KR100769104B1 - 클라미디아 트라코마티스 게놈 서열과 폴리펩티드, 이의단편 및 이의 용도, 특히, 감염의 진단, 예방 및 치료 용도 - Google Patents

클라미디아 트라코마티스 게놈 서열과 폴리펩티드, 이의단편 및 이의 용도, 특히, 감염의 진단, 예방 및 치료 용도 Download PDF

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Abstract

본 발명은 대사, 복제 과정 또는 병독성에서 분비 또는 특이적이거나 대사에 관련되어 있는 세포 외피 폴리펩티드와 같은 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis)의 폴리펩티드를 암호화하는 게놈 서열 및 뉴클레오티드 서열, 이러한 서열이 암호화하는 폴리펩티드, 및 상기 서열을 포함하는 벡터와 이들 벡터로 형질전환된 세포 및 동물에 관한 것이다. 또한, 본 발명은, 예를 들면 미생물 증식 제어에 사용될 수 있는 안티센스 및 리보자임 분자와 같은 클라미디아 트라코마티스 게놈의 전사적 유전자 생성물에 관한 것이다. 본 발명은 이들 핵산 또는 폴리펩티드를 검출하는 방법 및 클라미디아 트라코마티스 감염 진단용 키트에 관한 것이다. 본 발명은 박테리아 감염을 조절할 수 있는 화합물을 선별하는 방법 및 상기 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드를 사용하여 해당 분자를 생합성 또는 생분해하는 방법에 관한 것이다. 마지막으로, 본 발명은 약학물, 특히 백신, 박테리아, 특히 클라미디아 트라코마티스 감염의 예방 및 치료를 위한 조성물에 관한 것이다.

Description

클라미디아 트라코마티스 게놈 서열과 폴리펩티드, 이의 단편 및 이의 용도, 특히, 감염의 진단, 예방 및 치료 용도{CHLAMYDIA TRACHOMATIS GENOMIC SEQUENCE AND POLYPEPTIDES, FRAGMENTS THEREOF AND USES THEREOF, IN PARTICULAR FOR THE DIAGNOSIS, PREVENTION AND TREATMENT OF INFECTION}
도 1은 클라미디아 트라코마티스 서열의 제조 라인을 도시한 것이다.
도 2는 서열 및 어셈블리 형성의 분석을 도시한 것이다.
도 3은 마무리 기법을 도시한 것이다. 도 3a는 어셈블리 지도이고, 도 3b는 콘티그의 오펀 말단의 측정 및 사용을 도시한 것이다.
본 발명은 대사, 복제 과정 또는 병독성과 관련되거나, 분비 또는 특이적인 세포 외피 폴리펩티드와 같은 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis)의 폴리펩티드를 암호화하는 게놈 서열 및 뉴클레오티드 서열, 이러한 서열이 암호화하는 폴리펩티드, 및 상기 서열을 포함하는 벡터와 이들 벡터로 형질전환된 세포 또는 동물에 관한 것이다. 또한, 본 발명은, 예를 들면 미생물 증식 제어에 사용될 수 있는 안티센스 및 리보자임 분자와 같은 클라미디아 트라코마티스 게놈의 전사 적 유전자 생성물에 관한 것이다. 본 발명은 이들 핵산 또는 폴리펩티드를 검출하는 방법 및 클라미디아 트라코마티스 감염 진단용 키트에 관한 것이다. 본 발명은 박테리아 감염을 조정할 수 있는 화합물을 선별하는 방법 및 상기 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드를 사용하여 해당 분자를 생합성 또는 생분해하는 방법에 관한 것이다. 마지막으로, 본 발명은 박테리아, 특히 클라미디아 트라코마티스 감염의 예방 및/또는 치료용 약학 조성물, 구체적으로 백신 조성물에 관한 것이다.
클라미디아속균은 4개의 종, 즉 클라미디아 시타시(Chlamydia psittaci), 클라미디아 페코룸(Chlamydia pecorum) 및 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis)로 구성된다. 클라미디아 시타시는 다수의 종을 포함하는데, 그 숙주는 육상 척추 동물 뿐만 아니라, 조류 및 때로는 인간이다. 클라미디아 페코룸은 반추동물의 병원체이다. 클라미디아 뉴모니아는 인간에서의 폐질환, 정맥동염 및 동맥 손상의 원인이 된다. 클라미디아 트라코마티스(Ct)는 다수의 인간 질병의 원인이 된다:
-눈 질병: 신생아 및 성인에서의 통상의 트라코마, 비전염성 트라코마, 비풍토병 트라코마, 파라트라코마, 봉입체성 결막염;
-생식기 질병: 비임균성 요도염, 부고환염, 자궁경관염, 난관염, 간주위염 및 바르톨린선염 뿐만 아니라 폐질환;
-전신성 질병: 성병 림프육아종증(LGV).
상기 질병들은 전세계적으로 매우 다수의 여성과 남성[6억명 이상이 트라코마 보균자이고, 생식기 클라미디아 감염 환자가 9000만명 이상임]에게 발병한다. 따라서, 이 박테리아와 관련된 생리 병리학을 이해할 수 있게 하는 기초 및 응용 연구가 공중 보건에 매우 중요하다(Raulston JE., 1995; Hackstadt T. 등, 1996).
클라미디아 트라코마티스로 인한 눈 손상은 트라코마 및 봉입체성 결막염을 유발한다. 트라코마는 만성 결막염이다. 그것은 실명을 초래하는 치료 가능한 눈 질병의 주요 원인이다. 세계적으로 시력 상실 환자 2000만명이 그 원인에서 기인하는 것으로 추산되고 있다. 더욱이, 봉입체성 결막염은 클라미디아 트라코마티스에 의해 야기되는 눈 염증이고, 성병 경로에 의해 전염된다. 봉입체성 결막염은 생식기 분비에 노출되는 성인 및 신생아에 발병한다.
클라미디아 트라코마티스종의 원인체에 의해 야기되는 두 유형의 눈 질병이 구별될 수 있다. 통상의 트라코마성 질병은 풍토병 지역에서 발병하고; 전염은 눈에서 눈으로 및 손을 통해서 일어나거나, 파리에 의해 전염될 수도 있다. 비풍토병 지역에서, 전염은 생식 기구를 통해 일어나며; 그것은 통상 결막염만을, 가장 흔하게는 관련 각막염 없이 일으키고; 트라코마에서의 것들과 유사한 판누스 또는 반흔이 발달하는 것은 드물다. 이러한 각막 손상은 파라트라코마로 불리며, 눈에 의해 전염되는 통상의 풍토병 트라코마티스와는 구별된다. 트라코마티스의 경중 및 환자수는 지난 40년에 걸쳐 감소해 왔다. 이것은 위생 및 생활 조건의 개선과 관련이 있다. 그러나, 트라코마는 아프리카, 중동 및 아시아의 일부 지역에서 피할 수 있는 실명의 주요한 원인으로 남아 있다. 풍토병의 전염은 구체적으로 제2 노출이 반복되는 형태로 존재하는 지역에서 친밀한 개인적 접촉을 통해 일어난다. 미국과 같은 일부 산업 국가에서는, 트라코마의 약한 형태가 일부 인종에서 존재한다. 때때 로, 지발성 트라코마가 면역 억제 치료 이후에 발견될 수 있다. 봉입체성 결막염 및 파라트라코마와 같은, 클라미디아 트라코마티스에 의해 야기되는 눈의 손상은 또한 통상의 성병 감염으로 인한 합병증이다. 이들 감염은 매우 빈번한 것은 아니며; 젊은 성인에게 가장 자주 발생한다. 신생아에서의 눈의 손상은 출생 중에 모체의 생식기를 통과하는 중에 생성된다. 이론적으로, 성인에서의 풍토병 트라코마 및 봉입체성 결막염은 결막염 형태로 나타나고, 후자는 림프양 소포의 존재를 특징으로 한다. 풍토병이 심각한 지역에서는 질병은 2세 전에 발병하고 재감염이 빈번하다. 이 환자에서는 백혈구 침윤에 표재성 혈관 신생이 부가된다. 결막염의 반흔은 첩모난생증 및 안검내번을 야기한다. 부식된 각막은 박테리아 기원의 각막 궤양의 보균자가 된다. 각막 상의 반흔은 실명을 야기한다. 누액선의 손상은 각막의 건조 상태를 나타낸다. 건조증은 제2 박테리아 궤양에 관여하게 된다. 트라코마가 풍토병인 지역에서는 감염 과정이 15세 경에 사라진다. 반흔은 실명으로 진행되며, 이것은 거의 오로지 성인에서만 발병된다. 노출이 적은 지역에서는, 이 경우에 감염 과정이 신속하지 않으며, 성인은 만성 질병 보균자이다.
트라코마의 양성 진단은 다음과 같은 임상적 관찰에 의해 가장 흔히 확립될 수 있다: 림프양 소포가 상부 족근골 결막 상에 나타나고; 결막의 반흔이 통상적으로 나타난다. 혈관 판누스가 존재한다. 풍토병 지역에서는 임상적 진단으로 충분할 때가 많다. 그러나, 봉입체성 결막염의 격리된 환자는 차등 진단, 특히 비루스 결막염을 구별하는 진단의 대상이 된다.
질병의 풍토병 형태에 대한 공중 보건 대책은 모든 어린이를 테트라사이클린 또는 에리트로마이신 세안제로 대규모로 치료하게 한다. 이 치료는 또한 병변의 외과적 교정을 제공할 수도 있다. 기타 결막 손상은 테트라사이클린 또는 에리트로마이신을 사용한 일반 치료에 잘 반응한다. 건강 대책 및 생활 수준의 개선에 의한 트라코마성 질병의 예방으로 충분하다. 또한, 트라코마의 확산을 피하기 위해 항생물질 세안제를 사용할 수 있다.
다수의 생식기 손상에서 클라미디아 트라코마티스의 역할은 지난 30년에 걸쳐서 입증되어 왔다. 클라미디아 트라코마티스는 이 경우에 나이제리아 고너리아 (Neisseria gonorrhoeae)의 경우 관찰된 손상에서도 나타날 수 있는 병리 상태의 원이 된다. 클라미디아 트라코마티스가 생식기 레벨에서 원인이 될 수 있는 병리 상태는 성병에 의해 획득되고, 성적으로 전염되는 주요 질병이다.
클라미디아 트라코마티스의 생식기 감염의 역학은 미국에서 매년 400만명 이상, 유럽에서 300만명 이상의 새로운 환자를 나타내고 있다. 기타 성병 감염처럼, 클라미디아 트라코마티스는 젊은 층에서 발병된다. 성적 파트너의 수와 질병의 빈도 사이에는 직접적인 관계가 있다. 예컨대, 클라미디아 트라코마티스의 빈도는 임신한 여성에서 나이제리아 고너리아의 빈도보다 5~10배 더 높은 것으로 보인다. 클라미디아 트라코마티스 감염은 그 나이제리아 고너리아 상동체보다 더 분별성이 있는 것 같다. 이 상대적인 임상적 무반응은 여성에서는 감염의 50% 또는 심지어 70%로 추산되는데, 이는 클라미디아 트라코마티스 상태의 총 이환률이 높은 이유를 설명해 준다. 그러므로, 진단은 때때로 감염의 무증상 보균자인 환자에서 요구되어야 한다.
클라미디아 트라코마티스는 비임균성 요도염, 즉 NGU의 거의 30%의 원인이다. 클라미디아 트라코마티스 요도염은 분별성이 있을 수 있고, 이 질병은 특정 만성 형태로 진행한다. 진단은 이 질병의 다른 임상적 형태에 대한 것처럼 추후에 요구된다.
클라미디아 트라코마티스는 성교 중의 인간에서 부고환염의 원인체이다. 이 박테리아는 요도, 뇨, 정액 또는 심지어 부고환염으로부터 흡인에 의해 수집한 시료에서 발견될 수 있다. 인간에서는 35세 이하에서 특히 발견된다. 상기 질병과 관련된 요도로부터의 방뇨는 클라미디아 상태 또는 때때로 임균 상태의 진단을 제시한다.
비처리 레이터(Reiter) 증후군은 요도염을 수반하는 경우 클라미디아 트라코마티스 상태를 자극한다.
클라미디아 트라코마티스는 임상적으로 임질의 보균자인(또는 접촉한) 여성의 30~40%에서 발병하고, 성병 기원을 가진 여성의 10%~20%, 특정 기원이 없는 전문 여성의 5%에서 발병된다.
경부는 종종 클라미디아 감염 중에 정상이다. 그러나, 비대성 경부 홍반은 의심되는 감염을 유발한다. 클라미디아 트라코마티스는 자궁경내막염의 원인인 반면에, 비루스 손상은 자궁경외막염을 초래한다. 비임균성 자궁경내막염은 환자 및 파트너를 테트라사이클린으로 치료할 필요가 있다.
클라미디아 트라코마티스는 다수의 급성 난관염의 원인이 된다. 증상은 종종 급성 복막염 또는 심지어 간주위염을 합병증으로 한다.
임신의 경우, 위험은 출생한 신생아의 감염의 최초의 위험이다. 그러나, 분만후 합병증의 위험은 존재한다(자궁내막염 또는 난관염).
클라미디아 트라코마티스의 진단을 위한 표준 방법은 세포 배양물 상의 박테리아를 분리하는 것이다. 모든 감염의 경우, 시료 수집은 면봉으로 적합한 시료를 얻을 수 있게 하여야 한다. 이 시료는 우수한 조건하에 실험실로 수송하여야 한다; 구체적으로, 저온 쇄는 절대적으로 유지되어야 한다. 마우스 섬유아세포 상에 세포 배양물을 위치시키는 것은 특수한 기술을 가진 사람들에 의해 수행한다. 표지된 항체를 사용한 클라미디아 트라코마티스의 구별과 현미경 하에서의 세포 배양물의 관찰은 배양물에 넣은 지 2일 후에 일어난다. 이러한 명령이 관찰되면, 세포 배양은 신뢰할 만한 기술이다. 그러나, 이 기법에 관련된 제한은 많다: 실험실이 세포 배양에 필요한 장비를 구비하여야 할 뿐만 아니라, 매우 유능한 직원이 이런 유형의 진단을 다루어야 한다.
유전 물질을 확인하는 기법은 명백히 클라미디아 트라코마티스의 검출에 사용할 수 있다. 이들 기법 중에서, 효소적 유전자 증폭 또는 PCR이 당업자에 의해 선호된다. 이 기법은 실제로 매우 높은 민감도와 완전한 특이성으로 클라미디아 트라코마티스를 확인할 수 있게 한다. 전문 실험실에서 초기에 사용된 PCR은 이제 다수의 의학 실험실에서 실시되고있다. 이러한 진단 방법은 불량한 조건하에 수송된 시료에서조차 박테리아를 검출할 수 있게 하기 때문에 중요하다.
클라미디아 요도염을 테트라사이클린 또는 퀴놀론으로 치료하는 것이 매우 효과적이다. 치료 기간은 7~14일 사이로 다양하다. 임신 여성의 치료는 테트라사이 클린에 대한 금기의 문제를 야기한다.
클라미디아 트라코마티스에 의해 야기된 신생아 감염은 경부에서 이들 박테리아의 빈도에 의해 설명된다. 일부 연구에서, 손상의 5~13%가 무증상 임신 여성의 경부에서 관찰된다. 이 경우에 신생아는 봉입체성 결막염을 발달시킬 위험이 있다. 클라미디아 트라코마티스는 어린이의 눈으로부터 분리될 뿐만 아니라, 비인강 및 직장으로부터도 지속적으로 분리된다. 폐질환 및 이염 매체가 출생시의 오염의 결과로서 확인되기도 한다.
신생아에서 봉입체성 결막염의 차등 진단은 임균성 안염의 경우에 요구되고; 항온처리 기간은 임균성 안염의 경우에 1~3일 동안이며, 신생아의 봉입체성 결막염은 막 또는 결막의 반흔의 방출 및 형성으로 개시되는 급성 증상을 가진다.
치료는 체중 1 ㎏당 40~50㎎의 용량을 2~3주 동안 에리트로마이신을 경구 투여하는 것으로 구성된다. 비풍토병 트라코마 지역에서, 이 질병은 결코 만성으로 진행하지 않는다.
마지막으로, 유아의 폐질환을 언급하여야 한다. 이 증상은 잘 규명되어 있는데; 클라미디아 트라코마티스에 의해 발병된 어린이에서 발견된다. 출생 1천명당 10명 미만의 어린이가 클라미디아 트라코마티스 폐질환에 감염된다. 이 경우에 증상은 항상 유년기(4개월 미만)에 발견된다.
성병 림프육아종증은 성적 접촉을 통해 전염되며, 클라미디아 트라코마티스 균주 L1, L2 및 L3로 인한 것이다. 인체에서는, 일시적인 1차 생식기 병변은 빈번한 화농성 및 다발성 국소 림프절 질환이 수반된다. 이 질병은 열 및 백혈구 수의 상응 수반하는 전신성 질병이다. 그것이 만성으로 진행하면, 이 질병은 생식기 상피병, 협착증 또는 심지어 생식 기구, 페니스, 요관 및 직장의 누증(fistula)과 합병증을 나타낸다.
3개의 클라미디아 트라코마티스 균주 L1, L2 및 L3은 성병 림프육아종증의 원인이 된다. 이들 클라미디아 균주는 트라코마 및 STD의 원인이 되는 균주보다 더 독성이 크다. 성병 림프육아종증이 주로 림프 조직에 발병하는 전신성 질병이라는 것이 매우 중요하다. 일반적으로 성적 경로에 의해 전염되는 클라미디아 트라코마티스 L은 또한 직접적인 접촉 또는 심지의 불량한 실험실 취급 중에 오염을 일으킬 수 있다. 다양한 방식의 전염에도 불구하고, 이들 질병의 최대 발병률의 연령은 성 활성이 보다 왕성한 나이에 상응한다. 성병 림프육아종증은 남아메리카, 아프리카 및 때로는 아시아에서 여전히 풍토병이다. 오랜 동안, 성병 림프육아종증의 유행은 환신을 갖고 진단을 수행하는 난점으로 인해 확립하기가 어려웠다. 여성 보다 남성이 더 자주 발병된다는 것을 주목하여야 한다. 풍토병의 빈도가 낮은 지역에서는, 미생물의 저장소를 인지하기가 어렵다. 이 상황은 무증상 환자로부터 성병 림프육아종증을 일으키는 균주의 분리가 성공률이 낮다는 사실로 설명된다.
성병 림프육아종증에 의한 임상적 손상은 비통증성의 소포의 노출 후 3~21일 후에 작은 궤양의 출현에 의해 자체적으로 입증된다. 남성 및 여성에서, 이 병변은 나타나지 않을 때가 많다. 이 손상은 수일 내에 사라지고, 기능적인 불쾌감을 일으키지 않으며, 육안으로 볼 수 있는 반흔을 남기지 않기 때문에, 이 질병은 종종 늦게 인지된다. 성병 림프육아종증 균주는 서혜부의 선증을 가진 환자의 요관 또는 자궁경관에서 발견될 수 있다: 이들 영역은 감염의 초기 부위로서 간주된다. 성병 림프육아종증의 특징적 징후는 감염의 초기 부분으로부터 림프관에 의해 배출되는 확산을 나타낸다는 것이다. 이 질병은 접종 부위를 배출시키는 영역의 신경절 손상을 합병증으로 한다. 예컨대, 항문직장 감염은 심한 선증을 야기한다. 이들 선증은 동요성이고 화농성인 신경절 형체를 형성하는 선주위염의 출현에 의해 확인된다. 질병의 감소 중에는 누공이 나타난다. 질병의 이 단계에서는 일반적인 징후가 존재하기 때문에, 그것은 종종 악성 림프종과 혼동된다. 다른 일반적인 합병증은 거의 관찰되지 않는다. 임상적인 검사는 생물학자로 하여금 대뇌 척수액 또는 혈액으로부터 분리할 수 있게 하였다. 다수의 환자(5%)에서, 성병 림프육아종증은 만성 부종(이것은 생식기 상피병임)을 합병증으로 한다는 것을 주목하여야 한다.
성병 림프육아종증의 진단은 질병에 관여하는 클라미디아 균주의 분리를 필요로 한다. 그러나, 세포 배양의 분리를 드물게 사용하지만, 면역학적 반응을 사용할 수도 있다.
성병 림프육아종증의 초기 단계에서의 치료는 기타 클라미디아 감염의 치료와 동일하다. 만성 단계에서, 항생물질은 질병의 진행에 거의 영향을 끼치지 않으나, 항생물질은 중복 감염의 경우에 유용하다. 추천되는 치료 장소는 동일하지만, 4주 이상의 기간 동안치료를 연장하는 것이 타당하다. 이러한 치료 외에도, 복원 수술이 요도, 음경 또는 직장 협착의 경우 뿐만 아니라, 누공의 치료에 유용할 수 있다.
결론적으로, 클라미디아 트라코마티스 감염의, 재발 없는 단기간의 효과적인 치료법 및 잘 허용되는 치료법이 요망되고 있다.
현재까지 더욱 절실히 요구되는 것은 민감성이고, 편리하고 신속하게 수행할 수 있으며, 감염을 초기에 검출할 수 있는, 각 균주에 특이성이 있는 진단법에 관한 것이다.
현재 이용 가능한 클라미디아 트라코마티스에 대한 백신은 없다. 만족할만한 백신을 개발하기 위해서는 질병의 생리학 및 병리학에서의 면역 반응의 역할이 이해되어야 할 것이다.
이들 균주의 생물학, 숙주와의 상호작용, 관련 감염 현상 및 특히 숙주의 면역 방어에서 벗어나는 현상과, 마지막으로 이들 관련 병리학의 형성에 있어서 연관성에 대한 더욱 상세한 정보로부터 이들 메카니즘을 더 잘 이해할 수 있다. 특히 클라미디아 트라코마티스 감염을 제어하는 수단의 한계를 보여주는 상기 문헌의 견지에서, 한편으로는 특히 클라미디아 트라코마티스의 더 우수한 유전자 지식으로부터 분자 기구를 개발하고, 또한 특이적이고, 효과적이며, 용인되는 신규 예방법 및 처치학적 치료법, 신규 진단법 및 신규 백신 전략을 개발해야 한다. 이는 정확히 본 발명의 목표이다.
본 발명은 클라미디아 트라코마티스 LGV2 게놈의 서열 번호 1로 표시되는 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 그러나, 본 발명은 서열 번호 1에 국한되는 것은 아니며, 균주 변종, 다형성, 대립유전자 변형체 및 돌연변이체의 폴리펩티드를 암호화하는 게놈 및 뉴클레오티드를 포함한다.
따라서, 본 발명은
a) 서열 번호 1의 뉴클레오티드 서열, 서열 번호 1과 99.9% 이상의 동일성을 나타내는 뉴클레오티드 서열, ECACC 수탁 번호 98112618의 기탁물에 포함된 게놈 DNA의 뉴클레오티드 서열, ECACC 수탁 번호 98112617(이것은 임시 수탁 번호임)의 기탁물 내의 클론 삽입체의 뉴클레오티드 서열;
b) 서열 번호 1에 상동성이 있는 뉴클레오티드 서열;
c) 후술되는 바와 같이 고 엄중 또는 중간 엄중 조건하에 a)의 뉴클레오티드 서열과 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드 서열;
d) 서열 번호 1의 서열에 상보적이거나, 또는 a), b) 또는 c)에 정의된 뉴클레오티드 서열 및 해당 RNA의 뉴클레오티드 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열;
e) 서열 번호 1의 서열의 대표 단편 또는 a), b), c) 또는 d)에 정의된 뉴클레오티드 서열의 대표 단편의 뉴클레오티드 서열;
f) a), b), c), d) 또는 e)에 정의된 서열을 포함하는 뉴클레오티드 서열;
g) a), b), c), d), e) 또는 f)에 정의된 뉴클레오티드 서열로부터 얻을 수 있는 뉴클레오티드 서열; 및
h) a), b), c), d), e), f) 또는 g)에 정의된 뉴클레오티드 서열의 변형 뉴클레오티드 서열에서 선택되는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
상기 c)에서 언급한 엄중 조건은 다음과 같다:
(i) 비제한적인 예로서, 고 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. 6 × SSC, 50 mM 트리스-HCl(pH 7.5), 1 mM EDTA, 0.02% PVP, 0.02% Ficoll, 0.02% BSA 및 500 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA로 구성된 완충액내에 65℃에서 8시간 내지 밤새 DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨다. 100 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA 및 5∼20 ×106 cpm의 P32 표지된 프로브를 함유하는 예비하이브리드화 혼합물내에서 바람직한 하이브리드화 온도인 65℃하에 48 시간 동안 필터를 하이브리드화시킨다. 대안적으로 하이브리드화 단계는 SSC 완충액[1 ×SSC는 0.15 M NaCl 및 0.15 M 구연산나트륨에 해당함]의 존재하에 65℃에서 수행할 수 있다. 이어서, 2 × SSC, 0.01% PVP, 0.01% 피콜 및 0.01% BSA를 함유하는 용액내에서 1 시간 동안 37℃하에 필터를 세척한 다음 0.1 ×SSC로 45분 동안 50℃에서 세척하였다. 대안적으로, 2 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.5 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.1 × SSC 및 0.1% SDS를 함유하는 용액에서 15분 간격으로 68℃에서 필터를 세척할 수 있다. 세척 단계 후에, 하이브리드화된 프로브를 방사선 자동 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 고 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있으며, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다.
(ii) 비제한적인 예로서, 중간 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨 다음 5 ×SSC 완충액 및 표지된 프로브 의 존재하에 60℃에서 하이브리드화시킨다. 2 ×SSC를 함유하는 용액내에서 필터를 세척하고, 하이브리드화된 프로브를 자가방사선 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 중간 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있고, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다.
게놈 서열, 즉 클라미디아 트라코마티스의 게놈 서열은 클라미디아 트라코마티스의 플라스미드 서열과 대조적으로 클라미디아 트라코마티스의 염색체의 서열을 의미하는 것으로 이해하여야 한다.
뉴클레오티드 서열, 폴리뉴클레오티드 또는 핵산은 본 발명에 따르면 2본쇄 DNA, 1본쇄 DNA 또는 이 DNA의 전사 산물을 의미하는 것으로 이해하여야 한다.
본 발명은 천연 환경에서 취해진 클라미디아 트라코마티스, 즉 천연 상태의 게놈 뉴클레오티드 서열에 관한 것이 아님을 이해해야 한다. 이들은, 예컨대 이온 교환 크로마토그래피, 분자 크기별 배제 크로마토그래피 또는 친화 크로마토그래피와 같은 분리 방법, 대안적으로 각종 용매내 용해도를 기초로 한 분별 기법, 또는 증폭, 클로닝 또는 서브클로닝과 같은 유전자 조작 방법으로 분리, 정제 또는 부분적으로 정제할 수 있는 서열이며, 본 발명의 서열을 벡터가 운반하게 할 수 있다.
서열 번호 1의 뉴클레오티드 서열은 클론 삽입체의 형광 자동화된 서열 결정 후에 직접적인 서열 결정 방법으로 클라미디아 트라코마티스 LGV2 게놈의 서열을 결정한 다음, 소프트웨어(예, 실시예)로 뉴클레오티드 단편(삽입체)의 서열을 어셈블리하여 얻었다. 서열 번호 1로 표시되는 서열의 높은 정확도에도 불구하고, 100%는 완전하게 클라미디아 트라코마티스 LGV2 게놈의 뉴클레오티드 서열을 나타내는 것이 아니며, 일부 희소 서열 분석 오차 또는 불확실성이 서열 번호 1로 표시되는 서열에 남아 있을 수 있다. 본 발명의 하기 서열 목록에서 불확실한 아미노산은 "Xaa"로, 불확실한 뉴클레오티드는 "N"으로 표시되어 있다. 이들 일부 희소 오차 또는 불확실성은 당업자라면 본 발명의 전체 염색체 및/또는 대표 단편과 표준 증폭, 클로닝 및 서열 분석 방법을 사용하여 쉽게 검출 및 보정할 수 있으며, 특히 컴퓨터 소프트웨어와 예를 들어 전술한 본 발명의 서열 기록용 컴퓨터 판독 매체를 사용하여 얻은 서열을 쉽게 비교할 수 있다. 이들 가능한 희소 오차 또는 불확실성을 보정한 후에, 그 결과 얻은 보정된 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 1의 서열과 99.9% 이상 동일성을 나타내었다. 이러한 희소 서열 결정 불학실성이 ECACC 수탁 번호 98112617 또는 98112618(임시 번호)의 기탁물에 포함된 DNA에는 존재하지 않고, 서열 번호 1에 존재하는 희소 서열 불확실성은 ECACC 기탁물의 DNA를 이용하여 일반적으로 보정할 수 있다.
본 발명의 상동성 뉴클레오티드 서열은, 서열 번호 1의 뉴클레오티드 서열의 염기와 동일성 %가 80% 이상, 바람직하게는 90∼95% 인 뉴클레오티드 서열을 의미하는 것이며, 상기 %는 단순히 통계적인 것이고, 2개의 뉴클레오티드 서열간의 차이가 전체 길이에 걸쳐 무작위적으로 분포될 수 있음을 의미한다. 서열 번호 1의 뉴클레오티드 서열 염기와 동일성(%)이 80% 이상, 바람직하게는 90∼95%인 상동성 서열은, 전술한 클라미디아 뉴모니아, 클라미디아 시타시 및 클라미디아 페코룸 종을 비롯하여 클라미디아 과에 속하는 박테리아의 대표 단편 서열 또는 게놈 서열에 해당하는 서열 뿐 아니라 클라미디아 트라코마티스종의 변종에 속하는 박테리아의 대표 단편의 서열 또는 게놈 서열에 해당하는 서열을 포함할 수 있다. 본 발며에서, 과 및 종이라는 용어는 상호 바꾸어 사용할 수 있고, 변종, 혈청형, 균주 및 아종도 상호 교환가능하다. 따라서, 이들 상동 서열은 동일한 종내 또는 종간 돌연변이와 관련된 변화에 해당하며, 특히 1 이상의 뉴클레오티드의 절두, 치환, 결실 및/또는 첨가에 해당할 수 있다. 상기 상동 서열은 클라미디아내 존재할 것 같은 과, 종 또는 변종에 특이적인 유전자 코드의 편중 또는 유전자 코드의 축퇴성과 관련된 변화에 해당한다.
단백질 및/또는 핵산 서열 상동체는 당업계에 공지된 임의의 각종 서열 비교 알고리즘 및 프로그램을 사용하여 평가할 수 있다. 이러한 알고리즘 및 프로그램의 비제한적인 예로는 TBLASTN, BLASTP, FASTA, TFASTA 및 CLUSTALW(Pearson 및 Lipman, 1988, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 85(8):2444-2448; Altschul 등, 1990, J.Mol.Biol. 215(3):403-410; Thompson 등, 1994, Nucleic Acids Res. 22(2):4673-4680; Higgins 등, 1996, Methods Enzymol . 266:383-402; Altschul 등, 1990, J.Mol.Biol. 215(3):403-410; Altschul 등, 1993, Nature Genetics 3:266-272).
특히 바람직한 양태에서, 단백질 및 핵산 서열 상동체는 당업계에 공지되어 있는 Basic Local Alignment Search Tool("BLAST")을 사용하여 평가한다(예컨대 Karlin 및 Altschul, 1990, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 87:2267-2268; Altschul 등, 1990, J. Mol . Biol . 215:403-410; Altschul 등, 1993, Nature Genetics 3:266-272; Altschul 등, 1997, Nuc .Acids Res. 25:3389-3402). 특히, 5개의 특정 BLAST 프로그램을 사용하여 다음과 같은 업무를 수행한다.
(1) BLASTP 및 BLAST3은 단백질 서열 데이타베이스에 대해 아미노산 의문 서열을 비교한다;
(2) BLASTN은 뉴클레오티드 서열 데이타베이스에 대해 뉴클레오티드 의문 서열을 비교한다;
(3) BLASTX는 단백질 서열 데이타베이스에 대해 의문 뉴클레오티드 서열(양 가닥)의 6-프레임 구상의 해독 생성물을 비교한다;
(4) TBLASTN은 모든 6개의 리딩 프레임(양 가닥)내 해독된 뉴클레오티드 서열 데이타베이스에 대해 의문 단백질 서열을 비교한다;
(5) TBLASTX는 뉴클레오티드 서열 데이타베이스의 6-프레임 해독에 대해 뉴클레오티드 의문 서열의 6-프레임 해독을 비교한다.
BLAST 프로그램은 의문 아미노산 서열 또는 핵산 서열과, 바람직하게는 단백질 또는 핵산 서열 데이타베이스로부터 얻은 시험 서열 사이에서 "고평가치 분절쌍"이라고 하는 유사한 분절을 확인하여 상동성 서열을 확인한다. 고 평가치 분절 쌍은, 당업계에 공지된 여러 평가 매트릭스로 확인(즉, 정렬)하는 것이 바람직하다. 바람직하게는 사용된 평가 매트릭스는 BLOSUM62 매트릭스이다(Gonnet 등, 1992, Science 256:1443-1445; Henikoff 및 Henikoff, 1993, Proteins 17:49-61). PAM 또는 PAM250 매트릭스를 사용할 수 있으나, 덜 바람직하다(참조: 예컨대, Schwartz 및 Dayhoff, eds., 1978, Matrices for Detecting Distance Relationships: Atlas of Protein Sequence and Structure, 워싱톤주: 국립 생물의학 연구 재단).
BLAST 프로그램은 확인된 모든 고평가치 분절쌍의 통계적 유의수준을 평가하고, 바람직하게는 사용자가 특정화한 상동율(%)과 같이 사용자가 특정화한 유의성 한계를 만족시키는 분절을 선별한다. 바람직하게는, 고평가치 분절쌍의 통계학적 유의성은 Karlin의 통계학적 유의성 공식을 사용하여 평가한다(참조: 예컨대, Karlin 및 Altschul, 1990, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 87:2267-2268).
본 발명의 서열에 상보적인 뉴클레오티드 서열이란, 뉴클레오티드가 본 발명의 서열에 상보적이고 방향이 반대인(역평행 서열) 임의의 DNA를 의미하는 것이다.
본 발명은 상기 a) 내지 h)의 서열 단편을 추가로 포함한다. 본 발명의 서열의 대표 단편이란 뉴클레오티드 서열이 유래한 서열의 8개 이상, 바람직하게는 12개 이상, 더욱 바람직하게는 15개 이상 또는 20개 이상의 연속 뉴클레오티드를 갖는 임의의 뉴클레오티드 단편을 의미한다. 이러한 단편은 현재 공개되어 이용가능한 데이타베이스에 목록화되지 않은 서열 번호 1의 일부를 의미한다.
이들 대표 단편 중에서, 본 발명의 뉴클레오티드 서열과 엄중 조건하에서 하이브리드화할 수 있는 단편이 바람직하다. 엄중 조건하에서 하이브리드화시킨다는 것은, 온도 및 이온 강도 조건을 선택하여 2개의 상보성 DNA 단편간에 하이브리드화가 유지되도록 한다는 것을 의미한다.
예로서, 전술한 뉴클레오티드 서열 단편을 규정하기 위한 하이브리드화 단계 에 대한 고 엄중 조건은 유리하게는 다음과 같다.
SSC 완충액의 존재하에 65℃의 바람직한 온도에서 하이브리드화 단계를 수행한다. 이 때 1 ×SSC는 0.15 M NaCl 및 0.05 M 구연산나트륨에 해당한다. 세척 단계는 예컨대 다음과 같다.
실온에서 2 ×SSC, 0.1% SDS로 세척한 다음 15분 동안 68℃에서 1 ×SSC, 0.1% SDS; 0.5 ×SSC, 0.1% SDS; 0.1 ×SSC, 0.1% SDS로 3회 세척한다
예를 들어 5 ×SSC 완충액의 존재하에 60℃의 온도를 이용한 중간 엄중 조건 또는 5 ×SSC 완충액의 존재하에 50 ℃의 온도를 이용한 저 엄중 조건은 각각 2개의 서열간의 하이브리드화를 위해서 전체적으로 더 낮은 상보성을 필요로 한다.
당업자는 크기가 약 300 염기인 폴리뉴클레오티드에 대한 전술한 엄중 하이브리드화 조건을 Sambrook 등(1989)이 교시한 바와 같이 더 크거나 더 작은 올리고뉴클레오티드에 적용시킬 수 있을 것이다.
본 발명의 대표 단편 중에서, 본 발명의 대표 단편 또는 상동 서열을 얻고, 서열 번호 1의 서열내에서 불완전하거나 또는 오차 또는 불확실성을 보유하는 것으로 밝혀진 게놈 단편을 재구성할 수 있는 방법에 있어서 프라이머 또는 프로브로서 사용할 수 있는 단편도 바람직하다. 폴리머라제 연쇄 반응(PCR), 클로닝 및 핵산의 서열 분석 등과 같은 이들 방법은 당업계에 공지되어 있다. 돌연변이나 종간 또는 종내 변형체에 해당하는 이들 상동성 뉴클레오티드 서열 뿐 아니라 완전 게놈 서열 또는 재구성될 수 있는 대표 단편 중 하나도 본 발명의 일부이다.
상기 대표 단편중에서, 클라미디아 트라코마티스의 존재 또는 전술한 관련 미생물 중 하나의 존재를 진단하는 방법에 있어서, 프라이머 또는 프로브로서 사용할 수 있는 단편도 바람직하다.
클라미디아 트라코마티스 또는 관련 미생물 중 하나의 유전자 발현을 조정, 조절, 억제 또는 유도할 수 있고/또는 클라미디아 트라코마티스 또는 숙주 세포 및/또는 유기체내 관련 미생물 중 하나의 복제 사이클을 조정할 수 있는 대표 단편도 바람직하다. 복제 사이클은 침입, 증식, 세포내 배치, 특히 액포내 보유 및 리소좀에 대한 융합 과정 억제와 숙주 세포에서 숙주 세포로의 클라미디아 트라코마티스 또는 관련 미생물 중 하나의 전파를 나타내는 것이다.
상기 대표 단편 중에서, ORF 서열(오픈 리딩 프레임)이라고 불리우는 오픈 리딩 프레임에 해당하는 뉴클레오티드 서열 및 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열, 비제한적인 예로서 후술할 ORF 서열에 상응하는 대표 단편이 바람직하다.
본 발명의 대표 단편은, 예컨대 PCR과 같은 특정 증폭 반응으로 얻거나, 또는 본 발명의 뉴클레오티드 서열의 분해 후에 적절한 제한 효소를 이용하여 얻을 수 있다. 이 방법은 Sambrook 등의 문헌(1989)에 개시되어 있다. 상기 대표 단편은, 크기가 너무 크지 않은 경우에는 당업자에게 공지된 방법에 따라 화학적 합성법으로 얻을 수 있다. 예를 들어, 이러한 단편은 ECACC 수탁 번호 98112618의 게놈 DNA 단편 또는 ECACC 수탁 번호 98112617(임시 번호)에 존재하는 클론 삽입체를 분리하여 얻을 수 있다.
본 발명의 대표 단편을, 예컨대 프라이머로서 사용하여 증폭, 클로닝 또는 서열 분석 기법과 같이 당업자에게 공지된 방법으로 대표 단편, 특히 서열의 일부가 누락되거나 불완전할 것 같은 단편의 일부를 재구성할 수 있다.
변형된 뉴클레오티드 서열은 당업자에게 공지된 기법에 따라 돌연변이 유발로 얻어지고, 정상 서열에 대한 변형, 예컨대 폴리펩티드의 발현에 대한 조절 및/또는 프로모터 서열에 있어서 돌연변이를 나타내고, 특히 폴리펩티드의 발현 레벨의의 변형 또는 복제 사이클의 조정을 유도하는 임의의 뉴클레오티드 서열을 의미한다.
변형 뉴클레오티드 서열은 전술한 변형 폴리펩티드를 암호화하는 임의의 뉴클레오티드 서열을 의미한다.
본 발명은 오픈 리딩 프레임(ORF), 즉 ORF2 내지 ORF1197 서열의 뉴클레오티드 서열로부터 선택되는 것이 특징인 클라미디아 트라코마티스 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
ORF2 내지 ORF1197 뉴클레오티드 서열은 서열 번호 1의 서열상에서의 위치에 의해 하기 표 1 및 2에 정의되어 있다. 예를 들어, ORF10 서열은 서열 번호 1의 서열상에 뉴클레오티드 위치 9828-10430 사이의 뉴클레오티드 서열(9828, 10430 포함)에 의해 한정된다. ORF2 내지 ORF1197은 하기 실시예에서 논의되는 바와 같이 유효 ORF 개시 부위의 분석을 통해서 뿐 아니라 상동성 분석을 통해서 확인하였다. 본 발명의 확인된 각 ORF는 선행 ORF의 종지 코돈의 3' 바로 옆 ORF 종지 코돈으로부터 5' 코돈을 통해서 ORF 뉴클레오티드 서열에 대한 프레임내 서열 번호 1의 다음 종지 코돈에 이르는 인접 뉴클레오티드 서열에 걸쳐있는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 하기 표 2는 각 ORF 1-1197의 개시, 종료 및 유효 개시부를 제시한다. 일양태에서, ORF는 유효 ORF 개시 부위 하방(즉, 3')으로부터 ORF 종지 코돈(또는 ORF 종지 코돈에 바로 인접하고 상방에 있는 ORF 코돈)에 걸쳐 있는 인접 뉴클레오티드 서열을 포함한다. ORF2 내지 ORF 1197은 각각 서열 번호 2 내지 서열 번호 1197의 폴리펩티드를 암호화한다.
약간의 프레임이동의 도입시, 일부 개개 ORF는 더 큰 "조합된" ORF를 포함할 수 있다. 이러한 추정 "조합된" ORF의 목록은 하기 표 3에 제시되어 있다. 예를 들어, 조합된 ORF는 프레임내 개입을 비롯하여 ORF 1076 및 ORF 1073 뉴클레오티드 서열을 포함할 수 있다. 각 "조합된" ORF내 ORF(5' 에서 3') 순서는 목록화된 바와 같다. 본원에서 언급한 ORF2 내지 ORF1197은 "조합된" ORF를 의미한다. 이러한 "조합된" ORF가 암호화하는 폴리펩티드 서열도 본 발명의 일부이다.
ORF 1076, ORF 1073; ORF 3, ORF 2; ORF 23, ORF 22, ORF 21 ORF 1141, ORF 477, ORF 478; ORF 479; ORF 487, ORF 486, ORF 485, ORF 484, ORF 483, ORF 482, ORF 481; ORF 488, ORF 489; ORF 573, ORF 572, ORF 571; ORF 817, ORF 818; ORF 819, ORF 820; ORF 1037, ORF 1038; ORF 1071, ORF 1070; ORF 17, ORF 1077; ORF 1185, ORF 933, ORF 934; ORF 1060, ORF 1059; ORF 155, ORF 156; ORF 679, ORF 680; ORF 879, ORF 878; ORF 1028, ORF 1029 및 대표 단편.
표 1은 공중에게 공개된 데이타베이스내 존재하는 서열에 대해 각 ORF가 암호화하는 폴리펩티드 서열을 비교한 상동성 연구 결과를 나타낸다. 공공연하게 개시된 데이타베이스내 존재하는 폴리펩티드에 대한 약 95% 이상의 동일성을 나타내는 표 1에 제시된 이들 폴리펩티드는 본 발명의 일부로 생각되지 않는다. 마찬가지로 이 양태에서, 이러한 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 본 발명의 일부가 아니다. 다른 양태에서, 공개된 데이타베이스내 존재하는 폴리펩티드에 대해 약 99% 이상의 동일성을 나타내는 표 1에 제시된 폴리펩티드는 본 발명의 일부가 아니다. 마찬가지로, 이 양태에서 이러한 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열은 본 발명의 일부로 생각되지 않는다.
또한, 본 발명은
a) ORF2 내지 ORF1197, "조합된" ORF 뉴클레오티드 서열, ECACC 수탁 번호 98112618의 기탁물에 포함된 게놈 DNA의 뉴클레오티드 서열 또는 본 발명의 ECACC 수탁 번호 98112617의 기탁물내 클론 삽입체의 뉴클레오티드 서열;
b) 본 발명의 전체 ORF2 내지 ORF1197 뉴클레오티드 서열 또는 a)에 정의된 뉴클레오티드 서열을 통해 80% 이상의 동일성을 나타내는 상동성 뉴클레오티드 서열;
c) 후술한 바와 같은 고 엄중 조건 또는 중간 엄중 조건하에서 ORF2 내지 ORF1197에 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드 서열;
d) 본 발명의 ORF2 내지 ORF1197 서열 또는 a), b) 또는 c)에 정의된 뉴클레오티드 서열에 해당하는 상보성 또는 RNA 뉴클레오티드 서열;
e) 본 발명의 ORF2 내지 ORF1197 서열 또는 a), b), c) 또는 d)에 정의된 뉴클레오티드 서열의 대표 단편의 뉴클레오티드 서열;
f) 본 발명의 ORF2 내지 ORF1197 서열 또는 a), b), c), d) 또는 e)에 정의된 뉴클레오티드 서열의 서열로부터 얻을 수 있는 뉴클레오티드 서열; 및
g) 본 발명의 ORF2 내지 ORF1197 서열 또는 a), b), c), d), e) 또는 f)에 정의된 뉴클레오티드 서열의 변형 뉴클레오티드 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
상기 c)에서 언급한 엄중 조건은 다음과 같다:
(i) 비제한적인 예로서, 고 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. 6 ×SSC, 50 mM 트리스-HCl(pH 7.5), 1 mM EDTA, 0.02% PVP, 0.02% Ficoll, 0.02% BSA 및 500 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA로 구성된 완충액내에 65℃에서 8시간 내지 밤새 DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨다. 100 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA 및 5∼20 ×106 cpm의 P32 표지된 프로브를 함유하는 예비하이브리드화 혼합물내에서 바람직한 하이브리드화 온도인 65℃하에 48 시간 동안 필터를 하이브리드화시킨다. 대안적으로 하이브리드화 단계는 SSC 완충액[1 ×SSC는 0.15 M NaCl 및 0.15 M 구연산나트륨에 해당함]의 존재하에 65℃에서 수행할 수 있다. 이어서, 2 × SSC, 0.01% PVP, 0.01% 피콜 및 0.01% BSA를 함유하는 용액내에서 1 시간 동안 37℃하에 필터를 세척한 다음 0.1 ×SSC로 45분 동안 50℃에서 세척하였다. 대안적으로, 2 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.5 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.1 × SSC 및 0.1% ×SDS를 함유하는 용액에서 15분 간격으로 68℃에서 필터를 세척할 수 있다. 세척 단계 후에, 하이브리드화된 프로브를 방사선 자동 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 고 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있으며, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다. 바람직하게는, 이러한 서열은 ORF2 내지 ORF1197 중 하나가 암호화하는 폴리펩티드의 상동체를 암호화한다. 일양태에서, 이러한 서열은 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화한다.
(ii) 비제한적인 예로서, 중간 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨 다음 5 ×SSC 완충액 및 표지된 프로브의 존재하에 60℃에서 하이브리드화시킨다. 이어서 2 ×SSC를 함유하는 용액내에서 50℃하에 필터를 세척하고, 하이브리드화된 프로브를 자가방사선 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 중간 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있고, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다. 바람직하게는, 이러한 서열은 ORF2 내지 ORF1197 중 하나가 암호화하는 폴리펩티드의 상동체를 암호화한다. 일양태에서, 이러한 서열은 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화한다.
ORF2 내지 ORF1197과의 상동성에 대하여, ORF2 내지 ORF1197 뉴클레오티드 서열 중 하나의 염기와 동일성(%)이 80% 이상, 바람직하게는 90∼95% 인 상동 서열이 바람직하다. 이러한 상동 서열은 일반적으로 상기 알고리즘 및 하기 실시예를 통해 확인된다. 상기 상동 서열은 전술한 상동성 서열에 해당하며, 예컨대 클라미디아 뉴모니아, 클라미디아 시타시 및 클라미디아 페코룸 종을 비롯하여 클라미디아 과에 속하는 박테리아의 ORF 서열에 해당하는 서열 뿐 아니라 클라미디아 트라코마티스 종의 변종에 속하는 박테리아의 ORF 서열에 해당하는 서열도 포함할 수 있다. 이들 상동 서열은 동일한 종내 또는 종간 돌연변이와 관련된 변형체에 해당하며, 1 이상의 뉴클레오티드의 절두, 치환, 결실 및/또는 첨가에 해당할 수 있다. 상기 상동 서열은 클라미디아내 존재할 것 같은 과, 종 또는 변종에 특이적인 유전자 코드의 편중 또는 유전자 코드의 축퇴성과 관련된 변화에 해당한다.
본 발명은 본 발명의 뉴클레오티드 서열, 바람직하게는 서열 번호 1의 서열 및 ORF 서열에 해당하는 서열의 대표 단편이 암호화하는 폴리펩티드, 특히 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 포함하며, 서열 번호 2 내지 서열 번호 1197 및 이의 대표 단편으로부터 선택되는 것이 특징이다. 그러나, 본 발명은 서열 번호 1에서 ORF 및 해당 ORF 서열이 암호화하는 폴리펩티드에 제한되지 않지만, 균주 변종, 다형성, 대립 유전자 및 돌연변이의 폴리펩티드를 포함한다.
따라서, 본 발명은
a) 본 발명의 서열 번호 1의 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드(예, ORF2 내지 ORF1197 및/또는 이의 대표 단편에 해당하는 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 임의의 폴리펩티드);
b) 본 발명의 폴리펩티드 또는 a)에서 정의한 폴리펩티드에 상동성인 폴리펩티드;
c) 하기와 같은 고 엄중 조건 또는 중간 엄중 조건하에 서열 번호 1 또는 ORF2 내지 ORF1197과 하이브리드화하는 폴리뉴클레오티드 서열이 암호화하는 폴리펩티드;
d) 본 발명의 폴리펩티드, 또는 a), b) 또는 c)에 정의된 폴리펩티드의 5개 이상의 아미노산의 단편;
e) 본 발명의 폴리펩티드 또는 a), b), c) 또는 d)에 정의된 폴리펩티드의 생물학적 활성 단편; 및
f) 본 발명의 폴리펩티드 또는 a), b), c), d) 또는 e)에 정의된 폴리펩티드의 변형 폴리펩티드로부터 선택된 폴리펩티드를 포함하는 것이 특징인 폴리펩티드를 포함한다.
