JPWO2020260897A5 - - Google Patents

Description

(配列表)
（化１）

本件出願は、以下の態様の発明を提供する。
（態様1）
(a) 配列番号1の配列;並びに、
(b) (a)の配列の変異体;及び
(c) (a)の配列の免疫原性断片、
から選ばれる配列を含む、単離ポリペプチド。
（態様2）
配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列を含むか、又は該配列からなる、態様1に記載の単離ペプチド。
（態様3）
態様1又は態様2に記載の単離ポリペプチドであって、(i)態様1若しくは態様2に記載の、1以上の他のポリペプチド、(ii)メラノーマ関連抗原である他のポリペプチド、(iii)免疫応答を増強可能なポリペプチド配列(即ち、免疫賦活配列)、及び、(iv)例えばユニバーサルCD4ヘルパーエピトープを含み、抗原エピトープへのCD8＋T細胞応答を増加させる強力なCD4＋補助を提供することのできるポリペプチド配列、から選ばれる第二のポリペプチド又は更なるポリペプチドへ融合されている、前記単離ポリペプチド。
（態様4）
態様1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドをコードする、単離された核酸。
（態様5）
DNAである、態様4に記載の核酸。
（態様6）
配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列を含むか、又は該配列からなる態様5に記載の核酸。
（態様7）
ヒト宿主細胞内での発現のために最適化されたコドンである、態様6に記載の核酸。
（態様8）
RNAである、態様4に記載の核酸。
（態様9）
人工核酸配列である、態様4、5、7又は8に記載の核酸。
（態様10）
態様4～9のいずれか1項に記載の核酸を含む、ベクター。
（態様11）
ヒト宿主細胞において翻訳的に活性なRNA分子の転写を可能にするのに適した調節エレメントをコードするDNAを含む、態様10に記載のベクター。
（態様12）
ウイルスベクターである、態様10又は態様11に記載のベクター。
（態様13）
アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス(AAV)、アルファウイルス、ヘルペスウイルス、アレナウイルス、麻疹ウイルス、ポックスウイルス、パラミクソウイルス、レンチウイルス及びラブドウイルスベクターである、態様12に記載のベクター。
（態様14）
態様1～13のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸又はベクターを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む、免疫原性医薬組成物。
（態様15）
態様1～13のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸又はベクターを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む、ワクチン組成物。
（態様16）
1以上の免疫賦活剤を含む、態様14又は態様15に記載の組成物。
（態様17）
前記免疫賦活剤は、アルミニウム塩、サポニン、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、水中油型エマルジョン、アミノアルキルグルコサミニド4-リン酸、リポ多糖類及びその誘導体及び他のTLR4リガンド、TLR7リガンド、TLR8リガンド、TLR9リガンド、IL-12、並びにインターフェロン、から選ばれる、態様16に記載の組成物。
（態様18）
非経口投与に適した無菌組成物である、態様14～17のいずれか1項に記載の組成物。
（態様19）
医薬で使用するための、態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
（態様20）
ヒトにおける免疫応答を上昇させる方法であって、該ヒトへ態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物を投与することを含む、前記方法。
（態様21）
前記免疫応答は、配列番号1並びにその変異体及び免疫原性断片から選ばれる配列を発現する癌性腫瘍に対して、上昇される、態様20に記載の方法。
（態様22）
ヒトにおける免疫応答の上昇に使用するための、態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
（態様23）
前記免疫応答は、配列番号1及びその免疫原性断片又は変異体から選ばれる対応する配列を発現する癌性腫瘍に対して、上昇される、態様22に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
（態様24）
癌に罹患しているヒト患者を治療する方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現する、前記方法、又は、ヒトを癌の罹患から予防する方法であって、該癌は配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現するであろう、前記方法であって、態様1～18のいずれか1項に記載の、対応するポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物を該ヒトへ投与することを含む、前記方法。
（態様25）
前記癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片から選ばれる対応する配列を発現する、ヒト癌の治療又は予防に使用するための態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
