KR101874632B1 - 크론병에 대한 바이오마커 및 이를 이용한 크론병의 진단 - Google Patents

Abstract

본 발명은 크론병에 대한 신규한 분자 마커를 제공한다. 본 발명은 크론병의 진단 마커를 검출하는 방법 및 크론병의 예방 또는 치료용 물질의 스크리닝 방법을 제공한다. 또한, 본 발명은 크론병 환자의 조직에서만 특이적으로 발현이 증가 또는 감소되는 바이오마커를 이용하여 크론병의 조기 진단 및 예후를 판정할 수 있다.

Description

크론병에 대한 바이오마커 및 이를 이용한 크론병의 진단{Biomarker Indicative of Crohn's disease and Diagnosis Using the Same}

본 발명은 크론병에 특이적인 바이오마커와 그의 용도에 관한 것이다.

크론병은 위장관 전체를 침범할 수 있는 원인 불명의 만성 난치성 염증성 질환이다. 서구에서 크론병의 유병률이 약 0.1-1.0% 정도로 중요한 소화기 질환 중의 하나이지만, 국내에서는 낮은 유병률로 인해 그 동한 주목을 받지 못하였다. 그러나, 최근 국내에서 크론병 발생이 급격하게 증가하였으며 서울송파-강동 지역의 역학연구 결과, 1986-1990년 인구 10만 명당 0.05명이었던 크론병 발병률은 2001-2005년에는 1.34명으로 급격히 증가하여 지난 15년 동안 약 25배 이상 증가하였다. 특히 크론병은 15-30세 사이에 호발하며 현재 완치 방법이 없기 때문에 젊은 연령 환자들이 평생 동안 질병의 고통을 짊어지게 되며 젊은 환자들의 사회경제적 활동도 제한될 수밖에 없어 국가적 지원이 필요하다.

크론병의 진단은 어느 한 가지 방법으로 이루어질 수 없으며 내시경 소견, 조직검사 소견, 영상의학 소견 등을 종합하여 내려지며 경우에 따라서는 모든 소견을 종합하여도 진단이 불명확할 수 있다. 또한, 크론병의 활성도를 평가하기 위하여 CDAI(Crohn's disease activity index) 등 여러 가지 지표 및 ESR, CRP 등의 임상 검사가 이용되고 있으나 실제 질병의 활성도를 정확히 반영할 수 없다는 단점이 있어 진단, 경과 관찰 및 치료에 유용한 새로운 바이오마커의 개발이 절실하다.

특히 최근 여러 가지 생물학적 제제의 개발로 치료 목표가 증상 완화에서 점막 치유(mucosal healing)로 변화되고 있는데 대장내시경 검사는 환자에게 부담이 되어 자주 시행하기 어렵고 따라서 점막 치유를 반영할 수 있는 바이오마커 개발이 필요하여 이러한 바이오마커는 환자의 치료 방침을 결정하는데 중요한 역할을 할 수 있다. 바이오마커 개발을 위하여서는 크론병 환자의 점막 병변에서 발현이 증가하는 유전자를 확인하고 이들 물질을 혈액이나 대변에서 검출할 수 있는지 검증하여야 하는데 아직 이러한 연구는 국내외적으로 매우 제한되어 있다.

본 명세서 전체에 걸쳐 다수의 논문 및 특허문헌이 참조되고 그 인용이 표시되어 있다. 인용된 논문 및 특허문헌의 개시 내용은 그 전체로서 본 명세서에 참조로 삽입되어 본 발명이 속하는 기술 분야의 수준 및 본 발명의 내용이 보다 명확하게 설명된다.

본 발명자들은 크론병을 신속하고 정확하게 분자 진단 할 수 있는 신규한 바이오마커를 발굴하고자 예의 연구 노력하였다. 그 결과, 발굴된 바이오마커들이 크론병을 조기 진단할 수 있고, 예후를 판정할 수 있는 마커임을 규명함으로써, 본 발명을 완성하게 되었다.

따라서 본 발명의 목적은 크론병 진단 또는 예후 분석용 키트를 제공하는데 있다.

본 발명의 다른 목적은 크론병의 진단 또는 예후에 필요한 정보를 제공하기 위하여 크론병 마커를 검출하는 방법을 제공하는데 있다.

본 발명의 또 다른 목적은 크론병 예방 또는 치료용 물질의 스크리닝 방법을 제공하는데 있다.

본 발명의 다른 목적 및 이점은 하기의 발명의 상세한 설명 및 청구범위에 의해 보다 명확하게 된다.

본 발명의 일 양태에 따르면, 본 발명은 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase), 합토글로빈(Haptoglobin), 비멘틴(vimentin), 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8) 및 HSP 27(heat shock protein 27)로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머, 상기 단백질을 코딩하는 뉴클레오타이드 서열, 상기 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열 또는 상기 뉴클레오타이드의 단편을 포함하는 크론병(Crohn's disease)의 진단 또는 예후 분석용 키트를 제공한다.

본 발명의 다른 일 양태에 따르면, 본 발명은 크론병의 진단 또는 예후에 필요한 정보를 제공하기 위하여 인간의 생물학적 시료에 있는 호중구 엘라스타제, 합토글로빈, 비멘틴, 사이토케라틴 8 및 HSP 27로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드 서열의 발현을 검출하는 방법을 통해 크론병의 진단 마커를 검출하는 방법을 제공한다.

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본 발명자들은 크론병을 신속하고 정확하게 분자 진단 할 수 있는 신규한 바이오마커를 발굴하고자 예의 연구 노력하였다. 그 결과, 발굴된 바이오마커들이 크론병을 조기 진단할 수 있고, 예후를 판정할 수 있는 마커임을 규명하였다.

