KR102294694B1 - 신규한 dna 앱타머 및 이의 용도 - Google Patents

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Abstract

본 개시는 신규한 DNA 앱타머 및 이의 용도에 관한 것으로, 구체적으로 Cell-SELEX 방법을 이용하여 수득된 DNA 라이브러리에서 암 세포에 특이적으로 결합하는 것으로 선별된 DNA 앱타머에 관한 것이다. 본 개시의 암에 높은 결합력을 가지는 것으로 선별되고 최적화된 DNA 앱타머는 표적 세포 및 조직 타겟팅 효율이 증진되어, 암 진단 등에 효과적으로 사용될 수 있다.

Description

신규한 DNA 앱타머 및 이의 용도{NOVEL DNA APTAMER AND ITS USES}
본 개시는 신규한 DNA 앱타머에 관한 것이다. 구체적으로 구체적으로 Cell-SELEX를 이용하여 췌장암 DNA 라이브러리로부터 췌장암 세포에 특이적으로 결합하는 것으로 선별된 DNA 앱타머에 관한 것이다. 본 개시는 국립암센터의 기관고유연구사업 및 중소벤처기업부의 TIPS 프로그램(민간투자주도형 기술창업지원사업)의 일환으로 수행한 연구로부터 도출된 것이다.
[과제고유번호 : NCC-1210080, 연구과제명 : Cell-SELEX를 활용한 췌장암 특이적 전이 인자 발굴]
[과제고유번호 : NCC-1710400, 연구과제명 : 암미세환경으로 분비되는 인산화효소 FAM20C에 의한 췌장암 전이조절기전 연구]
[과제고유번호 : S2562351, 연구과제명 : 압타머-항체-약물 융합체를 이용한 췌장암 치료제 개발]
앱타머(aptamer)란, 독특한 3차원 구조를 가지고 항체와 유사하게 대상 표적에 특이적으로 결합하는 단일-가닥 DNA 또는 RNA 올리고뉴클레오티드를 말한다. 일반적으로 앱타머는 나노몰 내지 피코몰에 이르는 낮은 농도에서도 높은 결합력을 가지는 특징을 가진다.
앱타머는 타겟-특이적 결합 특성으로 인하여 흔히 항체와 비교되는데, 항체에 비하여, 앱타머는 세포 내지 동물을 이용한 생물학적 공정없이 화학적 합성으로 쉽게 제조가능하고, 높은 온도에서도 비교적 안정하며, 작은 사이즈를 가져 대상 표적에의 접근성이 우수하다. 나아가, 화학적 합성 과정에서 쉽게 다양한 변형이 가능하고, 비-면역성 및 무독성이라는 점에서 치료제로 사용 가능성에 있어서 항체에 비해 유리한 장점을 가진다. 다만, 앱타머는 생체 내에 존재하는 핵산 분해 효소(뉴클레아제)에 의해 분해되어 반감기가 짧다는 단점을 가지고 있다. 이러한 단점은 다양한 화학적 변형을 이용하여 극복될 수 있다.
췌장암은 예후가 가장 좋지 않은 암종으로서, 암 진단 후 1년 이내 사망률이 전체 암종에서 1위이다. 2년 생존율이 10% 정도이고, 5년 생존율은 8% 이내에 불과하다. 최근 20년간 거의 모든 암에서 5년 생존율이 큰 폭으로 증가하였으나 췌장암은 1997년 집계된 5년 생존율 3%에서 2016년 8% 정도까지만 증가하는 매우 암울한 결과를 보이고 있다.
실제 췌장암 환자에서 수술이 가능한 환자군은 20% 내외이며, 이나마도 종양의 크기가 1 cm 이하이고 림프절 전이 및 원격 전이가 없어야만 수술 후 90% 이상의 높은 생존율을 기대할 수 있으나 대부분의 환자는 진단 시 이미 수술을 시행할 수 없는 경우에 해당한다. 수술이 불가능한 경우 대부분 항암제나 방사선 치료에 의존하고 있지만 명확히 표준화된 치료법이 없어서, 가능한 한 췌장암을 조기에 진단하는 것이 생존율을 높이는데 중요하다.
췌장암은 조기 증상이 거의 나타나지 않을 뿐만 아니라, 환자가 증상을 느끼게 되면 상당한 수준으로 진행된 상태가 대부분이어서, 췌장암의 조기 진단은 매우 어렵다. 현재는 췌장암에 사용할 수 있는 조기 진단 마커가 사실상 없는 상황이다.
조기 췌장암은 종양 크기가 2 cm 미만이며 췌장 내에 국한되어 있고 침윤 및 림프절 전이가 없는 경우로 일반적으로 정의된다. 그러나, 췌장암 크기가 조기 췌장암의 기준인 2 cm미만이라 해도, 50%에 달하는 경우에 전이가 동반되었다. 종양의 크기, 림프절 전이, 원격 전이 여부에 따라 췌장암의 병기를 구분할 때, 조기 췌장암으로 분류하는 제II 병기에서도 상장간막 정맥이나 간문맥 연결 부위에 침윤이 생기는 경우가 많으며, 소수의 세포에 의한 초기 전이가 발견되는 경우가 많다. 이런 경우에는 수술이 불가능하다. 영상학적으로 원격전이가 발견되지 않고 종양이 췌장에 국한되어 있는 것으로 판단되어 수술이 시행된 경우에도, 수술 후 단기간 내에 원격전이가 발견되는 경우가 흔하다. 이 경우 수술을 시행하더라도 재발가능성이 매우 높으며, 효과가 뚜렷한 항암제가 없기 때문에 진단 후 평균 생존율이 6~12개월에 불과하다. 이에, 췌장암 완치를 위한 유일한 방법인 조기 수술적 절제를 위해서라도, 본격적인 원격 전이나, 소수의 세포에 의한 초기 전이 이전의 조기 췌장암을 진단할 필요가 있다.
세포 표면 단백질에 대한 특이적 프로브의 개발은 세포 표면 단백질의 세포 외부 부분만을 재조합 단백질로 분리 정제한 후 이를 항원으로 한 항체를 개발하거나, 앱타머 선택을 위한 소재로 사용될 수 있다. 압타머 선별을 위한 스크리닝 수행 방법을 일반적으로 SELEX(systematic evolution of ligands by exponential enrichment) 기법이라 부른다. 그러나, 이러한 방법은 재조합 단백질을 분리하여 사용하는 경우가 대부분인데, 이 때 세포 표면 단백질의 삼차원적 구조가 변형될 가능성이 높고, 단백질의 삼차원적 구조가 표적 단백질과의 결합에 중요한 경우 실제 세포 표면의 표적 단백질에는 결합하지 못하는 상황이 생길 수 있다.
기존 SELEX 기법과 달리 살아있는 세포를 이용하여 세포막 특이적으로 앱타머를 선별하는 Cell-SELEX 방법을 사용할 경우에는 이들 한계를 극복할 가능성이 높다.
