JPWO2021061698A5 - - Google Patents
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Description
治療有効量:本明細書で用いられるとき、用語「治療有効量」は、治療レジメンの一環として投与されると、所望の生物学的応答を誘発する物質(例えば、治療薬、組成物、及び/又は製剤)の量を意味する。一部の実施形態では、或る物質の治療有効量は、疾患、障害、及び/又は病状に罹患しているか、若しくは罹患しやすい対象に投与されると、疾患、障害、及び/又は病状を治療、診断、予防する、且つ/又はその発症を遅延させるのに十分な量である。当業者には理解されるように、或る物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達しようとする物質、標的細胞又は組織などの要因に応じて変動し得る。例えば、一部の実施形態では、疾患、障害、及び/又は病状を治療するための製剤中の化合物の有効量は、疾患、障害、及び/又は病状の1つ若しくは複数の症状又は特徴を改善、緩和、軽減、阻害、予防し、その発症を遅延させ、その重症度を低減させ、且つ/又はその発生率を低下させる量である。一部の実施形態では、治療有効量は、単一用量で投与され;一部の実施形態では、治療有効量を送達するために、複数回用量が必要とされる。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエピジェネティック修飾部分を含むエフェクター部分と、
を含む調節剤。
(項目2)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができる第1エフェクター部分と、
FXNの発現を増大することができる第2エフェクター部分と、
を含む調節剤であって、
前記第1及び第2エフェクター部分が、異なる部分である、調節剤。
(項目3)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分であって、Znフィンガー分子を含む、ターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む調節剤。
(項目4)
項目1~3のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸。
(項目5)
調節剤をコードする組換えRNAであって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む組換えRNA。
(項目6)
調節剤をコードする核酸、例えば、組換えRNAを含むナノ粒子(例えば、脂質ナノ粒子(LNP))であって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含むナノ粒子。
(項目7)
細胞におけるフラタキシン(FXN)発現を増大する方法であって、以下:
細胞を調節剤と接触させ、これにより、前記細胞におけるFXN発現を増大することを含み、前記調節剤は、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、を含み、
FXN発現は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10週間にわたって(及び任意選択的に、永続的に)増大するか、或いは
前記細胞が、少なくとも44コピーのGAA伸長を有するFXN対立遺伝子を含み、前記調節剤による治療後に、前記FXN対立遺伝子は、前記調節剤と接触させていない類似細胞の発現レベルの少なくとも1.5×(即ち、1.5倍)のレベルで発現される、方法。
(項目8)
細胞におけるフラタキシン(FXN)発現を増大する方法であって、以下:
細胞を項目1~7のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと接触させ、
これにより、前記細胞におけるFXN発現を増大すること
を含む、方法。
(項目9)
前記エフェクター部分が、エピジェネティック修飾部分を含む、項目1~8のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目10)
前記エピジェネティック修飾部分が、DNAメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、DNAデメチラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、又はそのいずれかの機能性断片若しくは変異体を含む、項目1~9のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目11)
前記エフェクター部分が、DNAデメチラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、TET1、TET2、TET3、若しくはTDGから選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片を含む、項目1~10のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目12)
前記エフェクター部分が、ヒストンメチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、DOT1L、PRDM9、PRMT1、PRMT2、PRMT3、PRMT4、PRMT5、NSD1、NSD2、NSD3から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片を含む、項目1~11のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目13)
前記エフェクター部分が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、p300、CREB-結合タンパク質(CBP)から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性断片若しくは変異体を含む、項目1~12のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目14)
前記エフェクター部分が、転写活性化因子又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、VP16、VP64、VP160、若しくはVPRから選択されるタンパク質を含む、項目1~13のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目15)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目16)
前記Cas9分子が、レンサ球菌属(Streptococcus)(例えば、化膿性レンサ球菌(S.pyogenes)、又はS.サーモフィルス(S.thermophilus))、フランシセラ属(Francisella)(例えば、F.ノビシダ(F.novicida))、スタフィロコッカッス属(Staphylococcus)(例えば、黄色ブドウ球菌(S.aureus))、アシダミノコッカス属(Acidaminococcus)(例えば、アシダミノコッカス属種(Acidaminococcus sp.)BV3L6)、ナイセリア属(Neisseria)(例えば、髄膜炎菌(N.meningitidis))、クリプトコッカス属(Cryptococcus)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium)、ヘモフィラス属(Haemophilus)、ユーバクテリウム属(Eubacterium)、パスツレラ属(Pasteurella)、プレボテラ属(Prevotella)、ベイロネラ属(Veillonella)、又はマリノバクター属(Marinobacter)由来のCas9タンパク質を含む、項目15に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目17)
前記Cas9分子が、例えば、不活性RuvC及び/又はHNHドメインを含む、実質的にヌクレアーゼ活性を欠失したCas9タンパク質、例えば、dCas9を含む、項目15又は16に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目18)
前記Cas9分子が、gRNA、例えば、sgRNAを含み(例えば、それと非共有結合しており)、前記gRNAは、前記発現制御エレメントに結合する、項目15~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目19)
