JPWO2020168132A5 - - Google Patents

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JPWO2020168132A5
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本開示は以下の実施形態を含む。
実施形態１
ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメイン、ならびに
MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
のアミノ酸位置82および/または166における改変を含むアデノシンデアミナーゼバリアントを含む少なくとも1つの塩基エディタードメインを含む、融合タンパク質。
実施形態２
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがアミノ酸位置82および166における改変を含む、実施形態1に記載の融合タンパク質。
実施形態３
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82Sの改変を含む、実施形態1または2に記載の融合タンパク質。
実施形態４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがT166Rの改変を含む、実施形態1～3のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82SおよびT166Rの改変を含む、実施形態1～4のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、以下の改変：Y147T、Y147R、Q154S、Y123H、およびQ154Rの1つまたは複数をさらに含む、実施形態1～5のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、Y147T+Q154R；Y147T+Q154S；Y147R+Q154S；V82S+Q154S；V82S+Y147R；V82S+Q154R；V82S+Y123H；I76Y+V82S；V82S+Y123H+Y147T；V82S+Y123H+Y147R；V82S+Y123H+Q154R；Y147R+Q154R+Y123H；Y147R+Q154R+I76Y；Y147R+Q154R+T166R；Y123H+Y147R+Q154R+I76Y；V82S+Y123H+Y147R+Q154R；およびI76Y+V82S+Y123H+Y147R+Q154Rからなる群から選択される改変の組合せを含む、実施形態1～6のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、149、150、151、152、153、154、155、156、および157からなる群から選択される残基において始まるC末端の欠失を含む、実施形態1～6のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９
前記塩基エディタードメインがアデノシンデアミナーゼバリアントモノマーを含む、実施形態1～8のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１０
前記塩基エディタードメインが、ABE8.1-m、ABE8.2-m、ABE8.3-m、ABE8.4-m、ABE8.5-m、ABE8.6-m、ABE8.7-m、ABE8.8-m、ABE8.9-m、ABE8.10-m、ABE8.11-m、ABE8.12-m、ABE8.13-m、ABE8.14-m、ABE8.15-m、ABE8.16-m、ABE8.17-m、ABE8.18-m、ABE8.19-m、ABE8.20-m、ABE8.21-m、ABE8.22-m、ABE8.23-m、またはABE8.24-mである、実施形態1～9のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１１
前記塩基エディタードメインが、野生型アデノシンデアミナーゼドメインおよびアデノシンデアミナーゼバリアントを含むアデノシンデアミナーゼヘテロダイマーを含む、実施形態1～8のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１２
前記塩基エディタードメインが、ABE8.1-d、ABE8.2-d、ABE8.3-d、ABE8.4-d、ABE8.5-d、ABE8.6-d、ABE8.7-d、ABE8.8-d、ABE8.9-d、ABE8.10-d、ABE8.11-d、ABE8.12-d、ABE8.13-d、ABE8.14-d、ABE8.15-d、ABE8.16-d、ABE8.17-d、ABE8.18-d、ABE8.19-d、ABE8.20-d、ABE8.21-d、ABE8.22-d、ABE8.23-d、またはABE8.24-dである、実施形態1～8または11のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１３
前記塩基エディタードメインが、TadA7.10ドメインおよびアデノシンデアミナーゼバリアントドメインを含むアデノシンデアミナーゼヘテロダイマーを含む、実施形態1～8のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、TadA * 8.1、TadA * 8.2、TadA * 8.3、TadA * 8.4、TadA * 8.5、TadA * 8.6、TadA * 8.7、TadA * 8.8、TadA * 8.9、TadA * 8.10、TadA * 8.11、TadA * 8.12、TadA * 8.13、TadA * 8.14、TadA * 8.15、TadA * 8.16、TadA * 8.17、TadA * 8.18、TadA * 8.19、TadA * 8.20、TadA * 8.21、TadA * 8.22、TadA * 8.23、またはTadA * 8.24である、実施形態1～13のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、アデノシンデアミナーゼ活性を有する以下の配列またはその断片を含むまたはから本質的になる、実施形態1に記載の融合タンパク質。
MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCTFFRMPRQVFNAQKKAQSSTD
実施形態１６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、全長アデノシンデアミナーゼと比べて1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、6、17、18、19、または20個のN末端アミノ酸残基を欠いている、実施形態1～15のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１７
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、全長アデノシンデアミナーゼと比べて1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、6、17、18、19、または20個のC末端アミノ酸残基を欠いている切詰型アデノシンデアミナーゼである、実施形態1～16のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１８
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、以下の配列：
Figure 2020168132000001
を含み、ここで太字の配列はCas9に由来する配列を示し、斜体の配列はリンカー配列を示し、下線を付した配列は二部分核局在化配列を示す、実施形態1～17のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１９
