KR102318448B1 - 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 - Google Patents
넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 Download PDFInfo
- Publication number
- KR102318448B1 KR102318448B1 KR1020210115619A KR20210115619A KR102318448B1 KR 102318448 B1 KR102318448 B1 KR 102318448B1 KR 1020210115619 A KR1020210115619 A KR 1020210115619A KR 20210115619 A KR20210115619 A KR 20210115619A KR 102318448 B1 KR102318448 B1 KR 102318448B1
- Authority
- KR
- South Korea
- Prior art keywords
- base
- polynucleotide
- polynucleotide consisting
- consecutive bases
- bases including
- Prior art date
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
본 발명은 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물 및 이를 이용한 넙치의 LCDV 저항성 예측방법에 관한 것이다. 본 발명의 SNP 마커 조성물은 림포시스티스병에 저항성을 가진 넙치의 유전체선발(genomic selection)에 활용할 수 있으며, 림포시스티스병 저항성 품종 개발 및 지속적인 생산을 유도할 수 있다.
Description
본 발명은 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물 및 이를 이용한 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측방법에 관한 것이다.
림포시스티스병은 해산어와 담수어에서 발견되는 질병으로 림포시스티스병 바이러스(Lymphocystis disease virus, LCDV)에 감염될 경우 어류의 지느러미, 두부, 꼬리 등 체표에 크고 작은 수포형 종양이 형성되어 외관상 흉측한 모습을 보인다. 이러한 수포형 종양을 림포시스티스 세포라고 하며, 주로 유백색 또는 회색을 띄고, 혈액 유출로 인해 부분적으로 붉게 보인다. 정확한 감염 경로는 밝혀지지 않았지만 수평 감염되는 것으로 추정되며, 우리나라의 넙치 양식장에서 자주 발견된다. 폐사율은 높지 않으나, 만성 질병으로 성어에서도 발병되어, 출하 시 넙치의 상품성을 떨어뜨려 경제적 피해를 일으킨다. 또한, 원인 바이러스에 대한 치료법 또는 예방법이 따로 알려져 있지 않은 실정이다. 따라서 전장유전체 수준의 GWAS 분석을 통하여 넙치의 림포시스티스병 바이러스에 대한 저항성과 연관된 유의적인 SNP 마커를 찾아내고, 유의적인 SNP이 위치하는 후보 유전자와 유전자형을 찾아내어, 추후 림포시스티스병 저항성이 있는 종자를 생산하기 위한 유전체선발육종에 활용하고자 한다.
본 발명의 목적은 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물, 이를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 조성물, 상기 조성물을 포함하는 넙치의 LCDV 저항성 예측용 키트 및 넙치의 LCDV 저항성 예측 방법을 제공하는 것이다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP(Single nucleotide polymorphism) 마커 조성물을 제공한다.
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 또는 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, LCDV 저항성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
또한, 본 발명은 넙치의 림포시스티스병 바이러스 저항성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물로서, 상기 SNP 마커는 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물을 제공한다.
상기 제제는 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브일 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물을 포함하는 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 (a) 넙치로부터 분리된 시료의 DNA로부터 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계에서 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하며, 상기 (a)단계의 SNP 마커는, 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측 방법을 제공한다.
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 또는 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, LCDV 저항성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
본 발명의 SNP 마커 조성물은 림포시스티스병에 저항성을 가진 넙치의 유전체선발(genomic selection)에 활용할 수 있으며, 림포시스티스병 저항성 품종 개발 및 지속적인 생산을 유도할 수 있다.
도 1은 LCDV 저항성에 대한 전장유전체 분석을 나타내는 것이다.
도 2a~도 2g는 LCDV 저항성 예측에 대한 20개 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 나타내는 것이다.
도 2a~도 2g는 LCDV 저항성 예측에 대한 20개 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 나타내는 것이다.
본 발명자들은 “넙치의 바이러스성 출혈성 패혈증 바이러스 저항성 예측용 SNP 마커”에 대하여 특허를 출원한 바 있으며(한국등록특허 제10-2281658호), 상기 등록특허에 기재된 내용들은 모두 본 발명에서 참고가 될 수 있다.
본 발명은 LCDV 감염실험에서 선발된 개체들을 대상으로 넙치용 70K SNP 칩을 활용한 유전형질 분석 및 전장유전체 연관성 분석(genome-wide association study, GWAS)을 통해 LCDV 저항성을 예측할 수 있는 단일염기다형성(SNP)을 확인하였다.
본 발명은 일 관점에서, 넙치의 림포시스티스병 바이러스(LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물에 관한 것이다.
구체적으로, 본 발명은 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는, 넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP 마커 조성물을 제공한다.
본 발명의 용어, "저항성"은 외부의 스트레스에 대해 견디는 성질을 의미하며, 구체적으로 질병 등의 감염에 내성을 가지거나, 해충 등의 피해를 견디는 성질을 의미한다.
본 발명의 용어 "SNP 마커"란, 개체 또는 종을 식별하기 위해 이용되는 DNA 서열 상의 단일 염기 다형성 대립유전자 염기쌍을 의미한다. SNP는 비교적 그 빈도가 높고 안정하며 유전체 전체에 분포되어 있고 이에 의하여 개체의 유전적 다양성이 발생하므로, SNP 마커는 개체 간의 유전적 근접성을 알려주는 지표의 역할을 할 수 있다. SNP 마커는 일반적으로 단일 염기 다형성에 수반되는 표현형의 변화를 포함하지만 경우에 따라 그렇지 않을 수도 있다. 본 발명의 SNP 마커의 경우 아미노산 서열의 변이 또는 넙치의 LCDV 저항성과 같은 개체의 표현형의 차이를 나타낼 수 있다.
