JPWO2018168819A1 - 解析デバイス、解析キット、及び解析システム - Google Patents
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Abstract
Description
[1]検出機を用いて生化学反応を検出するための解析デバイスであって、複数のウェルが形成されたウェルアレイを備え、前記ウェルは、下記式(1)により計算されるアスペクト比が1以上である、解析デバイス。
アスペクト比=前記ウェルの深さ/平面視において前記ウェルの開口縁に囲まれる領域に内包される円のうち最も大きい円の直径 …(1)
[2]前記ウェルの体積は、100〜5000fLである、[1]に記載の解析デバイス。
[3]前記生化学反応は等温反応である、[1]又は[2]に記載の解析デバイス。
[4]前記ウェルの深さは、前記検出機の焦点深度よりも大きくかつ前記焦点深度の100倍以下である、[1]〜[3]のいずれかに記載の解析デバイス。
[5]前記ウェルの深さは、前記焦点深度の3倍以上でありかつ前記焦点深度の10倍以下である、[4]に記載の解析デバイス。
[6][1]〜[5]のいずれか一項に記載の解析デバイスと、検出用試薬と、封止液と、を備える、解析キット。
[7][5]に記載の解析キットと、前記検出機と、前記検出機によって測定された測定値を解析する解析手段と、を備える解析システム。
1態様において、本発明は、検出機を用いて生化学反応を検出するための解析デバイスであって、複数のウェルが形成されたウェルアレイ(マイクロウェルアレイ)を備え、前記ウェルの体積は、100fL以上であり、前記ウェルのウェル深さは、前記検出機の焦点深度よりも大きくかつ前記焦点深度の100倍以下である解析デバイスである。
アスペクト比=ウェルの深さ/平面視において前記ウェルの開口縁に囲まれる領域に内包される円のうち最も大きい円の直径 …(1)
本実施例では、ウェルの深さを変えて、蛍光を積算させる効果について検討した。
マイクロ流体デバイスの各ウェルは、円筒形に形成した。各ウェルの直径(開口径)は5μm、ウェルの深さは20μmとした(設計値)。上記構成のウェルを有するマイクロ流体デバイスを、熱可塑性樹脂を用いて射出成形で作製した。
まず、上記で調製した試薬1(20μL)をピペットを用いてマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液した。その後、オイル(150μL)をマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液して封止を行った。そして、蛍光顕微鏡(キーエンス社製)で観察を行った。蛍光顕微鏡の焦点深度は、3μm(±1.5μm)であった。
図8に、実施例1の蛍光顕微鏡での蛍光視野の写真を示す。実施例1では、蛍光値(相対値)は3500程度であった。
実施例1の条件と比較して、ウェルのウェル深さのみ3μmに変更したマイクロ流体デバイスを用いた。また、手順は実施例1と同様である。
本実施例では、ウェルの深さを変えて、検出可能なターゲット物質の低濃度について検討した。
マイクロ流体デバイスの各ウェルは、円筒形に形成した。各ウェルの直径(開口径)は5μm、ウェルの深さは20μmとした(設計値)。上記構成のウェルを有するマイクロ流体デバイスを、熱可塑性樹脂を用いて射出成形で作製した。
まず、上記で調製した試薬2(20μL)をピペットを用いてマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液した。その後、オイル(150μL)をマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液して封止を行った。続いて、マイクロ流体デバイスを加熱して等温反応を行い蛍光シグナルを発生させた。さらに、蛍光顕微鏡(キーエンス社製)で観察を行った。蛍光顕微鏡の焦点深度は、3μm(±1.5μm)であった。
