KR101676089B1 - 폐암환자의 예후진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예측방법 - Google Patents

Abstract

본 발명은 폐암 환자의 예후 진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예측방법에 관한 것으로, 더 상세하게는 8개의 폴리뉴클레오티드(CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D, ADAMTSL3)의 다형성을 이용하여 폐암 환자의 예후를 진단하기 위한 바이오 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예층방법에 관한 것이다.
본 발명은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성에 근거하여 폐암 수술 후 예후를 종합적으로 진단하는 폐암 예후 진단용 마커를 제공함으로써, 폐암 환자의 유전적 소인에 적합한 개인별 맞춤의학의 도구로 유용하게 활용이 가능할 것이다.

Description

폐암환자의 예후진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예측방법{Polymorphism biomarker for predicting prognosis in lung cancer patients and the method for predicting prognosis using the same}

본 발명은 폐암 환자의 예후진단용 다형성 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예측방법에 관한 것으로, 더 상세하게는 8개의 폴리뉴클레오티드(CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D, ADAMTSL3)의 다형성을 이용하여 폐암 환자의 예후를 진단하기 위한 바이오 마커 및 이를 이용한 폐암 예후 예층방법에 관한 것이다.

폐암은 암으로 인한 사망의 30%를 차지할 정도로 치명적인 질환이다. 폐암 중에서도 75% 이상을 차지하는 폐암이 비소세포 폐암(non-small cell lung cancer, NSCLC)인데, 비소세포 폐암의 경우 평균 5년 생존율이 15%에 해당하여 생존률이 매우 낮은 것으로 나타난다. 이처럼 폐암의 생존률이 낮은 이유는, 상당수의 환자에서 절제 불가능한 종양이 발견되기 때문인데, 이러한 환자에게 시행되는 가장 좋은 치료법으로는 근치적 절제술이 있으나 근치적 절제술을 행하여도 5년 이내 재발 비율이 40%에 달하는 것으로 확인되고 있다.

현재 폐암 환자의 예후를 예측하기 위한 방법으로 수술 후 세포를 통해 병리학적으로 진단하는 병리학적 병기(pathologic staging)를 활용하고 있지만, 같은 병기의 환자에서도 폐암의 재발과 환자의 생존률에는 상당한 차이가 발생하고 있다. 이는 폐암을 조기에 진단하기 위한 적절한 진단방법과 선별검사의 부족에 기인한 것으로, 효과적인 조기 진단 방법과 맞춤 진단 방법의 개발이 폐암 환자의 생존률을 높이기 위한 중요한 도구가 될 것이다. 즉, 폐암 환자를 정확히 진단하고 치료법에 따른 예후를 예측하여 각 환자에 따른 적절한 치료법을 적용함으로써 폐암 환자의 수술 후 재발 비율을 낮추고, 생존률을 높일 수 있는데, 이를 위하여 활용할 수 있는 주요한 수단 중 하나가 바이오 마커이다. 바이오 마커는 수술 후 환자에 따라 적절한 항암화학요법을 선별하여 적용하기 위한 중요한 맞춤 진단 방법의 수단이다.

유전적 변이나 후성학적 변화의 축적으로 인해 발생되는 암은 다음과 같은 6가지 발달 단계를 거쳐 생성된다. 1) 성장 신호의 자급자족(Self-sufficiency in growth signals) 2) 성장 억제 신호에 대한 둔감화(Insensitivity to anti-growth signals) 3) 세포사 회피(Evading Apoptosis) 4) 무한 증식력(Limitless Replicative Potential) 5) 지속적인 혈관생성(Sustained Angiogenesis) 6 침윤과 전이(Tissue Invasion and Metastasis). 이와 같은 암의 발생 과정에서 중요한 역할을 하는 후보유전자의 다형성(polymorphism)은 암 발생에 대한 감수성과 상당한 상관관계가 있을 것으로 예측되는데, 여러 유전학적 연관성 연구에서는 일부의 단일염기 다형성이 유전자의 발현량 또는 효소 활성과 같은 유전자의 기능을 조절하여 폐암을 포함한 종양 형성 및 다양한 암의 위험인자로 작용할 수 있음을 보고하고 있다. 따라서, 이러한 질병과 연관도가 높은 감수성 유전적 변이를 폐암 환자들에 대한 예후 인자로 이용할 경우, 치료법의 선발과 평가, 치료의 표적화, 예후의 평가 등을 통하여 폐암 환자에 따른 맞춤 치료가 가능할 것으로 기대되고 있다. 이에 폐암 환자의 예후를 예측할 수 있는 분자 마커를 동정하기 위한 집중적인 연구가 국내외적으로 실시되고 있으나, 아직까지 뚜렷한 연구 결과는 없는 실정이다.

이에 본 발명자들은 암 발생 과정에 관여하는 유전자들의 다형성이 폐암의 예후와 상관관계가 있을 수 있다는 점에 착안하여, 암 관련 유전자들의 다형성들과 초기 비소세포폐암 수술 후 예후와의 연관성을 연구함으로써 본 발명을 완성하였다.

대한민국 공개특허 제10-2007-0111302호

본 발명의 목적은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 조성물 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 폐암 예후 진단용 키트를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성 부위를 포함하는 폐암 예후 진단용 마이크로어레이를 제공하는 것이다.

본 발명의 또 다른 목적은 상기 폐암 예우 진단용 마커를 이용하여 폐암의 예후를 진단하는 방법 및 판단하는 방법을 제공하는 것이다.

상기와 같은 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다.

본 발명의 일실시예에 있어서, 상기 폐암은 편평상피암, 선암 및 소세포암으로 이루어진 군에서 선택된 것일 수 있다.

또한 본 발명은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T 또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 조성물을 제공한다.

또한 본 발명은 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 폐암 예후 진단용 키트를 제공한다.

본 발명의 일실시예에 있어서, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 9 및 서열번호 10; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 11 및 서열번호 12; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 13 및 서열번호 14; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 15 및 서열번호 16; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 17 및 서열번호 18; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 19 및 서열번호 20; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 21 및 서열번호 22; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 23 및 서열번호 24일 수 있다.

또한 본 발명은 상기 폴리뉴클레오티드를 포함하는 폐암 예후 진단용 마이크로어레이를 제공한다.

또한 본 발명은 폐암 예후 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 환자의 시료로부터 염기서열 분석을 통하여 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성, 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성, 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성, 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성, 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성, 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성, 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성으로 이루어진 군에서 어느 하나의 다형성을 검출하는 방법을 제공한다.

또한 본 발명은 서열번호 1의 301번째 염기의 유전자형이 GG인 경우 1점, GA인 경우 2점, AA인 경우 3점; 서열번호 2의 280번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점; 서열번호 3의 251번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG 또는 GG인 경우 3점; 서열번호 4의 435번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TC인 경우 2점, CC인 경우 3점; 서열번호 5의 501번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 6의 172번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 7의 501번째 염기의 유전자형이 TT 또는 CT인 경우 1점, CC인 경우 3점; 서열번호 8의 501번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점으로 한 위험도 지수 평가표에 따라, 환자의 시료로부터 서열번호 1 내지 서열번호 8의 유전자형을 분석한 후 위험도 지수를 총합하여 위험도 지수의 총합이 8점 내지 13점까지는 저위험군으로 판단하고, 위험도 지수의 총합이 14 내지 20점까지는 고위험군으로 판단하는 폐암환자의 수술 후 예후를 진단하는 방법을 제공한다.

