JPWO2020124271A5

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Publication number: JPWO2020124271A5
Application number: JP2021536045A
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Publication date: 2022-12-27

Description

上記の特定の実施形態は例示のために示されているが、これらの実施形態は、様々な修正及び代替形態を受け易くあってもよいものと理解されるべきである。特許請求の範囲は、開示された特定形態に限定されることを意図するのではなく、むしろ本開示の精神及び範囲内にある全ての修正、同等物、及び代替物を網羅することを意図するものとさらに理解されるべきである。
本発明は以下の態様も提供する。
［１］微生物細胞を含有するサンプルを処理する方法であって、
サンプル処理モジュール及び増殖モジュールを含んでなる統合流体デバイスに、サンプルを導入するステップと；
前記統合流体デバイスを閉じた状態に維持して、外部微生物細胞の侵入を防ぎながら：前記サンプルを前記サンプル処理モジュール内で処理して、前記微生物細胞を前記サンプルから分離し、液体中に懸濁された前記微生物細胞を含んでなる微生物細胞懸濁液を得るステップと；
前記微生物細胞懸濁液が、前記増殖モジュール内に存在する微生物細胞増殖を促進するように構成されている固相増殖培地と接触するように、前記微生物細胞懸濁液を前記サンプル処理モジュールから前記増殖モジュールに輸送するステップと；
少なくとも１つの微生物細胞が前記固相増殖培地の表面上に保持されるように、液体の少なくとも一部を前記微生物細胞懸濁液から除去するステップと；
コロニーの増殖を促進するのに適した条件下で、少なくとも前記増殖モジュールをインキュベートするステップと
を含んでなる、方法。
［２］前記液体の少なくとも一部が、前記固相増殖培地による前記液体の少なくとも一部の吸収によって除去される、［１］に記載の方法。
［３］前記液体が第１の液体であり、前記固相増殖培地がゲルベースの培地であり、前記方法が、前記微生物細胞懸濁液が部分的に脱水された固相増殖培地と接触したときに、前記第１の液体の少なくとも一部が、前記部分的に脱水された固相増殖培地による吸収を介して除去されるように、前記微生物細胞懸濁液を前記固相増殖培地と接触させる前に、前記統合流体デバイスを遠心力に曝して、前記固相増殖培地から第２の液体を除去し、それによって前記部分的に脱水された固相増殖培地を得るステップをさらに含んでなる、［２］に記載の方法。
［４］前記遠心力が１，０００ｇ～１０，０００ｇの範囲である、［３］に記載の方法。
［５］前記サンプルが前記サンプル処理モジュール内で処理され、前記微生物細胞を遠心分離ベースの分離法により前記サンプルから分離し、前記遠心力が前記遠心分離ベースの分離法中に前記固相増殖培地に印加される、［３］又は[４]に記載の方法。
［６］前記遠心力が、前記固相増殖培地の表面に関連する表面法線から３０度未満の方向に印加される、［３］～[５]のいずれかに記載の方法。
［７］前記遠心力が、前記固相増殖培地の前記表面に垂直な方向に印加される、［３］～[５]のいずれかに記載の方法。
［８］前記微生物細胞懸濁液と接触する前記表面が第１の表面であり、前記固相増殖培地が前記第１の表面に対向する第２の表面をさらに含んでなり、前記遠心力が、前記第２の液体が前記第２の表面に近接する領域から除去されるように印加される、［３］～[７]のいずれかに記載の方法。
［９］前記微生物細胞懸濁液と接触する表面が第１の表面であり、前記固相増殖培地が前記第１の表面に対向する第２の表面をさらに含んでなり、前記遠心力が、前記第１の表面に近接する前記固相増殖培地の前記第１の領域が、前記第２の表面に近接する前記固相増殖培地の第２の領域よりもさらに脱水されるように印加される、［３］～[７]のいずれかに記載の方法。
［１０］前記第２の液体が、前記固相増殖培地と流体連通する吸収性材料によって吸収される、［３］～[９]のいずれかに記載の方法。
［１１］多孔質膜が、前記固相増殖培地と前記吸収性材料との間に存在する、［１０］に記載の方法。
［１２］前記遠心力が第１の遠心力であり、前記方法が、前記部分的に脱水された固相増殖培地を前記微生物細胞懸濁液と接触させた後に、前記統合流体デバイスを第２の遠心力に曝して、前記部分的に脱水された固相増殖培地による前記微生物細胞懸濁液からの前記液体の少なくとも一部の吸収、及び前記表面上の前記少なくとも１つの微生物細胞の保持を促進するステップをさらに含んでなる、［３］～[１１]のいずれかに記載の方法。
［１３］前記第２の遠心力が５００ｇ～４０００ｇの範囲である、［１２］に記載の方法。
［１４］前記固相増殖培地が、前記液体の少なくとも一部を受動的に吸収するように構成されている、［１］に記載の方法。
［１５］前記固相増殖培地が多孔質ネットワークを含んでなり、前記微生物細胞懸濁液と接触する前に少なくとも部分的に脱水された状態で存在する、［１４］に記載の方法。
［１６］前記固相増殖培地が、部分的に脱水されたハイドロゲルとして提供される、［１５］に記載の方法。
［１７］前記液体の少なくとも一部が、ガス透過性膜を通じて蒸発的に除去される、［１］に記載の方法。
［１８］前記液体の少なくとも一部が、空気の能動的循環を介して蒸発的に除去される、［１］に記載の方法。
［１９］前記微生物細胞が、濾過、免疫磁気分離、及びマイクロ流体分離からなる群から選択される分離法を介して分離される、［１］～[４]のいずれかに記載の方法。
［２０］前記固相増殖培地の前記表面上に保持される少なくとも１つの微生物細胞が、ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）微生物細胞であり、前記ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）微生物細胞に関連するコロニー増殖が、前記増殖モジュール内の二酸化炭素環境の制御の不在下で達成される、［１］～[１９]のいずれかに記載の方法。
［２１］前記サンプルが全血サンプルであり、前記微生物細胞が、
前記全血サンプルと、サポニン、ポリアネトールスルホン酸ナトリウム、及びアルカリ性緩衝液を含んでなる血液溶解試薬とを混合し、サポニンの濃度が０．７５～６０ｍｇ／ｍｌの間、ポリアネトールスルホン酸ナトリウムの濃度が０．３５～５０ｍｇ／ｍｌの間、ｐＨが７．８～１０の間の混合物を得るステップと、
微生物細胞を前記混合物から分離するステップと
によって、前記サンプル処理モジュール内の前記サンプルから分離される、［１］～[２０]のいずれかに記載の方法。
［２２］前記固相増殖培地上の１００ミクロン未満の直径を有するコロニーの存在を検出するステップと；
微生物細胞を前記コロニーから採取するステップと
をさらに含んでなる、［１］～[２１]のいずれかに記載の方法。
［２３］前記固相増殖培地上の前記コロニーの存在を検出するステップが、
前記固相増殖培地の第１の画像を取得するステップと；
前記増殖モジュールのインキュベーション中の時間遅延後に取得される、前記固相増殖培地の第２の画像を取得するステップと；
前記画像に存在する表面アーチファクトを使用して、前記第１の画像を前記第２の画像にレジストレーションするステップと；
前記レジストレーションした第１及び第２の画像に対して画像減算を実施して、前記第２の画像から表面アーチファクトを除去し、それによって減算された画像を取得するステップと；
前記減算された画像を処理して、前記コロニーの位置を特定するステップと
を含んでなる、［２２］に記載の方法。
［２４］さらに、前記表面アーチファクトの少なくともサブセットが、前記固相増殖培地の前記表面上の不均一性である、［２３］に記載の方法。
［２５］さらに、前記表面アーチファクトの少なくともサブセットが、前記固相増殖培地の前記表面上に存在する溶解残骸粒子であり、前記溶解残骸粒子が、前記サンプル処理モジュールを用いた前記サンプルの溶解によって生成される、［２３］に記載の方法。
