JPWO2017110753A1 - 個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体 - Google Patents

個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体 Download PDF

Info

Publication number
JPWO2017110753A1
JPWO2017110753A1 JP2017558125A JP2017558125A JPWO2017110753A1 JP WO2017110753 A1 JPWO2017110753 A1 JP WO2017110753A1 JP 2017558125 A JP2017558125 A JP 2017558125A JP 2017558125 A JP2017558125 A JP 2017558125A JP WO2017110753 A1 JPWO2017110753 A1 JP WO2017110753A1
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
pulse
waveform
data
time
inertia
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2017558125A
Other languages
English (en)
Other versions
JP6621039B2 (ja
Inventor
正輝 谷口
正輝 谷口
川合 知二
知二 川合
鷲尾 隆
隆 鷲尾
真楠 筒井
真楠 筒井
一道 横田
一道 横田
陽 石井
陽 石井
吉田 剛
剛 吉田
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Osaka University NUC
Original Assignee
Osaka University NUC
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Osaka University NUC filed Critical Osaka University NUC
Publication of JPWO2017110753A1 publication Critical patent/JPWO2017110753A1/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP6621039B2 publication Critical patent/JP6621039B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
    • C12M1/00Apparatus for enzymology or microbiology
    • C12M1/34Measuring or testing with condition measuring or sensing means, e.g. colony counters
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N15/1031Investigating individual particles by measuring electrical or magnetic effects
    • G01N15/12Investigating individual particles by measuring electrical or magnetic effects by observing changes in resistance or impedance across apertures when traversed by individual particles, e.g. by using the Coulter principle
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/483Physical analysis of biological material
    • G01N33/487Physical analysis of biological material of liquid biological material
    • G01N33/48707Physical analysis of biological material of liquid biological material by electrical means
    • G01N33/48721Investigating individual macromolecules, e.g. by translocation through nanopores
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N20/00Machine learning
    • G06N20/10Machine learning using kernel methods, e.g. support vector machines [SVM]
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N2015/1006Investigating individual particles for cytology
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N15/1012Calibrating particle analysers; References therefor
    • G01N2015/1014Constitution of reference particles
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N2015/1029Particle size
    • GPHYSICS
    • G01MEASURING; TESTING
    • G01NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N15/00Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
    • G01N15/10Investigating individual particles
    • G01N2015/103Particle shape
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N20/00Machine learning
    • G06N20/20Ensemble learning
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N3/00Computing arrangements based on biological models
    • G06N3/02Neural networks
    • G06N3/08Learning methods
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N5/00Computing arrangements using knowledge-based models
    • G06N5/01Dynamic search techniques; Heuristics; Dynamic trees; Branch-and-bound
    • GPHYSICS
    • G06COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
    • G06NCOMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
    • G06N7/00Computing arrangements based on specific mathematical models
    • G06N7/01Probabilistic graphical models, e.g. probabilistic networks

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Dispersion Chemistry (AREA)
  • Nanotechnology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Sustainable Development (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • Mathematical Physics (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Computing Systems (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)

Abstract

【課題】粒子状または分子状の分析物の種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することのできる個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体を提供することである。
【解決手段】検体の粒子の貫通孔12の通過に応じて、ナノポアデバイス8によって検出した粒子通過検出信号のデータ群をベースにして、コンピュータ制御プログラムを実行することにより、個数導出手段である粒子種分布推定プログラムの実行によって、該粒子通過検出信号として得られる粒子通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、粒子種別の個数を導出することができる。
【選択図】図2