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147R+Q154R+Y123Hを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２０
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147R+Q154R+I76Yを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２１
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147R+Q154R+T166Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２２
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147T+Q154Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２３
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147T+Q154Sを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY147R+Q154Sを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Q154Sを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y147Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２７
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Q154Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２８
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y123Hを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態２９
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがI76Y+V82Sを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３０
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y123H+Y147Tを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３１
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y123H+Y147Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３２
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y123H+Q154Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３３
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがY123H+Y147R+Q154R+I76Yを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがV82S+Y123H+Y147R+Q154Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントがI76Y+V82S+Y123H+Y147R+Q154Rを含む、実施形態1～18のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３６
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがCas9である、実施形態1～35のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態３７
前記Cas9ポリペプチドが、以下のアミノ酸配列（Cas9参照配列）：
Figure 2020168132000002
（一重下線：HNHドメイン；二重下線：RuvCドメイン；（Cas9参照配列））、またはその対応する領域を含む、実施形態36に記載の融合タンパク質。
実施形態３８
前記Cas9が、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、またはそのバリアントである、実施形態36に記載の融合タンパク質。
実施形態３９
前記Cas9が、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ (PAM)特異性を有するまたは非G PAMに対する特異性を有するSpCas9である、実施形態38に記載の融合タンパク質。
実施形態４０
前記改変されたPAMが、核酸配列5'-NGC-3'に対する特異性を有する、実施形態39に記載の融合タンパク質。
実施形態４１
前記SpCas9が、アミノ酸置換D1135M、S1136Q、G1218K、E1219F、A1322R、D1332A、R1335E、およびT1337R、またはそれらの対応するアミノ酸置換を含む、実施形態39または40に記載の融合タンパク質。
実施形態４２
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがヌクレアーゼ不活性またはニッカーゼバリアントである、実施形態1～41のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４３
前記ニッカーゼバリアントがアミノ酸置換D10Aまたはその対応するアミノ酸置換を含む、実施形態42に記載の融合タンパク質。
実施形態４４
前記塩基エディタードメインがジンクフィンガードメインをさらに含む、実施形態1～43のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、デオキシリボ核酸 (DNA)中のアデニンを脱アミノ化することができる、実施形態1～44のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、Staphylococcus aureus TadA、Bacillus subtilis TadA、Salmonella typhimurium TadA、Shewanella putrefaciens TadA、Haemophilus influenzae F3031 TadA、Caulobacter crescentus （C. crescentus） TadA、もしくはGeobacter sulfurreducens TadA、またはその断片である、実施形態1～45のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４７
前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、天然に存在しないアデノシンデアミナーゼである、実施形態1～45のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４８
前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよび前記アデノシンデアミナーゼバリアントの間のリンカーを含む、実施形態1～47のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態４９
前記リンカーが、アミノ酸配列：SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESを含む、実施形態48に記載の融合タンパク質。
実施形態５０
1つまたは複数の核局在化シグナルを含む、実施形態1～49のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態５１