본 발명의 용어 "개체"란, LCDV 저항성을 확인하고자 하는 대상인 넙치(광어)를 의미하며, 상기 넙치(광어)로부터 얻어진 검체를 이용하여, 상기 SNP 마커의 유전자형을 분석함으로써 상기 LCDV 저항성이 있는 넙치(광어)를 판별할 수 있다.
본 발명의 일 실시예에 의하면, LCDV 저항성 예측 SNP를 선발하기 위해, 넙치 어미세대의 전장유전체 시퀀싱 (whole genome re-sequencing)으로 어미유전체의 SNP를 탐색한 후 제작된 70K SNP 칩을 활용하여. LCDV 감염실험에서 선발된 개체에 대하여 LCDV 저항성과 연관된 SNP로 범위를 좁혀 탐색을 진행하였다. 그 결과, 5번 염색체에서 LCDV 저항성과 관련성이 높은 유효한 SNP를 발견하였으며, 그 외 1, 17 및 21번 염색체에서도 의미있는 SNP를 일부 특정하였다. 상기 SNP의 유전자형에 대한 표현형 분포를 분석하여 20개의 SNP 정보를 확정하였고, 본 발명의 SNP 마커의 신뢰성 및 정확성을 확인하여 넙치의 LCDV 저항성을 예측할 수 있음을 확인하였다.
따라서, 본 발명의 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 이의 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 이의 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는 넙치는 LCDV 저항성 형질을 나타낼 수 있음을 시사하며, 이러한 염기서열은 본 발명자들에 의하여 최초로 규명되었다.
바람직하게는 상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 또는 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, LCDV 저항성 넙치인 것으로 예측할 수 있다.
본 발명은 다른 관점에서, 상기 넙치의 LCDV 저항성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물을 제공한다.
본 발명의 용어 "SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 상기와 같은 유전자의 다형성 부위를 검출 또는 증폭을 통해 확인하여 LCDV 저항성 넙치를 예측할 수 있는 조성물을 의미하며, 바람직하게는 상기 SNP 마커의 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 세트 또는 프로브를 의미한다.
상기 SNP 마커 증폭에 사용되는 프라이머는, 적절한 버퍼 중의 적절한 조건(예를 들면, 4개의 다른 뉴클레오시드 트리포스페이트 및 DNA, RNA 폴리머라제 또는 역전사 효소와 같은 중합제) 및 적당한 온도 하에서 주형-지시 DNA 합성의 시작점으로서 작용할 수 있는 단일가닥 올리고폴리뉴클레오티드가 될 수 있는데, 상기 프라이머의 적절한 길이는 사용 목적에 따라 달라질 수 있으나, 통상 15 내지 30 폴리뉴클레오티드다. 짧은 프라이머 분자는 일반적으로 주형과 안정한 혼성체를 형성하기 위해서는 더 낮은 온도를 필요로 한다. 상기 프라이머 서열은 상기 SNP 마커와 완전하게 상보적일 필요는 없으나, 상기 SNP 마커와 혼성화 할 정도로 충분히 상보적이어야 한다.
본 발명의 용어 "프라이머"란, 짧은 자유 3' 말단 수산화기(free 3' hydroxyl group)를 가지는 염기 서열로 상보적인 템플레이트(template)와 염기쌍(base pair)을 형성할 수 있고 주형 가닥 복사를 위한 시작 지점으로 기능을 하는 짧은 서열을 의미하며, 주로 특정 구간을 증폭하는 프라이머 세트의 형태로 사용된다. 프라이머는 적절한 완충용액 및 온도에서 중합반응(즉, DNA 폴리머레이즈 또는 역전사효소)을 위한 시약 및 상이한 4가지 뉴클레오사이드 트리포스페이트의 존재하에서 DNA 합성을 개시할 수 있다. 이때, PCR 조건, 센스 및 안티센스 프라이머의 길이는 당업계에 공지된 것을 기초로 변형할 수 있다.
본 발명의 용어, "프로브"는 다양한 길이의 DNA 또는 RNA 염기서열로 방사성 표지 또는 형광 표지 등을 통해 표지되어 있으며, 단일가닥의 염기서열로 구성되어 상보적인 서열을 가진 단일가닥 DNA 또는 RNA에 특이적으로 결합하여 혼성화하는 것이 특징이며, 혼성화한 프로브의 표지 신호를 탐지하는 방식을 통해 타겟을 검출할 수 있다.
본 발명의 프라이머 또는 프로브는 포스포아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 핵산 서열은 또한 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 비-제한적인 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오타이드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오타이드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예: 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예: 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형이 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, 상기 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물을 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 키트를 제공한다.
본 발명의 키트는 DNA 칩 키트일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 DNA 칩 키트는 넙치의 LCDV 저항성 예측용 마커인 SNP 마커를 포함하는 폴리뉴클레오티드의 서열과 상보적인 염기서열을 포함하는 올리고폴리뉴클레오티드가 부착된 칩을 이용하여 특이적으로 타겟 DNA와 혼성화하여 결합하는 것을 특징으로 하며, SNP의 염기 변이에 따라 혼성화 수준의 변화가 나타나는 것을 이용하여 LCDV 저항성 넙치를 예측할 수 있다. 구체적으로, 본 발명에서 제공하는 넙치의 LCDV 저항성 예측용 DNA 칩 키트는 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 이의 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드 내지 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 이의 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 염기로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 표지자와 함께 칩에 부착하고 타겟 DNA를 칩에 반응시켜 혼성화 수준을 통해 유전자형을 판단하는 키트인 것인, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 키트일 수 있다.