크론병은 궤양성 대장염(Ulcerative Colitis, UC)과 함께 면역 반응 이상에 의해 발생하는 염증성 장질환(Inflammatory bowel disease, BD)이다. 크론병은 아직까지 확실한 병인 및 치료법이 없는 만성적인 질환으로서, 소화기 장관의 전벽을 침습하는 질환으로 젊은 사람에게 발생하며 반복적으로 재발하면서 점점 진행되는 것으로 알려져 있다. 그 원인으로는 감염설, 면역 기능 이상설, 유전적 요소설, 환경적 요소설, 정신적 요소설 등의 여러 가지 가설들만이 거론되고 있으며, 현재 내과적으로는 약물 치료가 먼저이지만, 이는 단지 부분적으로만 반응할 뿐 아니라, 수술을 필요로 하는 합병증이 많이 발생하여, 결국 수차례에 걸친 수술에 따른 반복적인 소장의 제거에 의하여 영양 흡수의 장애가 발생되게 되는 질환이다.

염증이 대장으로 국한되는 궤양성 대장염과 달리, 크론병은 구강에서부터 항문까지의 소화관의 모든 부위에도 궤양이 생기는 병이다. 임상 증상으로서는, 복통, 설사가 주이며, 또한 발열, 하혈, 흡수 장해에 의한 체중감소, 전신 권태감, 빈혈 등의 증상도 종종 나타난다. 또한, 괴저성 농피증, 결절성 홍반 등의 피부 증상, 관절병변, 구내염 등의 장관외 합병증을 병발하는 경우가 있다.

본 발명자들은 크론병 환자 23명, 정상대조군 33명의 조직 샘플에서 단백질 발현을 분석하여 크론병 환자에서 호중구 엘라스타제, 합토글로빈, 비멘틴의 발현이 증가하고, 사이토케라틴 8, HSP 27의 발현이 감소한다는 것을 규명하였다.

상술한 본 발명의 분자 바이오마커는 크론병의 발생 및 발전에 대한 지표가 될 수 있으며, 크론병의 발생, 발전, 예후 등의 진단에 이용될 수 있다.

본 명세서에서 용어 “진단”은 특정 질병 또는 질환에 대한 한 객체의 감수성(susceptibility)을 판정하는 것, 한 객체가 특정 질병 또는 질환을 현재 가지고 있는 지 여부를 판정하는 것, 특정 질병 또는 질환에 걸린 한 객체의 예후(prognosis)를 판정하는 것, 또는 테라메트릭스(therametrics)(예컨대, 치료 효능에 대한 정보를 제공하기 위하여 객체의 상태를 모니터링 하는 것)을 포함한다.

본 발명의 일 구현예에 따르면, 본 발명의 키트는 마이크로어레이일 수 있다.

본 발명의 다른 구현예에 따르면, 본 발명의 키트는 유전자 증폭 키트이다.

본 발명의 키트가 마이크로어레이인 경우에는, 마이크로어레이의 고상표면에 프로브가 고정화 되어 있다. 본 발명의 키트가 유전자 증폭 키트인 경우에는 프라이머를 포함한다.

본 발명의 진단용 키트에서 이용되는 프로브 또는 프라이머는 호중구 엘라스타제, 합토글로빈, 비멘틴, 사이토케라틴 8 및 HSP 27로 구성된 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열에 대하여 상보적인 서열을 갖는다. 본 명세서에서 용어 “상보적(complementary)”은 어떤 특정한 혼성화(hybridization) 또는 어닐링 조건 하에서 상술한 뉴클레오타이드 서열에 선택적으로 혼성화할 수 있을 정도의 상보성을 갖는 것을 의미한다. 따라서 용어 “상보적”은 용어 완전 상보적(perfectly complementary)과는 다른 의미를 가지며, 본 발명의 프라이머 또는 프로브는 상술한 뉴클레오타이드 서열에 선택적으로 혼성화할 수 있을 정도이면, 하나 또는 그 이상의 미스매치(mismatch) 염기서열을 가질 수 있다.

본 명세서에서 사용되는 용어 “프라이머”는 적합한 온도에서 적합한 완충액 내에서 적합한 조건(즉, 4종의 다른 뉴클레오사이드 트리포스페이트 및 중합반응 효소) 하에서 주형-지시 DNA 합성의 개시점으로 작용할 수 있는 단일-가닥 올리고뉴클레오타이드를 의미한다. 프라이머의 적합한 길이는 다양한 요소, 예컨대, 온도와 프라이머의 용도에 따라 변화가 있지만 전형적으로 15-30 뉴클레오타이드이다. 짧은 프라이머 분자는 주형과 충분히 안정된 혼성 복합체를 형성하기 위하여 일반적으로 보다 낮은 온도를 요구한다.

프라이머의 서열은 주형의 일부 서열과 완전하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 주형과 혼성화 되어 프라이머 고유의 작용을 할 수 있는 범위 내에서의 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 따라서 본 발명에서의 프라이머는 주형인 상술한 뉴클레오타이드 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 가질 필요는 없으며, 이 유전자 서열에 혼성화되어 프라이머 작용을 할 수 있는 범위 내에서 충분한 상보성을 가지면 충분하다. 이러한 프라이머의 디자인은 상술한 뉴클레오타이드 서열을 참조하여 당업자에 의해 용이하게 실시할 수 있으며, 예컨대, 프라이머 디자인용 프로그램(예: PRIMER 3 프로그램)을 이용하여 할 수 있다.

본 명세서에서 사용된 용어 “프로브”는 자연의 또는 변형된 모노머 또는 연쇄(linkages)의 선형 올리고머를 의미하며, 디옥시리보뉴클레오타이드 및 리보뉴클레오타이드를 포함하고 타깃 뉴클레오타이드 서열에 특이적으로 혼성화 할 수 있으며, 자연적으로 존재하거나 또는 인위적으로 합성된 것이다. 본 발명의 프로브는 바람직하게는 단일쇄이며, 올리고디옥시리보뉴클레오타이드이다.

프라이머 또는 프로브 제작 시 참조하여야 하는 본 발명 마커의 뉴클레오타이드 서열은 GenBank에서 확인할 수 있다. 예컨대, 본 발명의 마커 중 하나인 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase)은 GenBank 접근번호 AH001514.1, 합토글로빈(Haptoglobin)은 GenBank 접근번호 M69197.1, 비멘틴(vimentin)은 GenBank 접근번호 M14144.1, 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8)은 GenBank 접근번호 M34482.1, HSP 27(heat shock protein 27)은 GenBank 접근번호 L39370.1에 뉴클레오타이드 서열이 개시되어 있으며, 이 서열을 참조하여 프라이머 또는 프로브를 디자인할 수 있다.

