KR102506298B1

KR102506298B1 - 올리고머의 제조 방법

Info

Publication number: KR102506298B1
Application number: KR1020187036117A
Authority: KR
Inventors: 바오 카이; 미첼 마티니; 로스 시마부쿠; 케이티 토마스; 다이앤 엘리자베스 프랭크; 리차드 케이. 베스트위크
Original assignee: 사렙타 쎄러퓨틱스 인코퍼레이티드
Priority date: 2016-05-24
Filing date: 2017-05-24
Publication date: 2023-03-06
Also published as: SG10202101830WA; MA45154A; US20210198296A1; CN109563114A; EP3564248A1; EP3464305A1; CN109563114B; US20200040020A1; US11384105B2; AU2017269355B2; BR122022014984B1; TW202200599A; SA518400500B1; TW201806962A; TWI738784B; WO2017205496A1; CA3025339A1; MX2018014472A; JP7008642B2; JP2021176967A

Abstract

본원에서는 올리고머(예를 들어, 모르폴리노 올리고머)의 제조 방법을 제공한다. 본원에 기재된 합성 방법은 합성된 올리고머의 총 수율과 순도를 유지하면서 올리고머 합성의 규모를 키우는데 유리할 수 있다.

Description

올리고머의 제조 방법

관련 출원

본 발명은 2017년 5월 18일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/508,256호; 2016년 5월 24일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/341,049호; 2016년 6월 30일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/356,923호; 2016년 6월 30일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/357,072호; 2016년 6월 30일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/357,153호; 및 2016년 6월 30일자에 출원된 미국 특허 가출원 제62/357,166호;의 혜택을 주장하며, 상기 출원들은 그 전체 내용이 본원에 참고로 포함되어 있다.

안티센스 기술은 대안적인 스플라이스 생성물을 포함하는 하나 이상의 특이적 유전자 생성물의 발현을 조절하는 수단을 제공하며, 다수의 치료, 진단, 및 연구적 응용에 특이하게 유용하다. 안티센스 기술 이면의 원칙은 핵산을 표적화하도록 혼성화되고, 다수의 안티센스 대사 중 어느 하나를 통해 유전자 발현 활성, 예컨대 전사, 스플라이싱 또는 번역을 조절하는 안티센스 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드이다. 안티센스 화합물의 서열 특이성은 표적 유효화 및 유전자 기능화, 뿐만 아니라 질병 관련 유전자의 발현을 선택적으로 조절하는 치료를 위한 매력적인 수단이 되게 한다.

뒤센 근위축증(Duchenne muscular dystrophy, DMD)은 단백질 디스트로핀의 발현의 결함에 의해 유발된다. 상기 단백질을 암호화하는 유전자는 이백만개 이상의 뉴클레어티드의 DNA에 흩어진 79개 엑손을 포함한다. 엑손의 리딩 프레임을 바꾸거나, 또는 정지 코돈을 도입하거나, 또는 프레임 엑손 또는 엑손의 전체적인 제거, 또는 하나 이상의 엑손의 중복을 특징으로 하는 임의의 엑손 돌연변이는, 기능성 디스트로핀 생성을 중단시켜서, DMD를 생성할 가능성이 있다.

DMD의 치료를 위해 스플라이스 변경 올리고뉴클레오티드 (SSOs)의 안전성 및 효능을 시험하는 최근의 임상적 시도는, pre-mRNAs의 대안적인 스플라이싱을 스플라이소좀의 입체적 차단에 의해 유도하는 SSO 기술에 기초한다 (Cirak et al., 2011; Goemans et al., 2011; Kinali et al., 2009; van Deutekom et al., 2007). 그러나, 이러한 성공에도 불구하고, DMD의 치료에 사용할 수 있는 약학적 선택사항은 제한되어 있다.

에테플리센(Eteplirsen)은 DMD를 갖는 환자의 인간 디스트로핀 유전자의 엑손 51을 건너뛰도록 디자인된 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMO)로서, 상기 환자는 엑손 51 건너뜀에 순응하여 리딩 프레임을 복구하고, 디스트로핀 단백질의 더 짧은 기능성 형태를 생성한다. 세렙타 세라퓨틱 인코포레이션사(Sarepta Therapeutics, Inc.)는, 엑손 51의 건너뜀에 순응하는 환자의 DMD 치료를 위한 승인을 요청하며 미국 식품의약국(FDA)에 신약 승인 신청(NDA)을 제출하였다. 세렙타 사의 NDA는 현재 FDA의 검토 하에 있다.

안티센스 기술 분야에서 상당한 발전이 이루어졌음에도 불구하고, 개선된 안티센스 또는 안티젠 성능을 갖는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머의 제조 방법에 대해서는 당업계에 필요성이 남아 있다.

발명의 요약

본원에서는 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머 (PMOs)의 제조 방법을 제공한다. 본원에 기재된 합성 방법은 합성된 PMO의 총 수율 및 순도를 유지하면서, PMO 합성의 규모를 높일(scaled-up) 수 있도록 한다.

일 양태에서, 화학식 (B)의 올리고머 화합물:

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염의 제조 방법을 제공하며, 여기에서 T, X, R², 및 n은 본원에서 정의한 바와 같다.

일부 구현예에서, 화학식 (A)의 올리고머 화합물:

(A)

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염의 제조 방법이 제공되며, 여기에서 R² 및 n는 본원에서 정의한 바와 같다.

특정 구현예에서, 이하의 같은 화학식 (E)의 올리고머 화합물:

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염의 제조 방법이 제공된다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (E)의 올리고머 화합물의 일부 구현예를 포함하는 본원에 기재된 올리고머 화합물은 화학식 (XII)의 올리고머 화합물:

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염이다.

명확성을 위하여, 화학식 (E)의 올리고머 화합물 및 화학식 (XII)로 나타낸 에테플리센을 포함하는 구조 화학식은, 5'에서 3'로의 연속적인 구조 화학식으로, 편의를 위해 전체 화학식을 상기 구조 화학식의 밀집 형태로 도시하였는데, 본 발명자들은 "브레이크 A", "브레이크 B", "브레이크 C" 및 "브레이크 D"로 표지된 다양한 예시(illustration) 브레이크를 포함하였다. 당업계의 숙련자들이 이해하는 바와 같이, 예를 들어, "브레이크 A"의 각각의 표시는 이들 지점에서 구조 화학식의 예시가 연속되는 것을 나타낸다.

당업계의 통상의 기술자는 에테플리센을 포함하는 상기 구조 화학식 중의 "브레이크 B", "브레이크 C", 및 "브레이크 D"의 각각의 예에도 상기와 동일하게 적용되는 것으로 이해한다. 그러나, 예시된 브레이크의 어느 것도 에테플리센을 포함하는 상기 구조 화학식의 실질적인 중단을 나타내는 것으로 의도되지 않을 것이며, 당업자가 그와 같이 의미한다고 이해하지도 않을 것이다.

본원의 또 다른 양태에서는, 화학식 (D)의 올리고머 화합물:

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염의 제조 방법을 제공하며, 여기에서 R¹, R², R⁴-R⁷, X, 및 n은 본원에서 정의한 바와 같다.

일부 구현예에서, 화학식 (D)의 올리고머 화합물은 화학식 (G):

또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염을 갖고, 여기에서 R², X 및 n은 본원에서 정의한 바와 같다.

본원의 또 다른 양태에서는, 화학식 (F)의 올리고머 화합물의 제조 방법을 제공한다:

각 A는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되고:

.

각 R²는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되며:

n은 10 내지 40의 정수이고; 그리고

R은 H 또는 아세틸이다.

도 1은 합성 및 탈보호된 에테플리센 (AVI-4658) 조 약물 물질의 대표적인 분석 고성능 액체 크로마토그래피 (HPLC) 크로마토그램을 나타낸다 (실시예 4를 참고하라).
도 2는 정제된 에테플리센 약물 물질 용액의 대표적인 분석 HPLC 크로마토그램을 나타낸다 (실시예 5를 참고하라).
도 3은 탈염 및 동렬건조된 에테플리센 약물 물질의 대표적인 분석 HPLC 크로마토그램을 나타낸다 (실시예 5를 참고하라).

상세한 설명

모르폴리노 올리고머를 제조하는 방법이 본원에 제공된다. 본원에 기재된 모르폴리노 올리고머는 원상태 또는 비변형된 올리고뉴클레오타이드와 비교하여 서열 선택성을 손상시키지 않으면서 DNA 및 RNA에 대한 강한 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 모르폴리노 올리고머는 RNase H에 의한 절단을 최소화하거나 방지한다. 일부 구현예에서, 본 개시내용의 모르폴리노 올리고머는 RNase H를 활성화시키지 않는다.

본원에 기재된 방법은 산업적 규모의 방법에서 유리하고, 모르폴리노 올리고머의 양을 높은 수율 및 규모로(예: 약 1kg, 약 1 내지 10kg, 약 2 내지 10kg, 약 5 내지 20kg, 약 10 내지 20kg, 또는 약 10 내지 50kg) 제조하는데 적용될 수 있다.

정의

본 개시내용을 기술하는데 사용되는 다양한 용어들의 정의가 이하 열거된다. 이러한 정의는 특정 경우에 다르게 제한되지 않는 한 본 명세서 및 청구범위 전반에 걸쳐 개별적으로 또는 더 큰 그룹의 일부로서 사용되는 용어에 적용된다.

"염기 보호된" 또는 "염기 보호"는 단계적 올리고머 합성 동안 염기 쌍 그룹의 반응 또는 간섭을 방지하기에 적합한 보호기으로 모르폴리노 하위단위 상의 염기 쌍 그룹, 예를 들어, 퓨린 또는 피리미딘 염기의 보호를 의미한다. 염기 보호된 모르폴리노 하위단위의 예는 이하 묘사된 시토신 아미노 그룹 상에 CBZ 보호기을 갖는 활성화된 C 하위단위 화합물(C)이다.

"활성화된 포스포르아미데이트 그룹"은 전형적으로 올리고머에서 최종적인 포스포로디아미데이트 연결에서 목적시되는 질소에서 치환을 갖는 클로로포스포르아미데이트 그룹이다. 예는 (디메틸아미노)클로로포스포르아미데이트, 즉 -O-P(=O)(NMe₂)Cl이다.

용어 "지지체-결합된"은 지지체-매체에 공유 결합된 화학적 독립체를 지칭한다.

용어 "지지체-매체"는, 예를 들어, 올리고머가 부착되거나 합성될 수 있거나, 올리고머의 부착 또는 합성을 위해 변형될 수 있는 임의의 입자, 비드 또는 표면을 포함하는 임의의 물질을 지칭한다. 대표적인 기질은 무기 지지체 및 유기 지지체, 예를 들어, 유리 및 변형되거나 작용화된 유리, 플라스틱(아크릴, 폴리스티렌 및 스티렌과 다른 물질의 공중합체, 폴리프로필렌, 폴리에틸렌, 폴리부틸렌, 폴리우레탄, 테플론 등을 포함), 다당류, 나일론 또는 니트로셀룰로스, 세라믹, 수지, 규소 및 변형된 규소를 포함하는 실리카 또는 실리카계 물질, 탄소, 금속, 무기 유리, 플라스틱, 광섬유 다발 및 다양한 다른 중합체를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에 특히 유용한 지지체-매체 및 고체 표면은 유동 세포 장치 내에 위치한다. 본원에 기재된 방법의 일부 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.

일부 구현예에서, 대표적인 지지체-매체는 올리고머의 부착 또는 합성을 위한 하나 이상의 반응성 부위를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본 개시내용의 지지체-매체는 올리고머의 부착 또는 합성을 위한 유입 하위단위 또는 다른 활성화 그룹과 화학 결합을 형성할 수 있는 하나 이상의 말단 아미노 또는 하이드록실 그룹을 포함한다.