본 발명은 또 다른 관점에서, (a) 넙치 시료의 DNA로부터 제1항의 LCDV 저항성 예측용 SNP 마커의 다형성 부위인 36번째 염기를 증폭하거나 검출하는 단계; 및 (b) 상기 (a) 단계의 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측 방법을 제공한다.
상기 (a) 단계의 DNA 시료로부터 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가아제 연쇄 반응(LCR), 전사증폭(transcription amplification) 및 자가유지 서열 복제 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.
상기 (a) 단계는 프라이머 또는 프로브를 이용하여 염기를 증폭 또는 검출하는 것일 수 있다.
상기 방법 중 (b) 단계의 증폭된 SNP 마커 부위의 염기를 결정하는 방법은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석, HRM 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(mini-sequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 특별히 이에 제한되지는 않는다. 상기 방법들 또는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자에게 이용 가능한 다른 방법에 의해, 상기 SNP 마커에서 하나 이상의 대립유전자를 확인할 수 있다.
이하, 본 발명의 이해를 돕기 위하여 바람직한 실시예를 제시한다. 그러나 하기의 실시예는 본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위하여 제공되는 것일 뿐, 하기 실시예에 의해 본 발명의 내용이 한정되는 것은 아니다.
실시예 1 : 넙치용 고밀도 SNP 70K 칩
1-1. 분석용 어미 선발 및 고밀도 SNP 확보
준비된 넙치집단 1,291마리로부터 11개의 초위성체 마커(microsatellite,MS) 좌위(loci)의 대립유전자형(allele)과 연관관계 분석 결과를 기반으로 선발한 개체를 genomic DNA에 대한 QC 결과와 집단, 교배여부, 성별 등을 고려하여 whole genome re-sequencing 분석용으로 넙치 집단에서 100마리를 최종적으로 선별하였다.
선별된 넙치 100마리의 유전자 분석은 Ilumina NovaSeq으로 진행하였고 중국에서 발표한 넙치 전장유전체 서열을 참조서열(reference sequence)로 하여 분석하였다. 도 1에서 나타나는 바와 같이, trimming, read mapping, sorting 등의 단계를 거쳐 각 샘플별로 약 36.69 Gb의 시퀀싱 데이터를 구축하고 개체 별 대용량 변이 정보 중 약 80%의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP)를 확인하였다. 변이 정보에 의한 hyper-variable 서열은 4가지 필터링 방법을 거쳐 고품질(high-quality) SNP를 선별하고 SNP 칩을 제작하기 위한 후보 SNP를 다시 선별하였다.
1-2. 최종 SNP 선별 및 SNP 칩 제작
고밀도(high-density) SNP 칩을 제작하기 위하여 AxiomTM my DesignTM SNP 칩 (50~90K) 플랫폼을 선정하였다. 도 2에 나타나는 바와 같이, 확보된 고품질 SNP는 중요도에 따라 tier를 구분하여 1) 100마리에 대한 genotype rate, 2) LD block, 3) repeat, 4) MAF 범위에 따른 등급화를 거쳐 SNP 154,964개를 얻었다. 선별된 155K SNP를 기반으로 100마리의 넙치에 대한 집단구조를 분석하였을 때, 앞서 사용한 11개의 MS 마커로 분석한 결과와 유사한 패턴을 보였으며, 이는 수집된 광어 집단이 수집지역(집단)에 따른 특이성이 강한 것으로 추측되며 집단 내 유전적 고정이 높을 것으로 판단된다. 155K SNP에서 호모폴리머 영역 및 대립유전자형인 A/T 또는 C/G인 SNP를 제거한 후 추천(recommendation)으로 분류된 88,065개 중 상기 SNP 칩 (50~90K) 플랫폼을 고려하여 최종적으로 71,364개의 SNP가 선별되었다. 선별된 SNP는 24개 염색체에 골고루 분포하였고 SNP간의 거리도 70%가 5,000 bp 안쪽이며, 대부분 10,000 bp 이하로 확인되었다. 1개의 chip에 SNP 71,364개가 심어지도록 제작하여 총 384 well/plate 형태의 넙치용 70K SNP 칩을 제작하였다.
실시예 2 : LCDV 저항성 비교를 위한 유전형질 분석
2-1. nF0 집단 내 LCDV 감염 개체 선별
실험어로 사용한 넙치는 제주특별자치도 해양수산연구원에서 수집된 넙치 어미 집단으로부터 제주대학교 교배지침에 따라 생산한 넙치 집단을 이용하였다. 구체적으로 성성숙 어미후보 354마리로부터 자연산란 및 자연수정을 통해 nF0 세대를 대량으로 생산하여 24-25cm 크기로 사육하였다.
림포시스티스병 바이러스(LCDV)는 넙치의 지느러미, 표피, 두부, 꼬리 등에 종양을 발생시키며 종양은 주로 유백색 또는 회색을 띄고 있고 혈액 유출로 인해 부분적으로 붉게 보이는 등 외관상 뚜렷한 증상이 관찰되기 때문에, 상기 nF0 집단 내에서 외부 증상이 나타난 LCDV 감염 개체 318 마리와 비감염 개체 724 마리를 선별하여 총 1,042 마리의 넙치 꼬리 지느러미를 확보한 뒤, 분석을 진행하였다.
