CN118139992A - 用于预测褐牙鲆耐高水温性的snp标记及其用途 - Google Patents

用于预测褐牙鲆耐高水温性的snp标记及其用途 Download PDF

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李济熙
李淑庆
郑泰赫
对理波·水理叭·理野罗揭
费罗主·宇理安他·海罗水·武理安世罗揭
李知训
金嘉恩
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高炯范
元承焕
吴成立
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    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
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    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
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Abstract

本发明涉及一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性(SNP)标记组合物及利用其的预测褐牙鲆耐高水温性的方法。本发明的SNP标记组合物可用于具有耐高水温性的褐牙鲆的基因组选择(genomic selection)，并可促进耐高水温品种的开发和持续生产。

Description

用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记及其用途
技术领域
相关申请的交叉引用
本申请要求基于2021年8月31日提交的韩国发明专利申请第2021-0116084号的优先权利益，所述专利申请全部内容通过引用并入本说明书。
本发明涉及一种用于预测褐牙鲆高水温耐受性(High Water TemperatureTolerance；HWTT)的SNP标记组合物及利用其的预测褐牙鲆耐高水温性的方法。
背景技术
在韩国，大多数褐牙鲆养殖集中在济州特别自治道和全罗南道，每年生产和流通超过40000吨养殖褐牙鲆。与使用地下海水的养殖场相比，使用自然海水的陆上养殖场或海洋牧场中，海水温度是影响养殖生产的重要变数。据了解，气候变化导致的夏季高水温持续时间越长，养殖褐牙鲆就越容易发生各种问题，如疾病诱发和免疫力减弱等。因此，需要能够抵御高水温期的新品种褐牙鲆，为此需要基于可选择耐高水温褐牙鲆的方法进行基因组选择育种。
现有技术文献
专利文献
1.韩国发明专利第10-2080120号
发明内容
技术问题
本发明的目的在于提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性(SNP，Single nucleotide polymorphism)标记组合物，包含可检测或扩增其的制剂的组合物，包含所述组合物的用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒，以及预测褐牙鲆耐高水温性的方法。
技术方案
为了达到所述目的，本发明提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP(Singlenucleotide polymorphism)标记组合物，其包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：由序列号(SEQ ID NO)：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
其中，在由所述序列号：1的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：2的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：3的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：4的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：5的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：6的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：7的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：8的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：9的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：10的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：11的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：12的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：13的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：14的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：15的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：16的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：17的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：18的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：19的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：20的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：21的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：22的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：23的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：24的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：25的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：26的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：27的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：28的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：29的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；或者在由所述序列号：30的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时，预测为耐高水温性的褐牙鲆。
此外，本发明提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物，其包含可检测或扩增用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记的制剂，其中，所述SNP标记包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：由序列号：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
所述制剂可以是可检测或扩增所述SNP标记的引物或探针。