본원에 기재된 방법에 따르는 일부 대표적인 지지체-매체는 다음을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다: 제어된 기공 유리(CPG); 옥살릴 제어된 기공 유리(참조: 예를 들어, Alul et al., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527); 실리카 함유 입자, 예를 들어, 다공성 유리 비드 및 실리카 겔, 예를 들어, 트리클로로-[3-(4-클로로메틸)페닐]프로필실란 및 다공성 유리 비드의 반응에 의해 형성된 것(참조: Parr and Grohmann, Angew. Chem. Internatl. Ed. 1972, 11, 314, sold under the trademark "PORASIL E" by Waters Associates, Framingham, Mass., USA); 1,4-디하이드록시메틸벤젠 및 실리카의 모노 에스테르(참조: Bayer and Jung, Tetrahedron Lett. 　1970, 51, 4503, sold under the trademark "BIOPAK" by Waters Associates); TENTAGEL (참조: 예를 들어, Wright et al., Tetrahedron Lett. 1993, 34, 3373); 가교결합된 스티렌/디비닐벤젠 공중합체 비드화 매트릭스, 또는 POROS, 폴리스티렌/디비닐벤젠의 공중합체(PerSeptive Biosystems로부터 이용가능); 가용성 지지체-매체, 예를 들어, 폴리에틸렌 글리콜 PEG's(참조: Bonora et al., Organic Process Research & Development 2000, 4, 225-231); 펜던트 장쇄 폴리스티렌(PS) 그래프트를 갖는 폴리에틸렌(PE) 필름인 PEPS 지지체(참조: Berg et al., J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8024 및 국제 특허 출원 WO 1990/02749); 공지된 양의 N-3급부톡시카보닐-베타-알라닐-N'-아크릴로일헥사메틸렌디아민을 포함하는 N,N'-비스아크릴로일에틸렌디아민과 가교결합된 디메틸아크릴아미드의 공중합체(참조: Atherton et al., J. Am. Chem. Soc. 　1975, 97, 6584, Atherton et al., Bioorg. Chem. 　1979, 8, 351, and Atherton et al., J. Chem. Soc. Perkin I 1981, 538); 소수성 가교결합된 스티렌 중합체로 코팅된 유리 입자(참조: Scott et al., J. Chrom. Sci. 1971, 9, 577); 그래프트된 폴리스티렌인 플루오르화된 에틸렌 중합체(참조: Kent and Merrifield, Israel J. Chem. 　1978, 17, 243 and van Rietschoten in Peptides 1974, Y. Wolman, Ed., Wiley and Sons, New York, 1975, pp. 113-116); 하이드록시프로필아크릴레이트 코팅된 폴리프로필렌 막(Daniels et al., Tetrahedron Lett. 1989, 4345); 아크릴산 그래프트된 폴리에틸렌-로드(Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1984, 81, 3998); 전통적으로 사용된 중합체 비드를 함유하는 "티 백"(Houghten, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985, 82, 5131); 및 이들의 조합.

용어 "유동 세포 장치"는 하나 이상의 유체 시약(예: 액체 또는 기체)이 유동할 수 있는 표면(예: 고체 표면)을 포함하는 챔버를 지칭한다.

용어 "탈차단제"는 보호기을 제거하기 위한 화학적 산 또는 화학적 산의 조합을 포함하는 조성물(예: 용액)을 지칭한다. 탈차단제에 사용된 예시적인 화학적 산은 할로겐화산, 예를 들어, 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로아세트산, 디플루오로아세트산 및 트리플루오로아세트산을 포함한다. 일부 구현예에서, 탈차단제는, 예를 들어, 올리고머, 지지체 결합된 올리고머, 지지체 결합된 하위단위, 또는 다른 보호된 질소 또는 산소 잔기로부터 하나 이상의 트리틸 그룹을 제거한다.

용어 "할로겐" 및 "할로"는 불소, 염소, 브롬 및 요오드로 이루어진 그룹으로부터 선택된 원자를 지칭한다.

용어 "캡핑제"는, 예를 들어, 유입 하위단위 또는 다른 활성화 그룹과 화학적 결합을 형성하는 지지체-매체의 반응성 부위를 블록킹하는데 유용한 산 무수물(예: 벤조산 무수물, 아세트산 무수물, 페녹시아세트산 무수물 등)을 포함하는 조성물(예: 용액)을 지칭한다.

용어 "절단제"는, 예를 들어, 지지체-매체로부터 지지체 결합된 올리고머를 절단하는 데 유용한 화학적 염기(예: 암모니아 또는 1,8-디아자비사이클로운데크-7-엔) 또는 화학적 염기의 조합을 포함하는 조성물(예: 액체 용액 또는 기상 혼합물)을 지칭한다.

용어 "탈보호제"는 보호기을 제거하는데 유용한 화학적 염기(예: 암모니아, 1,8-디아자비사이클로운데크-7-엔 또는 탄산칼륨) 또는 화학적 염기의 조합을 포함하는 조성물(예: 액체 용액 또는 기상 혼합물)을 지칭한다. 예를 들어, 탈보호제는, 일부 구현예에서, 예를 들어, 모르폴리노 하위단위, 모르폴리노 올리고머의 모르폴리노 하위단위, 또는 이의 지지체 결합 버전으로부터 염기 보호를 제거할 수 있다.

용어 "용매"는 용질이 용해되는 용액 또는 혼합물의 성분을 지칭한다. 용매는 무기 또는 유기(예: 아세트산, 아세톤, 아세토니트릴, 아세틸 아세톤, 2-아미노에탄올, 아닐린, 아니솔, 벤젠, 벤조니트릴, 벤질 알코올, 1-부탄올, 2-부탄올, i-부탄올, 2-부탄온, t-부틸 알코올, 이황화탄소, 사염화탄소, 클로로벤젠, 클로로포름, 사이클로헥산, 사이클로헥산올, 사이클로헥산온, 디-n-부틸프탈레이트, 1,1-디클로로에탄, 1,2-디클로로에탄, 디에틸아민, 디에틸렌 글리콜, 디글라임, 디메톡시에탄 (글라임), N,N-디메틸아닐린, 디메틸포름아미드, 디메틸프탈레이트, 디메틸설폭사이드, 디옥산, 에탄올, 에테르, 에틸 아세테이트, 에틸 아세토아세테이트, 에틸 벤조에이트, 에틸렌 글리콜, 글리세린, 헵탄, 1-헵탄올, 헥산, 1-헥산올, 메탄올, 메틸 아세테이트, 메틸 tert-부틸 에테르, 메틸렌 클로라이드, 1-옥탄올, 펜탄, 1-펜탄올, 2-펜탄올, 3-펜탄올, 2-펜탄온, 3-펜탄온, 1-프로판올, 2-프로판올, 피리딘, 테트라하이드로푸란, 톨루엔, 물, p-크실렌)일 수 있다.

어구 "모르폴리노 올리고머" 및 "포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머" 또는 "PMO"는 하나의 하위단위의 모르폴리노 질소를 인접하는 하위단위의 5'-엑소사이클릭 탄소에 결합하는 포스포로디아미데이트 연결에 의해 함께 연결된 모르폴리노 하위단위를 갖는 올리고머를 지칭한다. 각 모르폴리노 하위단위는 핵염기 특이적 수소 결합에 의해 표적의 핵염기에 결합하는데 효과적인 핵염기 쌍 잔기를 포함한다.

용어 "EG3 테일(tail)"은 올리고머에, 예를 들어, 이의 3'- 또는 5'-말단에 접합된 트리에틸렌 글리콜 잔기를 지칭한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 올리고머의 3' 말단에 접합된 "EG3 테일"는 다음의 구조일 수 있다:

.

특정 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 10 내지 50 뉴클레오티드, 10 내지 40 개 뉴클레오티드, 10 내지 30 개 뉴클레오티드, 10 내지 25 개 뉴클레오티드, 10 내지 24 개 뉴클레오티드, 10 내지 23 개 뉴클레오티드, 10 내지 22 개 뉴클레오티드, 10 내지 21 개 뉴클레오티드, 10 내지 20 개 뉴클레오티드, 15 내지 30 개 뉴클레오티드, 15 내지 25 개 뉴클레오티드, 15 내지 24 개 뉴클레오티드, 15 내지 23 개 뉴클레오티드, 15 내지 22 개 뉴클레오티드, 15 내지 21 개 뉴클레오티드, 15 내지 20 개 뉴클레오티드, 20 내지 30 개 뉴클레오티드, 20 내지 25 개 뉴클레오티드, 20 내지 24 개 뉴클레오티드, 20 내지 23 개 뉴클레오티드, 또는 20 내지 22 개 뉴클레오티드 길이를 가질 수 있다 (이들 범위 사이의 모든 정수를 포함한다). 바람직하게는, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40 개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 20개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 21개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 22개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 23개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 24개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 25개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 26개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 27개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 28개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 29개 뉴클레오티드 길이이다. 일부 구현예에서, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물은 30개 뉴클레오티드 길이이다.

따라서, 예를 들어 화학식 (A), (B), (D), (G), (F), 및 (S)의 올리고머 화합물의 구현예를 포함하는, 본원의 방법에 의해 제조된 올리고머 화합물의 일부 구현예에서, n은 10 내지 50, 10 내지 40, 10 내지 30, 10 내지 25, 10 내지 24, 10 내지 23, 10 내지 22, 10 내지 21, 10 내지 20, 15 내지 30, 15 내지 25, 15 내지 24, 15 내지 23, 15 내지 22, 15 내지 21, 15 내지 20, 20 내지 30, 20 내지 25, 20 내지 24, 20 내지 23, 또는 20 내지 22 범위의 정수이다. 특정 구현예에서, n은 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 또는 40이다. 일부 구현예에서, n은 10이다. 일부 구현예에서, n은 11이다. 일부 구현예에서, n은 12이다. 일부 구현예에서, n은 15이다. 일부 구현예에서, n은 18이다. 일부 구현예에서, n은 20이다. 일부 구현예에서, n은 21이다. 일부 구현예에서, n은 22이다. 일부 구현예에서, n은 23이다. 일부 구현예에서, n은 24이다. 일부 구현예에서, n은 25이다. 일부 구현예에서, n은 26이다. 일부 구현예에서, n은 27이다. 일부 구현예에서, n은 28이다. 일부 구현예에서, n은 29이다. 일부 구현예에서, n은 30이다.

용어 "약" 또는 "대략"은 일반적으로 관련된 주제 영역에 대해 당업자에 의해 이해되지만, 특정 상황에서, 소정의 값 또는 범위의 ± 10%, 또는 ± 5% 이내를 의미할 수 있다.

모르폴리노 올리고머를 제조하는 방법

합성은 일반적으로 지지체-매체 상에서 본원에서 기재된 바와 같이 제조된다. 일반적으로, 제1 신톤(예: 단량체, 예를 들어, 모르폴리노 하위단위)을 먼저 지지체-매체에 부착시킨 다음, 하위단위를 지지체 결합된 신톤에 순차적으로 커플링시켜 올리고머를 합성한다. 이러한 반복적인 신장은 결국 최종 올리고머 화합물을 초래한다. 적합한 지지체-매체는 가용성 또는 불용성일 수 있거나, 상이한 용매에 대한 가변성 용해도를 포함하여 성장하는 지지체 결합된 중합체가 목적하는 용액 내에 있거나 용액으로부터 벗어나도록 할 수 있다. 전통적인 지지체-매체는 대부분 불용성이고, 일상적으로 반응 용기에 배치되는 반면, 시약과 용매는 올리고머가 표적 길이에 도달할 때까지 성장하는 쇄와 반응하고/하거나 성장 쇄를 세척한 후, 올리고머를 지지체로부터 절단하고, 필요할 경우, 추가로 후처리하여 최종 중합체성 화합물을 생성한다. 보다 최근의 접근법은 가용성 중합체 지지체를 포함하는 가용성 지지체를 도입하여 반복적으로 합성된 생성물을 합성 중 목적하는 지점에서 침전시키고 용해시키도록 한다 (참조: Gravert et al., Chem. Rev. 1997, 97,489-510).

모르폴리노 올리고머를 제조하는 방법이 본원에 제공된다).

따라서, 하나의 양태에서, 다음 화학식 (II)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공되며:

(II);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (A1)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계를 포함한다:

(A1);

여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택된다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A3)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공되는데:

(A3);

여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (II)의 화합물을 다음 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜, 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 단계를 포함하는데:

(II);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(A2);

여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택된다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (IV)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공되는데:

(IV);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (A3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계를 포함하는데:

(A3);

여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택된다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A5)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공되는데;

(A5);

여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고

R⁴는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (IV)의 화합물을 다음 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜, 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계를 포함한다:

(IV);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(A4);

여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, R⁴는 이하의 것들로 이루어지는 군에서 선택된다:

.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A9)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(A9);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고 R⁴는, 각 발생 시, 이하의 것들로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택되고:

그리고

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 다음 화학식 (IV)의 화합물을 다음 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜, 이하의 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계; 및

(IV);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(A4);

여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, R⁴는 이하의 것들로 이루어지는 군에서 선택되고:

(A5);

R⁴는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

(b) 다음의 순차적 단계를 n-1회 반복 수행하는 단계:

(b1) 직전 단계로 형성된 생성물을 탈차단제와 접촉시키는 단계; 및

(b2) 직전 단계로 형성된 화합물을 다음 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시켜, 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:

(A8);

.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A10)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(A10);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, R⁴은 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택되고:

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (A9)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 단계를 포함한다:

(A9);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고 R⁴는 각 발생 시, 이하의 것들로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택된다:

.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A11)의 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(A11);

상기 식에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R⁴는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 단계를 포함한다:

(A10);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, 그리고 R⁴은 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택되고:

.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 A의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(A);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, 각 R²는 독립적으로 각 발생시에 이하로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택되고:

여기서, 상기 방법은 다음 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (A)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계를 포함하는데:

(A11);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R⁴는 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택된다:

.