前記核局在化シグナルが二部分核局在化シグナルである、実施形態50に記載の融合タンパク質。
実施形態５２
前記Cas9が、改変されたSaCas9である、実施形態38に記載の融合タンパク質。
実施形態５３
前記改変されたSaCas9が、アミノ酸置換E781K、N967K、およびR1014H、またはそれらの対応するアミノ酸置換を含む、実施形態51に記載の融合タンパク質。
実施形態５４
前記改変されたSaCas9がアミノ酸配列：
KRNYILGLAIGITSVGYGIIDYETRDVIDAGVRLFKEANVENNEGRRSKRGARRLKRRRRHRIQRVKKLLFDYNLLTDHSELSGINPYEARVKGLSQKLSEEEFSAALLHLAKRRGVHNVNEVEEDTGNELSTKEQISRNSKALEEKYVAELQLERLKKDGEVRGSINRFKTSDYVKEAKQLLKVQKAYHQLDQSFIDTYIDLLETRRTYYEGPGEGSPFGWKDIKEWYEMLMGHCTYFPEELRSVKYAYNADLYNALNDLNNLVITRDENEKLEYYEKFQIIENVFKQKKKPTLKQIAKEILVNEEDIKGYRVTSTGKPEFTNLKVYHDIKDITARKEIIENAELLDQIAKILTIYQSSEDIQEELTNLNSELTQEEIEQISNLKGYTGTHNLSLKAINLILDELWHTNDNQIAIFNRLKLVPKKVDLSQQKEIPTTLVDDFILSPVVKRSFIQSIKVINAIIKKYGLPNDIIIELAREKNSKDAQKMINEMQKRNRQTNERIEEIIRTTGKENAKYLIEKIKLHDMQEGKCLYSLEAIPLEDLLNNPFNYEVDHIIPRSVSFDNSFNNKVLVKQEENSKKGNRTPFQYLSSSDSKISYETFKKHILNLAKGKGRISKTKKEYLLEERDINRFSVQKDFINRNLVDTRYATRGLMNLLRSYFRVNNLDVKVKSINGGFTSFLRRKWKFKKERNKGYKHHAEDALIIANADFIFKEWKKLDKAKKVMENQMFEEKQAESMPEIETEQEYKEIFITPHQIKHIKDFKDYKYSHRVDKKPNRKLINDTLYSTRKDDKGNTLIVNNLNGLYDKDNDKLKKLINKSPEKLLMYHHDPQTYQKLKLIMEQYGDEKNPLYKYYEETGNYLTKYSKKDNGPVIKKIKYYGNKLNAHLDITDDYPNSRNKVVKLSLKPYRFDVYLDNGVYKFVTVKNLDVIKKENYYEVNSKCYEEAKKLKKISNQAEFIASFYKNDLIKINGELYRVIGVNNDLLNRIEVNMIDITYREYLENMNDKRPPHIIKTIASKTQSIKKYSTDILGNLYEVKSKKHPQIIKKG
を含む、実施形態51に記載の融合タンパク質。
実施形態５５
MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
のアミノ酸配列、または前記アミノ酸配列が少なくとも1つの改変を含むそのバリアントを含むアデノシンデアミナーゼバリアントドメイン、
およびCas9またはCas12ポリペプチドであって、前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが前記Cas9または前記Cas12ポリペプチド内に挿入されている、前記Cas9またはCas12ポリペプチド
を含む、融合タンパク質。
実施形態５６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、アミノ酸位置82および/または166における改変を含む、実施形態55に記載の融合タンパク質。
実施形態５７
前記少なくとも1つの改変が、V82S、T166R、Y147T、Y147R、Q154S、Y123H、および/またはQ154Rを含む、実施形態55または56に記載の融合タンパク質。
実施形態５８
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、改変の以下の組合せ：Y147T+Q154R；Y147T+Q154S；Y147R+Q154S；V82S+Q154S；V82S+Y147R；V82S+Q154R；V82S+Y123H；I76Y+V82S；V82S+Y123H+Y147T；V82S+Y123H+Y147R；V82S+Y123H+Q154R；Y147R+Q154R+Y123H；Y147R+Q154R+I76Y；Y147R+Q154R+T166R；Y123H+Y147R+Q154R+I76Y；V82S+Y123H+Y147R+Q154R；およびI76Y+V82S+Y123H+Y147R+Q154R
のうちの1つを含む、実施形態55～57のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態５９
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、TadA * 8.1、TadA * 8.2、TadA * 8.3、TadA * 8.4、TadA * 8.5、TadA * 8.6、TadA * 8.7、TadA * 8.8、TadA * 8.9、TadA * 8.10、TadA * 8.11、TadA * 8.12、TadA * 8.13、TadA * 8.14、TadA * 8.15、TadA * 8.16、TadA * 8.17、TadA * 8.18、TadA * 8.19、TadA * 8.20、TadA * 8.21、TadA * 8.22、TadA * 8.23、またはTadA * 8.24である、実施形態55～58のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６０
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、149、150、151、152、153、154、155、156、および157からなる群から選択される残基において始まるC末端の欠失を含む、実施形態55～59のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６１
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、TadA * 8アデノシンデアミナーゼバリアントドメインを含むアデノシンデアミナーゼモノマーである、実施形態55～60のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６２
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、野生型アデノシンデアミナーゼドメインおよびTadA * 8アデノシンデアミナーゼバリアントドメインを含むアデノシンデアミナーゼヘテロダイマーである、実施形態55～60のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６３
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、TadAドメインおよびTadA * 8アデノシンデアミナーゼバリアントドメインを含むアデノシンデアミナーゼヘテロダイマーである、実施形態55～61のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、前記Cas9またはCas12ポリペプチドの柔軟なループ、アルファヘリックス領域、非構造化部分、または溶媒接近可能部分内に挿入されている、実施形態55～63のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６５
前記柔軟なループが、前記Cas9またはCas12ポリペプチドのアルファヘリックス構造の部分を含む、実施形態64に記載の融合タンパク質。
