JP2019518832A - オリゴマー調製のためのプロセス - Google Patents

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Abstract

オリゴマー(例えば、モルホリノオリゴマー)を調製するプロセスが本明細書において提供される。明細書において記載される合成プロセスは、合成されるオリゴマーの全体の収率及び純度を維持しつつオリゴマー合成をスケールアップするのに有利であり得る。
【選択図】なし

Description

関連出願
本出願は、2017年5月18日に出願された米国仮特許出願第62/508,256号、2016年5月24日に出願された米国仮特許出願第62/341,049号、2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/356,923号、2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/357,072号、2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/357,153号、及び2016年6月30日に出願された米国仮特許出願第62/357,166号の利益を主張し、その各々は参照により本明細書に組み込まれる。
アンチセンス技術は、選択的スプライシング産物を含む1個以上の特異的な遺伝子産物の発現を調節する手段を提供し、多くの治療的用途、診断的用途、及び研究用途に比類なく有用である。アンチセンス技術の背後にある原理は、標的核酸にハイブリダイズするアンチセンス化合物、例えばオリゴヌクレオチドが、多数のアンチセンスメカニズムのうちの1つを通じて、転写、スプライシング、または翻訳のような遺伝子発現活性を調節するということである。アンチセンス化合物の配列特異性は、標的の検証及び遺伝子の機能化のツール、ならびに疾患に関与する遺伝子の発現を選択的に調節する治療薬としてアンチセンス化合物を魅力的なものにする。
デュシェンヌ型筋ジストロフィー(DMD)は、タンパク質ジストロフィンの発現における欠損によって引き起こされる。タンパク質をコードする遺伝子、200万以上を超えるヌクレオチドのDNAにわたって広がる79エクソンを含む。エクソンのリーディングフレームを変更するか、または終止コドンを導入するか、またはフレームエクソンもしくはエクソンの完全な除去を特徴とするか、または1つ以上のエクソンの重複を特徴とするいずれかのエクソンの変異は、機能的なジストロフィンの産生を破壊してDMDを生じる可能性を有する。
DMDの治療のためのスプライススイッチングオリゴヌクレオチド(SSO)を試験する最近の臨床治験は、スプライソソームの立体的遮断によるプレmRNAの選択的スプライシングを誘導するSSO技術に基づく(Cirak et al.,2011、Goemans et al.,2011、Kinali et al.,2009、van Deutekom et al.,2007)。しかしながら、これらの成功にもかかわらず、DMDの治療のために利用可能な薬理学的な選択肢は限定されている。
エテプリルセンは、エクソン51のスキッピングリーディングフレームを回復し、機能的なより短い形態のジストロフィンタンパク質を産生するよう修正可能なDMDを有する患者においてヒトジストロフィン遺伝子をスキップするよう設計されたホスホロアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)である。Sarepta Therapeutics,Inc.は、エクソン51スキッピングに修正可能な患者におけるDMD治療について承認を求めて、United States Food and Drug Administration(FDA)にNew Drug Application(NDA)を提出した。SareptaのNDAは、現在、FDAによる審査中である。
アンチセンス技術の分野において大きな進歩がなされてきているが、改善されたアンチセンスまたはアンチジーンの性能を有するホスホロアミデートモルホリノオリゴマーを調製する方法に対する必要性が当該技術分野において依然として存在する。
ホスホロアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)を調製するプロセスが本明細書において提供される。明細書において記載される合成プロセスは、合成されるPMOの全体の収率及び純度を維持しつつスケールアップしたPMO合成を可能にする。
一態様において、本開示は、式(B):
(B)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を調製するプロセスを提供し、
式中、T、X、R、及びnは、本明細書において定義されるようなものである。
いくつかの実施形態において、本開示は、式(A):
(A)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を調製するプロセスを提供し、
式中、R、及びnは、本明細書において定義されるようなものである。
ある実施形態において、式(E):
(E)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を調製するプロセスが本明細書において提供される。
さらに別の実施形態において、例えば式(E)のオリゴマー化合物のいくつかの実施形態を含む本開示のオリゴマー化合物は、式(XII):
(XII)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩である。
明確にするため、例えば式(E)のオリゴマー化合物及び式(XII)によって描写されるエテプリルセンを含む構造式は、5’から3’への連続的構造式であり、上記の構造式においてコンパクトな形態で式全体を示す簡便性のために、出願人は、「中断A」、「中断B」、「中断C」、及び「中断D」とラベルされたさまざまな図の中断を含めた。当業者に理解されるように、例えば、「中断A」の表示は、これらの点における構造式の図の連続を示す。当業者は、エテプリルセンを含む上述の構造式において、「中断B」、「中断C」、及び「中断D」の各々の場合について、同じことが真実であることを理解する。図の中断のいずれも、エテプリルセンを含む上述の後続式の実際の不連続を意味しないし、当業者もそれらがそのように意味するとは理解しない。
本開示の別の態様において、式(D):
(D)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を調製するプロセスが提供され、
式中、R、R、R〜R、X、nは、本明細書において定義されるようなものである。
いくつかの実施形態において、式(D)のオリゴマー化合物は、式(G):
(G)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、R、X、及びnは、本明細書において定義されるようなものである。
本開示の別の態様において、式(F):
(F)
のオリゴマー化合物を調製するプロセスが提供され、
式中、
各々のAが各々の存在について独立して、







、及び

からなる群から選択され;
各々のRが各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)、
からなる群から選択され;
nは、10〜40の整数であり;
RはHまたはアセチルである。
合成され、脱保護されたエテプリルセン(AVI−4658)粗原薬の代表的な分析的高速液体クロマトグラフィー(HPLC)クロマトグラムを示す(実施例4を参照)。 精製されたエテプリルセン原薬の代表的な分析的HPLCクロマトグラムを示す(実施例5を参照)。 脱塩され、凍結乾燥されたエテプリルセン原薬の代表的な分析的HPLCクロマトグラムを示す(実施例5を参照)。
モルホリノオリゴマーを調製するプロセスが本明細書において提供される。本明細書において記載さ入れるモルホリノオリゴマーは、配列選択性を損なうことなく、天然または非修飾のオリゴヌクレオチドと比べて、DNA及びRNAに対するより強い親和性を示す。いくつかの実施形態において、本開示のモルホリノオリゴマーは、RNアーゼHによる切断を最小化または阻止する。いくつかの実施形態において、本開示のモルホリノオリゴマーは、RNアーゼHを活性化しない。
明細書において記載されるプロセスは、工業規模のプロセスにおいて有利であり、高収量と大規模(例えば約1kg、約1〜10kg、約2〜10kg、約5〜20kg、約10〜20kg、または約10〜50kg)でモルホリノオリゴマーを調製するのに適用できる。
定義
本開示を説明するために使用される様々な用語の定義が以下に列挙される。これらの定義は、個々の場合またはより大きなグループの一部として特定の場合に他に限定されない限り、用語が本明細書及び特許請求の範囲を通じて使用されるときに、用語に対して適用される。
「塩基−保護化」、または「塩基保護」は、段階的なオリゴマー合成の間の塩基対形成基の反応または干渉を阻止するために好適な保護基を有するモルホリノサブユニット上の、例えばプリンまたはピリミジン塩基のような塩基対形成基の保護を指す。塩基−保護化モルホリノサブユニットの例は、以下に描写するシトシンアミノ基上のCBZ保護基を有する活性化Cサブユニット化合物(C)である。
「活性化ホスホルアミデート基」は、典型的には、オリゴマー内の最終的なホスホロアミデート結合において望まれる窒素における置換を有するクロロホスホルアミデート基である。例は、(ジメチルアミノ)クロロホスホルアミデート、すなわち−O−P(=O)(NMe)Clである。
用語「支持体−結合」は、支持体−媒体へと共有した化学物質を指す。
用語「支持体−媒体」は、例えば、任意の粒子、ビーズ、または表面を含む、その表面にオリゴマーが結合できるか、もしくはその上で合成できるか、またはオリゴマーの結合もしくは合成のために修飾できる、任意の物質を指す。代表的な基体は、ガラス及び修飾または機能化ガラス、プラスチック(アクリル、ポリスチレン及びスチレンと他の物質とのコポリマー、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリブチレン、ポリウレタン、TEFLON(登録商標)等)、多糖類、ナイロン、またはニトロセルロース、セラミクス、樹脂、シリカまたはケイ素及び修飾ケイ素を含むシリカ系物質、炭素、金属、無機ガラス、プラスチック、光ファイバー束、ならびに様々な他のポリマー等の無機支持体及び有機支持体を含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態について、特に有用な支持体−媒体及び固体表面は、フローセル装置内に配置される。明細書において記載されるプロセスのいくつかの実施形態において、支持体−媒体は、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む。
いくつかの実施形態において、代表的な支持体−媒体は、オリゴマーの結合または合成のための少なくとも1つの反応部位を含む。例えば、いくつかの実施形態において、本開示の支持体−媒体は、オリゴマーを結合または合成するための入ってきたサブユニットまたは他の活性化基と化学結合を形成できる1つ以上の末端アミノまたはヒドロキシル基を含む。
本明細書において記載されるプロセスに適しているいくつかの代表的な支持体−媒体は、以下のものを含むが、これらには限定されない:調節多孔ガラス(CPG);オキシル−調節多孔ガラス(例えば、Alul et al.,Nucleic Acids Research 1991,19,1527を参照);シリカ含有粒子、例えば多孔質ガラスビーズ及びシリカゲル、例えば、トリクロロ−[3−(4−クロロメチル)フェニル]プロピルシランと多孔質ガラスビーズとの反応によって形成されるもの(Parr and Grohmann,Angew. Chem. Internatl. Ed.1972,11,314を参照でき、Waters Associates, Framingham, Mass.,USAによって「PORASIL E」の商品名で販売される);1,4−ジヒドロキシメチルベンゼンのモノエステルとシリカ(Bayer and Jung,Tetrahedron Lett.1970,51,4503を参照でき、Waters Associatesによって「BIOPAK」の商品名で販売される);TENTAGEL(例えばWright et al.,Tetrahedron Lett.1993,34,3373を参照);架橋スチレン/ジビニルベンゼンコポリマービーズ化マトリクス、またはポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーであるPOROS(PerSeptive Biosystemsより入手可能);可溶性支持体−媒体、例えばポリエチレングリコールPEG(Bonora et al.,Organic Process Research & Development 2000,4,225−231を参照);ペンダント長鎖ポリスチレン(PS)グラフトを有するPEPS支持体(Berg et al.,J. Am. Chem. Soc.1989,111,8024及び国際特許出願WO1990/02749を参照);既知の量のN−tertブトキシカルボニル−β−アラニル−N’−アクリロイルヘキサメチレンジアミンを含む、N,N’−ビスアクリロイルエチレンジアミンで架橋したジメチルアクリルアミドのコポリマー(Atherton et al.,J. Am. Chem. Soc.1975,97,6584、Atherton et al.,Bioorg. Chem.1979,8,351、及びAtherton et al.,J. Chem. Soc. Perkin I 1981,538を参照);疎水性架橋スチレンポリマーでコートしたガラス粒子(Scott et al.,J. Chrom. Sci.1971,9,577を参照);その上にポリスチレンがグラフトされているフッ素化エチレンポリマー(Kent and Merrifield,Israel J. Chem.1978,17,243及びvan Rietschoten in Peptides 1974,Y. Wolman,Ed.,Wiley and Sons,New York,1975,pp.113−116を参照);ヒドロキシプロピルアクリラートコートポリプロピレン膜(Daniels et al.,Tetrahedron Lett.1989,4345);アクリル酸グラフトポリエチレンロッド(Geysen et al.,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1984,81,3998);「ティーバッグ」含有慣用ポリマービーズ(Houghten,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1985,82,5131)、ならびにそれらの組み合わせ。
用語「フローセル装置」は、1つ以上の流体試薬(例えば液体またはガス)が横切って流れることのできる表面(例えば固体表面)を含むチャンバを指す。
用語「脱保護化剤」は、保護基を除去するための化学的な酸または化学的な酸の組み合わせを含む組成物(例えば溶液)を指す。脱保護化剤において使用される例示的な化学的な酸は、ハロゲン化酸、例えば、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、及びトリフルオロ酢酸を含む。いくつかの実施形態において、脱保護化剤は、例えば、オリゴマー、支持体−結合オリゴマー、支持体−結合サブユニット、または他の保護化窒素または酸素部分から1つ以上のトリチル基を除去する。
用語「ハロゲン」及び「ハロ」は、フッ素、塩素、臭素、及びヨウ素からなる群から選択される原子を指す。
用語「キャッピング剤」は、例えば、入ってくるサブユニットまたは他の活性化基と化学結合を形成する支持体−媒体の反応性部位を阻止するのに有用な酸無水物(例えば、安息香酸無水物、酢酸無水物、フェノキシ酢酸無水物等)を含む組成物(例えば溶液)を指す。
用語「切断剤」は、例えば支持体−媒体から支持体−結合オリゴマーを切断するのに有用な化学塩基(例えば、アンモニアもしくは1,8−ジアザビシクロウンデカ−7−エン)または、化学塩基の組み合わせを含む組成物(例えば、液体溶液または気体混合物)を指す。
用語「脱保護化」は、保護基を除去するのに有用な、化学塩基(例えば、アンモニア、1,8−ジアザビシクロウンデカ−7−エン、もしくは炭酸カリウム)、または、化学塩基の組み合わせを含む組成物(例えば、液体溶液または気体混合物)を指す。例えば、いくつかの実施形態において、脱保護化剤は、例えば、モルホリノサブユニット、モルホリノオリゴマーのモルホリノサブユニット、またはそれらの支持体結合バージョンから塩基保護を除去できる。
用途「溶媒」は、溶質がその中に溶解している溶液の成分または混合物を指す。溶媒は、無機または有機であってよい(例えば、酢酸、アセトン、アセトニトリル、アセチルアセトン、2−アミノエタノール、アニリン、アニソール、ベンゼン、ベンゾニトリル、ベンジルアルコール、1−ブタノール、2−ブタノール、i−ブタノール、2−ブタノン、t−ブチルアルコール、二硫化炭素、四塩化炭素、クロロベンゼン、クロロホルム、シクロヘキサン、シクロヘキサノール、シクロヘキサノン、ジ−n−ジクロロエタン、1,1−ジクロロエタン、1,2−ジクロロエタン、ジエチルアミン、ジエチレングリコール、ジグリム、ジメトキシエタン(グリム)、N,N−ジメチルアニリン、ジメチルホルムアミド、フタル酸ジメチル、ジメチルスルホキシド、ジオキサン、エタノール、エーテル、酢酸エチル、アセト酢酸エチル、安息香酸エチル、エチレングリコール、グリセリン、ヘプタン、1−ヘプタノール、ヘキサン、1−ヘキサノール、メタノール、酢酸メチル、メチルt−ブチルエーテル、塩化メチレン、1−オクタノール、ペンタン、1−ペンタノール、2−ペンタノール、3−ペンタノール、2−ペンタノン、3−ペンタノン、1−プロパノール、2−プロパノール、ピリジン、テトラヒドロフラン、トルエン、水、p−キシレン)。
語句「モルホリノオリゴマー」及び「ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー」または「PMO」は、1つのサブユニットのモルホリノ窒素を、隣接するサブユニットの5’−環外炭素へと結合するホスホロジアミデート結合によって共に連結されるモルホリノサブユニットを有するオリゴマーを指す。各々のモルホリノサブユニットは、核酸塩基特異的水素結合によって標的中の核酸塩基へと結合するのに有効な核酸塩基対形成部分を含む。
用語「EG3テール(tail)」は、オリゴマーに、例えば、その3’末端または5’末端において、共役するトリエチレングリコール部分を指す。例えば、いくつかの実施形態において、オリゴマーの3’末端へと共役する「EG3テール」は、構造:

であり得る。
ある実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、10〜50ヌクレオチド長、10〜40ヌクレオチド長、10〜30ヌクレオチド長、10〜25ヌクレオチド長、10〜24ヌクレオチド長、10〜23ヌクレオチド長、10〜22ヌクレオチド長、10〜21ヌクレオチド長、10〜20ヌクレオチド長、15〜30ヌクレオチド長、15〜25ヌクレオチド長、15〜24ヌクレオチド長、15〜23ヌクレオチド長、15〜22ヌクレオチド長、15〜21ヌクレオチド長、15〜20ヌクレオチド長、20〜30ヌクレオチド長、20〜25ヌクレオチド長、20〜24ヌクレオチド長、20〜23ヌクレオチド長、または20〜22ヌクレオチド長の長さを有し得、それらの範囲の間の全ての整数を含む。好ましくは、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40のヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、20ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、21ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、22ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、23ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、24ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、25ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、26ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、27ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、28ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、29ヌクレオチド長である。いくつかの実施形態において、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物は、30ヌクレオチド長である。
したがって、例えば、式(A)、(B)、(D)、(G)、(F)、及び(S)のオリゴマー化合物の実施形態を含む、本開示の方法によって調製されるオリゴマー化合物のいくつかの実施形態において、nは、10〜50、10〜40、10〜30、10〜25、10〜24、10〜23、10〜22、10〜21、10〜20、15〜30、15〜25、15〜24、15〜23、15〜22、15〜21、15〜20、20〜30、20〜25、20〜24、20〜23、または20〜22の範囲の整数である。ある実施形態において、nは8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、または40である。いくつかの実施形態において、nは10である。いくつかの実施形態において、nは11である。いくつかの実施形態において、nは12である。いくつかの実施形態において、nは15である。いくつかの実施形態において、nは18である。いくつかの実施形態において、nは20である。いくつかの実施形態において、nは21である。いくつかの実施形態において、nは22である。いくつかの実施形態において、nは23である。いくつかの実施形態において、nは24である。いくつかの実施形態において、nは25である。いくつかの実施形態において、nは26である。いくつかの実施形態において、nは27である。いくつかの実施形態において、nは28である。いくつかの実施形態において、nは29である。いくつかの実施形態において、nは30である。
用語「約」または「およそ」は、当業者によって一般的に理解されるが、ある状況において、所与の値または範囲の±10%内、またはその±5%内を意味し得る。
モルホリノオリゴマー調製のためのプロセス
合成は、明細書において記載されるように、一般的に支持体−媒体上で調製される。一般的に、第一のシントン(例えば、モルホリノサブユニット等のモノマー)は、最初に支持体−媒体へと結合し、次いでオリゴマーは、支持体−結合シントンに対してサブユニットを連続的にカップリングすることによって合成される。この反復する伸長は、最終的なオリゴマー化合物を結果的にもたらす。好適な支持体−媒体は、可溶性もしくは不溶性であってよく、または成長する支持体−結合ポリマーを、望まれるような溶液の中または外のいずれかにあるようにできるように、異なる溶媒中で可変の溶解性を有してもよい。伝統的な支持体−媒体は、大部分不溶性であり、通常反応容器に配置され、オリゴマーが目的の長さに到達するまで、試薬及び溶媒が成長する鎖を反応し、及び/またはそれを洗浄し、その後、オリゴマーが支持体から切断され、必要ならば最終的なポリマー化合物を産生するようさらにまとめあげられる。より最近のアプローチは、可溶性のポリマー支持体を含む可溶性の支持体を導入してきており、合成において望ましい点で反復的に合成された産物を沈殿及び溶解するのを可能にする(Gravert et al.,Chem. Rev.1997,97,489−510).
モルホリノオリゴマーを調製するプロセスが本明細書において提供される。
したがって、一態様において、式(II):
(II)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、式(A1):
(A1)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物を、脱保護化剤と接触させて式(II)の化合物を形成することを含む。
別の態様において、式(A3):
(A3)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここで、プロセスは、式(II):
(II)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を、
式(A2):
(A2)
の化合物であって、
式中、Rがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A3)の化合物を形成することを含む。
さらに別の態様において、式(IV):
(IV)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
プロセスは、式(A3):
(A3)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV)の化合物を形成することを含む。
さらに別の態様において、式(A5):
(A5)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、式(IV):
(IV)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を、
式(A4):
(A4)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、式(A5)の化合物を形成することを含む。
別の態様において、式(A9):
(A9)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(IV):
(IV)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物と、
式(A4):
(A4)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A5):
(A5)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(b)以下の連続的ステップのn−1回の反復を実施するステップ、
(b1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(b2)直前のステップによって形成された化合物を、式(A8):
(A8)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A9)の化合物を形成するステップ。
さらに別の態様において、式(A1):
(A10)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、式(A9):
(A9)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を、
脱保護化剤と接触させて、式(A10)の化合物を形成することを含む。
さらに別の態様において、式(A11):
(A11)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、式(A10):
(A10)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を、
切断剤と接触させて、式(A11)の化合物を形成することを含む。
別の態様において、式(A):
(A)
のオリゴマー化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、各々のRが、各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、式(A11):
(A11)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を、
脱保護化剤と接触させて式(A)の化合物を形成することを含む。
別の態様において、式(A):
(A)
のオリゴマー化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、各々のRが、各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(A1):
(A1)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物を、
脱保護化剤と接触させて式(II):
(II)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を、式(A2):
(A2)
の化合物であって、
式中、Rがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A3):
(A3)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(c)式(A3)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV):
(IV)
の化合物であって
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を、式(A4):
(A4)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A5):
(A5)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(e)以下の連続的ステップのn−1回の反復を実施するステップ、
(e1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、式(A8):
(A8)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、式(A8)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(A9):
(A9)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(f)式(A9)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(A10):
(A10)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成すること;
(g)式(A10)の化合物を、切断剤と接触させて、式(A11):
(A11)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(h)式(A11)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(A)のオリゴマー化合物を形成するステップ。
一実施形態において、ステップ(d)またはステップ(e2)は、式(IV)の化合物または直前のステップによって形成された化合物をそれぞれキャッピング剤と接触させることをさらに含む。
別の実施形態において、各々のステップは、少なくとも1つの溶媒の存在中で実施される。
さらに別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、ハロゲン化酸を含む溶液である。
さらに別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、シアノ酢酸である。
別の実施形態において、ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、及びトリフルオロ酢酸からなる群から選択される。
別の実施形態において、ハロゲン化酸はトリフルオロ酢酸である。
さらに別の実施形態において、ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の少なくとも1つは、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。
さらに別の実施形態において、ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の各々は、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。
別の実施形態において、中和剤は、ジクロロメタンとイソプロピルアルコールとを含む溶液中にある。
さらに別の実施形態において、中和剤は、モノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルのアミンである。
さらに別の実施形態において、中和剤は、N,N−ジイソプロピルエチルアミンである。
別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、4−シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、及び水を含む溶液である。
さらに別の実施形態において、キャッピング剤は、エチルモルホリンとメチルピロリジノンとを含む溶液中にある。
さらに別の実施形態において、キャッピング剤は、酸無水物である。
別の実施形態において、酸無水物は、安息香酸無水物である。
別の実施形態において、式(A4)及び式(A8)の化合物は、各々独立して、エチルモルホリンとジメチルイミダゾリジノンとを含む溶液中にある。
別の実施形態において、切断剤は、ジチオスレイトールと1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エンとを含む。
さらに別の実施形態において、切断剤は、N−メチル−2−ピロリドンを含む溶液中にある。
さらに別の実施形態において、脱保護化剤はNHを含む。
さらに別の実施形態において、脱保護化剤は、水溶液中にある。
さらに別の実施形態において、支持体−媒体は、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む。
別の実施形態において、式(A4)の化合物は式(A4a):
(A4a)
であって、
式中、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が:
(PC)、:
(DPG)、:
(T)、:
(PA)、:
(P5mC)、:
(U)、:
(I)、及び:
(PG)
から選択される。
別の実施形態において、式(A5)の化合物は、式(A5a):
(A5a)
であって
式中、
が支持体−媒体であり、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
から選択される。
さらに別の実施形態において、式(A8)の化合物は、式(A8a):
(A8a)
であって、
式中、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が、式(A8a)の化合物の各々の存在において独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
さらに別の実施形態において、式(A9)の化合物は、式(A9a):
(A9a)
であって、
式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
別の実施形態において、式(A10)の化合物は、式(A10a):
(A10a)
であって、
式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
別の実施形態において、式(A11)は、式(A11a):
(A11a)
であって、
式中、
nは、10〜40の整数であり;
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
式(A)のオリゴマー化合物の実施形態において、nは30であり、Rは1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:


であり、ここで式(A)のオリゴマー化合物は、式(E):
(E)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩である。
エテプリルセン(例えば、参照によりその全てが本明細書に組み込まれる国際特許出願公開第WO2006/000057号を参照)は、その安全性と有効性とを試験するための臨床治験の対象であり、臨床開発が進行中である。エテプリルセンは、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(PMO)である。「AVI−4658」としてもまた知られるジストロフィン治療の「エテプリルセン」は、塩基配列5’−CTCCAACATCAAGGAAGATGGCATTTCTAG−3’(配列番号1)を有するPMOである。エテプリルセンは、1173755−55−9のCAS登録番号で登録されている。化学名は以下を含む:RNA,[P−デオキシ−P−(ジメチルアミノ)](2’,3’−ジデオキシ−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコ)(2’a→5’)(C−m5U−C−C−A−A−C−A−m5U−C−A−A−G−G−A−A−G−A−m5U−G−G−C−A−m5U−m5U−m5U−C−m5U−A−G)(配列番号2)、5’−[P−[4−[[2−[2−(2−ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]カルボニル]−1−ピペラジニル]−N,N−ジメチルホスホンアミデート]、及びP,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−5’−O−{P−[4−(10−ヒドロキシ−2,5,8−トリオキサデカノイル)ピペラジン−1−イル]−N,N−ジメチルホスホンアミドイル}−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアニリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコシチジリル−(2’a→5’)−P,3’−ジデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコチミジリル−(2’a→5’)−P,2’,3’−トリデオキシ−P−(ジメチルアミノ)−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコアデニリル−(2’a→5’)−2’,3’−ジデオキシ−2’,3’−イミノ−2’,3’−セコグアノシン。
エテプリルセンは、以下の構造を有する:
エテプリルセンはまた、式(XII):
(XII)
によっても描写され得る。
したがって、上述のプロセスの一実施形態において、式(A)のオリゴマー化合物は、式(E):
(E)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩である。
さらに別の実施形態において、式(E)のオリゴマー化合物は、式(XII):
(XII)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩である。
さらに別の実施形態において、Rは、それぞれの存在において、トリチルである。
別の態様において、式(S):
(S)
のオリゴマー化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、各々のRが、各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択される化合物を調製するためのプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(II):
(II)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を、
式(S2):
(S2)
の化合物であって、
式中、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
式中、Rがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物と接触させて、
式(S3):
(S3)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(b)式(S3)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV−S):
(IV−S)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(c)式(IV−S)の化合物を、式(A4):
(A4)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(S5):
(S5)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が各々の存在において独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(d)以下の連続的ステップのn−2回の反復を実施するステップ、
(d1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(d2)直前のステップによって形成された化合物を、式(A8):
(A8)
の化合物であって、
式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、式(A8)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(S9):
(S9)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(e)式(S9)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(S10):
(S10)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(f)式(S10)の化合物を、切断剤と接触させて、式(S11):
(S11)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(g)式(S11)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(S)のオリゴマー化合物を形成するステップ。
エテプリルセンを調製するプロセス
エテプリルセンを調製するプロセスが本明細書において提供される。
別の態様において、式(E):
(E)
のオリゴマー化合物を調製するプロセスが本明細書において提供され、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(I):
(I)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を、
脱保護化剤と接触させて式(II):
(II)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を、式(B):
(B)
の化合物と接触させて、
式(III):
(III)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(c)式(III)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV):
(IV)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(d)式(IV)の化合物を、式(C):
(C)
の化合物であって、
式(V):
(V)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(e)式(V)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(VI):
(VI)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(f)式(VI)の化合物を、式(F):
(F)
の化合物と接触させて、
式(VII):
(VII)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体である化合物を形成するステップ;
(g)以下の連続的ステップの28回の反復を実施するステップ:
(g1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(g2)直前のステップによって形成された化合物を、式(VIII):
(VIII)
の化合物であって、
式中、Rが式(VIII)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
ここで、1〜28回の各々の反復について、Rが、

である化合物と接触させて、式(IX):
(IX)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、
が各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である化合物を形成するステップ;
(h)式(IX)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(X):
(X)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、
が各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である化合物を形成するステップ;
(i)式(X)の化合物を、切断剤と接触させて、式(XI):
(XI)
の化合物であって、
が各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:


である化合物を形成するステップ;
(j)式(XI)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(E)のオリゴマー化合物を形成するステップ。
実施形態において、ステップ(d)、ステップ(f)、ステップg(2)、またはそれらの組み合わせは、式(IV)、式(VI)の化合物、または直前のステップによって形成された化合物を、それぞれキャッピング剤と接触させることをさらに含む。
ある実施形態において、ステップ(d)、ステップ(f)、及びステップg(2)の各々は、式(IV)、式(VI)、または直前のステップによって形成された化合物を、それぞれキャッピング剤と接触させることをさらに含む。
別の実施形態において、各々のステップは、少なくとも1つの溶媒の存在中で実施される。
さらに別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、ハロゲン化酸を含む溶液である。
さらに別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、シアノ酢酸である。
別の実施形態において、ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、及びトリフルオロ酢酸からなる群から選択される。
さらに別の実施形態において、ハロゲン化酸はトリフルオロ酢酸である。
さらに別の実施形態において、ステップ(c)、(e1)、及び(f)の少なくとも1つは、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。
さらに別の実施形態において、ステップ(c)、(e1)、及び(f)の各々は、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。
さらに別の実施形態において、中和剤は、ジクロロメタンとイソプロピルアルコールとを含む溶液中にある。
さらに別の実施形態において、中和剤は、モノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルのアミンである。
別の実施形態において、中和剤は、N,N−ジイソプロピルエチルアミンである。
さらに別の実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、4−シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、及び水を含む溶液である。
さらに別の実施形態において、キャッピング剤は、エチルモルホリンとメチルピロリジノンとを含む溶液中にある。
別の実施形態において、キャッピング剤は、酸無水物である。
さらに別の実施形態において、酸無水物は、安息香酸無水物である。
さらに別の実施形態において、式(VIII)の化合物、式(C)の化合物、及び式(F)の化合物は、各々独立して、エチルモルホリンとジメチルイミダゾリジノンとを含む溶液中にある。
別の実施形態において、切断剤は、ジチオスレイトールと1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エンとを含む。
さらに別の実施形態において、切断剤は、N−メチル−2−ピロリドンを含む溶液中にある。
さらに別の実施形態において、脱保護化剤はNHを含む。
別の実施形態において、脱保護化剤は、水溶液中にある。
さらに別の実施形態において、支持体−媒体は、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む。
別の実施形態において、式(C)の化合物は、式(C1):
(C1)
である。
別の実施形態において、式(V)の化合物は、式(Va):
(Va)
であって、
式中、Rが支持体−媒体である。
別の実施形態において、式(F)の化合物は、式(F1):
(F1)
である。
別の実施形態において、式(VII)の化合物は、式(VIIa):
(VIIa)
であって、
式中、Rが支持体−媒体である。
別の実施形態において、式(VIII)の化合物は、式(VIIIa):

(VIIIa)であって、
式中、Rが式(VIIIa)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択される。
別の実施形態において、式(IX)の化合物は、式(IXa):
(IXa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
別の実施形態において、式(X)の化合物は、式(Xa):
(Xa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
別の実施形態において、式(XI)の化合物は、式(XIa):
(XIa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:


である。
別の実施形態において、式(VI)の化合物は、式(VIa):
(VIa)
であり、
式中、Rが支持体−媒体である。
さらに別の実施形態において、式(E)のオリゴマー化合物は、式(XII):
(XII)
である。
別の態様において、式(IX):
(IX)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩が本明細書において提供され、式中、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
一実施形態において、式(IX)の化合物は、式(IXa):
(IXa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
別の態様において、式(A9):
(A9)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩が本明細書において提供され、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
である。
一実施形態において、式(A9)の化合物は、式(A9a):
(A9a)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
別の態様において、式(X):
(X)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
一実施形態において、式(X)の化合物は、式(Xa):
(Xa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
別の態様において、式(A10):
(A10)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩が本明細書において提供され、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
一実施形態において、式(A10)の化合物は、式(A10a):
(A10a)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
これらの化合物の別の実施形態において、支持体−媒体は、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む。
別の態様において、式(XI):
(XI)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩が本明細書において提供され、式中、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
一実施形態において、式(XI)の化合物は、式(XIa):
(XIa)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択され、
が、1〜30で各々の位置に存在し、5’から3’で:

である。
別の態様において、式(A11):
(A11)
の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩が本明細書において提供され、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
一実施形態において、式(A11)の化合物は、式(A11a):
(A11a)、
またはその薬学的に許容可能な塩であり、式中、
nが10〜40の整数であり;
が支持体−媒体であり、
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される。
オリゴマー
本開示のプロセスによって調製されるオリゴマーは、様々なヌクレオチド類似体サブユニットを含み得る。
本開示の別の態様において、式(D):
(D)
のオリゴマー化合物、またはその薬学的に許容可能な塩を調製するプロセスが提供され、式中、
が、−O(C〜Cアルキル)、ハロ、−O(C〜Cアルキル)−O(C〜Cアルキル)、及び−O(C〜Cアルキル)−C(O)−NH−C〜Cアルキルから選択され;
が、HまたはR及びRであり、任意選択で酸素を含む4〜7個の環原子を有するシクロアルキル環または複素環を共に形成し;
、R、及びRが各々水素であるか、または、R及びRが、4〜7個の環原子を有するシクロアルキル環を共に形成し、かつR及びRが、3〜4個の環原子を有するシクロアルキル環を共に形成し;
が各々の存在において独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択され;
が各々の存在において独立して、H、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され;
nが10〜40であり;
XがOまたはSである。
いくつかの実施形態において、式(D)のオリゴマー化合物は、式(G):
(G)
であって、
式中、Rが各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択され;
nが10〜40である。
式D及びGの化合物の実施形態は、例えば、以下を含む:
1. ロックド核酸(LNAs)
修飾アンチセンスオリゴマー化合物はまた、「ロックド核酸」サブユニット(LNA)を含み得る。「LNA」は、架橋核酸(BNA)と呼ばれる修飾のクラスの一つのメンバーである。BNAは、C30−エンド(ノーザン)の糖パッカー中のリボース環の立体構造をロックする共有結合を特徴とする。LNAの場合、架橋が、2’−O位と4’−C位の間のメチレンからなる。LNAは、ハイブリダイゼーション及び熱安定性を増大させるために、骨格の事前の構成及び塩基の積み重ねを増強する。
LNAの構造は、例えば、Singh et al.,Chem.Commun.1998,455、Wengel,Tetrahedron 1998,54,3607、Wengel,Acc. Chem.Res.1999,32,301、Obika et al.,Tetrahedron Lett.1997,38,8735、Obika et al.,Tetrahedron Lett.1998,39,5401、及びObika et al.,Bioorg.Med.Chem.2008,16,9230において見出すことができ、それらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。LNAサブユニット及びホスホジエステルヌクレオシド間結合を含むLNAオリゴマーの非限定的な例は、以下に示される:
本開示の化合物は1つ以上のLNAを組み込み得、いくつかの場合において、化合物は、全てLNAからなってよい。個々のLNAヌクレオシドサブユニットの合成方法及びそれらのオリゴマーへの組み込みは、例えば、米国特許第7,572,582号、米国特許第7,569,575号、米国特許第7,084,125号、米国特許第7,060,809号、米国特許第7,053,207号、米国特許第7,034,133号、米国特許第6,794,499号、及び米国特許第6,670,461号に記載され、それらの全ては参照により本明細書に組み込まれる。典型的なヌクレオシド間リンカーは、ホスホジエステル及びホスホロチオエート部分を含み、代替的に、非リン含有リンカーが利用され得る。さらなる実施形態は、各々のLNAサブユニットがDNAサブユニットによって分離されているLNA含有化合物を含む。ある化合物は、交互のLNAとDNAのサブユニットからなり、ヌクレオシド間リンカーがホスホロチオエートである。
2’O,4’C−エチレン−架橋核酸(ENA)は、BNAのクラスの別のメンバーである。ENA及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の非限定的な例は、以下に示される:
ENAオリゴマー及びそれらの調製は、Obika et al.,Tetrahedron Lett.1997,38,8735に記載され、その全ては参照により本明細書に組み込まれる。本開示の化合物は1つ以上のENAサブユニットを組み込み得る。
2. ホスホロチオエート
「ホスホロチオエート」(またはS−オリゴ)は、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の非架橋酸素の1つが硫黄によって置き換えられている天然のDNAまたはRNAのバリアントである。デオキシリボースサブユニットとホスホロチオエートヌクレオシド間結合とを含むホスホロチオエートDNAの非限定的な例(左)、及びリボースサブユニットとホスホロチオエートヌクレオシド間結合とを含むホスホロチオエートRNA(右)は以下に示される:
ヌクレオシド間結合の硫黄化は、5’〜3’及び3’〜5’DNA Pol1エキソヌクレアーゼ、ヌクレアーゼS1及びP1、RNアーゼ、血清ヌクレアーゼ、ならびにヘビ毒ホスホジエステラーゼを含むエンド−及びエキソヌクレアーゼの活性を低減する。ホスホロチオエートは、2つの主要な経路、水素ホスホネート上の二硫化炭素の元素硫黄の溶解作用によって、またはテトラエチルチウラムジスルフィド(TETD)もしくは3H−1,2−ベンソジチオール−3−オン1,1−ジオキシド(BDTD)のいずれかによる亜リン酸トリエステルの浸硫方法によって作製され得る(例えば、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるIyer et al.,J.Org.Chem.1990,55,4693−4699を参照)。後者の方法は、多くの有機溶媒における元素硫黄の不溶性及び二硫化炭素の毒性の問題を回避する。TETD及びBDTD法はまた、より高い純度のホスホロチオエートをもたらす。
3. トリシクロ−DNA及びトリシクロホスホロチオエートヌクレオチド
トリシクロ−DNA(tc−DNA)は、各々のヌクレオチドがシクロプロパン環の導入によって修飾されて骨格の配座柔軟性を制限し、ねじれ角γの骨格の幾何学的配置を最適化している拘束DNA類似体のクラスである。ホモベーシック(homobasic)アデニン及びチミン含有tc−DNAは、相補的なRNAと非常に安定なA−T塩基対を形成する。トリシクロ−DNA及びそれらの合成は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるPCT公開番号WO2010/115993に記載される。本開示の化合物は、1つ以上のトリシクロ−DNAサブユニットを組み込み得、ある場合において、化合物は、全てトリシクロ−DNAサブユニットからなってよい。
トリシクロ−ホスホロチオエートヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有するトリシクロ−DNAサブユニットである。トリシクロ−ホスホロチオエートヌクレオチド及びそれらの合成は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるPCT公開番号WO2013/053928に記載される。本開示の化合物は、1つ以上のトリシクロ−DNAサブユニットを組み込み得、ある場合において、化合物は、全てトリシクロ−DNAヌクレオチドからなってよい。トリシクロDNA/トリシクロ及びホスホジエステルヌクレオシド間結合の非限定的な例は、以下に示される:
4. 2’O−メチル、2’O−MOE、及び2’−Fオリゴマー
「2’O−Meオリゴマー」分子は、リボース分子の2’−OH残基にメチル基を担持するサブユニットを含む。2’−O−Me−RNAは、DNAと同一(または同様)の挙動を示すが、ヌクレアーゼ分解に対して保護されている。2’−O−Me−RNAはまた、さらなる安定化のためにホスホロチオエートオリゴマー(PTO)と組み合わせることもできる。2’O−Meオリゴマー(ここで2’−OMeサブユニットは、ホスホジエステルまたはホスホロチオエートヌクレオシド間結合によって結合されている)は、当該技術分野において日常的な技術に従って合成することができる(例えば、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるYoo et al.,Nucleic Acids Res.2004,32,2008−16を参照)。2’OMeサブユニットとホスホジエステルサブユニット間結合を含む2’−OMeオリゴマーの非限定的な例は、以下に示される:
2’O−Meオリゴマーはまた、ホスホロチオエート結合を含んでもよい(2’O−Meホスホロチオエートオリゴマー)。2’O−Meオリゴマー等の2’O−メトキシエチルオリゴマー(2’−O MOE)は、リボース分子の2’−OH残基においてメトキシエチル基を担持するサブユニットを含み、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるMartin et al.,Helv. Chim. Acta 1995,78,486−504に記載される。2’O−MOEの非限定的な例は、以下に示される:
先行するアルキル化2’OHリボース誘導体と対照的に、2’−フルオロオリゴマーは、2’OHの位置の2’位においてフルオロラジカルを有するサブユニットを含む。2’−Fサブユニットとホスホジエステルヌクレオシド間結合を含む2’−Fオリゴマーの非限定的な例は、以下に示される:
2’−フルオロオリゴマーは、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるWO2004/043977にさらに記載される。本開示の化合物は、1つ以上の2’O−メチル、2’O−MOE、及び2’−Fサブユニットを組み込み得、本明細書において記載されるヌクレオシド間結合の任意のものを利用できる。いくつかの場合において、本開示の化合物は、全体が2’O−メチル、2’O−MOE、及び2’−Fサブユニットからなり得る。本開示の化合物の一実施形態は全体が、2’O−メチルサブユニットからなる。
5. 2’−O−[2−(N−メチルカルバモイル)エチル]オリゴマー(MCE)
MCEは、本開示の化合物における使用に有用な2’O修飾リボヌクレオチドの別の例である。ここで、2’OHは、2−(N−メチルカルバモイル)エチル部分へと誘導体化され、ヌクレアーゼ耐性を増加させる。MCEサブユニット及びホスホジエステルヌクレオシド間結合を含むMCEオリゴマーの非限定的な例は、以下に示される:
MCE及びそれらの合成は、参照によりその全てが本明細書に組み込まれるYamada et al.,J. Org. Chem. 2011,76(9),3042−53に記載される。本開示の化合物は1つ以上のMCEサブユニットを組み込み得る。
別の態様において、式(F):
(F)
のオリゴマー化合物を調製するプロセスが本明細書において提供され、
式中、
各々のAが各々の存在について独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択され、
nは、10〜40の整数であり;
RはHまたはアセチルであり、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(II):
(II)
の化合物であって、
が支持体−媒体である化合物を、式(F2):
(F2)
の化合物であって、
式中、Aが:







、及び

からなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、PGが保護基である、化合物と接触させて、
式(F3):
(F3)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Aが、







、及び

からなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、PGが保護基である、化合物を形成するステップ;
(b)式(F3)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV−F):
(IV−F)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、Aが、







、及び

からなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
PGが保護基である、化合物を形成するステップ;
(c)式(IV−F)の化合物を、式(F4):
(F4)
の化合物であって、
式中、Rが、−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、Aが、







、及び

からなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、PGが保護基である、化合物と接触させて、
式(F5):
(F5)
の化合物であって、
式中、Rが支持体−媒体であり、
各々のAが各々の存在において独立して、







