JPWO2020176552A5

JPWO2020176552A5 -

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Publication number: JPWO2020176552A5
Application number: JP2021549698A
Authority: JP
Publication date: 2023-03-07

Description

その他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内にある。
以下に、出願当初の特許請求の範囲に記載された発明を付記する。
［１］ＲＨＯ遺伝子の標的配列に結合する標的ドメインを含む、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）分子。
［２］前記標的化ドメインが、ＲＨＯ遺伝子の標的ドメインに相補的である、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［３］前記標的化ドメインが、ＲＨＯ標的位置の１０ヌクレオチド内で、二本鎖切断及び一本鎖切断から選択される切断事象を提供するように構成される、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［４］前記ＲＨＯ標的位置が前記ＲＨＯ遺伝子の５’領域にある、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［５］前記ＲＨＯ遺伝子の５’領域が、前記ＲＨＯ遺伝子の５’非翻訳（ＵＴＲ）領域、エクソン１、エクソン１／イントロン１境界、エクソン２、及びエクソン２／イントロン１境界からなる群から選択される、［４］に記載のｇＲＮＡ分子。
［６］前記標的化ドメインが、表１～３及び１８のいずれかからの標的化ドメイン配列と同一であるか、又は３ヌクレオチド以下が異なる配列を含む、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［７］前記標的化ドメインが表１～３及び１８のものから選択される、［１］に記載のｇＲＮＡ分子。
［８］前記ｇＲＮＡがモジュラーｇＲＮＡ分子又はキメラｇＲＮＡ分子である、［１］～［７］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
［９］５’から３’方向に、
標的化ドメイン；
第１の相補的ドメイン；
連結ドメイン；
第２の相補的ドメイン；
近位ドメイン；及び
尾部ドメイン
を含む、［１］～［８］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子。
［１０］（ａ）前記ＲＨＯ遺伝子の標的ドメインに相補的な標的化ドメインを含むｇＲＮＡ分子をコード化する配列を含む核酸。
［１１］前記ｇＲＮＡ分子が、［１］～［９］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子である、［１０］に記載の核酸。
［１２］前記標的化ドメインが、ＲＨＯ標的位置の１０ヌクレオチド内で、二本鎖切断及び一本鎖切断から選択される切断事象を提供するように構成される、［１１］に記載の核酸。
［１３］前記標的化ドメインが、表１～３及び１８のいずれかからの標的化ドメイン配列と同一であるか、又は３ヌクレオチド以下が異なる配列を含む、［１１］に記載の核酸。
［１４］前記標的化ドメインが表１～３及び１８のものから選択される、［１１］に記載の核酸。
［１５］前記ｇＲＮＡがモジュラーｇＲＮＡ分子又はキメラ分子である、［１０］～［１４］のいずれか一項に記載の核酸。
［１６］前記核酸が、（ａ）の前記ｇＲＮＡ分子をコード化する配列と作動可能に連結するプロモーターを含む、［１０］～［１５］のいずれか一項に記載の核酸。
［１７］（ａ）の前記ｇＲＮＡ分子をコード化する配列と作動可能に連結する前記プロモーターが、Ｕ６プロモーターである、［１６］に記載の核酸。
［１８］（ｂ）ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する配列をさらに含む、［１０］～［１７］のいずれか一項に記載の核酸。
［１９］前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子が、標的核酸中で二本鎖切断を形成する、［１８］に記載の核酸。
［２０］前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子が、標的核酸中で一本鎖切断を形成する、［１８］に記載の核酸。
［２１］前記一本鎖切断が、前記ｇＲＮＡ分子の前記標的化ドメインがそれに相補的である前記標的核酸の前記鎖中に形成される、［２０］に記載の核酸。
［２２］前記一本鎖切断が、前記ｇＲＮＡの前記標的化ドメインがそれに相補的である前記鎖以外の前記標的核酸の前記鎖中に形成される、［２１］に記載の核酸。
［２３］前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子がＣａｓ９分子である、［１８］に記載の核酸。
［２４］前記Ｃａｓ９分子がニッカーゼ分子を含む、［２３］に記載の核酸。
［２５］前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子がＣｐｆ１分子である、［１８］に記載の核酸。