実施形態６６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、前記Cas9ポリペプチドのN末端断片およびC末端断片によって隣接される、実施形態55～65のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６７
構造：
NH 2 -[Cas9のN末端断片]-[アデノシンデアミナーゼバリアント]-[Cas9のC末端断片]-COOH
を含み、ここで「]-[」の各記載は任意のリンカーである、
実施形態65に記載の融合タンパク質。
実施形態６８
前記Cas9またはCas12ポリペプチドの前記N末端断片または前記C末端断片が標的ポリヌクレオチド配列に結合する、実施形態66または67のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態６９
前記N末端断片のC末端または前記C末端断片のN末端が、前記Cas9または前記Cas12ポリペプチドの柔軟なループの部分を含む、実施形態66～68のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７０
前記柔軟なループが、前記融合タンパク質が標的核酸塩基を脱アミノ化するときに前記標的核酸塩基に近接するアミノ酸を含む、実施形態69に記載の融合タンパク質。
実施形態７１
前記標的核酸塩基が、前記標的ポリヌクレオチド配列中のプロトスペーサー隣接モチーフ (PAM)配列から1～20個の核酸塩基だけ離れている、実施形態68～70のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７２
前記標的核酸塩基が、2～12個の核酸塩基だけ前記PAM配列の上流にある、実施形態68～71のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７３
前記N末端断片もしくは前記C末端断片がRuvCドメインを含み、
前記N末端断片もしくは前記C末端断片がHNHドメインを含み、
前記N末端断片も前記C末端断片もHNHドメインを含まず、または
前記N末端断片も前記C末端断片もRuvCドメインを含まない、
実施形態66～72のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７４
前記Cas9またはCas12ポリペプチドが、1つまたは複数の構造ドメイン中の部分的または完全な欠失を含み、前記アデノシンデアミナーゼが、前記Cas9またはCas12ポリペプチドの前記部分的または完全な欠失の位置において挿入されている、実施形態66～73のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７５
前記欠失がRuvCドメイン内にあり、
前記欠失がHNHドメイン内にあり、または
前記欠失がRuvCドメインおよびC末端ドメインを架橋する、
実施形態74に記載の融合タンパク質。
実施形態７６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインがCas12ポリペプチド中に挿入されている、実施形態55～75のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態７７
前記Cas9ポリペプチドが、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、またはそのバリアントである、実施形態76に記載の融合タンパク質。
実施形態７８
前記Cas9が、以下のアミノ酸配列（Cas9参照配列）：
Figure 2020168132000003
（一重下線：HNHドメイン；二重下線：RuvCドメイン；（「Cas9参照配列」））、またはその対応する領域を含む、実施形態76または77に記載の融合タンパク質。
実施形態７９
前記Cas9ポリペプチドが、前記Cas9ポリペプチド参照配列における番号付けでアミノ酸1017～1069もしくはその対応するアミノ酸の欠失を含み、
前記Cas9ポリペプチドが、前記Cas9ポリペプチド参照配列における番号付けでアミノ酸792～872もしくはその対応するアミノ酸の欠失を含み、または
前記Cas9ポリペプチドが、前記Cas9ポリペプチド参照配列における番号付けでアミノ酸792～906もしくはその対応するアミノ酸の欠失を含む、
実施形態78に記載の融合タンパク質。
実施形態８０
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、Cas9ポリペプチドの柔軟なループ内に挿入されている、実施形態76～79のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８１
前記柔軟なループが、前記Cas9参照配列における番号付けで位置530～537、569～579、686～691、768～793、943～947、1002～1040、1052～1077、1232～1248、および1298～1300、またはそれらの対応するアミノ酸位置におけるアミノ酸残基からなる群から選択される領域を含む、実施形態80に記載の融合タンパク質。
実施形態８２
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、前記Cas9参照配列における番号付けでアミノ酸位置768～769、791～792、792～793、1015～1016、1022～1023、1026～1027、1029～1030、1040～1041、1052～1053、1054～1055、1067～1068、1068～1069、1247～1248、もしくは1248～1249、またはその対応するアミノ酸位置の間に挿入されている、実施形態78～81のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８３
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、前記Cas9参照配列における番号付けでアミノ酸位置768～769、792～793、1022～1023、1026～1027、1040～1041、1068～1069、もしくは1247～1248またはその対応するアミノ酸位置の間に挿入されている、実施形態78～82のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８４
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、前記Cas9参照配列における番号付けでアミノ酸位置1016～1017、1023～1024、1029～1030、1040～1041、1069～1070、もしくは1247～1248またはその対応するアミノ酸位置の間に挿入されている、実施形態78～83のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、表10Aにおいて特定される遺伝子座において前記Cas9ポリペプチド内に挿入されている、実施形態76～84のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８６
前記N末端断片が、前記Cas9参照配列のアミノ酸残基1～529、538～568、580～685、692～942、948～1001、1026～1051、1078～1231、および/もしくは1248～1297、またはその対応する残基を含む、実施形態78～85のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８７
前記C末端断片が、前記Cas9参照配列のアミノ酸残基1301～1368、1248～1297、1078～1231、1026～1051、948～1001、692～942、580～685、および/もしくは538～568、またはその対応する残基を含む、実施形態78～86のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８８
前記Cas9ポリペプチドがニッカーゼであり、または前記Cas9ポリペプチドがヌクレアーゼ不活性である、実施形態78～87のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態８９