前記gRNAが、配列番号4~26のいずれか、又は配列番号4~26のいずれかに対して少なくとも80、85、90、95、若しくは99%同一性を有する配列から選択される核酸配列を含む、項目18に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目20)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目21)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目22)
前記ターゲティング部分が、2、3、4、5、又は6つのZnフィンガータンパク質を有するZnフィンガー分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目23)
前記発現制御エレメントが、前記FXN遺伝子と作動可能に連結されたエンハンサー若しくはプロモータ又はその部分を含む、項目1~22のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目24)
前記ターゲティング部分が、前記FXN遺伝子の転写開始部位から500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2、若しくは1ヌクレオチド以下上流又は下流(及び任意選択的に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、若しくは90ヌクレオチド上流又は下流)の核酸配列に結合する、項目1~23のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目25)
前記ターゲティング部分が、表3のゲノムの座標により描かれる配列から選択される核酸配列に結合する、項目1~24のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目26)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、p300又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目27)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目28)
前記ターゲティング部分が、酵素として不活性のCasヌクレアーゼ、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目29)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子(例えば、前記TALエフェクター分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VPR又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目30)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子分子(例えば、前記TALエフェクター分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目31)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子(例えば、前記Znフィンガー分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VPR又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目32)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子分子(例えば、前記Znフィンガー分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目33)
前記調節剤が、融合分子を含むか、又は融合分子である、項目1~32のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目34)
前記調節剤が、配列番号304~309のいずれかから選択されるアミノ酸配列、又はそれと少なくとも80、85、90、95、96、97、98、若しくは99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目1~25又は33のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目35)
項目1~3又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤と、前記FXN遺伝子の発現制御配列を有する核酸配列と、を含む複合体。
(項目36)
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを含む細胞。
(項目37)
項目1~3又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸を含む細胞。
(項目38)
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを細胞に送達する方法であって、
前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと前記細胞を接触させ、
これにより、前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを前記細胞に送達すること
を含む方法。
(項目39)
フラタキシン(FXN)遺伝子の転写を調節、例えば、増大する方法であって、以下:
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと細胞を接触させ、
これにより、前記FXN遺伝子の発現を調節、例えば、増大すること
を含む方法。
(項目40)
フリードライヒ運動失調症(FRDA)を有する患者を治療する方法であって、以下:
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを前記患者に投与し、
これにより、前記患者を治療すること
を含む方法。
(項目41)
前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを、前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターの非存在下での血液(例えば、全血)中のFXNレベルに比して、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、300、若しくは400%増大する、項目38~40のいずれか1項に記載の方法。
(項目42)
前記方法が、FDRAの少なくとも1つの症状、例えば、以下:運動失調、構音障害、筋力低下、痙性(例えば、下肢痙縮)、脊椎側彎症、膀胱機能障害、反射障害、位置覚及び/若しくは振動感覚の消失、心筋症、又は糖尿病から選択される症状を軽減又は排除する、項目38~41のいずれか1項に記載の方法。
(項目43)
血液(例えば、全血)中のFXNの前記レベルを少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10週間、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、若しくは12ヶ月、又は少なくとも1、2、3、4、若しくは5年にわたって増大する、項目41又は42に記載の方法。
(項目44)
前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを少なくとも12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、又は96時間にわたって増大する、項目38~43のいずれか1項に記載の方法。
本発明の実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
(項目1)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエピジェネティック修飾部分を含むエフェクター部分と、
を含む調節剤。
(項目2)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができる第1エフェクター部分と、
FXNの発現を増大することができる第2エフェクター部分と、
を含む調節剤であって、
前記第1及び第2エフェクター部分が、異なる部分である、調節剤。
(項目3)
以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分であって、Znフィンガー分子を含む、ターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む調節剤。