상기 c)에서 언급한 엄중 조건은 다음과 같다:
(i) 비제한적인 예로서, 고 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. 6 ×SSC, 50 mM 트리스-HCl(pH 7.5), 1 mM EDTA, 0.02% PVP, 0.02% Ficoll, 0.02% BSA 및 500 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA로 구성된 완충액내에 65℃에서 8시간 내지 밤새 DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨다. 100 ㎍/㎖ 변성 연어 정자 DNA 및 5∼20 ×106 cpm의 P32 표지된 프로브를 함유하는 예비하이브리드화 혼합물내에서 바람직한 하이브리드화 온도인 65℃하에 48 시간 동안 필터를 하이브리드화시킨다. 대안적으로 하이브리드화 단계는 SSC 완충액[1 ×SSC는 0.15 M NaCl 및 0.15 M 구연산나트륨에 해당함]의 존재하에 65℃에서 수행할 수 있다. 이어서, 2 × SSC, 0.01% PVP, 0.01% 피콜 및 0.01% BSA를 함유하는 용액내에서 1 시간 동안 37℃하에 필터를 세척한 다음 0.1 ×SSC로 45분 동안 50℃에서 세척하였다. 대안적으로, 2 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.5 ×SSC 및 0.1% SDS, 또는 0.1 × SSC 및 0.1% ×SDS를 함유하는 용액에서 15분 간격으로 68℃에서 필터를 세척할 수 있다. 세척 단계 후에, 하이브리드화된 프로브를 방사선 자동 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 고 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있으며, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다. 바람직하게는, 이러한 폴리펩티드는 ORF2 내지 ORF1197이 암호화하는 폴리펩티드의 상동체를 나타낸다. 바람직하게는, 이러한 서열은 ORF2 내지 ORF1197 중 하나가 암호화하는 폴리펩티드의 상동체를 암호화한다. 일양태에서, 이러한 서열은 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화한다.
(ii) 비제한적인 예로서, 중간 엄중 조건을 이용한 절차는 다음과 같다. DNA를 함유하는 필터를 예비하이브리드화시킨 다음 5 ×SSC 완충액 및 표지된 프로브의 존재하에 60℃에서 하이브리드화시킨다. 2 ×SSC를 함유하는 용액내에서 50℃하에 필터를 세척하고, 하이브리드화된 프로브를 자가방사선 사진으로 검출한다. 사용할 수 있는 기타 중간 엄중 조건은 당업계에 공지되어 있고, Sambrook 등의 문헌[1989, Molecular Cloning, A Laboratroy Manual, 제2판, Cold Spring Harbor Press, N.Y., pp 9.47-9.57] 및 Ausubel 등의 문헌[1989, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publishing Associates and Wiley Interscience, 뉴욕]에 개시되어 있으며, 그 전문을 참고로 인용한다. 바람직하게는, 이러한 서열은 ORF2 내지 ORF1197 중 하나가 암호화하는 폴리펩티드의 상동체를 암호화한다. 일양태에서, 이러한 서열은 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화한다.
본 발명의 설명에서, 폴리펩티드, 펩티드 및 단백질은 상호 교환가능하다.
본 발명은 천연 형태로 존재하는 폴리펩티드에 관한 것이 아님을 이해해야 한다. 즉, 이들은 천연 환경에서 취해진 것이 아니지만, 천연 공급원으로부터 정제하여 분리하거나 얻을 수 있다. 또는 대안적으로 유전자 재조합, 또는 화학적 합성으로 얻을 수 있으며, 이 경우 후술하는 바와 같이 비천연 아미노산을 포함할 수 있다.
상동성 폴리펩티드는 천연 폴리펩티드에 대하여, 특히 1 이상의 아미노산의 결실, 첨가 또는 치환, 절두, 연장, 키메라 융합 및/또는 돌연변이와 같은 특정 변형을 나타내는 폴리펩티드, 또는 전사후 변형을 나타내는 폴리펩티드를 일컫는다. 상동성 폴리펩티드 중에서, 본 발명의 폴리펩티드의 아미노산 서열과 80% 이상, 바람직하게는 90% 상동성 또는 동일성을 나타내는 아미노산의 폴리펩티드가 바람직하다. 치환의 경우, 1 이상의 연속 또는 비연속 아미노산을 "등가" 아미노산으로 대체한다. "등가" 아미노산이란 기본 구조내 아미노산 중 하나 대신 치환될 수 있는 임의의 아미노산으로서 해당 펩티드의 생물학적 활성을 거의 변형시키지 않는 아미노산을 의미하며, 후술되어 있다.
단백질 및/또는 핵산 서열 상동체는 당업계에 공지된 임의의 각종 서열 비교 알고리즘 및 프로그램을 사용하여 평가할 수 있다. 이러한 알고리즘 및 프로그램의 비제한적인 예로는 TBLASTN, BLASTP, FASTA, TFASTA 및 CLUSTALW(Pearson 및 Lipman, 1988, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 85(8):2444-2448; Altschul 등, 1990, J.Mol.Biol. 215(3):403-410; Thompson 등, 1994, Nucleic Acids Res. 22(2):4673-4680; Higgins 등, 1996, Methods Enzymol . 266:383-402; Altschul 등, 1990, J.Mol.Biol. 215(3):403-410; Altschul 등, 1993, Nature Genetics 3:266-272).
특히 바람직한 양태에서, 단백질 및 핵산 서열 상동체는 당업계에 공지되어 있는 Basic Local Alignment Search Tool("BLAST")을 사용하여 평가한다(예컨대 Karlin 및 Altschul, 1990, Proc . Natl . Acad . Sci . USA 87:2267-2268; Altschul 등, 1990, J. Mol . Biol . 215:403-410; Altschul 등, 1993, Nature Genetics 3:266-272; Altschul 등, 1997, Nuc .Acids Res. 25:3389-3402). 특히, 5개의 특정 BLAST 프로그램을 사용하여 다음과 같은 업무를 수행한다.
(1) BLASTP 및 BLAST3은 단백질 서열 데이타베이스에 대해 아미노산 의문 서열을 비교한다;
(2) BLASTN은 뉴클레오티드 서열 데이타베이스에 대해 뉴클레오티드 의문 서열을 비교한다;
(3) BLASTX는 단백질 서열 데이타베이스에 대해 의문 뉴클레오티드 서열(양 가닥)의 6-프레임 구상의 해독 생성물을 비교한다;
(4) TBLASTN은 모든 6개의 리딩 프레임(양 가닥)내 해독된 뉴클레오티드 서열 데이타베이스에 대해 의문 단백질 서열을 비교한다;
(5) TBLASTX는 뉴클레오티드 서열 데이타베이스의 6-프레임 해독에 대한 뉴클레오티드 의문 서열의 6-프레임 해독을 비교한다.
BLAST 프로그램은 의문 아미노산 서열 또는 핵산 서열과, 바람직하게는 단백질 또는 핵산 서열 데이타베이스로부터 얻은 시험 서열 사이의 유사한 분절을 확인하여 상동성 서열을 확인하는데, 이를 "고평가치 분절쌍"이라고 한다. 고 평가치 분잘 쌍은, 당업계에 공지된 여러 평가 매트릭스로 확인(즉, 정렬)하는 것이 바람직하다. 바람직하게는 사용된 평가 매트릭스는 BLOSUM62 매트릭스이다(Gonnet 등, 1992, Science 256:1443-1445; Henikoff 및 Henikoff, 1993, Proteins 17:49-61). PAM 또는 PAM250 매트릭스를 사용할 수 있으나, 덜 바람직하다(참조: 예컨대, Schwartz 및 Dayhoff, eds., 1978, Matrices for Detecting Distance Relationships: Atlas of Protein Sequence and Structure, 워싱톤주: 국립 생물의학 연구 재단).
BLAST 프로그램은 확인된 모든 고평가치 분절쌍의 통계적 유의수준을 평가하고, 바람직하게는 사용자 특정화된 상동성(%)과 같은 사용자가 특정화한 유의성 한계를 만족시키는 분절을 선별한다. 바람직하게는, 고평가치 분절쌍의 통계학적 유의성은 Karlin의 통계학적 유의성 공식을 사용하여 평가한다(참조: 예컨대, Karlin 및 Altschul, 1990, Proc.Natl.Acad.Sci. USA 87:2267-2268).
등가 아미노산은 치환될 아미노산과의 구조적인 상동성, 또는 수행할 수 있는 각종 폴리펩티드 사이의 생물학적 활성의 비교 시험 결과를 기초로 하여 결정할 수 있다.
예로서, 해당 변형 폴리펩티드의 생물학적 활성의 실질적인 변형을 초래하지 않고 수행할 수 있는 치환이 가능할 수 있다. 예를 들면 류신을 발린 또는 이소류신으로 치환, 아스파르트산을 글루탐산으로 치환, 글루타민을 아스파라긴으로 치환, 아르기닌을 리신으로 치환할 수 있으며, 동일한 조건하에 역치환도 가능하다.
상동성 폴리펩티드는 전술한 바와 같이 상동성 뉴클레오티드 서열이 암호화하는 폴리펩티드에 상응하며, 따라서 클라미디아내 존재할 수 있고, 특히 1 이상의 아미노산의 절두, 치환, 결실 및/또는 첨가에 해당하는 종내 또는 종간 변형에 상응하는 폴리펩티드 또는 돌연변이된 폴리펩티드도 본 발명에 포함된다.
본 발명의 폴리펩티드의 생물학적 활성 단편은, 전술한 바와 같이 본 발명의 폴리펩티드의 1 이상의 특성을 나타내는 폴리펩티드 단편을 일컫는다. 특히
- 클라미디아 트라코마티스에 대해 유도되는 면역 반응을 유발할 수 있는 단편; 및/또는
- 본 발명의 폴리펩티드에 대해 특이적인 항체가 인지할 수 있는 단편; 및/또는
- 클라미디아 트라코마티스의 폴리펩티드 또는 뉴클레오티드 서열에 결합할 수 있는 단편; 및/또는
- 클라미디아 트라코마티스의 유전자 발현을 조정, 조절, 유도 또는 억제할 수 있는 단편, 및/또는 숙주 세포 및/또는 유기체내 클라미디아 트라코마티스 또는 관련 미생물 중 하나의 복제 사이클을 조절할 수 있는 단편; 및/또는
- 부분적인 생물학적 활성, 예컨대 구조 활성(세포 외피, 리보좀), 효소(대사) 활성, 수송 활성, 분비 활성 또는 독성을 나타낼 수 있는 단편이다.
본 발명의 폴리펩티드 단편은 최소 5개 아미노산, 바람직하게는 10개 아미노산 또는 바람직하게는 15개 아미노산을 포함하는 폴리펩티드를 의미한다. 이러한 단편은 공공연하게 이용할 수 있는 데이타베이스에는 현재 기록되지 않은 ORF2 내지 ORF1197이 암호화하는 폴리펩티드 일부만을 의미한다.
본 발명의 폴리펩티드 단편은 클라미디아 트라코마티스내 자연적으로 존재하거나 또는 클라미디아 트라코마티스가 분비하는 분리 또는 정제 단편에 해당할 수 있다. 또는, 트립신 또는 키모트립신 또는 콜라제나제와 같은 단백질 분해 효소, 또는 시아노겐 브로마이드(CNBr)와 같은 화학제로 폴리펩티드를 절단하거나, 대안적으로 고도로 산성인 환경(예, pH2.5)에 펩티드를 두어 얻을 수 있는 단편에 해당할 수 있다. 이러한 폴리펩티드 단편은, 이러한 단편을 발현할 수 있는 핵산을 함유하는 본 발명의 발현 벡터로 형질전환된 숙주 세포를 이용하여 화학적 합성으로 동일하게 제조하고, 조절 및/또는 발현을 위한 적절한 성분의 제어하에 둘 수 있다.
본 발명의 폴리펩티드의 "변형 폴리펩티드"는 정상 서열에 대하여 1 이상의 변형을 나타내는, 후술되는 바와 같이 유전자 재조합 또는 화학적 합성으로 얻어지는 폴리펩티드를 의미한다. 이들 변형은 특이성 또는 활성 효과를 담당하는 아미노산, 또는 구조 정합, 전하 또는 소수성을 담당하는 아미노산, 및 본 발명의 폴리펩티드의 다량체화 및 막 삽입 능력을 당담하는 아미노산에 영향을 줄 수 있다. 따라서, 등가, 증가 또는 감소 활성과, 등가, 더 제한된 또는 더욱 광범위한 특이성을 나타내는 폴리펩티드를 형성할 수 있다. 변형 폴리펩티드 중에서, 최대 5개의 아미노산이 N 말단 또는 C 말단에서 변형 및 절두되거나, 대안적으로 결실 또는 첨가될 수 있는 폴리펩티드를 의미할 수 있다.
전술한 바와 같이, 폴리펩티드의 변형은 특히,
- 클라미디아, 특히 클라미디아 트라코마티스와 이의 변종, 관련 미생물 중 하나의 유전자 발현을 조정, 조절, 억제 또는 유도하고/또는 숙주 세포 및/또는 유기체에서 클라미디아, 특히 클라미디아 트라코마티스 및 이의 변종이나 관련 미생물 중 하나의 복제 사이클을 조정할 수 있고,
- 생합성 또는 생분해 방법, 또는 백신 조성물내로 도입하는 방법에 사용할 수 있으며,
- 치료 용도의 화합물로서 생체적합성을 변형시킬 수 있다.
이러한 변형 폴리펩티드는 변형 폴리펩티드의 유전자 발현을 조정, 조절, 억제 또는 유도하거나, 또는 세포 또는 미생물 복제 사이클 또는 증식을 조정할 수 있는 임의의 세포 또는 미생물에 사용할 수 있다. 진핵 세포 또는 원핵 세포에서 조정의 입증 방법은 당업계에 공지되어 있다. 상기 세포 또는 미생물은, 특히 종양 세포나 감염 미생물로부터 선택되며, 상기 변형 폴리펩티드는 세포 또는 미생물의 존재와 연관된 질병 상태를 예방 또는 치료하는데 사용할 수 있다. 상기 변형 폴리펩티드를 암호하는 뉴클레오티드 서열은, 예컨대 후술되는 본 발명의 벡터 매개로 조정하는 데 사용하여 질병을 예방 또는 치료할 수 있다.
상기 변형 폴리펩티드는 조합 화학으로 얻을 수 있으며, 모델, 예컨대 세포 배양물 또는 미생물에서 시험하기 전에 폴리펩티드의 일부를 전체적으로 다양하게 하여 가장 활성을 갖고 바람직한 특성을 나타내는 화합물을 선별할 수 있다.
화학적 합성은
- 비천연 아미노산, 또는
- 비펩티드 결합을 이용할 수 있는 장점이 있다.
따라서, 본 발명의 폴리펩티드의 수명을 연장하기 위해서, 비천연 아미노산, 예컨대 D형, 또는 대안적으로 아미노산 유사체, 특히 황 함유 형태를 사용하는 것이 유리할 수 있다.
마지막으로, 본 발명의 폴리펩티드드 구조, 상동성 또는 변형 형태 뿐 아니라 해당 단편을 폴리펩티드 유형의 화학 구조 등으로 통합할 수 있다. 따라서, 프로테아제가 인식하지 않는 화합물을 N- 및 C-말단에서 제공하는 것이 유리할 수 있다.
또한, 본 발명의 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드도 본 발명의 일부를 형성한다. 특히 바람직한 특성을 나타내는 폴리펩티드를 암호화하는 ORF 뉴클레오티드 서열은 후술되어 있다. 후술한 바람직한 ORF의 각 군에 대하여, 표시된 개별적인 ORF외에도, 이러한 ORF가 "조합된" ORF의 일부로서 존재하는 경우, "조합된" ORF도 바람직한 군에 포함된다.
더욱 구체적으로, 본 발명은 세포 외피, 바람직하게는 클라미디아 트라코마티스의 외부 세포 외피 또는 이의 대표 단편 중 하나, 예컨대 외막의 주 단백질, 유착 단백질 또는 클라미디아 세포벽의 조성내로 유입되는 단백질을 암호화하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열을 제공한다. 이들 서열 중에서, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 서열이 가장 바람직하다:
ORF3; ORF19; ORF51; ORF189; ORF212; ORF213; ORF324; ORF477; ORF478; ORF479; ORF481; ORF482; ORF483; ORF484; ORF486; ORF488; ORF489; ORF490; ORF572; ORF573; ORF742; ORF817; ORF818; ORF820; ORF1035; ORF1036; ORF1037; ORF1038; ORF1070; ORF1071; ORF1073 및 그 대표 단편 중 하나.
세포질 막 및 박테리아 세포벽의 구조는 회합 단백질에 좌우된다. 세포질 막 구조로 인해 물, 수용성 물질 및 작은 크기 분자(이온, 작은 유기 분자, 펩티드 또는 단백질)에 불투과성이 된다. 세포 또는 박테리아내로 유입되거나 또는 이를 저해하기 위해서, 리간드는 세포질 막(수용체)에 고착된 단백질과 특정 관계가 있어야 한다. 막에 고착되는 단백질은 박테리아내에서 교환을 제어하기 때문에 대사에 중요한 역할을 함다. 이들 교환은 박테리아에 대한 해당 분자(당 및 작은 펩티드와 같은 소분자) 뿐 아니라 항생제나 중금속과 같은 박테리에 대한 바람직하지 않은 분자에도 적용된다.
막의 이중 지질층 구조는 알파 헬릭스를 형성하는 약 20개 아미노산의 소수성 도메인으로 삽입되는 단백질을 필요로 한다. 주로 소수성이며 유효한 경막 영역은 뉴클레오티드 서열로부터 추론된 단백질의 1차 서열로부터 예측할 수 있다. 1종 이상의 추정 경막 도메인은 단백질이 세포질 막과 회합할 수 있고 중요한 대사 역할을 할 수 있는 가능성을 증대시키거나, 대안적으로 단백질을 노출시켜 유효 보호성 에피토프를 나타낼 수 있도록 한다.
막내로 삽입되는 단백질이 정전기 결합을 통해 서로 상호작용할 수 있는 몇개의 경막 도메인을 나타내는 경우, 이들 단백질은 다수 물질에 대해 투과성인 막을 통과하는 기공을 형성할 수 있다. 경막 도메인을 갖지 않는 단백질은 세포질 막내 지방산의 매개로 고착될 수 있으며, 일부 경우 단백질과 그 고착물 사이의 결합 을 파괴시켜 박테리아 외부의 펩티드를 방출시킨다.
바람직하게는, 본 발명은 1 내지 3개의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나를 암호화하고 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다:
ORF2; ORF3; ORF5; ORF8; ORF9; ORF10; ORF11; ORF12; ORF17; ORF21; ORF26; ORF27; ORF28; ORF29; ORF30; ORF31; ORF33; ORF35; ORF37; ORF39; ORF40; ORF41; ORF42; ORF43; ORF44; ORF45; ORF46; ORF47; ORF48; ORF49; ORF52; ORF53; ORF55; ORF56; ORF58; ORF65; ORF66; ORF68; ORF70; ORF74; ORF75; ORF76; ORF78; ORF79; ORF81; ORF82; ORF83; ORF86; ORF91; ORF92; ORF94; ORF97; ORF100; ORF102; ORF103; ORF105; ORF106; ORF107; ORF109; ORF110; ORF111; ORF112; ORF113; ORF114; ORF115; ORF116; ORF117; ORF120; ORF122; ORF123; ORF130; ORF134; ORF135; ORF137; ORF140; ORF141; ORF143; ORF144; ORF145; ORF147; ORF148; ORF149; ORF150; ORF151; ORF155; ORF156; ORF162; ORF163; ORF164; ORF165; ORF166; ORF167; ORF168; ORF169; ORF170; ORF171; ORF173; ORF175; ORF176; ORF177; ORF181; ORF183; ORF184; ORF186; ORF187; ORF188; ORF190; ORF191; ORF192; ORF194; ORF195; ORF196; ORF197; ORF198; ORF199; ORF201; ORF202; ORF204; ORF206; ORF207; ORF209; ORF212; ORF213; ORF217; ORF219; ORF220; ORF221; ORF222; ORF223; ORF224; ORF225; ORF227; ORF228; ORF231; ORF232; ORF234; ORF236; ORF237; ORF243; ORF244; ORF245; ORF247; ORF248; ORF249; ORF252; ORF254; ORF257; ORF260; ORF261; ORF263; ORF265; ORF266; ORF267; ORF270; ORF271; ORF272; ORF274; ORF276; ORF277; ORF278; ORF279; ORF282; ORF283; ORF284; ORF285; ORF287; ORF289; ORF290; ORF291; ORF294; ORF298; ORF305; ORF306; ORF310; ORF311; ORF313; ORF315; ORF316; ORF319; ORF320; ORF322; ORF323; ORF325; ORF326; ORF327; ORF328; ORF330; ORF331; ORF332; ORF333; ORF334; ORF335; ORF336; ORF338; ORF339; ORF340; ORF341; ORF344; ORF345; ORF348; ORF349; ORF350; ORF351; ORF352; ORF353; ORF356; ORF357; ORF358; ORF361; ORF362; ORF366; ORF367; ORF368; ORF370; ORF372; ORF373; ORF375; ORF377; ORF378; ORF379; ORF380; ORF382; ORF383; ORF384; ORF385; ORF387; ORF389; ORF390; ORF391; ORF393; ORF396; ORF398; ORF399; ORF403; ORF404; ORF406; ORF407; ORF413; ORF414; ORF417; ORF418; ORF420; ORF421; ORF424; ORF426; ORF427; ORF428; ORF430; ORF433; ORF434; ORF435; ORF436; ORF437; ORF440; ORF443; ORF446; ORF448; ORF450; ORF451; ORF454; ORF455; ORF457; ORF458; ORF459; ORF463; ORF464; ORF466; ORF467; ORF468; ORF469; ORF470; ORF473; ORF474; ORF475; ORF476; ORF477; ORF479; ORF480; ORF481; ORF483; ORF484; ORF485; ORF486; ORF487; ORF488; ORF491; ORF493; ORF496; ORF497; ORF498; ORF500; ORF501; ORF503; ORF504; ORF508; ORF512; ORF513; ORF514; ORF519; ORF521; ORF523; ORF524; ORF526; ORF527; ORF529; ORF530; ORF531; ORF532; ORF534; ORF536; ORF537; ORF538; ORF540; ORF541; ORF542; ORF543; ORF544; ORF545; ORF546; ORF547; ORF551; ORF552; ORF553; ORF555; ORF558; ORF559; ORF560; ORF561; ORF562; ORF566; ORF567; ORF568; ORF569; ORF571; ORF572; ORF574; ORF575; ORF576; ORF580; ORF582; ORF585; ORF587; ORF589; ORF592; ORF593; ORF595; ORF596; ORF597; ORF599; ORF601; ORF602; ORF603; ORF604; ORF608; ORF609; ORF610; ORF611; ORF615; ORF616; ORF617; ORF618; ORF621; ORF622; ORF623; ORF624; ORF625; ORF628; ORF632; ORF633; ORF634; ORF635; ORF637; ORF638; ORF640; ORF641; ORF643; ORF646; ORF648; ORF649; ORF651; ORF652; ORF653; ORF654; ORF655; ORF658; ORF664; ORF665; ORF666; ORF668; ORF669; ORF670; ORF671; ORF672; ORF673; ORF674; ORF676; ORF677; ORF678; ORF680; ORF682; ORF683; ORF684; ORF686; ORF688; ORF689; ORF690; ORF691; ORF692; ORF693; ORF695; ORF696; ORF698; ORF701; ORF703; ORF704; ORF705; ORF706; ORF707; ORF709; ORF710; ORF711; ORF712; ORF713; ORF714; ORF715; ORF717; ORF718; ORF720; ORF721; ORF722; ORF724; ORF726; ORF728; ORF729; ORF730; ORFJ31; ORF732; ORF733; ORF734; ORF737; ORF738; ORF739; ORF740; ORF742; ORF743; ORF744; ORF745; ORF746; ORF748; ORF750; ORF751; ORF752; ORF753; ORF754; ORF755; ORF757; ORF758; ORF759; ORF760; ORF764; ORF766; ORF768; ORF769; ORF771; ORF772; ORF773; ORF774; ORF775; ORF776; ORF777; ORF778; ORF779; ORF780; ORF781; ORF782; ORF783; ORF786; ORF787; ORF788; ORF789; ORF790; ORF793; ORF798; ORF800; ORF802; ORF803; ORF806; ORF808; ORF809; ORF810; ORF811; ORF813; ORF814; ORF817; ORF820; ORF822; ORF824; ORF825; ORF827; ORF828; ORF829; ORF830; ORF833;ORF834; ORF835; ORF837; ORF838; ORF839; ORF840; ORF841; ORF842; ORF843; ORF845; ORF848; ORF849; ORF850; ORF851; ORF852; ORF854; ORF855; ORF856; ORF857; ORF859; ORF860; ORF862; ORF863; ORF864; ORF866; ORF869; ORF872; ORF873; ORF874; ORF878; ORF879; ORF880; ORF881; ORF883; ORF884; ORF885; ORF886; ORF887; ORF892; ORF893; ORF894; ORF895; ORF897; ORF899; ORF900; ORF901; ORF904; ORF906; ORF909; ORF910; ORF912; ORF914; ORF917; ORF920; ORF921; ORF922; ORF923; ORF924; ORF925; ORF926; ORF927; ORF930; ORF933; ORF934; ORF935; ORF936; ORF937; ORF940; ORF941; ORF942; ORF943; ORF944; ORF945; ORF947; ORF948; ORF951; ORF952; ORF953; ORF954; ORF955; ORF956; ORF957; ORF958; ORF960; ORF961; ORF962; ORF963; ORF964; ORF966; ORF967; ORF969; ORF970; ORF971; ORF973; ORF974; ORF979; ORF980; ORF981; ORF982; ORF984; ORF988; ORF989; ORF990; ORF991; ORF995; ORF996; ORF999; ORF1001; ORF1003; ORF1004; ORF1005; ORF1006; ORF1007; ORF1009; ORF1010. ORF1011; ORF1012; ORF1013; ORF1014; ORF1016; ORF1017; ORF1018; ORF1020; ORF1021; ORF1025; ORF1026; ORF1027; ORF1029; ORF1030; ORF1031; ORF1035; ORF1036; ORF1037; ORF1038; ORF1039; ORF1040; ORF1044; ORF1045; ORF1047; ORF1048; ORF1050; ORF1051: ORF1052; ORF1053; ORF1055; ORF1056; ORF1057; ORF1058; ORF1061; ORF1062; ORF1063; ORF1064; ORF1065; ORF1066; ORF1068; ORF1069; ORF1072; ORF1074; ORF1076 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 4 내지 6개의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나를 암호화하고 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다:
ORF7; ORF14; ORF16; ORF32; ORF34; ORF36; ORF38; ORF50; ORF57; ORF59; ORF61; ORF62; ORF63; ORF64; ORF67; ORF69; ORF72; ORF77; ORF80; ORF84; ORF87; ORF93; ORF95; ORF99; ORF108; ORF119; ORF125; ORF126; ORF129; ORF131; ORF136; ORF139; ORF146; ORF152; ORF154; ORF160; ORF161; ORF172; ORF179; ORF182; ORF185; ORF200; ORF203; ORF205; ORF239; ORF242; ORF250; ORF253; ORF256; ORF259; ORF262; ORF268; ORF275; ORF281; ORF286; ORF288; ORF292; ORF295; ORF296; ORF297; ORF299; ORF300; ORF308; ORF314; ORF317; ORF318; ORF324; ORF342; ORF343; ORF355; ORF360; ORF374; ORF376; ORF386; ORF388; ORF392; ORF394; ORF395; ORF402; ORF405; ORF411; ORF415; ORF416; ORF422; ORF423; ORF429; ORF432; ORF441; ORF442; ORF444; ORF449; ORF452; ORF456; ORF460; ORF461; ORF465; ORF471; ORF472; ORF482; ORF489; ORF492; ORF494; ORF495; ORF502; ORF505; ORF506; ORF509; ORF516; ORF517; ORF520; ORF525; ORF533; ORF539; ORF549; ORF554; ORF557; ORF563; ORF570; ORF573; ORF581; ORF590; ORF591; ORF600; ORF607; ORF612; ORF613; ORF620; ORF626; ORF629; ORF630; ORF639. ORF644; ORF647; ORF656; ORF659; ORF661; ORF685; ORF687; ORF699; ORF700; ORF708; ORF716; ORF719; ORF725; ORF747; ORF749; ORF756; ORF765; ORF767; ORF794; ORF796; ORF797; ORF799; ORF801; ORF807; ORF821; ORF823; ORF826; ORF847; ORF853; ORF861; ORF870; ORF871; ORF875; ORF882; ORF888; ORF889; ORF898; ORF902; ORF903; ORF911; ORF916; ORF931; ORF939; ORF975; ORF976; ORF978; ORF983; ORF986; ORF987; ORF992; ORF993; ORF1000; ORF1002; ORF1008; ORF1019; ORF1022; ORF1032; ORF1034; ORF1046; ORF1054; ORF1060; ORF1071 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 7개 이상의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나를 암호화하고 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다:
ORF4; ORF6; ORF13; ORF20; ORF51; ORF71; ORF88; ORF118; ORF128; ORF132; ORF133; ORF158; ORF159; ORF174; ORF180; ORF189; ORF210; ORF211; ORF214; ORF215; ORF226; ORF229; ORF233; ORF235; ORF240; ORF246; ORF251; ORF255; ORF273; ORF354; ORF364; ORF369; ORF371; ORF397; ORF401; ORF409; ORF412; ORF419; ORF439; ORF453; ORF462; ORF490; ORF510; ORF511; ORF518; ORF535; ORF548; ORF550; ORF564; ORF565; ORF578; ORF579; ORF614; ORF631; ORF636; ORF650; ORF662; ORF667; ORF679; ORF681; ORF702; ORF727; ORF741; ORF763; ORF791; ORF792; ORF815; ORF816; ORF832; ORF846; ORF858; ORF865; ORF867; ORF868; ORF877; ORF891; ORF896; ORF907; ORF908; ORF918; ORF919; ORF932; ORF959; ORF977; ORF994; ORF998; ORF1024; ORF1028; ORF1042; ORF1067; ORF1070; ORF1073 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 표면 노출된 폴리펩티드(예, 외막 단백질) 또는 대표 단편 중 하나를 암호화하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것으로서, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다:
ORF2; ORF3; ORF21; ORF22; ORF23; ORF53; ORF77; ORF187; ORF203; ORF383; ORF477; ORF478; ORF479; ORF481; ORF482; ORF483; ORF484; ORF485; ORF486; ORF487; ORF488; ORF489; ORF490; ORF571; ORF572; ORF573; ORF593; ORF670; ORF693; ORF742; ORF749; ORF801; ORF817; ORF818; ORF819; ORF820; ORF851; ORF902; ORF923; ORF1035; ORF1036; ORF1037; ORF1038; ORF1069; ORF1070; ORF1071; ORF1073; ORF1076; ORF1095; ORF1096; ORF1141; ORF1181 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 지단백질 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호화하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것으로서, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다:
ORF 29; ORF 42; ORF 66; ORF 72; ORF 76; ORF 78; ORF 148; ORF 154; ORF 180; ORF 182; ORF 184; ORF 187; ORF 200; ORF 242; ORF 245; ORF 250; ORF 253; ORF 272; ORF 274; ORF 275; ORF 308; ORF 350; ORF 362; ORF 383; ORF 394; ORF 396; ORF 399; ORF 422; ORF 488; ORF 535; ORF 568; ORF 573; ORF 578; ORF 593; ORF 607; ORF 625; ORF 662; ORF 669; ORF 688; ORF 690; ORF 716; ORF 773; ORF 778; ORF 781; ORF 783; ORF 788; ORF 817; ORF 848; ORF 851. ORF 853; ORF 857; ORF 875; ORF 877; ORF 886; ORF 898; ORF902; ORF 923; ORF 938; ORF 976; ORF 978; ORF 990; ORF 1005; ORF 1021; ORF 1035; ORF1069; ORF 1083; ORF 1088; ORF 1089; ORF 1091; ORF 1092; ORF 1095; ORF 1096; ORF 1100; ORF 1105; ORF 1108; ORF 1117; ORF 1120; ORF 1121; ORF 1124; ORF 1128; ORF 1133; ORF 1135; ORF 1139; ORF 1140; ORF 1157; ORF 1159; ORF 1163; ORF 1165; ORF 1167; ORF 1168; ORF 1169; ORF 1171; ORF 1173; ORF 1174; ORF 1177; ORF 1180; ORF 1181; ORF 1186; ORF 1194; ORF 1197 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 지다당류(LPS) 생합성과 연관되어 있는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것으로서, ORF 17, ORF 201, ORF 691, ORF 807, ORF 936, ORF 983, ORF 1019, ORF 1077 및 이의 대표 단편들 중 하나로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
바람직하게는 본 발명은 하기 (a) 내지 (d)를 암호화하는 것이 특징인 본 발명의 추가의 LPS 관련 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
(a) ORF 41, ORF 242, ORF 269, ORF 772 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 클라미디아 트라코마티스 KDO(3-데옥시-D-아미노-옥툴로손산)-관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호화하는 뉴클레오티드 서열;
(b) ORF 139 및 이의 대표 단편에서 선택되는 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 클라미디아 트라코마티스 포스포만노뮤타제 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호하는 뉴클레오티드 서열;
(c) ORF567 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 클라미디아 트라코마티스 포스포글루코뮤타제 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호하는 뉴클레오티드 서열; 및
(d) ORF 4, ORF 933, ORF 934, ORF 935, ORF 1185 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는, 클라미디아 트라코마티스 지질 A 성분 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호화하는 뉴클레오티드 서열.
바람직하게는 본 발명은 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열에 관한 것인데, 이들 서열은 클라미디아 트라코마티스 III형 또는 기타 비III형 분비 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중 하나를 암호화하며, 서열 ORF 180, ORF 181, ORF 207, ORF 208, ORF 372, ORF 391, ORF 399, ORF 477, ORF 486, ORF 749, ORF 758, ORF 819, ORF 878, ORF 888, ORF 896, ORF 897, ORF 900, ORF 902, ORF 923, ORF 1015, ORF 1018, ORF 1059, ORF1060, ORF 1069, ORF 1071, ORF 1073, ORF 1076, ORF 1189 및 그 대표 단편으로부터 선택되는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것을 특징으로 한다.
바람직하게는, 본 발명은 RGD(Arg-Gly-Asp) 부착 부위를 함유하는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호화하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
(a) 외막 단백질인 RGD 함유 단백질은 세포 부착에 더 많은 역할을 할 것 같다. RGD 서열을 함유하는 단백질을 암호화하고 외막 단백질로 분류되는 ORF는 ORF 488, ORF 489, ORF 571, ORF 572, ORF 573 또는 ORF 716 및 이의 대표 단편이다.
(b) 클라미디아의 외막은 분자내 및 분자간 이황화물 연결체의 네트워크를 형성하는 시스테인 풍부 단백질로 이루어져 있다. 이는 클라미디아에는 기타 그람 음성 박테리아가 갖는 펩티도글리칸층이 부재하기 때문에 막의 완전도에 영향을 끼친다. RGD 서열을 갖는 시스테인 풍부 단백질 역시 유력한 백신 후보로 간주된다. 시스테인 풍부 단백질은 평균 게놈 ORF 시스테인 함량 이상으로 그 1차 아미노산 서열내에 3.0%를 넘는 시스테인을 가진 단백질로서 정의된다. 상응하는 ORF는 ORF 114 및 그 대표 단편이다.
(c) 클라미디아의 외막은 디설파이드 결합이 형성하는 망에 기여할 수 있는 N 말단 및 C 말단에 시스테인을 갖는 작은 단백질을 포함할 수 있다. 이들 단백질은 N 말단을 통해서 외막에 고착될 수 있고 노출된 C 말단을 갖을 수 있어, 숙주 세포와 상호작용할 수 있다. 대안적으로, 이들 단백질은 N 말단 및 C 말단을 통해 외막에 고착될 수 있으며, 노출되어 숙주 세포와 상호작용할 수 있는 중간 영역을 가질 수 있다. 처음 30 아미노산내 시스테인을 포함하고 RGD 서열을 포함하는 폴리펩티드를 암호화하는 ORF는 다음과 같다: ORF 101, ORF 122, ORF 308, ORF 488, ORF 489, ORF 571, ORF 572, ORF 573, ORF 651, ORF 679, ORF 680, ORF 705, ORF 716, ORF 763, ORF 870, ORF 878, ORF 879, ORF 995, ORF 1028, ORF 1029, ORF 1176 및 이의 대표 단편 중 하나.
(d) 클라미디아 뉴모니아에서 유래한 RGD 함유 ORF에 상동성인 RGD 함유 ORF는 ORF 28, ORF 101, ORF 125, ORF 155, ORF 156, ORF 286, ORF 571, ORF 572, ORF 573, ORF 763, ORF 870 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람작하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 세포벽에 고착된 표면 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나를 암호화하는 것이 특징인 뉴클레오티드 서열에 관한 것으로서, 상기 뉴클레오티드 서열은 ORF 662, ORF 681, ORF 1182, ORF 1192 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 뉴모니아(Blastp P>e-10)에서는 발견되지 않는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드를 암호화하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것으로서, 상기 뉴클레오티드 서열은 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함한다:
ORF 2; ORF 18; ORF 60; ORF 66; ORF 67; ORF 68; ORF 69; ORF 70; ORF 81; ORF 89; ORF 107; ORF 108; ORF 109; ORF 134; ORF 147; ORF 191; ORF 194; ORF 216; ORF 217; ORF 218; ORF 219; ORF 220; ORF 221; ORF 222; ORF 223; ORF 224; ORF 225; ORF 228; ORF 235; ORF 257; ORF 276; ORF 277; ORF 278; ORF 279; ORF 280; ORF 281; ORF 282; ORF 283; ORF 284; ORF 285; ORF 289; ORF 291; ORF 298; ORF 313; ORF 314; ORF 315; ORF 316; ORF 334; ORF 335; ORF 336; ORF 337; ORF 338; ORF 339; ORF 340; ORF 381; ORF 393; ORF 413; ORF 418; ORF 419; ORF 420; ORF 421; ORF 422; ORF 423; ORF 436; ORF460; ORF 475; ORF 476; ORF 480; ORF 485; ORF 487; ORF 491; ORF 492; ORF 493; ORF 494; ORF 496; ORF 500; ORF 504; ORF 514; ORF 527; ORF 559; ORF 569; ORF 570; ORF 575; ORF 580; ORF 582; ORF 593; ORF 598; ORF 632; ORF 640; ORF 651; ORF 671; ORF 690; ORF 694; ORF 698; ORF 710; ORF 722; ORF 723; ORF 724; ORF 770; ORF 771; ORF 782; ORF 783; ORF 784; ORF 790; ORF 795; ORF 798; ORF 805; ORF 810; ORF 817; ORF 829; ORF 830; ORF 864; ORF 866; ORF 876; ORF 887; ORF 892; ORF 899; ORF 913; ORF 921; ORF 933; ORF 938; ORF949; ORF 956; ORF 1010; ORF 1017; ORF 1018; ORF 1027; ORF 1030; ORF 1037; ORF 1038; ORF1047; ORF 1072; ORF 1074; ORF 1075; ORF 1078; ORF 1079; ORF 1081; ORF 1083; ORF 1084; ORF 1087; ORF 1088; ORF 1089; ORF 1091; ORF 1092; ORF 1094; ORF 1095; ORF 1096; ORF 1098; ORF 1104; ORF 1105; ORF 1106; ORF 1108; ORF 1110; ORF 1114; ORF 1115; ORF 1116; ORF 1117; ORF 1119; ORF 1128; ORF 1132; ORF 1133; ORF 1135; ORF 1136; ORF 1139; ORF 1140; ORF 1141; ORF 1142; ORF 1144; ORF 1148; ORF 1151; ORF 1155; ORF 1157; ORF 1159,
ORF 1161; ORF 1162; ORF 1165; ORF 1166; ORF 1167; ORF 1168; ORF 1169; ORF 1171; ORF 1172; ORF 1173; ORF 1174; ORF 1175; ORF 1176; ORF 1177; ORF 1178; ORF 1180; ORF 1181; ORF 1183; ORF 1184; ORF 1186; ORF 1187; ORF 1188; ORF 1192; ORF 1194; ORF 1197 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 중간 대사, 특히 당 및/또는 보조인자 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나, 예컨대 트리오스 포스페이트 이소머라제 또는 피루베이트 키나아제를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF10; ORF44; ORF45; ORF46; ORF47; ORF93; ORF101; ORF102; ORF103; ORF106; ORF107; ORF120; ORF121; ORF130; ORF135; ORF140; ORF143; ORF144; ORF145; ORF158; ORF159; ORF160; ORF161; ORF192; ORF193; ORF196; ORF197; ORF198; ORF199; ORF227; ORF229; ORF236; ORF236; ORF239; ORF243; ORF245; ORF264; ORF265; ORF297; ORF331; ORF333; ORF359; ORF360; ORF374; ORF404; ORF405; ORF405; ORF410; ORF415; ORF415; ORF416; ORF417; ORF432; ORF460; ORF461; ORF462; ORF495; ORF513; ORF515; ORF566; ORF566; ORF566; ORF589; ORF613; ORF645; ORF646; ORF647; ORF652; ORF653; ORF654; ORF672; ORF673; ORF674; ORF682; ORF684; ORF692; ORF700; ORF725; ORF801; ORF802; ORF835; ORF836; ORF837; ORF860; ORF861; ORF862; ORF863; ORF869; ORF869; ORF925; ORF964; ORF983 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 뉴클레오티드 또는 핵산의 중간 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 CTP 신테타제 또는 GMP 신테타제를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF142; ORF142; ORF169; ORF256; ORF268; ORF325; ORF352; ORF366; ORF435; ORF444; ORF528; ORF529; ORF530; ORF548; ORF549; ORF601; ORF602; ORF617; ORF619; ORF644; ORF745; ORF971; ORF972; ORF1023 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 핵산의 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 DNA 폴리머라제 또는 DNA 토포이소머라제를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF5; ORF12; ORF82; ORF96; ORF97; ORF98; ORF99; ORF100; ORF105; ORF118; ORF136; ORF137; ORF163; ORF190; ORF204; ORF259; ORF260; ORF262; ORF290; ORF300; ORF301; ORF302; ORF387; ORF427; ORF434; ORF441; ORF444; ORF471; ORF595; ORF596; ORF597; ORF599; ORF600; ORF605; ORF612; ORF624; ORF625; ORF650; ORF657; ORF658; ORF702; ORF703; ORF704; ORF708; ORF719; ORF766; ORF767; ORF775; ORF779; ORF787; ORF788; ORF794; ORF841; ORF842; ORF883; ORF884; ORF907; ORF918; ORF924; ORF928; ORF929; ORF962; ORF962; ORF963; ORF969; ORF970; ORF975; ORF979; ORF995; ORF1031; ORF1032 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 아미노산 또는 폴리펩티드의 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 세린 히드록시메틸 트랜스퍼라제 또는 아미노산을 전달 RNA에 적재하는 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF27; ORF41; ORF55; ORF56; ORF57; ORF59; ORF62; ORF63; ORF64; ORF65; ORF119; ORF132; ORF240; ORF241; ORF277; ORF278; ORF279; ORF382; ORF406; ORF428; ORF442; ORF446; ORF447; ORF453; ORF454; ORF541; ORF542; ORF591; ORF608; ORF609; ORF610; ORF618; ORF648; ORF649; ORF660; ORF661; ORF677; ORF717; ORF765; ORF797; ORF871; ORF875; ORF920; ORF922; ORF937; ORF998; ORF1020; ORF1021; ORF1034; ORF1044; ORF1046; ORF1049 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 폴리펩티드 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 단백질 키나아제 또는 프로테아제를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF21; ORF22; ORF23; ORF24; ORF25; ORF26; ORF75; ORF84; ORF86; ORF92; ORF133; ORF151; ORF152; ORF157; ORF179; ORF209; ORF307; ORF326; ORF343; ORF344; ORF345; ORF371; ORF429; ORF519; ORF557; ORF586; ORF587; ORF630; ORF656; ORF706; ORF707; ORF730; ORF751; ORF752; ORF786; ORF847; ORF885; ORF923; ORF978; ORF1039; ORF1048 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 지방산 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 숙시닐-CoA-합성 단백질 또는 포스파티딜세린 신테타제를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF4; ORF15; ORF16; ORF141; ORF173; ORF205; ORF205; ORF206; ORF207; ORF208; ORF312; ORF355; ORF415; ORF550; ORF558; ORF560; ORF561; ORF574; ORF574; ORF577; ORF578; ORF590; ORF614; ORF772; ORF808; ORF809; ORF904; ORF905; ORF905; ORF933; ORF934; ORF934; ORF936 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 세포벽 합성과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 KDO 트랜스퍼라제, 또는 노출된 단백질에 대한 특정 당의 부착을 담당하는 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF87; ORF196; ORF242; ORF269; ORF628; ORF629; ORF634; ORF635; ORF637; ORF638; ORF1019 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 전사, 해독 및/또는 성숙 과정과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 개시 인자, RNA 폴리머라제 또는 일부 샤페론 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF112; ORF113; ORF332; ORF212; ORF213; ORF350; ORF362; ORF363; ORF364; ORF407; ORF451; ORF546; ORF643; ORF744; ORF746; ORF833; ORF868; ORF981; ORF982; ORF1003; ORF1011; ORF1042 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 리보좀 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 리보좀 단백질 L21, L27 및 S10을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF114; ORF115; ORF116; ORF328; ORF361; ORF375; ORF445; ORF543; ORF584; ORF585; ORF743; ORF813; ORF941; ORF942; ORF944; ORF946; ORF947; ORF948; ORF950; ORF951; ORF952; ORF953; ORF954; ORF955; ORF955; ORF957; ORF958; ORF960; ORF961; ORF1040; ORF1041; ORF1043; ORF1063; ORF1064 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 수송 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 아미노산, 당 및 일부 올리고펩티드를 수송하는 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF6; ORF50; ORF51; ORF80; ORF125; ORF126; ORF128; ORF129; ORF215; ORF246; ORF248; ORF249; ORF251; ORF252; ORF253; ORF255; ORF271; ORF275; ORF293; ORF309; ORF323; ORF324; ORF398; ORF401; ORF449; ORF511; ORF512; ORF564; ORF565; ORF667; ORF679; ORF680; ORF711; ORF712; ORF713; ORF714; ORF715; ORF730; ORF731; ORF736; ORF737; ORF738; ORF870; ORF908; ORF919; ORF977; ORF987; ORF988; ORF992; ORF993; ORF994; ORF1028; ORF1029 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 독성 과정과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 에스케리치아 콜리(Escherichia coli) vacB 단백질과 유사한 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF20; ORF815; ORF816; ORF898; ORF1059; ORF1060 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 분비계와 관련되거나 또는 분비되는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나, 예컨대 살모넬라 (Sa1monellae) 또는 예르시니아(Yersiniae)와 같은 일부 박테리아의 분비계의 단백질에 대해 상동성이 있는 단백질을 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF758; ORF888; ORF889; ORF890; ORF891; ORF896; ORF897; ORF898 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아에 특이적인 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중의 하나를 암호화하고, 하기 서열로부터 선택된 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 특징인 본 발명의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
ORF22; ORF29; ORF31; ORF32; ORF34; ORF35; ORF39; ORF40; ORF43; ORF48; ORF49; ORF50; ORF52; ORF53. ORF54; ORF72; ORF77; ORF78; ORF87; ORF90; ORF95; ORF108; ORF110; ORF111; ORF122; ORF123; ORF124; ORF127; ORF138; ORF144; ORF146; ORF153; ORF155; ORF164; ORF166; ORF175; ORF182; ORF184; ORF186; ORF187; ORF188; ORF202; ORF210; ORF247; ORF258; ORF266; ORF267; ORF270; ORF273; ORF274; ORF295; ORF296; ORF305; ORF306; ORF309; ORF318; ORF319; ORF322; ORF326; ORF342; ORF357; ORF376; ORF379; ORF380; ORF388; ORF390; ORF400; ORF431; ORF433; ORF438; ORF443; ORF456; ORF457; ORF458; ORF464; ORF468; ORF470; ORF473; ORF486; ORF489; ORF497; ORF501; ORF503; ORF504; ORF508; ORF512; ORF521; ORF522; ORF523; ORF524; ORF533; ORF535; ORF536; ORF537; ORF538; ORF539; ORF540; ORF554; ORF563; ORF572; ORF579; ORF595; ORF603; ORF604; ORF606; ORF607; ORF615; ORF616; ORF622; ORF641; ORF642; ORF659; ORF668; ORF670; ORF693; ORF695; ORF696; ORF699; ORF703; ORF704; ORF716; ORF726; ORF728; ORF739; ORF742; ORF747; ORF750; ORF751; ORF755; ORF757; ORF759; ORF761; ORF762; ORF763; ORF764; ORF773; ORF780; ORF781; ORF789; ORF800; ORF803; ORF804; ORF818; ORF820; ORF822; ORF823; ORF824; ORF827; ORF828; ORF839; ORF849; ORF850; ORF851; ORF852; ORF855; ORF856; ORF857; ORF858; ORF859; ORF860; ORF861; ORF862; ORF863; ORF865; ORF868; ORF869; ORF870; ORF871; ORF872; ORF873; ORF874; ORF875; ORF877; ORF878; ORF880; ORF882; ORF884; ORF886; ORF893; ORF901; ORF906; ORF910; ORF912; ORF915; ORF916; ORF917; ORF926; ORF929; ORF933; ORF965; ORF967; ORF968; ORF984; ORF986; ORF989; ORF990; ORF996; ORF997; ORF1001; ORF1002; ORF1013; ORF1016; ORF1031; ORF1033; ORF1035; ORF1049; ORF1051; ORF1052; ORF1054; ORF1056; ORF1057; ORF1058; ORF1062; ORF1070; ORF1071; ORF1073 및 이의 대표 단편 중 하나.
본 발명의 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드 뿐 아니라 이러한 폴리펩티드를 포함하는 융합 폴리펩티드도 본 발명의 일부이다. 일양태에서, 폴리펩티드 및 융합 폴리펩티드는 클라미디아 트라코마티스로 감염된 개체의 혈청반응양성 혈청과 면역반응한다. 예를 들어, 특히 바람직한 특성을 나타내는 폴리펩티드 서열을 전술한 바 있다. 전술한 바람직한 폴리펩티드의 각 군에 대하여, 제시된 각 폴리펩티드 외에도 이러한 폴리펩티드가 "조합된" 폴리펩티드의 일부로서 암호되는 경우, 이러한 "조합된" 폴리펩티드는 바람직한 군에 포함된다.
본 발명은 클라미디아 뉴모니아의 세포 외피, 특히 외부 세포 외피의 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편인 것이 특징인 본 발명의 폴리펩티드에 관한 것이다. 본 발명에 따라서, 상기 폴리펩티드는 다음 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 바람직하다.