此外，本发明提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒，其包含用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物。
此外，本发明提供一种预测褐牙鲆耐高水温性的方法，其包括：步骤(a)，从自褐牙鲆分离出的样本的DNA(脱氧核糖核酸)中扩增或检测用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记的多态性区；以及步骤(b)，确定所述步骤(a)中扩增或检测出的多态性区的碱基，其中，所述步骤(a)的所述SNP标记包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：由序列号：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
其中，在由所述序列号：1的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：2的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：3的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：4的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：5的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：6的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：7的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：8的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：9的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：10的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：11的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：12的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：13的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：14的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：15的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：16的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：17的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：18的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：19的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：20的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：21的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：22的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：23的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：24的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：25的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：26的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：27的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：28的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：29的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；或者在由所述序列号：30的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时，预测为耐高水温性的褐牙鲆。
此外，本发明在用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒；以及在预测褐牙鲆耐高水温性的方法中，提供所述用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记组合物的用途。
发明的效果
本发明的SNP标记组合物可用于对具有耐高水温性的褐牙鲆进行基因组选择(genomic selection)。
附图说明
图1示出耐高水温性实验中根据水温变化的累积死亡率的图表。
图2示出按类型(存活与否、存活天数、存活时间)对耐高水温性进行的GWAS分析。
图3至图32示出针对30个预测耐高水温性的SNP基因型的表型分布。
最佳实施方式
本发明人曾申请相关“用于预测褐牙鲆病毒性出血性败血症病毒抗性的SNP标记”的发明专利(韩国发明专利第10-2281658号)，该发明专利中的内容全部可作为本发明的参考。
本发明通过对高水温暴露实验中筛选的个体使用褐牙鲆用70KSNP芯片进行遗传性状分析和全基因组关联研究(genome-wide association study，GWAS)，确认了可以预测耐高水温性的单核苷酸多态性(SNP)。
本发明一方面涉及一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记组合物。
具体地，本发明提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP(Single nucleotidepolymorphism)标记组合物，其包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：由序列号(SEQ ID NO)：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
本发明中的术语“耐高水温性”指的是对水温升高的抵抗性能，具体而言，在持续维持29.0℃至33.7℃的高水温时，对因水温冲击、免疫力减弱、生理功能下降等导致的生长缓慢或疾病发生的抵抗能力。
本发明中的术语“单核苷酸多态性(SNP)标记”是指用于识别个体或物种的DNA序列上的单一碱基多态性等位基因碱基对。SNP相对频率高且稳定，分布于整个基因组，由此产生个体的遗传多样性，因此SNP标记可以作为个体间遗传接近性的指标。SNP标记通常包括伴随单一碱基多态性的表型变化，但在某些情况下可能并非如此。本发明中的SNP标记可表示氨基酸序列的变异或如褐牙鲆耐高水温性等个体表型的差异。
本发明中的术语“个体”是指要确认其耐高水温性的对象褐牙鲆，通过利用从所述褐牙鲆中获得的样本来分析所述SNP标记的基因型，从而判定具有耐高水温性的褐牙鲆。
根据本发明的一个实施例，为了筛选耐高水温性预测SNP，首先利用褐牙鲆亲代的全基因组重测序(whole genome re-sequencing)来寻找亲代基因组的SNP，并基于此制作了70K SNP芯片。然后，使用所述芯片在高水温暴露实验中针对被选出的个体，将搜索范围缩小至与耐高水温性相关的SNP进行寻找。结果，在第18号和第19号染色体上发现了与耐高水温性高度相关的有效SNP。通过分析这些SNP的基因型的表型分布，确定了30个SNP信息，并确认了本发明的SNP标记的可靠性和准确性，从而证实可以预测褐牙鲆的耐高水温性。
