys Leu Glu Glu Leu Glu Leu Asp Glu Gln Gln Arg Lys 35 40 45 Arg Leu Glu Ala Phe Leu Thr Gln Lys Gln Lys Val Gly Glu Leu Lys 50 55 60 Asp Asp Asp Phe Glu Lys Ile Ser Glu Leu Gly Ala Gly Asn Gly Gly 65 70 75 80 Val Val Phe Lys Val Ser His Lys Pro Ser Gly Leu Val Met Ala Arg 85 90 95 Lys Leu Ile His Leu Glu Ile Lys Pro Ala Ile Arg Asn Gln Ile Ile 100 105 110 Arg Glu Leu Gln Val Leu His Glu Cys Asn Ser Pro Tyr Ile Val Gly 115 120 125 Phe Tyr Gly Ala Phe Tyr Ser Asp Gly Glu Ile Ser Ile Cys Met Glu 130 135 140 His Met Val Ile Lys Gly Leu Thr Tyr Leu Arg Glu Lys His Lys Ile 145 150 155 160 Met His Arg Asp Val Lys Pro Ser Asn Ile Leu Val Asn Ser Arg Gly 165 170 175 Glu Ile Lys Leu Cys Asp Phe Gly Val Ser Gly Gln Leu Ile Asp Ser 180 185 190 Met Ala Asn Ser Phe Val Gly Thr Arg Ser Tyr Met Ser Pro Glu Arg 195 200 205 Leu Gln Gly Thr His Tyr Ser Val Gln Ser Asp Ile Trp Ser Met Gly 210 215 220 Leu Ser Leu Val Glu Met Ala Val Gly Arg Tyr Pro Ile Pro Pro Pro 225 230 235 240 Asp Ala Lys Glu Leu Glu Leu Met Phe Gly Cys Gln Val Glu Gly Asp 245 250 255 Ala Ala Glu Thr Pro Pro Arg Pro Arg Thr Pro Gly Arg Pro Leu Ser 260 265 270 Ser Tyr Gly Met Asp Ser Arg Pro Pro Met Ala Ile Phe Glu Leu Leu 275 280 285 Asp Tyr Ile Val Asn Glu Pro Pro Pro Lys Leu Pro Ser Gly Val Phe 290 295 300 Ser Leu Glu Phe Gln Asp Phe Val Asn Lys Cys Leu Ile Lys Asn Pro 305 310 315 320 Ala Glu Arg Ala Asp Leu Lys Gln Leu Met Val His Ala Phe Ile Lys 325 330 335 Arg Ser Asp Ala Glu Glu Val Asp Phe Ala Gly Trp Leu Cys Ser Thr 340 345 350 Ile Gly Leu Asn Gln Pro Ser Thr Pro Thr His Ala Ala Gly Val 355 360 365 <210> 6 <211> 249 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 6 Met Lys Leu Asn Ile Ser Phe Pro Ala Thr Gly Cys Gln Lys Leu Ile 1 5 10 15 Glu Val Asp Asp Glu Arg Lys Leu Arg Thr Phe Tyr Glu Lys Arg Met 20 25 30 Ala Thr Glu Val Ala Ala Asp Ala Leu Gly Glu Glu Trp Lys Gly Tyr 35 40 45 Val Val Arg Ile Ser Gly Gly Asn Asp Lys Gln Gly Phe Pro Met Lys 50 55 60 Gln Gly Val Leu Thr His Gly Arg Val Arg Leu Leu Leu Ser Lys Gly 65 70 75 80 His Ser Cys Tyr Arg Pro Arg Arg Thr Gly Glu Arg Lys Arg Lys Ser 85 90 95 Val Arg Gly Cys Ile Val Asp Ala Asn Leu Ser Val Leu Asn Leu Val 100 105 110 Ile Val Lys Lys Gly Glu Lys Asp Ile Pro Gly Leu Thr Asp Thr Thr 115 120 125 Val Pro Arg Arg Leu Gly Pro Lys Arg Ala Ser Arg Ile Arg Lys Leu 130 135 140 Phe Asn Leu Ser Lys Glu Asp Asp Val Arg Gln Tyr Val Val Arg Lys 145 150 155 160 Pro Leu Asn Lys Glu Gly Lys Lys Pro Arg Thr Lys Ala Pro Lys Ile 165 170 175 Gln Arg Leu Val Thr Pro Arg Val Leu Gln His Lys Arg Arg Arg Ile 180 185 190 Ala Leu Lys Lys Gln Arg Thr Lys Lys Asn Lys Glu Glu Ala Ala Glu 195 200 205 Tyr Ala Lys Leu Leu Ala Lys Arg Met Lys Glu Ala Lys Glu Lys Arg 210 215 220 Gln Glu Gln Ile Ala Lys Arg Arg Arg Leu Ser Ser Leu Arg Ala Ser 225 230 235 240 Thr Ser Lys Ser Glu Ser Ser Gln Lys 245 <210> 7 <211> 379 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 7 Met Ala Ala Ala Ala Ala Gln Gly Gly Gly Gly Gly Glu Pro Arg Arg 1 5 10 15 Thr Glu Gly Val Gly Pro Gly Val Pro Gly Glu Val Glu Met Val Lys 20 25 30 Gly Gln Pro Phe Asp Val Gly Pro Arg Tyr Thr Gln Leu Gln Tyr Ile 35 40 45 Gly Glu Gly Ala Tyr Gly Met Val Ser Ser Ala Tyr Asp His Val Arg 50 55 60 Lys Thr Arg Val Ala Ile Lys Lys Ile Ser Pro Phe Glu His Gln Thr 65 70 75 80 Tyr Cys Gln Arg Thr Leu Arg Glu Ile Gln Ile Leu Leu Arg Phe Arg 85 90 95 His Glu Asn Val Ile Gly Ile