KR20110011443A - 한국재래돼지 품종 특이적 분자표지인자 개발 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법 - Google Patents

한국재래돼지 품종 특이적 분자표지인자 개발 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법 Download PDF

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Abstract

본 발명은 한국재래돼지 분자표지인자 개발 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법에 관한 것으로서, 분자유전공학적 분석 기법인 PCR-RFLP (polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism)기술을 이용하여 KIT 유전자에 대한 한국재래돼지 특이적인 DNA marker를 검출하여, 한국재래돼지와 기타 개량종 돼지와의 정확한 품종 판별 기술을 제공하는 것이다.
한국재래돼지, PCR-RFLP, DNA marker, SNP, 품종 판별, KIT유전자, 분자표지

Description

한국재래돼지 품종 특이적 분자표지인자 개발 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법 {Development of Korean native pigs specific molecular marker and method for detecting Korean native pigs using the marker}
본 발명은 분자유전학적 분석기법인 PCR-RFLP (polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism)분석을 통하여 한국재래돼지와 개량종 돼지 사이에서 서로 다르게 발현되는 KIT 유전자 특정 SNP(단일염기다형)를 이용한 한국재래돼지 품종 특이적 DNA marker를 개발함으로써, 이를 이용하여 한국재래돼지와 기타 개량종 돼지 간의 품종판별 기술을 제공한다.
현대에는 분자유전학 및 유전자 분석기술의 발달로 인해 DNA 분자수준에서 품종 특이적인 DNA 염기서열 변이에 따른 축종판별은 물론 동종 내 품종판별 기술개발이 활발히 이루어지고 있다. 최근에는 PCR 기술을 이용하는 RAPD (random amplified polymorphic DNA), SSCP (single strand conformation polymorphisms) 기법 등 다양한 DNA 분석기법을 이용하여 여러가지 축종이나 품종들에 대한 판별기 술 개발은 물론 다양한 산업 전반에 걸쳐 본 기술이 활용되고 있는 실정이다. 특히, 특정 유전자의 PCR product에 제한효소를 처리하여 해당 염기변이 부위의 차이에 따라 DNA 절편이 각각 다르게 나타나는 것을 이용한 PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism) 분석기법은 타 분석기법들에 비해 재현성과 정확성이 뛰어나 유전자 분석 품종판별 검사에 매우 유용한 기술로 평가되고 있다.
최근에 분자유전학적 기술을 이용한 한국재래돼지 판별기술 및 개량종 돼지 품종 판별 기술이 몇몇 개발되어 대한민국 특허청에 특허출원되어 있다. 그 예로 한국재래돼지 특이 디엔에이 마커 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법( 출원번 호 : 10-2007-0029449) 과 한국재래돼지에 특이적인 DNA 단편 및 그 단편을 이용한 한국재래돼지 감별 방법(출원번호 : 10-2005-0105493) 등이 현재 특허출원 중이며, 이외에도 국내에서 가장 많이 사육되고 있는 개량종 돼지 가운데 라지화이트, 랜드레이스, 두록 품종을 판별할 수 있는 대한민국 내 주요 돼지 품종의 순종 식별을 위한 품종 특이 DNA marker 활용(등록번호 : 10-0721232) 등 돼지 품종 감별과 관련된 발명기술들이 특허등록되어 있다.
