KR20050074467A

KR20050074467A - 전립선암 진단 방법

Info

Publication number: KR20050074467A
Application number: KR1020057005559A
Authority: KR
Inventors: 유스케 나카무라; 토요마사 카타기리; 히데와키 나카가와; 슈이치 나카츠루
Original assignee: 온코세라피 사이언스 가부시키가이샤; 고쿠리츠다이가쿠호우진 도쿄다이가쿠
Priority date: 2002-09-30
Filing date: 2003-09-22
Publication date: 2005-07-18
Also published as: AU2003263611A1; WO2004031231A3; CN1703523A; EP1546197A2; KR20050067409A; WO2004031231A2; CN1701078A; CA2500861A1; WO2004031414A3; TW200413539A; AU2003264881A1; US20060160991A1; TW200418988A; AU2003264881A8; JP2006500950A; EP2090587A1; EP1546411A2; CA2500859A1; AU2003263611A8; WO2004031414A2

Abstract

전립선 암(PRC) 또는 전립선 상피내 종양(PIN)을 진단 및 검출하기 위한 객관적인 방법이 본 명세서내에 기술되어 있다. 하나의 구현예에서, 본 진단 방법은 PRC 또는 PIN과 정상 세포간에 구별되는 PRC -관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 본 발명은 추가로 PRC PIN의 치료에 유용한 치료제를 위한 스크리닝 방법, PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료하는 방법 및 대상체에게 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에 대한 예방 접종하는 방법을 제공한다.

Description

전립선암 진단 방법{Method for diagnosing prostate cancer}

본 발명은 전립선 암을 진단하는 방법에 관한 것이다.

전립선 암(Prostate cancer, PRC)는 남성에서 가장 흔한 악성 종양 중 하나이며, 전세계적으로 심각한 건강 문제를 대표한다. 이는 미국에서 두번째로 가장 빈번한 암 사망의 요인이다(1). PRC는 증가하는 노년 인구 및 서양식 식이의 보편화에 따라 선진국에서 꾸준히 증가하고 있다. 서양식 생활 방식의 도입으로 인하여 일본에서도 또한 이 질병으로 인하여 사망하는 환자가 증가한다(2). 현재, PRC의 진단은 혈청 전립선 특이 항원(PSA, prostate specific antigen)의 증가된 수준을 기초로 한다. 초기 진단은 병을 고치는 수술을 위한 기회를 제공한다. 기관에 국한된 PRC를 가진 환자들은 보통 기본적인 전립선 절제술로 치료되며, 또한 이들중 약 70%가 완치될 수 있다(3, 4). 진전되거나 또는 재발된 병을 가진 대부분의 환자들은 PRC의 성장이 초기에는 안드로겐 의존성이기 때문에 안드로겐 제거 요법으로 치료된다. 비록 대부분의 이들 환자들이 초기에 안드로겐 제거 요법에 반응하더라도, 상기 종양이 더이상 안드로겐 제거 요법에 반응하지 않는 시점에서, 상기 질병은 결국 안드로겐-독립성 PRC로 진행한다.

PRC 치료의 가장 심각한 임상적 문제 중 하나는 상기 안드로겐-독립성 PRC가 임의의 다른 요법들에 반응하지 않고, 안드로겐-독립성 성장의 기전 이해 및 PRC에 대한 안드로겐 제거 요법이외의 새로운 요법 확립이 PRC를 다루기 위한 긴급한 논점이다.

반면에, 전립선 상피내종양(prostatic intraepithelial neoplasia, PIN)은 PRC의 전구체로 생각되는 최소 병변의 특이적 유형이다(McNeal & Bostwick, 1986). PIN은 낮은 등급부터 높은 등급 형태까지 연속적인 것으로 인식되며, 높은 등급의 PIN은 침투성 암의 직접적인 전구체로 인식된다. 높은 등급의 PIN 및 PRC는 빈번하게 공존하며, 또한 유사한 염색체적 및 유전적 변형을 공유한다(Qian et al., 1999). 그러나, PIN 발달 및 PIN에서 PRC로의 진행의 기전은 여전히 불명확하다. 따라서, PINs에서 발현 프로파일의 게놈 전체에 걸친 분석은 PRC의 분자적 암 발생 및 진행의 이해 및 예방 전략을 위한 필수적인 단계이다.

cDNA 마이크로어레이 기술은 정상 및 종양 세포에서 유전자 발현의 포괄적인 프로파일의 획득을 가능하게 하였으며, 종양 및 이에 상응하는 정상 세포에서 유전자 발현의 비교를 가능하게 하였다(Okabe et al., Cancer Res 61:2129-37(2001); kitahara et al., Cancer Res 61:3544-9(2001); Lin et al., Oncogene 21:4120-8(2002); Hasegawa et al., Cancer Res 62: 7012-7(2002)). 상기 접근법은 암 세포의 복잡한 성질을 밝히고, 암 발생의 기전을 이해하는데 도움을 주게 한다. 종양에서 통제를 벗어난 유전자의 확인은 각각의 암을 더욱 분명하고 정확하게 진단할 수 있게 하고, 새로운 치료 표적을 개발할 수 있게 한다(Bienz and Clevers, Cell 103:311-20(2000)). 게놈 전체의 관점에서 종양의 기본을 이루는 기전을 밝히고, 새로운 치료 약물의 개발 및 진단을 위한 표적 분자들을 발견하기 위하여, 본 발명자들은 23,040 유전자의 cDNA 마이크로어레이를 사용하여 종양 세포의 발현 프로파일을 분석해오고 있다(Okave et al., Cancer REs 61:2129-37(2001); Kitahara et al., Cancer Res 61:3544-9(2001); Lin et al., Oncogene 21:4120-8(2002); Hasegawa et al., Cancer REs 62:7012-7(2002)).

암 발생의 기전을 밝히기 위하여 고안된 연구는 이미 항-종양 작용제의 분자 표적의 규명을 용이하게 하였다. 예를 들어, 활성화가 번역후 파르네실레이션(farnesylation)에 의존하는 Ras에 관련된 성장-신호 경로를 억제하기 위하여 처음에 개발된 파르네실트랜스퍼라제(farnesyltransferase, FTIs)의 억제제가 동물 모델에서 Ras-의존성 종양을 치료하는데 효과를 보여왔다(He et al., Cell 99:335-45(1999)). 항암 약물 및 항-HER2 단일 클론 항체인 트라스투주맙(trastuzumab) 또는 이들의 조합을 사용한 인간에서의 임상 시험이 원-종양유전자(proto-oncogene) 수용체 HER2/neu를 상쇄하기 위해 수행되었으며, 향상된 유방암 환자들의 전반적 생존 및 향상된 임상 반응을 성취하였다(Lin et al., Cancer Res 61:6345-9(2001)). 선택적으로 bcr-ab1 융합 단백질들을 불활성화시키는 티로신 인산화효소 억제제인 STI-571은 만성 골수성 백혈병을 치료하기 위하여 개발되었으며, 여기에서 bcr-ab1 티로신 인산화효소의 구조성 활성화(constitutive activation)가 백혈구의 형질전환에서 결정적인 역할을 한다. 이러한 종류의 작용제들은 특이적 유전자 산물들의 발암 활성을 억제하기 위하여 고안되었다(Fujita et al., Cancer Res 61:7722-6(2001)). 따라서, 암 세포에서 보통 상향-조절되는 유전자 산물들은 새로운 항암 작용제들을 개발하기 위한 잠재적인 표적으로 알맞다.

CD8+ 세포독성 T 림프구(CTL)가 MHC 클래스 I 분자상에 존재하는 종양-관련 항원(TAA)으로부터 유도된 에피토프 펩티드를 인식하여 종양 세포를 용해시킨다는 것이 증명되었다. TAA의 첫 예로서 MAGE 패밀리의 발견 이후, 많은 다른 TAA가 면역학적 접근법을 사용하여 발견되었다(Boon, Int J Cancer 54:177-80(1993); Boon and van der Bruggen, J Exp Med 183:725-9(1996); van deer Bruggen et al., Science 254:1643-7(1991); Brichard et al., J Exp Med 178:489-95(1993); Kawakami et al., J Exp Med 180:347-52(1994)). 몇몇 발견된 TAA는 이제 면역 치료의 표적으로서 임상 개발 단계에 있다. 지금까지 발견된 TAA는 MAGE(van der Bruggen et al., Science 254:1643-7(1991)), gap100(Kawakami et al., J Exp Med 180:347-52(1994)), SART(Shichijo et al., J Exp Med 187:277-88(1998)), 및 NY-ESO-1(Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94:1914-8(1997))을 포함한다. 반면에, 종양 세포에서 특이적으로 과발현되었음을 나타내는 유전자 산물들은 세포 면역 반응을 유도하는 표적들로서 인식되는것으로 보인다. 이러한 유전자 산물들은 p53(Umano et al., Brit J Cancer 84:1052-7(2001)), HER2/neu(Tanaka et al., Brit J Cancer 84:94-9(2001)), CEA(Nukaya et al., Int J Cancer 80:92-7(1999))등을 포함한다.

TAA에 관한 기초 및 임상 연구의 현저한 진전에도 불구하고(Rosenbeg etal., Nature Med 4:321-7(1998); Mukherji et al., Proc Natl Acad Sci USA 92:8078-82(1995); Hu et al., Cancer Res 56: 2479-83(1996)), 결장직장암을 포함하는, 선암(adenocarcinomas)의 치료를 위하여 제한된 수의 후보 TAA만이 이용가능하다. TAA는 암세포에서 풍부하게 발현되며, 동시에 발현이 암세포로 국한되는 것이 면역치료 표적으로서 가능성있는 후보가 될 것이다. 나아가, 강력한 그리고 특이적인 항종양 면역 반응을 유도하는 새로운 TAA의 규명은 다양한 종류의 암에서 펩티드 백신 접종 전략의 임상적 사용을 촉진하리라 기대된다(Boon and van der Bruggen, J Exp Med 183:725-9(1996); van der Bruggen et al., Science 254:1643-7(1991); Brichard et al., J Exp Med 178:489-95(1993); Kawakami et al., J Exp Med 180:347-52(1994); Shichijo et al., J Exp Med 187:277-88(1998); Chen et al., Proc Natl Acad Sci USA 94:1914-8(1997); Harris, J Natl Cancer Inst 88:1442-5(1996); Butterfield et al., Cancer Res 59:3134-42(1999); Vissers et al., Cancer Res 59:5554-9(1999); van der Burg et al., J Immunol 156:3308-14(1996); Tanaka et al., Cancer Res 57:4465-8(1997); Fujie et al., Int J Cancer 80:169-72(1999); Kikuchi et al., Int J Cancer 81:459-66(1999); Oiso et al., Int J Cancer 81:387-94(1999)).

임의의 건강한 공여자유래의 펩티드-자극 말초 혈액 단핵 세포(PBMCs)가 펩티드에 반응하여 현저한 수준의 IFN-γ를 생산하지만, 드물게 ⁵¹Cr-방출 분석에서 HLA-A24 또는 -A0201으로 제한된 방식에서 종양 세포에 대한 세포독성은 거의 나타나지 않는다는 것이 여러번 보고된 바 있다(Kawano et al., Cance Res 60:3550-8(2000); Nishizaka et al., Cancer Res 60:4830-7(2000); Tamura et al., Jpn J Cancer Res 92:762-7(2001)). 그러나, HLA-A24 및 HLA-A0201 모두 코카시안 및 일본에서 흔한 HLA 대립형질 중 하나이다(Date et al., Tissue Antigens 47:93-101(1996); Kondo et al., J Immunol 155:4307-12(1995); Kubo et al., J Immunol 152:3913-24(1994); Imanishi et al., Proceeding of the eleventh International Hictocompatibility Workshop and Conference Oxford University Press, Oxford, 1065(1992); Williams et al., Tissue Antigen 49:129(1997)). 따라서, 상기 HLA에 의해 나타난 암의 항원 펩티드들이 일본인 및 코카시안의 암 치료를 위하여 특히 유용할 수 있다. 나아가, 생체외 저-친화성 CTL의 유도는, 보통 항원 제공 세포(APC)상에서 높은 수준의 특이적 펩티드/MHC 복합체를 생성하며, 상기 CTL을 효과적으로 활성화시킬 수 있는 고농도의 펩티드 사용으로부터 유래됨이 알려졌다(Alexander-Miller et al., Proc Natl Acad Sci USA 93:4102-7(1996)).

발명의 개요

본 발명은 PRC 또는 PIN과 연관된 유전자 발현 패턴의 발견에 기초한 것이다. PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에서 차별되게 발현되는 유전자들은 일괄하여 본 명세서에 "PRC 핵산" 또는 "PRC 폴리뉴클레오티드"로 언급되며, 이에 상응하는 암호화된 폴리펩티드들은 "PRC 폴리펩티드" 또는 "PRC 단백질"로 언급된다.

따라서, 본 발명은 조직 샘플과 같이 환자 유래 생물학적 샘플에서 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정함으로써 대상체에 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 진단 또는 소인(predisposition)을 결정하는 방법을 제공한다. PRC 관련 유전자는 정상 세포와 비교하여 PRC 또는 PIN 세포로부터 수득된 세포에서 차이가 있는 발현 수준을 특징으로 하는 유전자를 의미한다. 정상 세포는 전립선 조직으로부터 수득된다. PRC 관련 유전자는 예를 들어 PRC 1-692를 포함한다. 변경, 예를 들어 정상 조절 수준과 비교하여 상기 유전자의 발현 수준의 증가 또는 감소는 대상체가 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험이 있다는 것을 나타낸다.

정상 조절 수준은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있지 않은 것으로 알려진 개인들의 집단에서 또는 정상의 건강한 개인에서 검출된 유전자 발현 수준을 의미한다. 조절 수준은 다수의 발현 패턴들로부터 또는 단일 참조 집단으로부터 유도된 단일 발현 패턴이다. 예를 들어, 상기 조절 수준은 이전에 시험된 세포의 발현 패턴의 데이터베이스일 수 있다. 정상의 개인은 PRC 및 PIN의 임상적 증상이 없는 사람이다.

정상 조절 수준에 비하여 시험 샘플에서 검출된 PRC 1-88, 296-321, 458-537 수준의 증가는 대상체(샘플이 수득되는)가 적어도 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험이 있다는 것을 나타낸다. 대조적으로, 정상 조절 수준에 비하여 시험 샘플에서 검출된 PRC 89-295, 322-457, 538-692 수준에서의 감소는 대상체가 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험이 있다는 것을 나타낸다.

대안적으로, 상기 샘플에서 한 패널의 PRC-관련 유전자의 발현은 같은 패널의 유전자의 PRC 조절 수준과 비교한다. PRC 조절 수준은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있는 집단에서 발견된 PRC-관련 유전자의 발현 프로파일을 의미한다.

유전자 발현은 상기 조절 수준에 비하여 10%, 25%, 50% 증가 또는 감소된다. 대안적으로, 유전자 발현은 상기 조절 수준에 비하여 1배, 2배, 5배 또는 그 이상 증가 또는 감소된다. 발현은 예를 들어, 어레이상에서 환자 유래 조직 샘플의 유전자 전사체에 PRC-관련 유전자의 혼성화를 검출함으로써 결정된다.