、及び

からなる群から選択され、
各々のRが各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
XがOまたはSであり、
が、−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNである、
化合物を形成するステップであって、XがSである場合、ステップ(d)は硫化ステップをさらに含み、XがOである場合、ステップ(d)は、酸化ステップをさらに含む、ステップ;
(e)以下の連続的ステップのn−2回の反復を実施するステップ、
(e1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、式(F8):
(F8)
の化合物であって、
式中、Rが、−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、
各々のAが、(F8)の反復の各々について独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が、(F8)の反復の各々について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、(F8)の反復の各々について独立して、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、PGが保護基である、化合物と接触させて、
式(F9):
(F9)
の化合物であって、
nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、XがOまたはSであり、Rが−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、各々のAが各々の存在において独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される、
化合物を形成するステップであって、XがSである場合、各々の反復は硫化ステップをさらに含み、XがOである場合、各々の反復は、酸化ステップをさらに含む、ステップ;
(f)式(F9)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(F10):
(F10)
の化合物であって、
nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、XがOまたはSであり、Rが−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、各々のAが各々の存在において独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(g)式(F10)の化合物を、切断剤と接触させて、式(F11):
(F11)
の化合物であって、
式中、nが10〜40の整数であり;
XがOまたはSであり、Rが、−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、各々のAが、各々の存在において独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(h)式(F11)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(F)のオリゴマー化合物を形成するステップ。
本開示は、




、及び

からなる群から選択される化合物であって、
nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、XがOまたはSであり、Rが−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、各々のAが各々の存在において独立して、







、及び

からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される、化合物をさらに提供する。
モルホリノオリゴマー
モルホリノに基づくサブユニットの重要な特性は以下を含む:1)非荷電または正に荷電した骨格結合によってオリゴマー形態へと連結する能力;2)形成されたポリマーが、標的RNAを含む相補的な塩基の標的核酸とハイブリダイズすることのできるように、ヌクレオチド塩基(例えば、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、ウラシル、5−メチル−シトシン、及びヒポキサンチン)を支持する能力;3)哺乳動物細胞内に能動的または受動的に輸送されるオリゴマーの能力;ならびに4)オリゴマー及びオリゴマー:RNAヘテロ二重鎖の、それぞれRNアーゼ及びRNアーゼHの分解に耐える能力。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、塩基修飾または置換を含む。例えば、ある核酸塩基は、本明細書において記載されるアンチセンスオリゴマーの結合親和性を増大させるよう選択され得る。5−メチルシトシン置換は、0.6〜1.2℃で核酸二重鎖の安定性を増大させることが示されており、本明細書において記載されるアンチセンスオリゴマーへと組み込むことができる。一実施形態において、オリゴマーの少なくとも1個のピリミジン塩基は、5−置換ピリミジン塩基を含み、ここでピリミジン塩基は、シトシンチミン、及びウラシルからなる群から選択される。一実施形態において、5−置換ピリミジン塩基は、5−メチルシトシンである。別の実施形態において、オリゴマーの少なくとも1個のプリン塩基はヒポキサンチンを含む。
モルホリノに基づくオリゴマー(アンチセンスオリゴマーを含む)は、例えば、米国特許第5,698,685号、米国特許第5,217,866号、米国特許第5,142,047号、米国特許第5,034,506号、米国特許第5,166,315号、米国特許第5,185,444号、米国特許第5,521,063号、米国特許第5,506,337号、米国特許第8,299,206号、及び米国特許第8,076,476号、国際特許出願公開第WO/2009/064471号及びWO/2012/043730号、ならびにSummerton et al.,Antisense Nucleic Acid Drug Dev.1997,7,187−195に詳述されており、その各々は参照によりその全てが本明細書に組み込まれる。
いくつかの実施形態において、本開示は、式(B):
(B)
のオリゴマー化合物を調製するプロセスを提供し、
式中、nが10〜40の整数であり;
Tが、
及び

から選択され;
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
ここで、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18が、H、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
各々のRが各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択され、
ここでプロセスは、以下の連続的ステップを含む:
(a)式(B1):
(B1)
の化合物であって、
式中、
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、化合物を、
脱保護化剤と接触させて式(II−B):
(II−B)
の化合物であって、
式中、
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーである、化合物を形成するステップ;
(b)式(II)の化合物を、式(III):
(III−B)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
が:
、及び

から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され;
が各々の存在において独立して、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され;
及びR10が独立して、C1−6−アルキルであるか、またはR及びR10が共に、それらが結合する原子を伴って、4〜10個の炭素原子を含む環式または多環式の環を形成する、化合物と接触させて、式(B3):
(B3)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
が:
、及び

から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択され、
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、化合物を形成するステップ;
(c)式(A3)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV−B):
(IV−B)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
が:
、及び

から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(d)式(IV−B)の化合物を、式(B4):
(B4)
の化合物であって、
式中、
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18が、H、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(B5):
(B5)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び
から選択され;
式中、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18がH、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が:
、及び

から選択され;
が各々の存在において独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(e)以下の連続的ステップのn−1回の反復を実施するステップ、
(e1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
(e2)直前のステップによって形成された化合物を、式(B8):
(B8)
の化合物であって、
式中、
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
式中、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18がH、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が式(A8)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物と接触させて、
式(B9):
(B9)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
nが10〜40の整数であり;
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
式中、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18がH、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
が:
、及び
から選択され;
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(f)式(A9)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(B10):
(B10)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
12がC1−6−アルキルであり;
13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
nが10〜40の整数であり;
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
式中、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18がH、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が:
、及び

から選択され;
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(g)式(B10)の化合物を、切断剤と接触させて、式(B11):
(B11)
の化合物であって、
式中、
wが、OまたはCから選択され;
tが、1、2、3、4、または5であり;
11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
nが10〜40の整数であり;
Xが、各々の存在において独立して、H、OH、−OCHCHCN、N(R17
、及び

から選択され;
式中、
17が、各々の存在について独立して、HまたはC1−6−アルキルであり;
18がH、C1−6−アルキル、−C(=NH)NH
−C(O)(CHNR20C(=NH)NH、及び−C(O)(CHNHC(O)(CHNR20C(=NH)NHからなる群から選択され;
qが、1、2、3、4、または5であり;
19が、各々の存在について独立して、Hまたはメチルであり;
20が、HまたはC1−6−アルキルであり;
21が、H、C1−6−アルキル、C(=NH)NH、C(O)(CHNR23C(=NH)NH、C(O)CH(NH)(CHNHC(=NH)NH、C(O)(CHNHC(O)(CHNR23C(=NH)NH、及びC(O)CH(NH)(CHNHからなる群から選択され;
22が、HまたはC1−6−アルキルであり;
23が、HまたはC1−6−アルキルであり;
rが、1、2、3、4、または5であり;
が:
、及び
から選択され;
が各々の存在について独立して:
(PC)、
(DPG)、
(T)、
(PA)、
(P5mC)、
(U)、
(I)、及び
(PG)
からなる群から選択される化合物を形成するステップ;
(j)式(B11)の化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(B)のオリゴマー化合物を形成するステップ。
いくつかの実施形態において、ステップ(d)またはステップ(e2)は、式(IV−B)の化合物または直前のステップによって形成された化合物をそれぞれキャッピング剤と接触させることをさらに含む。
いくつかの実施形態において、各々のステップは、少なくとも1つの溶媒の存在中で実施される。
いくつかの実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、ハロゲン化酸を含む溶液である。いくつかの実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、シアノ酢酸である。いくつかの実施形態において、ハロゲン化酸は、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、及びトリフルオロ酢酸からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ハロゲン化酸はトリフルオロ酢酸である。
いくつかの実施形態において、ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の少なくとも1つは、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。いくつかの実施形態において、ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の各々は、各々のステップの脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む。いくつかの実施形態において、中和剤は、ジクロロメタンとイソプロピルアルコールとを含む溶液中にある。いくつかの実施形態において、中和剤は、モノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルのアミンである。いくつかの実施形態において、中和剤は、N,N−ジイソプロピルエチルアミンである。
いくつかの実施形態において、各々のステップにおいて使用される脱保護化剤は、4−シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、及び水を含む溶液である。
いくつかの実施形態において、キャッピング剤は、エチルモルホリンとメチルピロリジノンとを含む溶液中にある。いくつかの実施形態において、キャッピング剤は、酸無水物である。いくつかの実施形態において、酸無水物は、安息香酸無水物である。
いくつかの実施形態において、式(B4)及び式(B8)の化合物は、各々独立して、エチルモルホリンとジメチルイミダゾリジノンとを含む溶液中にある。
いくつかの実施形態において、切断剤は、ジチオスレイトールと1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エンとを含む。いくつかの実施形態において、切断剤は、N−メチル−2−ピロリドンを含む溶液中にある。
いくつかの実施形態において、脱保護化剤はNHを含む。いくつかの実施形態において、脱保護化剤は、水溶液中にある。
いくつかの実施形態において、支持体−媒体は、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む。
本開示のオリゴマー化合物は、不斉中心、キラル軸、及びキラル平面を有し得(例えば、E. L. Eliel and S. H. Wilen,Stereo−chemistry of Carbon Compounds,John Wiley & Sons,New York,1994,pages 1119−1190及びMarch, J. ,Advanced Organic Chemistry,3d.Ed.,Chap.4,John Wiley & Sons,New York(1985)に記載される)、ラセミ化合物、ラセミ混合物として、及び個別のジアステレオマーとして、光学異性体を含む全ての可能性のある異性体及びそれらの混合物と共に生じ得る。本明細書において、その立体化学を示すことなく具体的に述べられた本開示のオリゴマー化合物は、全ての可能性のある異性体及びそれらの混合物を表すことを意図する。
特に、いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、本開示のオリゴマー化合物は、本明細書において記載されるように、式(VIII):
(VIII)
の化合物であって、
式中、Rが式(VIII)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択される化合物のような非限定的な例のようなものを含む、活性化モルホリノサブユニットから調製される。
上述の式(VIII)の化合物の各々は、例えば、以下に示されるような:

対応するβ−D−リボフラノシルから調製できる。Summerton et al.,Antisense Nucleic Acid Drug Dev.1997,7,187−195を参照。いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、2つのキラル炭素の立体化学は、各々のモルホリノサブユニットの可能性のある多くの立体異性体が、例えば、α−L−リボフラノシル、α−D−リボフラノシル、β−L−リボフラノシル、またはβ−D−リボフラノシル出発物質の選択に基づいて産生できるようにされる合成条件下で保持される。
例えば、いくつかの実施形態において、本開示の式(VIII)の化合物は、式(VIIIa):
(VIIIa)
であってもよく、
式中、Rが式(VIIIa)の各々の化合物について独立して、
(PC)、
(DPG)、
(T)、及び
(PA)
からなる群から選択される。
いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、例えば本開示のオリゴマー化合物への10〜40の式(VIII)の化合物の組み込みは、多数の可能性のある立体異性体をもたらし得る。
いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、本開示のオリゴマー化合物は、1つ以上のリン含有サブユニット間結合を含み、それは、各々のリンにおいて、キラル中心を生じ、当業者に理解されるように、その各々が、「Sp」または「Rp」配置として表される。いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、これらのキラリティーは、立体異性体を生じ、これは、同一の化学組成を有するが、それらの原子の異なる三次元配置を有する。
いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、各々のリン含有サブユニット間結合の配置は、例えば、本開示のオリゴマー化合物の合成中にランダムに生じる。いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに本開示のオリゴマー化合物は、数多くのリン含有サブユニット間結合からなり、各々のリン含有サブユニット間結合がランダムなキラル配置を有するので、合成プロセスは、指数関数的に大きな数の本開示のオリゴマー化合物の立体異性体を生成する。特に、いずれかの特定の理論に拘束されることを望まずに、更なるモルホリノサブユニットの各々のサブユニット間結合は、産物の立体異性体の数を倍にし、それゆえ、本開示のオリゴマー化合物の従来の調製は、実際に、2の立体異性体の非常に不均質な混合物であり、ここでNは、リン含有サブユニット間結合の数を表す。
表1は、本明細書において記載されるプロセスにおいて提供されるモルホリノサブユニットの様々な実施形態を示す。
例示の目的で本開示のある特定の実施形態を記載するために、実施例を以下に説明する。しかしながら、特許請求の範囲の範囲は、本明細書において説明する実施例によって限定されることは決してない。開示された実施形態の変更及び修正は当業者にとって明らかであり、非限定的に本開示の化学構造、置換基、誘導体、製剤、または方法に関するものを含む、そのような変更及び修正は、本開示の精神及び添付された特許請求の範囲の範囲を離れることなくなされ得る。本明細書における図中の構造の変数の定義は、本明細書において提示される式中の対応する位置のものと、同等である。
実施例1:NCP2アンカー合成
1. メチル4−フルオロ−3−ニトロベンゾエート(1)の調製

100Lのフラスコに対し、12.7kgの4−フルオロ−3−ニトロ安息香酸を充填し、40kgのメタノールと2.82kgの濃硫酸を添加した。混合物を還流させながら(65℃)36時間攪拌した。反応混合物を0℃に冷却した。結晶が38℃で形成した。混合物を0℃で4時間保持し、次いで、窒素下でろ過した。100Lのフラスコを洗浄し、ろ過ケークを10kgのメタノールで洗浄し、0℃に冷却した。固体のろ過ケークを、ろうと上で1時間乾燥させ、トレイに移し、室温において真空オーブン中で、13.695kgのメチル4−フルオロ−3−ニトロベンゾエート(100%収率、HPLC99%)の恒量まで乾燥させた。
2. 3−ニトロ−4−(2−オキソプロピル)安息香酸の調製
A. (Z)−メチル4−(3−ヒドロキシ−1−メトキシ−1−オキソブタ−2−エン−2−yl)−3−ニトロベンゾエート(2)

100Lのフラスコに対し、前のステップからの3.98gのメチル4−フルオロ−3−ニトロベンゾエート(1)、9.8kgのDMF、2.81kgのメチルアセトアセテートを充填した。混合物を攪拌し、0℃まで冷却した。これに対し、約4時間かけて3.66kgのDBUを添加し、一方で温度を5℃以下に維持した。混合物はさらに1時間攪拌した。反応フラスコに対し、37.5kgの純水中の8.15kgのクエン酸溶液を添加し、一方で反応温度を15℃以下に維持した。添加後、反応混合物をさらに30分間攪拌し、次いで窒素下でろ過した。湿ったろ過ケークを14.8kgの純水と共に100Lのフラスコに戻した。スラリーを10分間攪拌し、次いでろ過した。湿ったろ過ケークを100Lのフラスコに再び戻し、14.8kgの純水によって10分間スラリー化し、ろ過して粗製の(Z)−メチル4−(3−ヒドロキシ−1−メトキシ−1−オキソブタ−2−エン−2−イル)−3−ニトロベンゾエートとした。
B. 3−ニトロ−4−(2−オキソプロピル)安息香酸

粗製の(Z)−メチル4−(3−ヒドロキシ−1−メトキシ−1−オキソブタ−2−エン−2−イル)−3−ニトロベンゾエートを窒素下で100Lの反応フラスコに充填した。これに対し、14.2kgの1,4−ジオキサンを添加してスラリー化した。この混合物に対し、16.655kgの濃縮HClと13.33kgの純水(6MのHCl)を2時間かけて添加し、一方で、反応混合物の温度を15℃未満に維持した。添加が完了したとき、反応混合物を24時間還流させながら(80℃)加熱し、室温に冷却し、窒素下でろ過した。固体のろ過ケークを、14.8kgの純水と共に粉末化し、ろ過し、再び14.8kgの純水と共に粉末化し、ろ過した。固体を、39.9kgのDCMと共に100Lのフラスコに戻し、攪拌しながら1時間還流した。1.5kgの純水を添加して、残余の固体を溶解した。底の有機層を余熱した72Lのフラスコに分離し、次いで、清浄で乾燥した100Lのフラスコに戻した。溶液を0℃に冷却し、1時間保持し、次いでろ過した。固体のろ過ケークを、各々9.8kgのDCM及び5kgのヘプタンの溶液で2回洗浄し、次いで、ろうと上で乾燥させた。固体をトレイに移し、1.855kgの3−ニトロ−4−(2−オキソプロピル)安息香酸の恒量まで乾燥させた。化合物1からの全体的な収率は42%である。HPLC 99.45%。
3. N−トリチルピペラジンコハク酸(NTP)の調製

72Lのジャケット付きフラスコに対し、窒素下で1.805kgのトリフェニルメチルクロリド及び8.3kgのトルエン(TPC溶液)が充填された。混合物は、固体が溶解するまで攪拌された。100Lのジャケット付き反応フラスコに対し、窒素下で5.61kgのピペラジン、19.9kgのトルエン、及び3.72kgのメタノールが添加された。混合物を攪拌し、0℃まで冷却した。これに対し、約4時間かけてゆっくりと小分けしてTPC溶液を添加し、一方で反応温度を10℃以下に維持した。混合物を1.5時間10℃で攪拌し、次いで、14℃まで昇温させた。32.6kgの純水を72Lのフラスコに充填し、次いで、100Lのフラスコに移し、一方で、内部バッチの温度を20±5℃に維持した。層を分離させ、底の水層を単離して保存した。有機層を、各々32kgの純水で3回抽出し、水層を単離して、保存した水溶液と混合した。
残余の有機層を18℃に冷却し、有機層に対し、10.87kgの純水中の847gのコハク酸溶液をゆっくりと小分けして添加した。混合物を1.75時間、20±5℃で攪拌した。混合物をろ過し、固体を2kgのTBME及び2kgのアセトンで洗浄し、ろうと上で乾燥させた。ろ過ケークを、各々5.7kgのアセトンで2回粉末化し、ろ過し、粉末化の間に1kgのアセトンで洗浄した。固体をろうと上で乾燥させ、次いでトレイに移し、室温において真空オーブン中で、2.32kgのNTPの恒量まで乾燥させた。収率80%。
4. (4−(2−ヒドロキシプロピル)−3−ニトロフェニル)(4−トリチルピペラジン−1−イル)メタノンの調製
A. 1−(2−ニトロ−4(4−トリチルピペラジン−1−カルボニル)フェニル)プロパン−2−オンの調製

100Lのジャケット付きフラスコに対し、窒素下で2kgの3−ニトロ−4−(2−オキソプロピル)安息香酸(3)、18.3kgのDCM、1.845kgのN−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミドヒドロクロリド(EDC.HCl)を充填した。溶液を均質な混合物を形成するまで溶液を攪拌した。室温で30分間かけて3.048kgのNTPを添加し、8時間攪拌した。反応混合物に対し、5.44kgの純水を添加し、30分間攪拌した。層を分離させ、産物を含む底の有機層を排出して保存した。水層を5.65kgのDCMで2回抽出した。混合した有機層を、4.08kgの純水中の1.08kgの塩化ナトリウム溶液で洗浄した。有機層を1.068kgの硫酸ナトリウム上で乾燥させ、ろ過した。硫酸ナトリウムを1.3kgのDCMで洗浄した。混合した有機層を、252gのシリカゲルでスラリー化し、252gのシリカゲルの吸着床を含むろ過用ろうとを通してろ過した。シリカゲル吸着床は2kgのDCMで洗浄した。混合した有機層を、回転蒸発上で蒸発させた。4.8kgのTHFを残留物に添加し、次いで、2.5倍容量のTHF中の粗製1−(2−ニトロ−4(4−トリチルピペラジン−1−カルボニル)フェニル)プロパン−2−オンに到達するまで回転蒸発上で蒸発させた。
B. (4−(2−ヒドロキシプロピル)−3−ニトロフェニル)(4−トリチルピペラジン−1−イル)メタノン(5)の調製

100Lのジャケット付きフラスコに対し、窒素下で3600gの前のステップからの4及び9800gのTHFを充填した。攪拌溶液を5℃以下に冷却した。溶液を11525gのエタノールで希釈し、194gの水素化ホウ素ナトリウムを5℃以下の温度で2時間かけて添加した。反応混合物をさらなる2時間5℃以下で攪拌した。反応を、約3kgの水中の約1.1kgの塩化アンモニウム溶液の、温度を10℃以下に維持するゆっくりとして添加によって停止させた。反応混合物をさらなる30分間攪拌し、無機物を除去するためにろ過し、100Lのジャケット付きフラスコに差異充填し、23kgのDCMで抽出した。有機層を分離させ、水層を、各々4.7kgのDCMで2回以上抽出した。混合した有機層を3kg水中の約800gの塩化ナトリウム溶液で洗浄し、次いで、2.7kgの硫酸ナトリウム上で乾燥させた。上清をろ過し、ろ過ケークを2kgのDCMで洗浄した。混合したろ液を2.0容量まで濃縮し、約360gの酢酸エチルで希釈し、蒸発させた。粗生成物を、窒素下で、DCMと共に詰めた4kgのシリカのシリカゲルカラムに充填し、7.2kgのDCM中の2.3kgの酢酸エチルで溶離した。混合した画分を蒸発させ、残留物を11.7kgのトルエン中に溶解した。トルエン溶液をろ過し、ろ過ケークを、各々2kgのトルエンで2回洗浄した。ろ過ケークを、2.275kgの化合物5(化合物3から46%収率)の恒量まで乾燥させた。HPLC 96.99%。
5. 2,5−ジオキソピロリドン−1−イル(1−(2−ニトロ−4−(4−トリフェニルメチルピペラジン−1カルボニル)フェニル)プロパン−2−イル)カーボネート(NCP2アンカー)の調製