서열번호 3; 서열번호 19; 서열번호 51; 서열번호 189; 서열번호 212; 서열번호 213; 서열번호 324; 서열번호 477; 서열번호 478; 서열번호 479; 서열번호 481; 서열번호 482; 서열번호 483; 서열번호 484; 서열번호 486; 서열번호 488; 서열번호 489; 서열번호 490; 서열번호 572; 서열번호 573; 서열번호 742; 서열번호 817; 서열번호 818; 서열번호 820; 서열번호 1035; 서열번호 1036; 서열번호 1037; 서열번호 1038; 서열번호 1070; 서열번호 1071; 서열번호 1073 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 1 내지 3개의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나이고 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 2; 서열번호 3; 서열번호 5; 서열번호 8; 서열번호 9; 서열번호 10; 서열번호 11; 서열번호 12; 서열번호 17; 서열번호 21; 서열번호 26; 서열번호 27; 서열번호 28; 서열번호 29; 서열번호 30; 서열번호 31; 서열번호 33; 서열번호 35; 서열번호 37; 서열번호 39; 서열번호 40; 서열번호 41; 서열번호 42; 서열번호 43; 서열번호 44; 서열번호 45; 서열번호 46; 서열번호 47; 서열번호 48; 서열번호 49; 서열번호 52; 서열번호 53; 서열번호 55; 서열번호 56; 서열번호 58; 서열번호 65;
서열번호 66; 서열번호 68; 서열번호 70; 서열번호 74; 서열번호 75; 서열번호 76; 서열번호 78; 서열번호 79; 서열번호 81; 서열번호 82; 서열번호 83; 서열번호 86; 서열번호 91; 서열번호 92; 서열번호 94; 서열번호 97; 서열번호 100; 서열번호 102; 서열번호 103; 서열번호 105; 서열번호 106; 서열번호 107; 서열번호 109; 서열번호 110; 서열번호 111; 서열번호 112; 서열번호 113; 서열번호 114; 서열번호 115; 서열번호 116; 서열번호 117; 서열번호 120; 서열번호 122; 서열번호 123; 서열번호 130; 서열번호 134; 서열번호 135; 서열번호 137; 서열번호 140; 서열번호 141; 서열번호 143; 서열번호 144; 서열번호 145; 서열번호 147; 서열번호 148; 서열번호 149; 서열번호 150; 서열번호 151; 서열번호 155; 서열번호 156; 서열번호 162; 서열번호 163; 서열번호 164; 서열번호 165; 서열번호 166; 서열번호 167; 서열번호 168; 서열번호 169; 서열번호 170; 서열번호 171; 서열번호 173; 서열번호 175; 서열번호 176; 서열번호 177; 서열번호 181; 서열번호 183; 서열번호 184; 서열번호 186; 서열번호 187; 서열번호 188; 서열번호 190; 서열번호 191; 서열번호 192; 서열번호 194; 서열번호 195; 서열번호 196; 서열번호 197; 서열번호 198; 서열번호 199; 서열번호 201; 서열번호 202; 서열번호 204; 서열번호 206; 서열번호 207; 서열번호 209; 서열번호 212; 서열번호 213; 서열번호 217; 서열번호 219; 서열번호 220; 서열번호 221; 서열번호 222; 서열번호 223; 서열번호 224; 서열번호 225; 서열번호 227; 서열번호 228; 서열번호 231; 서열번호 232; 서열번호 234; 서열번호 236; 서열번호 237; 서열번호 243; 서열번호 244; 서열번호 245; 서열번호 247; 서열번호 248; 서열번호 249; 서열번호 252; 서열번호 254; 서열번호 257; 서열번호 260; 서열번호 261; 서열번호 263; 서열번호 265; 서열번호 266; 서열번호 267; 서열번호 270; 서열번호 271; 서열번호 272; 서열번호 274; 서열번호 276; 서열번호 277; 서열번호 278; 서열번호 279; 서열번호 282; 서열번호 283; 서열번호 284; 서열번호 285; 서열번호 287; 서열번호 289; 서열번호 290; 서열번호 291; 서열번호 294; 서열번호 298; 서열번호 305; 서열번호 306; 서열번호 310; 서열번호 311; 서열번호 313; 서열번호 315; 서열번호 316; 서열번호 319; 서열번호 320; 서열번호 322; 서열번호 323; 서열번호 325; 서열번호 326; 서열번호 327; 서열번호 328; 서열번호 330; 서열번호 331; 서열번호 332; 서열번호 333; 서열번호 334; 서열번호 335; 서열번호 336; 서열번호 338; 서열번호 339; 서열번호 340; 서열번호 341; 서열번호 344; 서열번호 345; 서열번호 348; 서열번호 349; 서열번호 350; 서열번호 351; 서열번호 352; 서열번호 353; 서열번호 356; 서열번호 357; 서열번호 358; 서열번호 361; 서열번호 362; 서열번호 366; 서열번호 367; 서열번호 368; 서열번호 370; 서열번호 372; 서열번호 373; 서열번호 375; 서열번호 377; 서열번호 378; 서열번호 379; 서열번호 380; 서열번호 382; 서열번호 383; 서열번호 384; 서열번호 385; 서열번호 387; 서열번호 389; 서열번호 390; 서열번호 391; 서열번호 393; 서열번호 396; 서열번호 398; 서열번호 399; 서열번호 403; 서열번호 404; 서열번호 406; 서열번호 407; 서열번호 413; 서열번호 414; 서열번호 417; 서열번호 418; 서열번호 420; 서열번호 421; 서열번호 424; 서열번호 426; 서열번호 427; 서 428; 서열번호 430; 서열번호 433; 서열번호 434; 서열번호 435; 서열번호 436; 서 437; 서열번호 440; 서열번호 443; 서열번호 446; 서열번호 448; 서열번호 450; 서열번호 451; 서열번호 454; 서열번호 455; 서열번호 457; 서열번호 458; 서열번호 459; 서열번호 463; 서열번호 464; 서열번호 466; 서열번호 467; 서열번호 468; 서열번호 469; 서열번호 470; 서열번호 473; 서열번호 474; 서열번호 475; 서열번호 476; 서열번호 477; 서열번호 479; 서열번호 480; 서열번호 481; 서열번호 483; 서 484; 서열번호 485; 서열번호 486; 서열번호 487; 서열번호 488; 서열번호 491; 서열번호 493; 서열번호 496; 서열번호 497; 서열번호 498; 서열번호 500; 서열번호 501; 서열번호 503; 서열번호 504; 서열번호 508; 서열번호 512; 서열번호 513; 서열번호 514; 서열번호 519; 서열번호 521; 서열번호 523; 서열번호 524; 서열번호 526; 서열번호 527; 서열번호 529; 서열번호 530; 서열번호 531; 서열번호 532; 서열번호 534; 서열번호 536; 서열번호 537; 서열번호 538; 서열번호 540; 서열번호 541; 서열번호 542; 서열번호 543; 서열번호 544; 서열번호 545; 서열번호 546; 서열번호 547; 서열번호 551; 서열번호 552; 서열번호 553; 서열번호 555; 서열번호 558; 서열번호 559; 서열번호 560; 서열번호 561; 서열번호 562; 서열번호 566; 서열번호 567; 서열번호 568; 서열번호 569; 서열번호 571; 서열번호 572; 서열번호 574; 서열번호 575; 서열번호 576; 서열번호 580; 서열번호 582; 서열번호 585; 서열번호 587; 서열번호 589; 서열번호 592; 서열번호 593; 서열번호 595; 서열번호 596; 서열번호 597; 서열번호 599; 서열번호 601; 서열번호 602; 서열번호 603; 서열번호 604; 서열번호 608; 서열번호 609; 서열번호 610; 서열번호 611; 서열번호 615; 서열번호 616; 서열번호 617; 서열번호 618; 서열번호 621; 서열번호 622; 서 623; 서열번호 624; 서열번호 625; 서열번호 628; 서열번호 632; 서열번호 633; 서열번호 634; 서열번호 635; 서열번호 637; 서열번호 638; 서열번호 640; 서열번호 641; 서열번호 643; 서열번호 646; 서열번호 648; 서열번호 649; 서열번호 651; 서열번호 652; 서열번호 653; 서열번호 654; 서열번호 655; 서열번호 658; 서열번호 664; 서열번호 665; 서열번호 666; 서열번호 668; 서열번호 669; 서열번호 670; 서서열번호 671; 서열번호 672; 서열번호 673; 서열번호 674; 서열번호 676; 서열번호 677; 서열번호 678; 서열번호 680; 서열번호 682; 서열번호 683; 서열번호 684; 서열번호 686; 서열번호 688; 서열번호 689; 서열번호 690; 서열번호 691; 서열번호 692; 서열번호 693; 서열번호 695; 서열번호 696; 서열번호 698; 서열번호 701; 서열번호 703; 서열번호 704; 서열번호 705; 서열번호 706; 서열번호 707; 서열번호 709; 서열번호 710; 서열번호 711; 서열번호 712; 서열번호 713; 서열번호 714; 서열번호 715; 서열번호 717; 서열번호 718; 서열번호 720; 서열번호 721; 서열번호 722; 서열번호 724; 서열번호 726; 서열번호 728; 서열번호 729; 서열번호 730; 서열번호 731; 서열번호 732; 서열번호 733; 서열번호 734; 서열번호 737; 서열번호 738; 서열번호 739; 서열번호 740; 서열번호 742; 서열번호 743; 서열번호 744; 서열번호 745; 서열번호 746; 서열번호 748; 서열번호 750; 서열번호 751; 서열번호 752; 서열번호 753; 서열번호 754; 서열번호 755; 서열번호 757; 서열번호 758; 서열번호 759; 서열번호 760; 서열번호 764; 서열번호 766; 서열번호 768; 서열번호 769; 서열번호 771; 서열번호 772; 서열번호 773; 서열번호 774; 서열번호 775; 서열번호 776; 서열번호 777; 서열번호 778; 서열번호 779; 서열번호 780; 서열번호 781; 서열번호 782; 서열번호 783; 서열번호 786; 서열번호 787; 서열번호 788; 서열번호 789; 서열번호 790; 서열번호 793; 서열번호 798; 서열번호 800; 서열번호 802; 서열번호 803; 서열번호 806; 서열번호 808; 서열번호 809; 서열번호 810; 서열번호 811; 서열번호 813; 서열번호 814; 서열번호 817; 서열번호 820; 서열번호 822; 서열번호 824; 서열번호 825; 서열번호 827; 서열번호 828; 서열번호 829; 서열번호 830; 서열번호 833; 서열번호 834; 서열번호 835; 서열번호 837; 서열번호 838; 서열번호 839; 서열번호 840; 서열번호 841; 서열번호 842; 서열번호 843; 서열번호 845; 서열번호 848; 서열번호 849; 서열번호 850; 서열번호 851; 서열번호 852; 서열번호 854; 서열번호 855; 서열번호 856; 서열번호 857; 서열번호 859; 서열번호 860; 서열번호 862; 서열번호 863; 서열번호 864; 서열번호 866; 서열번호 869; 서열번호 872; 서열번호 873; 서열번호 874; 서열번호 878; 서열번호 879; 서열번호 880; 서열번호 881; 서열번호 883; 서열번호 884; 서열번호 885; 서열번호 886; 서열번호 887; 서열번호 892; 서열번호 893; 서열번호 894; 서열번호 895;서열번호 897; 서열번호 899; 서열번호 900; 서열번호 901; 서열번호 904; 서열번호 906; 서열번호 909; 서열번호 910; 서열번호 912; 서열번호 914; 서열번호 917; 서열번호 920; 서열번호 921; 서열번호 922; 서열번호 923; 서열번호 924; 서열번호 925; 서열번호 926; 서열번호 927; 서열번호 930; 서열번호 933; 서열번호 934; 서열번호 935; 서열번호 936; 서열번호 937; 서열번호 940; 서열번호 941; 서열번호 942; 서열번호 943; 서열번호 944; 서열번호 945; 서열번호 947; 서열번호 948; 서열번호 951; 서열번호 952; 서열번호 953; 서열번호 954; 서열번호 955; 서열번호 956; 서열번호 957; 서열번호 958; 서열번호 960; 서열번호 961; 서열번호 962; 서열번호 963; 서열번호 964; 서열번호 966; 서열번호 967; 서열번호 969; 서열번호 970; 서열번호 971; 서열번호 973; 서열번호 974; 서열번호 979; 서열번호 980; 서열번호 981; 서열번호 982; 서열번호 984; 서열번호 988; 서열번호 989; 서열번호 990; 서열번호 991; 서열번호 995; 서열번호 996; 서열번호 999; 서열번호 1001; 서열번호 1003; 서열번호 1004; 서열번호 1005; 서열번호 1006; 서열번호 1007; 서열번호 1009; 서열번호 1010, 서열번호 1011; 서열번호 1012; 서열번호 1013; 서열번호 1014; 서열번호 1016; 서열번호 1017; 서열번호 1018; 서열번호 1020; 서열번호 1021; 서열번호 1025; 서열번호 1026; 서열번호 1027; 서열번호 1029; 서열번호 1030; 서열번호 1031; 서열번호 1035; 서열번호 1036; 서열번호 1037; 서열번호 1038; 서열번호 1039; 서열번호 1040; 서열번호 1044; 서열번호 1045; 서열번호 1047; 서열번호 1048; 서열번호 1050; 서열번호 1051; 서열번호 1052; 서열번호 1053; 서열번호 1055; 서열번호 1056; 서열번호 1057; 서열번호 1058; 서열번호 1061; 서열번호 1062; 서열번호 1063; 서열번호 1064; 서열번호 1065; 서열번호 1066; 서열번호 1068; 서열번호 1069; 서열번호 1072; 서열번호 1074; 서열번호 1076 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 4 내지 6개의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나이고 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 7; 서열번호 14; 서열번호 16; 서열번호 32; 서열번호 34; 서열번호 36; 서열번호 38; 서열번호 50; 서열번호 57; 서열번호 59; 서열번호 61; 서열번호 62; 서열번호 63; 서열번호 64; 서열번호 67; 서열번호 69; 서열번호 72; 서열번호 77; 서열번호 80; 서열번호 84; 서열번호 87; 서열번호 93; 서열번호 95; 서열번호 99; 서열번호 108; 서열번호 119; 서열번호 125; 서열번호 126; 서열번호 129; 서열번호 131; 서열번호 136; 서열번호 139; 서열번호 146; 서열번호 152; 서열번호 154; 서열번호 160; 서열번호 161; 서열번호 172; 서열번호 179; 서열번호 182; 서열번호 185; 서열번호 200; 서열번호 203; 서열번호 205; 서열번호 239; 서열번호 242; 서열번호 250; 서열번호 253; 서열번호 256; 서열번호 259; 서열번호 262; 서열번호 268; 서열번호 275; 서열번호 281; 서열번호 286; 서열번호 288; 서열번호 292; 서열번호 295; 서열번호 296; 서열번호 297; 서열번호 299; 서열번호 300; 서열번호 308; 서열번호 314; 서열번호 317; 서열번호 318; 서열번호 324; 서열번호 342; 서열번호 343; 서열번호 355; 서열번호 360; 서열번호 374; 서열번호 376; 서열번호 386; 서열번호 388; 서열번호 392; 서열번호 394; 서열번호 395; 서열번호 402; 서열번호 405; 서열번호 411; 서열번호 415; 서열번호 416; 서열번호 422; 서열번호 423; 서열번호 429; 서열번호 432; 서열번호 441; 서열번호 442; 서열번호 444; 서열번호 449; 서열번호 452; 서열번호 456; 서열번호 460; 서열번호 461; 서열번호 465; 서열번호 471; 서열번호 472; 서열번호 482; 서열번호 489; 서열번호 492; 서열번호 494; 서열번호 495; 서열번호 502; 서열번호 505; 서열번호 506; 서열번호 509; 서열번호 516; 서열번호 517; 서열번호 520; 서열번호 525; 서열번호 533; 서열번호 539; 서열번호 549; 서열번호 554; 서열번호 557; 서열번호 563; 서열번호 570; 서열번호 573; 서열번호 581; 서열번호 590; 서열번호 591; 서열번호 600; 서열번호 607; 서열번호 612; 서열번호 613; 서열번호 620; 서열번호 626; 서열번호 629; 서열번호 630; 서열번호 639; 서열번호 644; 서열번호 647; 서열번호 656; 서열번호 659; 서열번호 661; 서열번호 685; 서열번호 687; 서열번호 699; 서열번호 700; 서열번호 708; 서열번호 716; 서열번호 719; 서열번호 725; 서열번호 747; 서열번호 749; 서열번호 756; 서열번호 765; 서열번호 767; 서열번호 794; 서열번호 796; 서열번호 797; 서열번호 799; 서열번호 801; 서열번호 807; 서열번호 821; 서열번호 823; 서열번호 826; 서열번호 847; 서열번호 853; 서열번호 861; 서열번호 870; 서열번호 871; 서열번호 875; 서열번호 882; 서열번호 888; 서열번호 889; 서열번호 898; 서열번호 902; 서열번호 903; 서열번호 911; 서열번호 916; 서열번호 931; 서열번호 939; 서열번호 975; 서열번호 976; 서열번호 978; 서열번호 983; 서열번호 986; 서열번호 987 ; 서열번호 992; 서열번호 993; 서열번호 1000; 서열번호 1002; 서열번호 1008; 서열번호 1019; 서열번호 1022; 서열번호 1032; 서열번호 1034; 서열번호 1046; 서열번호 1054; 서열번호 1060; 서열번호 1071 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 7개 이상의 경막 도메인을 갖는 클라미디아 트라코마티스 경막 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나이고 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 4; 서열번호 6; 서열번호 13; 서열번호 20; 서열번호 51; 서열번호 71; 서열번호 88; 서열번호 118; 서열번호 128; 서열번호 132; 서열번호 133; 서열번호 158; 서열번호 159; 서열번호 174; 서열번호 180; 서열번호 189; 서열번호 210; 서열번호 211; 서열번호 214; 서열번호 215; 서열번호 226; 서열번호 229; 서열번호 233; 서열번호 235; 서열번호 240; 서열번호 246; 서열번호 251; 서열번호 255; 서열번호 273; 서열번호 354; 서열번호 364; 서열번호 369; 서열번호 371; 서열번호 397; 서열번호 401; 서열번호 409; 서열번호 412; 서열번호 419; 서열번호 439; 서열번호 453; 서열번호 462; 서열번호 490; 서열번호 510; 서열번호 511; 서열번호 518; 서열번호 535; 서열번호 548; 서열번호 550; 서열번호 564; 서열번호 565; 서열번호 578; 서열번호 579; 서열번호 614; 서열번호 631; 서열번호 636; 서열번호 650; 서열번호 662; 서열번호 667; 서열번호 679; 서열번호 681; 서열번호 702; 서열번호 727; 서열번호 741; 서열번호 763; 서열번호 791; 서열번호 792; 서열번호 815; 서열번호 816; 서열번호 832; 서열번호 846; 서열번호 858; 서열번호 865; 서열번호 867; 서열번호 868; 서열번호 877; 서열번호 891; 서열번호 896; 서열번호 907; 서열번호 908; 서열번호 918; 서열번호 919; 서열번호 932; 서열번호 959; 서열번호 977; 서열번호 994; 서열번호 998; 서열번호 1024; 서열번호 1028; 서열번호 1042; 서열번호 1067; 서열번호 1070; 서열번호 1073 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 표면 노출된 폴리펩티드 또는 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 2; 서열번호 3; 서열번호 21; 서열번호 22; 서열번호 23; 서열번호 53; 서열번호 77; 서열번호 187; 서열번호 203; 서열번호 383; 서열번호 477; 서열번호 478; 서열번호 479; 서열번호 481; 서열번호 482; 서열번호 483; 서열번호 484; 서열번호 485; 서열번호 486; 서열번호 487; 서열번호 488; 서열번호 489; 서열번호 490; 서열번호 571; 서열번호 572; 서열번호 573; 서열번호 593; 서열번호 670; 서열번호 693; 서열번호 742; 서열번호 749; 서열번호 801; 서열번호 817; 서열번호 818; 서열번호 819; 서열번호 820; 서열번호 851; 서열번호 902; 서열번호 923; 서열번호 1035; 서열번호 1036; 서열번호 1037; 서열번호 1038; 서열번호 1069; 서열번호 1070; 서열번호 1071; 서열번호 1073; 서열번호 1076; 서열번호 1095; 서열번호 1096; 서열번호 1141; 서열번호 1181 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 지단백질 또는 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 29; 서열번호 42; 서열번호 66; 서열번호 72; 서열번호 76; 서열번호 78; 서열번호 148; 서열번호 154; 서열번호 180; 서열번호 182; 서열번호 184; 서열번호 187; 서열번호 200; 서열번호 242; 서열번호 245; 서열번호 250; 서열번호 253; 서열번호 272; 서열번호 274; 서열번호 275; 서열번호 308; 서열번호 350; 서열번호 362; 서열번호 383; 서열번호 394; 서열번호 396; 서열번호 399; 서열번호 422; 서열번호 488; 서열번호 535; 서열번호 568; 서열번호 573; 서열번호 578; 서열번호 593; 서열번호 607; 서열번호 625; 서열번호 662; 서열번호 669; 서열번호 688; 서열번호 690; 서열번호 716; 서열번호 773; 서열번호 778; 서열번호 781; 서열번호 783; 서열번호 788; 서열번호 817; 서열번호 848; 서열번호 851; 서열번호 853; 서열번호 857; 서열번호 875; 서열번호 877; 서열번호 886; 서열번호 898; 서열번호 902; 서열번호 923; 서열번호 938; 서열번호 976; 서열번호 978; 서열번호 990; 서열번호 1005; 서열번호 1021; 서열번호 1035; 서열번호 1069; 서열번호 1083; 서열번호 1088; 서열번호 1089; 서열번호 1091; 서열번호 1092; 서열번호 1095; 서열번호 1096; 서열번호 1100; 서열번호 1105; 서열번호 1108; 서열번호 1117; 서열번호 1120; 서열번호 1121; 서열번호 1124; 서열번호 1128; 서열번호 1133; 서열번호 1135; 서열번호 1139; 서열번호 1140; 서열번호 1157; 서열번호 1159; 서열번호 1163; 서열번호 1165; 서열번호 1167; 서열번호 1168; 서열번호 1169; 서열번호 1171; 서열번호 1173; 서열번호 1174; 서열번호 1177; 서열번호 1180; 서열번호 1181; 서열번호 1186; 서열번호 1194; 서열번호 1197 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 지다당류(LPS) 생합성에 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징인 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열 번호 17, 서열 번호 201, 서열 번호 691, 서열 번호 807, 서열 번호 936, 서열 번호 983, 서열 번호 1019, 서열번호 1077 및 이의 대표 단편.
바람직하게는 본 발명은 하기 (a) 내지 (d)의 폴리펩티드인 것이 특징인 본 발명의 추가의 LPS 관련 폴리펩티드 서열에 관한 것이다.
(a) 클라미디아 트라코마티스 KDO(3-데옥시-D-만-옥틸로손산)-관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 서열 번호 41, 서열 번호 242, 서열 번호 269, 서열 번호 772 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 폴리펩티드;
(b) 클라미디아 트라코마티스 포스포만노뮤타제 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 서열 번호 139 및 이의 대표 단편에서 선택되는 폴리펩티드.
(c) 클라미디아 트라코마티스 포스포글루코뮤타제 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 서열 번호 567 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 폴리펩티드,
(d) 클라미디아 트라코마티스 지질 A 성분 관련 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편이고, 서열 번호 4, 서열 번호 933, 서열 번호 934, 서열 번호 935, 서열번호 1185 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택된 폴리펩티드.
바람직하게는, 본 발명은 RGD 서열을 포함하고 또한 외막 단백질인 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 서열 번호 488, 서열번호 489, 서열번호 571, 서열번호 572, 서열번호 573, 서열번호 716의 폴리펩티드 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택되는 본 발명의 폴리펩티드에 관한 것이다.
바람직하게는, 본 발명은 시스테인이 풍부하고 RGD 서열을 포함하는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이며, 서열 번호 144의 폴리펩티드 및 이의 대표 단편 중 하나로부터 선택되는 폴리펩티드인 본 발명의 폴리펩티드에 관한 것이다.
바람직하게는, 본 발명은 처음 30개 아미노산내 시스테인을 포함하고 RGD 서열도 포함하는 클라미디아 트라코마티스 외막 폴리펩티드이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택된 폴리펩티드인, 본 발명의 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 101; 서열번호 122; 서열번호 308; 서열번호 488; 서열번호 489; 서열번호 571; 서열번호 572; 서열번호 573; 서열번호 651; 서열번호 679; 서열번호 680; 서열번호 705; 서열번호 716; 서열번호 763; 서열번호 870; 서열번호 878; 서열번호 879; 서열번호 995; 서열번호 1028; 서열번호 1029; 서열번호 1176 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 RGD 서열 함유 클라미디아 뉴모니아 폴리펩티드에 상동성인 RGD 서열을 포함하는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 28; 서열번호 101; 서열번호 125; 서열번호 155; 서열번호 156; 서열번호 286; 서열번호 571; 서열번호 572; 서열번호 573; 서열번호 763; 서열번호 870 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 III형 분비 폴리펩티드 및 III형이 아닌 분비 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 180; 서열번호 181; 서열번호 207; 서열번호 208; 서열번호 372; 서열번호 391; 서열번호 399; 서열번호 477; 서열번호 486; 서열번호 749; 서열번호 758; 서열번호 819; 서열번호 878; 서열번호 888; 서열번호 896; 서열번호 897; 서열번호 900; 서열번호 902; 서열번호 923; 서열번호 1015; 서열번호 1018; 서열번호 1059; 서열번호 1060; 서열번호 1069; 서열번호 1071; 서열번호 1073; 서열번호 1076; 서열번호 1189 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 세포벽 고착된 표면 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열 번호 662, 서열 번호 681, 서열 번호 1182, 서열 번호 1192 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 뉴모니아(Blastp P>e-10)에서는 발견되지 않는 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 2; 서열번호 18; 서열번호 60; 서열번호 66; 서열번호 67; 서열번호 68; 서열번호 69; 서열번호 70; 서열번호 81; 서열번호 89; 서열번호 107; 서열번호 108; 서열번호 109; 서열번호 134; 서열번호 147; 서열번호 191; 서열번호 194; 서열번호 216; 서열번호 217; 서열번호 218; 서열번호 219; 서열번호 220; 서열번호 221; 서열번호 222; 서열번호 223; 서열번호 224; 서열번호 225; 서열번호 228; 서열번호 235; 서열번호 257; 서열번호 276; 서열번호 277; 서열번호 278; 서열번호 279; 서열번호 280; 서열번호 281; 서열번호 282; 서열번호 283; 서열번호 284; 서열번호 285; 서열번호 289; 서열번호 291; 서열번호 298; 서열번호 284; 서열번호 313; 서열번호 314; 서열번호 315; 서열번호 316; 서열번호 334; 서열번호 335; 서열번호 336; 서열번호 337; 서열번호 338; 서열번호 339; 서열번호 340; 서열번호 381; 서열번호 393; 서열번호 413; 서열번호 418; 서열번호 419; 서열번호 419; 서열번호 420; 서열번호 421; 서열번호 422; 서열번호 423; 서열번호 436; 서열번호 460; 서열번호 475; 서열번호 476; 서열번호 480; 서열번호 485; 서열번호 487; 서열번호 491; 서열번호 492; 서열번호 493; 서열번호 494; 서열번호 496; 서열번호 500; 서열번호 504; 서열번호 514; 서열번호 527; 서열번호 559; 서열번호 569; 서열번호 570; 서열번호 575; 서열번호 580; 서열번호 582; 서열번호 593; 서열번호 598; 서열번호 632; 서열번호 640; 서열번호 651; 서열번호 671; 서열번호 690; 서열번호 694; 서열번호 698; 서열번호 710; 서열번호 722; 서열번호 723; 서열번호 724; 서열번호 770; 서열번호 771; 서열번호 782; 서열번호 783; 서열번호 784; 서열번호 790; 서열번호 795; 서열번호 798; 서열번호 805; 서열번호 810; 서열번호 817; 서열번호 829; 서열번호 830; 서열번호 864; 서열번호 866; 서열번호 876; 서열번호 887; 서열번호 892; 서열번호 899; 서열번호 913; 서열번호 921; 서열번호 933; 서열번호 938; 서열번호 949; 서열번호 956; 서열번호 1010; 서열번호 1017; 서열번호 1018; 서열번호 1027; 서열번호 1030; 서열번호 1037; 서열번호 1038; 서열번호 1047; 서열번호 1072; 서열번호 1074; 서열번호 1075; 서열번호 1078; 서열번호 1079; 서열번호 1081; 서열번호 1083; 서열번호 1084; 서열번호 1087; 서열번호 1088; 서열번호 1089; 서열번호 1091; 서열번호 1092; 서열번호 1094; 서열번호 1095; 서열번호 1096; 서열번호 1098; 서열번호 1104; 서열번호 1105; 서열번호 1106. 서열번호 1108; 서열번호 1110; 서열번호 1114; 서열번호 1115; 서열번호 1116; 서열번호 1117; 서열번호 1119; 서열번호 1128; 서열번호 1132; 서열번호 1133; 서열번호 1135; 서열번호 1136; 서열번호 1139; 서열번호 1140; 서열번호 1141; 서열번호 1142; 서열번호 1144; 서열번호 1148; 서열번호 1151; 서열번호 1155; 서열번호 1157; 서열번호 1159; 서열번호 1161; 서열번호 1162; 서열번호 1165; 서열번호 1166; 서열번호 1167; 서열번호 1168; 서열번호 1169; 서열번호 1171; 서열번호 1172; 서열번호 1173; 서열번호 1174; 서열번호 1175; 서열번호 1176; 서열번호 1177; 서열번호 1178; 서열번호 1180; 서열번호 1181; 서열번호 1183; 서열번호 1184; 서열번호 1186; 서열번호 1187; 서열번호 1188; 서열번호 1192; 서열번호 1194; 서열번호 1197 및 이의 대표 단편.
바람직하게는, 본 발명은 중간 대사, 특히 당 및/또는 보조인자 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 10; 서열번호 44; 서열번호 45; 서열번호 46; 서열번호 47; 서열번호 93; 서열번호 101; 서열번호 102; 서열번호 103; 서열번호 106; 서열번호 107; 서열번호 120; 서열번호 121; 서열번호 130; 서열번호 135; 서열번호 140; 서열번호 143; 서열번호 144; 서열번호 145; 서열번호 158; 서열번호 159; 서열번호 160; 서열번호 161; 서열번호 192; 서열번호 193; 서열번호 196; 서열번호 197; 서열번호 198; 서열번호 199; 서열번호 227; 서열번호 229; 서열번호 236; 서열번호 236; 서열번호 239; 서열번호 243; 서열번호 245; 서열번호 264; 서열번호 265; 서열번호 297; 서열번호 331; 서열번호 333; 서열번호 359; 서열번호 360; 서열번호 374; 서열번호 404; 서열번호 405; 서열번호 405; 서열번호 410; 서열번호 415; 서열번호 415; 서열번호 416; 서열번호 417; 서열번호 432; 서열번호 460; 서열번호 461; 서열번호 462; 서열번호 495; 서열번호 513; 서열번호 515; 서열번호 566; 서열번호 566; 서열번호 566; 서열번호 589; 서열번호 613; 서열번호 645; 서열번호 646; 서열번호 647; 서열번호 652; 서열번호 653; 서열번호 654; 서열번호 672; 서열번호 673; 서열번호 674; 서열번호 682; 서열번호 684; 서열번호 692; 서열번호 700; 서열번호 725; 서열번호 801; 서열번호 802; 서열번호 835; 서열번호 836; 서열번호 837; 서열번호 860; 서열번호 861; 서열번호 862; 서열번호 863; 서열번호 869; 서열번호 869; 서열번호 925; 서열번호 964; 서열번호 983 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 뉴클레오티드 또는 핵산의 중간 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 142; 서열번호 142; 서열번호 169; 서열번호 256; 서열번호 268; 서열번호 325; 서열번호 352; 서열번호 366; 서열번호 435; 서열번호 444; 서열번호 528; 서열번호 529; 서열번호 530; 서열번호 548; 서열번호 549; 서열번호 601; 서열번호 602; 서열번호 617; 서열번호 619; 서열번호 644; 서열번호 745; 서열번호 971; 서열번호 972; 서열번호 1023 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 핵산 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 5; 서열번호 12; 서열번호 82; 서열번호 96; 서열번호 97; 서열번호 98; 서열번호 99; 서열번호 100; 서열번호 105; 서열번호 118; 서열번호 136; 서열번호 137; 서열번호 163; 서열번호 190; 서열번호 204; 서열번호 259; 서열번호 260; 서열번호 262; 서열번호 290; 서열번호 300; 서열번호 301; 서열번호 302; 서열번호 387; 서열번호 427; 서열번호 434; 서열번호 441; 서열번호 444; 서열번호 471; 서열번호 595; 서열번호 596; 서열번호 597; 서열번호 599; 서열번호 600; 서열번호 605; 서열번호 612; 서열번호 624; 서열번호 625; 서열번호 650; 서열번호 657; 서열번호 658; 서열번호 702; 서열번호 703; 서열번호 704; 서열번호 708; 서열번호 719; 서열번호 766; 서열번호 767; 서열번호 775; 서열번호 779; 서열번호 787; 서열번호 788; 서열번호 794; 서열번호 841; 서열번호 842; 서열번호 883; 서열번호 884; 서열번호 907; 서열번호 918; 서열번호 924; 서열번호 928; 서열번호 929; 서열번호 962; 서열번호 962; 서열번호 963; 서열번호 969; 서열번호 970; 서열번호 975; 서열번호 979; 서열번호 995; 서열번호 1031; 서열번호 1032 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 아미노산 또는 폴리펩티드의 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 27; 서열번호 41; 서열번호 55; 서열번호 56; 서열번호 57; 서열번호 59;서열번호 62; 서열번호 63; 서열번호 64; 서열번호 65; 서열번호 119; 서열번호 132; 서열번호 240; 서열번호 241; 서열번호 277; 서열번호 278; 서열번호 279; 서열번호 382; 서열번호 406; 서열번호 428; 서열번호 442; 서열번호 446; 서열번호 447; 서열번호 453; 서열번호 454; 서열번호 541; 서열번호 542; 서열번호 591; 서열번호 608; 서열번호 609; 서열번호 610; 서열번호 618; 서열번호 648; 서열번호 649; 서열번호 660; 서열번호 661; 서열번호 677; 서열번호 717; 서열번호 765; 서열번호 797; 서열번호 871; 서열번호 875; 서열번호 920; 서열번호 922; 서열번호 937; 서열번호 998; 서열번호 1020; 서열번호 1021; 서열번호 1034; 서열번호 1044; 서열번호 1046; 서열번호 1049 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 폴리펩티드 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 21; 서열번호 22; 서열번호 23; 서열번호 24; 서열번호 25; 서열번호 26; 서열번호 75; 서열번호 84; 서열번호 86; 서열번호 92; 서열번호 133; 서열번호 151; 서열번호 152; 서열번호 157, 서열번호 179; 서열번호 209; 서열번호 307; 서열번호 326; 서열번호 343; 서열번호 344; 서열번호 345; 서열번호 371; 서열번호 429; 서열번호 519; 서열번호 557; 서열번호 586; 서열번호 587; 서열번호 630; 서열번호 656; 서열번호 706; 서열번호 707; 서열번호 730; 서열번호 751; 서열번호 752; 서열번호 786; 서열번호 847; 서열번호 885; 서열번호 923; 서열번호 978; 서열번호 1039; 서열번호 1048 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 지방산의 대사와 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 4; 서열번호 15; 서열번호 16; 서열번호 141; 서열번호 173; 서열번호 205; 서열번호 205; 서열번호 206; 서열번호 207; 서열번호 208; 서열번호 312; 서열번호 355; 서열번호 415; 서열번호 550; 서열번호 558; 서열번호 560; 서열번호 561; 서열번호 574; 서열번호 574; 서열번호 577; 서열번호 578; 서열번호 590; 서열번호 614; 서열번호 772; 서열번호 808; 서열번호 809; 서열번호 904; 서열번호 905; 서열번호 905; 서열번호 933; 서열번호 934; 서열번호 934; 서열번호 936 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 세포벽 합성과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 87; 서열번호 196; 서열번호 242; 서열번호 269; 서열번호 628; 서열번호 629; 서열번호 634; 서열번호 635; 서열번호 637; 서열번호 638; 서열번호 1019 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 전사, 해독 및/또는 성숙 과정과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 112; 서열번호 113; 서열번호 332; 서열번호 212; 서열번호 213; 서열번호 350; 서열번호 362; 서열번호 363; 서열번호 364; 서열번호 407; 서열번호 451; 서열번호 546; 서열번호 643; 서열번호 744; 서열번호 746; 서열번호 833; 서열번호 868; 서열번호 981; 서열번호 982; 서열번호 1003; 서열번호 1011; 서열번호 1042 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 리보좀 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 114; 서열번호 115; 서열번호 116; 서열번호 328; 서열번호 361; 서열번호 375; 서열번호 445; 서열번호 543; 서열번호 584; 서열번호 585; 서열번호 743; 서열번호 813; 서열번호 941; 서열번호 942; 서열번호 944; 서열번호 946; 서열번호 947; 서열번호 948; 서열번호 950; 서열번호 951; 서열번호 952; 서열번호 953; 서열번호 954; 서열번호 955; 서열번호 955; 서열번호 957; 서열번호 958; 서열번호 960; 서열번호 961; 서열번호 1040; 서열번호 1041; 서열번호 1043; 서열번호 1063; 서열번호 1064 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스 수송 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 6; 서열번호 50; 서열번호 51; 서열번호 80; 서열번호 125; 서열번호 126; 서열번호 128; 서열번호 129; 서열번호 215; 서열번호 246; 서열번호 248; 서열번호 249; 서열번호 251; 서열번호 252; 서열번호 253; 서열번호 255; 서열번호 271; 서열번호 275; 서열번호 293; 서열번호 309; 서열번호 323; 서열번호 324; 서열번호 398; 서열번호 401; 서열번호 449; 서열번호 511; 서열번호 512; 서열번호 564; 서열번호 565; 서열번호 667; 서열번호 679; 서열번호 680; 서열번호 711; 서열번호 712; 서열번호 713; 서열번호 714; 서열번호 715; 서열번호 730; 서열번호 731; 서열번호 736; 서열번호 737; 서열번호 738; 서열번호 870; 서열번호 908; 서열번호 919; 서열번호 977; 서열번호 987; 서열번호 988; 서열번호 992; 서열번호 993; 서열번호 994; 서열번호 1028; 서열번호 1029 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 독성 과정과 관련된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 20; 서열번호 815; 서열번호 816; 서열번호 898; 서열번호 1059; 서열번호 1060 및 이의 대표 단편 중 하나.
바람직하게는, 본 발명은 분비계와 관련되고/또는 분비된 클라미디아 트라코마티스 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 758; 서열번호 888; 서열번호 889; 서열번호 890; 서열번호 891; 서열번호 896; 서열번호 897; 서열번호 898 및 이의 대표 단편 중 하나.
본 발명의 III형 및 기타 III형이 아닌 분비 폴리펩티드를 비롯한 분비 폴리펩티드 뿐 아니라 해당 뉴클레오티드 서열은 당업계에 공지된 방법, 예컨대 루시퍼라제에 대한 luc 유전자 또는 알카리 포스파타제에 대한 PhoA 유전자와 같은 배출 마커에 융합된 폴리펩티드를 발현시키는 벡터와 조합된 클로닝을 이용한 기법으로 으로 검출할 수 있다.
바람직하게는, 본 발명은 클라미디아에 특이적인 폴리펩티드 또는 이의 대표 단편 중 하나이고, 하기 서열의 폴리펩티드로부터 선택되는 폴리펩티드에 관한 것이다.
서열번호 22; 서열번호 29; 서열번호 31; 서열번호 32; 서열번호 34; 서열번호 35;서열번호 39; 서열번호 40; 서열번호 43; 서열번호 48; 서열번호 49; 서열번호 50; 서열번호 52; 서열번호 53; 서열번호 54; 서열번호 72; 서열번호 77; 서열번호 78; 서열번호 87; 서열번호 90; 서열번호 95; 서열번호 108; 서열번호 110; 서열번호 111; 서열번호 122; 서열번호 123; 서열번호 124; 서열번호 127; 서열번호 138; 서열번호 144; 서열번호 146; 서열번호 153; 서열번호 155; 서열번호 164; 서열번호 166; 서열번호 175; 서열번호 182; 서열번호 184; 서열번호 186; 서열번호 187; 서열번호 188; 서열번호 202; 서열번호 210; 서열번호 247; 서열번호 258; 서열번호 266; 서열번호 267; 서열번호 270; 서열번호 273; 서열번호 274; 서열번호 295; 서열번호 296; 서열번호 305; 서열번호 306; 서열번호 309; 서열번호 318; 서열번호 319; 서열번호 322; 서열번호 326; 서열번호 342; 서열번호 357; 서열번호 376; 서 379; 서열번호 380; 서열번호 388; 서열번호 390; 서열번호 400; 서열번호 431; 서열번호 433; 서열번호 438; 서열번호 443; 서열번호 456; 서열번호 457; 서열번호 458; 서열번호 464; 서열번호 468; 서열번호 470; 서열번호 473; 서열번호 486; 서열번호 489; 서열번호 497; 서열번호 501; 서열번호 503; 서열번호 504; 서열번호 508; 서열번호 512; 서열번호 521; 서열번호 522; 서열번호 523; 서열번호 524; 서열번호 533; 서열번호 535; 서열번호 536; 서열번호 537; 서열번호 538; 서열번호 539; 서열번호 540; 서열번호 554; 서열번호 563; 서열번호 572; 서열번호 579; 서열번호 595; 서열번호 603; 서열번호 604; 서열번호 606; 서열번호 607; 서열번호 615; 서열번호 616; 서열번호 622; 서열번호 641; 서열번호 642; 서열번호 659; 서열번호 668; 서열번호 670; 서열번호 693; 서열번호 695; 서열번호 696; 서열번호 699; 서열번호 703; 서열번호 704; 서열번호 716; 서열번호 726; 서열번호 728; 서열번호 739; 서열번호 742; 서열번호 747; 서열번호 750; 서열번호 751; 서열번호 755; 서열번호 757; 서열번호 759; 서열번호 761; 서열번호 762; 서열번호 763; 서열번호 764; 서열번호 773; 서열번호 780; 서열번호 781; 서열번호 789; 서열번호 800; 서열번호 803; 서열번호 804; 서열번호 818; 서열번호 820; 서열번호 822; 서열번호 823; 서열번호 824; 서열번호 827; 서열번호 828; 서열번호 839; 서열번호 849; 서열번호 850; 서열번호 851; 서열번호 852; 서열번호 855; 서열번호 856; 서열번호 857; 서열번호 858; 서열번호 859; 서열번호 860; 서열번호 861; 서열번호 862; 서열번호 863; 서열번호 865; 서열번호 868, 서열번호 869; 서열번호 870; 서열번호 871; 서열번호 872; 서열번호 873; 서열번호 874; 서열번호 875; 서열번호 877; 서열번호 878; 서열번호 880; 서열번호 882; 서열번호 884; 서열번호 886; 서열번호 893; 서열번호 901; 서열번호 906; 서열번호 910; 서열번호 912; 서열번호 915; 서열번호 916; 서열번호 917; 서열번호 926; 서열번호 929; 서열번호 933; 서열번호 965; 서열번호 967; 서열번호 968; 서열번호 984; 서열번호 986; 서열번호 989; 서열번호 990; 서열번호 996; 서열번호 997; 서열번호 1001; 서열번호 1002; 서열번호 1013; 서열번호 1016; 서열번호 1031; 서열번호 1033; 서열번호 1035; 서열번호 1049; 서열번호 1051; 서열번호 1052; 서열번호 1054; 서열번호 1056; 서열번호 1057; 서열번호 1058; 서열번호 1062; 서열번호 1070; 서열번호 1071; 서열번호 1073 및 이의 대표 단편 중 하나.
일반적으로, 본 발명에서 본 발명의 폴리펩티드가 속하는 작용기 뿐만 아니라 그 뉴클레오티드 서열은 이미 알려진 서열과의 비교 분석에 의해 결정하거나 또는 생화학의 표준 기법이나 유전공학 기법과 결부한 세포학의 표준 기법을 사용하여 결정할 수 있는데, 상기 표준 기법들의 예로는 면역 친화도, 면역 표지법에 의한 위치 탐지, 차등 추출, 효소 활성의 측정, 발현을 유도 또는 억제하는 활성의 연구 또는 이.콜리에서의 발현 연구를 들 수 있다.
한편, 본 발명에서 기능적 군으로 열거된 뉴클레오티드(ORF) 및 아미노산 서열(서열번호 2~서열번호 1197)이 고려된 군에 한정되는 것이 아님은 명확히 이해된다. 더욱이, 본 발명에서 주어진 기능적 군에 언급된 아미노산 서열은 또한 예컨대, 열거된 군 사이의 상호 관계를 설명하는 또 다른 군의 일부일 수도 있다. 따라서, 상기 상호 관계의 예로서 배출 및/또는 분비된 폴리펩티드 뿐만 아니라 그 암호 뉴클레오티드 서열 역시 감염된 숙주 세포의 방어 메카니즘을 변형시킴으로써 클라미디아 트라코마티스 독성 과정에 관여할 수 있거나, 또는 세포 외피의 폴리펩티드 또는 암호 뉴클레오티드 서열의 일부이기도 하다.
본 발명의 대상은 또한 본 발명에 따른 뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 서열인데, 상기 서열은 기록 매체로 불리는 매체 상에 기록되고, 이 매체는 그 유형 및 성질이 상기 서열의 판독, 분석 및 이용을 용이하게 하는 것을 특징으로 한다. 상기 매체는 물론 본 발명으로부터 추출된 다른 정보, 예컨대, 구체적으로 본 명세서의 표 1에 언급된 것과 같은 이미 공지된 서열과의 유사도를 보유할 수도 있고/있거나, 또한 다른 미생물의 뉴클레오티드 및/또는 폴리펩티드 서열과 관련된 정보를 보유하여 얻어진 결과의 비교 분석 및 이용을 용이하게 한다.
상기 기록 매체 중에서, 자기, 광학, 전기 및 하이브리드 매체와 같은 컴퓨터 판독 가능한 매체, 예컨대, 플로피 디스크, CD-ROM 또는 기록용 카세트가 구체적으로 바람직하다.
본 발명은 또한 프라이머 또는 프로브로서 사용할 수 있는 뉴클레오티드에 관한 것인데, 이 서열은 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열로부터 선택되는 것이 특징이다.
본 발명은 또한 프라이머 또는 프로브로서 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 핵산 서열의 검출 및/또는 증폭용으로 사용하는 용도에 관한 것이다.
따라서, 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 사용하여 구체적으로 PCR 기법(폴리머라제 연쇄 반응)(Erlich, 1989; Innis 등, 1990; Rolfs 등, 1991 및 White 등, 1997)에 의해 뉴클레오티드 서열을 증폭시킬 수 있다.
상기 올리고데옥시리보뉴클레오티드 또는 올리고리보뉴클레오티드 프라이머는 대표적인 뉴클레오티드 단편에 해당하며, 뉴클레오티드 수가 8개 이상인 것이 유용하고, 12개 이상인 것이 바람직하며, 15개 이상이 더 바람직하고, 20개 이상인 것이 가장 바람직하다.
표적 핵산을 증폭시키는 기타 기법을 PCR의 대체 기법으로서 유용하게 사용할 수 있다.
본 발명의 뉴클레오티드 서열, 구체적으로 본 발명에 다른 프라이머는 하기와 같은 표적 핵산을 증폭시키는 기타 방법에 사용할 수도 있다:
-TAS(전사에 기초한 증폭계) 기법(Kwoh 등,1989);
-3SR(자가 유지 서열 복제) 기법(Guatelli 등, 1990);
-NASBA(핵산 서열에 기초한 증폭) 기법(Kievitis 등, 1991);
-SDA(가닥 치환 증폭) 기법(Walker 등, 1992)
-TMA(전사 매개 증폭) 기법.
본 발명의 폴리뉴클레오티드는 프로브로서 작용하는 핵산의 증폭 또는 변형 기법에 사용할 수도 있는데, 그 기법들의 예는 다음과 같다:
-LCR(리가제 연쇄 반응) 기법(1988년에 Landegren 등에 의해 개시되고, 1991년에 Barany 등에 의해 완성됨)(열안정성 리가제를 사용함);
-RCR(복구 연쇄 반응) 기법(Segev, 1992);
-CPR(순환 프로브 반응) 기법(Duck 등, 1990);
-Q-베타-레플리카제 증폭 기법(Miele 등, 1983 및 특히 Chu 등, 1986, Lizardi 등, 1988 및 Burg 등 뿐만 아니라 Stone 등, 1996에 의해 완성됨).
본 발명은 또한 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머를 이용한 증폭에 의해 얻을 수 있는 단편들의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다. 본 발명은 하이브리드화 프로브 및 프라이머를 포함한다. 일반적으로, 상보성 프로브는 표적 서열과 안정한 하이브리 복합체를 형성하기에 충분한 길이를 가져야 한다. 프라이머는 표적 서열에 상보적이지만, 단독 표적 서열과는 안정한 하이브리드화 복합체를 형성할 필요가 없다. 대신에, 프라이머는 폴리머라제의 존재하에 표적 서열과 안정한 복합체를 형성하여 프라이머의 연장을 가능하게 한다.
검출하고자 하는 표적 폴리뉴클레오티드가 RNA, 예컨대, mRNA인 경우에, 본 발명에 따른 1종 이상의 프라이머를 이용한 증폭 반응을 사용하기 전에 또는 본 발명의 1종 이상의 프라이머를 이용한 검출 방법을 사용하기 전에 역전사효소형 효소를 사용하여 생물학적 시료에 함유된 RNA로부터 cDNA를 얻는 것이 가능하다. 얻어진 cDNA는 본 발명에 따른 증폭 또는 검출 방법에 사용되는 프라이머(들) 또는 프로브(들)에 대한 표적으로서 작용한다.
검출 프로브는 표적 서열로부터 생성된 앰플리콘 또는 표적 서열과 하이브리드화하도록 선택한다. 그러한 검출 프로브는 뉴클레오티드 수가 12개 이상, 15개 이상인 것이 유용하고, 특히 20개 이상이 유용하며, 100개 이상인 것이 바람직하다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 프로브 또는 프라이머를 사용할 수 있는 뉴클레오티드 서열을 포함하는데, 이 서열은 방사성 화합물 또는 비방사성 화합물로 표지되는 것이 특징이다.
