KR101792684B1 - 불활성화된 치쿤구니야 바이러스 균주를 포함하는 백신 조성물 - Google Patents

불활성화된 치쿤구니야 바이러스 균주를 포함하는 백신 조성물 Download PDF

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Abstract

치쿤구니야 바이러스(Chikungunya virus)의 유전자형 변이체에 대해 면역성을 제공할 수 있는 치쿤구니야 바이러스 감염의 예방 및 치료를 위한 백신 조성물을 기술하였다. 보다 구체적으로, 본 발명은 특히 치쿤구니야 바이러스 감염에 대한 백신 항원으로서 사용하는 바이러스유사입자로서 발현할 수 있는 뉴클레오티드 서열 및 이들의 번역된 단백질을 기술하였다. 본 발명의 조성물은 또한 Aedis albopictus 및 Aedis aegypti를 포함하는 질환의 적합한 벡터로 전파될 수 있는 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 변이체에 대한 방어성이 있다.

Description

불활성화된 치쿤구니야 바이러스 균주를 포함하는 백신 조성물{VACCINE COMPOSITION COMPRISING AN INACTIVATED CHIKUNGUNYA VIRUS STRAIN}
본 발명은 치쿤구니야 바이러스(Chikungunya virus)로 인한 감염의 예방 및 치료를 위한 안정한 면역원 조성물에 관한 것이다. 본 발명은 특히 치쿤구니야 바이러스(이하, CHIKV로 칭함) 균주의 조성물 및, 사람에서 치쿤구니야 감염의 예방, 치료적 처치 및 진단을 위한 상기한 바이러스 아형(subunit) 항원의 용도에 관한 것이다. 보다 구체적으로, 본 발명은 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 변이체 또는 돌연변이체에 대한 혈청방어(seroprotection)에 충분한 항체 역가를 제공하는 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 또는 항원 변이체 또는 돌연변이체의 예방 및 치료를 위한 안정한 면역원 백신 조성물에 관한 것이다. 본 발명은 또한 제한적인 것은 아니나 일본 뇌염바이러스(Japanese encephalitis virus) 백신, 뎅기열(dengue) 백신, 웨스트 나일 바이러스(West Nile virus) 백신 및 찬디푸라(Chandipura) 바이러스 백신 및 광견병(rabies) 백신을 포함하는 리스트에서 선택된 다른 박테리아 및 바이러스 감염과 함께 치쿤구니야 바이러스에 대한 면역을 위한 백신 조성물에 관한 것이다. 다른 바이러스 백신과의 조합 또한 본 발명의 범위 내에 있다.
치쿤구니야 바이러스(CHIKV)는 토가바이러스과(Togaviridae)의 알파바이러스이다. 이것은 고열과 갑작스러운 혼합관절통(polyarthralgia) 개시를 특징으로 하는 일반적으로 치명적이지 않은 감염을 유발하는 양성 가닥 RNA 바이러스이다. 이제까지 CHIKV 감염과 관련되지 않았던 발작, 임파선염, 전격성 간염 및 결막염 등의 출혈성 및 신경학적 증상들이 2005년 다시 유행한 감염 이후에 보고되었다 (Sourisseau et al., 2007; Kannan et al., 2007). 부분적 E1 구조 당단백질 서열에 기초한 계통발생분석으로 3종의 CHIKV 계통, 즉 서아프리카, 아시아 및 동, 중앙 및 남아프리카(ECSA)를 확인하였다(Powers et al., 2000). 아시아 계통은 인도양 섬에서 2005-2006년 발생한 동안 출현된 ECSA 유전형으로 대체될 때까지 인도와 동남 아시아에 퍼져 있었다(Yergolkar et al., 2006). 지역적으로 구축된 ECSA 균주의 방계(sublineage)는 여행자에 의해 고유 지역에서 아프리카, 아시아 및 유럽으로 확산되어 지역적 발병을 유발하였다(Powers and Logue, 2007).
최근 139만명이 인도에서 2006년에 발생된 치쿤구니야 바이러스 감염의 경우로 의심되며(National Vector Borne Disease Control Programme (NVBDCP), 2007), 이것은 E1-226A를 수반하는 ECSA 균주에 의해 유발되었다(Arankalle et al, 2007). 흰줄숲모기(Aedes albopictus)에 의한 전달성을 증가시키는 E1-A226V 적응성 돌연변이는 그 후에 바이러스의 광범위한 지리학적 확산을 담당한다(de Lamballerie et al., 2008). CHIKV 게놈의 인간 백혈구 항원(HLA) 클래스-1 제한 요소 내의 숙주 면역압력 및 생성된 부위특이적 돌연변이는 2005년 이후의 폭발적인 치쿤구니야 바이러스 발병과 연관되어 있다(Tong et al., 2010). 당분야에서 공지된 선행기술에는 ECSA 균주에서 유래된 어떠한 백신 후보물질도 포함되어 있지 않다. Bharat Biotech International Limited는 일찌기 E1-226A를 갖는 2006 ECSA 균주와 치쿤구니야 바이러스 감염에 대한 잠재적인 백신의 개발에서 그의 용도를 개발하였다(국제출원공개 WO 2008/026225에 기술)
도시(유행성) 전파 주기의 치쿤구니야 바이러스 균주는 국지유행성(야생형) 주기보다 더 높은 진화율을 보이며, 두 전파 주기 간 진화역학의 차이는 벡터 다양성과 풍부도 같은 바이러스-숙주 상호작용, 벡터 유생 서식지 및 개체군 내 지역 면역을 결정하는 다양한 인자에 의해 영향을 받는다(Volk et al., 2010). 치쿤구니야 같은 아르보바이러스(Arboviruse)는 절지동물 및 척추동물 숙주 모두와 상호작용하고, 막(envelope) 당단백질에 대한 선택 압력은 벡터 적응에 대한 선호도와 척추동물 숙주 면역방어 기전에 의해 구동된다. 바이러스 진화는 중화와 관련된 항원 결정인자뿐만 아니라 벡터/숙주 적응과 관련된 그 잔류물에서의 돌연변이를 선호하는 경향이 있다.
국제출원공개 WO 2008030220 및 Akahata 등, 2010에 기술된 것과 같은 개발 중인 백신은 서아프리카 유전자형과 E1-A226V 분리주(isolates)를 사용하고 있다. 다른 CHIKV 백신 개발은 본 발명에 기술된 범위와는 다른 DNA 백신 (Mallilankaraman et al., 2011)이다. 살아있는 약독(attenuated) 백신인 조기 프로토타입(prototype) 백신은 바이러스의 아시아 유전자형을 사용하였다(Edelman et al., 2001). DNA 백신은 인간의 예방적 백신 접종에서 이제까지 성공적이지 않았고, 살아있는 약독 CHIKV 백신은 백신을 접종 받은 대상 인간에서 부작용을 유발하였다(Edelman et al., 2001). 초기 백신 개발(WO 2008/026225)에서 사용된 CHIKV 균주는 E1-226A를 갖는 2006 ECSA 균주였다. 본 발명에 기술된 2009-2010년에 인도에서 단리된 균주는 ECSA 계통 내의 별도 방계에 속하고 E2 및 E1 막 당단백질 내에 신규한 돌연변이를 갖는다. 모든 분리주의 E1 당단백질 내 돌연변이 중 하나가 시험 맵(map)에서 숙주 벡터 특이성을 결정하고 Adis . aegypti(이것은 그 지역 및 실제로 치쿤구니야 바이러스 유행이 현재 고질적인 열대국가에서 가장 많은 모기 벡터이다)에 대한 증강된 적응의 상당한 포지티브 선택하에 있는 지역을 보고하였다. 또한, 이제까지 보고되지 않은 다른 신규한 돌연변이도 기술하였다. 따라서, Aedis aegypti 벡터에 의해 전파된 ECSA 균주의 다른 돌연변이 균주에 면역 방어를 제공하는 치쿤구니야 바이러스의 ECSA 균주의 새로 개발된 별도 방계에 면역성을 제공하는 백신 조성물을 생산하는 것이 필요하다. 본원의 발명자들은 오랜 연구 후에 바이러스를 불활성화하는 새로운 방법과 불활성 바이러스 백신 및 여기에서 본 발명에 포함된 재조합 서브유니트 백신과 비로좀(virosome)의 면역원성을 증강하는 신규한 보조제를 갖는 개선된 제제 같은 초기 백신에 대해 다른 추가 이점을 포함하는 본원의 효과적 백신을 기술하였다.
본 발명의 목적은 치쿤구니야 바이러스로 유발된 감염을 치료 및 예방할 수 있는 안정한 백신 조성물을 제공하는 것이다. 상기 백신 조성물은 치쿤구니야 바이러스 감염의 예방 및 치료를 위한 그의 유전자형 변이체에 적용할 수 있다.
본 발명의 다른 목적은 적합한 벡터로 전파된 치쿤구니야 바이러스로 인한 감염의 치료를 제공할 뿐만 아니라 예방할 수 있는 안정한 백신 조성물을 제공하는 것으로, 치쿤구니야 바이러스의 가장 일반적으로 적용가능한 벡터가 될 수 있는 Aedis albopictus 및 Aedis aegypit 벡터로 전파된 치쿤구니야 감염의 예방 및 치료를 포함한다.
본 발명의 또다른 목적은 특별히 ECSA 균주 및 이들의 적용가능한 그의 특정한 별개의 독특한 방계에 대한 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 변이체에 대해 효과적인 안정한 백신 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 백신의 항원 성분이 바이러스유사입자(Virus Like particles, 이하 VLP라 칭함)로서 발현될 수 있는 재조합 CHIKV 바이러스 균주의 전체 불활성 비리온(virion) 또는 서브유니트 항원과 함께 약학적으로 허용가능한 적합한 담체, 안정화제 및 보조제를 포함하는 안정한 백신 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 CHIKV 바이러스의 불활성화 및 적절한 양의 보조제와의 혼합을 포함하는, 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 돌연변이체 또는 변이체로 유발된 감염을 치료 및 예방하는데 충분한 면역반응을 유도할 수 있는 안정한 백신 조성물의 제조방법을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 인간에서 치쿤구니야 바이러스 감염의 진단에 유용한 치쿤구니야 바이러스 균주 또는 그의 서브유니트 항원에 대해 생성된 항체를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 효과적인 백신 후보물질로서 적합한 치쿤구니야 바이러스의 주항원 결정인자 및 이들에 대하여 기술된 뉴클레오티드와 단백질 서열의 제공에 관한 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 치쿤구니야 바이러스로 인한 감염 및, 제한적인 것은 아니나 일본 뇌염바이러스 백신, 뎅기열 백신, 웨스트 나일 바이러스 백신 및 찬디푸라 바이러스 백신 및 광견병 백신을 포함하는 군에서 선택된 다른 박테리아 및 바이러스 감염의 예방 및 치료에 유효한 조합 백신 조성물을 포함한다.