다른 양태에서, 다음 화학식 (A)의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(A);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, 각 R²는 각 발생시에 이하로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택되고:

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 화학식 (A1)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:

(A1);

여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고;

(II);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(b) 화학식 (II)의 화합물을 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜, 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 단계:

(A2);

여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

(A3);

(c) 화학식 (A3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:

(IV);

여기에서, R1은 지지 매체이고;

(d) 화학식 (IV)의 화합물을 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜, 이하의 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계:

(A4);

(A5);

R⁴는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

(e) 이하의 순차적인 단계들을 n-1 반복 수행하는 단계:

(e1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈차단제와 접촉시키는 단계; 및

(e2) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 이하의 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시켜, 이하의 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:

(A8);

여기에서, R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, R⁴는 독립적으로 이하의 것들로 이루어지는 군에서 선택된 화학식 (A8)의 화합물이고:

(A9);

(f) 이하의 화학식 (A9)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 이하의 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 단계: 및

(A10);

(g) 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 이하의 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 단계:

(A11);

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고 R⁴는 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택되며:

(h) 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (A)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.

하나의 구현예에서, 단계 (d) 또는 단계 (e2)는 각각 화학식 (IV)의 화합물 또는 이전 단계에 의해 형성된 화합물을 캡핑제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 각 단계는 적어도 하나의 용매의 존재하에 수행된다.

또 다른 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 할로겐화산을 포함하는 용액이다.

또 다른 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 시아노아세트산이다.

또 다른 구현예에서, 할로겐화산은 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다.

또 다른 구현예에서, 할로겐화산은 트리플루오로아세트산이다.

또 다른 구현예에서, 단계 (a), (c), (e1), 및 (f) 중 적어도 하나는 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 단계 (a), (c), (e1), 및 (f) 각각은 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알코올을 포함하는 용액 중에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 중화제는 모노알킬, 디알킬 또는 트리알킬 아민이다.

또 다른 구현예에서, 중화제는 N,N-디이소프로필에틸아민이다.

또 다른 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는4-시아노피리딘, 디클로로메탄, 트리플루오로아세트산, 트리플루오로에탄올 및 물을 포함하는 용액이다.

또 다른 구현예에서, 캡핑제는 에틸모르폴린 및 메틸피롤리디논을 포함하는 용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 캡핑제는 산 무수물이다.

또 다른 구현예에서, 산 무수물은 벤조산 무수물이다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A4) 및 화학식 (A8)의 화합물은 각각 독립적으로 에틸모르폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 절단제는 디티오트레이톨 및 1,8-디아자비사이클로[5. 4. 0]운데크-7-엔을 포함한다.

또 다른 구현예에서, 절단제는 N-메틸-2-피롤리돈을 포함하는 용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 탈보호제는 NH₃을 포함한다.

또 다른 구현예에서, 탈보호제는 수용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A4)의 화합물은 다음 화학식 (A4a)이다:

(A4a);

여기에서: R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고

R⁴는 이하의 것들로부터 선택되는, 방법:

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A5)의 화합물은 다음 화학식 (A5a)이다:

(A5a);

여기에서: R¹은 지지 매체이고

R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고

R⁴는 이하의 것들로부터 선택되는, 방법:

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A8)의 화합물은 다음 화학식 (A8a)이다:

(A8a);

여기에서:

R⁴는 각각의 화학식 (A8a)의 화합물에서 독립적으로 발생시, 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A9)의 화합물은 다음 화학식 (A9a)이다:

(A9a);

여기에서: n은 10 내지 40의 정수이고,

R¹은 지지 매체이고

R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되는, 방법:

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A10)의 화합물은 다음 화학식 (A10a)이다:

(A10a);

여기에서: n은 10 내지 40의 정수이고,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (A11)의 화합물은 다음 화학식 (A11a)이다:

(A11a);

여기에서: n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고

.

화학식 A의 올리고머 화합물의 한 구현예에서, n은 30이고, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

여기서, 화학식 A의 올리고머 화합물은 다음 화학식 (E)의 화합물:

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이다.

에테플리센 (참조: 예를 들어, 그 전문이 본원에 참고로 편입된 국제 특허 출원 공보 제WO 2006/000057호)은 그의 안전성 및 효능을 시험하기 위한 임상 연구의 대상체였고, 임상 개발은 진행 중이다. 에테플리센은 포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머(PMO)이다. "AVI-4658"로서 공지되기도 한 디스트로핀 치료제 "에테플리센"은 염기 서열 5'-CTCCAACATCAAGGAAGATGGCATTTCTAG-3' (서열 번호 1)을 갖는 PMO이다. 에테플리센은 CAS 등록 번호 1173755-55-9하에 등록된다. 화학명은 다음을 포함한다: RNA, [P-데옥시-P-(디메틸아미노)](2',3'-디데옥시-2',3'-이미노-2',3'-세코)(2'a→5')(C-m5U-C-C-A-A-C-A-m5U-C-A-A-G-G-A-A-G-A-m5U-G-G-C-A-m5U-m5U-m5U-C-m5U-A-G) (서열 번호 2), 5'-[P-[4-[[2-[2-(2-하이드록시에톡시)에톡시]에톡시]카보닐]-1-피페라지닐]-N,N-디메틸포스폰아미데이트] 및 P,2',3'-트리데옥시-P-(디메틸아미노)-5'-O-{P-[4-(10-하이드록시-2,5,8-트리옥사데카노일)피페라진-1-일]-N,N-디메틸포스폰아미도일}-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴- (2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')- P,2',3'-트리데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,2',3'- 트리데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코구아닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코구아닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코구아닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코구아닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코구아닐릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P- (디메틸아미노)-2',3'-이미노-2',3'-세코시티딜릴-(2'a→5')-P,3'-디데옥시-P-(디메틸아미노)- 2',3'-이미노-2',3'-세코티미딜릴-(2'a→5')-P,2',3'-트리데옥시-P-(디메틸아미노)-2',3'-이미노- 2',3'-세코아데닐릴-(2'a→5')-2',3'-디데옥시-2',3'-이미노-2',3'-세코구아노신.

에테플리센은 다음 구조를 갖는다:

.

에테플리센은 또한 다음 화학식 (XII)의 구조로 묘사될 수 있다:

따라서, 상기한 방법의 하나의 구현예에서, 화학식 (A)의 올리고머 화합물은 다음 화학식 (E)의 화합물:

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (E)의 올리고머 화합물은 다음 화학식 (XII)의 올리고머 화합물:

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이다.

또 다른 구현예에서, R³은 각각의 발생시 트리틸이다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 S의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(S);

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 다음 화학식 (II)의 화합물을 다음 화학식 (S2)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (S3)의 화합물을 형성하는 단계:

(II);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(S2);

여기에서 R⁴는 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 선택되고:

(S3);

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고, R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고, R⁴는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

.

(b) 화학식 (S3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (IV-S)의 화합물을 형성하는 단계:

(IV-S);

.

(c) 화학식 (IV-S)의 화합물을 다음 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (S5)의 화합물을 형성하는 단계:

(A4);

,

(S5)

R⁴는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

;

(d) 다음의 순차적 단계를 n-2회 반복 수행하는 단계:

(d1) 직전 단계로 형성된 생성물을 탈차단제와 접촉시키는 단계; 및

(d2) 직전 단계로 형성된 화합물을 다음 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (S9)의 화합물을 형성하는 단계:

(A8);

여기에서, R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, R⁴는 독립적으로 이하의 것들로 이루어지는 군에서 선택된, 화학식 (A8)의 화합물이고:

,

(S9);

;

(e) 화학식 (S9)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (S10)의 화합물을 형성하는 단계:

(S10);

;

(f) 화학식 (S10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (S11)의 화합물을 형성하는 단계:

(S11);

; 그리고

(g) 화학식 (S11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (S)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.

에테플리센의 제조 방법

에테플리센의 제조 방법이 본원에 제공된다.

또 다른 양태에서, 화학식 (E)의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

;

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 다음 화학식 (I)의 화합물을 접촉시켜, 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계:

(I);

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고,

(II);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(b) 화학식 (II)의 화합물과 다음 화학식 (B)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (III)의 화합물을 형성하는 단계:

(B);

(III);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(c) 화학식 (III)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:

(IV);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(d) 화학식 (IV)의 화합물을 다음 화학식 (C)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (V)의 화합물을 형성하는 단계:

(C);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(e) 화학식 (V)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (VI)의 화합물을 형성하는 단계:

(VI);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(f) 화학식 (VI)의 화합물과 다음 화학식 (F)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (VII)의 화합물을 형성하는 단계:

(F);

여기에서, R¹은 지지 매체이고;

(g) 다음 순차적인 단계들을 28회 반복 수행하는 단계:

(g1) 직전 단계로 형성된 생성물을 탈차단제와 접촉시키는 단계; 및

(g2) 직전 단계로 형성된 화합물을 다음 화학식 (VIII)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (IX)의 화합물을 형성하는 단계;

(VIII);

상기 식에서, R²는 화학식 (VIII)의 각 화합물에 대해 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

여기서, 1 내지 28회의 각 반복에 대해, R²는 다음과 같다:

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고,

상기 식에서, R²는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고;

그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

(h) 화학식 (IX)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (X)의 화합물을 형성하는 단계:

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고,

그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

(i) 화학식 (X)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (XI)의 화합물을 형성하는 단계:

그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30 및 5' 내지 3'이고:

그리고

(j) 화학식 (XI)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (E)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.

한 구현예에서, 단계 (d), 단계 (f), 단계 g(2), 또는 이의 조합은 각각 화학식 (IV)의 화합물, 화학식 (VI)의 화합물 또는 직전 단계에 의해 형성된 화합물을 캡핑제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

특정 구현예에서, 단계 (d), 단계 (f) 및 단계 g(2) 각각은 각각 화학식 (IV)의 화합물, 화학식 (VI)의 화합물 또는 직전 단계에 의해 형성된 화합물을 캡핑제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 단계 (c), (e1), 및 (f) 중 적어도 하나는 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 단계 (c), (e1), 및 (f) 각각은 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

또 다른 구현예에서, 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알코올을 포함하는 용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 캡핑제는 산 무수물이다.

또 다른 구현예에서, 산 무수물은 벤조산 무수물이다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (VIII)의 화합물, 화학식 (C)의 화합물 및 화학식 (F)의 화합물은 각각 독립적으로 에틸모르폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 절단제는 디티오트레이톨 및1,8-디아자비사이클로[5. 4. 0]운데크-7-엔을 포함한다.

또 다른 구현예에서, 탈보호제는 NH₃을 포함한다.

또 다른 구현예에서, 탈보호제는 수용액에 존재한다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (C)의 화합물은 다음 화학식 (C1)이다:

(C1).

또 다른 구현예에서, 화학식 (V)의 화합물은 다음 화학식 (Va)이다:

(Va),

여기에서, R¹은 지지 매체인, 방법.

또 다른 구현예에서, 화학식 (F)의 화합물은 다음 화학식 (F1)이다:

(F1).

또 다른 구현예에서, 화학식 (VII)의 화합물은 다음 화학식 (VIIa)이다:

여기에서, R¹은 지지 매체인, 방법.

또 다른 구현예에서, 화학식 (VIII)의 화합물은 다음 화학식 (VIIIa)이다:

(VIIIa);

상기 식에서, R²는 화학식 (VIIIa)의 각 화합물에 대해 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

.

또 다른 구현예에서, 화학식 (IX)의 화합물은 다음 화학식 (IXa):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

R²는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 구현예에서, 화학식 (X)의 화합물은 다음 화학식 (Xa):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 구현예에서, 화학식 (XI)의 화합물은 다음 화학식 (XIa):

(XIa),

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 구현예에서, 화학식 (VI)의 화합물은 다음 화학식 (VIa)이고:

(VIa);

여기에서, R¹은 지지 매체이다.

또 다른 구현예에서, 화학식 (E)의 올리고머 화합물은 다음 화학식 (XII)의 올리고머 화합물이다:

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (IX)의 화합물:

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 본원에 제공되는데, 상기 식에서,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

하나의 구현예에서, 화학식 (IX)의 화합물은 다음 화학식 (IXa):

(IXa),

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A9)의 화합물:

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고;

.

