KR20090098941A - 알츠하이머 질환의 검출 절차 및 방법 - Google Patents

알츠하이머 질환의 검출 절차 및 방법 Download PDF

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엑손히트 써라퓨틱스 에스에이
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Abstract

본 발명은 포유동물, 특히 사람에서 알츠하이머 질환을 검출하는데 사용할 수 있는 방법 및 조성물에 관한 것이다. 특히 알츠하이머 질환용 혈청 마커 및 진단 절차에 사용되는 방법을 기술하였다. 또한, 상기 절차(시약, 프로브, 프라이머, 항체, 칩, 세포 등)를 이의 제조 및 이를 사용하는 방법에 적용하는데 사용될수 있는 도구(tools) 및/또는 키트(kits)에 관한 것이다. 본 발명은 포유동물에서 알츠하이머 질환의 초기 단계를 포함하여 알츠하이머 질환의 존재 또는 진행을 검출하는데 사용될 수 있다.

Description

알츠하이머 질환의 검출 절차 및 방법{PROCEDURE AND METHODS FOR DETECTING ALZHEIMER'S DISEASE}
본 발명은 포유동물, 특히 사람의 알츠하이머 질환을 검출하기 위해 사용할 수 있는 방법 및 조성물에 관한 것이다. 특히 본 발명은 알츠하이머 질환 용의 혈청 마커(serum marker) 및 진단 절차에서의 상기 혈청 마커의 용도를 기재하고 있다. 또한 본 발명은 상기 방법을 적용시키기 위해서 사용할 수 있는 수단 및/또는 키트(시약, 프로브, 프라이머, 항체, 칩, 셀 등), 및 상기의 제조 및 용도에 관한 것이다. 본 발명을 사용하면 알츠하이머 질환의 초기 단계를 포함해서 포유동물의 알츠하이머 질환의 존재 또는 진행을 검출할 수 있다.
알츠하이머 질환은 치매의 주요 원인이며, 가장 일반적인 퇴행성 신경 질환이다. 사실상 진행성인 상기 질환은 기억 상실, 및 언어 능력, 상황 판단 및 분별력의 퇴화가 특징이다. 흔히 고령의 생리학적 병과 혼돈되는 증상의 특성, 이러한 증상의 심각성 및 이러한 증상이 발생하는 연령은 개개마다 다르다. 상기로 인해 질환의 초기 단계에 진단을 확증하기가 어렵다.
이러한 질환으로 고통받는 질환자의 뇌 조사로 기억에 있어서 중요한 중심인 해마와, 추리, 언어 및 기억과 관련된 대뇌피질에서의 신경세포가 손실되었음이 밝혀졌다. 콜린성 신경세포는 특히 상기 결손에 의해서 악영향을 받는다.
알츠하이머 질환으로 고통받는 질환자의 뇌에서 예외적으로 관찰되는 또 다른 주요한 것은 세포내 및 세포외 단백질 집합체의 축적이다. 세포내 신경섬유 타우 단백질 다발(intracellular neurofibrillary tau protein tangle)의 발현은 치매 정도와 상당한 관련이 있다. 아밀로이드-베타 펩티드의 새포내 및 세포외 집합으로 형성된 노인반(senile plaque)은 신경세포 및 아교세포 영역의 변형에 특징이다.
그러나 이러한 집합 영역은 인지 기능의 퇴보의 시냅스 결손 특성 부위와 일치하지 않는다는 것이 주목할 만한 것이다.
유전형으로 시작한 유전자 연구로 하기의 4개 유전자가 질환 발생과 관련이 있다는 것이 밝혀졌다: APP(아밀로이드 전구물질 단백질), 프레세닐린 1 및 2(PS1 및 PS2), 및 아포지단백질 E(ApoE). 상기 유전자 각각에서의 돌연변이 또는 다형성이 아밀로이드-베타 펩티드의 생성을 증가시키지만 시냅스 및 신경세포 손실을 제어하는 기작은 완전하게 알려져 있지 않다. 이러한 관점에서 다양한 현상과 관련이 있는 몇몇 가설과 기작이 동시에 존재한다:
1) 신경세포 및 아교세포와 관련이 있는 순 대뇌 현상:
- 특히 아밀로이드-베타 펩티드에 의해 유도되며, 콜레스테롤 대사로 조정될 수 있는 산소적 스트레스;
- 칼슘 유량과 흥분독성의 변화;
2) 염증 및 면역 반응 현상;
3) 성 호르몬의 변화;
4) 갑상선기능저하증 및 인슐린 신호 조절의 결함.
결과로서 알츠하이머 질환은 항상성을 조절하는 다양한 통합 시스템의 변화와 면역계와 관련이 있는 염증 반응과 내분비물 조절의 변형 둘 다를 유도하는 특정 신경세포의 공격이 특징이다. 후자는 상기로 인해서 다른 신경세포의 활성과 생존력 및 면역 기능에 강한 영향을 주며, 이러한 단계적인 반응은 신경 퇴행의 역활뿐만 아니라 호르몬 조절의 역할 및 알츠하이머 질환의 진행에서의 면역 반응에서도 분명하게 나타난다.
현재 이러한 병상을 특히 질환의 다양한 진행 단계에서 진단할 수 있는 알츠하이머 질환의 확고하고 특이적인 시그니처(signatures)는 없다. 특히 초기 시험에서 효과적인 진단 시험의 유용성으로 질환자가 질병의 발생을 관리함으로써 최적의 상태하에서 특히 아세틸콜린에스터라제 저해제, 예컨대 타크린, 도네페질 및 리바스티그민의 보다 효과적이며 보다 적당한 치료로 이익을 얻을 수 있다.
본 발명은 이러한 필요성에 의한 것이다. 본 발명은 특히 알츠하이머 질환의 발생의 존재, 단계 또는 위험의 효과적이며 예방적인 진단의 개발을 이끄는, 알츠하이머 질환 용의 혈청 마커를 규명한다. 따라서 본 발명은 특히 선택적 스플라이싱(alternative splicing)으로 나타나는 알츠하이머 질환으로 고통받는 질환자의 혈액에서 특이적이거나 또는 우선적으로 발현하는 분자 시그니처를 규명한다. 특히 예기치 않은 방법으로 본 발명은 알츠하이머 질환으로 고통받는 질환자의 혈액 세포에서 식세포 작용 및/또는 산화적 스트레스와 관련된 분자 신호 전달 경로(molecular signaling pathway) 및 생체 시계(internal clock)의 조절장애(dysregulation)의 존재를 입증하였다. 따라서 본 발명은 처음으로 하루주기리듬(circadian rhythm)에 따라 조절되는 유전자와 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 1개 이상의 유전자의 발현을 피험체의 혈액에서 측정하는 것을 기본으로 알츠하이머 질환의 진행을 진단, 예측 및/또는 모니터하는 수단과 방법을 제공할 수 있다. 상기 유전자의 발현에 조절장애가 존재하면 알츠하이머 질환의 소질 또는 위험을 확증하거나, 또는 피험체에서의 이러한 병상의 존재를 확인할 수 있게 된다.