본 발명은 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3의 다형성에 근거하여 폐암 수술 후 예후를 종합적으로 진단하는 폐암 예후 진단용 마커를 제공함으로써, 폐암 환자의 유전적 소인에 적합한 개인별 맞춤의학의 도구로 유용하게 활용이 가능할 것이다.

본 발명은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다.

보다 구체적으로, 본 발명은

1) 서열번호 1의 301번째 염기(CD3EAP 유전자의 전사시작점으로부터 +468번째 염기)가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. CD3EAP 유전자는 Genebank accession No. NT_011109.16로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 Genebank accession No. NT_011109.16 서열 중 18177852-18178452 서열을 서열번호 1로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs967591 G/A'로 명명한다.

2) 서열번호 2의 280번째 염기(TNFRSF10B 유전자의 전사시작점으로부터 +26000번째 염기, TNFRSF10B 유전자의 67번째 아미노산 코돈을 지정하는 염기)가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. TNFRSF10B 유전자는 Genebank accession No. NG_012145.1로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 Genebank accession No. NG_012145.1 서열 중 30721-31320서열을 서열번호 2로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs1047266 C/T'로 명명한다.

3) 서열번호 3의 251번째 염기(AKT1 유전자의 전사시작점으로부터 -7699번째 염기)가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. AKT1 유전자는 Geebank accession No. AL590327.3로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 AL590327.3 서열 중 20447 - 20947 서열을 서열번호 3으로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs3803300 A/G'로 명명한다.

4) 서열번호 4의 435번째 염기(C3 유전자의 엑손 22의 전사종결점으로부터 +7번째 염기)가 T 또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. C3 유전자는 Genebank accession No. AY513239.1로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 AY513239.1 서열 중 25642-26576 서열을 서열번호 4로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs2287845 T/C'로 명명한다.

5) 서열번호 5의 501번째 염기(HOMER2 유전자의 전사시작점으로부터 99659번째 염기, 엑손 7의 전사시작점으로부터 -814번째 염기)가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. HOMER2 유전자는 Genebank accession No. AC022558.9로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 AC022558.9 서열 중 169350번 ~ 170671 서열을 서열번호 5로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs1256428 A/G'로 명명한다.

6) 서열번호 6의 172번째 염기(GNB2L1 유전자의 전사시작점으로부터 -123째 염기)가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. GNB2L1 유전자는 Genebank accession No. NT_023133로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 NT_023133 서열 중 234061-234600 서열을 서열번호 6으로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs3756585 T/G '로 명명한다.

7) 서열번호 7의 501번째 염기(CD3D 유전자의 전사시작점으로부터 -610번째 염기)가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. CD3D 유전자는 Genebank accession No. NG_009891.1 로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 NG_009891.1 서열 중 3893-5100 서열을 서열번호 7로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs3181259 C/T'로 명명한다.

8) 서열번호 8의 501번째 염기(ADAMTSL3 유전자의 전사시작점으로부터 243707번째, ADAMTSL3 유전자의 엑손 14의 전사시작점으로부터 -66번째 염기)가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마커를 제공한다. ADAMTSL3 유전자는 Genebank accession No. NT_077661.3로 공지되어 있으며, 본 발명에서는 상기 NT_077661.3 서열 중 1686399 - 1687399 서열을 서열번호 8로 나타내었다. 한편, 상기의 다형성 부위를 'rs11259927 C/T'로 명명한다.

본 발명에서 용어 진단은 질병 발생의 예측 및 질병 발생위험도를 결정하거나 도출시키는데 사용되는 모든 유형의 분석을 포함한다. 본 발명에 따른 진단용 마커는 폐암 특히, 편평상피암, 선암, 소세포암(small cell carcinoma)을 특이적으로 진단할 수 있다. 본 발명에서 용어 다형성(polymorphism)이란 유전학적으로 결정된 집단 내에서 2 이상의 대체적 서열 또는 대립형질의 발생을 의미한다.

본 발명자들은 유전자칩(genechip)을 이용하여 발굴한 6개의 다형성과 폐암 위험도와 연관 있는 11개의 다형성의 총 17개의 다형성 중 폐암 환자의 전체생존 및 무병생존과 통계적으로 유의하게 상관관계가 있는 CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 또는 ADAMTSL3 유전자의 다형성을 발굴하였다. 폐암 예후에 관여하는 유전자의 다형성과 위험도의 관계는 discovery cohort 및 validation cohort를 통해 평가하였으며, discovery cohort는 근치적 절제술 후 초기 비소세포폐암 환자(병리학적 병기I, II, 또는 IIIA_micro-invasive N2)로 판정된 166명을 대상으로 하였고, validation cohort는 경북대 병원으로부터 334례, 서울대 병원으로부터 307례, 그리고 서울대 분당병원에서 173례를 합하여 전체 814명의 환자를 대상으로 연구하였다.

그 결과, CD3EAP, TNFRSF10B, AKT1, C3, HOMER2, GNB2L1, CD3D 및 ADAMTSL3의 다형성이 폐암 예후 진단과 유의적인 상관관계가 있는 것으로 나타났다(표 4 참조). 또한, 폐암 예후를 진단하는데 있어서, CD3EAP의 G/A, TNFRSF10B의 C/T, AKT1의 A/G, C3의 T/C, HOMER2의 A/G, GNB2L1의 T/G, CD3D의 C/T 및 ADAMTSL3의 C/T 다형성의 상관관계를 분석한 결과, CD3EAP의 경우 GG<GA<AA의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하는 것으로 나타났고, TNFRSF10B의 경우 CCCT<TT의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하는 것으로 나타났으며, AKT1의 경우 AA<AGGG의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하였고, C3의 경우 TT<TC<CC 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하였으며, HOMER2의 경우 AA<AG<GG의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하였고, GNB2L1의 경우 TT<TG<GG의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하였다. 또한, CD3D의 경우 TTTC<CC의 순으로, ADAMTSL3의 경우 CCCT<TT의 순으로 폐암 예후의 위험도가 증가하는 것으로 나타났다(표 5, 표 6 참조). 따라서, 상기 결과들로부터 본 발명의 마커가 폐암의 예후를 예측하는데 유용하게 사용될 수 있음을 알 수 있었다.

본 발명은 또한 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T 또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 조성물을 제공한다

상기 다형성은 고-위험 유전자형이 없는 경우 다른 조합에 비해 폐암 예후의 위험도가 현저히 감소하고, 고-위험 유전자형을 많이 갖는 조합일수록 폐암 예후의 위험도가 유의하게 높게 나타나는 것으로 확인되었다. 따라서, 상기 고-위험 유전자형의 수를 분석함으로써 폐암 예후의 위험도를 진단할 수 있다.