前記Cas9ポリペプチドが改変されたSpCas9ポリペプチドであり、改変されたPAMに対する特異性または非G PAMに対する特異性を有する、実施形態78～88のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９０
前記改変されたSpCas9ポリペプチドが、アミノ酸置換D1135M、S1136Q、G1218K、E1219F、A1322R、D1332A、R1335E、およびT1337R （SpCas9-MQKFRAER）を含み、前記改変されたPAM 5'-NGC-3'に対する特異性を有する、実施形態89のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９１
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインがCas12ポリペプチド中に挿入されている、実施形態55～75のいずれか一項に記載の方法。
実施形態９２
前記Cas12ポリペプチドが、Cas12a、Cas12b、Cas12c、Cas12d、Cas12e、Cas12g、Cas12h、またはCas12iである、実施形態91に記載の融合タンパク質。
実施形態９３
前記Cas12ポリペプチドが、Bacillus hisashii Cas12b、Bacillus thermoamylovorans Cas12b、Bacillus sp. V3-13 Cas12b、またはAlicyclobacillus acidiphilus Cas12bに対して少なくとも約85%のアミノ酸配列同一性を有する、実施形態91～92のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９４
前記Cas12ポリペプチドが、Bacillus hisashii Cas12b、Bacillus thermoamylovorans Cas12b、Bacillus sp. V3-13 Cas12b、またはAlicyclobacillus acidiphilus Cas12bの断片を含むまたはから本質的になる、実施形態91～93のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９５
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、アミノ酸位置：
a） BhCas12bの153～154、255～256、306～307、980～981、1019～1020、534～535、604～605、もしくは344～345、もしくはCas12a、Cas12c、Cas12d、Cas12e、Cas12g、Cas12h、もしくはCas12iの対応するアミノ酸残基、
b） BvCas12bの147および148、248および249、299および300、991および992、もしくは1031および1032、もしくはCas12a、Cas12c、Cas12d、Cas12e、Cas12g、Cas12h、もしくはCas12iの対応するアミノ酸残基、または
c） AaCas12bの157および158、258および259、310および311、1008および1009、もしくは1044および1045、もしくはCas12a、Cas12c、Cas12d、Cas12e、Cas12g、Cas12h、もしくはCas12iの対応するアミノ酸残基
の間に挿入されている、実施形態91～94のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９６
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、表10Bにおいて特定される遺伝子座において挿入されている、実施形態91～95のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９７
前記Cas12ポリペプチドがCas12bである、実施形態91～96のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９８
前記Cas12ポリペプチドが、BhCas12bドメイン、BvCas12bドメイン、またはAACas12bドメインを含む、実施形態91～97のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態９９
前記Cas12bポリペプチドが、RuvCドメインの触媒活性をサイレンシングする突然変異を含む、実施形態97～98のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１００
前記Cas12bポリペプチドが、D574A、D829Aおよび/またはD952A突然変異を含む、実施形態99に記載の融合タンパク質。
実施形態１０１
前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが、Staphylococcus aureus TadA、Bacillus subtilis TadA、Salmonella typhimurium TadA、Shewanella putrefaciens TadA、Haemophilus influenzae F3031 TadA、Caulobacter crescentus （C. crescentus） TadA、もしくはGeobacter sulfurreducens TadA、またはそのバリアントもしくは断片を含む、実施形態1～100のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１０２
前記アデノシンデアミナーゼが、天然に存在しないアデノシンデアミナーゼである、実施形態1～100のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１０３
シチジンデアミナーゼをさらに含む、実施形態1～102のいずれかに記載の融合タンパク質。
実施形態１０４
構造：
NH 2 -[TadA * 8]-[Cas9]-[シチジンデアミナーゼ]-COOH、または
NH 2 -[シチジンデアミナーゼ]-[Cas9]-[TadA * 8]-COOH
を含み、ここで「]-[」の各記載は任意のリンカーである、融合タンパク質。
実施形態１０５
構造：
NH 2 -[Cas9 (TadA * 8)]-[シチジンデアミナーゼ]-COOH、
NH 2 -[シチジンデアミナーゼ]-[Cas9 (TadA * 8)]-COOH、
NH 2 -[Cas9（シチジンデアミナーゼ）]-[TadA * 8]-COOH、または
NH 2 -[TadA * 8]-[Cas9（シチジンデアミナーゼ）]-COOH
を含み、ここで「]-[」の各記載は任意のリンカーである、融合タンパク質。
実施形態１０６
構造：
NH 2 -[Cas12（アデノシンデアミナーゼ）]-[シチジンデアミナーゼ]-COOH、
NH 2 -[シチジンデアミナーゼ]-[Cas12（アデノシンデアミナーゼ）]-COOH、
NH 2 -[Cas12（シチジンデアミナーゼ）]-[アデノシンデアミナーゼ]-COOH、または
NH 2 -[アデノシンデアミナーゼ]-[Cas12（シチジンデアミナーゼ）]-COOH
を含み、ここで「]-[」の各記載は任意のリンカーである、融合タンパク質。
実施形態１０７
標的核酸塩基の脱アミノ化をもたらすための1つまたは複数のガイド核酸配列との複合体中にある、実施形態1～106のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
実施形態１０８
前記標的ポリヌクレオチドとさらに複合体化した、実施形態107に記載の融合タンパク質。
実施形態１０９
実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
実施形態１１０
実施形態109に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
実施形態１１１
哺乳動物発現ベクターである、実施形態110に記載の発現ベクター。
実施形態１１２
