KR102384514B1 - 넙치의 고수온 내성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 - Google Patents
넙치의 고수온 내성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 Download PDFInfo
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Abstract
본 발명은 넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 예측용 SNP 마커 조성물 및 이를 이용한 넙치의 고수온 내성 예측 방법에 관한 것이다. 본 발명의 SNP 마커 조성물은 고수온에 내성을 가진 넙치의 유전체선발(genomic selection)에 활용할 수 있으며, 고수온 내성 품종 개발 및 지속적인 생산을 유도할 수 있다.
Description
본 발명은 넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물 및 이를 이용한 넙치의 고수온 내성 예측 방법에 관한 것이다.
우리나라 양식 넙치는 제주특별자치도와 전라남도에서 대부분 생산하고 있으며 매년 4만톤 이상의 양식 넙치가 생산 및 유통되고 있다. 지하 해수를 사용하는 양식장 외에 자연 해수를 사용하는 육상 양식장 또는 가두리 양식장에서는 해수 온도가 양식 생산의 중요한 변수로 작용하고 있으며 기후변화에 따른 여름철 고수온기가 오래 유지될 수록 양식 넙치에 질병 유발 및 면역력 약화 등 다양한 문제를 야기할 수 있다고 알려져 있다. 이에 고수온기를 견딜 수 있는 새로운 품종이 필요하며 해당 품종을 개발하기 위해서는 고수온 내성 넙치를 선별할 수 있는 방법을 기반으로 하는 유전체선발육종이 필요하다.
본 발명의 목적은 넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 예측용 SNP 마커 조성물, 이를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 넙치의 고수온 내성 예측용 키트 및 넙치의 고수온 내성 예측 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 예측용 SNP(Single nucleotide polymorphism) 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 또는 상기 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, 고수온 내성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
또한, 본 발명은 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물로서, 상기 SNP 마커는 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물을 제공한다.
상기 제제는 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물을 포함하는 넙치의 고수온 내성 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 넙치로부터 분리된 시료의 DNA로부터 넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 예측용 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계에서 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하며, 상기 (a)단계의 SNP 마커는, 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측 방법을 제공한다.
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 또는 상기 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, 고수온 내성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 SNP 마커 조성물은 고수온 내성(Thermal tolerance)을 가진 넙치의 유전체선발(genomic selection)에 활용할 수 있으며, 고수온 내성 품종 개발 및 지속적인 생산을 유도할 수 있다.
도 1은 고수온 내성 실험의 수온변화에 따른 누적폐사율을 그래프로 나타낸 것이다.
도 2는 고수온 내성에 대한 유형별(생존 여부, 생존 일수, 생존 시간) GWAS 분석을 나타낸 것이다.
도 3a~도 3p는 고수온 내성 예측에 대한 30개 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 나타내는 것이다.
도 2는 고수온 내성에 대한 유형별(생존 여부, 생존 일수, 생존 시간) GWAS 분석을 나타낸 것이다.
도 3a~도 3p는 고수온 내성 예측에 대한 30개 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 나타내는 것이다.
본 발명자들은 “넙치의 바이러스성 출혈성 패혈증 바이러스 저항성 예측용 SNP 마커”에 대하여 특허를 출원한 바 있으며(한국등록특허 제10-2281658호), 상기 등록특허에 기재된 내용들은 모두 본 발명에서 참고가 될 수 있다.
본 발명은 고수온 노출 실험에서 선발된 개체들을 대상으로 넙치용 70K SNP 칩을 활용한 유전형질 분석 및 전장유전체 연관성 분석(genome-wide association study, GWAS)을 통해 고수온 내성을 예측할 수 있는 단일염기다형성(SNP)을 확인하였다.
본 발명은 일 관점에서, 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커 조성물에 관한 것이다.
구체적으로, 본 발명은 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 용어, "고수온 내성"은 수온 상승에 견디는 성질을 의미하며, 구체적으로 29.0℃에서 최대 33.7℃ 고수온이 지속될 경우 수온 쇼크, 면역력 약화, 생리기능 저하 등으로 인한 성장 둔화 또는 질병 발생에 내성을 가지는 것을 의미한다.
본 발명의 용어 "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립유전자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다. SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 넙치의 고수온 내성과 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.
본 발명의 용어 "개체"란, 고수온 내성을 확인하고자 하는 대상인 넙치(광어)를 의미하며, 상기 넙치(광어)로부터 얻어진 검체를 이용하여, 상기 SNP 마커의 유전자형을 분석함으로써 상기 고수온 내성이 있는 넙치(광어)를 판별할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 의하면, 고수온 내성 예측 SNP를 선발하기 위해, 넙치 어미세대의 전장유전체 시퀀싱 (whole genome re-sequencing)으로 어미유전체의 SNP를 탐색한 후 제작된 70K SNP 칩을 활용하여. 고수온 노출 실험에서 선발된 개체에 대하여 고수온 내성과 연관된 SNP로 범위를 좁혀 탐색을 진행하였다. 그 결과, 18 및 19번 염색체에서 고수온 내성과 관련성이 높은 유효한 SNP를 발견하였다. 상기 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 분석하여 30개의 SNP 정보를 확정하였고, 본 발명의 SNP 마커의 신뢰성 및 정확성을 확인하여 넙치의 고수온 내성을 예측할 수 있음을 확인하였다.
따라서, 본 발명의 서열번호1의 염기서열을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호30의 염기서열을 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는 넙치는 고수온 내성 형질을 나타낼 수 있음을 시사하며, 이러한 염기서열은 본 발명자들에 의하여 최초로 규명되었다.
바람직하게는 상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호21의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호22의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호23의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호24의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호25의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호26의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호27의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호28의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호29의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 또는 상기 서열번호30의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, 고수온 내성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
본 발명은 다른 관점에서, 상기 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 용어 "SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 상기와 같은 유전자의 다형성 부위를 검출 또는 증폭을 통해 확인하여 고수온 내성 넙치를 예측할 수 있는 조성물을 의미하며, 바람직하게는 상기 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 세트 또는 프로브를 의미한다.