Arg Asp Ile Leu Arg Ala Ser Thr Leu 100 105 110 Glu Ala Met Arg Asp Val Tyr Ile Val Gln Asp Leu Met Glu Thr Asp 115 120 125 Leu Tyr Lys Leu Leu Lys Ser Gln Gln Leu Ser Asn Asp His Ile Cys 130 135 140 Tyr Phe Leu Tyr Gln Ile Leu Arg Gly Leu Lys Tyr Ile His Ser Ala 145 150 155 160 Asn Val Leu His Arg Asp Leu Lys Pro Ser Asn Leu Leu Ile Asn Thr 165 170 175 Thr Cys Asp Leu Lys Ile Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Ile Ala Asp 180 185 190 Pro Glu His Asp His Thr Gly Phe Leu Thr Glu Tyr Val Ala Thr Arg 195 200 205 Trp Tyr Arg Ala Pro Glu Ile Met Leu Asn Ser Lys Gly Tyr Thr Lys 210 215 220 Ser Ile Asp Ile Trp Ser Val Gly Cys Ile Leu Ala Glu Met Leu Ser 225 230 235 240 Asn Arg Pro Ile Phe Pro Gly Lys His Tyr Leu Asp Gln Leu Asn His 245 250 255 Ile Leu Gly Ile Leu Gly Ser Pro Ser Gln Glu Asp Leu Asn Cys Ile 260 265 270 Ile Asn Met Lys Ala Arg Asn Tyr Leu Gln Ser Leu Pro Ser Lys Thr 275 280 285 Lys Val Ala Trp Ala Lys Leu Phe Pro Lys Ser Asp Ser Lys Ala Leu 290 295 300 Asp Leu Leu Asp Arg Met Leu Thr Phe Asn Pro Asn Lys Arg Ile Thr 305 310 315 320 Val Glu Glu Ala Leu Ala His Pro Tyr Leu Glu Gln Tyr Tyr Asp Pro 325 330 335 Thr Asp Glu Pro Val Ala Glu Glu Pro Phe Thr Phe Ala Met Glu Leu 340 345 350 Asp Asp Leu Pro Lys Glu Arg Leu Lys Glu Leu Ile Phe Gln Glu Thr 355 360 365 Ala Arg Phe Gln Pro Gly Val Leu Glu Ala Pro 370 375 <210> 8 <211> 335 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 8 Met Ala Ala Ala Ala Ala Gln Gly Gly Gly Gly Gly Glu Pro Arg Arg 1 5 10 15 Thr Glu Gly Val Gly Pro Gly Val Pro Gly Glu Val Glu Met Val Lys 20 25 30 Gly Gln Pro Phe Asp Val Gly Pro Arg Tyr Thr Gln Leu Gln Tyr Ile 35 40 45 Gly Glu Gly Ala Tyr Gly Met Val Ser Ser Ala Tyr Asp His Val Arg 50 55 60 Lys Thr Arg Val Ala Ile Lys Lys Ile Ser Pro Phe Glu His Gln Thr 65 70 75 80 Tyr Cys Gln Arg Thr Leu Arg Glu Ile Gln Ile Leu Leu Arg Phe Arg 85 90 95 His Glu Asn Val Ile Gly Ile Arg Asp Ile Leu Arg Ala Ser Thr Leu 100 105 110 Glu Ala Met Arg Asp Val Tyr Ile Val Gln Asp Leu Met Glu Thr Asp 115 120 125 Leu Tyr Lys Leu Leu Lys Ser Gln Gln Leu Ser Asn Asp His Ile Cys 130 135 140 Tyr Phe Leu Tyr Gln Ile Leu Arg Gly Leu Lys Tyr Ile His Ser Ala 145 150 155 160 Asn Val Leu His Arg Asp Leu Lys Pro Ser Asn Leu Leu Ile Asn Thr 165 170 175 Thr Cys Asp Leu Lys Ile Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Ile Ala Asp 180 185 190 Pro Glu His Asp His Thr Gly Phe Leu Thr Glu Tyr Val Ala Thr Arg 195 200 205 Trp Tyr Arg Ala Pro Glu Ile Met Leu Asn Ser Lys Gly Tyr Thr Lys 210 215 220 Ser Ile Asp Ile Trp Ser Val Gly Cys Ile Leu Ala Glu Met Leu Ser 225 230 235 240 Asn Arg Pro Ile Phe Pro Gly Lys His Tyr Leu Asp Gln Leu Asn His 245 250 255 Ile Leu Ala Leu Asp Leu Leu Asp Arg Met Leu Thr Phe Asn Pro Asn 260 265 270 Lys Arg Ile Thr Val Glu Glu Ala Leu Ala His Pro Tyr Leu Glu Gln 275 280 285 Tyr Tyr Asp Pro Thr Asp Glu Pro Val Ala Glu Glu Pro Phe Thr Phe 290 295 300 Ala Met Glu Leu Asp Asp Leu Pro Lys Glu Arg Leu Lys Glu Leu Ile 305 310 315 320 Phe Gln Glu Thr Ala Arg Phe Gln Pro Gly Val Leu Glu Ala Pro 325 330 335 <210> 9 <211> 357 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 9 Met Ala Ala Ala Ala Ala Gln Gly Gly Gly Gly Gly Glu Pro Arg Arg 1 5 10 15 Thr Glu Gly Val Gly Pro Gly Val Pro Gly Glu Val Glu Met Val Lys 20 25 30 Gly Gln Pro Phe Asp Val Gly Pro Arg Tyr Thr Gln Leu Gln Tyr Ile 35 40 45 Gly Glu Gly Ala Tyr Gly Met Val Ser Ser Ala