2-2. LCDV 저항성 비교를 위한 마이크로어레이
선별된 nF0 집단 내 LCDV 감염어 318 마리와 비감염어 724 마리에서 PicoGreen DNA 정량법으로 gDNA의 QC(quality control)를 확인하여 통과된 샘플을 대상으로 상기 실시예1의 넙치용 70K SNP 칩을 활용하여 마이크로어레이를 수행하였다.
마이크로어레이 원데이터(raw data)는 Axiom Analysis Suite 5.1.1 소프트웨어(Thermo Fisher)로 sample QC와 SNP QC를 분석하여 고해상도폴리 등급의 59,431개 SNP data를 추출하였다. 구체적으로, 총 1,042 마리에 대하여 LCDV 저항성 유전형질 분석을 위한 59K SNP를 확보하고 하기 표 1에 표시하였다.
| SNP QC 임계값 | |||||||
| QC | Cr-cutoff | Fld-cutoff | Het-so-cutoff | Num-minor-allele-cutoff | 마커 수 | 최적의 마커 수 | 최적의 비율 |
| 임계값 Thresholds |
≥97 | ≥3.6 | ≥-0.1 | ≥2 | 71,364 | 59,431 | 83.279 |
| *Cr-cutoff = 최소 허용 call rate, Fld-cutoff = 상염색체 프로브세트에서 클러스터 분리를 위한 최소 허용 FLD 값, Het-so-cutoff = 이형클러스터의 크기(Y위치)오프셋의 정확성에 대한 최소 허용 값, Num-minor-allele-cutoff = 클러스터를 고해상도폴리로 분류하기 위한 최소 부대립유전자 수 |
|||||||
실시예 3 : 통계분석
3-1. LCDV 저항성을 예측할 수 있는 SNP 선별
59K SNP와 LCDV 표현형 데이터를 기반으로 LCDV 저항성에 대하여 SNP 연관성을 분석하고자 PLINK 1.9 소프트웨어, R 패키지 및 GCTA 소프트웨어 등으로 전장유전체연관분석(genome-wide association study, GWAS)을 진행하였다(도 1). LCDV 저항성에 대한 형질 데이터와 해당 마리수는 표 2과 같다.
| nF0에서 확보된 형질 데이터와 해당 마리수 | ||||
| 표현형 형질 | 해당 마리수 | 체중 (Body weight) |
전장 (Total length) |
체폭 (Width) |
| 감염(LD+) | 318 | 151.27±29.71 g | 24.98±1.63 cm | 8.72±0.65 cm |
| 비감염(LD-) | 724 | |||
| 합계 | 1,042 | - | - | - |
각 실험어의 유전형 데이터는 PLINK 1.9로 QC를 진행한 후, 다음 분석을 위해 SNP 값을 2진(binary)형태의 bfile 포맷으로 전환하였다. 그 다음 R 패키지 가스톤(Gaston)을 사용하여 선형혼합모형(Linear Mixed Model, LMM)을 기반으로 SNP 군집을 추정하고 2진 및 양적(quantitative)형질에 대한 분석을 시도하였다. 표현형질 분산(phenotypic variation)의 비율(proportion)은 다음과 같은 식을 적용하여 추정하였다.
감염 여부에 따른 GWAS 분석은 감염(LD+)을 1로, 비감염(LD-)를 0으로 두고 p-value = 0.0001 조건에서 진행하였다. 표 3에 표시된 바와 같이 이와 관련된 특이적 SNP가 5번 염색체에서 확인되었으며 이외 유효 임계치를 넘지는 않지만 의미있는 SNP가 확인되었다.
| 감염여부 GWAS에서 확인된 주요 SNP 정보 | |||||||||||
| Chr | Pos | ID | A1 | A2 | freq A2 | tau | beta | sd | p | Significance | Y |
| 1 | 19596691 | AX-419155239 | A | G | 0.452 | 1.851 | 0.771 | 0.188 | 4.33E-05 | 0.0225 | 0.027% |
| 5 | 25604378 | AX-419287768 | G | A | 0.310 | 1.792 | -1.022 | 0.210 | 1.08E-06 | 0.0317 | 0.038% |
| 5 | 4728109 | AX-419226386 | A | C | 0.292 | 1.696 | -1.087 | 0.246 | 1.01E-05 | 0.0261 | 0.032% |
| 5 | 24046632 | AX-419227119 | G | A | 0.283 | 1.767 | -1.343 | 0.306 | 1.16E-05 | 0.0258 | 0.031% |
| 5 | 5602061 | AX-419163405 | C | T | 0.500 | 1.751 | 0.918 | 0.213 | 1.55E-05 | 0.0251 | 0.030% |
| 5 | 23865232 | AX-419227106 | A | G | 0.314 | 1.764 | -1.166 | 0.274 | 2.08E-05 | 0.0243 | 0.029% |
| 5 | 7553030 | AX-419152595 | T | G | 0.268 | 1.697 | -1.141 | 0.270 | 2.41E-05 | 0.0240 | 0.029% |
| 5 | 5818903 | AX-419150910 | C | T | 0.486 | 1.713 | 0.613 | 0.150 | 4.19E-05 | 0.0226 | 0.027% |
| 5 | 4785158 | AX-419163351 | A | C | 0.292 | 1.700 | -1.021 | 0.249 | 4.21E-05 | 0.0226 | 0.027% |
| 5 | 7245483 | AX-419289241 | T | C | 0.416 | 1.787 | -0.995 | 0.244 | 4.58E-05 | 0.0224 | 0.027% |
| 5 | 4678839 | AX-419163344 | A | C | 0.286 | 1.702 | -1.022 | 0.252 | 4.99E-05 | 0.0222 | 0.027% |
| 5 | 4283212 | AX-419150883 | A | G | 0.269 | 1.693 | -1.084 | 0.269 | 5.50E-05 | 0.0219 | 0.026% |
| 5 | 6100432 | AX-419163437 | G | T | 0.223 | 1.745 | -1.242 | 0.308 | 5.58E-05 | 0.0219 | 0.026% |