상기 환자 유래 조직 샘플은 시험 대상체, 예를 들어, PRC 또는 PIN을 가지는 것으로 알려지거나 또는 의심되는 환자로부터 얻은 임의의 조직이다. 예를 들어, 상기 조직은 상피 세포를 포함한다. 예를 들어, 상기 조직은 전립선 조직 유래의 상피 세포이다.

본 발명은 또한 PRC 1-692 중 둘 이상의 유전자 발현 수준의 PRC 참조 발현 프로파일을 제공한다. 대안적으로, 본 발명은 PRC 1-88, PRC 89-295, PRC 296-321, PRC 322-457, PRC 458-537, PRC 538-692 중 둘 이상의 발현 수준의 PRC 참조 발현 프로파일을 제공한다.

본 발명은 시험 작용제와 PRC-관련 유전자를 발현하는 시험 세포를 접촉시키고, PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정함으로써 PRC-관련 유전자(예를 들어, PRC 1-692)의 발현 또는 활성을 향상 또는 억제시키는 작용제를 확인하는 방법을 추가로 제공한다. 상기 시험 세포는 전립선 조직 유래의 상피 세포와 같은 상피 세포이다. 유전자의 정상 조절 수준에 비하여 상기 수준의 감소는 상기 시험 작용제가 PRC-관련 유전자의 억제자이며 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 증상을 감소시킨다는 것을 나타낸다. 대안적으로, 유전자의 정상 조절 수준 또는 활성에 비하여 상기 수준 또는 활성의 증가는 상기 시험 작용제가 PRC-관련 유전자의 기능 또는 발현의 향상자이며, PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN(예, PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692)의 증상을 감소시킨다는 것을 나타낸다.

본 발명은 또한 둘 이상의 PRC 핵산 서열과 결합하거나 또는 상기 핵산 서열에 의하여 암호화된 유전자 산물과 결합하는 검출 시약이 있는 키트를 제공한다. 또한 둘 이상의 PRC 핵산과 결합하는 핵산의 어레이를 제공한다.

치료 방법은 안티센스 조성물을 대상체에 투여함으로써 상기 대상체에서 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 예방 또는 치료하는 방법을 포함한다. 상기 안티센스 조성물은 특이적 표적 유전자의 발현을 감소시킨다(예를 들면, 상기 안티센스 조성물은 PRC 1-88, 296-321, 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 서열에 상보적인 뉴클레오티드를 포함한다). 또 다른 방법은 siRNA(small interfering RNA) 조성물을 대상체에 투여하는 단계를 포함한다. 상기 siRNA 조성물은 PRC 1-88, 296-321, 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산의 발현을 감소시킨다. 또다른 방법에서, 대상체에서 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 치료 또는 예방은 리보자임(ribozyme) 조성물을 대상체에 투여함으로써 수행된다. 상기 핵산-특이적 리보자임 조성물은 PRC 1-88, 296-321, 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산의 발현을 감소시킨다. 다른 치료 방법들은 PRC 89-295, 322-457, 538-692의 발현 또는 PRC 89-295, 322-457, 538-692에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 활성을 증가시키는 화합물을 대상체에 투여하는 것을 포함한다. 나아가, PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN은 PRC 89-295, 322-457, 538-692에 의하여 암호화된 단백질을 투여함으로써 치료될 수 있다. 상기 단백질은 직접적으로 환자에게 투여될 수 있으며, 또는 대안적으로, 예를 들면 관심있는 하향-조절되는 마커 유전자를 갖는 발현 벡터 또는 숙주 세포를 투여함으로써 도입된 후 환자의 생체내에서 발현될 수 있다. 관심있는 유전자의 생체내 발현을 위한 적절한 기전들이 당해 기술분야에 알려져 있다.

본 발명은 또한 백신 및 백신 접종 방법들을 포함한다. 예를 들면, 대상체에 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하는 방법은 PRC 1-88, 296-321, 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드 또는 이러한 폴리펩티드의 면역 활성 단편을 포함하는 백신을 대상체에 투여함으로써 수행된다. 면역 활성 단편은 자연 발생의 전체-길이 단백질보다 길이가 더 짧으며, 면역 반응을 유도하는 폴리펩티드이다. 예를 들면, 면역 활성 단편은 길이가 8잔기 이상이며, T세포 또는 B세포와 같은 면역 세포를 자극한다. 면역세포 자극은 세포 증식, 싸이토카인(예, IL-2)의 생성과정, 또는 항체의 생산 검출에 의하여 측정된다.

달리 정의되지 않을지라도, 본 명세서에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어들은 본 발명이 속하는 당해 기술분야의 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 것과 같은 의미를 가진다. 비록 본 명세서에 기술된 것과 유사 또는 동등한 방법 및 재료들이 본 발명의 시험 또는 실시에 사용 될 수 있을지라도 적합한 방법 및 재료들은 아래에 기술된다. 본 명세서에 언급된 모든 논문, 특허 출원, 특허, 및 다른 참조문들은 전체가 참조로 본 명세서에 포함된다. 분쟁의 경우, 정의를 포함하여 본 명세서가 기준이 될 것이다. 추가로, 재료, 방법 및 실시예들은 단지 예일 뿐 한정되는 것은 아니다.

본 명세서에 기술된 방법의 이점은 상기 질병이 명백한 임상 증상의 검출 이전에 확인된다는 것이다. 본 발명의 다른 특징 및 이점은 다음의 상세한 설명 및 청구항으로부터 명백히 할 것이다.

도 1은 대표적인 5개 유전자 및 RNA를 증폭하여 준비한 cDNA를 사용하여 반-정량적(semi-quantitative) RT-PCR로 시험한 β-액틴의 발현을 나타내는 DNA 아가로스 젤의 사진이다. 유전자 기호가 표시되었다. T 및 N은 8명 각각의 환자에서의 종양 및 정상을 나타낸다.

본 발명은 부분적으로는, PRC 또는 PIN에 걸린 환자의 상피세포에서 다수 핵산 서열의 발현 패턴 변화의 발견에 기초한다. 유전자 발현의 상기 차이들은 포괄적인 cDNA 마이크로어레이 시스템을 사용하여 규명되었다.

cDNA 마이크로어레이는 치료 목적을 위한 새로운 분자 표적의 개발에 적용할수 있는 유전자 확인을 위한 강력한 도구이다(Ishiguro et al., 2002 ; Yagyu et al., 2002). 이제 PRC에 관한 기본적인 연구는 최근 게놈 정보 및 새로운 기술들을 사용함으로써 빠르게 진행되고 있으나, 조직학적 이종성을 가진 인간 PRC를 연구함에 있어 가장 어려운 점은 분자 분석을 위한 순수한 샘플 분리가 불가능하다는 것이다. 이전 연구들의 대부분은 스트로마 세포, 미세맥관 세포, 섬유근육세포, 염증 세포 및 PIN을 포함하는 양성 병변 유래의 다른 상피 세포를 포함하는 비-암성 세포에 의한 오염을 제거하지 않은 암 조직 덩어리를 사용하여 왔다. 그러나 레이저 미세절제술로 이러한 장애를 극복할 수 있게 되고, PRC 및 PIN 세포의 순수한 세포 집단(Emmert-Buck et al., 1996)의 정확한 평가를 가능하게 한다. 또한, 본 발명자들은 각 경우에 암세포와 대조군으로서 그에 상응하는 정상 상피 세포의 유전자 발현을 비교하였다. 이 과정은 개별적 유전자 발현의 특성이 데이터에 영향을 끼치는 것을 방지한다. 이 연구는 LMM과 연계한 PRC 및 PIN의 정확한 발현 프로파일에 관한 첫 보고이다. 이 데이터는 전립선 암발생에 중요한 정보를 제공할 것이며, 또한 PRC의 치료 및 예방을 위한 약물 디자인에 표적화될 수 있는 후보 유전자(산물)들을 확인하는데 매우 유용할 것이다.

20개 PRC 및 10개 PIN 유래의 암세포 유전자-발현 프로파일을 레이저 미세절제술과 짝지어진 23,040개 유전자를 대표하는 cDNA 마이크로어레이를 사용하여 분석되었다. 레이저 미세절제술로 순수하게 선택된 진단상 PRC 환자 유래의 암세포 및 정상 상피세포간의 발현 패턴들을 비교함으로써, 88개 유전자가 PRC 및 PIN 세포에서 일반적으로 상향-조절되는 것으로 확인되었으며, 207개 유전자가 PRC 및 PIN 세포에서 일반적으로 하향-조절되는 것으로 확인되었다. 26개 유전자는 PRC 세포에서 일반적으로 상향-조절되는 것으로 확인되었으며, 또한 136개 유전자가 PRC 세포에서 일반적으로 하향-조절되는 것으로 확인되었다. 80개 유전자는 PIN 세포에서 일반적으로 상향-조절되는 것으로 확인되었으며, 또한 155개 유전자가 PIN 세포에서 일반적으로 하향-조절되는 것으로 확인되었다. 더불어, 환자의 혈청 또는 가래에서 암-관련 단백질을 검출하는 잠재력을 가진 후보 분자 마커들을 선별하였고, 인간 PRC 또는 PIN에서 신호-억제 전략의 개발을 위한 몇가지 잠재적인 표적들을 발굴하였다.

본 명세서에 확인된 차별적으로 발현되는 유전자들은 PRC 또는 PIN의 마커들로서 또한 유전자 표적들로서 진단 목적으로 사용되며, PRC 또는 PIN의 증상을 완화하거나 또는 치료하기 위해 이의 발현이 변경된다.

PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 환자에서 발현 수준이 변동되는(예, 증가 또는 감소된) 유전자들이 표 3 내지 표 8에 요약되었으며, "PRC-관련 유전자", "PRC 핵산" 또는 "PRC-폴리뉴클레오티드"로서 본 명세서에 집합적으로 언급되며, 그에 상응하는 암호화된 폴리펩티드들은 "PRC-폴리펩티드" 또는 "PRC-단백질"로 언급된다. 달리 나타내지 않으면, "PRC"는 본 명세서에 개시된 임의의 서열을 언급하는 것을 의미한다(예, PRC 1-692). 이미 기술된 유전자들은 데이터베이스 접근 번호와 함께 제시된다.

샘플 세포에서 다양한 유전자들의 발현을 측정하여, PRC 및 PIN을 진단한다. 유사하게, 다양한 작용제들에 반응하는 상기 유전자들의 발현을 측정하여 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료하기 위한 작용제를 규명할 수 있다.

본 발명은 표 3 내지 표 8에 열거된 하나 이상에서 모든 PRC 서열의 발현을 결정하는 것(예, 측정)을 포함한다. 잘 알려진 서열에 대해 GeneBank™ 데이터 베이스 엔트리에 의해 제공된 서열 정보를 사용하여 PRC-관련 유전자를 검출하고, 또한 당해 기술분야의 당업자에게 알려진 기술들을 사용하여 측정된다. 예를 들어, PRC 서열에 대응하는 서열 데이터베이스 엔트리내의 서열들은 예로서, 노던 블랏 혼성화 분석에서 PRC RNA 서열들을 검출하기 위한 프로브를 구축하는데 사용된다. 프로브들은 적어도 참조 서열 중 10, 20, 50, 100, 200 뉴클레오티드를 포함한다. 또다른 예로서, 상기 서열들은 예를 들면 RT-PCR(reverse-transcription based polymerase chain reaction)과 같은 증폭을 기본으로 하는 검출 방법에서 특이적으로 PRC 핵산을 증폭하기 위한 프라이머들을 구축하는데 사용될 수 있다.

시험 세포 집단, 예를 들어 환자 유래 조직 샘플에서 하나 이상의 PRC-관련 유전자의 발현 수준은 이어서 참조 집단에서 몇가지 유전자들의 발현 수준과 비교된다. 상기 참조 세포 집단은 비교된 파라미터가 알려진 하나 이상의 세포들을 포함하는데 즉, PRC 세포 또는 비-PRC 세포이다.

참조 세포 집단에 비교된 시험 세포 집단에서 유전자 발현 패턴이 PRC 또는 PIN 또는 그 소인을 나타내는지는 참조 세포 집단의 조성에 의존한다. 예를 들어, 참조 세포 집단이 비-PRC 세포로 구성되어 있다면, 시험 세포 집단과 참조 세포 집단에서 유사한 유전자 발현 패턴은 시험 세포 집단이 비-PRC 임을 나타낸다. 역으로, 참조 세포 집단이 PRC 세포로 구성되어 있다면, 시험 세포 집단과 참조 세포 집단에서 유사한 유전자 발현 프로파일은 시험 세포 집단이 PRC임을 나타낸다.

시험 세포 집단에서 PRC 마커 유전자 집단의 발현 수준은 상기 발현 수준이 상기 참조 세포 집단에서 그에 상응하는 PRC 마커 유전자의 발현 수준보다 1.0, 1.5, 2.0, 5.0, 10.0배 이상 참조 세포 집단과 차이가 나면 발현 수준이 변경된 것으로 간주된다.

시험 세포 집단과 참조 세포 집단 사이의 구별되는 유전자 발현은 대조군 핵산, 예를 들어 하우스키핑 유전자로 정상화하였다. 예를 들면, 대조군 핵산은 세포의 PRC 또는 비-PRC 상태에 의존하여 변하지 않는 것으로 알려져 있는 것이다. 시험 및 참조 핵산에서 대조군 핵산의 발현 수준은 상기 비교 집단에서 신호 수준을 정상화하는데 사용될 수 있다. 대조군 유전자는 β-액틴, 글리세르알데히드 3-인산 탈수소효소, 또는 리보좀 단백질 P1을 포함한다.

시험 세포 집단을 다중 참조 세포 집단과 비교한다. 각각의 다중 참조 집단은 알려진 파라미터에서 다를 수 있다. 따라서, 시험 세포 집단은 예를 들어, 비-PRC 세포(정상 세포)를 포함하는 것으로 알려진 제 2의 참조 집단 뿐만 아니라 예를 들어 PRC 세포를 포함하는 것으로 알려진 제 2의 참조 세포 집단과 비교될 수 있다. 상기 시험 세포는 PRC 세포를 포함하거나 또는 포함하는 것으로 추정되는 것으로 알려진 대상체 유래의 조직 타입 또는 세포 샘플에 포함된다.

시험 세포는 체 조직 또는 체액, 예를 들어 생물학적 체액(혈액 또는 혈청과 같은)으로부터 얻어진다. 예를 들어, 시험 세포는 조직으로부터 정제된다. 바람직하게, 상기 시험 세포 집단은 상피 세포를 포함한다. 상기 상피 세포는 암이거나 또는 암으로 추정되는 것으로 알려진 조직으로 부터 얻는다.

참조 세포 집단에서 세포는 시험 세포와 유사한 조직 타입에 따라 유도된다. 임의로, 상기 참조 세포 집단은 세포주, 예로 PRC 세포주(양성 대조군) 또는 정상의 비-PRC 세포주(음성 대조군)이다. 대안적으로, 상기 대조군 세포 집단은 분석된 파라미터 또는 조건이 알려진 세포들로부터 유래된 분자 정보 데이터베이스로부터 유도된다.