상기에 제시한 기존의 발명들과 본 발명의 차이점을 간단히 요약정리하면 다음과 같다. 먼저 한국재래돼지 특이 디엔에이 마커 및 이를 이용한 한국재래돼지 판별 방법(출원 번 호: 10-2007-0029449) 의 경우, AFLP 분석기법과 RFLP 분석기법 등 두 가지 분석기법을 이용하여 한국재래돼지를 판별하는 기술로서 본 발명에 비해 분석방법 및 과정에 있어서 더 많은 시간과 비용이 소요되는 문제점이 있다. 또한 본 발명과 비교해 보았을 때, AFLP 분석을 추가로 수행한다는 점과 PCR-RFLP 분석 시 본 발명에서처럼 특정 후보유전자의 단일염기다형(SNP)현상을 이용한 분석기법이 아니라 돼지 게놈 서열 중 염색체 7번에 위치한 CT737340 좌위 일부 영역에 존재하는 염기변이를 이용한 RFLP 분석이라는 점에서 본 발명과는 확연한 차이점이 존재한다. 이어서, 한국재래돼지에 특이적인 DNA 단편 및 그 단편을 이용한 한국재래돼지 감별 방법(출원번호 : 10-2005-0105493) 의 경우, 한국재래돼지들에 대한 백혈구 항원단백질 SLA-2 유전자의 품종 특이적인 염기서열을 이용한 한국재래돼지 판별 방법으로서 재래돼지의 조직으로부터 RNA를 추출하여 cDNA를 합성하고, 해당 유전자를 PCR로 증폭하고 클로닝 한 다음, 최종적으로 염기서열을 분석함으로써 염기서열 변이에 따라 한국재래돼지 품종을 판별하는 기술로서 본 발명에 비해 분석과정이 매우 복잡하고, 소요시간과 분석비용 면에서 상당히 비효율적일 뿐만 아나라, 반드시 염기서열 분석과정을 거쳐야 하는 단점이 있다. 마지막으로, 대한민국 내 주요 돼지 품종의 순종 식별을 위한 품종 특이 DNA marker 활용(등록번호 : 10-0721232) 의 발명은 국내에서 가장 많이 사육되고 있는 개량종 돼지들의 품종 감별 방법에 관한 것으로서, 본 발명에서와 같이 한국재래돼지 품종 특이적 DNA marker를 이용하여 기타 개량종 돼지와의 품종을 판별하는 기술이 아니라 국내 주요 외래종 돼지 품종 간의 순종 식별 방법이라는 점에서 일단 본 발명과는 큰 차이점이 존재한다. 또한 기존의 발명에서도 본 발명과 마찬가지로 KIT 유전자의 특정 염기서열 부위를 이용한 PCR-RFLP 분석 기술을 수행하였는데, 기존 발명의 경우 KIT 유전자의 exon 17번과 intron 17번의 경계 영역에서 발생하는 alternative splicing 지역의 염기변이를 이용하여 Nla Ⅲ 제한효소를 처리한 후 DNA marker를 검출하고 기 타 유전자 분석실험을 추가적으로 수행한 결과를 모두 종합하여 각 외래종 돼지 품종 간의 순종을 식별하는 방법을 제공하였으나, 본 발명에서는 돼지품종별 KIT 유전자 intron 19번 영역에 존재하는 단 하나의 특정 SNP(단일염기다형) 현상을 이용하여 PCR-RFLP 분석기법을 통해 한국재래돼지와 개량종 돼지 간의 판별기술을 발명한 것으로서 기존의 발명과는 분명히 다른 차별성이 존재한다.
결론적으로 본 발명에서는 이들 기존에 발명된 기술들의 단점을 최소화하고 보다 간편하고 정확한 한국재래돼지 판별 기술을 개발하고자 돼지품종별 KIT 유전자 intron 19번 영역에 존재하는 단 하나의 특정 SNP(단일염기다형) 현상을 이용하여 PCR-RFLP 분석기법을 통한 한국재래돼지 판별기술을 발명하였는 바, 더욱 상세하게는 서열번호 5 및 6에 제시한 프라이머를 이용하여 KIT 유전자의 SNP부위를 포함하는 특정 영역을 PCR로 증폭하고, 증폭된 PCR 산물에 Acc Ⅱ 제한효소를 처리한 후, 아가로즈젤에 전기영동하여 검출된 DNA marker 발현형태에 따라 간편하고 정확하게 한국재래돼지 품종을 판정할 수 있는 기술로서 기존의 발명들에 비해 보다 효율적인 분석방법을 제공하는 장점이 있다.