상기 SNP 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고폴리뉴클레오티드가 될 수 있는데, 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 폴리뉴클레오티드다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 상기 프라이머 서열은 상기 SNP 마커와 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 SNP 마커와 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미하며, 주로 특정 구간을 증폭하는 프라이머 세트의 형태로 사용된다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명의 용어, "프로브"는 다양한 길이의 DNA 또는 RNA 염기서열로 방사성 표지 또는 형광 표지 등을 통해 표지되어 있으며, 단일가닥의 염기서열로 구성되어 상보적인 서열을 가진 단일가닥 DNA 또는 RNA에 특이적으로 결합하여 혼성화하는 것이 특징이며, 혼성화한 프로브의 표지 신호를 탐지하는 방식을 통해 타겟을 검출할 수 있다.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물을 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 DNA 칩 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.상기 DNA 칩 키트는 넙치의 고수온 내성 예측용 마커인 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드의 서열 또는 이의 상보적인 염기서열을 포함하는 올리고폴리뉴클레오티드가 부착된 칩을 이용하여 특이적으로 타겟 DNA와 혼성화하여 결합하는 것을 특징으로 하며, SNP의 염기 변이에 따라 혼성화 수준의 변화가 나타나는 것을 이용하여 고수온 내성 넙치를 예측할 수 있다. 구체적으로, 본 발명에서 제공하는 넙치의 고수온 내성 예측용 DNA 칩 키트는 서열번호1의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호30의 염기서열을 포함하는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드와 상보적인 올리고폴리뉴클레오티드를 표지자와 함께 칩에 부착하고 타겟 DNA를 칩에 반응시켜 혼성화 수준을 통해 유전자형을 판단하는 키트인 것인, 넙치의 고수온 내성 예측용 키트일 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, (a) 넙치 시료의 DNA로부터 제1항의 고수온 내성 예측용 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측 방법을 제공한다.
상기 (a) 단계의 DNA 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가아제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification) 및 자가유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
상기 (a) 단계는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 염기를 증폭 또는 검출하는 것일 수 있다.
상기 방법 중 (b) 단계의 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 방법은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석, HRM 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 상기 SNP 마커에서 하나 이상의 대립유전자를 확인할 수 있다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
실시예 1 : 넙치용 고밀도 SNP 70K 칩
1-1. 분석용 어미 선발 및 고밀도 SNP 확보
준비된 넙치집단 1,291마리로부터 11개의 초위성체 마커(microsatellite,MS) 좌위(loci)의 대립유전자형(allele)과 연관관계 분석 결과를 기반으로 선발한 개체를 genomic DNA에 대한 QC 결과와 집단, 교배여부, 성별 등을 고려하여 whole genome re-sequencing 분석용으로 넙치 집단에서 100마리를 최종적으로 선별하였다.
선별된 넙치 100마리의 유전자 분석은 llumina NovaSeq으로 진행하였고 중국에서 발표한 넙치 전장유전체 서열을 참조서열(reference sequence)로 하여 분석하였다. 도 1에서 나타나는 바와 같이, trimming, read mapping, sorting 등의 단계를 거쳐 각 샘플별로 약 36.69 Gb의 시퀀싱 데이터를 구축하고 개체 별 대용량 변이 정보 중 약 80%의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 확인하였다. 변이 정보에 의한 hyper-variable 서열은 4가지 필터링 방법을 거쳐 고품질(high-quality) SNP를 선별하고 SNP 칩을 제작하기 위한 후보 SNP를 다시 선별하였다.
1-2. 최종 SNP 선별 및 SNP 칩 제작
고밀도(high-density) SNP 칩을 제작하기 위하여 AxiomTM my DesignTM SNP 칩 (50~90K) 플랫폼을 선정하였다. 도 2에 나타나는 바와 같이, 확보된 고품질 SNP는 중요도에 따라 tier를 구분하여 1) 100마리에 대한 genotype rate, 2) LD block, 3) repeat, 4) MAF 범위에 따른 등급화를 거쳐 SNP 154,964개를 얻었다. 선별된 155K SNP를 기반으로 100마리의 넙치에 대한 집단구조를 분석하였을 때, 앞서 사용한 11개의 MS 마커로 분석한 결과와 유사한 패턴을 보였으며, 이는 수집된 광어 집단이 수집지역(집단)에 따른 특이성이 강한 것으로 추측되며 집단 내 유전적 고정이 높을 것으로 판단된다. 155K SNP에서 호모폴리머 영역 및 대립유전자형인 A/T 또는 C/G인 SNP를 제거한 후 추천(recommendation)으로 분류된 88,065개 중 상기 SNP 칩 (50~90K) 플랫폼을 고려하여 최종적으로 71,364개의 SNP가 선별되었다. 선별된 SNP는 24개 염색체에 골고루 분포하였고 SNP간의 거리도 70%가 5,000 bp 안쪽이며, 대부분 10,000 bp 이하로 확인되었다. 1개의 chip에 SNP 71,364개가 심어지도록 제작하여 총 384 well/plate 형태의 넙치용 70K SNP 칩을 제작하였다.
실시예 2 : 넙치의 고수온 노출 실험
2-1. 실험어 준비
실험어로 사용한 넙치는 제주특별자치도 해양수산연구원에서 수집된 넙치 어미 집단으로부터 제주대학교 교배지침에 따라 생산한 넙치 집단을 이용하였다. 구체적으로 성성숙 어미후보 354마리(암컷 126마리, 수컷 288마리)로부터 자연산란 및 자연수정을 통해 nF0세대를 대량으로 생산하여 20~30 cm 크기로 사육하고 이 중에서 800마리를 무작위 선별하여, 직경 2.5 m짜리 수조 2개에 수조당 400 마리씩 입식하고 수온 19.4℃에서 3일간 순치시켰다. 이때 수조는 보일러로 수온을 조절할 수 있는 순환여과조 시스템을 사용하였다. 순치 기간 동안 이상 증상을 보이는 개체는 제거하여 고수온 노출 실험에 사용된 개체는 총 769마리이다. 수온 30℃까지는 하루 2회 사료를 급이하였으며 첫 폐사 후에는 급이를 중지하였다.
수온은 순치 온도부터 30℃까지 하루에 1℃ 가량 상승될 수 있도록 조절하였으며 넙치의 임계온도로 알려진 32.5℃까지는 하루에 0.5℃ 가량 상승될 수 있도록 조절하였다. 일정한 시간마다 수온과 용존 산소를 측정하여 산소포화도가 90% 이상 유지되도록 하였다. 첫 폐사가 일어나는 시점부터 일정 시간 마다 폐사 개체를 수거하여 크기와 무게, 외형적 증상을 확인하였고 꼬리 지느러미를 채취하여 냉동보관 하였다.
2-2. 고수온 내성 비교를 위한 마이크로어레이
실험어의 꼬리지느러미 50 mg으로부터 genomic DNA (gDNA)를 QIAamp 96 DNA QIAcube HT Kit(Qiagen, 독일)를 이용하여 추출하였다. 실시예1의 넙치용으로 설계 및 제작한 70K SNP칩을 이용하여 gDNA QC(quality control)를 통과한 763개의 샘플을 대상으로 마이크로어레이(microarray)를 수행하였다.
마이크로어레이 원데이터(raw data)는 Axiom Analysis Suite 5.1.1 소프트웨어(Thermo Fisher)로 sample QC를 통과한 726개의 SNP QC를 분석하여 고해상도폴리 등급의 59,128개 SNP data를 추출하였다.