본 개시에서는 췌장암 세포를 대상으로 Cell-SELEX 방법을 이용하여 췌장암에 높은 결합력을 가지는 DNA 앱타머를 선별하고, 선별된 앱타머에 대하여 세포 타겟팅 성능을 확인하여 본 개시를 완성하였다.
(특허문헌 1) 대한민국 등록특허 제10-1458947호
(특허문헌 2) 대한민국 등록특허 제10-1250557호
본 개시는 신규한 DNA 앱타머를 제공하는 것을 목적으로 한다. 구체적으로 상기 신규한 DNA 앱타머는 암 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머이다.
본 개시의 다른 목적은 암 특이적으로 결합하는 DNA 앱타머를 이용하여 암의 진단 방법 또는 치료 방법을 제공하는데 있다.
본 개시는 암 세포 탐지에 유용한 앱타머를 개발하기 위한 것으로 췌장암 세포막에 특이적으로 결합하는 앱타머를, Cell-SELEX 방법을 이용하여 선별하였다. 구체적으로, 본 개시는 전이된 췌장암 조직으로부터 분리한 세포 CMLu-1을 표적 세포로 사용하고, 정상 췌장 조직 세포 HPNE를 대조군 세포로 사용하여 췌장암 세포에 특이적으로 결합하는 앱타머를 선별하였다.
본 개시는 일 측면에 있어서 서열번호 6의 염기 서열을 포함하는 DNA 앱타머를 제공하며, 본 개시는 일 측면에 있어서 서열번호 6의 염기 서열과 90% 이상, 또는 95% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기 서열을 포함하는 DNA 앱타머를 제공한다. 본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머는 암 특이적으로 결합하는 것일 수 있다. 본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머는 서열번호 6의 염기 서열로 이루어진 것일 수 있다.
또한, 본 개시는 일 측면에 있어서 서열번호 4의 염기 서열과 90% 이상, 또는 95% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기 서열로 이루어진 DNA 앱타머를 제공한다. 본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머는 서열번호 4의 염기 서열로 이루어진 것일 수 있다.
본 개시에서, "90% 이상의 서열 상동성을 가지는 염기 서열"이란 일 내지 수개의 뉴클레오티드가 추가, 결실 또는 치환되어 90% 이상 100% 미만의 서열에 공통성이 있는 것으로 유사한 암 특이적 결합능을 보이는 염기 서열을 의미한다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 서열번호 4의 염기 서열과 90% 이상의 서열 상동성을 가지는 것은, 서열번호 4의 염기 서열 중 서열번호 6의 염기 서열에 대응되는 위치가 아닌, 다른 위치에서 서열번호 4의 염기 서열과 상이한 염기 서열을 가지는 것을 의미할 수 있다.
본 개시에서 "DNA 앱타머"는 짧은 단일가닥 올리고뉴클레오티드로 높은 친화도와 특이성으로 대상 표적에 결합하는 특성을 가지며, 각기 독특한 3차원 구조를 가지는 것을 의미할 수 있다. 반복된 생체 외 선별 및 농축 과정을 통해 DNA 앱타머 라이브러리로부터 특정 대상 표적에 특이적으로 결합하는 DNA 분자, 즉 DNA 앱타머의 선별이 가능하다.
본 개시의 한 실험 예에서, Cell-SELEX 과정을 통해 농축된 DNA 풀의 앱타머 서열을 분석하여 유사한 서열끼리 그룹화한 결과, 11개의 앱타머 패밀리(SQ1 내지 SQ11)가 분류되었다. 이 중에서, 췌장암 유래 전이된 암 세포인 CMLu-1에 대해 결합력이 높은 그룹으로 SQ8이 확인되었다.
또한, 췌장암 조직 유래 세포에 특이적으로 결합하는 SQ8(서열번호 4) 앱타머(80 mer)를 주형으로 합성수율 증진 및 합성비용 절감을 위해 이의 잘라진 형태의 앱타머(28 mer)를 제작하였다. 구체적으로 표적 세포 CMLu-1에의 결합력을 거의 유지하면서도 사이즈를 반 이상으로 줄인 SQ8-4 앱타머를 제작하였다(서열번호 6). 본 개시의 발명자는 해당 SQ8-4 앱타머가 SQ8 서열에서 암세포 및 암 조직 타겟팅 능력에 중요한 기능을 하는 부위인 것으로 판단하고 이를 바탕으로 추가 실험을 진행하였다.
한편, 본 개시의 실시예에서 Cell-SELEX에 사용한 표적 세포는 동소이식 실험을 통해 전이된 췌장암 조직에서 수득한 CMLu-1이었다. 이에 본 개시는 특히 췌장암의 진단에 유용할 수 있다.
본 개시는 상기 앱타머를 포함하는 암 조직 타겟팅용 조성물을 제공한다. 본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머를 포함하는 조성물은 상기 성분에 추가로 동일 또는 유사한 기능을 하는 유효 성분, 또는 조성물 제형을 안정화시키거나 앱타머의 안정성을 증진시키는 성분이 추가로 포함할 수 있다. 본 개시의 일 측면에 있어서, 조성물은 제약 조성물 일 수 있다.
또한, 본 개시는 상기 앱타머를 포함하는 암 진단용 조성물을 제공한다.
본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머는 작용제 모이어티와 결합되어 사용될 수 있다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 작용제 모이어티는 세포독성제, 면역억제제, 영상화제(예를 들어, 형광단 또는 킬레이터), 나노합성물질 또는 독소 폴리펩티드일 수 있다. 여기서 세포독성제는 화학요법제 일 수 있다.
본 개시는 일 측면에 있어서, 본 개시의 일 측면에 따른 신규 DNA 앱타머 및 상기 DNA 앱타머와 결합된 항암제를 포함하는, 암 치료용 조성물에 관한 것일 수 있다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 암은 췌장암, 대장암, 간암, 폐암, 뇌종양, 구강암 또는 유방암일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 항암제는 MMAE(monomethyl auristatin E), MMAF(monomethyl auristatin F), 칼리키마이신(Calicheamicin), 메르탄신(mertansine; DM1), 라브탄신(ravtansine; DM4), 테시린(tesirine; SCX), 독소루비신(Doxorubicin), 시스플라틴(Cisplatin), SN-38, 듀오카르마이신(Duocarmycin), 및 피롤로벤조디아제핀(pyrrolobenzodiazepine; PBD)으로 이루어진 군으로부터 선택된 하나 이상일 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다.