본 발명의 마이크로어레이에 있어서, 상기한 프로브는 혼성화 어레이 요소(hybridizable array element)로서 이용되며, 기체(substrate) 상에 고정화된다. 바람직한 기체는 적합한 견고성 또는 반-견고성 지지체로서, 예컨대, 막, 필터, 칩, 슬라이드, 웨이퍼, 파이버, 자기성 비드 또는 비자기성 비드, 겔, 튜빙, 플레이트, 고분자, 미소입자 및 모세관을 포함한다. 상기한 혼성화 어레이 요소는 상기의 기체 상에 배열되고 고정화 된다. 이와 같은 고정화는 화학적 결합 방법 또는 UV와 같은 공유 결합적 방법에 의해 실시된다. 예를 들어, 상기 혼성화 어레이 요소는 에폭시 화합물 또는 알데히드기를 포함하도록 변형된 글래스 표면에 결합될 수 있고, 또한 폴리라이신 코팅 표면에서 UV에 의해 결합될 수 있다. 또한, 상기 혼성화 어레이 요소는 링커(예: 에틸렌 글리콜 올리고머 및 디아민)를 통해 기체에 결합될 수 있다.

한편, 본 발명의 마이크로어레이에 적용되는 시료 DNA는 표지(labeling)될 수 있고, 마이크로어레이상의 어레이 요소와 혼성화된다. 혼성화 조건은 다양하게 할 수 있다. 혼성화 정도의 검출 및 분석은 표지 물질에 따라 다양하게 실시될 수 있다.

본 발명의 크론병의 진단 또는 예후 분석용 키트는 혼성화에 기초하여 실시할 수 있다. 이 경우, 상술한 본 발명의 마커들의 뉴클레오타이드 서열에 대하여 상보적인 서열을 가지는 프로브가 이용된다.

상술한 본 발명의 마커들의 뉴클레오타이드 서열에 혼성화 되는 프로브를 이용하여 혼성화-기초 분석을 하여 크론병 여부를 판단할 수 있다.

프로브의 표지는 혼성화 여부를 검출케 하는 시그널을 제공할 수 있으며, 이는 올리고뉴클레오타이드에 연결될 수 있다. 적합한 표지는 형광단(예컨대, 플루오리신 (fluorescein), 피코에리트린 (phycoerythrin), 로다민, 리사민 (lissamine), 그리고 Cy3와 Cy5 (Pharmacia)), 발색단, 화학발광단, 자기입자, 방사능동위원소(P32 및 S35), 매스 표지, 전자밀집입자, 효소(알칼린 포스파타아제 또는 호스래디쉬 퍼옥시다아제), 조인자, 효소에 대한 기질, 중금속(예컨대, 금) 그리고 항체, 스트렙타비딘, 바이오틴, 디곡시게닌과 킬레이팅기와 같은 특정 결합 파트너를 갖는 햅텐을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 표지는 당업계에서 통상적으로 실시되는 다양한 방법, 예컨대, 닉 트랜스레이션 (nick translation) 방법, 무작위 프라이밍 방법 (Multiprime DNA labelling systems booklet, "Amersham"(1989)) 및 카이네이션 방법 (Maxam & Gilbert, Methods in Enzymology, 65:499(1986))을 통해 실시될 수 있다. 표지는 형광, 방사능, 발색 측정, 중량 측정, X-선 회절 또는 흡수, 자기, 효소적 활성, 매스 분석, 결합 친화도, 혼성화 고주파, 나노크리스탈에 의하여 검출할 수 있는 시그널을 제공한다.

분석 대상이 되는 핵산 시료는 다양한 생시료(biosamples)에서 얻은 mRNA를 이용하여 제조할 수 있다. 상기 생시료는, 바람직하게는 소장 또는 대장 조직이다. 프로브 대신에 분석 대상이 되는 cDNA를 표지하여 혼성화 반응-기초 분석을 실시할 수도 있다.

프로브를 이용하는 경우, 프로브를 cDNA 분자와 혼성화시킨다. 본 발명에서, 적합한 혼성화 조건은 최적화 절차에 의하여 일련의 과정으로 결정될 수 있다. 이런 절차는 연구실에서 사용을 위한 프로토콜을 수립하기 위하여 당업자에 의하여 일련의 과정으로 실시된다. 예를 들어, 온도, 성분의 농도, 혼성화 및 세척 시간, 완충액 성분 및 이들의 pH 및 이온세기 등의 조건은 프로브의 길이 및 GC 양 및 타깃 뉴클레오타이드 서열 등의 다양한 인자에 의존한다. 혼성화를 위한 상세한 조건은 Joseph Sambrook, et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(2001); 및 M.L.M. Anderson, Nucleic Acid Hybridization, Springer-Verlag New York Inc. N.Y.(1999)에서 확인할 수 있다. 예를 들어, 상기 엄격조건 중에서 고 엄격조건은 0.5 M NaHPO₄, 7% SDS(sodium dodecyl sulfate), 1 mM EDTA에서 65℃ 조건으로 혼성화하고, 0.1 x SSC(standard saline citrate)/0.1% SDS에서 68℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다. 또는, 고 엄격조건은 6 x SSC/0.05% 소듐 파이로포스페이트에서 48℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다. 저 엄격조건은 예를 들어, 0.2 x SSC/0.1% SDS에서 42℃ 조건으로 세척하는 것을 의미한다.

