KR102141604B1 - Composition for predicting or diagnosing luxating patella in dog - Google Patents

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Abstract

본 발명은 개의 슬개골탈구 조기 예측 또는 진단용 조성물에 관한 것으로, 본 발명은 개의 슬개골탈구 위험성과 관련이 높은 SNP 20개를 선별하여 해당 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 확인한 것인 바, 이를 이용한 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물은 유전적으로 발생하는 진행성 질환인 슬개골탈구의 위험성을 갖는 개에 대한 특별한 관리를 준비하거나, 번식을 위한 교배를 할 때 중요한 유전적 정보를 예측하여 슬개골탈구 위험성이 없는 우수한 개를 선발하는데 유용하게 이용될 수 있다.The present invention relates to a composition for early prediction or diagnosis of patella dislocation, and the present invention is to identify the risk of patella dislocation according to the genotype by selecting 20 SNPs that are highly related to the risk of patella dislocation. The composition for prediction or diagnosis selects excellent dogs without risk of patella dislocation by preparing special care for dogs with risk of patella dislocation, a progressive disease that occurs genetically, or by predicting important genetic information when breeding for breeding. It can be useful to do.

Description

개의 슬개골탈구 조기 예측 또는 진단용 조성물{Composition for predicting or diagnosing luxating patella in dog} Composition for predicting or diagnosing luxating patella in dog}

본 발명은 개의 슬개골탈구 조기 예측 또는 진단용 조성물에 관한 것이다. The present invention relates to a composition for early prediction or diagnosis of patella dislocation.

전세계적으로 개의 품종은 약 400여 종이 있으며, 이는 인간의 과도한 육종의 결과라 할 수 있다. 이에 따라 개는 근친교배율이 높아져 각종 유전질환에 노출되어 있다. 개의 유전질환으로 슬개골탈구, 고관절탈구, 비만, 백내장, 퇴행성 망막위축증, 알레르기, 간질 및 신장질환 등이 있으며, 특히 슬개골탈구는 우리나라에서 많은 품종인 몰티즈, 치와와, 푸들, 요크셔테리어, 포메라니안, 페키니즈 등 소형견에서 주로 발견된다. There are about 400 species of dogs worldwide, which is the result of excessive human breeding. As a result, dogs are exposed to various genetic diseases due to increased inbreeding. The genetic diseases of dogs include patella dislocation, hip dislocation, obesity, cataract, degenerative retinopathy, allergies, epilepsy and kidney disease. In particular, patella dislocation is a number of varieties in Korea, such as Maltese, Chihuahua, Poodle, Yorkshire Terrier, Pomeranian, Pekingese, etc. It is mainly found in small dogs.

슬개골탈구는 뒷다리 무릎뼈(슬개골, patella)가 있어야 할 곳인 활차구(trochlear groove)에 들어가 있지 않고 탈구되는 증상으로, 심하지 않은 경우에는 통증이 없고 자연스럽게 슬개골이 맞춰지는 경우도 있으나, 심한 경우에는 탈구된 부위가 심하게 부어오를 수 있고, 탈구로 인한 인대 파열이 야기되어 심한 통증을 유발할 수 있다. 또한 슬개골이 탈구된 다리를 쓰지 못해 끌거나 들어 걷는 증상을 보일 수 있다. Patella dislocation is a symptom of dislocation without entering the trochlear groove, which is the place where the hind limb knee (patella) should be, but in severe cases, there is no pain and the patella may fit naturally, but in severe cases, dislocation The affected area can be swollen severely, and ligament rupture caused by dislocation can cause severe pain. In addition, the kneecap is dislocated, so you can show signs of dragging or walking.

슬개골탈구는 증상에 따라 4개의 등급으로 나누어 진단할 수 있다. 1기는 손으로 개의 슬개골을 탈구시키면 탈구되나 곧 제자리로 돌아오는 상태를 말하며, 2기는 손으로 개의 슬개골을 탈구시키면 탈구되고 스스로 탈구되기도 하며 정상위치로 돌아오기도 한다. 연골이 손상이 있다면 슬개골에 통증이 있어 보행이 정상적이지 못한 모습을 보인다. 3기는 슬개골이 계속 탈구되어 있는 상태로, 손으로 슬개골을 원위치 해주면 일시적으로 정상위치로 회복되지만, 무릎관절을 펴거나 구부리면 다시 탈구되며 대부분 보행 이상이 발견된다. 4기는 슬개골이 항상 탈구되어 있는 상태로, 3기까지와 다르게 손으로도 탈구를 회복시키지 못한다. 이 때는 걸음걸이의 이상이 명확하게 보이며 무릎을 펴지 못해 이를 낮게 내리고 걷는다. 양측의 심각한 탈구라면 개를 뒤에서 봤을 때 O자형의 다리 모습을 관찰할 수 있고, 한 다리에만 슬개골 탈구가 일어났다면, 아픈 다리를 휘청거리며 걷는다. 보다 심각하다면, 무릎관절을 움직이지 못해 걸을 수 없거나 앉은 자세로 지낸다. 뒷다리를 딛지 않고 앞다리로만 걷기도 한다. Patella dislocation can be diagnosed by dividing it into 4 grades according to symptoms. Stage 1 refers to the condition of returning to the original position when the dog's patella is dislocated by hand, and Stage 2 refers to the dislocation of the dog's patella by hand, which may result in dislocation, self-dislocation, or return to normal position. If the cartilage is damaged, the patella has pain, and the gait is not normal. In the third phase, the patella continues to dislocate, and if the patella is returned to its normal position by hand, it will temporarily return to its normal position, but if the knee joint is extended or bent, it will dislocate again and most of the gait abnormalities are found. In the fourth phase, the patella is always dislocated, and unlike the third phase, the dislocation cannot be recovered by hand. At this time, the abnormality of the gait is clearly visible, and the knee is lowered, so the person walks with the lowered leg. If it is a serious dislocation on both sides, you can observe the shape of an O-shaped leg when you look at the dog from behind, and if the dislocation of the patella occurs on only one leg, walk around with a sore leg. In more serious cases, the knee joint cannot move, so you can't walk or sit. They sometimes walk only with the front legs without stepping on their back legs.

탈구가 가벼운 정도라면 보조기구나 비수술적 치료로 상태 악화를 막을 수 있으나 2기 이상의 슬개골탈구라면 수술을 고려하여야 하며, 관절 질환은 한 번 질환이 발생하면 완벽하게 정상으로 돌아갈 수 없기 때문에 근본적인 치료는 어렵다. 따라서 발병되기 이전에 유전자 검사를 통해 유전자 변이를 확인하고, 질환을 가진 개체라면 번식을 피하는 것이 좋다. 특히, 특수 목적견으로 양성되는 품종의 경우 슬개골탈구를 예측 또는 조기에 진단하여 슬개골탈구 위험성이 없는 우수한 개를 선발할 필요가 있다.If the dislocation is mild, the deterioration of the condition can be prevented by assistive devices or non-surgical treatment, but if the dislocation of the patella is more than 2, the surgery should be considered, and if the disease occurs once, the underlying treatment is difficult because it cannot be completely returned to normal. . Therefore, it is better to check genetic mutations through genetic tests before the onset of disease, and avoid breeding in individuals with diseases. In particular, in the case of breeds that are positive for special purpose dogs, it is necessary to predict or early diagnosis of patella dislocation to select an excellent dog without risk of patella dislocation.