본 발명의 일 측면에 따르면, 본 발명은 CHIKV 바이러스 균주의 전체 불활성 비리온 또는 서브유니트 항원을 특이적으로 함유하는 백신 조성물을 포함한다. 본 발명의 조성물은 보다 구체적으로 치쿤구니야 바이러스 감염에 대해 방어 항체와 강력한 T 세포 반응을 유도할 수 있는 백신에 관한 것이다.
본 발명의 다른 측면은 높은 방어 효능을 제공하는 적절한 보조제와 함께 불활성 재조합 CHIKV 백신을 제공하는 것이다.
본 발명의 발명의 또다른 측면은 보다 구체적으로 치쿤구니야 바이러스 감염에 대해 방어 항체와 강력한 T 세포 반응을 유도할 수 있는 백신에 관한 것이다.
본 발명의 또다른 측면은 재조합 단백질, 바이러스유사입자 및 방어적 면역반응을 유도하는데 사용된 비로좀으로서 발현된 정의된 서열의 치쿤구니야 바이러스(CHIKV) 항원을 제조 및 사용하는 방법에 관한 것이다. 이러한 서브유니트 백신의 역가는 높은 면역원성을 백신에 제공하는 조건 하에서 시료로 불활성화된 CHIKV의 전체 불활성 비리온으로 구성되는 백신에 의해 유도된 것에 필적할 수 있다.
본 발명의 다른 측면은 치쿤구니야 바이러스 분리주의 열, 감마 조사선, 자외선 또는 화학적으로 불활성화된 전체 비리온을 안정한 제제 중에 포함하는 바이러스의 불활성화 방법에 관한 것이다. 2 이상의 불활성화제 조합물은 또한 유사한 효과로 사용되었다. 본 발명에 기술된 바이러스 분리주는 백신 개발에 사용되었고, 모든 방법은 치쿤구니야 바이러스의 임의의 유전자형 또는 유전자형 변이체/혈청형/균주/돌연변이체에 적용할 수 있다.
본 발명의 또다른 측면은 포유동물, 바람직하게 인간에 비경구적으로, 바람직하게 피부내, 근육내 또는 피하로 투여될 때 강력한 면역학적 반응을 유도하고 점막 및, 경구 경로 같은 기타 경로로 투여될 때 효과적인 치쿤구니야 바이러스에 대한 백신 조성물을 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 목적은 포유동물, 바람직하게 인간의 치쿤구니야 바이러스 감염의 치료 및 진단에 사용하기 위한 치쿤구니야 바이러스 또는 그의 서브유니트 항원에 대한 항체를 제공하는 것이다.
본 발명의 또다른 측면은 방어 항체 및 강력한 T 세포 반응을 유도하기 위한 조성물을 단독으로 또는 본 발명의 범위 내에 포함된 다른 백신과의 조합으로 제공하는 것이다. 조합을 위한 다른 백신은 일본 뇌염바이러스 백신, 뎅기열 백신, 웨스트 나일 바이러스 백신 및 찬디푸라 바이러스 백신 및 광견병 백신이나, 이에 제한되지는 않는다.
도 1:
몇 가지 불활성화 방법으로 불활성화된 CHIKV 전체 비리온 항원의 면역원성을 역가 시험하였다. 불활성화 방법은 실시예 2에 상세하게 기재하였다. 15 μg의 불활성화 바이러스 백신의 역가를 0, 7 및 21일의 간격으로 4-6주령 Balb/c 마우스(그룹 당 8마리)에 3회 근육내 주사하여 시험하고 최종 용량 투여 후 7일째에 사혈하였다. 비교를 위해 살아있는 바이러스의 1회 용량만을 투여하였다. 백신 조제물의 역가는 PRNT50에 의한 중화 항체의 역가를 평가하여 시험하였다.
도 2:
보조제 함유 및 보조제 미함유 CHIKV 백신 조제물의 면역원성을 0, 7 및 21의 간격으로 4-6주령 Balb/c 마우스(그룹 당 8마리)에 3회 근육내 주사하여 시험하고 최종 용량 투여 후 7일째에 사혈하였다. 보조된 백신 제제의 조성물을 실시예 5에 제공하였다. 백신 조제물의 역가는 PRNT50에 의한 중화 항체의 역가를 평가하여 시험하였다.
CHIKV 혈청형의 진화에 대한 상세한 연구는 서열 다양성으로 인하여 보고된 적이 없다. 본 발명자들은 최초로 인도에서 2009-2010년 바이러스 분리주에서 발견된 Ae . aegypti에 대한 CHIKV의 ECSA 균주의 적응성 진화를 보고하였다. 그런데, Ae.aegypti는 인도와, 다시 말하면 몇몇 열대국가에서 가장 널리 퍼져있는 벡터이다. 본 발명에서 보고된 분리주의 독특한 돌연변이에도 불구하고, 바이러스 균주가 CHIKV의 아시아 유전자형과 다양한 ECSA 방계를 교차중화하여 이들이 백신 개발에 좋은 후보물질임을 나타내었다. 그 지역에 가장 널리 퍼져있는 벡터에 더욱 잘 적응된 바이러스 균주 또는 이들의 균주에서 유도된 항원을 사용하는 것은 백신 개발에 있어서 ECSA 유전자형보다 현재 그다지 폭넓게 유행하지 않는 서아프리카 또는 아시아 유전자형의 균주를 사용하는 것보다 중요하다. ECSA 유전자형 중에서도 Ae.albopictus의 유전성(transmissibility)을 증가한 적응성 돌연변이인 E1-A226V 돌연변이를 수반하는 Reunion Island로부터의 LR2006 분리주 같은 후보물질을 사용하는 것은 인도에서 Ae . albopictus 벡터가 케랄라주와 남부 해안 카나타카주 같은 인도의 서부 해안을 따라서만 널리 퍼져있는 반면, 나머지 지역에서 가장 많은 모기 벡터는 Ae . aegypti이기 때문에 덜 유리하다. 본 발명에서 단리되고 보고된 바이러스 균주는 이들이 Ae . aegypti에 대하여 적응성 진화를 나타내는 동시에, 또한 Ae.albopictus를 감염한다는 점에서 독특하다. Aedes aegypti에 대한 적응을 증가하는 독특한 돌연변이와 별개로, 본 발명의 이점은 바이러스 분리주가 아시아 유전자형과 다양한 ECSA 변이체 균주를 교차중화하며, 이런 이유로 양호한 후보물질 백신이라는 것이다. 따라서, 재조합 백신 항혈청도 상이한 유전자형과 유전자형 변이체를 교차중화하기 때문에 이러한 분리주의 바이러스 항원 또는 재조합 항원에서 유도된 서브유니트 백신 또한 양호한 백신 후보물질이다.
그러므로, Ae . aegypti는 세상에서 CHIKV 감염의 발생률이 가장 높은 인도에서 가장 널리 퍼져있는 벡터이기 때문에 Ae . aegypti에 대하여 독특한 적응성을 보이고 Ae . albopictus를 감염시키기도 하는 인디안 바이러스 균주를 사용하는 것은 서아프리카, 아시아 또는 ECSA E1-226A 및 다른 변이체 균주를 사용하는 것보다 유리하다.
본 발명 범위 내의 치쿤구니야 바이러스 분리주는 구조 다단백질 서열이 캡시드(capsid), E3, E2, 6K 및 E1(C-E3-E2-6K-E1) 단백질을 포함하는 ECSA(동부, 중앙 및 남부 아프리카) 유전자형에 속하는 것들이다. 2009-2010년의 인도 유행병에서 얻어진 분리주는 이제까지 보고된 서열에 있어서 독특하다. C-E3-E2-6K-E1 단백질들을 포함하는 구조 다단백질 서열을 2010년 4월 27일자로 공공 서열 기탁기관(GenBank)에 기탁번호 HM159385 내지 HM159390으로 기탁하였다. 이 서열들은 가특허(provisional patent) 출원일 이후인 2012년 3월에 공개되었다. 본 발명에서 보고된 독특한 뉴클레오티드 서열은 서열번호 1(분리주 TN01610), 서열번호 2(분리주 TN15110), 서열번호 3(분리주 TN06210), 서열번호 4(TN06310), 서열번호 5(TN06410) 및 서열번호 6(AP0109)이며, 번역시 그의 상응하는 단백질 서열은 각각 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 11, 서열번호 12 및 서열번호 13이다. CHIKV 균주 CHIKV/03/06은 서열번호 7의 구조 다단백질이며 2006년 인도에서 유행시 단리되었고, 상응하는 단백질 서열은 서열번호 14이다. 바이러스 분리주의 명칭은 괄호 안에 기재하였다. 본 발명의 상기한 바이러스 분리주의 전장 게놈 RNA 서열을 서열번호 15 내지 서열번호 20에 나타내었다.