본 대상체는 바람직하게는 포유동물이다. 상기 포유동물은 예로, 인간, 비-인간 영장류, 생쥐, 집쥐, 개, 고양이, 말, 또는 소일 수 있다.

본 명세서에 개시된 상기 유전자들의 발현은 당해 기술분야에 알려진 방법들을 사용하여 단백질 또는 핵산 수준에서 결정된다. 예를 들면, 하나 이상의 상기 핵산 서열을 특이적으로 인식하는 프로브들을 사용한 노던 혼성화 분석이 유전자 발현을 결정하는데 사용될 수 있다. 대안적으로, 발현은 예를 들어 차별적으로 발현된 유전자 서열에 특이적인 프라이머들을 사용하는 RT-PCR 분석을 사용하여 측정된다. 발현은 또한 단백질 수준에서, 즉 본 명세서에 기술된 유전자 산물에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 수준 또는 그의 생물학적 활성을 측정함으로써 결정된다. 이러한 방법들은 당해 기술 분야에 잘 알려져 있으며, 예로서 상기 유전자들에 의하여 암호화된 단백질에 대한 항체에 근거한 면역분석을 포함한다. 상기 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 생물학적 활성은 또한 잘 알려져 있다.

PRC 또는 PIN 진단

PRC 또는 PIN은 시험 세포 집단 유래(즉, 환자 유래 생물학적 샘플)의 하나 이상의 PRC 핵산 서열 발현 수준을 측정함으로써 진단된다. 바람직하게, 상기 시험 세포 집단은 상피 세포, 예로서 전립선 조직으로부터 얻은 세포를 포함한다. 유전자 발현은 또한 혈액 또는 소변과 같은 다른 체액으로부터 측정된다. 다른 생물학적 샘플들은 단백질 수준을 측정하는데 사용될 수 있다. 예를 들면, 진단될 대상체 유래의 혈액 또는 혈청에서 단백질 수준은 면역분석 또는 생물학적 분석에 의해 측정될 수 있다.

하나 이상의 PRC-관련 유전자, 예로서 PRC 1-692의 발현은 시험 세포 또는 생물학적 샘플에서 결정되며, 또한 정상 조절 수준의 발현과 비교된다. 정상 조절 수준은 PRC를 앓고 있지 않는 것으로 알려진 집단에서 전형적으로 발견된 PRC-관련 유전자의 발현 프로파일이다. 환자 유래 조직 샘플에서 PRC-관련 유전자 발현 수준의 증가 또는 감소는 상기 대상체가 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험이 있음을 나타낸다. 예를 들면, 정상 조절 수준과 비교하여 시험 집단에서 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 발현 증가는 상기 대상체가 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있음을 나타낸다. 역으로, 정상 조절 수준과 비교하여 시험 집단에서 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692의 발현 감소는 상기 대상체가 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있음을 나타낸다.

정상 조절 수준과 비교하여 하나 이상의 PRC-관련 유전자가 시험 집단에서 변경되는 것은 상기 대상체가 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있음을 나타낸다. 예를 들면, 1%, 5%, 25%, 50%, 60%, 80%, 90% 또는 그 이상의 PRC-관련 유전자(PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537, PRC 89-295, PRC 322-457, 또는 PRC 538-692) 패널이 변경된다.

특정 시료에서 PRC 1-692의 발현 수준은 PRC 1-692에 의해 암호화되는 단백질 또는 이에 상응하는 mRNA를 정량하여 평가될 수 있다. mRNA에 대한 정량화 방법은 당해 기술분야의 당업자에게 알려져있다. 예를 들면, 상기 PRC 1-692에 상응하는 mRNA의 수준은 노던 블랏팅 또는 RT-PCR에 의하여 평가될 수 있다. 상기 PRC 1-692의 뉴클레오티드 서열이 이미 보고되어 있기 때문에 당해 기술분야의 당업자는 상기 PRC 1-692를 정량하기 위한 프로브 또는 프라이머에 대한 뉴클레오티드 서열들을 디자인할 수 있다.

또한, 상기 PRC 1-692의 발현 수준은 상기 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 활성 또는 양에 기초하여 분석될 수 있다. 상기 PRC 1-692 단백질의 양을 결정하기 위한 방법은 아래에 나타나있다. 예를 들면, 면역분석 방법은 생물학적 물질들에서 상기 단백질의 결정에 사용될 수 있다. 임의의 생물학적 재료들은 상기 단백질 또는 그의 활성 결정에 사용될 수 있다. 예를 들면, 혈액 샘플은 혈청 마커에 의하여 암호화된 단백질의 평가를 위하여 분석된다. 반면에, 분석될 각 단백질의 활성에 따라 상기 PRC 1-692에 의하여 암호화된 단백질의 활성을 결정하기 위하여 적당한 방법이 선택될 수 있다.

본 발명에서는, 또한 PRC 또는 PIN을 진단하기 위한 진단 작용제가 제공된다. 본 발명의 진단 작용제는 본 발명의 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드와 결합하는 화합물을 포함한다. 바람직하게, PRC 1-692의 폴리뉴클리오티드와 혼성화하는 올리고뉴클레오티드, 또는 상기 PRC 1-692의 폴리펩티드와 결합하는 항체가 상기 화합물로서 사용될 수 있다.

본 발명에서, PRC 1-692는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 진단에 유용하다. PRC 1-295는 PRC 및 PIN 진단에 유용하다. PRC 296-457은 또한 PRC 특이 마커들로서 PRC 진단에 유용하다. 나아가, PRC 458-692는 PIN 특이 마커들로서 PIN 진단에 유용하다.

PRC-관련 유전자 발현을 향상 또는 억제시키는 작용제 확인

PRC-관련 유전자의 발현 또는 활성을 억제시키는 작용제는 시험 작용제와 상향조절되는 PRC-관련 유전자를 발현하는 시험 세포 집단을 접촉시키고, 상기 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정함으로써 규명된다. 정상 조절 수준과 비교한(또는 상기 시험 작용제의 부재시 수준과 비교한) 작용제의 존재시 발현 감소는 상기 작용제가 상향조절되는 PRC-관련 유전자의 억제자로, PRC 또는 PIN을 억제하기에 유용함을 나타낸다.

대안적으로, 하향조절되는 PRC-관련 유전자의 발현 또는 활성을 향상시키는 작용제는 시험 작용제와 PRC-관련 유전자를 발현하는 시험 세포 집단을 접촉시키고, 하향조절되는 PRC-관련 유전자의 발현 수준 또는 활성을 결정함으로써 규명된다. PRC-관련 유전자의 정상 조절 발현 수준 또는 활성과 비교된 발현 또는 활성의 증가는 상기 시험 작용제가 상기 하향조절되는 PRC-관련 유전자의 발현 또는 활성을 증대시킨다는 것을 나타낸다.

상기 시험 세포 집단은 PRC-관련 유전자들을 발현하는 임의의 세포이다. 예를 들면, 상기 세포 집단은 전립선 세포 또는 전립선 유래의 세포와 같은 상피세포를 포함한다. 예를 들면, 상기 시험 세포는 PRC 세포로부터 유도된 불멸화된 세포주이다. 대안적으로, 상기 세포는 PRC-관련 유전자로 트랜스펙션된 세포 또는 리포터 유전자와 작동할 수 있게 연결된 PRC-관련 유전자 유래의 조절 서열(예, 프로모터 서열)로 트랜스펙션된 세포이다.

대상체에서 PRC 또는 PIN 치료의 유효성 평가

본 명세서에 확인된 차별적으로 발현되는 PRC-관련 유전자는 또한 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 치료 과정을 모니터링할 수 있게 한다. 이 방법에서, 시험 세포 집단은 PRC 또는 PIN에 대한 치료를 받는 대상체로부터 제공된다. 원하는 경우, 시험 세포 집단은 치료 전, 치료동안, 치료 후의 다양한 시점에서 대상체로부터 얻어진다. 상기 세포 집단에서, 이어서 하나 이상의 PRC-관련 유전자 발현을 결정하고, PRC 상태가 알려진 세포를 포함하는 참조 세포 집단과 비교한다. 상기 참조 세포들은 상기 치료에 노출되지 않는다.

상기 참조 세포 집단이 PRC 세포들을 함유하지 않는다면, 상기 시험 세포 집단 및 참조 세포 집단에서 PRC-관련 유전자 사이에 발현 유사성은 상기 치료가 효과적임을 나타낸다. 그러나, 상기 시험 집단과 정상 조절 참조 세포 집단에서 PRC-관련 유전자 사이에 발현 차이점은 양호하지 못한 임상 결과 또는 예후를 나타낸다.

"효험이 있는"은 치료가 병리학적으로 상향 조절되는 유전자의 발현의 감소, 병리학적으로 하향 조절되는 유전자의 발현 증가 또는 대상체에서 PRC의 크기, 우세, 또는 전이 잠재력 감소에 이르는 것을 의미한다. 치료가 예방적으로 적용될 때, "효험이 있는"은 치료가 PRC 또는 PIN의 형성을 늦추거나 또는 예방한다는 것 또는 PRC 또는 PIN의 임상 증상을 늦추거나 예방 또는 완화시킨다는 것을 의미한다. 전립선 종양의 평가는 표준 임상 프로토콜을 사용하여 이루어진다.

효험성은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 진단하기 위한 임의의 알려진 방법들과 관련하여 결정된다. 예를 들면, PRC는 예로서, 소변 흐름을 시작하거나 멈추는 것의 어려움, 배뇨 장애, 빈뇨, 혈뇨와 같은 비뇨기 증상같은 증상의 이상을 확인함으로써 진단된다.

특정 개인에 적합한 PRC 또는 PIN을 치료하기 위한 치료제 선택

개인들의 유전적 구성의 차이는 다양한 약물을 대사하는 상대적인 능력의 차이로 나타난다. PRC 또는 PIN의 억제자로서 작용하는 대상체에서 대사되는 작용제는 PRC 상태의 유전자 발현 패턴 특징에서 비-PRC 상태의 유전자 발현 패턴 특징으로의 대상체 세포에서의 유전자 발현 패턴 변화를 유도하는 것을 보면 알 수 있다. 따라서, 본 명세서에 개시된 차별적으로 발현되는 PRC-관련 유전자는 작용제가 대상체에게 적절한 PRC 또는 PIN 억제자인지 결정하기 위하여 선발된 대상체 유래의 시험 세포 집단에서 PRC 또는 PIN의 잠정 치료 또는 예방 억제자를 시험하는 것을 허용한다.

특정 대상체에 적합한 PRC 또는 PIN의 억제자를 규명하기 위하여, 상기 대상체 유래의 시험 세포 집단을 치료제에 노출시키고, 하나 이상의 PRC 1-692 유전자의 발현을 결정한다.

상기 시험 세포 집단은 PRC-관련 유전자를 발현하는 PRC 또는 PIN 세포를 포함한다. 바람직하게는, 상기 시험 세포는 상피 세포이다. 예를 들어 시험 세포 집단은 후보 작용제 존재하에 배양되며, 상기 시험 샘플의 유전자 발현 패턴은 하나 이상의 참조 프로파일, 예로서, PRC 참조 발현 파일 또는 비-PRC 참조 파일과 비교된다.

PRC를 포함하는 참조 세포 집단과 비교하여 시험 세포 집단에서 하나 이상의 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 발현 감소 또는 하나 이상의 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692의 발현 증가는 상기 작용제가 치료성임을 나타낸다.

상기 시험 작용제는 임의의 화합물 또는 조성물일 수 있다. 예를 들면, 상기 시험 작용제는 면역조절제이다.

치료제를 확인하기 위한 스크리닝 분석

본 명세서에 개시된 차별적으로 발현되는 유전자는 또한 PRC 또는 PIN을 치료하기 위한 후보 치료제를 확인하는데 이용될 수 있다. 상기 방법은 후보 치료제가 PRC 상태의 특징을 가진 PRC 1-692 발현 패턴을 비-PRC 상태를 나타내는 패턴으로 전환시키는지 결정하는 후보 치료제 스크리닝에 기본을 둔다.

본 발명에서, PRC 1-692는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 치료제 스크리닝에 유용하다. PRC 1-295는 PRC 및 PIN 모두를 치료 또는 예방하기 위한 치료제 스크리닝에 사용된다. PRC 296-457은 또한 PRC의 치료 또는 예방을 위하여 치료제 스크리닝을 위한 PRC 특이 마커들로서 사용된다. 나아가, PRC 458-692는 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료를 위하여 치료제 스크리닝을 위한 PIN 특이 마커들로서 사용된다.

상기 방법에서 세포는 시험 작용제 또는 시험 작용제의 조합에 노출되며(순차적으로 또는 동시에), 상기 세포에서 하나 이상의 PRC 1-692의 발현이 측정된다. 상기 시험 집단에서 PRC-관련 유전자의 발현 프로파일은 시험 작용제에 노출되지 않은 참조 세포 집단에서 PRC-관련 유전자의 발현 수준과 비교된다.

적게 발현되는 유전자의 발현 자극 또는 과발현되는 유전자의 발현 억제에 효과적인 작용제는 임상적 유용성이 있어 이러한 화합물들은 동물 또는 시험 대상체에서 PRC 예방 능력에 대하여 추가로 테스트된다.

추가의 구현예에서, 본 발명은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료에 잠재적 표적인 후보 작용제들을 스크리닝하는 방법들을 제공한다. 상기에 자세히 논의되었듯이, 마커 유전자들의 발현 수준 또는 활성을 조절함으로써 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 개시 및 진행을 조절할 수 있다. 따라서, PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료에 잠재적 표적인 후보 작용제들은 인덱스로서 마커 유전자들의 발현 수준 및 활성을 이용하는 스크리닝들을 통하여 확인될 수 있다. 본 발명의 맥락에서, 이러한 스크리닝은 예를 들어 다음의 단계들을 포함할 수 있다:

a) PRC 1-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 폴리펩티드와 시험 화합물간의 결합 활성을 측정하는 단계; 및

c) 상기 폴리펩티드와 결합하는 화합물을 선택하는 단계.

대안적으로, 본 발명의 상기 스크리닝 방법은 다음의 단계를 포함할 수 있다:

a) PRC 1-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자를 발현하는 세포와 후보 화합물 접촉; 및

b) PRC 1-88, 296-321, 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 발현 수준을 감소시키거나 또는 PRC 89-295, 322-457, 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 발현 수준을 증가시키는 화합물 선택.

마커 유전자를 발현하는 세포들은, 예를 들면 PRC로부터 확립된 세포주들을 포함한다; 이러한 세포들은 본 발명의 상기의 스크리닝에 사용될 수 있다.

대안적으로, 본 발명의 스크리닝 방법은 다음의 단계들을 포함한다:

b) 상기 a) 단계의 폴리펩티드의 생물학적 활성을 측정하는 단계; 및

c) 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제하거나, 또는 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.