축산물 수입개방에 따라 국내산 돼지고기가 저렴한 외국산 돈육과 가격경쟁에서 불리한 위치에 처하면서 국산재래돼지를 활용한 고급육 돈육생산의 필요성이 대두되고 있다. 재래돼지고기는 다른 품종에 비해 지방이 단단하고 백색이며, 맛이 쫄깃하고 부드러워 한국사람 기호에 잘 맞아 현재 국내 돈육시장에서는 재래돼지에 축산물 수입개방에 따라 국내산 돼지고기가 저렴한 외국산 돈육과 가격경쟁에서 불리한 위치에 처하면서 국산재래돼지를 활용한 고급육 돈육생산의 필요성이 대두되고 있다. 재래돼지고기는 다른 품종에 비해 지방이 단단하고 백색이며, 맛이 쫄깃하고 부드러워 한국사람 기호에 잘 맞아 현재 국내 돈육시장에서는 재래돼지에 대한 관심이 증가되고 있고, 소비자 또한 재래돼지고기에 대한 선호도가 증대되면서 농가의 고소득 산업으로 관심을 끌고 있다. 그러나, 현재 재래돼지 시장에서 유통되고 있는 돼지들 가운데는 외래종과 교잡하여 그 순수성을 거의 상실하고 일부 재래돼지의 특성만 가진 돼지들이 한국재래돼지로 둔갑되어 높은 가격에 유통되고 있는 실정이다. 이와 같은 문제점을 예방하고 해결하기 위해서는 순수 혈통을 가진 한국재래돼지 품종을 과학적으로 정확하게 판별할 수 있는 기술개발이 절실히 필요하다.
이에, 본 발명자들은 상기와 같은 문제점을 개선시키기 위하여 연구 개발한 결과, 돼지의 우성백색과 유색을 조절하여 모색발현에 관여하는 것으로 알려져 있는 KIT (v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog) 유전자의 특정 SNP를 이용하여 PCR-RFLP기법으로 한국재래돼지와 개량종돼지 간의 품종판별 기술을 개발하고자 다음과 같은 방법으로 본 발명을 완성하였다.
국립축산과학원에서 혈통이 순수 보존되어 사육 관리되고 있는 한국재래돼지 49두와 국내에서 3원 교잡종 비육돈 생산에 가장 많이 이용되고 있는 개량종 돼지 품종으로서 랜드레이스(Landrace) 20두, 두록(Duroc) 20두, 라지화이트(Large White) 20두 등 총 109두의 돼지 모근시료를 대상으로 genomic DNA를 추출하고, PCR 및 direct-sequencing기법을 통해 KIT 유전자의 intron 19번에 존재하는 돼지 품종차이에 따른 특정 SNP를 검출한 다음, KIT 유전자의 특정 SNP를 인지하는 Acc Ⅱ 제한효소를 이용한 PCR-RFLP분석을 통해 최종적으로 기타 개량종 돼지 품종과는 차별화된 한국재래돼지 특이적 DNA marker를 검출함으로써, DNA marker를 이용한 한국재래돼지와 개량종 돼지와의 품종판별 기술을 발명하였다.
본 발명은 한국재래돼지의 특이적인 DNA marker를 이용한 한국재래돼지 판별방법으로서, 분자유전학적 기술인 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 한국재래돼지 고유의 특이적인 DNA marker를 제공함으로써 한국재래돼지를 기타 개량종 돼지들과 구별할 수 있는 효과가 있으며, 특히 본 발명에서 이용한 PCR-RFLP 분석 기법은 AFLP나 RAPD 같은 기존의 분자유전학적 분석기법들에 비해 실험방법이 간편하고, DNA marker의 재현성이 뛰어나 과학적으로 정확한 품종판별 방법을 제공하는 효과가 있다. 또한 본 발명은 특정한 유전자를 대상으로 단 하나의 단일염기다형(SNP)에 근거하여 단 한 번의 RFLP 분석을 통해 한국재래돼지를 판별할 수 있는 기술로서, 다수의 유전자 분석기법을 단계별로 적용하여 분석이 가능하였던 비효율적인 기존의 한국재래돼지 판별기술들에 비해 매우 간편하고 정확하며, 신속한 판별기술을 제공하는 효과가 있다.
상기에 제시한 목적을 달성하기 위하여, 이하 비한정적인 실시 예를 통하여 본 발명을 더욱 상세하게 설명한다.