Tyr Asp His Val Arg 50 55 60 Lys Thr Arg Val Ala Ile Lys Lys Ile Ser Pro Phe Glu His Gln Thr 65 70 75 80 Tyr Cys Gln Arg Thr Leu Arg Glu Ile Gln Ile Leu Leu Arg Phe Arg 85 90 95 His Glu Asn Val Ile Gly Ile Arg Asp Ile Leu Arg Ala Ser Thr Leu 100 105 110 Glu Ala Met Arg Asp Val Tyr Ile Val Gln Asp Leu Met Glu Thr Asp 115 120 125 Leu Tyr Lys Leu Leu Lys Ser Gln Gln Leu Ser Asn Asp His Ile Cys 130 135 140 Tyr Phe Leu Tyr Gln Ile Leu Arg Gly Leu Lys Tyr Ile His Ser Ala 145 150 155 160 Asn Val Leu His Arg Asp Leu Lys Pro Ser Asn Leu Leu Ile Asn Thr 165 170 175 Thr Cys Asp Leu Lys Ile Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Ile Ala Asp 180 185 190 Pro Glu His Asp His Thr Gly Phe Leu Thr Glu Tyr Val Ala Thr Arg 195 200 205 Trp Tyr Arg Ala Pro Glu Ile Met Leu Asn Ser Lys Gly Tyr Thr Lys 210 215 220 Ser Ile Asp Ile Trp Ser Val Gly Cys Ile Leu Ala Glu Met Leu Ser 225 230 235 240 Asn Arg Pro Ile Phe Pro Gly Lys His Tyr Leu Asp Gln Leu Asn His 245 250 255 Ile Leu Gly Ile Leu Gly Ser Pro Ser Gln Glu Asp Leu Asn Cys Ile 260 265 270 Ile Asn Met Lys Ala Arg Asn Tyr Leu Gln Ser Leu Pro Ser Lys Thr 275 280 285 Lys Val Ala Trp Ala Lys Leu Phe Pro Lys Ser Asp Ser Lys Ala Leu 290 295 300 Asp Leu Leu Asp Arg Met Leu Thr Phe Asn Pro Asn Lys Arg Ile Thr 305 310 315 320 Val Glu Glu Ala Leu Ala His Pro Tyr Leu Glu Gln Tyr Tyr Asp Pro 325 330 335 Thr Asp Glu Val Gly Gln Ser Pro Ala Ala Val Gly Leu Gly Ala Gly 340 345 350 Glu Gln Gly Gly Thr 355 <210> 10 <211> 360 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 10 Met Ala Ala Ala Ala Ala Ala Gly Ala Gly Pro Glu Met Val Arg Gly 1 5 10 15 Gln Val Phe Asp Val Gly Pro Arg Tyr Thr Asn Leu Ser Tyr Ile Gly 20 25 30 Glu Gly Ala Tyr Gly Met Val Cys Ser Ala Tyr Asp Asn Val Asn Lys 35 40 45 Val Arg Val Ala Ile Lys Lys Ile Ser Pro Phe Glu His Gln Thr Tyr 50 55 60 Cys Gln Arg Thr Leu Arg Glu Ile Lys Ile Leu Leu Arg Phe Arg His 65 70 75 80 Glu Asn Ile Ile Gly Ile Asn Asp Ile Ile Arg Ala Pro Thr Ile Glu 85 90 95 Gln Met Lys Asp Val Tyr Ile Val Gln Asp Leu Met Glu Thr Asp Leu 100 105 110 Tyr Lys Leu Leu Lys Thr Gln His Leu Ser Asn Asp His Ile Cys Tyr 115 120 125 Phe Leu Tyr Gln Ile Leu Arg Gly Leu Lys Tyr Ile His Ser Ala Asn 130 135 140 Val Leu His Arg Asp Leu Lys Pro Ser Asn Leu Leu Leu Asn Thr Thr 145 150 155 160 Cys Asp Leu Lys Ile Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Val Ala Asp Pro 165 170 175 Asp His Asp His Thr Gly Phe Leu Thr Glu Tyr Val Ala Thr Arg Trp 180 185 190 Tyr Arg Ala Pro Glu Ile Met Leu Asn Ser Lys Gly Tyr Thr Lys Ser 195 200 205 Ile Asp Ile Trp Ser Val Gly Cys Ile Leu Ala Glu Met Leu Ser Asn 210 215 220 Arg Pro Ile Phe Pro Gly Lys His Tyr Leu Asp Gln Leu Asn His Ile 225 230 235 240 Leu Gly Ile Leu Gly Ser Pro Ser Gln Glu Asp Leu Asn Cys Ile Ile 245 250 255 Asn Leu Lys Ala Arg Asn Tyr Leu Leu Ser Leu Pro His Lys Asn Lys 260 265 270 Val Pro Trp Asn Arg Leu Phe 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His Leu Ser Asn Asp His Ile Cys Tyr 115 120 125 Phe Leu Tyr Gln Ile Leu Arg Gly Leu Lys Tyr Ile His Ser Ala Asn 130 135 140 Val Leu His Arg Asp Leu Lys Pro Ser Asn Leu Leu Leu Asn Thr Thr 145 150 155 160 Cys Asp Leu Lys Ile Cys Asp Phe Gly Leu Ala Arg Val Ala Asp Pro 165 170 175 Asp His Asp His Thr Gly Phe Leu Thr Glu Tyr Val Ala Thr Arg Trp 180 185 190 Tyr Arg Ala Pro Glu Ile Met Leu Asn Ser Lys Gly Tyr Thr Lys Ser 195 200 205 Ile Asp Ile Trp Ser