하나의 구현예에서, 화학식 (A9)의 화합물은 다음 화학식 (A9a):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

R⁴는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (X)의 화합물:

(X);

R¹은 지지 매체이고, 그리고

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

하나의 구현예에서, 화학식 (X)의 화합물은 다음 화학식 (Xa):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

R¹은 지지 매체이고, 그리고

그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A10)의 화합물:

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염이 본원에 제공되며, 상기 식에서,

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

R⁴는 각각 발생시 다음으로 이루어진 그룹으로부터 독립적으로 선택되고:

.

하나의 구현예에서, 화학식 (A10)의 화합물은 다음 화학식 (A10a):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

.

이들 화합물의 또 다른 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (XI)의 화합물:

R²는 각각 발생시 다음으로 이루어진 그룹으로부터 독립적으로 선택되고:

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

하나의 구현예에서, 화학식 (XI)의 화합물은 다음 화학식 (XIa):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

, 그리고

여기서, R²는 각 위치에서 1 내지 30, 및 5' 내지 3'이다:

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (A11)의 화합물:

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

.

하나의 구현예에서, 화학식 (A11)의 화합물은 다음 화학식 (A11a):

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염으로, 상기 식에서,

n은 10 내지 40의 정수이고;

R¹은 지지체-매체이고;

.

올리고머

본 개시내용의 방법에 의해 제조된 올리고머는 다양한 뉴클레오타이드 유사체 하위단위를 함유할 수 있다.

본 개시내용의 또 다른 양태에서, 다음 화학식 (D)의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 제공된다:

(D),

또는 이의 약제학적으로 허용되는 염, 상기 식에서,

R¹은 다음으로부터 선택되고: -O(C₁-C₆알킬), 할로, -O(C₁-C₆알킬)-O(C₁-C₆알킬), 및

-O(C₁-C₆알킬)-C(O)-NH-C₁-C₆알킬;

R²는 H이거나, R¹ 및 R²는 결합하여 임의로 산소를 함유하는 4 내지 7개 환 원자를 갖는 사이클로알킬 또는 헤테로사이클릭 환을 형성하고;

R⁵, R⁶, 및 R⁷은 각각 수소이거나, R⁵ 및 R⁷은 결합하여 4 내지 7개 환 원자를 갖는 사이클로알킬 환을 형성하고, R⁶및 R⁷은 결합하여 3 내지 4개 환 원자를 갖는 사이클로알킬 환을 형성하고;

R⁸은 각각 독립적으로 H, 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고;

n은 10 내지 40이고; 그리고

X는 O 또는 S이다.

일부 구현예에서, 화학식 (D)의 올리고머 화합물은 다음 화학식 (G)이다:

(G),

상기 식에서, R²는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

그리고

n은 10 내지 40이다.

화학식 (D) 및 G의 화합물의 구현예는, 예를 들어, 다음을 포함한다:

1. 잠긴 핵산(Locked Nucleic acid, LNA)

변형된 안티센스 올리고머 화합물은 또한 "잠긴 핵산" 하위단위(LNA)를 함유할 수 있다. "LNA"는 브릿징된 핵산(BNA)이라 칭명되는 변형 부류의 구성원이다. BNA는 C30-엔도(노던) 당 주름(pucker)에서 리보스 환의 형태를 잠그는 공유결합을 특징으로 한다. LNA의 경우, 브릿지는 2'-O 및 4'-C 위치 사이의 메틸렌으로 구성된다. LNA는 백본 사전 조직화 및 염기 적층을 향상시켜 하이브리드화 및 열적 안정성을 증가시킨다.

LNA의 구조는, 예를 들어, 다음 문헌에서 찾을 수 있다: Singh et al., Chem. Commun. 1998, 455; Wengel, Tetrahedron 1998, 54, 3607; Wengel, Acc. Chem. Res. 1999, 32, 301; Obika et al., Tetrahedron Lett. 1997, 38, 8735; Obika et al., Tetrahedron Lett . 1998, 39, 5401; 및 Obika et al., Bioorg . Med . Chem. 2008, 16, 9230, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. LNA 하위단위 및 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합을 포함하는 LNA 올리고머의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 LNA를 도입할 수 있고; 일부 경우에, 화합물은 전적으로 LNA로 구성될 수 있다. 개별적 LNA 뉴클레오사이드 하위단위의 합성 방법 및 올리고머로의 이들의 도입은, 예를 들어, 다음에 기재되어 있다: 미국특허 제7,572,582호, 제7,569,575호, 제7,084,125호, 제7,060,809호, 제7,053,207호, 제7,034,133호, 제6,794,499호, 및 제6,670,461호, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 전형적인 뉴클레오사이드간 링커는 포스포디에스테르 및 포스포로티오에이트 잔기를 포함하고; 대안적으로 비-인 함유 링커가 사용될 수 있다. 추가의 구현예는 각 LNA 하위단위가 DNA 하위단위에 의해 분리되는 화합물을 함유하는 LNA를 포함한다. 특정 화합물은 뉴클레오사이드간 링커가 포스포로티오에이트인 교호성 LNA 및 DNA 하위단위로 구성된다.

2'O,4'C-에틸렌-브릿징된 핵산(ENA)은 BNA의 부류의 또 다른 구성원이다. ENA 하위단위 및 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

ENA 올리고머 및 이의 제조는 다음 문헌에 기재되어 있다: Obika et al., Tetrahedron Lett. 1997, 38, 8735, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 ENA 하위단위를 도입할 수 있다.

2. 포스포로티오에이트

"포스포로티오에이트" (또는 S-올리고스)는 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합의 비브릿징 산소 중 하나가 황으로 대체되는 천연 DNA 또는 RNA의 변이체이다. 데옥시리보스 하위단위 및 포스포로티오에이트 뉴클레오사이드간 결합을 포함하는 포스포로티오에이트 DNA (좌측), 및 리보스 하위단위 및 포스포로티오에이트 뉴클레오사이드간 결합을 포함하는 포스포로티오에이트 RNA (우측)의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

뉴클레오사이드간 결합의 황화는 5' 내지 3' 및 3' 내지 5' DNA Pol 1 엑소뉴클레아제, 뉴클레아제 S1 및 P1, RNases, 혈청 뉴클레아제 및 뱀독 포스포디에스테라제를 포함하는 엔도- 및 엑소뉴클레아제의 작용을 감소시킨다. 포스포로티오에이트는 2개의 주요 경로: 수소 포스포네이트 상의 이황화탄소 중 원소 황의 용액의 작용 또는 테트라에틸티우람 디설파이드(TETD) 또는 3H-1, 2-벤소디티올-3-온 1, 1-디옥사이드(BDTD)를 갖는 포스파이트 트리에스테르의 황화 방법에 의해 제조될 수 있다(참조: 예를 들어, Iyer et al., J. Org. Chem. 1990, 55, 4693-4699, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다). 후자 방법은 대부분의 유기 용매에서 원소 황의 불용성 및 이황화탄소의 독성 문제를 피한다. TETD 및 BDTD 방법은 또한 보다 높은 순도의 포스포로티오에이트를 생성한다.

3. 트리사이클로-DNA 및 트리사이클로-포스포로티오에이트 뉴클레오타이드

트리사이클로-DNA (tc-DNA)는 각 뉴클레오타이드가 사이클로프로판 환의 도입에 의해 변형되어 백본의 형태 가요성을 제한하고 비틀림각 γ의 백본 기하학을 최적화하는 제한된 DNA 유사체의 부류이다. 호모염기성 아데닌- 및 티민 함유 tc-DNA는 상보성 RNA와 매우 안정한 A-T 염기 쌍을 형성한다. 트리사이클로-DNA 및 이들의 합성은 PCT 공보 제WO 2010/115993호에 기재되어 있고, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 트리사이클로-DNA 하위단위를 도입할 수 있고; 일부 경우에, 상기 화합물은 전적으로 트리사이클로-DNA 하위단위로 구성될 수 있다.

트리사이클로-포스포로티오에이트 뉴클레오타이드는 포스포로티오에이트 뉴클레오사이드간 결합을 갖는 트리사이클로-DNA 하위단위이다. 트리사이클로-포스포로티오에이트 뉴클레오타이드 및 이들의 합성은 PCT 공보 제WO 2013/053928호에 기재되어 있고, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 트리사이클로-DNA 하위단위를 도입할 수 있고; 일부 경우에, 상기 화합물은 전적으로 트리사이클로-DNA 뉴클레오타이드로 구성될 수 있다. 트리사이클로-DNA/트리사이클 하위단위 및 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

4. 2' O-메틸, 2' O-MOE, 및 2'-F 올리고머

"2'O-Me 올리고머" 분자는 리보스 분자의 2'-OH 잔기에 메틸 그룹을 수반하는 하위단위를 포함한다. 2'-O-Me-RNA는 DNA와 동일한 (또는 유사한) 거동을 나타내지만, 뉴클레아제 열화에 대해 보호된다. 2'-O-Me-RNA는 또한 추가의 안정화를 위해 포스포로티오에이트 올리고머(PTO)와 조합될 수 있다. 2'O-Me 올리고머 (여기서, 2'-OMe 하위단위는 포스포디에스테르 또는 포스포로티오에이트 뉴클레오사이드간 결합에 의해 연결된다)는 당해 분야의 통상적인 기술에 따라 합성될 수 있다(참조: 예를 들어, Yoo et al., Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2008-16, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다). 2'-OMe 하위단위 및 포스포디에스테르 하위단위간 결합을 포함하는 2' O-Me 올리고머의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

2' O-Me 올리고머는 또한 포스포로티오에이트 결합(2' O-Me 포스포로티오에이트 올리고머)을 포함할 수 있다. 2' O-Me 올리고머와 같은 2' O-메톡시에틸 올리고머 (2'-O MOE)는 리보스 분자의 2'-OH 잔기에 메톡시에틸 그룹을 수반하는 하위단위를 포함하고, 다음 문헌에서 논의된다: Martin et al., Helv. Chim. Acta 1995, 78, 486-504, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 2' O-MOE 하위단위의 비제한적인 실시예는 이하 묘사된다:

선행 알킬화 2'OH 리보스 유도체와 대조적으로, 2'-플루오로 올리고머는 2' 위치에 2'OH 대신 플루오로 라디칼을 갖는 하위단위를 포함한다. 2'-F 하위단위 및 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합을 포함하는 2'-F 올리고머의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

.

2'-플루오로 올리고머는 WO 2004/043977에 추가로 기재되고, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 2'O-메틸, 2' O-MOE, 및 2'-F 하위단위를 도입할 수 있고, 여기에 기재된 임의의 뉴클레오사이드간 결합을 이용할 수 있다. 일부 예에서, 본 개시내용의 화합물은 전적으로 2'O-메틸, 2' O-MOE, 또는 2'-F 하위단위로 구성될 수 있었다. 본 개시내용의 화합물의 하나의 구현예는 전적으로 2'O-메틸 하위단위로 구성된다.

5. 2'-O-[2-(N-메틸카바모일)에틸] 올리고머 (MCE)

MCE는 본 개시내용의 화합물에서 유용한 2'O 변형된 리보뉴클레오타이드의 또 다른 예이다. 여기서, 2'OH는 2-(N-메틸카바모일)에틸 잔기로 유도체화되어 뉴클레아제 저항을 증가시킨다. MCE 하위단위 및 포스포디에스테르 뉴클레오사이드간 결합을 포함하는 MCE 올리고머의 비제한적인 예는 이하 묘사된다:

MCE 및 이들의 합성은 다음 문헌에 기재되어 있다: Yamada et al., J. Org. Chem. 2011, 76(9), 3042-53, 이는 그 전문이 본원에 참고로 편입된다. 본 개시내용의 화합물은 하나 이상의 MCE 하위단위를 도입할 수 있다.