因此，本发明指出，包含选自以下组中的一种以上多核苷酸或其互补的多核苷酸的褐牙鲆可能表现出耐高水温性状，所述组由包含由序列号：1中碱基序列的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸至由包含序列号：30中碱基序列的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。这些碱基序列是由本发明人首次阐明的。
具体地，在由所述序列号：1的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：2的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：3的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：4的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：5的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：6的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：7的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：8的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：9的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：10的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：11的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：12的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：13的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：14的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：15的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：16的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：17的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：18的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：19的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：20的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：21的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：22的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：23的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：24的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：25的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：26的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：27的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：28的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：29的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；或者在由所述序列号：30的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时，预测为耐高水温性的褐牙鲆。
在另一方面，本发明提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物，其包含可检测或扩增用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记的制剂。
本发明中的术语“可检测或扩增SNP标记的制剂”是指可通过检测或扩增所述基因的多态性区来预测耐高水温性的褐牙鲆的组合物，具体地，是指能够特异性检测或扩增所述SNP标记的多核苷酸的引物组或探针。
用于扩增所述SNP标记的引物可以是在适当的缓冲液和条件下(例如，四种不同的核苷酸三磷酸以及DNA、RNA(核糖核酸)聚合酶或逆转录酶等聚合体)以及适当的温度下作为模板指导DNA合成的起点的单链寡核苷酸，其适当的长度可根据使用目的而变化，通常为15至30个核苷酸。较短的引物分子通常需要更低的温度以与模板形成稳定的杂合体。所述引物序列不必完全与SNP标记互补，但必须足以与SNP标记杂交。
本发明中的术语“引物”是指具有短的游离3'羟基(free 3'hydroxyl group)的碱基序列，能够与其互补的模板(template)形成碱基对(base pair)，并作为模板链复制的起始点的短序列，通常以特定区域扩增的引物组形式被使用。引物在适当的缓冲液和温度中，可在存在聚合反应用试剂(即，DNA聚合酶或逆转录酶)和四种不同的核苷酸三磷酸的情况下开始DNA合成。在此情况下，PCR(聚合酶链反应)条件、正义和反义引物的长度可以基于本领域已知的信息进行调整。
本发明中的术语“探针”是指具有不同长度的DNA或RNA碱基序列，并通过放射性标记或荧光标记等方式被进行标记，单链碱基序列组成，能够特异性地与包含互补序列的单链DNA或RNA结合并杂交，可以通过检测杂交探针的标记信号来检测目标。
本发明中的引物或探针可以使用亚磷酰胺(Phosphoramidite)固体支持体方法或其他广为人知的方法来化学合成。这些核酸序列也可以使用本领域公知的许多手段进行变更。这些变更的非限制性示例包括甲基化、帽化、替换为一个或多个天然核苷酸的同族体，以及核苷酸间的变化，例如，无电荷连接体(如甲基磷酸酯(Methyl Phosphonate)、磷酸三酯(Phosphotriester)、氨基磷酸酯(Phosphoramidate)、氨基甲酸酯(Carbamate)等)或带电荷连接体(如硫代磷酸(Phosphorothioate)、二硫代磷酸酯(Phosphorodithioate)等)。
本发明另一方面提供一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒，其包含所述用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物。
本发明的试剂盒可以是DNA芯片试剂盒，但不仅限于此。所述DNA芯片试剂盒的特征在于，使用附有寡核苷酸(Oligonucleotide)的芯片，特异性与目标DNA杂交并结合。寡核苷酸包含用于预测褐牙鲆耐高水温性标记的SNP标记的多核苷酸的序列或其互补的碱基序列。此外，所述DNA芯片试剂盒利用SNP的碱基变异导致的杂交水平变化来可预测耐高水温性的褐牙鲆。具体而言，本发明提供的是用于预测褐牙鲆耐高水温性的DNA芯片试剂盒。所述DNA芯片试剂盒是将选自由包含序列号：1的碱基序列的多核苷酸至包含序列号：30的碱基序列的多核苷酸组成的组中的一种以上多核苷酸或与由包含其第36位碱基的10至100个碱基组成的多核苷酸互补的寡核苷酸与标记一起附在芯片上，并将目标DNA反应到芯片上，通过杂交水平来判断基因型的用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒。
本发明另一方面提供一种预测褐牙鲆耐高水温性的方法，其包括：步骤(a)从褐牙鲆分离出的样本DNA中扩增或检测用于预测褐牙鲆耐高水温性的SNP标记的多态性区；以及步骤(b)确定所述步骤(a)中扩增或检测出的多态性区的碱基。
在所述步骤(a)中，从DNA样本中扩增多核苷酸的步骤可以使用本领域技术人员已知的任何方法。例如，可以通过PCR扩增目标核酸，然后对其进行纯化以获得。此外，还可以使用连接酶链反应(LCR)、转录扩增(transcription amplification)、自主序列复制(self-sustained sequence replication)以及依赖核酸序列的扩增(NASBA)。