한국임상수의학회지 제30권 제4호, 2013.8, 278-282 Korean Journal of Clinical Veterinary Medicine, Vol. 30, No. 4, 2013.8, 278-282

본 발명의 목적은 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 키트, 또는 이를 이용한 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법을 제공하는 것이다. An object of the present invention is to provide a composition for predicting or diagnosing patella dislocation, a kit for predicting or diagnosing patella dislocation, or a method for predicting or diagnosing patella dislocation using the same.

상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다. In order to achieve the above object, the present invention is a single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 61st base is A or G in the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19; And an agent capable of detecting or amplifying any one or more SNPs selected from the group consisting of SNPs in which the 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, Provided is a diagnostic composition.

또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 키트를 제공한다. In addition, the present invention provides a kit for predicting or diagnosing patella dislocation comprising the composition.

또한, 본 발명은 1) 개로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서, 상기 SNP는 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 11, 서열번호 12, 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 16, 서열번호 17, 서열번호 18, 서열번호 19, 또는 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기인, 단계; 및 2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법을 제공한다. In addition, the present invention is 1) a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 from the DNA of the sample isolated from the dog, the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 , Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, the sequence Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15, base of SEQ ID NO: 16 Polynucleotide consisting of the sequence, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19 and the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20 A step of amplifying a site comprising the SNP of any one or more polynucleotides selected from the group consisting of polynucleotides or complementary polynucleotides thereof, wherein the SNP is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, sequence SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16 , SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, or the base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, which is the base; And 2) determining the base type of SNP at the site containing the amplified SNP.

본 발명은 개의 슬개골탈구 위험성과 관련이 높은 SNP 20개를 선별하여 해당 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 확인한 것인 바, 이를 이용한 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물은 유전적으로 발생하는 진행성 질환인 슬개골탈구의 위험성을 갖는 개에 대한 특별한 관리를 준비하거나, 번식을 위한 교배를 할 때 중요한 유전적 정보를 예측하여 슬개골탈구 위험성이 없는 우수한 개를 선발하는데 유용하게 이용될 수 있다.The present invention is to identify the risk of patella dislocation according to the genotype by selecting 20 SNPs that are highly related to the risk of patella dislocation, and the composition for predicting or diagnosing the patella dislocation using the dog is a genetically occurring progressive disease of the patella dislocation. It can be used to select excellent dogs without risk of patella dislocation by predicting important genetic information when preparing for special care for dangerous dogs or when breeding for breeding.

도 1은 본 발명의 SNP(1번 및 2번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 2는 본 발명의 SNP(3번 및 4번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 3은 본 발명의 SNP(5번 및 6번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 4는 본 발명의 SNP(7번 및 8번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 5는 본 발명의 SNP(9번 및 10번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 6은 본 발명의 SNP(11번 및 12번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 7은 본 발명의 SNP(13번 및 14번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 8은 본 발명의 SNP(15번 및 16번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 9는 본 발명의 SNP(17번 및 18번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.
도 10은 본 발명의 SNP(19번 및 20번)의 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도를 측정한 결과 그래프이다.1 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 1 and 2) of the present invention.
Figure 2 is a graph of the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 3 and 4) of the present invention.
Figure 3 is a graph of the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 5 and 6) of the present invention.
Figure 4 is a graph of the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of the SNP (7 and 8) of the present invention.
Figure 5 is a graph of the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of the SNP (Nos. 9 and 10) of the present invention.
Figure 6 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 11 and 12) of the present invention.
7 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 13 and 14) of the present invention.
8 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 15 and 16) of the present invention.
9 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 17 and 18) of the present invention.
10 is a graph showing the results of measuring the risk of patella dislocation according to the genotype of SNP (Nos. 19 and 20) of the present invention.

이하, 본 발명을 상세히 설명한다. Hereinafter, the present invention will be described in detail.

본 발명은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물을 제공한다. The present invention is a single nucleotide polymorphism (single nucleotide polymorphism, SNP) of the 61st base in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19; And an agent capable of detecting or amplifying any one or more SNPs selected from the group consisting of SNPs in which the 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, Provided is a diagnostic composition.

본 발명의 용어 "폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 폴리뉴클레오티드 내 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트일 수 있다.The term "an agent capable of detecting or amplifying a polynucleotide" of the present invention is an agent capable of specifically recognizing and binding to a site containing an SNP in a polynucleotide, or an agent capable of amplifying a site containing the SNP. , Specifically, a probe capable of specifically binding to the SNP-containing site, a polynucleotide containing the SNP-containing site, or a primer set capable of specifically amplifying a complementary polynucleotide thereof. .

상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프라이머는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자 및 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.The primer can be chemically synthesized using a phosphoramidite solid support method, or other well-known method. These primers can be modified using a number of means known in the art, as long as they have the effect of detecting the site containing the SNP. Examples of such modifications are methylation, encapsulation, substitution with one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkages (eg methyl phosphonate, phosphotriester, phosphoroamidate , Carbamate, etc.) or charged linkers (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acids can include one or more additional covalently attached residues, such as proteins (e.g., nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), inserts (e.g., acridine , Proralene, etc.), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents. In addition, the primer may include a label that can be directly or indirectly detected by spectroscopic, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means, if necessary. Examples of labels include enzymes (e.g. horseradish peroxidase, alkaline phosphatase), radioactive isotopes (e.g. 32 P), fluorescent molecules and chemical groups (e.g. biotin), etc. There is this.

본 명세서에서 사용되는 용어 "프로브"는 DNA 또는 RNA와 특이적으로 결합할 수 있는 수개 내지 수백 개의 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.As used herein, the term "probe" refers to nucleic acid fragments corresponding to several to hundreds of bases capable of specifically binding to DNA or RNA, oligonucleotide probes, single stranded DNA probes , It can be produced in the form of a double stranded DNA (double stranded DNA) probe or RNA probe.

상기 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프로브는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.The probe can be chemically synthesized using a phosphoramidite solid support method, or other well-known method. Such a probe can be modified using a number of means known in the art, as long as it has the effect of detecting the site containing the SNP. Examples of such modifications are methylation, capping, substitution with one or more homologs of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkages (eg, methyl phosphonate, phosphotriester, phosphoroamidate , Carbamate, etc.) or charged linkages (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acids can include one or more additional covalently attached residues, such as proteins (e.g., nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), inserts (e.g., acridine , Proralene, etc.), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents.

상기 프로브는 이의 5' 말단에 리포터가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 리포터로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다. The probe may be further bonded to a reporter at its 5'end. The reporter is FAM (6-carboxyfluorescein), Texas red (texas red), fluorescein (fluorescein), fluorescein chlorotriazinyl (fluorescein chlorotriazinyl), HEX (2',4',5',7'-tetrachloro -6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), rhodamine green, rhodamine red, tetramethylrhodamine, fluorescein isothiocyanate (FITC), oregon green, alexa Fluoro(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC( tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA (6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED (N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), cyanine-based dye and thiadicarbocyanine. However, any other material known to be used as a reporter in the art can be used.

상기 프로브는 이의 3' 말단에 소광자가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 소광자는 TAMRA, BHQ(black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(deep dark quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 소광자로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.The probe may further be conjugated with a quencher at its 3'end. The quencher is TAMRA, black hole quencher (BHQ) 1, BHQ2, BHQ3, nonfluorescent quencher (NFQ), dabcyl, Eclipse, deep dark quencher (DDQ), Blackberry Quencher, Iowa black ) May be any one or more selected from the group consisting of, but may be used as long as it is known in the art to be used as a quencher.

