JPWO2019168164A1 - タンパク質及び/又はペプチド修飾用分子 - Google Patents
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Abstract
Description
で表される化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
で表される化合物である、項1に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
で表される化合物である、項1又は2に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
で表される化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
で表される化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
本発明は、その一態様において、一般式(1):
Aは含窒素ヘテロ芳香環を示す。
R1は単結合、アルキレン基、ヘテロアルキレン基、配位原子を含む二価の基、又は含窒素環を含む二価の基を示す。R1として、好ましくはアルキレン基が挙げられる。
R2は同一又は異なって、ヒドロキシ基、カルボキシ基、アルキル基、アルコキシ基、又はハロゲン原子を示す。R2として、好ましくはヒドロキシ基が挙げられる。
本発明の一態様において、一般式(1)で表される化合物としては、好ましくは一般式(1A):
で表される化合物が挙げられ、より好ましくは一般式(1AA):
で表される化合物が挙げられ、さらに好ましくは一般式(1AAA):
で表される化合物が挙げられる。
一般式(1)で表される化合物には、立体異性体及び光学異性体が含まれ、これらは特に限定されるものではない。
一般式(1)で表される化合物の塩は、特に制限されるものではない。該塩としては、酸性塩、塩基性塩のいずれも採用することができる。酸性塩の例としては、塩酸塩、臭化水素酸塩、硫酸塩、硝酸塩、過塩素酸塩、リン酸塩等の無機酸塩; 酢酸塩、プロピオン酸塩、酒石酸塩、フマル酸塩、マレイン酸塩、リンゴ酸塩、クエン酸塩、メタンスルホン酸塩、パラトルエンスルホン酸塩等の有機酸塩が挙げられ、塩基性塩の例としては、ナトリウム塩、及びカリウム塩等のアルカリ金属塩;並びにカルシウム塩、マグネシウム塩等のアルカリ土類金属塩;アンモニアとの塩;モルホリン、ピペリジン、ピロリジン、モノアルキルアミン、ジアルキルアミン、トリアルキルアミン、モノ(ヒドロキシアルキル)アミン、ジ(ヒドロキシアルキル)アミン、トリ(ヒドロキシアルキル)アミン等の有機アミンとの塩等が挙げられる。
一般式(1)で表される化合物は、様々な方法で合成することができる。一例として、一般式(1)で表される化合物は、一般式(1a):
で表される化合物(以下、「化合物1a」と示す。)とアジ化物とを反応させる工程を含む方法によって、製造することができる。
本発明のアジド基導入用化合物は、タンパク質又はペプチドのN末端にアジド基を導入するために、例えば後述の本発明のアジド基含有タンパク質又はペプチド(一般式(2)で表される化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物)を製造するために有用である。このため、本発明のアジド基導入用化合物は、試薬として、特にタンパク質及び/又はペプチド修飾用試薬の有効成分として好適に利用することができる。該試薬は、本発明のアジド基導入用化合物を含有する限りにおいて特に制限されず、必要に応じてさらに他の成分を含んでいてもよい。他の成分としては、薬学的に許容される成分であれば特に限定されるものではないが、例えば基剤、担体、溶剤、分散剤、乳化剤、緩衝剤、安定剤、賦形剤、結合剤、崩壊剤、滑沢剤、増粘剤、保湿剤、着色料、香料、キレート剤等が挙げられる。
本発明は、その一態様において、一般式(2):
本発明は、その一態様において、一般式(3):
<1-1.使用機器>
核磁気共鳴 (NMR) スペクトルはBruker DPX400 核磁気共鳴装置あるいはBruker AVANCE III HD 核磁気共鳴装置を用いて測定し、測定溶媒の残存シグナルを内部基準に化学シフトを算出した。エレクトロスプレーイオン化法による飛行時間型質量分析(ESI-TOF MS) にはBruker micrOTOF focus III 質量分析装置を使用し、移動相にメタノールもしくはアセトニトリル (ともにHPLCグレード)を用いた。フーリエ変換型赤外吸収 (FT-IR)スペクトルはJasco FT/IR-4000 フーリエ変換型赤外分光光度計を使用し、ガリウムプリズムを用いたATRモードで測定を行った。
合成に用いた試薬・溶媒は、市販品をそのまま用いた。
化合物5は以下のスキームに従い合成した。
化合物1は既報 (W. Q. Ong, H. Zhao, Z. Du, J. Z. Y. Yeh, C. Ren, L. Z. W. Tan, K. Zhang, H. Zeng, Chem. Commun. 