［２６］前記溶解残骸粒子が血液溶解残骸粒子である、［２５］に記載の方法。
［２７］前記血液溶解残骸粒子の平均粒径が１０ミクロン未満である、［２６］に記載の方法。
［２８］前記溶解残骸粒子による前記固相増殖培地の被覆の面分率が２０％未満となるように前記サンプル処理モジュールが構成されている、［２５］～[２７]のいずれかに記載の方法。
［２９］前記溶解残骸粒子による前記固相増殖培地の被覆の面分率が５０％未満となるように前記サンプル処理モジュールが構成されている、［２５］～[２７]のいずれかに記載の方法。
［３０］前記溶解残骸片粒子による前記固相増殖培地の被覆の面分率が９０％未満となるように前記サンプル処理モジュールが構成されている、［２５］～[２７]のいずれかに記載の方法。
［３１］前記採取した微生物細胞を用いて、抗微生物剤感受性試験を実施するステップをさらに含んでなる、［２２］～[３０]のいずれかに記載の方法。
［３２］前記微生物細胞を前記コロニーから採取する前に、前記コロニーの生存能力を損なうことなく前記コロニーを照会して、微生物クラスのセットから選択される微生物細胞クラスに属するものとして前記微生物細胞を分類することをさらに含んでなる、［３１］に記載の方法。
［３３］前記選択された微生物細胞クラスが、前記コロニーの測定された増殖速度に少なくとも部分的に基づいて判定される、［３２］に記載の方法。
［３４］前記微生物細胞の前記選択された微生物細胞クラスが、細菌細胞及び真菌細胞を含んでなる前記微生物細胞クラスのセットから選択される、［３２］に記載の方法。
［３５］前記微生物細胞の前記選択された微生物細胞クラスが、細菌細胞及び真菌細胞からなる前記微生物細胞クラスのセットから選択される、［３２］に記載の方法。
［３６］前記微生物細胞の前記選択された微生物細胞クラスが、グラム陽性細菌細胞、グラム陰性細菌細胞、及び真菌細胞を含んでなる前記微生物細胞クラスのセットから選択される、［３２］に記載の方法。
［３７］前記微生物細胞の前記選択された微生物細胞クラスが、グラム陽性細菌細胞、グラム陰性細菌細胞、及び真菌細胞からなる前記微生物細胞クラスのセットから選択される、［３２］に記載の方法。
［３８］前記抗微生物剤感受性試験が、１つ又は複数の抗生物質を使用して実施され、前記１つ又は複数の抗生物質が、前記選択された微生物細胞クラスに従って選択される、［３２］～[３７]のいずれかに記載の方法。
［３９］前記選択された微生物細胞クラスを用いて、前記コロニーが、抗微生物剤感受性試験を実施するのに十分な量の微生物細胞を含有すると予想される時期を判定するステップをさらに含んでなり、前記採取された微生物細胞が、前記コロニーが十分な量の微生物細胞を含有すると判定された後に採取される、［３２］～[３８]のいずれかに記載の方法。
［４０］前記コロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有するという判定が、前記選択された微生物細胞クラス及び前記コロニーのサイズに関連する光学的に検出されたコロニーサイズ測定値に基づいて行われる、［３９］に記載の方法。
［４１］前記コロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有する時点の判定が、前記選択された微生物細胞クラスと前記コロニーサイズ測定値との間の所定の関係に基づく、［４０］に記載の方法。
［４２］前記コロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有する時点の判定が、前記選択された微生物細胞クラスと増殖持続時間との間の所定の関係に基づく、［３９］に記載の方法。
［４３］前記コロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有する時点の判定が、前記コロニーの測定された増殖速度に少なくとも部分的に基づく、［３９］に記載の方法。
［４４］前記コロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有するという判定が、前記コロニーのサイズに関連する光学的に検出されたコロニーサイズ測定値に基づいてさらに行われる、［４２］に記載の方法。
［４５］前記固相増殖培地が発色性増殖培地であり、前記選択された微生物細胞クラスが、前記コロニーの検出されたスペクトル特徴に基づいて判定される、［３２］に記載の方法。
［４６］前記スペクトル特徴が、ラマン顕微鏡法を介して検出される、［４５］に記載の方法。
［４７］前記スペクトル特徴が、フーリエ変換赤外分光法顕微鏡法を介して検出される、［４５］に記載の方法。
［４８］前記スペクトル特徴が、蛍光顕微鏡法を介して検出される、［４５］に記載の方法。
［４９］光ビームを前記コロニーに向けるステップと；
前記コロニーから散乱光の画像を取得するステップと；
前記画像を処理して、前記選択された微生物細胞クラスを判定するステップと
を含んでなる、前記コロニーを照会して、前記選択された微生物細胞クラスを判定する、［３２］に記載の方法。
［５０］前記コロニーが肉眼で検出可能になる前に、微生物細胞が前記コロニーから採取される、［３１］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５１］前記コロニーが７０ミクロン～１００ミクロンの直径を有する時点で、微生物細胞が前記コロニーから採取される、［３１］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５２］前記コロニーが１００ミクロンの直径に達する前に、微生物細胞が前記コロニーから採取される、［３１］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５３］前記コロニーが５０ミクロンの直径に達する前に、微生物細胞が前記コロニーから採取される、［３１］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５４］前記コロニーが７０ミクロンの直径に達する前に、微生物細胞が前記コロニーから採取される、［３１］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５５］前記コロニーが第１のコロニーであり、前記第１のコロニーから採取された前記微生物細胞が第１の微生物細胞であり、
前記固相増殖培地上の第２のコロニーの存在を検出するステップと；
第２の微生物細胞を前記第２のコロニーから採取するステップと
をさらに含んでなる、［３２］～[４９]のいずれかに記載の方法。
［５６］前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーの双方から採取された微生物細胞を使用して実施される、［５５］に記載の方法。
［５７］前記抗微生物剤感受性試験を実施する前に、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーを照会して、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の表現型対応の有無を判定するステップをさらに含んでなる、［５５］に記載の方法。
［５８］前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、前記第１のコロニーから検出された第１の光信号を前記第２のコロニーから検出された第２の光信号と比較することによって判定される、［５７］に記載の方法。
［５９］前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、前記第１のコロニーの第１の光学画像を前記第２のコロニーの第２の光学画像と比較することによって判定される、［５７］に記載の方法。