또 다른 양태에서, 다음 화학식 (F)의 올리고머 화합물을 제조하는 방법이 본원에 제공된다:

(F);

여기에서:

각 A는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

여기서, 각 R²는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고

R은 H 또는 아세틸이고,

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 다음 화학식 (II)의 화합물을 접촉시키는 단계:

(II);

여기서, R¹은 다음 화학식 (F2)의 화합물을 갖는 지지체-매체이고:

(F2);

상기 식에서, A는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

;

그리고

R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고, PG는 보호기이다;

다음 화학식 (F3)의 화합물을 형성하기 위해:

(F3);

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고, A는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

(b) 화학식 (F3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜 다음 화학식 (IV-F)의 화합물을 형성하는 단계:

(IV-F);

그리고, PG는 보호기이다;

(c) 화학식 (IV-F)의 화합물을 다음 화학식 (F4)의 화합물과 접촉시키는 단계:

(F4);

상기 식에서, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고, A는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고, PG는 보호기이고,

다음 화학식 (F5)의 화합물을 형성하기 위해:

상기 식에서, R¹은 지지체-매체이고,

각 A는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

각 R⁴는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고,

X는 O 또는 S이고,

R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고,

여기서, X가 S이면, 단계 (d)는 황화 단계를 추가로 포함하고, 또는 X가 O이면, 단계 (d)는 산화 단계를 추가로 포함하고;

(e) 다음 순차적인 단계들을 n-2회 반복 수행하는 단계:

(e2) 직전 단계로 형성된 화합물을 다음 화학식 (F8)의 화합물과 접촉시키는 단계:

(F8);

상기 식에서, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고,

각 A는 화학식 (F8)의 각 반복에 대해 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

여기서, R⁴는 화학식 (F8)의 각 반복에 대해 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

그리고

R³은 화학식 (F8)의 각 반복에 대해 독립적으로 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고, PG는 보호기이고,

다음 화학식 (F9)의 화합물을 형성하기 위해:

상기 식에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지체-매체이고, X는 O 또는 S이고, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고, 각 A는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고, R⁴는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다:

,

여기서, X가 S이면, 각 반복은 황화 단계를 추가로 포함하고, 또는 X가 O이면, 각 반복은 산화 단계를 추가로 포함하고;

(f) 화학식 (F9)의 화합물을 탈블록킹화제와 접촉시켜, 다음 화학식 (F10)의 화합물을 형성하는 단계:

상기 식에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹이 지지체-매체이고, X는 O 또는 S이고, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고, 각 A는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

R⁴는 각각의 발생시 다음으로 이루어진 그룹으로부터 독립적으로 선택된다:

;

(g) 화학식 (F10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (F11)의 화합물을 형성하는 단계:

상기 식에서, n은 10 내지 40의 정수이고,

X는 O 또는 S이고, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고, 각 A는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

; 그리고

(h) 화학식 (F11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (F)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.

본 개시내용은 다음으로부터 선택된 화합물을 추가로 제공한다:

및

.

모르폴리노 올리고머

모르폴리노계 하위단위의 중요한 특성은 다음을 포함한다: 1) 안정한 비하전되거나 양으로 하전된 백본 결합에 의해 올리고머성 형태로 결합되는 능력; 2) 형성된 중합체가 표적 RNA를 포함하여 상보성-염기 표적 핵산으로 하이브리드화할 수 있도록 뉴클레오타이드 염기(예: 아데닌, 시토신, 구아닌, 티미딘, 우라실, 5-메틸-시토신 및 하이포크산틴)을 지지하는 능력; 3) 활동적으로 또는 수동적으로 포유동물 세포로 수송되는 올리고머의 능력; 및 4) 각각 RNAse 및 RNAse H 열화에 저항하는 올리고머 및 올리고머: RNA 헤테로듀플렉스의 능력.

일부 구현예에서, 안티센스 올리고머는 염기 변형 및 치환을 함유한다. 예를 들어, 특정 핵-염기를 선택하여 본원에 기재된 안티센스 올리고머의 결합 친화도를 증가시킬 수 있다. 5-메틸시토신 치환은 핵산 듀플렉스 안정성을 0.6-1.2 ℃만큼 증가시키는 것으로 나타났고, 본원에 기재된 안티센스 올리고머에 도입될 수 있다. 하나의 구현예에서, 올리고머의 적어도 하나의 피리미딘 염기는 5-치환된 피리미딘 염기를 포함하고, 여기서 상기 피리미딘 염기는 시토신, 티민 및 우라실로 이루어진 그룹으로부터 선택된다. 하나의 구현예에서, 5-치환된 피리미딘 염기는 5-메틸시토신이다. 또 다른 구현예에서, 올리고머의 적어도 하나의 퓨린 염기는 하이포크산틴을 포함한다.

모르폴리노계 올리고머(안티센스 올리고머 포함)는, 예를 들어, 다음에 상세화된다: 미국특허 제5,698,685호, 제5,217,866호, 제5,142,047호, 제5,034,506호, 제5,166,315호, 제5,185,444호, 제5,521,063호, 제5,506,337호, 제8,299,206호, 및 제8,076,476호; 국제 특허 출원 공보 제WO/2009/064471호 및 제 WO/2012/043730호; 및 Summerton et al., Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1997, 7, 187-195, 이들 각각은 그들의 전문이 본원에 참고로 편입된다.

일부 구현예에서, 본 개시내용은 다음 화학식 (B)의 올리고머 화합물을 제조하는 방법을 제공한다:

(B);

상기 식에서, n은 10 내지 40의 정수이고,

T는

및

으로부터 선택되고;

X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁸은 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고: H, C_1-6-알킬, -C(=NH)NH₂,

-C(O)(CH₂)_qNR²⁰C(=NH)NH₂, 및 -C(O)(CH₂)₂NHC(O)(CH₂)₅NR²⁰C(=NH)NH₂;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²¹은 H, C_1-6-알킬, C(=NH)NH₂, C(O)(CH₂)_rNR²³C(=NH)NH₂, C(O)CH(NH₂)(CH₂)₃NHC(=NH)NH₂, C(O)(CH₂)₂NHC(O)(CH₂)₅NR²³C(=NH)NH₂, 및 C(O)CH(NH₂)(CH₂)₄NH₂로 이루어진 그룹으로부터 선택되고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

각 R²는 각각 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하고:

(a) 다음 화학식 (B1)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (II-B)의 화합물을 형성하는 단계;

(B1);

여기에서

R¹¹는 할로, CN, 및 NO2로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C1-6-알킬이고; 그리고

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고,

(II-B);

여기에서

R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;

(b) 화학식 (II)의 화합물을 다음 화학식 (III)의 화합물과 접촉시키는 단계:

(III-B);

여기에서

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

;

R³은 각각 독립적으로 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 그룹으로부터 선택되고;

R⁹ 및 R¹⁰은 독립적으로 C_1-6-알킬이거나, 또는 R⁹ 및 R¹⁰은 그들이 부착된 원자와 함께 다음 화학식 (B3)의 화합물을 형성하기 위해 4 내지 10개의 탄소 원자를 포함하는 사이클릭 또는 폴리사이클릭 환을 형성하고:

(B3);

여기에서

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN, 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

; 그리고

(c) 화학식 (A3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (IV-B)의 화합물을 형성하는 단계:

(IV-B);

여기에서

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN, 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁴는 지지체-매체에 결합된 제1 링커이고; 그리고

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

;

(d) 화학식 (IV-B)의 화합물을 다음 화학식 (B4)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (B5)의 화합물을 형성하는 단계:

(B4);

여기에서, X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁴는 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

여기에서:

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;

X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서:

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

; 그리고

R⁴는 각각 독립적으로 다음으로부터 선택되고:

;

(e) 이하의 순차적인 단계들을 n-1 반복 수행하는 단계:

(e2) 직전 단계로 형성된 화합물을 다음 화학식 (B8)의 화합물과 접촉시켜, 다음 화학식 (B9)의 화합물을 형성하는 단계:

(B8);

여기에서:

X는 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁴는 화학식 (A8)의 각 화합물에 대해 독립적으로 다음으로 이루어진 그룹으로부터 선택되고:

,

여기에서:

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;

n은 10 내지 40의 정수이고,

X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서:

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

; 그리고

R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되고:

; 그리고

(f) 화학식 (A9)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 다음 화학식 (B10)의 화합물을 형성하는 단계:

여기에서:

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

R¹²는 C_1-6-알킬이고;

R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;

n은 10 내지 40의 정수이고,

X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서:

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

; 그리고

;

(g) 화학식 (B10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 화학식 (B11)의 화합물을 형성하는 단계:

여기에서:

w는 O 또는 C로부터 선택되고;

t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;

R¹¹는 할로, CN, 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;

n은 10 내지 40의 정수이고,

X는 각각 독립적으로 H, OH, -OCH₂CH₂CN, N(R¹⁷)₂,

, 및

로부터 선택되고;

여기에서:

R¹⁷은 각각 독립적으로 H 또는 C_1-6-알킬이고;

q는 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R¹⁹는 각각 독립적으로 H 또는 메틸이고;

R²⁰은 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²²는 H 또는 C_1-6-알킬이고;

R²³은 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고

r은 1, 2, 3, 4 또는 5이고;

R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

, 및

; 그리고

; 그리고

(j) 화학식 (B11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (B)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.

일부 구현예에서, 단계 (d) 또는 단계 (e2)는 각각 화학식 (IV-B)의 화합물 또는 직전 단계로 형성된 화합물을 캡핑제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.

일부 구현예에서, 각 단계는 적어도 하나의 용매의 존재하에 수행된다.

일부 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 할로겐화산을 포함하는 용액이다. 일부 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 시아노아세트산이다. 일부 구현예에서, 할로겐화산은 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산으로 이루어진 그룹으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 할로겐화산은 트리플루오로아세트산이다.

일부 구현예에서, 단계 (a), (c), (e1) 및 (f) 중 적어도 하나는 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 단계 (a), (c), (e1) 및 (f) 각각은 각 단계의 탈블록킹된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알코올을 포함하는 용액에 존재한다. 일부 구현예에서, 중화제는 모노알킬, 디알킬, 또는 트리알킬 아민이다. 일부 구현예에서, 중화제는 N,N-디이소프로필에틸아민이다.

일부 구현예에서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 4-시아노피리딘, 디클로로메탄, 트리플루오로아세트산, 트리플루오로에탄올, 및 물을 포함하는 용액이다.

일부 구현예에서, 캡핑제는 에틸모르폴린 및 메틸피롤리디논을 포함하는 용액에 존재한다. 일부 구현예에서, 캡핑제는 산 무수물이다. 일부 구현예에서, 산 무수물은 벤조산 무수물이다.

일부 구현예에서, 화학식 (B4) 및 화학식 (B8)의 화합물은 각각 독립적으로 에틸모르폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액에 존재한다.

일부 구현예에서, 절단제는 디티오트레이톨 및 1,8-디아자비사이클로[5.4.0]운데-7-센을 포함한다. 일부 구현예에서, 절단제는 N-메틸-2-피롤리돈을 포함하는 용액에 존재한다.

일부 구현예에서, 탈보호제는 NH₃을 포함한다. 일부 구현예에서, 탈보호제는 수용액에 존재한다.

일부 구현예에서, 지지체-매체는 1% 가교결합된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함한다.

본 개시내용의 올리고머 화합물은 비대칭성 중심, 키랄 축 및 키랄 평면을 가질 수 있고(예를 들어, 다음에 기재된 바와 같다: E. L. Eliel and S. H. Wilen, Stereo-chemistry of Carbon Compounds, John Wiley & Sons, New York, 1994, 페이지 1119-1190, 및 March, J., Advanced Organic Chemistry, 3판, 챕터 4, John Wiley & Sons, New York (1985), 라세미체, 라세미 혼합물, 및 광학 이성체를 포함하는 모든 가능한 이성체 및 이의 혼합물과 함께 개별 부분입체이성체로서 발생할 수 있다. 본원에서 구체적으로 언급된 개시내용의 올리고머 화합물은, 이의 입체 화학의 임의의 표시 없이, 모든 가능한 이성체 및 이의 혼합물을 나타내고자 의도한다.

구체적으로, 임의의 특정 이론에 결부시키고자 하지 않고, 본 개시내용의 올리고머 화합물은 본원에서 논의된 바와 같이 이러한 비제한적인 예, 예를 들어, 다음 화학식 (VIII)의 화합물을 포함하는 활성화된 모르폴리노 하위단위로부터 제조된다:

(VIII);

.

화학식 (VIII)의 상기 언급된 화합물 각각은, 예를 들어, 이하 묘사된 바와 같이 상응하는 베타-D-리보푸라노실로부터 제조될 수 있다:

참조: Summerton et al., Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1997, 7, 187-195. 임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 2개의 키랄 탄소의 입체화학은 각 모르폴리노 하위단위의 다수의 가능한 입체이성체가, 예를 들어, 알파-L-리보푸라노실, 알파-D-리보푸라노실, 베타-L-리보푸라노실 또는 베타-D-리보푸라노실 출발 물질의 선택에 기초하여 생산될 수 있도록 합성 조건하에 유지된다.

예를 들어, 일부 구현예에서, 본 개시내용의 화학식 (VIII)의 화합물은 다음 화학식 (VIIIa)일 수 있다:

(VIIIa);

.

임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 예를 들어, 10 내지 40개의 화학식 (VIII)의 화합물의 본 개시내용의 올리고머 화합물로의 도입은 다수의 가능한 입체이성체를 초래할 수 있다.