2011, 47, 6414-6418) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物2は既報 (K. Yu, K. Li, J. Hou, X. Yu, Tetrahedron Lett. 2013, 54, 5771-5774およびM. Mateescu, I. Nuss, A. Southan, H. Messenger, S. V. Wegner, J. Kupka, M. Bach, G. E. M. Tovar, H. Boehm, S. Laschat, Synthesis 2014, 46, 1243-1253) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物3は既報 (E. L. Romero, A. Cabrera-Espinoza, N. Ortiz-Pena, M. Soto-Monsalve, F. Zuluaga, R. F. D’Vries, M. N. Chau, J. Phys. Org. Chem. 2017, 30, e3601) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物4は既報 (J. I. MacDonald, H. K. Munch, T. Moore, M. B. Francis, Nat. Chem. Biol. 2015, 11, 326-331) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物4 (700 mg, 3.25 mmol) のアセトニトリル溶液 (20 mL) にアジ化ナトリウム (890 mg, 13.7 mmol) を加え、窒素雰囲気下、60℃で12時間撹拌した。反応溶液を0℃まで冷却後、純水 (20 mL)を加え反応を停止させ、有機溶媒を減圧留去した。得られた水溶液を酢酸エチル (50 mL x 3) で抽出し、有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧留去し、化合物5 (油状、褐色) を得た。Yield, 96%: 1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ10.1 (s, 1H), 7.92 (d, J = 4.5 Hz, 2H), 7.59 (t, J = 4.5 Hz, 1H), 4.60 (s, 2H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ192.2, 156.9, 152.8, 138.3, 126.2, 121.0, 55.3; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C7H6NaN4O [M+Na]+ 185.04, found 185.02; FT-IR (ATR mode, Ge prism), ν cm-1: 2835, 2099, 1709, 1591, 1286, 1255, 1212, 987, 777, 642。
図1、2および3に1H NMR、13C NMRおよびFT-IRスペクトルを示す。1H NMRスペクトルにおけるδ = 10.1 (ppm)の吸収ならびにIRスペクトルにおける1708 (cm-1)の吸収からホルミル基の存在が、またIRスペクトルにおける2099 (cm-1)の吸収からアジド基の導入が確認できた。
<2-1.試薬・溶媒等>
ウシ膵臓由来リボヌクレアーゼA (RNase)はRoche社より購入した。超純水はMillipore Integral3により精製したものを用いた。その他の試薬・溶媒は、市販品をそのまま用いた。
本手法では、タンパク質N末端を標的としている。対象となりうるタンパク質はN末端アミノ基が未修飾であること加え、N末端から2番目のアミノ酸残基がプロリン以外のアミノ酸であるものである。具体的な実施例として、ウシ膵臓由来リボヌクレアーゼA (RNase)のN末端アジド化について示す。
KETAAAKFER QHMDSSTSAA SSSNYCNQMM KSRNLTKDRC KPVNTFVHE SLADVQAVCS QKNVACKNGQ TNCYQSYSTM SITDCRETGS SKYPNCAYKT TQANKHIIVA CEGNPYVPVH FDASV(配列番号1)。
<3-1.試薬・溶媒等>
Tris(3-hydroxypropyltriazolylmethyl)amine (THPTA)は既報 (A. A. Kislukhin, V. P. Hong, K. E. Beitenkamp, M. G. Finn, Bioconjugate Chem. 2013, 24, 684-689)に従い合成した。超純水はMillipore Integral3により精製したものを用いた。その他の試薬・溶媒は、市販品をそのまま用いた。
リン酸カリウム緩衝溶液 (25 mM, pH7.5, 139 μL)、N末端アジド化RNase溶液 (0.1 mM, 40 μL, 4 nmol, 終濃度20 μM)、アルキン基質(図5の上段:エチニル基を有するクマリン誘導体) (DMSO溶液, 10 mM, 0.8 μL, 8 nmol, 終濃度40 μM)、アミノグアニジン塩酸塩水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)、アスコルビン酸ナトリウム水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)を混合し、ここに硫酸銅五水和物溶液 (20 mM, 1.0 μL, 20 nmol, 終濃度100 μM) とTHPTA 水溶液 (50 mM, 2.0 μL, 100 nmol, 終濃度500 μM)を加え、室温において反応を行った。反応溶液を超純水で希釈し、アミコンウルトラ-0.5 (Millipore社, MWCO: 10 kDa) を用いた濃縮操作を繰り返す (計5回) ことで未反応のアルキン基質や銅触媒を取り除き、トリアゾール付加体を得た。変換率[=クマリン修飾RNase量/総N末端修飾RNase量 (アジド基を有するRNaseおよびクマリン修飾RNaseの総和)]はLC/MSを用いて評価した。
化合物10は以下のスキームに従い合成した。使用機器、試薬、溶媒等は実施例1と同様である。