상기 "폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"에는 역전사 중합효소, DNA 중합효소, Mg2+와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP가 포함될 수 있다. 역전사된 cDNA를 증폭하기 위하여 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, DNA 중합효소의 예로 E.coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파지 T7 DNA 중합효소가 있다. 중합효소는 박테리아 그 자체로부터 분리하거나 상업적으로 구입하거나 중합효소를 암호화하는 클로닝 유전자의 높은 레벨을 발현하는 세포로부터 수득할 수 있다.The "an agent capable of detecting or amplifying a polynucleotide" may include a reverse transcriptase, a DNA polymerase, a cofactor such as Mg 2+ , dATP, dCTP, dGTP and dTTP. Various DNA polymerases can be used in the amplification step of the present invention to amplify the reverse transcribed cDNA, and examples of DNA polymerases include Klenow fragments of E.coli DNA polymerase I, thermostable DNA polymerase or bacteriophage T7 DNA polymerization There are enzymes. The polymerase can be obtained from cells expressing a high level of the cloning gene encoding the polymerase, either from the bacteria itself or commercially purchased.

또한, 본 발명은 상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물을 포함하는 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for predicting or diagnosing patellar dislocation comprising the composition for predicting or diagnosing patellar dislocation.

상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다. 일례로, 상기 조성물은 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP); 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP; 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있다. The composition may have the characteristics as described above. In one example, the composition is a single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6; SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18; SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19; And an agent capable of detecting or amplifying any one or more SNPs selected from the group consisting of SNPs in which the 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20.

또한, 상기 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는, 폴리뉴클레오티드 내 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머 세트일 수 있다.In addition, an agent capable of detecting or amplifying the polynucleotide is an agent capable of specifically recognizing and binding to an SNP-containing site in a polynucleotide, or specifically, an agent capable of amplifying a site containing the SNP. May be a probe capable of specifically binding to the site containing the SNP, a polynucleotide containing the site containing the SNP, or a primer set capable of specifically amplifying a complementary polynucleotide thereof.

상기 키트는 PCR 키트, DNA 분석용 키트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The kit may be a PCR kit, a kit for DNA analysis, but is not limited thereto.

본 발명의 키트는 상기 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인하거나, 또는 mRNA의 발현 수준을 확인함으로써 개의 슬개골탈구를 예측 또는 진단할 수 있다. 본 발명에서 제공하는 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다.The kit of the present invention can predict or diagnose the patella dislocation of the dog by confirming the genotype of the SNP marker provided by the present invention through amplification, or by checking the expression level of mRNA using the composition. The kit provided by the present invention may be a kit including essential elements necessary for performing RT-PCR.

예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 프라이머 쌍 이외에도 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase 억제제, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다. 한편, 키트에 포함되는 성분들은 액상 형태로 제조될 수도 있고, 포함 성분들의 자유도를 낮추어 제품의 안정성을 제고하기 위해 건조된 형태로 제조될 수도 있다. 이러한 건조된 형태로의 제조를 위해서는 건조 단계의 적용이 필요하고, 이때 가온건조, 자연건조, 감압건조, 동결건조 또는 이들의 복합 공정이 사용될 수 있다.For example, RT-PCR kits include tubes or other suitable containers, reaction buffers (pH and magnesium concentrations vary), in addition to specific primer pairs for polynucleotides or complementary polynucleotides containing the SNP-containing site. , Enzymes such as deoxynucleotides (dNTPs), Taq-polymerases and reverse transcriptases, DNase inhibitors, RNase inhibitors, DEPC-water and sterile water. Meanwhile, the components included in the kit may be manufactured in a liquid form, or may be manufactured in a dried form in order to improve the stability of the product by lowering the degrees of freedom of the components. In order to manufacture the dried form, application of a drying step is necessary, and at this time, heating, natural drying, vacuum drying, freeze drying, or a combination process thereof may be used.

또한, 본 발명은 1) 개로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 구성되는 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서, 상기 SNP는 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 11, 서열번호 12, 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 16, 서열번호 17, 서열번호 18, 서열번호 19, 또는 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기인, 단계; 및 2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법을 제공한다. In addition, the present invention is 1) a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2, the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 from the DNA of the sample isolated from the dog, the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 , Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, the sequence Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10, Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 Polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15, base of SEQ ID NO: 16 Polynucleotide consisting of the sequence, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19 and the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20 A step of amplifying a site comprising the SNP of any one or more polynucleotides selected from the group consisting of polynucleotides or complementary polynucleotides thereof, wherein the SNP is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, sequence SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16 , SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, or the base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, which is the base; And 2) determining the base type of SNP at the site containing the amplified SNP.

상기 단계 1)의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173(1989)), 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.The step of amplifying the site containing the SNP of step 1) may be any method known to those skilled in the art. For example, it can be obtained by amplifying and purifying the target nucleic acid through PCR. Other ligase chain reactions (LCR) (Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988)), transcription amplification (Kwoh et al., ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173 (1989)), autologous sequence replication (Guatelli et al., ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874 (1990)) and nucleic acid based sequence amplification (NASBA) can be used.

상기 단계 2)의 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계는 서열분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(minisequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. The step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP in step 2) is sequencing, hybridization by microarray, allele specific PCR, dynamic allele hybridization technique (dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR extension analysis, PCR-SSCP, PCR-RFLP analysis or TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g., Sequenom's MassARRAY system), mini-sequencing method , Bio-Plex system (BioRad), CEQ and SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (e.g. Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (e.g. Illumina GoldenGate and Infinium analysis) It can be, but is not limited to.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of SNP of a polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 or a complementary polynucleotide thereof is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 or the SNP of the complementary polynucleotide is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, if all of the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3 or the base No. 61 of the SNP of the complementary polynucleotide are G, it is determined that the risk of patellar dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of SNP of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4 or a complementary polynucleotide thereof is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 C인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 or the SNP of the complementary polynucleotide is C, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method for predicting or diagnosing patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of SNP of a polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6 or a complementary polynucleotide thereof is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method for predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, if all of the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 or the SNP of the complementary polynucleotide of the base No. 61 are A, it is determined that the risk of patellar dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 or the SNP of the complementary polynucleotide is A, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method for predicting or diagnosing patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9 or the complementary polynucleotide SNP is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing patellar dislocation, when the number 61 bases of SNPs of a polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10 or a complementary polynucleotide thereof are all A, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, if the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 or the SNP of the complementary polynucleotide SNP are all G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method for predicting or diagnosing patellar dislocation of the dog, if the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12 or the base No. 61 of the SNP of the complementary polynucleotide are all G, it is determined that the risk of patellar dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13 or the SNP of the complementary polynucleotide is A, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, if all of the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14 or the base No. 61 of the SNP of the complementary polynucleotide are A, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, if the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15 or the SNP of the complementary polynucleotide SNP are all G, it is determined that the risk of canine dislocation of the dog is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16 or the SNP of the complementary polynucleotide No. 61 are G, it is determined that the risk of patellar dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method for predicting or diagnosing patellar dislocation of the dog, if the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17 or the SNP of the complementary polynucleotide SNP are all G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18 or SNP of the complementary polynucleotide is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 G인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the base 61 of the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19 or the complementary polynucleotide SNP is G, it is determined that the risk of patella dislocation is increased. Can.

상기 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법에 있어서, 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 모두 A인 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단할 수 있다.In the method of predicting or diagnosing the patellar dislocation of the dog, when all of the polynucleotides consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20 or the base No. 61 of the SNP of the complementary polynucleotide are A, it is determined that the risk of patellar dislocation is increased. Can.