| 5 | 20602398 | AX-419302169 | A | G | 0.489 | 1.703 | 0.604 | 0.151 | 6.08E-05 | 0.0217 | 0.026% |
| 5 | 23792958 | AX-419166757 | A | G | 0.398 | 1.864 | -0.840 | 0.211 | 6.78E-05 | 0.0214 | 0.026% |
| 5 | 4455246 | AX-419226350 | A | G | 0.287 | 1.713 | -1.010 | 0.254 | 6.83E-05 | 0.0214 | 0.026% |
| 5 | 4277724 | AX-419152509 | T | C | 0.269 | 1.690 | -1.071 | 0.269 | 6.84E-05 | 0.0214 | 0.026% |
| 5 | 4706284 | AX-419164846 | T | C | 0.328 | 1.740 | -0.907 | 0.228 | 6.97E-05 | 0.0213 | 0.026% |
| 17 | 990185 | AX-419189771 | T | C | 0.264 | 1.798 | 1.213 | 0.303 | 6.06E-05 | 0.0217 | 0.026% |
| 21 | 10555445 | AX-419277822 | C | T | 0.464 | 1.572 | 0.990 | 0.247 | 6.24E-05 | 0.0216 | 0.026% |
| *Chr = 염색체, Pos = 염색체상의 SNP 위치, ID = SNP ID, A1 = 주요 대립유전자, A2 = 부 대립유전자, freqA2 = 부 대립유전자 빈도, beta = the SNP effect, sd = 표준에러, p = p-value, Y = SNP에 의한 표현형 값의 비율 |
|||||||||||
상기 감염여부 GWAS에서 확인된 주요 SNP 정보를 바탕으로 LCDV 저항성 예측에 대한 20개의 SNP를 선별하였고, 이의 염기서열은 표 4에 나타난 바와 같다.
| LCDV 저항성 예측 SNP의 염기서열 및 관련 유전자 정보 | |||||||||
| 서열번호 | Chr | Pos | Id | A1 | A2 | 염기서열 | LCDV 저항성 유전자형 | 연관 유전자 | Region |
| 1 | 1 (CM007757.1) | 19596691 | AX-419155239 | A | G | ACATCTTGGACCATAAGGAACTACAGACGCATGAT[A/G]ATCACAGCTTTGTTAGATCACATTTGACTTTGCTT | G | (Gene) Paralichthys olivaceus kinesin family member 5A (kif5a) | intron |
| 2 | 5 (CM007761.1) | 25604378 | AX-419287768 | G | A | CATTAAACCAAGGTTAGAGGAGGGGAAGTCACTCA[A/G]CCAGGGGAATGAAGAGATGACAGTGATGGGTACAA | A | (Gene) Paralichthys olivaceus creatine kinase M-type-like | intron |
| 3 | 5 (CM007761.1) | 4728109 | AX-419226386 | A | C | AATTGGATGTGTTTAGAATGGCAGTATTGATGCCC[A/C]ACTCTCTTCTATGCTCATTTAGAAACAAATCGGCG | C | (Upstream) Paralichthys olivaceus glutathione S-transferase C-terminal domain containing (gstcd) / (Downstream) GST | intergenic |
| 4 | 5 (CM007761.1) | 24046632 | AX-419227119 | G | A | TGATTTGTCCAGGTCTTTGGTCTACGATAAAGAAA[A/G]ATGGAATTGTGATGTTGCTGTAGATCCAGTACGTT | A | (Gene) Paralichthys olivaceus nucleus accumbens-associated protein 1-like | intron |
| 5 | 5 (CM007761.1) | 5602061 | AX-419163405 | C | T | CTGTCTGGTGAGATGTAATTCCACCACACATATAA[C/T]CTCAAACTGAGCAGGAGTCAGCCACAGGAGTAAAG | T | (Upstream) Paralichthys olivaceus acidic nuclear phosphoprotein 32 family member B (anp32b)/ (Downstream) Paralichthys olivaceus coronin 2A (coro2a) | intergenic |
| 6 | 5 (CM007761.1) | 23865232 | AX-419227106 | A | G | ATAAATGGATTGAACAGTAGATTTAAACAGAAGTA[A/G]CATGTTTGCTGATTAGCAGATGTTTACACAGTTAG | G | (Upstream) Paralichthys olivaceus WD repeat domain 83 (wdr83)/ (Downstream) Paralichthys olivaceus WD repeat domain 83 opposite strand (wdr83os) | intergenic |
| 7 | 5 (CM007761.1) | 7553030 | AX-419152595 | T | G | GAGCATGTCTAATGTTATATTAGCTTAAAGATCCA[G/T]TTGAGAAGTCCTAGAAATTGTAGTAGTAAAACATT | G | (Upstream) Paralichthys olivaceus caskin-1-like / (Downstream) Paralichthys olivaceus suppressor of cytokine signaling 1-like | intergenic |
| 8 | 5 (CM007761.1) | 5818903 | AX-419150910 | C | T | GTCCCTGACTGATTACTGATTGCTGGTTTTCCTTG[C/T]GTCTGAGAGGCGATGCCTCTAATTCGCCGAGAGCC | T | (Upstream) Paralichthys olivaceus mitochondrial uncoupling protein 2-like / (Downstream) Paralichthys olivaceus TBC1 domain family member 9 (tbc1d9) | intergenic |