化合物6は既報 (G. Bozoklu, C. Marchal, C. Gateau, J. Pecaut, D. Imbert, M. Mazzanti, Chem. Eur. J. 2010, 16, 6159-6163) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物7は既報 (V. Ganesan, D. Sivanesan, S. Yoon, Inorg. Chem. 2017, 56, 1366-1374) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物8は既報 (R. Ziessel, P. Nguyen, L. Douce, M. Cesario, C. Estournes, Org. Lett. 2004, 6, 2865-2868) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物10は既報 (J. I. MacDonald, H. K. Munch, T. Moore, M. B. Francis, Nat. Chem. Biol. 2015, 11, 326-331) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物10は以下のスキームに従い合成した。使用機器、試薬、溶媒等は実施例1と同様である。
化合物11は既報 (I. A. Inverarity, A. N. Hulme, Org. Biomol. Chem. 2007, 5, 636-643) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物12は既報 (J. J. Lee, S. A. Lee, H. Kim, L. Nguyen, I. Noh, C. Kim, RSC Adv. 2015, 5, 41905-41913) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物13は既報 (M. Tajbakhsh, R. Hosseinzadeh, H. Alinezhad, S. Ghahari, A. Heydari S. Khaksar, Synthesis, 2011, 3, 490-496) を参考に合成した。以下に具体的な合成項および化合物同定の結果を示す。
化合物13 (41.9 mg, 0.14 mmol)のクロロホルム溶液 (1 mL)にMnO2 (55.5 mg, 0.64 mmol)を加え、反応混合物を40 ℃で5時間撹拌した。反応混合物を室温まで空冷したのち、沈殿物をセライトろ過により除き、ろ液を減圧下で濃縮した。得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー (クロロホルム:メタノール = 100: 0〜90:10)により精製し、化合物14 (油状、黄色)を得た。Yield, 52%: 1H NMR (400 MHz, CD3CN): δ 9.97 (s, 1H), 8.48 (d, J = 4.8 Hz, 1H), 7.93 (t, J = 7.7 Hz, 1H), 7.84-7.80 (m, 2H), 7.72 (td, J = 1.8, 7.7 Hz, 1H), 7.55 (d, J = 7.8 Hz, 1H), 7.20 (dd, J = 4.8, 7.4 Hz, 1H), 3.95 (s, 2H), 3.86 (s, 2H), 3.37 (t, J = 5.9 Hz, 2H), 2.82 (t, J = 5.9 Hz, 2H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ 194.6, 161.6, 160.1, 153.1, 149.9, 138.7, 137.4, 128.4, 123.98, 123.1, 121.0, 61.0, 60.1, 54.2, 49.7。
<6-1.使用機器>
LC/MSおよびLC/MS-MS測定には、HITACHI LaChrom ELITE (UV検出器: L-2400、ポンプ: L-2100)を液体クロマトグラムに、Bruker micrOTOF focus III 質量分析装置を質量分析に用い、移動相に0.1%ギ酸 超純水、アセトニトリルを用いた。
Angiotensin I (Human)はペプチド研究所より購入した。超純水はMillipore Integral3により精製したものを用いた。その他の試薬・溶媒は、市販品をそのまま用いた。
本手法では、生理活性N末端を標的としている。対象となりうるタンパク質はN末端アミノ基が未修飾のものに加え、N末端から2番目のアミノ酸残基がプロリン以外のアミノ酸であるものとなる。具体的な実施例として、Angiotensin I (human) のN末端アジド化について示す。
<7-1.使用機器>
LC/MS測定には、HITACHI LaChrom ELITE (UV検出器: L-2400、ポンプ: L-2100)を液体クロマトグラムに、Bruker micrOTOF focus III 質量分析装置を質量分析に用いた。移動相に0.1%ギ酸 超純水、アセトニトリルを用いた。
実施例2と同様である。
特に断りの無い限り、実施例2と同様にして行った。化合物5, 10, 14 (A項で合成したもの) のジメチルスルホキシド (DMSO)溶液 (200 mM, 40 μL, 8 μmol, 終濃度10 mM) をリン酸カリウム緩衝液 (25 mM, pH 7.5, 720 μL) で希釈し、この溶液にRNase超純水溶液 (1 mM, 40 μL, 40 nmol, 終濃度50 μM) を加え、37℃で16時間振とうした。化合物5, 10, 14によるRNase N末端修飾率の比較は反応混合物のLC/MS測定により評価した(修飾率[=アジド基を有するRNase量/(総RNase量)])。
使用機器、試薬、溶媒等は実施例1と同様である。