임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 본 개시내용의 올리고머 화합물은 각각이 당해 분야에서 이해되는 바와 같은 "Sp" 또는 "Rp" 배치형태로서 지정된 각각의 인에서 키랄 중심을 생성하는 하나 이상의 인-함유 하위단위간 결합을 포함한다. 임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 이 키랄성은 동일한 화학적 조성을 갖지만 원자의 3차원 배열이 상이한 입체이성체를 생성한다.

임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 각 인-함유 하위단위간 결합의 배치형태는, 예를 들어, 본 개시내용의 올리고머 화합물의 합성 동안 무작위로 발생한다. 임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 합성 공정은 본 개시내용의 올리고머 화합물이 랜덤 키랄 배치형태를 갖는 각각의 인-함유 하위단위간 결합을 갖는 수많은 인-함유 하위단위간 결합으로 구성되기 때문에 본 개시내용의 올리고머 화합물의 기하급수적으로 큰 수의 입체이성체를 생성한다. 구체적으로, 임의의 특정 이론에 의해 결부되지 않고, 추가의 모르폴리노 하위단위의 각 하위단위간 결합은 생성물의 입체이성체의 수를 2배로 하여 본 개시내용의 올리고머 화합물의 통상적인 제조가 실제로 2^N 입체이성체의 매우 불균질 혼합물이도록 하고, 여기서 N은 인-함유 하위단위간 결합의 수를 나타낸다.

표 1은 본원에 기재된 방법에 제공된 모르폴리노 하위단위의 다양한 구현예를 묘사한다.

실시예

실시예는 예시 목적으로, 그리고 본 개시내용의 특정 특이적 구현예를 기재하기 위해 아래에 제시된다. 그러나, 청구범위의 범위는 본원에 제시된 실시예에 의해 어떤 식으로든 제한되지 않아야 한다. 개시된 구현예에 대한 다양한 변화 및 변형은 당업자에게 자명할 것이고, 본 개시내용의 화학적 구조, 치환체, 유도체, 제형 또는 방법에 관한 것들을 제한 없이 포함하는 이러한 변화 및 변경은 본 개시내용의 취지 및 첨부된 청구범위의 범위로부터 벗어나지 않고 수행될 수 있다. 본원의 반응식에서 구조의 변수의 정의는 본원에 제시된 화학식의 상응하는 위치의 것들과 비례한다.

실시예 1: NCP2 앵커 합성

1. 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트(1)의 제조

100ℓ 플라스크에 12.7kg의 4-플루오로-3-니트로벤조산을 충전시키고, 40kg의 메탄올 및 2.82kg의 진한 황산을 첨가했다. 혼합물을 36시간 동안 환류(65℃) 교반했다. 반응 혼합물을 0℃로 냉각시켰다. 결정이 38℃에서 형성되었다. 혼합물을 0℃에서 4시간 동안 유지시킨 후 질소하에 여과시켰다. 100ℓ 플라스크를 세척하고, 필터 케이크를 0℃로 냉각된 10kg의 메탄올로 세척했다. 고체 필터 케이크를 깔때기 상에서 1시간 동안 건조시키고, 트레이로 옮기고, 실온에서 진공 오븐에서 13.695kg의 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트(100% 수율; HPLC 99%)의 일정한 중량으로 건조시켰다.

2. 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산의 제조

A. (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트(2)

100ℓ 플라스크에 이전 단계 9.8kg DMF, 2.81kg 메틸 아세토아세테이트로부터 3.98kg의 메틸 4-플루오로-3-니트로벤조에이트(1)를 충전시켰다. 혼합물을 교반하고, 0℃로 냉각시켰다. 여기에 약 4시간 동안 3.66kg의 DBU를 첨가하면서 온도를 5℃ 이하로 유지시켰다. 혼합물을 추가의 1시간 동안 교반했다. 반응 플라스크에 37.5kg의 정제수 중의 8.15kg의 시트르산의 용액을 첨가하면서 반응 온도를 15℃ 이하로 유지시켰다. 첨가 후, 반응 혼합물을 추가의 30분 동안 교반한 후 질소하에 여과시켰다. 습식 필터 케이크를 14.8kg의 정제수와 함께 100ℓ 플라스크에 반환시켰다. 슬러리를 10분 동안 교반한 후, 여과시켰다. 습식 케이크를 다시 100ℓ 플라스크로 반환시키고, 14.8kg의 정제수로 10분 동안 슬러리화하고, 조물질 (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트로 여과시켰다.

B. 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산

조물질 (Z)-메틸 4-(3-하이드록시-1-메톡시-1-옥소부트-2-엔-2-일)-3-니트로벤조에이트를 질소하에 100ℓ 반응 플라스크에 충전시켰다. 여기에 14.2kg의 1,4-디옥산을 첨가하고, 교반시켰다. 혼합물에 16.655kg의 진한 HCl 및 13.33kg의 정제수의 용액(6M HCl)을 2시간 동안 첨가하면서 반응 혼합물의 온도를 15℃ 이하로 유지시켰다. 첨가가 완료되면, 반응 혼합물을 24시간 동안 환류(80℃) 가열하고, 실온으로 냉각시키고, 질소하에 여과시켰다. 고체 필터 케이크를 14.8kg의 정제수로 연마하고, 여과하고, 다시 14.8kg의 정제수로 연마하고, 여과했다. 고체를 39.9kg의 DCM과 함께 100ℓ 플라스크로 반환시키고, 1시간 동안 교반하면서 환류시켰다. 1.5kg의 정제수를 첨가하여 잔존 고체를 용해시켰다. 기저부 유기층을 예열된 72ℓ 플라스크로 절단한 후, 깨끗한 건조 100ℓ 플라스크로 반환시켰다. 용액을 0℃로 냉각시키고, 1시간 동안 유지시킨 다음, 여과했다. 고체 필터 케이크를 각각 9.8kg의 DCM 및 5kg의 헵탄의 용액으로 2회 세척한 다음, 깔때기 상에서 건조시켰다. 고체를 트레이로 옮기고, 1.855kg의 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산의 일정 중량으로 건조시켰다. 화합물 1의 총 수율 42%. HPLC 99.45%.

3. N-트리틸피페라진 석시네이트(NTP)의 제조

72ℓ 재킷화 플라스크에 1.805kg의 트리페닐메틸 클로라이드 및 8.3kg의 톨루엔 (TPC 용액)을 질소하에 충전시켰다. 혼합물을 고체가 용해될 때까지 교반시켰다. 100ℓ 재킷화 반응 플라스크에 5.61kg 피페라진, 19.9kg 톨루엔 및 3.72kg 메탄올을 질소하에 첨가했다. 혼합물을 교반하고, 0℃로 냉각시켰다. 여기에, 4시간 동안 TPC 용액을 분량으로 서서히 첨가하면서 반응 온도를 10℃ 이하로 유지시켰다. 혼합물을 10℃에서 1.5시간 동안 교반한 다음, 14℃로 가온시켰다. 32.6kg의 정제수를 72ℓ 플라스크에 충전시킨 다음, 100ℓ 플라스크로 옮기면서 내부 배치 온도는 20+/-5℃로 유지시켰다. 층을 분리시키고, 기저부 수성 층을 분리하고 저장했다. 유기층을 각각 32kg의 정제수로 3회 추출시키고, 수성 층을 분리하고 저장된 수용액과 조합시켰다.

잔존 유기층을 18℃로 냉각시키고, 10.87kg의 정제수 중의 847g의 석신산의 용액을 유기층에 분량으로 서서히 첨가했다. 혼합물을 20+/-5℃에서 1.75시간 동안 교반시켰다. 혼합물을 여과시키고, 고체를 2kg의 TBME 및 2kg의 아세톤으로 세척한 다음 깔때기 상에서 건조시켰다. 필터 케이크를 각각 5. 7kg의 아세톤으로 2회 연마하고, 여과하고 연마 사이에 1kg의 아세톤으로 세척했다. 고체를 깔때기 상에서 건조시킨 다음, 트레이로 옮기고 실온에서 진공 오븐에서 2.32kg의 NTP의 일정 중량으로 건조시켰다. 수율 80%.

4. (4-(2-하이드록시프로필)-3-니트로페닐)(4-트리틸피페라진-1-일)메탄온의 제조

A. 1-(2-니트로-4(4-트리틸피페라진-1-카보닐)페닐)프로판-2-온의 제조

100ℓ 재킷화 플라스크에 2kg의 3-니트로-4-(2-옥소프로필)벤조산 (3), 18.3 kg의 DCM, 1.845kg의 N-(3-디메틸아미노프로필)-N'-에틸카보디이미드 하이드로클로라이드(EDC. HCl)를 질소하에 충전시켰다. 용액을 균질한 혼합물이 형성될 때까지 교반시켰다. 3.048kg의 NTP를 실온에서 30분 동안 첨가하고, 8시간 동안 교반시켰다. 5.44kg의 정제수를 반응 혼합물에 첨가하고, 30분 동안 교반시켰다. 층을 분리시키고, 생성물을 함유하는 기저부 유기층을 배수시키고 저장했다. 수성 층을 5.65kg의 DCM으로 2회 추출시켰다. 조합된 유기층을 4.08kg의 정제수 중의 1.08kg 염화나트륨의 용액으로 세척했다. 유기층을 1.068kg의 황산나트륨으로 건조시키고, 여과했다. 황산나트륨을 1.3kg의 DCM으로 세척했다. 조합된 유기층을 252g의 실리카 겔로 슬러리화하고, 252g의 실리카 겔의 상을 함유하는 필터 깔때기를 통해 여과시켰다. 실리카겔 상을 2kg의 DCM으로 세척했다. 조합된 유기층을 회전증발기 상에서 증발시켰다. 4.8kg의 THF를 잔사에 첨가한 다음, THF 중의 2. 5 용적의 조물질 1-(2-니트로-4(4-트리틸피페라진-1-카보닐)페닐)프로판-2-온에 도달될 때까지 회전증발기 상에서 증발시켰다.

B. (4-(2-하이드록시프로필)-3-니트로페닐)(4-트리틸피페라진-1-일)메탄온 (5)의 제조

100ℓ 재킷화 플라스크에 이전 단계의 화합물 4 3600g 및 9800g THF를 질소하에 충전시켰다. 교반된 용액을 ≤5℃로 냉각시켰다. 용액을 11525g 에탄올로 희석시키고, 194g의 수소화붕소나트륨을 약 2시간 동안 ≤5℃에서 첨가했다. 반응 혼합물을 추가의 2시간 동안 ≤5℃에서 교반시켰다. 반응물을 약 3kg의 물 중의 약 1.1kg 염화암모늄의 용액을 서서히 첨가하여 급냉시켜 온도를 ≤10℃로 유지시켰다. 반응 혼합물을 추가의 30분 동안 교반시키고, 여과하여 무기물을 제거하고, 100ℓ 재킷화 플라스크에 재충전시키고, 23kg의 DCM으로 추출시켰다. 유기층을 분리시키고, 수성물은 각각 4.7kg의 DCM으로 2회 더 추출시켰다. 조합된 유기층을 약 3kg의 물 중의 약 800g의 염화나트륨의 용액으로 세척한 다음, 2.7kg의 황산나트륨으로 건조시켰다. 현탁액을 여과시키고, 필터 케이크를 2kg의 DCM으로 세척했다. 조합된 여액을 2.0 용적으로 농축시키고, 약 360g의 에틸 아세테이트로 희석시키고, 증발시켰다. 조악한 생성물을 질소하에 DCM으로 패킹된 4kg의 실리카의 실리카 겔 컬럼 상에 적재하고, 7. 2kg의 DCM 중의 2.3kg의 에틸 아세테이트로 용출시켰다. 조합된 분획을 증발시키고, 잔사를 11.7kg의 톨루엔에 용해시켰다. 톨루엔 용액을 여과시키고, 필터 케이크를 각각 2kg의 톨루엔으로 2회 세척했다. 필터 케이크를 2. 275kf의 화합물 5의 일정 중량(화합물 3으로부터 46% 수율)으로 건조시켰다 HPLC 96. 99%.