상기 스크리닝에 요구되는 단백질은 상기 마커 유전자의 뉴클레오티드 서열을 사용하여 재조합 단백질로서 얻을 수 있다. 상기 마커 유전자의 정보에 기초하여, 당해 기술 분야의 당업자는 상기 선택되는 생물학적 활성에 근거한 측정 방법 및 스크리닝을 위한 인덱스로서 단백질의 임의의 생물학적 활성을 선택할 수 있다.

대안적으로, 본 발명의 스크리닝 방법은 다음의 단계를 포함한다:

a) PRC 1-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 전사 조절 부위 및 상기 전사 조절 부위의 조절하에서 발현되는 리포터 유전자를 포함하는 벡터가 도입된 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 리포터 유전자의 활성을 측정하는 단계; 및

c) 대조군과 비교하여, 상기 마커 유전자가 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 상향-조절되는 유전자일 경우에는 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 감소시키거나 또는 상기 마커 유전자가 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하향-조절되는 유전자일 경우에는 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.

적절한 리포터 유전자 및 숙주 세포는 당해 기술분야에 잘 알려져 있다.

상기 스크리닝을 위해 요구되는 리포터 컨스트럭트는 마커 유전자의 전사 조절 부위를 사용함으로써 제조될 수 있다. 마커 유전자의 전사 조절 부위가 당해 기술분야의 당업자에게 알려져 있는 경우, 리포터 컨스트럭트는 종전의 서열 정보를 사용함으로써 제조될 수 있다. 마커 유전자의 전사 조절 부위가 여전히 규명되지 않은 경우, 전사 조절 부위를 포함하는 뉴클레오티드 단편은 상기 마커 유전자의 뉴클레오티드 서열 정보에 기초하여 게놈 라이브러리로부터 분리될 수 있다.

스크리닝에 의해 분리된 화합물은 마커 유전자들에 의해 암호화된 단백질의 활성을 억제하는 작용제 후보이며 PRC 또는 PIN의 예방 또는 치료에 적용될 수 있다.

더욱이, 마커 유전자들에 의해 암호화된 단백질의 활성을 억제하는 화합물의 구조 일부가 부가, 결실 및/또는 대체에 의해 전환된 화합물은 또한 본 발명의 스크리닝 방법에 의해 수득가능한 화합물들에 포함된다.

인간 및 생쥐, 집쥐, 기니피그, 토끼, 고양이, 개, 양, 돼지, 소, 원숭이, 비비, 및 침팬지와 같은 포유동물들에 대한 약제로서 본 발명에 의해 분리된 화합물을 투여할 때, 상기 분리된 화합물은 직접적으로 투여되거나 또는 알려진 약물 조제 방법들을 사용하여 투여 형태로 제형화될 수 있다. 예를 들면, 필요에 따라, 약물들은 당-코팅된 정제, 캡슐제, 엘릭서제 및 마이크로캡슐제로서 경구투여될 수 있으며, 또는 물 또는 다른 약학적으로 허용가능한 액체를 가지는 멸균 용액 또는 현탁제의 주사제 형태로 비경구 투여될 수 있다. 예를 들면, 상기 화합물들은 약학적으로 허용가능한 담체 또는 매질(media), 구체적으로는 멸균수, 생리 식염수, 식물성 오일, 유화제, 현탁제, 계면 활성제, 안정제, 향신제, 부형제, 비히클(vehicle), 보존제, 결합제등과 혼합될 수 있으며, 약물 제조에 일반적으로 허용되는 단위 복용 형태일 수 있다. 상기 제제화에서 활성 성분의 양은 바람직한 범위내에서 적절한 투여량으로 한다. 정제 및 캡슐제에 혼합될수 있는 첨가제의 예는 젤라틴, 옥수수 녹말, 트라거캔스 고무 및 아라빅 고무와 같은 결합제; 크리스탈 셀룰로스와 같은 부형제; 옥수수 녹말, 젤라틴, 알긴산(alginic acid)과 같은 팽윤제; 마그네슘 스테아레이트와 같은 윤활제; 설탕, 락토스 또는 사카린과 같은 감미제; 및 페퍼민트, 가울테리아 아데노쓰릭스(Gaultheria adenothrix) 오일 및 체리와 같은 향신제이다. 단위-투여 형태가 캡슐일 경우, 오일과 같은 액상 담체가 또한 추가로 상기의 성분에 포함될 수 있다. 주사제용 멸균 합성물들은 주사제에 사용된 멸균수와 같은 비히클을 사용하는 정상 약물 제조법에 따라 제형화될 수 있다.

생리 식염수, 글루코스, 및 D-솔비톨, D-만니톨, D-만노스, 및 염화 나트륨과 같은 보조제를 포함하는 다른 등장액이 주사제의 수용액으로 사용될 수 있다. 이는 알콜, 구체적으로는 에탄올, 프로필렌 글리콜 및 폴리에틸렌 글리콜과 같은 폴리알콜, 폴리솔베이트 80(TM) 및 HCO-50과 같은 비-이온성 계면 활성제와 같은 적합한 용해제와 함께 사용될 수 있다.

참기름 및 콩기름은 또한 유성 액체로서 사용될 수 있고, 용해제로서 벤질 벤조에이트 또는 벤질 알콜과 공동으로 사용될 수 있으며, 포스페이트 버퍼 및 소듐 아세테이트 버퍼와 같은 버퍼; 프로케인 히드로클로라이드와 같은 진통제; 벤질 알콜 및 페놀과 같은 안정제; 및 항산화제와 함께 제형화될 수 있다. 상기 제제화된 주사제는 적당한 앰플에 충전될 수 있다.

당해 기술분야의 당업자에게 잘 알려진 방법들이 예를 들면, 동맥내, 정맥내, 또는 경피 주사 및 코 안, 경기관지내, 근육내 또는 경구 투여가 본 발명의 약학적 조성물을 환자에게 투여하는 데 사용될 수 있다.

투여량 및 투여 방법은 환자의 체중 및 나이 및 투여 방법에 따라 다르다; 그러나, 당해 기술분야의 당업자는 일상적으로 적당한 투여방법을 선택할 수 있다. 상기 화합물이 DNA에 의하여 암화화할 수 있다면, 상기 DNA는 유전자 치료를 위하여 벡터에 도입될 수 있으며, 상기 벡터는 상기 치료를 수행하기 위하여 환자에게 투여된다. 환자의 체중, 나이 및 증상에 따른 투여량 및 투여 방법은 다양하나, 당해 기술분야의 당업자는 적절히 그것들을 선택할 수 있다.

예를 들면, 본 발명의 단백질과 결합하고 그 활성을 조절하는 화합물의 복용량은 증상에 의존하지만, 상기 복용량은 정상 성인(체중 60kg)에 경구적으로 투여될 때. 1일당 약 0.1mg 내지 100mg이며, 바람직하게는 1일당 약 1.0mg 내지 50mg이고, 더욱 바람직하게는 1일당 1.0mg 내지 20mg 이다.

정상 성인(체중 60kg)에 주사제의 형태로 비경구적으로 투여할때, 환자, 표적 기관, 증상 및 투여 방법에 따라 어느정도 차이는 있지만, 1일당 약 0.01mg 내지 30mg, 바람직하게는 1일당 약 0.1mg 내지 20mg, 더욱 바람직하게는 1일당 0.1mg 내지 10mg의 투여량을 정맥주사하는 것이 편리하다. 또한, 다른 동물의 경우에도 역시, 체중 60kg으로 변환된 양을 투여하는 것이 가능하다.

PRC 또는 PIN을 가진 대상체의 예후 평가

또한, 질병 상태의 범위를 벗어난 환자 유래의 참조 세포 집단에서 유전자의 발현과 시험 세포 집단에서 하나 이상의 PRC-관련 유전자 발현을 비교함으로써 PRC 또는 PIN을 가진 대상체의 예후를 평가하는 방법을 제공한다.

참조 세포 집단과 시험 세포 집단에서 하나 이상의 PRC-관련 유전자의 유전자 발현을 비교함으로써, 또는 대상체 유래의 시험 세포 집단에서 시간에 따른 유전자 발현 패턴을 비교함으로써 상기 대상체의 예후를 평가할 수 있다.

정상 수준과 비교하여 하나 이상의 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692의 발현 감소 또는 정상 대조군과 비교하여 하나 이상의 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 발현 증가는 양호하지 못한 예후를 나타낸다.

하나 이상의 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692의 발현 증가는 훨씬 양호한 예후를 나타내며, 또한 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 발현 감소가 상기 대상체에 훨씬 양호한 예후를 나타낸다.

키트

본 발명은 또한 PRC-검출 시약, 예로, PRC 핵산의 일부에 상보적인 올리고뉴클레오티드 서열과 같은 하나 이상의 PRC 핵산에 특이적으로 결합 또는 이를 규명하는 핵산 또는 PRC 핵산에 의해 암호화되는 단백질에 결합하는 항체를 포함한다. 상기 시약은 키트의 형태로 함께 포장된다. 상기 시약은 예를 들어, 핵산 또는 항체(고체상 매트릭스에 결합되거나 또는 상기 매트릭스에 결합하기 위한 시약과 함께 별개로 포장된), 대조군 시약(양성 및/또는 음성), 및/또는 검출가능한 표지와 같은 별개의 용기에 포장된다. 분석을 수행하기 위한 사용설명서(예, 서면, 테입, VCR, CD-ROM 등)가 키트내에 포함된다. 상기 키트의 분석 포맷은 당해 기술분야에 알려진 노던 혼성화 또는 샌드위치 ELISA이다.

예를 들면, PRC 검출 시약은 하나 이상의 PRC 검출 부위를 형성하기 위하여 침투성 스트립과 같은 고체 매트릭스상에 고정된다. 상기 다공성 스트립의 측정 또는 검출 부위는 핵산을 포함하는 다수의 위치를 포함한다. 시험 스트립은 또한 음성 및/또는 양성 대조군을 위한 위치를 포함할 수 있다. 대안적으로, 대조군 위치는 시험 스트립으로부터 별개의 스트립상에 위치한다. 임의로, 상이한 검출 위치는 상이한 양의 고정된 핵산 즉, 첫 검출 위치에서 더 높은 양 및 다음 위치에서 더 낮은 양을 포함할 수 있다. 시험 샘플의 추가시, 검출가능한 신호를 나타내는 위치의 수는 상기 샘플에 존재하는 PRC 양의 양적 표시를 제공한다. 상기 검출 위치는 검출가능한 적절한 임의의 형태로 만들어질 수 있는데 전형적으로는 시험 스트립의 폭에 걸치는 막대 또는 점 스패닝(spanning)의 형태이다.

대안적으로, 상기 키트는 하나 이상의 핵산 서열을 포함하는 핵산 기질 어레이를 포함한다. 어레이상의 핵산들은 특이적으로 PRC 1-692로 나타내어지는 하나 이상의 핵산을 규명한다. PRC 1-692로 나타내어지는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8. 9, 10. 15, 20, 25, 40 또는 50 또는 그 이상의 핵산의 발현은 어레이 시험 스트립 또는 칩과 결합하는 수준에 의해 확인된다. 예를 들어 미국 특허 제 5,744,305호에 기술된 것처럼 "칩", 예를 들면, 고체 기질상에 있을 수 있다.

어레이 및 복수성(pluralities)

본 발명은 또한 하나 이상의 핵산을 포함하는 핵산 기질 어레이를 포함한다. 어레이상의 상기 핵산들은 PRC 1-692로 표현된 하나 이상의 핵산 서열과 특이적으로 대응한다. PRC 1-692로 나타낸 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8. 9, 10. 15, 20, 25, 40 또는 50 또는 그 이상의 핵산의 발현은 상기 어레이와 결합하는 핵산을 검출함으로써 확인된다.

본 발명은 또한 분리된 복수 핵산(즉, 둘 이상의 핵산들의 혼합물)을 포함한다. 상기 핵산들은 액상 또는 예를 들어, 니트로셀룰로스 막과 같은 고체 지지대상에 고정된 고체상에 있다. 상기 수다성은 PRC 1-692로 표현된 하나 이상의 핵산을 포함한다. 다양한 구현예에서, 상기 복수성은 PRC 1-692로 표현된 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8. 9, 10. 15, 20, 25, 40 또는 50 또는 그 이상의 핵산을 포함한다.

PRC 또는 PIN을 억제하는 방법

본 발명은 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 활성 또는 발현을 감소시킴으로써 또는 PRC 89-295, PRC 322-457, PRC 538-692의 활성 또는 발현을 증가시킴으로써 대상체에 PRC 또는 PIN을 치료 또는 완화하는 방법을 제공한다. 치료 화합물은 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할(또는 영향받기 쉬운) 위험성이 있는 대상체에 예방적으로 또는 치료적으로 투여된다. 상기 대상체는 표준 임상 방법들을 사용하여 또는 예로 PRC 1-692의 활성 또는 비정상적 발현 수준을 검출함으로써 확인된다. 치료제는 세포 주기 조절, 세포 증식, 및 단백질 인산화 효소 활성의 억제자들을 포함한다.

본 발명에서, PRC 1-692은 분자 표적으로서 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 치료 또는 예방에 유용하다. PRC 1-295는 PRC 및 PIN 치료 또는 예방에 유용하다. PRC 296-457은 또한 분자 표적으로서 PRC 치료 또는 예방에 유용하다. 나아가 PRC 458-692는 PIN 치료 또는 예방 및 궁극적으로는 PRC 예방에 유용하다.

치료 방법은 PRC 또는 PIN 세포가 유도된 같은 조직 타입의 정상 세포와 비교하여 PRC 또는 PIN 세포에서 발현이 감소되는 유전자("적게 발현된 유전자들")의 하나 이상의 유전자 산물의 발현, 또는 기능, 또는 두 가지 모두를 증가시키는 것을 포함한다. 상기 방법에서, 대상체는 하나 이상의 적게 발현된 유전자의 양을 증가시키는, 유효한 양의 화합물로 처리된다. 투여는 전신 또는 국소적일 수 있다. 치료 화합물들은 적게 발현된 유전자의 폴리펩티드 산물, 또는 적게 발현된 유전자를 암호화하고, PRC 또는 PIN 세포에서 발현을 가능하게 하는 발현 조절 요소들을 가지는 핵산 및 그의 생물학적 활성 단편을 포함한다; 예를 들면 PRC 또는 PIN 세포에 내인성 유전자의 발현 수준을 증가시키는(즉, 적게 발현된 유전자 또는 유전자들의 발현을 상향조절하는) 작용제. 이러한 화합물들의 투여는 대상체의 전립선 세포에서 비정상적으로 적게 발현된 유전자 또는 유전자들의 효과를 상쇄하며, 또한 상기 대상체의 임상 상태를 향상시킨다.

본 방법은 또한 발현이 비정상적으로 증가되는 유전자("과발현된 유전자")의 하나 이상의 유전자 산물의 발현, 또는 기능, 또는 두 가지 모두를 감소시키는 것을 포함한다. 발현은 당해 기술분야에 알려진 임의의 여러가지 방법으로 억제된다. 예를 들면, 상기 과발현된 유전자 또는 유전자들의 발현을 차단하는 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 siRNA 같은, 상기 과발현된 유전자 또는 유전자들의 발현을 억제 또는 방해하는 핵산을 대상체에 투여함으로써 억제된다.