Val Gly Cys Ile Leu Ala Glu Met Leu Ser Asn 210 215 220 Arg Pro Ile Phe Pro Gly Lys His Tyr Leu Asp Gln Leu Asn His Ile 225 230 235 240 Leu Ala Leu Asp Leu Leu Asp Lys Met Leu Thr Phe Asn Pro His Lys 245 250 255 Arg Ile Glu Val Glu Gln Ala Leu Ala His Pro Tyr Leu Glu Gln Tyr 260 265 270 Tyr Asp Pro Ser Asp Glu Pro Ile Ala Glu Ala Pro Phe Lys Phe Asp 275 280 285 Met Glu Leu Asp Asp Leu Pro Lys Glu Lys Leu Lys Glu Leu Ile Phe 290 295 300 Glu Glu Thr Ala Arg Phe Gln Pro Gly Tyr Arg Ser 305 310 315 <210> 12 <211> 480 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 12 Met Ser Asp Val Ala Ile Val Lys Glu Gly Trp Leu His Lys Arg Gly 1 5 10 15 Glu Tyr Ile Lys Thr Trp Arg Pro Arg Tyr Phe Leu Leu Lys Asn Asp 20 25 30 Gly Thr Phe Ile Gly Tyr Lys Glu Arg Pro Gln Asp Val Asp Gln Arg 35 40 45 Glu Ala Pro Leu Asn Asn Phe Ser Val Ala Gln Cys Gln Leu Met Lys 50 55 60 Thr Glu Arg Pro Arg Pro Asn Thr Phe Ile Ile Arg Cys Leu Gln Trp 65 70 75 80 Thr Thr Val Ile Glu Arg Thr Phe His Val Glu Thr Pro Glu Glu Arg 85 90 95 Glu Glu Trp Thr Thr Ala Ile Gln Thr Val Ala Asp Gly Leu Lys Lys 100 105 110 Gln Glu Glu Glu Glu Met Asp Phe Arg Ser Gly Ser Pro Ser Asp Asn 115 120 125 Ser Gly Ala Glu Glu Met Glu Val Ser Leu Ala Lys Pro Lys His Arg 130 135 140 Val Thr Met Asn Glu Phe Glu Tyr Leu Lys Leu Leu Gly Lys Gly Thr 145 150 155 160 Phe Gly Lys Val Ile Leu Val Lys Glu Lys Ala Thr Gly Arg Tyr Tyr 165 170 175 Ala Met Lys Ile Leu Lys Lys Glu Val Ile Val Ala Lys Asp Glu Val 180 185 190 Ala His Thr Leu Thr Glu Asn Arg Val Leu Gln Asn Ser Arg His Pro 195 200 205 Phe Leu Thr Ala Leu Lys Tyr Ser Phe Gln Thr His Asp Arg Leu Cys 210 215 220 Phe Val Met Glu Tyr Ala Asn Gly Gly Glu Leu Phe Phe His Leu Ser 225 230 235 240 Arg Glu Arg Val Phe Ser Glu Asp Arg Ala Arg Phe Tyr Gly Ala Glu 245 250 255 Ile Val Ser Ala Leu Asp Tyr Leu His Ser Glu Lys Asn Val Val Tyr 260 265 270 Arg Asp Leu Lys Leu Glu Asn Leu Met Leu Asp Lys Asp Gly His Ile 275 280 285 Lys Ile Thr Asp Phe Gly Leu Cys Lys Glu Gly Ile Lys Asp Gly Ala 290 295 300 Thr Met Lys Thr Phe Cys Gly Thr Pro Glu Tyr Leu Ala Pro Glu Val 305 310 315 320 Leu Glu Asp Asn Asp Tyr Gly Arg Ala Val Asp Trp Trp Gly Leu Gly 325 330 335 Val Val Met Tyr Glu Met Met Cys Gly Arg Leu Pro Phe Tyr Asn Gln 340 345 350 Asp His Glu Lys Leu Phe Glu Leu Ile Leu Met Glu Glu Ile Arg Phe 355 360 365 Pro Arg Thr Leu Gly Pro Glu Ala Lys Ser Leu Leu Ser Gly Leu Leu 370 375 380 Lys Lys Asp Pro Lys Gln Arg Leu Gly Gly Gly Ser Glu Asp Ala Lys 385 390 395 400 Glu Ile Met Gln His Arg Phe Phe Ala Gly Ile Val Trp Gln His Val 405 410 415 Tyr Glu Lys Lys Leu Ser Pro Pro Phe Lys Pro Gln Val Thr Ser Glu 420 425 430 Thr Asp Thr Arg Tyr Phe Asp Glu Glu Phe Thr Ala Gln Met Ile Thr 435 440 445 Ile Thr Pro Pro Asp Gln Asp Asp Ser Met Glu Cys Val Asp Ser Glu 450 455 460 Arg Arg Pro His Phe Pro Gln Phe Ser Tyr Ser Ala Ser Gly Thr Ala 465 470 475 480 <210> 13 <211> 450 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 13 Met Ala Ala Pro Ser Ala Gly Ser Trp Ser Thr Phe Gln His Lys Glu 1 5 10 15 Leu Met Ala Ala Asp Arg Gly Arg Arg Ile Leu Gly Val Cys Gly Met 20 25 30 His Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu Ala 35 40 45 Lys Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys Asp 50 55 60 Ile Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly Ser 65 70 75 80 Phe Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly Pro 85 90 95 