［６０］前記選択された微生物細胞クラスが、前記第１のコロニー内の前記第１の微生物細胞の第１のタイプに関連する第１の選択された微生物細胞クラスであり、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、
前記第２のコロニーの生存能力を損なうことなく、前記第２のコロニーを照会して、前記第２のコロニー内の第２のタイプの第２の微生物細胞に関連する第２の選択された微生物細胞クラスを判定し、前記第２の選択された微生物細胞クラスは前記微生物細胞クラスのセットから選択される、ステップと；
前記第１の微生物細胞クラスが前記第２の微生物細胞クラスと同じであるかどうかを判定するステップと
によって判定される、［５７］に記載の方法。
［６１］前記第１の微生物細胞クラスが、前記第１のコロニーの前記第１の微生物細胞の第１の種に関連し、前記第２の微生物細胞クラスが、前記第２のコロニーの前記第２の微生物細胞の第２の種に関連し、前記表現型対応の存在が、前記第１の種が前記第２の種と同じであると判定されたときに確立される、［６０］に記載の方法。
［６２］前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の存在を判定した後、前記第１の微生物細胞及び前記第２の微生物細胞の双方からの微生物細胞を使用して実施される、［５７］～[６１]のいずれかに記載の方法。
［６３］前記表現型対応が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞との間に不在であると判定され、抗微生物剤感受性試験が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞を使用して別々に実施され、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞の別々の抗微生物剤感受性測定値が判定される、［５７］～[６１]のいずれかに記載の方法。
［６４］前記選択された微生物細胞クラスが、予備的に選択された微生物細胞クラスであり、前記予備的に選択された微生物細胞クラスが、第１の分類方法に従って判定され、前記微生物細胞クラスのセットが、微生物細胞クラスの第１のセットである、［５７］～[６１]のいずれかに記載の方法であって、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応を判定した後、
前記第２のコロニーから採取された前記第２の微生物細胞を照会して、前記第２の微生物細胞のタイプに関連する補足的微生物細胞クラスを判定するステップをさらに含んでなり、前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの第２のセットから選択され、前記補足的微生物細胞クラスが、第２の分類方法に従って判定される、方法。
［６５］微生物細胞クラスの前記第２のセットが、微生物細胞クラスの前記第１のセットよりも多数の微生物細胞クラスを含む、［６４］に記載の方法。
［６６］前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの前記第１のセットに不在である、［６５］に記載の方法。
［６７］前記補足的微生物細胞クラスが種レベルの微生物細胞クラスである、［６６］に記載の方法。
［６８］微生物細胞クラスの前記第１のセットが種レベルの微生物細胞クラスを欠いており、微生物細胞クラスの前記第２のセットが複数の種レベルの微生物細胞クラスを含んでなる、［６５］に記載の方法。
［６９］前記第２の分類方法が、前記第１の分類方法よりも高い信頼性で所与の微生物細胞クラスを判定できる、［６５］に記載の方法。
［７０］前記補足的微生物細胞クラスが、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析を使用して判定される、［６４］～[６９]のいずれかに記載の方法。
［７１］前記補足的微生物細胞クラスが、ラマン検出及び／又はフーリエ変換赤外分光法を使用して判定される、［６４］～[６９]のいずれかに記載の方法。
［７２］前記第２のコロニーからの前記第２の微生物細胞は、前記第１のコロニーから前記第１の微生物細胞を採取した後に採取され、採取時に、採取時に前記第２のコロニーが前記第１のコロニーよりも大きくなるように、前記第２のコロニーが、前記第１のコロニーよりも長い時間インキュベートされる、［６４］～[７１]のいずれかに記載の方法。
［７３］前記第２の分類方法による前記補足的微生物細胞クラスの判定を容易にするのに十分な量の微生物細胞を前記第２のコロニーが含有すると予想される時点を判定するステップをさらに含んでなり、前記第２のコロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有すると判定された後に、前記第２の微生物細胞が前記第２のコロニーから採取される、［６４］～[７２]のいずれかに記載の方法。
［７４］前記第２のコロニーが十分な数の微生物細胞を含有するという判定が、前記第１のコロニーからの前記第１の微生物細胞に対する抗微生物剤感受性試験を開始した後に行われ、前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスの判定が、前記抗微生物剤感受性試験の完了前に行われる、［７３］に記載の方法。
［７５］前記第１の微生物細胞が採取された後、前記第２の微生物細胞が採取される前に、前記第２のコロニーがインキュベートされて、さらなるコロニーの増殖が促進される、［７３］又は[７４]に記載の方法。
［７６］前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスと、前記第１の微生物細胞に関連する最小阻害濃度とを報告するステップをさらに含んでなる、［６４］～[７５]のいずれかに記載の方法。
［７７］前記固相増殖培地が第１の固相増殖培地であり、前記微生物細胞懸濁液が第１の微生物懸濁液であり、前記抗微生物剤感受性試験が、
前記採取した微生物細胞を再懸濁し、それによって第２の微生物細胞懸濁液を得るステップと；
各位置が異なる局所抗生物質濃度を有する複数の位置で、追加的な固相増殖培地上に前記第２の微生物細胞懸濁液を分注するステップと；
前記複数の位置をモニターして、前記微生物細胞の抗微生物剤感受性を推測するステップと
によって実施される、［３１］～[７６]のいずれかに記載の方法。
［７８］前記追加的な増殖培地が、その上に提供される疎水性層を有し、前記疎水性層上に形成された複数の開口部を有し、各開口部がそれぞれの位置に形成され、前記液体がそれぞれの開口部を通じて各位置に分注される、［７７］に記載の方法。
［７９］前記固相増殖培地が第１の固相増殖培地であり、前記微生物細胞懸濁液が第１の微生物懸濁液であり、前記抗微生物剤感受性試験が、
前記採取した微生物細胞を再懸濁し、それによって第２の微生物細胞懸濁液を得るステップと；
開口部を少なくとも部分的に取り囲む、接触面を含んでなる固体支持体を提供し、化学薬品を前記接触面上に提供し、及び／又は前記接触面の下に含浸させるステップと；
前記第２の固相増殖培地の下位領域が前記開口部を通じてアクセス可能であり、前記化学薬品の少なくとも一部が前記下位領域内に内向きに拡散するように、第２の固相増殖培地を前記固体支持体の前記接触面と接触させるステップと；
前記第２の微生物細胞懸濁液内の微生物細胞が前記下位領域の表面上に保持されるように、前記第２の微生物細胞懸濁液の体積を前記下位領域の前記表面上に沈着させるステップと；
前記保持された微生物細胞を前記化学薬品に曝露させるのに十分に長い時間にわたり、前記第２の固相増殖培地をインキュベートするステップと；
前記下位領域内の微生物細胞増殖の有無を検出するステップと
によって実施される、［３１］～[７６]のいずれかに記載の方法。
［８０］生存能力がある微生物細胞の増殖を促進するのに適した条件下で、前記生存能力がある微生物細胞の懸濁液を固相増殖培地と接触させるステップと；
前記固相増殖培地上の１００ミクロン未満の直径を有するコロニーの存在を検出するステップと；