혼성화 반응 이후에, 혼성화 반응을 통하여 나오는 혼성화 시그널을 검출한다. 혼성화 시그널은 예컨대, 프로브에 결합된 표지의 종류에 따라 다양한 방법으로 실시할 수 있다. 예를 들어, 프로브가 효소에 의해 표지된 경우, 이 효소의 기질을 혼성화 반응 결과물과 반응시켜 혼성화 여부를 확인할 수 있다. 이용될 수 있는 효소/기질의 조합은, 퍼옥시다아제(예컨대, 호스래디쉬 퍼옥시다아제)와 클로로나프톨, 아미노에틸카바졸, 디아미노벤지딘, D-루시페린, 루시게닌(비스-N-메틸아크리디늄 니트레이트), 레소루핀 벤질 에테르, 루미놀, 암플렉스 레드 시약(10-아세틸-3,7-디하이드록시페녹사진), HYR(p-phenylenediamine-HCl and pyrocatechol), TMB(tetramethylbenzidine), ABTS(2,2‘-Azine-di[3-ethylbenzthiazoline sulfonate]), o-페닐렌디아민(OPD) 및 나프톨/파이로닌; 알칼린 포스파타아제와 브로모클로로인돌일 포스페이트(BCIP), 니트로 블루 테트라졸리움(NBT), 나프톨-AS-B1-포스페이트(naphthol-AS-B1-phosphate) 및 ECF 기질; 글루코스 옥시다아제와 t-NBT(nitroblue tetrazolium) 및 m-PMS(phenzaine methosulfate) 등이다. 프로브가 금 입자로 표지된 경우에는 실버 나이트레이트를 이용하여 실버 염색 방법으로 검출할 수 있다. 따라서 본 발명의 크론병 마커를 검출하는 방법을 혼성화에 기초하여 실시하는 경우에는, 구체적으로 (i) 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열에 대하여 상보적인 서열을 가지는 프로브를 핵산 시료에 혼성화시키는 단계; (ii) 상기 혼성화 반응 발생 여부를 검출하는 단계를 포함한다. 혼성화 과정에 의한 혼성화 시그널의 세기를 분석함으로써, 크론병 여부를 판단할 수 있다. 즉, 시료에서 본 발명의 마커 호중구 엘라스타제, 합토글로빈 및 비멘틴 뉴클레오타이드 서열에 대한 혼성화 시그널이 정상 시료(예컨대, 정상 소장 또는 대장 상피세포)보다 강하게 나오는 경우 또는 사이토케라틴 8 및 HSP 27 뉴클레오타이드 서열에 대한 혼성화 시그널이 정상 시료보다 약하게 나오는 경우에는 크론병으로 진단된다.

본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 본 발명의 인간의 크론병 진단용 키트는 유전자 증폭 키트일 수 있다.

본 명세서에 기재된 용어“증폭”은 핵산 분자를 증폭하는 반응을 의미한다. 다양한 증폭 반응들이 당업계에 보고되어 있으며, 이는 중합효소 연쇄반응(PCR)(미국 특허 제4,683,195, 4,683,202, 및 4,800,159호), 역전사-중합효소 연쇄반응(RT-PCR)(Sambrook 등, Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)), Miller, H. I.(WO 89/06700) 및 Davey, C. 등(EP 329,822)의 방법, 리가아제 연쇄 반응(ligase chain reaction; LCR)(17, 18), Gap-LCR(WO 90/01069), 복구 연쇄 반응(repair chain reaction; EP 439,182), 전사-매개 증폭(transcription-mediated amplification; TMA, WO 88/10315), 자가 유지 염기서열 복제(self sustained sequence replication, WO 90/06995), 타깃 폴리뉴클레오타이드 염기서열의 선택적 증폭(selective amplification of target polynucleotide sequences, 미국 특허 제6,410,276호), 컨센서스 서열 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(consensus sequence primed polymerase chain reaction(CP-PCR), 미국 특허 제4,437,975호), 임의적 프라이밍 중합효소 연쇄 반응(arbitrarily primed polymerase chain reaction(AP-PCR), 미국 특허 제5,413,909호 및 제5,861,245호), 핵산 염기서열 기반 증폭(nucleic acid sequence based amplification(NASBA), 미국 특허 제5,130,238호, 제5,409,818호, 제5,554,517호, 및 제6,063,603호), 가닥 치환 증폭(strand displacement amplification)(21, 22) 및 고리-중재 항온성 증폭(loop-mediated isothermal amplification; LAMP)(23)를 포함하나, 이에 한정되지는 않는다. 사용 가능한 다른 증폭 방법들은 미국특허 제5,242,794, 5,494,810, 4,988,617호 및 미국 특허 제09/854,317호에 기술되어 있다.

PCR은 가장 잘 알려진 핵산 증폭 방법으로, 그의 많은 변형과 응용들이 개발되어 있다. 예를 들어, PCR의 특이성 또는 민감성을 증진시키기 위해 전통적인 PCR 절차를 변형시켜 터치다운(touchdown) PCR, 핫 스타트(hot start) PCR, 네스티드(nested) PCR 및 부스터(booster) PCR이 개발되었다. 또한, 실시간(real-time) PCR, 분별 디스플레이 PCR(differential display PCR: DD-PCR), cDNA 말단의 신속 증폭(rapid amplification of cDNA ends: RACE), 멀티플렉스 PCR, 인버스 중합효소 연쇄반응(inverse polymerase chain reaction: IPCR), 벡토레트(vectorette) PCR 및 TAIL-PCR(thermal asymmetric interlaced PCR)이 특정한 응용을 위해 개발되었다. PCR에 대한 자세한 내용은 McPherson, M.J., 및 Moller, S.G. PCR. BIOS Scientific Publishers, Springer-Verlag New York Berlin Heidelberg, N.Y. (2000)에 기재되어 있으며, 그의 교시사항은 본 명세서에 참조로 삽입된다.

본 발명의 진단용 키트를 프라이머를 이용하여 실시하는 경우에는, 유전자 증폭 반응을 실시하여 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도를 조사한다. 본 발명은 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도를 분석하는 것이기 때문에, 분석 대상의 시료(예컨대, 소장 또는 대장 세포)에서 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 mRNA 양을 조사하여 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도를 결정한다.