化合物18は以下のスキームに従って合成した。
化合物15の合成は、2,5-ピリジンジカルボン酸を前駆体として実施例1-3-1と同様に行った。Yield 62%; 1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 9.31 (s, 1H), 8.45 (d, J = 8.1 Hz, 1H), 8.21 (d, J = 8.1 Hz, 1H), 4.04 (s, 3H), 4.00 (s, 3H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ 165.1, 165.0, 151.0. 150.9, 138.5, 128.8, 124.8, 53.4, 52.9; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C9H9NO4Na [M+Na]+ 218.04, found 218.05。
化合物16の合成は、化合物16を前駆体として実施例1-3-2と同様に行った。 Yield 80%; 1H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 8.45 (s, 1H), 7.84 (dd, J = 1.2, 8.0 Hz, 1H), 7.55 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 4.69 (s, 3H), 4.65 (s, 3H); 13C NMR (100 MHz, DMSO-d6): δ 151.7, 138.6, 128.1, 127.9, 112.4, 55.9, 52.9; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C7H10NO2 [M+H]+ 140.07, found 140.07。
化合物17の合成は、化合物16を前駆体として実施例1-3-3と同様に行った。 Yield 46%; 1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 10.1 (s, 1H), 8.74 (d, J = 1.0 Hz, 1H), 7.95 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.89 (dd, J = 1.0, 8.0 Hz, 1H), 4.85 (d, J = 3.4 Hz, 2H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ 193.1, 152.2, 148.7, 141.3, 135.5, 121.9, 62.3; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C7H7NO2Na [M+Na]+ 160.04, found 160.04。
化合物18の合成は、化合物17を前駆体として実施例4-4と同様に行った。図13および14に1H NMR、13C NMRスペクトルを示す。Yield 80% (after 2 steps); 1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 10.1 (d, J = 0.56 Hz, 1H), 8.75 (d, J = 1.4 Hz, 1H), 8.0 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.86 (dd, J = 1.4, 8.0 Hz, 1H), 4.53 (s, 2H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ 192.9, 152.8, 149.7, 136.6, 136.0, 121.8, 52.0; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C7H6N4ONa [M+Na]+ 185.04, found 185.04。
化合物21は以下のスキームに従って合成した。
5-azidopentanoic acid (657 mg, 4.59 mmol)のテトラヒドロフラン溶液 (30 mL)に、(2(1H-benzotriazole-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate (1.74 g, 4.59 mmol), N,N-diisopropylethylamine (1.68 mL, 9.5 mmol), N-Boc-piperadine (708 mg, 3.8 mmol)を加え、反応混合物を窒素雰囲気下、室温で1時間撹拌した。続いて有機溶媒を減圧留去し、残渣を酢酸エチル (50 mL)に溶解させ、飽和炭酸水素ナトリウム溶液 (30 mL x 2), 5% クエン酸水溶液 (30 mL x 2), 飽和食塩水 (30 mL x 2)で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧留去し、得られた粗生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィー (ヘキサン:酢酸エチル = 99: 1〜50: 50)で精製し、化合物19 (油状、黄色)を得た。Yield 71%; 1H NMR (400 MHz, CDCl3): δ 3.59 (t, J = 5.1 Hz, 2H), 3.44-3.39 (m, 6H), 3.31 (t, J = 6.6 Hz, 2H), 2.37 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 1.77-1.62 (m, 4H), 1.47 (s, 9H); 13C NMR (100 MHz, CDCl3): δ 171.1, 154.7, 80.5, 51.4, 45.5, 41.2, 32.7, 28.7, 28.5, 22.5; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C14H25N5O3Na [M+Na]+ 334.19, found 334.19。