비표지된 뉴클레오티드 서열을 프로브 또는 프라이머로서 직접 사용할 수 있으나, 이들 서열은 일반적으로 방사성 원소(32P, 35S, 3H, 125I)로 또는 비방사성 분자(비오틴, 아세틸아미노플루오렌, 디곡시게닌, 5-브로모-데옥시유리딘, 플루오레세인)로 표지하여 다수의 이용 분야에 사용할 수 있는 프로브를 얻는다.
뉴클레오티드 서열의 비방사성 표지화의 예로는 프랑스 특허 제78,10975호 또는 Urdea 등 또는 Sanchez-Pescador 등의 문헌(1988)에 기재되어 있다.
후자의 경우에는 특허 FR-2 422 956호 및 FR-2 518 755호에 기재된 표지화 방법중 하나를 사용할 수도 있다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 1종 이상의 프로브를 이용한 하이브리드화에 의해 얻을 수 있는 단편들의 뉴클레오티드 서열에 관한 것이다.
하이브리드화 기법은 다양한 방식으로 수행할 수 있다(Mattews 등, 1988). 가장 통상적인 방법은 지지체(예컨대, 니트로셀룰로스, 나일론, 폴리스티렌) 상에 C. 트라코마티스 세포로부터 추출한 핵산을 고정화하고, 명정된 조건하에 프로브와 고정화된 표적 핵산을 항온 처리하는 것으로 구성되어 있다. 하이브리드화 후에, 과량의 프로브를 제거하고, 형성된 하이브리드 분자는 적합한 방법(방사성의 측정, 프로브에 결합된 효소 활성의 형광도 측정)으로 검출한다.
본 발명은 또한 지지체 상에 공유 또는 비공유적으로 고정화된 것이 특징인 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 포함한다.
본 발명에 따른 핵산 서열의 또 하나의 유용한 구체적인 양태에 따르면, 후자는 지지체 상에 고정된 상태로 사용할 수 있고, 따라서, 특이적 하이브리드화를 통해 시험할 생물학적 시료로부터 얻은 표적 핵산을 포집하는 역할을 할 수 있다. 필요에 따라, 고체 지지체는 시료로부터 분리하고, 소위 포집 프로브와 표적 핵산 사이에 형성된 하이브리드화 복합체는 용이하게 검출 가능한 원소로 표지한 검출 프로브로 불리는 제2 프로브에 의해 검출한다.
본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열은 또한 새로운 분석계인 DNA 칩에 사용할 수도 있는데, 이 칩으로 서열 결정, 유전자의 돌연변이 및 발현 연구를 수행할 수 있고, 상기 칩은 분석 횟수의 관점에서 그 매우 작은 크기외 그 높은 용량으로 인해 현재 관심을 끌고 있다.
상기 칩의 작동 원리는 분자 프로브, 가장 흔하게는 올리고뉴클레오티드에 기초하는데, 이들 프로브는 소형 표면, 일반적으로 몇 ㎠의 크기인 표면 상에 부착한다. 분석 중에, 분석할 표적 핵산, 예컨대, 증폭 후에 표지된 DNA 또는 RNA 같은 핵산의 단편들을 함유하는 시료를 지지체가 프로브로 사전에 피복된 DNA 칩 상에 침착시킨다. 표지된 표적 서열을 프로브와 접촉시키면 J.D. Watson 및 F. Crick에 의해 정의된 쌍 형성 규칙에 따라 하이브리드화를 통해 이중체를 형성한다. 세척 단계 후에, 칩 표면을 분석하면 표적에 표시된 표지에 의해 방출된 신호에 의해 효과적인 하이브리드화의 위치를 알 수 있다. 하이브리드화 지문은 상기 분석으로부터 산출되는데, 이는 적합한 컴퓨터 처리 과정에 의해 시료내 특이 탄편의 존재, 서열의 결정 및 돌연변이의 존재와 같은 정보를 측정할 수 있게 한다.
상기 칩은 표면이 소형화된 고체 지지체 상에 정확하게 조직되거나 배열된 다수의 분자 프로브로 구성된다. 다른 부재(영상화 시스템, 마이크로컴퓨터가 하이브리드화 지문의 획득 및 해석을 가능하게 하는 곳은 시스템의 중심이다.
하이브리드화 지지체는 다양한 재료로 이루어진 평평하거나 다공성인 표면(웰로 관통된) 표면의 형태로 제공된다. 지지체의 선택은 그 물리 화학적 성질에 의해, 또는 더 정확히 말하면, 후자와 지지체가 프로브의 합성 또는 부착 중에 또는 칩의 사용 중에 배치되는 조건 사이의 관계에 의해 결정된다. 그러므로, 구체적인 지지체(R.S. Matson 등, 1994)의 사용을 고려하기 전에, pH에 대한 그 안정성, 그 물리적 강도, 그 반응성 및 그 화학적 안정성 뿐만 아니라 핵산에 비특이적으로 결합하는 능력과 같은 특성을 고려할 필요가 있다. 유리, 규소 및 중합체와 같은 재료를 통상 사용한다. 그 표면은 "기능화"라고 불리는 제 1 단계에서 그 위에 부착시키고자 하는 기들에 대해 반응성을 가지게 된다. 기능화 후에, 소위 스페이서 분자를 활성화된 표면 상에 이식한다. 표면과 프로브 사이의 중간체로서 사용하면 다양한 크기의 상기 분자들은 지지체의 표면 성질을 중요하지 않게 하는데, 이는 종종 프로브의 합성 또는 부착 및 하이브리드화에 문제가 되는 것으로 입증된다.
하이브리드화 지지체 중에서, 아피메트릭스사(B.L. Sheldon, 1993)에 의해 개발된 광화학적 어드레싱에 의한 올리고뉴클레오티드의 동일계 합성 방법에 사용되는 유리를 언급할 수 있는데, 유리 표면은 실란에 의해 활성화된다. 제노센서 컨소시엄(P. Merel, 1994)은 또한 3 ㎜ 떨어진 웰을 보유하는 유리 슬라이드를 사용하는데, 이 때 지지체는 에폭시실란으로 활성화된다.
중합체 또는 규소는 상기 하이브리드화 지지체 중에 언급될 수도 있다. 예컨대, Andrein Mirzabekov 팀은 실란화된 유리 표면 상에 중합된 폴리아크릴아미드 평방체로 구성된 칩을 개발하였다(G. Yershov 등, 1996). 여러 팀이 규소를 사용하는데, 구체적으로 리온의 이콜 센트란의 IFOS 래보러토리는 규소 반도체 기질을 사용하며, 이 기질은 이를 원자가가 규소와 상이한 결정성 구조 원자 내로 도입시켜서 p-도핑한 것이다. 다양한 유형의 금속, 구체적으로 금 및 백금을 지지체로 사용할 수도 있다(제노센서 컨소시엄(K. Beattie 등, 1993).
본 발명에 따른 프로브를 DNA 칩의 지지체 상에 동일계에서 직접 합성할 수있다. 이러한 동일계 합성은 광화학적 어드레싱에 의해(아피맥스(네덜란드 암스테르담)에 의해 개발되고, 그 자회사인 아피메트릭스(미국)에 의해 산업적으로 이용됨) 또는 VLSIPS(매우 큰 규모의 고정화된 중합체 합성) 기술(S.P.A. Fodor 등, 1991)에 기초하여 수행할 수 있는데, 후자의 기술은 광화학적으로 유도된 조합 합성 방법 및 고체상 화합을 조합한 원리, 광불안정성 보호기 및 사진석판술의 사용에 기초한다.
본 발명에 따른 프로브는 전기화학적 어드레싱, 자동화된 어드레싱과 같은 다양한 방식으로 또는 프로브 프린터를 사용하여 DNA 칩에 부착시킬 수 있다(T. Livache 등, 1994; G. Yershov 등, 1996; J. Derisi 등, 1996 및 S. Borman, 1996).
DNA 칩의 지지체 상에 동일계에서 침착 또는 합성된 본 발명의 프로브와 분석할 시료 사이의 하이브리드화의 확인은 예컨대, 형광 신호의 측정에 의해, 방사성 계수법에 의해 또는 전자적 검출에 의해 측정할 수 있다.
플루오레세인과 같은 형광성 분자의 사용은 시료를 표지화하는 가장 통상적인 방법을 구성한다. 이것은 하이브리드화를 직접 또는 간접으로 확인할 수 있게 하고, 다양한 형광색소를 사용할 수 있게 한다.
아피메트릭스는 현재 Gene Chip? 칩을 판독하도록 고안된 장치 또는 스캐너를 제공한다. 이것은 동초점 현미경 분석시에 칩의 표면을 스캐닝함으로써 하이브리드화를 검출할 수 있게 한다(R.J. Lipschutz 등, 1995). 형광 신호를 검출하는 기타 방법, 즉 외형광 현미경과 CCD 카메라의 결합(G. Yershov 등, 1996), 광섬유 수집계의 사용(E.L. Sheldon, 1993)을 시험하였다. 통상의 방법은 적당한 장치, 예컨대, 포스포르이미저(몰레큘라 다이나믹스에서 시판)에 의해 표적 서열의 인 32에 의한 말단 표지화를 수행하는 것으로 구성된다. 전자 검출은 두 핵산 분자의 하이브리드화가 특정 조건하에 정량 분석될 수 있는 물리적 현상을 수반한다는 원리에 기초한 것이다(리온의 이콜 센트랄에 의해 개발된 계로서 GEN-FET(GEN 필드 효과 트랜지스터)로 불림). 제노센서 컨소시엄 및 전자 칩 또는 퍼미티티비티 칩스?를 개발중인 회사인 베크만 인스트루먼츠사를 언급할 수도 있다(K. Beattie 등, 1993).
따라서, 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 DNA 칩에 사용하여 돌연변이의 분석을 수행할 수 있다. 이 분석은 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열의 각 염기를 분석할 수 있는 칩의 제조에 기초한다. 특히 이 목적으로는 DNA 칩 상에 미세 서열 결정 기법을 사용할 수 있다. 돌연변이는 검출할 돌연변이된 뉴클레오티드의 서열에 인접한 바로 그 위치에서 분석되는 서열의 주형에 하이브리드화하는 고정된 프라이머를 연장함으로써 검출한다. 분석할 서열의 1본쇄 주형, RNA 또는 DNA를 PCR형 기법에 따라 증폭된 생성물로부터 통상의 방법에 따라 제조하는 것이 유리하다. 이렇게 얻어진 1본쇄 DNA 또는 RNA의 주형은 고정된 프라이머에 특이적으로 하이브리드화하도록 하는 조건하에 DNA 칩 상에 축적된다. 열안정성 폴리머라제, 예컨대, Tth 또는 T7 DNA 폴리머라제는 가변 부위의 위치의 뉴클레오티드와 상보적인 표지된 뉴클레오티드 유사체를 가진 고정된 프라이머의 3' 말단을 연장시킨다. 예컨대, 열 순환은 형광성 디데옥시리보뉴클레오티드의 존재 하에 수행한다. 실험 조건은 특히 사용된 칩에, 고정화된 프라이머에, 사용된 폴리머라제에 및 선택된 표지화계에 적합하게 한다. 프로브의 하이브리드화에 기초한 기법과 비교하여 미세 서열 결정법의 한 가지 장점은 균질 반응 조건하에 최적 구별도로 모든 가변 뉴클레오티드를 확인할 수 있게 하고; DNA 칩상에 사용하면, 다중체에서의 돌연변이의 통상적이고 산업적인 검출에 최적인 해상도 및 특이성을 제공한다는 것이다.
본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 DNA 칩에 사용하여 클라미디아 트라코마티스 유전자의 발현 분석을 수행할 수도 있다. 클라미디아 트라코마티스 유전자의 이러한 발현 분석은 주어진 유전자를 특성화하는 그 특이성으로 선택된 본 발명의 프로브가 존재하는 경우에 칩의 사용에 기초한다(D.J. Lockhart 등, 1996; D.D. Shoemaker 등, 1996). DNA 칩을 사용하는 유전자 발현 분석 방법의 경우에는, 예컨대, 이미 합성된 프로브의 어드레싱 및 부착 또는 동일계에서의 프로브의 합성에 대해 D.J. Lockhart 등(1996) 및 Sosnowsky 등(1997)에 의해 개시된 방법을 참조할 수 있다. 분석할 표적 서열을 표지하고, 일반적으로 칩 상에 하이브리드화하기 전에 약 50~100개의 뉴클레오티드 서열로 단편화한다. D.J. Lockhart 등(1996)의 문헌에 기재된 바와 같이 세척한 후에, 상이한 전기장을 이용하여(Sosnowsky 등(1997)), 표지된 화합물을 검출하고 정량 분석하며, 하이브리드화는 적어도 2중으로 수행한다. 상이한 시료에 대한 동일한 프로브와 관련하여 및/또는 동일한 시료에 의한 상이한 프로브에 대해 얻어진 신호 강도의 비교 분석에 의해, 시료로부터 유래한 RNA 또는 DNA의 상이한 발현을 측정한다.
본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열은 또한 기타 미생물에 특이적인 기타 뉴클레오티드 프로브 역시 존재하는 DNA 칩에 사용할 수 있고, 시료내 미생물의 존재를 신속히 확인할 수 있는 일련의 시험을 수행할 수 있게 한다.
따라서, 본 발명의 대상은 또한 DNA 칩의 지지체 상에 고정화된 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열이다.
지지체 상에 고정화된 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 하나 이상 보유하는 것이 특징인 DNA 칩도 본 발명의 일부를 이룬다.
상기 칩은 상이한 길이를 가지고/가지거나 확인하기 위한 상이한 유전자에 상응하는 본 발명의 몇 가지 프로브 또는 뉴클레오티드 서열을 보유하여 확실성이 더욱 크고, 표적 서열의 특이성이 있으며, 시료내 목적 돌연변이를 분석할 수 있는 것이 바람직하다.
따라서, DNA 칩과 같은 지지체 상에 고정화된 본 발명에 따른 프라이머 및/또는 프로브에 의해 수행되는 분석은 예컨대, 종내 변이와 같은 변이에 관련된 돌연변이를 시료내에서 확인할 수 있게 한다. 이들 변이는 확인되는 변이체에 특이적인 병리학과 상관 관계가 있거나 관련되며, 적합한 처리법을 선별할 수 있게 한다.
따라서, 본 발명은 칩의 지지체 상에 고정화된 클라미디아 트라코마티스와 상이한 미생물의 뉴클레오티드 서열을 추가로 하나 이상 보유하는 것을 특징으로 하는 DNA 칩을 포함하는데; 상이한 미생물은 관련 미생물, 즉 클라미디아과의 세균과 클라미디아 트라코마티스종의 변이체로부터 선택되는 것이 바람직하다.
본 발명의 또 다른 대상은 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 보유하는 것이 특징인 서열의 클로닝 및/또는 발현용 벡터이다.
본 발명에 따른 상기 벡터 중에서, 클라미디아 트라코마티스의 세포의, 바람직하게는 외부 세포의 외피의 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 보유하는 벡터가 바람직하다.
구체적인 양태로, 클라미디아 트라코마티스가 분비하는 폴리펩티드 또는 그 대표 단편중 하나를 암호화하는 뉴클레오티드 서열 또는 수송 폴리펩티드, 표면 노출된 폴리펩티드, 지단백질 또는 그 대표 단편중의 하나, 지다당류(LPS) 생합성에 관여하는 폴리펩티드, III형 또는 비-III형 분비 폴리펩티드, RGD 부착 부위를 보유하는 폴리펩티드, 세포벽 고정된 표면 폴리펩티드, 클라미디아 뉴모니아에서는 발견되지 않는 폴리펩티드, 리보좀 폴리펩티드 또는 분비, 전사, 해독, 단백질의 성숙에 관여하는 폴리펩티드, 세포벽 합성에 관여하는 폴리펩티드, 독성에 관여하는 폴리펩티드, 중간체 대사, 특히 당 및/또는 보조인자의 대사에 관여하는 폴리펩티드, 클라미디아 트라코마티스의 뉴클레오티드, 아미노산, 핵산 또는 지방산의 대사에 관여하는 폴리펩티드 또는 그 대표 단편, 또는 클라미디아속에 특이적인 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 보유하는 벡터가 또한 바람직하다.
본 발명에 따르면, 주어진 숙주 세포에서 상기 뉴클레오티드 서열의 발현 및/또는 분비를 수행하는 데 필요한 요소를 포함하는 벡터 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
이 경우에 벡터는 프로모터, 해독의 개시 및 종결 신호 뿐만 아니라 전사 조절에 적합한 영역을 포함하여야 한다. 벡터는 숙주 세포에서 안정하게 유지될 수 있어야 하고, 해독된 단백질의 분비를 지정하는 특정 신호를 보유할 수도 있다. 이들 상이한 요소는 사용된 숙주 세포에 따라 선택된다. 이러한 취지로, 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열은 선택된 숙주내 자가 복제성 벡터 또는 선택된 숙주내 통합 벡터내로 삽입할 수 있다.
DNA 단편의 벡터내로의 삽입을 위한 당업자에게 알려진 임의의 표준 방법을 사용하여 적합한 전사/해독 제어 신호 및 단백질 암호 서열로 구성되는 키메라 유전자를 보유하는 발현 벡터를 구성할 수 있다. 이들 방법으로 시험관내 재조합 DNA 및 합성 기법 및 생체내 재조합체(유전자 재조합)를 들 수 있다.
서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 서열 또는 서열번호 1에 포함된 ORF에 의해 암호화된 폴리펩티드, 펩티드 또는 유도체나 이들의 유사체는 단백질 또는 펩티드가 재조합 DNA 분자로 형질전환시킨 숙주에서 발현되도록 제 2 핵산 서열에 의해 조절할 수 있다. 예컨대, 단백질 또는 펩티드의 발현은 당업계에 알려진 임의의 프로모터/인핸서 요소에 의해 제어할 수 있다. 발현 제어에 사용할 수 있는 프로모터로는 CMV 프로모터, SV40 초기 프로모터 영역(Bernoist 및 Chambon, 1981, Nature 290:304-310), 로우스 육종 비루스의 3' 장말단 반복 서열에 포함된 프로모터 (Yamamoto 등, 1980, Cell 22: 787-797), 허피스 티미딘 키나제 프로모터(Wagner 등, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78: 1441-1445), 메탈로티오네인 유전자의 조절 서열(Brinster 등, 1982, Nature 296: 39-42); β-락타마제 프로모터와 같은 원핵 세포 발현 벡터(Villa-Kamaroff 등, 1978, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75: 3727-3731) 또는 tac 프로모터(DeBoer 등, 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80: 21-25; 문헌["Useful proteins from recombinant bacteria" in Scientific American, 1980, 242: 74-94] 참조); 노팔린 신서타제 프로모터 영역을 포함하는 식물 발현 벡터(Herrera-Estrella 등, Nucl. Acids Res. 9: 2871) 또는 콜리플라워 모자이크 비루스 35S RNA 프로모터(Gardner 등, 1981, Nucl. Acids Res. 9: 2871) 및 광합성 효소 리뷸로스 비포스페이트 카복실라제의 프로모터 (Herrera-Estrella 등, 1984, Nature 310: 115-120); 효모 또는 기타 진균류에서 유래한 프로모터 요소, 예컨대 Gal 4 프로모터, ADC(알콜 데히드로게나제) 프로모터, PGK(포스포글리세롤 키나제) 프로모터, 알칼리 포스파타제 프로모터 및 조직 특이성을 나타내고 돌연변이 동물에서 이용되어 온 다음과 같은 동물 전사 제어 영역: 췌장 포상 세포에서 활성이 있는 엘라스타제 I 유전자 제어 영역(Swift 등, 1984, Cell 38: 639-646; Ornitz 등, 1986, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 50: 399-409; MacDonald, 1987, Hepatology 7: 425-515); 췌장 베타 세포에서 활성이 있는 인슐린 유전자 제어 영역(Hanahan, 1985, Nature 315: 115-122), 림프구형 세포에서 활성이 있는 면역글로불린 유전자 제어 영역(Grosschedl 등, 1984, Cell 38: 647-658; Adams 등, 1985, Nature 318: 533-538; Alexander 등, 1987, Mol. Cell. Biol. 7: 1436-1444), 고환, 가슴, 림프구형 및 비만 세포에서 활성이 있는 마우스 유선 종양 비루스 제어 영역(Leder 등, 1986, Cell 45: 485-495), 간에서 활성이 있는 알부민 유전자 제어 영역(Pinkert 등, 1987, Genes and Devel. 1: 268-276), 간에서 활성이 있는 알파-페토단백질 유전자 제어 영역 (Krumlauf 등, 1985, Mol. Cell. Biol. 5: 1639-1648; Hammer 등, 1987, Science 235: 53-58); 간에서 활성이 있는 알파 1-안티트립신 유전자 제어 영역(Kelsey 등, 1987, Genes and Devel. 1: 161-171), 골수양 세포에서 활성이 있는 베타-글로빈 유전자 제어 영역(Mogram 등, 1985, Nature 315: 338-340; Kollias 등, 1986, Cell 46: 89-94); 뇌의 올리고수상세포에서 활성이 있는 미엘린 염기성 단백질 유전자 영역(Readhead 등, 1987, Cell 48: 703-712); 골격근에서 활성이 있는 미오신 경쇄-2 유전자 제어 영역(Sani, 1985, Nature 314: 283-286) 및 시상하부에서 활성이 있는 생식선 유리 호르몬 유전자 제어 영역(Mason 등, 1986, Science 234: 1372-1378)이 있으나, 이들에 국한되는 것은 아니다.
본 발명에 따른 벡터는 예컨대, 플라스미드 또는 비루스 기원의 벡터이다. 구체적인 양태로, 서열번호 1의 단백질 또는 펩티드 암호화 핵산 서열 또는 서열번호 1내에 포함된 ORF에 작동 가능하게 연결된 프로모터, 하나 이상의 복제 기점 및 선택적으로 하나 이상의 선별 가능한 마커(예컨대, 항생물질 내성 유전자)를 포함하는 벡터를 사용한다. 발현 벡터는 목적 숙주 세포에서의 유전자 발현을 포함하여 유전자 발현을 제어하는 조절 서열을 포함한다. 본 발명의 폴리펩티드의 발현용으로 바람직한 벡터로는 pET형 플라스미드(프로메가) 또는 pBAD 플라스미드 벡터(인비트로겐)가 있다. 또한, 본 발명에 따른 벡터는 숙주 세포를 형질전환시켜 본 발명의 뉴클레오티드 서열을 클로닝 또는 발현하는 데 유용하다.
발현은 또한 클로닝한 게놈 DNA에 존재하는 클라미디아 트라코마티스를 활성화하는 표적화된 상동 재조합을 사용하여 달성할 수 있다. 이종 조절 요소를 안정한 세포주 또는 클로닝한 미생물내로 삽입하여 당업자에게 널리 알려진 표적화된 상동 재조합과 같은 기법을 사용하여 클로닝된 게놈에 존재하는 내인성 클라미디아 트라코마티스와 작동 가능하게 연결시킬 수 있다(Chappel의 미국 특허 제4,215,051호 및 Stoultchi의 WO 91/06667호 참조, 이들 각각을 본원에 전적으로 참고로 인용함).
폴리펩티드, 펩티드 또는 유도체나 이들의 유사체를 암호화하는, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 서열 또는 서열번호 1 내의 ORF의 삽입체를 보유하는 발현 벡터/숙주 세포계는 3 가지 일반적인 방법, 즉 (a) 핵산 하이브리드화, (b) "마커" 유전자 기능의 존재 또는 부재 및 (c) 삽입된 서열의 발현에 의해 확인할 수 있다. 첫 번째 방법에서, 발현 벡터에 삽입된 폴리뉴클레오티드 서열의 존재는 삽입된 폴리뉴클레오티드 서열에 상동성인 서열을 포함하는 프로브를 사용하는 핵산 하이브리드화에 의해 검출할 수 있다. 두 번째 방법에서는, 벡터내 폴리뉴클레오티드 서열의 삽입에 의해 야기되는 특정 "마커" 유전자 기능(예컨대, 티미딘 키나제 활성, 항생물질에 대한 내성, 형질전환 표현형, 바큘로비루스에서의 폐색체 형성 등)의 존재 또는 부재에 기초하여 재조합 벡터/숙주 계를 확인 및 선별할 수 있다. 예컨대, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 서열 또는 서열번호 1 내의 ORF를 벡터의 마커 유전자 내에 삽입하는 경우, 삽입체를 보유하는 재조합체는 마커 유전자 기능의 부재에 의해 확인할 수 있다. 세 번째 방법에서, 재조합 발현 벡터는 재조합체에 의해 발현되는 폴리뉴클레오티드 서열의 생성물을 분석하여 확인할 수 있다. 그러한분석법은 예컨대, 예컨대, 시험관내 분석계에서 발현된 폴리펩티드의 물리적 또는 기능적 성질, 예컨대, 항체와의 결합, 세포 증식의 촉진을 기초로 할 수 있다.
일단 특정 재조합 DNA 분자가 확인 및 분리되면, 당업계에 알려진 여러 가지 방법을 사용하여 그것을 증식시킬 수 있다. 확인된 클론을 표준 방법, 예컨대, 리포펙션, 전기 사출법 및 열 충격에 의해 적합한 숙주 세포 내로 도입시킬 수 있다. 일단 적합한 숙주계 및 증식 조건이 확립되면, 재조합 발현 벡터가 증식되고 다량으로 제조된다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 벡터에 의해 형질전환된 숙주 세포를 포함한다. 이들 세포는 상기한 바와 같이 벡터내로 삽입된 뉴클레오티드 서열을 숙주 세포 내로 도입한 다음, 이 세포를 형질감염된 뉴클레오티드 서열의 복제 및/또는 발현을 일으키는 조건하에 배양함으로써 얻을 수 있다.
숙주 세포는 예컨대, 세균 세포(Olins and Lee, 1993) 및 효모 세포 Buckholz, 1993) 뿐만 아니라 동물 세포, 특히 포유류 세포의 배양물(Edwards and Aruffo, 1993) 및 특히 중국산 햄스터 난소(CHO) 세포 및 바큘로비루스를 사용하는 방법을 사용할 수 있는 곤충 세포(Luckow, 1993)와 같이 진핵세포계 또는 원핵세포계로부터 선택할 수 있다.
또한, 숙주 세포 균주는 삽입 서열의 발현을 조절하거나 목적하는 구체적인 유형으로 유전자 산물을 변형 및 가공하는 것을 선택할 수 있다. 특정 프로모터로부터의 발현은 특정 유도자의 존재하에 고양될 수 있고; 따라서, 유전자 조작된 폴리펩티드의 발현을 제어할 수 있다. 또한, 상이한 숙주 세포는 단백질의 해독 및 해독후 가공 및 변형(예컨대, 당부가, 인산화)을 위한 특징적이고 특이적인 메카니즘을 가진다. 적합한 세포주 또는 숙주계는 발현된 외래 단백질의 목적하는 변형 및 가공을 일으키는 것을 선택할 수 있다. 예컨대, 세균계에서의 발현을 사용하여 당부가되지 않은 코어 단백질 산물을 생성시킬 수 있다. 효모에서의 발현은 당부가된 산물을 생성시킨다. 포유류 세포에서의 발현을 사용하여 이종 단백질의 "천연" 당부가를 일으킬 수 있다. 또한, 상이한 벡터/숙주계는 상이한 정도로 가공 반응을 수행할 수 있다.
본 발명의 단백질의 발현용으로 바람직한 숙주 세포는 그람 음성 박테리아와 같은 원핵 세포로 구성된다.
본 발명에 따른 추가로 바람직한 숙주 세포는 클라미디아과에 속하는 박테리아, 보다 바람직하게는 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아이거나 또는 클라미디아 트라코마티스종과 관련된 미생물로부터 선택된다.
기타 구체적 양태에서, 폴리펩티드, 펩티드 또는 유도체나 이들의 유사체는 융합 또는 키메라 단백질 산물(이종 단백질 서열(상이한 단백질의)에 펩티드 결합을 통해 연결된 단백질, 단편, 유사체 또는 유도체를 포함)로서 발현될 수 있다. 그러한 키메라 산물은 목적 아미노산 서열을 암호화하는 적합한 핵산 서열을 당업계에 알려진 방법으로 서로 결찰시키고, 키메라 산물을 당업계에 통상적으로 알려진 방법으로 발현시킴으로써 제조할 수 있다. 한편, 그러한 키메라 산물은 단백질 합성 기법, 예컨대, 펩티드 합성기를 사용하여 제조할 수 있다.
게놈 서열은 해독 유전자 산물(즉, 펩티드, 폴리펩티드 및 단백질) 또는 전사 유전자 산물(즉, 안티센스 및 리보자임)로서 클로닝되고 발현될 수 있다.
본 발명은 또한 외래 서열로부터의 전사에 의한 서열번호 1의 안티센스 핵산 서열의 세포내 생산 방법에 관한 것이다. 예컨대, 벡터는 세포에 의해 수용되고, 그 세포 내에서 벡터 또는 그 일부가 전사되어 본 발명의 안티센스 핵산(RNA)가 생산되도록 생체내에 도입될 수 있다. 그러한 벡터는 목적 안티센스 RNA를 생산하도록 전사될 수 있는 한, 에피좀으로 존재하거나 또는 염색체 중에 통합될 수 있다. 그러한 벡터는 당해 분야의 재조합 DNA 기법으로 작제할 수 있다. 벡터는 포유류 세포에서 복제 및 발현에 사용되는 당해 분야에 알려진 플라스미드, 비루스 또는 기타 벡터일 수 있다. 안티센스 RNA를 암호화하는 서열의 발현은 포유류, 바람직하게는 인간 세포에서 작용하는 당해 분야에서 공지된 임의의 프로모터일 수 있다. 그러한 프로모터는 유도성 또는 구성성일 수있다. 그러한 프로모터의 예로는 CMV 프로모터, SV40 초기 프로모터 영역(Bernoist and Chambon, 1981, Nature 290: 304-310), 로우스 육종 비루스의 3' 장 말단 반복 서열에 포함된 프로모터 (Yamamoto 등, 1980, Cell 22: 787-797), 허피스 티미딘 키나제 프로모터(Wagner 등, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78: 1441-1445), 메탈로티오네인 유전자의 조절 서열(Brinster 등, 1982, Nature 296: 39-42)이 있으나, 이에 국한되지 않는다.
구체적 양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 촉매성 RNA 또는 리보자임을 포함한다(예컨대, 1990,10,04에 공개된 PCT 국제공개 WO 90/11364호; Sarver 등, 1990, Science 247:1222-1225). 또 다른 양태에서, 올리고뉴클레오티드는 2N-0-메틸리보뉴클레오티드(Inoue 등, 1987, Nucl. Acids Res. 15: 6131-6148) 또는 키메라 RNA-DNA 유사체(Inoue 등, 1987, FEBS Lett. 215: 327-330).
또 다른 양태에서, 본 발명의 안티센스 핵산은 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 서열의 RNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 서열을 포함한다. 그러나, 바람직하지만, 절대적인 상보성이 요구되는 것은 아니다. 본원에서 "RNA의 적어도 일부에 상보적인" 서열이란 RNA와 하이브리드화하여 안정한 이중체를 형성할 수 있을 만큼 충분한 상보성을 가진 서열을 의미하고; 따라서, 2본쇄 안티센스 핵산 서열의 경우에, 이중체 DNA의 단일 가닥을 시험하거나 3중체 형성을 분석할 수 있다. 하이브리드화하는 능력은 상보성의 정도 및 안티센스 핵산의 길이에 따라 달라진다. 일반적으로, 하이브리드화 핵산이 길수록 서열번호 1로부터 전사되는 RNA와의 더욱 많은 염기 부정합이 안정한 이중체(또는 삼중체)를 보유하고 여전히 형성할 수 있다. 당업자는 하이브리드화된 복합체의 융점을 측정하기 위한 표준 절차를 사용하여 부정합의 허용 가능한 정도를 확인할 수 있다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 상기 형질전환된 세포들을 포함하여 인간을 제외한 동물에 관한 것이다.
클라미디아 트라코마티스 유전자중 하나 이상을 과다 발현하는 본 발명에 따른 돌연변이 동물의 생산은 비루스 또는 비비루스 형질감염과 같은 당업자에게 잘 알려진 방법에 따라 래트, 마우스 또는 토끼에서 수행하는 것이 바람직하다. 상기 유전자중 하나 이상을 과다 발현하는 돌연변이 동물은 편재성이거나 조직의 한 유형에 선택성인 강력 프로모터의 제어하에 상기 유전자의 다수 사본의 형질감염에 의해 얻을 수 있다. 돌연변이 동물은 또한 배의 간세포 상에서의 상동 재조합, 이들 간세포의 배로의 전달, 생식 세포주의 레벨에 영향받은 키메라의 선별 및 상기 키메라의 증식에 의해 얻을 수 있다.
본 발명에 따른 형질전환된 세포 뿐만 아니라 돌연변이 동물은 재조합 폴리펩티드의 제조 방법에 사용할 수 있다.
본 발명에 따른 발현 벡터로 형질전환시킨 세포를 사용하거나 또는 본 발명에 따른 돌연변이 동물을 사용하여 유전공학에 의해 비교적 다량으로 재조합 폴리펩티드를 제조할 수 있다.
재조합 형태의 본 발명의 폴리펩티드의 제조 방법은 본 발명에 따른 벡터로 형질전환시킨 벡터 및/또는 세포 및/또는 본 발명에 따른 상기 형질전환된 세포중의 하나를 포함하는 돌연변이 동물 자체가 본 발명에 포함되는 것을 특징으로 한다.
재조합 형태의 본 발명의 폴리펩티드의 상기 제조 방법 중에서, 벡터 및/또는 상기 벡터로 형질전환시킨 세포 및/또는 상기 형질전환된 세포중의 하나를 포함하는 돌연변이 동물로서, 이들은 클라미디아 트라코마티스의 세포 외피의 폴리펩티드 또는 그 대표 단편, 보다 바람직하게는 클라미디아의 외부 세포 외피의 폴리펩티드 또는 그 단편중의 하나를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 보유하는 것을 사용하는 제조 방법이 바람직하다.
재조합 형태의 본 발명의 폴리펩티드의 상기 제조 방법 중에서, 벡터 및/또는 상기 벡터로 형질전환시킨 세포 및/또는 상기 형질전환된 세포중의 하나를 포함하는 돌연변이 동물로서, 이들은 클라미디아 트라코마티스가 분비하는 폴리펩티드 또는 그 대표 단편중의 하나를 암호화하거나, 수송 폴리펩티드, 표면 노출된 폴리펩티드, 지단백질 또는 그 대표 단편, 지다당류 생합성에 관여하는 폴리펩티드, III형 또는 비-III형 분비 폴리펩티드, RGD 부착 부위를 보유하는 폴리펩티드, 세포벽 고정된 표면 폴리펩티드, 클라미디아 뉴모니아에서는 발견되지 않는 폴리펩티드, 리보좀 폴리펩티드 또는 분비, 전사, 해독, 단백질의 성숙에 관여하는 폴리펩티드, 세포벽 합성에 관여하는 폴리펩티드, 독성에 관여하는 폴리펩티드, 중간체 대사, 특히 당 및/또는 보조인자의 대사에 관여하는 폴리펩티드, 클라미디아 트라코마티스의 뉴클레오티드, 아미노산, 핵산 또는 지방산의 대사에 관여하는 폴리펩티드 또는 그 대표 단편, 또는 클라미디아속에 특이적인 폴리펩티드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 보유하는 것을 사용하는 제조 방법이 또한 바람직하다.
상기한 바와 같이 얻은 재조합 폴리펩티드는 당부가되거나 또는 당부가되지 않은 형태로 제공될 수 있고, 천연의 3차 구조를 갖거나 갖지 않을 수 있다.
바람직한 변이체는 "담체" 단백질(키메라 단백질)에 융합된 재조합 폴리펩티드의 제조시에 존재한다. 이 계의 장점은 재조합 산물의 안정화 및 단백질 분해의 감소, 시험관내 재생 중의 용해도의 증가 및/또는 융합짝이 특이 리간드에 대한 친화성을 가질 때의 정제의 단순화를 얻을 수 있다는 점이다.
보다 구체적으로, 본 발명은 하기 단계들을 포함하는 본 발명의 폴리펩티드의 제조 방법에 관한 것이다:
a) 본 발명에 따른 핵산 서열을 가진 재조합 폴리펩티드를 발현시킬 수 있는 조건하에 형질전환된 세포를 배양하는 단계;
b) 적합한 경우, 상기 재조합 폴리펩티드의 회수 단계.
본 발명의 폴리펩티드의 제조 방법이 본 발명에 따른 돌연변이 동물을 사용하는 경우, 재조합 폴리펩티드가 상기 동물로부터 추출된다.
본 발명의 대상은 또한 상기 본 발명의 방법으로 얻을 수 있는 폴리펩티드이다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 폴리펩티드의 아미노산 서열을 사용하는 것을 특징으로 하는 합성 폴리펩티드의 제조 방법을 포함한다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 방법으로 얻은 합성 폴리펩티드에 관한 것이다.
본 발명에 따른 폴리펩티드는 본 발명의 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드를 제조하는 데 적합한 조건하에 펩티드 합성 분야에서 통상적인 기법으로 제조할 수도 있다. 이 합성은 고체상에서 균질 용액으로부터 수행하고 회수할 수 있다
예컨대, Houbenweyl(1974)의 문헌에 기재된 균질 용액에서의 합성 기법을 사용할 수 있다.
상기 합성 방법은 연속 아미노산을 필요한 순서로 부분적으로 연속 축합시키거나, 또는 사전에 형성되고 이미 여러 가지 아미노산을 적합한 순서로 함유하는 아미노산 및 단편이나, 또는 이렇게 사전에 제조된 여러 가지 단편을 축합시키는 것으로 구성되는데, 이들 아미노산 또는 단편에 의해 보유된 모든 반응성 작용기(단, 하나의 아민 작용기와 다른 하나의 카르복실 작용기 또는 그 반대인 경우 예외)를 사전에 보호하기 위해서는 주의를 기울여야 하는 것으로 이해되고, 상기 작용기는 펩티드 결합의 형성에, 특히 펩티드 합성 분야에서 널리 알려진 방법에 따라 카르복실 작용기의 활성화 후에 정상적으로 참가하여야 한다.
본 발명의 또 다른 바람직한 기법에 따르면, Merrifield의 문헌에 기재된 방법을 사용한다.
Merrifield의 방법에 따라 펩티드 쇄를 제조하기 위해서는, 고다공성의 중합체 수지를 사용하는데, 이 수지 상에 쇄의 제1 C-말단 아미노산이 부착된다. 이 아미노산은 그 카르복실기를 통해 수지 상에 부착되고 그 아미노 작용기는 보호된다. 펩티드 쇄를 구성하는 아미노산은 이미 형성되고 수지에 부착된 펩티드 쇄의 일부분의 아미노기(사전에 보호될 때마다) 상에 차례로 부착된다. 목적하는 전체 펩티드 쇄가 형성될 때, 펩티드 쇄를 구성하는 다양한 아미노산으로부터 보호기가 제거되고, 펩티드는 산을 이용하여 수지로부터 탈착된다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 하나 이상의 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중의 하나를 가진 하이브리드(융합) 폴리펩티드와, 인간 또는 동물에서의 면역 반응을 유도할 수 있는 폴리펩티드의 서열에 관한 것이다.
항원성 결정인자는 체액성 및/또는 세포성 반응을 유도할 수 있는 것이 유용하다.
항원성 결정인자는 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아로 감염된 환자의 혈청에 함유된 항체를 사용하여 클라미디아 트라코마티스 게놈의 발현 라이브러리를 검색함으로써 확인할 수 있다. 항원성 결정인자는 다중 에피토프에 대해 형성된 항체의 합성을 유도할 수 있는 면역원 조성물을 얻기 위하여 사용되는 본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 그 단편 중의 하나를 당부가된 형태로 포함한다. 상기 폴리펩티드 또는 그 당부가된 단편 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
상기 하이브리드 분자는 부분적으로 본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 그 대표 단편에 대한 담체 분자로 구성될 수 있는데, 이 담체 분자는 면역원성일 수 있는 부분, 특히 디프테리아 독소의 에피토프, 파상풍 독소, B형 간염 비루스 표면 항원(특허 FR 79 21811), 회백수염 비루스 VP1 항원 또는 임의의 기타 비루스 또는 박테리아 독소 또는 항원과 결합된다.
하이브리드 분자를 합성하는 방법은 목적 폴리펩티드 서열을 암호화하는 하이브리드 뉴클레오티드 서열을 작제하기 위해 유전공학에서 사용되는 방법을 포함한다. 예컨대, Minton(1984)의 문헌에 기재된 융합 단백질을 암호화하는 유전자를 제조하는 기법을 참조하는 것이 유용하다.
본 발명에 따른 하이브리드 폴리펩티드 뿐만 아니라 하이브리드 폴리펩티드를 암호화하는 상기 하이브리드 뉴클레오티드 서열은 상기 하이브리드 뉴클레오티드 서열의 발현에 의해 얻어지는 재조합 폴리펩티드인 것이 특징인 것으로서 이 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
본 발명은 또한 상기 하이브리드 뉴클레오티드 서열중 하나를 보유하는 것을 특징으로 하는 벡터를 포함한다. 상기 벡터에 의해 형질전환된 숙주 세포, 이 형질전환된 숙주 세포중 하나를 포함하는 돌연변이 동물 뿐만 아니라, 상기 벡터, 상기 형질전환된 세포 및/또는 상기 돌연변이 동물을 사용하여 재조합 폴리펩티드를 제조하는 방법 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
본 발명에 따른 폴리펩티드, 후술하는 본 발명에 따른 항체 및 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열은 클라미디아 트라코마티스를 함유할 것 같은 생물학적 시료(생물학적 조직 또는 액체)에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아를 검출 및/또는 확인하는 시험관내 및 생체내 방법에 유용하게 사용할 수 있다. 이들 방법은 사용될 본 발명에 따른 폴리펩티드, 항체 및 뉴클레오티드 서열의 특이성에 따라 구체적으로 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 변이체 뿐만 아니라, 선택될 본 발명에 따른 폴리펩티드, 항체 및 뉴클레오티드 서열에 의해 검출될 수 있는 관련 미생물을 검출 및/또는 확인할 수 있다. 예컨대, 과 특이적인 본 발명에 따른 폴리펩티드, 항체 및/또는 뉴클레오티드 서열을 선택함으로써 클라미디아과의 임의의 박테리아를 검출할 수 있는, 본 발명에 따른 폴리펩티드, 항체 또는 뉴클레오티드 서열을 선택하는 것이 유용할 수 있고, 반대로, 상기 변이체에 특이적인 본 발명에 따른 폴리펩티드, 항체 및/또는 뉴클레오티드 서열을 선택함으로써 표적화된 변이체에 특이적인 병리 상태를 유도 또는 악화시킬 수 있는 클라미디아 트라코마티스종의 변이체를 표적으로 하는 것이 가장 유용할 것이다.
본 발명에 따른 폴리펩티드는 그 미생물을 함유할 것 같은 생물학적 시료(생물학적 조직 또는 액체)에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물을 검출 및/또는 확인하는 방법에 유용하게 사용할 수 있는데, 이 방법은 다음 단계를 포함한다:
a) 상기 생물학적 시료를 본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 그 대표 단편과 접촉시키는 단계(생물학적 시료에 존재할 수 있는 상기 폴리펩티드와 항체 사이의 면역학적 반응을 일으키는 조건하에);
b) 형성될 수 있는 항원-항체 복합체를 검출하는 단계.
생물학적 시료는 액체, 예컨대, 인간 또는 동물의 혈청, 혈액 또는 생검물로 구성되는 것이 바람직하다.
임의의 통상적인 절차를 사용하여, 형성될 수 있는 항원-항체 복합체의 그러한 검출을 수행할 수 있다.
예컨대, 바람직한 방법은 ELISA 기법, 면역형광 절차 또는 방사성 면역 절차(RIA) 등에 기초한 면역 효소적 절차를 사용한다.
따라서, 본 발명은 또한 효소, 형광성 또는 방사성 유형의 표지와 같은 적합한 표지를 이용하여 표지된, 본 발명에 따른 폴리펩티드에 관한 것이다.
그러한 방법은 예컨대, 다음 단계를 포함한다:
-본 발명에 따른 폴리펩티드 조성물의 지정된 양을 미량역가 평판의 웰 내로 축적시키는 단계,
-분석하고자 하는 상기와 같은 혈청 또는 상이한 생물학적 시료를 희석률을 증가시키면서 상기 웰 내로 첨가하는 단계,
-미량역가 평판을 항온처리하는 단계,
-인간 또는 동물 면역글로불린에 대해 형성되고, 기질을 가수분해시킬 수 있는 것들로부터 선택되는 효소를 이용하여 표지되어 후자의 복사선의 흡수를 적어도 지정된 파장, 예컨대, 550 ㎚에서 변화시키는 표지된 항체를 미량역가 평판의 웰 내로 첨가하는 단계,
-대조군과 비교하여 가수분해된 기질의 양을 검출하는 단계.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트에 관한 것인데, 이는 하기 성분들을 포함한다:
-본 발명에 따른 폴리펩티드,
-적합한 경우, 면역학적 또는 특이적 반응에 적합한 매질을 구성하는 시약,
-생물학적 시료에 존재할 수 있는 항체와 본 발명의 폴리펩티드(들) 사이의 면역 반응에 의해 생성되는 항원-항체 복합체를 검출할 수 있는 시약[이들 시약은 표지를 보유하거나 또는 표지된 시약에 의해 다시 인지될 수 있으며, 보다 구체적으로는 본 발명에 따른 폴리펩티드가 표지되지 않은 경우에],
-적합한 경우, 본 발명에 따른 폴리펩티드에 의해 인지되는 항체가 없는 기준 생물학적 시료(음성 대조군),
-적합한 경우, 본 발명에 따른 폴리펩티드에 의해 인지되는 항체의 예정된 양을 함유하는 기준 생물학적 시료(양성 대조군).
본 발명에 따르면, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드, 펩티드, 융합 단백질 또는 기타 유도체나 이들의 유사체를 면역원으로서 사용하여 면역원과 같은 면역 특이적으로 결합하는 항체를 생성시킬 수 있다. 그러한 항체로는 폴리클로날 및 모노클로날 항체, 인간화된 또는 키메라 항체, 단쇄 항체, Fab 단편, F(ab')2 단편, Fab 발현 라이브러리에 의해 생성된 단편, 항-이디오타입(항-Id) 항체 및 이들중 임의의 에피토프 결합 단편을 들 수 있으나, 이에 국한되는 것은 아니다. 구체적인 양태에서, 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드 서열이 암호화하는 폴리펩티드, 펩티드 또는 기타 유도체나 이들의 유사체에 대한 항체는 이중 특이적 항체이다(일반적으로, Fanger and Drakeman, 1995, Drug News and Perspectives 8: 133-137). 그러한 이중 특이적 항체는 (1) 에피토프 및 (2) 다양한 "유발(trigger)" 분자, 예컨대, 세포 독성적 T-세포가 특정 표적을 파괴하게 할 수 있는 것으로서 확인된, T 세포 상의 CD3 및 CD2와 골수양 세포상의 Fc 수용체중 하나를 인지하도록 유전공학적으로 조작된 것이다. 그러한 이중 특이적 항체는 당업자에게는 알려진 화학적 공액화, 하이브리도마 또는 재조합 분자 생물학 기법에 의해 제조할 수 있다.
당해 분야에 알려진 다양한 절차를 서열번호 1의 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드, 펩티드 또는 기타 유도체나 이들의 유사체에 대한 폴리클로날 항체의 생산에 사용할 수 있다. 항체 생산의 경우, 다양한 숙주 동물, 예컨대, 토끼, 마우스, 래트 등(이에 국한되지 않음)은 폴리펩티드, 펩티드 또는 기타 유도체나 이들의 유사체를 주사하여 면역화할 수 있다. 다양한 보조제를 숙주 종에 따라 사용하여 면역 반응을 증가시킬 수 있는데, 그러한 보조제의 예로는 스티뮬론(StimulonTM) QS-21(매사츄세츠주 프라밍검 소재의 아퀼라 바이오파마슈티컬스 인코포레이티드), MTLTM(3-O-탈아세틸화된 모노포스포릴 지질 A; MT 해밀턴 소재의 RIBI 임뮤노켐 리서치 인코포레이티드), 인산알루미늄, IL-12(매사츄세츠주 캠브리지 소재의 제네틱스 인스티튜트), 프로인트 보조제(완전 및 불완전), 수산화알루미늄과 같은 광물성 겔, 리소레시틴, 플루론산 폴리올, 다가음이온, 펩티드, 오일 유탁액, 키홀 림펫 헤모시아닌, 디니트로페볼, BCG(바실-칼메트-구에린) 및 코리네박테리움 파르붐과 같은 표면 활성 물질이 있으나, 이에 국한되지 않는다. 한편, 폴리클로날 항체는 본 발명에 따른 폴리펩티드가 사전에 부착된 친화도 칼럼 상에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아로 감염시킨 환자의 혈청에 함유된 항체를 정제함으로써 제조할 수 있다.
폴리펩티드, 펩티드 또는 기타 유도체나 유사체에 대해 형성된 모노클로날 항체의 제조의 경우, 배양물 중의 연속 세포주에 의해 항체 분자를 생산하는 임의의 기법을 사용할 수 있다. 예컨대, Kohler 및 Milstein(1975, Nature 256:495-497)에 의해 최초로 개발된 하이브리도마 기법 뿐만 아니라, 트리오마 기법, 인간 B-세포 하이브리도마 기법(Kozbor 등, 1983, Immunology today 4:72) 및 EBV-하이브리도마 기법을 사용하여 인간 모노클로날 항체를 생성시킬 수 있다(Cole 등, 1985, in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan, R. Liss, Inc., pp.77-96). 본 발명의 추가의 양태에서, 모노클로날 항체는 PCT/US90/02545에 기재된 기법을 이용하여 무균 동물에서 제조할 수 있다. 본 발명의 또 다른 양태에서, 돌연변이 비인간 동물을 WO 98/24893 및 WO 96/33735에 기재된 기법을 이용하는 인간 항체의 생산에 사용할 수 있다. 본 발명에 따르면, 인간 항체를 사용할 수 있고, 인간 하이브리도마를 사용하여(Cote 등, 1983, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80:2026-2030) 또는 인간 B 세포를 EBV 비루스로 시험관내에서 형질전환시켜(Cote 등, 1985, in Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, Alan R. Lis, pp. 77-96) 얻을 수 있다. 실제로, 본 발명에 따르면, 폴리펩티드, 펩티드 또는 기타 유도체나 유사체에 특이적인 마우스 항체 분자로부터 유래한 유전자를 적합한 생물학적 활성의 인간 항체로부터 유래한 유전자와 함께 스플라이싱함으로써 "키메라 항체"의 제조용으로 개발된 기법(Morrison 등, 1984, PROC. NATL. ACAD. SCI. U.S.A. 81: 6851-6855; Neuberger 등, 1984, Nature 312: 604-608; Takeda 등, 1985, Nature 314: 452-454)을 사용할 수 있고; 그러한 항체는 본 발명의 범위 내에 속한다.