대안적으로, 과발현된 유전자의 하나 이상 유전자 산물의 기능은 유전자 산물과 결합하거나 또는 그렇지 않으면, 유전자 산물의 기능을 억제하는 화합물을 투여함으로써 억제된다.

상기에 언급한 바와 같이, PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 핵산 서열과 상응하는 안티센스 핵산은 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537의 발현 수준을 감소시키는데 사용될 수 있다. PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에서 상향-조절되는 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537에 상응하는 안티센스 핵산은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 치료에 유용하다. 구체적으로, 본 발명의 상기 안티센스 핵산은 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537 또는 그에 대응하는 mRNAs와 결합하며, 그에 의해 상기 유전자의 전사 또는 번역을 억제하고, 상기 mRNAs의 분해 촉진, 및/또는 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 단백질의 발현을 억제하여, 최종적으로 상기 단백질들의 기능을 억제함으로써 작용한다. 본 명세서에 사용된 "안티센스 핵산"이라는 용어는 표적 서열에 특이적으로 혼성화할 수 있는 한, 표적 서열에 완전히 상보적인 뉴클레오티드 및 하나 이상의 뉴클레오티드의 미스매치를 가지는 것 모두를 포함한다. 예를 들면, 본 발명의 안티센스 핵산은 15개 이상의 연속적인 뉴클레오티드에 걸쳐 70% 이상, 바람직하게는 80% 이상, 더욱 바람직하게는 90% 이상, 더욱 더 바람직하게는 95% 이상의 상동성을 가지는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 당해 기술분야에 알려진 알고리즘이 상기 상동성을 결정하는데 사용될 수 있다.

본 발명의 안티센스 핵산 유도체들은 단백질을 암호화하는 DNAs 또는 mRNAs와 결합, 그의 전사 또는 번역 억제, 상기 mRNAs의 분해 촉진, 및 단백질의 발현 억제, 그에 의하여 상기 단백질 기능의 억제를 나타냄으로써 마커 유전자에 의하여 암호화된 단백질들을 생산하는 세포상에서 작용한다.

본 발명의 안티센스 핵산 유도체는 유도체에 대한 비활성인 적절한 기제 물질과 혼합함으로써 도찰제 또는 습포제와 같은 외용 제제로 만들어질 수 있다.

또한, 필요에 따라, 상기 유도체는 정제, 분말제, 과립제, 캡슐제, 리포좀 캡슐제, 주사제, 용액제, 코-점적제 및 부형제 첨가에 의한 동결 건조제, 등장제, 용해제, 안정제, 보존제, 진통제등으로 제형화될 수 있다. 이는 다음의 알려진 방법들에 의하여 제제화될 수 있다.

안티센스 핵산 유도체는 환부에 직접적으로 적용함으로써 또는 환부에 도달하도록 하기 위하여 혈관에 주사함으로써 환자에게 주어진다. 안티센스를 갖는 매질(medium)이 또한 지속성 및 막-투과성을 증가시키기 위하여 사용될 수 있다. 예에는 리포좀, 폴리-L-라이신, 지질, 콜레스테롤, 리포펙틴 또는 이들의 유도체가 있다.

본 발명의 안티센스 핵산 유도체의 투약량은 환자의 상태에 따라 적절히 조정될 수 있으며, 바람직한 양으로 사용될 수 있다. 예를 들면, 0.1 내지 100mg/kg의 일회분 범위, 바람직하게는 0.1 내지 50mg/kg이 투여될 수 있다.

본 발명의 안티센스 핵산은 본 발명의 단백질 발현을 억제하며, 이에 의하여 본 발명의 단백질의 생물학적 활성을 억제하는데 유용하다. 또한, 본 발명의 안티센스 핵산을 포함하는 발현-억제자들은 이들이 본 발명의 단백질의 생물학적 활성을 억제할 수 있기 때문에 유용하다.

본 발명의 안티센스 핵산은 변형된 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들면, 황화(thioated) 뉴클레오티드들이 올리고뉴클레오티드의 뉴클레아제에 대한 내성을 부여하는데 사용될 수 있다.

또한, 마커 유전자에 대한 siRNA가 상기 마커 유전자의 발현 수준을 감소시키는데 사용될 수 있다. "siRNA"라는 용어는 표적 mRNA에 번역을 방해하는 이중 가닥 RNA 분자를 의미한다. DNA가 이로부터 RNA가 전사되는 주형인 것을 포함하고, 세포내에 siRNA를 도입하는 표준 기술들이 사용된다. 본 발명의 맥락에서, 상기 siRNA는 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537과 같이 상향조절되는 마커 유전자에 대한 안티센스 핵산 서열 및 센스 핵산 서열을 포함한다. 상기 siRNA는 단일 전사체가 헤어핀 같은 표적 유전자 유래의 센스 및 상보적 안티센스 서열 모두를 가지도록 구축된다.

본 방법은 예를 들어 세포의 악성 형질 전환의 결과로서, 상향 조절되는 세포에서 발현을 변경하는데 사용된다. 표적 세포에서 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537 중 하나에 상응하는 전사체와 siRNA의 결합은 세포에 의한 단백질 생산 감소를 가져온다. 올리고뉴클레오티드의 길이는 10 뉴클레오티드 이상이며, 자연적으로-생기는 전사체만큼 길 수 있다. 바람직하게는, 상기 올리고 뉴클레오티드는 19-25 뉴클레오티드 길이이다. 더욱 바람직하게는, 상기 올리고 뉴클레오티드는 75, 50, 25 뉴클레오티드 길이 이하이다.

상기 siRNAs의 뉴클레오티드 서열은 Ambion 웹사이트(http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.html)에서 이용가능한 siRNA 디자인 컴퓨터 프로그램을 사용하여 고안되었다. 상기 컴퓨터 프로그램은 다음의 프로토콜에 기초하여 siRNA 합성을 위한 핵산 서열을 선택한다.

siRNA 표적 위치의 선택:

1. 목적 전사체의 AUG 개시 코돈에서 시작하여, AA 디뉴클레오티드 서열에 대해 3‘방향으로 스캔한다. 잠재적 siRNA 표적 위치로서, 각각 발견된 AA 및 3’인접한 19 뉴클레오티드를 기록하라. Tuschl 등은 5' 및 3' 비번역 부위(UTRs) 및 개시 코돈 가까운 부위(75 염기 이내)에 대한 siRNA의 디자인은 추천하지 않는데, 이는 이들 부위에 조절단백질 결합부위가 풍부하기 때문이다. UTR-결합 단백질 및/또는 번역 개시 복합체들은 siRNA 엔도뉴클레아제 복합체의 결합을 방해할 수 있다.

2. 인간 게놈 데이터베이스와 잠재적 표적 위치들을 비교하고 다른 코딩 서열과 현저한 상동성을 가지는 임의의 표적 서열을 고려대상에서 제거한다. 상동성 검색은 NCBI 서버상(www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/)에서 찾을 수 있는 BLAST를 사용하여 수행될 수 있다.

3. 합성을 위해 자격이 되는 표적 서열을 선택한다. Ambion에서는, 바람직하게 여러 표적 서열이 평가를 위하여 유전자의 길이에 따라 선택될 수 있다. 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 siRNA는 본 발명의 폴리펩티드의 발현을 억제하며 이로 인하여 본 발명의 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제하는데 유용하다. 또한, 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 siRNA를 포함하는 발현-억제자들은 이들이 본 발명의 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제할 수 있다는 점에서 유용하다. 따라서, 본 발명의 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 siRNA를 포함하는 조성물은 PRC 또는 PIN을 치료하는데 유용하다.

대안적으로, 과발현되는 유전자의 하나 이상 유전자 산물의 기능은 유전자 산물과 결합하거나 또는 그렇지 않으면 유전자 산물의 기능을 억제하는 화합물을 투여함으로써 억제된다. 예를 들면, 상기 화합물은 과발현된 유전자 산물 또는 유전자 산물들과 결합하는 항체이다.

본 발명은 항체, 특히 상향조절되는 마커 유전자에 의하여 암호화된 단백질에 대한 항체들, 또는 상기 항체의 단편의 용도에 관한 것이다. 본 명세서에 사용된 바와 같이, “항체”라는 용어는 항체를 합성하는데 사용된 항원(즉, 상향 조절되는 마커 유전자 산물) 또는 이와 밀접하게 관련된 항원과 상호 작용하는(즉, 결합하는) 특이적 구조를 가지는 면역글로불린 분자를 언급한다. 나아가, 항체는 그것이 상기 마커 유전자에 의해 암호화된 하나 이상의 단백질들과 결합하는 한, 항체의 단편 또는 변형된 항체일 수 있다. 예를 들면, 상기 항체 단편은 Fab, F(ab')₂, Fv, 또는 단일 사슬 Fv(scFv)일 수 있는데, H 및 L 사슬유래의 Fv 단편은 적절한 링커에 의해 연결된다(Huston J. S. et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 85:5879-83(1988)). 더 상세하게는, 항체 단편은 파파인 또는 펩신과 같은 효소로 항체를 처리함으로써 생성될 수 있다. 대안적으로, 항체 단편을 암호화하는 유전자를 발현 벡터에 도입하여 구축하고, 적절한 숙주 세포에서 발현시킬 수 있다(Co M. S. et al. J. Immunol. 152: 2968-2976(1994); Better M. and Horwitz A. H. Methods Enzymol. 178: 476-496 (1989); Pluckthun A. and Skerra A. Methods Enzymol. 178: 497-515 (1989); Lamoyi E. Methods Enzymol. 121: 652-663 (1986); Rousseaux J. et al. Methods Enzymol. 121: 663-669 (1986); Bird R. E. and Walker B. W. Trends Biotechnol. 9: 132-137 (1991)).

항체는 폴리에틸렌 글리콜(PEG)와 같은 다양한 분자들과 결합(conjugation)에 의하여 변형될 수 있다. 본 발명은 이러한 변형된 항체들을 제공한다. 상기 변형된 항체는 화학적으로 항체를 변형함으로써 얻을 수 있다. 이들 변형 방법들은 당해 분야에서 관례적이다.

선택적으로, 항체는 비인간 항체유래의 상보성 결정 부위(CDR), 인간 항체유래의 골격부위(frame work region) 및 불변 부위를 포함하는 인간화된 항체로서 또는 비인간 항체 유래의 가변부위 및 인간 항체 유래의 불변 부위 사이의 키메라성 항체로서 수득될 수 있다. 이러한 항체들은 알려진 기술들을 사용함으로써 제조될 수 있다.

암세포에서 일어나는 특이적 분자 변경에 맞추어진 암 치료는 진행된 유방암 치료를 위한 트라스투주맙(Herceptin), 만성 골수성 백혈병을 위한 이마티닙 메틸레이트(Gleevec), 비소세포성 폐암(NSCLC)을 위한 게피티닙(Iressa), 및 B-세포 림프종과 외투세포 림프종을 위한 리턱시맙(항-CD20 mAb)과 같은 항암제의 규제 승인 및 임상적 개발을 통하여 승인되었다(Ciardiello F, Tortora G. A novel approach in the treatment of cancer: targeting the epidermal growth factor receptor. Clin Cancer Res. 2001 Oct; 7(10): 2958-70. Review; Slamon DJ, Leyland-Jones B, Shak S, Fuchs H, Paton V,Bajamonde A, Fleming T, Eiermann W, Wolter J, Pegram M, Baselga J, Norton L. Use of chemotherapy plus a monoclonal antibody against HER2 for metastatic breast cancer that overexpresses HER2. N Engl J Med. 2001 Mar 15; 344(11): 783-92.; Rehwald U, Schulz H, Reiser M, Sieber M, Staak JO, Morschhauser F, Driessen C, Rudiger T,Muller-Hermelink K, Diehl V, Engert A. Treatment of relapsed CD20+ Hodgkin lymphoma with themonoclonal antibody rituximab is effective and well tolerated: results of a phase 2 trial of the German Hodgkin Lymphoma Study Group. Blood. 2003 Jan 15; 101(2): 420-424.; Fang G, Kim CN, Perkins CL,Ramadevi N, Winton E, Wittmann S and Bhalla KN. (2000). Blood, 96, 2246-2253). 상기 약물들은 임상적으로 유효하며, 오로지 형질변환된 세포를 표적으로 하기 때문에 전통적인 항암제보다 더나은 항독성이 있다. 따라서, 이러한 약물들은 암 환자를 위한 생존 및 삶의 질을 향상 시킬 뿐만 아니라 분자적으로 표적화된 암 치료의 개념을 입증한다. 나아가, 표적화된 약물은 이와 병용하여 사용될 때 표준 화학요법의 유효성을 향상시킨다(Giani L. (2002) Oncology, 63 Suppl 1,47-56; Klejman A, Rushen L, Morrione A, Slupianek A and Skorski T. (2002). Oncogene, 21,5868-5876). 그러므로, 미래의 암 치료는 아마도 혈관생성 및 침입성과 같은 종양 세포의 상이한 특징을 겨냥한 표적-특이적 작용제와 통상적인 약물들을 병용을 수반할 것이다.

이들 조절 방법은 생체외 또는 시험관내(예, 작용제와 함께 세포를 배양함으로써) 또는 대안적으로 생체내(예, 대상체에 작용제를 투여함으로써)에서 수행된다. 본 방법은 차별적으로 발현된 유전자들의 비정상적인 발현 또는 활성을 생쇄하기 위한 치료법으로서, 분자들인, 단백질 또는 단백질들의 조합 또는 핵산 분자 또는 핵산의 조합을 투여하는 것을 수반한다.

유전자의 생물학적 활성 또는 증가된 수준(질병 또는 질환을 앓고 있지 않는 대상체와 관련하여)으로 특징되는 질병 및 질환은 과발현되는 유전자 또는 유전자들의 활성을 상쇄시키는(즉, 감소 또는 억제하는) 치료법으로 치료될 수 있다. 활성을 상쇄시키는 치료제는 치료적으로 또는 예방적으로 투여된다.

이용될 수 있는 치료제들은 예를 들어, (i) 적게 발현되는 유전자 또는 유전자들의 폴리펩티드 또는 유사체, 유도체, 단편 또는 그의 상동체; (ii) 과발현되는 유전자 또는 유전자들에 대한 항체; (iii) 적게 발현되는 유전자 또는 유전자들을 암호화하는 핵산; (iv) "기능장애성"(즉, 하나 이상의 과발현되는 유전자의 코딩 서열내에 이종 도입으로 인한)인 안티센스 핵산 또는 핵산; (v) siRNA(small interfering RNA); 또는 (vi) 조절자(즉, 과/적게 발현된 폴리펩티드와 그의 결합 파트너 사이의 상호작용을 변경하는 작용제 및 길항제(agonist and antagonist), 억제자)를 포함한다. 기능장애성 안티센스 분자들은 동종 재조합에 의하여 폴리펩티드의 내인성 기능을 "넉아웃" 하는데 이용된다(Capecchi, Science 244: 1288-1292 1989).