따라서 본 발명의 하나의 목적은 포유동물의 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자와 식세포 작용 또는 산화적 스트레스의 조절에 관여하는 유전자 중에서 선택된 1개 이상의 유전자 또는 RNA 변화(이러한 변화가 존재한다는 것은 상기 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 나타냄)의 존재를 측정하는 것을 포함하는, 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 [시험관내(in vitro) 또는 생체외(ex vivo)에서] 검출하는 방법에 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 치료 중에 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자와 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 하나의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자의 발현을 측정하는 단계를 포함하고, 상기에서 측정된 발현을 이전의 치료 단계에서 측정된 발현과 비교하는, 알츠하이머 질환 치료의 유효성을 평가 또는 모니터하는 방법에 관한 것이다.
본 발명의 또 다른 목적은 치료 이전 및/또는 치료 중에 피험체에서 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자와 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 하나의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자의 발현을 측정하는 것을 포함하는 개선된 것으로 알츠하이머 질환를 치료하는 개선된 방법에 관한 것이다. 상기 발현을 측정하면 병상의 진행에 따른 치료를 적응시킬 수 있게 된다. 상기 치료는 타크린, 도네페질 및 리바스티그민과 같은 아세틸콜린에스터라제 저해제를 사용하는 것이 통상적이다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기에서 규정한 것과 같은 하나(1개 이상)의 유전자 발현의 조절장애를 갖는 질환자에서 알츠하이머 질환를 치료하는 약제의 제조에 사용되는, 아세틸콜린에스터라제 저해제, 예컨대 타크린, 도네페질 및 리바스티그민의 용도에 관한 것이다.
본 발명의 명세서에서 유전자 또는 RNA의 변화는 (i) 발현에서의 임의의 변화, 즉 발현(예를 들면 전사 또는 해독) 수준의 조절장애; 예를 들어 다양한 스플라이싱 형태들 사이의 비율 또는 (상대적) 양의 변화 또는 특정 스플라이싱 형태의 출현을 유도하는 스플라이싱의 조절장애; 뿐만 아니라 (ii) 생성된 단백질의 구조의 임의의 변화[절단된 형태(truncated form), 연장된 형태(elongated form) 또는 돌연변이 형태(mutated form) 등의 출현 또는 소멸]를 의미한다.
하기 본문에서 기재하는 것과 같이, 본 발명은 알츠하이머 질환으로 고통받는 질환자의 혈액에서 하루주기리듬과 관련된 신호계(signal cascades)에 침전되는 분자의 스플라이싱 및 식세포 작용 또는 산화적 스트레스의 조절에서의 조절장애의 규명을 기재하는 것이다. 혈액에서 상기 유전자의 발현을 측정하는 임의의 분자 또는 기술(예컨대 현탁 또는 고정 형태일 수 있는 뉴클레오티드 프라이머, 뉴클레오티드 프로브 또는 특이 항체)은 하기 본문에서 상세하게 기재하고 있는 본 발명의 프레임워크내에서 실행할 수 있다.
따라서 본 발명의 또 다른 목적은 상기에서 규정한 것과 같은 하나의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자 또는 RNA에 특이적이고/이거나 상보적인 서열을 포함하는 핵산이 고정된 기질을 포함하는 생성물에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상기에서 규정한 것과 같은 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 또는 그 이상의 유전자 또는 RNA에 특이적인 서열 및/또는 상보적인 서열을 포함하는 개별의 핵산을 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기에서 규정한 것과 같은 유전자 또는 RNA에 의해 코딩된 폴리펩티드의 1개 이상의 리간드가 고정된 기질을 포함하는 생성물에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상기에서 언급한 폴리펩티드 중 선택된 상이한 폴리펩티드의 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 또는 그 이상의 리간드를 포함한다.
본 발명의 또 다른 목적은 상기에서 규정한 것과 같은 1개 이상의 유전자 또는 RNA에 특이적인 서열 및/또는 상보적인 서열, 및/또는 상기에서 언급한 것과 같은 1개 이상의 폴리펩티드의 하나의 리간드, 바람직하게는 수개의 리간드를 포함하는 하나 이상의 핵산, 바람직하게는 수개의 핵산을 포함하는, 구획 또는 컨테이너를 포함하는 키트에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상기에서 언급한 핵산 및 리간드 중에서 선택된 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 또는 그 이상의 상이한 핵산 및/또는 리간드를 포함한다. 상기 키트는 또한 하이브리드화 또는 면역 반응용의 시약뿐만 아니라 필요하다면 대조군 및/또는 사용 설명서를 포함할 수 있다.
본 발명의 또 다른 목적은 포유동물 피험체, 바람직하게는 사람 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하기 위해 사용되는, 상기에서 언급한 것과 같은 생성물 또는 키트의 용도에 관한 것이다.
알츠하이머 질환용의 혈청 마커
본 발명은 사람 질환자에서 알츠하이머 질환의 혈청 생물학적 결과 특성을 밝히고, 특성화하는 것에 근거를 둔다. 이러한 결과로 질환자에서 검출되는 바이오마커(biomarkers), 바람직하게는 조합 형태를 만들어 심지어 초기 단계에서도 상기 질환의 발생 위험, 상기 질환의 존재, 또는 상기 질환의 진행 단계를 측정할 수 있게 되었다. 또한 본 발명의 마커는 또한 치료의 유효성을 측정하고/하거나 후보 약제를 선택하기 위해서 사용될 수 있다. 본 발명의 마커의 조합으로 다른 신경퇴행성 병상으로부터 알츠하이머 질환을 구별할 수 있게 되었다.
규명된 생물학적 결과는 유전자 발현의 조절에서의 변형과 부합하는 것이 일반적이다. 유전자 또는 RNA, 또는 특정 형태의 유전자 또는 RNA의 발현의 일부 또는 전체 억제, 유전자 또는 특정 형태의 유전자 또는 RNA의 발현의 증가, 유전자 스플라이싱 형태의 출현 또는 소멸 등의 문제가 있을 수 있다.