본 발명에 따르면, 단쇄 항체의 제조용으로 기재된 기법(미국 특허 제4,946,778호)을 수정하여 폴리펩티드 또는 펩티드 특이적인 단쇄 항체를 제조할 수 있다. 본 발명의 추가 양태는 폴리펩티드, 유도체 또는 유사에 대해 목적하는 특이성을 가진 모노클로날 Fab 단편을 신속하고 용이하게 확인할 수 있는 Fab 발현 라이브러리(Huse 등, 1989, Science 246:1275-1281)의 작제용으로 기재된 기법을 이용한다.
분자의 이디오타입을 보유하는 항체 단편은 공지된 기법으로 생성시킬 수 있다. 예컨대, 그러한 단편으로는 항체 분자의 펩신 처리에 의해 생성될 수 있는 F(ab')2 단편; F(ab')2 단편의 이황화물 브리지를 감소시켜서 생성시킬 수 있는 Fab' 단편; 항체 분자를 파파인 및 환원제와 Fv 단편으로 처리하여 생성시킬 수 있는 Fab 단편이 있으나, 이에 국한되는 것은 아니다.
또한, 키메라화된(예컨대, Boss, M. 등, 미국 특허 제4,816,397호; 및 Cabilly, S. 등, 미국 특허 제5,585,089호, 각각 본원에 전적으로 참고로 인용함) 인간화된 항체(예컨대, Queen의 미국 특허 제5,585,089호, 본원에 전적으로 참고로 인용함)의 제조를 위한 기법이 개발되었다. 면역글로불린 경쇄 또는 중쇄의 가변 영역은 상보성 결정 영역(CDR)으로 언급되는 3개의 초가변 영역이 개입되어 있는 "골격" 영역으로 구성된다. 골격 영역 및 CDR의 정도는 정확히 규명되어 있다(문헌 ["Sequences of Proteins of Immunological Interest", Kabat, E. 등, 미국 Department of Health and Human Services (1983)] 참조). 간략히 말하면, 인간화된 항체는 비인간종에서 유래한 하나 이상의 CDR 및 인간 면역글로불린 분자로부터 유래한 골격부를 가진 비인간종에서 유래한 항체 분자이다.
본 발명의 항체는 또한 효소, 형광 또는 방사성 유형의 표지화와 같은 본 발명의 핵산 프로브에 대해 상기한 바와 동일한 방법으로 표지할 수 있다.
본 발명은 또한 생물학적 시료에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물을 검출 및/또는 확인하는 방법에 관한 것인데, 이 방법은 다음 단계를 포함한다:
a) 상기 생물학적 시료(생물학적 조직 또는 액체)을 본 발명에 따른 모노클로날 항체 또는 폴리클로날 항체와 접촉시키는 단계(생물학적 시료에 존재할 수 있는 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 폴리펩티드와 상기 항체 사이의 면역 반응을 일으키는 조건하에);
b) 형성될 수 있는 항원-항체 복합체를 검출하는 단계.
클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트 역시 본 발명의 범위 내에 포함되는데, 이는 하기 성분들을 포함한다:
-적합한 경우 본 발명에 따른 표지된 폴리클로날 항체 또는 모노클로날 항체,
-적합한 경우, 면역 반응을 수행하기에 적합한 매질을 구성하는 시약,
-면역 반응에 의해 생성되는 항원-항체 복합체를 검출할 수 있는 시약[이들 시약은 표지를 보유하거나 또는 표지된 시약에 의해 다시 인지될 수 있으며, 보다 구체적으로는 상기 모노클로날 항체 또는 폴리클로날 항체가 표지되지 않은 경우에],
-적합한 경우, 시험된 시료중에서 세포의 용해를 수행하는 시약.
상기에 설명한 DNA 칩의 원리를 사용하여 지지체가 DNA 대신에 본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 항체나 그 배열로 피복된 단백질 "칩"을 제조할 수 있다. 이들 단백질 "칩"으로 예컨대, 표면 혈장 공명(SPR)에 의해 단백질로 피복된 지지체 상에 표적 피분석물의 친화도 포집에 의해 유도된 생분자 상호작용(BIA)를 분석할 수 있다. EP 524 800호에 기재된 고체 지지체 상에 단백질을 커플링시키는 기법 또는 BIA코어형 기법(파마시아)과 같이 바이오센서형 단백질 칩의 사용을 기재하고 있는 방법(Arlinghaus 등, 1997, Krone 등, 1997, Chatelier 등, 1995)을 참조할 수 있다. 따라서, 분석하고자 하는 시료로부터 유래한 항체 또는 폴리펩티드에 특이적으로 결합할 수 있는, 본 발명에 따른 상기 폴리펩티드 또는 항체는 시료내 단백질의 검출 및/또는 확인용 단백질 칩에 사용할 수 있다. 상기 단백질 칩은 특히 감염의진단에 사용할 수 있고, 칩 하나당 상이한 특이성의 본 발명의 여러 가지 폴리펩티드 및/또는 항체, 및/또는 클라미디아 트라코마티스와 상이한 미생물을 인지할 수 있는 폴리펩티드 및/또는 항체를 보유하는 것이 바람직할 수 있다.
따라서, 본 발명의 대상은 또한 지지체, 특히 단백질 칩의 지지체 상에 고정화된 것이 특징인 본 발명에 따른 폴리펩티드 및 항체이다.
상기 칩의 지지체 상에 고정화된 본 발명에 따른 하나 이상의 폴리펩티드 또는 하나 이상의 항체를 함유하는 것이 특징인 단백질 칩 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
본 발명은 또한 상기 칩의 지지체 상에 고정화된, 클라미디아 트라코마티스와 상이한 미생물의 화합물에 대해 형성된 하나 이상의 항체 또는 클라미디아 트라코마티스와 상이한 미생물의 하나 이상의 폴리펩티드를 함유하는 것이 특징인 본 발명에 따른 단백질 칩도 포함한다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용 키트 또는 세트, 또는 본 발명에 따른 단백질 칩을 포함하는 것이 특징인 미생물의 검출 및/또는 확인용 키트에 관한 것이다.
본 발명의 대상은 또한 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열을 사용하는 것이 특징인, 생물학적 시료에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물을 검출 및/또는 확인하는 방법에 관한 것이다.
보다 구체적으로, 본 발명은 생물학적 시료에서 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물을 검출 및/또는 확인하는 방법에 관한 것인데, 이 방법은 하기 단계들을 포함한다:
a) 적합한 경우에는, 분석하고자 하는 생물학적 시료로부터 DNA를 분리하거나 또는 선택적으로 생물학적 시료에서 RNA로부터 cDNA를 제조하는 단계;
b) 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머를 이용하여 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 DNA를 특이적으로 증폭시키는 단계;
c) 증폭 산물을 검출하는 단계.
이들은 본 발명에 따른 핵산 프로브를 사용하는 분자적 하이브리드화에 의해 검출할 수 있다. 이 프로브는 비방사성(콜드 프로브) 또는 방사성 원소로 표지하는 것이 유용하다.
본 발명의 목적상, "생물학적 시료내 DNA" 또는 "생물학적 시료에 함유된 DNA"는 고려되는 생물학적 시료에 존재하는 DNA 또는 경우에 따라서는 상기 생물학적 시료에 존재하는 RNA 상에 역전사효소 유형의 효소의 작용 후에 얻어진 cDNA를 의미하는 것으로 이해된다.
본 발명의 또 다른 목표는 하기 단계들을 포함하는 것이 특징인 본 발명에 따른 방법에 있다:
a) 본 발명에 따른 뉴클레오티드 프로브를 생물학적 시료, 즉 적합한 경우 사전에 하이브리드화될 수 있도록 만든 생물학적 시료내 DNA와, 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 DNA의 상보 염기쌍에 프로브가 하이브리드될 수 있도록 하는 조건하에 접촉시키는 단계;
b) 생물학적 시료내 뉴클레오티드 프로브와 DNA 사이에 형성된 하이브리드화 복합체를 검출하는 단계.
본 발명은 또한 하기 단계들을 포함하는 것이 특징인 본 발명에 따른 방법에 관한 것이다:
a) 본 발명에 따른 지지체 상에 고정화된 뉴클레오티드 프로브를 생물학적 시료, 즉 적합한 경우 사전에 하이브리드화될 수 있도록 만든 시료내 DNA와, 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 DNA에 프로브가 하이브리드될 수 있도록 하는 조건하에 접촉시키는 단계;
b) 생물학적 시료에 포함된 DNA와 지지체 상에 고정화된 뉴클레오티드 프로브 사이에 형성된 하이브리드를, 적합한 경우 프로브와 하이브리드화되지 않은 생물학적 시료내 DNA를 제거한 후에 본 발명에 따른 표지된 뉴클레오티드 프로브와 접촉시키는 단계;
c) 단계 b)에서 형성된 새로운 하이브리드를 검출하는 단계.
상기 검출 및/또는 확인 방법의 유용한 양태에 따르면, 단계 a) 전에 생물학적 시료내 DNA를 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머를 이용하여 사전에 프라이머 연장 및/또는 증폭시킨다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트에 관한 것인데, 이는 하기 성분들을 포함하는 것을 특징으로 한다:
a) 본 발명에 따른 뉴클레오티드 프로브;
b) 적합한 경우, 하이브리드화 반응을 수행하는 데 필요한 시약;
c) 적합한 경우, DNA 증폭 반응에 필요한 시약(예컨대, 폴리머라제 및/또는 데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트) 뿐만 아니라 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트에 관한 것인데, 이는 하기 성분들을 포함하는 것을 특징으로 한다:
a) 포집 프로브로 불리는 본 발명에 따른 뉴클레오티드 프로브;
b) 검출 프로브로 불리는 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드 프로브;
c) 적합한 경우, DNA 증폭 반응에 필요한 시약(예컨대, 폴리머라제 및/또는 데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트) 뿐만 아니라 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트에 관한 것인데, 이는 하기 성분들을 포함하는 것을 특징으로 한다:
a) 본 발명에 따른 하나 이상의 프라이머;
b) 적합한 경우, DNA 증폭 반응을 수행하는 데 필요한 시약;
c) 적합한 경우, 증폭 단편의 서열을 검사할 수 있는 성분, 보다 구체적으로 본 발명에 따른 올리고뉴클레오티드 프로브.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트, 또는 본 발명에 따른 DNA 칩을 포함하는 것이 특징인 미생물의 검출 및/또는 확인용 키트 또는 세트에 관한 것이다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아의 검출 및/또는 확인용의 키트 또는 세트에 관한 것인데, 본 발명에 따른 상기 프라이머 및/또는 상기 프로브는 클라미디아 트라코마티스종에 특이적인 뉴클레오티드 서열로부터 선택되는 것이 특징이며, 본 발명에 따른 상기 폴리펩티드는 클라미디아 트라코마티스종에 특이적인 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징이고, 본 발명에 따른 상기 항체는 클라미디아 트라코마티스종에 특이적인 폴리펩티드로부터 선택되는 본 발명에 따른 폴리펩티드에 대해 형성된 항체로부터 선택되는 것이 특징이다.
바람직하게는 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아의 검출 및/또는 확인을 위한 본 발명에 따른 상기 방법 또는 상기 키트 또는 세트는 상기 프라이머 및/또는 상기 프로브가 클라미디아 트라코마티스종에 특이적인 것으로 확인된 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드로부터 선택되는 것이 특징이며, 본 발명에 따른 상기 항체가 클라미디아 트라코마티스종에 특이적인 것으로 확인된 폴리펩티드로부터 선택되는 본 발명에 따른 폴리펩티드에 대해 형성된 항체로부터 선택되는 것이 특징이다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스 감염에 의해 유도 또는 악화되는 생식기 질병에 대한 소인의 진단 또는 그 질병에 의해 야기되는 증상의 진단용의, 본 발명에 따른 방법 또는 키트나 세트에 관한 것이다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스 감염에 의해 유도 또는 악화되는 눈 질병에 대한 소인의 진단 또는 그 질병에 의해 야기되는 증상의 진단용의, 본 발명에 따른 방법 또는 키트나 세트에 관한 것이다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스 감염에 의해 유도 또는 악화되는 전신성 질병, 특히 림프계의 질병에 대한 소인의 진단 또는 그 질병에 의해 야기되는 증상의 진단용의, 본 발명에 따른 방법 또는 키트나 세트에 관한 것이다.
또 다른 측면에 따르면, 본 발명의 대상은 유기 또는 무기 화합물의 생합성 또는 생분해용으로 본 발명에 따른 폴리펩티드, 본 발명에 따른 벡터로 형질전환시킨 세포 및/또는 본 발명에 따른 형질전환된 동물의 용도이다.
전술한 바와 같이, 본 발명의 뉴클레오티드 서열은 폴리펩티드나, 유기 또는 무기 분자의 생합성 또는 생분해에 관여하는 효소 폴리펩티드의 단편을 암호화하는 것으로 알려진 서열과의 상동성으로 확인하였다.
따라서, 산업적 또는 치료적 관심의 대상인 유기 또는 무기 화합물(관심 화합물로 지칭함)의 생합성 또는 생분해용으로 유사한 방법으로 본 발명의 상기 폴리펩티드를 사용할 수 있다.
상기 폴리펩티드 중에서는, 단백질 분해 효소, 아미노 전이효소, 글루코스 대사와 같이 대사에 관여하는 효소, 또는 당, 아미노산, 지방산, 폴리펩티드, 뉴클레오티드, 핵산 또는 임의의 기타 유기 또는 무기 화합물이 생합성에 또는 유기 또는 무기 화합물의 생분해에 사용할 수 있는 효소를 들 수 있다.
상기 폴리펩티드 중에서는, 유기 또는 무기 화합물을 산업적 레벨로(예컨대, 관심 화합물의 생산, 식품 산업에 이용된 제조 잔류물의 재처리, 제지 산업 또는 화학 및 약학 산업에) 생합성 또는 생분해하는 데 사용할 수 있는 본 발명에 따른 돌연변이된 또는 변형된 폴리펩티드에 상응하는 돌연변이된 또는 변형된 효소를 언급할 수 있다.
유기 또는 무기 화합물의 생합성 또는 생분해 방법은 본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 그 대표 단편중의 하나, 본 발명에 따른 형질전환된 세포 및/또는 본 발명에 따른 형질전환된 동물을 사용하는 것이 특징이며, 이 역시 본 발명의 일부를 이룬다.
본 발명은 또한 유전자의 발현을 조정, 조절, 유도 또는 저해할 수 있고/있거나, 원핵 세포 또는 진핵 세포의 세포 복제를 변화시킬 수 있거나 또는 클라미디아 트라코마티스 또는 그 관련 미생물 중의 하나에 의한 감염과 관련된 병리 상태를 유도, 저해 또는 악화시킬 수 있는 유기 또는 무기 화합물의 선별용으로, 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열, 본 발명에 따른 폴리펩티드, 본 발명에 따른 항체, 본 발명에 따른 세포 및/또는 본 발명에 따른 형질전환된 동물을 사용하는 용도에 관한 것이다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 폴리펩티드, 융합 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중의 하나에 결합할 수 있거나, 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열에 결합할 수 있거나, 본 발명에 따른 항체를 인지할 수 있고/있거나, 유전자의 발현을 조정, 조절, 유도 또는 저해할 수 있고/있거나, 원핵 세포 또는 진핵 세포의 세포 복제 또는 증식을 변화시킬 수 있거나 또는 클라미디아 트라코마티스 또는 그 관련 미생물 중의 하나에 의한 감염과 관련된 병리 상태를 동물 또는 인간에서 유도, 저해 또는 악화시킬 수 있는 화합물을 선별하는 방법을 포함하는 스크리닝 분석법을 포함하는 데, 이는 다음 단계들을 포함하는 것이 특징이다:
a) 상기 화합물을 상기 폴리펩티드, 상기 뉴클레오티드 서열 및 본 발명에 따른 형질전환된 세포와 접촉시키고/접촉시키거나, 상기 화합물을 본 발명에 따른 형질전환된 동물에 투여하는 단계;
b) 상기 화합물이 상기 폴리펩티드 또는 상기 뉴클레오티드 서열에 결합하는 능력, 또는 유전자의 발현을 조정, 조절, 유도 또는 저해하는 능력, 또는 증식 또는 세포 복제를 조정하는 능력, 또는 상기 형질전환된 동물에서 클라미디아 트라코마티스 또는 그 관련 미생물 중의 하나에 의한 감염과 관련된 병리 상태를 유도, 저해 또는 악화시키는 능력을 측정하는 단계.
본 발명에 따른 형질전환된 세포 및/또는 동물은 모델로서 유용하게 사용될 수 있고, 클라미디아 트라코마티스에 의해 유도되거나 악화되는 병리 상태를 초래할 수 있거나, 이들 병리 상태, 예컨대, 생식기, 눈 또는 전신성 질병, 특히 림프계의 병리 상태를 예방 및/또는 치료할 수 있는 방법에 사용할 수 있다. 구체적으로, 형질전환된 숙주 세포, 구체적으로 본 발명에 따른 벡터에 의한 그 형질전환이 예컨대, 그 감염 상태를 증가 또는 저해하거나, 또는 감염에 의해 통상 유도되거나 악화되는 병리 상태를 조정할 수 있는 것인 클라미디아과의 박테리아를 사용하여 병리 상태의 개시가 모니터되는 동물을 감염시킬 수 있다. 이들 형질전환되지 않은 동물은 예컨대 형질전환된 클라미디아 박테리아로 감염된 것으로서 연구 모델로서 이용될 수 있다. 동일한 방식으로, 본 발명에 따른 형질전환된 동물은 예컨대, 생식기 및/또는 눈 및/또는 전신성 질병, 특히 림프계의 질병에 대한 소인을 나타낼 수 있고, 따라서, 상기 질병들을 예방 및/또는 치료할 수 있는 화합물을 선별하는 방법에 사용할 수 있다. 상기 형질전환된 세포 및/또는 형질전환된 동물을 사용하는 상기 방법은 본 발명의 일부를 이룬다.
선별될 수 있는 화합물은 폴리펩티드 또는 탄수화물 같은 유기 화합물이나 이미 알려져 있는 임의의 기타 유기 또는 무기 화합물이거나, 또는 분자 모델링 기법을 사용하여 제조되고 화학적 또는 생화학적 합성법(이들 기법은 당업자에게는 알려져 있는 것임)으로 얻은 새로운 유기 화합물일 수 있다.
상기 선별된 화합물을 사용하여 클라미디아 트라코마티스 또는 임의의 기타 관련 미생물의 증식 및/또는 세포 복제를 조정하고, 따라서, 이들 미생물에 의한 감염을 방제할 수 있다. 본 발명에 따른 상기 화합물을 사용하여 모든 진핵 세포 또는 원핵 세포, 특히 종양 세포의 증식 및/또는 세포 복제를 조정할 수 있으며, 여기서, 상기 화합물들이 활성이 있는 것으로 입증되는 감염성 미생물, 상기 조정을 측정할 수 있는 방법은 당업자에게는 널리 알려져 있는 것이다.
미생물의 증식을 조정할 수 있는 화합물은 상기 미생물의 발육, 증식, 증식 속도 및/또는 생존능에 작용, 변형, 제한 및/또는 감소시킬 수 있는 모든 화합물을 지정하는 것으로 이해된다.
상기 조정은 예컨대, 단백질에 결합할 수 있고, 따라서, 그 생물학적 활성을 저해 또는 강화할 수 있거나, 미생물의 외부 표면의 막 단백질에 결합하고 이 미생물의 숙주 세포로의 침투를 차다하거나 상기 미생물에 대항하는 감염 유기체의 면역계의 작용을 촉진할 수 있는 제제에 의해 달성할 수있다. 이 조정은 또한 미생물의 DNA 또는 RNA의 뉴클레오티드 서열에 결합할 수 있고, 생물학적 또는 구조적 활성이 상기 미생물의 증식 또는 재생에 필수적인 폴리펩티드의 발현을 차단할 수 있는 제제로 달성할 수 있다.
관련된 미생물은 본 발명에서 그 유전자 발현이 조정, 조절, 유도 또는 저해될 수 있거나, 그 증식 또는 세포 복제 역시 본 발명의 화합물에 의해 조정될 수 있는 모든 미생물을 지칭하는 것으로 이해된다. 관련 미생물은 또한 본 발명에서 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열 또는 폴리펩티드를 함유하는 모든 미생물을 지칭하는 것으로 이해된다. 이들 미생물은 일부 경우에, 본 발명의 것과 동일 또는 상동성인 폴리펩티드 또는 뉴클레오티드 서열을 포함하고, 본 발명에 따른 검출 및/또는 확인 방법 또는 키트에 의해 검출 및/또는 확인될 수 있으며, 본 발명의 화합물의 표적으로서 작용할 수도 있다.
본 발명은 본 발명에 따른 선별 방법으로 선별할 수 있는 화합물에 관한 것이다.
본 발명은 또한 하기 화합물로부터 선택되는 화합물을 선택적 성분인 약학적 허용 매체 또는 담체와 함께 포함하는 약학 조성물에 관한 것이다:
본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열;
본 발명에 따른 폴리펩티드 또는 융합 폴리펩티드;
본 발명에 따른 벡터;
본 발명에 따른 항체; 및
본 발명에 따른 선별 방법으로 선별할 수 있는 화합물.
유효량은 클라미디아 트라코마티스 또는 관련 미생물을 충분히 조정할 수 있는, 본 발명의 상기 화합물 또는 항체 또는 폴리펩티드의 양을 의미하는 것으로 이해된다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물에 의한 감염의 예방 또는 치료용의 본 발명에 따른 약학 조성물에 관한 것이다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 1종 이상의 폴리펩티드 및/또는 본 발명에 따른 1종 이상의 하이브리드 폴리펩티드를 포함하는 것이 특징인 면역원 및/또는 백신 조성물에 관한 것이다.
본 발명은 또한 백신 조성물의 제조에 본 발명에 따른 형질전환된 세포를 사용하는 용도를 포함한다.
본 발명은 또한 본 발명에 따른 뉴클레오티드 서열, 본 발명에 따른 벡터 및/또는 본 발명에 따른 형질전환된 세포를 함유하는 것이 특징인 백신 조성물에 관한 것이다.
본 발명은 또한 클라미디아 트라코마티스종에 속하는 박테리아 또는 관련 미생물에 의한 감염의 예방 또는 치료용의 본 발명에 따른 백신 조성물에 관한 것이다.
본 발명은 또한 백신 조성물로서 제형화될 클라미디아 트라코마티스의 폴리펩티드, 특히 항원성 결정인자를 암호화하는 DNA의 용도에 관한 것이다. 본 발명의 이러한 측면에 따르면, 관심 DNA는 DNA의 발현을 촉진하는 조절 요소, 즉 프로모터 또는 인핸서 요소의 제어하에 발현 벡터 내로 도입된다. 한 가지 바람직한 양태에서는, 프로모터 요소가 세포 특이적일 수 있고, 예정된 세포에서만 DNA를 실질적으로 전사할 수 있다. DNA는 나출 DNA(본원에 전적으로 참고로 인용하는 미국 특허 제5,679,647호)로서 또는 비루스 벡터, 즉 아데노비루스 벡터를 포함하여 DNA의 흡수를 촉진할 수 있는 기타 제제, 또는 부피비카인 및 기타 국부 마취제(본원에 전적으로 참고로 인용하는 미국 특허 제5,593,972호), 사포닌(본원에 전적으로 참고로 인용하는 미국 특허 제5,739,118호) 및 양이온성 폴리아민(본원에 전적으로 참고로 인용하는 공개된 국제출원 WO 96/10038호)과 같은 면역화를 촉진하는 제제와의 조성물로 제형화되어 숙주 내로 직접 도입될 수 있다.
항원성 폴리펩티드 및 조절 요소를 암호화하는 DNA 서열을 표적화된 상동 재조합과 같은 기법을 사용하여 안정한 세포주 또는 클로닝된 미생물 내로 삽입할 수있는데, 상기 기법은 당업자에게는 널리 알려져 있고, 예컨대, Chappel의 미국 특허 제4,215,051호; Skoultchi의 WO 91/06667호(이들은 각각 본원에 전적으로 참고로 인용함)에 기재되어 있다.
상기 세포주 및 미생물은 백신 목적으로 제형화할 수 있다. 또 다른 양태에서, 항원성 폴리펩티드 및 조절 요소를 암호화하는 DNA 서열을 포유류 숙주에게 전달하고 상동 재조합을 통해 숙주 게놈 내로 도입할 수 있다(Chappel의 미국 특허 제4,215,051호; Skoultchi의 WO 91/06667호(이들은 각각 본원에 전적으로 참고로 인용함) 참조).
클라미디아 트라코마티스 또는 관련 미생물에 의한 감염의 예방 및/또는 치료 목적의 본 발명에 따른 면역원 및/또는 백신 조성물은 클라미디아 트라코마티스의 세포 외피의 단백질 또는 그 대표 단편 중의 하나에 상응하는 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중의 하나를 포함하는 면역원 및/또는 백신 조성물로부터 선택하는 것이 바람직하다. 뉴클레오티드 서열을 포함하는 백신 조성물은 또한 클라미디아 트라코마티스의 세포 외피의 단백질 또는 그 대표 단편 중의 하나에 상응하는 폴리펩티드 또는 그 단편 중의 하나를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함하는 것이 바람직하다.
상기 바람직한 면역원 및/또는 백신 조성물 중에서는, 그 서열이 상기 기능군에서 확인되고 상기한 뉴클레오티드 또는 아미노산 서열로부터 선택되는 것인 폴리펩티드 또는 그 대표 단편 중의 하나, 또는 뉴클레오티드 서열 또는 그 대표 단편 중의 하나를 포함하는 것이 가장 바람직하다.
본 발명에 따른 면역원 조성물 내로 첨가되는 본 발명의 폴리펩티드 또는 그 대표 단편은 당업자에게 알려진 기법, 예컨대, 상기 폴리펩티드가 T 세포를 자극하는 능력으로 선택할 수 있는데, 이 능력은 인터류킨의 증식 또는 분비를 초래하고, 상기 폴리펩티드에 대해 형성된 항체의 생산을 초래한다.
인간에게서 사용되는 용량에 필적하는 백신 조성물의 용량을 투여하는 마우스에서, 항체 반응은 혈청을 수집한 다음, 통상의 기법에 따라 백신 조성물의 항원과 혈청에 존재하는 항체 사이에 복합체의 형성을 연구함으로써 시험한다.
본 발명에 따르면, 상기 백신 조성물은 약학적 허용 부형제와의 배합물 및 적합한 경우, 1종 이상의 적합한 면역 보조제와의 배합물인 것이 바람직하다.
감염성 질병, 즉 약독화된 생미생물(결핵의 경우 엠 보비스), 불활성화된 미생물(인플루엔자 비루스), 무세포 추출물(백일해의 경우 보데텔라 퍼터시스), 재조합 단백질(B형 간염 비루스 표면 항원), 다당류(뉴모코커스)에 대해 인간을 보호하는 용도의 다양한 유형의 백신이 현재 이용되고 있다. 합성 펩티드로부터 또는 이종 항원을 발현시키는 유전자 변형된 미생물로부터 제조된 백신에 대한 실험이 진행 중에 있다. 최근에는 보호성 항원을 암호화하는 유전자를 보유하는 재조합 플라스미드 DNA가 대체 백신 전략으로서 제안되었다. 이 유형의 백신화는 생체내에서 복제될 수 없고 백신 단백질만을 암호화하는 이.콜리 플라스미드로부터 유래한 특정 플라스미드를 사용하여 수행한다. 동물은 나출 플라스미드 DNA를 근육내로 단순히 주사함으로써 면역화하였다. 이 기법은 동일계에서 백신 단백질의 발현 및 세포형(CTL) 및 체액형(항체) 면역 반응을 초래한다. 면역 반응의 이러한 이중 유도는 나출 DNA를 사용한 백신화 기법의 주요한 장점 중의 하나이다.
본 발명의 백신 조성물은 숙주(예컨대, 인간) 투여 전에 시험관내 및 생체내 동물 모델에서 평가할 수 있다. 예컨대, Peterson 등(1988)의 문헌에 기재된 것과 같은 시험관내 중화 분석법을 이용할 수 있다. Peterson 등(1988)의 문헌에 기재된 분석법은 클라미디아 트라코마티스 또는 클라미디아 뉴모니아에 대한 백신 조성물의 시험에 적합하다.
간략히 언급하면, 하이퍼 면역 항혈청은 상보체원으로서 5% 기니 피그 혈청을 함유하는 PBS에서 희석한다. 클라미디아(104 IFU; 봉입체 형성 단위)를 항혈청 희석액에 첨가한다. 항원-항체 혼합물을 37℃에서 45분 동안 항온 처리하고, 접종 전에 PBS로 2회세척된 유리병에 포함된 이중의 응집성 Hep-2 또는 HeLa 세포 단일층(예컨대, 15 x 45 ㎜) 내로 접종한다. 단일층 세포를 1000X g에서 1 시간 동안 원심 분리시킨 다음, 37℃에서 1 시간 동안 정적 항온 처리하여 감염시켰다. 감염된 단일층은 48 시간 또는 72 시간 동안 항온처리하고, 고정시키고, 씨. 트라코마티스 등에 대한 항-MOMP와 같은 클라미디아 특이 항체로 염색한다. 봉입체 보유 세포를 배율 200X에서 10개 시야에서 계수하였다. 중화 역가는 대조군 단일층/IFU에 비해 50%의 저해도를 제공하는 희석률에 기초하여 할당된다.
백신 조성물의 효능은 클라미디아 트라코마티스 감염, 기니 피그 또는 마우스의 동물 모델을 백신 조성물을 투여하여 생체내에서 측정할 수 있다. 예컨대, 클라미디아 트라코마티스 감염의 기니 피그 모델에서의 생체내 백신 조성물 투여 연구를 수행할 수 있다. 간략히 언급하면, 체중 450~500g인 기니 피그 암컷을 12 시간의 광-암 주기로 환경이 제어되는 방에 수용하고, 다양한 면역화 경로를 통해 백신 조성물로 면역화하였다. 백신 접종후, 기니 피그를 HeLa 또는 McCoy 세포(Rank 등(1988))에서 증식된 기니 피그 봉입체 결막염(GPIC)의 원인체로 생식관에서 감염시킨다. 각 동물에게 슈크로스-포스페이트-글루타메이트 완충액(pH 7.4)(Schacter, J. (1980)) 0.05 ㎖에 함유된 약 1.4x107 봉입체 형성 단위(IFU)를 투여한다. GPIC 특이 항혈청을 사용한 간접 면역형광에 의해, 또는 생식관으로부터 긁어낸 김자 (Giemsa)-염색된 도말 표본(smear)에 의해 봉입체 보유 세포의 비율을 측정함으로써 감염 경로를 모니터한다. 혈청내 항체 역가는 효소 결합된 면역 흡착 분석법으로 측정한다.
한편, 생체내 백신 조성물 투여 연구는 클라미디아 트라코마티스의 쥐 모델 (Morrison 등, 1995)에서 수행할 수 있다. 간략히 언급하면, 7주~12주령의 마우스 암컷에게 질내 감염시키기 전 10일 및 3일에 데포프로베라 2.5 ㎎을 피하 투여한다. 백신 접종후, 마우스를 슈크로스-포스페이트-글루타메이트 완충액(pH 7.4) 0.05 ㎖에 함유된 클라미디아 트라코마티스 1,500 봉입체 형성 단위로 생식관에서 감염시킨다. 클라미디아 트라코마티스 특이 항혈청을 사용한 간접 면역형광에 의해, 또는 감염된 마우스의 생식관으로부터 긁어낸 김자(Giemsa)-염색된 도말 표본에 의해 봉입체 보유 세포의 비율을 측정함으로써 감염 경로를 모니터한다. 마우스의 혈청내 항체 역가의 존재는 효소 결합된 면역 흡착 분석법으로 측정한다.
상기 서열들이 삽입된 뉴클레오티드 서열 또는 벡터를 포함하는 백신 조성물은 구체적으로 국제출원 WO 90/11092 및 국제출원 WO 95/11307에 기지되어 있다.
본 발명에 따른 백신 조성물을 구성하는 뉴클레오티드 서열은 상기 폴리뉴클레오티드의 세포 내부로의 침투 또는 세포 핵까지의 그 수송을 촉진하는 화합물에 커플링시킨 후에 숙주 내로 주입할 수 있다. 생성된 접합체는 국제출원 WO 94/ 27238(메디소브 테크놀로지스 인터내셔널)에 기재된 바와 같이 중합체 미세 입자 내로 캡슐화할 수 있다.
본 발명에 따른 백신 조성물의 또 다른 양태에 따르면, 뉴클레오티드 서열, 바람직하게는 DNA은 DEAE-덱스트란(Pagano 등, 1967)과 또는 핵 단백질(Kaneda 등, 1989)과, 지질(Felgner 등, 1987)과 복합체를 형성하거나 또는 리포좀 내로 캡슐화(Fraley 등, 1980)하거나, 또는 세포 내로의 형질감염(Midoux 등, 1993, Pastore 등, 1994)을 촉진하는 겔 형태로 도입할 수도 있다. 본 발명에 따른 벡터의 폴리뉴클레오티드는 또한 완충액 중의 현탁액이거나 또는 리포좀과 배합할 수 있다.
그러한 백신은 문헌[Tacson 등 또는 Huygen 등, 1996)에 기재된 기법 또는 Davis 등의 국제출원 WO 95/11307에 기재된 기법에 따라 제조하는 것이 유용하다.
그러한 백신은 인간 또는 동물에서 발현시킬 수 있는 조절 요소의 제어하에 위치한 본 발명에 따른 벡터를 함유하는 조성물 형태로 제조할 수도 있다. 예컨대, 관심의 폴리펩티드 항원의 생체내 발현용 벡터로서는, 플라스미드 pcDNA3 또는 플라스미드 pcDNA1/neo(둘다 인비트로겐(영국 아빙던 소재의 R&D 시스템스)에서 시판됨)를 사용할 수 있다. 또한 Shiver 등의 문헌(1995)에 기재된 플라스미드 V1Jns.tPA를 사용할 수 있다. 그러한 백신은 재조합 벡터 외에도 염수 용액, 예컨대, 염화나트륨 용액을 포함하는 것이 유용하다.
본 발명의 면역원성 조성물은 면역화 방법의 일부로서 이용할 수 있는데, 이 방법은 숙주(예컨대, 인간 숙주)에게 본 발명의 면역원 조성물의 면역화 작용량으로 투여하는 것을 포함한다. 바람직한 양태에서, 면역화 방법은 클라미디아 트라코마티스에 대해 면역화하는 방법이다.
약학적 허용 부형제는 부작용을 야기하지 않고 예컨대, 활성 화합물의 투여를 용이하게 하거나, 그 지속 시간 및/또는 체내에서의 그 효능을 증가시키거나, 용액 중에서의 그 용해도를 증가시키거나 또는 그 보존을 증가시킬 수 있는, 약학 또는 백신 조성물 내로 첨가되는 화합물 또는 화합물의 배합물을 의미하는 것으로 이해된다. 이들 약학적 허용 부형제는 널리 알려져 있으며, 선택된 활성 화합물의 성질 및 투여 방식에 따라 당업자에 의해 적합하게 사용된다.
백신 제제에 관해서는, 이들은 당업자에게 공지된 적합한 면역 보조제, 예컨대, 수산화알루미늄, 뮤라밀 펩티드군의 대표 펩티드, 예컨대, N-아세틸-뮤라밀, 박테리아 용균물의 펩티드 유도체 중의 하나, 또는 불완전 프로인트 보조제, 스티뮬론 QS-21(매사츄세츠주 프라밍검 소재의 아퀼라 바이오파마슈티컬스 인코포레이티드), MPL(3-O-탈아세틸화된 모노포스포릴 지질 A; 몬타나주 해밀턴 소재의 RIBI 임뮤노켐 리서치 인코포레이티드), 인산알루미늄, IL-12(매사츄세츠주 캠브리지 소재의 제네틱스 인스티튜트)를 포함할 수 있다.
상기 화합물은 전신 경로로, 특히 정맥내 경로, 비강내, 근육내, 피내 또는 피하 경로로 또는 경구 경로로 투여하는 것이 바람직하다. 본 발명에 따른 폴리펩티드를 포함하는 백신 조성물은 피내 또는 피하 경우로 여러 차례 투여하고 시간이 지남에 따라 확대하는 것이 바람직하다.
최적의 투여 방식, 투여량 및 갈레누스형은 환자에게 적합한 치료법의 확립시에 일반적으로 고려되는 기준, 예컨대, 환자의 나이 또는 체중, 환자의 전반적 상태의 경중, 치료의 관용성 및 관찰된 부작용에 따라 결정할 수 있다.
본 발명은 클라미디아 트라코마티스에 의해 유도 또는 악화되는 생식기 질병의 치료 또는 예방에 본 발명에 따른 조성물을 사용하는 용도를 포함한다.
최종적으로, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스의 존재에 의해 유도 또는 약화되는 눈 질병의 예방 또는 치료에 본 발명에 따른 조성물을 사용하는 용도를 포함한다.
최종적으로, 본 발명은 클라미디아 트라코마티스의 존재에 의해 유도 또는 약화되는 전신성 질병, 특히 림프계의 질병의 예방 또는 치료에 본 발명에 따른 조성물을 사용하는 용도를 포함한다.
본 발명의 기타 특성 및 장점은 하기 실시예 및 도면에서 나타난다.
실시예
세포
사용된 클라미디아 트라코마티스 LGV2 균주는 클라미디아 트라코마티스 혈청형변이주 L2/434/Bu 균주의 외막 단백질 서열 omp1(CHTMOMPA) 및 omp2(CHTOMP2A)와 98% 이상의 상동성을 가진 것으로 확인되었다.
클라미디아 트라코마티스 LGV2 균주는 미국 모식균 배양 수집소에서 ATCC CRL-1696으로 얻은 마우스 섬유아세포(맥코이 세포) 상에서 배양하였다.
세포 배양물
마우스 섬유아세포는 75 ㎖ 세포 배양 플라스크(코닝)에서 배양하였다. 배양 배지는 항생물질 또는 항진균제는 없이 MEM 아미노산(Gibco BRL-No. 04301140) L(배지 500 ㎖당 5 ㎖) 및 5% 태내 송아지 혈청(Gibco BRL No. 10270 배치 40G8260K)로 보충된 둘베코의 변형된 세포 배양 배지(Gibco BRL No. 04101965)이다.
세포 배양 원액은 다음과 같은 방식으로 유지하였다. 세포 배양은 응집 24 시간 후에 전도된 현미경 하에서 검사하고, 각각의 세포 론을 PBS(Gibco BRL No. 04114190)로 세정하고, 트립신(Gibco BRL No. 25200056) 3 ㎖의 존재하에 오븐에 5분 동안 넣어 두었다. 세포 론을 떼어내고, 배양 배지 120 ㎖에 재현탁시키고, 전체를 교반하여 세포 현탁액을 균질하게 만들었다. 이 현탁액 30 ㎖를 세포 배양 플라스크마다 분배하였다. 플라스크는 온도 37℃에서 48 시간 동안 CO2 오븐에서 보관하였다. 세포 원액은 부분 융합성 세포의 16 플라스크를 매일 이용할 수 있도록 유지하였다. 클라미디아로 감염시키기 위해 사용되는 것은 상기 부분 융합성 세포이며, 25-㎖ 세포 배양 플라스크도 사용하고, 이들 플라스크는 유사한 방법으로 제조하지만 세포의 유지에 사용되는 부피는 다음과 같다: 트립신 1 ㎖, 세포를 재현탁시키는 배양 배지 28 ㎖, 배양 배지 7 ㎖를 25-㎖ 플라스크마다 사용하였다.
클라미디아에 의한 세포의 감염
초기에, 클라미디아는 부피 1 ㎖의 현탁액에서 동결(-70℃)된 상태로 얻었다. 이 제제를 서서히 해동시키고, 500 ㎕를 모으고, 배지 1 ㎖를 함유하는 25-㎖ 세포 배양 플라스크에서 상기와 같이 얻어지는 부분 융합성 세포와 접촉시켜 세포를 덮었다. 이 플라스크를 미량역가 평판용 "스윙" 회전자에서 2000 rpm으로 원심분리하고, 원심분리는 온도 35℃에서 유지한다. 원심분리후, 두 플라스크를 35℃의 오븐에 3 시간 동안 넣어 두었다. 시클로헥시미디드(1 ㎍/㎖)를 함유하는 배양 배지 6 ㎖를 첨가하고, 플라스크를 35℃에서 보관하였다. 48 시간 후에, 감염 레벨은 직접 면역 형광법으로 및 세포 야기되는 세포 병원성 효과에 의해 평가하였다.
직접 면역형광법
상기와 같이 얻어진 감염 세포를 출발 재료로 하여, 세포 도말 표본을 현미경 슬라이드 상에 파스테르 피펫으로 도말했다. 세포 도말 표본을 아세톤으로 10분 동안 고정시키고; 아세톤을 인출한 후에, 도말 표본을 플루오레세인 이소티오시아네이트로 표진된 클라미디아(바이오메리오의 시바)의 MOMP(주요 외막 단백질)에 대해 유도된 쥐의 모노클로날 항체 30 ㎕로 덮었다. 전체를 온도 37℃에서 가습실에서 항온 처리하였다. 슬라이드를 물로 세정하고, 약간 건조시킨 다음, 착상 배지 한 방울을 도말한 후에, 판독 전에 커버슬립을 장착하였다. 판독은 필요한 필터가 장착된 형광 현미경(490 ㎚에서 여기, 520 ㎚에서 방출)을 이용하여 수행한다.
클라미디아 트라코마티스의 수집
상기한 바와 같이 수행되는 직접 면역형광법으로 감염을 검사한 후에, 배양 플라스크를 멸균 캐비넷 아래에서 개봉하고, 직경 1 ㎖ 크기인 멸균 유리 비드를 플라스크에 넣었다. 플라스크를 밀봉한 다음, 수평을 유지하면서 바닥의 세포 론을 격렬히 교반하여, 유리 비드가 세포 론 상에 기계적으로 작용할 수 있게 하였다. 대부분의 세포들이 탈착되거나 파괴되었으며; 교반의 효과는 광학 현미경 하에서 관찰하여 클라미디아의 적합한 방출을 확인하였다.
세포 배양의 대규모 감염
클라미디아 수집 산물(배양 배지 및 세포 부스러기)를 피펫으로 모으고, 상기한 바와 같이 얻은 부분 융합성 L 세포를 함유하는 3개 세포 배양 플라스크 내로 분배하였다. 이렇게 접종된 세포를 부드럽게 교반(스윙)하면서 35℃의 오븐에 넣었다. 1 시간 후에, 플라스크를 오븐에서 수평으로 유지하여 배양 배지가 세포를 3 시간 동안 덮게 하였다. 배양 플라스크는 35℃에서 48 시간 동안 교반하였다. 이렇게 감염된 세포는 광학 현미경하에서 24 시간 후에 검사하고, 세포 변성 효과는 전도된 광학 현미경 하에서 볼 수 있는 세포질 봉입체의 출현으로 평가하였다. 48 시간 후에, 클라미디아를 함유하는 액포는 세포의 세포질을 차지하고 세포핵을 옆으로 밀어냈다. 이 단계에서, 다수의 세포가 저절로 파괴되고, 배양 배지에서 유리 원소체를 남겼다. 클라미디아를 상기한 바와 같이 수집하고, -80℃에서 동결시키거나 또 다른 증식에 사용하였다.
*클라미디아의 정제
-80℃에서 보관된 클라미디아 수집 산물을 실온에서 수조 상에서 해동시켰다. 해동 후에, 각 튜브를 1분 동안 격렬히 교반하고, 초음파 탱크(브랜슨 1200)에서 1분 동안 침지시켰으며; 튜브를 2000 rpm으로 5분 동안 원심분리하기 전에 전도시켜 교반하였다. 상청액을 주의깊게 제거하고, 냉온(얼음)에서 유지하였다. 상청액을 격렬하게 교반한 다음 지짖체(날진) 상에 직경 5 미크론의 소공을 가진 나일론 필터 상에서 여과하여 나일론 필터 아래에 미세한 진공이 구축되게 하였다. 각각의 여과의 경우, 3개의 나일론 필터를 끼우고; 이들 필터를 여과액 40 ㎖ 마다 교체하였다. 여과 산물 200 ㎖를 냉온에서 유지한 다음, 역전시켜 교반한 후에 10,000 rpm에서 90분 동안 원심분리하고, 상청액을 제거하고, 펠렛은 10 mM 트리스 10 ㎖에 취하여 격렬하게 와류시킨 다음, 10,000 rpm에서 90분 동안 원심분리하였다. 상청액을 제거하고 펠렛을 DNAse I(베링거) 800 단위가 첨가되는 완충액(20 mM 트리스 pH 8.0, 50 mM KCl, 5 mM MgCl2)에 취했다. 전체를 37℃에서 1 시간 동안 보관하였다. 0.5M EDTA 1 ㎖를 첨가하고, 전체를 와류시키고, -20℃에서 동결시켰다.
DNA의 제조
상기 정제한 클라미디아를 해동시키고, 프로티나제 K(베링거)로 분해하여 최종 부피 10 ㎖를 얻었다. 분해 조건은 다음과 같다: 55℃에서 0.1 ㎎/㎖ 프로티나제 K, 0.1% SDS, 10분마다 교반. 분해 산물을 페놀-클로로포름으로 이중 추출하고, 두 부피의 에탄올을 첨가하고, DNA를 갈고리 형태의 한쪽 말단을 가진 파스테르 피펫으로 직접 회수하였다. DNA를 튜브의 가장자리 상에서 건조시킨 다음, 2 mM 트리스(pH 7.5)에 재현탁시켰다. DNA를 클로닝에 사용하기 전에 24 시간 이상 동안 4℃에서 보관하였다.
DNA의 클로닝
침전후, 260 ㎚에서 광학 밀도를 측정함으로써 DNA를 정량하였다. 클라미디아 DNA 30 ㎍을 1.5 ㎖의 튜브 10개에 분배하고, 물 300 ㎕에서 희석시켰다. 각각의 튜브에 소니케이터(유니소닉스 XL2020)에서 0.5초 동안 지속되는 초음파를 10번 가하였다. 10개 튜브의 내용물을 나누고, 다음 방법으로 부탄올(시그마 B1888)로 연속 추출하여 농축시켰다: 부탄올 2 부피를 희석 DNA 혼합물에 첨가하였다. 교반 후에, 전체를 2500 rpm에서 5분 동안 원심분리하고, 부탄올을 제거하였다. 수성상의 부피가 1 ㎖ 미만이 될 때까지 이 조작을 반복하였다. DNA를 에탄올 및 아세트산나트륨(pH 5.4)의 존재하에 침전시킨 다음, 냉온(4℃)에서 15,000 rpm에서 30분 동안 원심분리하였다. 펠렛을 75% 에탄올로 세척하고, 15,000 rpm에서 5분 동안 원심분리하여 실온에서 건조시켰다. 제제의 10분의 1을 0.8% 아가로스 겔 상에서 분석하였다. 통상, 이렇게 제조된 DNA 단편의 크기는 200~8000개 염기쌍이다.
얻은 DNA를 클로닝하기 위해서, 말단을 복구하였다. DNA는 다음과 같은 반응 배지에서 10 ㎍/튜브의 양으로 분배하였다: 최종 부피 100 ㎕, 1H 완충액(바이오랩스 201L), 0.5 ㎕ BSA 0.05 ㎎/㎖, 0.1 mM dATP, dGTP, dCTP 또는 dTTP 각 0.1 mM, 60,000 IU T4 DNA 폴리머라제. 반응은 16℃에서 30분 동안 항온처리하였다. 페놀-클로로포름으로 추출을 수행하기 전에 각 튜브의 내용물을 나눈 다음, 전술한 바와 같이 수성상을 침전시켰다. 이 단계 후에, 제조된 DNA를 인산화하였다. 이를 위해, DNA를 튜브당 10 ㎍의 양의 튜브들에 분배한 다음, 최종 부피 50 ㎕로 반응물을 다음과 같은 방법으로 제조하였다: 1mM ATP, 1x 키나제 완충액, 10 IU T4 폴리뉴클레오티드 키나제(바이오랩스 201L). 제제를 37℃에서 30분 동안 항온처리하였다. 튜브의 내용물을 합치고, 페놀-클로로포름으로 추출한 다음, 침전을 수행하여 DNA를 침전시켰다. 침전된 DNA를 물 1 ㎕에 현탁시킨 다음, DNA 단편을 0.8% 아가로스 겔(1 x TAE)상에서 그 크기에 따라 분리하였다. DNA를 5V/㎝의 전기장에 적용시킨 다음, UV 테이블 상에서 가시화하였다. 크기가 1200~2000 염기쌍인 단편을 겔로부터 잘라내서 선별하였다. 이렇게 분리된 겔 단편을 튜브에 넣은 다음, DNA를 제조자가 제시하는 절차에 따라 퀴아엑스 키트(20021 퀴아젠)으로 정제하였다.
벡터의 제조
pGEM-5Zf(프로메가 P2241) 14 ㎍을 최종 부피 150 ㎕로 희석하여 제조사가 제시한 시약을 사용하고 그 프로토콜에 따라 제한 효소 EcoRV 300 IU(바이오랩스 195S)로 분해하였다. 전체를 37℃에서 150분 동안 유지한 다음, 5V/㎝의 전기장에 적용시킨 0.8% 아가로스겔의 웰에 분배하였다. 선형화된 벡터를 UV 테이블에서 가시화하고, 겔로부터 절단하여 분리한 다음 제조사의 추천에 따라 퀴아엑스 키트(퀴아젠 20021)에 의해 정제하였다. 정제 산물을 튜브에 나누어 넣고, 그 부피를 측정한 다음, 페놀 부피의 절반을 첨가하고, 전체를 1분 동안 격렬히 교반하였다. 클로로포름-이소아밀 알콜 24:1 부피의 절반을 첨가하고 1분 동안 격렬히 교반하였다. 전체를 4℃에서 5분 동안 15,000 rpm에서 원심분리하고, 수성상을 회수하여 튜브로 옮겼다. DNA를 0.3M 아세트산나트륨(pH 5.4) 및 에탄올 3 부피의 존재하에 침전시키고, -20℃에서 1 시간 동안 유지하였다. 4℃에서 30분 동안 15,000 rpm에서 DNA를 원심분리하고, 펠렛을 보존하면서 상청액을 제거하고, 70% 에탄올로 2회 세척하였다. 실온에서 건조시킨 후, DNA를 물 25㎕에 현탁시켰다.