본 발명은 또한, 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드로 이루어진 군에서 선택된 어느 하나 이상의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 폐암 예후 진단용 키트.를 제공한다.

상기 키트에서 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 9 및 서열번호 10; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 11 및 서열번호 12; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 13 및 서열번호 14; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 15 및 서열번호 16; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 17 및 서열번호 18; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 19 및 서열번호 20; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 21 및 서열번호 22; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 23 및 서열번호 24인 것이 바람직하다.

본 발명은 또한, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 군에서 선택된 하나 이상의 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐암 예후 진단용 마이크로어레이를 제공한다.

상기 마이크로어레이는 DNA 또는 RNA 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것일 수 있다. 상기 마이크로어레이는 본 발명의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 것을 제외하고는 통상적인 마이크로어레이로 이루어진다.

프로브 폴리뉴클레오티드를 기판 상에 고정화하여 마이크로어레이를 제조하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 프로브 폴리뉴클레오티드는 혼성화할 수 있는 폴리뉴클레오티드를 의미하는 것으로, 핵산의 상보성 가닥에 서열 특이적으로 결합할 수 있는 올리고뉴클레오티드를 의미한다. 이러한 프로브에는 Nielsen 등, Science 254, 1497-1500(1991)에 기재된 펩티드 핵산을 포함한다. 본 발명의 프로브는 대립형질 특이적 프로브로서, 같은 종의 두 구성원으로부터 유래한 핵산 단편 중에 다형성 부위가 존재하여, 한 구성원으로부터 유래한 DNA 단편에는 혼성화하나, 다른 구성원으로부터 유래한 단편에는 혼성화하지 않는다. 이 경우 혼성화 조건은 대립형질간의 혼성화 강도에 있어서 유의한 차이를 보여, 대립형질 중 하나에만 혼성화하도록 충분히 엄격해야 한다. 이렇게 함으로써 다른 대립형질성 형태 간에 좋은 혼성화 차이를 유발할 수 있다. 여기서, 혼성화란 엄격한 조건, 예를 들면 1M 이하의 염 농도 및 25 이상의 온도하에서 보통 수행될 수 있다. 예를 들면, 5xSSPE (750 mM NaCl, 50 mM Na Phosphate, 5 mM EDTA, pH 7.4) 및 25~30 의 조건이 대립형질 특이적 프로브 혼성화에 적합할 수 있다.

본 발명의 폐암과 연관된 프로브 폴리뉴클레오티드의 기판 상에 고정화하는 과정도 또한 이러한 종래 기술을 사용하여 용이하게 제조할 수 있다. 또한, 마이크로어레이 상에서의 핵산의 혼성화 및 혼성화 결과의 검출은 당업계에 잘 알려져 있다. 상기 검출은 예를 들면, 핵산 시료를 형광 물질 예를 들면 Cy3 및 Cy5와 같은물질을 포함하는 검출가능한 신호를 발생시킬 수 있는 표지 물질로 표지한 다음, 마이크로어레이 상에 혼성화하고 상기 표지 물질로부터 발생하는 신호를 검출함으로써 혼성화 결과를 검출할 수 있다.

본 발명은 또한, 폐암 예후를 예측 및 판단하는 방법을 제공한다

보다 구체적으로,

a) 검체로부터 핵산시료를 수득하는 단계;

b) 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭하는 단계

c) 상기 b) 단계에서 증폭된 폴리뉴클레오티드의 유전자형에 따라 고위험군 또는 저위험군으로 판별하는 단계를 포함하는 폐암 예후 예측 및 판단 방법을 제공한다.

본 발명에서 용어 '고위험군'이란 폐암 수술 후 전체생존 또는 무병생존할 확률이 낮은 환자군을 의미하며, 저위험군 이란 폐암 수술 후 전체생존 또는 무병생존할 확률이 높은 환자군을 의미한다.

본 발명에서 용어 '다형성 부위(polymorphic site)'란 다형성 서열 중 단일염기 다형이 일어나는 부위를 말한다

상기 a)단계의 검체로부터 핵산을 얻는 단계는 통상의 DNA 분리방법에 의하여 수행될 수 있다. 상기 b)단계의 다형성 부위를 증폭하는 단계는 통상의 방법으로 수행될 수 있다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR) (Wu 및 Wallace, Genomics 4,560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification) (Kwoh 등, Proc. Natl.Acad. Sci. USA 86, 1173(1989)) 및 자가유지 서열 복제 (Guatelli 등, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭 (NASBA)이 사용될 수 있다. 상기 방법 중 c)단계의 판별은 시퀀싱 분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allele-specific hybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCRRFLP 분석 또는 TaqMan 기법에 의하여 수행될 수 있다.

상기 c)단계의 고위험군과 저위험군을 판결하는 단계는 서열번호 1의 301번째 염기의 유전자형이 GG인 경우 1점, GA인 경우 2점, AA인 경우 3점; 서열번호 2의 280번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점; 서열번호 3의 251번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG 또는 GG인 경우 3점; 서열번호 4의 435번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TC인 경우 2점, CC인 경우 3점; 서열번호 5의 501번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 6의 172번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 7의 501번째 염기의 유전자형이 TT 또는 CT인 경우 1점, CC인 경우 3점; 서열번호 8의 501번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점으로 한 위험도 지수 평가표에 따라, 환자의 시료로부터 서열번호 1 내지 서열번호 8의 유전자형을 분석한 후 위험도 지수를 총합하여 위험도 지수의 총합이 8점 내지 13점까지는 저위험군으로 판단하고, 위험도 지수의 총합이 14 내지 20점까지는 고위험군으로 판단할 수 있다.

본 발명의 폐암 예후 예측 및 판단 방법은 편평상피암, 선암 및 소세포암에 대한 수술 후 예후를 예측 및 판단할 수 있다.

이하, 실시예를 통하여 본 발명을 더욱 상세히 설명하기로 한다. 이들 실시예는 단지 본 발명을 예시하기 위한 것이므로, 본 발명의 범위가 이들 실시예에 의해 제한되는 것으로 해석되지는 않는다.

< 실시예 1>

연구 대상의 선정 및 통계학적 분석

<1-1> 연구대상의 선정

본 실험에서는 암과 관련된 유전자의 다형성과 비소세포암 수술 후 예후와의 관계를 다기관 임상코호트를 통해 평가하였다. 경북대학교 병원에서 334례, 서울대 병원 307 례, 그리고 서울대분당병원에서 173 례를 합하여 전체 814명의 환자를 대상으로 하였다. 상기 환자들은 모두 한국인으로, 수술 전에 화학요법 또는 방사선요법을 받은 환자는 제외하였다. 폐암 환자의 조직학적 유형은 세계보건기구 분류에 따라 분류하였으며, 환자들은 369명(45.3%)의 편평상피암(squamous cell carcinomas, SQs) 환자, 414명(50.9%)의 선암(adenocarcinomas, ACs) 환자 및 31명(3.8%)의 대세포암(large cell carcinomas)으로 구성되었다. 종양의 병리학적 병기는 폐암 병기에 대한 국제 시스템(International System for Staging Lung Cancer)에 따라 결정하였으며, 환자들은 489명(60.1%)의 병기 제I기, 325명(39.9%)의 병기 제II기 및 제IIIA기(마이크로-침윤 N2)로 구성되었다. 수술 전 모든 환자들로부터 서면 동의서를 받았으며, 경북대학교 병원 및 서울대학교 병원의 임상시험심사위원회의 승인을 받았다.