Gln Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu Arg Glu Thr Lys Gln Gly 100 105 110 His Leu Glu Asp Met Leu Leu Thr Thr Leu Ser Gly Leu Gln His Val 115 120 125 Leu Pro Pro Leu Ser Cys Asp Tyr Asp Leu Ser Leu Pro Phe Pro Val 130 135 140 Cys Glu Ser Cys Pro Leu Tyr Lys Lys Leu Arg Leu Ser Thr Asp Thr 145 150 155 160 Val Glu His Ser Leu Asp Asn Lys Asp Gly Pro Val Cys Leu Gln Val 165 170 175 Lys Pro Cys Thr Pro Glu Phe Tyr Gln Thr His Phe Gln Leu Ala Tyr 180 185 190 Arg Leu Gln Ser Arg Pro Arg Gly Leu Ala Leu Val Leu Ser Asn Val 195 200 205 His Phe Thr Gly Glu Lys Glu Leu Glu Phe Arg Ser Gly Gly Asp Val 210 215 220 Asp His Ser Thr Leu Val Thr Leu Phe Lys Leu Leu Gly Tyr Asp Val 225 230 235 240 His Val Leu Cys Asp Gln Thr Ala Gln Glu Met Gln Glu Lys Leu Gln 245 250 255 Asn Phe Ala Gln Leu Pro Ala His Arg Val Thr Asp Ser Cys Ile Val 260 265 270 Ala Leu Leu Ser His Gly Val Glu Gly Ala Ile Tyr Gly Val Asp Gly 275 280 285 Lys Leu Leu Gln Leu Gln Glu Val Phe Gln Leu Phe Asp Asn Ala Asn 290 295 300 Cys Pro Ser Leu Gln Asn Lys Pro Lys Met Phe Phe Ile Gln Ala Cys 305 310 315 320 Arg Gly Asp Glu Thr Asp Arg Gly Val Asp Gln Gln Asp Gly Lys Asn 325 330 335 His Ala Gly Ser Pro Gly Cys Glu Glu Ser Asp Ala Gly Lys Glu Lys 340 345 350 Leu Pro Lys Met Arg Leu Pro Thr Arg Ser Asp Met Ile Cys Gly Tyr 355 360 365 Ala Cys Leu Lys Gly Thr Ala Ala Met Arg Asn Thr Lys Arg Gly Ser 370 375 380 Trp Tyr Ile Glu Ala Leu Ala Gln Val Phe Ser Glu Arg Ala Cys Asp 385 390 395 400 Met His Val Ala Asp Met Leu Val Lys Val Asn Ala Leu Ile Lys Asp 405 410 415 Arg Glu Gly Tyr Ala Pro Gly Thr Glu Phe His Arg Cys Lys Glu Met 420 425 430 Ser Glu Tyr Cys Ser Thr Leu Cys Arg His Leu Tyr Leu Phe Pro Gly 435 440 445 His Pro 450 <210> 14 <211> 313 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 14 Met His Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu 1 5 10 15 Ala Lys Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys 20 25 30 Asp Ile Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly 35 40 45 Ser Phe Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly 50 55 60 Pro Gln Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu Arg Glu Thr Lys Gln 65 70 75 80 Gly His Leu Glu Asp Met Leu Leu Thr Thr Leu Ser Gly Leu Gln His 85 90 95 Val Leu Pro Pro Leu Ser Cys Asp Tyr Asp Leu Ser Leu Pro Phe Pro 100 105 110 Val Cys Glu Ser Cys Pro Leu Tyr Lys Lys Leu Arg Leu Ser Thr Asp 115 120 125 Thr Val Glu His Ser Leu Asp Asn Lys Asp Gly Pro Val Cys Leu Gln 130 135 140 Val Lys Pro Cys Thr Pro Glu Phe Tyr Gln Thr His Phe Gln Leu Ala 145 150 155 160 Tyr Arg Leu Gln Ser Arg Pro Arg Gly Leu Ala Leu Val Leu Ser Asn 165 170 175 Val His Phe Thr Gly Glu Lys Glu Leu Glu Phe Arg Ser Gly Gly Asp 180 185 190 Val Asp His Ser Thr Leu Val Thr Leu Phe Lys Leu Leu Gly Tyr Asp 195 200 205 Val His Val Leu Cys Asp Gln Thr Ala Gln Glu Met Gln Glu Lys Leu 210 215 220 Gln Asn Phe Ala Gln Leu Pro Ala His Arg Val Thr Asp Ser Cys Ile 225 230 235 240 Val Ala Leu Leu Ser His Gly Val Glu Gly Ala Ile Tyr Gly Val Asp 245 250 255 Gly Lys Leu Leu Gln Leu Gln Glu Val Phe Gln Leu Phe Asp Asn Ala 260 265 270 Asn Cys Pro Ser Leu Gln Asn Lys Pro Lys Met Phe Phe Ile Gln Ala 275 280 285 Cys Arg Gly Gly Gly Ala Ile Gly Ser Leu Gly His Leu Leu Leu Phe 290 295 300 Thr Ala Ala Thr Ala Ser Leu Ala Leu 305 310 <210> 15 <211> 91 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 15 Met Ala Ala