100Lのジャケット付きフラスコに対し、窒素下で4.3kgの化合物5(重量は、H NMRによって残留トルエンに基づいて調整され、これ以降全ての試薬はこれに従って調整された)及び12.7kgのピリジンを充填した。これに対し、3.160kgのDSC(H NMRによって78.91重量%)が充填され、一方で内部温度は、35℃以下に維持された。反応混合物は、約22時間、周囲環境でねかし、次いでろ過された。ろ過ケークを200gのピリジンで洗浄した。2分の1のろ液容量を含む2つのバッチの各々において、約50kgの水中の約11kgのクエン酸溶液を含む100Lのジャケット付きフラスコに対してろ液洗浄をゆっくりと充填し、30分間攪拌して、固体沈殿させた。固体をろ過用ろうとで回収し、洗浄当たり4.3kgの水で2回洗浄し、真空下でろ過用ろうと上で乾燥させた。
混合した個体を100Lのジャケット付きフラスコに充填し、28kgのDCM中に溶解し、4.3kgの水中900gの炭酸カリウム溶液で洗浄した。1時間後、層を分離させ、水層を除去した。有機層を10kgの水で洗浄し、分離し、3.5kgの硫酸ナトリウム上で乾燥させた。DCMをろ過し、蒸発させ、6.16kgのNCP2アンカーまで真空下で乾燥させた(114%収率)。
実施例2:アンカー積載樹脂合成
Teflonストップコックを備えた75Lの固相合成反応器に対し、約52LのNMP及び2300gのアミノメチルポリスチレン樹脂を充填した。樹脂をNMP中で約2時間攪拌して膨潤させ、次いで排出した。樹脂を、洗浄当たり約4LのDCMで2回洗浄し、次いで、洗浄当たり39Lの中和溶液で2回洗浄し、次いで、洗浄当たり39LのDCMで2回洗浄した。攪拌している樹脂溶液に対してNCP2アンカー溶液をゆっくりと添加し、24時間室温で攪拌し、排出した。樹脂は、洗浄当たり39LのNMPで4回洗浄し、洗浄当たり39LのDCMで6回洗浄した。樹脂を2分の1のDEDCキャッピング溶液で30分間処理及び攪拌し、排出し、2回目の2分の1のDEDCキャッピング溶液で30分間処理及び攪拌し、排出した。樹脂を、洗浄当たり39LのDCMで6回洗浄し、次いで、オーブン中で、3573.71gのアンカー積載樹脂の恒量まで乾燥させた。
実施例3:活性化EG3テールの調製(図2を参照)
1. トリチルピペラジンフェニルカルバメート35の調製

ジクロロメタン中のNTPの冷却した懸濁液(6mL/g NTP)に対し、水中の炭酸カリウム(3.2当量)溶液(4mL/g炭酸カリウム)を添加した。この2層の混合物に対し、ジクロロメタン中のフェニルクロロホルメート(1.03当量)(2g/gフェニルクロロホルメート)がゆっくりと添加された。反応混合物を20℃に加温した。反応が完了した際に(1〜2時間)、層は分離した。有機層を水で洗浄し、無水炭酸カリウム上で乾燥させた。産物35をアセトニトリルから結晶化によって単離した。収率=80%。
2. カルバメートアルコール36の調製

水素化ナトリウム(1.2当量)を1−メチル−2−ピロリジノン中に懸濁した(32mL/g水素化ナトリウム)。この懸濁液に対し、トリエチレングリコール(10.0当量)及び化合物35(1.0当量)を添加した。生じたスラリーを95℃に加熱した。反応が完了した際(1〜2時間)、混合物を20℃に冷却した。この混合物に対し、30%ジクロロメタン/メチルtert−ブチルエーテル(v:v)及び水を添加した。産物含有有機層を、水性NaOH、水性コハク酸、及び飽和水性塩化ナトリウムによって連続的に洗浄した。産物36を、ジクロロメタン/メチルtert−ブチルエーテル/ヘプタンから結晶化することによって単離した。収率=90%。
3. EG3テール酸37の調製

テトラヒドロフラン中の化合物36の溶液(7mL/g36)に対し、無水コハク酸(2.0当量)及びDMAP(0.5当量)を添加した。混合物を50℃に加熱した。反応が完了した際(5時間)、混合物を20℃に冷却し、水性NaHCO3によってpH8.5に調整した。メチルtert−ブチルエーテルを添加し、産物を水層へと抽出した。ジクロロメタンを添加し、混合物を水性クエン酸によってpH3に調整した。産物含有有機層を、pH=3クエン酸バッファーと飽和水性塩化ナトリウムとの混合物によって洗浄した。37のジクロロメタン溶液を単離することなく化合物38の調製に使用した。
4. 活性化EG3テール38の調製

化合物37の溶液に対し、N−ヒドロキシ−5−ノルボネン−2,3−ジカルボン酸イミド(HONB)(1.02当量)、4−ジメチルアミノピリジン(DMAP)(0.34当量)、を添加し、次いで1−(3−ジメチルアミノプロピル)−N’−エチルカルボジイミドヒドロクロリド(EDC)(1.1当量)を添加した。混合物を55℃に加熱した。反応が完了した際(4〜5時間)、混合物を20℃に冷却し、1:1の0.2Mのクエン酸/ブライン、及びブラインによって連続的に洗浄した。ジクロロメタン溶液は、アセトンへの、次いで、N,N−ジメチルホルムアミドへの溶媒交換を経て、産物をアセトン/N,N−ジメチルホルムアミドから飽和水性塩化ナトリウムへの沈殿によって単離した。粗生成物を、水中で複数回再スラリー化して残留するN,N−ジメチルホルムアミド及び塩を除去した。化合物36から活性化EG3テール38の収率=70%
実施例4:50Lのエテプリルセン[オリゴマー化合物(XII)]粗原薬の固相合成
1.材料

出発物質の化学構造:
A.活性化EG3テール
化合物(B)
B.活性化Cサブユニット(調製のために、米国特許第8,067,571号を参照)
化合物(C1)
C.活性化Aサブユニット(調製のために、米国特許第8,067,571号を参照)
化合物(D1)
D.活性化DPGサブユニット(調製のために、WO2009/064471を参照)
化合物(E1)
E.活性化Tサブユニット(調製のために、WO2013/082551を参照)
化合物(F1)
F.アンカー積載樹脂
式(I)
式中、Rが支持体−媒体である。
2.エテプリルセン粗原薬の合成
A.樹脂膨潤
750gのアンカー積載樹脂と10.5LのNMPを、50Lのシラン処理した反応器へと充填し、3時間攪拌した。NMPを排出し、アンカー積載樹脂を、各々5.5LのDCMで2回洗浄し、各々5.5Lの30%TFE/DCMで2回洗浄した。
B.サイクル0:EG3テールカップリング
アンカー積載樹脂を、各々5.5Lの30%TFE/DCMで3回洗浄し、排出し、5.5LのCYTFA溶液で15分間洗浄し、排出し、再び5.5LのCYTFA溶液で15分間洗浄し、排出せずに、122mLの1:1 NEM/DCMを充填し、懸濁液を2分間攪拌し、排出した。樹脂を、5.5Lの中和溶液で5分間2回洗浄し、次いで、各々5.5LのDCMで2回洗浄し、排出した。3LのDMI中の706.2gの活性化EG3テール(MW 765.85)と234mLのNEMの溶液を、樹脂に充填し、3時間室温で攪拌し、排出した。樹脂を、各々5.5Lの中和溶液で各々の洗浄当たり5分間2回洗浄し、次いで、5.5LのDCMで1回洗浄し、排出した。2680mLのNMP中の374.8gの安息香酸無水物と195mLのNEMの溶液を充填し、15分間攪拌し、排出した。樹脂を5.5Lの中和溶液で5分間攪拌し、次いで、5.5LのDCMで1回洗浄し、各々5.5Lの30%TFE/DCMで2回洗浄した。樹脂を5.5Lの30%のTFE/DCMで懸濁し、14時間保持した。
C.サブユニットカップリングサイクル1〜30
i.カップリング前処理
表4に記載されるように、各々のカップリングサイクルの前に、樹脂を:1)30%TFE/DCMによって洗浄した;2)a)CYTFA溶液によって15分間処理し、排出した、b)CYTFA溶液によって15分間処理し、それに対し1:1 NEM/DCMを添加し、攪拌し、排出した;3)中和溶液によって3回攪拌した;4)DCMによって2回洗浄した。表4を参照。
ii.カップリング後処理
表4に記載されるように、各々のサブユニット溶液を排出した後、樹脂を:1)DCMによって洗浄した;2)30%のTFE/DCMによって2回洗浄した。樹脂を次のカップリングサイクルの前に一定期間保持した場合、第2のTFE/DCM洗浄液は排出せず、樹脂は当該TFE/DCM洗浄溶液中に保持された。表4を参照
iii.活性化サブユニットカップリングサイクル
カップリングサイクルは表4に記載されるように実施した。
iv.最終的なIPA洗浄
表4に記載されるように最終的なカップリングステップが実施された後、樹脂を各々19.5LのIPAで8回洗浄し、5,579.8gの乾燥重量まで室温において真空下で約63.5時間乾燥させた。
D. 切断
上述の樹脂結合エテプリルセン粗原薬は、2つのロットに分割され、各々のロットが以下のように処理された。A 2,789.9gの樹脂のロットは、1)10LのNMPと共に2時間攪拌され、次いで、NMPが排出された;2)各々10Lの30%のTFE/DCMによって3回洗浄された;3)10LのCYTFA溶液によって15分間処理された;4)10LのCYTFA溶液によって15分間処理され、次いでこれに対し、130mlの1:1NEM/DCMを添加し、2分間攪拌し、排出した。樹脂を、各々10Lの中和溶液で3回処理し、10LのDCMで6回洗浄し、各々10LのNMPで8回洗浄した。樹脂を、6.96LのNMP中の1530.4gのDTT及び2980 DBUの切断溶液によって2時間処理し、樹脂からエテプリセン(Eteplisen)粗原薬を脱離した。切断溶液を排出し、別個の容器に保持した。反応器及び樹脂を、4.97LのNMPで洗浄し、切断溶液と混合した。




E.脱保護
混合した切断溶液とNMP洗浄液を、圧力容器へと移し、そこへ、冷凍庫で−10℃〜−25℃の温度に冷却していた39.8LのNHOH(NH・HO)を添加した。圧力容器を密封し、45℃で16時間加熱し、次いで25℃に冷却させた。エテプリルセン粗原薬を含む脱保護化溶液を純水で3:1希釈し、pHを2Mリン酸で3.0に調整し、次いでNHOHでpH8.03に調整した。HPLC(C18)73−74%(図1)。
実施例5:エテプリルセン粗原薬の精製
エテプリルセン粗原薬を含む実施例2のパートDからの脱保護化溶液を、ToyoPearl Super−Q 650Sアニオン交換樹脂(Tosoh Bioscience)のカラム上に充填し、17カラム体積にわたって、0〜35%のBの勾配(バッファーA:10mMの水酸化ナトリウム、バッファーB:10mM水酸化ナトリウム中の1Mの塩化ナトリウム)で溶離し、許容可能な純度(C18及びSCX HPLC)の画分を精製粗原薬溶液にプールした。HPLC(図2):97.74%(C18)94.58%(SCX)。
精製した原薬溶液を脱塩し、凍結乾燥して1959g精製エテプリルセン原薬とした。収率61.4%;HPLC(図3):97.7%(C18)94.6%(SCX)。
実施例6: 本開示のプロセスによって調製されるさらなるオリゴマー
以下の配列の以下のオリゴマーは、以下のものに関して実施例4及び5の方法に従って調製された。