실시예 3 : 통계분석
3-1. 표현형 데이터 분석
표 1에서 보는 바와 같이, 실험어 769마리의 평균 전장(Total length)은 평균 25.42±1.63 cm, 체폭(Width)은 평균 8.84±0.65 cm, 체중(Body weight)은 평균 159.1±29.9 g으로 집계되었다
| 구분 | 최소값 | 제1사분위수 | 중간값 | 평균 | 제3사분위수 | 최고값 |
| 전장 (cm) | 20.0 | 24.4 | 25.5 | 25.42±1.63 | 26.5 | 29.8 |
| 체폭 (cm) | 7.0 | 8.4 | 8.9 | 8.84±0.65 | 9.2 | 10.5 |
| 체중 (g) | 78 | 140 | 158 | 159.1±29.9 | 178 | 244 |
도 1을 참고하면, 수온 상승을 시작하여 첫 폐사가 일어난 수온은 30.7℃이며 첫 폐사부터 4일간 수온은 30.7℃에서 최대 32.7℃로 상승 및 유지되었다. 첫 폐사 이후 4일째 새벽부터 수온을 하강하였고 이 후로 살아남는 개체는 생존어로 분류하였다. 총 폐사개체수는 538마리로 누적폐사율 69.96%로 집계되었고 생존어는 231마리로 확인되었다(표 2).
| 첫폐사후일수 | 수온 변화 범위 | 폐사개체수 | 누적 폐사개체수 |
생존개체수 | 누적폐사율 |
| 순치(3일) ~수온상승기간(12일) | 19.4℃ ~ 30.7℃ | 0 | 0 | 769 | 0% |
| D+1 | 30.7℃ ~ 30.9℃ | 158 | 158 | 611 | 20.55% |
| D+2 | 30.8℃ ~ 32.2℃ | 251 | 409 | 360 | 53.19% |
| D+3 | 32.2℃ ~ 32.6℃ | 88 | 497 | 272 | 64.63% |
| D+4 | 32.6℃ ~ 31.2℃ | 34 | 531 | 238 | 69.05% |
| D+5 | 19.7℃ | 4 | 535 | 234 | 69.57% |
| D+9 | 19.9℃ | 2 | 537 | 232 | 69.83% |
| D+10 | 19.9℃ | 1 | 538 | 231 | 69.96% |
| D+13 | 19.9℃ | 0 | 538 | 231 | 69.96% |
| 합계 | 538 | 231 | 69.96% | ||
고수온 노출에 따른 생존 분석은 1) 생존 여부(survival), 2) 첫 폐사를 기준으로 며칠이 경과되었는지의 생존 일수(DPC_Day), 3) 첫 폐사를 기준으로 몇시간이 경과되었는지의 생존 시간(DPC_Time)으로 나누어 점수를 부여하여 분석에 적용하였다.
3-2. 전장유전체연관분석(GWAS)
각 실험 개체의 유전자형 데이터는 PLINK 1.9 소프트웨어를 통해 Quality control(QC)를 진행하였고, 다음 분석을 위해 SNP 값을 2진(binary) 형태의 bfile 형식으로 전환하였다. 이 후 R 패키지의 가스톤(Gaston)을 사용하여 선형혼합모형(Linear Mixed Model, LMM)을 기반으로 SNP 군집을 추정하였고, 2진 및 양적(quantitative) 형질에 대한 분석을 진행하였다.
표현형질 분산(phenotypic variation)의 비율(proportion)은 다음과 같은 식을 적용하여 추정하였다.
생존 여부에 따른 전장유전체연관분석(genome-wide association study, GWAS)에 있어서 생존 개체는 1로, 폐사 개체는 0으로 값을 부여하였고, 유의 수준은 본페로니 보정 방법을 이용하여 0.05 / 58,920 = 8.47 x 10-7 으로 진행하였다. 표 3 및 도 2를 참고하면, 생존 여부에 따른 유전력(heritability, h 2 )은 0.620으로 추정되었고 이와 관련된 특이적 SNP이 18 및 19번 염색체에서 확인되었다.
| 생존 여부에 따른 GWAS 분석에서 확인된 주요 SNP 정보 | |||||||||||
| Chr | Pos | Id | A1 | A2 | freqA2 | tau | beta | sd | p | PVE | Y (%) |
| 19 | 4344315 | AX-419312236 | G | A | 0.486 | 1.141 | -4.370 | 0.338 | 3.49E-38 | 0.187 | 0.250 |
| 19 | 4687313 | AX-419197087 | A | G | 0.463 | 1.763 | 3.535 | 0.283 | 8.37E-36 | 0.177 | 0.237 |
| 19 | 4330372 | AX-419312234 | T | C | 0.490 | 0.221 | 4.657 | 0.374 | 1.52E-35 | 0.176 | 0.235 |
| 18 | 12631578 | AX-419305596 | A | G | 0.490 | 2.008 | 3.632 | 0.292 | 1.69E-35 | 0.176 | 0.235 |
| 19 | 4461159 | AX-419194887 | T | G | 0.459 | 1.514 | -3.489 | 0.289 | 1.22E-33 | 0.168 | 0.224 |
| 19 | 4248358 | AX-419194856 | C | A | 0.480 | 1.577 | 3.610 | 0.301 | 3.18E-33 | 0.166 | 0.222 |
| 19 | 2752190 | AX-419194727 | T | G | 0.396 | 1.583 | 2.061 | 0.177 | 1.76E-31 | 0.158 | 0.212 |
| 18 | 12546778 | AX-419238898 | A | G | 0.456 | 2.030 | 3.209 | 0.278 | 8.13E-31 | 0.155 | 0.208 |
| 19 | 2793684 | AX-419311974 | T | C | 0.322 | 2.111 | -3.096 | 0.283 | 7.29E-28 | 0.142 | 0.190 |
| 19 | 4409708 | AX-419310944 | G | A | 0.461 | 2.260 | -2.960 | 0.271 | 9.63E-28 | 0.141 | 0.189 |
| 19 | 4352356 | AX-419312238 | T | C | 0.312 | 2.167 | 3.069 | 0.286 | 8.01E-27 | 0.137 | 0.183 |
| 19 | 5119603 | AX-419197131 | T | C | 0.496 | 1.874 | 2.405 | 0.226 | 2.20E-26 | 0.135 | 0.180 |
| 19 | 4995816 | AX-419311016 | A | G | 0.455 | 2.132 | 2.372 | 0.231 | 9.07E-25 | 0.127 | 0.170 |
| 19 | 4476416 | AX-419310954 | C | T | 0.453 | 1.850 | 2.272 | 0.226 | 8.43E-24 | 0.122 | 0.164 |
| 19 | 4230401 | AX-419194853 | A | G | 0.267 | 3.853 | -3.079 | 0.310 | 3.48E-23 | 0.119 | 0.160 |
| 18 | 12823224 | AX-419236852 | A | C | 0.334 | 2.453 | 2.809 | 0.284 | 5.04E-23 | 0.119 | 0.159 |
| 19 | 4261384 | AX-419194860 | A | C | 0.288 | 2.189 | 2.716 | 0.276 | 8.22E-23 | 0.118 | 0.157 |
| 19 | 4133362 | AX-419312202 | T | C | 0.336 | 3.489 | -3.063 | 0.314 | 1.54E-22 | 0.116 | 0.156 |
| 19 | 4731294 | AX-419312293 | A | C | 0.477 | 2.444 | 2.303 | 0.237 | 2.46E-22 | 0.115 | 0.154 |
| 19 | 4593031 | AX-419197072 | G | A | 0.275 | 3.916 | -3.246 | 0.334 | 2.82E-22 | 0.115 | 0.154 |
| 18 | 11576382 | AX-419304244 | G | T | 0.447 | 1.931 | -2.241 | 0.233 | 7.02E-22 | 0.113 | 0.151 |
| 19 | 2822705 | AX-419310690 | T | C | 0.273 | 3.512 | 2.823 | 0.295 | 9.97E-22 | 0.112 | 0.150 |