벡터의 인산화
선행 단계에서 제조된 벡터 25 ㎕를 다음 반응 혼합물 500 ㎕의 최종 부피로 희석하였다:
복구후, DNA를 페놀-클로로포름 추출하고, 침전시키고, 펠렛을 물 10 ㎕에 취하고, 260㎚에서 광학 밀도를 측정하여 DNA를 정량하였다. 정량된 DNA를 제한 효소 EcoRV에 의해 제조된 벡터 pGEM-5Zf(+) 내로 결찰시키고, 탈인산화하였다(벡터의 제조 참조). 벡터 분자의 수와 삽입체 분자의 수 사이의 비를 변화시키는 3가지 조건하에서 결찰을 수행하였다. 통상, 등몰비, 1:3 비 및 3:1 비를 결찰에 사용하고, 또한 다음 조건하에 결찰을 수행하였다: 벡터 pGEM-5Zf(+) 25 ng, 절단된 DNA, T4 DNA 리가제(아머샴 E70042X)를 함유한 최종 부피 20 ㎕의 결찰 완충액; 전체를 냉장고에 하루밤 동안 넣어둔 후, 페놀-클로로포름 추출 및 침전을 통상적인 방법으로 수행하였다. 펠렛을 물 5 ㎕에 취했다.
박테리아의 형질전환
박테리아의 도말
암피실린(50 ㎍/㎖), Xgal(280 ㎍/㎖)[5-브로모-4-클로로-인돌릴-베타-D-갈락토피라노사이드(시그마 B-4252)], IPTG(140 ㎍/㎖)[이소프로필-베타-D-티오갈락토사이드(시그마 I-6758)]를 함유하는 LB 아가 배지를 함유한 페트리 접시를 사용하고, 박테리아 50 및 100 ㎕를 각각의 결찰물에 대해 도말하였다. 페트리 접시는 오븐 내에 15~16 시간 동안 37℃에서 뒤집어서 넣어 두었다. "재조합" 양성 클론의 수는 벡터만을 함유하는 것으로 생각되는 청색 콜로니 및 백색 콜로니를 계수하여 평가하였다.
"재조합" 양성 클론의 평가
94개 백색 콜로니 및 2개의 청색 콜로니를 멸균 콘을 이용하여 수집하고, 증폭 기법을 수행하도록 고안된 평판의 웰의 바닥에 도말하였다. 다음 반응 혼합물 30 ㎕를 각 웰에 첨가하였다: 1.7 mM MgCl2, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP 각 0.2 mM, 어느 한쪽 상의 클로닝 부위에 인접하는 서열에 상응하고, 수렴하는 방식으로 DNA의 합성을 유도하는 두 개의 합성 올리고뉴클레오티드(0.5 μM RP 및 PU 프라이머, 1U TAQ 폴리머라제(GibcoBRL 18038-026)).
이렇게 제조된 콜로니를 온도 94℃에 5분 동안 방치한 후, 다음 단계들로 구성된 30회 열 주기에 적용시켰다: 94℃에서 40초, 50℃에서 30초, 72℃에서 180초. 반응은 72℃에서 7분 동안 유지한 다음, 4℃에서 유지하였다.
증폭 산물을 아가로스 겔(0.8%) 상에 도포하여 에시듐 브로마이드로 염색하고, 전기영동한 다음, 자외선 테이블 사엥서 분석하였다. 크기가 500개 염기쌍보다 큰 증폭 단편이 존재한다는 것은 삽입체가 존재한다는 것을 나타낸다. 박테리아 클론을 준비하여 그 삽입체의 서열을 연구하였다.
서열 결정
상기와 같이 얻은 클론의 삽입체의 서열을 결정하기 위해, 이들을 삽입체에 인접한 벡터용 프라이머를 사용하여 하루밤 동안 수행한 박테리아 상에서의 PCR에 의해 증폭시켰다. 상기 삽입체의 말단의 서열(각 쪽에 평균 500개 염기)을 ABI 프리즘 DNA 시퀀싱 어낼리시스 소프트웨어(버젼 2.1.2)가 장착된 ABI 377 시퀀서 상에서 자동 형광 서열 결정법으로 결정하였다.
서열 분석
고수율 라인(도 1)에서 서열 결정에 의해 서열은 데이타베이트에 저장되고; 이 제조 부분은 서열의 임의의 처리와 무관하다. 불충분한 품질의 모든 영역, 즉 불확실성이 95% 이상으로 서열 상에서 관찰되는 영역을 피하면서, 서열은 데이타베이스로부터 추출한다. 추출 후에, 서열은 처리 라인 내로 도입되는데, 그 다이아그램은 도 2에 기재되어 있다. 이 처리 라인의 제1 경로에서, 서열들은 R. Staden (Bonfield 등, 1995)(OS UNIX/SUN Solaris)으로부터 Gap4 소프트웨어에 의해 조합하고; 이 소프트웨어에 의해 얻은 결과는 후속 처리에 사용할 두 개의 파일의 형태로 보존된다. 이들 파일의 첫번째는 얻어진 콘티그 각각의 서열에 관한 정보를 제공한다. 제2 파일은 각각의 콘티그 상의 그 위치 뿐만 아니라 모든 콘티그의 조성물에 관여하는 모든 클론을 나타낸다.
제2 처리 경로는 서열 어셈블러(TIGR-Asmg 어셈블러 UNIX/SUN 솔라리스)를 사용하고; 제2 처리 경로의 결과는 어셈블리에 대해 선택되는 서열들 사이에 존재하는 관계에 관한 정보를 제공하는 TIGR-Asmg 포맷의 파일 형태로 보존죈다. 이 어셈블러는 때때로 그 말단이 수백개의 염기쌍에 걸쳐 중복되는 콘티그를 연결할 수 없다.
이들 두 어셈블러로부터 얻은 결과를 BLAST 프로그램을 이용하여 비교하였는데, 하나의 어셈블리 경로에서 유래한 콘티그의 각각은 다른 하나의 경로에서 유래한 콘티그와 비교된다.
두 처리 경로의 경우, 엄격한 어셈블리 매개변수를 고정시킨다(상동성 95%, 30개 중첩 뉴클레오티드). 이들 매개변수는 진핵 세포에서 유래한 클론의 3~5%가 클라미디아 트라코마티스에서 유래한 클론으로부터 얻은 서열과 혼동되는 것을 방지한다. 그러나, 진핵 세포 서열은 이 프로젝트의 과정 중에 보존되었고; 후술하는 도입된 전략은 특히 오염성 클론에서 유래한 상기 서열에 의해 방해받지 않도록 의도된다.
상기 두 어셈블러의 결과는 이 프로젝트를 위해 개발된 소프트웨어에서 처리한다. 이 소프트웨어는 윈도우즈 NT 플랫폼 상에서 작동하고 데이터로서 STADEN 소프트웨어에서 유래한 결과 및/또는 TIGR-Asmg 어셈블러에서 유래한 결과를 수용하고, 소프트웨어는 데이터의 처리 후에 서로에 대해 콘티그의 배향 및 근접 관계를 제공하는 어셈블리 지도의 측정을 가능하게 한다(도 3a). 이 어셈블리 지도를 사용하여 소프트웨어는 프로젝트의 마무리에 필요한 모든 프라이머를 측정한다. 이 처리는 아래에서 상세히 설명하는데, 오염물질로부터 유래한 분리된 서열을 작은 크기의 서열을 가진 진핵 세포가 이들이 콘티그로 확립하는 관계에 의해 프로젝트 내로 명확하게 통합되는 DNA와 구별한다는 장점을 가진다. 어떠한 착오의 위험도 없이 서로에 대한 콘티그의 배열 및 배향을 이루기 위해, 서열의 "네이밍(naming)"이라는 명칭의 정확도에 관한 통계적 평가는 "콘티게이션(contigation)"의 결과로부터 이루어진다. 이 평가는 클론 평판의 각각 뿐만 아니라 평판 부분집합의 각각에 이 평판으로부터 또는 이 평판의 부분집합으로부터 얻은 서열의 "네이밍"에 존재하는 가능한 착오율에 반비례하는 중량을 제공할 수 있다. 낮은 착오율에도 불구하고, 클론 및 서열의 생성 단계 전체에서 착오가 발생할 수 있다. 이들 단계는 다수이고 반복적이며, 이들 대부분은 자동화되었지만, 시퀀서에 도입시키는 것과 같은 단계는 수동이며; 조작자가 두 서열의 역전과 같은 실수를 할 수도 있다. 이 유형의 착오는 실패로 끝날 콘티그 사이에서 직접 서열을 결정하기 위한 시도에서 실제로는 존재하지 않는 관계(콘티그 사이)를 산출함으로써 데이터의 후속 처리에 영향을 끼친다. 이로 인해, 네이밍 착오의 평가는 두 인접 콘티그를 분리하는 서열을 얻기 위한 주형으로서 작용할 모든 클론을 측정할 수 있게 되는 가설적인 어셈블리 지도의 구축을 가능하게 하기 때문에 특히 중요하다. 모출원인 미국 특허출원 제60/107077(1998. 11. 4 출원), 프랑스 출원 제97-15041(1997. 11. 28 출원) 및 프랑스 출원 제97-16034(1997. 12. 17)(이들은 본원에 전적으로 참고로 인용함)의 표 2는 초기 조작 중에 초기에 사용되는 프라이머의 서열 및 클론을 제시하고 있다.
통상적인 미생물학적 수단으로 클론을 주문하고 제조하는 것으로 구성된 단곌르 회피하기 위하여, 아직 서열이 결정되지 않은 영역을 향해 배향된 외부 및 내부 프라이머는 소프트웨어에 의해 지정된다. 이렇게 결정된 프라이머는 PCR에 의해 서열 결정되지 않은 영역을 커버하는 주형을 제조할 수 있게 한다. 그것은 소위 외부 프라이머(서열 결정하고자 하는 영역으로부터 가장 먼 것인데, 이것을 사용하여 상기 주형을 제조한다. 그 다음, 주형을 정제하고, 2개의 내부 프라이머 중 하나를 각각 사용하는 2개의 서열 결정 반응 중에 두 가닥 각각에 대한 서열을 얻는다. 이 방법의 사용을 용이하게 하기 위해, 두 개의 외부 프라이머 및 두 개의 내부 프라이머를 제조한 다음, 4개의 상이한 96-웰 평판의 동일 위치에 저장한다. 외부 프라이머를 함유하는 두 평판을 사용하여 주형을 제조하는 작용을 하는 PCR을 수행한다. 이들 주형은 평판의 토포그래피를 보존하는 정제 칼럼 상에서 정제한다. 이러한 분포는 매우 집중적인 공정 자동화를 가능하게 하고, 아직 서열 결정되지 않은 영역을 마무리하는 데 사용하기 간편한 방법을 산출한다. 모출원인 미국 특허출원 제60/107077(1998. 11. 4 출원), 프랑스 출원 제97-15041(1997. 11. 28 출원) 및 프랑스 출원 제97-16034(1997. 12. 17)(이들은 본원에 전적으로 참고로 인용함)의 표 3은 클라미디아 트라코마티스의 마무리 가공에 사용되는 프라이머의 서열 및 명칭을 제시하고 있다.
마지막으로, 다수의 콘티그는 그 말단 중의 하나가 임의의 다른 콘티그 말단(도 3b)에 연결 클론 관계에 의해 연결되어 있는 모양으로 존재한다(연결 클론은 콘티그 상의 하나의 서열 말단과 또 다른 콘티그 상의 그 서열의 다른 말단을 가진 클론으로 정의되고; 또한 이 클론은 충분한 네이밍 품질로 평판 또는 평판의 부분집합으로부터 유래하여야 한다). 클라미디아 트라코마티스 프로젝트에 대해서는, 이 구체적인 경우는 37회 일어났다. 일치 서열의 말단을 향해 DNA의 합성을 유도하는 두 개의 인접 PCR 프라이머는 일치 서열의 오펀 말단의 각각에 대해 정의된다. 서열의 말단에 가장 가까운 프라이머는 내부 프라이머로 불리는 반면에, 서열의 말단으로부터 더 먼 프라이머는 외부 프라이머로 불린다. 외부 프라이머를 사용하여 상이한 콘티그의 오펀 말단 사이의 상호 관계를 탐구한다. 단일 PCR 산물의 존재 및 내부 프라이머를 사용하여 이 산물을 명확하게 증폭시킬 가능성은 증폭을 허용하는 프라이머가 위치하는 콘티그 사이의 가능한 관계를 유도한다. 이러한 관계는 서열 결정에 의해 확인되고, 일치 서열의 오펀 말단 사이의 연결을 가능하게 한다. 이러한 방법은 크로마토그래피 트라코마티스 염색체의 완전한 지도를 얻을 수 있게 하고, 프로젝트를 마무리할 수 있게 한다.
품질 관리
염색체 서열에서 확실히 결정되지 않은 모든 염기를 기록하고, 불확실성의 밀도를 전체 염색체 상에서 측정하였다. 고도의 불확실성을 가진 영역을 기록하고, 이 영역에 걸친 PCR 프라이머를 도출하여 모출원인 미국 특허출원 제60/107077(1998. 11. 4 출원), 프랑스 출원 제97-15041(1997. 11. 28 출원) 및 프랑스 출원 제97-16034(1997. 12. 17)(이들은 본원에 전적으로 참고로 인용함)의 표 4에 나타냈다.
데이터 뱅크
주요 공공 은행의 지역적 재조직화를 사용하였다. 사용된 단백질 은행은 젠펩트 뱅크의 비과잉 융합으로 구성된다(GenBank, NCBI의 자동 번역; Benson 등, 1996).
서열과 단백질 또는 핵산 테이터 뱅크 사이의 상동성을 탐색하기 위한 전체 BLAST 소프트웨어(공중의 영역, Altschul 등, 1990)를 사용하였다. 사용된 유의 수준은 시험한 영역의 길이 및 복잡도 뿐만 아니라, 기준 뱅크의 크기에 따라 달라진다. 이들을 조정하여 각 분석에 적합하게 하였다.
본 발명에 따른 서열과 단백질 또는 핵산 데이터 뱅크 사이의 상동성에 대한 탐색 결과는 하기 표 1에 제시 및 요약한다.
표 1에 대한 설명:
오픈 리딩 프레임은 젠마크 소프트웨어 버젼 2.3A(진프로)를 사용하여 확인하고, 사용된 주형은 12개 뉴클레오티드의 창과 최소 신호 0.5이고 196개 뉴클레오티드의 길이 상에 크기 4의 클라미디아 트라코마티스이다. 이들 리딩 프레임은 ORF2(ORF 칼럼)로 시작하여 염색체 상에 나타나는 순서대로 번호를 매긴다. 개시부 및 종료부의 위치는 칼럼 2(위치)에 제시되어 있다. 개시부의 위치가 종료부의 위치보다 클 경우에, 이는 그 영역이 서열번호 1의 서열에 지시된 서열과 상보적인 가닥에 의해 암호화된다는 것을 의미한다.
모든 추정 산물을 GENPEPT 상에서 상동성을 탐색하였다(BLASTp 소프트웨어(Altschul 등, 1990)를 사용하여 서열번호 2~서열번호 1076에 대해서는 릴리스 103 및 서열번호 1077~서열번호 1197에 대해서는 릴리스 108, 매개변수로서는 10-5에서 설정된 기대값 E(서열번호 2~서열번호 1076) 및 e-10에서 설정된 P값(서열번호 1077~서열번호 1197)을 예외로 한 디폴트 매개변수). 이어서, 30%보다 큰 동일성(I% 칼럼)만을 고려하였다. 가장 상동성이 큰 서열에 대한 설명은 상동성 칼럼에 제시되고; 후자의 서열에 대한 확인자는 ID 칼럼에 제시되며, 이 서열이 속하는 동물종은 종 칼럼에 제시된다. 상동성 수치는 상동성 각 영역에 대한 블래스트 수지의 합계로 평가되고, 수치 칼럼에 보고한다. 표 1은 또한 후술하는 추가의 ORF 파인더 프로그램으로터의 데이터를 반영하고 있다.
재료 및 방법: 경막 도메인
DAS 소프트웨어는 Cserzo 등의 문헌(1997)에 추천된 대로 사용하였다.
이 방법은 경막 도메인을 예측하기 위하여 선택된 단백질의 샘플링으로부터 유래한 주형을 사용한다. 1.5보다 큰 "컷오프"가 프로그램에 의해 의해 확인되는 모든 영역을 고려하였다.
추가의 ORF 파인더 프로그램
이 분석의 경우, 두 개의 추가 ORF 파인더 프로그램을 사용하여 최소 길이 74개 아미노산인 유력한 오픈 리딩 프레임을 예측하였다: 글리머(Salzberg, S.L., Delcher, A., Kasif, S.,and W. White. 1998. Microbial gene identification using interpolated Markov models. Nucleic Acids Res. 26:544-548) 및 내장 필기 프로그램. 내장 프로그램은 매우 단순한 탐색 알고리즘을 사용하였다. 분석에는 게놈 DNA 서열 텍스트가 5'→3' 방향이고, 게놈이 원형이며, TAA, TAG 및 TGA가 정지 코돈이라는 사실이 필요하였다. 탐색 매개변수는 다음과 같았다:
(1) GTG 코돈으로 개시되는 ORF에 대한 탐색을 실시하였다. GTG 코돈이 발견되지 않으면, ATG 코돈에 대한 탐색을 수행하였다. 그러나, GTG 코돈이 발견되면, ATG 코돈에 대한 하류의 탐색을 수행하였다. 모든 출발 및 정지 뉴클레오티드 위치를 기록하였다.
(2) TTG 코돈으로 개시되는 ORF에 대한 탐색을 실시하였다. TTG 코돈이 발견되지 않으면, ATG 코돈에 대한 탐색을 수행하였다. 그러나, TTG 코돈이 발견되면, ATG 코돈에 대한 하류의 탐색을 수행하였다. 모든 출발 및 정지 뉴클레오티드 위치를 기록하였다.
(3) 단계 1 및 2에 기재한 분석을 DNA 서열의 반대 가닥에 대해 반복하였다.
*(4) 동일한 리딩 프레임에서 출발 및 정지 위치를 사용하여 모든 ORF 길이를 측정하는 ORF에 대한 탐색을 수행하였다.
(5) 그 DNA 길이가 225개 미만의 뉴클레오티드인 모든 ORF는 탐색으로부터 배제되었다.
표면 노출 단백질 탐색 기준
잠재 세포 표면 백신 표적은 포린, 지단백질, 접착 및 기타 비통합 단백질과 같은 외막 단백질이고, 클라미디아 시타시에서는, 주요 면역원이 추정 외막 단백질 (POMP)군이고, 전통적인 분석에 의해서는 클라미디아 트라코마티스와 클라미디아 트라코마티스에서는 상동성이 확인되지 않았다(Longbottom, D., Russell, M., Dunbar, S.M., Jones, G.E. and A.J. Hering, 1998. Molecular Cloning and Characterization of th Genes Coding for the Highly Immunogenic Cluster of 90-Kilodalton Envelope Proteins from Chlamydia psittaci Subtype That Causes Abortion in Sheep. Infect Immun 66: 1317-1324). 그러나, 후술하는 기준을 이용하면, 외막 단백질을 암호화하는 여러 가지 ORF가 클라미디아 트라코마티스에서 확인되었고, 모두 백신 후보가 될 수 있다. 후술하는 기준 중의 어느 하나를 충족시키는 임의의 ORF는 표면 노출 단백질을 암호화하는 것으로 간주되었다.
해독된 ORF의 단백질 상동성 탐색은 Blastp 2.0 수단을 사용하여 수행하였다(Altschul, S.F., Madden, T.L., Schaffer, A.A., Zhang, Z., Miller, W., and D.J. Lipman. 1997. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25: 3389-3402). ORF는 해독된 ORF가 e-10 미만의 P값을 가진 공지의, 이론적인 또는 추정적인 표면 노출 단백질에 대한 상동성을 갖는다면, 표지되고 표면 노출된다.
박테리아의 막에 위치하는, 전부는 아니더라도 대부분의 단백질은 분비 경로를 통해 신호 펩티드를 함유한다. 소프트웨어 프로그램 시그날P를 사용하여 그러한 신호 펩티드에 대한 ORF의 아미노산 서열을 분석하였다(Nielsen, H., Engelbrecht. J., Brunak, S., and G. von Heijne. 1997. Identification of prokaryotic and eukaryotic signal peptides and prediction of their cleavage sites. Protein Engineering 10: 1-6). 그람 음성 소프트웨어 데이터베이스를 사용하여 시그널P에 의해 각 ORF의 처음 60개 N-말단 아미노산을 분석하였다. 출력은 4개의 별개의 값, 즉 최대값 C, 최대값 Y, 최대값 S 및 평균 S를 생성시킨다. S-값, 즉 신호 영역은 신호 펩티드에 속하는 위치의 확률이다. C-값, 즉 절단부위는 성숙 단백질에서 처음인 위치의 확률이다. Y-값은 C-값과, S-값의 평탄화 유도값의 기하 평균이다. YES 또는 NO의 결론은 각 값의 다음에 제시된다. 4개 모두의 결론이 YES이고, C-말단 아미노산이 페닐알라닌(F) 또는 티론신(Y)이면, ORF는 표지된 외막이다(Struyve, M., Moons, M., and J. Tommassen. 1991. Carboxy-terminal Phenylalanine is Essential for the Correct Assembly of a Bacterial Outer Membrane Protein. J. Mol. Biol. 218: 141-148).
Psort로 불리는 프로그램을 사용하여 그 신호 서열, 경막 분절의 인지 및 아미노산 조성의 분석에 기초하여 단백질의 위치를 측정하였다(Nakai, K., and M. Kanehisa. 1991. Expert system for predicting protein localization sites in gram-negative bacteria. Proteins 11: 95-110). 출력 데이터가 0.5 이상의 확실도 수치를 가진 외막 단백질로서 ORF 암호화된 단백질을 예측하고, 그 값이 다음에 예측되는 국부적 확실도 수치의 2배 이상이면, ORF는 외막 단백질인 것으로 간주된다.
마지막으로, 상기 기준에 기초하여 외막 또는 표면 노출된 것으로 예측되지 않은 ORF를 추가로 분석하였다. 이들 ORF에 대한 Blastp 출력 데이타는 알려진 세포 표면 노출 단백질을 시사하는 다양한 일반 및 특이 키워드를 사용하여 탐색하였다. 일치된 키워드가 e-10 미만의 P값을 가진 Blastp 히트를 가진다면 ORF는 표지되어 표면 노출되었고, 달리 나타나는 더 양호한 데이터는 없었다. 다음은 탐색된 키워드 목록이다:
Adhesion Adhesin Invasin
Invasion Extension Omp
Outer Surface Porin Outer membrane
Cell Surface Cell Wall Pilin
Flagellar sheath Cir ChuA
copB ExeD FadL
FecA FepA FhuA
FmdC FomA FrpB
GspD HemR HgbA
Hgp HmbR HmuR
HMW HrcC Hrp
InvG LamB LbpA
LcrQ Lmp1 MxiD
MOMP PilE HpaA
NolW NspA OpcP
OpnP Opr OspA
PhoE PldA Por
PscC PulD PupA
QuiX RafY ScrY
SepC ShuA SomA
SpiA Tbp1 Yop
YscC mip Tol
Pilus BtuB
상기 탐색 기준에 기초하여 외막 단백질에 되는데 최소한의 요건을 충족시키지 못하지만, 클라미디아 뉴모니아의 확인된 외막 ORF에 상동성인 ORF가 포함되었다. 클라미디아 뉴모니아 게놈(프랑스 특허출원 제97-14673, 1997.11.21 출원)을 상기 탐색 기준을 사용하여 분석하고 다수의 외막 ORF를 확인하였다. 이들 클라미디아 뉴모이나 ORF는 Blastp를 사용하는 클라미디아 트라코마티스 게놈에 대해 시험하였다. 클라미디아 뉴모니아 외막에 대해 e-10 미만의 Blastp P값을 가진 임의의 클라미디아 트라코마티스 ORF가 달리 나타나는 다른 더 양호한 데이터가 없다면 이 부분에 포함되었다. 추정 표면 노출된 단백질을 암호화하는 클라미디아 트라코마티스 게놈에서의 ORF의 목록을 본 명세서중 상기에 제시하였다.
클라미디아 트라코마티스의 게놈에서 추정 지단백질의 확인
지단백질은 가장 풍부한 해독후 변형된 박테리아 분비 단백질이다(Pugsley, A.P., 1993. The complete general secretory pathway in Gram-negative bacteria. Microbiol. Rev. 57: 50-108). 지단백질의 특징적 모양은 시그널 펩티다제 II에 의해 신호 펩티드 절단 후에 아미노 말단 잔기가 되는 시스테인 상의 티올 연결된 디아실글리세라이드 및 아민 연결된 모노아실 기이다(Pugsley, A.P., 1993. The complete general secretory pathway in Gram-negative bacteria. Microbiol. Rev. 57: 50-108). 클라미디아 트라코마티스의 게놈 서열 결정으로터 추정 지단백질의 확인은 프로지단백질 변형 및 가공 반응용 일치 서열과 유사한 시그널 펩티다제 II 절단 부위를 가진 신호 펩티드의 존재에 대해 확인된 ORf의 추론된 아미노산 서열을 검사함으로써 수행하였다(Hayashi, S., and H.C. Wu. 1992. Identification and characterization of lipid-modified proteins in bacteria, p. 261-285. In N.M. Hooper and A.J. Turner(편집). Lipid modification of proteins: A practical approach. Oxford University Press, 뉴욕; Sutcliffe, I.C. and R.R.B. Russell. 1995. Lipoproteins of Gram-positive bacteria. J. Bacteriol. 177: 1123-1128).
클라미디아 트라코마티스 ORF의 추론된 아미노산 서열을 지단백질의 가장 긱본적인 특징인, 추론된 단백질의 처음 30개 아미노산 중의 시스테인에 대해 초기 스크리닝하였다. 표준 출발 코돈(ATG, GTG 또는 TTG)을 가지고 다음 특성중 하나 이상을 가지는 ORF를 그 처음 30개 아미노산의 직접 분석에 선택하였다:
(a) 유의 수준의 신호 P값(4개 값중 2개 이상이 YES임)
(b) 막 통과를 나타내는 PSORT 값(IM-내막, 페리-페리플라즘 또는 OM-외막)
(c) ORF Blastp 데이터 세트 사이에서의 지다백질의 확인
(d) 클라미디아 뉴모니아(프랑스 출원 제97-14673, 1997.11.21)로부터 얻은 추정 지단백질을 사용하여 Blast 값이 <e-10.
상기 세트중의 각각의 ORF가 암호화하는 처음 30개 아미노산은 지단백질 신호 펩티드에서 통상 확인되는 특성에 대해 분석하였다(Pugsley, A.P. 1993. The complete general secretory pathway in Gram-negative bacteria. Microbiol. Rev. 57: 50-108; Hayashi, S., and H.C. Wu. 1992. Identification and characterization of lipid-modified proteins: A practical approach. Oxford Univesity Press, 뉴욕; Sutcliffe, I.C. and R.R.B. Russell. 1995. Lipoproteins of Gram-positive bacteria. J. Bacteriol. 177: 1123-1128). 추정 지단백질 신호 펩티드는 아미노산 10과 30 사이의 시스테인을 가지고, 지단백질 신호 펩티드에 대한 다음 기준에 기초하여 최소치 3에 도달하는 데 필요하였다:
(a) 일치 시그널 펩티다제 II 절단 부위의 일부인 시스테인 주위의 특정 위치에서 특이 아미노산의 확인(Hayashi, S., and H.C. Wu. 1992. Identification and Characterization of lipid-modified proteins in bacteria, p. 261-285. In N.M. Hooper and A.J. Turner(편집). Lipid modification of proteins: A practical approach. Oxford Univesity Press, 뉴욕; Sutcliffe, I.C. and R.R.B. Russell. 1995. Lipoproteins of Gram-positive bacteria. J. Bacteriol. 177: 1123-1128). 절단 부위의 확인이 추정 지단백질의 확인에 있어 가장 중요한 인자이기 때문에, 정확히 위치된 각각의 아미노산이 최소치 3에 도달하게 하였다.
(b) 절단 부위 앞의 알라닌 및 로이신이 풍부한 소수성 영역(Pugsley, A.P. 1993. The complete general secretory pathway in Gram-negative bacteria. Microbiol. Rev. 57: 50-108)은 최소치 3에 도달하게 하였다.
(c) N-말단 메티오닌 다음에 통상 리신 또는 아르기닌인, 1 이상의 친수성 아미노산의 짧은 연장부(Pugsley, A.P. 1993. The complete general secretory pathway in Gram-negative bacteria. Microbiol. Rev. 57: 50-108)는 최소치 3에 도달하게 하였다.
추정 지단백질을 암호화하는 클라미디아 트라코마티스의 ORF의 목록은 본 명세서중 상기에 제시하였다.
클라미디아 트라코마티스의 LPS -관련 ORF
지다당류(LPS)는 클라미디아 세포의 중요한 주요 표면 항원이다. 시험관내 및 생체내에서 클라미디아 뉴모니아의 감염성을 중화시킬 수 있는, 클라미디아 뉴모니아의 LPS에 대하여 유도되는 모노클로날 항체(Mab)를 확인하였다(Peterson 등, 1988). 클라미디아 트라코마티스의 LPS에 대한 모노클로날 항체를 이용하여도 유사한 결과가 예상된다. LPS는 지질 A와 코어 올리고당류 부분으로 구성되고, 그 표현형은 미가공 형태(R-LPS)이다(Lukacova, M., Baumann, M., Brade, L., Mamat, U., Brade, H. 1994. Lipopolysaccharide Smooth-Rough Phase Variation in Bacteria of the Genus Chlamydia. Infect. Immun. June 62(6):2270-2276). 지질 A 성분은 외막내 LPS를 고착시키는 작용을 하는 지방산으로 구성되어 있다. 코어 성분은 당 및 당 유도체, 예컨대 3-데옥시-D-만노스-옥툴로손산의 삼당류(KDO)를 포함한다 (Reeves, P.R., Hobbs, M. Valvano, M.A., Skurnik, M., Whitfield, C., Coplin D., Kido, N., Klena, J., Maskell, D., Raetz, C.R.H., Rick, P.D. 1996. Bacterial Polysaccharide Synthsis and Gene Nomenclature pp10071-10078, Elsevier Science Ltd.). KDO 유전자 생성물은 다작용성 글리코실트랜스퍼라제이며, 클라미디아간의 공유 에피토프를 나타낸다. LPS 생합성에 대하여는, 예컨대 Schnaitman, C.A., Klena, J.D. 등의 문헌[1993, Genetics of Lipopolysaccharide Biosynthesis in Enteric Bacteria. Microbiol. Rev. 57:655-682] 참조.
ORF Blastp 결과의 문헌 조사로 P 평가치가 e-10보다 큰 클라미디아 뉴모니아 LPS 생성과 관련된 일부 유전자 생성물을 확인하였다. 다음과 같은 주요 용어가 문헌 조사에서 사용되었다. KDO, CPS(협막 다당류 생합성), 캡슐, LPS, rfa, rfb, rfc, rfe, rha, rhl, 코어, 에피머라제, 이소머라제 트랜스퍼라제, 피로포스포릴라제, 포스파타제, 알돌라제, 헵토스, 만노, 글루코스, lpxB, 피브로넥틴, 피브리노겐, 푸코실트랜스퍼라제, lic, lgt, pgm, tolC, rol, ChoP, 포스포릴콜린, waaF, PGL-Tb1. LPS 생합성에 관련된 추정 폴리펩티드를 암호화하는 클라미디아 트라코마티스 게놈내 ORF의 목록은 전술되어 있다.
III형 및 기타 분비 생성물
III형 분비로 그람 음성 박테리아가 진핵 숙주 세포의 시토졸내로 병원성 단백질을 분비 및 주사할 수 있게 된다(Hueck, C.J., 1998. Type III protein Secretion Systems in Bacterial Pathogens of Animals and Plants. In Microbiology and Molecualr Biology Reviews. 62:379-433). 이들 분비 인자는 종종 진핵 세포의 시그널 형질도입 인자와 유사하여, 박테리아가 숙주 세포 기능을 재설정하게 할 수 있다(Lee, C.A., 1997. Type III secretion systems: machines to deliver bacterial proteins into eukaryotic cell? Trends Microbiol. 5:148-156.) 정상 세포 기능을 변조시키기 위해서, 세포질 구성성분으로서 숙주 시토졸에 주사된 클라미디아 병원성 인자는 주조직적합성 복합체(MHC 클래스 I)의 관계하에 처리되고 존재한다. 따라서, 이들 병원성 단백질은 MHC 클래스 I 항원을 나타내며, 세포 면역성에 중요한 역할을 한다. 백신 성분으로서 작용할 수 있는 분비형의 III형이 아닌 생성물도 이 세트에 포함된다.
ORF Blastp 결과의 문헌 조사로 P 평가치가 e-10보다 큰 클라미디아 뉴모니아 단백질 분비와 관련된 일부 유전자 생성물을 확인하였다. 하기 주요 용어가 표면 편재되거나 분비된 단백질을 확인하기 위해서 문헌 조사에 사용되었다. Yop, Lcr, Ypk, Exo, Pcr, Pop, Ipa, Vir, Ssp, Spt, Esp, Tir, Hrp, Mxi, 헤모리신, 독소, IgA 프로테아제, 시토리신, tox, hap, 분비된 및 Mip.
상기 키워드 조사 기준에 부합하지 않지만, 조사 기준에 부합하는 클라미디아 뉴모니아에서 상동성이 있는 클라미디아 트라코마티스 ORF도 본발명에 포함된다. 클라미디아 뉴모니아 게놈(1997년 11월 21일에 출원한 프랑스 특허 출원 FR 97-14673)을 전술한 조사 기준을 사용하여 분석하고 다수의 ORF를 확인하였다. 이들 클라미디아 뉴모니아 ORF를 Blastp를 사용하여 클라미디아 트라코마티스에 대해 시험하였다. 클라미디아 뉴모니아 상동체에 대한 Blastp P 값이 e-10보다 작은 클라미디아 트라코마티스 ORF는 전술한 기준을 이용하여 확인하였는데, 이도 본 발명에 포함된다. 추정 분비 단백질을 암호화하는 클라미디아 트라코마티스내 ORF 목록은 명세서에 제시되어 있다.
클라미디아 트라코마티스 RGD 인식 서열
수용체로서 작용하는 인테그린과 함께 Arg-Gly-Asp(RGD) 부작 부위를 포함하는 단백질은 세포 유착에 대한 주요 인식 시스템을 구성한다. RGD 서열은 다수의 유착 세포외 매트릭스, 혈액 및 세포 표면 단백질의 세포 부작 부위이며, 기지의 인테그린의 거의 절반이 유착 단백질 리간드내 이 서열을 인식한다. 여러 RGD 함유 미생물 단백질, 예컨대 아데노바이러스의 펜톤 단백질, 콕삭키 바이러스, 구제역 바이러스 및 보데텔라 퍼터시스(Bordetella pertusis)의 69 kDa 표면 단백질인 페트락틴 등이 있는데, 이들은 미생물이 세포 표면상에서 인테그린에 결합하여 세포내로 유입되는 리간드로서 작용한다. 다음은 미생물 유착에서 RGD의 중요성을 지지하는 증거이다.
a) 아데노바이러스 펜톤 염기 단백질은 세포 라운딩 활성을 가지며, 펜톤이 이.콜리에서 발현되는 경우 세포 라운딩을 유발하고 세포가 단백질로 피복된 폴리스티렌 벽에 부착되었다. 돌연변이 분석 결과 이들 특성은 모두 RGD 서열을 필요로 한다는 것을 알 수 있다. RGD 서열내 아미노산 치환된 바이러스 돌연변이는 HeLa S3 세포에 휠씬 덜 부착되고, 바이러스 번식을 지연시켰다(Bai, M., Harfe, B 및 Freimuth, P. 1993. Mutations That Alter an RGD Sequence in the Adenovirus Type 2 Penton Base Protein Abolish Its Cell-Rounding Activity and Delay Virus Reprodution in Flat Cells. J. Virol. 67:5198-5205).
b) 콕삭키 바이러스 A9의 GMK 세포에 대한 부착 및 유입은 캡시드 단백질 VP1내 RGD 모티프에 좌우된다. VP1은 αγβ3 인테그린을 결합시키는 것을 확인되었는데, 이것이 비트로넥틴 수용체이다(Roivainen, M., Piirainen, L., Hovi, T., Virtanen I., Riikonen, T., Heino, J., and Hyypia, T. 1994. Entry of Coxackievirus A9 into Host Cells: Specific Interactions with aγb3 Integrin, the Vitronection Receptor Virology, 203:357-65)
c) 백일해로 인한 기침 과정에서, 보데텔라 퍼터시스는 호흡 상피 세포에서 기포상 대식세포 및 기타 백혈구와 상호작용한다. 전체 박테리아에 2개의 단백질, 즉 섬질의 적혈구응집소(FHA) 및 백일해 독소가 부착한다. FHA는 2 부류의 분자, 즉 갈락토스를 함유하는 당접합체 및 인테그린 CR3과 대식세포상에 상호작용한다. CR3 및 FHA간의 상호작용은 FHA내 위치 1097-1099에서 RGD 서열의 인식을 포함한다(Relman, D., Tuomanen, E., Falkow, S., Golenbock, D.T., Saukkonen, K., and Wright, S.D. "Recognition of a Bacerial Adhesin by an Integrin: Macrophage CR3 Binds Filamentous Hemaggutinin of Bordetella Pertussis." Cell, 61:1375-1382(1990)).
d) 보데텔라 퍼터시스의 69 kDa 외막 단백질인 퍼택틴(pertactin)은 중국산 햄스터 난소 세포(CHO)의 부착을 촉진시키는 것으로 확인되었다. 이 부착은 CHO 세포상의 인트그린이 퍼택틴내 RGD 서열을 인식함으로써 매개되고, 퍼택틴에 존재하는 펩티드에 대해 상동성이 있는 합성 RGD를 함유하는 펩티드가 부착을 억제한다 (Leininger, E., Roberts, M., Kenimer, J.G., Charles, I.G., Fairweather N., Novotny, P., and Brennan, M.J. 1991. Pertactin an Arg-Gly-Asp containing Bordetella pertussis surface protein that promotes adherence of mammalian cells Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 88:345-349).
e) RGD 서열은 구제역 바이러스(FMDV)의 VP1 단백질에서 보존성이 크다. 새끼 햄스터 신장 세포(BHK)에 대한 FMDV의 부착은 RGD 서열을 통해 VP1 단백질이 매개하는 것으로 확인되었다. VP1의 RGD 서열에 대한 항체는 BHK 세포에 대한 바이러스의 부착을 차단하였다(Fox, G., Parry, N.R., Barnett, P.V., McGinn, B., Rowland, D.J., and Brown, F. 1989. The Cell Attachment Site on Foot-and-Mouth Disease Virus Includes the Amino Acid Sequence RGD(Arginine-Glycine-Aspartic Acid) J.Gen.Virol., 70:625-637).
박테리아 부착은 인테그린과 박테리아 어드헤신 RGD 서열의 상호작용을 근간으로 하며, 박테리아 어드헤신은 진핵세포의 세포외 매트릭스 단백질의 다중 결합 부위 특성을 가질 수 있음이 입증되었다. RGD 인식은 진핵 세포내로 유입될 때 미생물이 사용할 수 있는 중요한 기작 중 하나이다.
클라미디아 트라코마티스 게놈의 완전한 추론 단백질 서열은 RGD 서열의 존재에 대해 조사되었다. 1 이상의 RGD를 갖는 ORF는 총 54개였다. 모든 RGD 함유 단백질이 세포 부착을 매개하는 것은 아니다. RGD 서열 바로 뒤에 프롤린을 갖는 RGD 함유 펩티드는 세포 부착 분석에서 불활성임을 확인하였다(Pierschbacher & Ruoslahti, 1987. Inluence of stererochemistry of the sequence Arg-Gly-Asp-Xaa on binding specificity in cell adhesion. J.Biol.Chem. 262:17294-98). RGD와 RGD 서열 바로 인접한 아미노산으로서 프롤린을 보유하는 ORF는 목록에서 제외하였다. 또한, RGD 서열은 단백질의 표면에서 이용할 수 없거나, 또는 인테그린 결합에 적합하지 않은 상황하에서 존재할 수 있다. 모든 RGD 함유 단백질이 세포 부착에 관련된 것은 아니기 때문에, 일부 다른 기준을 사용하여 RGD 함유 단백질의 목록을 개선하는데 사용하였다. RGD 인식 서열(들)과 함께 폴리펩티드를 암호화하는 클라미디아 트라코마티스 게놈내 ORF 목록은 명세서에 제시되어 있다.
클라미디아 뉴모니아 이외의 ORF
클라미디아 트라코마티스 ORF는 Blastp를 사용하여 클라미디아 뉴모니아 게놈내 ORF와 비교하였다(1997년 11월 21일에 출원한 프랑스 특허 출원 FR 97-14673). 클라미디아 뉴모니아 ORF에 대한 Blastp P 값이 e-10보다 크지 않은(즉, >e-10) 임의의 클라미디아 트라코마티스 ORF가 본 섹션에 포함된다. 클라미디아 뉴모니아에서는 발견되지 않는 클라미디아 트라코마티스 게놈내 ORF의 목록은 전술되어 있다.
세포벽 고착 표면 ORF
여러 표면 단백질은 보존된 LPXTG 모티프를 통해 그람 양성 박테리아의 세포벽에 고착된다(Schneewind, O., Fowler, A., and Faull, K.F. 1995. Structure of the Cell Wall Anchor of Surface Proteins in Staphylococcus aureus . Science 268:103-106). 클라미디아 트라코마티스 ORF 조사는 모티프 LPXTG를 사용하여 수행하였다. 세포벽에 고착되는 폴리펩티드를 암호화하는 클라미디아 트라코마티스 게놈은 명세서에 개시되어 있다.
ECACC 기탁
클라미디아 트라코마티스 시료는 영국 윌트셔 에스피4 0제이쥐 샐리스버리 소재의 유럽 세포배양 수집소(ECACC)에 기탁하여, 임시 수탁 번호 98112618을 할당받았다. 세포를 증식, 수거 및 정제하고, DNA를 전술한 바와 같이 제조하였다. 염색체의 특정 단편을 회수하기 위해서, 표적화된 PCR 반응을 수행할 수 있다. 그 증폭 생성물은 당업계에 공지된 표준 절차에 따라 서열 분석하고, 임의의 적절한 벡터내로 클로닝할 수 있다.
또한, 클라미디아 트라코마티스 게놈을 포함하는 클론의 푸울을 ECACC에 1998년 11월 26일에 기탁하여, 임시 수탁 번호 98112617을 할당받았다. 클론의 각 푸울은 일련의 클론을 포함하고 있다. 이 일련의 클론을 함께 취하면, 염색체 전체를 포함하고, 여분이 10개가 약간 넘는다. 시료내 클론의 총수는 13,572개이다.
표 4는 당업계에 공지된 표준 절차에 따라 각각의 ORF 2-1197을 증폭시키는데 사용되는 올리고뉴클레오티드를 나열하고 있다. 이들 올리고뉴클레오티드는 서열번호 1198~5981로서 나열되어 있다. 각각의 ORF에 대해 다음의 것들이 나열되어 있다: ORF의 개시부의 상류 2,000 bp에 위치한 하나의 전방 프라이머; ORF의 개시부의 200 bp의 상류에 위치한 하나의 전방 프라이머; ORF의 말단에 2,000 bp 하류에 위치한 하나의 역방 프라이머(상보 가닥 상의 ORF의 말단부의 2,000 bp 상류); 및 ORF의 말단에 200 bp 하류의 하나의 역방 프라이머(상보 가닥 상의 ORF의 말단부의 200 bp 상류). 프라이머에 대한 상응하는 서열번호는 표 4에 나타냈는데, Fp는 기부 전방 프라이머; Fd는 말단 전방 프라이머; Bp는 기부 역방 프라이머; 및 Bd는 말단 역방 프라이머이다. 서열번호 1의 뉴클레오티드 서열 상의 이들 프라이머의 5' 말단의 위치는 표 5에 나타낸다.
