JPWO2020082076A5 - - Google Patents

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当業者は、本明細書に記載する本発明の特定の実施形態の多くの均等物に気付くであろう、または常例的実験のみを使用してそのような均等物を突き止めることができるであろう。そのような均等物は、後続の特許請求の範囲により包含されることが意図される。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
(項目1)
DNA標的化配列と、1つまたは複数のタンパク質結合モチーフ(PBM)と、DNA標的部位に組み込まれる目的の核酸配列とを含むRNA成分であって、前記DNA標的化配列、前記タンパク質結合モチーフ、および目的の配列は、親長鎖散在反復(LINE)エレメントタンパク質に由来するタンパク質成分に結合し、cDNAに逆転写され得、前記cDNAがDNAの前記DNA標的部位に組み込まれ得るように、作動可能に連結されている、RNA成分。
(項目2)
前記タンパク質成分が、RNA結合ドメイン、リンカードメイン、逆転写酵素、DNAエンドヌクレアーゼのうちの1つまたは複数を含み、前記1つまたは複数のタンパク質結合モチーフが、前記RNA成分を、前記タンパク質成分の前記RNA結合ドメイン、リンカードメイン、逆転写酵素、DNAエンドヌクレアーゼ、またはこれらの組合せに結合させる、項目1に記載のRNA成分。
(項目3)
親LINEもしくはSINE骨格からのまたはそれに由来するエレメントを含み、RNA成分の前記目的の核酸配列が、前記LINEまたはSINEとは異種である;
タンパク質成分が、親LINEからのまたはそれに由来するエレメントを含む;あるいは
それらの組合せである、
項目1または2に記載のRNA成分。
(項目4)
前記DNA標的化配列が、前記親LINEまたはSINEとは異種である、項目1~3のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目5)
前記目的の配列が、遺伝子、遺伝子の断片、または機能性核酸をコードする、項目1~4のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目6)
親LINEもしくはSINEエレメントからのまたはそれに由来する3’PBM配列を含む、項目1~5のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目7)
CRISPR/Casトレーサー配列、CRISPR/Casガイド配列、またはこれらの組合せを含む、項目1~6のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目8)
前記親LINEもしくはSINEエレメントからのまたはそれに由来する5’PBM配列を含む、項目1~7のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目9)
前記5’PBMが、非機能性IRES配列を含む、項目8に記載のRNA成分。
(項目10)
リボザイムをさらに含む、項目1~9のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目11)
前記リボザイムが、デルタ肝炎ウイルス様リボザイムである、項目10に記載のRNA成分。
(項目12)
前記親LINEまたはSINEが、制限酵素様エンドヌクレアーゼ(RLE)LINEである、項目2~10のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目13)
前記RLE LINEが、R2 LINEである、項目10に記載のRNA成分。
(項目14)
前記RNA成分の前記親LINEまたはSINE骨格、および前記タンパク質成分の前記親LINE骨格が、同じLINEであるか、ならびに/または前記SINEが、前記LINEに由来するか、もしくは前記LINEの祖先である、項目3~13のいずれか一項に記載のRNA成分。
(項目15)
DNA結合ドメイン、RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼを含むタンパク質成分であって、前記DNA結合ドメイン、RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼは、DNA標的部位においてRNA成分およびDNAに結合し得、前記RNA成分からcDNAへの逆転写、および前記DNA標的部位において、前記DNAへの前記cDNAの組込みを助長し得るように、作動可能に連結されている、タンパク質成分。
(項目16)
前記RNA成分が、DNA標的化配列と、1つまたは複数のタンパク質結合モチーフと、前記DNA標的部位に組み込まれる目的の核酸配列とを含む、項目15に記載のタンパク質成分。
(項目17)
前記RNA成分が、親LINEもしくはSINE骨格からのまたはそれに由来するエレメントを含み、RNA成分の前記目的の核酸配列が、前記LINEまたはSINEとは異種である;
タンパク質成分が、親LINEからのまたはそれに由来するエレメントを含む;あるいは
それらの組合せである、
項目15または16に記載のタンパク質成分。
(項目18)