アデノ随伴ウイルス (AAV)、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクター、およびヘルペスウイルスベクターからなる群から選択されるウイルスベクターである、実施形態111に記載の発現ベクター。
実施形態１１３
プロモーターを含む、実施形態111～112のいずれか一項に記載の発現ベクター。
実施形態１１４
実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質、実施形態109に記載のポリヌクレオチド、または実施形態111～113のいずれか一項に記載のベクターを含む、細胞。
実施形態１１５
細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、ヒト細胞、または哺乳動物細胞である、実施形態114に記載の細胞。
実施形態１１６
1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドとの複合体中にある実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合ポリペプチドを含む、塩基エディター。
実施形態１１７
実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質、実施形態109に記載のポリヌクレオチド、実施形態111～113のいずれか一項に記載のベクター、実施形態114もしくは115に記載の細胞、または実施形態116に記載の塩基エディター、および薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
実施形態１１８
実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質、実施形態109に記載のポリヌクレオチド、実施形態111～113のいずれか一項に記載のベクター、または実施形態116に記載の塩基エディターを含む、キット。
実施形態１１９
塩基編集方法であって、ポリヌクレオチド配列を、実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質と接触させることを含み、前記融合タンパク質の前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが前記ポリヌクレオチド中の核酸塩基を脱アミノ化し、それにより前記ポリヌクレオチド配列を編集する、方法。
実施形態１２０
前記標的ポリヌクレオチド配列を、前記標的核酸塩基の脱アミノ化をもたらすための1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドと接触させることをさらに含む、実施形態119に記載の方法。
実施形態１２１
標的ポリヌクレオチドを編集する方法であって、前記標的ポリヌクレオチドを実施形態116に記載の塩基エディターと接触させて、前記標的ポリヌクレオチド中でA・TからG・Cへの改変をもたらすことを含む、方法。
実施形態１２２
前記接触させることが、細胞、真核細胞、哺乳動物細胞、またはヒト細胞中でなされる、実施形態120または121に記載の方法。
実施形態１２３
前記細胞がin vivoである、実施形態122に記載の方法。
実施形態１２４
前記細胞がex vivoである、実施形態122に記載の方法。
実施形態１２５
対象において遺伝的欠陥を処置する方法であって、前記対象に実施形態1～108のいずれか一項に記載の融合タンパク質を含むもしくはから本質的になる塩基エディター、または前記塩基エディターをコードするポリヌクレオチドおよび前記対象の標的ヌクレオチド配列中の標的核酸塩基を脱アミノ化するように前記塩基エディターに指示する1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドを投与することを含み、それにより前記遺伝的欠陥を処置する、方法。
実施形態１２６
前記ガイドポリヌクレオチドが、
a) GACCUAGGCGAGGCAGUAGG;
b) CCAGUAUGGACACUGUCCAAA;
c) CAGUAUGGACACUGUCCAAA; および
d) AGUAUGGACACUGUCCAAAG
からなる群から選択される核酸配列を含む、実施形態116、120、121または125のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１２７
前記gRNAが、核酸配列：
GUUUUUGUACUCUCAAGAUUUAAGUAACUGUACAACGAAACUUACACAGUUACUUAAAUCUUGCAGAAGCUACAAAGAUAAGGCUUCAUGCCGAAAUCAACACCCUGUCAUUUUAUGGCAGGGUG
を含む、実施形態116、120、121、125または126のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１２８
前記ガイドRNAが、CRISPR RNA (crRNA)およびトランス活性化crRNA (tracrRNA)を含む、実施形態116、120、121または125～127のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１２９
前記塩基エディター、または前記塩基エディターをコードする前記ポリヌクレオチド、および1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドを前記対象の細胞に送達することを含む、実施形態125～128のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３０
前記対象が哺乳動物またはヒトである、実施形態125～129のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３１
前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記標的核酸塩基を野生型核酸塩基で置き換える、実施形態125～130のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３２
前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記標的核酸塩基を非野生型核酸塩基で置き換え、前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記遺伝学的状態の症状を改善する、実施形態125～130のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３３
前記標的ポリヌクレオチド配列が、前記標的核酸塩基以外の核酸塩基における前記遺伝学的状態に関連する突然変異を含む、実施形態125～130のいずれか一項に記載の方法。
実施形態１３４
ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメイン、ならびに
MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
のアミノ酸位置82および/もしくは166における改変、または
MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
のバリアントにおける位置82および/もしくは166に対応する改変を含むアデノシンデアミナーゼバリアントを含む少なくとも1つの塩基エディタードメインを含む、融合タンパク質。
［他の実施形態］
上記の説明から、種々の用途および条件に適用させるために、本明細書に記述する本発明に変形および修正を加えることができることが明らかであろう。そのような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲の範囲内である。

Claims (34)

  1. ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメイン、ならびに以下の配列：
    MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