본 발명에서 기술된 분리주 서열은 S27 아프리카 프로토타입(GenBank 기탁번호 AF369024)과 비교하여 기타 아미노산 변화 이외에 구조 다단백질 서열 내에 T1766C(E2-V264A) + A3058G(E1-K211E) + 3104C(E1-226A)의 조합 같은 독특한 유전자 특징을 갖는다. 구조 다단백질 내의 뉴클레오티드 치환과 다단백질 내 개별 단백질에서의 상응하는 아미노산 변화의 위치를 괄호 안에 표시하였다. 보고되고 있는 다른 독특한 돌연변이는 TN06310 내의 캡시드-A232V, TN15110 내의 E3-D40N, TN06210 내의 E2-K47N, TN01610 및 AP0109 내의 E2-G55R, TN064110 내의 E2-K66E, AP0109 내의 E1-P58L, 및 TN15110과 TN06310 내의 E1-G195R이다. ECSA 균주의 최대 가능성 추정치 'ω'(비동의 대 동의 치환의 비율)에 의한 코돈 대 코돈 분석에서는 (서열번호 8 내지 서열번호 13의)본 발명에서 보고된 분리주의 아미노산 돌연변이 E1-K211E가 상당한 포지티브 선택하에 있으며(사후 확률 ≥0.97; p<0.05), Aedes 모기 벡터, 특히 Aedes aegypti에서 감염성을 증가시키는 적응성 돌연변이를 시사하는 것으로 나타났다. 아미노산 잔기 E1-211E는 Ae . aegypti가 퍼뜨리는 CHIKV의 아시아 유전자형에 보존되어 있다. 3개의 신규한 돌연변이 E2-K47N, E2-G55R 및 E2-K66E 같은 본 발명에 기술된 추가 돌연변이는 또한 Aedes aegypti에서 신드비스 바이러스(Sindbis virus)의 감염성을 증가시키는 것으로 보고된 E2 단백질의 동일한 영역에서 클러스터한다. E2 aa 52 - 82 영역은 세포 수용체와의 접촉점인 스파이크의 상부에서 노출된다. SLAC(Single Likelihood Ancestor Counting), eFEL (Fixed Effects Likelihood), iFEL (internal Fixed Effects Likelihood) 및 REL (Random Effects Likelihood)에 의한 코돈 대 코돈 최대 가능성 추정치 'ω'가 캡시드를 가로지르는 아미노산 부위와 유의한 정제 선택 하의 구조 당단백질을 동정하였다. 네가티브로 선택된 아미노산 부위 중에서 E2-199Y 잔기는 유전자 위치로서 가장 유의한 정제 선택 하에 4가지 가능성 추정치 모두에 의해 선택되었다(REL에 의한 사후 확률 >0.99, iFEL에 의한 p<0.01, SLAC에 의한 p=0.001 및 eFEL에 의한 p=0.00). E2-199Y는 모기에서 바이러스 적응도를 측정하는 치쿤구니야 바이러스의 중요한 잔기이다.
바이러스 진화는 벡터/숙주 적응과 연관된 잔기들뿐만 아니라 중화와 연관된 항원성 결정인자 내에서 돌연변이를 선택하는 경향이 있다. 그의 높은 면역학적 특이성 때문에 혈청 중화시험은 대개 다른 혈청학적 방법의 특이성을 평가하는 귀중한 표준이 되고 있다. 본 발명에서 보고된 바이러스 분리주에 대해 발생된 항혈청은 아시아와 ECSA 계통의 바이러스 분리주 및 E1-A226V ECSA 변이체 균주를 포함한 ECSA 유전자형의 몇 가지 변이체 균주를 중화하였으며, 이것은 이들이 광범위한 중화 활성을 갖는 좋은 백신 후보물질임을 나타낸다.
치쿤구니야 바이러스 입자의 면역원으로서의 특성, 숙주 세포주 내에서 고역가로의 바이러스 적응 및 전파, RT-PCR에 의한 바이러스의 동일성 측정, 바이러스의 정제 및 불활성화 방법, 인간에게 투여하는데 적합한 약학적으로 허용가능한 담체로 안정한 백신 제제의 제조, 동물 모델에서 백신 효능에 대한 바이러스 어세이 및 시험 또한 본 발명의 범위 내에 있다. 감염 환자에게서 얻어지거나 바이러스가 존재하는 바이러스의 벡터에서 단리된 바이러스 입자들은 세포주에 적응되어 시험관 내에서 세포 배양 중에 몇몇 통로로 전파된다.
본 발명의 일 측면은 불활성 전(全) 비리온 백신의 개발에서 CHIKV 균주의 사용이다. 치쿤구니야 바이러스 균주는 비리온 제조시 포유동물 세포주에 감염되었다. 포유동물 세포는, 제한적인 것은 아니나 Vero 세포(ATCC CCL-81), MRC-5 또는 인간 용도를 위한 백신 제조에 적합한 다른 세포주를 포함한다.
세포 배양에서 얻어진 전 비리온을 상이한 불활성화제로 불활성화하였다. 최적 시간, 온도, 및 슈크로스, 락토스, 트레할로스 등의 당과 다른 당 및 당 조합물 같은 안정화제의 사용, 및 만니톨 또는 소르비톨 같은 당 알코올의 단독 또는 다른 당과 조합한 첨가, 불활성화 과정에서 인간 혈청 알부민의 단독 또는 당, 아미노산 및 당 알코올과 조합한 첨가는 본 발명의 범위 내에 있다. 바이러스는 열, 감마 조사선 또는 자외선에 의해서, 또는 포르말린과 베타-프로피오락톤(BPL)을 사용하는 화학적 방법으로 특히 백신 조제물의 높은 면역원성을 보유하는 조건 하에서 불활성화하여 비감염성이 되었다. 바이러스 불활성화 조건을 최적화하였으며, 실시예 2에 기재하였다. 화학적 불활성화제는 다음에서 선택되나, 이에 한정되지는 않는다: 포르말린, 베타-프로피오락톤, 글루타르알데히드, N-아세틸에틸렌이민, 바이너리 에틸렌이민, 3차 에틸렌이민, 아스코르브산, 카프릴산, 솔라렌(psolarens), 비이온성 세제를 포함하는 세제 등. 불활성화제를 바이러스 현탁액에 첨가하여 바이러스를 불활성화한다. 당, 당알코올, 인간 혈청 알부민 및 아미노산을 단독으로 또는 다양한 조합으로 사용할 때의 농도는 0.01% 내지 20%, 바람직하게 0.1% 내지 10%, 가장 바람직하게 0.1% 내지 5%의 범위이다. 안정화제 존재 하에서 불활성화 시간과 온도는 2-8 ℃ 내지 37 ℃까지 30분 내지 20일의 다양한 기간으로 최적화되었다. 이러한 백신 제제는 고도로 면역원성이고 방어적 중화 항체를 유도하였다.
치쿤구니야 바이러스의 구조 당단백질 C-E3-E2-6K-E1은 중요한 항원 결정인자이다. 따라서, 구조 당단백질은 CHIKV 감염의 예방을 위한 서브유니트 백신에 대하여 우수한 백신 후보물질이다. 구조 단백질의 서열은 서열번호 8 내지 서열번호 14에서 정의된 바와 같다. 재조합 비구조 단백질은 또한 면역원성이고 좋은 후보물질 백신이다. 선택된 진핵세포 발현시스템은 포유동물 세포, 곤충 세포의 바큘로바이러스, 및 임의 종의 효모 세포, 가장 바람직하게 Pichia pastoris 또는 Saccharomyces cerevisiae를 포함한다. 서브유니트 항원을 코딩하는 유전자는 E.coli 같은 원핵세포에서 적합한 원핵세포 발현벡터를 사용하여 발현되었다. 재조합 발현 숙주로서 Pichia pastoris는 다른 진핵세포 발현시스템에 비하여 대규모 제조에 비용면에서 효과적이기 때문에 산업적 규모에 유리하다. Pichia pastoris에서 유도된 재조합 단백질은 성공적으로 상업화되어 있고 인간 사용에서 안전한 것으로 확인되었다. 본원에 기술된 서열의 C-E3-E2-6K-E1 같은 구조 단백질은 '바이러스유사입자'(VLP) 내에 조립할 수 있다. 선택적으로, VLP는 E3-E2-6K-E1만 또는 E2-6K-E1 또는 E2-E1 단백질만을 함유하며 면역원성이고 동물에 투여되었을 때 방어적 면역반응을 유발한다. E3-E2-6K-E1 또는 E2-6K-E1을 포함하는 서브유니트 항원은 또한 CHIKV가 피막 바이러스이므로 비로좀 내에 조립할 수 있다. E3-E2-6K-E1 또는 E2-6K-E1 또는 단지 E2-E1만 포함하는 비로좀도 면역원성이다. 리포좀과 비로좀은 콜레칼시페롤, 콜레스테롤, 인지질 등을 비제한적으로 포함하는 지용성 물질과 바이러스 막 단백질의 상이한 조합을 함유할 수 있다. 세제 또는 단사슬 인지질을 사용한 바이러스 입자의 용해 및 피막 바이러스에 적용할 수 있는 카오트로픽제(chaotropic agent)와 비막성(non-envelope) 단백질 및 RNA의 제거 후 막 단백질 재구성 같은 비로좀 제조방법이 CHIKV에 적용가능하다.
바이러스는 물리적 또는 화학적 방법, 바람직하게 이들의 조합으로 정제되었다. 물리적 방법은 밀도, 크기, 중량, 침강계수 같은 바이러스의 물리적 특성을 이용하며 다음 방법을 포함하지만, 이에 한정되지는 않는다: 초원심분리, 밀도 그래디언트 원심분리, 한외여과 등. 화학적 수단에 의한 정제는 이온교환 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피, 소수성 상호작용 크로마토그래피, 겔여과 크로마토그래피, 하이드록시아파타이트(hydroxyapatite) 매트릭스, 무기염, 예를 들어 황산암모늄을 사용한 염화(salting) 등의 화학적 또는 이화학적 반응에 의한 흡착/탈착, 및 독점적인 Himax™ 기술, 유기염 및 폴리에틸렌 글리콜 같은 유기 화합물을 사용하는 방법을 적용한다. 바이러스 또는 재조합 바이러스 항원은 상기한 방법 중 하나 또는 둘 이상의 조합으로 정제하였다.