前記コロニーを光学的に照会し、前記コロニーに関連する微生物細胞クラスを同定するステップと；
前記微生物細胞クラスを用いて、前記コロニーが、抗微生物剤感受性試験を実施するのに十分な量の微生物細胞を含有すると予想される時点を判定するステップと；
前記コロニーが抗微生物剤感受性試験に十分な量の微生物細胞を含有するように増殖した後、前記コロニーから微生物細胞を採取するステップと；
前記採取した微生物細胞を用いて、抗微生物剤感受性試験を実施するステップと
を含んでなる、微生物細胞を含有することが疑われるサンプルを処理する方法。
［８１］前記コロニーが第１のコロニーであり、前記第１のコロニーから採取された前記微生物細胞が前記第１の微生物細胞であって、
前記固相増殖培地上の第２のコロニーの存在を検出するステップと；
第２の微生物細胞を前記第２のコロニーから採取するステップと
をさらに含んでなる、［８０］に記載の方法。
［８２］前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーの双方から採取された微生物細胞を使用して実施される、［８１］に記載の方法。
［８３］前記抗微生物剤感受性試験を実施する前に、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーを照会して、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の表現型対応の有無を判定するステップをさらに含んでなる、［８１］に記載の方法。
［８４］前記第１のコロニーから検出された第１の光信号を前記第２のコロニーから検出された第２の光信号と比較することによって、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無を判定する、［８３］に記載の方法。
［８５］前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、前記第１のコロニーの第１の光学画像を前記第２のコロニーの第２の光学画像と比較することによって判定される、［８３］に記載の方法。
［８６］前記選択された微生物細胞クラスが、前記第１のコロニー内の前記第１の微生物細胞の第１のタイプに関連する第１の選択された微生物細胞クラスであり、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、
前記第２のコロニーの生存能力を損なうことなく、前記第２のコロニーを照会して、前記第２のコロニー内の第２のタイプの第２の微生物細胞に関連する第２の選択された微生物細胞クラスを判定し、前記第２の選択された微生物細胞クラスが前記微生物細胞クラスのセットから選択されるステップと；
前記第１の微生物細胞クラスが前記第２の微生物細胞クラスと同じであるかどうかを判定するステップと
によって判定される、［８３］に記載の方法。
［８７］前記第１の微生物細胞クラスが、前記第１のコロニーの前記第１の微生物細胞の第１の種に関連し、前記第２の微生物細胞クラスが、前記第２のコロニーの前記第２の微生物細胞の第２の種に関連し、前記表現型対応の存在が、前記第１の種が前記第２の種と同じであると判定されたときに確立される、［８６］に記載の方法。
［８８］前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応を判定した後、前記第１の微生物細胞及び前記第２の微生物細胞の双方からの微生物細胞を使用して実施される、［８１］～[８７]のいずれかに記載の方法。
［８９］前記表現型対応が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞との間に不在であると判定され、抗微生物剤感受性試験が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞を使用して別々に実施され、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞の別々の抗微生物剤感受性測定値が判定される、［８１］～[８７]のいずれかに記載の方法。
［９０］［８１］～[８７]のいずれかに記載の方法であって、前記選択された微生物細胞クラスが予備的に選択された微生物細胞クラスであり、前記予備的に選択された微生物細胞クラスが第１の分類方法に従って判定され、前記微生物細胞クラスのセットが微生物細胞クラスの第１のセットであって、前記方法が、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の対応を判定した後、前記第２のコロニーから採取された前記第２の微生物細胞を照会して、前記第２の微生物細胞のタイプに関連する補足的微生物細胞クラスを判定するステップをさらに含んでなり、
前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの第２のセットから選択され、前記補足的微生物細胞クラスが、第２の分類方法に従って判定される、方法。
［９１］微生物細胞クラスの前記第２のセットが、微生物細胞クラスの前記第１のセットよりも多数の微生物細胞クラスを含む、［９０］に記載の方法。
［９２］前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの前記第１のセットに不在である、［９１］に記載の方法。
［９３］前記補足的微生物細胞クラスが、種レベルの微生物細胞クラスである、［９２］に記載の方法。
［９４］微生物細胞クラスの前記第１のセットが、種レベルの微生物細胞クラスを欠いており、微生物細胞クラスの前記第２のセットが、複数の種レベルの微生物細胞クラスを含んでなる、［９１］に記載の方法。
［９５］前記第２の分類方法が、前記第１の分類方法よりも高い信頼性で所与の微生物細胞クラスを判定できる、［９１］に記載の方法。
［９６］前記補足的微生物細胞クラスが、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析を使用して判定される、［９０］～[９５]のいずれかに記載の方法。
［９７］前記補足的微生物細胞クラスが、ラマン検出及び／又はフーリエ変換赤外分光法を使用して判定される、［９０］～[９５]のいずれかに記載の方法。
［９８］前記第２のコロニーからの前記第２の微生物細胞が、前記第１のコロニーから前記第１の微生物細胞を採取した後に採取され、採取時に、採取時に前記第２のコロニーが前記第１のコロニーよりも大きくなるように、前記第２のコロニーが、前記第１のコロニーよりも長い時間インキュベートされる、［９０］～[９７]のいずれかに記載の方法。
［９９］前記第２のコロニーが、前記第２の分類方法による前記補足的微生物細胞クラスの判定を容易にするのに十分な量の微生物細胞を含有すると予想される時点を判定するステップをさらに含んでなり、前記第２のコロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有すると判定された後に、前記第２の微生物細胞が前記第２のコロニーから採取される、［９０］～[９８]のいずれかに記載の方法。
［１００］前記第２のコロニーが十分な数の微生物細胞を含有するという判定が、前記第１のコロニーからの前記第１の微生物細胞に対する前記抗微生物剤感受性試験を開始した後に行われ、前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスの判定が、前記抗微生物剤感受性試験の完了前に行われる、［９９］に記載の方法。
［１０１］前記第２のコロニーが、前記第１の微生物細胞が採取された後、前記第２の微生物細胞が採取される前にインキュベートされて、さらなるコロニーの増殖が促進される、［９９］又は[１００]に記載の方法。
［１０２］前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスと、前記第１の微生物細胞に関連する最小阻害濃度とを報告するステップをさらに含んでなる、［９０］～[１０１]のいずれかに記載の方法。