본 발명의 구체적인 실시예에서, 본 발명자들은 개 124두의 혈액으로부터 DNA를 추출한 후, 개에 대한 170K SNP 칩을 이용하여 SNP 유전자형을 분석하고, 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 통하여 개의 슬개골탈구 위험도를 조기예측 가능한 SNP 20개를 선별하였다(표 1 내지 4 참조).In a specific embodiment of the present invention, the present inventors extracted DNA from the blood of 124 dogs, analyzed the SNP genotype using a 170K SNP chip for the dog, and analyzed the genome-wide association study (GWAS). Through this, 20 SNPs capable of early predicting the risk of patella dislocation were selected (see Tables 1 to 4).

따라서, 본 발명의 SNP 조성물, 이를 포함하는 키트 또는 마이크로어레이 칩, 또는 본 발명의 SNP 조성물을 이용한 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법은 유전적으로 발생하는 진행성 질환인 슬개골탈구의 위험성을 갖는 개에 대한 특별한 관리를 준비거나, 번식을 위한 교배를 할 때 중요한 유전적 정보를 예측하여 슬개골탈구 위험성이 없는 우수한 개를 선발하는데 유용하게 이용될 수 있다.Accordingly, the method for predicting or diagnosing patella dislocation of a dog using the SNP composition of the present invention, a kit or microarray chip comprising the same, or the SNP composition of the present invention is special for dogs with a risk of patella dislocation, a progressive disease that occurs genetically. It can be useful for selecting excellent dogs without risk of patella dislocation by predicting important genetic information when preparing for management or breeding for breeding.

이하, 본 발명을 하기 실시예에 의해 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by examples.

단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것일 뿐, 본 발명의 내용이 하기 실시예에 의하여 한정되는 것은 아니다.However, the following examples are merely illustrative of the present invention, and the contents of the present invention are not limited by the following examples.

<실시예 1> 개에 대한 SNP 유전자형 분석<Example 1> SNP genotyping analysis for dogs

개 124두의 혈액으로부터 DNA 정제 키트(Wizard Genomic DNA Purification Kit, Promega, 미국)를 이용하여 DNA를 추출한 후, 개에 대한 170K SNP 칩(CanineHD BeadChip, Illumina, 미국)을 이용하여 SNP 유전자형을 분석하였다.DNA was extracted from the blood of 124 dogs using a DNA purification kit (Wizard Genomic DNA Purification Kit, Promega, USA), and then the SNP genotype was analyzed using a 170K SNP chip (CanineHD BeadChip, Illumina, USA) for dogs. .

<1-1> 1일차: 증폭(Amplification)<1-1> Day 1: Amplification

MSA3 바코드를 붙인 96-웰 0.8 ㎖ MIDI 플레이트(이하, 'MSA3 플레이트')에 웰 당 20 ㎕의 MA1을 넣고, 개 124두의 혈액으로부터 추출한 DNA를 웰 당 4 ㎕씩 넣은 후, DNA ID 및 옮긴 MSA3 플레이트의 위치를 기록해두었다. 이후, 각 웰 당 4 ㎕의 0.1 N NaOH를 넣고, 96-웰 덮개(96 well cap mat)로 플레이트를 덮은 후 1,600 rpm에서 1분 동안 흔들어 섞어주고(vortexing), 280 × g에서 1분간 원심분리하였다. 이후, 10분 동안 실온에서 반응시킨 후, 웰 당 34 ㎕의 MA2를 넣고, 38 ㎕의 MSM을 넣은 후, 96-웰 덮개를 덮고 280 × g에서 1분간 원심분리하였다. 37℃의 오븐(Illumina Hybridization oven)에서 20 내지 24시간 동안 반응시켜 시료를 증폭시켰다.In a 96-well 0.8 ml MIDI plate (hereinafter referred to as'MSA3 plate') with MSA3 barcode, 20 µl of MA1 per well was added, and 4 µl of DNA extracted from the blood of 124 dogs was added per well, followed by DNA ID and transfer. The location of the MSA3 plate was noted. Then, add 4 μl of 0.1 N NaOH per well, cover the plate with a 96-well cap (96 well cap mat), shake for 1 minute at 1,600 rpm (vortexing), and centrifuge at 280 × g for 1 minute. Did. Thereafter, after reacting at room temperature for 10 minutes, 34 µl of MA2 per well was added, 38 µl of MSM was added, and the 96-well cover was covered and centrifuged at 280 × g for 1 minute. The sample was amplified by reacting for 20 to 24 hours in a 37° C. oven (Illumina Hybridization oven).

<1-2> 2일차: 조각(Fragment)<1-2> Day 2: Fragment

상기 실시예 1-1의 MSA3 플레이트를 오븐에서 꺼내 50 × g에서 1분간 원심분리하고, 각 웰 당 25 ㎕의 FMS를 넣은 후, 덮개로 플레이트를 덮어 1,600 rpm에서 1분간 흔들어 섞어주었다(vortexing). 이후, 플레이트를 50 × g에서 1분간 원심분리하고, 37℃ 히트 블록(heat block)에서 1시간 동안 반응시켰다.The MSA3 plate of Example 1-1 was taken out of the oven, centrifuged at 50 x g for 1 minute, 25 μl of FMS was added to each well, and then covered with a cover to shake for 1 minute at 1,600 rpm (vortexing). . Then, the plate was centrifuged at 50 x g for 1 minute, and reacted for 1 hour in a heat block at 37°C.

<1-3> 2일차: 침전(Precipitation)<1-3> Day 2: Precipitation

상기 실시예 1-2의 플레이트에 각 웰 당 25 ㎕의 PM1을 넣은 후, 덮개를 덮고, 1,600 rpm에서 1분간 원심분리한 후, 37℃ 오븐에서 5분간 반응시켰다. 플레이트를 50 × g에서 1분간 원심분리한 후, 덮개를 벗기고, 각 웰 당 155 ㎕의 2-프로판올(2-propanol)을 넣었다. 새로운 96-웰 덮개로 플레이트를 덮고 10번 뒤집어 혼합한 뒤, 4℃에서 30분 동안 보관하였다. 이후, 4℃, 3,000 rpm에서 20분 동안 원심분리 후, 플레이트 덮개를 제거하고 빠르게 뒤집어 상층액을 버렸다. 키친타올에 10회 정도 가볍게 두드려 남아있는 상층액을 제거하고, 뒤집어진 플레이트를 그대로 튜브 렉에 올려놓고 1시간 동안 자연 건조시켜 DNA 침전만 남도록 하였다.After adding 25 μl of PM1 per well to the plate of Example 1-2, the lid was covered, centrifuged at 1,600 rpm for 1 minute, and then reacted in an oven at 37° C. for 5 minutes. After centrifuging the plate at 50 x g for 1 minute, the lid was removed and 155 µl of 2-propanol was added to each well. The plate was covered with a new 96-well cover and inverted 10 times to mix and stored at 4° C. for 30 minutes. Thereafter, after centrifugation at 4°C and 3,000 rpm for 20 minutes, the plate cover was removed and quickly turned over to discard the supernatant. The remaining supernatant was removed by gently tapping the kitchen towel about 10 times, and the inverted plate was placed on the tube rack as it was, and naturally dried for 1 hour to leave only DNA precipitation.