본 개시의 일 측면에 있어서, DNA 앱타머는 폴리에틸렌글리콜(PEG) 또는 이의 유도체, 디아실글리세롤(DAG) 또는 이의 유도체, 덴드리머 또는 쯔비터이온-함유 생체적합성 중합체(예를 들어, 포스포릴콜린 함유 중합체)와 결합된 것일 수 있다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 조성물은 생리학적으로 허용 가능한 부형제, 담체, 또는 첨가제를 더 포함할 수 있으며, 이에는 전분, 젤라틴화 전분, 미결정셀룰로오스, 유당, 포비돈, 콜로이달실리콘디옥사이드, 인산수소칼슘, 락토스, 만니톨, 엿, 아라비아고무, 전호화전분, 옥수수전분, 분말셀룰로오스, 히드록시프로필셀룰로오스, 오파드라이, 전분글리콜산나트륨, 카르나우바 납, 합성규산알루미늄, 스테아린산, 스테아린산마그네슘, 스테아린산알루미늄, 스테아린산칼슘, 백당, 덱스트로스, 소르비톨 및 탈크 등이 사용될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
한편, 본 개시의 일 측면에 있어서, 조성물은 관련 기술 분야의 통상의 기술자에 의해 이해된 바와 같이 선택된 투여 경로에 따라 다양한 형태로 대상체에 투여될 수 있다. 예를 들어, 국소, 경장 또는 비경구 적용에 의해 투여될 수 있다. 국소 적용은 표피, 흡입, 관장제, 점안제, 점이제 및 신체 내의 점막을 통한 적용을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 경장 적용은 경구 투여, 직장 투여, 질 투여 및 위 영양 공급 튜브 등을 포함할 수 있다. 비경구 투여는 정맥내, 동맥내, 피막내, 안와내, 심장내, 피내, 경기관, 각피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내, 경막외, 흉골내, 복강내, 피하, 근육내, 경상피, 비강, 폐내, 척수강내, 직장 및 국소 투여 방식을 포함할 수 있다.
아울러, 본 개시의 일 측면에 있어서, 조성물은 투여 경로 등에 따라 적절한 형태로 제제화될 수 있다. 제제화할 경우에는 충진제, 증량제, 결합제, 습윤제, 붕해제, 계면활성제 등의 희석제 또는 부형제 등을 사용하여 조제될 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
본 개시의 일 측면에 있어서, 조성물에는 투여 경로와, 대상체의 체중, 연령, 성별, 건강상태, 식이, 투여시간, 배설률 등에 따라 통상의 기술자가 유효하다고 판단하는 양의 본 개시의 일 측면에 따른 DNA 앱타머가 포함될 수 있다.
본 개시의 암 세포에 높은 결합력을 가지는 것으로 선별되고 최적화된 DNA 앱타머는 표적 세포 및 조직 타겟팅 효율이 증진되어 암의 진단 및 치료 등에 효과적으로 사용될 수 있다.
도 1은 본 개시의 DNA 라이브러리에 포함된 뉴클레오티드의 형태, 및 이를 증폭 또는 동정하는데 사용될 수 있는 전방 프라이머 및 후방 프라이머 형태에 대한 것이다. 구체적으로 DNA 라이브러리에 포함된 뉴클레오티드는 5'-말단에 20개 일반 뉴클레오티드가 있고, 중반에 40개 무작위 염기 서열을 가지며, 3'-말단에 추가로 20개 일반 뉴클레오티드로 이루어졌다. 전방 프라이머는 5'-말단을 Cy5로 표지하였고(5'-Cy5-서열-3'), 후방 프라이머는 5'-말단을 비오틴으로 표지하였다(5'-비오틴-서열-3').
도 2는 본 개시의 DNA 라이브러리에 포함된, 췌장암 세포 결합력을 가진 ssDNA 풀을 농축시키고 반복횟수에 따라 세포 결합력의 증가 여부를 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다.
도 3은 본 개시에서 전이성 췌장암 세포를 이용한 Cell-SELEX 방법을 통해 앱타머를 스크리닝하는 과정을 도식화한 도면이다.
도 4는 본 개시에서 전이성 췌장암 세포를 이용한 Cell-SELEX 방법을 통해 앱타머를 스크리닝하여 얻은 각 Cy5-표지 앱타머 후보들의 세포 결합력을 측정한 결과이다.
도 5는 본 개시에서 전이성 췌장암 세포를 이용한 Cell-SELEX 방법을 통해 앱타머를 스크리닝하여 얻은 SQ8 앱타머(실시예 1)의 서열에 따른 2차 구조를 도식화한 도면이다.
도 6a는 본 개시의 SQ8 앱타머의 표적 세포 결합력을 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다. 구체적으로 실시예 1(SQ8 앱타머)와 미처리 대조예 및 비교예 1(DNA 풀 라이브러리)의 표적 세포 결합력을 측정하였다.
도 6b는 본 개시의 SQ8-4 앱타머의 표적 세포 결합력을 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다. 구체적으로 실시예 1(SQ8 앱타머) 및 실시예 2(SQ8-4 앱타머)와 미처리 대조예 및 비교예 1(DNA 풀 라이브러리)의 표적 세포 결합력을 측정하였다.
도 7는 본 개시의 SQ8 앱타머(실시예 1)를 바탕으로 제조한 SQ8-4(실시예 2)의 2차 구조를 도식화한 도면이다.
도 8은 공초점 현미경을 통해 본 개시의 실시예 1(SQ8 앱타머)의 표적 세포에의 타겟팅 양상을 확인한 도면이다. 파란색은 핵을 나타내며, 빨간색은 세포 표면에 결합하거나 또는 세포로 내재화된 앱타머를 나타낸다.
도 9는 공초점 현미경을 통해 본 개시의 실시예 2(SQ8-4 앱타머)의 표적 세포에의 타겟팅 양상을 확인한 도면이다. 파란색은 핵을 나타내며, 빨간색은 세포 표면에 결합하거나 또는 세포로 내재화된 앱타머를 나타낸다.
도 10은 인간 췌장암 세포주의 이종이식 마우스 모델에서, 생체 발광 이미징 실험을 통해 본 개시의 실시예 1(SQ8 앱타머)의 췌장암 조직에의 타겟팅 양상을 확인한 도면이다.
도 11은 인간 췌장암 세포주의 이종이식 마우스 모델에서, 생체 발광 이미징 실험을 통해 본 개시의 실시예 2(SQ8-4 앱타머)의 췌장암 조직에의 타겟팅 양상을 확인한 도면이다.
도 12는 인간 췌장암 환자의 췌장암 세포에 대한 이종이식 마우스 모델에서, 생체 발광 이미징 실험을 통해 본 개시의 실시예 2(SQ8-4 앱타머)의 췌장암 조직에의 타겟팅 양상을 확인한 도면이다.
도 13은 본 개시의 SQ8-4 앱타머의 다양한 췌장암 세포주에 대한 결합력을 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다. 구체적으로 실시예 2(SQ8-4 앱타머)와 미처리 대조예 및 비교예 3(SQ8-4-Comp 앱타머)의 세포 결합력을 측정하였다.
도 14는 도 13의 결과를 기초로, 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 그래프이다.