［１０３］前記生存能力がある微生物細胞の懸濁液が、全血サンプルから得られる、［８１］～[１０２]のいずれかに記載の方法。
［１０４］統合流体デバイスの内部流路を閉じた状態に維持し、それによって外部微生物細胞の侵入を防ぎながら、分離された微生物細胞が固相増殖培地と接触するように、
前記統合流体デバイスの適切な作動下でサンプルからの微生物細胞の分離を容易にするように構成されている分離領域；及び
前記統合流体デバイスの適切な作動下で、前記分離領域の出力から分離された微生物細胞を受け取るように構成されている、前記固相増殖培地を含んでなるコロニー増殖領域
を含んでなる、生存能力がある微生物細胞を分離し増殖させるための統合流体デバイス。
［１０５］前記コロニー増殖領域が、前記分離された微生物細胞の増殖を促進するのに適した条件下でのインキュベーション中に、前記固相増殖培地上に存在する前記分離された微生物細胞の増殖のモニタリングを容易にするように構成されている、［１０４］に記載の統合流体デバイス。
［１０６］前記固相増殖培地が、その中で前記分離された微生物細胞が前記分離領域から送達される液体を、受動的に吸収するように構成されている、［１０４］に記載の統合流体デバイス。
［１０７］前記固相増殖培地が多孔質ネットワークを含んでなり、部分的に水和された状態で提供される、［１０６］に記載の統合流体デバイス。
［１０８］前記固相増殖培地が、部分的に水和されたハイドロゲルとして提供される、［１０７］に記載の統合流体デバイス。
［１０９］前記コロニー増殖領域が、前記統合流体デバイスの残りの部分から取り外し可能である、［１０４］～[１０８]のいずれかに記載の統合流体デバイス。
［１１０］前記微生物細胞を含有する微生物細胞懸濁液を提供するステップと；
開口部を少なくとも部分的に取り囲む、接触面を含んでなる固体支持体を提供し、化学薬品を前記接触面上に提供し、及び／又は前記接触面の下に含浸させるステップと；
固相増殖培地の下位領域が前記開口部を通じてアクセス可能であり、前記化学薬品の少なくとも一部が前記下位領域内に内向きに拡散するように、前記固相増殖培地を前記固体支持体の接触面と接触させるステップと；
前記微生物細胞懸濁液内の微生物細胞が前記下位領域の表面上に保持されるように、前記微生物細胞懸濁液の体積を前記下位領域の前記表面上に沈着させるステップと；
前記保持された微生物細胞を前記化学薬品に曝露させるのに十分に長い時間にわたり、前記固相増殖培地をインキュベートするステップと；
前記下位領域内の微生物細胞増殖の有無を検出するステップと
を含んでなる、微生物細胞の増殖に対する化学薬品の効果を判定する方法。
［１１１］前記接触面が平面接触面を含んでなり、前記平面接触面が前記固相増殖培地の表面と接触して少なくとも部分的に前記下位領域を取り囲むように、及び前記化学薬品の一部が前記平面接触面から前記下位領域内に拡散するように、前記固体支持体が前記固相増殖培地と接触される、［１１０］に記載の方法。
［１１２］前記固体支持体が前記開口部を完全に取り囲む、［１１１］に記載の方法。
［１１３］前記固体支持体が、前記開口部に隣接して存在するフラッシング特徴部をさらに含んでなり、前記フラッシング特徴部が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記フラッシング特徴部が前記固相増殖培地の表面の下に浸漬されるように構成されており、それによって前記接触面と前記固相増殖培地の前記表面との間の前記微生物細胞懸濁液の侵入を防止又は低減する［１１２］に記載の方法。
［１１４］前記フラッシング特徴部が、前記固相増殖培地に２５０ミクロン未満の深さまで挿入されるように構成されている、［１１３］に記載の方法。
［１１５］前記フラッシング特徴部が、前記固相増殖培地に１００ミクロン未満の深さまで挿入されるように構成されている、［１１３］に記載の方法。
［１１６］前記固体支持体の少なくとも一部が環状形状を有する、［１１２］に記載の方法。
［１１７］前記固体支持体が、前記平面接触面よりも前記開口部から離れて位置する側方拘束構成要素を含んでなり、前記側方拘束構成要素が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記側方拘束構成要素が前記固相増殖培地内に浸漬されるように構成されている、［１１１］～[１１６]のいずれかに記載の方法。
［１１８］前記側方拘束構成要素が、前記開口部を完全に取り囲む、［１１７］に記載の方法。
［１１９］前記接触面が、前記平面接触面よりも前記開口部から離れて位置する側方接触面を含んでなリ、前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記側方接触面が、化学薬品が前記平面接触面と前記側方接触面の双方から前記下位領域内に拡散するように、前記側方接触面が前記下位領域の方向を向いて前記固相増殖培地内に浸漬されるように構成されている、［１１１］～[１１６]のいずれかに記載の方法。
［１２０］前記側方接触面が、前記開口部を完全に取り囲む、［１１９］に記載の方法。
［１２１］前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記側方接触面が１ｍｍを超える深さまで前記固相増殖培地中に挿入されるように構成されている、［１１９］に記載の方法。
［１２２］前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記側方接触面が２ｍｍを超える深さまで前記固相増殖培地中に挿入されるように構成されている、［１１９］に記載の方法。
［１２３］前記固体支持体が管状構成要素を含んでなり、前記管状構成要素の内表面の少なくとも遠位表面領域が、前記化学薬品で被覆及び／又は含浸され、前記管状構成要素が、前記遠位表面領域の少なくとも一部が前記固相増殖培地内に浸漬されるように、及び前記化学薬品が前記管状構成要素の管腔内に存在する前記固相増殖培地の前記下位領域内に内向きに拡散するように、前記固相増殖培地と接触される、［１１０］に記載の方法。
［１２４］前記管状構成要素が、前記管状構成要素の近位部分が前記固相増殖培地から外向きに延長し、前記微生物細胞懸濁液の体積が、前記管状構成要素の前記近位部分内に分注されるように、前記固相増殖培地中に挿入される、［１２３］に記載の方法。
［１２５］前記管状構成要素が、前記管状構成要素の遠位端が前記固相増殖培地を支持する支持面と接触するように挿入され、それによって前記下位領域を囲み、前記管状構成要素内に前記化学薬品の拡散を拘束する、［１２３］に記載の方法。
［１２６］前記支持面が、その中に又はその上に提供される１つ又は複数の嵌合特徴部を含んでなり、前記１つ又は複数の嵌合特徴部が、前記管状構成要素の前記遠位端と接触するように構成されている、［１２５］に記載の方法。
［１２７］前記１つ又は複数の嵌合特徴部が、突起及び凹部の片方又は双方を含んでなる、［１２６］に記載の方法。
［１２８］前記１つ又は複数の嵌合特徴部が、前記管状構成要素の前記遠位端を完全に取り囲む、［１２６］又は[１２７]に記載の方法。
［１２９］前記管状構成要素が円筒形構成要素である、［１２３］～[１２８]のいずれかに記載の方法。
［１３０］前記管状構成要素の遠位部分の壁厚が５００ミクロン未満である、［１２３］～[１２９]のいずれかに記載の方法。
［１３１］前記化学薬品が前記接触面上に一様に分布する、［１１０］～[１３０]のいずれかに記載の方法。
［１３２］前記化学薬品が、前記接触面上の複数の分離された領域に提供される、［１１０］～[１３０]のいずれかに記載の方法。
［１３３］前記化学薬品の面密度及び表面下密度の１つ又は複数が、前記接触面に沿って空間的に変動する、［１１０］～[１３０]のいずれかに記載の方法。
［１３４］前記化学薬品が、前記局所領域密度及び前記表面下密度の１つ又は複数における勾配に従って前記接触表面上に提供される、［１３３］に記載の方法。