따라서 본 발명은 원칙적으로 시료 내의 mRNA를 주형으로 하고 mRNA 또는 cDNA에 결합하는 프라이머를 이용하여 유전자 증폭 반응을 실시한다.

mRNA를 얻기 위하여, 시료에서 총 RNA를 분리한다. 총 RNA를 분리하는 것은 당업계에 공지된 통상의 방법에 따라 실시될 수 있다(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001); Tesniere, C. et al., Plant Mol . Biol . Rep., 9:242(1991); Ausubel, F.M. et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Willey & Sons(1987); 및 Chomczynski, P. et al., Anal. Biochem. 162:156(1987)). 예컨대, TRIzol을 이용하여 용이하게 세포내의 총 RNA를 분리할 수 있다. 이어, 분리된 mRNA로부터 cDNA를 합성하고, 이 cDNA를 증폭한다. 본 발명의 총 RNA는 인간의 시료로부터 분리되는 것이기 때문에, mRNA의 말단에는 폴리-A 테일을 갖고 있으며, 이러한 서열 특성을 이용한 올리고 dT 프라이머 및 역전사 효소를 이용하여 cDNA을 용이하게 합성할 수 있다(참조: PNAS USA, 85:8998(1988); Libert F, et al., Science, 244:569(1989); 및 Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001)). 이어, 유전자 증폭 반응을 통하여 합성된 cDNA를 증폭한다.

본 발명에 이용되는 프라이머는 주형의 한 부위에 혼성화 또는 어닐링되어, 이중쇄 구조를 형성한다. 이러한 이중쇄 구조를 형성하는 데 적합한 핵산 혼성화의 조건은 Joseph Sambrook, 등, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.(2001) 및 Haymes, B. D., 등, Nucleic Acid Hybridization, A Practical Approach, IRL Press, Washington, D.C. (1985)에 개시되어 있다.

다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭에 이용될 수 있으며, E. coli DNA 중합효소 I의 “클레나우” 단편, 열안정성 DNA 중합효소 및 박테리오파아지 T7 DNA 중합효소를 포함한다. 바람직하게는, 중합효소는 다양한 박테리아 종으로부터 얻을 수 있는 열안정성 DNA 중합효소이고, 이는 Thermus aquaticus(Taq), Thermus thermophilus(Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis, 및 Pyrococcus furiosus(Pfu)를 포함한다.

중합 반응을 실시할 때, 반응 용기에 반응에 필요한 성분들을 과량으로 제공하는 것이 바람직하다. 증폭 반응에 필요한 성분들의 과량은, 증폭반응이 성분의 농도에 실질적으로 제한되지 않는 정도의 양을 의미한다. Mg^{2 +}와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP를 원하는 증폭 정도가 달성될 수 있을 정도로 반응 혼합물에 제공하는 것이 요구된다. 증폭 반응에 이용되는 모든 효소들은 동일한 반응 조건에서 활성 상태일 수 있다. 사실, 완충액은 모든 효소들이 최적의 반응 조건에 근접하도록 한다. 따라서 본 발명의 증폭 과정은 반응물의 첨가와 같은 조건의 변화 없이 단일 반응물에서 실시될 수 있다.

본 발명에 있어서 어닐링은 타깃 뉴클레오타이드 서열과 프라이머 사이에 특이적 결합을 가능하게 하는 엄격조건 하에서 실시된다. 어닐링을 위한 엄격조건은 서열-의존적이며 주위 환경적 변수에 따라 다양하다.

이렇게 증폭된 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 cDNA를 적합한 방법으로 분석하여 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도를 조사한다. 예를 들어, 상술한 증폭 반응 결과물을 젤 전기영동을 하고, 그 결과 형성되는 밴드를 관찰 및 분석함으로써 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도를 조사한다. 이러한 증폭 반응을 통하여, 생시료에서 본 발명의 마커 가운데 호중구 엘라스타제, 합토글로빈 및 비멘틴의 뉴클레오타이드 서열의 발현이 정상 시료(정상 세포)보다 높게 나오는 경우 또는 사이토케라틴 8 및 HSP 27의 뉴클렐오티드 서열의 발현이 정상 시료보다 낮게 나오는 경우에는 크론병으로 진단된다.

따라서 본 발명의 크론병 마커의 검출 방법을 cDNA를 이용하는 증폭반응에 기초하여 실시하는 경우에는, 구체적으로 (ⅰ) 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열에 어닐링되는 프라이머를 이용하여 증폭 반응을 실시하는 단계; 및 (ⅱ) 상기 증폭 반응의 산물을 분석하여 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열의 발현정도를 결정하는 단계를 포함한다.

본 발명의 바람직한 구현예에 따르면, 본 발명은 면역분석(immunoassay) 방식, 즉 항원-항체 반응 방식으로 실시될 수 있다. 이 경우, 상술한 본 발명의 크론병 마커에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머를 이용하여 실시된다.

본 발명에서 이용되는 항체는 폴리클로날 또는 모노클로날 항체이며, 바람직하게는 모노클로날 항체이다. 항체는 당업계에서 통상적으로 실시되는 방법들, 예를 들어, 융합 방법(Kohler and Milstein, European Journal of Immunology, 6:511-519(1976)), 재조합 DNA 방법(미국 특허 제4,816,56호) 또는 파아지 항체 라이브러리 방법(Clackson et al, Nature, 352:624-628(1991) 및 Marks et al, J. Mol . Biol ., 222:58, 1-597(1991))에 의해 제조될 수 있다. 항체 제조에 대한 일반적인 과정은 Harlow, E. and Lane, D., Using Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, New York, 1999; Zola, H., Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, CRC Press, Inc., Boca Raton, Florida, 1984; 및 Coligan , CURRENT PROTOCOLS IN IMMUNOLOGY, Wiley/Greene, NY, 1991에 상세하게 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 본 명세서에 참조로서 삽입된다. 예를 들어, 단일클론 항체를 생산하는 하이브리도마 세포의 제조는 불사멸화 세포주를 항체-생산 림프구와 융합시켜 이루어지며, 이 과정에 필요한 기술은 당업자에게 잘 알려져 있으며 용이하게 실시할 수 있다. 폴리클로날 항체는 단백질 항원을 적합한 동물에게 주사하고, 이 동물로부터 항혈청을 수집한 다음, 공지의 친화성(affinity) 기술을 이용하여 항혈청으로부터 항체를 분리하여 얻을 수 있다.

본 발명의 방법을 항체 또는 앱타머를 이용하여 실시하는 경우, 본 발명은 통상적인 면역분석 방법에 따라 실시하여 크론병을 진단하는 데 이용될 수 있다.