| 19 | 2694443 | AX-419194721 | C | A | 0.311 | 3.263 | -2.734 | 0.288 | 2.47E-21 | 0.110 | 0.148 |
| 19 | 4997383 | AX-419194938 | A | C | 0.417 | 2.990 | 2.889 | 0.307 | 5.58E-21 | 0.109 | 0.145 |
| 19 | 4344279 | AX-419194866 | T | C | 0.357 | 2.634 | -2.457 | 0.264 | 1.34E-20 | 0.107 | 0.143 |
| 19 | 4482272 | AX-419310955 | T | C | 0.246 | 3.635 | 2.830 | 0.305 | 1.47E-20 | 0.106 | 0.142 |
| 19 | 6801107 | AX-419311218 | T | C | 0.371 | 1.444 | 2.051 | 0.221 | 1.53E-20 | 0.106 | 0.142 |
| 18 | 12890380 | AX-419238893 | C | T | 0.260 | 3.583 | 2.650 | 0.286 | 2.21E-20 | 0.106 | 0.141 |
| 18 | 12890956 | AX-419305592 | A | G | 0.349 | 3.693 | -2.398 | 0.261 | 4.09E-20 | 0.104 | 0.139 |
| 19 | 4781952 | AX-419194922 | T | G | 0.301 | 2.148 | 2.272 | 0.249 | 8.60E-20 | 0.103 | 0.137 |
| *Chr = 염색체, Pos = 염색체상의 SNP 위치, ID = SNP ID, A1 = 주요 대립유전자, A2 = 부 대립유전자, freqA2 = 부 대립유전자 빈도, beta = the SNP effect, sd = 표준에러, p = p-value, Y = SNP에 의한 표현형 값의 비율 |
|||||||||||
생존 일수(DPC_Day)에 따른 GWAS 분석은 각 개체 별로 생존 일수 만큼 1 ~ 8의 값을 지정하였고, 유의 수준은 본페로니 보정 방법을 이용하여 0.05 / 58,920 = 8.47 x 10-7 으로 진행하였다. 표 4 및 도 2를 참고하면, DPC_Day에 따른 유전력은 0.753으로 추정되었고 이와 관련된 특이적 SNP이 생존여부 GWAS 결과와 유사하게 18 및 19번 염색체에서 확인되었다.
| 생존 일수에 따른 GWAS 분석에서 확인된 주요 SNP 정보 | |||||||||||
| Chr | Pos | ID | A1 | A2 | freqA2 | tau | beta | sd | p | PVE | Y (%) |
| 19 | 4330372 | AX-419312234 | T | C | 0.490 | 0.039 | 3.174 | 0.094 | 1.96E-247 | 0.609 | 0.793 |
| 19 | 4344315 | AX-419312236 | G | A | 0.486 | 0.168 | -3.164 | 0.109 | 1.80E-186 | 0.539 | 0.702 |
| 18 | 12631578 | AX-419305596 | A | G | 0.490 | 0.356 | 2.921 | 0.127 | 1.01E-116 | 0.421 | 0.548 |
| 19 | 4687313 | AX-419197087 | A | G | 0.463 | 0.314 | 3.111 | 0.137 | 1.75E-113 | 0.414 | 0.539 |
| 19 | 4248358 | AX-419194856 | C | A | 0.480 | 0.332 | 2.931 | 0.130 | 4.23E-112 | 0.411 | 0.535 |
| 19 | 4461159 | AX-419194887 | T | G | 0.459 | 0.377 | -3.081 | 0.156 | 2.29E-86 | 0.348 | 0.454 |
| 18 | 12546778 | AX-419238898 | A | G | 0.456 | 0.424 | 2.971 | 0.157 | 1.02E-79 | 0.330 | 0.430 |
| 19 | 2752190 | AX-419194727 | T | G | 0.396 | 0.474 | 2.018 | 0.116 | 1.03E-67 | 0.294 | 0.383 |
| 19 | 4409708 | AX-419310944 | G | A | 0.461 | 0.522 | -2.832 | 0.174 | 2.84E-59 | 0.266 | 0.347 |
| 19 | 4230401 | AX-419194853 | A | G | 0.267 | 0.631 | -3.058 | 0.190 | 3.46E-58 | 0.263 | 0.342 |
| 19 | 4294125 | AX-419194862 | G | A | 0.324 | 0.644 | -2.849 | 0.178 | 1.64E-57 | 0.260 | 0.339 |
| 19 | 2793684 | AX-419311974 | T | C | 0.322 | 0.424 | -3.034 | 0.194 | 3.99E-55 | 0.252 | 0.328 |
| 19 | 4352356 | AX-419312238 | T | C | 0.312 | 0.448 | 3.036 | 0.196 | 6.29E-54 | 0.248 | 0.323 |
| 19 | 4133362 | AX-419312202 | T | C | 0.336 | 0.610 | -3.098 | 0.202 | 5.21E-53 | 0.244 | 0.318 |
| 19 | 4593031 | AX-419197072 | G | A | 0.275 | 0.617 | -3.117 | 0.207 | 2.25E-51 | 0.238 | 0.311 |
| 19 | 2822705 | AX-419310690 | T | C | 0.273 | 0.624 | 2.919 | 0.199 | 1.01E-48 | 0.229 | 0.298 |
| 19 | 5119603 | AX-419197131 | T | C | 0.496 | 0.508 | 2.452 | 0.174 | 6.46E-45 | 0.214 | 0.279 |
| 19 | 2694443 | AX-419194721 | C | A | 0.311 | 0.610 | -2.671 | 0.191 | 1.54E-44 | 0.213 | 0.277 |
| 19 | 4482272 | AX-419310955 | T | C | 0.246 | 0.655 | 3.111 | 0.226 | 2.71E-43 | 0.208 | 0.271 |
| 18 | 12890380 | AX-419238893 | C | T | 0.260 | 0.643 | 2.831 | 0.206 | 5.05E-43 | 0.207 | 0.269 |
| 19 | 4997383 | AX-419194938 | A | C | 0.417 | 0.574 | 2.849 | 0.209 | 2.97E-42 | 0.204 | 0.265 |
| 19 | 4995816 | AX-419311016 | A | G | 0.455 | 0.559 | 2.485 | 0.184 | 9.48E-42 | 0.202 | 0.263 |
| 19 | 4301335 | AX-419310932 | G | A | 0.351 | 0.677 | -2.640 | 0.196 | 1.90E-41 | 0.200 | 0.261 |
| 18 | 12823224 | AX-419236852 | A | C | 0.334 | 0.490 | 2.876 | 0.213 | 2.28E-41 | 0.200 | 0.261 |
| 18 | 12890956 | AX-419305592 | A | G | 0.349 | 0.655 | -2.484 | 0.184 | 2.29E-41 | 0.200 | 0.261 |
| 19 | 4476416 | AX-419310954 | C | T | 0.453 | 0.564 | 2.356 | 0.178 | 3.62E-40 | 0.195 | 0.254 |
| 19 | 4261384 | AX-419194860 | A | C | 0.288 | 0.521 | 2.861 | 0.220 | 1.54E-38 | 0.188 | 0.245 |
| 19 | 4731294 | AX-419312293 | A | C | 0.477 | 0.601 | 2.449 | 0.191 | 1.29E-37 | 0.185 | 0.240 |