<1-2> 통계분석

유전자형 및 병기 전체에 걸쳐 카테고리별 변수에 대한 2 테스트를 사용하여 인구통계학 및 임상학적 정보를 비교하였다. 적합도 검정(goodness-of-fit) 2 테스트를 사용하여 1 자유도(one degree of freedom)로 하디-웨인버그 평형(Hardy-Weinberg equilibrium)을 테스트하였다. 전체생존(Overall Survival, OS)을 수술한 날부터 어떤 원인으로 죽는 날까지 또는 마지막 추적 조사 날까지로 추정하였다. 무병생존(Disease-free Survival, DFS)을 수술한 날부터 어떤 원인으로 재발 또는 사망하는 날까지로 계산하였다. 생존 분석은 카프란-마이어(Kaplan-Meier) 방법을 사용하여 계산하였다. 전체 다른 유전자형에서 전체생존 또는 무병생존의 차이를 로그-순위 검정법(log-rank test)을 사용하여 비교하였다. 위험비(Hazard ratio, HR) 및 95% 신뢰구간(confidence intervals, CIs)을 다변량 콕스의 비례위험모형(multivariate Cox proportional hazards models)을 사용하여 계산하였고, 이를 연령(=64세 대 >64세), 성별(남자 대 여자), 흡연 상태(비흡연자 대 흡연경험자), 및 병리학적 병기(제I기 대 제II IIIA기)로 보정하였다. 모든 분석은 윈도우 프로그램을 위한 통계 분석 시스템 9.2 버전(Statistical Analysis System for Windows, version 9.2) (SAS Institute, 미국)을 사용하여 수행하였다.

< 실시예 2>

임상학적 및 병리학적 특징과 폐암 예후와의 상관관계 분석

본 발명에 의한 폐암 예후 진단용 바이오 마커 선정에 앞서 본 발명자들은 환자들의 임상학적 특징 및 병리학적 특징과 폐암 예후와의 상관관계를 분석하여 하기 표1에 나타내었다.

그 결과, 245명(30.1%)이 사망하였고, 모든 환자에 대해 계산한 전체 5년 생존(OS) 및 무병생존(DFS)은 각각 63.8%(95% CI = 59.5% ~ 67.7%) 및 45.6% (95% CI = 41.6% ~ 49.6%) 이었다. 단일변량 분석에 의해 병리학적 병기가 전체 생존(OS) 및 무병생존(DFS)과 유의적으로 연관되어 있다는 것을 알 수 있었다(모두 P<0.001).

< 실시예 3>

폐암 예후 진단을 위한 다형성 바이오 마커 선정

암과 관련된 경로에 관여하는 유전자들을 SABiobioscience (http:// sabiobiosciences.com) 및 DAVID Bioinformatics Resources 6.7 (http://david.abcc.ncifcrf.gov)을 통해 1,794 후보유전자들을 선정하였다. 선정한 후보 유전자들은 세포사멸 96개, 신생혈관생성 86개, 발암물질대사 38개, 유전체 안정성에 관여하는 유전자 34개, DNA손상신호와 회복에 관여하는 유전자 74개, 세포주기 관련유전자 65개, 성장인자 신호경로에 관여하는 유전자 69개 그리고 종양전이에 관여하는 유전자 42개 등을 포함하고 있는 것으로 확인되었다(표2 참조).

Pathway		Pathway
Apoptosis	96	Carcinogen metabolism	38
Angiogenesis	86	p53 signaling pathway	38
Cancer pathway	42	Signal transduction pathway	67
Cell cycle	65	Stem cell	142
DNA damage signaling and repair	74	Tumor metastasis	42
Drug Xeno genes	73	Wnt signal genes	13
Estrogen receptor signaling	77	XME genes	263
Genome stability	34	Cancer related gene	575
Growth factor	69

이렇게 선정한 유전자에서 데이터베이스(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ SNP) 를 이용하여 유전자기능에 영향을 줄 것으로 생각되는 프로모터 부위(~1.0kb), 엑손을 포함하여 엑손 주위 20 bp 내외 부위 그리고 5' 번역부위 및 3' 번역부위에 존재하는 잠재적 기능성을 가지는 다형성들을 선정하였다. 그리고 엑손부위에 존재하는 다형성들 가운데 아미노산 변화가 있는 다형성만 선정하였다.

위의 기준으로 선정한 다형성들을 HapMap의 일본인 유전자형 데이터(JPT)에서 소수 대립유전자의 빈도(MAF)가 5% 이상인 다형성만 선별하여 전체 4,226개의 다형성을 선정하였다. 이들 가운데 플랫폼에 제작된 1,980개의 다형성들을 유전자칩(GeneChip)을 이용하여 분석하였다.

유전자칩(genechip)을 이용하여 발굴한 6개의 다형성과 폐암 위험도와 연관 있는 11개의 다형성의 총 17개의 다형성 중 폐암 환자의 전체생존 및 무병생존과 통계적으로 유의하게 상관관계가 있는 8개의 다형성이 최종 선발되었다.

< 실시예 4>

PCR - RFLP 및 PCR 에 의한 유전자형 분석

환자의 시료로부터 다형성을 확인하기 위하여 게놈 DNA는 단백질 분해효소 K(Sigma-Aldrich)에 의한 절단과 페놀/클로로포름 추출법에 의해 말초혈액 림프구로부터 추출되었다. CD3EAP의 rs967591 G/A 다형성, TNFRSF10B의 rs1047266 C/T 다형성, AKT1의 rs3803300 A/G 다형성, C3의 rs2287845 T/C 다형성, HOMER2의 rs1256428 A/G 다형성, GNB2L1의 rs3756585 T/G 다형성, CD3D의 rs3181259 C/T 다형성, ADAMTSL3의 rs11259927 C/T 다형성의 유전자형은 하기와 같이, PCR-RFLP 어세이를 이용하여 확인하였다.

PCR-RFLP 어세이를 통한 8가지 다형성의 유전자형 조사를 위해 사용된 PCR 프라이머는 GenBank 참고서열에 바탕을 두고 제작하였으며, 각각의 다형성에 따른 유전자형 조사에 사용된 GenBank 참고서열, PCR 프라이머, PCR 반응 조건, 제한효소 및 제한효소처리 온도는 하기 표 3과 같다.

