JPWO2020145351A1 - 薬物動態関連遺伝子の網羅的配列解析法とそれに使用されるプライマーセット - Google Patents
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Abstract
Description
このように、薬物動態関連遺伝子の多くは複雑なゲノム領域に存在するため、従来のPCRや次世代シークエンサーを用いる方法では高精度かつ網羅的な遺伝子型判定は困難であった。
より具体的には、薬物代謝に関与することが報告されている60種類の薬物代謝酵素、37種類の薬物トランスポーターを含む薬物動態関連100遺伝子をリストアップした。それらの遺伝子の翻訳領域をターゲットとし、特定のゲノム領域のみを増幅可能なマルチプレックスPCR法でターゲット領域を濃縮することにより、100遺伝子の機能に影響する遺伝子多型及び極めて稀な変異 (レアバリアント) を網羅的かつ高精度に検出することができるターゲット・リシークエンス解析パネルを開発することに成功した。以上に基づき、本発明を完成させた。
[1]被験者由来の複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を網羅的に解析する方法であって、
前記複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を相互に区別して増幅するために薬物動態関連遺伝子ごとに設計されたプライマーセットを用い、前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについての増幅反応を複数の反応系に分けて行う第一工程、および
第一工程で得られた遺伝子増幅産物を配列解析する第二工程を含み、
前記プライマーセットはそれぞれ260〜490bpの領域を増幅するように設計されていることを特徴とする方法。
[2]前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについて、複数の領域の増幅反応を行う、[1]に記載の方法。
[3]解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類から選択される25種類以上の遺伝子である、[1]または[2]に記載の方法。
[4]解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類から選択される50種類以上の遺伝子である、[1]または[2]に記載の方法。
[5]解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類全ての遺伝子である、[1]または[2]に記載の方法。
[6]前記複数の反応系は、6〜10の反応系である、[1]〜[5]のいずれかに記載の方法。
[7]表1に記載されたプライマーセットを使用する、[1]〜[6]のいずれかに記載の方法。
[8]被験者由来の複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を網羅的に解析する方法に使用される試薬であって、表2に記載のプライマーセットから選択される複数のプライマーセットを含む試薬。
前記複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を区別して増幅するために薬物動態関連遺伝子ごとに設計されたプライマーセットを用い、前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについての増幅反応を複数の反応系に分けて行う第一工程、および
第一工程で得られた遺伝子増幅産物を配列解析する第二工程を含む。
薬物動態関連遺伝子としては、薬物代謝酵素または薬物トランスポーターをコードする遺伝子が含まれるが、その変異が薬物の副作用に関与する可能性が有る限りにおいて、これらに分類されない遺伝子でもよい。例えば、表1に記載のNUDT1、NUDT15、VKORC1なども薬物動態関連遺伝子に含まれる。薬物動態関連遺伝子は肝臓で発現する遺伝子であることが好ましい。
薬物動態関連遺伝子は25種類以上解析することが好ましく、50種類以上解析することが好ましく、100種類全て解析することがさらに好ましい。
薬物動態関連遺伝子の中では、その変異が薬剤の副作用に関与することが知られているCYP2D6、CYP2C9、CYP2C19、CYP4F2、CYP2B6、DPYD、TPMT、SLCO1B1、UGT1A1、CYP3A5などがあり、少なくともこれらを解析することが好ましい。
第一工程では薬物動態関連遺伝子ごとに設計されたプライマーセットを用い、前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについての増幅反応を複数の反応系に分けて行う。
プライマーセットは複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を区別して増幅するために薬物動態関連遺伝子ごとに設計される。
例えば、A,B,C,D,E,F,G,H,I,Jの10種類の遺伝子を解析する場合、これらA〜Jの10種類の遺伝子に対し、それぞれを特異的に増幅するためのプライマーセット10組を用意する。各遺伝子に対するプライマーセットは、公知の遺伝子配列に基づき、他の遺伝子とは相同性の少ない領域に設定することができる。