도 15은 본 개시의 SQ8-4 앱타머의 다양한 암 세포주에 대한 결합력을 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다. 구체적으로 실시예 2(SQ8-4 앱타머)와 미처리 대조예 및 비교예 3(SQ8-4-Comp 앱타머)의 세포 결합력을 측정하였다.
도 16는 도 15의 결과를 기초로, 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 그래프이다.
도 17은 본 개시의 SQ8-4 앱타머의 다양한 PDOX-유래 세포주에 대한 결합력을 유세포 분석기(FACS)로 확인한 결과이다. 구체적으로 실시예 2(SQ8-4 앱타머)와 미처리 대조예 및 비교예 3(SQ8-4-Comp 앱타머)의 세포 결합력을 측정하였다.
도 18는 도 17의 결과를 기초로, 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 그래프이다.
본 개시는 전술한 측면들 및 후술하는 실험예 또는 실시예를 통해 더욱 명확해질 것이다. 이하에서는 본 개시의 첨부된 표를 참조하여 기술되는 실시예들을 통해 해당 업계의 통상의 기술자가 용이하게 이해하고 구현할 수 있도록 상세히 설명하기로 한다. 그러나, 이들 실험예 또는 실시예는 본 개시를 예시적으로 설명하기 위한 것으로 본 개시의 범위가 이들 실험예 또는 실시예에 한정되는 것은 아니다.
[ 실험예 1] Cell- SELEX를 이용한 앱타머 스크리닝
Cell-SELEX 기법을 이용하여 췌장암 세포 특이적으로 결합하는 앱타머를 스크리닝하기 위한 실험 방법을 도 3에 개략적으로 기재하였다.
상술하면, 먼저 췌장암의 특징적인 세포막 단백질을 표현하는 살아있는 세포주를 얻기 위하여, 췌장암 세포를 동물에 이식하여 암이 전이된 조직으로부터 췌장암 세포주 CMLu-1를 단리하였다(도 3A).
ssDNA 라이브러리를 제작하고, 이에 대하여 췌장암 세포주인 CMLu-1 세포를 표적 세포(양성 세포)로 사용하였고, 대조군 세포(음성 세포)로 hTERT/HPNE(Human Pancreatic Nestin Expressing cells)를 사용하여 스크리닝하였다. 대조군 세포에는 결합하지 않고 췌장암 세포에만 결합하는 ssDNA 선별과정을 반복하여 선택된 농축된 ssDNA 풀을 클로닝하고 서열분석한 후 그룹화하였다.
(1) 인간 췌장암 세포주의 이종이식 마우스 모델로부터 전이된 췌장암 세포주 구축
전이된 췌장암 세포 CMLu-1은 하기의 방법으로 얻었다. 구체적으로 NOD/SCID 마우스를 이용하여 동소이식(orthotopic) 마우스 모델을 만들었다. 먼저, 췌장암의 전이 상황을 모사(mimic)할 수 있는 동물 모델을 구축함에 있어서, 시기에 따른 종양형성 상황을 비침습적으로 모니터링 할 수 있도록 반딧불이 루시퍼라제(firefly luciferase)가 지속적으로 발현되는 세포주인 췌장암 세포주(CFPAC-1-Luci cells)를 확립하여 사용하였다. 췌장암 세포주 CFPAC-1-Luci를 NOD/SCID 마우스에 동소이식하고, 43일이 지난 후 췌장으로부터 전이된 폐 조직으로부터 종양 조직을 적출하여 유전형 분석(genotyping)을 수행하여 전이된 세포의 유전적 성질이 췌장암 세포와 같다는 것을 확인한 후 단일 세포(single cell)로 분리하여 배양하였다. 전이 종양 조직으로부터 분리해낸 CMLu-1 세포를, 10% 소태아 혈청(FBS, Thermo Fisher Scientific, USA) 및 100 IU/mL의 Anti-Anti (antibiotic-antimycotic; Gibco)을 포함하는 RPMI-1640(Hyclone, Logan, UT, USA) 배지에서 배양·유지하였다.
이렇게 얻은 CMLu-1 세포를 Cell-SELEX에서 양성 선택(positive selection)을 위한 세포로 사용하였고, ATCC Inc.로부터 구입한 인간 췌장관 상피 정상 세포(Human Pancreatic duct Normal Epithelial cells; HPNE)를 음성 선택(negative selection)을 위한 대조군 세포(control cell)로 사용하였다.
(2) ssDNA 라이브러리 제작 및 Cell- SELEX를 위한 프라이머 제작
췌장암-특이적 앱타머 Cell-SELEX 사용을 위한 DNA 라이브러리는 일반 및 독특한 뉴클레오티드의 조합으로 구성된 DNA 서열의 풀(pool)이었다. 5'-말단에 20개 일반 뉴클레오티드가 있고, 중반에 40개 무작위 염기 서열을 가지며, 3'-말단에 추가로 20개 일반 뉴클레오티드로 이루어졌다. 형광-활성화 세포 분류기(Fluorescence-activated cell sorter; "FACS"; 일명, '유세포 분석기')를 이용하여 선택(selection)의 농축을 모니터링하기 위해 5'-말단을 Cy5로 표지하였고, 3'-말단은 ssDNA 정제를 위해 비오틴으로 표지하였다(도 1). 아울러, 전방 프라이머는 5'-말단을 Cy5로 표지하였고(5'-Cy5-서열-3'), 후방 프라이머는 5'-말단을 비오틴으로 표지하였다(5'-비오틴-서열-3'). DNA 라이브러리에 포함된 DNA 형태와 사용되는 전방 및 후방 프라이머의 형태는 하기 표 1과 같다.
DNA 라이브러리
뉴클레오티드 형태 (서열번호 1)		 5'-ATA CCA GCT TAT TCA ATT -[뉴클레오티드 40(N40)]- AGA TAG TAA GTG CAA TCT-3'
전방 프라이머(forward primer;5'-primer)
(서열번호 2)		 5'-Cy5- ATA CCA GCT TAT TCA ATT-3'
후방 프라이머(reverse primer;3'-primer)
(서열번호 3)		 5'-비오틴- AGA TTG CAC TTA CTA TCT-3'
각 용출된 풀을 증폭시키기 위해 PCR이 사용되었다. 스트렙트아비딘-비오틴 결합으로 비오틴화된 상호 보완 가닥을 포획하고, 이중-가닥 DNA는 NaOH로 변성시키는 것을 통해 ssDNA를 분리하였다. PCR 혼합물을 준비하여, 제조사의 지시에 따라 PCR 반응을 수행하였다.
(3) Cell- SELEX (systematic evolution of ligands by exponential enrichment)를 통한 라이브러리 스크리닝
상기 제작된 ssDNA 라이브러리에 대하여 CMLu-1 세포를 표적 세포(양성 세포)로 사용하였고, hTERT/HPNE(Human Pancreatic Nestin Expressing cells)를 대조군 세포(음성 세포)로 사용하여 스크리닝을 수행하였다.