PCR 반응조성은 100 ng 게놈 DNA, 10 pM의 각각의 프라이머(서열번호 9 내지 24), 0.2 mM dNTP, 50 mM KCl, 10 mM Tris-HCl(pH 8.3), 1.5 mM MgCl2, 및 1 unit의 Taq 중합효소(Takara Shuzo Co., 일본)을 포함하는 전체 20 ul의 부피로 수행하였다. PCR 반응조건은 표 2에 기재된 프라미어 쌍을 각각 이용하여 주형을 94℃에서 5분 동안 변성시키고, 94℃에서 30초, 각 유전자마다 표 2에서 나타난 어닐링 온도에서 30초 및 72℃에서 30초간 36회 반응시키고, 72℃에서 10분간 연장시켜 반응을 종결하였다.

상기 수득한 PCR 산물을 하기 표 2에 기재된 각각의 제한효소로 처리하였다. 제한효소로 절단된 PCR 산물은 6% 아크릴라마이드 젤에 로딩하고 UV하에서 보이도록 EtBr(ethidium bromide)로 염색한 후 판독하였다. 시험자의 편견이 작용할 수 없도록 유전자형 조사는 시험자가 환자군인지 대조군인지 모르는 상태에서 시행하였으며, 정확한 결과를 도출하기 위해 시료의 약 10%는 임의로 다시 다른 시험자에 의해 유전자형을 조사하도록 하였다. 그 결과, 원래의 검사자가 시행한 분석결과와 100% 일치하였다.

유전자	다형성	GenBank Accession No.	rsID	PCR 프라이머	어닐링 온도	산물크기	제한효소	서열번호
CD3EAP	G/A	NT_011109.16	rs967591	F:GAT CCA CGT GGT CTG CAA CCT G	62	198	BstEI	9
				R:GCA AGT CCT GCT TGC AGG TAC G				10
TNFRSF10B	C/T	NG_012145.1	rs1047266	F:GGCACCCAATGCCTCTCTGTG	58	418	BsrBI	11
				R:TGCAGGTGTATGTTACTTGG				12
AKT1	A/G	AL590327.3	rs3803300	F:GGA AAG GAA GGC CCG CAA AC	56	213	BsmAI	13
				R:GAG TGC AGG TCT AGG AAG CC				14
C3	T/C	AY513239.1	rs2287845	F:GTA GCC GGA AGG AAT CAG AAT G	60	156	SalI	15
				R:CCC TAT CCT ACC TCA CTA AAC C				16
HOMER2	A/G	AC022558.9	rs1256428	F:GTG TCC TCG GTG CCC TTG AT	55	181	EcoRV	17
				R:ACC TGT GTG GAA CAG GGG TG				18
GNB2L1	T/G	NT_023133	rs3756585	F:GAT GGC ACT GGA TGG CTT AG	58	213	HpyCH4IV	19
				R:GAA GAC GGG ACT GTG ATG AC				20
CD3D	C/T	NG_009891.1	rs3181259	F: AGT GAG CAA GAC AGG CAT GA	58	208	BtsI	21
				R: GAT ATT TGC ATG GTG CCT CA				22
ADAMTSL3	C/T	NT_077661.3	rs11259927	F:CCCT TCC TTA CAT AAT ATT TG	53	254	Taq I	23
				R:CTT CTT TGA TGT GTA ACT TC				24

< 실시예 5>

바이오 마커 유전자형에 따른 폐암 예후와의 상관관계 분석

상기 실시예에서 발굴한 8개의 다형성 마커를 이용하여 다형성들의 유전자형에 따른 폐암 예후와의 상관관계를 분석해 보고자, 상기 8개의 다형성 마커에 따른 폐암 환자 중 전체생존 및 무병생존 환자의 비율을 확인해 보았다.

그 결과, 각 유전자의 다형성에 따른 로그 랭크 P값(log-rank P-value)을 하기 표 4에 기재하였다. 한편, 각 유전자의 다형성에 따른 전체생존 및 무병생존을 분석해 본 결과, CD3EAP 다형성의 경우 AA유전자형을 가진 환자군이 GG유전자형을 갖는 환자군에 비해 생존율이 낮았고(전체생존 위험비=1.97, P = 2 x 10^-4), TNFRSF10B 유전자의 다형성은 CC유전자형과 비교하여 TT유전형을 갖는 열성모델에서 현저하게 생존율이 낮은 것으로 확인되었다(전체생존 위험비=1.79, 95% 신뢰구간=1.20-2.67, P = 0.005 및 무병생존 위험비=1.63, 95% 신뢰구간=1.18-2.27, P = 0.003). 또한, AKT1 유전자 다형성의 경우 GG + AG 유전형을 가지는 우성모델에서 생존율이 낮은 것으로 나타났고(전체생존 위험비=1.28, P = 0.07), C3 유전자 다형성의 경우 CC유전자형을 갖는 환자군의 전체생존 및 무병생존의 위험비가 TT 유전자형을 가지는 환자군에 비해 매우 높았으며, 통계적으로 유의한 것으로 나타났다(전체생존 위험비=3.29, 95% 신뢰구간=1.62-6.70, P = 0.001 및 무병생존 위험비=2.73, 95% 신뢰구간=1.53-4.88, P = 0.001). 그리고 HOMER2 다형성은 AA 유전자형에 비해 GG 유전자형이 전체생존에서 위험도가 높은 것으로 나타났으며(전체생존 위험비=1.54, P = 0.02 ), GNB2L1 다형성의 경우 GG유전자형을 가진 환자군이 TT유전자형을 갖는 환자군에 비해 생존율이 낮았고(전체생존 위험비=1.68, P = 0.02), CD3D 다형성은 TT유전자형과 비교하여 CC유전자형을 갖는 환자군의 생존율이 낮은 것으로 나타났다. 또한, ADAMTSL3 다형성에서는 TT유전자형을 갖는 환자군이 CC유전자형을 가지는 환자군과 비교하여 생존율이 낮은 것으로 나타났다(표 5 참조).

< 실시예 6>

바이오 마커 조합에 따른 폐암 예후 분석

<6-1> 바이오 마커의 유전자형에 따른 위험도 지수 평가

본 발명자들은 바이오 마커의 조합에 따른 폐암 예후와의 상관관계를 분석해 보고자, 상기 실시예 5의 결과를 바탕으로 8개의 다형성의 위험도 지수를 표시해 보았다.

CD3EAP, C3, HOMER2, GNB2L의 경우, 다형성은 공우성 유전 모델을 이용하여 좋은 예후에 관계하는 CD3EAP의 GG형, C3의 TT형, HOMER2의 AA형, GNB2L1의 TT형은 1점의 위험지수를 주었다. CD3EAP의 GA형, C3의 TC형, HOMER2의 AG형, GNB2K1의 TG형은 2점의 위험지수를 설정했고, 폐암환자의 낮은 생존율과 유의한 연관이 있는 CD3EAP의 AA형, C3의 CC형, HOMER2의 GG형, GNB2L1의 GG형은 3점의 위험지수를 설정하였다. 한편, TNFRSF10B, CD3D, ADAMTSL3의 다형성은 열성 유전적 모델을 이용하여 위험지수를 설정하였는데, 각각 수술 후 폐암환자의 좋은 예후와 유의하게 연관된 CC와 CT형, TT와 CT형, CC와 CT형은 위험지수를 1점으로 두었으며, 예후에 좋지 않은 연관이 있는 TT, CC형, TT형은 3점의 위험지수를 설정하였다. 그리고, AKT1의 다형성은 우성 유전 모델을 이용하여 위험지수를 설정하여, 좋은 예후와 연관이 있는 AA형을 가질 경우 1점, 반면 좋지 않은 예후와 연관이 있는 AG와 GG 형을 가질 경우 3점의 위험지수를 설정하였다(표 6 참조).