化合物19の1,4-ジオキサン溶液 (10 mL)に、4 M HCl/1,4-ジオキサン溶液 (3 mL)を加え、反応混合物を室温で2時間撹拌した。続いて有機溶媒を減圧留去し、残渣をジエチルエーテル (10 mL)に分散し、溶媒を再度減圧留去し、化合物20 (白色固体)を得た。Yield quant.; 1H NMR (400 MHz, CD3CN): δ 3.79 (dt, J = 4.4, 16 Hz, 4H), 3.31 (t, J = 6.2 Hz, 2H), 3.09 (dt, J = 4.9, 16 Hz, 4H), 2.35 (t, J = 7.1 Hz, 2H), 1.62-1.60 (m, 4H); 13C NMR (100 MHz, CD3CN): δ 172.0, 51.9, 44.1, 44.0, 42.9, 38.8, 32.6, 29.0, 22.9; ESI-TOF MS (positive mode) m/z calcd. for C9H18N5O [M-Cl]+ 212.15, found 212.15。
化合物3 (229 mg, 1.67 mmol) およびトリエチルアミン (700 μL, 5.01 mmol) のアセトニトリル溶液 (10 mL) に、窒素雰囲気下、0 ℃で塩化メタンスルホニル(194 μL, 2.50 mmol)を滴下し、1時間撹拌した。反応溶液を塩化メチレン (40 mL) で希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液 (20 mL) および飽和塩化ナトリウム水溶液 (20 mL x 2) で洗浄した。有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させ、溶媒を減圧留去した。
<9-1.使用機器>
LC/MS測定には、HITACHI LaChrom ELITE (UV検出器: L-2400、ポンプ: L-2100)を液体クロマトグラフィーとして装着したBruker micrOTOF focus III 質量分析装置を質量分析に用いた。移動相に0.1%ギ酸 超純水、アセトニトリルを用いた。
実施例2と同様である。
特に断りの無い限り、実施例2と同様にして行った。化合物18, 21 (A項で合成したもの) のジメチルスルホキシド (DMSO)溶液 (200 mM, 40 μL, 8 μmol, 終濃度10 mM) をリン酸カリウム緩衝液 (25 mM, pH 7.5, 720 μL) で希釈し、この溶液にRNase超純水溶液 (1 mM, 40 μL, 40 nmol, 終濃度50 μM) を加え、37℃で16時間振とうした。化合物5, 10, 14によるRNase N末端修飾率の比較は反応混合物のLC/MS測定により評価した(修飾率[=アジド基を有するRNase量/(総RNase量)])。
<10-1. 使用機器>
LC/MS測定には、HITACHI LaChrom ELITE (UV検出器: L-2400、ポンプ: L-2100)を液体クロマトグラフィーとして装着したBruker micrOTOF focus III 質量分析装置を質量分析に用いた。移動相に0.1%ギ酸 超純水、アセトニトリルを用いた。蛍光測定には、JASCO FP-8600 蛍光分光装置を用いた。
特に断りのない限り、実施例3と同様にして行った。
リン酸カリウム緩衝溶液 (100 mM, pH7.0, 138 μL)、化合物5, 18, 21により処理したN末端アジド化RNase溶液 (0.1 mM, 40 μL, 4 nmol, 終濃度20 μM)、アルキン基質(エチニル基を有するクマリン誘導体) (DMSO溶液, 10 mM, 0.8 μL, 8 nmol, 終濃度40 μM)、アミノグアニジン塩酸塩水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)、アスコルビン酸ナトリウム水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)を混合し、ここに硫酸銅五水和物溶液 (20 mM, 0.4 μL, 20 nmol, 終濃度100 μM) とTHPTA 水溶液 (50 mM, 0.8 μL, 100 nmol, 終濃度500 μM)を加え、室温において反応を行った。反応経過を蛍光スペクトル測定により評価した。一時間後、反応溶液を超純水で希釈し、アミコンウルトラ-0.5 (Millipore社, MWCO: 10 kDa) を用いた濃縮操作を繰り返す (計5回) ことで未反応のアルキン基質や銅触媒を取り除き、トリアゾール付加体を得た。修飾率はLC-MS測定により評価した。図18に結果を示す。配位性アジド部位を有する化合物5によって修飾されたRNaseは非配位性アジド部位を有する化合物18、21によって修飾されたRNaseに比べてCuAAC反応の反応効率が向上していることが示された。
<11-1. 使用機器>
LC/MS測定には、HITACHI LaChrom ELITE (UV検出器: L-2400、ポンプ: L-2100)を液体クロマトグラフィーとして装着したBruker micrOTOF focus III 質量分析装置を質量分析に用いた。移動相に0.1%ギ酸 超純水、アセトニトリルを用いた。