| 19 | 4999484 | AX-419312322 | G | T | 0.341 | 0.609 | 2.913 | 0.230 | 1.08E-36 | 0.181 | 0.235 |
| 19 | 4746151 | AX-419194919 | T | C | 0.325 | 0.658 | 2.433 | 0.199 | 1.80E-34 | 0.171 | 0.223 |
| *Chr = 염색체, Pos = 염색체상의 SNP 위치, ID = SNP ID, A1 = 주요 대립유전자, A2 = 부 대립유전자, freqA2 = 부 대립유전자 빈도, beta = the SNP effect, sd = 표준에러, p = p-value, Y = SNP에 의한 표현형 값의 비율 |
|||||||||||
생존 시간(DPC_Time)에 따른 GWAS 분석은 각 개체별 폐사 날짜를 Excel을 이용하여 일련번호로 변환한 후에 첫 번째 폐사 개체 발생일을 1로 두고 실시하였으며, 유의 수준은 본페로니 보정 방법을 이용하여 0.05 / 58,920 = 8.47 x 10-7 으로 진행하였다. 표 5 및 도 2를 참고하면, 생존 시간에 따른 유전력은 0.710으로 추정되었고 이와 관련된 특이적 SNP이 생존여부 GWAS 결과와 유사하게 18 및 19번 염색체에서 확인되었다.
| 생존 시간에 따른 GWAS 분석에서 확인된 주요 SNP 정보 | |||||||||||
| Chr | Pos | Id | A1 | A2 | freqA2 | tau | beta | sd | p | PVE | Y (%) |
| 19 | 4330372 | AX-419312234 | T | C | 0.490 | 0.028 | 5.350 | 0.176 | 5.32E-203 | 0.560 | 0.722 |
| 19 | 4344315 | AX-419312236 | G | A | 0.486 | 0.149 | -5.333 | 0.201 | 2.35E-155 | 0.493 | 0.635 |
| 19 | 4687313 | AX-419197087 | A | G | 0.463 | 0.276 | 5.263 | 0.247 | 1.50E-100 | 0.384 | 0.495 |
| 18 | 12631578 | AX-419305596 | A | G | 0.490 | 0.316 | 4.913 | 0.232 | 1.32E-99 | 0.382 | 0.492 |
| 19 | 4248358 | AX-419194856 | C | A | 0.480 | 0.295 | 4.914 | 0.238 | 7.26E-95 | 0.370 | 0.477 |
| 19 | 4461159 | AX-419194887 | T | G | 0.459 | 0.317 | -5.196 | 0.279 | 1.37E-77 | 0.324 | 0.417 |
| 18 | 12546778 | AX-419238898 | A | G | 0.456 | 0.376 | 5.011 | 0.281 | 6.50E-71 | 0.304 | 0.392 |
| 19 | 2752190 | AX-419194727 | T | G | 0.396 | 0.423 | 3.621 | 0.206 | 6.92E-69 | 0.298 | 0.384 |
| 19 | 4409708 | AX-419310944 | G | A | 0.461 | 0.466 | -4.747 | 0.311 | 1.47E-52 | 0.243 | 0.313 |
| 19 | 2793684 | AX-419311974 | T | C | 0.322 | 0.375 | -5.181 | 0.342 | 6.90E-52 | 0.240 | 0.310 |
| 19 | 4230401 | AX-419194853 | A | G | 0.267 | 0.590 | -5.130 | 0.345 | 5.91E-50 | 0.233 | 0.301 |
| 19 | 4294125 | AX-419194862 | G | A | 0.324 | 0.600 | -4.788 | 0.323 | 1.23E-49 | 0.232 | 0.299 |
| 19 | 4352356 | AX-419312238 | T | C | 0.312 | 0.396 | 5.091 | 0.347 | 1.11E-48 | 0.228 | 0.295 |
| 19 | 4133362 | AX-419312202 | T | C | 0.336 | 0.568 | -5.230 | 0.366 | 2.72E-46 | 0.219 | 0.283 |
| 19 | 4593031 | AX-419197072 | G | A | 0.275 | 0.582 | -5.294 | 0.374 | 1.75E-45 | 0.216 | 0.279 |
| 19 | 2822705 | AX-419310690 | T | C | 0.273 | 0.582 | 4.986 | 0.359 | 8.48E-44 | 0.210 | 0.270 |
| 19 | 5119603 | AX-419197131 | T | C | 0.496 | 0.452 | 4.154 | 0.308 | 1.89E-41 | 0.200 | 0.258 |
| 19 | 2694443 | AX-419194721 | C | A | 0.311 | 0.566 | -4.609 | 0.343 | 3.57E-41 | 0.199 | 0.257 |
| 18 | 12890380 | AX-419238893 | C | T | 0.260 | 0.600 | 4.864 | 0.371 | 2.95E-39 | 0.191 | 0.247 |
| 19 | 4995816 | AX-419311016 | A | G | 0.455 | 0.502 | 4.225 | 0.324 | 5.67E-39 | 0.190 | 0.245 |
| 18 | 12823224 | AX-419236852 | A | C | 0.334 | 0.444 | 4.878 | 0.376 | 2.05E-38 | 0.188 | 0.242 |
| 19 | 4997383 | AX-419194938 | A | C | 0.417 | 0.535 | 4.860 | 0.376 | 2.75E-38 | 0.187 | 0.242 |
| 19 | 4482272 | AX-419310955 | T | C | 0.246 | 0.611 | 5.241 | 0.406 | 4.46E-38 | 0.186 | 0.240 |
| 18 | 12890956 | AX-419305592 | A | G | 0.349 | 0.612 | -4.220 | 0.332 | 5.84E-37 | 0.182 | 0.234 |
| 19 | 4476416 | AX-419310954 | C | T | 0.453 | 0.493 | 3.967 | 0.314 | 1.27E-36 | 0.180 | 0.233 |
| 19 | 4301335 | AX-419310932 | G | A | 0.351 | 0.628 | -4.404 | 0.353 | 9.36E-36 | 0.177 | 0.228 |
| 19 | 4261384 | AX-419194860 | A | C | 0.288 | 0.460 | 4.797 | 0.386 | 1.91E-35 | 0.175 | 0.226 |
| 19 | 4731294 | AX-419312293 | A | C | 0.477 | 0.545 | 4.100 | 0.339 | 1.02E-33 | 0.168 | 0.216 |
| 19 | 4999484 | AX-419312322 | G | T | 0.341 | 0.572 | 4.981 | 0.412 | 1.39E-33 | 0.167 | 0.216 |
| 19 | 4746151 | AX-419194919 | T | C | 0.325 | 0.618 | 4.170 | 0.356 | 1.12E-31 | 0.159 | 0.205 |
| *Chr = 염색체, Pos = 염색체상의 SNP 위치, ID = SNP ID, A1 = 주요 대립유전자, A2 = 부 대립유전자, freqA2 = 부 대립유전자 빈도, beta = the SNP effect, sd = 표준에러, p = p-value, Y = SNP에 의한 표현형 값의 비율 |
|||||||||||
3-3. 고수온 내성 예측을 위한 SNP 선별
상기 생존 여부, 생존 일수, 생존 시간에 따른 GWAS 분석을 통해 확인된 주요 SNP 정보를 바탕으로 고수온 내성 개체 예측을 위한 30개의 SNP을 선별하였고, 선별된 SNP의 염기서열과 각 SNP과 관련된 유전자에 대한 정보는 표 6에 나타난 바와 같다.