다형성	위험도 지수
	1점	2점	3점
CD3EAP_rs967591	GG	GA	AA
TNFRSF10B_rs1047266	CC+CT	-	TT
AKT1_rs3803300	AA	-	AG+GG
C3_rs2287845	TT	TC	CC
HOMER2_rs1256428	AA	AG	GG
GNB2L1_rs3756585	TT	TG	GG
CD3D_rs3181259	TT+CT	-	CC
ADAMTSL3_rs11259927	CC+CT	-	TT

상기 표 6와 같은 환자의 위험도 지수를 이용하여 각 환자의 샘플에서 8개의 바이오 마커에 대한 유전자형을 분석하여 유전자형에 따른 위험도 지수를 평가하였으며, 위험도 지수 8점에서 13점까지를 낮은 위험군으로 그룹화하였고, 수술 후 낮은 생존율과 연관이 있는 14점에서 20점까지를 높은 위험군으로 그룹하였다. 814명의 수술후 폐암환자를 낮은 위험군과 높은 위험군으로 나누어 전체 생존 및 무병 생존을 분석해 보았을때, 예후가 나쁜 높은 위험군의 전체생존 및 무병생존 위험비는 각각 2.15 (신뢰구간 1.65-2.82) 와 1.64 (신뢰구간 1.34 -2.01)로 낮은 위험군에 비해 아주 높았으며, 통계적으로도 유의한 것으로 나타났다(P = 2 x 10^-8 , 2 x 10^-6)(표 7 참조). 따라서, 상기와 같은 결과를 통해 본 발명자들은 8개의 바이오 마커의 다형성을 조합한 위험도 지수를 통하여 더 정확히 폐암 예후를 예측할 수 있음을 알 수 있었다.

이제까지 본 발명에 대하여 그 바람직한 실시예들을 중심으로 살펴보았다. 본 발명이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자는 본 발명이 본 발명의 본질적인 특성에서 벗어나지 않는 범위에서 변형된 형태로 구현될 수 있음을 이해할 수 있을 것이다. 그러므로 개시된 실시예들은 한정적인 관점이 아니라 설명적인 관점에서 고려되어야 한다. 본 발명의 범위는 전술한 설명이 아니라 특허청구범위에 나타나 있으며, 그와 동등한 범위 내에 있는 모든 차이점은 본 발명에 포함된 것으로 해석되어야 할 것이다.