5. 2,5-디옥소피롤리딘-1-일(1-(2-니트로-4-(4-트리페닐메틸피페라진-1 카보닐)페닐)프로판-2-일) 카보네이트 (NCP2 앵커)의 제조

100ℓ 재킷화 플라스크에 4.3kg의 화합물 5 (H¹ NMR에 의해 잔존 톨루엔에 기초하여 조정된 중량; 이후 모든 시약은 따라서 규모화됨) 및 12.7kg의 피리딘을 질소하에 충전시켰다. 여기에, 3.160kg의 DSC (H¹ NMR에 의한 78.91 중량%)를 충전시키면서 내부 온도를 ≤35℃로 유지시켰다. 반응 혼합물을 주위에서 약 22시간 동안 숙성시킨 후, 여과시켰다. 필터 케이크를 200g의 피리딘으로 세척했다. 각각 ½ 여액 용적을 포함하는 두 개의 배치에서, 여액을 약 50kg의 물 중 약 11kg의 시트르산의 용액을 함유하는 100ℓ 재킷화 플라스크에 서서히 충전시키고, 30분 동안 교반시켜 고체 침전을 가능하게 했다. 고체를 필터 깔때기로 수집하고, 세척당 4. 3kg의 물로 2회 세척하고, 진공하에 필터 깔때기 상에서 건조시켰다.

조합된 고체를 100ℓ 재킷화 플라스크에 충전시키고, 28kg의 DCM에 용해시키고, 4.3kg의 물 중의 900g의 탄산칼륨의 용액으로 세척했다. 1시간 후, 층을 분리시키고, 수성 층을 제거했다. 유기층을 10kg의 물로 세척하고, 3.5kg의 황산나트륨으로 건조시켰다. DCM을 여과하고, 증발시키고, 진공하에 6.16kg의 NCP2 앵커 (114% 수율)로 건조시켰다.

실시예 2: 앵커 적재된 수지 합성

테플론 스톱 콕이 장착된 75ℓ 고체상 합성 반응기에 약 52ℓ의 NMP 및 2300g의 아미노메틸 폴리스티렌 수지를 충전시켰다. 수지를 NMP에서 교반시켜 약 2시간 동안 팽윤시킨 다음, 배수시켰다. 수지를 세척당 약 4ℓ DCM으로 2회 세척한 다음, 세척당 39ℓ 중화 용액으로 2회 세척한 다음, 이어서 세척당 39ℓ의 DCM으로 2회 세척했다. NCP2 앵커 용액을 교반 수지 용액에 서서히 첨가하고, 실온에서 24시간 동안 교반하고, 배수시켰다. 수지를 세척당 39ℓ의 NMP로 4회 세척하고, 세척당 39ℓ의 DCM으로 6회 세척했다. 수지를 30분 동안 ½ DEDC 캡핑 용액으로 처리하고 교반하고, 배수시키고, 2차 ½의 DEDC 캡핑 용액으로 30분 동안 처리하고 교반하고, 배수시켰다. 수지를 세척당 39ℓ의 DCM으로 6회 세척한 다음, 오븐에서 3573.71g의 앵커 적재된 수지의 일정 중량으로 건조시켰다.

실시예 3: 활성화된 EG3 테일의 제조(참조: 도 2)

1. 트리틸 피페라진 페닐 카바메이트 35의 제조

디클로로메탄 중 NTP의 냉각된 용액 (6㎖/g NTP)에 물 중 탄산칼륨 (3.2 당량)의 용액 (4㎖/g 탄산칼륨)을 첨가했다. 이 2-상 혼합물에 디클로로메탄 중 페닐 클로로포르메이트(1.03 당량)의 용액 (2g/g 페닐 클로로포르메이트)을 서서히 첨가했다. 반응 혼합물을 20℃로 가온시켰다. 반응 완료시(1 내지 2시간), 층을 분리시켰다. 유기층을 물로 세척하고, 무수 탄산칼륨으로 건조시켰다. 생성물 35를 아세토니트릴로부터 결정화로 단리시켰다. 수율=80%.

2. 카바메이트 알코올 36의 제조

수소화나트륨 (1.2 당량)을 1-메틸-2-피롤리디논 (32㎖/g 수소화나트륨)에 현탁시켰다. 이 현탁액에 트리에틸렌 글리콜 (10.0 당량) 및 화합물 35 (1.0 당량)를 첨가했다. 생성되는 슬러리를 95℃로 가열했다. 반응 완료시(1 내지 2시간), 혼합물을 20℃로 냉각시켰다. 이 혼합물에 30% 디클로로메탄/메틸 tert-부틸 에테르(v:v) 및 물을 첨가했다. 생성물 함유 유기층을 수성 NaOH, 수성 석신산 및 포화된 수성 염화나트륨으로 연속적으로 세척했다. 생성물 36은 디클로로메탄/메틸 tert-부틸 에테르/헵탄으로부터 결정화로 단리시켰다. 수율=90%.

3. EG3 테일 산 37의 제조

테트라하이드로푸란 중 화합물 36의 용액 (7㎖/g 36)에 석신산 무수물(2.0 당량) 및 DMAP (0.5 당량)를 첨가했다. 혼합물을 50℃로 가열했다. 반응 완료시(5시간), 혼합물을 20℃로 냉각시키고, 수성 NaHCO₃로 pH 8.5로 조정했다. 메틸 3급 부틸 에테르를 첨가하고, 생성물을 수성 층으로 추출시켰다. 디클로로메탄을 첨가하고, 혼합물을 수성 시트르산으로 pH 3으로 조정했다. 생성물 함유 유기층을 pH=3 시트레이트 완충액 및 포화된 수성 염화나트륨의 혼합물로 세척했다. 화합물 37의 이 디클로로메탄 용액을 화합물 38의 제조에 단리 없이 사용했다.

4. 활성화된 EG3 테일 38의 제조

화합물 37의 용액에 N-하이드록시-5-노르보르넨-2,3-디카복실산 이미드(HONB) (1.02 당량), 4-디메틸아미노피리딘 (DMAP)(0.34 당량)에 이어 1-(3-디메틸아미노프로필)-N'-에틸카보디이미드 하이드로클로라이드(EDC) (1.1 당량)를 첨가했다. 혼합물을 55℃로 가열했다. 반응 완료시 (4 내지 5시간), 혼합물을 20℃로 냉각시키고, 1:1의 0.2 M 시트르산/염수 및 염수로 연속적으로 세척했다. 디클로로메탄 용액을 아세톤에 이어서 N,N-디메틸포름아미드로 용매 교환하고, 생성물을 아세톤/N,N-디메틸포름아미드로부터 포화된 수성 염화나트륨으로 침전시켜 단리시켰다. 조 생성물을 물에서 수차례 재슬러리화하여 잔존 N,N-디메틸포름아미드 및 염을 제거했다. 수율= 화합물 36 유래의 활성화 EG3 테일 38의 70%.

실시예 4: 다음의 50L 고체상 합성:

에테플리센 [화학식 (XII)의 올리고머 화합물] 조악한 약물 물질

1. 물질

개시 물질의 화학 구조:

A. 활성화 EG3 테일

화합물 (B)

B. 활성화 C 서브 유닛 (제조를 위해, 미국 특허 제8,067,571호를 참고하라)

화합물 (C1)

C. 활성화 A 서브 유닛 (제조를 위해, 미국 특허 제8,067,571호를 참고하라)

화합물 (D1)

D. 활성화 DPG 서브 유닛 (제조를 위해, WO 2009/064471호를 참고하라)

화합물 (E1)

E. 활성화 T 서브 유닛 (제조를 위해, WO 2013/082551를 참고하라)

화합물 (F1)

F. 앵커 로딩된 수지

화학식 (I)

여기에서

R¹는 지지 매체이다.

2. 에테플리센 조악한 약물 물질의 합성

A. 수지 팽윤

750g의 앵커 적재된 수지 및 10.5의 NMP를 50ℓ 실란화 반응기에 충전시키고, 3시간 동안 교반시켰다. NMP를 배수시키고, 앵커 적재된 수지를 각각 5.5ℓ의 DCM으로 2회 세척하고, 각각 5.5ℓ의 30% TFE/DCM으로 2회 세척했다.

B. 사이클 0: EG3 테일 커플링

앵커 적재된 수지를 각각 5.5ℓ의 30% TFE/DCM으로 3회 세척하여 배수시키고, 15분 동안 5.5ℓ의 CYTFA 용액으로 세척하여 배수시키고, 다시 122mL의 1:1 NEM/DCM이 충전된 배수 없이 5.5ℓ의 CYTFA 용액으로 15분 동안 세척하고, 현탁액을 2분 동안 교반시켜 배수시켰다. 수지를 5분 동안 5.5ℓ의 중화 용액으로 2회 세척하여 배수시킨 다음, 각각 5.5ℓ의 DCM으로 2회 세척하여 배수시켰다. 3ℓ의 DMI 중의 706.2g의 활성화된 EG3 테일(MW 765.85) 및 234mL의 NEM의 용액을 수지에 충전시키고, 실온에서 3시간 동안 교반시키고 배수시켰다. 수지를 각 세척당 각각 5.5ℓ의 중화 용액으로 5분 동안 세척하고, 5.5ℓ의 DCM으로 1회 세척하여 배수시켰다. 2680mL의 NMP 중 374.8g의 벤조산 무수물 및 195mL의 NEM의 용액을 충전시키고, 15분 동안 교반하여 배수시켰다. 수지를 5분 동안 5.5ℓ의 중화 용액으로 교반한 다음, 5.5ℓ의 DCM으로 1회 및 각각 5.5ℓ의 30% TFE/DCM으로 2회 세척했다. 수지를 5.5ℓ의 30% TFE/DCM에 현탁시키고, 14시간 동안 정치시켰다.

C. 하위단위 커플링 사이클 1-30

i. 사전-커플링 처리

표 4에 기재된 바와 같은 각 커플링 사이클 전에, 수지는 다음과 같다: 1) 30% TFE/DCM으로 세척하고; 2) a) CYTFA 용액으로 15분 동안 처리하여 배수시키고, b) 1:1 NEM/DCM이 첨가된 CYTFA 용액으로 15분 동안 처리하고, 교반하여 배수시키고; 3) 중화 용액으로 3회 교반시키고; 4) DCM으로 2회 세척했다. 표 4 참조.

ⅱ. 커플링 후 처리

각 하위단위 용액을 표 4에 기재된 바와 같이 배수시킨 후, 수지는 다음과 같다: 1) DCM으로 세척하고; 2) 30% TFE/DCM으로 2회 세척했다. 수지가 다음 커플링 주기 전 기간 동안 정치된 경우, 제2 TFE/DCM 세척물은 배수시키지 않았고, 수지를 상기 TFE/DCM 세척액에 잔류시켰다. 표 4 참조.

ⅲ. 활성화된 하위단위 커플링 사이클

커플링 사이클은 표 4에 기재된 바와 같이 수행했다.

iv. 최종 IPA 세척

최종 커플링 단계를 표 4에 기재된 바와 같이 수행한 후, 수지를 각각 19.5ℓ의 IPA로 8회 세척하고, 실온에서 진공하에 약 63.5시간 동안 건조 중량 5,579.8g으로 건조시켰다.

D. 절단

상기 수지 결합된 에테플리센 조악한 약물 물질은 2개의 롯트로 절단하고, 각 롯트를 다음과 같이 처리했다. 2,789.9g 롯트의 수지는: 1) 10ℓ의 NMP로 2시간 동안 교반한 다음, NMP를 배수시키고; 2) 각각 10ℓ의 30% TFE/DCM으로 3회 세척하고; 3) 10ℓ CYTFA 용액으로 15분 동안 처리하고; 4) 10ℓ의 CYTFA 용액으로 15분 동안 처리하고 이어서 130ml의 1:1 NEM/DCM을 첨가하고, 2분 동안 교반하여 배수시켰다. 수지를 각각 10ℓ의 중화 용액으로 3회 처리하고, 10ℓ의 DCM으로 6회 세척하고, 각각 10ℓ의 NMP로 8회 세척했다. 수지를 6.96ℓ의 NMP 중의 1530.4g의 DTT 및 2980 DBU의 절단 용액으로 2시간 동안 처리하여 수지로부터 에테플리센 조악한 약물 물질을 분리했다. 절단 용액을 배수시키고, 별도의 용기에 유지시켰다. 반응기 및 수지를 절단 용액과 조합된 4.97ℓ의 NMP로 세척했다.

¹ ml은 1:1 NEM/DCM의 양을 나타낸다.

² ½ 일 동안 이 단계에서 유지된 수지

³ ½ 일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁴ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁵ 2.5일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁶ ½일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁷ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁸ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

⁹ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹⁰ 1.5일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹¹ 0.3일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹² 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹³ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹⁴ 0.4일 동안 이 단계에서 유지된 수지

¹⁵ 0.3일 동안 이 단계에서 유지된 수지

E. 탈보호

조합된 절단 용액 및 NMP 세척물을 냉동기에서 -10℃ 내지 -25℃의 온도로 냉각된 39.8ℓ의 NH₄OH (NH₃·H₂O)가 첨가된 압력 용기로 옮겼다. 압력 용기를 밀봉시키고, 16시간 동안 45℃로 가열한 다음, 25℃로 냉각시켰다. 에테플리센 조악한 약물 물질을 함유하는 이 탈보호 용액을 정제수를 사용하여 3:1로 희석시키고, 2M 인산을 사용하여 pH를 3.0으로 조정한 다음, NH₄OH를 사용하여 pH 8.03으로 조정했다. HPLC (C18) 73-74% (도 1).