所述步骤(a)可以使用引物或探针来扩增或检测碱基。
在上述方法中，步骤(b)中确定扩增的SNP标记区域的碱基的方法可以使用测序分析、微阵列杂交、等位基因特异性PCR(allele specific PCR)、动态等位基因特异性杂交(dynamic allele-specific hybridization，DASH)、PCR延伸分析、PCR-SSCP、PCR-RFLP分析、HRM分析或TaqMan技术、SNPlex平台(Applied Biosystems)、质谱法(例如，Sequenom的MassARRAY系统)、微测序方法、Bio-Plex系统(BioRad)、CEQ和SNPstream系统(Beckman)、分子反向探针阵列技术(例如，Affymetrix GeneChip)以及BeadArray技术(例如，IlluminaGoldenGate及Infinium分析方法)等进行，但并不特别限于此。通过上述方法或本发明所属领域的技术人员可用的其他方法，可以确定SNP标记中的一个或多个等位基因。
具体实施方式
以下，为了帮助理解本发明而提供优选实施例。然而，以下实施例仅为了更易理解本发明而提供，并不限制本发明的内容。
实施例1：用于褐牙鲆的高密度SNP 70K芯片
1-1.选择用于分析的亲体及获取高密度SNP
从准备的褐牙鲆群体1291只中，基于11个微卫星标记(microsatellite，MS)位点的等位基因型(allele)的相关性分析结果，然后考虑到基因组DNA的质量控制(QC)结果以及群体、交配与否、性别等因素，用于全基因组重测序(whole genome re-sequencing)分析，最终筛选出了100只褐牙鲆。
所选的100只褐牙鲆的基因分析是通过Illumina NovaSeq进行的，参考序列(reference sequence)是中国公布的褐牙鲆全基因组序列。如图1所示，通过修剪(trimming)、读取映射(read mapping)、排序(sorting)等步骤，对每个样本构建了约36.69Gb的测序数据，并确认了大约80％的单核苷酸多态性(single nucleotidepolymorphism，SNP)。通过四种过滤方法，从基于突变信息的超变(hyper-variable)序列中筛选高质量(high-quality)SNP，并重新选择候选SNP以制作SNP芯片。
1-2.最终SNP的筛选及SNP芯片的制作
为了制作高密度SNP芯片，选择了AxiomTM myDesignTM SNP芯片(50K至90K)平台。如图2所示，基于重要性对所获得的高质量SNP进行了分级(tier)，经过1)100只褐牙鲆的基因型率(genotype rate)、2)LD块(LD block)、3)重复(repeat)、4)MAF范围的分级，得到154964个SNP。基于筛选出的155K SNP分析100只褐牙鲆的群体结构时，显示出与之前使用的11个MS标记的分析结果呈现相似的模式，这推测为收集的褐牙鲆群体因收集地区(群体)的特异性强，并且群体内的遗传固定高。在155K SNP中，去除了均聚物区域和等位基因型的A/T或C/G的SNP后，从被推荐(recommendation)的88065个SNP中，考虑到SNP芯片(50K至90K)平台，最终筛选出71364个SNP。这些筛选出的SNP在24条染色体上均匀分布，70％的SNP之间距离在5000bp以内，大多数在10000bp以下。制作了一个芯片上包括71364个SNP的芯片，共384个孔/板(well/plate)的褐牙鲆用70K SNP芯片。
实施例2：褐牙鲆的高水温暴露实验
2-1.实验鱼准备
用作实验鱼的褐牙鲆是从济州特别自治道海洋水产研究院收集的褐牙鲆亲代群体中按照济州大学的配种指南生产的褐牙鲆群体。具体而言，从354只成熟亲体候选(雌126只，雄288只)中自然产卵和自然受精产生了大量的nF0代，养殖至20至30厘米大小，并从中随机选取800只，在直径2.5米的两个水槽中各放入400只，于19.4℃的水温下驯化3天。此时，水槽使用带有锅炉的循环过滤系统来控制水温。驯化期间出现异常症状的个体被去除，用于高水温暴露实验的个体总数为769只。直至水温达到30℃，每天喂食两次，第一次死亡后停止喂食。
将水温从驯化温度调整为每天升高约1℃至30℃，并调整为每天升高约0.5℃直至达到已知是褐牙鲆临界温度的32.5℃。定时测量水温和溶解氧，确保氧饱和度保持在90％以上。从第一次死亡开始，定时收集死亡个体，检查大小、重量和外部症状，取尾鳍样本并冷冻保存。
2-2.用于比较耐高水温性的微阵列
从实验鱼的尾鳍组织中取50mg，使用QIAamp 96DNA QIAcube HT Kit(凯杰(Qiagen)，德国)提取基因组DNA(genomic DNA，gDNA)。使用实施例1中针对褐牙鲆设计和制造的70K SNP芯片，以通过gDNA QC(质量控制，quality control)的763个样本为对象进行了微阵列(microarray)分析。
微阵列的原始数据(raw data)使用Axiom Analysis Suite 5.1.1软件(ThermoFisher)对通过样本(sample)QC的726个样本进行SNP QC分析，并提取了59128个高分辨率多级的SNP数据(SNP data)。
实施例3：统计分析
3-1.表型数据分析
如表1所示，769条实验鱼的平均全长(Total length)为25.42±1.63cm，体宽(Width)平均为8.84±0.65cm，体重(Body weight)平均为159.1±29.9g。
表1
实验鱼的基础统计量
参考图1，开始升温后首次死亡的水温为30.7℃，从首次死亡开始的4天内，水温从30.7℃最高升至32.7℃并保持。首次死亡后的第四天凌晨开始降温，此后存活的个体被归类为生存鱼。总死亡个体数为538条，累计死亡率为69.96％，生存鱼确认为231条(见表2)。
表2
随水温变化的累积死亡率
根据高水温暴露的存活分析通过以分为1)存活与否(survival)，2)以首次死亡为基准，经过的存活天数(DPC_Day)，3)以首次死亡为基准，经过的存活时间(DPC_Time)分类并赋予分数来进行。
3-2.全基因组关联分析(GWAS)
每个实验个体的基因型数据通过PLINK 1.9软件进行质量控制(QC)，然后将SNP值转换为二进制(binary)格式的bfile，以便于后续分析。随后使用R包的Gaston，基于线性混合模型(Linear Mixed Model，LMM)推测SNP群集，并对二进制和数量性状(quantitativetraits)进行了分析。
表型变异(phenotypic variation)的比例(proportion)是通过以下公式来推定的。
β＝遗传变异X的效应大小估计
MAF＝遗传变异X的次要等位基因频率
N＝样本大小(观察数量)
在基于存活与否的全基因组关联研究(Genome-Wide Association Study；GWAS)中，存活个体被标记被赋予为1，死亡个体被标记被赋予为0。显著性水平使用Bonferroni校正方法设定为0.05/58，920＝8.47×10-7。参考表3和图2a，根据存活与否的遗传力(heritability，h2)推定为0.620，与此相关的特异性SNP在第18号和第19号染色体上被确认。
表3
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基于存活天数(DPC_Day)的GWAS分析为各个体指定了从1到8的存活天数值，显著性水平使用Bonferroni校正方法设定为0.05/58,920＝8.47×10-7。参考表4和图2b，DPC_Day的遗传力推定为0.753，与此相关的特异性SNP与存活与否GWAS的结果类似，也在第18号和第19号染色体上被确认。
表4
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基于存活时间(DPC_Time)的GWAS分析是将各个体的死亡日期使用Excel转换为编号，然后以第一个死亡个体的发生日期为1进行分析，显著性水平使用Bonferroni校正方法设定为0.05/58,920＝8.47×10-7。参考表5和图2c，存活时间的遗传力推定为0.710，跟存活与否GWAS的结果类似，与此相关的特异性SNP也在第18和19号染色体上被确认。