<110> Kyungpook National University Industry-Academic Cooperation Foundation <120> Polymorphism biomarker for predicting prognosis in lung cancer patients and the method for predicting prognosis using the same <130> PN1307-240 <160> 24 <170> KopatentIn 2.0 <210> 1 <211> 601 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3EAP nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 1 gcgttgcaac aaaccatatt ggacagacga tgggggcgac ccatcgggac ccgacgggcc 60 tctgactcca gcaatacagc gaatcagcgg ctttcgggaa tacatttttc ggaaaaagac 120 ttcttcctcg gttttctgct ctgcacacgt tgaaattttc cccagttttt cctgcagatc 180 gggagtcgag caatgcctac ccccgcgctc ccgcaccagt tgggcgctcc cggatgatgc 240 cctacccctt tggatccacg tggtctgcaa cctggtgcga gcagcccggg ctacagggtt 300 gcctgaggtg tgggtcccag gatggaggag ccccaggccg gcggtgaggg tgcgggttga 360 cggggtgcgg agggtgcgtt ggtggaagga gaaaggggcg tccgagaggg ttcgggcgga 420 aaaggaggcg tacctgcaag caggacttgc gaagagcgtg cattcccagt gggcgaacgg 480 gaattcgaac ggagagaggg ttatcttgtg gggggctacc cgtggagagc aaggcgcccc 540 caggggttgg atcggtgaaa ttgaggtcgc ccctggggaa caggtgggca gaaaggagaa 600 a 601 <210> 2 <211> 600 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TNFRSF10B nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 2 ctggaatgaa catgtttaga agagttttgc aggtgtatgt tacttggcct tccctgaaat 60 atgaagggac aaacaaacac taaaggatgt ttgagaggtg agagctgcaa gaaagatgag 120 ggttctgttt agcttgggtg cctgggctca agagaatgtg agtggatcct gggaggggtg 180 aggtctggaa gccactcatg cccatccctg ctttgtcccc acaggtctca gctgagtctg 240 ctctgatcac ccaacaagac ctagctcccc agcagagagc ggccccacaa caaaagaggt 300 ccagcccctc agagggattg tgtccacctg gtatgttcaa gatgggtctc taatccttgc 360 ccctcctccc cttgtctcca tgagcttcca gtctgtttcc tttgcacttc cttgttcttt 420 attccacaga gaggcattgg gtgcctccag ttcaaggctc tgtccttctg gagccttcct 480 gctaggatgg tatcaagaca cacaaatgaa tgagacagcc aaagaaactg ataggaacct 540 tgagagagaa ttgagtggga cagagatggg gctggtgagg cctccaggca atggtgactt 600 600 <210> 3 <211> 501 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AKT1 nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 3 gacatgtgtg ggggttgtgg tctccacatt ctattcatgt tcgaggagcg tcagtctccc 60 aaggctgcgg atggaggccc ctagggtgct gcgactccca ctcctcacct gcccctaacc 120 ctgccgccat ggccactttc acccatgcct cgccgtgggg aaaggaaggc ccgcaaaccc 180 tgcccctggc ggacagggca gcccttgcct ctgctcagtc agtgcacgga aatgcccaca 240 gctccaggga aaccccctag caggcagagt gaccgtcaag gtaaggccca cggtggccca 300 gcagcagcac acagctcagc ggcccagacc ccaccctggg ggatgcccag aggcttccta 360 gacctgcact caggcagaca agcatgtggc tgggcggcca ccagcagaca tctggccgcc 420 tcaggaggct cttcctggct ctaaagagaa tccagttcca aattcccact ttctctgctc 480 aaagttacag tgtggtcata a 501 <210> 4 <211> 935 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C3 nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 4 ccccaggctg gagtgcagtg gcgcgatctc agctcactgc aatatccgcc tcccgggttc 60 acgccatcct cctgcctcag cctcccgagt agctgggact acaggcgcca gccaccacgc 120 ccggctaatt tttttgtatt tttagtagag acagggtttc actgtgttag ccaggatggt 180 ctcgatcttc tgacctcgtg atccacccac ctcggcctcc caaagtgcta ggatcacagg 240 cacgagccac cgcgcccggc aatgctaggg tgatcctaag gacagtgccc tgctgaccat 300 ctgtgtgtct gtctgttctt ttattcatcc aacgactccc cccacctcta acactgcgta 360 gccggaagga atcagaatga acaaaactgt ggctgttcgc accctggatc cagaacgcct 420 gggccgtggt gagttggctg cagggggagg ggctgagggg ctggcagggt aaggggggta 480 aatgacctgg gtttagtgag gtaggatagg gcgggaggga gctagagcca tcggtatctc 540 tcactcaccc tgcagaagga gtgcagaaag aggacatccc acctgcagac ctcagtgacc 600 aagtcccgga caccgagtct gagaccagaa ttctcctgca aggtgagaca cccttgaccc 660 cgaccccatg ggtcccagga gggcatggat ggagccaaat tccatctcat tctggaggtg 720 tttaacccgc acctttctct tccccttcag ctagaacagc ccatctgtga tctgttttcc 780 ctcttttaca tttttttttt tttttttttt tgagacagag tctggctctg tcacccaggc 840 tggagtgcag tggcgcgacc tcagctcgct gcaagctccg cctcccgggt tcacgccatt 900 ctcctgcctc agcctcccga gtagctggga ctaca 935 <210> 5 <211> 1322 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HOMER2 nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 5 tggtgttcac tcccccttga cccccttttc tcccctgccc tgcccgacct ggagggcccc 60 tgcatcccag ccctctgtca cactgtctta ctttcatgct aatgccacat aaaagtgtct 120 cgtgtcattt tttcatcttg gtgctgacgg ttgggcacca ggccaattgc tgactttgca 180 cgttcccacc cgaggcctgg cagatctgcc tgccagaggg atcgattgcc ctttcttgca 240 ttttcaagaa aagagctgag tttctcactt tggtctcagt ctgatagcca gcagcagtgc 300 ggggggagtg gaggaagagc atcacgcaca actcgctccc ttggaggcgt gtcgacctcc 360 ctgagtcgac atctcacaag cttgcctccc agggttggag gcggaagttg gtgtggtttc 420 cagcagcagc aggggctggg agttcagacc ccaaggcttg gtgcagcctg cctctgggaa 480 gtgtcctcgg tgcccttcat atcaaggact gctgctgcct gttcgggggg acttcactac 540 agtgcttttg tgttgcatgt ggggtccacg cctgctgtcc actctgcaca cacattttgg 600 cccccagcat tcaatggcag tgtgagagtg ccaagccctt gcacccctgt tccacacagg 660 taactgtttt gaggggtcag ccttggaaag ggaaagatgc ggtgtaggga tttgccattc 720 agccttgggg aagaggccca caggccaggc cccttccacg tgcattccca ggggaaggtc 780 accttgattt ataatattcg aaatgtcatt gcttcccttt tcggcagcca ctgtaccatg 840 aggttgcttg atttttctac cctgctggct taaacccttg agatgaaaca gaataatgca 900 ggacgtgatt acagtggtgt aacagtcatt ctggagaaaa gcagatcaat tcaggggaca 960 cttggccctt gcttgtgatg gatccttaaa gcaaatctga atctacttct tcacggccat 1020 gagaggaaac cagaagccca gagcatcttg aaggcaggct ttattactta tttggctctg 1080 ctggtaagat gcctctggta aggcatcatg tgcaaagcag gtcccatgca agcggtgcag 1140 gcagccccat gatggagctg catggggttt gttcatagcc acaaagaaaa tcttataagt 1200 ggattagttt agggtttatt ttaaaagaaa agagaagcat agctgtggtg atctcttgct 1260 taatgactaa tgttaagctg gcgtccctgc tttcctgtgt ggtgtgtatt gaagattgat 1320 ga 1322 <210> 6 <211> 540 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNB2L1 nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 6 gggaagcagc ccggcggtcc tcatgggaat gtgccgtaca cttcacctct ttcgcttctc 60 gctctacatc atccctgaga agccttttta aacacttgaa tgtgcttgtt tcagagtgta 120 tttgtaaagt gcagtcagat tttgttgtac ggaagacggg actgtgatgc cttgcaattt 180 ccctctgcct tttgcattac atggcgccgc catcttgagc agaaatgtat catggggctc 240 gccattttgc atggtcgagc gggtatttcc ggttccggcg gggggctttt ctctctctct 300 ttcactgcaa ggcggcggca ggagaggttg tggtgctagt ttctctaagc catccagtgc 360 catcctcgtc gctgcagcga cacacgctct cgccgccgcc atgactgagc agatgaccct 420 tcgtggcacc ctcaagggcc acaacggctg ggtaacccag atcgctacta ccccgcagtt 480 cccggacatg atcctctccg cctctcgagg tacggactaa ggtagatttc aggacccgag 540 540 <210> 7 <211> 1208 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3D nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 7 gtggcgctat ctcagctcac tgcaacctcc acctccgggg ttcaagcgat tctcctgcct 60 cagcctcctg agtagctgag attacaggtg cgtgccagca agcccggcta atttttgtat 120 ttttagtaga gacggggttt caccttgttg gtcaggctgg tctcgaactc ctgaccttgt 180 gatccacctg cctcagcctc ccaaagtgtt gggattacag gcgtgagaca cggcacctgg 240 tttcactatt cttttgagat catgaaagag gcgcctggaa ggcaataggt ggaacaattc 300 cgaggacagg ccagcacatt ttcaggggcc agagcccgga ctgaatgtcc aggatctcag 360 gcccctatct ccctcagcca gtcagtcagt gagccaacaa aaatgtgcag agctcccgtt 420 atgtgccagg cacaagatac agcagtgagc aagacaggca tgactctgtc cccaggtaag 480 tgacagtcta actgcagcag cgtgaagagt ttcagatcct cgtaggccac aggggaaaaa 540 ggtccatttg tctcaccggg aggctcaata ttgcctgtca gtcaattata ttattattaa 600 taactacccc ttaatgagca catatgatgc gtgaggcacc atgcaaatat cttgtttgaa 660 tcctaataat ggtactaatg gaataagact ctgaaaaatt ttatggctgg cccaggcccc 720 acaggtaggc agtattggac ccaggattca aatctctggc tggggtctct aaagcccaac 780 ctcccactga caagaagctg ctagatctgg tgtccctggc tgcctagtga agggtcctga 840 gaaagatcag cctccatgag aaatctagct gctacggctt gcgctatggg gccgacggct 900 tctctcaagg ggcttcgaga tgtggcagtg tttaggttgt gtgtaaatgt ggttgcattg 960 tcaataggga cgctaaagtt caggccacct tttccatatt ctctgccagc tccctgctca 1020 gagatagagc aatttacacc gcttccttcc taccctaccc ctagcccacc cccactctga 1080 aaatttccca ccatcaacgg cagaaagcag agaagcagac atcttctagt tcctccccca 1140 ctctcctctt tccggtacct gtgagtcagc taggggaggg cagctctcac ccaggctgat 1200 agttcggt 1208 <210> 8 <211> 1001 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADAMTSL3 nucleotide sequence from Homo Sapiens <400> 8 taactgcagg cagttataga tgtatgggga tacatctata gtattttttt ctatagcgtt 60 tggctgaata ctctttgatg gcctcgttat atggtagcag ttttgcaaga ctgacttcta 120 tagacagaat agaaaaataa tcctctggca taattcatta gaattttatt atatttttat 180 tgacagttca gaaaggtttc attcgtcttc aaaaattatt ttgggtaggg tcatgtaaac 240 gtttaatcaa acttgagaaa acttgtaaca agtttctttg atatttgagc agtaagattt 300 cagggcattt ttaatttctt gaactatgat ctcaccttaa atactttttg aattgagaag 360 tggaacaagg ttgtacaaaa gaggggccct gaaatacaag tatcacagaa aattagcctc 420 tgtacccttc cttacataat atttgtctaa aagtcttttg tgtttaacat ttatgtagtt 480 caatggctct cctttgcatt cgataaaata atgcctttgt ggttctctta aaagaaatgc 540 gttggcttct cttttcttct ttgaagtgca cagtgacttg tggccgaggg ttacggtacc 600 gggttgttct gtgtattaac caccgcggag agcatgttgg gggctgcaat ccacaactga 660 agttacacat caaagaagaa tgtgtcattc ccatcccgtg ttataaacca aaaggtaagt 720 ctgtggtgca ctgtaaattc aaatcaaatg gtattttcca gctcccattc caatattgta 780 gcatttccct ttcaacttac tactttctta taaaaattgt tttattgaca gattgcaata 840 gaccttccca tctagataaa gaagttagat atatgtgaat tattcatctg gagggaaaac 900 tgagctcctg ttgattcagt acagatggag tagctcctat ctatctagtt ttatactaac 960 atttcttggt ggacgtaaga aaattaaatg cagtccctcc c 1001 <210> 9 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3EAP Forward Primer <400> 9 gatccacgtg gtctgcaacc tg 22 <210> 10 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3EAP Reverse Primer <400> 10 gcaagtcctg cttgcaggta cg 22 <210> 11 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TNFRSF10B Forward Primer <400> 11 ggcacccaat gcctctctgt g 21 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> TNFRSF10B Reverse Primer <400> 12 tgcaggtgta tgttacttgg 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AKT1 Forward Primer <400> 13 ggaaaggaag gcccgcaaac 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> AKT1 Reverse Primer <400> 14 gagtgcaggt ctaggaagcc 20 <210> 15 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C3 Forward Primer <400> 15 gtagccggaa ggaatcagaa tg 22 <210> 16 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> C3 Reverse Primer <400> 16 ccctatccta cctcactaaa cc 22 <210> 17 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HOMER2 Forward Primer <400> 17 gtgtcctcgg tgcccttgat 20 <210> 18 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> HOMER2 Reverse Primer <400> 18 acctgtgtgg aacaggggtg 20 <210> 19 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNB2L1 Forward Primer <400> 19 gatggcactg gatggcttag 20 <210> 20 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> GNB2L1 Reverse Primer <400> 20 gaagacggga ctgtgatgac 20 <210> 21 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3D Forward Primer <400> 21 agtgagcaag acaggcatga 20 <210> 22 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> CD3D Reverse Primer <400> 22 gatatttgca tggtgcctca 20 <210> 23 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADAMTSL3 Forward Primer <400> 23 cccttcctta cataatattt g 21 <210> 24 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> ADAMTSL3 Reverse Primer <400> 24 cttctttgat gtgtaacttc 20