실시예 5: 에테플리센 조악한 약물 물질의 정제

에테플리센 조악한 약물 물질을 함유하는 실시예 2, 파트 D로부터의 탈보호 용액을 ToyoPearl Super-Q 650S 음이온 교환 수지의 컬럼(Tosoh Bioscience) 상에 적재하고, 17개 컬럼 용적에 대해 0-35% B의 구배로 용출시키고(완충액 A: 10 mM 수산화나트륨; 완충제 B: 10mM 수산화나트륨 중 1M 염화나트륨), 허용 가능한 순도의 분획(C18 및 SCX HPLC)을 정제된 의약품 용액에 풀링했다. HPLC (도 2): 97.74% (C18) 94.58% (SCX).

정제된 약물 물질 용액을 탈염시키고, 1959g의 정제된 에테플리센 약물 물질로 동결건조시켰다. 수율 61.4%; HPLC (도 3): 97.7% (C18) 94.6% (SCX).

실시예 6: 본원의 방법에 의해 제조된 추가적인 올리고머

이하의 순서의 하기 올리고머는 실시예 4 및 5의 방법을 따라 제조되었다:

여기에서, R²는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택된다,

.

상기 표 8에서, "+"는 여기에서 X가 -N(CH₃)₂가 아닌 경우, X가

인 것을 나타낸다.

참고로 포함됨

본원 전반에 걸쳐 인용된 모든 참조 (참고 문헌, 발행된 특허, 공개된 특허 출원 및 공동-계류중인 특허 출원을 포함함)의 내용은 이로써 본 명세서에 이의 전체로 명확히 편입된다. 달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술 및 과학 용어들은 당해 기술에서 통상적인 기술을 갖는 이에게 통상적으로 공지된 의미와 일치한다.

균등물

당업계의 숙련자들은 단지 통상 실험만을 사용하여 본원에 기재된 내용의 구체적인 구현예들의 많은 균등물들을 인지하거나, 또는 확인할 수 있을 것이다. 그러한 균등물들은 이하의 청구항에 의해 포함된 것으로 의도된다.

Claims

화학식 (A)의 올리고머 화합물의 제조 방법에 있어서:

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, 각 R²는 각각의 발생시에 이하의 것들로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택되고:

;
여기에서, 상기 방법은 이하의 순차적 단계들을 포함하는 방법:
(a) 화학식 (A1)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (II)의 화합물을 형성하는 단계;

(여기에서, R¹은 지지 매체(support medium)이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택됨),

(여기에서, R¹은 지지 매체임);
(b) 화학식 (II)의 화합물을 화학식 (A2)의 화합물과 접촉시켜, 화학식 (A3)의 화합물을 형성하는 단계;

(여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택됨);

(여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택됨);
(c) 화학식 (A3)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 화학식 (IV)의 화합물을 형성하는 단계:

(여기에서, R¹은 지지 매체임);
(d) 화학식 (IV)의 화합물을 화학식 (A4)의 화합물과 접촉시켜, 이하의 화학식 (A5)의 화합물을 형성하는 단계:

(여기에서, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, R⁴는 이하의 것들로 이루어지는 군에서 선택됨):

(여기에서, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고
R⁴는 이하의 것들로부터 선택됨):

(e) 이하의 순차적인 단계들을 n-1 반복 수행하는 단계,
(e1) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 탈차단제와 접촉시키는 단계; 및
(e2) 직전 단계에 의해 형성된 생성물을 이하의 화학식 (A8)의 화합물과 접촉시켜, 이하의 화학식 (A9)의 화합물을 형성하는 단계:

(여기에서, R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, R⁴는 화학식 (A8)의 각각의 화합물에 대하여 이하의 것들로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택됨):

여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군에서 선택되고, 그리고 R⁴는, 각 발생 시, 이하의 것들로 이루어지는 군에서 독립적으로 선택됨):

; 그리고
(f) 화학식 (A9)의 화합물을 탈차단제와 접촉시켜, 이하의 화학식 (A10)의 화합물을 형성하는 단계:

(여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, 그리고 R⁴은 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택됨):

(g) 화학식 (A10)의 화합물을 절단제와 접촉시켜, 이하의 화학식 (A11)의 화합물을 형성하는 단계:

(여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고 R⁴는 각각의 발생시, 독립적으로 이하의 것들로 이루어진 군에서 선택됨):

및
(h) 화학식 (A11)의 화합물을 탈보호제와 접촉시켜, 화학식 (A)의 올리고머 화합물을 형성하는 단계.
제1항에 있어서, 여기에서 단계 (d) 또는 단계 (e2)는 화학식 (IV)의 화합물 또는 직전 단계에 의해 형성된 화합물을 각각 캡핑제와 접촉시키는 것을 추가로 포함하는, 방법.
제1항에 있어서, 상기 각 단계에서 사용된 탈차단제는 할로겐화산을 포함하는 용액인, 방법.
제1항에 있어서, 상기 각 단계에서 사용된 탈차단제는 시아노아세트산인, 방법.
제3항에 있어서, 상기 할로겐화산은 클로로아세트산, 디클로로아세트산, 트리클로로아세트산, 플루오로아세트산, 디플루오로아세트산, 및 트리플루오로아세트산으로 이루어지는 군으로부터 선택되는, 방법.
제5항에 있어서, 상기 할로겐화산은 트리플루오로아세트산인, 방법.
제1항에 있어서, 상기 단계 (a), (c), (e1), 및 (f) 중 적어도 하나는 각 단계의 탈차단된 화합물을 중화제와 접촉시키는 것을 추가로 포함하는, 방법.
제1항에 있어서, 상기 단계 (a), (c), (e1), 및 (f)의 각각은 각 단계의 탈차단된 화합물을 중화제와 접촉시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
제7항에 있어서, 상기 중화제는 디클로로메탄 및 이소프로필 알콜을 포함하는 용액 중에 있는, 방법.
제7항에 있어서, 상기 중화제는 모노알킬, 디알킬, 또는 트리알킬 아민인, 방법.
제10항에 있어서, 상기 중화제는 N,N-디이소프로필에틸아민인, 방법.
제1항에 있어서, 각 단계에 사용된 탈차단제는 4-시아노피리딘, 디클로로메탄, 트리플루오로아세트산, 트리플루오로에탄올 및 물을 포함하는 용액인, 방법.
제2항에 있어서, 상기 캡핑제는 에틸모르폴린 및 메틸피롤리디논을 포함하는 용액인, 방법.
제13항에 있어서, 상기 캡핑제는 산 무수물인, 방법.
제14항에 있어서, 상기 산 무수물은 벤조산 무수물인, 방법.
제1항에 있어서, 화학식 (A4) 및 화학식 (A8)의 화합물들은 각각, 독립적으로, 에틸모르폴린 및 디메틸이미다졸리디논을 포함하는 용액 중에 있는, 방법.
제1항에 있어서, 상기 절단제는 디티오트레이톨 및 1,8-디아자비시클로[5.4.0]운데-7-센을 포함하는, 방법.
제17항에 있어서, 상기 절단제는 N-메틸-2-피롤리돈을 포함하는 용액 중에 있는, 방법.
제1항에 있어서, 상기 탈보호제는 NH₃를 포함하는, 방법.
제19항에 있어서, 상기 탈보호제는 수용액 중에 있는, 방법.
제1항에 있어서, 상기 지지 매체는 1% 가교된 디비닐벤젠을 갖는 폴리스티렌을 포함하는, 방법.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 화학식 (A4)의 화합물은 화학식 (A4a)의 화합물이고:

여기에서:
R³은 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고
R⁴는 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 선택되는, 방법:

.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 화학식 (A5)의 화합물은 화학식 (A5a)의 화합물이고:

여기에서:
R¹은 지지 매체이고,
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고
R⁴는 이하의 것들로부터 선택되는, 방법:

.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 화학식 (A8)의 화합물은 화학식 (A8a)의 화합물이고:

여기에서:
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고
R⁴는 화학식 (A8a)의 화합물에서 각각 발생시, 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되는, 방법:

.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 화학식 (A9)의 화합물은 화학식 (A9a)의 화합물이고:

여기에서:
n은 10 내지 40의 정수이고,
R¹은 지지 매체이고,
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택되고, 그리고
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되는, 방법:

.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 화학식 (A10)의 화합물은 화학식 (A10a)의 화합물이고:

여기에서:
n은 10 내지 40의 정수이고,
R¹은 지지 매체이고, 그리고
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되는, 방법:

.
제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 화학식 (A11)의 화합물은 화학식 (A11a)의 화합물이고:

여기에서:
n은 10 내지 40의 정수이고, 그리고
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되는, 방법:

.
화학식 (B1)의 화합물 또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염:

(여기에서, R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;
R¹²는 C_1-6-알킬이고;
R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고
R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고,
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 선택됨).
제28항에 있어서, 화학식 (B1)의 화합물은 이하의 화학식 (I)의 화합물인, 화합물:

(여기에서, R¹은 지지 매체임).
화학식 (II-B)의 화합물 또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염:

(여기에서, R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;
R¹²는 C_1-6-알킬이고;
R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고; 그리고
R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커임).
제30항에 있어서, 화학식 (II-B)의 화합물은 이하의 화학식 (II)의 화합물인, 화합물:

(여기에서, R¹은 지지 매체임).
화학식 (B3)의 화합물 또는 이의 제약학적으로 허용가능한 염:

(여기에서, w는 O 또는 C로부터 선택되고;
t는 1, 2, 3, 4, 또는 5이고;
R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어지는 군으로부터 선택되고;
R¹²는 C_1-6-알킬이고;
R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;
R¹⁴ 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;
R⁸는 이하의 것들로부터 선택되고:

및

여기에서 R⁴는 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 선택되고:

; 그리고
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택됨).
제32항에 있어서, 화학식 (B3)의 화합물은 화학식 (III)의 화합물인, 화합물:

;
(여기에서, R¹은 지지 매체임).
이하의 것들로부터 선택된 화합물:

및

(여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고;
R¹은 지지 매체이고;
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고; 그리고
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택됨):

.
이하의 것들로부터 선택된 화합물:

;

; 및

,
(여기에서, R¹¹는 할로, CN 및 NO₂로 이루어진 군으로부터 선택되고;
R¹²는 C_1-6-알킬이고;
R¹³는 H 또는 C_1-6-알킬이고;
R¹⁴는 지지 매체에 결합된 제1 링커이고;
R¹는 -O(C₁-C₆알킬), 할로, -O(C₁-C₆알킬렌)-O(C₁-C₆알킬), 및 -O(C₁-C₆알킬렌)-C(O)-NH-C₁-C₆알킬로부터 선택되고,
R²는 H이거나, 또는 R²는 R¹과 함께 합쳐져서 선택적으로 산소를 포함하는 4 내지 7개 고리 원자를 갖는 사이클로알킬 또는 헤테로사이클릭 고리를 형성하고;
R⁵, R⁶ 및 R⁷는 각각 수소이거나, 또는 R⁵ 및 R⁷는 합쳐져서 4 내지 7개 고리 원자를 갖는 사이클로알킬 고리를 형성하고, R⁶ 및 R⁷는 합쳐져서 3 내지 4개 고리 원자를 갖는 사이클로알킬 고리를 형성하고,
R⁹는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고;
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고:

R⁸는 각각의 발생시 H, 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택되고;
n은 10 내지 40이고; 그리고
X는 O 또는 S임).
이하의 것들로부터 선택된 화합물:

(여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고;
R¹은 지지 매체이고;
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 선택되고; 그리고
R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되됨):

.
이하의 것들로부터 선택된 화합물:

및
,
(여기에서, n은 10 내지 40의 정수이고, R¹은 지지 매체이고, X는 O 또는 S이고, R⁵는 -OCH₂CH₂CN 또는 -CH₂C(=O)OC(CH₃)₂CH₂CN이고, 각각의 A는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고:

및

,
R³는 트리틸, 모노메톡시트리틸, 디메톡시트리틸 및 트리메톡시트리틸로 이루어진 군으로부터 독립적으로 선택되고, R⁴는 각각의 발생시 이하의 것들로 이루어지는 군으로부터 독립적으로 선택됨):

.