실시예 1 : 돼지 모근으로부터 genomic DNA 분리 및 정제
본 발명에 사용한 돼지의 genomic DNA는 한국축산과학원에서 제공받은 한국재래돼지 49두, 랜드레이스(Landrace) 20두, 두록(Duroc) 20두 및 라지화이트(Large White) 20두 등 총 109두의 모근으로부터 추출하였으며, 추출 시 E-prep Kit(Prepgene, Korea)를 사용하였으며, 추출된 genomic DNA는 스펙트로포토메타(spectrophotometer)를 이용하여 DNA 농도 및 순도를 측정한 후 -20℃ 냉동고에 보존하면서 공시재료로 사용하였다.
실시예 2 : PCR 을 통한 돼지 KIT 유전자 증폭 및 염기서열 비교분석
(1) PCR을 통한 돼지 개체별 KIT 유전자 증폭
한국재래돼지 및 개량종 돼지의 품종 특이적 DNA marker 검출을 위해 각 개체의 genomic DNA를 이용하여 KIT 유전자 PCR 증폭반응을 수행하였다. 서열번호 1, 2, 3 및 4에 제시한 돼지 품종별 KIT 유전자 intron 19번의 일부 영역을 포함하는 538 bp 크기의 DNA 단편을 증폭하기 위한 primer는 GenBank 등록번호 DQ191191호에 등록된 염기서열 정보 87번째부터 624번째까지의 염기서열을 참고하여 서열번호 5와 서열번호 6에 제시한 바와 같이 각각 설계 및 제작하였으며, 본 발명에 사용한 primer 염기서열은 표 1에 제시하였다.
각 돼지 품종별 KIT 유전자의 PCR 증폭반응 수행을 위해 GeneAmp PCR System 9700 (Applied Biosystem, USA)을 이용하여 다음과 같은 조건하에 실시하였다. PCR 반응액 조성은 0.2 ml 튜브에 주형(template) DNA 50 ng, 정방향 및 역방향 primer 각 0.1 μM, dNTP 각 250 μM, 10X PCR buffer 2㎕, 그리고 Taq DNA 중합효소 1 unit 을 첨가하여 총 20㎕로 조정하였다. PCR 반응조건은 최초 94℃에서 5분간 예비가열 후 94℃에서 40초, 63℃에서 40초 그리고 72℃에서 50초 간의 사이클을 총 35회 반복한 다음 마지막으로 72℃에서 7분간 가열하여 DNA 증폭과정을 종료하였다. 증폭이 완료된 PCR 증폭산물을 2% 아가로즈젤(agarose gel)에 전기영동 하여 DNA 증폭 성공여부를 검증하였다.
돼지 KIT 유전자 증폭을 위한 프라이머 염기서열
유전자 증폭영역 프라이머 염기서열 (5'-3') 서열번호
KIT intron 19 정방향 GTAAGGCCCAGATGTTCTTCTT
역방향 CAACCGGACCTACTGAAATGAC		 5
6
(2) Direct-sequencing을 통한 돼지 개체별 염기서열 비교 분석
한국재래돼지 및 개량종 돼지의 KIT 유전자 염기서열 비교 분석을 수행하기 위하여 상기의 PCR 증폭반응을 통해 증폭된 PCR product를 대상으로 Direct-sequencing기법으로 ABI PRISM 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems, USA) 분석장치를 이용하여 각 개체별 염기서열 분석을 수행하였다.
그 결과 도면 2과 3에 제시한 바와 같이 증폭영역 내(서열번호 1,2,3 및 4) 276번째 염기 및 295번째 염기에서 한국재래돼지와 기타 개량종 돼지와의 염기서열 차이가 있는 것으로 나타났다. 즉, 276번째 염기의 경우, 한국재래돼지에서는 총 49두 모두에서 GG homo 유전자형으로 나타났으며, 나머지 개량종 돼지(랜드레이스, 두록 및 라지화이트)에서는 총 60두 모두에서 AA homo 유전자형으로 나타났다. 또한, 295번째 염기의 경우 개량종 돼지에서는 모두 CC homo 유전자형으로 나타났으나, 한국재래돼지에서는 CC homo, AA homo 및 AC hetero 유전자형 모두가 출현되었다. 따라서 본 발명자는 한국재래돼지와 개량종 돼지와의 276번째의 염기서열 차이를 이용한 PCR-RFLP 기법으로 한국재래돼지 품종 특이적 DNA marker 검출을 통해 개량종 돼지들과의 판별 기술을 개발하였다.