불활성 전 비리온 백신 또는 재조합 백신 같은, 상기한 CHIKV 후보물질 백신의 항원성 조성물을 포유동물, 바람직하게 인간의 면역화를 위한 약학적으로 허용가능한 담체로 제제화하였다. 치쿤구니야 바이러스 백신 제제는 보조화되며, 보조제는 다음을 포함하는 군에서 선택된다: 비제한적으로, 명반; 인산칼슘; 다형성 형태의 이눌린(inulin), 바람직하게 감마 이눌린; 다른 유기 및 무기 화합물, 예컨대 수산화알루미늄, 인산알루미늄, 알루미늄 설페이트 포스페이트 및 인산칼슘과 조합하여 이눌린을 함유하는 보조제; 리포좀, 키토산 및 복합 탄수화물, 예컨대 덱스트란, 덱스트린, 전분, 이눌린, 만난과 글루코만난, 갈락토만난, 베타-글루칸, 헤파린, 셀룰로스, 펙틴 및 펙티네이트, 렉틴 및 합성되거나 임의의 공급원에서 유도된 기타 탄수화물, 생분해성이며 생체적합한 폴리머, 예컨대 폴리 락티드와 폴리(락티드 코-글리콜리드; PLG) 또는 PLGA; 비제한적으로 수중유 에멀젼, 예를 들어 AS03, MF59 등의 기타 스쿠알렌 함유 보조제, 유중수 에멀젼을 포함하는 에멀젼; 다른 지용성 화합물과 함께 성분들 중 하나로 콜레칼시페롤로 제조된 리포좀; 다른 조성물의 리포좀; RIBI 보조제 시스템, 비제한적으로 QS-21, QuilA, 토마틴(tomatine), ISCOM, ISCOMATRIX 등을 포함하는 사포닌, 리포펩티드, 당펩티드, 리포폴리사카라이드, 뮤라밀(muramyl) 디펩티드 및 펩티드 함유 보조제, 올리고뉴클레오티드, 보조제로서 TLR 리간드, 사이토킨, 비타민 및 비독성 박테리아 독소 등. 가장 적합하고 비용 효과적인 보조제는 보조제 첨가로 증강된 면역원성 시험 후 최종 백신 제제에서 선택되었다. 상기한 것 이외에도 양호한 면역증강(immuno-potentiating) 활성을 갖는 다른 유기 및 무기 물질 또한 보조제로서 단독으로 또는 조합하여 사용되어 치쿤구니야 바이러스 백신의 면역원성을 증강할 수 있다. 불활성 전 비리온 백신뿐만 아니라, 상기한 보조제 또는 보조제 조합물도 비로좀, 바이러스유사입자(VLP)로서 제공되거나, 개별 재조합 단백질로서 발현, 정제 및 제제화될 때 재조합 서브유니트 항원을 사용하는 재조합 치쿤구니야 바이러스 백신에 대하여 효과적이다. 백신 제제에서 적합한 보조제를 사용하는 것은 필요한 항원의 양을 줄여서 저렴한 백신의 제조가 가능하여 경제적 이점을 제공한다.
제제에 사용된 완충제는 인산염 또는 인산염-시트르산염 완충제 또는 약학적으로 허용가능한 완충제이다. 백신은 임의로 보존제(들), 안정화제(들) 등을 함유한다. 첨가제는 비제한적으로 환원 및 비환원 당, 당 알코올, 예컨대 소르비톨 및 만니톨, 글리세롤, 아미노산, 사람 혈청 알부민, 이눌린, 티오메로솔(thiomerosol) 및 상기한 군의 보조제로부터 선택된 보조제를 포함하는 군에서 선택된다. 첨가제는 액체 제제에 대하여 0.01% 내지 20%의 범위 및 동결건조 제제에 대하여는 전체 고체의 최대 60%로 첨가된다. 백신 제제는 또한 유중수 에멀젼 또는 수중유 에멀젼 같은 에멀젼으로 제공된다. 이러한 백신 항원의 에멀젼은 보존제, 안정화제 및 기타 보조제를 함유한다. 이러한 면역원의 안정한 제제는 액체 또는 동결건조 형태로 약학적으로 허용가능한 완충제 또는 물로 재구성한 후에 비경구적으로 사람 숙주에 투여하는데 적합하며, 또한 점액 투여용으로 제제화된다. 백신 제제는 고도의 면역원성이고 중화 상동성 및 이종성 CHIKV 균주이다.
백신의 역가 시험을 위해 Balb/c 마우스와 래빗에서 백신 제제를 시험하였다. 얻어진 혈청을 시험관내 중화시험에 의해 검정하고 항체 역가를 ELISA로 측정하였다. 혈청전환(Seroconversion)을 본 발명에 기술된 백신 제제로 면역화된 동물에서 관찰하였다. 방어적 면역반응을 제공하는데 있어서 재조합 백신의 효능은 전체 비리온 백신에 필적할 수 있고 중화 항체 반응의 역가는 다른 방법들 중에서 혈청 중화시험(SNT), 플라크 감소 중화시험(PRNT50) 및 ELISA에 의해 결정되었다. 백신 항체의 수동 면역은 바이러스 감염에 대해 양호한 방어를 제공하여 CHIKV 항체의 치료적 사용을 시사하였다. 감염 환자 샘플 중 바이러스의 존재는 CHIKV 항체를 사용하여 정확하게 측정되었다. 본 발명의 범위 내에 포함된 방법으로 얻어진 치쿤구니야 바이러스 백신은 다른 백신과 조합하여 강력한 중화 항체를 유도한다. 조합에 포함될 수 있는 백신은 비제한적으로 일본 뇌염바이러스 백신, 뎅기열 백신, 웨스트 나일 바이러스 백신 및 찬디푸라 바이러스 백신 및 광견병 백신을 포함하는 군에서 선택된다. 다른 바이러스 백신과의 조합물도 본 발명의 범위 내에 있다. 당업자들에게 알려진 바와 같이, 이가 또는 다가 백신은 2 이상의 CHIKV 균주에서 제조된 백신을 혼합하여 제조될 수 있으며 항원 함량에 대하여 적합한 비율로 혼합된다. 이러한 혼합은 감염에 대한 방어를 위한 광범위한 항원 스펙트럼을 갖는 백신 조제물을 제공한다.
본 발명에 따르면, 본 발명의 CHIKV 균주에 대한 방법과 조성물은 어떠한 CHIKV 균주에도 적용할 수 있다. 본 발명의 백신은 백신의 제조에서 사용된 바이러스 균주 이외에도 다수의 CHIKV 균주에 대해 양호한 면역 방어를 제공하였다. 이 연구에서 보고된 CHIKV 분리주는 CHIKV의 상이한 유전자형/유전자형 변이체/균주를 교차중화하기 때문에 광범위한 중화활성을 가지며, 전체 불활성 비리온 백신 또는 바이러스 분리주에서 유도된 항원을 포함하는 재조합 백신의 개발에서 이상적인 백신 후보물질이다. 본 발명에 기술된 방법은 치쿤구니야 바이러스의 어떠한 유전자형/유전자형 변이체/혈청형/균주에도 적용가능하고, 입증된 바와 같이 바이러스의 다수 유전자형/유전자형 변이체에 대해 양호한 교차 방어를 제공한다.
본 발명을 다음 실시예에서 더욱 상세히 설명하였다. 본 발명의 특별한 측면, 구체예 또는 실시예와 함께 기술된 특징, 정수, 특성, 범위, 화합물 및/또는 그룹들은 모순되지 않는 한 여기에 기술된 다른 측면, 구체예 또는 실시예에 적용가능하고 본 발명의 범위 내로 간주되어야 하는 것임을 이해하여야 한다.
실시예 1: 바이러스 균주의 단리
2009-2010년, 인도에서 집단 발생 중에 사전동의한 발열 환자에게서 수집한 혈액 샘플로부터 바이러스 균주를 단리하였다. 혈액 샘플은 환자가 고열, 급성 빈발성 관절통 및 관절의 통증성 부종 및 발진을 보고하는 치쿤구니야 바이러스 감염의 급성기에 수집하였다. 환자 혈청 샘플을 드라이아이스 하에 실험실로 이송하였다. 약 0.05 ml의 혈청을 252cm 플라스크에서 1% 소 태아 혈청(FBS)을 포함하는 DMEM(Dulbecco's Modified Eagle Medium; Sigma- Aldrich Catalog # D5523) 함유 배지 중의 Vero 세포(ATCC No. CCL-81) 감염에 사용하였다. 플라스크를 34 ℃ 내지 37 ℃로 인큐베이션하였다. 바이러스를 감염한 지 48시간 후에 수집하였다. 바이러스를 세포 스택(stack) 또는 세포 공장 또는 액체 배양물 중의 생물반응기에서 규모확장 배양하였다. 모든 혈액 샘플은 특이적 IgM ELISA에 의한 뎅기열 감염에 대해 음성이었다(National Institute of Virology, Pune). 바이러스 입자가 일단 갓난 마우스 뇌에 통과되거나 C6/36 세포 같은 모기 세포주에 통과하고, 또한 시험관 내에서 세포 배양물 내 바이러스의 반복 통과 후에 바이러스의 감염 역가는 10배 이상 증가하였다.
실시예 2: CHIKV 바이러스의 정제 및 불활성화
2개 바이러스 분리주 TN01610 및 TN15110을 대량화 배양물에서 초기 한외여과로 세포 찌꺼기를 제거하고 300 kD의 막으로 여과 및 농축한 후, 이온 교환 및 겔여과 컬럼 크로마토그래피로 정제하여 감염 Vero 세포 단일층으로부터 정제하였다. 바이러스의 열 불활성화는 45 ℃ 내지 60 ℃ 범위의 상이한 온도에서 30분 내지 4시간, 최적으로 56 ℃에서 30분 동안 수행하였다. 자외선(UV)에 의한 불활성화는 254 nm에서 30 - 120분의 다양한 기간 동안 빙냉 하에, 최적으로 40분 동안 수행하였다. 치쿤구니야 바이러스를 최대 1:3000 비율의 포르말린:바이러스로 2 ℃-8 ℃에서 최대 7일 동안 포르말린으로, 및 1:1000 내지 1:2500 (베타 프로피오락톤:바이러스)의 비율로 베타 프로피오락톤으로 최대 7일 동안 2 ℃ - 8 ℃에서 효과적으로 불활성화하였다. 두 경우 모두에서, 불활성화 시간은 +20 - 25 ℃의 주위온도에서 수행될 때 24-48시간까지 감소되었다. 포르말린과 베타 프로피오락톤을 투석에 의해 제거하였다. 불활성화하는 동안, 글리신, 만니톨, 소르비톨 및 당 및 당 조합물 같은 첨가제를 사용하여 백신 조제물의 안정성을 증가시켰다. 사용된 당은 0.5% 내지 5%로 다양한 농도의 슈크로스, 락토스, 트레할로스, 말토스에서 선택할 수 있다. 감마 조사선에 의한 바이러스 불활성화는 바이러스 샘플을 60Co 광원(Ms. Gamma Agro-Medical Processings Pvt.Ltd. Hyderabad)으로부터의 10 kGy (Kilo Gray) 내지 25 kGy, 최적으로 20 kGy의 선량에 노광하여 수행하였다. 상기한 방법 전체에 의한 바이러스 샘플의 완전한 불활성화를 3 연속 통과에 의해 Vero 세포에서 바이러스 세포변성 효과의 부재에 대해 확인하였고, 추가적으로 2일령 마우스의 뇌에서 뇌내 경로로 접종되었을 때 성장 비정상성 및 치사의 부재로 확인하였다. 불활성화된 바이러스 항원을 후보물질 백신으로서의 효능을 시험하였다.