Asp Arg Gly Arg Arg Ile Leu Gly Val Cys Gly Met His 1 5 10 15 Pro His His Gln Glu Thr Leu Lys Lys Asn Arg Val Val Leu Ala Lys 20 25 30 Gln Leu Leu Leu Ser Glu Leu Leu Glu His Leu Leu Glu Lys Asp Ile 35 40 45 Ile Thr Leu Glu Met Arg Glu Leu Ile Gln Ala Lys Val Gly Ser Phe 50 55 60 Ser Gln Asn Val Glu Leu Leu Asn Leu Leu Pro Lys Arg Gly Pro Gln 65 70 75 80 Ala Phe Asp Ala Phe Cys Glu Ala Leu His Ser 85 90 <210> 16 <211> 425 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 16 Met Ala Asp Lys Glu Ala Ala Phe Asp Asp Ala Val Glu Glu Arg Val 1 5 10 15 Ile Asn Glu Glu Tyr Lys Ile Trp Lys Lys Asn Thr Pro Phe Leu Tyr 20 25 30 Asp Leu Val Met Thr His Ala Leu Glu Trp Pro Ser Leu Thr Ala Gln 35 40 45 Trp Leu Pro Asp Val Thr Arg Pro Glu Gly Lys Asp Phe Ser Ile His 50 55 60 Arg Leu Val Leu Gly Thr His Thr Ser Asp Glu Gln Asn His Leu Val 65 70 75 80 Ile Ala Ser Val Gln Leu Pro Asn Asp Asp Ala Gln Phe Asp Ala Ser 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300 Asn Leu Lys Leu Lys Leu His Ser Phe Glu Ser His Lys Asp Glu Ile 305 310 315 320 Phe Gln Val Gln Trp Ser Pro His Asn Glu Thr Ile Leu Ala Ser Ser 325 330 335 Gly Thr Asp Arg Arg Leu Asn Val Trp Asp Leu Ser Lys Ile Gly Glu 340 345 350 Glu Gln Ser Pro Glu Asp Ala Glu Asp Gly Pro Pro Glu Leu Leu Phe 355 360 365 Ile His Gly Gly His Thr Ala Lys Ile Ser Asp Phe Ser Trp Asn Pro 370 375 380 Asn Glu Pro Trp Val Ile Cys Ser Val Ser Glu Asp Asn Ile Met Gln 385 390 395 400 Val Trp Gln Met Ala Glu Asn Ile Tyr Asn Asp Glu Asp Pro Glu Gly 405 410 415 Ser Val Asp Pro Glu Gly Gln Gly Ser 420 425

Claims

(a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득된 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계;
(c) 상기 제1 시료에서, 증식세포핵항원(Proliferating Cell Nuclear Antigen; PCNA), 사이클린(cyclin) D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제(caspase)-2, 전체 리보솜 단백질 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계;
(d) PKD에 대한 치료제를 상기 PKD 환자에게 투여하는 단계;
(e) 단계 (d) 이후의 제2 시점에 상기 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 상기 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및
(f) 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 수준이 감소된다면 상기 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD) 환자에서의 PKD에 대한 치료 효능의 결정 방법.
제1항에 있어서, 상기 투여되는 치료제가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여인 방법.
제2항에 있어서, 상기 GCS 억제제가 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법:
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
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제2항에 있어서, (f) 이후에, (g) 상기 PKD 환자에게 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제4항에 있어서, 단계 (g)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
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4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드가 투여되는 방법.
제1항에 있어서, 단계 (c) 및 (e)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제6항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제1항에 있어서, 단계 (c) 및 (e)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 3개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제8항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제1항에 있어서, 단계 (c) 및 (e)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 4개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제10항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제1항에 있어서, 상기 투여되는 치료제가 상기 PKD 환자로의 CDK 억제제의 투여인 방법.
제12항에 있어서, CDK 억제제가 R-로스코비틴(R-roscovitine)인 방법.