(項目4)
項目1~3のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸。
(項目5)
調節剤をコードする組換えRNAであって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む組換えRNA。
(項目6)
調節剤をコードする核酸、例えば、組換えRNAを含むナノ粒子(例えば、脂質ナノ粒子(LNP))であって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含むナノ粒子。
(項目7)
細胞におけるフラタキシン(FXN)発現を増大する方法であって、以下:
細胞を調節剤と接触させ、これにより、前記細胞におけるFXN発現を増大することを含み、前記調節剤は、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、を含み、
FXN発現は、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10週間にわたって(及び任意選択的に、永続的に)増大するか、或いは
前記細胞が、少なくとも44コピーのGAA伸長を有するFXN対立遺伝子を含み、前記調節剤による治療後に、前記FXN対立遺伝子は、前記調節剤と接触させていない類似細胞の発現レベルの少なくとも1.5×(即ち、1.5倍)のレベルで発現される、方法。
(項目8)
細胞におけるフラタキシン(FXN)発現を増大する方法であって、以下:
細胞を項目1~7のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと接触させ、
これにより、前記細胞におけるFXN発現を増大すること
を含む、方法。
(項目9)
前記エフェクター部分が、エピジェネティック修飾部分を含む、項目1~8のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目10)
前記エピジェネティック修飾部分が、DNAメチルトランスフェラーゼ、ヒストンメチルトランスフェラーゼ、DNAデメチラーゼ、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ、又はそのいずれかの機能性断片若しくは変異体を含む、項目1~9のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目11)
前記エフェクター部分が、DNAデメチラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、TET1、TET2、TET3、若しくはTDGから選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片を含む、項目1~10のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目12)
前記エフェクター部分が、ヒストンメチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、DOT1L、PRDM9、PRMT1、PRMT2、PRMT3、PRMT4、PRMT5、NSD1、NSD2、NSD3から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片を含む、項目1~11のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目13)
前記エフェクター部分が、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、p300、CREB-結合タンパク質(CBP)から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性断片若しくは変異体を含む、項目1~12のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目14)
前記エフェクター部分が、転写活性化因子又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、VP16、VP64、VP160、若しくはVPRから選択されるタンパク質を含む、項目1~13のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目15)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目16)
前記Cas9分子が、レンサ球菌属(Streptococcus)(例えば、化膿性レンサ球菌(S.pyogenes)、又はS.サーモフィルス(S.thermophilus))、フランシセラ属(Francisella)(例えば、F.ノビシダ(F.novicida))、スタフィロコッカッス属(Staphylococcus)(例えば、黄色ブドウ球菌(S.aureus))、アシダミノコッカス属(Acidaminococcus)(例えば、アシダミノコッカス属種(Acidaminococcus sp.)BV3L6)、ナイセリア属(Neisseria)(例えば、髄膜炎菌(N.meningitidis))、クリプトコッカス属(Cryptococcus)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium)、ヘモフィラス属(Haemophilus)、ユーバクテリウム属(Eubacterium)、パスツレラ属(Pasteurella)、プレボテラ属(Prevotella)、ベイロネラ属(Veillonella)、又はマリノバクター属(Marinobacter)由来のCas9タンパク質を含む、項目15に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目17)
前記Cas9分子が、例えば、不活性RuvC及び/又はHNHドメインを含む、実質的にヌクレアーゼ活性を欠失したCas9タンパク質、例えば、dCas9を含む、項目15又は16に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目18)
前記Cas9分子が、gRNA、例えば、sgRNAを含み(例えば、それと非共有結合しており)、前記gRNAは、前記発現制御エレメントに結合する、項目15~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目19)
前記gRNAが、配列番号4~26のいずれか、又は配列番号4~26のいずれかに対して少なくとも80、85、90、95、若しくは99%同一性を有する配列から選択される核酸配列を含む、項目18に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目20)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目21)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目22)
前記ターゲティング部分が、2、3、4、5、又は6つのZnフィンガータンパク質を有するZnフィンガー分子を含む、項目1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目23)
前記発現制御エレメントが、前記FXN遺伝子と作動可能に連結されたエンハンサー若しくはプロモータ又はその部分を含む、項目1~22のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目24)
前記ターゲティング部分が、前記FXN遺伝子の転写開始部位から500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2、若しくは1ヌクレオチド以下上流又は下流(及び任意選択的に、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60、70、80、若しくは90ヌクレオチド上流又は下流)の核酸配列に結合する、項目1~23のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目25)
前記ターゲティング部分が、表3のゲノムの座標により描かれる配列から選択される核酸配列に結合する、項目1~24のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目26)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、p300又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目27)