본 발명의 명세서에서 "하루주기 리듬에 따라 조절되는 유전자(gene regulated according to a circadian rhythm)"라는 문구는 발현이 생체 생물학적 시계에 의해 조절되는 임의의 유전자를 의미한다. 특히 발현 또는 활성이 생활리듬(chronological rhythm), 예를 들면 24 시간 주기에 따라 조절되는 임의의 RNA 또는 임의의 단백질에 관한 것이다. 사람에서 하루주기리듬은 해마에 위치하고 있는 "생물학적 시계(biological clock)"[시교차상핵(suprachiasmatic nucleus)]에 의해서 조절된다. 상기는 교대로 몸체의 열 리듬 또는 호르몬 합성을 조절하는 것과 같은 다른 생물학적 시계를 조절한다. 본 발명을 실시하기 위해 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자를 설명하는 실례로서 특별히 표 1에서 언급하는 모든 유전자를 인용할 수 있다.
따라서 본 발명의 특정 목적은 포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 표 1에서 나타낸 1개 이상의 유전자 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 하나의 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화(여기서 변화가 존재한다는 것은 상기 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 나타냄)의 존재를 측정하는 것을 포함하는, 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 (시험관내 또는 생체외에서) 검출하는 방법에 있다.
특정 실시양태에서 본 발명의 방법은 포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 BMAL1 또는 CLOCK 유전자, 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 하나의 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 적어도 측정하는 것을 포함한다.
본 발명의 명세서에서 "식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자(gene involved in regulating phagocytosis or oxidative stress)"라는 문구는 혈액 세포에서 식세포 작용 또는 산화적 스트레스의 기작에 참여하는 생성물을 발현시키는 임의의 유전자를 의미한다. 식세포 작용은 특정의 살아있는 세포가 특정의 외부 입자를 감싸 소화시키는 기작이다. 본 발명의 명세서에서 상기 유전자를 설명하는 실례로서 특별히 표 2에 언급한 모든 유전자를 인용할 수 있다.
따라서 본 발명의 또 다른 특정 목적은 포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 표 2에서 나타낸 1개 이상의 유전자 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 하나의 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화(여기서 변화가 존재한다는 것은 상기 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 나타냄)의 존재를 측정하는 것을 포함하는, 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 (시험관내 또는 생체외에서) 검출하는 방법에 있다.
특정 실시양태에서 본 발명의 방법은 포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 L-플라스틴 또는 칼넥신 유전자, 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 하나의 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 적어도 측정하는 것을 포함한다.
바람직하게, 본 발명은 상기에서 언급한 유전자 중에서 선택된 수개의 유전자에서의 변화의 조합된 검출에 근거를 둔다. "조합된 검출(combined detection)"이라는 용어는 평가를 하기 위해서 수개의 유전자에서의 변화를 측정하는 것을 의미하며, 상기 측정은 동시에 또는 별개로 실행한다. 따라서 본 발명의 특정 실시양태는 하루주기리듬에 의해 조절되는 1개 이상의 유전자 및 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 1개 이상의 유전자에서의 변화를 조합하여 검출하는 것과 관련이 있다.
따라서 본 발명은 하기 중에서 유리하게 선택된 1개 이상의 표적 분자를 시료에서 검출하는 것에 근거를 둔다:
(a) 표 1 및 2에서 나타낸 유전자, 또는 상응하는 RNA, 또는 15개 이상, 바람직하게는 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 25개 이상 또는 30개 이상의 연속되는 염기를 갖는 상기의 개별 단편;
(b) (a)에 따른 서열에 상보적인 서열을 갖는 핵산;
(c) (a) 또는 (b)에 따른 핵산의 기능적 유사체; 또는
(d) (a) 내지 (c)에 따른 핵산에 의해 코딩된 폴리펩티드.
표적 분자는 유전자 또는 RNA, 또는 상응하는 단백질의 완전 서열, 또는 상기의 개별 단편, 즉 상기 유전자 또는 RNA, 또는 상기 단백질에 특이적인 서열의 단편, 및/또는 검출하기 위한 생물학적 결과의 대표적인 가변성 도메인(스플라이싱, 결실, 다형성 등)을 포함하는 단편일 수 있다.
"기능적 유사체(functional analogue)"라는 용어는 또 다른 포유동물 종으로부터 유래된 유사체를 의미한다. 실제로 표 1 및 2에서 나열한 유전자는 사람 유전자이며, 이러한 서열로 사람 질환자에서의 알츠하이머 질환을 검출하기에 효과적이며 적당한 마커를 만든다. 그럼에도 불구하고 본 발명의 방법을 다른 포유동물 종에 적용시키기 위해서는 고려하고 있는 종의 특징을 지니고 있는, 이러한 서열의 기능적 유사체를 사용하는 것이 일반적으로 바람직하다. 이러한 유사체는 특히 본 발명에서 제공되는 서열 및 상응하는 유전자의 명칭을 고려하면 당업에 통상의 지식을 가진 자들에게 공지되어 있는 기술에 의해서 확인할 수 있다.
특정 실시양태에서 본 발명의 방법은 (a) 내지 (c)에 따른 1개 이상의 핵산의 존재를 측정하는 것을 포함한다.
특정 실시양태에서 본 발명의 방법은 사람 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하기 위해서 사용하며, (a) 또는 (b)에 따른 1개 이상의 핵산의 존재를 측정하는 것을 포함한다.
유전자의 변화를 검출하는 방법
이전에 지적한 것과 같이, 유전자 또는 RNA의 변화는 본 발명의 명세서에서 (i) 발현에서의 임의의 변화, 즉 발현(예를 들면 전사 또는 해독) 수준의 조절장애; 예를 들어 다양한 스플라이싱 형태들 사이의 비율 또는 (상대적) 양의 변화 또는 특정 스플라이싱 형태의 출현을 유도하는 스플라이싱의 조절장애; 뿐만 아니라 (ii) 생성된 단백질의 구조의 임의의 변화[절단된 형태, 연장된 형태 또는 돌연변이 형태 등의 출현 또는 소멸]를 의미한다.
시료에서 핵산의 종류를 검출할 수 있는 다양한 기술을 본 발명에 사용할 수 있으며, 예컨대 예를 들면 노던 블럿, 선택적 하이브리드화, 올리고뉴클레오티드 프로브로 피복된 기질의 사용, 예를 들면 RT-PCR, 정량적 PCR 또는 결찰-PCR 등에 의한 핵산의 증폭 등이 있다. 상기 방법은 시료에서 핵산 표적을 선택적으로 또는 특이적으로 검출할 수 있는 핵산 프로브(예를 들면 올리고뉴클레오티드)의 사용을 포함할 수 있다. 증폭은 당업에 통상의 지식을 가진 자들에게 공지된 다양한 방법, 예컨대 PCR, LCR, 전사 매개 증폭(TMA), 가닥 치환 증폭(SDA), NASBA, 대립유전자 특이적 올리고뉴클레오티드(ASO)의 사용, 대립유전자 특이적 증폭, 서던 블럿, 단일-가닥 구조 분석(SSCA), 계내 하이브리드화(예를 들면 FISH), 겔 이동, 이형접합자 분석 등에 의해 실행할 수 있다. 필요하다면 검출된 핵산의 양을 참조 값, 예를 들면 알츠하이머 질환으로 고통받지 않는 질환자 중에서 관찰된 중간 또는 평균 값, 또는 대조군 시료에서 동시에 측정된 값과 비교할 수 있다. 따라서 발현 수준의 변화를 밝힐 수 있다.