［１３５］前記勾配が、前記化学薬品の前記局所面密度及び前記表面下密度の１つ又は複数が、前記開口部に最も近い表面領域で最も低くなるように提供される、［１３４］に記載の方法。
［１３６］前記下位領域の前記表面の中央部分のすぐ下の前記化学薬品の濃度が、前記接触表面を前記固相増殖培地と接触させた後、１時間～３時間の間に１０％未満変動するように、前記化学薬品が、適切な量及び適切な空間分布で前記接触面上に提供される、［１１０］～[１３５]のいずれかに記載の方法。
［１３７］前記下位領域の前記表面の中央部分のすぐ下の前記化学薬品の濃度が、前記接触表面を前記固相増殖培地と接触させた後、１時間～３時間の間に５％未満変動するように、前記化学薬品が、適切な量及び適切な空間分布で前記接触面上に提供される、［１１０］～[１３５]のいずれかに記載の方法。
［１３８］前記下位領域の前記表面の中央部分のすぐ下の前記化学薬品の濃度が、前記接触表面を前記固相増殖培地と接触させた後、２時間～４時間の間に１０％未満変動するように、前記化学薬品が、適切な量及び適切な空間分布で前記接触面上に提供される、［１１０］～[１３５]のいずれかに記載の方法。
［１３９］前記下位領域の前記表面の中央部分のすぐ下の前記化学薬品の濃度が、前記接触表面を前記固相増殖培地と接触させた後、２時間～４時間の間に５％未満変動するように、前記化学薬品が、適切な量及び適切な空間分布で前記接触面上に提供される、［１１０］～[１３５]のいずれかに記載の方法。
［１４０］前記下位領域の前記表面の中央部分のすぐ下の前記化学薬品の濃度が、前記固相増殖培地と前記接触表面との間の接触の３０分間以内に最大濃度に達するように、前記固相増殖培地が前記接触面と接触される、［１１０］～[１３５]のいずれかに記載の方法。
［１４１］前記固体支持体が、前記下位領域にわたる前記微生物細胞懸濁液の体積の保持を容易にするように構成されている疎水性上面を含んでなる、［１１０］～[１４０]のいずれかに記載の方法。
［１４２］前記疎水性上面が前記開口部に向けて斜角であり、前記下位領域にわたる前記微生物細胞懸濁液の体積の保持を助ける、［１４１］に記載の方法。
［１４３］前記開口部の最小幅が５ｍｍ未満である、［１１０］～[１４２]のいずれかに記載の方法。
［１４４］前記開口部の最小幅が２ｍｍ未満である、［１１０］～[１４２]のいずれかに記載の方法。
［１４５］前記開口部の最小幅が１ｍｍ未満である、［１１０］～[１４２]のいずれかに記載の方法。
［１４６］前記下位領域の前記表面に沈着した前記微生物細胞懸濁液の体積内の前記微生物細胞の数が５０未満である、［１１０］～[１４５]のいずれかに記載の方法。
［１４７］前記下位領域の前記表面に沈着した前記微生物細胞懸濁液の体積内の前記微生物細胞の数が２０未満である、［１１０］～[１４５]のいずれかに記載の方法。
［１４８］前記下位領域の前記表面に沈着した前記微生物細胞懸濁液の体積内の前記微生物細胞の数が１０未満である、［１１０］～[１４５]のいずれかに記載の方法。
［１４９］前記下位領域の前記表面に沈着した前記微生物細胞懸濁液の体積が５マイクロリットル未満である、［１１０］～[１４５]のいずれかに記載の方法。
［１５０］前記下位領域の前記表面に沈着した前記微生物細胞懸濁液の体積内の前記微生物細胞の数が、２マイクロリットル未満である、［１１０］に記載の方法。
［１５１］前記固相増殖培地がマイクロウェル内に保持され、前記固相増殖培地の体積が１００マイクロリットル未満である、［１１０］～[１５０]のいずれかに記載の方法。
［１５２］前記固相増殖培地がマイクロウェル内に保持され、前記固相増殖培地の体積が５０マイクロリットル未満である、［１１０］～[１５０]のいずれかに記載の方法。
［１５３］前記固相増殖培地の厚さが２ｍｍ未満である、［１１０］～[１５２]のいずれかに記載の方法。
［１５４］前記固相増殖培地の厚さが１ｍｍ未満である、［１１０］～[１５２]のいずれかに記載の方法。
［１５５］前記化学薬品が抗微生物剤である、［１１０］～[１５４]のいずれかに記載の方法。
［１５６］前記微生物細胞懸濁液が、血液培養の不在下で全血サンプルを処理することによって得られる、［１１０］～[１５５]のいずれかに記載の方法。
［１５７］前記微生物細胞懸濁液が、継代培養を実施することなく血液培養ボトルから得られる、［１１０］～[１５５]のいずれかに記載の方法。
［１５８］前記微生物細胞懸濁液が、血液培養サンプルを希釈することによって得られる、［１５７］に記載の方法。
［１５９］前記下位領域内の微生物細胞増殖の有無を検出することが、前記下位領域の表面の１つ又は複数の画像を取得し、前記１つ又は複数の画像を処理することによって実施される、［１１０］～[１５８]のいずれかに記載の方法。
［１６０］各追加的な固体支持体が、それぞれの追加的な開口部を少なくとも部分的に取り囲み、各追加的な固体支持体は、それぞれの追加的な接触面を含んでなり、それぞれの追加的な接触面は、その上に提供され及び／又はその下に含浸される異なる量の前記化学薬品を有する、１つ又は複数の追加的な固体支持体を提供するステップと；
前記固相増殖培地の追加的な下位領域が、それぞれの追加的な開口部を通じてアクセス可能であるように、及び前記化学薬品の少なくとも一部が、前記それぞれの追加的な接触面からそれぞれの追加的な下位領域に内向きに拡散するように、前記固相増殖培地を各追加的な接触面と接触させるステップと；
前記微生物細胞懸濁液内の微生物細胞が前記追加的な下位領域の前記それぞれの表面上に保持されるように、追加的な体積の前記微生物細胞懸濁液を各追加的な下位領域のそれぞれの表面上に沈着させるステップと；
前記固相増殖培地をインキュベートした後、各下位領域内の微生物細胞増殖の有無を検出するステップと
をさらに含んでなる、［１１０］～[１５８]のいずれかに記載の方法。
［１６１］前記下位領域内の微生物細胞増殖の有無の評価に基づいて、前記化学薬品の最小阻害濃度を判定するステップをさらに含んでなる、［１６０］に記載の方法。
［１６２］前記最小阻害濃度が、前記固相増殖培地のインキュベーション中の各下位領域の表面下の前記化学薬品の推定濃度又は濃度範囲に従って判定される、［１６１］に記載の方法。
［１６３］前記固体支持体及び前記追加的な固体支持体が機械的に結合され固体支持体のアレイを形成する、［１６０］～[１６２]のいずれかに記載の方法。
［１６４］前記固相増殖培地が、固相増殖培地支持構造によって支持され、前記支持構造が、複数のマイクロウェルを含んでなり、各マイクロウェルが、それぞれの体積の前記固相増殖培地を含んでなり、前記固体支持体のアレイが、前記固体支持体のアレイの各接触面が、異なるそれぞれのマイクロウェル内の異なるそれぞれの体積の前記固相増殖培地と接触するように、前記固相増殖培地と接触する、［１６３］に記載の方法。
［１６５］前記固体支持体のアレイ及び前記固相増殖培地支持体構造の１つ又は複数が、それぞれの接触面とそれぞれのマイクロウェルとの間の位置合わせを容易にするキー付き特徴部を含んでなる、［１６４］に記載の方法。
［１６６］前記キー付き特徴部が、それぞれのマイクロウェルに対する各接触面の側方位置及び深さの１つ又は複数の位置合わせを容易にする、［１６５］に記載の方法。
［１６７］微生物細胞を含有する微生物細胞懸濁液を提供するステップと；
固相増殖培地の下位領域を少なくとも部分的に取り囲み、隣接して存在する１つ又は複数の接触領域で、前記化学薬品の少なくとも一部が前記１つ又は複数の接触領域から前記下位領域内に拡散するように、前記固相増殖培地を前記化学薬品と接触させ、前記１つ又は複数の接触領域が、前記固相増殖培地の表面に平行な少なくとも一方向で測定されたときに、前記下位領域の空間的広がりが５ｍｍ未満であるように提供されるステップと；
前記微生物細胞懸濁液内の微生物細胞が前記下位領域の表面上に保持されるように、前記微生物細胞懸濁液の体積を前記下位領域の前記表面上に沈着させるステップと；
前記保持された微生物細胞を前記化学薬品に曝露させるのに十分に長い時間にわたり、前記固相増殖培地をインキュベートするステップと；
前記下位領域内の微生物細胞増殖の有無を検出するステップと