감소된 수준 또는 생물학적 활성(질병 또는 질환을 앓고 있지 않는 대상체와 관련하여)으로 특징되는 질병 및 질환은 활성을 증가시키는(즉, 작용제) 치료제로 치료될 수 있다. 활성을 상향조절하는 치료제들은 치료 또는 예방적 방식으로 투여될 수 있다. 이용될 수 있는 치료제들은 이에 한정되는 것은 아니나, 폴리펩티드(또는 유사체, 유도체, 그의 단편 또는 상동체) 또는 생체이용성을 증가시키는 작용제를 포함한다.

증가 또는 감소된 수준은 펩티드 및/또는 RNA를 정량화함으로써, 환자 조직 샘플을 얻음으로써(예, 생검 조직으로부터), 그리고 그것을 RNA 또는 펩티드 수준, 발현된 펩티드들의 구조(또는 발현이 변경된 유전자의 mRNAs) 및/또는 활성에 대하여 시험관내에서 분석함으로써 즉시 검출될 수 있다. 당해 기술분야에 잘 알려진 방법들은, 이에 한정되지는 않으나, 면역분석(예, 웨스턴 블랏 분석, SDS-PAGE(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis)에 뒤이은 면역침전, 면역세포화학법 등) 및/또는 mRNAs의 발현을 검출하기 위한 혼성화 분석(예, 노던 분석, 점 블랏(dot blots), 정위치 혼성화(in situ hybridization) 등)을 포함한다.

예방적 투여는 질병의 뚜렷한 임상적 증상이 나타나기 전에 하며, 그 결과 질환 또는 질병이 예방되거나, 대안적으로, 진행이 늦춰진다.

치료 방법은 하나 이상의 차별적으로 발현되는 유전자들의 유전자 산물 활성을 조정하는 작용제와 세포를 접촉시키는 것을 포함한다. 단백질 활성을 조정하는 작용제는 핵산 또는 단백질, 자연적으로-생기는 상기 단백질들의 동족 리간드, 펩티드, 펩티드유사작용제(peptidomimetic) 또는 다른 작은 분자를 포함한다. 예를 들면, 상기 작용제는 하나 이상의 차별적으로 적게 발현되는 유전자의 하나 이상의 단백질 활성을 자극한다.

본 발명은 또한 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드의 면역학적 활성 단편, 또는 상기 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 또는 그의 단편을 포함하는 백신을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 치료 또는 예방 방법에 관한 것이다. 상기 폴리펩티드의 투여는 대상체에 항-종양 면역을 유도한다. 항-종양 면역을 유도하기 위하여, PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드, 또는 상기 폴리펩티드의 면역학적 활성 단편, 또는 상기 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드가 투여된다. 상기 폴리펩티드 또는 그의 면역학적 활성 단편은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에 대한 백신으로서 유용하다. 몇가지 경우에서 상기 단백질 또는 그의 단편이 T-세포 수용체(TCR)에 결합된 형태 또는 대식세포, 수지상세포(DC), 또는 B-세포와 같은 항원 제공 세포(APC)에 존재하는 형태로 투여된다. APC 중에서도 DC의 강력한 항원 제공 능력 때문에 DC의 사용이 더욱 바람직하다.

본 발명에서, PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에 대한 백신은 동물에 접종하여 항-종양 면역을 유도하는 기능을 가지는 물질을 언급한다. 본 발명에 따라, PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드 또는 그의 단편은 PRC 1-88, PRC 296-321, PRC 458-537을 발현하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN에 대하여 강력하고 특이적인 면역 반응을 유도할 수 있는 HLA-A24 또는 HLA-A*0201 한정된 에피토프 펩티드임을 암시한다. 따라서, 본 발명은 또한 상기 폴리펩티드들을 사용하여 항-종양 면역을 유도하는 방법을 포함한다. 일반적으로, 항-종양 면역은 하기와 같은 면역 반응을 포함한다:

- 종양에 대한 세포독성 림프세포의 유도,

- 종양을 인식하는 항체의 유도, 및

- 항-종양 싸이토카인 생산의 유도.

따라서, 임의의 단백질이 동물 접종시 이러한 임의의 면역반응을 유도하면, 상기 단백질은 항-종양 면역 유도 효과를 가지는 것으로 결정된다. 단백질에 의한 항-종양 면역의 유도는 상기 단백질에 대한 숙주에서 면역 체계의 반응을 생체내에서 또는 시험관내에서 관찰함으로써 검출될 수 있다.

예를 들면, 세포독성 T 림프세포의 유도를 검출하기 위한 방법은 잘 알려져 있다. 생물체에 들어가는 외래 물질은 APC의 작용에 의하여 T 세포 및 B 세포에 제공하게 된다. 항원 특이적 방식으로 APC에 의하여 제공되는 항원에 반응하는 T 세포는 상기 항원에 의한 자극때문에 세포독성 T 세포(또는 세포독성 T 림프세포; CTLs)로 분화하고, 그런 다음 증식한다(이는 T 세포의 활성화로 나타낸다). 따라서, 임의의 펩티드에 의한 CTL 유도는 APC에 의한 T 세포에 상기 펩티드의 제공, 및 CTL의 유도를 검출함으로써 평가될 수 있다. 나아가, APC는 CD4+T 세포, CD8+T 세포, 대식세포, 호산구, 및 NK 세포를 활성화시키는 효과를 가진다. CD4+T 세포 및 CD8+T 세포가 또한 항-종양 면역에 중요하기 때문에, 상기 펩티드의 항-종양 면역 유도 작용은 지시자(indicator)로서 이들 세포의 활성화 효과를 사용하여 평가될 수 있다.

APC로서 DC를 이용한 CTL의 유도 작용을 평가하는 방법은 당해 기술분야에 잘 알려져 있다. DC는 APC 중 가장 강력한 CTL 유도작용을 가지는 대표적인 APC이다. 본 방법에서, 시험 폴리펩티드는 초기에 DC와 접촉되고, 그런다음 상기 DC는 T 세포와 접촉된다. DC와의 접촉 후 관심있는 세포에 대한 세포독성 효과를 가지는 T 세포의 검출은 상기 시험 폴리펩티드가 세포독성 T 세포를 유도하는 활성을 가짐을 보여준다. 종양에 대한 CTL의 활성은 예를 들어,지시자로서 ⁵¹Cr-표지된 종양 세포의 용해를 이용하여 검출될 수 있다. 대안적으로, 지시자로서 ³H-티미딘 흡수 활성 또는 LDH(lactose dehydrogenase)-방출을 사용하여 종양 세포 손상 정도를 평가하는 방법이 또한 잘 알려져 있다.

DC와는 별도로, 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)가 또한 APC로 사용될 수 있다. CTL의 유도는 GM-CSF 및 IL-4 존재하에 PBMC를 배양함으로써 향상될 수 있음이 보고된다. 유사하게, CTL은 KLH(keyhole limpet hemocyanin) 및 IL-7 존재하에 PBMC를 배양함으로써 유도됨이 알려졌다.

이들 방법에 의하여 CTL 유도 활성을 가지는 것으로 확인된 시험 폴리펩티드들은 DC 활성 효과 및 뒤이은 CTL 유도 활성을 가지는 폴리펩티드들이다. 따라서, 종양 세포에 대하여 CTL을 유도하는 폴리펩티드들은 종양에 대한 백신으로 유용하다. 나아가, 폴리펩티드와 접촉하여 종양에 대한 CTL을 유도하는 능력을 획득한 APC는 종양에 대한 백신으로 유용하다. 나아가, APC에 의한 폴리펩티드 항원의 제사로 인하여 세포독성을 획득한 CTL이 또한 종양에 대한 백신으로 사용될 수 있다. APC 및 CTL에 기인한 항-종양 면역을 사용한 이런 종양 치료 방법들은 세포 면역치료로 언급된다.

일반적으로, 세포 면역치료를 위하여 폴리펩티드를 사용할 때, 상기 CTL-유도의 유효성은 상이한 구조를 가지는 다수의 폴리펩티드들의 조합 및 DC와 접촉시킴으로써 증가하는 것으로 알려져있다. 따라서, 단백질 단편들로 DC를 자극하면, 복합적인 타입의 단편의 혼합물을 사용하는데 유리하다.

대안적으로, 폴리펩티드에 의한 항-종양 면역 유도는 종양에 대한 항체 생산 유도를 관찰함으로써 확인될 수 있다. 예를 들면, 폴리펩티드에 대한 항체가 상기 폴리펩티드에 대하여 면역성이 있는 실험 동물에서 유도되고, 종양 세포의 성장이 상기 항체들에 의하여 억제되면, 상기 폴리펩티드는 항-종양 면역 유도 능력을 가지는 것으로 결정될 수 있다.

항-종양 면역은 본 발명의 백신을 투여함으로써 유도되며, 항-종양 면역의 유도는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 치료 또는 예방을 가능하게 한다. 암에 대한 치료 또는 암 개시 예방은 암 세포의 성장 억제, 암의 퇴행, 암 발생 억제와 같이, 임의의 단계를 포함한다. 암이 있는 개인의 사망율 감소, 혈액내 종양 마커 감소, 암을 수반하는 검출가능한 증상의 경감 등이 또한 암의 치료 또는 예방에 포함된다. 이러한 치료 및 예방 효과는 바람직하게 통계학적으로 유의하다. 예를 들면, 세포 증식성 질병들에 대한 백신의 치료 또는 예방 효과를 백신투여 없는 대조군과 비교된 경우 5% 이하의 유의수준으로 관찰된다. 예를 들면, Student's t-test, the Mann-Whitney U-test, 또는 ANOVA가 통계 분석에 사용될 수 있다. 단백질을 암호화하는 벡터 또는 면역 활성을 가지는 상기에 언급한 단백질은 에쥬번트(adjuvant)와 조합될 수 있다. 에쥬번트는 면역 활성을 가지는 단백질과 함께(또는 연속적으로) 투여될 때 상기 단백질에 대하여 면역반응을 향상시키는 화합물을 언급하는 것이다. 에쥬번트의 예들은 콜레라 독, 살모넬라 독, 백반등을 포함하나 이에 한정되는 것은 아니다. 나아가, 본 발명의 백신은 약학적으로 허용가능한 담체와 적합하게 조합될 수 있다. 이러한 담체의 예들은 멸균수, 생리식염수, 포스페이트 버퍼, 배양액(culture fluid) 등이다. 나아가, 상기 백신은 필요에 따라, 안정제, 현탁제, 보존제, 계면활성제 등을 포함할 수 있다. 상기 백신은 전신 또는 국소적으로 투여된다. 백신 투여는 일회 접종하거나 다회 투여로 추가 접종된다.

본 발명의 백신으로서 APC 또는 CTL을 사용하면, 종양은 예를 들어 생체외 방법에 의하여 치료 또는 예방될 수 있다. 더 구체적으로는, 예방 또는 치료를 받는 대상체의 PBMC를 수집하고, 상기 세포들을 생체외에서 폴리펩티드와 접촉시켜, APC 또는 CTL을 유도한 다음, 상기 세포를 대상체에 투여할 수 있다. APC는 또한 생체외에서 상기 폴리펩티드를 암호화하는 벡터를 도입시킴으로써 PBMCs에서 유도될 수 있다. 시험관내에서 유도된 APC 또는 CTL은 투여전에 클로닝될 수 있다. 표적세포를 손상시키는데 고활성을 가지는 세포들을 클로닝하고 키움으로써, 세포 면역치료가 더욱 효과적으로 수행될 수 있다. 나아가, 상기 방식으로 분리된 APC 및 CTL은 상기 세포가 유래된 개인에 대하여 뿐만 아니라 다른 개인 유래의 유사한 타입의 종양들에 대하여 세포 면역요법에 사용될 수 있다.

나아가, 본 발명의 약학적으로 유효한 양의 폴리펩티드를 포함하는, 암과 같이 세포 증식성 질병을 치료 또는 예방하기 위한 약학적 조성물이 제공된다. 상기 약학적 조성물은 항 종양 면역을 높이는데 사용될 수 있다.

PRC 또는 PIN을 억제하기 위한 약학적 조성물

약학적 제형들은 경구, 직장, 코, 국소(볼 및 설하를 포함), 질 또는 비경구(근육내, 피하 및 정맥내 포함) 투여, 또는 흡입 또는 통기에 의한 투여에 적합한 것들을 포함한다. 본 제형들은 선택적으로 별개의 투약량 단위로 포장된다.

경구 투여에 적합한 약학적 제형들은 미리 결정된 양의 활성성분을 포함하는 캡슐제, 카세제 또는 정제를 포함한다. 제형은 또한 분말제, 과립제, 또는 용액제, 현탁제 또는 유화제를 포함한다. 상기 활성 성분은 선택적으로 환 연약 또는 페이스트로서 투여된다. 경구 투여를 위한 정제 및 캡슐제는 결합제, 충진제, 윤활제, 붕해제 또는 습윤제와 같이 통상의 부형제들을 포함할 수 있다. 정제는 선택적으로 하나 이상의 제형화하는 성분들과 함께, 압축 또는 몰딩에 의해 만들어질 수 있다. 압축된 정제는 선택적으로 결합제, 윤활제, 비활성 희석제, 윤활제, 계면 활성제 또는 분산제와 혼합죄어, 분말 또는 과립과 같은 유동 형태로 활성 성분을 적당한 기계에서 압축함으로써 제조될 수 있다. 몰딩된 정제는 비활성 액상 희석제로 습윤된 분말 화합물의 혼합물을 적합한 기계에서 몰딩함으로써 만들어질 수 있다. 상기 정제는 당해 기술분야에 잘 알려진 방법에 따라 코팅될 수 있다. 경구 유동액 제제는 예를 들면 수성 또는 유성 현탁제, 용액제, 유화제, 시럽 또는 엘릭시르의 형태일 수 있으며, 또는 사용 전에 물 또는 다른 적합한 비히클로 재구성되는 건조 제품으로 제공될 수 있다. 이러한 액상 제제들은 현탁제, 유화제, 비수성 비히클(식용유를 포함할 수 있는) 또는 보존제와 같은 흔한 첨가제를 포함할 수 있다. 상기 정제는 선택적으로 이에 포함된 활성 성분의 느린 또는 조절되는 방출을 하도록 제형화될 수 있다. 정제의 포장은 각 달에 하루 섭취할 수 있는 하나의 정제를 포함할 수 있다.

비경구 투여를 위한 제형화는 항-산화제, 완충액, 정균제를 포함할 수 있는 수성 및 비수성 멸균 주사 용액제 및 예정된 수용자의 혈액과 등장인 제형을 가능하게 하는 용질; 및 현탁제 및 증점제를 포함할 수 있는 수성 및 비수성 멸균 현탁제를 포함한다. 본 제형은 예를 들어 밀봉된 앰플 및 바이얼(vials)같이 단위 1회분 또는 다회분 용기로 존재하게 될 수 있으며, 사용하기 직전에 멸균 액상 담체, 예를 들어, 식염수, 주사제용 물을 첨가하면 되는 동결 건조(냉동 건조) 조건에서 저장될 수 있다. 대안적으로, 본 제형은 연속적인 주입용으로 제공하게 될 수 있다. 즉석 주사 용액제 및 현탁제는 이전에 기술된 종류의 정제 및 멸균 분말제 및 과립제로부터 제제화될 수 있다.