前記ターゲティング部分が、Cas9分子、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目28)
前記ターゲティング部分が、酵素として不活性のCasヌクレアーゼ、例えば、dCas9分子を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目29)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子(例えば、前記TALエフェクター分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VPR又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目30)
前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子分子(例えば、前記TALエフェクター分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目31)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子(例えば、前記Znフィンガー分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VPR又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目32)
前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子分子(例えば、前記Znフィンガー分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、及びRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む、
項目1~25のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目33)
前記調節剤が、融合分子を含むか、又は融合分子である、項目1~32のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目34)
前記調節剤が、配列番号304~309のいずれかから選択されるアミノ酸配列、又はそれと少なくとも80、85、90、95、96、97、98、若しくは99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目1~25又は33のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、ウイルスベクター、又は方法。
(項目35)
項目1~3又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤と、前記FXN遺伝子の発現制御配列を有する核酸配列と、を含む複合体。
(項目36)
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを含む細胞。
(項目37)
項目1~3又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸を含む細胞。
(項目38)
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを細胞に送達する方法であって、
前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと前記細胞を接触させ、
これにより、前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを前記細胞に送達すること
を含む方法。
(項目39)
フラタキシン(FXN)遺伝子の転写を調節、例えば、増大する方法であって、以下:
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターと細胞を接触させ、
これにより、前記FXN遺伝子の発現を調節、例えば、増大すること
を含む方法。
(項目40)
フリードライヒ運動失調症(FRDA)を有する患者を治療する方法であって、以下:
項目1~6又は9~34のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターを前記患者に投与し、
これにより、前記患者を治療すること
を含む方法。
(項目41)
前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを、前記調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又はウイルスベクターの非存在下での血液(例えば、全血)中のFXNレベルに比して、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、300、若しくは400%増大する、項目38~40のいずれか1項に記載の方法。
(項目42)
前記方法が、FDRAの少なくとも1つの症状、例えば、以下:運動失調、構音障害、筋力低下、痙性(例えば、下肢痙縮)、脊椎側彎症、膀胱機能障害、反射障害、位置覚及び/若しくは振動感覚の消失、心筋症、又は糖尿病から選択される症状を軽減又は排除する、項目38~41のいずれか1項に記載の方法。
(項目43)
血液(例えば、全血)中のFXNの前記レベルを少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10週間、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、若しくは12ヶ月、又は少なくとも1、2、3、4、若しくは5年にわたって増大する、項目41又は42に記載の方法。
(項目44)
前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを少なくとも12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、又は96時間にわたって増大する、項目38~43のいずれか1項に記載の方法。
Claims (27)
- 以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエピジェネティック修飾部分を含むエフェクター部分と、
を含む調節剤。 - 以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができる第1エフェクター部分と、
FXNの発現を増大することができる第2エフェクター部分と、
を含む調節剤であって、
前記第1及び第2エフェクター部分が、異なる部分である、調節剤。 - 以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分であって、Znフィンガー分子を含む、ターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む調節剤。 - 請求項1~3のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸。
- 調節剤をコードする組換えRNAであって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含む組換えRNA。 - 調節剤をコードする核酸、例えば、組換えRNAを含むナノ粒子(例えば、脂質ナノ粒子(LNP))であって、前記調節剤が、以下:
フラタキシン(FXN)遺伝子の発現制御エレメントに結合するターゲティング部分と、
FXNの発現を増大することができるエフェクター部分と、
を含むナノ粒子。 - 請求項1~6のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を含む、細胞におけるフラタキシン(FXN)発現を増大する方法における使用のための組成物であって、ここで、前記方法は、以下:
細胞を前記調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子と接触させ、
これにより、前記細胞におけるFXN発現を増大すること
を含む、組成物。 - 前記エフェクター部分が、エピジェネティック修飾部分を含む、請求項2~7のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。
- 前記エフェクター部分が、DNAメチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、ヒストンメチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、DNAデメチラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、ヒストンアセチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体を含むエピジェネティック修飾部分を含む、請求項1~8のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。