（態様26）
癌に罹患しているヒト由来のT細胞を生体外での刺激及び／又は増幅に使用するための、態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物であって、該刺激及び／又は増幅されたT細胞を、次に、該ヒトの癌を治療するために該ヒトへ再導入するための、前記ポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
（態様27）
ヒトの癌の治療方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現し、該方法は、該ヒトから、任意で抗原提示細胞と共に、少なくともT細胞を含む白血球集団を取り出すこと、該T細胞を、態様1～18のいずれか1項に記載の対応するポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物の存在下で、刺激及び／又は増幅すること、並びに、該白血球の一部又は全てである、少なくとも刺激及び／又は増幅されたT細胞T細胞を、該ヒトへ再導入すること、を含む、前記方法。
（態様28）
前記癌は、メラノーマ、例えば、皮膚メラノーマである、態様21及び23～27のいずれか1項に記載の方法、又は、使用のためのポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物。
（態様29）
配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現する癌細胞に対して細胞傷害性であるT細胞集団を調製するためのプロセスであって、(a)T細胞を、任意で抗原提示細胞と共に、癌患者から得ること、並びに、(ii)生体外で該T細胞集団を、態様1～18のいずれか1項に記載の対応するポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物で刺激及び増幅すること、を含む、前記プロセス。
（態様30）
態様29に記載のプロセスから得ることのできる、T細胞集団。
（態様31）
態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物で刺激された、T細胞。
（態様32）
態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物を生体外でロードして改変された、又は態様1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドを発現するように遺伝子操作された、抗原提示細胞。
（態様33）
樹状細胞である、態様32の抗原提示細胞。
（態様34）
態様1～18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物をロードした細胞から産生されたポリペプチドでロードされた、又は態様1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドを発現するように遺伝子操作された、エクソソーム。
（態様35）
態様30～34のいずれか1項に記載のT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞又はエクソソームを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む、医薬組成物。
（態様36）
医薬で使用するための、態様30～34のいずれか1項に記載のT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞又はエクソソーム。
（態様37）
癌に罹患しているヒトを治療するための方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現する、前記方法、又は、ヒトを癌の罹患から予防する方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現するであろう、前記方法であって、態様30～35のいずれか1項に記載のT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム又は組成物を該ヒトへ投与することを含む、前記方法。
（態様38）
前記癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片から選ばれる対応する配列を発現する、ヒト癌の治療又は予防に使用するための態様30～35のいずれか1項に記載のT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム又は組成物。
（態様39）
前記癌は、メラノーマ、例えば、皮膚メラノーマである、態様29、37及び38のいずれか1項に記載の、プロセス、方法、又は、使用のためのT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム若しくは組成物。
（態様40）
態様1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドに対して免疫特異的である、単離された抗原結合ポリペプチド。
（態様41）
モノクローナル抗体又はその断片である、態様40に記載の抗原結合ポリペプチド。
（態様42）
細胞傷害性成分と結合している、態様40又は態様41に記載の抗原結合ポリペプチド。
（態様43）
医薬で使用するための、態様40～42のいずれか1項に記載の抗原結合ポリペプチド。
（態様44）