| 9 | 5 (CM007761.1) | 4785158 | AX-419163351 | A | C | GCGAAGCCTTTTCTTCGCTTCACTACAAATGTATT[A/C]ATCTAAACGCCTGCACAAGGCAATGCTGATGACAT | C | (Gene) Paralichthys olivaceus nephronectin (npnt) | intron |
| 10 | 5 (CM007761.1) | 7245483 | AX-419289241 | T | C | GTCATCGGCTTATTTTAACCCCTACTGTGCCACGG[C/T]GGCCATCACAGCTCATCTCGCCTATTTATGTTTGG | C | (Upstream) unknown / (Downstream) Paralichthys olivaceus F-box and WD repeat domain containing 7 (fbxw7) | intergenic |
| 11 | 5 (CM007761.1) | 4678839 | AX-419163344 | A | C | CCTTCACACAATACCATAACACACTCTACTATTGA[A/C]ACTCAATCTCAGCTGGACACTGAAAATATTATCCC | C | (Upstream)Paralichthys olivaceus tet methylcytosine dioxygenase 2 (tet2) / (Downstream) Paralichthys olivaceus pyrophosphatase (inorganic) 2 (ppa2) | intergenic |
| 12 | 5 (CM007761.1) | 4283212 | AX-419150883 | A | G | CTGTCGTCGTCTCACACGAGGCTGAAGAATCTAAC[A/G]GGACTCTGATACCTTCAGGTTCTGGCTCAGCGCCA | G | (Upstream) Paralichthys olivaceus FAT atypical cadherin 1 (fat1) / (Downstream) unknown | intergenic |
| 13 | 5 (CM007761.1) | 6100432 | AX-419163437 | G | T | GTTGGAAGAATAATCGTTTGATAGTTAACTGACCT[G/T]CTGCTGCGAGTCACAAAACGAATTAGGTGGTGAAA | T | (Upstream) unknown / (Downstream)Paralichthys olivaceus GRB2 associated binding protein 1 (gab1) | intergenic |
| 14 | 5 (CM007761.1) | 20602398 | AX-419302169 | A | G | AGGCAACTGTGTCACTTGTTACACAACTCGACACA[A/G]TAGTGCTCATGGCATAAAATTTCACAGTAATTACA | G | (Gene) Paralichthys olivaceus zinc finger protein 180-like | intron |
| 15 | 5 (CM007761.1) | 23792958 | AX-419166757 | A | G | GGTACCTGTGAGTCCTGTGTCTCAGAAATGGGCCC[A/G]AAATTTTCAAGGGTTTTCAACTCTCAGGGTTTTAT | G | (Gene) Paralichthys olivaceus beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase manic fringe-like | intron |
| 16 | 5 (CM007761.1) | 4455246 | AX-419226350 | A | G | TTGATGAAATGGTTGTGTCCTATTTCTGGACAGTC[A/G]TGGATCTTCTGTTTATTGTTGCATGTCCTTTTCTC | G | (Upstream) Paralichthys olivaceus programmed cell death protein 4-like / (Downstream) Paralichthys olivaceus WW domain binding protein 1-like | intergenic |
| 17 | 5 (CM007761.1) | 4277724 | AX-419152509 | T | C | GTCCTGCGACGACAACGGTACGATGCCACTCAACA[C/T]GTTCAACCTTTTCTCTCCTAGTGAATGAAGAAAAC | G | (Gene) Paralichthys olivaceus FAT atypical cadherin 1 (fat1) | intron |
| 18 | 5 (CM007761.1) | 4706284 | AX-419164846 | T | C | TTCATCAGTTCTAAGCTGAATTGCATGTACCTGCT[C/T]TGCAATACAGTGTTGTAGATCTAAAACAAACTTGA | C | (Gene) Paralichthys olivaceus integrator complex subunit 12 (ints12) | intron |
| 19 | 17 (CM007773.1) | 990185 | AX-419189771 | T | C | AGATTTTGCAATTTCTTGAATTTTCATATTGCTCT[C/T]GTTAATCCCAGCAGATGGCACATGTCATGCTATTC | C | (Upstream) Paralichthys olivaceus peroxisomal biogenesis factor 10 (pex10) / (Downstream) unknown | intergenic |
| 20 | 21 (CM007777.1) | 10555445 | AX-419277822 | C | T | ATATTGAATGAAAGTCTCACCAGATCGAAAGGTGG[C/T]GTCTGCCTTTGAGTACTTCTCGACTGCCGGGACCT | T | (Gene) Paralichthys olivaceus ATM serine/threonine kinase (atm) | exon |
상기 20개의 SNP에 대해 다음의 분석결과를 참고하여 LCDV 저항성 유전자형으로 확정하였다.