직장 투여를 위한 제형은 코코아 버터 또는 폴리에틸렌 글리콜과 같은 표준 담체가 들어있는 좌제를 포함한다. 입, 예를 들어 볼 또는 설하로의 국소적 투여를 위한 제형은 설탕 및 아카시아 또는 트라거캔스 같은 풍미를 내는 베이스중에 활성 성분을 함유하는 약용 박하 드롭스(lozenge), 및 젤라틴 및 글리세린 또는 설탕 및 아카시아 같은 베이스에 활성성분을 포함하는 정제(pastilles)를 포함한다. 코안 투여를 위하여 본 발명의 화합물들은 점적제의 형태로 또는 분산가능한 분말 또는 액체 스프레이로서 사용될 수 있다. 점적제는 또한 하나 이상의 분산제, 용해제 또는 현탁제를 포함하는 수성 또는 비수성 베이스로 제형화될 수 있다.

흡입에 의한 투여를 위하여 상기 화합물들은 취입기, 분무기, 압축 포장 또는 에어로졸 스프레이를 전달하는 다른 편리한 방법으로 편리하게 전달된다. 압축 포장은 디클로로디플루오로메탄, 트리클로로플루오로메탄, 디클로로테트라플루오로에탄, 카본 디옥사이드 또는 다른 적합한 가스와 같이 적당한 분사제를 포함할 수 있다. 압축 에어로졸의 경우에, 투여 단위는 계산된 양을 전달하기 위하여 밸브를 제공함으로써 결정될 수 있다.

대안적으로, 흡입 또는 통기에 의한 투여를 위하여, 상기 화합물들은 건조 분말 조성물, 예를 들면, 상기 화합물 및 락토스 또는 녹말과 같은 적합한 파우더 베이스의 파우더 믹스 형태를 가질 수 있다. 상기 분말 조성물은 상기 분말이 흡입기 또는 취입기의 도움으로 투여될 수 있는, 단위 투여량 형태, 예를 들면, 캡슐, 카트리지, 젤라틴 또는 발포 포장으로 제공할 수 있다.

다른 제형들은 치료제를 방출하는 붙일수 있는 장치 및 접착성 패치를 포함한다.

바람직하게는, 활성 성분의 지속적인 방출에 적합화된 상기 기술된 제형들이 이용될 수 있다. 상기 약학적 조성물은 또한 항생제, 면역억제제 또는 보존제와 같은 다른 활성 성분들을 포함할 수 있다.

특히 상기에 언급된 성분들과 더불어, 본 발명의 제형들은 예를 들어 경구 투여에 적합한 것들은 풍미제를 포함하는 것과 같이 제형 타입을 고려하여 당해 기술분야에 알려진 다른 작용제를 포함할 수 있다.

바람직한 단위 투여량 제형은 아래에 설명된 것처럼 활성성분의 유효한 1회분 또는 이의 적합한 일부를 포함하는 것이다.

각 전술한 조건을 위하여, 상기 조성물들, 예를 들어, 폴리펩티드 및 유기 화합물들은 1일당 약 0.1 내지 250mg/kg의 투여량으로 경구 또는 주사로 투여될 수 있다. 성인에 대한 투여량 범위는 일반적으로 약 5mg 내지 17.5g/일, 바람직하게는 약 5mg 내지 10g/일, 및 더욱 바람직하게는 약 100mg 내지 약 3g/일이다. 정제 또는 별개의 단위로 제공되는 단위 투약 형태는 간편하게 일회 투약에 효과적인 양을 포함할 수 있거나 또는 동일한 약을 수회로 투약할 수 있게, 예를 들어 단위는 약 5mg 내지 약 500mg, 통상적으로는 약 100mg 내지 약 500mg을 포함할 수 있다.

상기 채용된 1회분은 대상체의 나이 및 성별, 사전 병력, 및 그의 심각성등을 포함하는 다수의 요인들에 의존할 것이다. 또한, 투여 경로는 상태 및 그 심각성에 따라 다양할 수 있다.

본 발명은 추가로 다음의 실시예에 기술될 것이나, 청구범위에 기술된 본 발명의 범위를 제한하지 않는다. 다음의 예들은 PRC 및 PIN 세포에서 차별적으로 발현되는 유전자들의 규명 및 특성을 설명한다.

<실시예 1> 시험 샘플 준비

질병 조직(예, PRC 유래 상피세포)로 부터 얻어진 조직 및 정상 조직은 질병 상태, 예로, PRC 또는 차별적으로 발현되는 유전자들을 확인하기 위하여 평가되었다. 본 분석은 다음과 같이 수행되었다.

환자, 조직 샘플 및 LCM(Laser-capture microdissection)

비-암 전립선 조직을 포함하는 PRC 샘플을 수술전 처리 없이 근치전립선절제술을 시술받은 26명 환자로부터 얻었다. 전립선암 또는 고-등급 PIN은 조직병리학적으로 단일 병리학자(M.F.)에 의해 진단되었다. 분석을 위한 충분한 양 및 질의 RNA를 가지는 26개 PRC 조직, 20개 암 및 10개 고-등급 PIN 세포 중에서 마이크로어레이 연구에 사용되었다. 종양에 대한 임상적 및 병리학적 정보는 표 1에 상세히 나타내었다. 샘플은 TissueTek OCT 배지(Sakura)에 심은 다음 사용때까지 -80℃에 보관하였다. 냉동 표본은 냉동미세절단기로 8-μm 절편으로 순차적으로 절단되었고, 분석된 부위를 명시하기 위하여 헤마톡실린 및 에오신으로 염색하였다. 암 및 비암 새포의 교차오염을 피하기 위하여, 두 집단은 여러 변형을 가한 제조자의 프로토콜에 따라 EZ Cut LCM System(SL Microtest GmbH)에 의하여 준비되었다.

RNA 추출 및 T7-기재 RNA 증폭

전체 RNA는 350μl RLT 용해 완충액(QIAGEN)으로 레이저-캡쳐 세포의 각 집단으로부터 추출되었다. 추출된 RNA는 게놈 DNA 오염을 제거하기 위하여 1단위의 RNase 억제제(TOYOBO, Osaka, Japan) 존재하에 30단위의 DNase I(QIAGEN)으로 상온에서 30분간 처리되었다(도 1). 70℃에서 10분간 불활성화 후, RNAs는 제조자의 권장사항에 따라 RNeasy Mini Kit(QIAGEN)으로 정제되었고, DNase-처리된 RNAs는 T7-기재 RNA 증폭을 하였다. 각 샘플에서 2회 증폭으로 50-100μg의 증폭된 RNA(aRNA)를 얻었다. 암 및 비-암 세포 각각으로부터 2.5μg의 분취 aRNA를 각각 Cy5-dCTP 및 Cy3-dCTP 존재하에서 역전사하였다.

cDNA 마이크로어레이 제조

NCBI(the National Center for Biotechnology Information) UniGene database (build #131)로부터 선택되는 23,040 cDNAs를 포함하는 "게놈-전체의" cDNA 마이크로어레이 시스템을 제조하였다. 간략히, 상기 cDNAs는 주형(반복 또는 poly(A) 서열이 없는 200 내지 1000bp 범위의 앰플리콘의 길이)으로서 다양한 인간 기관으로부터 분리된 poly(A)+RNA를 사용하여 RT-PCR(reverse transcription-PCR)에 의하여 증폭되었다. 상기 PCR 산물들은 Array Spotter Generation Ⅲ (Amersham Bioscience)를 사용하여, 타입-7 유리 슬라이드(Amersham Bioscience)에 각 두개씩 스팟팅되었다. 각 슬라이드는 상이한 형광 염색의 신호 강도를 표준화하기 위하여 52 하우스키핑 유전자를 포함하였다.

혼성화 및 데이터 획득

혼성화 및 세척은 모든 과정이 Automated Slide Processor(Amersham Biosciences)(17)로 수행된 것을 제외하고, 이전에 기술된 프로토콜에 따라 수행되었다. 각 혼성화 신호 강도는 Array Vision computer program(Amersham Biosciences)에 의하여 광계측적으로 계산되었고, 배경 강도는 제거되었다. 각 Cy3- 및 Cy5 신호 강도의 표준화는 52개 하우스키핑 유전자로부터 평균한 신호를 사용하여 수행되었다. 각 발현 수준의 결정값(cut-off)은 배경 변동에 따라 자동적으로 계산되었다.

Cy3 및 Cy5 신호 강도 모두 상기 결정값보다 낮았을 때, 그 샘플에서 그에 상응하는 유전자의 발현은 없는것으로 평가되었다. Cy5/Cy3 비는 상대적 발현 비로 계산되었다. 다른 유전자의 경우, 본 발명자들은 각 샘플의 원(raw) 데이터를 사용하여 Cy5/Cy3비를 계산하였다.

<실시예 2> PRC-관련 유전자들의 확인

PRC 및 PIN에 공통된 상향- 또는 하향-조절되는 유전자들이 확인되었을 때, 상기 유전자들은 다음의 기준에 의하여 분석되었다. 우선, 상대 발현 비가 50%를 초과하는 경우에서 유전자의 상대적 발현비가 계산될 수 있고, 50%를 초과하는 경우에서 유전자 발현이 상향 또는 하향 조절되는 유전자들이 선택되었다. 각 유전자의 상대 발현 비(Cy5/Cy3 강도 비)는 네가지 카테고리중 하나로 분류되었다: (1) 상향 조절(유익한 경우의 50% 초과에서 3.0을 초과하는 발현 비); (2) 하향 조절(유익한 경우의 50% 초과에서 0.33 미만인 발현 비); (3) 변화없음(유익한 경우의 50% 초과에서 0.33 및 3.0 사이인 발현 비); 및 (4) 발현되지 않음(또는 약간 발현되나 검출을 위한 결정 수준 보다 낮음). 이들 카테고리들은 발현비의 변화들이 특정 하부그룹에 특이적인 유전자 세트 및 샘플 중에 공통적인 유전자 세트를 검출하기 위하여 조사되었다. PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 세포에서 일반적으로 상향 또는 하향 조절되는 후보 유전자들을 검출하기 위하여, 23,040 유전자의 전체적인 발현 패턴이 (1), (2), 또는 (3)과 같이 분류되는 PRC 50% 초과에서 3.0 초과 또는 0.33 미만의 발현 비를 갖는 유전자들을 선택하기 위하여 스크리닝하였다.

더욱이, PRC 또는 PIN에 공통되는 상향 또는 하향 조절되는 유전자들이 확인되었을 때, 상기 유전자들은 다음의 기준에 의하여 분석되었다.

우선, 상대 발현 비가 50%를 초과하는 경우에서 유전자의 상대적 발현비가 계산될 수 있고, 50%를 초과하는 경우에서 유전자 발현이 상향 또는 하향 조절되는 유전자들이 선택되었다. 각 유전자의 상대 발현 비(Cy5/Cy3 강도 비)는 네가지 카테고리중 하나로 분류되었다: (5) 상향 조절(유익한 경우의 50% 초과에서 5.0 초과인 발현 비); (6) 하향 조절(유익한 경우의 50% 초과에서 0.2 미만인 발현 비); (7) 변화없음(유익한 경우의 50% 초과에서 0.2 및 5.0 사이인 발현 비); (8) 발현되지 않음(또는 약간 발현되나 검출을 위한 결정 수준보다 낮음). 이들 카테고리들은 발현비의 변화들이 특정 하부그룹에 특이적인 유전자 세트 및 샘플 중에 공통적인 유전자 세트를 검출하기 위하여 조사되었다. PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 세포에서 일반적으로 상향 또는 하향 조절되는 후보 유전자들을 검출하기 위하여, 23,040 유전자의 전체적인 발현 패턴이 (5), (6), 또는 (7)과 같이 분류되는 PRC 50% 초과에서 5.0 초과 또는 0.2 미만의 발현 비로 유전자들을 선택하기 위하여 스크리닝하였다.

PRC 세포에서 임상적으로 관련있는 발현 패턴을 갖는 유전자 규명

약 23,000 유전자의 발현 패턴이 PRC 세포에서 cDNA 마이크로어레이를 사용하여 연구되었다. Cy5 및 Cy3 신호가 결정값 아래인 각각의 데이터는 배제되었다. PRC 및 PINs에서 발현 비가 3.0 초과인 88개 상향 조절되는 유전자가 규명되었으나(표 3 참조), 반면에 발현 비가 0.33 미만인 207개 하향 조절되는 유전자가 규명되었다(표 4 참조). PRC에서 발현 비가 5.0 초과인 26개 상향 조절되는 유전자가 규명되었으나(표 5 참조), 반면에 발현 비가 0.2 미만인 136개 하향 조절되는 유전자가 규명되었다(표 6 참조).

상향 조절되는 유전자 중, α-메틸아실 보조효소 A 라세미화 효소(α-methylacyl coenzyme A racemase(AMACR))는 이미 PRC에서 과발현되는 것으로 알려져있다(13). 게다가, 이들 상향 조절되는 요소들은 대사 및 신호 전달 경로, 전사 인자, 세포 주기, 종양유전자, 및 세포 부착 및 세포골격에 관련된 상당한 유전자들을 포함하였다. 그것들 중, 전립선 특이적 G-단백질 연결 수용체(PSGR)인 후각 수용체, 패밀리 51, 서브패밀리 E, 멤버 2(OR51E2), 및 PRC 과발현 유전자 1(POV1)은 PRCs에서 과발현된다고 이미 보고되어 있다(Luo et al. , 2002; Cole et al., 1998; Xu et al. , 2000)(표 5 참조).

PIN에서 발현 비가 5.0 초과인 80 상향 조절되는 유전자가 확인되었으나(표 7 참조), 반면에 발현 비가 0.2 미만인 155 하향 조절되는 유전자가 확인되었다(표 8 참조).

마이크로어레이 분석에 의하여 나타난 발현의 신뢰도를 확인하기 위하여, 반-정량적 RT-PCR 실험이 수행되었다. 4개 상향 조절되는 유전자가 선택되었고, 그 발현 수준이 반-정량적 RT-PCR에 의하여 측정되었다. 각 샘플로부터 3μg의 분취 aRNA는 무작위 프라이머(Roche) 및 Superscript Ⅱ(Life Technologies, Inc.)를 사용하여 단일-가닥 cDNAs로 역전사되었다. 각 cDNA 혼합물은 표 2에 나타낸 프라이머 세트로 후속적 PCR 증폭을 위하여 희석되었다. β-액틴(ACTB)의 발현은 내부 대조군으로 사용되었다. 증폭산물의 강도가 증폭과정에서 선형상(linear phase)에 오도록 PCR 반응의 회전수를 최적화하였다.