10 nmol의 DNA 라이브러리를 5 mM MgCl2, 0.1 mg/mL tRNA, 및 1 mg/mL 우혈청 알부민을 포함하는 Dulbecco's PBS (Hyclone, USA)인, 결합 완충액(binding buffer) 1,000 μL에 용해시켰다. DNA 라이브러리 또는 농축된 풀을 95 ℃에서 10분간 변성시키고, 얼음 위에서 10분간 냉각시킨 후, 궤도 혼합기(orbital shaker)로 4 ℃에서 1시간 동안 CMLu-1 세포와 함께 배양하였다. 붙지 않은 DNA 서열을 제거하기 위해 CMLu-1을 3차례 세척한 후, 결합한 DNA는 1,000 μL의 결합 완충액을 이용하여 95 ℃에서 15분 동안 원심 분리기를 통해 용출하였다. 대항 선택(counter selection)을 수행하기 위해서, 각 앱타머 풀을 hTERT/HPNE을 1시간 동안 배양하고, 그 후 음성 선택을 수행을 위해 상등액을 채취하였다. 농축된 풀은 FACS를 이용하여 모니터링 되었고, 앱타머 후보를 동정하기 위해 시퀀싱용 퀴아젠 클로닝 키트(Quiagen Cloning Kit for sequencing; Quiagen,Germany)을 이용하여 대장균(Escherichia coli)에 클로닝하였다.
(4) 농축된 ssDNA 풀의 클로닝 및 시퀀싱 및 다중 서열 정렬 분석
후보 서열의 선택을 위해 5번 농축된 ssDNA 풀을 클로닝하고 시퀀싱하였다. ssDNA 풀은 변형되지 않은 프라이머를 이용하여 PCR로 증폭되고, pGEM-T easy vector (Promega, USA)에 라이게이션하고, HITTM-DH5 α 수용 세포(competent cell; Promega, USA)에 클로닝하였다. 이에 따라, 200개의 클로닝된 서열이 코스모진텍 (서울, 한국)을 통해 분석되었고, ClustalX 1.83으로 정렬되었다.
각 농축 횟수에 따른 농축 정도를 확인한 결과는 도 2와 같다.
상기 (1) 내지 (4)의 과정은 도 3으로 도식화되었다. 이 과정을 통해 서열확인된 앱타머들을 유사한 서열을 가진 앱타머들로 그룹화하였고, 이를 통해 Cy5-표지 앱타머 패밀리 후보 11개(SQ1 내지 SQ11)가 확인되었다. 해당 앱타머 패밀리들의 전체 풀에서의 함량은 하기 표 2와 같았다.
앱타머 패밀리 농축 DNA 풀 내 함량 (%)
SQ1 14.09
SQ2 13.42
SQ3 5.37
SQ4 4.70
SQ5 4.70
SQ6 3.36
SQ7 2.01
SQ8 2.68
SQ9 1.34
SQ10 1.34
SQ11 1.34
[ 실험예 2] 농축된 앱타머 패밀리 후보들의 표적 세포 결합 특이성 확인
실험예 1의 (4)에서 얻어진 농축된 앱타머 패밀리 후보의 CMLu-1 표적 세포 결합 특이성을 유세포 분석(FACS)을 통해 확인하였다.
각 Cy5-표지 앱타머 패밀리 후보들을 3 x 105 CMLu-1 세포 및 hTERT/HPNE 세포와 함께 Cell-SELEX에서 사용된 4 ℃의 결합 완충액에서 1시간 동안 배양하였다. 세포를 0.1 % NaN3를 포함하는 결합 완충액으로 3차례 세척하고, 결합된 서열을 가지는 펠릿을 결합 완충액에 재현탁시켰다. BD FACSCalliburTM 및 FACSVerseTM (BD Biosciences, USA)을 통해 10,000개의 세포를 측정하여 형광 분석을 진행하였고, 데이터는 FlowJo software v10.0.7을 이용해서 분석하였다.
각 Cy5-표지 앱타머 패밀리 후보들의 타겟 세포 결합력을 측정한 결과는 도 4와 같다. 대상 타겟 세포인 전이된 췌장암 세포(CMLu-1)에 결합 특이성이 높은 앱타머인 SQ8을 확인하였고, 이의 서열은 하기와 같다.
*SQ8 앱타머 서열
5'-AGCAGCACAGAGGTCAGATGCTTGGGCTATTTCTTATTCATGCTGTTCCACCGCTCTCGGCCTATGCGTGCTACCGTGAA-3' (서열번호 4)
[ 실험예 3] SQ8 앱타머 분석 및 앱타머 단편 기능 확인
상기 실험예 2를 통해 선정된 SQ8의 서열에 따른 2차 구조를 확인한 결과는 도 5와 같다. 아울러, 세포 결합력을 재확인하기 위하여, SQ8 앱타머(실시예 1), 미처리 대조예 및 비교예 1(DNA 풀 라이브러리)의 표적 세포 결합력을 실험예 2와 동일한 방법으로 FACS를 이용하여 측정하였다. 그 결과는 도 6a에서 확인할 수 있는 바와 같이 대조예 및 비교예 1은 유사한 수준의 낮은 결합력을 보인 반면, 실시예 1의 SQ8 앱타머는 표적 세포 결합력이 현저히 우수하였다.
SQ8 앱타머 중 췌장암 특이적 결합에 특히 중요한 부분이 존재하는지 확인하기 위하여 SQ8의 일 부분을 포함하는 다양한 앱타머를 제조하여 표적 세포와의 결합력을 확인하였다. 세포 결합력은 유지하면서 전체 앱타머 크기를 줄일 수 있다면, 앱타며 제조 비용은 낮추면서 세포 내 침투력을 증진시킬 수 있을 것이다. 결과적으로 하기 표 3 서열의 SQ8-4 앱타머(실시예 2)가 표적 세포 결합력을 거의 유지하면서도 우수한 엔도사이토시스(endocytosis) 능력을 가지는 것을 확인하였다. 구체적으로 실시예 1, 실시예 2, 미처리 대조예, 및 비교예 1(DNA 풀 라이브러리)의 표적 세포 결합력을 실험예 2와 동일한 방법으로 FACS를 이용하여 측정하였다. 그 결과는 도 6b에서 확인할 수 있는 바와 같이 대조예 및 비교예 1은 유사한 수준의 낮은 결합력을 보인 반면, 실시예 1의 SQ8 앱타머는 표적 세포 결합력이 현저히 우수하였고, 실시예 2의 SQ8-4 앱타머는 실시예 1 보다 표적 세포 결합력이 현저히 우수하였다.
SQ8-4의 서열은 하기와 같고(서열번호 6) 해당하는 2차 구조는 도 7과 같다. 아울러, 이어지는 실험에서 실시예 1 및 2의 비교군으로 사용하기 위해 비교예 2(SQ8-Comp; SQ8과 일부분에서 상보적인 핵산 서열을 가지는 앱타머; 서열번호 5) 및 비교예 3(SQ8-4-Comp; SQ8-4와 상보적인 핵산 서열을 가지는 앱타머; 서열번호 7)를 제조하였다.