제1항에 있어서, (b) 및 (e)에서 농축시키는 것이 각각 제1 및 제2 시료를 초원심분리하는 것을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, 상기 제1 및 제2 시료가 소변을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, (c) 및 (e)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제16항에 있어서, (c) 및 (e)가 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, (c) 및 (e)가 사이클린 D1 및 MEK 중 하나 또는 둘 모두의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제1항에 있어서, (f) 이후에, (g) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제를 상기 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제19항에 있어서, 상기 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료제가 CDK 억제제이고, 단계 (g)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의 CDK 억제제가 투여되는 방법.
제20항에 있어서, 단계 (g)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의 S-CR8이 투여되는 방법.
(a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 제1 시료에서, 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계;
(c) PKD에 대한 치료제를 상기 PKD 환자에게 투여하는 단계;
(d) 단계 (c) 이후의 제2 시점에 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 상기 제2 시료에서 단계 (b)를 수행하는 단계; 및
(e) 제1 시점에서의 수준에 비하여 제2 시점에서 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제를 유효한 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD)을 갖는 것으로 확인된 환자에서의 치료 효능의 결정 방법.
제22항에 있어서, 상기 투여되는 치료제가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제의 투여인 방법.
제23항에 있어서, 상기 GCS 억제제가 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법:
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드.
제23항에 있어서, (e) 이후에, (f) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 GCS 억제제를 상기 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제25항에 있어서, 단계 (f)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 또는
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드가 투여되는 방법.
제22항에 있어서, 단계 (b) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제27항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제22항에 있어서, 단계 (b) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 3개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제29항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제22항에 있어서, 단계 (b) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 4개의 수준 중 적어도 하나가 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제31항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 감소된다면, 상기 투여되는 치료제가 유효한 것으로 확인되는 방법.
제22항에 있어서, 상기 투여되는 치료제가 CDK 억제제의 투여인 방법.
제33항에 있어서, 상기 CDK 억제제가 R-로스코비틴인 방법.
제22항에 있어서, (b) 및 (d)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제35항에 있어서, (b) 및 (d)가 상기 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제22항에 있어서, (b) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D3, pERK 및 Akt 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제22항에 있어서, (e) 이후에, (f) 유효한 것으로 확인된, 추가의 용량의 투여되는 치료제를 상기 PKD 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제38항에 있어서, 상기 유효한 것으로 확인된 투여되는 치료제가 CDK 억제제이고, 단계 (f)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의 CDK 억제제가 투여되는 방법.
제39항에 있어서, 단계 (f)에서, 상기 PKD 환자에게 추가의 용량의 로스코비틴이 투여되는 방법.
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계;
(c) 상기 시료에서, 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및
(d) 대조군 수준에 비하여 상기 수준이 상승된다면, 상기 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법.
제41항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준(들)에 비하여 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제42항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 둘 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제41항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 상기 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제44항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 3개 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제41항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 상기 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제46항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 4개 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제41항에 있어서, (b)에서 농축시키는 것이 상기 시료를 초원심분리하는 것을 포함하는 방법.
제41항에 있어서, 상기 시료가 소변을 포함하는 방법.
제41항에 있어서, (c)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제50항에 있어서, (c)가 상기 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제41항에 있어서, (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제41항에 있어서, 단계 (d) 이후에, (e) PKD에 대한 치료제를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제53항에 있어서, 상기 치료제가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 상기 환자에게 투여하는 것인 방법.
제54항에 있어서, 상기 GCS 억제제가 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법:
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드.
제53항에 있어서, 상기 치료제가 CDK 억제제를 상기 환자에게 투여하는 것인 방법.
제56항에 있어서, 상기 CDK 억제제가 S-CR8인 방법.
제41항에 있어서, (d) 이후에, (e) PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제41항에 있어서, 상기 대조군 수준이 역치 수준 또는 건강한 대상체 또는 건강한 대상체의 모집단에서의 수준인 방법.
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되는 환자로부터의 신장 조직을 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 시료에서, 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및
(c) 대조군 수준에 비하여 상기 수준이 상승된다면, 상기 환자를 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 진단 방법.
제60항에 있어서, 단계 (b)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 대조군 수준(들)에 비하여 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제61항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 둘 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제60항에 있어서, 단계 (b)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 상기 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제63항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 3개 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제60항에 있어서, 단계 (b)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 대조군 수준에 비하여 상기 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제65항에 있어서, 대조군 수준에 비하여 4개 모두의 수준이 상승된다면, 상기 환자가 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제60항에 있어서, (b)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제67항에 있어서, (b)가 상기 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제60항에 있어서, (b)가 사이클린 D1, MEK, ERK, pAkt, Akt, S6 및 pS6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제60항에 있어서, 단계 (c) 이후에, (d) PKD에 대한 치료제를 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제70항에 있어서, 상기 치료제가 글루코실 세라미드 신타제(GCS) 억제제를 상기 환자에게 투여하는 것인 방법.
제71항에 있어서, 상기 GCS 억제제가 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 방법:
(S)-퀴누클리딘-3-일 (2-(4'-(2-메톡시에톡시)-[1,1'-비페닐]-4-일)프로판-2-일)카르바메이트;
4-플루오로-1-(5-플루오로-4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-((2-메톡시에톡시)메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(메톡시메틸)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(3-메틸퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-메톡시에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드;
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(퀴누클리딘-3-일)피페리딘-4-카르복사미드; 및
4-플루오로-1-(4-(4-(2-플루오로에톡시)페닐)피리미딘-2-일)-N-(4-메틸-1-아자비사이클로[3.2.2]노난-4-일)피페리딘-4-카르복사미드.