    のアミノ酸位置82および／または166における改変を含む少なくとも1つのアデノシンデアミナーゼバリアントを含む、融合タンパク質。
  2. 前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、
    （ｉ）アミノ酸位置82および166における改変；または
    （ｉｉ）V82Sの改変；または
    （ｉｉｉ）T166Rの改変；または
    （ｉｖ）V82SおよびT166Rの改変
    を含む、請求項１に記載の融合タンパク質。
  3. 前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、以下の改変：Y147T、Y147R、Q154S、Y123H、およびQ154Rの1つまたは複数をさらに含む、１または２に記載の融合タンパク質。
  4. 前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、Y147T+Q154R；Y147T+Q154S；Y147R+Q154S；V82S+Q154S；V82S+Y147R；V82S+Q154R；V82S+Y123H；I76Y+V82S；V82S+Y123H+Y147T；V82S+Y123H+Y147R；V82S+Y123H+Q154R；Y147R+Q154R+Y123H；Y147R+Q154R+I76Y；Y147R+Q154R+T166R；Y123H+Y147R+Q154R+I76Y；V82S+Y123H+Y147R+Q154R；およびI76Y+V82S+Y123H+Y147R+Q154Rからなる群から選択される改変の組合せを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  5. 前記塩基エディタードメインがアデノシンデアミナーゼバリアントモノマーを含むか；または
    前記塩基エディタードメインが、ABE8.1-m、ABE8.2-m、ABE8.3-m、ABE8.4-m、ABE8.5-m、ABE8.6-m、ABE8.7-m、ABE8.8-m、ABE8.9-m、ABE8.10-m、ABE8.11-m、ABE8.12-m、ABE8.13-m、ABE8.14-m、ABE8.15-m、ABE8.16-m、ABE8.17-m、ABE8.18-m、ABE8.19-m、ABE8.20-m、ABE8.21-m、ABE8.22-m、ABE8.23-m、またはABE8.24-mである、
    請求項１～４のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  6. 前記塩基エディタードメインが、野生型アデノシンデアミナーゼドメインおよびアデノシンデアミナーゼバリアントを含むアデノシンデアミナーゼヘテロダイマーを含むか；または
    前記塩基エディタードメインが、ABE8.1-d、ABE8.2-d、ABE8.3-d、ABE8.4-d、ABE8.5-d、ABE8.6-d、ABE8.7-d、ABE8.8-d、ABE8.9-d、ABE8.10-d、ABE8.11-d、ABE8.12-d、ABE8.13-d、ABE8.14-d、ABE8.15-d、ABE8.16-d、ABE8.17-d、ABE8.18-d、ABE8.19-d、ABE8.20-d、ABE8.21-d、ABE8.22-d、ABE8.23-d、またはABE8.24-dである、
    請求項１～４のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  7. 前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、TadA*8.1、TadA*8.2、TadA*8.3、TadA*8.4、TadA*8.5、TadA*8.6、TadA*8.7、TadA*8.8、TadA*8.9、TadA*8.10、TadA*8.11、TadA*8.12、TadA*8.13、TadA*8.14、TadA*8.15、TadA*8.16、TadA*8.17、TadA*8.18、TadA*8.19、TadA*8.20、TadA*8.21、TadA*8.22、TadA*8.23、またはTadA*8.24である、請求項１～６のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  8. 前記アデノシンデアミナーゼバリアントが、全長アデノシンデアミナーゼと比べて1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、6、17、18、19、または20個のN末端またはC末端のアミノ酸残基の欠失を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  9. 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、以下の配列：
    Figure 2020168132000004
    を含み、ここで太字の配列はCas9に由来する配列を示し、斜体の配列はリンカー配列を示し、下線を付した配列は二部分核局在化配列を示す、請求項１～８のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  10. 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがCas9ドメインを含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  11. 前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインが、以下のアミノ酸配列：
    Figure 2020168132000005
    （ここでHNHドメインは一重下線で示され、RuvCドメインは二重下線で示されている）、またはその対応する領域を含む、請求項１０に記載の融合タンパク質。
  12. 前記Cas9ドメインが、Staphylococcus aureus Cas9 (SaCas9)、Streptococcus thermophilus 1 Cas9 (St1Cas9)、Streptococcus pyogenes Cas9 (SpCas9)、またはそのバリアントである、請求項１０または１１に記載の融合タンパク質。
  13. （ｉ）前記Cas9ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有するまたは非G PAMに対する特異性を有するSpCas9であるか；または
    （ｉｉ）前記Cas9ドメインが、改変されたプロトスペーサー隣接モチーフ（PAM）特異性を有するまたは非G PAMに対する特異性を有するSpCas9であり、かつ、前記改変されたPAMが、核酸配列5'-NGC-3'に対する特異性を有するか；または
    （ｉｉｉ）前記SpCas9が、アミノ酸置換D1135M、S1136Q、G1218K、E1219F、A1322R、D1332A、R1335E、およびT1337R、またはそれらの対応するアミノ酸置換を含み、かつ改変されたPAM 5'-NGC-3'に対する特異性を有する、
    請求項１０～１２のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  14. （ｉ）前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがヌクレアーゼ不活性バリアントであるか；または
    （ｉｉ）前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがニッカーゼバリアントであるか；または
    （ｉｉｉ）前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインがアミノ酸置換D10Aまたはその対応するアミノ酸置換を含むニッカーゼバリアントである、