<1-4> 2일차: 재현탁(Resuspend)<1-4> Day 2: Resuspend

상기 실시예 1-3의 DNA 침전이 들어있는 플레이트에 웰 당 23 ㎕의 RA1을 넣고, 남은 RA1은 추후 염색(XStain HD Bead Chip)을 위해 냉동보관하였다. 플레이트에 호일 실(foil seal)을 올리고, 히트-실러 블록(heat-sealer block)을 5초 동안 눌러 밀봉하였다. 밀봉한 플레이트를 48℃의 오븐에서 1시간 동안 반응시킨 후, 1,800 rpm에서 1분간 흔들어 섞어주었고(vortexing), 280 × g에서 1분간 원심분리하였다.23 μl of RA1 per well was added to the plate containing the DNA precipitation of Examples 1-3, and the remaining RA1 was stored frozen for further staining (XStain HD Bead Chip). A foil seal was placed on the plate, and the heat-sealer block was pressed for 5 seconds to seal. The sealed plate was reacted in an oven at 48° C. for 1 hour, then shaken for 1 minute at 1,800 rpm (vortexing), and centrifuged at 280 × g for 1 minute.

<1-5> 2일차: 혼성화(Hybridization)<1-5> Day 2: Hybridization

상기 실시예 1-4의 플레이트를 95℃ 히트 블록에 넣어 20분 동안 DNA 시료를 변성시켰다(denaturation). 이후, 플레이트를 실온에 30분 동안 두고 식히는 동안 혼성화 챔버(HybChamber)에 가스킷(gaskets)을 끼우고, 혼성화 챔버에 있는 8개의 버퍼 리저버(humidifying buffer reservoir)에 각 400 ㎕의 PB2를 넣고, 뚜껑을 닫아 실온에 두었다. 실온에서 식힌 DNA가 담긴 MSA3 플레이트를 280 × g에서 1분간 원심분리하였다. 냉장 보관하던 SNP 칩을 하나씩 꺼내 준비하고, 혼성화 챔버 인서트(insert)의 바코드 모양과 칩의 바코드 부분을 맞추어 놓은 후, 멀티채널 피펫으로 식힌 DNA 시료를 각 15 ㎕씩 칩의 양쪽 부분으로 로딩(loading)하였다. 각 칩의 시료 로딩이 끝나는 대로 혼성화 챔버에 넣고 다음 칩도 같은 방법으로 반복하였다. 챔버가 모두 채워지면 챔버 뚜껑을 닫고 48℃의 오븐에 넣고 속도를 5로 설정하여 16 내지 24시간 동안 반응시켰다.The plate of Example 1-4 was put in a 95°C heat block to denature the DNA sample for 20 minutes (denaturation). Subsequently, the plates were left at room temperature for 30 minutes, and while cooling, gaskets were put into the hybrid chamber, and 400 µl of each PB2 was added to 8 humidifying buffer reservoirs in the hybridization chamber, and the lid was placed. Close and leave at room temperature. The MSA3 plate containing the DNA cooled at room temperature was centrifuged at 280×g for 1 minute. Prepare the refrigerated SNP chips one by one, prepare and align the barcode shape of the hybridization chamber insert with the barcode portion of the chip, and then load 15 μl of each DNA sample cooled with a multi-channel pipette into both portions of the chip. ). As soon as the sample loading of each chip was finished, it was put into the hybridization chamber and the next chip was repeated in the same way. When the chambers were all filled, the chamber lid was closed, placed in an oven at 48°C, and the speed was set to 5 to react for 16 to 24 hours.

<1-6> 3일차: 세척(Washing bead chips)<1-6> Day 3: Washing bead chips

상기 실시예 1-5의 혼성화 챔버를 오븐에서 꺼내고, 챔버 속의 인서트를 하나씩 꺼내, 칩에 붙어 있는 실(seal)을 잡아당겨 제거한 후, 실이 제거된 칩을 세척 렉(wash rack)에 꽂아 WB1이 담긴 세척 디쉬(wash dish)에 담갔다. 모든 칩이 WB1에 담긴 후 세척 렉을 디쉬에서 1분 동안 뺐다 넣었다 하면서 씻어주었고, PB1이 들어 있는 다른 세척 디쉬에 렉을 옮겨 1분 동안 뺐다 넣었다 하면서 씻어주었다. 세척이 끝난 후, 비드칩 얼라인먼트 픽스쳐(Multi-sample BeadChips Alignment fixture)에 백 프레임(back frame)을 올리고, 바코드 방향에 맞추어 칩을 한 장씩 올린 후, 흰색 부분과 분리한 투명한 부분의 스페이스를 얼라인먼트 픽스쳐의 윗부분과 아랫부분에 맞추어 끼웠다. 스페이스를 올린 후, 바코드가 없는 칩의 윗부분에 얼라인먼트 바(alignment bar)를 올리고, 유리판의 끝이 바에 닿도록 유리판을 덮은 후, 클립을 끼워 챔버 어셈블리(Flow-through chamber assembly)를 완성하였다. 얼라인먼트 바를 제거하고, 챔버 어셈블리 양끝의 스페이스 부분을 가위로 잘라주었다.The hybridization chamber of Example 1-5 was taken out of the oven, the inserts in the chamber were taken out one by one, the seal attached to the chip was pulled out and removed, and then the chip from which the seal was removed was placed in a wash rack to WB1. The dish was soaked in a wash dish. After all the chips were placed in WB1, the washing racks were removed from the dish for 1 minute and then washed, while the racks were moved to another washing dish containing PB1 for 1 minute. After washing, the back frame is placed on the Multi-sample BeadChips Alignment fixture, the chips are placed one by one in accordance with the barcode direction, and the space of the transparent part separated from the white part is aligned. Fitted to the top and bottom of the. After raising the space, the alignment bar was placed on the top of the chip without the barcode, the glass plate was covered with the tip of the glass plate touching the bar, and a clip was inserted to complete the flow-through chamber assembly. The alignment bar was removed, and the space portions at both ends of the chamber assembly were cut with scissors.

<1-7> 3일차: 염색(XStain Beadchips)<1-7> Day 3: Dyeing (XStain Beadchips)

챔버 렉의 온도를 44℃로 맞춘 후, 상기 실시예 1-6의 챔버 어셈블리를 챔버 렉에 끼웠다. 각 칩에 150 ㎕의 RA1을 넣고 30초 동안 반응시키는 과정을 6번 반복한 후, 450 ㎕의 XC1, 450 ㎕의 XC2 및 200 ㎕의 TEM을 순차적으로 각 칩에 넣고 각각 10분씩 반응시켰다. 450 ㎕의 95% 포름아미드(formamide)/1 mM EDTA(ethylenediaminetetraacetic acid)를 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후, 다시 한번 더 동일하게 넣고 5분 동안 반응시켰다. LTM 튜브의 라벨에 적혀 있는 온도를 확인하고 해당 온도로 챔버 렉의 온도를 바꾸고, 450 ㎕의 XC3을 각 칩에 넣고 1분 동안 반응시킨 후, 다시 한번 더 동일하게 넣고 상기 설정한 챔버 렉의 온도에 도달할 때까지 기다렸다. 이후, 하기 표 1의 A - B - A - B - A의 순서로 각 칩에 시약을 넣고 반응시켰다.After setting the temperature of the chamber rack to 44°C, the chamber assembly of Examples 1-6 was fitted to the chamber rack. After adding 150 µl of RA1 to each chip and repeating the reaction for 30 seconds 6 times, 450 µl of XC1, 450 µl of XC2 and 200 µl of TEM were sequentially added to each chip and reacted for 10 minutes each. 450 µl of 95% formamide/1 mM EDTA (ethylenediaminetetraacetic acid) was added to each chip and reacted for 1 minute, and then added again and reacted for 5 minutes. Check the temperature written on the label of the LTM tube, change the temperature of the chamber rack to the corresponding temperature, add 450 µl of XC3 to each chip, react for 1 minute, then add the same again, and set the temperature of the chamber rack Waited to reach. Thereafter, reagents were added to each chip in the order of A-B-A-B-A in Table 1 below, and reacted.