増幅する領域はコード領域(エクソン)であることが好ましく、複数の領域を増幅する場合、各エクソンについてそれぞれ増幅することが好ましい。なお、1つのエクソンについて複数領域を増幅してもよい。
CYP1A1とCYP1A2は同じファミリー(CYP1Aファミリー)に属する遺伝子であり、配列が互いに類似している。
これらの配列を比較し、エクソン1に3ヵ所、エクソン2に1ヵ所、エクソン3に1ヵ所、エクソン4に1ヵ所、エクソン5に1ヵ所、エクソン6に2ヵ所、合計9カ所、両者で配列が異なる領域を増幅する。
CYP1A1のプライマーF1(forward primer 1)、R1(reverse primer 1)、およびCYP1A2のプライマーF1、R1はそれぞれCYP1A1、CYP1A2の類似領域(約300bp)を増幅するように設計されているが、前者はCYP1A1のみ、後者はCYP1A2のみにハイブリダイズするように設計されている。
前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについて、増幅反応を行う
増幅反応は複数の反応系に分けて行う。ここで複数の反応系とは、好ましくは、4以上、15以下、より好ましくは6以上、10以下、特に好ましくは8である。
なお、各反応系の反応数は必ずしも同じである必要はない。
例えば、図2に示すように、CYP1A1とCYP1A2が解析対象に含まれる場合は、これらを確実に分けて増幅するために、CYP1A1とCYP1A2で類似する領域を増幅するプライマーセット同士、ここではCYP1A1のF1-R1とCYP1A2のF1-R1は別々の反応系に加え、増幅反応を別々に行う。これにより、類似遺伝子同士を分けて増幅することができるので、配列解析における疑陽性を確実に避けることができる。
例えば、熱変性、アニーリング、増幅のサイクルを20〜30サイクル行う。これらの各ステップの温度はプライマーのTm値や使用する酵素などに応じて適宜設定できる。
第二工程では、第一工程で得られた各薬物動態関連遺伝子の増幅産物について配列解析を行う。
なお、配列解析の前に、配列解析用の配列を付加するために、配列解析用の配列を含むプライマーを用いて増幅してもよい
配列解析の方法は特に制限されないが、次世代シークエンサーなどを用いることが好ましい。
次世代シークエンサーなどを用いて網羅的に解析し、各遺伝子を野生型配列と比較することで変異の有無などを調べることができる。
表1に記載の薬物動態関連100遺伝子における翻訳(コード)領域を特異的に増幅することができる1st PCR用のプライマー (1,102セット) を設計した(表2)。プライマーセットを8つのグループに分け、それぞれのグループでマルチプレックスPCRを実施する。得られたPCR産物に、イルミナ社MiSeqの解析に必要なアダプター配列や多検体識別用のインデックス配列を付加するために2ndPCRを実施し、得られたライブラリーをイルミナ社のMiSeqでシークエンシングする (2 × 250 bp)。
具体的手順は以下の通り。
薬物動態関連100遺伝子の翻訳領域は合計162,216 bpであった。これらの翻訳領域を特異的に増幅するために、260-490 bpのPCR産物が得られるように、15-30 bpのプライマーを設計した。最終的に、1,102セットのプライマー (表2) を8つのグループに分けた後、1st PCRを実施し、159,347 bpの領域を増幅した。
1stPCRは、サーマルサイクラー(GeneAmp PCR System 9700、Thermo Fisher Scientific) により、5 ng/μLテンプレートDNA 2 μL、2×Platinum Multiplex PCR Master Mix (Thermo Fisher Scientific) 5 μL、GCエンハンサー 1 μL、0.1 nMプライマー溶液2 μL、反応溶液総量10 μLについて、初期熱変性を95℃、2分間、サイクリングは、熱変性を95℃、30秒間、アニーリングを60℃、90秒間、伸長反応を72℃、3分間で25サイクルとし、最終伸長を72℃、10分間行った。
変異の検出を、シークエンシングによって得られたFastqファイルのヒト参照ゲノム(hg19)へのマッピングにBWA(Li H et al、Bioinformatics、2009、25:1754)を用いて、変異の検出及びフィルタリングにGATK(McKenna A et al、Genome Res、2010、20(9):1297−303)を用いて、行った。また、コピー数変異(CNV)の検出を、BED Tools(Quinlan AR、2014、47:11、12、1−34)を用いて、行った。
Claims (8)
- 被験者由来の複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を網羅的に解析する方法であって、
前記複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を相互に区別して増幅するために薬物動態関連遺伝子ごとに設計されたプライマーセットを用い、前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについての増幅反応を複数の反応系に分けて行う第一工程、および