態様40～42のいずれか1項に記載の抗原結合ポリペプチドを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む医薬組成物。
（態様45）
癌に罹患しているヒトを治療する方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現する、前記方法、又は、ヒトを癌の罹患から予防する方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現するであろう、前記方法であって、態様40～42及び44のいずれか1項に記載の抗原結合ポリペプチド又は組成物を該ヒトへ投与することを含む、前記方法。
（態様46）
前記癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片から選ばれる対応する配列を発現する、ヒト癌の治療又は予防に使用するための態様40～42及び44のいずれか1項に記載の抗原結合ポリペプチド又は組成物。
（態様47）
前記癌は、メラノーマ、例えば、皮膚メラノーマである、態様45又は態様46に記載の方法、抗原結合ポリペプチド若しくは組成物。
（態様48）
態様1～3のいずれか1項に記載のポリペプチド又はその一部であるHLA結合ポリペプチドに免疫特異的な、単離された抗原結合ポリペプチド。
（態様49）
T細胞受容体又はその断片である、態様48に記載の抗原結合ポリペプチド。
（態様50）
対象内の細胞傷害性細胞又は他の免疫コンポーネントへ結合可能な別のポリペプチドへ結合される、態様48又は態様49に記載の抗原結合ポリペプチド。
（態様51）
その表面上に、態様48～50のいずれか1項に記載の抗原結合ポリペプチドを発現するように操作された、細胞傷害性細胞。
（態様52）
T細胞である、態様51に記載の細胞傷害性細胞。
（態様53）
医薬で使用するための、態様51又は態様52に記載の細胞傷害性細胞。
（態様54）
態様51又は態様52に記載の細胞を含む、医薬組成物。
（態様55）
癌に罹患しているヒト患者を治療する方法であって、該癌の細胞が配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現する、前記方法、又は、ヒトを癌の罹患から予防する方法であって、該癌は配列番号1並びにその免疫原性断片及び変異体から選ばれる配列を発現するであろう、前記方法であって、態様51又は態様52に記載の細胞を該ヒトへ投与することを含む、前記方法。
（態様56）
前記癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片から選ばれる対応する配列を発現する、ヒト癌の治療又は予防に使用するための態様51又は態様52に記載の細胞傷害性細胞。
（態様57）
ヒトが癌に罹患していることを診断する方法であって:
該癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片若しくは変異体から選ばれるポリペプチド配列、又は該ポリペプチド配列をコードする核酸を発現するかどうかを決定するステップ、並びに、
該ポリペプチド若しくは対応する核酸が該癌細胞内で過剰発現している場合に、該ヒトが癌に罹患していると診断するステップ、を含む、前記方法。
（態様58）
皮膚メラノーマ又はブドウ膜メラノーマである癌に、ヒトが罹患していることを診断する方法であって:
該癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片若しくは変異体から選ばれるポリペプチド配列、又は該ポリペプチド配列をコードする核酸を発現するかどうかを決定するステップ、並びに、
該ポリペプチド若しくは対応する核酸が該癌細胞内で過剰発現している場合に、該ヒトが皮膚メラノーマ又はブドウ膜メラノーマである癌に罹患していると診断するステップ、を含む、前記方法。
（態様59）
癌に罹患しているヒトを治療する方法であって:
(a)該癌の細胞が配列番号1及びその免疫原性断片若しくは変異体から選ばれるポリペプチド配列、又は該ポリペプチドをコードする核酸(例えば、配列番号3及び4の配列から選ばれる)を発現するかどうかを決定するステップ;並びに、もし発現するならば、
(b)該ヒトへ、態様1～18、30～35、40～42、44、50、51及び53のいずれか1項に記載の、対応するポリペプチド、核酸、ベクター、組成物、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド又は細胞傷害性細胞を投与するステップ、
を含む、前記方法。
（態様60）
癌に罹患しているヒトの腫瘍から単離された、
(a) 配列番号1の配列;若しくは
(b) (a)の配列の変異体;及び、
(c) (a)の配列の免疫原性断片、
から選ばれる配列を含むポリペプチドの使用、又は該ポリペプチドをコードする核酸の使用であって、該ヒトが、態様1～18、30～35、40～42、44、51、52及び54のいずれか1項に記載の、対応するポリペプチド、核酸、ベクター、組成物、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド又は細胞傷害性細胞を含むワクチンによる治療に適しているであろうかどうかを決定するためのバイオマーカーとしての、前記使用。
（態様61）
前記癌は、メラノーマ、例えば、皮膚メラノーマである、態様59又は態様60に記載の方法又は使用。
（態様62）
前記ポリペプチドは、
(a) 配列番号1の配列;並びに、
(b) (a)の配列の変異体;及び