이러한 면역분석은 종래에 개발된 다양한 정량적 또는 정성적 면역분석 프로토콜에 따라 실시될 수 있다. 상기 면역분석 포맷은 방사능면역분석, 방사능면역침전, 면역침전, 면역조직화학염색, ELISA(enzyme-linked immunosorbent assay), 캡처-ELISA, 억제 또는 경재 분석, 샌드위치 분석, 유세포 분석(flow cytometry), 면역형광염색 및 면역친화성 정제를 포함하지만, 이에 한정되는 것은 아니다. 상기 면역분석 또는 면역염색의 방법은 Enzyme Immunoassay, E. T. Maggio, ed., CRC Press, Boca Raton, Florida, 1980; Gaastra, W., Enzyme-linked immunosorbent assay(ELISA), in Methods in Molecular Biology, Vol. 1, Walker, J.M. ed., Humana Press, NJ, 1984; 및 Ed Harlow and David Lane, Using Antibodies:A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999에 기재되어 있으며, 상기 문헌은 본 명세서에 참조로서 삽입된다.

예를 들어, 본 발명의 방법이 방사능면역분석 방법에 따라 실시되는 경우, 방사능동위원소(예컨대, C14, I125, P32 및 S35)로 레이블링된 항체가 본 발명의 마커 분자를 검출하는 데 이용될 수 있다.

본 발명의 방법이 ELISA 방식으로 실시되는 경우, 본 발명의 특정 실시예는 (i) 분석하고자 하는 미지의 세포 시료 분해물을 고체 기질의 표면에 코팅하는 단계; (ⅱ) 일차항체로서의 마커에 대한 항체와 상기 세포 분해물을 반응시키는 단계; (ⅲ) 상기 단계 (ⅱ)의 결과물을 효소가 결합된 이차항체와 반응시키는 단계; 및 (ⅳ) 상기 효소의 활성을 측정하는 단계를 포함한다.

상기 고체 기질로 적합한 것은 탄화수소 폴리머(예컨대, 폴리스틸렌 및 폴리프로필렌), 유리, 금속 또는 젤이며, 가장 바람직하게는 마이크로타이터 플레이트이다.

상기 이차항체에 결합된 효소는 발색반응, 형광반응, 발광반응 또는 적외선 반응을 촉매하는 효소를 포함하나, 이에 한정되지 않으며, 예를 들어, 알칼린 포스파타아제, β-갈락토시다아제, 호스 래디쉬 퍼옥시다아제, 루시퍼라아제 및 사이토크롬 P450을 포함한다. 상기 이차항체에 결합하는 효소로서 알칼린 포스파타아제가 이용되는 경우에는, 기질로서 브로모클로로인돌일 포스페이트(BCIP), 니트로 블루 테트라졸리움(NBT), 나프톨-AS-B1-포스페이트(naphthol-AS-B1-phosphate) 및 ECF(enhanced chemifluorescence)와 같은 발색반응 기질이 이용되고, 호스 래디쉬 퍼옥시다아제가 이용되는 경우에는 클로로나프톨, 아미노에틸카바졸, 디아미노벤지딘, D-루시페린, 루시게닌(비스-N-메틸아크리디늄 니트레이트), 레소루핀 벤질 에테르, 루미놀, 암플렉스 레드 시약(10-아세틸-3,7-디하이드록시페녹사진), HYR(p-phenylenediamine-HCl and pyrocatechol), TMB(tetramethylbenzidine), ABTS(2,2‘-Azine-di[3-ethylbenzthiazoline sulfonate]), o-페닐렌디아민(OPD) 및 나프톨/파이로닌, 글루코스 옥시다아제와 t-NBT(nitroblue tetrazolium) 및 m-PMS(phenzaine methosulfate)과 같은 기질이 이용될 수 있다.

본 발명의 방법이 캡처-ELISA 방식으로 실시되는 경우, 본 발명의 특정 실시예는 (i) 포획항체(capturing antibody)로서 본 발명의 마커에 대한 항체를 고체 기질의 표면에 코팅하는 단계; (ⅱ) 포획항체와 세포 시료를 반응시키는 단계; (ⅲ) 상기 단계 (ⅱ)의 결과물을 시그널을 발생시키는 레이블이 결합되어 있고, MLN 51 단백질에 특이적으로 반응하는 검출항체(detecting antibody)와 반응시키는 단계; 및 (ⅳ) 상기 레이블로부터 발생하는 시그널을 측정하는 단계를 포함한다.

상기 검출 항체는 검출 가능한 시그널을 발생시키는 레이블을 가지고 있다. 상기 레이블은 화학물질(예컨대, 바이오틴), 효소(알칼린 포스파타아제, β-갈락토시다아제, 호스 래디쉬 퍼옥시다아제 및 사이토크롬 P450), 방사능물질((예컨대, C14, I125, P32 및 S35), 형광물질(예컨대, 플루오레신), 발광물질, 화학발광물질( chemiluminescent) 및 FRET(fluorescence resonance energy transfer)을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다. 다양한 레이블 및 레이블링 방법은 Ed Harlow and David Lane, Using Antibodies:A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999에 기재되어 있다.

상기 ELISA 방법 및 캡처-ELISA 방법에서 최종적인 효소의 활성 측정 또는 시그널의 측정은 당업계에 공지된 다양한 방법에 따라 실시될 수 있다. 이러한 시그널이 검출은 본 발명의 마커의 정성적 또는 정량적 분석을 가능하게 한다. 만일, 레이블로서 바이오틴이 이용된 경우에는 스트렙타비딘으로, 루시퍼라아제가 이용된 경우에는 루시페린으로 시그널을 용이하게 검출할 수 있다.

본 발명의 다른 변형예에 따르면, 항체 대신에 본 발명의 마커에 특이적으로 결합하는 앱타머를 이용할 수 있다. 앱타머는 올리고핵산 또는 펩타이드 분자이며, 앱타머의 일반적인 내용은 Bock LC et al., Nature 355(6360):5646(1992); Hoppe-Seyler F, Butz K "Peptide aptamers: powerful new tools for molecular medicine". J Mol Med . 78(8):42630(2000); Cohen BA, Colas P, Brent R . "An artificial cell-cycle inhibitor isolated from a combinatorial library". Proc Natl Acad Sci USA. 95(24):142727(1998)에 상세하게 개시되어 있다.