바람직한 실시양태에 따라서, 본 발명의 방법은 선택적 하이브리드화 또는 선택적 증폭에 의해서 (a) 내지 (c)에 따른 핵산의 존재, 부재 또는 (상대적) 양을 검출하는 것을 포함한다.
선택적 하이브리드화는 핵산 프로브를 고정하기위해서 평평하거나 또는 그렇지 않은 1개 이상의 표면을 갖는 고형 또는 반-고형 기질과 기질 상에 고정된 핵산 프로브를 사용하여 실행하는 것이 통상적이다. 상기 기질은 예를 들어 스트립, 비드, 막, 필터, 컬럼, 플레이트 등을 포함한다. 상기는 임의의 상용성 물질, 특히 유리, 실리카, 플라스틱, 섬유, 금속, 폴리머 등으로 제조할 수 있다. 핵산 프로브는 상기 (a) 내지 (c)에서 규정한 것과 같은 표적 분자에 특이적 서열을 포함하는, 단일 가닥이 바람직한 임의의 핵산(DNA, RNA, PNA 등)일 수 있다. 프로브는 통상적으로 5 내지 400개 염기, 바람직하게는 8 내지 200, 보다 바람직하게는 100 이하, 보다 더 바람직하게는 75, 60, 50, 40 또는 심지어 30개 이하의 염기를 포함한다. 프로브는 종래의 합성 기술에 따라 본 발명의 표적 분자의 서열을 기본으로 제조된 합성 올리고뉴클레오티드일 수 있다. 상기 올리고뉴클레오티드는 통상적으로 10 내지 50개 염기, 바람직하게는 20 내지 40개, 예를 들면 대략 25개 염기를 포함한다. 특히 유리한 실시양태에서 수개의 상이한 올리고뉴클레오티드(또는 프로브)는 동일한 표적 분자를 검출하기 위해 사용한다. 동일한 표적 분자의 상이한 영역, 또는 동일한 영역 상의 다르게 중심이 있는 것에 특이적인 올리고뉴클레오티드의 문제일 수 있다. 하나는 표적 분자와 완벽하게 일치하지만 다른 하나는 일치하지 않는 한 쌍의 프로브를 사용하여 배경 잡음(background noise)을 평가한다. 상기 프로브는 엑손 또는 인트론의 영역, 또는 엑손-엑손, 엑손-인트론 또는 인트론-인트론 접합점을 포함하는 영역과 하이브리드화되도록 도안할 수 있다. 따라서 프로브로 유전자의 다양한 스플라이싱 형태를 밝히고, 구별할 수 있게 된다.
프로브는 사전에 합성하고, 기질 상에 부착시키거나, 또는 당업에 통상의 지식을 가진 자들에게 공지되어 있는 방법에 따라 계내에서 기질 상에서 직접 합성할 수 있다. 상기 프로브는 또한 유전적 기술, 예를 들어 증폭, 재조합, 결찰 등으로 제조할 수 있다.
따라서 상기로 규정된 프로브는 본 발명의 또 다른 목적 뿐만 아니라 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하기 위한 (주로 시험관내에서) 상기 프로브의 용도를 구성한다.
하이브리드화는 당업에 통상의 지식을 가진 자들에게 공지되어 있으며, 조정된 종래 조건하에서 실행할 수 있다(Sambrook, Fritsch, Maniatis(1989) Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press). 특히 하이브리드화는 민감도 추구 수준, 이용가능한 물질의 양 등에 따라 엄격함이 높거나, 중간 또는 낮은 조건하에서 실행할 수 있다. 예를 들면 적당한 하이브리드화 조건은 2 시간 내지 18 시간 동안 55 ℃ 내지 63 ℃의 온도를 포함한다. 고밀도 기질에 적응된 다른 하이브리드화 조건은 예를 들면 45 ℃ 내지 55 ℃의 하이브리드화 온도이다. 하이브리드화 후에 비-하이브리드화 분자를 제거하기 위해서 SDS를 포함하는 SSC 완충액, 예컨대 0.1X 내지 10X SSC 및 0.5-0.01 % SDS를 포함하는 완충액으로 여러번 세척할 수 있다. SSPE, MES, NaCl 또는 EDTA를 함유하는 다른 세척 완충액도 또한 사용할 수 있다.
일반적인 실행에서 핵산(또는 칩 또는 기질)은 30 분 동안 65 ℃에서 통상적으로 100 ug/ml의 살먼 스펌(salmon sperm) DNA를 함유하는 하이브리드화 완충액(Rapid Hybrid Buffer, Amersham)에서 프리하이브리드화한다. 다음에 핵산 시료는 2 시간 내지 18 시간 동안 65 ℃에서 프로브(통상적으로 기질 또는 칩 상에 적용됨)와 접촉하도록 둔다. 바람직하게 핵산 시료는 공지되어 있는 표지(방사성, 효소, 형광, 냉광 등)로 사전에 표지화한다. 다음에 기질은 30 분 동안 65 ℃에서 0.1 % SDS와 5X SSC 완충액으로 세척한 다음 0.1 % SDS와 0.2X SSC 완충액으로 세척한다. 하이브리드화 프로파일은 종래의 기술에 따라, 예컨대 예를 들어 적당한 기구(예를 들면 InstantImager, Packard Instruments)를 사용하여 기질 상에 표지화를 측정함으로써 분석한다. 하이브리드화 조건은 물론 당업에 통상의 지식을 가진 자들에 의해서 조정될 수 있으며, 예를 들면 완충액의 염 농도 및/또는 하이브리드화 온도의 조정 뿐만 아니라 보조 물질, 예컨대 포름아미드 또는 단일-가닥 DNA를 첨가함으로써 조정할 수 있다.
따라서 본 발명의 특정 목적은 하이브리드화 프로파일(여기서 하이브리드화 프로파일은 하기 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험, 또는 치료 유효성의 특징이 있음)을 수득하기 위해서 이전에 규명한 표적 분자 용의 프로브의 특이적 세트 및 포유동물 혈액 시료로부터의 핵산을, 상보적 서열들 사이에서 하이브리드화할 수 있는 조건 하에서 접촉하도록 두는 것을 포함하는, 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 검출하거나 또는 알츠하이머 질환의 치료 유효성을 평가하는 방법에 있다.