を含んでなる、前記微生物細胞の増殖に対する前記化学薬品の効果を判定する方法。
［１６８］開口部を少なくとも部分的に取り囲む、接触面を含んでなる固体支持体を提供し、化学薬品を前記接触面上に提供し、及び／又は前記接触面の下に含浸させるステップと；
前記固相増殖培地の下位領域が前記開口部を通じてアクセス可能であり、前記化学薬品の少なくとも一部が前記下位領域内に内向きに拡散するように、前記固相増殖培地を前記固体支持体の前記接触面と接触させるステップと
を含んでなる、前記化学薬品を前記固相増殖培地に導入する方法。
［１６９］微生物細胞に対する化学薬品の効果を評価するためのデバイスであって、前記固体支持体の前記接触面が固相増殖培地と接触された後、前記化学薬品の少なくとも一部が前記接触面から、前記開口部を通じてアクセス可能な前記固相増殖培地の下位領域内に内向きに拡散し、それによって前記微生物細胞を含有する微生物細胞懸濁液が前記下位領域上に接種されたときに、微生物細胞の前記抗微生物剤への曝露を可能にするように、前記化学薬品がその上に提供され、及び／又はその下に含浸された接触面を含んでなる、開口部を少なくとも部分的に取り囲む固体支持体を含んでなる、デバイス。
［１７０］前記接触面が平面接触面を含んでなる、［１６９］に記載のデバイス。
［１７１］前記固体支持体が前記開口部を完全に取り囲む、［１７０］に記載のデバイス。
［１７２］前記固体支持体が、前記開口部に隣接して存在するフラッシング特徴部をさらに含んでなり、前記フラッシング特徴部が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記フラッシング特徴部が前記固相増殖培地の前記表面の下に浸漬されるように構成されており、それによって前記接触面と前記固相増殖培地の前記表面との間の前記微生物細胞懸濁液の侵入を防止又は低減する、［１７１］に記載のデバイス。
［１７３］前記フラッシング特徴部が、前記平面接触面が前記固相増殖培地の前記表面と接触したときに、２５０ミクロン未満の深さまで前記固相増殖培地に挿入されるように構成されている、［１７２］に記載のデバイス。
［１７４］前記フラッシング特徴部が、前記平面接触面が前記固相増殖培地の前記表面と接触したときに、１００ミクロン未満の深さまで前記固相増殖培地に挿入されるように構成されている、［１７２］に記載のデバイス。
［１７５］前記固体支持体の少なくとも一部が環状形状を有する、［１７１］に記載のデバイス。
［１７６］前記固体支持体が、前記平面接触面よりも前記開口部から離れて位置する側方拘束構成要素を含んでなり、前記側方拘束構成要素が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、前記側方拘束構成要素が前記固相増殖培地内に浸漬されるように構成されている、［１７０］～[１７５]のいずれかに記載のデバイス。
［１７７］前記側方拘束構成要素が、前記開口部を完全に取り囲む、［１７６］に記載のデバイス。
［１７８］前記接触面が、前記平面接触面よりも前記開口部から離れて位置する側方接触面を含んでなり、前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに、化学薬品が前記平面接触面と前記側方接触面の双方から前記下位領域内に拡散するように、前記側方接触面が前記下位領域の方向を向いて前記固相増殖培地内に浸漬されるように構成されている、［１７０］～[１７５]のいずれかに記載のデバイス。
［１７９］前記側方接触面が、前記開口部を完全に取り囲む、［１７８］に記載のデバイス。
［１８０］前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに前記側方接触面が１ｍｍを超える深さまで前記固相増殖培地に挿入されるように、構成されている、［１７８］に記載のデバイス。
［１８１］前記側方接触面が、前記平面接触面が前記固相増殖培地と接触したときに前記側方接触面が２ｍｍを超える深さまで前記固相増殖培地に挿入されるように、構成されている、［１７８］に記載のデバイス。
［１８２］前記固体支持体が管状構成要素を含んでなり、前記管状構成要素の内表面の少なくとも遠位表面領域が、前記遠位表面領域の少なくとも一部が前記固相増殖培地内に浸漬されたときに、前記化学薬品が前記管状構成要素の管腔内に存在する前記固相増殖培地の前記下位領域内に内向きに拡散するように、前記化学薬品で被覆及び／又は含浸される、［１６９］に記載のデバイス。
［１８３］前記管状構成要素が、前記管状構成要素の近位部分が前記固相増殖培地から外向きに延長し、前記微生物細胞懸濁液の体積が、前記管状構成要素の前記近位部分内に分注されるように、前記固相増殖培地中に挿入される、［１８２］に記載のデバイス。
［１８４］前記管状構成要素が、前記管状構成要素の遠位端が前記固相増殖培地を支持する支持面と接触するように挿入され、それによって前記下位領域を囲み、前記管状構成要素内に前記化学薬品の拡散を拘束する、［１８２］に記載のデバイス。
［１８５］前記管状構成要素が円筒形構成要素である、［１８２］～[１８４]のいずれかに記載のデバイス。
［１８６］前記管状構成要素の遠位部分の壁厚が５００ミクロン未満である、［１８２］～[１８５]のいずれかに記載のデバイス。
［１８７］前記化学薬品が前記接触面上に一様に分布する、［１１０］～[１８６]のいずれかに記載のデバイス。
［１８８］前記化学薬品が、接前記触面上の複数の分離された領域に提供される、［１１０］～[１８６]のいずれかに記載のデバイス。
［１８９］前記化学薬品の局所面密度及び前記表面下密度の１つ又は複数が、前記接触面に沿って空間的に変動する、［１１０］～[１８６]のいずれかに記載のデバイス。
［１９０］前記化学薬品が、前記局所領域密度及び前記表面下密度の１つ又は複数の勾配に従って前記接触表面上に提供される、［１８９］に記載のデバイス。
［１９１］前記面密度勾配が、前記化学薬品の前記局所面密度及び前記表面下密度の１つ又は複数が前記開口部に最も近い表面領域で最も低くなるように提供される、［１９０］に記載のデバイス。
［１９２］前記固体支持体が疎水性上面を含んでなる、［１１０］から［１９１］のいずれかに記載のデバイス。
［１９３］前記疎水性上面が前記開口部に向けて斜角であり、前記下位領域にわたる前記微生物細胞懸濁液の体積の保持を助ける、［１９２］に記載のデバイス。
［１９４］前記開口部の最小幅が５ｍｍ未満である、［１１０］～[１９３]のいずれかに記載のデバイス。
［１９５］前記開口部の最小幅が２ｍｍ未満である、［１１０］～[１９３]のいずれかに記載のデバイス。
［１９６］前記開口部の最小幅が１ｍｍ未満である、［１１０］～[１９３]のいずれかに記載のデバイス。
［１９７］前記化学薬品が抗微生物剤である、［１１０］～[１９６]のいずれかに記載のデバイス。
［１９８］１つ又は複数の追加的な固体支持体をさらに含んでなり、各追加的な固体支持体が、それぞれの追加的な開口部を少なくとも部分的に取り囲み、各追加的な固体支持体が、それぞれの追加的な接触面を含んでなり、それぞれの追加的な接触面が、その上に提供され及び／又はその下に含浸される異なる量の前記化学薬品を有する、［１６９］～[１９７]のいずれかに記載のデバイス。
［１９９］前記固体支持体と前記追加的な固体支持体が機械的に結合され、固体支持体のアレイを形成する、［１９８］に記載のデバイス。
［２００］［１９９］に記載のデバイス；及び固相増殖培地支持構造を含んでなるキットであって、前記支持構造が、複数のマイクロウェルを含んでなり、各マイクロウェルが、それぞれの体積の前記固相増殖培地を含んでなり、前記固相増殖培地支持構造が、前記固体支持体のアレイと接触可能であるように構成されており、前記固体支持体のアレイの各接触面が、異なるそれぞれのマイクロウェル内の異なるそれぞれの体積の前記固相増殖培地と接触する、キット。
［２０１］前記固体支持体のアレイ及び前記固相増殖培地支持体構造の１つ又は複数が、前記それぞれの接触面と前記それぞれのマイクロウェルとの間の位置合わせを容易にするキー付き特徴部を含んでなる、［２００］に記載のキット。