| 고수온 내성 개체 예측을 위한 SNP 및 이와 관련된 유전자 정보 | |||||||||
| No | Chr | Pos | Id | A1 | A2 | 염기서열 | 고수온내성 유전자형 |
관련 유전자 | Region |
| 1 | 19 | 4344315 | AX-419312236 | G | A | GCAGGTTTATTTCTTTGCATATACACACAGTGACT[A/G]AGTTGAGCTCATCGTTAGCGAGGTGGCCTTACCAA | A | (Upstream) myosin heavy chain, fast skeletal muscle-like(Downstream) NLR family CARD domain containing 5 (nlrc5) | Intergenic |
| 2 | 19 | 4687313 | AX-419197087 | A | G | GGACGGCGCCTGCATGCGTATGGACGTGGAATCAG[A/G]ATCTGCCACCTCTGGTAAACAGTGTATTGTTTGTG | A | (Upstream) Unknown(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 3 | 19 | 4330372 | AX-419312234 | T | C | TTAGGGGTAATGTTTTCTTCAGACTCAACAAGTAA[C/T]GACTTCAAAACACATATACTTTATAATAAAACACT | T | (Upstream) myosin heavy chain, fast skeletal muscle-like(Downstream) myosin heavy chain, fast skeletal muscle-like | Intergenic |
| 4 | 18 | 12631578 | AX-419305596 | A | G | AATTTAGAGTAAGCCCAGCACCCTCCTAACTCTTC[A/G]ATGACAAGACAACTTCTTTCACCTCCATACAGTAA | A | (Upstream) glucose-fructose oxidoreductase domain-containing protein 1(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 5 | 19 | 4461159 | AX-419194887 | T | G | TCAAGGTATTGTGTGTAAAACAGTTTGAGCAGTAT[G/T]AGGTCAGACTGCATGAGATCAGACTGCAGTAACTC | G | (Upstream) Unknown(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 6 | 19 | 4248358 | AX-419194856 | C | A | AATGCAAGATAATTGCATCCATTTAATTCATATCA[A/C]ATTCTTAACCACATCCTCTTCTCTGCTTCACCACA | C | HYDIN, axonemal central pair apparatus protein (hydin) | Intron |
| 7 | 19 | 2752190 | AX-419194727 | T | G | CACGCCACGATTTAATGGATGACTTGAAAATAATC[G/T]CTCATCAGGAAAGAAAGCCGGAGTCCAACTCAAGC | T | (Upstream) Unknown(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 8 | 18 | 12546778 | AX-419238898 | A | G | GTGTCGCCCCAGATTAGACTCATATGATGAGGTGA[A/G]AGAAACTCCCACTGGATCTGGGAACTCTTTAACTT | A | Rho GTPase activating protein 12 (arhgap12) | Intron |
| 9 | 19 | 2793684 | AX-419311974 | T | C | TTAACTTTCTGAAATCTCTGCAGATTTTGAACCAG[C/T]GTTCTTCACCACTATCTCAACCCACTAGTTCTTGG | C | (Upstream) Unknown(Downstream) protein serine kinase H1 (pskh1) | Intergenic |
| 10 | 19 | 4409708 | AX-419310944 | G | A | AGACCAAAATCAGTCAACTGTATATTCAATTCTGA[A/G]GTTTGGGACACAGACAGGATTGAAATGCAGTTTCT | A | (Upstream) exosome component 6 (exosc6)(Downstream) alanine--tRNA ligase, cytoplasmic-like | Intergenic |
| 11 | 19 | 4352356 | AX-419312238 | T | C | CTCACTTGACAGAGATTTGTTTGCACCTGTGTTGT[C/T]CGATCTTTGCTTGTCACCACAATGAATATGGACAG | T | NLR family CARD domain containing 5 (nlrc5) | Intron |
| 12 | 19 | 5119603 | AX-419197131 | T | C | ATGGAAGAAGATTGCCATTGAGCCACAAACAGTAA[C/T]CTCTTGTTCTGTGAATACTGAAATGATCCATGTCC | T | (Upstream) guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha(Downstream) guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha | Intergenic |
| 13 | 19 | 4995816 | AX-419311016 | A | G | CATCGATGGTGTTGTTCAAAGAGACGAGATGAGGG[A/G]CCACAGTTTGATGAATTGTATTACAGATGATGATG | A | (Upstream) SET domain containing 6 (setd6)(Downstream) Bardet-Biedl syndrome 2 (bbs2) | Intergenic |
| 14 | 19 | 4476416 | AX-419310954 | C | T | GGTTAATACTCAGACACATTATAATCTGTGAAAAC[C/T]GTGTCAGCGTGTATTACCGCTGGTTTTCTGTTTGC | C | splicing factor 3b subunit 3 (sf3b3), | Intron |
| 15 | 19 | 4230401 | AX-419194853 | A | G | ATCCATAGGGGATTTATTTATGAAAGGCAGATCTT[A/G]GGTTTATTCACTCGGGCCTCCAAAGCACTGTGTTA | G | HYDIN, axonemal central pair apparatus protein (hydin) | Intron |
| 16 | 18 | 12823224 | AX-419236852 | A | C | TTCTTCAGAGAGAAATGATCAAACCAATGATTTAC[A/C]TTCTGAATTCTGTGTCCCCAGGTTTATGAAAGAGG | A | (Upstream) Unknown(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 17 | 19 | 4261384 | AX-419194860 | A | C | GTGAGAACTGTACTCTGCCGCGGCTTTAACCACAC[A/C]TGACAATTACGACACGTGTCTGCAGCACCTTTAAT | A | (Upstream) purine nucleoside phosphorylase-like(Downstream) calretinin-like | Intergenic |