세트set 순서order 각 칩에 넣는 시약Reagents in each chip 시약 넣은 후 반응시간Reaction time after adding reagent AA 1One 250 ㎕의 LTM250 μl LTM 10분10 minutes 22 450 ㎕의 XC3450 μl XC3 1분1 min 33 450 ㎕의 XC3450 μl XC3 5분5 minutes BB 1One 250 ㎕의 ATM250 μl ATM 10분10 minutes 22 450 ㎕의 XC3450 μl XC3 1분1 min 33 450 ㎕의 XC3450 μl XC3 5분5 minutes

상기 반응 종료 후, 즉시 챔버 어셈블리에서 챔버 렉을 분리하고 실온의 실험 테이블로 옮겨 평평하게 꺼내 두었다. 310 ㎖의 PB1을 세척 용기에 넣고 염색용 렉을 용기 안에 담가 두었다. 기구를 이용하여 챔버 렉의 클립을 벗기고 유리 블록을 들어서 제거한 후, 칩의 비드(bead) 부분을 건드리지 않도록 하면서 스페이스를 제거하였다. 칩에 붙였던 부착물을 모두 제거한 후, PB1에 담겨 있는 염색용 렉(staining rack)에 꽂아 PB1에 담가 두었다. 모든 칩을 순차적으로 상기와 동일하게 처리하였다. 염색용 렉을 천천히 10번 정도 위 아래로 움직여 칩을 담금질한 후, 5분 동안 담가두었다가 다른 세척용 용기에 XC4 310 ㎖을 채우고 상기와 동일하게 칩을 담금질한 후 5분 동안 담가두었다. 이후, 염색용 렉을 꺼내고 집게를 이용하여 칩을 조심스럽게 꺼내 튜브 렉 위에 올려두었다. 칩을 올린 튜브 렉을 진공 건조기에 넣고 508 mmHg(0.68 bar)의 진공 상태로 55분 동안 건조시켰다. 에탄올에 적신 티슈(KIMWIPES)를 이용하여 비드 부분을 건드리지 않도록 주의하면서 건조된 칩의 가장자리를 닦아주었다. 실험이 완료된 비드 칩은 72시간 이내에 스캐너를 이용하여 이미지화시켰다.After completion of the reaction, the chamber rack was immediately removed from the chamber assembly and transferred to a laboratory table at room temperature and placed flat. 310 ml of PB1 was placed in the washing container and the staining rack was placed in the container. After removing the clip of the chamber rack by using an instrument and lifting the glass block, the space was removed while not touching the bead portion of the chip. After removing all the attachments attached to the chip, they were placed in a staining rack contained in PB1 and soaked in PB1. All chips were processed in the same manner as above. The dyeing rack was slowly moved up and down about 10 times to quench the chips, soaked for 5 minutes, then filled with 310 ml of XC4 in another washing container, and the chips were immersed in the same manner as above, and then soaked for 5 minutes. Thereafter, the dyeing rack was taken out, and the chip was carefully taken out using forceps and placed on the tube rack. The tube rack with the chips was placed in a vacuum dryer and dried under vacuum at 508 mmHg (0.68 bar) for 55 minutes. The edges of the dried chips were wiped with care not to touch the bead using KIMWIPES moistened with ethanol. After completion of the experiment, the bead chip was imaged using a scanner within 72 hours.

<< 실험예Experimental Example 1> 개의 1> dog 슬개골탈구Patella dislocation 위험도를 조기예측 가능한 20개 SNP 선별 Selection of 20 SNPs that can predict risk early

개 124두에 대한 고밀도 SNP 170K 칩 분석 및 전장유전체 연관성 분석(Genome-wide association study, GWAS)을 통하여 개의 슬개골탈구 위험도를 조기예측 가능한 SNP 20개를 선별하였다.Through the high-density SNP 170K chip analysis and genome-wide association study (GWAS) for 124 dogs, 20 SNPs capable of early predicting the risk of patella dislocation were selected.

구체적으로, 상기 실시예 1에서 얻은 이미지를 분석하여 개 124 두의 유전자형을 분석하였다. 이후, 전장유전체 유전자형 데이터 품질관리(quality control, QC) 및 데이터베이스 구축을 위하여 PLINK 및 R/SNPassoc package를 이용하여 SNP를 필터링하여 하디-와인버그 평형(Hardy-Weinberg equilibrium, HWE) 검사 및 MAF(minor allele frequency) 조건에 부적합한 유전자들을 제외하였다(HWE p < 0.001, MAF < 0.001, call rate < 90%). 이후, 개 124두의 슬개골탈구 정도를 관찰하여 정상인 경우 0점, 간혹 슬개골 탈구 증상이 있으나 슬개골의 정상 복귀가 가능한 경우 1점, 때때로 슬개골 탈구 증상이 있고 다리를 띄어 걷지만 사람이 만져주면 슬개골 원위치로 복귀가 가능한 경우 2점, 대부분 탈구되어 있고 슬개골 원위치 후 바로 재탈구되며 개가 달리를 들고 다니는 경우 3점, 항상 탈구되어 있고 슬개골 원위치로 복귀되지 않으며 무릎을 구부린 상태로 보행 이상이 있는 경우 4점을 주어 슬개골탈구의 표현형을 점수화하였다. 전장유전체 연관성 분석을 통하여 SNP 칩으로부터 분석한 유전자형에 따른 슬개골탈구 위험도와의 관련성 정도를 계산하고, 혼합 선형 모형 연관분석 기법(Mixed Linear Model based Association analysis, MLMA)을 이용하여 유의한 SNP를 탐색하였다.Specifically, the images obtained in Example 1 were analyzed to analyze genotypes of two dogs. Subsequently, the SNP is filtered using PLINK and R/SNPassoc package for quality control (QC) of the genotype genome data and database construction, and Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) inspection and MAF (minor allele) frequencies) genes that were not suitable for the conditions were excluded (HWE p <0.001, MAF <0.001, call rate <90%). Afterwards, the degree of patella dislocation was observed in 124 dogs, 0 points in normal cases, and sometimes a symptom of patella dislocation, but 1 point in cases where normal patella dislocation is possible, sometimes with patella dislocation symptoms and walking with legs apart, but if a person touches it, the patella origin 2 points when returning to is possible, mostly dislocated and re-dislocated immediately after the patella original position, 3 points when the dog carries Dali, always dislocated, not returning to the patella original position, and 4 points if there is a gait abnormality with the knee bent Was given to score the phenotype of patella dislocation. Through the full-length genome association analysis, the degree of relevance to patella dislocation risk according to the genotype analyzed from the SNP chip was calculated, and significant SNPs were searched using a mixed linear model based association analysis (MLMA). .

그 결과, 개의 슬개골탈구 위험도를 조기예측할 수 있는 20개 SNP를 선별하였으며 (표 2 내지 표 4), 선별한 각 SNP의 위험성 유전자형을 가진 개는 슬개골탈구 위험도가 높은 것으로 나타났다 (도 1 내지 도 10).As a result, 20 SNPs capable of early predicting the risk of patella dislocation were selected (Tables 2 to 4), and dogs with a risk genotype of each selected SNP were found to have a higher risk of patella dislocation (Figures 1 to 10). ).