［２６］前記核酸が、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する前記配列と作動可能に連結するプロモーターを含む、［１８］～［２５］のいずれか一項に記載の核酸。
［２７］（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する前記配列と作動可能に連結する前記プロモーターが、ＲＨＯ、ＣＭＶ、ＥＦＳ、ＧＲＫ１、ＣＲＸ、ＮＲＬ、及びＲＣＶＲＮプロモーターからなる群から選択されるプロモーターを含む、［２６］に記載の核酸。
［２８］（ｃ）ＲＨＯｃＤＮＡ分子をさらに含む、［１０］～［２７］のいずれか一項に記載の核酸。
［２９］前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子が、前記ｇＲＮＡ分子とのハイブリッド形成に耐性があるようにコドン修飾されていない、［２４］に記載の核酸。
［３０］前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子が、前記ＲＨＯ遺伝子のエクソン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、及びエクソン５を含むヌクレオチド配列を含む、［２８］に記載の核酸。
［３１］前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子が、前記ＲＨＯ遺伝子のエクソン１、イントロン１、エクソン２、エクソン３、エクソン４、及びエクソン５を含むヌクレオチド配列を含む、［２８］に記載の核酸。
［３２］イントロン１が、イントロン１の５’末端、イントロン１の３’末端、又はその双方に１つ又は複数のトランケーションを含む、［２８］に記載の核酸。
［３３］前記核酸が、前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子の下流の３’ＵＴＲヌクレオチド配列を含む、［２８］～［３２］のいずれか一項に記載の核酸。
［３４］前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列が、ＲＨＯ遺伝子３’ＵＴＲヌクレオチド配列を含む、［３３］に記載の核酸。
［３５］前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列が、α－グロビン３’ＵＴＲヌクレオチド配列を含む、［３３］に記載の核酸。
［３６］前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列が、β－グロビン３’ＵＴＲヌクレオチド配列を含む、［３３］に記載の核酸。
［３７］前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列が、前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列の５’末端、前記３’ＵＴＲヌクレオチド配列の３’末端、又はその双方に１つ又は複数のトランケーションを含む、［３３］～［３６］のいずれか一項に記載の核酸。
［３８］前記核酸が、（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子と作動可能に連結するプロモーターを含む、［２８］～［３７］のいずれか一項に記載の核酸。
［３９］（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子と作動可能に連結する前記プロモーターが、桿体特異的プロモーターである、［３８］に記載の核酸。
［４０］前記桿体特異的プロモーターが、ヒトＲＨＯプロモーターである、［３９］に記載の核酸。
［４１］前記ヒトＲＨＯプロモーターが、内在性ＲＨＯプロモーターを含む、［４０］に記載の核酸。
［４２］（ｄ）前記ＲＨＯ遺伝子の第２の標的ドメインに相補的な標的化ドメインを有する第２のｇＲＮＡ分子をコード化する配列をさらに含む、［４１］に記載の核酸。
［４３］前記第２のｇＲＮＡの前記標的化ドメインが、ＲＨＯ標的位置の１０ヌクレオチド内で、二本鎖切断及び一本鎖切断から選択される切断事象を提供するように構成される、［４２］に記載の核酸。
［４４］前記第２のｇＲＮＡ分子が、モジュラーｇＲＮＡ分子又はキメラｇＲＮＡ分子である、［４２］又は［４３］に記載の核酸。
［４５］前記第２のｇＲＮＡ分子が、キメラｇＲＮＡ分子である、［４２］～［４４］のいずれか一項に記載の核酸。
［４６］前記第２のｇＲＮＡ分子が、５’から３’方向に、
標的化ドメイン；
第１の相補的ドメイン；
連結ドメイン；
第２の相補的ドメイン；
近位ドメイン；及び
尾部ドメイン
を含む、［４２］～［４５］のいずれか一項に記載の核酸。
［４７］第３のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［４２］～［４６］のいずれか一項に記載の核酸。
［４８］第４のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［４７］に記載の核酸。
［４９］（ａ）及び（ｂ）のそれぞれが同じ核酸分子上に存在する、［１８］～［２７］のいずれか一項に記載の核酸。
［５０］前記核酸分子がＡＡＶベクターである、［４９］に記載の核酸。