실시예 3: 역전사효소 - 폴리머라제 사슬 반응 ( RT - PCR ) 및 서열화:
바이러스 RNA를 Absolutely RNA Miniprep kit(Stratagene, La Jolla, CA)를 사용하여 감염된 Vero 세포(ATCC CCL-81)로부터 일 회 통과 후에 단리하였다. RT-PCR을 AccuScript High Fidelity 1st Strand cDNA Synthesis Kit (Stratagene)를 사용하여 키트 사용법에 따라 수행하였고, 3,747 bp 구조 다단백질 유전자를 PfuUltra High-Fidelity DNA 폴리머라제(Stratagene)로 증폭하였다. PCR 프라이머를 S27-아프리카 프로토타입(AF369024) 및 인도 2006 분리주(HM159384)의 컨센서스 서열을 기초로 설계하여 구조 다단백질 유전자의 오버랩핑 서열을 증폭하는데 사용하였다. PCR 반응은 95 ℃에서 1분 동안의 초기 분해 후, 94 ℃에서 40초 동안의 32 열 사이클링 단계, (프라이머 세트에 따라)52-65 ℃에서 30초 동안의 어닐링 및 70 ℃에서 3분 동안의 연장 후, 70 ℃에서 10분 동안의 최종 연장으로 구성되었다. PCR 생성물을 1% 아가로스 겔에서 분리한 후 QIAquick 겔 추출 키트(QIAGEN, Hilden, Germany)로 정제하여 DNA 서열화에 사용하였다. CHIKV 구조 다단백질 유전자 겔 정제 PCR 생성물의 뉴클레오티드 서열화는 DNA의 양 가닥에 대해 BigDye 터미네이터 v3.1 반응(Applied Biosystems, Foster City, CA)에 의해 서열화하였고 서열 데이터를 Sequencher v4.7 (GeneCodes, Ann Arbor, MI)을 사용하여 분석하였다. 서열들은 가특허출원 전에 GenBank에 2010년 4월 27일자로 기탁되었고 GenBank에 의해 2012년 3월 2일자로 공개되었다. 본 발명에서 보고된 고유 뉴클레오티드 서열은 서열번호 1(분리주 TN01610), 서열번호 2(분리주 TN15110) 서열번호 3(분리주 TN06210), 서열번호 4(TN06310), 서열번호 5(TN06410) 및 서열번호 6(AP0109)이고, 번역될 때 이들의 상응하는 단백질 서열은 각각 서열번호 8, 서열번호 9, 서열번호 10, 서열번호 11, 서열번호 12 및 서열번호 13이다. CHIKV 균주 CHIKV/03/06은 서열번호 7 서열의 구조 다단백질 유전자를 가지며, 2006년 인도 유행시 단리되었고 그의 상응하는 단백질 서열은 서열번호 14이다. 바이러스 분리주의 명칭을 괄호 안에 제공하였다. 완전한 게놈 RNA 서열에 대하여, 서열화 반응을 합성에 의한 서열화(SBS) 기술을 사용하여 Illumina GAIIx (Genotypic Technology Pvt. Ltd. Bangalore)에서 수행하였다. 상기한 바이러스 균주의 바이러스 게놈 RNA에 대한 완전한 뉴클레오티드 서열(cDNA 형태)을 서열번호 15 내지 서열번호 20에 제공하였다. S27-아프리카 프로토타입(AF369024) 균주와 관련하여 확인된 돌연변이를 개별 구조 단백질에 대해 지도화하여 표 1에 나타내었다.
Figure 112014003644758-pct00001
타밀 나두(Tamil Nadu)주와 안드라 프라데시(Andhra Pradesh)주에서의 2009-2010 CHIKV 분리주의 캡시드, E1, E2 및 E3 구조 당단백질에서 확인된 고유 돌연변이
"." 대조용 균주 S27-아프리카 프로토타입(AF369024)과 동일한 아미노산. 타밀 나두주에서의 분리주에 대한 GenBank 기탁번호는 HM159385(TN01610), HM159386(TN15110), HM159387(TN06210), HM159388 (TN06310), HM159389(TN06410)이고, 안드라 프라데시주 하이데라바드에서의 분리주에 대한 GenBank 기탁번호는 HM159384(CHIKV/03/06) 및 HM159390(AP0109)이다.
실시예 4: 계통발생적 분석 및 선택압력에 대한 추론
본 시험에서 보고된 서열과 GenBank로부터 회수된 서열을 재조합을 위해 Genetic Algorithm Recombination Detection (GARD) (Kosakovsky Pond et al. 2006)으로 계통발생적 분석 전에 스크린하였다. 진화적 분석을 MEGA5(Tamura et al. 2007)에서 뉴클레오티드 치환의 Kimura-2 매개변수 모델을 사용하여 1000 부트스트랩(bootstrap) 리플리케이트로 수행하였다. 다중서열배열을 ClustalW2.0.3을 사용하여 수행하였다. GenBank에서 회수된 2005-2010년의 ECSA 구조 다단백질 서열과 본 시험에서 보고된 것들을 ECSA 계통에 대한 선택 압력의 추론에 사용하였다. 약 52개 고유 서열을 분석을 위해 GenBank에서 회수된 58개 서열로부터 Hyphy(Pond et al. 2005)에 의해 최종 후보로 선정하였다. 코돈 기반 최대 가능성 추정치 ω 또는 dN/dS (비동의 대 동의 치환의 비율)를 랜덤 효과 가능성(REL), 고정 효과 가능성(eFEL)에 의해 추론하고 계통발생의 내부 가지에 따른 선택을 HyPhy의 내부 고정 효과 가능성(Internal Fixed Effects Likelihood, iFEL) 방법을 사용하여 시험하였다. 우도법(likelihood method)에서, 포지티브 선택은 우도비 검정(likelihood ratio test, LRT)의 p값이 0.05 미만이거나 베이즈 인자(Bayes factor)가 부위에 대해 100 이상이면 유의한 것으로 추론하였다. 전체 단백질에 작용하는 포지티브 선택의 통계학적 검정은 HyPhy의 단일 우도 원형 카운팅(Single Likelihood Ancestor Counting, SLAC)으로 추론하였다. 포지티브 선택에 대한 MEC(Mechanistic Empirical Combination) 모델과 정제 및 중성 선택에 대한 M8a 모델로 LRT(우도비 검정)를 사용하는 근사적 베이지안(Bayesian) 방법에 의한 추리 ω를 Selecton v2.2 (Stern et al. 2007)를 사용하여 수행하였다. 유의한 포지티브 및 정제 선택 하에서 CHIKV 구조 단백질의 아미노산 부위를 다음 표 2에 기재하였다.
Figure 112014003644758-pct00002
2009-2010년 인도 CHIKV 분리주 내의 캡시드(C)와 E1, E2 및 E3 당단백질 내 포지티브 선택 하의 아미노산을 랜덤 효과 가능성(REL) 및 내부 고정 효과 가능성(iFEL) 방법으로 HyPhy 패키지를 사용하여 추론하였다. E1과 E2 단백질 각각의 유의한 포지티브 및 정제 선택 하의 아미노산 부위(베이즈 인자 >500, 사후확률 ≥0.97 및 p<0.05)를 굵은 글씨로 표시하였다. †베이즈 인자는 부위에서 포지티브 선택(dN>dS)에 대한 사후 오즈/사전 오즈(posterior odds/prior odds)의 통계적 추정치이다.
실시예 5: 구조 다단백질 서열의 클로닝과 발현
본 발명에서 보고된 바이러스 분리주를 모든 바이러스 항원의 클로닝과 발현을 위한 공급원으로 사용하였다. 서열번호 1로 코딩된 치쿤구니야 바이러스 구조 다단백질의 완전한 오픈리딩프레임을 프라이머 CHKVCPFP를 상부 프라이머(forward primer)로서 그리고 CHKVE1RP를 리버스(reverse) 프라이머로서 사용하여 바이러스 게놈 RNA의 RT-PCR에 의해 증폭하여 ~3747 bp PCR 단편을 얻었다. PCR 증폭에 사용된 PCR 프라이머의 서열은 다음과 같다:
CHKVCPFP :
5' ACAGAATTCATATGGAGTTCATCCCAACCCAAAC 3'
CHKVE1RP :
5' AATTGGATCCGCGGCCGCTTAGTGCCTGCTGAACGACACGC 3'
PCR 단편을 Nde1과 BamH1으로 분해하고 원핵 발현벡터, pET-11B의 Nde1과 BamH1 부위에 클론하여 삽입물을 함유하는 재조합 플라스미드를 E. coli DH5a에서 형질전환하였다. DH5a에서 단리된 재조합 플라스미드 DNA를 사용하여 E. coli 균주 BL21(DE3)를 형질전환하였다. PCR 유전자 단편을 EcoR1과 Not 1으로 분해하고 표준 방법으로 겔 정제하여 효모 발현벡터 pPIC3.5K(Invitrogen Corporation, Carlsbad, USA)의 EcoR1 및 Not 1 부위에 클론하여 E. coli DH5a에서 형질전환하였다. E. coli 클론에서 단리된 재조합 플라스미드 DNA를 BglII로 직선화하여 제조업체 (Invitrogen)의 방법에 따라 Pichia pastoris GS115에 형질전환하였다. 유전자를 AOX1 위치에 클론하고 AOX1 프로모터 하에 메탄올 유도로 발현하였다. 재조합 Pichia 균주의 클로닝, 스크리닝, 단리 및 메탄올을 사용한 클론된 유전자의 유도는 Pichia 발현 키트(Catalog # K1710-01, Invitrogen Corporation, Carlsbad, USA)의 사용자 메뉴얼 "A Manual of Methods for Expression of Recombinant Proteins in Pichia pastoris" 버전 M(Jan 2002)에 따라 수행하였다.