Figure 112018126129071-pat00001
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Figure 112018126129071-pat00002
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Figure 112018126129071-pat00003
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<110> REPUBLIC OF KOREA (MANAGEMENT: RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Composition for predicting or diagnosing luxating patella in dog <130> 2018P-11-083 <160> 20 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23625290 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 1 aaaaacaaaa tgcatttcaa attctaagca atgataagaa tcacaggcag atttttatta 60 naaaaatgct tgtaaaagac tcatacaaaa taatgttcac atccccaaat ctctaaattg 120 t 121 <210> 2 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P415323 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 2 tttattaccc aatgtctgct tgttgccagg gatgttgaat ccagtcctga aaagttaaga 60 ncctcaaaaa tgagagacac acacttagaa tagtgcattt caagtgggtg ctcttgtttt 120 t 121 <210> 3 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23153924 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 3 cacccattac acataacctg gacacacata rgccacgcaa cccacccccc cacatgcaca 60 nagacacatg cagacatgtg tgcactgccc tttaccttta tgccttttct tttctgaaag 120 g 121 <210> 4 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630464824 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 4 cggtatgtga gagcgagtgt gcacgcagca agacgtccag tccacacccc gggcatgagc 60 nagtgtgtgt ctgtgtgtgg atgggaacct gagcgtatgt taaccggggt gcgtgctgga 120 c 121 <210> 5 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1426685 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or C <400> 5 rgaacaaaat gtggcataaa cataaataca tgtttttact ggagacagac accatagatg 60 ncattaatat tttcaaatac attctcacac aaaacaaggt aagaaccaca ggtctgggcc 120 c 121 <210> 6 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630248676 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 6 atgtcttagg gttcatatct tcaaaacaat cccaatcaag agaaatagga tttcatgact 60 ngctttaatt ctgaagtagt atcatcttac ctcagaggaa tattaagcac aaatgaggtt 120 y 121 <210> 7 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P127226 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or C <400> 7 aatcctgcaa ttagccagat ccttactctt tggcaggcag ttcgctttct tgatgatctt 60 nttcctcctt cctcgtggct cattcctacc aatggaagat agtactcttc ttcagaagag 120 t 121 <210> 8 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1153357 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 8 agcagggaat cgaagcaaga ccagaatgag gaaaggaaag kaagaggtag aataggagga 60 ngaaatgaaa tgctcataag gagatgcaat gctcccaggg agaaaataat gaaaaatcag 120 a 121 <210> 9 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P227781 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 9 aacccagtgc ctcgctgact ttaaaaagga aaaaaaataa agaatcattt tagaggaaag 60 ntgtctttgg tagagagcag atatttggtg agaaaaaaag ccattccttt gggccaagat 120 a 121 <210> 10 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1165443 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 10 tccctccctt gttctgctat ttagtttaac cctgtgctgc atgggagagt ggaaaagggg 60 ngaaggataa agagtagaag taggtcactg atgcagtgaa gaaacttgac ttggacatgc 120 a 121 <210> 11 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1021602 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 11 aattagttat ccattatctg catttggtta aaaagtcatc ttttctccta ctccaccctc 60 ntcccctcag gaatgctttt actgtttaaa acacttttgc tggtttgcta agtttcctta 120 a 121 <210> 12 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1196946 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 12 actgaggcta ctgtcaatgc tcagggcagc tgcagactga gagagcaggc ctcttactgt 60 ngtctcctgc tctggcttca gcctcctcac tggaggatga ctcatctggt gggtgagtct 120 g 121 <210> 13 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P567013 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 13 ccatgcaatg agaaaatggg aataattcct attccagaca gaaagaaaat ggaatttgtc 60 ngggattttt gaaatttgag tggatcagtt aacccatttc ttcaatggat ctatggttgg 120 c 121 <210> 14 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P919760 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 14 agtgctcccc cccagggtgg ctctggttcc tgttgggacc ctgtgaagag gatagaaacc 60 ncgcgaggtt ctggtcaacc acagaggcca aaccacccaa agactcaggt gtctggaaag 120 a 121 <210> 15 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P154107 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 15 acaggtcttt ttttcaaact gagaatgtgt ttayttgggg tctttgctat tggatacctg 60 nctctcatga tggttcctat acccatctgt aagaaaaaga agctctcagg aaggaatttc 120 t 121 <210> 16 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1277274 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 16 gcccggggga gaggccgctg ccctgcgtgg ggagccgcgg gcagtctggg agyracccgc 60 ntgctcacgc ctgggcctat cacgctcatt ttctagacta ggacagttat ttaacctgag 120 c 121 <210> 17 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518318 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 17 atggatgcca gaagaaccag gggtggaatt ggtgagtgct taagacaggt tttattggat 60 ntggaaaggg acatgggttt ggagtgagga gaatgccaaa acactgagaa ccagcagaag 120 t 121 <210> 18 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518321 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 18 tctaaaacct ggttgtcatc tcctctgact tgtttctcaa accctctgtc ttcagatgcc 60 ntccagtcag ccccagcgct ggttccccca gggtgaaaat ggaagcaaac tgtcctcatc 120 t 121 <210> 19 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518325 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 19 cggcctcttt caccctctgc ggaccgtgca gtggggtaga catcacatct ttctgaggca 60 ngtctgggag gcaagaggct caagaatcgc gtgttgattg tgtaagaatg ggcttagctg 120 g 121 <210> 20 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518329 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 20 ctggaaaacc agactttaat aaattaagat attatggcaa agattaaatg aaaaccaaac 60 naattcgggc caagggaact gatccgtaag aaagaataaa atgtaatgac gtagatttaa 120 g 121 <110> REPUBLIC OF KOREA (MANAGEMENT: RURAL DEVELOPMENT ADMINISTRATION) <120> Composition for predicting or diagnosing luxating patella in dog <130> 2018P-11-083 <160> 20 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23625290 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 1 aaaaacaaaa tgcatttcaa attctaagca atgataagaa tcacaggcag atttttatta 60 naaaaatgct tgtaaaagac tcatacaaaa taatgttcac atccccaaat ctctaaattg 120 t 121 <210> 2 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P415323 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 2 tttattaccc aatgtctgct tgttgccagg gatgttgaat ccagtcctga aaagttaaga 60 ncctcaaaaa tgagagacac acacttagaa tagtgcattt caagtgggtg ctcttgtttt 120 t 121 <210> 3 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2S23153924 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 3 cacccattac acataacctg gacacacata rgccacgcaa cccacccccc cacatgcaca 60 nagacacatg cagacatgtg tgcactgccc tttaccttta tgccttttct tttctgaaag 120 g 121 <210> 4 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630464824 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 4 cggtatgtga gagcgagtgt gcacgcagca agacgtccag tccacacccc gggcatgagc 60 nagtgtgtgt ctgtgtgtgg atgggaacct gagcgtatgt taaccggggt gcgtgctgga 120 c 121 <210> 5 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1426685 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or C <400> 5 rgaacaaaat gtggcataaa cataaataca tgtttttact ggagacagac accatagatg 60 ncattaatat tttcaaatac attctcacac aaaacaaggt aagaaccaca ggtctgggcc 120 c 121 <210> 6 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630248676 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 6 atgtcttagg gttcatatct tcaaaacaat cccaatcaag agaaatagga tttcatgact 60 ngctttaatt ctgaagtagt atcatcttac ctcagaggaa tattaagcac aaatgaggtt 120 y 121 <210> 7 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P127226 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or C <400> 7 aatcctgcaa ttagccagat ccttactctt tggcaggcag ttcgctttct tgatgatctt 60 nttcctcctt cctcgtggct cattcctacc aatggaagat agtactcttc ttcagaagag 120 t 121 <210> 8 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1153357 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 8 agcagggaat cgaagcaaga ccagaatgag gaaaggaaag kaagaggtag aataggagga 60 ngaaatgaaa tgctcataag gagatgcaat gctcccaggg agaaaataat gaaaaatcag 120 a 121 <210> 9 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P227781 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 9 aacccagtgc ctcgctgact ttaaaaagga aaaaaaataa agaatcattt tagaggaaag 60 ntgtctttgg tagagagcag atatttggtg agaaaaaaag ccattccttt gggccaagat 120 a 121 <210> 10 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1165443 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 10 tccctccctt gttctgctat ttagtttaac cctgtgctgc atgggagagt ggaaaagggg 60 ngaaggataa agagtagaag taggtcactg atgcagtgaa gaaacttgac ttggacatgc 120 a 121 <210> 11 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1021602 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 11 aattagttat ccattatctg catttggtta aaaagtcatc ttttctccta ctccaccctc 60 ntcccctcag gaatgctttt actgtttaaa acacttttgc tggtttgcta agtttcctta 120 a 121 <210> 12 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1196946 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 12 actgaggcta ctgtcaatgc tcagggcagc tgcagactga gagagcaggc ctcttactgt 60 ngtctcctgc tctggcttca gcctcctcac tggaggatga ctcatctggt gggtgagtct 120 g 121 <210> 13 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P567013 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 13 ccatgcaatg agaaaatggg aataattcct attccagaca gaaagaaaat ggaatttgtc 60 ngggattttt gaaatttgag tggatcagtt aacccatttc ttcaatggat ctatggttgg 120 c 121 <210> 14 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P919760 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 14 agtgctcccc cccagggtgg ctctggttcc tgttgggacc ctgtgaagag gatagaaacc 60 ncgcgaggtt ctggtcaacc acagaggcca aaccacccaa agactcaggt gtctggaaag 120 a 121 <210> 15 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P154107 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 15 acaggtcttt ttttcaaact gagaatgtgt ttayttgggg tctttgctat tggatacctg 60 nctctcatga tggttcctat acccatctgt aagaaaaaga agctctcagg aaggaatttc 120 t 121 <210> 16 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2P1277274 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 16 gcccggggga gaggccgctg ccctgcgtgg ggagccgcgg gcagtctggg agyracccgc 60 ntgctcacgc ctgggcctat cacgctcatt ttctagacta ggacagttat ttaacctgag 120 c 121 <210> 17 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518318 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 17 atggatgcca gaagaaccag gggtggaatt ggtgagtgct taagacaggt tttattggat 60 ntggaaaggg acatgggttt ggagtgagga gaatgccaaa acactgagaa ccagcagaag 120 t 121 <210> 18 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518321 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 18 tctaaaacct ggttgtcatc tcctctgact tgtttctcaa accctctgtc ttcagatgcc 60 ntccagtcag ccccagcgct ggttccccca gggtgaaaat ggaagcaaac tgtcctcatc 120 t 121 <210> 19 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518325 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 19 cggcctcttt caccctctgc ggaccgtgca gtggggtaga catcacatct ttctgaggca 60 ngtctgggag gcaagaggct caagaatcgc gtgttgattg tgtaagaatg ggcttagctg 120 g 121 <210> 20 <211> 121 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> BICF2G630518329 <220> <221> variation <222> (61) <223> n is A or G <400> 20 ctggaaaacc agactttaat aaattaagat attatggcaa agattaaatg aaaaccaaac 60 naattcgggc caagggaact gatccgtaag aaagaataaa atgtaatgac gtagatttaa 120 g 121