선택적 증폭(selective amplification)은 하나의 표적물이 존재하는 경우 시료에서 핵산 표적물 중 하나의 전부 또는 쌍(pair)을 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프라이머 쌍을 사용하여 실시되는 것이 바람직하다. 상기 프라이머는 상기에 정의된 바와 같은 표적 서열, 또는 시료의 핵산내 표적 서열을 플랭킹(flanking)하는 영역에 특이적일 수 있다. 상기 프라이머는 전형적으로 5-50개의 염기, 바람직하게는 5-30개의 염기의 단일가닥 핵산을 포함한다. 상기 프라이머는 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하는데(주로 시험관내에서) 상기의 사용 뿐만 아니라 본 발명의 또다른 목적을 구성한다. 상기 프라이머는 엑손 또는 인트론의 영역, 또는 엑손-엑손, 엑손-인트론 또는 인트론-인트론 접합점을 포함하는 영역과 하이브리드화하는 것이 도안되었다. 그러므로, 상기 프라이머는 유전자의 다양한 스플라이싱 형태를 밝히고 구별할 수 있다.
상기 관점에서, 본 발명의 또다른 목적은 하기 표 1 및 표 2에 언급된 하나의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자들, 또는 상응하는 RNAs의 전부 또는 일부를 증폭할 수 있는 뉴클레오티드 프라이머 또는 뉴클레오티드 프라이머 세트를 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 검출하거나 또는 포유동물, 특히 사람에서 알츠하이머 질환의 치료에 대한 유효성을 평가하는데 사용하는 것에 있다.
폴리펩티드에서 변화 검출
또다른 실시양태에서, 상기 방법은 상기에 정의된 바와 같은 유전자에 의해서 코딩된 폴리펩티드의 존재 또는 정량(상대적)의 측정을 포함한다. 시료에서 폴리펩티드를 밝히거나 또는 분석하는 것은 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 기술, 특히 특정 리간드, 예를 들면 항체 또는 단편 또는 항체 유도체에 의해서 실시될 수 있다. 바람직하게, 상기 리간드는 폴리펩티드의 특정 항체, 또는 상기 항체의 단편(예를 들면, Fab, Fab', CDR 등) 또는 상기 항체의 유도체(예를 들면 단일-사슬 항체, ScFv)가 있다. 상기 리간드는 전형적으로 기질, 가령 스트립(strip), 비드(bead), 컬럼(column), 플레이트(plate) 등에 고정된다. 상기 시료내 표적 폴리펩티드의 존재 또는 정량은 표적과 리간드 사이의 복합체를 밝힘으로써, 예를 들면 표지된 리간드의 사용, 제2 표지된 검출 리간드 등을 사용함으로써 검출될 수 있다. 사용될 수 있고 잘 공지되어 있는 면역학적 기술은 ELISA, RIA 등을 포함한다. 필요하다면, 검출된 폴리펩티드의 정량은 참조 값, 예를 들면 알츠하이머 질환을 앓고 있지 않은 질환자들 중에서 관찰된 중간 값 또는 평균 값, 또는 대조군 시료에서 동시에 측정된 값과 비교할 수 있다. 그러므로, 발현 수준에서 변화(variation)를 나타낼 수 있다.
표적 폴리펩티드의 특정 항체는 종래 기술, 특히 폴리펩티드(또는 상기의 면역성 단편)를 포함하는 면역원(immunogen)으로 비(非)사람 동물을 면역화시키고 항체(폴리클로날) 또는 (모노클로날 항체를 생성하는) 생성 세포를 회수함으로써 제조될 수 있다. 폴리클로날 항체, 모노클로날 항체, ScFv 단편 및 사람 또는 사람화 항체를 생성하는 기술은 예를 들면 Harlow 등의 Antibodies: A Laboratory Manual, CSH Press, 1988; Ward 등의 Nature 341 (1989) 544; Bird 등의 Science 242(1988) 423; WO94/02602; US5,223,409; US5,877,293; WO93/01288에 기재되어 있다. 상기 면역원은 적당한 숙주에서, 상기에 정의된 바와 같은 핵산 표적의 합성 또는 발현에 의해서 생성될 수 있다. 상기 항체, 모노클로날 또는 폴리클로날, 뿐만 아니라 상기 항원 특이성을 갖는 이의 유도체는 또한 본 발명의 목적을 구성할 뿐만 아니라 상기를 사용하여 암을 검출할 수 있다.
단백질의 발현 및/또는 구조의 변형은 알츠하이머 질환을 앓고 있는 질환자의 혈액에서 특정 시그니처를 검출하기위해서 질량 분광분석계, 특히 프로테오믹 분석(proteomic analysis)을 포함하는 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지된 기술에 의해서 검출될 수 있다.
본 방법의 실시
본 발명의 방법은 시험될 포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 특히 핵산 또는 폴리펩티드를 포함하는 시료에 적용가능하다. 유익하게, 혈액, 혈장, 혈소판, 타액, 소변, 대변 등의 시료, 특히 조직, 기관, 또는 유익하게는 핵산 또는 폴리펩티드를 포함하는 생물학적 유액이 인용될 수 있다.
바람직한 특정 실시양태에서, 상기 시료는 혈액, 예를 들면 혈액, 혈청 또는 혈장으로부터 유래된 시료이다. 본 발명은 실제로 알츠하이머 질환에 대한 혈액 마커를 확인하고, 조직 생체 검사 없이 오직 혈액 시료로부터 상기 질환을 검출할 수 있다.
상기 시료는 공지된 기술, 예를들면 비침습적(noninvasive) 기술에 의해서 시료 수집 또는 뱅크(bank) 등으로부터 혈액을 드로잉함으로써 수득될 수 있다. 또한, 상기 시료는 예를 들면 분해(기계적, 화학적, 효소적 등), 정제, 원심분리, 분리 등에 의해서 전처리되어 표적 분자의 접근성을 용이하게 할 수 있다. 상기 시료는 표지되어 표적 분자의 존재를 측정하는데 용이하게 할 수 있다(형광, 방사성, 냉광, 화학적, 효소적 표지 등).
바람직한 실시양태에서, 생물학적 시료는 전체 혈액, 예를 들면 분리 단계를 거치지 않았지만, 선택적으로 희석될 수 있는 혈액의 시료이다.
바람직하게, 상기 방법은 상기에 정의된 바와 같이 5, 10, 20, 30, 40, 50 또는 60개의 표적 분자들의 존재, 부재 또는 정량의 조합된 측정을 포함한다.