실시예 6: 백신 제제의 생체 내 효능 시험
백신 제제의 불활성화 바이러스 샘플을 상이한 보조제로 효능을 시험하였다. (인간 일 회 용량 당 농도의)시험된 보조제는 다음과 같다: a) 수산화알루미늄(알루미늄 함량 0.5 mg) b) 인산알루미늄(알루미늄 함량 0.5 mg) c) 감마 이눌린(10 mg), d) 10 mg의 알감무린(algammulin)(수산화알루미늄과 감마 이눌린의 조합), e) 오일 중 콜레칼시페롤 0.75 mg/용량, f) 수중유 에멀젼 OWEM1(4.3% 스쿠알렌, 0.5% 트윈-80, 및 0.5% Span-85(Sigma Aldrich product # S7135)의 10 mM 인산염-시트르산염 완충액 함유), f) 수중유 에멀젼 OWEM2(9.5 mg 스쿠알렌, 1 mg 트윈-80, 1 mg Span-85, 11 mg 알파 토코페롤의 인산염-시트르산염 완충액 함유), g) 알파 토코페롤을 1-10 mg의 콜레칼시페롤로 대체한 것을 제외하고 OWEM2와 동일한 농도의 첨가제를 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM3. 제제화하여 보조제를 첨가한 백신 조제물을 마우스에 근육내로 주사하고 최초 용량을 투여한 후 7일째와 21일째에 추가 용량을 투여하였다. 최초 용량을 투여한 후 28일째에 혈액을 수집하였다. 각 시험 그룹에서 모아진 혈청을 56 ℃에서 약 30분 동안 보충 불활성화하였다. 모든 제제는 150 mM NaCl을 함유하는 40 mM 인산염 완충액, pH 6.8 - 7.2 중의 15 μg 바이러스 항원을 함유하였다. 혈청 샘플을 중화 항체의 추정과 ELISA에 의한 추정 항체 역가에 사용하였다. 백신 접종된 동물은 시험 바이러스를 정맥내/복강내 투여한 후 72 시간 동안 관찰하였을 때 104.5 pfu/ml의 바이러스 챌린지 용량에 의한 바이러스혈증에 대해 완전한 방어를 보였다. 다른 실험에서, 4-6주령 Balb/c 마우스에 정맥내 투여하였을 때 640의 PRNT50 역가를 갖는 래빗 항혈청으로의 패시브 면역화는 104.5 pfu/ml의 시험 바이러스로 시험하였을 때 바이러스혈증에 대해 완전한 방어를 보였다. 혈청형 분석에 있어서, CHIKV/03/06에 대한 항혈청은 아시아 유전자형(GenBank 기탁번호 EF027140, 1963년 콜카타(Kolkata)에서 단리), ECSA, (E1-A226V, E1-211K, GenBank 기탁번호 FJ000069, 2007년 케랄라(Kerala)에서 단리) 및 ECSA(E1-226A, E1-K211E, GenBank 기탁번호 HM159386, 2010년 타밀 나두에서 얻어짐)의 이형 바이러스 분리주를 중화하였고, 중화 항체 역가 ≥ 40은 유전자형 변이체에 대한 이형 방어를 시사하며 별개의 혈청형이 발달하지 않은 것을 나타내었다.
실시예 7: 플라크 감소 중화 검정
검정 하루 전에 6웰 플레이트에 웰 당 2.5 x 103 Vero 세포(ATCC CCL-81)를 접종하고 플레이트를 5% C02 인큐베이터에서 37 ℃로 인큐베이션하였다. 2% 소 태아 혈청을 함유하는 MEM 중의 혈청 샘플 4배 희석액에 동일 부피의 표준화된 바이러스(105 pfu/ml)를 첨가하여 37 ℃에서 5% C02로 90분 동안 인큐베이션하였다. 세포를 1 x PBS pH 7.4 (150 mM NaCl 함유 10 mM 인산염)로 2회 세척하고 혈청-바이러스 혼합물의 각 희석액 0.3 ml를 상응하는 웰에 첨가하여 5% C02 인큐베이터에서 37 ℃로 90분 동안 인큐베이션하였다. 각각의 검정은 3회 반복 수행하였다. 세포를 10% 소 태아 혈청, 1% 페니실린-스트렙토마이신 및 1% L-글루타민을 함유하는 MEM 중의 0.85% 메틸셀룰로스 2 ml로 덮었다. 플레이트를 5% C02 인큐베이터에서 37 ℃로 5일 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 종료 시점에 플라크를 10% 포르말린으로 고정하고 1 x PBS, pH 7.4로 세척하여 0.1% 크리스탈 바이올렛으로 가시화하였다. 대조용 바이러스 샘플로 형성된 플라크에서 50% 감소를 일으키는 혈청의 최고 희석을 PRNT50 역가로서 추정하였다. PRNT50 검정을 수행하여 다양한 불활성화 방법에 의한 백신 조제물과, 보조제가 첨가된 CHIKV 백신 및 JEV 백신과의 백신 조합물의 효능을 시험하였다.
실시예 8: 백신 조합물
베타-프로피오락톤으로 불활성화된 CHIKV 백신의 조합물을 일본 뇌염바이러스(JEV)의 포르말린 불활성화 백신과 조합하여 시험하였다. 명반(0.5 mg 알루미늄/용량)으로 제제화된 CHIKV 백신 항원 15 μg을 또한 명반으로 제제화된 일본 뇌염바이러스 전체 비리온 항원 6 μg을 함유하는 불활성화 JE (JEV) 바이러스 백신과 조합하여 시험하였다. 백신 조합물을 어느 하나의 항원만을 포함하는 적절한 대조군, 및 동일량의 명반을 수용한 대조 동물들을 갖는 8마리의 Balb/c 마우스에 주사하였다. 최초 면역화한 7일 및 21일 후에 동물들을 보강하였다. 최종 보강 주사한 7일 후에 혈액을 모았다. 각 그룹에서 모아진 혈청을 56 ℃에서 약 30분 동안 보충 불활성화하였다. 혈청 샘플을 CHIKV 및 JEV에 대하여 PRNT50에 의한 중화 항체의 추정에 사용하였다. 모든 제제에서 사용된 완충제는 150 mM NaCl을 함유하는 40 mM 인산염 완충제, pH 6.8 - 7.2였다. 상기한 모든 방법은 치쿤구니야 바이러스의 유전자형/유전자형 변이체/혈청형 및 균주에 적용가능하다.
참고문헌:
1. Kannan M, Rajendran R, Sunish IP, Balasubramaniam R, Arunachalam N, Paramsivan R, Tewari SC, Samuel PP, Tyagi BK. 2007. A study on Chikungunya outbreak during 2007 in Kerala, south India. Indian J Med Res 129:311-315
2. Sourisseau M, Schilte C, Casartelli N, Trouillet C, Guivel-Benhassine F, Rudnicka D, Sol-Foulon N, Le Roux K, Prevost MC, Fsihi H, Frenkiel MP, Blanchet F, Afonso PV, Ceccaldi PE, Ozden S, Gessain A, Schuffenecker I, Verhasselt B, Zamborlini A, Saiib A, Rey FA, Arenzana-Seisdedos F, Despres P, Michault A, Albert ML, Schwartz O. 2007. Characterization of reemerging Chikungunya viruse. PLoS Pathog 3:e89.
3. Powers AM, Brault AC, Tesh RB, Weaver SC. 2000. Re-emergence of Chikungunya and o'nyong-nyong viruses: evidence for distinct geographical lineages and distant evolutionary relationships. J Gen Virol 81:471-479.
4. Yergolkar PN, Tandale BV, Arankalle VA, Sathe PS, Sudeep AB, Gandhe SS, Gokhle MD, Jacob GP, Hundekar SL, Mishra AC. 2006. Chikungunya outbreaks caused by African genotype, India. Emerg Infect Dis 12:1580-1583.
5. Powers AM, Logue CH. 2007. Changing patterns of Chikungunya virus: re-emergence of a zoonotic arbovirus. J Gen Virol 88:2363-2377.
6. Arankalle VA, Shrivastava S, Cherian S, Gunjikar RS, Walimbe, AM, Jadhav, SM, Sudeep AB, Mishra AC. 2007. Genetic divergence of Chikungunya viruses in India (1963-2006) with special reference to the 2005-2006 explosive epidemic. J Gen Virol 88: 1967-1976.
7. de Lamballerie X, Leroy E, Charrel RN, Ttsetsarkin K, Higgs S, Gould EA. 2008. Chikungunya virus adapts to tiger mosquito via evolutionary convergence: a sign of things to come? Virol J 5:33.
8. Tong JC, Simarmata D, Lin RT, Renia L, Ng LF. 2010. HLA Class I restriction as a possible driving force for Chikungunya evolution. PLoS One 5:e9291.
9. Volk SM, Chen R, Tsetsarkin KA< Adams AP, Garcia TI, Sall AA, Nasar F, Schuh AJ, Holmes EC, Higgs S, Maharaj PD, Brault AC, Weaver SC. 2010. Genome-scale phylogenetic analyses of Chikungunya virus reveal independent emergences of recent epidemics and various evolutionary rates. J Virol 84:6497-6504.
10. Akahata W, Yang ZY, Andersen H, Sun S, Holdaway HA, Kong WP, Lewis MG, Higgs S, Rossmann MG, Rao S, Nabel GJ. 2010. A virus-like particle vaccine for epidemic Chikungunya virus protects nonhuman primates against infection. Nat Med. 2010; 16(3):334-8.