| 18 | 19 | 4133362 | AX-419312202 | T | C | GGATGGATGCGGAGGATGTGAATGGATGTAGGCGA[C/T]CTTCTCTCCACACAAACATCTCTACCACCGACTGT | C | (Upstream) N-terminal EF-hand calcium binding protein 2 (necab2)(Downstream) N-terminal EF-hand calcium binding protein 2 (necab2) | Intergenic |
| 19 | 19 | 4731294 | AX-419312293 | A | C | AAGCTCATAAAAGTAAGAGCTGTTGTTTGCTCTGT[A/C]AAATCAACTTCAGTAAGAGCCTGATGCTGGAGAGA | A | Unknown | Intron |
| 20 | 19 | 4593031 | AX-419197072 | G | A | GACATTACATTTTGCAAAGAGAGTGGATTGAGGAG[A/G]ATGACATATTTAGAAGAGCATCAGTCAAACCTCAA | A | (Upstream) E3 ubiquitin-protein ligase Siah1(Downstream) NEDD4-binding protein 1 (n4bp1) | Intergenic |
| 21 | 18 | 11576382 | AX-419304244 | G | T | TGAAGTCGAGACACTTCCTTAAACAAACTGCCCTC[G/T]GGGGTTTGTTTCGGTCATACAGGCAGTAAGTGAGT | T | (Upstream) par-3 family cell polarity regulator (pard3)(Downstream) Unknown | Intergenic |
| 22 | 19 | 2822705 | AX-419310690 | T | C | AACCATCTTTACCGCTACTCCAAGGTTCTGGAGGC[C/T]CACCTGGGAGACCCTAAGCCCCGCCCACTACCAGC | T | membrane bound transcription factor peptidase, site 1 (mbtps1) | Exon |
| 23 | 19 | 2694443 | AX-419194721 | C | A | CTAGCACCTGCGATGCTAATCTCGAGTTGAGTGAC[A/C]AGGAGCCAACGCGTTGTCATCGAACCGTCGTGTAA | A | (Upstream) RAN binding protein 10 (ranbp10)(Downstream) translin associated factor X interacting protein 1 (tsnaxip1) | Intergenic |
| 24 | 19 | 4997383 | AX-419194938 | A | C | AACTACAATCACACAACATTTGCTAACGATACAAA[A/C]ACTATAATTTATGATGTTATACTACACATCATACT | A | Bardet-Biedl syndrome 2 (bbs2) | Intron |
| 25 | 19 | 4344279 | AX-419194866 | T | C | TTTACAGGCTTCAGTAAGAATCATTGTCTGAGCCA[C/T]GCAGGTTTATTTCTTTGCATATACACACAGTGACT | C | (Upstream) myosin heavy chain, fast skeletal muscle-like(Downstream) NLR family CARD domain containing 5 (nlrc5) | Intergenic |
| 26 | 19 | 4482272 | AX-419310955 | T | C | AATCAGGGGATGAATTGTAGTAACACTCTGTAAAA[C/T]ATTCTCTTGCTCAGGTGCTGGCAATGTCCAGTCGC | T | splicing factor 3b subunit 3 (sf3b3) | Intron |
| 27 | 19 | 6801107 | AX-419311218 | T | C | GGTTCACTCTGCTCTGTGCAGAAATAGTACACAAA[C/T]TCCCAAACAGACACTACTGTTCTGTATTTCCCAGT | T | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1 (srgap1) | Intron |
| 28 | 18 | 12890380 | AX-419238893 | C | T | TTGGGCCTCCAGCACCCTTCGGTACACAGCATATA[C/T]AGAGCATCACACTATGTGATATTGGTAACCATCAT | C | (Upstream) Unknown(Downstream) potassium voltage-gated channel subfamily H member 2-like | Intergenic |
| 29 | 18 | 12890956 | AX-419305592 | A | G | GGCATTGCAGGGTGCAGCAGGTTCAGATGCTATGG[A/G]GACAGTACATAAGCAGATGTGTTGGCAGCAGAGCT | G | (Upstream) Unknown(Downstream) potassium voltage-gated channel subfamily H member 2-like | Intergenic |
| 30 | 19 | 4781952 | AX-419194922 | T | G | TTTATAGCCTAAACTGCAGTATTGTGTAGTGATAA[G/T]TTAATGCCAAAGAAATCAATTTTGAAATTTTGAAG | T | (Upstream) cerebellin 1 precursor 1 (cbln1)(Downstream) transmembrane protein 189-like | Intergenic |
상기 30개의 SNP에 대해 다음의 분석결과를 바탕으로 고수온 내성 유전자형으로 확정하였다.고수온 내성과 연관된 각 SNP의 정보와 유전자형별 생존 일수 및 생존 시간의 평균 및 표준편차와 그래프를 도 3에 나타냈다. 생존 일수(DPC_Day)은 각 개체 별로 생존 일수만큼 1 ~ 8의 값을 지정하였고, 생존 시간(DPC_Time)은 각 개체별 폐사 날짜를 Excel을 이용하여 일련번호로 변환한 후에 첫 번째 폐사 개체 발생일을 1로 두고 실시하였다. 또한, 각 개체의 생존 여부와 유전자형을 서로 연관 분석하여 각 유전자형 별로 생존 또는 폐사한 개체 수를 확인하였고, 이를 바탕으로 막대 그래프에 나타내었다.
도 3a~도 3p를 참고하면, 고수온 내성 유전자형이 포함될 경우 DPC 평균이 높고, 생존 개체 수가 많아지는 것이 확인되었고, 상기 30개의 SNP을 포함하는 고수온 내성 유전자형을 가지는 개체를 선별할 경우 고수온에서 생존 확률이 높을 것으로 기대할 수 있다.
3-4. 고수온 내성에 대한 유전력 분석
유전적 매개변수(Genetic parameter) 분석을 통해 고수온 내성에 대한 GWAS 분석에서 추정된 유전력은 표 7과 같다.
| 고수온 내성 관련 유전력 | ||||
| 표현형 형질 | 유전력 Heritability (h 2 ) |
P-value | Significant to selection | 주요 관련 염색체 |
| 생존 여부Survival | 0.620 | 8.47 x 10-7 | Significant | 18 and 19 |
| 생존 일수DPC_Day | 0.753 | 8.47 x 10-7 | Significant | 18 and 19 |
| 생존 시간DPC_Time | 0.710 | 8.47 x 10-7 | Significant | 18 and 19 |
생존 여부, 생존 일수, 생존 시간 기반 분석에서 유전력이 0.620 - 0.753 정도로 유효한 값이 추정되어 유전체 선발을 통해 해당 형질의 개량을 충분히 기대할 수 있으며, 이와 관련된 SNP 마커를 고수온 내성 개체 선발을 위한 마커로 사용할 수 있을 것으로 기대할 수 있다.