式中、Rが各々の存在について独立して、
(C)、
(G)、
(T)、
(A)、
(5mC)、
(U)、及び
(I)
からなる群から選択される。

上述の表8において、「+」は、Xが

であり、そうでない場合はXが−N(CHであることを示す。
参照による組み込み
本願全体にわたって引用される、全ての参考文献(文献の参照、発行された特許、公開特許出願、及び同時係属特許出願を含む)は、それらの全ての内容が明示的に本明細書に組み込まれる。他が定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術的用語及び科学的用語は、当業者に一般的に知られる意味と一致する。
均等物
当業者は、日常的な実験にすぎないものを用いて、本明細書において記載される本開示の具体的な実施形態の多くの均等物を認識するか、またはそれを確かめることができるであろう。そのような均等物は、以下の特許請求の範囲によって包含されることが意図されている。

Claims (37)

  1. 式(A):
    (A)
    のオリゴマー化合物を調製するプロセスであって、
    式中、nが10〜40の整数であり、各々のRが、各々の存在について独立して、
    (C)、
    (G)、
    (T)、
    (A)、
    (5mC)、
    (U)、及び
    (I)からなる群から選択され、
    ここで前記プロセスは、以下の連続的ステップ:
    (a)式(A1):
    (A1)
    の化合物であって、
    式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、前記化合物を、
    脱保護化剤と接触させて式(II):
    (II)
    の化合物であって、
    式中、Rが支持体−媒体である、前記化合物を形成するステップ;
    (b)式(II)の前記化合物を、式(A2):
    (A2)
    の化合物であって、
    式中、Rがトリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される化合物と接触させて、
    式(A3):
    (A3)
    の化合物であって、
    式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、前記化合物を形成するステップ;
    (c)式(A3)の前記化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(IV):
    (IV)
    の化合物であって
    式中、Rが支持体−媒体である、前記化合物を形成するステップ;
    (d)式(IV)の前記化合物を、式(A4):
    (A4)
    の化合物であって、
    式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物と接触させて、
    式(A5):
    (A5)
    の化合物であって、
    式中、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物を形成するステップ;
    (e)以下の連続的ステップのn−1回の反復を実施するステップ、
    (e1)直前のステップによって形成された産物を脱保護化基と接触させるステップ;
    (e2)直前のステップによって形成された前記化合物を、式(A8):
    (A8)
    の化合物であって、
    式中、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、式(A8)の各々の化合物について独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物と接触させて、
    式(A9):
    (A9)
    の化合物であって、
    式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物を形成するステップ;
    (f)式(A9)の前記化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(A10):
    (A10)
    の化合物であって、
    式中、nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、Rが各々の存在について独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物を形成するステップ;
    (g)式(A10)の前記化合物を、切断剤と接触させて、式(A11):
    (A11)
    の化合物であって、
    式中、nが10〜40の整数であり、Rが、各々の存在について独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物を形成するステップ;
    (h)式(A11)の前記化合物を、脱保護化剤と接触させて、式(A)の前記オリゴマー化合物を形成するステップ、
    を含む、前記プロセス。
  2. ステップ(d)またはステップ(e2)が、式(IV)の前記化合物または直前のステップによって形成された前記化合物をそれぞれキャッピング剤と接触させることをさらに含む、請求項1に記載のプロセス。
  3. 各々のステップにおいて使用される前記脱保護化剤がハロゲン化酸を含む溶液である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のプロセス。
  4. 各々のステップにおいて使用される前記脱保護化剤がシアノ酢酸である、請求項1〜3のいずれか1項に記載のプロセス。
  5. 前記ハロゲン化酸が、クロロ酢酸、ジクロロ酢酸、トリクロロ酢酸、フルオロ酢酸、ジフルオロ酢酸、及びトリフルオロ酢酸からなる群から選択される、請求項3に記載のプロセス。
  6. 前記ハロゲン化酸が、トリフルオロ酢酸である、請求項5に記載のプロセス。
  7. ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の少なくとも1つが、各々のステップの前記脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のプロセス。
  8. ステップ(a)、(c)、(e1)、及び(f)の各々が、各々のステップの前記脱保護化した化合物を中和剤と接触させるステップをさらに含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載のプロセス。
  9. 前記中和剤が、ジクロロメタンとイソプロピルアルコールとを含む溶液中にある、請求項7または8に記載のプロセス。
  10. 前記中和剤が、モノアルキル、ジアルキル、またはトリアルキルアミンである、請求項7〜9のいずれか1項に記載のプロセス。
  11. 前記中和剤が、N,N−ジイソプロピルエチルアミンである、請求項10に記載のプロセス。
  12. 各々のステップにおいて使用される前記脱保護化剤が、4−シアノピリジン、ジクロロメタン、トリフルオロ酢酸、トリフルオロエタノール、及び水を含む溶液である、請求項1〜11のいずれか1項に記載のプロセス。
  13. 前記キャッピング剤が、エチルモルホリンとメチルピロリジノンとを含む溶液中にある、請求項1〜12のいずれか1項に記載のプロセス。
  14. 前記キャッピング剤が、酸無水物である、請求項13に記載のプロセス。
  15. 前記酸無水物が、安息香酸無水物である、請求項14に記載のプロセス。
  16. 式(A4)及び式(A8)の前記化合物が、各々独立して、エチルモルホリンとジメチルイミダゾリジノンとを含む溶液中にある、請求項1〜15のいずれか1項に記載のプロセス。
  17. 前記切断剤が、ジチオスレイトールと1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ−7−エンとを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載のプロセス。
  18. 前記切断剤が、N−メチル−2−ピロリドンを含む溶液中にある、請求項17に記載のプロセス。
  19. 前記脱保護化剤が、NHを含む、請求項1〜18のいずれか1項に記載のプロセス。
  20. 前記脱保護化剤が、水溶液中にある、請求項19に記載のプロセス。
  21. 前記支持体−媒体が、1%架橋ジビニルベンゼンを有するポリスチレンを含む、請求項1〜20のいずれか1項に記載のプロセス。
  22. 式(A4)の前記化合物が、式(A4a):
    (A4a)
    であって、式中、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    から選択される、請求項1〜21のいずれか1項に記載のプロセス。
  23. 式(A5)の前記化合物が、式(A5a):
    (A5a)
    であって、式中、
    nが10〜40の整数であり;
    が支持体−媒体であり、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    から選択される、請求項1〜22のいずれか1項に記載のプロセス。
  24. 式(A8)の前記化合物が、式(A8a):
    (A8a)
    であって、式中、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が、式(A8a)の前記化合物の各々の存在において独立して:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、請求項1〜23のいずれか1項に記載のプロセス。
  25. 式(A9)の前記化合物が、式(A9a):
    (A9a)
    であって、式中、
    nが10〜40の整数であり;
    が支持体−媒体であり、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が各々の存在について独立して:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、請求項1〜24のいずれか1項に記載のプロセス。
  26. 式(A10)の前記化合物が、式(A10a):
    (A10a)
    であって、式中、
    nが10〜40の整数であり;
    が支持体−媒体であり、
    が各々の存在について独立して:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、請求項1〜25のいずれか1項に記載のプロセス。
  27. 式(A11)の前記化合物が、式(A11a):
    (A11a)
    であって、式中、
    nは、10〜40の整数であり;
    が各々の存在について独立して:
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、請求項1〜26のいずれか1項に記載のプロセス。
  28. 式(B1):
    (B1)
    の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩であって、
    式中、
    11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
    12がC1−6−アルキルであり;
    13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
    14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、前記化合物またはその薬学的に許容可能な塩。
  29. 式(B1)の前記化合物が式(I):
    (I)
    であって、
    式中、Rが支持体−媒体である、請求項28に記載の化合物。
  30. 式(II−B):
    (II−B)
    の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩であって、
    式中、
    11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
    12がC1−6−アルキルであり;
    13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
    14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーである、前記化合物またはその薬学的に許容可能な塩。
  31. 式(II−B)の前記化合物が式(II):
    (II)
    であって、
    式中、Rが支持体−媒体である、請求項30に記載の化合物。
  32. 式(B3):
    (B3)
    の化合物、またはその薬学的に許容可能な塩であって、
    式中、
    wが、OまたはCから選択され;
    tが、1、2、3、4、または5であり;
    11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
    12がC1−6−アルキルであり;
    13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
    14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
    が:
    、及び

    から選択され、
    が、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択され;
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択される、前記化合物またはその薬学的に許容可能な塩。
  33. 式(B3)の前記化合物が式(III):
    (III)
    であって、
    式中、Rが支持体−媒体である、請求項32に記載の化合物。
  34. ;及び

    から選択される化合物であって、
    式中、
    nが10〜40の整数であり;
    が支持体−媒体であり、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が各々の存在において独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物。

  35. ;及び

    から選択される化合物であって、
    式中、
    11が、ハロ、CN、及びNOからなる群から選択され;
    12がC1−6−アルキルであり;
    13が、HまたはC1−6−アルキルであり;
    14が、支持体−媒体へと結合する第1のリンカーであり;
    が、−O(C〜Cアルキル)、ハロ、−O(C〜Cアルキル)−O(C〜Cアルキル)、及び−O(C〜Cアルキル)−C(O)−NH−C〜Cアルキルから選択され;
    が、HまたはR及びRであり、任意選択で酸素を含む4〜7個の環原子を有するシクロアルキル環または複素環を共に形成し;
    、R、及びRが各々水素であるか、または、R及びRが、4〜7個の環原子を有するシクロアルキル環を共に形成し、かつR及びRが、3〜4個の環原子を有するシクロアルキル環を共に形成し;
    が、−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、
    が各々の存在において独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択され、
    が各々の存在において独立して、H、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され;
    nが10〜40であり;
    XがOまたはSである、前記化合物。




  36. ;及び

    から選択される化合物であって、
    式中、
    nが10〜40の整数であり;
    が支持体−媒体であり、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、
    が各々の存在において独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物。




  37. ;及び

    から選択される化合物であって、
    nが10〜40の整数であり、Rが支持体−媒体であり、XがOまたはSであり、Rが−OCHCHCNまたは−CHC(=O)OC(CHCHCNであり、各々のAが各々の存在において独立して、








    ;及び

    からなる群から選択され、
    が、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、及びトリメトキシトリチルからなる群から選択され、Rが、各々の存在について独立して、
    (PC)、
    (DPG)、
    (T)、
    (PA)、
    (P5mC)、
    (U)、
    (I)、及び
    (PG)
    からなる群から選択される、前記化合物。
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