(c) (a)の配列の免疫原性断片、から選ばれる配列を含み、例えば、該ポリペプチドは、配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列を含むか、若しくは該配列からなり、例えば、前記核酸は、配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列を含むか、若しくは該配列からなり;並びに
前記癌はブドウ膜メラノーマである、態様21及び23～27のいずれか1項に記載の方法、又は、使用のためのポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物。
（態様63）
前記ポリペプチドは、
(a) 配列番号1の配列;並びに、
(b) (a)の配列の変異体;及び
(c) (a)の配列の免疫原性断片、から選ばれる配列を含み、例えば、該ポリペプチドは、配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列を含むか、若しくは該配列からなり、例えば、前記核酸は、配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列を含むか、若しくは該配列からなり;並びに
前記癌はブドウ膜メラノーマである、態様45に記載の方法、又は態様46に記載の使用のための抗原結合ポリペプチド若しくは組成物。
（態様64）
前記ポリペプチドは、
(a) 配列番号1の配列;並びに、
(b) (a)の配列の変異体;及び
(c) (a)の配列の免疫原性断片、から選ばれる配列を含み、例えば、該ポリペプチドは、配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列を含むか、若しくは該配列からなり、例えば、前記核酸は、配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列を含むか、若しくは該配列からなり;並びに
前記癌は、ブドウ膜メラノーマである、態様29、37及び38のいずれか1項に記載の、プロセス、方法、又は、使用のためのT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム若しくは組成物。
（態様65）
前記ポリペプチドは、
(a) 配列番号1の配列;並びに、
(b) (a)の配列の変異体;及び
(c) (a)の配列の免疫原性断片、から選ばれる配列を含み、例えば、該ポリペプチドは、配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列を含むか、若しくは該配列からなり、例えば、前記核酸は、配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列を含むか、若しくは該配列からなり;並びに
前記癌は、ブドウ膜メラノーマである、態様59又は態様60に記載の方法又は使用。

Claims (24)

1. 単離ポリペプチドであって、
   (A)(a)配列番号1の配列;及び
   (b)配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体;から選択される配列を含む;又は
   (B)配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列からなる、前記単離ポリペプチド。
2. 配列番号1の配列を含む、請求項1に記載の単離ポリペプチド。
3. 請求項1又は請求項2に記載の単離ポリペプチドであって、(i)(a)配列番号1の配列;及び(b)配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体;及び(c)配列番号1の少なくとも9個の連続アミノ酸を含む、配列番号1の配列の免疫原性断片;から選択される配列を含む、1以上の他のポリペプチド、(ii)メラノーマ関連抗原である他のポリペプチド、(iii)免疫応答を増強可能なポリペプチド配列(即ち、免疫賦活配列)、及び(iv)例えばユニバーサルCD4ヘルパーエピトープを含み、抗原エピトープへのCD8＋T細胞応答を増加させる強力なCD4＋補助を提供することのできるポリペプチド配列、から選択される第二のポリペプチド又は更なるポリペプチドへ融合されている、前記単離ポリペプチド。
4. 請求項1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドをコードする、単離された核酸。
5. 請求項4に記載の核酸を含む、ベクター。
6. 請求項1～5のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸又はベクターを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む、免疫原性医薬組成物又はワクチン組成物であって、任意に、1以上の免疫賦活剤を含む、前記免疫原性医薬組成物又はワクチン組成物。
7. ヒトにおける免疫応答の上昇に使用するための、請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物であって、好ましくは、該免疫応答は、配列番号1、及び配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体、及び配列番号1の少なくとも9個の連続アミノ酸を含む、配列番号1の配列の免疫原性断片から選択される対応する配列を発現する癌性腫瘍に対して上昇される、前記ポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
8. 癌に罹患しているヒト由来のT細胞を生体外での刺激及び／又は増幅に使用するための、該刺激及び／又は増幅されたT細胞を、次に、該ヒトの癌を治療するために該ヒトへ再導入するための、請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物。