Claims (8)

1. 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T 또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단용 마커.
2. 삭제
3. 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드에서 301번째 염기가 G 또는 A이고 상기 301번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드에서 280번째 염기가 C 또는 T이고 상기 280번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드에서 251번째 염기가 A 또는 G이고 상기 251번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드에서 435번째 염기가 T 또는 C이고 상기 435번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 A 또는 G이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드에서 172번째 염기가 T 또는 G이고 상기 172번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드에서 501번째 염기가 C 또는 T이고 상기 501번째 염기를 포함하는 10-100개의 연속적인 DNA 서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드; 및 이들의 상보적인 폴리뉴클레오티드로 이루어지는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단용 조성물.
4. 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드; 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머 또는 프로브를 포함하는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단용 키트.
5. 제4항에 있어서,
   서열번호 1의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 9 및 서열번호 10; 서열번호 2의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 11 및 서열번호 12; 서열번호 3의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 13 및 서열번호 14; 서열번호 4의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 15 및 서열번호 16; 서열번호 5의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 17 및 서열번호 18; 서열번호 6의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 19 및 서열번호 20; 서열번호 7의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 21 및 서열번호 22; 서열번호 8의 폴리뉴클레오티드를 증폭할 수 있는 프라이머는 서열번호 23 및 서열번호 24인 것을 특징으로 하는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단용 키트.
6. 제1항의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단용 마이크로어레이.
7. 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 예후 진단에 필요한 정보를 제공하기 위하여, 환자의 시료로부터 염기서열 분석을 통하여 서열번호 1의 301번째 염기의 다형성, 서열번호 2의 280번째 염기의 다형성, 서열번호 3의 251번째 염기의 다형성, 서열번호 4의 435번째 염기의 다형성, 서열번호 5의 501번째 염기의 다형성, 서열번호 6의 172번째 염기의 다형성, 서열번호 7의 501번째 염기의 다형성 및 서열번호 8의 501번째 염기의 다형성의 다형성을 검출하는 방법.
8. 서열번호 1의 301번째 염기의 유전자형이 GG인 경우 1점, GA인 경우 2점, AA인 경우 3점; 서열번호 2의 280번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점; 서열번호 3의 251번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG 또는 GG인 경우 3점; 서열번호 4의 435번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TC인 경우 2점, CC인 경우 3점; 서열번호 5의 501번째 염기의 유전자형이 AA인 경우 1점, AG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 6의 172번째 염기의 유전자형이 TT인 경우 1점, TG인 경우 2점, GG인 경우 3점; 서열번호 7의 501번째 염기의 유전자형이 TT 또는 CT인 경우 1점, CC인 경우 3점; 서열번호 8의 501번째 염기의 유전자형이 CC 또는 CT인 경우 1점, TT인 경우 3점으로 한 위험도 지수 평가표에 따라, 환자의 시료로부터 서열번호 1 내지 서열번호 8의 유전자형을 분석한 후 위험도 지수를 총합하여 위험도 지수의 총합이 8점 내지 13점까지는 저위험군으로 판단하고, 위험도 지수의 총합이 14 내지 20점까지는 고위험군으로 판단하는 폐편평상피암, 폐선암 또는 폐대세포암 환자의 수술 후 예후를 진단하기 위한 정보제공 방법.