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<120> SNP markers for predicting thermal tolerance of Paralichthys
olivaceus and use thereof
<130> DP20210333
<160> 30
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419312236
<400> 1
gcaggtttat ttctttgcat atacacacag tgactnagtt gagctcatcg ttagcgaggt 60
ggccttacca a 71
<210> 2
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419197087
<400> 2
ggacggcgcc tgcatgcgta tggacgtgga atcagnatct gccacctctg gtaaacagtg 60
tattgtttgt g 71
<210> 3
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419312234
<400> 3
ttaggggtaa tgttttcttc agactcaaca agtaangact tcaaaacaca tatactttat 60
aataaaacac t 71
<210> 4
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419305596
<400> 4
aatttagagt aagcccagca ccctcctaac tcttcnatga caagacaact tctttcacct 60
ccatacagta a 71
<210> 5
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194887
<400> 5
tcaaggtatt gtgtgtaaaa cagtttgagc agtatnaggt cagactgcat gagatcagac 60
tgcagtaact c 71
<210> 6
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194856
<400> 6
aatgcaagat aattgcatcc atttaattca tatcanattc ttaaccacat cctcttctct 60
gcttcaccac a 71
<210> 7
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194727
<400> 7
cacgccacga tttaatggat gacttgaaaa taatcnctca tcaggaaaga aagccggagt 60
ccaactcaag c 71
<210> 8
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419238898
<400> 8
gtgtcgcccc agattagact catatgatga ggtganagaa actcccactg gatctgggaa 60
ctctttaact t 71
<210> 9
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419311974
<400> 9
ttaactttct gaaatctctg cagattttga accagngttc ttcaccacta tctcaaccca 60
ctagttcttg g 71
<210> 10
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419310944
<400> 10
agaccaaaat cagtcaactg tatattcaat tctgangttt gggacacaga caggattgaa 60
atgcagtttc t 71
<210> 11
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419312238
<400> 11
ctcacttgac agagatttgt ttgcacctgt gttgtncgat ctttgcttgt caccacaatg 60
aatatggaca g 71
<210> 12
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419197131
<400> 12
atggaagaag attgccattg agccacaaac agtaanctct tgttctgtga atactgaaat 60
gatccatgtc c 71
<210> 13
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419311016
<400> 13
catcgatggt gttgttcaaa gagacgagat gagggnccac agtttgatga attgtattac 60
agatgatgat g 71
<210> 14
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419310954
<400> 14
ggttaatact cagacacatt ataatctgtg aaaacngtgt cagcgtgtat taccgctggt 60
tttctgtttg c 71
<210> 15
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194853
<400> 15
atccataggg gatttattta tgaaaggcag atcttnggtt tattcactcg ggcctccaaa 60
gcactgtgtt a 71
<210> 16
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419236852
<400> 16
ttcttcagag agaaatgatc aaaccaatga tttacnttct gaattctgtg tccccaggtt 60
tatgaaagag g 71
<210> 17
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194860
<400> 17
gtgagaactg tactctgccg cggctttaac cacacntgac aattacgaca cgtgtctgca 60
gcacctttaa t 71
<210> 18
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419312202
<400> 18
ggatggatgc ggaggatgtg aatggatgta ggcgancttc tctccacaca aacatctcta 60
ccaccgactg t 71
<210> 19
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419312293
<400> 19
aagctcataa aagtaagagc tgttgtttgc tctgtnaaat caacttcagt aagagcctga 60
tgctggagag a 71
<210> 20
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419197072
<400> 20
gacattacat tttgcaaaga gagtggattg aggagnatga catatttaga agagcatcag 60
tcaaacctca a 71
<210> 21
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419304244
<400> 21
tgaagtcgag acacttcctt aaacaaactg ccctcngggg tttgtttcgg tcatacaggc 60
agtaagtgag t 71
<210> 22
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419310690
<400> 22
aaccatcttt accgctactc caaggttctg gaggcncacc tgggagaccc taagccccgc 60
ccactaccag c 71
<210> 23
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194721
<400> 23
ctagcacctg cgatgctaat ctcgagttga gtgacnagga gccaacgcgt tgtcatcgaa 60
ccgtcgtgta a 71
<210> 24
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194938
<400> 24
aactacaatc acacaacatt tgctaacgat acaaanacta taatttatga tgttatacta 60
cacatcatac t 71
<210> 25
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194866
<400> 25
tttacaggct tcagtaagaa tcattgtctg agccangcag gtttatttct ttgcatatac 60
acacagtgac t 71
<210> 26
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419310955
<400> 26
aatcagggga tgaattgtag taacactctg taaaanattc tcttgctcag gtgctggcaa 60
tgtccagtcg c 71
<210> 27
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419311218
<400> 27
ggttcactct gctctgtgca gaaatagtac acaaantccc aaacagacac tactgttctg 60
tatttcccag t 71
<210> 28
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419238893
<400> 28
ttgggcctcc agcacccttc ggtacacagc atatanagag catcacacta tgtgatattg 60
gtaaccatca t 71
<210> 29
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419305592
<400> 29
ggcattgcag ggtgcagcag gttcagatgc tatggngaca gtacataagc agatgtgttg 60
gcagcagagc t 71
<210> 30
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419194922
<400> 30
tttatagcct aaactgcagt attgtgtagt gataanttaa tgccaaagaa atcaattttg 60
aaattttgaa g 71
Claims (7)
- 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 36번째 염기가 T 또는 C인 36번째 염기를 필수적으로 포함하며, 상기 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드의 서열에 기초한 10 내지 71개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
를 포함하는,
넙치의 고수온 내성(Thermal tolerance) 예측용 SNP(Single nucleotide polymorphism) 마커 조성물.
- 제 1항에 있어서,
상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, 고수온 내성 넙치인 것으로 예측하는 것인,
넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커 조성물.
- 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물로서,
상기 SNP 마커는,
서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 36번째 염기가 T 또는 C인 36번째 염기를 필수적으로 포함하며, 상기 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에 기초한 10 내지 71개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
를 포함하는,
넙치의 고수온 내성 예측용 조성물.
- 제 3항에 있어서,
상기 제제는 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 조성물.
- 제 3항의 조성물을 포함하는, 넙치의 고수온 내성 예측용 키트.
- (a) 넙치로부터 분리된 시료의 DNA로부터 넙치의 고수온 내성 예측용 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 검출하는 단계 및
(b) 상기 (a) 단계에서 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하며,
상기 (a)단계의 상기 SNP 마커는,
서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 36번째 염기가 T 또는 C인 36번째 염기를 필수적으로 포함하며, 상기 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드 서열에 기초한 10 내지 71개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
를 포함하는,
넙치의 고수온 내성 예측 방법.
- 제 6항에 있어서,
상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, 고수온 내성 넙치인 것으로 예측하는 것인,
넙치의 고수온 내성 예측 방법.
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