前記DNA結合ドメインが、親LINE DNA結合ドメインと比較して変異している、項目15~17のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
(項目19)
前記DNA結合ドメインが、前記親LINE DNA結合ドメインと比較して代替DNA結合ドメインで置換されている、項目15~17のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
(項目20)
前記DNA結合ドメインが、別のDNA結合タンパク質からのDNA結合ドメインである、項目19に記載のタンパク質成分。
(項目21)
前記DNA結合ドメインが、ヘリックスターンヘリックス、ジンクフィンガー、ロイシンジッパー、ウイングドヘリックス、ウイングドヘリックスターンヘリックス、ヘリックスループヘリックス、HMGボックス、Wor3ドメイン、OBフォールドドメイン、免疫グロブリンフォールド、B3ドメイン、TALエフェクター、またはRNAガイドドメインのうちの1つまたは複数を含む、項目19または20に記載のタンパク質成分。
(項目22)
前記RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼのうちの1つまたは複数の配列が、前記親LINEエレメントタンパク質の配列と同じである、または前記親LINEエレメントタンパク質と比較して前記RNA成分に対する結合もしくは酵素活性を改善するように変異している、項目15~22のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
(項目23)
前記親LINEまたはSINEが、制限酵素様エンドヌクレアーゼ(RLE)LINEである、項目17~22のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
(項目24)
前記RLE LINEが、R2 LINEである、項目23に記載のタンパク質成分。
(項目25)
前記RNA成分の前記親LINEまたはSINE骨格、および前記タンパク質成分の前記親LINE骨格が、同じLINEであるか、ならびに/または前記SINEが、前記LINEに由来するか、もしくは前記LINEの祖先である、項目17~24のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
(項目26)
項目1~14のいずれか一項に記載のRNA成分をコードするベクター。
(項目27)
項目15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分をコードするベクター。
(項目28)
項目1~14のいずれか一項に記載のRNA成分と、項目15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分とを含む操作されたトランスポゾン。
(項目29)
前記DNA標的部位での組込み反応中に生産的な4方向ジャンクションが形成される、項目28に記載のトランスポゾン。
(項目30)
項目1~14のいずれか一項に記載のRNA成分、項目15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分、項目26に記載のベクター、項目27に記載のベクター、項目28または29に記載の操作されたトランスポゾン、またはこれらの任意の組合せを含む、医薬組成物。
(項目31)
1つまたは複数の細胞のゲノムに目的の核酸配列を導入する方法であって、前記1つまたは複数の細胞を、(i)項目15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは項目17に記載のベクターと組み合わせて、項目1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは項目26に記載のベクターと、または(ii)項目28もしくは29に記載の操作されたトランスポゾンと接触させるステップを含む方法。
(項目32)
前記細胞をin vitroで接触させる、項目31に記載の方法。
(項目33)
次いで前記細胞が対象に導入される、項目32に記載の方法。
(項目34)
前記細胞をin vivoで接触させる、項目31に記載の方法。
(項目35)
前記細胞における前記目的の核酸配列の発現が、疾患もしくは障害の1つもしくは複数の症状、または疾患もしくは障害の根底にある分子経路を改善する、項目31~34のいずれか一項に記載の方法。
(項目36)
有効数の細胞が、それを必要とする対象を処置するために修飾される、項目35に記載の方法。

Claims (39)

  1. DNA標的化配列と、1つまたは複数のタンパク質結合モチーフ(PBM)と、DNA標的部位に組み込まれる目的の核酸配列とを含むRNA成分であって、前記DNA標的化配列、前記タンパク質結合モチーフ、および目的の配列は、親長鎖散在反復(LINE)エレメントタンパク質に由来するタンパク質成分に結合し、cDNAに逆転写され得、前記cDNAがDNAの前記DNA標的部位に組み込まれ得るように、作動可能に連結されている、RNA成分。