［５１］（ａ）が第１の核酸分子上に存在し、（ｂ）が第２の核酸分子上に存在する、［１８］～［２７］のいずれか一項に記載の核酸。
［５２］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［５１］に記載の核酸。
［５３］（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子をさらに含む、［１８］～［２７］のいずれか一項に記載の核酸。
［５４］（ａ）及び（ｃ）のそれぞれが同じ核酸分子上に存在する、［５３］に記載の核酸。
［５５］前記核酸分子がＡＡＶベクターである、［５４］に記載の核酸。
［５６］（ａ）が第１の核酸分子上に存在し、（ｃ）が第２の核酸分子上に存在する、［５３］に記載の核酸。
［５７］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［５６］に記載の核酸。
［５８］（ｂ）［１８］～［２７］のいずれ一か項に記載のＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する配列；及び
（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子
をさらに含む、［１０］～［１７］のいずれか一項に記載の核酸。
［５９］（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）のそれぞれが同じ核酸分子上に存在する、［５８］に記載の核酸。
［６０］前記核酸分子がＡＡＶベクターである、［５９］に記載の核酸。
［６１］（ａ）、（ｂ）、及び（ｃ）の１つが第１の核酸分子上に存在し；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）の第２及び第３のものが第２の核酸分子上に存在する、［５８］に記載の核酸。
［６２］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［６１］に記載の核酸。
［６３］（ａ）が第１の核酸分子上に存在し、（ｂ）及び（ｃ）が第２の核酸分子上に存在する、［５８］に記載の核酸。
［６４］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［６３］に記載の核酸。
［６５］（ｂ）が第１の核酸分子上に存在し、（ａ）及び（ｃ）が第２の核酸分子上に存在する、［５８］に記載の核酸。
［６６］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［６５］に記載の核酸。
［６７］（ｃ）が第１の核酸分子上に存在し、（ｂ）及び（ａ）が第２の核酸分子上に存在する、［５８］に記載の核酸。
［６８］前記第１及び第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［６７］に記載の核酸。
［６９］前記第１の核酸分子がＡＡＶベクター以外であり、前記第２の核酸分子がＡＡＶベクターである、［５１］、［５６］、［６１］、［６３］、［６５］、及び［６７］のいずれか一項に記載の核酸。
［７０］［１］～［１７］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子を含む、組成物。
［７１］［１８］～［２７］のいずれか一項に記載の（ｂ）Ｃａｓ９分子をさらに含む、［７０］に記載の組成物。
［７２］（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子をさらに含む、［７１］に記載の組成物。
［７３］第２のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［７２］に記載の組成物。
［７４］第３のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［７３］に記載の組成物。
［７５］第４のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［７５］に記載の組成物。
［７６］前記細胞を
（ａ）［１］～［１７］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ；
（ｂ）［１８］～［２７］のいずれか一項に記載のＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子；
（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子；及び
任意選択的に、（ｄ）［４２］～［４６］のいずれか一項に記載の第２のｇＲＮＡ分子に接触させるステップを含む、細胞を改変する方法。
［７７］第３のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［７６］に記載の方法。
［７８］第４のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［７７］に記載の方法。
［７９］前記細胞を（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）と接触させるステップを含む、［７６］に記載の方法。
［８０］前記細胞が、ａｄＲＰに罹患している対象に由来する、［７６］～［７９］のいずれか一項に記載の方法。