상술한 면역분석 과정에 의한 최종적인 시그널의 세기를 분석함으로써, 크론병을 진단할 수 있다. 즉, 시료에서 본 발명의 마커 가운데 호중구 엘라스타제, 합토글로빈 및 비멘틴의 시그널이 정상 시료 보다 강하게 나오는 경우 또는 사이토케라틴 8 및 HSP 27의 시그널이 정상 시료 보다 약하게 나오는 경우에는 크론병으로 진단된다.

본 발명의 키트는 상기한 성분 이외에도, 다른 성분들을 추가적으로 포함할 수 있다. 예를 들어, 본 발명의 키트가 PCR 증폭 과정에 적용되는 경우에는, 본 발명의 키트는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소 (예컨대, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis, Thermis flavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus (Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 본 발명의 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.

본 발명의 마커들은 크론병에서 고발현 또는 저발현되는 생체 분자이다. 이러한 마커의 고발현 또는 저발현은 mRNA 또는 단백질 수준에서 측정될 수 있다. 본 명세서에서 사용되는 용어 “고발현”은 조사 대상의 시료에서의 대상이 되는 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도가 정상 시료와 비교하여 높은 경우를 의미하며, “저발현”은 조사 대상의 시료에서의 대상이 되는 뉴클레오타이드 서열의 발현 정도가 정상 시료와 비교하여 낮은 경우를 의미한다. 예컨대, 당업계에서 통상적으로 이용되는 발현 분석 방법, 예컨대 RT-PCR 방법 또는 ELISA 방법(참조: Sambrook, J. et al., Molecular Cloning. A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Press(2001))에 따라 발현 분석을 한 결과, 본 발명의 마커들이 정상세포와 비교하여 1.5-10 배 정도 고발현 되는 경우, 본 발명에서의 “고발현”으로 판정하고, 본 발명의 마커들이 정상세포와 비교하여 1.5-10 배 정도 저발현 되는 경우, 본 발명에서의 “저발현”으로 판정하고 크론병으로 판정한다.

본 발명의 또 다른 양태에 따르면, 본 발명은 다음의 단계를 포함하는 크론병의 예방 또는 치료용 물질의 스크리닝 방법을 제공한다:

(a) 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase), 합토글로빈(Haptoglobin), 비멘틴(vimentin), 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8) 및 HSP 27(heat shock protein 27)로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 세포에 분석하고자 하는 시료를 접촉시키는 단계; 및

(b) 상기 뉴클레오타이드 서열의 발현량을 측정하는 단계로서 (i) 상기 호중구 엘라스타제, 합토글로빈 및 비멘틴으로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드의 발현이 증가되는 경우; 또는 (ⅱ) 상기 사이토케라틴 8 및 HSP 27로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드 서열의 발현이 감소되는 경우에 상기 시료는 크론병의 예방 또는 치료용 물질로 판정된다.

본 발명의 방법에 따르면, 우선 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 세포에 분석하고자 하는 시료를 접촉시킨다. 바람직하게는, 본 발명의 마커의 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 세포는 인간의 소장 또는 대장 세포이다. 본 발명의 스크리닝 방법을 언급하면서 사용되는 용어 “시료”는 본 발명의 마커의 발현량에 영향을 미치는지 여부를 검사하기 위하여 스크리닝에서 이용되는 미지의 물질을 의미한다. 상기 시료는 화학물질, 뉴클레오타이드, 안티센스-RNA, siRNA(small interference RNA) 및 천연물 추출물을 포함하나, 이에 한정되는 것은 아니다.

이어, 시료가 처리된 세포에서 본 발명의 마커의 발현량을 측정한다. 발현량의 측정은 상기 기재한 바와 같이 실시할 수 있으며, 측정 결과, 본 발명의 마커 가운데 호중구 엘라스타제, 합토글로빈 및 비멘틴 뉴클레오타이드 서열의 고발현이 억제되는 경우 또는 사이토케라틴 8 및 HSP 27 뉴클레오타이드 서열의 저발현이 억제되는 경우에 상기 시료는 크론병의 예방 또는 치료용 물질로 판정될 수 있다.

본 발명의 특징 및 이점을 요약하면 다음과 같다:

(ⅰ) 본 발명은 크론병에 대한 신규한 분자 마커를 제공한다

(ⅱ) 본 발명은 크론병의 진단 마커를 검출하는 방법 및 크론병의 예방 또는 치료용 물질의 스크리닝 방법을 제공한다.

(ⅲ) 또한, 본 발명은 크론병 환자의 조직에서만 특이적으로 발현이 증가 또는 감소되는 바이오마커를 이용하여 크론병의 조기 진단 및 예후를 판정할 수 있다.

도 1은 임상 파라핀 블록 조직으로부터 단백질을 분리하여 전기영동한 결과이다.
도 2는 샷 건 방법으로 크론병의 바이오마커에 대한 후보 단백질을 검출한 결과이다.
도 3은 후보 단백질로 선정한 5종의 바이오마커에 대한 발현 정도를 측정한 결과이다.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하고자 한다. 이들 실시예는 오로지 본 발명을 보다 구체적으로 설명하기 위한 것으로, 본 발명의 요지에 따라 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되지 않는다는 것은 당업계에서 통상의 지식을 가진 자에 있어서 자명할 것이다.

실시예

실험방법

파라핀 블록에서 단백질 추출

파라핀 블록에서 단백질 추출은 Qproteome FFPE Tissue Kit Qiagen, Hilden, Germany)이용하여 제조사에 권고하는 방법을 사용하여 추출하였다. 이후 추출된 단백질은 7 M 우레아, 2 M 티오우레아, 4% (w/v) CHAPS 및 5 mM MDTT를 첨가하여 56℃에서 45분 동안 정치하였다. 그 다음 어두운 곳에서 30분 동안 방치 후 트립신 소화 작용이 일어나도록 하고, 생성된 펩타이드액을 칼럼을 통과하게 한 후 포르민산으로 세척하였다.