각 개체의 표현형과 유전자형을 서로 연관 분석하여 LCDV 저항성에 대해 유의적인 SNP를 선발하고, 도 2a~도 2g에서 보는 바와 같이, 각 SNP의 유전자형에 대한 감염 또는 비감염 개체수를 확인하여 유전자형에 대한 표현형 분포를 그래프에 나타내었다. LCDV 저항성 유전자형이 포함될 경우 LCDV 비감염 개체수가 높은 것으로 확인되었고, 상기 20개의 SNP를 포함하는 LCDV 저항성 유전자형을 가지는 개체를 선별할 경우 LCDV 감염에 대한 생존확률이 높을 것으로 기대할 수 있다.
3-2. nF0 LCDV 저항성에 대한 유전력 분석
유전적 매개변수(Genetic parameter) 분석을 통해 LCDV 저항성을 위한 GWAS 분석에서 추정된 유전력은 표 5와 같다.
| LCDV 저항성 관련 유전력 | ||||
| 표현형 형질 | 유전력 Heritability |
p-value | Significant to selection | 주요 염색체 |
| 감염 여부 (Resistance) | 0.43 | 0.0001 | Significant | 5 |
감염 여부 기반으로 분석된 유전력은 0.43 정도로 유효적인 값이 추정되어 유전체선발을 통해 해당 형질의 개량을 충분히 기대할 수 있는 값이며, 이와 관련된 SNP 마커를 LCDV 저항성 선발을 위한 마커로 사용할 수 있을 것으로 기대할 수 있다.
<110> Jeju National University Industry-Academic Cooperation Foundation
<120> SNP marker for predicting resistant to lymphocystis disease of
Paralichthys olivaceus and use thereof
<130> DP20210218
<160> 20
<170> KoPatentIn 3.0
<210> 1
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419155239
<400> 1
acatcttgga ccataaggaa ctacagacgc atgatnatca cagctttgtt agatcacatt 60
tgactttgct t 71
<210> 2
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419287768
<400> 2
cattaaacca aggttagagg aggggaagtc actcanccag gggaatgaag agatgacagt 60
gatgggtaca a 71
<210> 3
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419226386
<400> 3
aattggatgt gtttagaatg gcagtattga tgcccnactc tcttctatgc tcatttagaa 60
acaaatcggc g 71
<210> 4
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419227119
<400> 4
tgatttgtcc aggtctttgg tctacgataa agaaanatgg aattgtgatg ttgctgtaga 60
tccagtacgt t 71
<210> 5
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419163405
<400> 5
ctgtctggtg agatgtaatt ccaccacaca tataanctca aactgagcag gagtcagcca 60
caggagtaaa g 71
<210> 6
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419227106
<400> 6
ataaatggat tgaacagtag atttaaacag aagtancatg tttgctgatt agcagatgtt 60
tacacagtta g 71
<210> 7
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419152595
<400> 7
gagcatgtct aatgttatat tagcttaaag atccanttga gaagtcctag aaattgtagt 60
agtaaaacat t 71
<210> 8
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419150910
<400> 8
gtccctgact gattactgat tgctggtttt ccttgngtct gagaggcgat gcctctaatt 60
cgccgagagc c 71
<210> 9
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419163351
<400> 9
gcgaagcctt ttcttcgctt cactacaaat gtattnatct aaacgcctgc acaaggcaat 60
gctgatgaca t 71
<210> 10
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419289241
<400> 10
gtcatcggct tattttaacc cctactgtgc cacggnggcc atcacagctc atctcgccta 60
tttatgtttg g 71
<210> 11
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419163344
<400> 11
ccttcacaca ataccataac acactctact attganactc aatctcagct ggacactgaa 60
aatattatcc c 71
<210> 12
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419150883
<400> 12
ctgtcgtcgt ctcacacgag gctgaagaat ctaacnggac tctgatacct tcaggttctg 60
gctcagcgcc a 71
<210> 13
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419163437
<400> 13
gttggaagaa taatcgtttg atagttaact gacctnctgc tgcgagtcac aaaacgaatt 60
aggtggtgaa a 71
<210> 14
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419302169
<400> 14
aggcaactgt gtcacttgtt acacaactcg acacantagt gctcatggca taaaatttca 60
cagtaattac a 71
<210> 15
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419166757
<400> 15
ggtacctgtg agtcctgtgt ctcagaaatg ggcccnaaat tttcaagggt tttcaactct 60
cagggtttta t 71
<210> 16
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419226350
<400> 16
ttgatgaaat ggttgtgtcc tatttctgga cagtcntgga tcttctgttt attgttgcat 60
gtccttttct c 71
<210> 17
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419152509
<400> 17
gtcctgcgac gacaacggta cgatgccact caacangttc aaccttttct ctcctagtga 60
atgaagaaaa c 71
<210> 18
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419164846
<400> 18
ttcatcagtt ctaagctgaa ttgcatgtac ctgctntgca atacagtgtt gtagatctaa 60
aacaaacttg a 71
<210> 19
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419189771
<400> 19
agattttgca atttcttgaa ttttcatatt gctctngtta atcccagcag atggcacatg 60
tcatgctatt c 71
<210> 20
<211> 71
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> AX-419277822
<400> 20
atattgaatg aaagtctcac cagatcgaaa ggtggngtct gcctttgagt acttctcgac 60
tgccgggacc t 71
Claims (7)
- 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는,
넙치의 림포시스티스병 바이러스(lymphocystis disease virus, LCDV) 저항성 예측용 SNP(Single nucleotide polymorphism) 마커 조성물.