앱타머 서열
실시예 1(SQ8) 5'-AGCAGCACAGAGGTCAGATGCTTGGGCTATTTCTTATTCATGCTGTTCCACCGCTCTCGGCCTATGCGTGCTACCGTGAA-3'(서열번호 4)
비교예 2(SQ8-Comp) 5'-AGCAGCACAGAGGTCAGATGGAACCCGATAAAGAATAAGTACGACAAGGTGGCGAGAGCCCCTATGCGTGCTACCGTGAA-3'(서열번호 5)
실시예 2(SQ8-4) 5'-AGCAGCACAGAGGTCAGATGCTTGGGCT-3'(서열번호 6)
비교예 3(SQ8-4-Comp) 5'-TCGTCGTGTCTCCAGTCTACGAACCCGA-3'(서열번호 7)
[ 실험예 4] 선택된 앱타머의 세포 및 조직 내 효율적인 타겟팅의 확인
(1) 선택된 압타머의 엔도사이토시스 ( endocytosis ) 효율을 공초점 현미경 이미징을 통해 확인하였다.
1x104 세포/웰의 대조군 세포(HPNE)와 표적 세포(CMLu-1)를 poly-L-lysine(Sigma, USA)으로 코팅된 8-웰 챔버 슬라이드(Thermo scientific, USA)에 실험 4시간 전에 플레이팅하였다. 세척 완충액으로 세척한 후에, 4 ℃의 결합 완충액 200 ul에 250 nM의 Cy5-표지 앱타머(즉, 실시예 1, 실시예 2, 비교예 2, 및 비교예 3), 또는 비교예 1(DNA 풀 라이브러리)을 첨가하여 배양하였다. 두 차례 세척한 후, 4% 파라포름알데히드를 이용하여 세포를 고정시켰으며, Hoechst33342로 핵을 염색하였다. 이 후, 세포를 공초점 현미경 (LSM780, Carl Zeiss, Germany)를 이용해 영상화하였고, 이미지는 소프트웨어(Zen blue)로 분석하였다.
실시예 1 및 실시예 2의 공초점 현미경 실험 결과는 도 8 및 도 9와 같다. 도면에서 빨간색으로 표시된 것이 앱타머를 나타낸다. 도 8 및 도 9에서 보듯이, 실시예 1 및 실시예 2의 앱타머가 대조군 세포에 비하여 췌장암 세포를 잘 타겟팅하며, 세포 내 엔도사이토시스(내재화)도 잘되는 것을 확인할 수 있었다. 또한 실시예 1 및 실시예 2의 앱타머는 비교예 보다 현저히 우수하게 췌장암 세포를 잘 타겟팅 하며, 세포 내 엔도사이토시스도 잘되는 것을 확인할 수 있었다.
(2) 생체 내( in vivo ) 및 생체 외( ex vivo ) 형광 이미징을 통해 앱타머의 췌장암 타겟팅을 확인하였다.
암컷 Hsd : 무흉선 누드-Foxn1 누드 마우스(Athymic nude-Foxn1 nude mice: 6주령)을 Harlan Laboratories, Inc. (프랑스)로부터 구매하였다. 이들을 빛과 습도가 제어되는 조건의 무특이 병원체(specific pathogen free; SPF) 환경에 보관하고, 국립암센터 동물 시설에서 사료와 물을 공급받았다. 모든 동물 실험은 국립암센터 연구소(NCCRI, unit number: NCC-16-163D)의 실험동물 운영위원회(Institutional Animal Care and Use Committee; IACUC)로부터 허가 받아 진행하였다. NCCRI는 국제 실험 동물 관리 평가 인증 협회로부터 인가된 기관이다.
췌장암의 동소 이종이식 마우스 모델은 ATCC 로부터 구입한 CFPAC-1 세포(1x106 세포)를 마우스 췌미(tail of pancreas)에 주사하여 구축하였다. 접종 3주 후에 마우스들은 치료에 따라 Cy5.5가 표지된 실시예 1 및 비교예 2 또는 실시예 2 및 비교예 3의 2 그룹으로 나뉘고 위의 Cy5.5-표지 앱타머(300 pmol/ 50 ul의 PBS)를 정맥 내 투여하였다.
생체 외 실험을 위해서는, 투여 후 15분 또는 3시간 후 마우스를 희생하여 해부하였다. 종양 조직을 수득하여, IVIS Lumina (Caliper Life Science, Hopkinton, MA, USA)를 이용해 생체 발광 이미징으로 영상화하였다. 모든 영상 데이터는 소프트웨어(Living Image Acquisition and Analysis software)를 이용하여 분석하였다.
실시예 1 및 실시예 2의 생체 발광 이미징 실험 결과는 도 10 및 도 11의 그림과 같다. 또한 이미징 결과로부터 수득한 전체 플럭스(total flux)를 도 10 및 도 11에 그래프로 나타내었다.
각 도면 상단의 이미징 결과에서는 빨간색으로 나타날수록 세포에 앱타머가 많이 결합하였다는 것을 의미한다. 실시예 1 및 실시예 2의 앱타머는 비교예 2 및 비교예 3에 비하여 이미징 결과가 빨간색으로 나타나는 것을 확인할 수 있다.
따라서 본 개시의 앱타머가 다른 비교군 앱타머에 비해, 췌장암 조직에 특이적으로 이동하여 결합한다는 것을 확인할 수 있고, 췌장암 조직에 대한 현저히 우수한 타겟팅 효율을 가지는 것을 확인할 수 있었다.
[ 실험예 5] 인간 환자 췌장암 조직의 마우스 동소 이종이식 모델(Patient-Derived Orthotopic Xenograft Model; PDOX 모델)에서의 타겟팅 확인
본 개시의 앱타머가 환자 종양 조직의 복잡성(complexity) 및 이질성(heterogeneity)을 반영할 수 있는 환자-유래 동소 이종이식 모델("PDOX 모델")에서도 우수한 타겟팅 효율을 가지는지 확인하기 위하여 형광 이미징을 이용한 생체 내(in vivo ) 검증 실험을 수행하였다.