암호 염색체 영역의 목록 및 이들 영역과 서열 뱅크 사이의 상동성
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF2 501 208 추정
ORF3 3276 505 추정 98 kDa 외막 단백질 영역 U72499 클라미디아 시타시 379 37
ORF4 5068 3242 지질 A 이다당류 신서타제(lpxB) U32786 헤모필러스 인플루엔자 285 40
ORF5 6400 5126 폴리(A) 폴리머라제 AE000123 에스케리챠 콜리 552 46
ORF6 7977 6619 D-알라닌 퍼미아제(dagA) U32770 헤모필러스 인플루엔자 265 36
ORF7 8582 8082 시그널펩티다제 II X78084 스타필로코커스 카르노서스 174 36
ORF8 8995 8591 YteA AF008220 바실러스 서브틸리스 157 43
ORF9 9440 8979 ORF 168 D28752 시네코코커스속 318 42
ORF10 9828 10430 미지 Z80108 마이코박테리움 튜버큘로시스 324 46
ORF11 10367 11254 가상 단백질 (SP:P39587) U67605 메타노코커스 자나스키이 152 38
ORF12 11245 11916 rRNa 메틸라제 D90913 시네코시스티스속 209 40
ORF13 12068 13324 가상 U32691 헤모필러스 인플루엔자 367 45
ORF14 13532 14413 중성 아미노산 트랜스포터 B0 U75284 오릭토라거스 큐니큘러스 410 39
ORF15 14807 15019 디히드로리포아미드 아세틸트랜스퍼라제 L38646 사카로폴리스포라 에티트라에아 324 47
ORF16 14932 15969 분지쇄 알파-케토산 데히드로게나제 E2 M97391 바실러스 서브틸리스 577 44
ORF17 15995 16501 ORF_0328 U18997 에스케리챠 콜리 223 44
ORF18 16467 16138 추정
ORF19 18190 17417 추정 외막 단백질 U80956 보렐리아 버그도페리 86 36
ORF20 20521 18437 ORF-2 D11024 쉬겔라 플렉스네리 642 37
ORF21 22202 20814 dnaK 유사 단백질(AA 1-660) X52175 클라미디아 트라코마티스 2214 99
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF22 22602 22153 ORF, 82 kDa 단백질 L22180 클라미디아 트라코마티스 558 89
ORF23 22804 22478 열충격 단백질 M62819 클라미디아 트라코마티스 503 89
ORF24 23183 22824 GrpE 유사 단백질 L25105 클라미디아 트라코마티스 580 98
ORF25 23394 23110 GrpE 유사 단백질 L25105 클라미디아 트라코마티스 373 87
ORF26 24569 23394 바실러스 서브틸리스 및 클로스트리듐 아세토부틸리컴의 추정 열충격 단백질에 대한 상동성을 보유; ORFA; 추정 L25105 클라미디아 트라코마티스 1999 99
ORF27 26383 24641 아미노아실-tRNA 신서타제 L25105 클라미디아 트라코마티스 3044 99
ORF28 26640 27710 ORF; 추정 L25105 클라미디아 트라코마티스 1298 99
ORF29 28780 27725 추정
ORF30 29957 28740 가상 단백질 D64004 시네코시스티스속 786 46
ORF31 30721 30032 추정
ORF32 31281 30520 추정
ORF33 31436 31780 추정 L46591 바르토넬라 바실리포미스 126 45
ORF34 33356 31800 추정
ORF35 33901 33314 추정
ORF36 34116 35027 Yer156cp U18917 사카로마이세스 세레비쟈 175 32
ORF37 34988 35359 F21C3.3 Z71261 쎄노라브디티스 엘레간스 245 44
ORF38 35167 35919 추정
ORF39 35923 36996 추정
ORF40 37810 37013 추정
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF41 38207 39085 DAPH 신타제-코리스메이트 뮤타제 AF008220 바실러스 서브틸리스 529 48
ORF42 39151 39927 아르기닌 결합 단백질 X67753 에스케리챠 콜리 192 44
ORF43 39923 40756 추정
ORF44 40760 42007 가상 단백질 MTCY154.05c Z98209 마이코박테리움 튜버큘로시스 663 43
ORF45 42175 43116 포스포글루코이소머라제 유사 단백질 L40822 클라미디아 트라코마티스 681 95
ORF46 42999 43802 포스포글루코이소머라제 유사 단백질 L40822 클라미디아 트라코마티스 959 91
ORF47 44211 45227 NADP-말레이트 데히드로게나제 L40958 플라베리아 비덴티스 755 42
ORF48 46072 45275 추정
ORF49 46340 45975 추정
ORF50 46895 46506 추정
ORF51 47955 46882 막 단백질(arcD) M33223 슈도모나스 에어루지노사 892 47
ORF52 48585 48178 추정
ORF53 50072 48630 추정
ORF54 50710 50099 추정
ORF55 52439 50925 데히드로퀴네이트 데히드라타제/샤이키메이트 데히드로게나제 L32794 니코티아나 타바쿰 142 36
ORF56 53484 52348 3-데히드로퀴네이트 신타제 D90911 시네코시스티스속 462 39
ORF57 54536 53466 코리스메이트 신타제 X67516 시네코시스티스속 801 56
ORF58 55086 54595 샤이키메이트 키나제 II M13045 에스케리챠 콜리 154 38
ORF59 56350 55031 5-에놀피루빌샤이키메이트 3-포스페이트 신타제 U67500 메타노코커스 자나스키이 355 37
ORF60 55659 56084 추정
ORF61 56847 58235 추정
ORF62 58423 59181 디히드로피콜리네이트 리덕타제 U47107 슈도모나스 시린지 pv. 타바시 350 40
ORF63 59185 60195 아스파테이트-세미알데히드 데히드로게나제 U67476 메타노코커스 자나스키이 590 44
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF64 60188 61483 아스파토키나제 III U00006 에스케리챠 콜리 312 41
ORF65 61496 62353 디히드로디피콜리네이트 신서타제(dapA) AE000609 헬리코박터 필로리 345 42
ORF66 62500 63141 추정
ORF67 63396 63982 가상 단백질 Y14084 바실러스 서브틸리스 148 42
ORF68 64628 64071 추정
ORF69 64285 64656 추정
ORF70 64944 64609 추정
ORF71 65347 67269 미지 D26185 바실러스 서브틸리스 733 44
ORF72 67656 68873 추정
ORF73 68877 69233 KsgA Z94752 마이코박테리움 튜버큘로시스 156 38
ORF74 69212 69721 고레벨 카스가마이신 내성 D26185 바실러스 서브틸리스 306 43
ORF75 69958 70455 폴리펩티드 데포밀라제 Y10305 칼로트릭스 PCC7601 272 43
ORF76 70701 71006 단백질 전좌 단백질, 저온(secG) U32727 헤모필러스 인플루엔자 90 32
ORF77 73191 71086 추정
ORF78 74900 73497 추정
ORF79 75463 74876 미확인된 이.콜리 단백질과 상동성 있음 M96343 바실러스 서브틸리스 283 34
ORF80 77124 75502 o530; 이 530aa ORF는 약 640 aa 단백질 YHES_HAEIN SW: P44808의 525 잔기와 동일한(14개 갭) 33 pct임 AE000184 에스케리챠 콜리 1447 42
ORF81 77000 77299 추정
ORF82 78095 77145 인테그라제-레콤비나제 단백질(xerC) U32750 헤모필러스 인플루엔자 495 38
ORF83 79065 78154 가상 단백질 D64001 시네코시스티스속 400 40
ORF84 81971 79878 LON 프로테아제 상동체 U88087 아라비돕시스 탈리아나 1927 48
ORF85 82639 83271 추정
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치
ORF86 83792 84850 DnaJ U58360 살모넬라 티피뮤리엄 822 42
ORF87 84876 86921 추정
ORF88 88650 87313 추정
ORF89 87440 87805 추정
ORF90 88400 88747 추정
ORF91 88717 89265 추정
ORF92 89355 89732 Hpr 단백질 X12832 바실러스 서브틸리스 128 32
ORF93 89735 91447 PTS 효소 I U12340 바실러스 스테아로서모필러스 671 34
ORF94 91749 91435 ORF107 X17014 바실러스 서브틸리스 120 35
ORF95 92392 91745 추정
ORF96 93138 92344 dnaZX 유사 추정 DNA 폴리머라제 III X06803 바실러스 서브틸리스 542 53
ORF97 94134 93361 엑시뉴클레아제 ABC 서브유닛 A(uvrA) AE000583 헬리코박터 필로리 326 36
ORF98 94637 94071 엑시뉴클레아제 ABC 서브유닛 A(uvrA) AE000583 헬리코박터 필로리 487 40
ORF99 98299 94628 UvrA D49911 서머스 서모필러스 2090 44
ORF100 98715 98113 엑시뉴클레아제 ABC 서브유닛 A(uvrA) AE000583 헬리코박터 필로리 319 42
ORF101 100228 98741 피루베이트 키나제 U83196 클라미디아 트라코마티스 2411 97
ORF102 101347 100337 가상 단백질 D90903 시네코시스티스속 494 37
ORF103 102210 101323 YqiE D84432 바실러스 서브틸리스 471 49
ORF104 102485 102210 추정
ORF105 104315 102726 엑소뉴클레아제 VII, 대형 서브유닛(xseA) U32723 헤모필러스 인플루엔자 634 51
ORF106 105075 104254 트리오스 포스페이트 이소머라제 L29475 바실러스 서브틸리스 558 48
ORF107 105259 105894 포스포리보실안트라닐레이트 이소머라제 U18969 아라비돕시스 탈리아나 300 38
ORF108 107429 108460 추정
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF109 108665 108955 추정
ORF110 109459 109013 추정
ORF111 110366 109704 추정
ORF112 111330 112520 신장인자 Tu L22216 클라미디아 트라코마티스 2007 100
ORF113 112915 113463 전사 종결방지 단백질(nusG) U32754 헤모필러스 인플루엔자 313 37
ORF114 113566 113994 리보좀 단백질 L11 D13303 바실러스 서브틸리스 443 59
ORF115 114020 114604 리보좀 단백질 L1 Z11839 서모토가 마리티마 528 54
ORF116 114720 115253 리보좀 단백질 L10 Z11839 서모토가 마리티마 143 38
ORF117 115362 115676 rpl12(AA1-128) X53178 시네코시스티스 PCC6803 254 62
ORF118 116022 119795 DNA유도 RNA 폴리머라제 베타쇄 X64172 스타필로코커스 아우레우스 2675 61
ORF119 119823 124010 DNA유도 RNA 폴리머라제 베타'쇄(rpoC) U32733 헤모필러스 인플루엔자 3486 50
ORF120 124065 124988 트랜스알도라제 L19437 호모 사피엔스 677 50
ORF121 124873 125106 트랜스알도라제 U67611 호모 사피엔스 121 44
ORF122 126261 125536 추정
ORF123 126328 126930 추정
ORF124 127138 127785 추정
ORF125 127924 129714 소포 H+-ATPase 서브유닛의 모든 이성체형 U22077 갈러스 갈러스 1062 45
ORF126 129720 131033 막 ATPase X79516 할로페락스 볼카니이 790 48
ORF127 131018 131629 추정
ORF128 131834 133156 Na+-ATPase 서브유닛 I D17462 엔테로코커스 히라에 188 34
ORF129 133075 133584 v-형 Na-ATPase X76913 엔테로코커스 히라에 110 38
ORF130 133625 133999 v-형 Na-ATPase X76913 엔테로코커스 히라에 89 32
ORF131 133861 134508 추정
ORF132 134638 137454 발릴-tRNA 신서타제 D64006 시네코시스티스속 1763 51
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF133 137442 140276 PknD Z95209 마이코박테리움 튜버큘로시스 452 44
ORF134 140733 140335 추정
ORF135 141799 141077 포르포빌리노겐 데아미나제 U22968 예르시니아 페스티스 282 38
ORF136 143240 141780 미지 D26185 바실러스 서브틸리스 1113 53
ORF137 143829 143128 ORF3 D64116 바실러스 서브틸리스 356 39
ORF138 143923 144393 추정
ORF139 144548 146326 미지 Z47210 스트렙토코커스 뉴모니아 741 44
ORF140 146413 147078 초과산화망간 디스뮤타제 전구체 D12984 쎄노라브디티스 엘레간스 625 56
ORF141 147140 148075 아세틸-CoA 카르복실라제 베타 서브유닛(accD) AE000604 헬리코박터 필로리 704 52
ORF142 148115 148549 Dut Z96072 마이코박테리움 튜버큘로시스 277 53
ORF143 148524 149027 효소 IIANtr U18997 에스케리챠 콜리 168 44
ORF144 149000 149305 추정
ORF145 149187 149708 효소 IIANtr U18997 에스케리챠 콜리 169 43
ORF146 149712 150911 추정
ORF147 152044 151004 추정
ORF148 152664 151999 추정
ORF149 152900 153352 가상 U32702 헤모필러스 인플루엔자 292 47
ORF150 153389 153997 purB 5'영역내 가상 단백질 AE000213 에스케리챠 콜리 555 49
ORF151 155276 153984 C1pC 아데노신 트리포스파타제 U02604 바실러스 서브틸리스 986 45
ORF152 156544 155231 C1pC 아데노신 트리포스파타제 U02604 바실러스 서브틸리스 1535 53
ORF153 156806 157525 추정
ORF154 157489 158955 미지 Y08559 바실러스 서브틸리스 99 39
ORF155 159104 159961 추정
ORF156 159916 161220 추정
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF157 161183 161593 글리신 절단 단백질 상동체 U12980 사카로마이세스 세레비쟈 175 35
ORF158 162354 161623 Na+-전좌 NADH-퀴논 리덕타제의 미확인 단백질 D49364 비브리오 알기노리티커스 524 51
ORF159 163013 162363 NADH:유비퀴논 옥시도리덕타제 Z37111 비브리오 알기노리티커스 543 55
ORF160 163941 162994 NADH:유비퀴논 옥시도리덕타제(GP: Z37111_4) U32702 헤모필러스 인플루엔자 287 54
ORF161 165505 164474 NADH:유비퀴논 옥시도리덕타제 서브유닛 B Z37111 비브리오 알기노리티커스 449 45
ORF162 166686 166093 H.필로리 예측 암호 영역 HP1542 AE000652 헬리코박터 필로리 111 33
ORF163 168171 166729 pot. ORF 446 (aa 1-446) X02369 바실러스 서브틸리스 722 42
ORF164 169249 168848 추정
ORF165 169586 170431 가상 단백질 D90906 시네코시스티스속 462 48
ORF166 170780 171334 추정
ORF167 171333 172376 페니실린 결합 단백질 2 M26645 나이제리아 플라베센스 210 47
ORF168 172309 172722 페니실린 결합 단백질 2 M26645 나이제리아 플라베센스 176 44
ORF169 173048 174496 murE 유전자 산물 Z15056 바실러스 서브틸리스 789 43
ORF170 174399 174968 N-아세틸뮤라밀-L-알라닌 아미다제(amiA) AE000589 헬리코박터 필로리 177 41
ORF171 175267 175710 통합 숙주 인자 베타 서브유닛 L35259 슈도모나스 에어루지노사 110 38
ORF172 175714 177009 추정
ORF173 177423 178115 카르복시트랜스퍼라제 알파 서브유닛 U59236 시네코코커스 PCC7942 558 50
ORF174 178084 180021 ATP 의존 전좌인자 상동체(msbA) U32691 헤모필러스 인플루엔자 453 41
ORF175 180704 180048 추정
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF176 181398 180631 H.필로리 예측 암호 영역 HP0152 AE000536 헬리코박터 필로리 256 34
ORF177 182594 181398 DNA 폴리머라제 III, 알파쇄(SP: P47277)에 대한 유사성을 포함 AF007270 아리비돕시스 탈리아나 173 50
ORF178 182895 183656 추정 Ptc1 단백질 Y13937 바실러스 서브틸리스 371 53
ORF179 183665 184786 NifS2 AF008220 바실러스 서브틸리스 452 43
ORF180 186007 184796 [스위스프로트 승인번호 P37908]과 유사 D90888 에스케리챠 콜리 93 30
ORF181 186848 186000 가상 U32728 헤모필러스 인플루엔자 154 35
ORF182 187270 186749 추정
ORF183 187426 187809 베타-락타마제용 조절 단백질 D90902 시네코시스티스속 96 36
ORF184 189481 188798 추정
ORF185 189693 190352 프로지단백질 디아실글리세릴 트랜스퍼라제 AJ000977 로도박터 스페로이즈 99 38
ORF186 190235 190510 추정
ORF187 190785 191786 추정
ORF188 191790 192464 추정
ORF189 192392 193183 60 kDa 내막 단백질 AE000645 헬리코박터 필로리 373 40
ORF190 193254 194630 DnaA D89066 스타필로코커스 아우레우스 545 43
ORF191 195046 194690 추정
ORF192 195184 197031 글리코겐 포스포릴라제 B U47025 호모 사피엔스 1758 56
ORF193 197018 197635 글리코겐 포스포릴라제(AA 1-790) X16931 에스케리챠 콜리 580 53
ORF194 197762 198208 미지 X86470 사카로마이세스 세레비쟈 148 42
ORF195 198963 197668 F23B12.5 Z77659 쎄노라브디티스 엘레간스 795 50
ORF 개시 종결 상동성 ID 종 평가치 I%
ORF196 199957 198962 피루베이트 데히드로게나제 E1 베타 서브유닛 U09137 아라비돕시스 탈리아나 856 48
ORF197 200327 199941 피루베이트 데히드로게나제 E1 성분, 알파 서브유닛 U38804 포르피라 퍼퍼리아 170 31
ORF198 200685 200266 피루베이트 데히드로게나제 복합체 E1 알파 서브유닛 U81808 티오바실러스 페로옥시단스 302 60
ORF199 200962 200585 TPP-의존 아세토인 데히드로게나제 알파 서브유닛 L31844 클로스트리듐 매그넘 127 43
ORF200 201169 202377 추정
ORF201 203441 202380 UDP-3-O-[3-히드록시미리스토일]글루코사민 N-아실트랜스퍼라제 U70214 에스케리챠 콜리 577 38
ORF202 203998 203471 추정
ORF203 206449 204059 OMP1 전구체 U51683 브루셀라 아보터스 83 31
ORF204 207425 206811 재조합 단백질 D90916 시네코시스티스속 334 40
ORF205 207506 208528 베타-케토아실-아실 담체 단백질 신타제 III M77744 에스케리챠 콜리 706 50
ORF206 208545 209471 말로닐-CoA: 아실 담체 단백질 트랜스아실라제 U59433 바실러스 서브틸리스 522 48
ORF207 209471 210214 3-케토아실-아실 담체 단백질 리덕타제 U59433 바실러스 서브틸리스 616 51
ORF208 210586 210816 아실 담체 단백질(acpP) U32701 헤모필러스 인플루엔자 220 57
ORF209 211332 210883 단백질 키나제 II형 조절 서브유닛(EC 2.7.1.37) J02934 래터스 노르베지커스 150 31
ORF210 212978 211374 추정
ORF211 214134 212875 미지 AF017105 클라미디아 시타시 852 63
ORF212 214710 214168 봉입체 막 단백질 C AF017105 클라미디아 시타시 231 43
ORF213 215143 214754 봉입체 막 단백질 B AF017105 클라미디아 시타시 181 47
ORF214 216705 215236 나트륨 의존성 수송인자 AF017105 클라미디아 시타시 1341 70
ORF215 217917 216892 아미노산 수송인자 AF017105 클라미디아 시타시 1027 60
ORF216 217088 217441 추정
ORF217 218364 218702 추정
ORF218 218695 219009 추정
ORF219 219179 219748 추정
ORF220 219891 220430 추정
ORF221 220499 221074 추정
ORF222 221137 221541 추정
ORF223 221601 222092 추정
ORF224 222472 223290 추정
ORF225 223423 223818 LAGLI-DADG 엔도뉴클레아제 U57090 클라미디아 트라코마티스 619 99
ORF226 224278 225171 YgfU D84432 바실러스 서브틸리스 530 46
ORF227 225749 225174 페닐아크릴산 데카르복실라제 U67467 메타노코커스 자나스키이 334 52
ORF228 225334 225549 Ydr537cp U43834 사카로마이세스 세레비쟈 96 42
ORF229 226654 225749 4-히드록시벤조에이트 옥타프레닐트랜스퍼라제 U61168 바실러스 퍼머스 321 36
ORF230 227299 226769 추정
ORF231 227646 227161 정지상 생존 단백질(surE) AE000602 헬리코박터 필로리 274 48
ORF232 228457 227750 f311; 이 311 aa ORF는 약 488 aa 단백질 YACA_BACSU SW: P37563의 186개 잔기와 동일한(13개 갭) 22개 pct임; D21139의 pyu1 AE000232 에스케리챠 콜리 246 36
ORF233 230001 228607 GadC AF005098 락토코커스 락티스 740 35
ORF234 231074 230151 f374; 이 374aa ORF는 약 512aa 단백질 FLIC_SALMU SW: P06177의 102개 잔기와 동일한(9개 갭) 30개 pct임 AE000299 에스케리챠 콜리 985 65
ORF235 231348 233006 추정
ORF236 233059 233829 orf2 D88555 메타노박테리움 서모오토트로피컴 351 62
ORF237 233801 234265 가상 단백질 D90906 시네코시스티스속 151 37
ORF238 234282 234854 ORF_0211 U28377 에스케리챠 콜리 105 54
ORF239 236300 235227 글루타메이트 1-세미알데히드 2,1 아미노뮤타제 X82072 슈도모나스 에어루지노사 650 52
ORF240 236314 238209 로이신 tRNA 신서타제 AF008220 바실러스 서브틸리스 1836 61
ORF241 238164 238769 로이신 tRNA 신서타제 AF008220 바실러스 서브틸리스 410 46
ORF242 238769 240061 3-데옥시-D-만노-2-옥튤로손산(Kdo) 트랜스퍼라제 Z22659 클라미디아 트라코마티스 2240 100
ORF243 242022 240313 피로포스페이트-의존 포스포프럭토키나제 베타 서브유닛 Z32850 리시너스 콤뮤니스 1021 43
ORF244 242846 241941 추정
ORF245 244480 242798 피로포스페이트-의존 포스포프럭토키나제 베타 서브유닛 Z32850 리시너스 콤뮤니스 1017 42
ORF246 245897 244479 YflS D86417 바실러스 서브틸리스 951 42
ORF247 246877 245924 추정
ORF248 247731 246985 ATP 결합 단백질 L18760 락토코커스 락티스 442 47
ORF249 248585 247743 포자형성 단백질 M57689 바실러스 서브틸리스 532 38
ORF250 249420 248569 포자형성 단백질 M57689 바실러스 서브틸리스 601 38
ORF251 250383 249766 포자형성 단백질 M57689 바실러스 서브틸리스 464 47
ORF252 251186 250545 올리고펩티드 퍼미아제 상동체 AII AF000366 보렐리아 버그도르페리 119 31
ORF253 252111 251095 포자형성 단백질 M57689 바실러스 서브틸리스 317 36
ORF254 253088 252066 P.헤모리티카 o-시알로당단백질 엔도펩티다제; P36175(660) 경막 D88802 바실러스 서브틸리스 601 46
ORF255 255153 256718 Mg2+ 수송인자 D90905 시네코시스티스속 103 35
ORF256 256762 257844 tRNA 구아닌 트랜스글리코실라제 L33777 자이모모나스 모빌리스 482 44
ORF257 257911 258690 추정
ORF258 258780 259187 추정
ORF259 259193 261604 DNA 자이라제의 서브유닛 B Y07916 살로넬라 피티뮤리엄 1925 58
ORF260 261622 264129 DNA 자이라제 L47978 에어로모나스 살모니시다 1963 45
ORF261 264125 264742 미지 D26185 바실러스 서브틸리스 307 37
ORF262 264741 265628 복제 단백질(dnaX) U32802 헤모필러스 인플루엔자 162 35
ORF263 266416 265631 글루코스-6-P-데히드로게나제의 추정 아이소자임; 헤테로시스트 성장에서 성장 조절되는 유전자 U14553 아나베나속 218 47
ORF264 266938 266426 글루코스 6-포스페이트 데히드로게나제 U83195 클라미디아 트라코마티스 914 99
ORF265 267961 266942 글루코스 6-포스페이트 데히드로게나제 U83195 클라미디아 트라코마티스 1770 99
ORF266 268320 268066 ORF3 U15192 클라미디아 트라코마티스 403 100
ORF267 268510 268205 ORF3 U15192 클라미디아 트라코마티스 320 91
ORF268 270116 268500 CTP 신서타제 U15192 클라미디아 트라코마티스 2828 100
ORF269 270892 270095 CMP-2-케토-3-데옥시옥튤로손산 신서타제 U15192 클라미디아 트라코마티스 1313 100
ORF270 271191 271613 추정
ORF271 272219 272932 나이트레이트 수송인자 X61625 시네코코커스속 300 34
ORF272 272884 273588 추정
ORF273 274816 273596 추정
ORF274 274821 275666 추정
ORF275 277689 276103 ORF_f535 U28377 에스케리챠 콜리 396 38
ORF276 278268 278816 추정 M15826
ORF277 279771 279013 트립토판 신타제 알파 서브유닛 M91661 슈도모나스 에어루지노사 357 37
ORF278 280777 279767 트립토판 신서타제 L26582 코프리너스 씨네리우스 1042 62
ORF279 281603 281295 트립토판 리프레서 엔테로박터 에어로게네스 151 35
ORF280 282104 281787 추정
ORF281 284335 282794 추정
ORF282 284460 284795 추정
ORF283 284817 285674 추정
ORF284 285637 286137 추정
ORF285 286357 286677 추정
ORF286 286681 287898 가상 단백질 U88070 클라미디아 시타시 99 35
ORF287 288127 289227 comE ORF1 D64002 시네코시스티스속 90 46
ORF288 289744 290679 가상 단백질 U88070 클라미디아 시타시 246 36
ORF289 290828 291535 추정
ORF290 291514 292230 엔도뉴클레아제 U09868 에스케리챠 콜리 160 37
ORF291 292326 293048 추정
ORF292 293330 294853 추정
ORF293 295684 295010 글루타민 수송 ATP-결합 단백질 Q U67524 메타노코커스 자나스키이 407 38
ORF294 296336 295692 H.인플루엔자 예측 암호 영역 HI1555 U32830 헤모필러스 인플루엔자 134 37
ORF295 297238 296243 추정
ORF296 297791 298735 추정
ORF297 298905 300458 S.프라디아의 추정 옥시게나제와 유사 U73857 에스케리챠 콜리 82 40
ORF298 302152 300527 추정
ORF299 304917 302071 추정
ORF300 306157 304973 DNA 리가제 M74792 서머스 아쿠아티커스 서모필러스 745 41
ORF301 306494 306111 DNA 리가제(EC 6.5.1.2)(폴리데옥시리보뉴클레오티드 신타제(NAD+)) D90870 에스케리챠 콜리 197 40
ORF302 306963 306436 마이코플라즈마 뉴모니아, DNA 리가제; 이.콜리에서 유래한 스위스프로트 승인번호 P15042와 유사 AE000047 마이코플라스마 뉴모니아 292 37
ORF303 308773 306977 미지 Z84395 마이코박테리움 튜버큘로시스 316 52
ORF304 309881 309276 추정
ORF305 310720 309872 추정
ORF306 311570 310716 추정
ORF307 312451 311972 프리단백질 트랜스로카제 SecA 서브유닛 D90832 에스케리챠 콜리 123 86
ORF308 313435 314364 포자형성 단백질 M57689 바실러스 서브틸리스 202 37
ORF309 314340 314738 추정
ORF310 315526 314741 orfX 유전자 산물 X58778 클렙시엘라 뉴모니아 169 45
ORF311 316507 315665 사카로마이세스 세레비쟈 SUA5 단백질과 유사 Z38002 바실러스 서브틸리스 147 41
ORF312 317284 316529 세린 에스테라제[스피룰리나 플라텐시스, C1, 펩티드, 207aa] S70419 스피룰리나 플라텐시스 167 58
ORF313 317592 317338 추정
ORF314 318470 317499 추정
ORF315 317599 317874 추정
ORF316 318947 318477 추정
ORF317 319342 320142 ORF2 L35036 클라미디아 시타시 802 60
ORF318 320544 321497 추정
ORF319 321485 321937 추정
ORF320 321901 322362 추정
ORF321 322301 323140 추정
ORF322 323144 324913 추정
ORF323 325621 324977 YqiZ D84432 바실러스 서브틸리스 430 43
ORF324 326268 325621 통합막 단백질 상동체 U97348 락토바실러스 퍼멘텀 343 44
ORF325 326469 327203 아데닐레이트 키나제 AB000111 시네코코커스속 371 46
ORF326 327281 328150 추정
ORF327 328605 328204 RpsI Z95389 마이코박테리움 튜버큘로시스 315 55
ORF328 329066 328734 50S 리보좀 서브유닛 단백질 L13 U18997 에스케리챠 콜리 269 60
ORF329 329663 329292 YqhX D84432 바실러스 서브틸리스 297 56
ORF330 330666 329608 비오틴 카르복실라제 L14862 아나베나속 1089 58
ORF331 331161 330670 YqhW D84432 바실러스 서브틸리스 208 52
ORF332 331731 331177 신장인자 P D64001 시네코코커스속 297 33
ORF333 332404 331721 추정 CfxE 단백질 Y13937 바실러스 서브틸리스 483 55
ORF334 332779 333021 추정
ORF335 333005 333589 추정
ORF336 334357 333806 추정
ORF337 334089 334361 추정
ORF338 335142 334729 추정
ORF339 335195 335602 추정
ORF340 335673 335194 추정
ORF341 336334 335903 추정
ORF342 337378 336338 추정
ORF343 339947 337347 ATP-의존 프로테아제 결합 서브유닛 M29364 에스케리챠 콜리 2005 53
ORF344 340507 341847 Pz-펩티다제 D88209 바실러스 라이케니포미스 508 39
ORF345 341783 342022 B군 올리고펩티다제 PepB U49821 스트렙토코커스 아가락티아 140 48
ORF346 342249 342470 hypA 단백질 M31739 클라미디아 트라코마티스 361 99
ORF347 342597 343370 열충격 단백질 L12004 클라미디아 트라코마티스 1271 99
ORF348 343361 344032 hypB 단백질 M31739 클라미디아 트라코마티스 1051 100
ORF349 343956 344225 hypB 단백질 M31739 클라미디아 트라코마티스 344 100
ORF350 344357 345142 샤페로닌 상동체 hypB의 orf 3'[클라미디아 시타시, 피진 균주 P-1041, 부분 펩티드 , 98aa] S40172 클라미디아 시타시 344 63
ORF351 345934 345161 o247; 이 247 aa ORf는 약 160aa 단백질 YPH7_CHRVI SW P45371의 117개 잔기와 동일한(0개 갭) 51개 pct임 AE000174 에스케리챠 콜리 387 41
ORF352 347102 346080 mutY 상동체 U63329 호모 사피엔스 492 46
ORF353 347113 347940 rne-rpmF 유전자간 영역의 가상 36.0 kD 단백질 AE000209 에스케리챠 콜리 397 44
ORF354 350164 348146 추정
ORF355 350423 351283 에노일-아실 담체 단백질 리덕타제[브라시카 나퍼스, 펩티드, 385aa] S60064 브라시카 나퍼스 909 64
ORF356 352207 351314 가상 단백질 D90914 시네코시스티스속 113 42
ORF357 352727 352245 추정
ORF358 353709 353305 기능 미지, 이.콜리 및 마이코플라즈마 뉴모니아와 유사 산물 AB001488 바실러스 서브틸리스 213 40
ORF359 354218 353670 NADPH 티오레독신 리덕타제 Z23108 아라비돕시스 탈리아나 577 60
ORF360 354721 354140 티오레독신 리덕타제(NADPH) D45049 뉴로스포라 크라사 417 60
ORF361 354966 356672 30S 리보좀 단백질 S1 D90729 에스케리챠 콜리 1305 44
ORF362 356700 357377 NusA U74759 클라미디아 트라코마티스 948 100
ORF363 357326 358093 NusA U74759 클라미디아 트라코마티스 1216 100
ORF364 358035 360743 U74759 클라미디아 트라코마티스 3311 98
ORF365 360753 361121 ORF6 유전자 산물 Z18631 바실러스 서브틸리스 116 32
ORF366 361162 361884 tRNA 슈도유리딘 55 신타제 D90917 시네코시스티스속 362 42
ORF367 361826 362746 단백질 X M35367 슈도모나스 플루오레센스 192 49
ORF368 363859 362816 pth 3' 영역의 가상 GTP-결합 단백질 AE000219 에스케리챠 콜리 978 52
ORF369 364116 365195 cds1 유전자 산물 U88070 클라미디아 시타시 1631 88
ORF370 365198 365587 cds2 유전자 산물 U88070 클라미디아 시타시 516 93
ORF371 365479 367320 cds2 유전자 산물 U88070 클라미디아 시타시 2817 87
ORF372 367341 368603 copN 유전자 산물 U88070 클라미디아 시타시 585 37
ORF373 368644 369081 scc1 유전자 산물 U88070 클라미디아 시타시 528 67
ORF374 369088 370251 명확 세포주 비발견 U88070 클라미디아 시타시 1362 62
ORF375 370769 371086 리보좀 단백질 L2B(rpL28) U32776 헤모필러스 인플루엔자 182 46
ORF376 371203 372816 가상 단백질 U88070 클라미디아 시타시 1926 68
ORF377 373119 373529 가상 단백질 U88070 클라미디아 시타시 286 49
ORF378 373614 374204 가상 단백질 U88070 클라미디아 시타시 379 48
ORF379 374736 374224 추정
ORF380 376391 374703 추정
ORF381 377062 376748 97개 아미노산 길이의 폴리펩티드에 상응 L40838 클라미디아 트라코마티스 490 98
ORF382 377853 378737 메틸렌테트라히드로폴레이트 데히드로게나제 D64000 시네코시스티스속 678 51
ORF383 378626 379048 추정
ORF384 379017 379403 가상 U32702 헤모필러스 인플루엔자 137 45
ORF385 380009 379641 소형 단백질 D90914 시네코시스티스속 216 51
ORF386 380187 381470 DNA 폴리머라제 III 베타-서브유닛(dnaN) U32780 헤모필러스 인플루엔자 76 39
ORF387 381473 382567 재조합 단백질 D26185 바실러스 서브틸리스 477 35
ORF388 382704 383702 추정
ORF389 383945 383655 가상 D70214 에스케리챠 콜리 134 35
ORF390 385217 393949 추정
ORF391 385507 385178 보존된 가상의 분비된 단백질 AE000606 헬리코박터 필로리 185 45
ORF392 386845 385706 가상 단백질 D64000 시네코시스티스속 686 41
ORF393 386127 386627 추정
ORF394 387372 386872 ORF1; 추정 M26130 스트렙토코커스 파라생기스 150 35
ORF395 387823 387338 ytgD AF008220 바실러스 서브틸리스 168 42
ORF396 388250 387816 TroR U55214 트레포네마 팔리듐 134 40
ORF397 389169 388237 299개 아미노산의 추정 단백질 U30821 시아노포라 파라독사 164 31
ORF398 389955 389173 TroB U55214 트레포네마 팔리듐 592 51
ORF399 390988 389945 YtgA AF008220 바실러스 서브틸리스 282 30
ORF400 391514 391810 추정
ORF401 392410 393996 아데닌 뉴클레오티드 트랜스로카제 Z49227 아라비돕시스 탈리아나 1295 56
ORF402 394170 395354 lepA 유전자 산물 X91655 바실러스 서브틸리스 1235 60
ORF403 395309 395992 GTP-결합막 단백질(lepA) AE000552 헬리코박터 필로리 543 54
ORF404 396538 396059 포스포글루코네이트 데히드로게나제 U30255 호모 사피엔스 411 55
ORF405 397507 396542 6-포스포글루코네이트 데히드로게나제 AB006102 캔디다 알비칸스 908 51
ORF406 398753 397401 티로실-tRNA 신서타제 M13148 바실러스 칼도테낙스 844 45
ORF407 399688 398909 whiG-Stv 유전자 산물 X68709 스트렙토버티실리엄 그리세오카르네움 463 41
ORF408 400167 399778 FLHA 유전자 산물 X63698 바실러스 서브틸리스 134 35
ORF409 401224 400034 flbF M73782 카울로박터 크레센터스 355 39
ORF410 401776 402021 페레독신 IV M59855 로도박터 캡슐라터스 98 54
ORF411 402126 403220 추정
ORF412 403348 405180 GcpE D90908 시네코시스티스속 995 49
ORF413 403788 403276 추정
ORF414 405165 405920 YfiH U50134 에스케리챠 콜리 166 43
ORF415 407049 405955 디히드로리포아미드 트랜스숙시닐라제(odhB; EC 2.3.1.61) M27141 바실러스 서브틸리스 833 61
ORF416 409773 407056 알파-케토글루타레이트 데히드로게나제 U41762 로도박터 캡슐라터스 1537 50
ORF417 410532 411416 YgeR D84432 바실러스 서브틸리스 496 44
ORF418 411707 413410 추정
ORF419 413433 412606 추정
ORF420 413404 413952 추정
ORF421 413841 415112 추정
ORF422 414379 413978 추정
ORF423 416664 415177 추정
ORF424 417456 416740 미지 Z94752 마이코박테리움 튜버큘로시스 172 36
ORF425 418053 417721 추정
ORF426 418603 418031 추정
ORF427 419531 418647 Hc2 핵단백질 L10193 클라미디아 트라코마티스 1661 92
ORF428 420190 419672 [카프] 유전자 산물 M86605 클라미디아 트라코마티스 612 96
ORF429 421171 420245 아미노펩티다제 D17450 마이코플라즈마 살비바륨 269 41
ORF430 421988 421518 추정 L39923 마이코박테리움 레프라 165 36
ORF431 422486 423043 추정
ORF432 423226 425079 글리코겐 오페론 단백질 GlgX D90908 시네코시스티스속 1229 55
ORF433 426054 425146 추정
ORF434 426985 426245 홀리데이 연결부 특이 DNA 헬리카제 D83138 슈도모나스 에어루지노사 633 53
ORF435 427248 427817 데옥시시티딘 트리포스페이트 데아미나제(dcd) AE000554 헬리코박터 필로리 612 63
ORF436 429560 429886 추정
ORF437 430360 429857 비오틴 아포-단백질 리가제 U27182 사카로마이세스 세레비쟈 173 38
ORF438 430637 430323 추정
ORF439 430933 431787 추정
ORF440 431658 431987 추정
ORF441 432232 434475 엑소뉴클레아제 V 알파-서브유닛 U29581 에스케리챠 콜리 289 53
ORF442 436308 434620 메티오닐-tRNA 신서타제 AB004537 스키조사카로마이세스 폼베 817 54
ORF443 436574 436272 추정
ORF444 437685 436567 RNAseH II AF005098 락토코커스 락티스 395 47
ORF445 438262 437894 리보좀 단백질 L19 X72627 시네코시스티스속 287 47
ORF446 439227 438285 tRNA(구아닌-N1)-메틸트랜스퍼라제(trmD) U32705 헤모필러스 인플루엔자 374 56
ORF447 439339 438986 tRNA(구아닌-N1)-메틸트랜스퍼라제(trmD) U32705 헤모필러스 인플루엔자 199 57
ORF448 439705 439358 리보좀 단백질 S16(rpS16) U32705 헤모필러스 인플루엔자 168 39
ORF449 441042 439699 신호 인지 입자 단백질 AE000347 에스케리챠 콜리 865 40
ORF450 441911 441042 이.콜리 PRFA2 단백질과 유사한 산물 Z49782 바실러스 서브틸리스 314 37
ORF451 442593 441898 폴리펩티드쇄 유리 인자 1(prfA) U32830 헤모필러스 인플루엔자 708 62
ORF452 444505 446388 리더 펩티다제 I D90904 시네코시스티스속 268 44
ORF453 448068 446452 이소로이실-tRNA 신서타제 U04953 호모 사피엔스 704 49
ORF454 449575 447932 이소로이실-tRNA 신서타제 U04953 호모 사피엔스 1687 55
ORF455 450546 451076 추정
ORF456 451623 451144 추정
ORF457 452593 451517 추정
ORF458 453195 452632 추정
ORF459 453567 454868 이.콜리 PhoH 단백질과 유사한 산물 Z97025 바실러스 서브틸리스 820 50
ORF460 455430 454972 CydB Z95554 마이코박테리움 튜버큘로시스 105 31
ORF461 456047 455367 시아나이드 불감성 말단 옥시다제 Y10528 슈도모나스 에어루지노사 388 38
ORF462 457384 456047 시아나이드 불감성 말단 옥시다제 Y10528 슈도모나스 에어루지노사 537 52
ORF463 457659 458450 YbbP AB002150 바실러스 서브틸리스 324 42
ORF464 458508 459632 추정
ORF465 459839 461203 HtrB 단백질 X61000 에스케리챠 콜리 77 31
ORF466 461624 461196 미지 U87792 바실러스 서브틸리스 114 38
ORF467 461887 462621 가상 단백질 Z75208 바실러스 서브틸리스 148 51
ORF468 463758 462895 추정
ORF469 464048 464629 추정
ORF470 464721 465848 추정
ORF471 467420 466113 PETl12 D90913 시네코시스티스속 892 48
ORF472 468891 467419 아미다제 U49269 모락셀라 카타랄리스 1051 46
ORF473 469280 468906 추정
ORF474 469349 469675 추정
ORF475 471226 469826 추정
ORF476 471624 471106 추정
ORF477 471954 473267 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 173 33
ORF478 473252 473695 POMP90A 전구체 U65942 클라미디아 시타시 175 39
ORF479 473982 474527 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 193 38
ORF480 475198 474602 추정
ORF481 476527 475613 POMP91A U65942 클라미디아 시타시 100 38
ORF482 478640 476517 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 537 40
ORF483 479084 478665 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 234 35
ORF484 479723 479088 추정 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 313 40
ORF485 480012 479668 추정
ORF486 481466 479895 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 391 38
ORF487 481732 481496 추정
ORF488 481864 483429 POMP90A 전구체 U65942 클라미디아 시타시 114 40
ORF489 483402 484964 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 77 34
ORF490 484898 487864 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 506 39
ORF491 485725 485222 추정
ORF492 488204 489247 추정
ORF493 488571 488233 추정
ORF494 489440 490456 추정
ORF495 492765 490507 분지화 효소 M31544 시네코코커스 PCC6301 1624 57
ORF496 492357 492893 추정
ORF497 493744 492737 추정
ORF498 493875 494675 YqkM D84432 바실러스 서브틸리스 230 44
ORF499 494573 494869 xprB N54884 에스케리챠 콜리 245 48
ORF500 494835 495365 추정
ORF501 495174 494872 추정
ORF502 495687 496634 추정
ORF503 496295 497176 추정
ORF504 497703 498515 추정
ORF505 498280 499239 추정
ORF506 499215 500732 추정
ORF507 501710 500790 페니실린 내성 단백질(lytB) U32781 헤모필러스 인플루엔자 702 50
ORF508 502863 501808 추정
ORF509 503675 502692 추정
ORF510 505002 503722 가상 단백질 Z96072 마이코박테리움 튜버큘로시스 102 42
ORF511 505739 506986 pth-prs 유전자간 영역의 가상 단백질 AE000219 에스케리챠 콜리 740 44
ORF512 506999 507439 추정
ORF513 508404 507649 푸마레이트 히드라타제 AF013216 믹소코커스 크산투스 611 54
ORF514 508291 508590 추정
ORF515 508915 508478 푸마라제 D64000 시네코시스티스속 386 57
ORF516 509600 510691 티아민-억제된 단백질(nmt1) U32720 헤모필러스 인플루엔자 82 31
ORF517 511039 511527 추정
ORF518 511547 512185 가상 단백질(SP:P46851) U67608 메타노코커스 자나스키이 208 39
ORF519 512382 513092 메티오닌 아미노 펩티다제 M15106 에스케리챠 콜리 384 48
ORF520 514287 513055 추정
ORF521 514789 515244 추정
ORF522 514994 515269 추정
ORF523 515553 515804 추정
ORF524 515808 516422 추정
ORF525 516476 517171 추정
ORF526 517927 517400 orf150 유전자 산물 X95938 포르피로모나스 깅기발리스 340 51
ORF527 518096 518380 30S 리보좀 단백질 S15 D90901 시네코시스티스속 245 52
ORF528 518403 518822 폴리리보뉴클레오티드 포스포릴라제 AF010578 피섬 사티범 306 49
ORF529 518923 519516 폴리리보뉴클레오티드 포스포릴라제 U52048 스피나시아 올레라세아 387 47
ORF530 519577 520497 폴리뉴클레오티드 포스포릴라제 U18997 에스케리챠 콜리 860 54
ORF531 521986 520718 ATP-결합 단백질 U01376 에스케리챠 콜리 970 49
ORF532 522131 521886 세포분열 단백질(ftsH) U32812 헤모필러스 인플루엔자 314 78
ORF533 523495 522143 추정
ORF534 524591 523623 ORF327 유전자 산물 U38894 포르피라 퍼퍼리아 148 44
ORF535 524652 525746 추정
ORF536 525731 526078 추정
ORF537 525939 526400 추정
ORF538 526301 526735 추정
ORF539 528323 526851 추정
ORF540 528861 528292 추정
ORF541 529723 529142 페닐알라닐-tRNA 신서타제 알파 서브유닛 X53057 바실러스 서브틸리스 476 52
ORF542 530166 529624 페닐알라닐-tRNA 신서타제 베타 서브유닛 Z75208 바실러스 서브틸리스 164 40
ORF543 530543 530223 리보좀 단백질 L20(AA 1-119) X16188 바실러스 스테아로서모필러스 230 47
ORF544 531378 530737 미지 Z85982 마이코박테리움 튜버큘로시스 452 50
ORF545 532370 533272 UDP-N-아세틸레놀피루빌글루코사민 리덕타제 U86147 시네코코커스 PCC7942 488 43
ORF546 533849 533244 YtqB AF0082220 바실러스 서브틸리스 273 38
ORF547 534672 533944 가상 단백질 MTCY08D5.03c Z92669 마이코박테리움 튜버큘로시스 170 35
ORF548 535915 534878 리보뉴클레오티드 디포스페이트 리덕타제, 베타 서브유닛(nrdB) AE000553 헬리코박터 필로리 397 33
ORF549 539153 535956 리보뉴클레오티드 디스포스페이트 리덕타제, 1 알파 서브유닛(nrdA) AE000581 헬리코박터 필로리 1447 51
ORF550 539731 540519 포스파티딜세린 신타제(pssA) AE000614 헬리코박터 필로리 226 49
ORF551 540523 540969 추정
ORF552 540906 541805 udp 3' 영역 전구체(o475)의 가상의 54.7 kD 단백질 AE000459 에스케리챠 콜리 82 39
ORF553 543255 541825 Ydr430cp; CAI: 0.15 U33007 사카로마이세스 세레비쟈 130 48
ORF554 544133 543222 추정
ORF555 544565 544179 hypA 유전자 산물 X86493 클로스트리듐 퍼프린젠스 221 46
ORF556 544762 544487 orf1 유전자 산물 X70951 사카로마이세스 세레비쟈 153 38
ORF557 546423 544951 세린 프로테아제(htrA) AE000610 헬리코박터 필로리 981 46
ORF558 547480 546584 숙시닐 조효소 A 신서타제 알파 서브유닛 U23408 딕티오스텔륨 디스코이데움 869 63
ORF559 546789 547382 추정
ORF560 547901 547476 추정 숙시닐-CoA 신서타제 베타쇄 AJ000975 바실러스 서브틸리스 388 55
ORF561 548634 547900 숙시네이트-CoA 리가제(ADP-형성) X54073 서머스 아쿠아티커스 플라버스 498 46
ORF562 548692 549459 세포분열 단백질(ftsY) AE000588 헬리코박터 필로리 330 46
ORF563 550385 549663 추정
ORF564 551611 550421 티로신 특이 수송 단백질(티로신 퍼미아제) D90832 에스케리챠 콜리 508 40
ORF565 553041 551797 티로신 특이 수송 단백질(tyrP) U32730 헤모필러스 인플루엔자 353 36
ORF566 554946 553096 L-글루타민: D-프럭토스-6-P 아미도트랜스퍼라제 전구체 U17352 서머스 아쿠아티커스 서모필러스 1324 45
ORF567 556300 554927 가상 U32824 헤모필러스 인플루엔자 1009 51
ORF568 556524 556904 추정
ORF569 558126 557314 추정
ORF570 557810 558235 추정
ORF571 559215 558310 추정
ORF572 561349 559196 POMP91A U65942 클라미디아 시타시 245 39
ORF573 562931 561150 추정 98kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 130 38
ORF574 564083 563121 추정 PlsX 단백질 Y13937 바실러스 서브틸리스 519 45
ORF575 563593 563943 추정
ORF576 565379 566953 ORF_f495; ECMRED의 orfF, 제2 개시부를 사용 U18997 에스케리챠 콜리 874 39
ORF577 567079 567966 글리세롤-3-포스페이트 아실트랜스퍼라제 M80571 커커미스 사티버스 594 45
ORF578 568021 570399 인슐린-감소 효소 M58465 드로소필라 멜라노가스터 334 42
ORF579 571269 572021 추정
ORF580 572519 572755 추정
ORF581 573519 572731 미지 Z94752 마이코박테리움 튜버큘로시스 203 35
ORF582 572879 573427 추정
ORF583 574160 573669 추정 열충격 단백질 ORF; 추정 M62820 클라미디아 트라코마티스 315 83
ORF584 574426 574184 리보좀 단백질 S18 상동체; 추정 M62820 클라미디아 트라코마티스 384 99
ORF585 574781 574446 리보좀 단백질 S6(rps6) AE000630 헬리코박터 필로리 176 39
ORF586 575243 574923 펩티딜-tRNA 히드롤라제 U31570 클라미디아 트라코마티스 358 78
ORF587 575458 575057 펩티딜-tRNA 히드롤라제 U31570 클라미디아 트라코마티스 393 81
ORF588 575849 575469 부분 ctc 유전자 산물(AA1-186) X16518 바실러스 서브틸리스 94 37
ORF589 576545 578023 글리코겐(전분) 신타제 D90899 시네코시스티스속 695 48
ORF590 578673 578017 포스파티딜글리세로포스페이트 신타제 U87792 바실러스 서브틸리스 243 48
ORF591 579012 582104 글리실-tRNA 신서타제 U20547 클라미디아 트라코마티스 5054 99
ORF592 582697 582206 추정
ORF593 583122 582811 추정
ORF594 583514 583182 추정
ORF595 583869 583438 추정
ORF596 584435 583827 dnaG AB001896 스타필로코커스 아우레우스 298 41
ORF597 584967 584299 DNA 프리마제 U13165 리스테리아 모노시토제네스 339 41
ORF598 585297 585016 추정
ORF599 585240 586610 DNA 부정합 복구 단백질 D90909 시네코시스티스속 673 42
ORF600 586484 587758 DNA 부정합 복구 단백질 U71154 아퀴펙스 피로필러스 845 50
ORF601 587786 589408 엑시뉴클레아제 ABC 서브유닛 C(uvrC) U32691 헤모필러스 인플루엔자 719 46
ORF602 589198 589578 엑시뉴클레아제 ABC 서브유닛 C U29587 로도박터 스페로이즈 156 42
ORF603 590061 589630 추정
ORF604 590739 591272 추정
ORF605 592406 592765 이.콜리 rnpA에 상동성임 X62539 바실러스 서브틸리스 117 34
ORF606 593145 592849 추정
ORF607 593900 593121 추정
ORF608 594138 595637 cys-tRNA 신서타제(cysS) U32693 헤모필러스 인플루엔자 991 49
ORF609 596122 595640 리실-tRNA 신서타제 D90906 시네코시스티스속 375 53
ORF610 596864 596154 리신-tRNA 리가제 X70708 서머스 아쿠아티커스 서모필러스 571 52
ORF611 597731 597282 추정
ORF612 598524 600809 추정 PriA 단백질 Y13937 바실러스 서브틸리스 1097 38
ORF613 601876 600734 L-알라닌-피멜릴 CoA 리가제 U51868 바실러스 서브틸리스 242 42
ORF614 603523 601910 2-아실글리세로포스포에탄올아민 아실트랜스퍼라제/아실 담체 단백질 신서타제 L14681 에스케리챠 콜리 388 42
ORF615 603794 603531 추정
ORF616 604413 603757 추정
ORF617 604549 605610 3'(2'),5-디포스포뉴클레오시드 3'(2') 포스포히드롤라제 U33283 오리자 사티바 254 45
ORF618 606619 605582 로이신 데히드로게나제 X79068 서모액티노마이세스 인터미디어스 638 49
ORF619 606843 607493 무기 피로포스파타제 X57545 아라비돕시스 탈리아나 291 37
ORF620 609068 608031 베타-케토아실-ACP 신타제 L13242 리시너스 콤뮤니스 1069 57
ORF621 609652 609296 HI0034 상동체 U82598 에스케리챠 콜리 196 35
ORF622 611860 610109 추정
ORF623 611812 612927 보존된 가상 단백질 AB000579 헬리코박터 필로리 780 41
ORF624 613597 612938 trna 델타(2)-이소펜테닐피로포스페이트 트랜스퍼라제 Z98209 마이코박테리움 튜버큘로시스 244 37
ORF625 613952 613692 델타2-이소펜테닐피로포스페이트 tRNA 트랜스퍼라제 Z11831 에스케리챠 콜리 134 54
ORF626 614315 615244 추정
ORF627 615396 615683 미지 Z74024 마이코박테리움 튜버큘로시스 93 47