第一工程で得られた遺伝子増幅産物を配列解析する第二工程を含み、
前記プライマーセットはそれぞれ260〜490bpの領域を増幅するように設計されていることを特徴とする方法。 - 前記複数種類の薬物動態関連遺伝子それぞれについて、複数の領域の増幅反応を行う、請求項1に記載の方法。
- 解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類から選択される25種類以上の遺伝子である、請求項1または2に記載の方法。
- 解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類から選択される50種類以上の遺伝子である、請求項1または2に記載の方法。
- 解析対象の前記複数種類の薬物動態関連遺伝子は、表1の100種類全ての遺伝子である、請求項1または2に記載の方法。
- 前記複数の反応系は、6〜10の反応系である、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 表1に記載されたプライマーセットを使用する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 被験者由来の複数種類の薬物動態関連遺伝子の配列を網羅的に解析する方法に使用される試薬であって、表2に記載のプライマーセットから選択される複数のプライマーセットを含む試薬。
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Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2003144176A (ja) * | 2000-12-27 | 2003-05-20 | Inst Of Physical & Chemical Res | 遺伝子多型の検出方法 |
JP2004000039A (ja) * | 2002-05-30 | 2004-01-08 | Inst Of Physical & Chemical Res | 遺伝子多型の検出方法 |
JP2004000004A (ja) * | 2002-04-23 | 2004-01-08 | Kokuritsu Iyakuhin Shokuhin Eisei Kenkyusho | 薬剤代謝へ影響を及ぼすcyp3a4遺伝子多型、およびその利用 |
WO2007055255A1 (ja) * | 2005-11-08 | 2007-05-18 | Olympus Corporation | 複数の識別用核酸配列を増幅する方法 |
JP2018506307A (ja) * | 2015-02-11 | 2018-03-08 | パラゴン ゲノミクス, インク.Paragon Genomics, Inc. | 非特異的増幅産物を減少させる為の方法及び組成物 |
-
2020
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Patent Citations (5)
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---|---|---|---|---|
JP2003144176A (ja) * | 2000-12-27 | 2003-05-20 | Inst Of Physical & Chemical Res | 遺伝子多型の検出方法 |
JP2004000004A (ja) * | 2002-04-23 | 2004-01-08 | Kokuritsu Iyakuhin Shokuhin Eisei Kenkyusho | 薬剤代謝へ影響を及ぼすcyp3a4遺伝子多型、およびその利用 |
JP2004000039A (ja) * | 2002-05-30 | 2004-01-08 | Inst Of Physical & Chemical Res | 遺伝子多型の検出方法 |
WO2007055255A1 (ja) * | 2005-11-08 | 2007-05-18 | Olympus Corporation | 複数の識別用核酸配列を増幅する方法 |
JP2018506307A (ja) * | 2015-02-11 | 2018-03-08 | パラゴン ゲノミクス, インク.Paragon Genomics, Inc. | 非特異的増幅産物を減少させる為の方法及び組成物 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
BMC BIOINFORMATICS, vol. 18:14, JPN7020001018, 2017, ISSN: 0005179918 * |
ONCOTARGET, vol. 9, no. 51, JPN7020001019, 2018, pages 29789 - 29800, ISSN: 0005179917 * |
Also Published As
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