  2. 前記タンパク質成分が、RNA結合ドメイン、リンカードメイン、逆転写酵素、DNAエンドヌクレアーゼのうちの1つまたは複数を含み、前記1つまたは複数のタンパク質結合モチーフが、前記RNA成分を、前記タンパク質成分の前記RNA結合ドメイン、リンカードメイン、逆転写酵素、DNAエンドヌクレアーゼ、またはこれらの組合せに結合させる、請求項1に記載のRNA成分。
  3. 親LINEもしくはSINE骨格からのまたはそれに由来するエレメントを含み、RNA成分の前記目的の核酸配列が、前記LINEまたはSINEとは異種である;
    タンパク質成分が、親LINEからのまたはそれに由来するエレメントを含む;あるいは
    それらの組合せである、
    請求項1または2に記載のRNA成分。
  4. 前記DNA標的化配列が、前記親LINEまたはSINEとは異種である、請求項1~3のいずれか一項に記載のRNA成分。
  5. 前記目的の配列が、遺伝子、遺伝子の断片、または機能性核酸をコードする、請求項1~4のいずれか一項に記載のRNA成分。
  6. 親LINEもしくはSINEエレメントからのまたはそれに由来する3’PBM配列を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載のRNA成分。
  7. CRISPR/Casトレーサー配列、CRISPR/Casガイド配列、またはこれらの組合せを含む、請求項1~6のいずれか一項に記載のRNA成分。
  8. 前記親LINEもしくはSINEエレメントからのまたはそれに由来する5’PBM配列を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載のRNA成分。
  9. 前記5’PBMが、非機能性IRES配列を含む、請求項8に記載のRNA成分。
  10. リボザイムをさらに含む、請求項1~9のいずれか一項に記載のRNA成分。
  11. 前記リボザイムが、デルタ肝炎ウイルス様リボザイムである、請求項10に記載のRNA成分。
  12. 前記親LINEまたはSINEが、制限酵素様エンドヌクレアーゼ(RLE)LINEである、請求項2~10のいずれか一項に記載のRNA成分。
  13. 前記RLE LINEが、R2 LINEである、請求項10に記載のRNA成分。
  14. 前記RNA成分の前記親LINEまたはSINE骨格、および前記タンパク質成分の前記親LINE骨格が、同じLINEであるか、ならびに/または前記SINEが、前記LINEに由来するか、もしくは前記LINEの祖先である、請求項3~13のいずれか一項に記載のRNA成分。
  15. DNA結合ドメイン、RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼを含むタンパク質成分であって、前記DNA結合ドメイン、RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼは、DNA標的部位においてRNA成分およびDNAに結合し得、前記RNA成分からcDNAへの逆転写、および前記DNA標的部位において、前記DNAへの前記cDNAの組込みを助長し得るように、作動可能に連結されている、タンパク質成分。
  16. 前記RNA成分が、DNA標的化配列と、1つまたは複数のタンパク質結合モチーフと、前記DNA標的部位に組み込まれる目的の核酸配列とを含む、請求項15に記載のタンパク質成分。
  17. 前記RNA成分が、親LINEもしくはSINE骨格からのまたはそれに由来するエレメントを含み、RNA成分の前記目的の核酸配列が、前記LINEまたはSINEとは異種である;
    タンパク質成分が、親LINEからのまたはそれに由来するエレメントを含む;あるいは
    それらの組合せである、
    請求項15または16に記載のタンパク質成分。
  18. 前記DNA結合ドメインが、親LINE DNA結合ドメインと比較して変異している、請求項15~17のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
  19. 前記DNA結合ドメインが、前記親LINE DNA結合ドメインと比較して代替DNA結合ドメインで置換されている、請求項15~17のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
  20. 前記DNA結合ドメインが、別のDNA結合タンパク質からのDNA結合ドメインである、請求項19に記載のタンパク質成分。
  21. 前記DNA結合ドメインが、ヘリックスターンヘリックス、ジンクフィンガー、ロイシンジッパー、ウイングドヘリックス、ウイングドヘリックスターンヘリックス、ヘリックスループヘリックス、HMGボックス、Wor3ドメイン、OBフォールドドメイン、免疫グロブリンフォールド、B3ドメイン、TALエフェクター、またはRNAガイドドメインのうちの1つまたは複数を含む、請求項19または20に記載のタンパク質成分。
  22. 前記RNA結合ドメイン、逆転写酵素、リンカードメインおよびエンドヌクレアーゼのうちの1つまたは複数の配列が、前記親LINEエレメントタンパク質の配列と同じである、または前記親LINEエレメントタンパク質と比較して前記RNA成分に対する結合もしくは酵素活性を改善するように変異している、請求項15~22のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