국립암센터 의생명연구심의위원회(Institutional Review Board; "IRB")의 심의를 거친 후, 연구에 동의한 환자를 대상으로 검체를 확보하여 누드 마우스(Harlan Laboratories, Inc. (프랑스)로부터 구매함) 췌장에 직접 이식한 환자-유래 동소 이종이식 모델 (patient-derived orthotopic xenograft, PDOX)을 제작하였다. 췌장암 환자의 원발성 종양검체(이하 "HPT"로 명명함)는 수술적 절제 직후에, 수술이 불가능한 진행성 췌장암 환자의 경우는 환자로부터 간 전이 조직 생검 검체(이하 "GUN"로 명명함)를 채취한 직후에, 배지에 담긴 튜브에 담아 이동하여 최대한 신속하게 암컷 Hsd: 무흉선 누드-Foxn1 누드 마우스(실험예 4와 동일하게 입수)의 췌장의 췌미에 절제 및 봉합하여 이식하였다(PDOX 1세대, F1). 이후 주기적으로 복부 촉진 및 MRI 영상 장비를 통하여 종양의 크기를 측정하였고, 종양의 크기가 3000 mm3에 도달하면, 마우스를 희생하여 종양 조직을 수득한 후, 일정크기 (3 mm * 3 mm * 3 mm)의 종양조직을 여러 개체의 누드마우스에 동소 재이식하여 다음 세대(F2, F3, F4..) 형성시키고 개체 수를 증폭하였다.
4세대(F4)에서 구축된 환자-유래 동소 이종이식 마우스 모델을 세 마리씩 두 그룹으로 나누어, 각각 Cy5.5가 표지된 압타머 (300 pmol/ 50 ul의 PBS)인 실시예 2 및 비교예 3을 정맥 투여하였다. 투여 15분 후 마우스를 희생한 후 해부하여 종양 조직을 수득한 후, IVIS Lumina (Caliper Life Science, Hopkinton, MA, USA)를 이용해 생체 발광 이미징으로 영상화하였다. 모든 영상 데이터는 소프트웨어(Living Image Acquisition and Analysis software)를 이용하여 분석하였다.
실시예 2의 생체 발광 이미징 실험 결과는 도 12의 그림과 같다. 또한 이미징 결과로부터 수득한 전체 플럭스(total flux)를 도 12에 그래프로 나타내었다.
도 10 및 도 11에서와 같이, 도 12에서도 도면 상단의 이미징 결과에서는 빨간색으로 나타날수록 세포에 앱타머가 많이 결합하였다는 것을 의미하며, 실시예 2의 앱타머는 비교예 3에 비하여 적색 수준이 매우 높은 것을 확인할 수 있다.
즉, 본 개시의 압타머는 환자 종양 조직의 복잡성(complexity) 및 이질성(heterogeneity)을 보유하고 있는 PDOX 모델에서도 현저히 우수한 타겟팅 효율을 가지고 있음을 확인할 수 있었다.
[ 실험예 6] 다양한 췌장암 세포주에서의 결합능 확인
다양한 종류의 췌장암 세포주에 대한 본 개시의 압타머의 결합능을 확인하기 위해 추가적인 유세포 분석(FACS) 실험을 수행하였다.
실험예 2와 동일한 방법으로 유세포 분석을 수행하되, Cy5-표지된 실시예 2 및 비교예 3를 250 nM의 농도로 사용하였다. 세포는 CFPAC-1 세포주, Capan-1 세포주, HPAF-II 세포주, MIA PaCa 세포주, BxPC-3 세포주, 및 PANC-1 세포주를 각각 이용하였다. 이러한 세포주는 모두 ATCC 로부터 구입하였다.
다양한 췌장암 세포주에 대한, 압타머들의 결합력을 측정한 결과를 도 13 및 도 14에 나타내었다. 도 14는 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 것이다.
도 13 및 14의 결과에 따르면 본 개시의 실시예 2 압타머는 비교예 3 압타머에 비하여, 모든 췌장암 세포주에 대해 더 우수하고 특이적으로 결합하는 것을 확인할 수 있다. 앞서 살핀 실험예 4 및 5의 결과와 종합하면, 본 개시의 압타머는 다양한 유형의 췌장암 세포에 특이적으로 결합할 것임을 확인할 수 있다.
더불어 실시예 1의 압타머는 실시예 2의 압타머를 포함하는 것이므로, 마찬가지로 다양한 유형의 췌장암 세포에 특이적으로 결합할 것이다.
[ 실험예 7] 다양한 암종 세포주에서의 결합능 확인
다양한 암종의 세포주에 대한 본 개시의 압타머의 결합능을 확인하기 위해 추가적인 유세포 분석(FACS) 실험을 수행하였다.
실험예 2와 동일한 방법으로 유세포 분석을 수행하되, Cy5-표지된 실시예 2 및 비교예 3를 250 nM의 농도로 사용하였다. 세포는 HTC116 세포주, Hep3B 세포주, A549 세포주, U87 세포주, CAL27 세포주, MDA-MB231 세포주, MCF7 세포주, 및 KPL4 세포주를 각각 이용하였다. 이러한 세포주는 모두 ATCC 로부터 구입하였다.
다양한 암 세포주에 대한, 압타머들의 결합력을 측정한 결과를 도 15 및 도 16에 나타내었다. 도 16는 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 것이다.
도 15 및 도 16의 결과에 따르면 본 개시의 실시예 2 압타머는 비교예 3 압타머에 비하여, 다양한 암 세포주, 즉 대장암, 간암, 폐암, 뇌종양, 구강암 및 유방암 세포주에 대해 더 우수하고 특이적으로 결합하는 것을 확인할 수 있다. 앞서 살핀 실험예 4 및 5의 결과와 종합하면, 본 개시의 압타머는 다양한 유형의 암 세포에 특이적으로 결합할 것임을 확인할 수 있다.
더불어 실시예 1의 압타머는 실시예 2의 압타머를 포함하는 것이므로, 마찬가지로 다양한 유형의 암 세포에 특이적으로 결합할 것이다.
[ 실험예 8] 췌관 선암종의 PDOX -유래 세포주에서의 결합능 확인
본 개시의 압타머가, 실제 임상 환자의 췌장암 세포에 특이적으로 잘 결합 할 수 있는 가능성을 가지는지 여부를 확인하기 위해, 추가적인 유세포 분석(FACS) 실험을 수행하였다.
한정된 세포 분열 후 사멸하는 정상세포와는 달리 암세포는 무한분열의 특성을 가지고 있으므로 종양조직으로부터 분리된 암세포는 형질전환 없이도 무한증식이 가능한 세포주를 형성할 수 있으며 환자의 임상적, 분자생물학적 특성을 반영할 수 있다고 여겨진다. 본 실험에서, 췌장암 PDOX 마우스로부터 적출한 종양조직을 3 mm * 4 mm로 조각 낸 후, 세포를 결합조직으로부터 분리해내기 위하여 콜라게나제(collagenase)가 포함된 Human cell dissociation kit(Miltenyi Biotech Inc.)과 혼합하여 조직해리장치(Gentle Macs, Miltenyi Biotech Inc)에서 1시간 동안 반응시킨다. 반응 종료 후, 소태아혈청(fetal bovine serum; FBS)이 포함된 RPMI 배지로 효소활성을 억제하고, 이어 원심 분리하면 조직으로부터 해리된 세포의 침전물을 얻을 수 있다. 소태아혈청이 포함된 RPMI 배지로 이를 현탁하여 10cm 배양접시에 2 x106 개 수준으로 세포를 고르게 깔고 이틀마다 배지를 교환하면서 정상 섬유아세포와 죽은 세포들을 제거하여 췌장암 환자별 PDOX유래 암세포주를 확립하였다. 확립된 각 세포주의 명명은 유래한 PDOX의 명명과 동일하다.