실시예 3 : RFLP 분석을 통한 한국재래돼지와 개량종 돼지의 품종특이적 DNA marker 검출
증폭영역 내(서열번호 1,2,3,4 참고)의 276번째 염기 차이에 따른 한국재래돼지와 개량종 돼지의 판별 분석법을 개발하기 위해 증폭된 각 개체별 PCR 증폭산물에 해당염기서열 변이 부위를 인지할 수 있는 AccⅡ(CG ↓ CG) 제한효소를 처리하여 RFLP 기법으로 한국재래돼지 품종 특이적 DNA marker를 발굴하였다[도면 1].
각 돼지품종별 KIT 유전자에 대한 RFLP 분석은 약 5 ㎕의 PCR 증폭산물에 2 unit의 AccⅡ 제한효소를 첨가한 다음 37℃에서 약 3시간 이상 반응시켜 절단하였다. PCR 증폭산물을 제한효소로 각각 절단하여 얻어진 DNA 단편은 1X TBE buffer (90 mM Tris-borate, 2 mM EDTA, pH 8.0)을 이용하여 2% 아가로즈젤에 분주하여 100 volt 전압으로 약 2시간 전기영동하고 EtBr (ethidium bromide)로 염색한 후, DNA 단편 양상을 관찰하여 한국재래돼지 품종 특이적 DNA marker를 검출하였다.
그 결과 한국재래돼지들의 경우 증폭영역 내 295번째 염기의 유전자형(CC, AA 및 AC)에 따라 제한효소 인지부위가 2개 또는 3개가 존재하여 총 3가지의 DNA marker 발현양상을 나타내었다. 즉, 295번째 염기가 AA 유전자형인 경우 제한효소 인지부위가 2개 존재하여 264, 199 및 75 bp 크기를 갖는 총 3개의 DNA 밴드가 검출되었고, 295번째 염기가 CC 유전자형인 경우 제한효소 인지부위가 3개 존재하여 249, 199, 75 및 15 bp 크기를 갖는 총 4개의 DNA 밴드가 검출되었으며, 마지막으로 295번째 염기가 AC 헤테로 유전자형인 경우 이들 5가지의 DNA 밴드가 모두 검출되어 264, 249, 199, 75 및 15 bp 크기를 갖는 총 5개의 DNA 밴드가 검출되었다[도면 1]. 도면 1에서는 264 와 249 bp 밴드는 분자량의 크기가 거의 비슷하여 단일밴드처럼 발현되는 양상을 나타냈다. 따라서, 세 가지 유전자형에 따른 DNA marker의 발현 모습이 거의 차이가 없고 유사하게 나타났다. 이에 반해 개량종 돼지들의 경우, 제한효소 인지부위가 2개 존재하여 249, 199 및 90 bp 크기를 갖는 총 3개의 DNA 밴드가 검출되었다[도면 1].
이상의 결과를 종합하여 볼 때, 한국재래돼지의 경우 75 bp 크기의 DNA 밴드가 품종특이적으로 발현되었으며, 개량종 돼지들(랜드레이스, 두록 및 라지화이트)에서는 90 bp 크기의 DNA 밴드가 특이적으로 발현되는 것을 확인하였다. 따라서, 본 발명자는 상기에 제시한 본 발명의 PCR-RFLP 분석기법을 통해 한국재래돼지 특이적 분자표지를 이용하여 한국재래돼지와 개량종 돼지를 판별할 수 있는 기술을 완성하였다.
도면 1은 본 발명의 PCR-RFLP 분석기법으로 검출한 한국재래돼지와 개량종 돼지의 DNA marker 전기영동 사진을 제시한 것임.
도면 2는 본 발명의 primer를 이용하여 증폭한 각 돼지 품종별 KIT 유전자의 PCR 증폭산물을 대상으로 염기서열을 분석한 그림으로서 한국재래돼지와 개량종 돼지간의 DNA 염기서열 변이 부위를 나타냄.