特に断りのない限り、実施例3と同様にして行った。化合物22は既報(T. P. Curran, A. P, Lawrence, T. S. Murtaugh, W. Ji, N. Pokharel, C. B. Gober, J. Suitor, J. Organomet. Chem., 2017, 846, 24-32)を参考に合成したものを用いた。化合物23は既報(F. M. Cordero, P. Bonanno, M. Chioccioli, P. Gratteri, I. Robina, A. J. M. Vargas, A. Brandi, Tetrahedron, 2011, 67, 9555-9564) を参考に合成したものを用いた。化合物24は既報を(X. Chen, Q. Wu, L. Henschke, G. Weber, T. Weil, Dyes Pigm., 2012, 94, 296-303)を参考に合成したものを用いた。
リン酸カリウム緩衝溶液 (100 mM, pH7.0, 138 μL)、化合物5により処理したN末端アジド化RNase溶液 (0.1 mM, 40 μL, 4 nmol, 終濃度20 μM)、アルキン基質 (DMSO溶液, 10 mM, 0.8 μL, 8 nmol, 終濃度40 μM)、アミノグアニジン塩酸塩水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)、アスコルビン酸ナトリウム水溶液 (100 mM, 10 μL, 1 μmol, 終濃度5 mM)を混合し、ここに硫酸銅五水和物溶液 (20 mM, 0.4 μL, 20 nmol, 終濃度100 μM) とTHPTA 水溶液 (50 mM, 0.8 μL, 100 nmol, 終濃度500 μM)を加え、室温において反応を行った。一時間後、反応溶液を超純水で希釈し、アミコンウルトラ-0.5 (Millipore社, MWCO: 10 kDa) を用いた濃縮操作を繰り返す (計5回) ことで未反応のアルキン基質や銅触媒を取り除き、トリアゾール付加体を得た。修飾率はLC-MS測定により評価した。図19に結果を示す。
Claims (14)
- 前記nが0である、請求項1〜3のいずれかに記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
- 前記R1がアルキレン基である、請求項1〜4のいずれかに記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
- 請求項1〜5のいずれかに記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物を含有する、試薬。
- タンパク質及び/又はペプチド修飾用試薬である、請求項6に記載の試薬。
- タンパク質又はペプチドと、請求項1〜5のいずれかに記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物とを反応させる工程を含む、請求項8に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物を製造する方法。
- 一般式(3):
で表される化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。 - 前記有機基が同一又は異なって、医薬化合物由来の基、発光分子由来の基、高分子化合物由来の基、リガンド由来の基、リガンド結合対象分子由来の基、抗原タンパク質由来の基、抗体由来の基、タンパク質由来の基、核酸由来の基、糖類由来の基、脂質由来の基、細胞由来の基、ウイルス由来の基、標識物質由来の基カーボン電極由来の基、又は、カーボンナノ材料由来の基である、請求項10に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
- 前記無機材料が電極材料、金属微粒子、半導体粒子、又は磁性粒子である、請求項10又は11に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物。
- 請求項8に記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物と、エチニル基及び/又はエチニレン基を有する有機分子、有機分子複合体、生体分子、又は無機材料とを反応させる工程を含む、請求項10〜12のいずれかに記載の化合物、又はその塩、水和物若しくは溶媒和物を製造する方法。
- 前記工程が銅イオンの存在下で行われる工程である、請求項13に記載の方法。
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JPS5246094A (en) * | 1975-10-06 | 1977-04-12 | Bristol Myers Co | Antiibacterial agent |
JP2010529965A (ja) * | 2007-06-06 | 2010-09-02 | グラクソスミスクライン エルエルシー | 化合物 |
JP2015030702A (ja) * | 2013-08-02 | 2015-02-16 | 独立行政法人理化学研究所 | 新規化合物及びその利用 |
WO2015057822A1 (en) * | 2013-10-15 | 2015-04-23 | The Regents Of The University Of California | Catalytic scavengers of organophosphates to potentiate butyrylcholinesterase (bche) as a catalytic bioscavenger and methods for making and using them |
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