［８１］前記細胞が、前記ＲＨＯ遺伝子に変異を有する対象に由来する、［７６］～［８０］のいずれか一項に記載の方法。
［８２］前記細胞が網膜細胞である、［７６］～［８１］のいずれか一項に記載の方法。
［８３］前記網膜細胞が桿体光受容体である、［８２］に記載の方法。
［８４］前記細胞が、胚性幹細胞、誘導万能性幹細胞、造血幹細胞、神経細胞幹細胞又は間葉系幹細胞である、［７６］～［８３］のいずれか一項に記載の方法。
［８５］前記接触が生体外で実施される、［７６］～［８３］のいずれか一項に記載の方法。
［８６］前記接触した細胞を前記対象の体内に戻す、［８４］に記載の方法。
［８７］前記接触が生体内で実施される、［７６］～［８３］のいずれか一項に記載の方法。
［８８］前記細胞中の前記ＲＨＯ遺伝子における前記変異の存在についての知識を得るステップを含む、［８０］～［８７］のいずれか一項に記載の方法。
［８９］前記ＲＨＯ遺伝子の一部を配列決定することによって、前記細胞中の前記ＲＨＯ遺伝子における前記変異の存在についての知識を得るステップを含む、［８８］に記載の方法。
［９０］ＲＨＯ標的位置を変更して前記ＲＨＯ遺伝子の機能をノックアウトするステップを含む、［７６］～［８９］のいずれか一項に記載の方法。
［９１］接触させるステップが、前記細胞を（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）の少なくとも１つをコード化する核酸に接触させるステップを含む、［７６］～［９０］のいずれか一項に記載の方法。
［９２］接触させるステップが、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子と、（ａ）及び（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）をコード化する核酸とを前記細胞に送達するステップを含む、［７６］～［９０］のいずれか一項に記載の方法。
［９３］接触させるステップが、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子、（ａ）の前記ｇＲＮＡ分子、及び（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子を前記細胞に送達するステップを含む、［７６］～［９０］のいずれか一項に記載の方法。
［９４］接触させるステップが、（ａ）の前記ｇＲＮＡ分子と、（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子と、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する核酸とを前記細胞に送達するステップを含む、［７６］～［９０］のいずれか一項に記載の方法。
［９５］対象（又は前記対象の細胞）を
（ａ）［１］～［１７］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ；
（ｂ）［１８］～［２７］のいずれか一項に記載のＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子；
（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子；及び
任意選択的に、（ｄ）［４２］～［４６］のいずれか一項に記載の第２のｇＲＮＡと接触させる方法。
［９６］第３のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［９５］に記載の方法。
［９７］第４のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［９６］に記載の方法。
［９８］前記対象を（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）と接触させるステップをさらに含む、［９７］に記載の方法。
［９９］前記対象がａｄＲＰに罹患している、［９５］～［９８］のいずれか一項に記載の方法。
［１００］前記対象が前記ＲＨＯ遺伝子に変異を有する、［９５］～［９９］のいずれか一項に記載の方法。
［１０１］前記対象中の前記ＲＨＯ遺伝子における前記変異の存在についての知識を得るステップを含む、［９５］～［１００］のいずれか一項に記載の方法。
［１０２］前記ＲＨＯ遺伝子の一部を配列決定することによって、前記対象中の前記ＲＨＯ遺伝子における前記変異の存在についての知識を得るステップを含む、［１０１］に記載の方法。
［１０３］ＲＨＯ標的位置を変更して前記ＲＨＯ遺伝子の機能をノックアウトするステップを含む、［９５］～［１０２］のいずれか一項に記載の方法。
［１０４］前記対象の細胞が、生体外で、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）に接触される、［９５］～［１０３］のいずれか一項に記載の方法。
［１０５］前記細胞を前記対象の体内に戻す、［１０４］に記載の方法。
［１０６］前記治療が、細胞を前記対象の身体に導入するステップを含み、前記細胞対象が、生体外で、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）に接触される、［９５］～［１０５］のいずれか一項に記載の方法。