  23. 前記親LINEまたはSINEが、制限酵素様エンドヌクレアーゼ(RLE)LINEである、請求項17~22のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
  24. 前記RLE LINEが、R2 LINEである、請求項23に記載のタンパク質成分。
  25. 前記RNA成分の前記親LINEまたはSINE骨格、および前記タンパク質成分の前記親LINE骨格が、同じLINEであるか、ならびに/または前記SINEが、前記LINEに由来するか、もしくは前記LINEの祖先である、請求項17~24のいずれか一項に記載のタンパク質成分。
  26. 請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分をコードするベクター。
  27. 請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分をコードするベクター。
  28. 請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分と、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分とを含む操作されたトランスポゾン。
  29. 前記DNA標的部位での組込み反応中に生産的な4方向ジャンクションが形成される、請求項28に記載のトランスポゾン。
  30. 請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分、請求項26に記載のベクター、請求項27に記載のベクター、請求項28または29に記載の操作されたトランスポゾン、またはこれらの任意の組合せを含む、医薬組成物。
  31. 1つまたは複数の細胞のゲノムに目的の核酸配列を導入する方法において使用するための組み合わせ物であって、(i)請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは請求項26に記載のベクターと、(ii)請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは請求項17に記載のベクターとを含み、
    前記方法が、前記1つまたは複数の細胞を、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは請求項17に記載のベクターと組み合わせて、請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは請求項26に記載のベクターと接触させるステップを含むものである、組み合わせ物
  32. 1つまたは複数の細胞のゲノムに目的の核酸配列を導入する方法において使用するための組成物であって、請求項28または29に記載の操作されたトランスポゾンを含み、
    前記方法が、前記1つまたは複数の細胞を、請求項28または29に記載の操作されたトランスポゾンと接触させることを含むものである、組成物。
  33. 前記細胞in vitroで接触される、請求項31に記載の組み合わせ物または請求項32に記載の組成物
  34. 次いで前記細胞が対象に導入されるものである、請求項33に記載の組み合わせ物または組成物
  35. 前記細胞in vivoで接触される、請求項31に記載の組み合わせ物または請求項32に記載の組成物
  36. 前記細胞における前記目的の核酸配列の発現が、疾患もしくは障害の1つもしくは複数の症状、または疾患もしくは障害の根底にある分子経路を改善する、請求項31および33~35のいずれか一項に記載の組み合わせ物または請求項32~35のいずれか一項に記載の組成物
  37. 有効数の細胞が、それを必要とする対象を処置するために修飾される、請求項36に記載の組み合わせ物または組成物
  38. 1つまたは複数の細胞のゲノムに目的の核酸配列を導入する方法において使用するための組成物であって、請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは請求項26に記載のベクターを含み、
    前記方法が、前記1つまたは複数の細胞を、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは請求項17に記載のベクターと組み合わせて、請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは請求項26に記載のベクターと接触させるステップを含むものである、組成物。
  39. 1つまたは複数の細胞のゲノムに目的の核酸配列を導入する方法において使用するための組成物であって、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは請求項17に記載のベクターを含み、
    前記方法が、前記1つまたは複数の細胞を、請求項1~14のいずれか一項に記載のRNA成分もしくは請求項26に記載のベクターと組み合わせて、請求項15~25のいずれか一項に記載のタンパク質成分もしくは請求項17に記載のベクターと接触させるステップを含むものである、組成物。

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