11. Mallilankaraman K, Shedlock DJ,, Bao H, Kawalekar OU, Fagone P, Ramanathan AA, Ferraro B, Stabenow J, Vijayachari P, Sundaram SG, Muruganandam N, Sarangan G, Srikanth P, Khan AS, Lewis MG, Kim JJ, Sardesai NY, Muthumani K, Weiner DB. 2011 : A DNA vaccine against Chikungunya virus is protective in mice and induces neutralizing antibodies in mice and nonhuman primates. PLoS Negl Trop Dis.; 5(l):e928.
12. Edelman R, Tacket CO, Wasserman SS, Bodison SA, Perry JG, Mangiafico JA. 2001: Phase II safety and immunogenicity study of live Chikungunya virus vaccine TSI-GSD-218. Am J Trop Med Hyg. 2000; 62(6):681-5.
SEQUENCE LISTING <110> BHARAT BIOTECH INTERNATIONAL LIMITED <120> Vaccine compositions for Chikungunya Virus Infection <130> BBIL/CHK-II <140> IN/2067/CHE/2011 <141> 2011-06-17 <160> 20 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 3747 <212> DNA <213> Chikungunya virus <400> 1 atggagttca tcccaaccca aactttttac aataggaggt accagcctcg accctggact 60 ccgcgctcta ctatccaaat cattaggccc agaccgcgcc ctcagaggca agctgggcaa 120 cttgcccagc tgatctcagc agttaataaa ctgacaatgc gcgcggtacc ccaacagaag 180 ccacgcagga atcggaagaa taagaagcaa aagcaaaaac aacaggcgcc acaaaacaac 240 acaaatcaaa agaagcagcc acctaaaaag aaaccggctc aaaagaaaaa gaagccgggc 300 cgcagagaga ggatgtgcat gaaaatcgaa aatgattgta ttttcgaagt caagcacgaa 360 ggtaaggtaa caggttacgc gtgcctggtg ggggacaaag taatgaaacc agcacacgta 420 aaggggacca tcgataacgc ggacctggcc aaactggcct ttaagcggtc atctaagtat 480 gaccttgaat gcgcgcagat acccgtgcac atgaagtccg acgcttcgaa gttcacccat 540 gagaaaccgg aggggtacta caactggcac cacggagcag tacagtactc aggaggccgg 600 ttcaccatcc ctacaggtgc 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cgtggagtgt ttcaaaaaat tcgcatgcaa ccaagaatac 6300 tgggaagaat ttgctgccag ccctattagg ataacaactg agaatttagc aacctatgtt 6360 actaaactaa aagggccaaa agcagcagcg ctattcgcaa aaacccataa tctactgcca 6420 ctacaggaag taccaatgga taggttcaca gtagatatga aaagggacgt gaaggtgact 6480 cctggtacaa agcatacaga ggaaagacct aaggtgcagg ttatacaggc ggctgaaccc 6540 ttggcgacag catacctatg tgggattcac agagagctgg ttaggaggct gaacgccgtc 6600 ctcctaccca atgtacatac actatttgac atgtctgccg aggatttcga tgccatcata 6660 gccgcacact ttaagccagg agacactgtt ttggaaacgg acatagcctc ctttgataag 6720 agccaagatg attcacttgc gcttactgct ttgatgctgt tagaggattt aggggtggat 6780 cactccctgc tggacttgat agaggctgct ttcggagaga tttccagctg tcacctaccg 6840 acaggtacgc gcttcaagtt cggcgccatg atgaaatcag gtatgttcct aactctgttc 6900 gtcaacacat tgttaaacat caccatcgcc agccgagtgc tggaagatcg tctgacaaaa 6960 tccgcgtgcg cggccttcat cggcgacgac aacataatac atggagtcgt ctccgatgaa 7020 ttgatggcag ccagatgtgc cacttggatg aacatggaag tgaagatcat agatgcagtt 7080 gtatccttga aagcccctta cttttgtgga gggtttatac tgcacgatac tgtgacagga 7140 acagcttgca gagtggcaga cccgctaaaa aggcttttta aactgggcaa accgctagcg 7200 gcaggtgacg aacaagatga agatagaaga cgagcgctgg ctgacgaagt gatcagatgg 7260 caacgaacag ggctaattga tgagctggag aaagcggtat actctaggta cgaagtgcag 7320 ggtatatcag ttgtggtaat gtccatggcc acctttgcaa gctccagatc caacttcgag 7380 aagctcagag gacccgtcat aactttgtac ggcggtccta aataggtacg cactacagct 7440 acctattttg cagaagccga cagcaagtat ctaaacacta atcagctaca atggagttca 7500 tcccaaccca aactttttac aataggaggt accagcctcg accctggact ccgcgctcta 7560 ctatccaaat catcaggccc agaccgcgcc ctcagaggca agctgggcaa cttgcccagc 7620 tgatctcagc agttaataaa ctgacaatgc gcgcggtacc ccaacagaag ccacgcagga 7680 atcggaagaa taagaagcaa aagcaaaaac aacaggcgcc acaaaacaac acaaatcaaa 7740 agaagcagcc acctaaaaag aaaccggctc aaaagaaaaa gaagccgggc cgcagagaga 7800 ggatgtgcat gaaaatcgaa aatgattgta ttttcgaagt caagcacgaa ggtaaggtaa 7860 caggttacgc gtgcctggtg ggggacaaag taatgaaacc agcacacgta aaggggacca 7920 tcgataacgc ggacctggcc 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ccaaaagggg aaactctgac ggtgggattc actgacagta 8820 ggaagattag tcattcatgt acgcacccat ttcaccacga ccctcctgtg ataggtcggg 8880 aaaaattcca ttcccgaccg cagcacggta aagagctacc ttgcagcacg tacgtgcaga 8940 gcaccgccgc aactaccgag gagatagagg tacacatgcc cccagacacc cctgatcgca 9000 cattaatgtc acaacagtcc ggcaacgtaa agatcacagt caatggccag acggtgcggt 9060 acaagtgtaa ttgcggtggc tcaaatgaag gactaacaac tacagacaaa gtgattaata 9120 actgcaaggt tgatcaatgt catgccgcgg tcaccaatca caaaaagtgg cagtataact 9180 cccctctggt cccgcgtaat gctgaacttg gggaccgaaa aggaaaaatt cacatcccgt 9240 ttccgctggc aaatgtaaca tgcagggtgc ctaaagcaag gaaccccacc gtgacgtacg 9300 ggaaaaacca agtcatcatg ctactgtatc ctgaccaccc aacactcctg tcctaccgga 9360 atatgggaga agaaccaaac tatcaagaag agtgggtgat gcataagaag gaagtcgtgc 9420 taaccgtgcc gactgaaggg ctcgaggtca cgtggggcaa caacgagccg tataagtatt 9480 ggccgcagtt atctacaaac ggtacagccc atggccaccc gcatgagata attctgtatt 9540 attatgagct gtaccctact atgactgtag tagttgtgtc agtggccacg ttcatactcc 9600 tgtcgatggt gggtatggca gcggggatgt gcatgtgtgc acgacgcaga tgcatcacac 9660 cgtatgaact gacaccagga gctaccgtcc ctttcctgct tagcctaata tgctgcatca 9720 gaacagctaa agcggccaca taccaagagg ctgcgatata cctgtggaac gagcagcaac 9780 ctttgttttg gctacaagcc cttattccgc tggcagccct gattgttcta tgcaactgtc 9840 tgagactctt accatgctgc tgtaaaacgt tggctttttt agccgtaatg agcgtcggtg 9900 cccacactgt gagcgcgtac gaacacgtaa cagtgatccc gaacacggtg ggagtaccgt 9960 ataagactct agtcaataga cctggctaca gccccatggt attggagatg gaactactgt 10020 cagtcacttt ggagccaaca ctatcgcttg attacatcac gtgcgagtac aaaaccgtca 10080 tcccgtctct gtacgtgaag tgctgcggta cagcagagtg caaggacaaa aacctacctg 10140 actacagctg taaggtcttc accggcgtct acccatttat gtggggcggc gcctactgct 10200 tctgcgacgc tgaaaacacg cagttgagcg aagcacatgt ggagaagtcc gaatcatgca 10260 aaacagaatt tgcatcagca tacagggctc ataccgcatc tgcatcagct aagctccgcg 10320 tcctttacca aggaaataac atcactgtaa ctgcctatgc aaacggcgac catgccgtca 10380 cagttaagga cgccaaattc attgtggggc caatgtcttc agcctggaca cctttcgaca 10440 acaaaattgt ggtgtacaaa ggtgacgtct ataacatgga ctacccgccc tttggcgcag 10500 gaagaccagg acaatttggc gatatccaaa gtcgcacacc tgagagtgaa gacgtctatg 10560 ctaatacaca actggtactg cagagaccgg ctgcgggtac ggtacacgtg ccatactctc 10620 aggcaccatc tggctttaag tattggctaa aagaacgcgg ggcgtcactg cagcacacag 10680 caccatttgg ctgccaaata gcaacaaacc cggtaagagc ggtgaactgc gccgtaggga 10740 acatgcccat ctccatcgac ataccggaag cggccttcac tagggtcgtc gacgcgccct 10800 ctttaacgga catgtcgtgc gaggtaccag cctgcaccca ttcctcagac tttgggggcg 10860 tcgccattat taaatatgca gccagcaaga aaggcaagtg tgcggtgcat tcgatgacta 10920 acgccgtcac tattcgggaa gctgagatag aagttgaagg gaattctcag ctgcaaatct 10980 ctttctcgac ggccttagcc agcgccgaat tccgcgtaca agtctgttct acacaagtac 11040 actgtgcagc tgagtgccac cccccgaagg accacatagt caactacccg gcgtcacata 11100 ccaccctcgg ggtccaggac atctccgcta cggcgatgtc atgggtgcag aagatcacgg 11160 gaggtgtggg actggttgtt gctgttgccg cactgattct aatcgtggtg ctatgcgtgt 11220 cgttcagcag gcac 11234

Claims (12)

  1. 캡시드, E1, E2 또는 E3 구조 당단백질에 Aedes aegypti에 대한 바이러스의 적응을 증강하고 Aedes albopictus를 감염할 수 있는 하나 이상의 돌연변이를 가지는 불활성 치쿤구니야 바이러스 균주의 안정한 백신 조성물로서, 여기서 치쿤구니야 바이러스 분리주의 균주는 각각 서열번호 1 내지 서열번호 6에 기술된 뉴클레오티드 서열과 각각 서열번호 15 내지 서열번호 20에 기술된 대응 전장 게놈 RNA 서열을 함유하는 TN01610, TN15110, TN06210, TN06310, TN06410 및 AP0109에서 선택되는 것인, 백신 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 치쿤구니야 바이러스 균주가 E1 구조 당당백질 내의 E1-K211E에 상응하는 구조 다단백질 내 비동의(non-synonymous) 돌연변이 K1020E를 단독으로 또는 치쿤구니야 바이러스의 구조 다단백질 서열의 A232V, D301N, K327N, G380R, K391E, V589A, P867L, G1004R, 및 A1035V에서 선택된 다른 돌연변이들과 조합하여 갖는, 백신 조성물.