［１０７］前記接触させるステップが生体内で実施される、［９５］～［１０６］のいずれか一項に記載の方法。
［１０８］前記接触させるステップが静脈内送達を含む、［１０７］に記載の方法。
［１０９］接触させるステップが、前記対象を（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）の少なくとも１つをコード化する核酸に接触させるステップを含む、［９５］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１０］接触させるステップが、前記対象を［１０］～［６９］のいずれか一項に記載の核酸に接触させるステップを含む、［９５］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１１］接触させるステップが、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子と、（ａ）及び（ｃ）、及び任意選択的に（ｄ）をコード化する（encodes and）核酸とを前記対象に送達するステップを含む、［９５］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１２］接触させるステップが、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子、（ａ）の前記ｇＲＮＡ、及び（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子、及び任意選択的に（ｄ）の前記第２のｇＲＮＡを前記対象に送達するステップを含む、［９５］～［１０８］のいずれかに記載の方法。
［１１３］接触させるステップが、（ａ）の前記ｇＲＮＡと、（ｃ）の前記ＲＨＯｃＤＮＡ分子と、（ｂ）の前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する核酸とを前記対象に送達するステップを含む、［９５］～［１０８］のいずれか一項に記載の方法。
［１１４］本明細書に記載のｇＲＮＡ、核酸、又は組成物、及びａｄＲＰを有する対象からの、又は前記ＲＨＯ遺伝子に変異を有する対象からの細胞を含む、反応混合物。
［１１５］（ａ）［１］～［１７］のいずれか一項に記載のｇＲＮＡ分子、又は前記ｇＲＮＡをコード化する核酸、及び
（ｂ）［１８］～［２７］のいずれか一項に記載のＣａｓ９分子；
（ｃ）［２８］～［４１］のいずれか一項に記載のＲＨＯｃＤＮＡ分子；
任意選択的に、（ｄ）［４２］～［４６］のいずれか一項に記載の第２のｇＲＮＡ分子；及び
（ｅ）（ｂ）及び（ｃ）の１つ又は複数をコード化する核酸の１つ又は複数を含むキット。
［１１６］（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、及び（ｄ）の１つ又は複数をコード化する核酸を含む、［１１５］に記載のキット。
［１１７］前記ＲＨＯ遺伝子のＲＨＯ標的位置を標的化する第３のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［１１６］に記載のキット。
［１１８］前記ＲＨＯ遺伝子のＲＨＯ標的位置を標的化する第４のｇＲＮＡ分子をさらに含む、［１１７］に記載のキット。

Claims

ロドプシン（ＲＨＯ）遺伝子の第１の標的ドメインに相補的な第１の標的化ドメインを含む第１のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）分子。
前記第１の標的化ドメインが、配列番号１００～５０２からなる群から選択される配列番号で示す配列と同一であるか、又は３ヌクレオチド以下が異なる配列を含む、請求項１に記載の第１のｇＲＮＡ分子。
前記第１のｇＲＮＡ分子が、モジュラーｇＲＮＡ分子又はキメラｇＲＮＡ分子である、請求項１又は２に記載の第１のｇＲＮＡ分子。
（ａ）請求項１～３のいずれか一項に記載の第１のｇＲＮＡ分子をコード化する配列、を含む核酸。
（ｂ）ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子をコード化する配列をさらに含む、請求項４に記載の核酸。
前記ＲＮＡ誘導ヌクレアーゼ分子がＣａｓ９分子である、請求項５に記載の核酸。
（ｃ）ＲＨＯｃＤＮＡ分子をさらに含む、請求項４～６のいずれか一項に記載の核酸。
（ｄ）前記ＲＨＯ遺伝子の第２の標的ドメインに相補的な第２の標的化ドメインを含む第２のｇＲＮＡ分子をコード化する配列をさらに含む、請求項７に記載の核酸。
前記第２の標的化ドメインが、配列番号１００～５０２からなる群から選択される配列番号で示す配列と同一であるか、又は３ヌクレオチド以下が異なる配列を含む、請求項８に記載の核酸。
前記第２のｇＲＮＡ分子が、モジュラーｇＲＮＡ分子又はキメラｇＲＮＡ分子である、請求項８又は９に記載の核酸。
（ｂ）が第一の核酸分子上に存在し、（ａ）及び（ｃ）が第二の核酸分子上に存在し、任意選択的に、（ｄ）が第二の核酸分子上に存在する、請求項８～１０のいずれか一項に記載の核酸。
前記第一及び第二の核酸分子がＡＡＶベクターである、請求項１１に記載の核酸。
請求項４～１２のいずれか一項に記載の核酸を含む、組成物。
前記細胞を、請求項４～１２のいずれか一項に記載の核酸と接触させるステップを含む、細胞を改変する方法。
前記細胞が網膜細胞である、請求項１４に記載の方法。