ORF628 617711 615864 D-알라닌: D-알라닌 리가제 U39788 엔테로코커스 히라에 555 38
ORF629 618313 617510 UDP-N-아세틸뮤라메이트-알라닌 리가제(murC) U32794 헤모필러스 인플루엔자 448 47
ORF630 619338 618361 트랜스퍼라제, 펩티도글리칸 합성(murG) U32793 헤모필러스 인플루엔자 380 39
ORF631 620416 619247 spoVE 유전자 생성물(AA1-366) X51419 바실러스 서브틸리스 538 37
ORF632 619863 620261 추정
ORF633 621184 620420 가상 단백질 Y14079 바실러스 서브틸리스 313 44
ORF634 621690 621154 murD 유전자 산물(AA 1-438) X51584 에스케리챠 콜리 221 43
ORF635 622399 621674 MurD Z95388 마이코박테리움 튜버큘로시스 228 41
ORF636 623466 622414 ORF-Y(AA 1-360) X51584 에스케리챠 콜리 543 45
ORF637 624178 623570 가능한 UDP-N-아세틸뮤라모일알라닐-D-글루타밀-2,6-디아미노리가제(EC 6.3.2.15) AB001488 바실러스 서브틸리스 103 43
ORF638 624918 624073 UDP-N-아세틸뮤라모일알라닐-D-글루타밀-2,6-디아미노피멜레이트--D-알라닐-D-알라닌 리가제 X62437 시네코시스티스속 243 33
ORF639 625346 626665 샤페로닌 60 U56021 서모언에어로박터 브로키이 136 31
ORF640 626514 626900 추정
ORF641 626954 627853 추정
ORF642 627822 628124 추정
ORF643 628715 628146 신장 인자 P U14003 에스케리챠 콜리 467 55
ORF644 628932 629801 AMP 뉴클레오시다제(EC 3.2.2.4) D90837 에스케리챠 콜리 278 47
ORF645 630406 629804 트랜스케톨라제 Z73234 바실러스 서브틸리스 361 46
ORF646 630960 630298 트랜스케톨라제 Z73234 바실러스 서브틸리스 460 47
ORF647 631799 630915 트랜스케톨라제 1(TK 1)(tktA) U32783 헤모필러스 인플루엔자 756 47
ORF648 637488 638084 알라닐-tRNA 신서타제 X59956 리조븀 레규미노사룸 436 56
ORF649 638036 640207 알라닐-tRNA 신서타제 X95571 티오바실러스 페로옥시단스 1121 39
ORF650 640221 643472 전사-복구 결합 인자(trcF) (mfd) U32805 헤모필러스 인플루엔자 1426 46
ORF651 640627 640220 추정
ORF652 643485 644495 유로포르피리노겐 데카르복실라제 M97208 바실러스 서브틸리스 416 40
ORF653 644471 645430 추정 산소 의존 코프로포르피리노겐 III 옥시다제 U06779 살모넬라 티피뮤리엄 638 43
ORF654 645394 645840 산소 무관성 코프로포르피리노겐 III 옥시다제 D90912 시네코시스티스속 283 42
ORF655 645840 647111 hemY M97208 바실러스 서브틸리스 133 38
ORF656 649676 647109 포스포단백질 L25078 클라미디아 트라코마티스 2043 99
ORF657 649970 650344 Hc1 M60902 클라미디아 트라코마티스 603 100
ORF658 650418 651722 pCTHom1 유전자 산물 M94254 클라미디아 트라코마티스 1735 100
ORF659 651686 652171 추정
ORF660 652516 652908 페놀히드록실라제 성분 U32702 헤모필러스 인플루엔자 263 41
ORF661 652799 653593 페놀히드록실라제 성분 U32702 헤모필러스 인플루엔자 456 51
ORF662 659884 661851 YtpT AF008220 바실러스 서브틸리스 709 52
ORF663 661740 662282 spoIIIEB 단백질 M17445 바실러스 서브틸리스 330 43
ORF664 662286 663074 YycJ D78193 바실러스 서브틸리스 405 38
ORF665 662951 663730 C41G7.4 Z81048 쎄노라브디티스 엘레간스 200 36
ORF666 664212 663745 가상 단백질 MTCY180. 08 Z97193 마이코박테리움 튜버큘로시스 194 38
ORF667 665619 664255 D-알라닌 글리신 퍼미아제(dagA) AE000603 헬리코박터 필로리 205 34
ORF668 666083 665727 추정
ORF669 666423 665782 추정
ORF670 666831 668117 추정
ORF671 668121 668375 추정
ORF672 668470 668174 리보플라빈 신타제 베타쇄(ribE) U32810 헤모필러스 인플루엔자 192 40
ORF673 669533 668616 GTP 시클로히드롤라제 II/3,4-디히드록시-2-부타논-4-포스페이트 신타제 AJ000053 아라비돕시스 탈리아나 800 51
ORF674 669892 669485 무명의 단백질 산물 A38767 사카로마이세스 세레비쟈 288 49
ORF675 670780 669998 ribG 유전자 산물 L09228 바실러스 서브틸리스 191 42
ORF676 671241 670732 리보플라빈 특이 데아미나제 U27202 액티노바실러스 플류로뉴모니아 314 51
ORF677 671182 672447 세릴-tRNA 신서타제 X91007 할로아큘라 마리스모르튜이 736 49
ORF678 672692 673231 추정
ORF679 673204 674562 ATPase L28104 트랜스포존 Tn5422 565 41
ORF680 674612 675232 미지 Z74025 마이코박테리움 튜버큘로시스 340 43
ORF681 675327 675463 봉형 결정 단백질 M22857 에스케리챠 콜리 442 37
ORF682 677027 676476 비오틴 [아세틸-CoA 카르복실라제] 리가제 L02354 파라코커스 데니트리피칸스 169 49
ORF683 678422 677700 ORFX13 L09228 바실러스 서브틸리스 426 43
ORF684 678717 679508 2,3-비스포스포글리세레이트 M23068 호모 사피엔스 494 47
ORF685 679342 680502 [Fe-S] 집합체(nifS)의 합성 AE000542 헬리코박터 필로리 150 33
ORF686 680579 681280 NifU AF001780 시아노세쎄 PCC 8801 101 31
ORF687 681539 682558 추정
ORF688 682554 683087 추정
ORF689 683164 684465 ORF 4 M72718 바실러스 서브틸리스 708 36
ORF690 684774 684418 추정
ORF691 684839 686203 AgX-1 항원[인간, 불임 환자, 고환, 펩티드, 505aa] S73498 호모 사피엔스 338 37
ORF692 686197 687204 L-글리세롤 3-포스페이트 데히드로게나제 U00039 에스케리챠 콜리 577 38
ORF693 667341 688360 추정
ORF694 688432 688193 추정
ORF695 689616 688432 추정
ORF696 689960 689631 추정
ORF697 690487 689846 추정
ORF698 690717 690463 추정
ORF699 691871 690672 추정
ORF700 693837 692041 포스포에놀피루베이트 카르복시키나제 M59372 네오칼리마스틱스 프론탈리스 1818 59
ORF701 694934 693837 MreB 단백질 M96343 바실러스 서브틸리스 961 56
ORF702 697263 694942 SNF X98455 바실러스 세레우스 1073 50
ORF703 698084 697170 추정
ORF704 698392 697979 추정
ORF705 698792 700117 유발 인자(tig) AE000591 헬리코박터 필로리 84 34
ORF706 700269 700895 프로테오좀 주 서브유닛 AF013216 믹소코커스 크산투스 615 59
ORF707 700912 702165 ATP-의존 프로테아제 ATPase 서브유닛 L18867 에스케리챠 콜리 1183 55
ORF708 702183 703412 폴리(A) 폴리머라제 L47709 바실러스 서브틸리스 362 38
ORF709 703522 705000 가상 단백질 D90912 시네코시스티스속 809 41
ORF710 705011 705604 추정
ORF711 706159 705704 프리단백질 트랜스로카제 서브유닛 AF022186 시아니듐 칼다륨 165 44
ORF712 706521 706138 secA X99401 바실러스 퍼머스 155 42
ORF713 708103 706496 SecA U66081 마이코박테리움 스메그마티스 1044 58
ORF714 708398 708078 cp-SecA; 엽록체 SecA 상동체 U71123 제아 메이즈 258 69
ORF715 708510 708248 SecA U21192 스트렙토마이세스 리비단스 179 42
ORF716 710278 708872 추정
ORF717 711164 710262 포스파티딜세린 데카르복실라제 U72715 클라미디아 트라코마티스 1548 99
ORF718 711432 712763 이.콜리 50K에 상동성임 X62539 바실러스 서브틸리스 713 54
ORF719 712767 713438 자외선 N-글리코실라제/AP 리아제 U22181 마이크로코커스 류테오스 273 45
ORF720 714232 713651 추정
ORF721 714632 714120 추정
ORF722 715592 714834 추정
ORF723 715854 715558 추정
ORF724 716937 715921 추정
ORF725 718357 717149 3-포스포글리세레이트 키나제 U83197 클라미디아 트라코마티스 2049 100
ORF726 718500 718862 추정
ORF727 719797 718499 포스페이트 퍼미아제(YBR296C) U32834 헤모필러스 인플루엔자 997 42
ORF728 720273 719782 추정
ORF729 720452 720144 H.인플루엔자 예측 암호 영역 HI1603 U32834 헤모필러스 인플루엔자 164 37
ORF730 720613 721575 dciAD X56678 바실러스 서브틸리스 722 41
ORF731 721559 722356 was dppE U00039 에스케리챠 콜리 477 44
ORF732 723248 722397 염색체 분배 단백질 ParB U87804 카울로박터 크레센투스 388 50
ORF733 724598 723378 NifS 단백질 D90811 에스케리챠 콜리 805 39
ORF734 725763 724576 가상 단백질 D64004 시네코시스티스속 154 41
ORF735 726519 725767 다중약제 내성 단백질 1(P-당단백질 1) D90811 에스케리챠 콜리 607 54
ORF736 726819 726538 ABC 수송인자 서브유닛 D64004 시네코시스티스속 266 58
ORF737 727493 726753 ABC 수송인자 서브유닛 D64004 시네코시스티스속 854 71
ORF738 727984 727469 ABC 수송인자 서브유닛 D64004 시네코시스티스속 531 55
ORF739 728778 728329 추정
ORF740 729346 728759 항비루스 단백질 L36940 사카로마이세스 세레비쟈 115 33
ORF741 732639 729442 페니실린 결합 단백질 2(pbp2) U32688 헤모필러스 인플루엔자 208 43
ORF742 733246 734427 주 외막 단백질 전구체 M14738 클라미디아 트라코마티스 2045 99
ORF743 734814 735659 리보좀 단백질 S2 U60196 클라미디아 트라코마티스 1269 76
ORF744 735644 736504 신장 인자 Ts U60196 클라미디아 트라코마티스 1278 90
ORF745 736520 737254 UMP 키나제 U60196 클라미디아 트라코마티스 1153 94
ORF746 737254 737787 리보좀 유리 인자 U60196 클라미디아 트라코마티스 706 92
ORF747 737942 738679 추정
ORF748 738838 739740 ORF3; 추정 39kDa 단백질 U40604 리스테리아 모노시토게네스 116 31
ORF749 742057 740060 XcpQ X68594 슈도모나스 에어루지노사 453 37
ORF750 742869 742045 추정
ORF751 743378 742824 추정
ORF752 744298 743306 미지 Z80233 마이코박테리움 튜버큘로시스 137 40
ORF753 744714 744430 추정 N69228 카울로박터 크레센투스 117 38
ORF754 744985 744611 추정
ORF755 745557 744958 추정
ORF756 746412 745561 추정
ORF757 746772 746416 추정
ORF758 748269 749944 PscN AF010151 슈도모나스 에어루지노사 1220 55
ORF759 748966 728274 추정
ORF760 749426 748965 추정
ORF761 749702 749433 추정
ORF762 750029 749721 추정
ORF763 752307 750007 추정
ORF764 752913 752503 추정
ORF765 754659 753616 NAD(P)H: 글루타밀-전이 RNA 리덕타제 M57676 바실러스 서브틸리스 172 40
ORF766 755000 756814 DNA 자이라제 서브유닛 B U35453 를로스트리듐 아세토부틸리컴 970 38
ORF767 756796 768301 gyrA X92503 마이코박테리움 스메그마티스 409 49
ORF768 758691 758446 미지 Z74024 마이코박테리움 튜버큘로시스 107 34
ORF769 759787 759338 SfhB U50134 에스케리챠 콜리 241 48
ORF770 760242 759871 추정
ORF771 760538 760188 추정
ORF772 760966 761772 3-데옥시-D-만노-옥튤로소네이트 8-포스페이트 신서타제 U72493 클라미디아 트라코마티스 1350 99
ORF773 761759 762142 미지 U72493 클라미디아 트라코마티스 536 94
ORF774 762267 762983 ATP 결합 단백질 U72493 클라미디아 트라코마티스 1197 99
ORF775 764465 763335 클라넥틴 암호 영역 M17875 클라미디아 트라코마티스 239 100
ORF776 764857 764438 추정
ORF777 766068 764821 미지의 기능 Z32530 클라미디아 트라코마티스 1803 99
ORF778 766643 766065 미지의 기능 Z32530 클라미디아 트라코마티스 704 100
ORF779 768091 766934 RecA U16739 클라미디아 트라코마티스 1753 100
ORF780 768785 768252 미지의 기능 Z32530 클라미디아 트라코마티스 904 99
ORF781 770092 768791 미지의 기능 Z32530 클라미디아 트라코마티스 2249 100
ORF782 770138 770470 추정
ORF783 770661 770185 추정
ORF784 770924 770634 추정
ORF785 772010 771330 추정
ORF786 772390 773391 미지 D26185 바실러스 서브틸리스 486 35
ORF787 774221 773427 orf_F169 U18997 에스케리챠 콜리 263 61
ORF788 776035 774191 DNA 토포이소머라제 I L27797 바실러스 서브틸리스 1357 52
ORF789 776663 777706 추정
ORF790 777195 776953 추정
ORF791 779222 777732 ORF_f397 U29581 에스케리챠 콜리 93 40
ORF792 779321 781552 추정
ORF793 781297 782442 추정
ORF794 782447 785524 엑소뉴클레아제 V(AA 1-1180) X04581 에스케리챠 콜리 557 49
ORF795 785532 786002 추정
ORF796 786580 785546 MreC 단백질 M31792 에스케리챠 콜리 81 64
ORF797 787741 786611 아스파테이트 아미노트랜스퍼라제 전구체 M12105 갤러스 갤러스 700 42
ORF798 787620 788021 추정
ORF799 790124 787920 GreA U02878 리켓차 프로와제키이 84 33
ORF800 790160 790609 추정
ORF801 790634 792016 NADH: 유비퀴논 옥시도리덕타제 서브유닛 A Z37111 비브리오 알기노리티쿠스 409 37
ORF802 793084 792059 델타_아미노레뷸린산 데히드라타제 L24386 브래디리조븀 자포니컴 867 52
ORF803 793343 794056 추정
ORF804 794046 794957 추정
ORF805 795401 795144 추정
ORF806 795575 796255 ompR 유전자 산물 X92405 나이제리아 메닌지티디스 103 32
ORF807 796278 797015 글루코스-1-포스페이트 티미딜릴트랜스퍼라제 U67553 메타노코커스 자나스키이 216 36
ORF808 796979 797365 YgiD D84432 바실러스 서브틸리스 184 58
ORF809 797260 797856 파네실 디포스페이트 신타제 D13293 바실러스 스테아로서모필러스 107 37
ORF810 797772 798086 추정
ORF811 798426 797935 Orf39.9 X61000 에스케리챠 콜리 290 51
ORF812 798925 798416 이 ORF는 이.콜리, 수탁번호 X61000의 htrB 3' 영역의 40.0kd 가상 단백질에 상동성임 L22217 마이코플라즈마 유사 유기체 150 46
ORF813 799301 799927 리보좀 단백질 S4(rps4) AE000633 헬리코박터 필로리 407 46
ORF814 800892 800029 비퓨린/비피리미딘 엔도뉴클레아제 U40707 쎄노라브디티스 엘레간스 397 35
ORF815 801062 802129 mviB 상동체 U50732 클라미디아 트라코마티스 1716 97
ORF816 802023 802673 mviB 상동체 U50732 클라미디아 트라코마티스 973 97
ORF817 802851 803246 lorf2; 가능한 막결합 단백질 U50732 클라미디아 트라코마티스 280 100
ORF818 803105 804220 76 kDa 단백질 L23921 클라미디아 트라코마티스 775 59
ORF819 804307 805356 추정 클라미디아 뉴모니아
ORF820 805290 806282 76 kDa 단백질 L23921 클라미디아 뉴모니아 125 50
ORF821 806453 808081 추정
ORF822 808026 809009 추정
ORF823 810461 809079 추정
ORF824 811605 810328 추정
ORF825 811725 812342 추정
ORF826 812329 813522 추정
ORF827 813455 813772 추정
ORF828 813732 814334 추정
ORF829 815213 814314 추정
ORF830 814878 814396 추정
ORF831 815733 815428 30S 리보좀 단백질 S20 Z67753 오돈텔라 시넨시스 150 38
ORF832 816116 817456 KIAA0336 AB002334 호모 사피엔스 90 32
ORF833 817608 819320 RNA 폴리머라제 시그마-서브유닛 J05546 클라미디아 트라코마티스 2868 100
ORF834 819324 819713 추정
ORF835 819704 820402 디히드로프테린 피로포스포키나제/디히드로프테로에이트 신타제 Y08611 피섬 사티범 310 45
ORF836 820375 821061 디히드로프테로에이트 신타제 X68068 나이제리아 메닌지티디스 100 48
ORF837 821043 821537 디히드로폴레이트 리덕타제 Z84379 스트렙토코커스 뉴모니아 168 45
ORF838 821646 822239 M.자나스키이 예측 암호 영역 MJ0768 U67522 메타노코커스 자나스키이 139 41
ORF839 822182 822931 추정
ORF840 824355 823045 질소 대사 조절인자 M58480 티오바실러스 페로옥시단스 133 58
ORF841 825894 824359 헬리카제 M63176 스타필로코커스 아우레우스 893 50
ORF842 826322 825879 헬리카제 M63176 스타필로코커스 아우레우스 282 47
ORF843 826340 827026 ipa-57d 유전자 산물 X73124 바실러스 서브틸리스 602 52
ORF844 827014 827250 추정
ORF845 827856 827230 가상 U32712 헤모필러스 인플루엔자 302 45
ORF846 828007 829275 미지의 부분 클로닝된 B.서브틸리스 유전자의 N-말단 추정 신호 서열과 동일한 19/20 잔기 연장체(32-51); 추정 L19954 바실러스 서브틸리스 442 37
ORF847 829355 830953 열충격 단백질 GroEL U55047 브래디리조븀 자포니컴 418 36
ORF848 831119 831748 bas1 단백질 Z34917 호르데움 벌거리 516 47
ORF849 832152 831751 추정
ORF850 832744 832214 추정
ORF851 833446 832805 추정
ORF852 833802 833368 추정
ORF853 834679 833879 추정
ORF854 835452 834661 추정
ORF855 835778 835371 추정
ORF856 836482 835775 추정
ORF857 836602 837264 추정
ORF858 837209 838699 추정
ORF859 838760 839575 추정
ORF860 839942 840583 추정
ORF861 840445 841713 추정
ORF862 841659 842459 추정
ORF863 842523 843068 추정
ORF864 843495 843031 추정
ORF865 843239 846196 추정
ORF866 844137 843802 추정
ORF867 848043 846217 추정
ORF868 850123 848150 추정
ORF869 851645 850230 추정
ORF870 853696 851669 추정
ORF871 854836 853700 추정
ORF872 855525 854920 추정
ORF873 856240 855437 추정
ORF874 857183 856233 추정
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ORF877 859642 860640 추정
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ORF881 863930 863571 추정
ORF882 864697 863996 추정
ORF883 864923 866248 DNA 부정합 복구 단백질(mutL) U32692 헤모필러스 인플루엔자 506 47
ORF884 866303 866605 추정
ORF885 866665 867732 YqhT D84432 바실러스 서브틸리스 444 39
ORF886 867810 869090 추정
ORF887 869094 869357 추정
ORF888 869270 871372 섬모 어셈블리 단백질 L13865 슈도모나스 에어루지노사 181 40
ORF889 871299 872582 xpsE 유전자 산물 X59079 크산토모나스 캄페스트리스 825 56
ORF890 872429 872860 분비 단백질 XcpR X09102 아시네토박터 칼코아세티커스 213 48
ORF891 872773 873915 ORF_o398 U18997 에스케리챠 콜리 271 33
ORF892 873812 873360 추정
ORF893 874028 874438 추정
ORF894 874778 875386 추정
ORF895 875774 876382 추정
ORF896 877872 877000 분비계 장치, SsaT X99944 살로넬라 티피뮤리엄 174 34
ORF897 878172 877876 yscS L25667 예르시니아 슈도튜버큘로시스 172 44
ORF898 879098 878172 병원성 단백질 M64094 크산토모나스 캄페스트리스 464 46
ORF899 878883 879161 추정
ORF900 879842 879105 PscL U56077 슈도모나스 에어루지노사 141 34
ORF901 880885 880052 추정
ORF902 881863 880889 HrcJ U56662 에르위니아 아밀로보라 236 43
ORF903 882904 881948 ORF YOR196c Z75104 사카로마이세스 세레비쟈 685 44
ORF904 883794 882901 디히드로리포아미드 데히드로게나제 L31844 클로스트리듐 매그넘 578 38
ORF905 884296 883661 YqiV D84432 바실러스 서브틸리스 437 44
ORF906 884996 884508 추정
ORF907 888777 885166 snf2/rad54군의 헬리카제 D90916 시네코시스티스속 824 43
ORF908 890172 888940 나트륨 결합된 분지쇄 아미노산 담체 D49784 클로스트리듐 퍼프린젠스 230 35
ORF909 891164 890325 추정 Fmu 단백질 Y13937 바실러스 서브틸리스 220 41
ORF910 891463 891116 추정
ORF911 893278 891968 DD-카르복시펩티다제 M85047 바실러스 서브틸리스 302 39
ORF912 893356 893808 추정
ORF913 893909 893643 추정
ORF914 894276 893821 가상 단백질 D90908 시네코시스티스속 155 39
ORF915 894778 894248 추정
ORF916 895892 895050 추정
ORF917 895951 896829 추정
ORF918 900783 897064 DNA 폴리머라제 III 알파-서브유닛(dnaE) AE000646 헬리코박터 필로리 1974 43
ORF919 902032 900791 UhpC 단백질 M17102 에스케리챠 콜리 1117 52
ORF920 902659 903876 히스티딘-tRNA 리가제 Z17214 스트렙토코커스 에퀴시밀리스 686 47
ORF921 903731 903471 추정
ORF922 903860 905605 아스파틸-tRNA 신서타제 D90910 시네코시스티스속 1339 51
ORF923 905725 906474 mip 유사 단백질 X66126 클라미디아 트라코마티스 1196 98
ORF924 906493 906945 spoU L40369 클라미디아 트라코마티스 607 100
ORF925 907306 907001 trxA L39892 클라미디아 시타시 380 76
ORF926 908101 908742 추정
ORF927 908721 909194 가상 단백질 D90914 시네코시스티스속 150 37
ORF928 909198 909584 DNA 폴리머라제 III Z48003 스타필로코커스 아우레우스 181 40
ORF929 909583 909951 추정
ORF930 910081 910569 VdlD U94318 헬리코박터 필로리 197 43
ORF931 910615 910944 추정
ORF932 910948 912261 산유도성 유전자 L13845 시노리조븀 멜리로티 145 50
ORF933 912399 912629 추정
ORF934 912595 913218 UDP-3-O-아실-GlcNAc 데아세틸라제 U67855 슈도모나스 에어루지노사 309 39
ORF935 913203 913676 (3R)-히드록시미리스톨 아실 담체 단백질 데히드라타제 D90910 시네코시스티스속 302 59
ORF936 913691 914485 UDP-N-아세틸글루코사민 아실트랜스퍼라제 L22690 리케챠 리케치이 503 38
ORF937 914516 915136 메티오닐-tRNA 포밀트랜스퍼라제 Z63666 에스케리챠 콜리 407 42
ORF938 915144 915467 추정
ORF939 915629 916633 추정
ORF940 916051 916539 추정
ORF941 916965 917627 리보좀 단백질 L3(rpL3) U32761 헤모필러스 인플루엔자 407 48
ORF942 917612 918304 50S 리보좀 단백질 L4 AB000111 시네코시스티스속 210 43
ORF943 918323 918655 리보좀 단백질 L23 Z21677 서모토가 마리티마 116 47
ORF944 918682 919533 rpl2 M74770 마이코플라즈마 유사 유기체 800 48
ORF945 919542 919829 마이코플라즈마 뉴모니아, 리보좀 단백질 S19; M.보비스 유래의 젠뱅크 승인번호 S36895와 유사 AE000061 마이코플라즈마 뉴모니아 315 66
ORF946 919723 920157 리보좀 단백질 L22 Z21677 서모토가 마리티마 240 49
ORF947 920184 920840 리보좀 단백질 S3 (rpS3) U32761 헤모필러스 인플루엔자 605 57
ORF948 920866 921294 리보좀 단백질 L16 Z21677 서모토가 마리티마 434 62
ORF949 921272 921514 리보좀 단백질 CtrL29e M80325 클라미디아 트라코마티스 343 99
ORF950 921510 921758 리보좀 단백질 S17e M80325 클라미디아 트라코마티스 419 100
ORF951 921778 922143 리보좀 단백질 CtrL14e M80325 클라미디아 트라코마티스 618 100
ORF952 922159 922491 리보좀 단백질 CtrL24e M80325 클라미디아 트라코마티스 568 100
ORF953 922496 923035 리보좀 단백질 CtrL5e M80325 클라미디아 트라코마티스 793 99
RF954 923160 923453 리보좀 단백질 CtrS8e M80325 클라미디아 트라코마티스 487 88
ORF955 923484 924032 리보좀 단백질 L6 M60652 클라미디아 트라코마티스 927 100
ORF956 924048 924425 리보좀 단백질 CtrL18e M80325 클라미디아 트라코마티스 605 99
ORF957 924443 924937 리보좀 단백질 CtrS5e M80325 클라미디아 트라코마티스 814 99
ORF958 924933 925364 리보좀 단백질 CtrL15e M80325 클라미디아 트라코마티스 740 99
ORF959 925390 926760 상동체 L25077 클라미디아 트라코마티스 2254 99
ORF960 926819 927184 리보좀 단백질 S13 L33834 클라미디아 트라코마티스 604 100
ORF961 927209 927604 리보좀 단백질 S11 L33834 클라미디아 트라코마티스 646 98
ORF962 927577 928155 RNA 폴리머라제 알파 서브유닛 L33834 클라미디아 트라코마티스 847 97
ORF963 928100 928759 RNA 폴리머라제 알파 서브유닛 L33834 클라미디아 트라코마티스 1040 98
ORF964 929222 930244 글리세르알데히드-3-포스페이트 데히드로게나제 U83198 클라미디아 트라코마티스 1735 99
ORF965 930222 930656 추정
ORF966 930608 931078 추정
ORF967 931367 931666 추정
ORF968 931549 931959 추정
ORF969 932070 932579 교차 연접부 엔도데옥시리보뉴클레아제 (ruvC) U32717 헤모필러스 인플루엔자 250 41
ORF970 932602 933201 홀리데이 연접부 DNA 헬리카제(ruvA) U32716 헤모필러스 인플루엔자 258 38
ORF971 933319 933621 뉴클레오시드 디포스페이트 키나제 (ndk) AE000540 헬리코박터 필로리 264 60
ORF972 933522 933785 뉴클레오시드 5'-디포스페이트 포스포트랜스퍼라제 (EC 2.7.4.6) J05207 믹소코커스 크산투스 186 64
ORF973 934546 933848 가상 단백질 (GB:U14003_297) U39706 마이코플라즈마 게니탈륨 156 36
ORF974 936377 934539 이.콜리 gidA에 상동성임 X62540 슈도모나스 퓨티다 1562 51
ORF975 938081 936666 복제성 DNA 헬리카제 D26185 바실러스 서브틸리스 848 41
ORF976 938538 939098 포스파티딜글리세로포스페이트 신타제 (pgsA) AE000610 헬리코박터 필로리 120 33
ORF977 939329 940933 아데닌 뉴클레오티드 트랜스로카제 Z49227 아라비돕시스 탈리아나 668 40
ORF978 941031 942068 추정 프로테아제 AF008220 바실러스 서브틸리스 265 36
ORF979 942082 944685 DNA 폴리머라제 D12982 바실러스 칼도테낙스 1334 42
ORF980 944634 945287 T05G5.5 Z27079 쎄노라브디티스 엘레간스 198 32
ORF981 945287 946294 오픈 리딩 프레임내 최초 ATG는 개시 코돈으로서 선택됨 L27278 슈도모나스 플루오레센스 882 68
ORF982 946293 946676 오픈 리딩 프레임내 최초 GTG는 개시 코돈으로서 선택됨 L27276 데이노코커스 라디오듀란스 417 65
ORF983 947105 948454 ADP글루코스 피로포스포릴라제 M31616 오리자 사티바 755 44
ORF984 948522 949277 추정
ORF985 949277 949594 Y1bH 단백질 Z98682 바실러스 서브틸리스 223 41
ORF986 949849 950676 추정
ORF987 950680 951330 페로킬라타제 M59288 머스 머스큘러스 260 42
ORF988 951281 951643 페로킬라타제 D26106 큐커미스 사티버스 178 47
ORF989 951788 952798 추정
ORF990 953581 954264 추정
ORF991 954426 955157 추정
ORF992 955754 957940 orf4 유전자 산물 x93084 메타노사르시나 바케리 130 41
ORF993 957837 959312 OppB 유전자 산물 x56347 바실러스 서브틸리스 327 38
ORF994 959299 961050 디펩티드 ABC 수송인자, 퍼미아제 단백질(dppC) AE000548 헬리코박터 필로리 263 39
ORF995 961562 961053 메틸화 DNA 단백질 시스테인 메틸트랜스퍼라제 U67593 메타노코커스 자나스키이 109 39
ORF996 962575 961487 추정
ORF997 961979 961584 추정
ORF998 964914 962545 페닐알라닐-tRNA 신서타제 베타 서브유닛 Z75208 바실러스 서브틸리스 775 37
ORF999 964941 965708 추정
ORF1000 967023 966193 미지 Z48008 사카로마이세스 세레비쟈 492 44
ORF1001 967444 968061 추정
ORF1002 968903 968064 추정
ORF1003 970685 969528 pilA의 전사 활성화인자 Z12154 슈도모나스 에어루지노사 849 45
ORF1004 971806 971024 센서 단백질 L39904 믹소코커스 크산투스 147 30
ORF1005 973053 972388 추정
ORF1006 974546 973746 미지 D64126 바실러스 서브틸리스 500 50
ORF1007 975223 974558 미지 D26185 바실러스 서브틸리스 141 44
ORF1008 976193 975207 htrA dapD 유전자간 영역의 가상 단백질 AE000126 에스케리챠 콜리 142 42
ORF1009 976520 976254 미지 Z49939 사카로마이세스 세레비쟈 183 39
ORF1010 976588 976899 추정
ORF1011 976886 977635 펩티드 유리 인자 2 X99401 바실러스 퍼머스 534 44
ORF1012 977661 977933 유리 인자 2 AF013188 바실러스 서브틸리스 187 52
ORF1013 977918 978433 추정
ORF1014 978619 978984 포자 코트 단백질 CotRC D50551 바실러스 서브틸리스 355 52
ORF1015 978933 979331 가상 U32717 헤모필러스 인플루엔자 199 40
ORF1016 981197 979389 추정
ORF1017 979711 980112 추정
ORF1018 982116 981148 추정
ORF1019 982321 983598 UDP-N-아세틸글루코사민 에놀피루빌 트랜스퍼라제 (murZ) U32788 헤모필러스 인플루엔자 593 38
ORF1020 984488 983862 아르기닐-tRNA-신서타제 D64006 시네코시스티스속 347 44
ORF1021 985381 984371 아르기닐-tRNA-신서타제 D64006 시네코시스티스속 782 58
ORF1022 986103 985399 가상 단백질 D90915 시네코시스티스속 224 35
ORF1023 986693 986046 명확한 라인 비확인 U00021 마이코박테리움 레프라 286 50
ORF1024 987607 986693 o298; 이 298aa ORF는 약 256aa 단백질 CDSA_ECOLI의 248개 잔기와 동일한(24개 갭) 33개 pct임 AE000238 에스케리챠 콜리 132 46
ORF1025 988119 987616 보존된 가상 단백질 AE000627 헬리코박터 필로리 343 49
ORF1026 988253 987936 가상 단백질(HI0920 U67577 메타노코커스 자나스키이 110 38
ORF1027 988831 989163 추정
ORF1028 989693 993442 단백질-배출막 단백질 SecD D64000 시네코시스티스속 447 38
ORF1029 993408 993785 단백질-배출막 단백질 U83136 로도박터 스페로이즈 240 43
ORF1030 993835 993416 추정
ORF1031 993882 994262 추정
ORF1032 994226 995656 RecJ 재조합 단백질 U41759 클라미디아 시타시 880 66
ORF1033 996036 996611 미지 U41759 클라미디아 시타시 533 75
ORF1034 996885 998267 글루타밀-tRNA 신서타제 상동체 U41759 클라미디아 시타시 2018 83
ORF1035 998962 999225 9-kDa 시스테인 풍부 외막 단백질 M35148 클라미디아 트라코마티스 504 100
ORF1036 999375 1001033 외막 단백질 2 M23001 클라미디아 트라코마티스 2857 100
ORF1037 1001211 1001516 15-kDa 세린 풍부 외막 단백질 M35148 클라미디아 트라코마티스 276 94
ORF1038 1001392 1001664 15-kDa 세린 풍부 외막 단백질 M35148 클라미디아 트라코마티스 436 97
ORF1039 1003721 1001823 prc 유전자(alt.)의 ORF D00674 에스케리챠 콜리 486 42
ORF1040 1004459 1004845 StrA M85701 헤모필러스 인플루엔자 454 70
ORF1041 1004990 1005382 리보좀 단백질 S7 Z11567 클라미디아 트라코마티스 662 99
ORF1042 1005391 1007496 전좌 신장 인자 EF-G (fusA) AB000625 헬리코박터 필로리 2147 62
ORF1043 1007486 1007821 리보좀 단백질 S10 Z21676 스피룰리나 트라코마티스 350 68
ORF1044 1007802 1008698 NADPH-설파이트 리덕타제 플라보단백질 성분 M23008 에스케리챠 콜리 113 48
ORF1045 1009426 1009121 미지 Z92774 마이코박테리움 튜버큘로시스 102 42
ORF1046 1010534 1012054 세린 히드록시메틸트랜스퍼라제 Z38002 바실러스 서브틸리스 1021 55
ORF1047 1012397 1011942 추정
ORF1048 1012042 1012635 ATP-의존 C1p 프로테아제 단백질 분해 서브유닛 D90915 시네코시스티스속 365 44
ORF1049 1012593 1012862 추정
ORF1050 1012811 1013440 디아미노피멜레이트 에피머라제 (dapF) U32759 헤모필러스 인플루엔자 108 40
ORF1051 1013456 1014055 추정
ORF1052 1013977 1014489 추정
ORF1053 1015224 1014529 udp-rfaH 유전자간 영역의 가상 28.1 kD 단백질 AE000459 에스케리챠 콜리 263 38
ORF1054 1016002 1015145 추정
ORF1055 1017120 1015939 보존된 가상 단백질 AE000579 헬리코박터 필로리 428 42
ORF1056 1017766 1017245 추정
ORF1057 1018911 1017916 추정
ORF1058 1019191 1018580 추정
ORF1059 1020199 1019831 헤모라이신 AE000647 헬리코박터 필로리 164 33
ORF1060 1021007 1020114 미지 Z95208 마이코박테리움 튜버큘로시스 201 36
ORF1061 1021569 1021075 추정
ORF1062 1022411 1022097 추정
ORF1063 1023344 1023667 50S 리보좀 서브유닛 단백질 L21 U18997 에스케리챠 콜리 218 43
ORF1064 1023701 1023949 50S 리보좀 단백질 L27 U38804 포르피라 퍼퍼리아 251 64
ORF1065 1023976 1024776 ORF_E390 U18997 에스케리챠 콜리 603 51
ORF1066 1024704 1025045 GTP-결합 단백질(obg) U32769 헤모필러스 인플루엔자 161 37
ORF1067 1025881 1024967 가상 단백질 D90903 시네코시스티스속 439 35
ORF1068 1026546 1025839 YcdI AB000617 바실러스 서브틸리스 312 40
ORF1069 1027379 1026546 접착 단백질 D90903 시네코시스티스속 354 35
ORF1070 1030604 1027929 추정 98 kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 95 49
ORF1071 1033252 1030508 추정 98 kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 75 36
ORF1072 1031733 1032086 추정
ORF1073 1037037 1033456 추정 98 kDa 외막 단백질 U72499 클라미디아 시타시 160 46
ORF1074 1035674 1035910 추정
ORF1075 1036175 1036507 추정
ORF1076 68(com) 1036967 추정
ORF1077 16591 16989 GutQ/KpsF 군 당-P 이소머라제 AE001313 클라미디아 트라코마티스 658 97
ORF1078 31779 31408 추정
ORF1079 56502 56834 가상 단백질 AE001309 클라미디아 트라코마티스 284 95
ORF1080 56686 56913 가상 단백질 AE001309 클라미디아 트라코마티스 303 94
ORF1081 64748 65074 가상 단백질 (가능한 357R?) AE001309 클라미디아 트라코마티스 501 100
ORF1082 73482 73195 예측 OMP [리더 (19) 펩티드] AE001308 클라미디아 트라코마티스 476 100
ORF1083 78482 78736 추정
ORF1084 79803 79411 가상 단백질 AE001307 클라미디아 트라코마티스 583 98
ORF1085 82333 81959 Lon ATP-의존 프로테아제 AE001307 클라미디아 트라코마티스 607 99
ORF1086 87313 76999 가상 단백질 AE001307 클라미디아 트라코마티스 534 100
ORF1087 109929 109456 가상 단백질 AE001305 클라미디아 트라코마티스 529 98
ORF1088 111599 111351 추정
ORF1089 112069 111734 추정
ORF1090 112665 112911 가상 단백질 AE001305 클라미디아 트라코마티스 395 94
ORF1091 114017 113715 추정
ORF1092 120757 120464 추정
ORF1093 125133 125522 프레디에드 페레독신 AE001303 클라미디아 트라코마티스 631 97
ORF1094 131888 131604 추정
ORF1095 144164 144427 추정
ORF1096 150698 150369 추정
ORF1097 164385 163948 NADH(유비퀴논) 데히드로게나제 AE001300 클라미디아 트라코마티스 755 100
ORF1098 165690 166115 가상 단백질 AE001300 클라미디아 트라코마티스 724 99
ORF1099 168742 168425 가상 단백질 AE001300 클라미디아 트라코마티스 356 96
ORF1100 170509 170793 가상 단백질 AE001300 클라미디아 트라코마티스 489 100
ORF1101 177145 177474 AcCoA 카르복실라제/트랜스퍼라제 알파 AE001299 클라미디아 트라코마티스 518 99
ORF1102 188295 188023 가상 단백질 AE001298 클라미디아 트라코마티스 451 100
ORF1103 188791 188330 가상 단백질 AE001298 클라미디아 트라코마티스 733 97
ORF1104 190629 190336 추정
ORF1105 197313 197083 추정
ORF1106 210914 211384 추정
ORF1107 235160 234852 글루타메이트 아미노뮤타제 AE001295 클라미디아 트라코마티스 507 97
ORF1108 237227 236913 추정
ORF1109 249733 249446 올리고펩티드 퍼미아제 AE001293 클라미디아 트라코마티스 512 100
ORF1110 253493 253158 가상 단백질 AE001293 클라미디아 트라코마티스 318 63
ORF1111 253701 254789 가상 단백질 AE001293 클라미디아 트라코마티스 1860 99
ORF1112 271633 271932 가상 단백질 AE001291 클라미디아 트라코마티스 512 100
ORF1113 275666 276070 이황화물 결합 옥시도리덕타제 AE001291 클라미디아 트라코마티스 700 99
ORF1114 277931 278218 추정
ORF1115 282741 282481 가상 단백질 AE001290 클라미디아 트라코마티스 422 99
ORF1116 293178 293489 포스포리파제 D 엔도뉴클레아제 대형군 AE001289 클라미디아 트라코마티스 433 95
ORF1117 303155 303469 추정
ORF1118 309297 308965 가상 단백질 AE001287 클라미디아 트라코마티스 422 95
ORF1119 312219 312536 추정
ORF1120 312853 312602 가상 단백질 AE001287 클라미디아 트라코마티스 338 99
ORF1121 313167 312772 가상 단백질 AE001287 클라미디아 트라코마티스 616 58
ORF1122 320224 320598 가상 단백질 AE001286 클라미디아 트라코마티스 628 98
ORF1123 340249 340503 올리고펩티다제 AE001285 클라미디아 트라코마티스 444 100
ORF1124 352839 353324 가상 단백질 AE001284 클라미디아 트라코마티스 751 98
ORF1125 373475 373699 포스포리파제 D 대형군 [리더 (33) 펩티드] AE001282 클라미디아 트라코마티스 378 100
ORF1126 377316 377756 가상 단백질 AE001282 클라미디아 트라코마티스 764 99
ORF1127 379268 379657 가상 단백질 AE001282 클라미디아 트라코마티스 535 100
ORF1128 395098 394823 추정
ORF1129 401594 401142 편모의 분비 단백질 AE001280 클라미디아 트라코마티스 698 100
ORF1130 410045 410539 가상 단백질 AE001279 클라미디아 트라코마티스 767 100
ORF1131 411425 411658 코프로포르피리노겐 III 옥시다제 AE001279 클라미디아 트라코마티스 399 99
ORF1132 414937 414416 추정
ORF1133 422889 423212 글리코겐 히드롤라제(탈분지) AE001278 클라미디아 트라코마티스 206 100
ORF1134 427842 428183 가상 단백질 AE001278 클라미디아 트라코마티스 610 100
ORF1135 428732 429451 가상 단백질 AE001278 클라미디아 트라코마티스 1010 98
ORF1136 442557 442799 가상 단백질 AE001277 클라미디아 트라코마티스 649 94
ORF1137 443628 444041 L31 리보좀 단백질 AE001277 클라미디아 트라코마티스 538 96
ORF1138 443678 443166 추정
ORF1139 445901 446155 추정
ORF1140 467981 468262 추정
ORF1141 471869 472108 추정 외막 단백질 I AE001361 클라미디아 트라코마티스 370 100
ORF1142 488032 488337 막 티올 프로테아제 AE001360 클라미디아 트라코마티스 483 96
ORF1143 497179 497694 저칼슘 반응 단백질 H AE001359 클라미디아 트라코마티스 864 95
ORF1144 500474 500202 추정
ORF1145 508968 509561 ABC 수송인자 퍼미아제 AE001358 클라미디아 트라코마티스 964 100
ORF1146 510845 511264 가상 단백질 AE001358 클라미디아 트라코마티스 360 89
ORF1147 526525 526848 가상 단백질 AE001356 클라미디아 트라코마티스 242 81
ORF1148 531318 531863 가상 단백질 AE001356 클라미디아 트라코마티스 127 100
ORF1149 556826 557224 가상 단백질 AE001354 클라미디아 트라코마티스 683 99
ORF1150 564971 564537 가상 단백질 AE001353 클라미디아 트라코마티스 534 100
ORF1151 566963 567232 글리세롤-3-P 아실트랜스퍼라제 AE001353 클라미디아 트라코마티스 220 53
ORF1152 570351 570890 인슐리나제군/프로테아제 III AE001353 클라미디아 트라코마티스 925 100
ORF1153 571072 571332 가상 단백질 AE001353 클라미디아 트라코마티스 441 99
ORF1154 576025 575801 일반 스트레스 단백질 AE001352 클라미디아 트라코마티스 273 97
ORF1155 590363 590650 가상 단백질 AE001351 클라미디아 트라코마티스 442 100
ORF1156 597868 598593 가상 단백질 AE001350 클라미디아 트라코마티스 1176 98
ORF1157 606889 606626 추정
ORF1158 608031 607786 히드롤라제/포스파타제 상동체 AE001349 클라미디아 트라코마티스 434 99
ORF1159 610110 610391 추정
ORF1160 632703 633353 추정
ORF1161 637213 637482 추정
ORF1162 650517 649924 추정
ORF1163 652317 652562 페놀히드롤라제/NADH 유비퀴논 옥시도리덕타제 AE001345 클라미디아 트라코마티스 324 99
ORF1164 654753 655325 추정
ORF1165 661118 660810 추정
ORF1166 677596 677057 가상 단백질 AE001343 클라미디아 트라코마티스 864 98
ORF1167 679528 679253 추정
ORF1168 732536 732210 추정
ORF1169 742069 742383 추정
ORF1170 759318 758782 (슈도유리딘 신타제) AE001336 클라미디아 트라코마티스 909 98
ORF1171 760282 760521 추정
ORF1172 771313 770894 가상 단백질 AE001335 클라미디아 트라코마티스 661 96
ORF1173 772115 772408 가상 단백질 AE001335 클라미디아 트라코마티스 520 99
ORF1174 788137 788457 추정
ORF1175 816302 815967 추정
ORF1176 846606 846914 추정
ORF1177 867803 868054 추정
ORF1178 875386 875658 가상 단백질 AE001327 클라미디아 트라코마티스 268 86
ORF1179 876445 876915 가상 단백질 AE001327 클라미디아 트라코마티스 747 99
ORF1180 884548 884312 추정
ORF1181 891859 891467 가상 단백질 AE001326 클라미디아 트라코마티스 551 95
ORF1182 900770 900417 추정
ORF1183 902553 902269 추정
ORF1184 908046 907783 추정
ORF1185 912313 912567 미리스토일 GlcNac 데아세틸라제 AE001324 클라미디아 트라코마티스 195 97
ORF1186 935451 935741 추정
ORF1187 946961 946692 가상 단백질 AE001322 클라미디아 트라코마티스 410 99
ORF1188 953193 952783 가상 단백질 AE001322 클라미디아 트라코마티스 593 100
ORF1189 966199 965872 가상 단백질 AE001321 클라미디아 트라코마티스 542 98
ORF1190 969298 968765 추정
ORF1191 971009 970731 2-성분 센서 AE001320 클라미디아 트라코마티스 467 97
ORF1192 972162 972404 추정
ORF1193 973119 973508 포스포글리콜레이트 포스파타제 AE001320 클라미디아 트라코마티스 647 98
ORF1194 998649 998404 추정
ORF1195 1004280 1003882 가상 단백질 AE001317 클라미디아 트라코마티스 571 99
ORF1196 1010200 1009532 가상 단백질 AE001317 클라미디아 트라코마티스 1132 99
ORF1197 1029174 1029482 추정
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본 발명은 전술한 특정 양태에 의해 그 범위가 제한되는 것이 아니며, 특정 양태들은 본 발명의 개별적인 측면들을 예시하고자 한 것이다. 기능적으로 등가인 방법 및 성분은 본 발명에 속한다. 실제로, 제시되거나 개시된 것 외에, 본 발명의 각종 변형예가 전술한 설명 및 첨부되는 도면으로부터 당업자에게는 자명할 것이다.
명세서에 언급한 모든 공보 및 특허 출원은 각 공보 또는 특허 출원이 구체적 및 개별적으로 참고로 인용되었다고 명시되어 있는 것과 동일한 범위로 참고로 인용하였다.
본 발명을 통해 클라미디아 트라코마티스의 분자 기구를 개발하고, 특이적이고, 효과적이며, 용인되는 신규 예방법 및 처치학적 치료법, 신규 진단법 및 신규 백신 전략을 개발할 수 있다.
참조 문헌
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서열목록 전자파일 첨부

Claims (44)

  1. 클라미디아 트라코마티스(Chlamydia trachomatis) 게놈의 오픈 리딩 프레임(ORF) 923의 뉴클레오티드 서열을 가지는 분리된 폴리뉴클레오티드로서, 상기 ORF 923은 서열번호 1의 905725번 위치에서 시작하여 906474번 위치에서 끝나는 것인 분리된 폴리뉴클레오티드.
  2. 제1항에 있어서, MIP 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드.
  3. 이종 폴리펩티드를 암호화하는 폴리뉴클레오티드에 인 프레임으로 결찰된 제1항의 ORF923을 포함하는, 융합 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 재조합 벡터.
  5. 유전자 발현을 제어하는 조절 서열에 작동가능하게 결합된 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 재조합 벡터.
  6. 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 유전자 조작된 숙주 세포.
  7. 숙주 세포내에서 유전자 발현을 제어하는 조절 서열과 작동가능하게 결합된 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 유전자 조작된 숙주 세포.
  8. (a) 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드 또는 융합 단백질을 생성하기에 적절한 조건하에 제7항에 기재된 유전자 조작된 숙주 세포를 배양하는 단계; 및
    (b) 배양물로부터 폴리펩티드 또는 융합 단백질을 회수하는 단계
    를 포함하는, 폴리펩티드 또는 융합 단백질을 생산하는 방법.
  9. 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 폴리펩티드.
  10. 제9항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스로 감염된 개체의 혈청반응양성 혈청과 면역반응하는 것인 폴리펩티드.
  11. 제9항에 있어서, MIP 폴리펩티드인 것인 폴리펩티드.
  12. 제3항에 기재된 폴리뉴클레오티드가 암호화하는 융합 단백질.
  13. 제12항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스로 감염된 개체의 혈청양성 혈청 과 면역반응하는 것인 융합 단백질.
  14. 제9항에 기재된 폴리펩티드에 면역특이적으로 결합하는 항체.
  15. 제12항에 기재된 융합 단백질에 면역특이적으로 결합하는 항체.
  16. 삭제
  17. 삭제
  18. 삭제
  19. 삭제
  20. 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 폴리뉴클레오티드 중 하나 이상의 어레이를 함유하는 DNA 칩.
  21. 제9항에 기재된 폴리펩티드 중 하나 이상의 어레이를 함유하는 단백질 칩.
  22. 제9항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 면역원성 조성물.
  23. 제10항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 면역원성 조성물.
  24. 제12항에 기재된 융합 단백질과 약학적 허용 담체를 포함하는 면역원성 조성물.
  25. 제13항에 기재된 융합 단백질과 약학적 허용 담체를 포함하는 면역원성 조성물.
  26. 제9항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 눈 질병 또는 생식기 질병 또는 전신성 질병을 치료 또는 예방하기 위한 약학 조성물.
  27. 제10항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 눈 질병 또는 생식기 질병 또는 전신성 질병을 치료 또는 예방하기 위한 약학 조성물.
  28. 제12항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 눈 질병 또는 생식기 질병 또는 전신성 질병을 치료 또는 예방하기 위한 약학 조성물.
  29. 제13항에 기재된 폴리펩티드와 약학적 허용 담체를 포함하는 눈 질병 또는 생식기 질병 또는 전신성 질병을 치료 또는 예방하기 위한 약학 조성물.
  30. 제22항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스에 대한 면역화를 위한 것인 면역원성 조성물.
  31. 제23항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스에 대한 면역화를 위한 것인 면역원성 조성물.
  32. 제24항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스에 대한 면역화를 위한 것인 면역원성 조성물.
  33. 제25항에 있어서, 클라미디아 트라코마티스에 대한 면역화를 위한 것인 면역원성 조성물.
  34. 제5항에 기재된 발현 벡터를 포함하는 DNA 면역원성 조성물.
  35. 제34항에 있어서, DNA 조성물이 클라미디아 트라코마티스의 중화 에피토프의 발현을 유도하는 것인 DNA 면역원성 조성물.
  36. (a) 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 분리된 폴리뉴클레오티드 와 시험 화합물을 접촉시키는 단계; 및
    (b) 결합 발생 여부를 검출하는 단계
    를 포함하는 스크리닝 분석법.
  37. (a) 제9항에 기재된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계; 및
    (b) 결합 발생 여부를 검출하는 단계
    를 포함하는 스크리닝 분석법.
  38. (a) 제12항에 기재된 폴리펩티드와 시험 화합물을 접촉시키는 단계; 및
    (b) 결합 발생 여부를 검출하는 단계
    를 포함하는 스크리닝 분석법.
  39. 제1항 내지 제3항 중 어느 하나의 항에 기재된 분리된 폴리뉴클레오티드를 함유하는 용기를 포함하는 키트.
  40. 제39항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 프라이머 또는 프로브인 것인 키트.
  41. 제39항에 있어서, 폴리뉴클레오티드가 프라이머이고, 키트가 폴리머라제를 함유하는 용기를 더 포함하는 것인 키트.
  42. 제39항에 있어서, 데옥시뉴클레오티드 트리포스페이트를 함유하는 용기를 더 포함하는 것인 키트.
  43. 제9항에 기재된 폴리펩티드에 면역특이적으로 결합하는 항체를 함유하는 용기를 포함하는 키트.
  44. 제12항에 기재된 융합 단백질에 면역특이적으로 결합하는 항체를 함유하는 용기를 포함하는 키트.
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