結果を下記表2に示す。表2に示すように、試薬2内のターゲット濃度が0fM、0.2fM、2fM、20fM、200fMでのインベーダー反応がそれぞれ確認できた。また、ターゲット濃度が200fMから0.2fMにかけて10分の1ずつ減少するのにつれて、蛍光ウェルのカウント数の平均値も約10分の1ずつ減少していることが分かる。ただし、蛍光ウェルのカウント数の平均値が1以下となる場合には、蛍光ウェルを確認できないことになる。したがって、2fMの低濃度まで検出可能なことが確認できた。
実施例2の条件と比較して、ウェルのウェル深さのみ3μmに変更したマイクロ流体デバイスを用いた。また、試薬2内のターゲット核酸1及びターゲット核酸2の濃度が、それぞれ、0fM、20fM、200fM、2000fM(2pM)、20000fM(20pM)、200000fM(200pM)になるように6種類を調製した。
まず、上記で調製した試薬2(20μL)をピペットを用いてマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液した。次に、オイル(150μL)をマイクロ流体デバイスの第一貫通孔に送液して封止を行った。続いて、マイクロ流体デバイスを加熱して蛍光反応を行った。さらに、蛍光顕微鏡(キーエンス社製)で観察を行った。蛍光顕微鏡の焦点深度は、3μm(±1.5μm)であった。
結果を下記表3に示す。表3に示すように、試薬2内のターゲット核酸1及びターゲット核酸2の濃度が、それぞれ、濃度が0fM、20fM、200fM、2000fM、20000fM、200000fMでのインベーダー反応がそれぞれ確認できた。また、表3から、ターゲット濃度が2000fMから20fMにかけて10分の1ずつ減少するにつれて、蛍光ウェルのカウント数の平均値も約10分の1ずつ減少していることが分かる。しかし、20fMにおける蛍光ウェルのカウント数の平均値が7.4であるため、ターゲット濃度が10分の1に減少した2fMの場合には蛍光ウェルのカウント数の平均値が1以下になると想定され、蛍光ウェルを確認できないことになる。したがって、比較例2では、2fM以下の低濃度では、ターゲット物質を適切に検出できないと考えられる。
Da=F/(π×a2×h/4) …(2)
蛍光顕微鏡で積算できる蛍光は、焦点深度の100倍より狭い範囲においては観察方向(ウェルの深さ方向)に存在する蛍光分子であり、検出される蛍光輝度(蛍光強度)は観察方向に直交する平面における単位体積あたりの蛍光分子となるため、この場合の蛍光輝度Qは、次に示す式(3)で表される。
Q=F/(π×a2/4) …(3)
よって、ウェルの体積Vが同じ場合には、直径aを小さくし、深さhを大きくするほうが、蛍光を積算させる(測定する蛍光量を増やす)ためには好ましい。また、直径aと深さhとの比は、h/a≧1が好ましく、h/a≧1.5がさらに好ましい。
ウェルの深さ及び開口径が異なるウェルを有する、実施例3〜5、比較例3、4のウェルアレイを備えた解析デバイス(マイクロ流体デバイス)を製造した。解析デバイスの形状は図1、2に示すものと同様であった。各ウェルは円筒形に形成した。
Claims (7)
- 検出機を用いて生化学反応を検出するための解析デバイスであって、
複数のウェルが形成されたウェルアレイを備え、
前記ウェルは、下記式(1)により計算されるアスペクト比が1以上である、解析デバイス。
アスペクト比=前記ウェルの深さ/平面視において前記ウェルの開口縁に囲まれる領域に内包される円のうち最も大きい円の直径 …(1) - 前記ウェルの体積は、100〜5000fLである、請求項1に記載の解析デバイス。
- 前記生化学反応は等温反応である、請求項1又は2に記載の解析デバイス。
- 前記ウェルの深さは、前記検出機の焦点深度よりも大きくかつ前記焦点深度の100倍以下である、請求項1〜3のいずれか一項に記載の解析デバイス。
- 前記ウェルの深さは、前記焦点深度の3倍以上でありかつ前記焦点深度の10倍以下である、請求項4に記載の解析デバイス。
- 請求項1〜5のいずれか一項に記載の解析デバイスと、検出用試薬と、封止液と、を備える、解析キット。
- 請求項5に記載の解析キットと、前記検出機と、前記検出機によって測定された測定値を解析する解析手段と、を備える解析システム。
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