도면 3은 본 발명을 통해 분석된 각 돼지 품종별 KIT 유전자의 DNA 염기서열을 정렬하여 나타낸 그림임.
<110> Sangji University industry academic cooperation foundation <120> Development of Korean native pigs specific molecular marker and method for detecting Korean native pigs using the marker <160> 6 <170> KopatentIn 1.71 <210> 1 <211> 538 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> intron <222> (1)..(538) <223> intron 19 of KIT gene in Korean native pigs <220> <221> variation <222> (164) <223> SNP : Y (pyrimidine; C & T) <220> <221> variation <222> (234) <223> SNP : Y (pyrimidine; C & T) <220> <221> variation <222> (289) <223> SNP : M (amino; C & A) <220> <221> variation <222> (295) <223> SNP : M (amino; C & A) <220> <221> variation <222> (321) <223> SNP : R (purine; A & G) <220> <221> variation <222> (363) <223> SNP : K (keto; T & G) <220> <221> variation <222> (383) <223> SNP : Y (pyrimidine; C & T) <400> 1 gtaaggccca gatgttcttc cttcaaataa tgtttcccct tttatgttct gttttaaaga 60 cgaacccaga tgttgaaggt ttttactggc acagttggaa aatgtcactt ggttccttct 120 taggacatcc tggtcagatg tccttttttt tttttttttt tttyctttgt tgttgttgct 180 atttcttggg ccgctcccgc ggcatatgga ggttcccagg ctaggggtcg aatyggagct 240 gtagccgctg gcccacgcca gagccacagc aacgcgggat ccgagccgmg tctgmaacct 300 acaccacagc tcacggcaac rccggttcgt taacccactg agcaagggca gggaccgaac 360 cckcaacctc atggttccta gtyggattcg ttaaccactg cgccacaaca ggaactccca 420 gatgtccttt tctgtagctg attttcatga ttcttggctc caaggataga gaaagttttg 480 acagcctctc ataaagagtt gttagtgtat gcccatgtca tttcagtagg tccggttg 538 <210> 2 <211> 538 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> intron <222> (1)..(538) <223> intron 19 of KIT gene in Landrace <400> 2 gtaaggccca gatgttcttc cttcaaataa tgtttcccct tttatgttct gttttaaaga 60 cgaacccaga tgttgaaggt ttttactggc acagttggaa aatgtcactt ggttccttct 120 taggacatcc tggtcagatg tccttttttt tttttttttt ttttctttgt tgttgttgct 180 atttcttggg ccgctcccgc ggcatatgga ggttcccagg ctaggggtcg aatcggagct 240 gtagccgctg gcccacgcca gagccacagc aacgcaggat ccgagccgcg tctgcaacct 300 acaccacagc tcacggcaac gccggttcgt taacccactg agcaagggca gggaccgaac 360 cctcaacctc atggttccta gtcggattcg ttaaccactg cgccacaaca ggaactccca 420 gatgtccttt tctgtagctg attttcatga ttcttggctc caaggataga gaaagttttg 480 acagcctctc ataaagagtt gttagtgtat gcccatgtca tttcagtagg tccggttg 538 <210> 3 <211> 538 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> intron <222> (1)..(538) <223> intron 19 of KIT gene in Duroc <400> 3 gtaaggccca gatgttcttc cttcaaataa tgtttcccct tttatgttct gttttaaaga 60 cgaacccaga tgttgaaggt ttttactggc acagttggaa aatgtcactt ggttccttct 120 taggacatcc tggtcagatg tccttttttt tttttttttt ttttctttgt tgttgttgct 180 atttcttggg ccgctcccgc ggcatatgga ggttcccagg ctaggggtcg aatcggagct 240 gtagccgctg gcccacgcca gagccacagc aacgcaggat ccgagccgcg tctgcaacct 300 acaccacagc tcacggcaac gccggttcgt taacccactg agcaagggca gggaccgaac 360 cctcaacctc atggttccta gtcggattcg ttaaccactg cgccacaaca ggaactccca 420 gatgtccttt tctgtagctg attttcatga ttcttggctc caaggataga gaaagttttg 480 acagcctctc ataaagagtt gttagtgtat gcccatgtca tttcagtagg tccggttg 538 <210> 4 <211> 538 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> intron <222> (1)..