간 전이 환자 생검 조직을 이용한 GUN#38 및 GUN#41과, 수술적 절제 검체를 이용한 HPT#19, HPT#22, HPT#43 PDOX 모델의 종양조직으로부터 분리한 암세포주를 대상으로 실험예 2와 동일한 방법으로 유세포 분석을 수행하되, Cy5-표지된 실시예 2 및 비교예 3를 250 nM의 농도로 사용하였다.
다양한 PDOX-유래 세포주에 대한, 압타머들의 결합력을 측정한 결과를 도 17 및 도 18에 나타내었다. 도 18는 비교예 3에 대한 실시예 2의 상대적인 형광 강도의 기하 평균 값을 배수로 나타낸 것이다.
도 17 및 도 18의 결과에 따르면 본 개시의 실시예 2 압타머는 비교예 3 압타머에 비하여, 여러 환자로부터 얻은 췌장암 조직으로부터 유래한 다양한 PDOX-유래 세포주에 대해 더 우수하고 특이적으로 결합하는 것을 확인할 수 있다. 앞서 살핀 실험예 4 및 5의 결과와 종합하면, 본 개시의 압타머는 실제 임상에서 환자의 췌장암 조직에 특이적으로 결합할 것임을 확인할 수 있다.
더불어 실시예 1의 압타머는 실시예 2의 압타머를 포함하는 것이므로, 마찬가지로 환자의 췌장암 조직에 특이적으로 결합할 것이다.
이상 일부 실시예들과 첨부된 도면에 도시된 예에 의해 본 개시의 기술적 사상이 설명되었지만, 본 개시가 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자가 이해할 수 있는 본 개시의 기술적 사상 및 범위를 벗어나지 않는 범위에서 다양한 치환, 변형 및 변경이 이루어질 수 있다는 점을 알아야 할 것이다. 또한, 그러한 치환, 변형 및 변경은 첨부된 청구범위 내에 속하는 것으로 생각되어야 한다.
<110> National Cancer Center JP BIO A Inc. <120> Novel DNA aptamer and its uses <130> 037 <160> 7 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 76 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA library nucleotide format <220> <221> unsure <222> (19)..(58) <223> DNA library randomized sequence from N19 to N58 <400> 1 ataccagctt attcaattnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnag 60 atagtaagtg caatct 76 <210> 2 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA library primer forward <220> <221> 5'clip <222> (1) <223> Cy5 attached to 5' <400> 2 ataccagctt attcaatt 18 <210> 3 <211> 18 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA library primer reverse <220> <221> 5'clip <222> (1) <223> Biotin attached to 5' <400> 3 agattgcact tactatct 18 <210> 4 <211> 80 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer SQ8 <400> 4 agcagcacag aggtcagatg cttgggctat ttcttattca tgctgttcca ccgctctcgg 60 cctatgcgtg ctaccgtgaa 80 <210> 5 <211> 80 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer SQ8-Comp <400> 5 agcagcacag aggtcagatg gaacccgata aagaataagt acgacaaggt ggcgagagcc 60 cctatgcgtg ctaccgtgaa 80 <210> 6 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer SQ8-4 <400> 6 agcagcacag aggtcagatg cttgggct 28 <210> 7 <211> 28 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> DNA aptamer SQ8-4-Comp <400> 7 tcgtcgtgtc tccagtctac gaacccga 28

Claims (12)

  1. 서열번호 6의 염기 서열로 이루어진 DNA 앱타머.
  2. 서열번호 4의 염기 서열로 이루어진 DNA 앱타머.
  3. 제1항 또는 제2항에 따른 DNA 앱타머를 포함하는 암 조직 타겟팅용 조성물이고,
    상기 암은 췌장암, 대장암, 간암, 폐암, 뇌종양, 구강암 또는 유방암인,
    암 조직 타겟팅용 조성물.
  4. 제1항 또는 제2항에 따른 DNA 앱타머를 포함하는 암 진단용 조성물이고,
    상기 암은 췌장암, 대장암, 간암, 폐암, 뇌종양, 구강암 또는 유방암인,
    암 진단용 조성물.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2003238772A1 (en) * 2002-05-31 2003-12-19 Regents Of The University Of Minnesota In vitro evaluation of nucleic acid ligands
WO2009073063A2 (en) * 2007-10-05 2009-06-11 The Regents Of The University Of California High-stringency screening of target-binding partners using a microfludic device
WO2010140834A2 (ko) * 2009-06-01 2010-12-09 성균관대학교산학협력단 췌장암 세포 또는 조직에 특이적으로 결합할 수 있는 핵산 압타머 및 그 용도
US8507203B2 (en) * 2011-03-29 2013-08-13 The Governors Of The University Of Alberta Aptamers selected against live S. pyogenes cells
KR101250557B1 (ko) 2011-05-18 2013-04-03 국립암센터 Ｐａｕｆ 특이적 앱타머 및 이를 포함하는 췌장암 치료용 조성물
CA2870288A1 (en) * 2012-04-10 2013-10-17 John J. Rossi Rna aptamers for therapeutic and diagnostic delivery to pancreatic cancer cells
KR101458947B1 (ko) 2013-03-05 2014-11-12 국립암센터 인터루킨-８ 앱타머 및 이의 용도
CN103243101B (zh) * 2013-05-16 2015-01-14 江南大学 一组特异性识别金黄色葡萄球菌肠毒素c1的核酸适配体
ES2796504T3 (es) * 2015-02-11 2020-11-27 Univ Deakin Aptámeros de EpCAM y conjugados de los mismos
JP7041517B2 (ja) * 2015-10-30 2022-03-24 エージェンシー フォー サイエンス，テクノロジー アンド リサーチ 癌細胞に結合するｄｎａアプタマー
WO2017127357A1 (en) * 2016-01-18 2017-07-27 The Penn State Research Foundation Dna aptamers targeting the cholecystokinin b receptor and methods of using same
WO2017126646A1 (ja) * 2016-01-22 2017-07-27 国立大学法人 東京大学 核酸アプタマーをスクリーニングするための方法
GB201719555D0 (en) * 2017-11-24 2018-01-10 Univ London Queen Mary Biosensor device and assembly methods
KR102506295B1 (ko) * 2020-08-28 2023-03-08 국립암센터 디그옥시제닌에 대한 인간화 항체 및 이의 용도
KR102506288B1 (ko) * 2020-09-07 2023-03-06 국립암센터 디그옥시제닌에 대한 항체를 포함하는 복합체, 및 이들의 용도

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