- 前記エフェクター部分が、
(i)DNAデメチラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、TET1、TET2、TET3、若しくはTDGから選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片;
(ii)ヒストンメチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、DOT1L、PRDM9、PRMT1、PRMT2、PRMT3、PRMT4、PRMT5、NSD1、NSD2、NSD3から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性変異体若しくは断片;
(iii)ヒストンアセチルトランスフェラーゼ又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、p300、CREB-結合タンパク質(CBP)から選択されるタンパク質、又はそのいずれかの機能性断片若しくは変異体;
(iv)転写活性化因子又はその機能性断片若しくは変異体、例えば、VP16、VP64、VP160、若しくはVPRから選択されるタンパク質;
(v)p65又はその機能性断片若しくは変異体;あるいは
(vi)RTA又はその機能性断片若しくは変異体
を含む、請求項1~9のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - 前記ターゲティング部分が、
(i)Cas9分子;
(ii)Znフィンガー分子;あるいは
(iii)TALエフェクター分子
を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - 前記ターゲティング部分が、Znフィンガー分子又はTALエフェクター分子を含む、請求項1~10のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。
- 前記エフェクター部分が、
(i)VPR又はその機能性断片若しくは変異体;
(ii)VP64又はその機能性断片若しくは変異体;
(iii)p65又はその機能性断片若しくは変異体;あるいは
(iv)RTA又はその機能性断片若しくは変異体
を含む、請求項1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - 前記ターゲティング部分が、
(i)2、3、4、5、又は6つのZnフィンガータンパク質を有するZnフィンガー分子を含む;
(ii)FXN遺伝子の転写開始部位から500、490、480、470、460、450、440、430、420、410、400、390、380、370、360、350、340、330、320、310、300、290、280、270、260、250、240、230、220、210、200、190、180、170、160、150、140、130、120、110、100、90、80、70、60、50、40、30、20、10、9、8、7、6、5、4、3、2、若しくは1ヌクレオチド以下上流又は下流の核酸配列に結合する;
(iii)表3のゲノムの座標により描かれる配列から選択される核酸配列に結合する;
(iv)TALエフェクター分子を含み、前記エフェクター部分がVPR又はその機能性断片若しくは変異体を含む;
(v)TALエフェクター分子を含み、前記エフェクター部分が、VP64又はその機能性断片若しくは変異体、p65又はその機能性断片若しくは変異体、あるいはRTA又はその機能性断片若しくは変異体を含む;
(vi)FXN遺伝子TSSの上流に結合するZnフィンガー分子を含む;あるいは
(vii)FXN遺伝子TSSの上流に結合するTALエフェクター分子を含む、
請求項1~11のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - 前記発現制御エレメントが、前記FXN遺伝子と作動可能に連結されたエンハンサー若しくはプロモータ又はその部分を含む、請求項1~14のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。
- 前記ターゲティング部分が、TALエフェクター分子又はZnフィンガー分子(例えば、前記Znフィンガー分子は、FXN遺伝子TSSの上流、例えば、約50~150ヌクレオチド上流、例えば、約100ヌクレオチド上流に結合する)を含む、
請求項1~15のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - (i)前記調節剤が、融合分子を含むか、又は融合分子である;あるいは
(ii)前記調節剤が、配列番号31~34のいずれかから選択されるアミノ酸配列、又はそれと少なくとも80、85、90、95、96、97、98、若しくは99%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、
請求項1~16のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、ナノ粒子、又は組成物。 - 請求項1~3又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤と、前記FXN遺伝子の発現制御配列を有する核酸配列と、を含む複合体。
- 請求項1~6又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を含む細胞。
- 請求項1~3又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤をコードする核酸を含む細胞。
- 請求項1~6又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を含む、前記調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を送達する方法における使用のための組成物であって、ここで、前記方法は、
前記調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子と前記細胞を接触させ、
これにより、前記調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を前記細胞に送達すること
を含む、組成物。 - 請求項1~6又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を含む、フラタキシン(FXN)遺伝子の転写を調節、例えば、増大する方法における使用のための組成物。
- 請求項1~6又は8~17のいずれか1項に記載の調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子を含む、フリードライヒ運動失調症(FRDA)を有する患者を治療する方法における使用のための組成物。
- 前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを、前記調節剤、核酸、組換えRNA、又はナノ粒子の非存在下での血液(例えば、全血)中のFXNレベルに比して、少なくとも10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、120、140、160、180、200、300、若しくは400%増大する、請求項21~23のいずれか1項に記載の組成物。
- 前記方法が、FDRAの少なくとも1つの症状、例えば、以下:運動失調、構音障害、筋力低下、痙性(例えば、下肢痙縮)、脊椎側彎症、膀胱機能障害、反射障害、位置覚及び/若しくは振動感覚の消失、心筋症、又は糖尿病から選択される症状を軽減又は排除する、請求項21~24のいずれか1項に記載の組成物。
- 血液(例えば、全血)中のFXNの前記レベルを少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、若しくは10週間、又は少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、若しくは12ヶ月、又は少なくとも1、2、3、4、若しくは5年にわたって増大する、請求項24又は25に記載の組成物。
- 前記方法が、血液(例えば、全血)中のFXNレベルを少なくとも12、18、24、30、36、42、48、54、60、66、72、78、84、90、又は96時間にわたって増大する、請求項21~26のいずれか1項に記載の組成物。
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