9. 配列番号1、及び配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体、及び配列番号1の少なくとも9個の連続アミノ酸を含む、配列番号1の配列の免疫原性断片から選択される配列を発現する癌細胞に対して細胞傷害性であるT細胞集団を調製するためのプロセスであって、(a)T細胞を、任意で抗原提示細胞と共に、癌患者から得ること、及び(ii)生体外で該T細胞集団を、請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物で刺激及び増幅すること、を含む、前記プロセス。
10. 請求項9に記載のプロセスにより得ることのできる、T細胞集団。
11. 請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター又は組成物で刺激された、T細胞。
12. 請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物を生体外でロードして改変された、又は請求項1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドを発現するように遺伝子操作された、抗原提示細胞であって、好ましくは、該抗原提示細胞は、樹状細胞である、前記抗原提示細胞。
13. 請求項1～6のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター若しくは組成物をロードした細胞から産生されたポリペプチドでロードされた、又は請求項1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドを発現するように遺伝子操作された、エクソソーム。
14. 請求項1～3のいずれか1項に記載のポリペプチドに対して免疫特異的である、単離された抗原結合ポリペプチド。
15. 請求項10～14のいずれか一項記載のT細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、又は抗原結合ポリペプチドを、医薬として許容し得るキャリアと共に含む、医薬組成物。
16. 請求項1～3のいずれか1項に記載のポリペプチド又はその一部であるHLA結合ポリペプチドに免疫特異的な、単離された抗原結合ポリペプチド。
17. T細胞受容体又はその断片である、請求項16に記載の抗原結合ポリペプチド。
18. その表面上に、請求項16又は17に記載の抗原結合ポリペプチドを発現するように操作された、細胞傷害性細胞であって、例えば、該細胞傷害性細胞は、T細胞である、前記細胞傷害性細胞。
19. 医薬で使用するための、請求項1～6、10～14及び18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド、細胞傷害性細胞、又は組成物。
20. 請求項18に記載の細胞を含む、医薬組成物。
21. ヒトの癌の治療又は予防に使用するための、請求項1～6、10～15及び18のいずれか1項に記載のポリペプチド、核酸、ベクター、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド、細胞傷害性細胞、又は組成物であって、該癌の細胞が、配列番号1、及び配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体、及び配列番号1の少なくとも9個の連続アミノ酸を含む、配列番号1の配列の免疫原性断片から選択される対応する配列を発現する、前記ポリペプチド、核酸、ベクター、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド、細胞傷害性細胞、又は組成物。
22. 癌に罹患しているヒトの腫瘍から単離された、
    (A)(a)配列番号1の配列;及び
    (b)配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体;から選択される配列を含む;又は
    (B)配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列からなる、ポリペプチドの使用、又は該ポリペプチドをコードする核酸の使用であって、該ヒトが、請求項1～6、10～15、18及び20のいずれか1項に記載の対応するポリペプチド、核酸、ベクター、組成物、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド又は細胞傷害性細胞を含むワクチンによる治療に適しているであろうかどうかを決定するためのバイオマーカーとしての、前記使用。
23. 前記癌は、メラノーマ、例えば、皮膚メラノーマである、請求項7～9、21及び22のいずれか1項に記載のプロセス、使用、又は使用のためのポリペプチド、核酸、ベクター、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド、細胞傷害性細胞、もしくは組成物。
24. 前記ポリペプチドは、
    (A)(a)配列番号1の配列;及び
    (b)配列番号1と少なくとも80％同一である、配列番号1の配列の免疫原性変異体;から選択される配列を含む;又は
    (B)配列番号2、配列番号5、及び配列番号6のいずれか1つの配列からなり、例えば、前記核酸は、配列番号3及び4のいずれか1つから選ばれる配列からなり;並びに
    前記癌は、ブドウ膜メラノーマである、請求項7～9、21及び22のいずれか1項に記載のプロセス、使用、又は使用のためのポリペプチド、核酸、ベクター、T細胞集団、T細胞、抗原提示細胞、エクソソーム、抗原結合ポリペプチド、もしくは組成物。