［２０２］前記キー付き特徴部が、前記それぞれのマイクロウェルに対する各接触面の側方位置及び深さの１つ又は複数の位置合わせを容易にする、［２０１］に記載のキット。

Claims

生存能力がある微生物細胞の増殖を促進するのに適した条件下で、前記生存能力がある微生物細胞の懸濁液を固相増殖培地と接触させるステップと；
前記固相増殖培地上の１００ミクロン未満の直径を有するコロニーの存在を検出するステップと；
前記コロニーを光学的に照会し、前記コロニーに関連する微生物細胞クラスを同定するステップと；
前記微生物細胞クラスを用いて、前記コロニーが、抗微生物剤感受性試験を実施するのに十分な量の微生物細胞を含有すると予想される時点を判定するステップと；
前記コロニーが抗微生物剤感受性試験に十分な量の微生物細胞を含有するように増殖した後、前記コロニーから微生物細胞を採取するステップと；
前記採取した微生物細胞を用いて、抗微生物剤感受性試験を実施するステップと
を含んでなる、微生物細胞を含有することが疑われるサンプルを処理する方法。
前記コロニーが第１のコロニーであり、前記第１のコロニーから採取された前記微生物細胞が前記第１の微生物細胞であって、
前記固相増殖培地上の第２のコロニーの存在を検出するステップと；
第２の微生物細胞を前記第２のコロニーから採取するステップと
をさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーの双方から採取された微生物細胞を使用して実施される、請求項２に記載の方法。
前記抗微生物剤感受性試験を実施する前に、前記第１のコロニー及び前記第２のコロニーを照会して、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の表現型対応の有無を判定するステップをさらに含んでなる、請求項２に記載の方法。
前記第１のコロニーから検出された第１の光信号を前記第２のコロニーから検出された第２の光信号と比較することによって、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無を判定する、請求項４に記載の方法。
前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、前記第１のコロニーの第１の光学画像を前記第２のコロニーの第２の光学画像と比較することによって判定される、請求項４に記載の方法。
前記選択された微生物細胞クラスが、前記第１のコロニー内の前記第１の微生物細胞の第１のタイプに関連する第１の選択された微生物細胞クラスであり、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応の有無が、
前記第２のコロニーの生存能力を損なうことなく、前記第２のコロニーを照会して、前記第２のコロニー内の第２のタイプの第２の微生物細胞に関連する第２の選択された微生物細胞クラスを判定し、前記第２の選択された微生物細胞クラスが前記微生物細胞クラスのセットから選択されるステップと；
前記第１の微生物細胞クラスが前記第２の微生物細胞クラスと同じであるかどうかを判定するステップと
によって判定される、請求項４に記載の方法。
前記第１の微生物細胞クラスが、前記第１のコロニーの前記第１の微生物細胞の第１の種に関連し、前記第２の微生物細胞クラスが、前記第２のコロニーの前記第２の微生物細胞の第２の種に関連し、前記表現型対応の存在が、前記第１の種が前記第２の種と同じであると判定されたときに確立される、請求項７に記載の方法。
前記抗微生物剤感受性試験が、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の前記表現型対応を判定した後、前記第１の微生物細胞及び前記第２の微生物細胞の双方からの微生物細胞を使用して実施される、請求項２～８のいずれか一項に記載の方法。
前記表現型対応が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞との間に不在であると判定され、抗微生物剤感受性試験が、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞を使用して別々に実施され、前記第１の微生物細胞と前記第２の微生物細胞の別々の抗微生物剤感受性測定値が判定される、請求項２～８のいずれか一項に記載の方法。
請求項２～８のいずれか一項に記載の方法であって、前記選択された微生物細胞クラスが予備的に選択された微生物細胞クラスであり、前記予備的に選択された微生物細胞クラスが第１の分類方法に従って判定され、前記微生物細胞クラスのセットが微生物細胞クラスの第１のセットであって、前記方法が、前記第１のコロニーと前記第２のコロニーとの間の対応を判定した後、前記第２のコロニーから採取された前記第２の微生物細胞を照会して、前記第２の微生物細胞のタイプに関連する補足的微生物細胞クラスを判定するステップをさらに含んでなり、
前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの第２のセットから選択され、前記補足的微生物細胞クラスが、第２の分類方法に従って判定される、方法。
微生物細胞クラスの前記第２のセットが、微生物細胞クラスの前記第１のセットよりも多数の微生物細胞クラスを含む、請求項１１に記載の方法。
前記補足的微生物細胞クラスが、微生物細胞クラスの前記第１のセットに不在である、請求項１２に記載の方法。
前記補足的微生物細胞クラスが、種レベルの微生物細胞クラスである、請求項１３に記載の方法。
微生物細胞クラスの前記第１のセットが、種レベルの微生物細胞クラスを欠いており、微生物細胞クラスの前記第２のセットが、複数の種レベルの微生物細胞クラスを含んでなる、請求項１２に記載の方法。
前記第２の分類方法が、前記第１の分類方法よりも高い信頼性で所与の微生物細胞クラスを判定できる、請求項１２に記載の方法。
前記補足的微生物細胞クラスが、マトリックス支援レーザー脱離／イオン化質量分析を使用して判定される、請求項１１～１６のいずれか一項に記載の方法。
前記補足的微生物細胞クラスが、ラマン検出及び／又はフーリエ変換赤外分光法を使用して判定される、請求項１１～１６のいずれか一項に記載の方法。
前記第２のコロニーからの前記第２の微生物細胞が、前記第１のコロニーから前記第１の微生物細胞を採取した後に採取され、採取時に、採取時に前記第２のコロニーが前記第１のコロニーよりも大きくなるように、前記第２のコロニーが、前記第１のコロニーよりも長い時間インキュベートされる、請求項１１～１８のいずれか一項に記載の方法。
前記第２のコロニーが、前記第２の分類方法による前記補足的微生物細胞クラスの判定を容易にするのに十分な量の微生物細胞を含有すると予想される時点を判定するステップをさらに含んでなり、前記第２のコロニーが前記十分な量の微生物細胞を含有すると判定された後に、前記第２の微生物細胞が前記第２のコロニーから採取される、請求項１１～１９のいずれか一項に記載の方法。
前記第２のコロニーが十分な数の微生物細胞を含有するという判定が、前記第１のコロニーからの前記第１の微生物細胞に対する前記抗微生物剤感受性試験を開始した後に行われ、前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスの判定が、前記抗微生物剤感受性試験の完了前に行われる、請求項２０に記載の方法。
前記第２のコロニーが、前記第１の微生物細胞が採取された後、前記第２の微生物細胞が採取される前にインキュベートされて、さらなるコロニーの増殖が促進される、請求項２０又は２１に記載の方法。
前記第２の微生物細胞に関連する前記補足的微生物細胞クラスと、前記第１の微生物細胞に関連する最小阻害濃度とを報告するステップをさらに含んでなる、請求項１１～２２のいずれか一項に記載の方法。
前記生存能力がある微生物細胞の懸濁液が、全血サンプルから得られる、請求項２～２３のいずれか一項に記載の方法。