    請求項１～１３のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  15. （ｉ）前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよび前記アデノシンデアミナーゼバリアントの間のリンカーを含むか；または
    （ｉｉ）前記ポリヌクレオチドプログラム可能なDNA結合ドメインおよび前記アデノシンデアミナーゼバリアントの間のリンカーを含み、前記リンカーが、アミノ酸配列：SGGSSGGSSGSETPGTSESATPESを含む、
    請求項１～１４のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  16. （ｉ）1つまたは複数の核局在化シグナルを含むか；または
    （ｉｉ）1つまたは複数の核局在化シグナルを含み、前記核局在化シグナルが二部分核局在化シグナルである、
    請求項１～１５のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  17. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質をコードする、ポリヌクレオチド。
  18. 請求項１７に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
  19. 哺乳動物発現ベクターである；
    ウイルスベクターである；
    アデノ随伴ウイルス (AAV)、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、レンチウイルスベクター、センダイウイルスベクター、およびヘルペスウイルスベクターからなる群から選択されるウイルスベクターである；および／または
    プロモーターを含む、
    請求項１８に記載の発現ベクター。
  20. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項１７に記載のポリヌクレオチド、または請求項１８もしくは１９に記載の発現ベクターを含む細胞であって、
    任意で、細菌細胞、植物細胞、昆虫細胞、ヒト細胞、または哺乳動物細胞である、
    細胞。
  21. 1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドとの複合体中にある請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質を含む、塩基エディター。
  22. 請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質、請求項１７に記載のポリヌクレオチド、請求項１８もしくは１９に記載のベクター、請求項２０に記載の細胞、または請求項２１に記載の塩基エディター、および薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
  23. in vitroまたはex vivoの塩基編集方法であって、標的ポリヌクレオチド配列を、請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質と接触させることを含み、前記アデノシンデアミナーゼバリアントドメインが前記標的ポリヌクレオチド中の核酸塩基を脱アミノ化し、それにより前記ポリヌクレオチド配列を編集する、方法。
  24. 標的ポリヌクレオチド配列を編集するin vitroまたはex vivoの方法であって、前記標的ポリヌクレオチド配列を請求項２１に記載の塩基エディターと接触させて、前記標的ポリヌクレオチド配列中でA・TからG・Cへの核酸塩基改変をもたらすことを含む、方法。
  25. 前記標的ポリヌクレオチド配列をさらに、１つまたは複数のガイドポリヌクレオチドと接触させて前記核酸塩基の脱アミノ化をもたらすことを含む、請求項２３または２４に記載の方法。
  26. 前記接触させることが、細胞、真核細胞、哺乳動物細胞、またはヒト細胞中でなされる、請求項２３～２５のいずれか一項に記載の方法。
  27. 対象における遺伝的欠陥の補正用の医薬組成物であって、請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質を含むかもしくはそれから本質的になる塩基エディター、または前記塩基エディターをコードするポリヌクレオチドと、標的ヌクレオチド配列中の標的核酸塩基を脱アミノ化するように前記塩基エディターを誘導する1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドとを含む、医薬組成物。
  28. 前記1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドが、
    a) GACCUAGGCGAGGCAGUAGG；
    b) CCAGUAUGGACACUGUCCAAA；
    c) CAGUAUGGACACUGUCCAAA；
    d) AGUAUGGACACUGUCCAAAG；および
    e) GUUUUUGUACUCUCAAGAUUUAAGUAACUGUACAACGAAACUUACACAGUUACUUAAAUCUUGCAGAAGCUACAAAGAUAAGGCUUCAUGCCGAAAUCAACACCCUGUCAUUUUAUGGCAGGGUG
    からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項２７に記載の医薬組成物。
  29. 前記塩基エディター、または前記塩基エディターをコードする前記ポリヌクレオチド、および1つまたは複数のガイドポリヌクレオチドは細胞に送達される、請求項２７または２８に記載の医薬組成物。
  30. 前記細胞が哺乳動物細胞またはヒト細胞である、請求項２９に記載の医薬組成物。
  31. 前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記標的核酸塩基を野生型核酸塩基で置き換える、請求項２７～３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  32. 前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記標的核酸塩基を非野生型核酸塩基で置き換え、前記標的核酸塩基の前記脱アミノ化が前記遺伝的欠陥に関連する遺伝学的状態の症状を改善する、請求項２７～３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  33. 前記少なくとも1つのアデノシンデアミナーゼバリアントが、以下の配列のアミノ酸位置82においてセリン（S）を含み、以下の配列に対して少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%の同一性を有する、
    MSEVEFSHEYWMRHALTLAKRARDEREVPVGAVLVLNNRVIGEGWNRAIGLHDPTAHAEIMALRQGGLVMQNYRLIDATLYVTFEPCVMCAGAMIHSRIGRVVFGVRNAKTGAAGSLMDVLHYPGMNHRVEITEGILADECAALLCYFFRMPRQVFNAQKKAQSST
    請求項１～１６のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  34. 前記１つまたは複数のガイドポリヌクレオチドが、
    a) GACCUAGGCGAGGCAGUAGG；
    b) CCAGUAUGGACACUGUCCAAA；
    c) CAGUAUGGACACUGUCCAAA；
    d) AGUAUGGACACUGUCCAAAG；および
    e) GUUUUUGUACUCUCAAGAUUUAAGUAACUGUACAACGAAACUUACACAGUUACUUAAAUCUUGCAGAAGCUACAAAGAUAAGGCUUCAUGCCGAAAUCAACACCCUGUCAUUUUAUGGCAGGGUG
    からなる群から選択される核酸配列を含む、請求項２５に記載の方法。
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