거의 유익한 경우에서 과발현되는 4 상향 조절되는 유전자(AMACR, HOXC6, POV1, ABHD2 및 C20ORF102)의 발현 수준 비를 비교하였을 때, 상기 결과들은 대다수 시험된 경우의 마이크로어레이 분석 결과와 매우 유사하였다(도 1). 이들 데이터는 PRC 세포에서 보통 상향-조절되는 유전자들을 확인하기 위한 본 발명의 전략의 신뢰도를 증명하였다.

레이저-캡쳐 절단 및 게놈 전체의 cDNA 마이크로 어레이의 조합을 통하여 얻어진, 본 명세서에 기술된 PRC 및 PIN의 유전자 발현 분석은 암 예방 및 치료를 위한 표적으로서 특이적 유전자들을 확인하였다. 이들 차별적으로 발현된 유전자의 하부 서브세트의 발현에 근거하여, 본 발명은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 검출 또는 확인하기 위한 분자 진단 마커들을 제공한다.

본 명세서에 기술된 방법들은 또한 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PINPRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 치료를 위한 부가적인 분자 표적의 확인에 유용하다. 본 명세서에 보고된 데이터는 PRC의 포괄적인 이해를 더하고, 새로운 진단 전략 개발을 용이하게 하며, 또한 치료제 및 예방제를 위한 분자 표적의 확인을 위한 실마리를 제공한다. 이러한 정보는 전립선 종양생성에 더욱 깊은 이해를 제공하며, 또한 PRC의 진단, 치료 및 궁극적으로는 예방을 위하여 새로운 전략을 개발하기 위한 지시자를 제공한다.

본 명세서에 인용된 모든 특허, 특허 출원, 및 공개문헌은 전체로 참조 문헌으로 포함되었다. 나아가, 본 발명이 자세히, 그리고 특정 구현예를 참조로 기술되었으나, 본 발명의 의도 및 범위를 벗어남이 없이 본 발명에 다양한 변화 및 변형이 수행될 수 있는 것이 당해 기술분야의 당업자에게 분명할 것이다.

<110> ONCOTHERAPY SCIENCE, INC. JAPAN AS REPRESENTED BY THE PRESIDENT OF THE UNIVERSITY OF TOKYO <120> METHOD FOR DIAGNOSING PROSTATE CANCER <130> 5fpi-03-12 <150> 60/414,873 <151> 2002-09-30 <160> 12 <170> KopatentIn version 1.71 <210> 1 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 1 tcatgatctc cctctaagca cat 23 <210> 2 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 2 tgttgctgtg tgttgggtat aag 23 <210> 3 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 3 cctgggggtc attatggcat ttt 23 <210> 4 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 4 ttctcctact ggctaaacaa acg 23 <210> 5 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 5 ggtgcctctt atctccttct 20 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 6 cttccctttt tatttcctct 20 <210> 7 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 7 gtacttggct taaaagcaac cag 23 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 8 ctcagtgacc tggatctgac ct 22 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 9 aaccacttct tgcgagtcct t 21 <210> 10 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 10 tattcaggtt ggctggtagt cac 23 <210> 11 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 11 ttggcttgac tcaggattta 20 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Artificial synthesised primer sequence for RT-PCR <400> 12 tggacttggg agaggactgg 20

Claims

정상 조절 수준과 비교한 PRC(Prostate cancer)-관련 유전자 수준의 증가 또는 감소는 대상체가 PRC 및 PIN(prostatic intraepithelial neoplasia), 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, 환자 유래 생물학적 샘플의 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN으로 진행할 소인(predisposition) 또는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN의 진단 방법.
제 1항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 증가는 대상체가 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, PRC-관련 유전자는 PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 2항에 있어서, 증가는 정상 조절 수준보다 적어도 10%보다 더 높은 것인 방법.
제 1항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 감소는 대상체가 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 앓고 있거나 또는 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, PRC-관련 유전자는 PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 4항에 있어서, 감소는 정상 조절 수준보다 적어도 10%보다 더 낮은 것인 방법.
제 1항에 있어서, 방법은 다수 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
제 1항에 있어서, 발현 수준은 하기로 이루어진 군으로부터 선택되는 임의의 방법에 의하여 결정되는 방법:

(a) PRC-관련 유전자의 mRNA의 검출,

(b) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 검출, 및

(c) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 생물학적 활성의 검출.
제 1항에 있어서, 발현 수준은 환자 유래 생물학적 샘플의 유전자 전사체와 PRC-관련 유전자 프로브(probe)의 혼성화를 검출함으로써 결정되는 방법.
제 8항에 있어서, 혼성화 단계는 DNA 어레이(array)상에서 수행되는 방법.
제 1항에 있어서, 생물학적 샘플은 상피 세포를 포함하는 방법.
제 1항에 있어서, 생물학적 샘플은 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 세포를 포함하는 방법.
제 8항에 있어서, 생물학적 샘플은 PRC 또는 PIN 유래의 상피 세포를 포함하는 방법.
PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자의 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일(reference expression profile).
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자의 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자의 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
하기의 단계를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법;

a) PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉하는 단계;

b) 상기 폴리펩티드와 시험 화합물간의 결합 활성을 측정하는 단계; 및

c) 상기 폴리펩티드와 결합하는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법;

a) PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자를 발현하는 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계; 및

b) PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 발현 수준을 감소시키거나, 또는 PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 발현 수준을 증가시키는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법;

a) PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 a) 단계의 폴리펩티드의 생물학적 활성을 측정하는 단계; 및

c) 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제하거나 또는 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
제 17항에 있어서, 세포는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 세포를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
하기의 단계를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법;

a) PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 전사 조절 부위 및 상기 전사 조절 부위의 조절하에서 발현되는 리포터 유전자를 포함하는 벡터가 도입된 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 리포터 유전자의 활성을 측정하는 단계; 및

c) 대조군과 비교하여, 상기 마커 유전자가 PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 상향-조절되는 유전자일 경우에는 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 감소시키거나 또는 상기 마커 유전자가 PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 하향-조절되는 유전자일 경우에는 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 검출 시약을 포함하는 키트.
PRC 1-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 핵산을 포함하는 어레이.
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 유전자에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 화합물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 코딩 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 핵산 조성물(antisense nucleic composition)을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산 서열의 발현을 감소시키는 siRNA 조성물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화된 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드의 면역학적 활성 단편, 또는 상기 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 백신을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 89-295의 발현 또는 활성을 증가시키는 화합물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 의하여 암호화된 폴리펩티드를 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
제 16항 내지 제 20항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 수득된 화합물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
활성 성분으로서 약학적으로 유효한 양의 PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 대한 siRNA 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 1-88로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화된 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 89-295로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 그에 의해 암호화되는 폴리펩티드, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 제 16항 내지 제 20항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 선택되는 약학적으로 유효한 양의 화합물, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PINPRC 및 PIN, 또는 PRC 또는 PIN용 조성물.
정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 증가 또는 감소는 대상체가 PRC를 앓고 있거나 또는 PRC로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, 환자 유래 생물학적 샘플의 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC로 진행할 소인(predisposition) 또는 PRC 진단 방법.
제 35항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 증가는 대상체가 PRC를 앓고 있거나 또는 PRC로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, 상기 PRC-관련 유전자가 PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 36항에 있어서, 증가는 정상 조절 수준보다 적어도 10%보다 더 높은 것인 방법.
제 35항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 감소는 대상체가 PRC를 앓고 있거나 또는 PRC로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, PRC-관련 유전자는 PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 38항에 있어서, 감소는 정상 조절 수준보다 적어도 10% 보다 더 낮은 것인 방법.
제 35항에 있어서, 방법은 다수 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
제 35항에 있어서, 발현 수준은 하기로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 방법에 의하여 결정되는 방법:

(a) PRC-관련 유전자의 mRNA의 검출,

(b) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 검출, 및

(c) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 생물학적 활성 검출.
제 35항에 있어서, 발현 수준은 환자 유래 생물학적 샘플의 유전자 전사체와 PRC-관련 유전자 프로브의 혼성화를 검출함으로써 결정되는 방법.
제 42항에 있어서, 혼성화 단계는 DNA 어레이(array)상에서 수행되는 방법.
제 35항에 있어서, 생물학적 샘플은 상피 세포를 포함하는 방법.
제 35항에 있어서, 생물학적 샘플은 PRC 세포를 포함하는 방법.
제 42항에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 PRC유래의 상피 세포를 포함하는 방법.
PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자의 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉하는 단계;

b)상기 폴리펩티드와 시험 화합물간의 결합 활성을 측정하는 단계; 및

c) 폴리펩티드와 결합하는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자를 발현하는 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계; 및

b) PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 발현 수준을 감소시키거나, 또는 PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 발현 수준을 증가시키는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 a) 단계 폴리펩티드의 생물학적 활성을 측정하는 단계; 및

c) 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제하거나, 또는 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
제 51항에 있어서, 세포는 PRC 세포를 포함하는 방법.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상 마커 유전자의 전사 조절 부위 및 상기 전사 조절 부위의 조절하에서 발현되는 리포터 유전자를 포함하는 벡터가 도입된 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 리포터 유전자의 활성을 측정하는 단계, 및

c) 대조군과 비교하여, 상기 마커 유전자가 PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 상향-조절되는 유전자일 경우에는, 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 감소시키거나 또는 상기 마커 유전자가 PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 하향-조절되는 유전자일 경우에는, 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 검출 시약을 포함하는 키트.
PRC 296-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 핵산을 포함하는 어레이.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 유전자에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 화합물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 코딩 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 조성물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산 서열의 발현을 감소시키는 siRNA 조성물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화되는 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드의 면역학적 활성 단편, 또는 상기 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 백신을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 322-457의 발현 또는 활성을 증가시키는 화합물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 그에 의하여 암호화된 폴리펩티드를 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
제 50항 내지 제 54항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 수득된 화합물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 치료 방법.
활성 성분으로서 약학적으로 유효한 양의 PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 대한 siRNA 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 296-321로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화되는 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 322-457로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 그에 의하여 암호화된 폴리펩티드, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 제 50항 내지 제 54항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 선택되는 약학적으로 유효한 양의 화합물, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 치료용 조성물.
정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 증가 또는 감소는 대상체가 PIN을 앓고 있거나 또는 PIN으로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, 환자 유래 생물학적 샘플의 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 대상체에서의 PIN으로 진행할 소인 또는 PIN 진단 방법.
제 69항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 증가는 대상체가 PIN을 앓고 있거나 또는 PIN으로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, PRC-관련 유전자가 PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 70항에 있어서, 증가는 정상 조절 수준보다 적어도 10%보다 더 높은 것인 방법.
제 69항에 있어서, 정상 조절 수준과 비교한 PRC-관련 유전자 수준의 감소는 대상체가 PIN을 앓고 있거나 또는 PIN으로 진행할 위험성이 있다는 것을 나타내는, PRC-관련 유전자가 PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 방법.
제 72항에 있어서, 감소는 정상 조절 수준보다 적어도 10% 보다 더 낮은 것인 방법.
제 69항에 있어서, 방법은 다수 PRC-관련 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
제 69항에 있어서, 발현 수준은 하기로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 방법에 의하여 결정되는 것을 특징으로 하는 방법:

(a) PRC-관련 유전자의 mRNA의 검출,

(b) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 검출, 및

(c) PRC-관련 유전자에 의하여 암호화된 단백질의 생물 활성 검출.
제 69항에 있어서, 발현 수준은 환자 유래 생물학적 샘플의 유전자 전사체와 PRC-관련 유전자 프로브의 혼성화를 검출함으로써 결정되는 방법.
제 76항에 있어서, 혼성화 단계는 DNA 어레이상에서 수행되는 방법.
제 69항에 있어서, 생물학적 샘플은 상피 세포를 포함하는 방법.
제 69항에 있어서, 생물학적 샘플은 PIN 세포를 포함하는 방법.
제 76항에 있어서, 상기 생물학적 샘플은 PIN 유래의 상피 세포를 포함하는 방법.
PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 유전자 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
PRC 538-692로 구성되는 군으로 부터 선택되는 둘 이상의 유전자 발현 패턴을 포함하는 PRC 참조 발현 프로파일.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 예방하거나 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 폴리펩티드와 시험 화합물간의 결합 활성을 측정하는 단계; 및

c) 폴리펩티드와 결합하는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 예방하거나 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자를 발현하는 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계; 및

b) PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 발현 수준을 감소시키거나, 또는 PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 발현 수준을 증가시키는 화합물을 선택하는 단계.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 예방하거나 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 458-692로 구성되는 군으로 부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 a) 단계 폴리펩티드의 생물학적 활성을 측정하는 단계; 및

c) 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 억제하거나, 또는 시험 화합물 부재시에 측정한 생물학적 활성과 비교하여 PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화된 폴리펩티드의 생물학적 활성을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
제 85항에 있어서, 세포는 PIN 세포를 포함하는 방법.
하기의 단계를 포함하는 PRC를 예방하거나, 또는 PIN을 치료 또는 예방하기 위한 화합물을 스크리닝하는 방법:

a) PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하나 이상의 마커 유전자의 전사 조절 부위 및 상기 전사 조절 부위의 조절하에서 발현되는 리포터 유전자를 포함하는 벡터가 도입된 세포와 후보 화합물을 접촉시키는 단계;

b) 상기 리포터 유전자의 활성을 측정하는 단계; 및

c) 대조군과 비교하여, 상기 마커 유전자가 PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 상향-조절되는 유전자일 경우에는, 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 감소시키거나 또는 상기 마커 유전자가 PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 하향-조절되는 유전자일 경우에는, 상기 리포터 유전자의 발현 수준을 향상시키는 화합물을 선택하는 단계.
PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 검출 시약을 포함하는 키트.
PRC 458-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 둘 이상의 핵산 서열과 결합하는 핵산을 포함하는 어레이.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 유전자에 의하여 암호화되는 폴리펩티드의 발현 또는 활성을 감소시키는 화합물을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 코딩 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 안티센스 조성물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산 서열의 발현을 감소시키는 siRNA 조성물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화되는 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편을 대상체에 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 핵산에 의하여 암호화되는 폴리펩티드 또는 상기 폴리펩티드의 면역학적 활성 단편, 또는 상기 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 백신을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 538-692의 발현 또는 활성을 증가시키는 화합물을 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 그에 의하여 암호화되는 폴리펩티드를 대상체에 투여하는 것을 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
제 84항 내지 제 88항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 수득되는 화합물을 투여하는 단계를 포함하는 대상체에서의 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료 방법.
활성 성분으로서 약학적으로 유효한 양의 PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 폴리뉴클레오티드에 대한 siRNA 또는 안티센스 폴리뉴클레오티드, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 458-537로 구성되는 군으로부터 선택되는 임의의 유전자에 의하여 암호화된 단백질과 결합하는 약학적으로 유효한 양의 항체 또는 그의 단편, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 PRC 538-692로 구성되는 군으로부터 선택되는 약학적으로 유효한 양의 폴리뉴클레오티드, 또는 이에 의하여 암호화된 폴리펩티드 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.
활성 성분으로서 제 84항 내지 제 88항 중 어느 한 항의 방법에 의하여 선택되는 약학적으로 유효한 양의 화합물, 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 PRC 예방 또는 PIN 예방 또는 치료용 조성물.