본 발명의 또다른 특정 목적은 사람 피험체에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재, 진행 정도 또는 위험을 검출하는 방법에 관한 것으로서, 상기 방법은 상기에 정의된 바와 같은 1개의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자 또는 RNAs에 대한 상보적이고/이거나 특이적인 서열을 포함하는 핵산이 고정된 기질을 포함하는 생성물과, 핵산을 포함하는 피험체로부터 유래된 생물학적 시료를 접촉하는 단계를 포함하며, 하이브리드화 프로파일을 측정하며, 상기 프로파일은 상기 사람 피험체에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재, 발생 단계 또는 발생 위험을 나타낸다. 바람직하게, 상기 생성물은 상술된 바와 같이 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 이상의 상이한 유전자 또는 RNAs에 대해 상보적이고/이거나 특이적인 서열을 포함하는 개별의 핵산을 포함한다.
본 발명의 또다른 목적은 상기에 정의된 바와 같이 1개의 유전자, 또는 바람직하게는 수개의 유전자들 또는 RNAs에 상보적이고/이거나 특이적인 서열을 포함하는 핵산이 고정된 기질을 포함하는 생성물에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상기에 정의된 바와 같이 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 이상의 유전자 또는 RNA에 대해 상보적이고/이거나 특이적인 서열을 포함하는 개별의 핵산을 포함한다.
본 발명의 또다른 목적은 상기에 정의된 유전자 또는 RNA에 의해서 코딩된 폴리펩티드의 적어도 하나의 리간드가 고정된 기질을 포함하는 생성물에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상술된 폴리펩티드들 중에서 선택된 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 이상의 상이한 폴리펩티드 리간드를 포함한다.
상기 기질은 평면 또는 평면이 없는 적어도 하나의 표면(예를들면 2차원 또는 3차원) 고형 또는 반고형 기질일 수 있으며, 핵산 또는 폴리펩티드를 고정할 수 있다. 상기 기질은 예를들면 스트립, 비드, 멤브레인, 필터, 컬럼, 플레이트 등을 포함한다. 상기는 적당한 물질, 가령 특히 유리, 실리카, 플라스틱, 파이버, 금속, 폴리머, 폴리스티렌, 테프론 등으로 제조될 수 있다. 상기 시약은 공지된 기술에 의해서 기질의 표면에 고정될 수 있으며, 핵산의 경우에 계내에서 기질상에서 직접 합성될 수 있다. 고정화(immobilization) 기술은 수동적 흡수(passive adsorption)(Inouye 등의, J. Clin. Microbiol. 28 (1990) 1469) 및 공유 결합을 포함한다. 상기 기술은 WO90/03382 및 WO99/46403에 기술되어 있다. 상기 기질에 고정된 시약은 종래의 도식도에 따라 배열되며, 가변성 및 조절성 밀도에 따라 형성된 복합체의 검출 및 확인을 용이하게 한다.
하나의 실시양태에서, 본 발명의 생성물은 상기에 정의된 바와 같은 1 이상의 유전자 또는 RNAs에 특이적인 5-100 염기의 다수의 합성 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
본 발명의 생성물은 전형적으로 상기 결과를 검정하고/하거나 표준화할 수 있는 대조군 분자를 포함한다.
본 발명의 또다른 목적은 상기에 정의된 바와 같이 1 이상의 유전자 또는 RNAs에 대해 상보적 및/또는 특이적 서열을 포함하는 적어도 1개의 핵산, 바람직하게는 수개의 핵산 및/또는 상기에 정의된 1 이상의 폴리펩티드의 1개의 리간드, 바람직하게는 수개의 리간드들을 포함하는 구획(compartment) 또는 컨테이너(container)를 포함하는 키트(kit)에 관한 것이다. 바람직하게, 상기 생성물은 상술된 핵산 및 리간드 중에서 선택된 적어도 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 이상의 상이한 핵산 및/또는 리간드를 포함한다. 상기 키트는 또한 하이브리드화 또는 면역 반응에 대한 시약 뿐만 아니라, 필요하다면, 대조군 및/또는 지시 사항을 포함할 수 있다.
본 발명의 또다른 목적은 포유동물 피험체, 바람직하게는 사람 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하는데 사용되는 상기에 기술된 생성물 또는 키트의 용도에 관한 것이다.
본 발명의 다른 측면 및 잇점은 하기 실시예를 고려하여 나타내며, 이는 본 발명을 설명하는데 있으며, 제한하지는 않는다.
실시예 1 : 하루주기리듬에 관련된 알츠하이머 질환에 대한 혈청 마커의 확인
알츠하이머 질환의 다양한 진행 정도를 가지고 있는 알츠하이머 질환을 앓고 있는 질환자의 혈액으로부터 추출된 RNA와, 질환을 가지고 있는 피험체의 연령과 동일한 평균 연령을 가진 건강한 대조군 피험체의 혈액으로부터 제조된 RNA를 사용하여 유전자 분석을 실시한다.
이와 같이 수득된 시그니처(signatures)가 바이오인포메틱(bioinformatic) 기술에 의해 분석되고, 알츠하이머 질환에서 조절장애 현상의 분자 기준을 확인할 수 있다.
그러므로, BMAL1을 코딩하는 mRNA로부터 유도되고, GenBank 서열 AB000816의 뉴클레오티드 128 내지 247에 해당하는 시그니처를 확인한다. CLOCK 유전자와 같이 BMAL1은 전사 인자를 포함하는 염기-나선-루프-나선(bHLH) - PAS 도메인의 패밀리의 전사 인자를 코딩한다. BMAL1 및 CLOCK의 생성물은 생체시계의 조절 및 하루주기리듬을 조절하는데 관여하는 전사 복합체를 형성한다. 결과적으로, 본 발명은 처음에 알츠하이머 질환을 앓고 있는 질환자의 혈액 세포의 하루주기리듬의 조절장애를 나타낸다. 포유동물에서 하루주기 시스템은 중심 및 말초 오실레이터(oscillators)를 포함한다. 계층적 우세(hierarchical predominance)는 중추신경계의 하루주기 시스템과 말초 조직의 하루주기 시스템 사이에 나타낸다. 그러므로, 중추계는 말초 동기화(peripheral synchronization)한다. 상기 중추 생체 시계를 조절하는 뇌 영역은 알츠하이머 질환 중에 변화되며, 처음에 본 발명은 생체 시계의 조절장애의 혈액 세포의 수준에 영향을 주는 것이 기재하였다. 하기 표 1에서 하루주기 리듬에 따라 조절된 유전자들의 목록을 제공하며, 본 발명의 명세서에서 표적물(target)을 구성한다.