(538) <223> intron 19 of KIT gene in Large White <400> 4 gtaaggccca gatgttcttc cttcaaataa tgtttcccct tttatgttct gttttaaaga 60 cgaacccaga tgttgaaggt ttttactggc acagttggaa aatgtcactt ggttccttct 120 taggacatcc tggtcagatg tccttttttt tttttttttt ttttctttgt tgttgttgct 180 atttcttggg ccgctcccgc ggcatatgga ggttcccagg ctaggggtcg aatcggagct 240 gtagccgctg gcccacgcca gagccacagc aacgcaggat ccgagccgcg tctgcaacct 300 acaccacagc tcacggcaac gccggttcgt taacccactg agcaagggca gggaccgaac 360 cctcaacctc atggttccta gtcggattcg ttaaccactg cgccacaaca ggaactccca 420 gatgtccttt tctgtagctg attttcatga ttcttggctc caaggataga gaaagttttg 480 acagcctctc ataaagagtt gttagtgtat gcccatgtca tttcagtagg tccggttg 538 <210> 5 <211> 22 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> primer_bind <222> (1)..(22) <223> Forward primer <400> 5 gtaaggccca gatgttcttc tt 22 <210> 6 <211> 22 <212> DNA <213> Sus scrofa <220> <221> primer_bind <222> (1)..(22) <223> Reverse primer <400> 6 caaccggacc tactgaaatg ac 22

Claims (3)

  1. 서열번호 5 및 서열번호 6의 프라이머(primer)에 의해 PCR (polymerase chain reaction; 중합효소연쇄반응) 증폭된 한국재래돼지 및 개량종돼지(랜드레이스, 두록 및 라지화이트)의 KIT 유전자 증폭산물에 ACC Ⅱ 제한효소를 처리하는 과정을 포함하는 PCR-RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism; 제한효소 절편다형) 분석법으로 각 돼지의 품종 특이적 DNA marker를 검출하여 DNA marker 발현 형태에 따라 한국재래돼지 품종과 개량종 돼지 품종을 구분하여 판별하는 것을 특징으로 하는 한국재래돼지 품종 특이적 분자표지를 이용한 한국재래돼지 판별 방법
  2. 청구항 1에 있어서,
    5'에서 3' 방향으로 GTAAGGCCCAGATGTTCTTCTT의 염기서열 구조를 갖는 서열번호 5의 정방향 프라이머(Forward primer)와 5'-3' 방향으로 CAACCGGACCTACTGAAATGAC의 염기서열 구조를 갖는 서열번호 6의 역방향 프라이머 (Reverse primer)를 이용하여 한국재래돼지 및 개량종 돼지(랜드레이스, 두록 및 라지화이트)의 KIT 유전자 인트론(intron) 19번 특정 영역을 PCR로 증폭하는 것을 특징으로 하는 한국재래돼지 품종 특이적 분자표지를 이용한 한국재래돼지 판별 방법
  3. 청구항 1에 있어서,
    PCR-RFLP 분석법으로 검출된 한국재래돼지와 개량종 돼지(랜드레이스, 두록 및 라지화이트)의 DNA marker 발현 양상을 비교분석하여 75 bp 크기의 DNA 밴드가 검출된 돼지 개체를 한국재래돼지로 판정하는 것을 특징으로 하는 한국재래돼지 품종 특이적 분자표지를 이용한 한국재래돼지 판별 방법
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Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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KR101929374B1 (ko) * 2017-07-24 2019-03-14 대한민국 돼지의 전단력 판별용 유전자 마커 및 이의 이용
KR101929383B1 (ko) * 2017-07-24 2019-03-14 대한민국 돼지의 오메가 지방산 조성판별용 유전자 마커 및 이의 이용

Cited By (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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KR101929383B1 (ko) * 2017-07-24 2019-03-14 대한민국 돼지의 오메가 지방산 조성판별용 유전자 마커 및 이의 이용
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