  3. 제1항에 있어서, 치쿤구니야 바이러스 분리주가 각각 뉴클레오티드 서열번호 1 내지 서열번호 6에 상응하는 서열번호 8 내지 서열번호 13에 기술된 구조 다단백질 서열을 갖는 것인, 치쿤구니야 바이러스 감염에 대한 백신으로서 사용하기 위한 백신 조성물.
  4. 제1항에 있어서, 치쿤구니야 바이러스가 하기 방법 (ⅰ) 내지 (ⅴ) 중 어느 하나에 의해 불활성화된 것인, 백신 조성물:
    (ⅰ) 45 ℃ 내지 60 ℃에서 30분 내지 4시간 동안 열 불활성화;
    (ⅱ) 254 nm에서 30분 내지 120분 동안 자외선 조사;
    (ⅲ) 2 ℃ 내지 8 ℃에서 7일 동안 또는 20 ℃ 내지 25 ℃ 범위의 주위온도에서 2일 동안 최대 1:3000 (포르말린:바이러스)의 비율로 포르말린 처리;
    (ⅳ) 2 ℃ 내지 8 ℃에서 7일 동안 또는 20 ℃ 내지 25 ℃ 범위의 주위온도에서 2일 동안 최대 1:1000 내지 1:2500 (BPL:바이러스)의 비율로 베타 프로피오락톤 처리; 및
    (ⅴ) 바이러스 샘플을 60Co 광원으로부터의 1O kGy (Kilo Gray) 내지 25 kGy의 선량에 노광하는 감마선 조사,
    상기 방법 (ⅰ) 내지 (ⅴ)에는 글리신, 만니톨, 소르비톨, 슈크로스 및 트레할로스로 구성된 그룹 중에서 선택되는 첨가제가 사용될 수 있다.
  5. 제1항에 있어서, a) 수산화알루미늄, b) 인산알루미늄, c) 감마 이눌린, d) 알감무린(algammulin)(수산화알루미늄과 감마 이눌린의 조합), e) 오일 중 콜레칼시페롤, f) 10 mM 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85를 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM1, g) 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85, 알파 토코페롤을 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM2, h) 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85, 콜레칼시페롤을 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM3에서 선택된 보조제를 추가로 포함하는 백신 조성물.
  6. 제1항에 있어서, 40 mM 인산염 완충액 및 150 mM NaCl 중에 인간 투약 당 1 μg 내지 100 μg 범위 용량의 바이러스 항원을 추가로 포함하는 백신 조성물.
  7. 제1항에 있어서, 치쿤구니야 바이러스로 유발된 감염을 예방, 치료 및 진단하기 위한 치료학적 활성성분으로서 사용하여 치쿤구니야 바이러스의 유전자형 변이체 또는 돌연변이체에 대해 면역반응을 부여할 수 있는 백신 조성물.
  8. 제1항에 있어서, 백신 조성물을 인간에게 근육내, 피내, 피하, 정맥내, 경구 또는 비강내에서 선택된 경로를 통해 투여하는 것을 포함하는, 치쿤구니야 바이러스 감염에 대해 인간의 방어적 면역반응을 유도하는데 사용하기 위한 백신 조성물.
  9. 구조 다단백질 유전자가 서열번호 1 내지 6에 기술된 서열을 갖고 그의 번역된 단백질이 서열번호 8 내지 13에 기술된 서열을 갖는 것인, 인간의 치쿤구니야 바이러스 감염 검출용 면역진단제로서 사용하기 위한 치쿤구니야 바이러스 분리주.
  10. 캡시드, E1, E2 또는 E3 구조 당단백질에 Aedes aegypti에 대한 바이러스의 적응을 증강하고 Aedes albopictus를 감염할 수 있는 하나 이상의 돌연변이를 가지는 균주로부터 유래되고 치쿤구니야 바이러스 분리주의 균주는 각각 서열번호 1 내지 서열번호 6에 기술된 뉴클레오티드 서열과 각각 서열번호 15 내지 서열번호 20에 기술된 대응 전장 게놈 RNA 서열을 함유하는 TN01610, TN15110, TN06210, TN06310, TN06410 및 AP0109에서 선택되는, 불활성 치쿤구니야 바이러스 항원,
    일본 뇌염바이러스(Japanese Encephalitis) 전체 비리온 항원, 및
    a) 수산화알루미늄, b) 인산알루미늄, c) 감마 이눌린, d) 알감무린(수산화알루미늄과 감마 이눌린의 조합), e) 오일 중 콜레칼시페롤, f) 10 mM 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85를 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM1, g) 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85, 알파 토코페롤을 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM2, h) 인산염-시트르산염 완충액 중 스쿠알렌, 트윈-80, Span-85, 콜레칼시페롤을 함유하는 수중유 에멀젼 OWEM3에서 선택된 보조제,
    를 포함하는, 인간의 치쿤구니야 바이러스 및 일본 뇌염바이러스 감염에 대한 방어적 면역반응을 유도하는 방법에 사용하기 위한, 조합된 백신 조성물.
  11. 삭제
  12. 삭제
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102016668B1 (ko) 2018-12-19 2019-08-30 주식회사 엠디헬스케어 치쿤군야 바이러스 e2에 특이적으로 결합하는 dna 압타머 및 이의 용도
KR102202082B1 (ko) 2019-09-25 2021-01-11 충북대학교 산학협력단 치쿤군야 바이러스의 외피단백질 도메인 ⅱ에 대해 특이적으로 결합하는 단일클론항체, 이를 생산하는 하이브리도마 세포주 및 이의 용도

Families Citing this family (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA2863695C (en) 2012-02-16 2023-01-17 Vlp Therapeutics, Llc Virus like particle composition
TWI676636B (zh) 2013-07-12 2019-11-11 Ｖｌｐ醫療股份有限公司 包含ｐｄ－１抗原或ｐｄ－１配體抗原的類病毒粒子
TWI720946B (zh) 2014-08-08 2021-03-11 美商Ｖｌｐ醫療股份有限公司 包含改質套膜蛋白質ｅ３之類病毒粒子
US10385101B2 (en) 2014-08-08 2019-08-20 Vlp Therapeutics, Llc Virus like particle comprising modified envelope protein E3
CA2960102C (en) 2014-09-11 2023-10-24 Vlp Therapeutics, Llc Flavivirus virus like particle
EA035921B1 (ru) * 2015-07-16 2020-08-31 Бхарат Байотек Интернэшнл Лимитед Вакцинные композиции для профилактики арбовирусных инфекций
US20190054161A1 (en) * 2016-01-13 2019-02-21 United States, As Represented By The Secretary Of The Army Inactivated vaccine for chikungunya virus
CN105906694B (zh) * 2016-05-05 2019-05-14 中国人民解放军军事医学科学院微生物流行病研究所 基孔肯亚病毒特异性检测抗原及其应用
WO2017201579A1 (en) * 2016-05-27 2017-11-30 Griffith University Arthrogenic alphavirus vaccine
KR101875055B1 (ko) * 2016-10-19 2018-07-06 연세대학교 원주산학협력단 융합 단백질 및 그의 용도
WO2018074884A1 (ko) * 2016-10-20 2018-04-26 연세대학교 원주산학협력단 재조합 단백질 및 그의 용도
KR102007203B1 (ko) * 2016-10-20 2019-08-05 연세대학교 원주산학협력단 융합 단백질 및 그의 용도
CA3073234A1 (en) * 2017-09-21 2019-03-28 Valneva Se Method of producing pharmaceutical compositions comprising immunogenic chikungunya virus chikv-delta5nsp3
MY194449A (en) 2017-11-03 2022-11-30 Takeda Vaccines Inc Zika vaccines and immunogenic compositions, and methods of using the same
WO2019148086A1 (en) * 2018-01-26 2019-08-01 The Wistar Institute Of Anatomy And Biology Vaccines against mosquito-borne viruses, and methods of using same
CN109536464B (zh) * 2018-12-10 2022-06-10 中国科学院武汉病毒研究所 一种缺失衣壳蛋白基因的基孔肯雅病毒感染性克隆及构建方法和在制备减毒疫苗中的应用
CN116802282A (zh) * 2020-07-31 2023-09-22 复制生物科学公司 经修饰的基孔肯雅病毒和辛德毕斯病毒及其用途
CN117771353A (zh) * 2024-02-27 2024-03-29 中国医学科学院医学生物学研究所 一种以包膜蛋白为靶标的基孔肯雅病毒的mRNA疫苗及其制备方法

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008026225A2 (en) 2006-09-01 2008-03-06 Bharat Biotech International Limited A vaccine for chikungunya virus infection

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008030220A2 (en) * 2005-08-11 2008-03-13 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Chikungunya virus infectious clones and uses thereof
JP2009149583A (ja) * 2007-12-21 2009-07-09 National Institute Of Biomedical Innovation フラビウイルス感染症ワクチンおよびフラビウイルス感染症ワクチン用アジュバント
EP3613761A1 (en) * 2008-11-26 2020-02-26 Government of the United States of America, as represented by the Secretary, Department of Health and Human Services Virus like particle compositions and methods of use

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2008026225A2 (en) 2006-09-01 2008-03-06 Bharat Biotech International Limited A vaccine for chikungunya virus infection

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR102016668B1 (ko) 2018-12-19 2019-08-30 주식회사 엠디헬스케어 치쿤군야 바이러스 e2에 특이적으로 결합하는 dna 압타머 및 이의 용도
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