Figure 112008085690617-PCT00001
Figure 112008085690617-PCT00002
실시예 2 : 식세포작용의 현상에 관여하는 알츠하이머 질환에 대한 혈청 마커의 확인
알츠하이머 질환을 앓고 있는 질환자로부터 추출된 RNA와 대조군 질환자로부터 추출된 RNA 사이의 DATAS 분석으로 식세포작용의 현상에 관여하는 유전자의 스플라이싱에서 변화를 입증하였다. 산화적 스트레스를 조절하는 신호계(signaling cascades)에 의해서 조절되는 현상은 대표적인 마크로파지(macrophages) 및 선천성 면역(innate immunity)의 현상에 대한 이들의 기여를 나타낸다.
마크로파지의 식세포작용 특성의 감소가 알츠하이머 질환을 앓고 있는 특정 질환자에서 보고되었다. 그러나, 상기 현상을 설명하기 위한 분자적 근거는 확인되지 않았다.
본 발명자들에 의해서 실시된 DATAS 분석으로 L-플라스틴 및 칼넥신의 RNA에 해당하는 서열을 확인할 수 있다. 특히, L-플라스틴을 확인하는 서열은 GenBank 서열 NM_002298의 뉴클레오티드 3249-3487에 해당하며, 칼넥신을 확인하는 서열은 GenBank 서열 NM_001746의 뉴클레오티드 3764-4007에 해당한다.
칼넥신은 알츠하이머 질환에 관여하는 단백질인 프레세닐린 1(PS1)과 반응하여 아밀로이드-베타 반점(amyloid-beta plaque)을 생성하는 것이 당분야의 통상의 지식을 가진 사람에게 공지되어 있다. 또한 칼넥신은 CD14와 반응하며, 식세포작용의 현상에 관여한다.
식세포작용의 현상에 관여하는 L-플라스틴은 특히 산화적 스트레스의 활성화에 이은 내재화(internalization)에 관여한다.
결과적으로, 본 발명은 알츠하이머 질환을 앓고 있는 질환자의 마크로파지에 의해서 나타내는 식세포작용에서 결함의 분자적 기원에 있어서 처음에 정보를 제공한다.
하기 표 2는 식세포작용과 산화적 스트레스의 기작에 관여하는 유전자의 목록을 제공하며, 본 발명의 명세서에서 표적물로 구성된다.
L-플라스틴 - Genbank NM_002298 칼넥신 - Genbank NM_001746 호모 사피엔스(Homo sapiens) CD14 분자(CD14), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_000591
호모 사피엔스 CD14 분자(CD14), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_001040021
호모 사피엔스 톨-유사(toll-like) 수용체 4 (TLR4), mRNA. ACCESSION NM_138554 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 2 (TLR2), mRNA. ACCESSION NM_003264 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 7 (TLR7), mRNA. ACCESSION NM_016562 호모 사피엔스 케모킨(chemokine) (C-X-C 모티프) 수용체 4 (CXCR4), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_003467 호모 사피엔스 케모킨 (C-X-C 모티프) 수용체 4 (CXCR4), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_001008540 호모 사피엔스 인터페론, 감마 (IFNG), mRNA. ACCESSION NM_000619 호모 사피엔스 케모킨 (C-X-C 모티프) 리간드 3 (CXCL3), mRNA. ACCESSION NM_002090 호모 사피엔스 인터페론, 베타 1, 섬유아세포(IFNB1), mRNA. ACCESSION NM_002176 호모 사피엔스 인터페론 조절 인자 3 (IRF3), mRNA. ACCESSION NM_001571 호모 사피엔스 ras-관련 C3 보툴리눔 독소(botulinum toxin) 기질 1(rho 패밀리, 작은 GTP 결합 단백질 Rac1)(RAC1), 전사 변이체 Rac1c, mRNA. ACCESSION NM_198829 호모 사피엔스 ras-관련 C3 보툴리눔 독소 기질 1(rho 패밀리, 작은 GTP 결합 단백질 Rac1)(RAC1), 전사 변이체 Rac1, mRNA. ACCESSION NM_006908 호모 사피엔스 ras-관련 C3 보툴리눔 독소 기질 1(rho 패밀리, 작은 GTP 결합 단백질 Rac1)(RAC1), 전사 변이체 Rac1b, mRNA. ACCESSION NM_018890 호모 사피엔스 리포폴리사카라이드 결합 단백질(LBP), mRNA. ACCESSION NM_004139
호모 사피엔스 인터루킨 1 수용체-유사 1(IL1RL1), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_003856 호모 사피엔스 인터루킨 1 수용체-유사 1(IL1RL1), 전사 변이체 1 , mRNA. ACCESSION NM_016232 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 9(TLR9), 전사 변이체 B, mRNA. ACCESSION NM_138688 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 9 (TLR9), 전사 변이체 A, mRNA. ACCESSION NM_017442 호모 사피엔스 NADPH 옥시다제 4 (NOX4), mRNA. ACCESSION NM_016931 호모 사피엔스 인터루킨 6 (인터페론, 베타 2) (IL6), mRNA. ACCESSION NM_000600 호모 사피엔스 마크로파지 이동 저해 인자 (글리코실화-저해 인자) (MIF), mRNA. ACCESSION NM_002415 호모 사피엔스 ras 호모로그 유전자 패밀리, 멤버 A(RHOA), mRNA. ACCESSION NM_001664 호모 사피엔스 B-세포 1내 카파 경질 폴리펩티드 유전자 인헨서의 핵 인자(p1O5) (NFKB1), mRNA. ACCESSION NM_003998 호모 사피엔스 인터루킨 1, 베타(IL1B), mRNA. ACCESSION NM_000576 호모 사피엔스 인터페론, 알파 1(IFNA1), mRNA. ACCESSION NM_024013 호모 사피엔스 B-세포 저해제내 카파 경질 폴리펩티드 유전자 인헨서의 핵 인자, 알파(NFKBIA), mRNA. ACCESSION NM_020529 호모 사피엔스 인터루킨 4 (IL4), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_172348 호모 사피엔스 인터루킨 4 (IL4), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_000589
호모 사피엔스 Tlr4와 결합된 단백질 (MGC40499), mRNA. ACCESSION NM_152755 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 3 (TLR3), mRNA. ACCESSION NM_003265 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 5 (TLR5), mRNA. ACCESSION NM_003268 호모 사피엔스 인터루킨 1 수용체 보조 단백질-유사 1(IL1RAPL1), mRNA. ACCESSION NM_014271 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 1 (TLR1), mRNA. ACCESSION NM_003263 호모 사피엔스 인터루킨 1 수용체-유사 2 (IL1RL2), mRNA. ACCESSION NM_003854 호모 사피엔스 케모킨 (C-X-C 모티프) 리간드 10 (CXCL10), mRNA. ACCESSION NM_001565 호모 사피엔스 인터루킨-1 수용체-결합 키나제 1(IRAK1), 전사 변이체 3, mRNA. ACCESSION NM_001025243 호모 사피엔스 인터루킨-1 수용체-결합 키나제 1 (IRAK1), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_001025242 호모 사피엔스 인터루킨-1 수용체-결합 키나제 1 (IRAK1), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_001569 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 어댑터 분자(adaptor molecule) 2 (TICAM2), mRNA. ACCESSION NM_021649 호모 사피엔스 톨 상호작용 단백질 (TOLLIP), mRNA. ACCESSION NM_019009 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 8 (TLR8), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_138636 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 8 (TLR8), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_016610