表5
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3-3.筛选用于预测高温耐受性的SNP
基于所述存活与否、存活天数和存活时间的GWAS分析确认的主要SNP信息，为了预测耐高水温性个体，筛选出了30个SNP，所选SNP的碱基序列和与各个SNP相关的基因信息如表6所示。
表6
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根据对所述30个SNP的分析结果，确认了与耐高温性相关的基因型。每个与耐高温性相关的SNP信息、根据基因型的存活天数和存活时间的平均值及标准差，以及图表分别在下面的表7、图3至图32中显示。存活天数(DPC_Day)是按各个体的存活天数指定的1到8的值，存活时间(DPC_Time)是将各个体的死亡日期使用Excel转换为编号，然后以第一个死亡个体的日期为1进行分析。此外，通过关联性分析各个体的存活与否和基因型，确认了每种基因型的存活或死亡个体数量，并基于此在条形图中显示。
表7
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参考表7、图3至图32，如果包含耐高水温性基因型，则DPC平均值较高，存活个体数量增多，这一点得到了确认。如果筛选出包含所述30个SNP的耐高水温性基因型的个体，则可以期待其在高水温环境中有更高的存活概率。
3-4.关于耐高水温性的遗传力分析
通过遗传参数(Genetic parameter)分析，从耐高水温性GWAS分析中推定的遗传力如表8所示。
表8
基于存活与否、存活天数、存活时间的分析中，遗传力在0.620至0.753之间被推定为有效值，可以充分期待通过基因组选择来改良相关形质。与此相关的SNP标记可被期待用作耐高水温性个体筛选的标记。
产业上的可利用性
根据本发明的用于预测耐高水温性的单核苷酸多态性(SNP)标记组合物，可以促进开发耐高水温性品种和持续生产，因此，可以大大帮助养殖褐牙鲆。

Claims (7)

1.一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性标记组合物，其包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：
由序列号：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及
由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
2.根据权利要求1所述的用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性标记组合物，其中，
在由所述序列号：1的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：2的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：3的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：4的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：5的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：6的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：7的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：8的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：9的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：10的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：11的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：12的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：13的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：14的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：15的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：16的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：17的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：18的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：19的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：20的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：21的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：22的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：23的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：24的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：25的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：26的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：27的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：28的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：29的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；或者在由所述序列号：30的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时，预测为耐高水温性的褐牙鲆。
3.一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物，其包含可检测或扩增用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性标记的制剂，其中，
所述单核苷酸多态性标记包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：
由序列号：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及
由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
4.根据权利要求3所述的用于预测褐牙鲆耐高水温性的组合物，其中，所述制剂为可检测或扩增所述单核苷酸多态性标记的引物或探针。
5.一种用于预测褐牙鲆耐高水温性的试剂盒，其包含根据权利要求3所述的组合物。
6.一种预测褐牙鲆耐高水温性的方法，其包括：
步骤(a)，从褐牙鲆分离出的样本的DNA中扩增或检测用于预测褐牙鲆耐高水温性的单核苷酸多态性标记的多态性区；以及
步骤(b)，确定所述步骤(a)中扩增或检测出的多态性区的碱基，其中，
所述步骤(a)的所述单核苷酸多态性标记包含选自以下多核苷酸或其互补的多核苷酸组成的组中的一种以上：
由序列号：1的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：2的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：3的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：4的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：5的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：6的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：7的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：8的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：9的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：10的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：11的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：12的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：13的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：14的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：15的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：16的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：17的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：18的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：19的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：20的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：21的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为G或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：22的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：23的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或A，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：24的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：25的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：26的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：27的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或C，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：28的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为C或T，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；
由序列号：29的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为A或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸；以及
由序列号：30的碱基序列组成的多核苷酸的第36位碱基为T或G，由包含所述第36位碱基的10至100个连续碱基组成的多核苷酸或其互补的多核苷酸。
7.根据权利要求6所述的预测褐牙鲆耐高水温性的方法，其中，
在由所述序列号：1的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：2的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：3的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：4的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：5的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：6的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：7的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：8的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：9的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：10的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：11的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：12的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：13的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：14的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：15的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；在由所述序列号：16的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：17的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：18的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：19的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：20的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：21的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：22的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：23的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：24的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为A时；在由所述序列号：25的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：26的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：27的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时；在由所述序列号：28的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为C时；在由所述序列号：29的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为G时；或者在由所述序列号：30的碱基组成的多核苷酸的第36位碱基为T时，预测为耐高水温性的褐牙鲆。
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