Claims (7)

서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP);
서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP;
서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 C인 SNP;
서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP;
서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP; 및
서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드에서 61번째 염기가 A 또는 G인 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것을 특징으로 하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물.
Single nucleotide polymorphism (SNP) in which the 61st base in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 is A or G;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 3;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 4;
SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6;
SNP whose 61st base is A or C in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 9;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 12;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18;
SNP whose 61st base is A or G in the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19; And
A composition for predicting or diagnosing patellar dislocation of a dog, characterized in that it comprises an agent capable of detecting or amplifying SNP of which the 61st base is A or G in the polynucleotide composed of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20.
제1항에 있어서, 상기 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 세트 또는 프로브인 것을 특징으로 하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 조성물.
The composition for predicting or diagnosing patellar dislocation of claim 1, wherein the agent capable of detecting or amplifying the SNP is a primer set or probe.
제1항의 조성물을 포함하는 것을 특징으로 하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단용 키트.
A kit for predicting or diagnosing a patellar dislocation of a dog, comprising the composition of claim 1.
1) 개로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드, 서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서,
상기 SNP는 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4, 서열번호 5, 서열번호 6, 서열번호 7, 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 11, 서열번호 12, 서열번호 13, 서열번호 14, 서열번호 15, 서열번호 16, 서열번호 17, 서열번호 18, 서열번호 19, 및 서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 61번 염기인, 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는, 개의 슬개골탈구 예측 또는 진단 방법.
1) Polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1, DNA consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 2 from the DNA of the sample isolated from the dog, SEQ ID NO: 4 Polynucleotide consisting of nucleotide sequence, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 6, polynucleotide consisting of nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7, nucleotide sequence of SEQ ID NO: 8 Consisting of a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10, a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 10, a polynucleotide consisting of a nucleotide sequence of SEQ ID NO: 11 Polynucleotide consisting of, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 13, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 14, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 15, poly consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 16 Nucleotide, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 17, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 18, polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 19 and polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, or Amplifying the region comprising the SNP of its complementary polynucleotide,
The SNP is SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 4, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 11, SEQ ID NO: 12 , SEQ ID NO: 13, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 19, and the base of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20, step; And
2) A method of predicting or diagnosing patella dislocation, comprising the step of determining the base type of SNP at the site containing the amplified SNP.
제4항에 있어서, 서열번호 1의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 2의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 3의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 4의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 6의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 9의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 11의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 12의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 15의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 16의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 17의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 18의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기; 또는
서열번호 19의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 G인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단하는 것인, 방법.
According to claim 4, SNP of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 1 base 61;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 2;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 3;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 4;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 6;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 9;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 11;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 12;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 15;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 16;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 17;
Base No. 61, which is the SNP of a polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 18; or
When the base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide composed of the base sequence of SEQ ID NO: 19, is G, or when the base complementary to the genotype is identified at the corresponding position of the complementary polynucleotide, the risk of patella dislocation increases. How to judge that it was done.
제4항에 있어서, 서열번호 7의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 8의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 10의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 13의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기;
서열번호 14의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기; 또는
서열번호 20의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 A인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단하는 것인, 방법.
According to claim 4, SNP of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 7 base 61;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 8;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 10;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 13;
Base No. 61, which is the SNP of the polynucleotide consisting of the base sequence of SEQ ID NO: 14; or
If the SNP of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 20 is base A, or the base complementary to the genotype is identified at the corresponding position of its complementary polynucleotide, the risk of patella dislocation increases. How to judge that it was done.
제4항에 있어서, 서열번호 5의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 SNP인 61번 염기가 C인 경우, 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 대응되는 위치에서 상기 유전자형에 상보적인 염기가 확인되는 경우, 개의 슬개골탈구 위험도가 증가된 것으로 판단하는 것인, 방법.
The method according to claim 4, when the base 61 of the SNP of the polynucleotide consisting of the nucleotide sequence of SEQ ID NO: 5 is C, or when the base complementary to the genotype is identified at the corresponding position of the complementary polynucleotide, Method of determining that the risk of dog's patella dislocation is increased.
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