호모 사피엔스 인터루킨 1 수용체 보조 단백질-유사 2 (IL1RAPL2), mRNA. ACCESSION NM_017416 호모 사피엔스 인터루킨-1 수용체-결합 키나제 4 (IRAK4), mRNA. ACCESSION NM_016123 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 6 (TLR6), mRNA. ACCESSION NM_006068 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 10 (TLR10), 전사 변이체 2, mRNA. ACCESSION NM_001017388 호모 사피엔스 톨-유사 수용체 10 (TLR10), 전사 변이체 1, mRNA. ACCESSION NM_030956 호모 사피엔스 인터루킨-1 수용체-결합 키나제 2 (IRAK2), mRNA. ACCESSION NM_001570 호모 사피엔스 골수 분화 1차 반응 유전자(88) (MYD88), mRNA. ACCESSION NM_002468 호모 사피엔스 CD55 분자, 보체(complement)에 대한 붕괴 가속 인자(decay accelerating factor) (Cromer blood group) (CD55), mRNA. ACCESSION NM_000574

Claims (14)

  1. 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 시험관내(in vitro) 또는 생체외(ex vivo)에서 검출하는 방법으로서,
    포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 하루주기리듬(circadian rhythm)에 따라 조절되는 유전자 및 식세포 작용(phagocytosis) 또는 산화적 스트레스(oxidative stress)를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 1 이상의 유전자 또는 RNA에서 변화의 존재를 측정하는 단계를 포함하며, 상기 변화의 존재는 상기 포유동물에서 알츠하이머 질환의 발생의 존재 또는 위험을 나타내는 지표인 것을 특징으로 하는 방법.
  2. 알츠하이머 질환 치료의 유효성을 평가 또는 모니터하는 방법으로서,
    치료 중에 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자 및 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 1개의 유전자, 바람직하게는 수개의 유전자들의 발현을 측정하는 단계를 포함하고, 상기에서 측정된 발현을 이전의 치료 단계에서 측정된 발현과 비교하는 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제 1 항에 있어서,
    유전자 또는 RNA에서 변화는 생성된 단백질의 발현, 스플라이싱(splicing) 및/또는 구조에서 변화인 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제 1 항 또는 제 2 항에 있어서,
    포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 표 1에 개시된 1 이상의 유전자의 변화 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 측정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  5. 제 4 항에 있어서,
    포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 BMAL1 또는 CLOCK 유전자의 변화, 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 측정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  6. 제 1 항 내지 제 5 항 중 어느 한 항에 있어서,
    포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 표 2에 개시된 1 이상의 유전자의 변화 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 측정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  7. 제 6 항에 있어서,
    포유동물로부터 유래된 생물학적 시료, 바람직하게는 혈액 시료(유도체)에서 L-플라스틴(plastin) 또는 칼넥신(calnexin) 유전자의 변화 또는 상응하는 RNA의 변화, 특히 상기 유전자 또는 RNA의 스플라이싱에서 변화의 존재를 측정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 제 1 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 있어서,
    (a) 표 1 및 표 2에 개시된 유전자, 또는 상응하는 RNA들, 또는 15개 이상, 바람직하게는 16개 이상, 17개 이상, 18개 이상, 19개 이상, 20개 이상, 25개 이상 또는 30개 이상의 연속되는 염기를 갖는 상기의 개별 단편(distinctive fragment),
    (b) 상기 (a)에 따른 서열에 상보적인 서열을 갖는 핵산들,
    (c) 상기 (a) 또는 (b)에 따른 핵산의 기능적 유사체, 또는
    (d) 상기 (a) 내지 (c)에 따른 핵산에 의해서 코딩된 폴리펩티드 중에서 선택된 1 이상의 표적 분자들(target molecules)의 존재를 측정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  9. 제 1 항 내지 제 8 항 중 어느 한 항에 있어서,
    변화의 존재는 선택적 하이브리드화(hybridization), 선택적 증폭(amplification), 또는 특정 리간드와의 결합에 의해서 측정되는 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 제 4 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 정의된 5개 이상, 10개 이상, 20개 이상, 30개 이상, 40개 이상, 50개 이상, 60개 이상의 유전자 또는 RNA에 상보적이고/이거나 특이적인 서열을 포함하는 고정된 핵산(immobilized nucleic acids)이 있는 기질을 포함하는 생성물.
  11. 제 4 항 내지 제 7 항 중 어느 한 항에 정의된 유전자 또는 RNA에 의해서 코딩되는 5개 이상, 10개 이상, 20개 이상, 30개 이상, 40개 이상, 50개 이상, 60개 이상의 상이한 폴리펩티드 리간드가 고정된 기질을 포함하는 생성물.
  12. 제 10 항 또는 제 11 항에 정의된 핵산 및 리간드 중에서 선택된 5개 이상, 10개 이상, 20개 이상, 30개 이상, 40개 이상, 50개 이상, 60개 이상의 상이한 핵산 및/또는 리간드를 포함하는 구획(compartment) 또는 컨테이너(container)를 포함하는 키트(kit).
  13. 제 10 항 내지 제 12 항 중 어느 한 항에 따는 생성물 또는 키트를 포유동물 피험체, 바람직하게는 사람 피험체에서 알츠하이머 질환을 검출하는데 사용되는 것을 특징으로 하는 생성물 또는 키트의 용도.
  14. 하루주기리듬에 따라 조절되는 유전자 및 식세포 작용 또는 산화적 스트레스를 조절하는데 관여하는 유전자 중에서 선택된 유전자 발현의 조절장 애(dysregulation)를 가진 질환자에서 알츠하이머 질환을 치료하기 위한 약물의 제조에 사용되는, 아세틸콜린에스터라제 저해제, 가령 타크린(tacrine), 도네페질(donepezil) 또는 리바스티그민(rivastigmine)의 용도.
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