단백질 분석(Identification of proteins by LC-MS/MS)

펩타이드액은 역상 모세관(reversed phase capillary) HPLC를 사용하여 분리한 다음, Thermo Finnigan LTQ linear ion trap mass spectrometer(LC-MS/MS) 기법을 사용하여 분석하였다. 0.1 ⅹ 20 mm 포획 칼럼과 0.075 ⅹ 130 mm 용해 칼럼이 사용되었으며 포획 칼럼에 10분 동안 둔 후 결합된 펩타이드는 0.1% 동일 부피의 포르믹산을 포함한 50-80% 아세토니트릴을 사용하여 녹였다. 탠덤 질량 스펙트럼(Tandem mass spectrometry) 기법은 풀-매스 스캔 레인지 모드(m/z 4502000 Da)를 사용하여 시행되었고 각 이온들의 이온 스펙트라 산물은 MS/MS 모드 및 TurboSEQUEST 소프트웨어(Thermo Quest, San Jose, CA)를 이용하여 프로세싱 하였다. MASCOT program (http://www.matrixscience.com)을 사용하여 생성된 리스트파일을 점검하였고 의미있다고 판단되는 리스트를 따로 분석하였다.

웨스턴 블롯팅(Western blot)

단백질을 SDS-PAGE(sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis)를 사용하여 분해한 뒤 니트로셀룰로오스 막으로 트랜스퍼 하였다. 니트로셀룰로오스 막을 각각의 1차 항체[GRP78(ab21685, 1:1000), HSP60 (ab46798, 1:20,000), 사이토케라틴 8(ab59400, 1:1,000), 비멘틴(ab137321, 1:1,000), 합토글로빈(ab97976, 1:1,000), 카텝신 G(ab131407, 1:200), 디펜신 α3(ab139059, 1:100), 퍼옥시리독신 1(ab41906, 1:1,000), HSP27(ab1426, 1:100), 호중구 엘라스타제(ab68672, 1:200)]와 반응시키기 위해 하룻밤동안 둔 후 세척하고 이후 HRP-결합 항-토끼 이차 항체와 반응시킨 후 단백질 띠를 관찰하였다.

실험결과

프로테옴 분석

치료받지 않고 수술 받은 크론병 환자와 정상대조군의 파라핀 블록을 확보하였다. 크론병으로 수술을 시행한 환자의 파라핀 블록 조직을 확보하여 환자군으로 풀링(pooling)하였다(크론병 환자 = 23명, 정상 대조군 =33명)(표 1).

환자군	명수	년도	검체
S1	2	1997, 2003년	소장
S2	5	2007-2009년	소장
S3	6	2010-2012년	소장
C1	7	1999-2004년	대장
C2	3	2008-2011년	대장
정상인	11	2011-2012년	소장
정상인	12	2011-2012년	대장

조직에서 단백질 분리하고 1-DE 후 밴드를 분리하였다. 샷 건 방법을 통해 후보 단백질(peptide)을 검출하였다. 그 결과, 크론병 환자에서 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase), 합토글로빈(Haptoglobin), 비멘틴(vimentin)의 발현이 증가하고, 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8), HSP 27(heat shock protein 27)의 발현이 감소한다는 것을 규명하고, 이들의 조합을 크론병의 진단 마커로 사용할 수 있음을 확인하였다.

이상으로 본 발명의 특정한 부분을 상세히 기술하였는바, 당업계의 통상의 지식을 가진 자에게 있어서 이러한 구체적인 기술은 단지 바람직한 구현예일 뿐이며, 이에 본 발명의 범위가 제한되는 것이 아닌 점은 명백하다. 따라서, 본 발명의 실질적인 범위는 첨부된 청구항과 그의 등가물에 의하여 정의된다고 할 것이다.

Claims (9)

1. 비멘틴(vimentin), 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8) 및 HSP 27(heat shock protein 27)로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머, 상기 단백질을 코딩하는 뉴클레오타이드 서열, 상기 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열 또는 상기 뉴클레오타이드의 단편을 포함하는 크론병(Crohn's disease)의 진단 또는 예후 분석용 키트.
   
2. 제 1 항에 있어서, 상기 키트는 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase) 및 합토글로빈(Haptoglobin)으로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 단백질에 특이적으로 결합하는 항체 또는 앱타머,
   상기 단백질을 코딩하는 뉴클레오타이드 서열, 상기 뉴클레오타이드 서열에 상보적인 서열 또는 상기 뉴클레오타이드의 단편을 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 크론병의 진단 또는 예후 분석용 키트.
   
3. 제 1 항에 있어서, 상기 키트는 마이크로어레이 키트 또는 유전자 증폭 키트인 것을 특징으로 하는 크론병의 진단 또는 예후 분석용 키트.
   
4. 제 1 항에 있어서, 상기 키트는 면역분석(immunoassay)용 키트인 것을 특징으로 하는 크론병의 진단 또는 예후 분석용 키트.
   
5. 크론병의 진단 또는 예후에 필요한 정보를 제공하기 위하여 인간의 생물학적 시료에 있는 비멘틴(vimentin), 사이토케라틴 8(Cytokeratin 8) 및 HSP 27(heat shock protein 27)로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드 서열의 발현을 검출하는 방법을 통해 크론병의 진단 마커를 검출하는 방법.
   
6. 제 5 항에 있어서, 상기 방법은 호중구 엘라스타제(Neutrophil Elastase) 및 합토글로빈(Haptoglobin)으로 구성된 군으로부터 선택되는 최소 1종의 뉴클레오타이드 서열의 발현을 검출하는 단계를 추가적으로 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
   
7. 제 5 항에 있어서, 상기 방법은 마이크로어레이 방식 또는 유전자 증폭 방식으로 실시되는 것을 특징으로 하는 방법.
   
8. 제 5 항에 있어서, 상기 방법은 항원-항체 반응 방식으로 실시되는 것을 특징으로 하는 방법.
   
9. 삭제

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