제70항에 있어서, 상기 치료제가 CDK 억제제를 상기 환자에게 투여하는 것인 방법.
제73항에 있어서, 상기 CDK 억제제가 S-CR8인 방법.
제60항에 있어서, (c) 이후에, (d) PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
(a) PKD를 갖는 것으로 의심되거나, PKD를 갖는 것으로 확인된 환자로부터의 생물학적 유체를 포함하는 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계;
(c) 상기 시료에서, 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계; 및
(d) 상기 수준으로부터 상기 환자에서 PKD의 병기를 결정하는 단계를 포함하는 환자에서의 다낭성 신장병(PKD)의 병기의 결정 방법.
제76항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 상기 2개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정되는 방법.
제77항에 있어서, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 둘 모두의 수준으로부터 결정되는 방법.
제76항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 상기 3개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정되는 방법.
제79항에 있어서, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 3개 모두의 수준으로부터 결정되는 방법.
제76항에 있어서, 단계 (c)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 상기 4개의 수준 중 적어도 하나로부터 결정되는 방법.
제81항에 있어서, 상기 환자에서의 PKD의 병기가 4개 모두의 수준으로부터 결정되는 방법.
제76항에 있어서, (b)에서 농축시키는 것이 상기 시료를 초원심분리하는 것을 포함하는 방법.
제76항에 있어서, 상기 시료가 소변을 포함하는 방법.
제76항에 있어서, (c)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제85항에 있어서, (c)가 상기 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제76항에 있어서, (c)가 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제76항에 있어서, (d) 이후에, (e) 각각 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 I기, II기, III기, IV기 또는 V기 PKD에 대한 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
제76항에 있어서, (d) 이후에, (e) (d) 이후에 환자에서 하나의 또는 둘 모두의 신장(들)을 영상화하여, 상기 환자에서 PKD의 병기를 확인하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
(a) 제1 시점에 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제1 시료를 제공하는 단계;
(b) 상기 제1 시료를 엑소좀에 대하여 농축시키는 단계;
(c) 상기 제1 시료에서, 증식세포핵항원(PCNA), 사이클린 D1, 사이클린 D3, MAPK-ERK 키나제 1(MEK), 리보솜 단백질 S6(S6), 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6), 세포외 신호-조절 키나제(ERK), 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK), 단백질 키나제 B(Akt), 인산화 단백질 키나제 B(pAkt), 카스파제-2, 전체 S6 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 단계;
(d) 제1 시점 이후의 제2 시점에 상기 PKD 환자로부터 수득되는 생물학적 유체를 포함하는 제2 시료를 제공하고, 상기 제2 시료에서 단계 (b) 및 (c)를 수행하는 단계; 및
(e) 제1 시점에서의 수준에 비하여 제2 시점에서 상기 수준이 상승되지 않는다면, 상기 환자를 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인하는 단계를 포함하는 다낭성 신장병(PKD) 환자의 모니터링 방법.
제90항에 있어서, 단계 (c) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 2개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 2개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제91항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 둘 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제90항에 있어서, 단계 (c) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 3개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제93항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 3개 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제90항에 있어서, 단계 (c) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D1, 사이클린 D3, MEK, S6 및 pS6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 4개의 마커의 수준을 결정하는 것을 포함하며, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 상기 4개의 수준 중 적어도 하나가 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제95항에 있어서, 제1 시점에 비하여 제2 시점에서 4개 모두의 수준이 상승되지 않는다면, 상기 환자가 PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인되는 방법.
제90항에 있어서, (b) 및 (d)에서 농축시키는 것이 상기 시료를 초원심분리하는 것을 포함하는 방법.
제90항에 있어서, 상기 제1 및 제2 시료가 소변을 포함하는 방법.
제90항에 있어서, (c) 및 (d)에서 적어도 하나의 마커의 수준(들)을 결정하는 것이 적어도 하나의 마커의 단백질의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제99항에 있어서, (c) 및 (d)가 상기 시료를 적어도 하나의 마커의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체와 접촉시키는 것을 포함하는 방법.
제90항에 있어서, (c) 및 (d)가 PCNA, 사이클린 D3, MEK 및 인산화 S6 중 적어도 2개의 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제90항에 있어서, (e) 이후에 (f) PKD의 개선 또는 정적 PKD를 갖는 것으로 확인된 환자에게 동일한 치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함하는 방법.
증식세포핵항원(PCNA)에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D1에 특이적으로 결합하는 항체, 사이클린 D3에 특이적으로 결합하는 항체, MAPK-ERK 키나제 1(MEK)에 특이적으로 결합하는 항체, 리보솜 단백질 S6(S6)에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 리보솜 단백질 S6(pS6)에 특이적으로 결합하는 항체, 세포외 신호-조절 키나제(ERK)에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 세포외 신호-조절 키나제(pERK)에 특이적으로 결합하는 항체, 단백질 키나제 B에 특이적으로 결합하는 항체, 인산화 단백질 키나제 B(pAkt)에 특이적으로 결합하는 항체, 카스파제-2에 특이적으로 결합하는 항체 및 망막모세포종 결합 단백질(RBBP)에 특이적으로 결합하는 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 3개의 항체로 본질적으로 이루어진 키트.