- 제 1항에 있어서,
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 또는 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우,
LCDV 저항성 넙치인 것으로 예측하는 것인,
넙치의 LCDV 저항성 예측용 SNP 마커 조성물. - 넙치의 림포시스티스병 바이러스 저항성 예측용 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물로서,
상기 SNP 마커는,
서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는,
넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물. - 제 3항에 있어서,
상기 제제는 상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 넙치의 LCDV 저항성 예측용 조성물. - 제 3항의 조성물을 포함하는, 넙치의 림포시스티스병 바이러스 저항성 예측용 키트.
- (a) 넙치로부터 분리된 시료의 DNA로부터 넙치의 림포시스티스병 바이러스 저항성 예측용 SNP 마커의 다형성 부위를 증폭하거나 검출하는 단계 및
(b) 상기 (a) 단계에서 증폭 또는 검출된 다형성 부위의 염기를 결정하는 단계를 포함하며,
상기 (a)단계의 상기 SNP 마커는,
서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 A이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 또는 G이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;
서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 또는 C이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드; 및
서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 또는 T이고, 상기 36번째 염기를 포함하는 10 내지 100개의 연속적인 염기로 구성된 폴리뉴클레오티드 또는 이에 상보적인 폴리뉴클레오티드;로 이루어진 그룹에서 선택되는 1종 이상을 포함하는,
넙치의 LCDV 저항성 예측 방법. - 제 6항에 있어서,
상기 서열번호1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G인 경우; 상기 서열번호2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 A 인 경우; 상기 서열번호5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우; 상기 서열번호14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 G 인 경우; 상기 서열번호18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 상기 서열번호19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 C 인 경우; 또는 상기 서열번호20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 36번째 염기가 T 인 경우, LCDV 저항성 넙치인 것으로 예측하는 것인,
넙치의 LCDV 저항성 예측 방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020210115619A KR102318448B1 (ko) | 2021-08-31 | 2021-08-31 | 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020210115619A KR102318448B1 (ko) | 2021-08-31 | 2021-08-31 | 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR102318448B1 true KR102318448B1 (ko) | 2021-10-28 |
Family
ID=78232734
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020210115619A KR102318448B1 (ko) | 2021-08-31 | 2021-08-31 | 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| KR (1) | KR102318448B1 (ko) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20180046592A (ko) | 2016-10-28 | 2018-05-09 | 주식회사 씨더스 농업회사법인 | 유전자 단위에서 단상형을 구분하는 태그-snp 선발 및 활용 기술 |
-
2021
- 2021-08-31 KR KR1020210115619A patent/KR102318448B1/ko active IP Right Grant
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR20180046592A (ko) | 2016-10-28 | 2018-05-09 | 주식회사 씨더스 농업회사법인 | 유전자 단위에서 단상형을 구분하는 태그-snp 선발 및 활용 기술 |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| 강정하 외 3인 J. Kor. Fish. Soc. 40(3):128-132, 2007 * |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| KR101213217B1 (ko) | 한우의 육량 또는 육질의 조기 선발에 유용한 단일염기다형성 마커 | |
| KR101749823B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 포함하는 삽살이 단모 견종 판별용 조성물 | |
| KR101450792B1 (ko) | 돼지의 흑모색 판단용 ｓｎｐ 마커 및 이의 용도 | |
| KR102384514B1 (ko) | 넙치의 고수온 내성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| KR102064559B1 (ko) | 모돈의 생애총생산성 형질 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| KR102318448B1 (ko) | 넙치의 림포시스티스병 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| JP4111985B2 (ja) | 発現量多様性を有する遺伝子の同定法 | |
| US20150344959A1 (en) | Compositions and methods for genotyping canines | |
| KR102281658B1 (ko) | 넙치의 바이러스성 출혈성 패혈증 바이러스 저항성 예측용 snp 마커 및 이의 용도 | |
| KR101985659B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 이용한 백우 품종 식별 방법 | |
| KR101928887B1 (ko) | 제주 흑우 품종 판별용 단일염기다형성 마커 및 이의 용도 | |
| KR102470958B1 (ko) | 진도개의 체중 조기 예측 유전자 마커 개발 | |
| KR102470971B1 (ko) | 진도개의 체장 대 체고 비 조기예측 유전자 마커 개발 | |
| KR102182740B1 (ko) | 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 등지방두께 판별용 조성물 | |
| KR102470966B1 (ko) | 진도개의 체고 조기 예측 유전자 마커 개발 | |
| KR102083672B1 (ko) | 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 마블링 판별용 조성물 | |
| KR102083675B1 (ko) | 단일염기다형성 마커를 이용한 칡소 품종 식별 방법 | |
| KR102194879B1 (ko) | 개의 주인 친근성 예측용 snp 마커 및 이를 이용한 예측 방법 | |
| KR102470954B1 (ko) | 진도개의 체장 조기 예측 유전자 마커 개발 | |
| KR102083673B1 (ko) | 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 등심단면적 판별용 조성물 | |
| US10770183B2 (en) | Methods of assessing a risk of developing necrotizing meningoencephalitis | |
| KR102083674B1 (ko) | 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 도체중 판별용 조성물 | |
| KR20220071757A (ko) | Snp를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 마블링 지수 판별용 조성물 및 이를 포함하는 키트 | |
| US20120183958A1 (en) | Methods for predicting fat and lean phenotypes in chickens | |
| KR20220071761A (ko) | Snp를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 등지방두께 판별용 조성물 및 이를 포함하는 키트 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A302 | Request for accelerated examination | ||
| E701 | Decision to grant or registration of patent right | ||
| GRNT | Written decision to grant |