Description

本発明は、例えばウイルス、細菌等の微小物体、あるいは微細な粉塵等の粒子状または分子状の分析物の個数ないし個数分布を分析する個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体に関する。
従来より、細菌などを対象にした微生物検査は生化学的手法によって行われている。生化学的手法による検査においては、細菌の数や種類の同定のために培養・染色が行われる。
WO2013−137209号公報
上記従来の生化学的手法による検査においては、検査時間が数日程度(例えば、大腸菌の培養時間は1〜2日)要し、また検査実施者にも専門的な技術も要求されていた。このため、人やモノの行来が増大する現代社会においては、食の安全、パンデミック防止、PM2.5のような微小粒子状物質による大気汚染による健康被害の防止のためには、その場で誰もが実施可能で、迅速かつ簡便に低コストで行える検査手法が求められている。
特許文献1には、マイクロ・ナノメートルスケールの微細貫通孔(マイクロポア、以下ナノポアと総称する。)を有するマイクロ・ナノポアデバイスを用いた微小物体(細菌、ウイルス等)の電気的検出技術が開示されている。
マイクロ・ナノポアデバイスの動作原理は以下の通りである。ナノポアの上下と、ナノポアは電解質溶液で充填された状態で、ナノポアを挟むようにして配置された電極対に電圧印加を行うと、ポア径、イオン濃度および印加電圧に比例し、かつポア深さに反比例した一定の電流が計測される。細菌などの検体(分析物)がポア(貫通孔)を通過する際、一部のイオン電流が検体により阻害されるため、パルス状の電流変化が現れる。この電流変化を観測することにより、電解質溶液中に存在する検体を検出することができる。
溶液中の検体の種類が判明している場合には、該電流変化の検出数が検体の総数となる。しかしながら、実際の検査においては、種別不明の分析物を検査対象とする場合があるため、ナノポアデバイスを実用的に使用するうえで、単に電流変化の抽出のみでは分析物種別の詳しい検査に適用できないという問題があった。
本発明の目的は、粒子状または分子状の分析物の種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することのできる個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体を提供することである。
本発明は、上記課題に鑑み、ナノポアがポア径に対してポア厚が十分に小さい低アスペクトの場合には、検出した阻害電流の波形には通過する分析物の形態が反映される点に着目し、阻害電流波形の特徴を数学的に抽出して得られるデータに対して統計的コンピュータ解析を加えることにより分析物種別に応じた個数ないし個数分布を導出し得るという知
見に基づいてなされた発明である。
本発明に係る第1の形態は、
貫通孔を形成した隔壁と、前記貫通孔を介して前記隔壁の表裏側に配置された電極とを配置し、
粒子状または分子状の分析物を含む流動性物質を前記隔壁の一面側に供給し、
前記分析物が前記貫通孔を通過することにより生ずる電極間の通電変化を検出した検出信号のデータに基づいてコンピュータ制御プログラムの実行によって分析物種別の個数を分析する個数分析方法であって、
前記コンピュータ制御プログラムは、
前記検出信号として得られた分析物通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、分析物種別の個数を導出する個数導出手段を少なくとも有することを特徴とする個数分析方法である。
本発明に係る第2の形態は、
前記特徴量は、
前記パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、
前記パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかである個数分析方法である。
本発明に係る第3の形態は、
前記第1類型の特徴量は、
所定の時間幅内における波形の波高値、
パルス波長ta
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
該波形の鋭さを表す尖度、
パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかである個数分析方法である。
本発明に係る第4の形態は、
前記第2類型の特徴量は、
パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかである個数分析方法である。
本発明に係る第5の形態は、
前記コンピュータ制御プログラムは、
前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出する基準ライン抽出手段と、
前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータとして抽出するパルス抽出手段と、
抽出した前記パルス状信号のデータから前記特徴量を抽出する特徴量抽出手段と、を含む個数分析方法である。
本発明に係る第6の形態は、
貫通孔を形成した隔壁と、前記貫通孔を介して前記隔壁の表裏側に配置された電極とを配置し、
粒子状または分子状の分析物を含む流動性物質を前記隔壁の一面側に供給し、
前記分析物が前記貫通孔を通過することにより生ずる電極間の通電変化を検出した検出信号のデータに基づいてコンピュータ制御プログラムの実行によって分析物種別の個数を分析する個数分析装置であって、
前記検出信号のデータを記憶する記憶手段と、
前記検出信号のデータに基づく前記コンピュータ制御プログラムの実行制御を行う制御手段と、を有し、
前記コンピュータ制御プログラムは、
前記検出信号として得られた分析物通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、分析物種別の個数を導出する個数導出手段を少なくとも有することを特徴とする個数分析装置である。
本発明に係る第7の形態は、
前記特徴量は、
前記パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、
前記パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかである個数分析装置である。
本発明に係る第8の形態は、
前記第1類型の特徴量は、
所定の時間幅内における波形の波高値、
パルス波長ta
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
該波形の鋭さを表す尖度、
パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかである個数分析装置である。
本発明に係る第9の形態は、
前記第2類型の特徴量は、
パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクト
ルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかである個数分析装置である。
本発明に係る第10の形態は、
前記コンピュータ制御プログラムは、
前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出する基準ライン抽出手段と、
前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータとして抽出するパルス抽出手段と、
抽出した前記パルス状信号のデータから前記特徴量を抽出する特徴量抽出手段と、を含む個数分析装置である。
本発明に係る第11の形態は、前記個数導出手段により導出した個数データを分析物種別に所定の出力態様で出力する出力手段を有する個数分析装置である。
本発明に係る第12の形態は、第1の形態に係る前記コンピュータ制御プログラムを記憶したことを特徴とする個数分析用記憶媒体である。
第1の形態に係る個数分析方法によれば、上記のナノポアデバイスにより検出した検出信号のデータ群をベースにして、前記コンピュータ制御プログラムを実行することにより、前記個数導出手段によって、該検出信号として得られた分析物通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、例えば、細菌、微小粒子状物質、分子状物質等の分析物の個数を導出することができるので、該分析物の種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析検査における簡易化および低コスト化を実現することができる。
第2の形態によれば、前記特徴量は、パルス状信号由来のパラメータとして、該パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、該パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析検査における簡易化および低コスト化に寄与することができる。
本発明に係る個数分析方法において、第1類型または第2類型の特徴量の少なくとも1つ以上の特徴量を使用して個数分析する場合に限らず、第1類型の特徴量と第2類型の特徴量をそれぞれ少なくとも1つ以上、組み合わせて使用して個数分析を行うことができる。
第3の形態によれば、
前記第1類型の特徴量は、
所定の時間幅内における波形の波高値、
パルス波長ta
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
該波形の鋭さを表す尖度、
パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析検査における簡易化および低コスト化に寄与することができる。
第4の形態によれば、
前記第2類型の特徴量は、
パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析検査における簡易化および低コスト化に寄与することができる。
第5の形態によれば、前記基準ライン抽出手段により、前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出し、前記パルス抽出手段により、前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータとして抽出し、前記特徴量抽出手段により、抽出した前記パルス状信号のデータから特徴量を抽出するので、パルス状信号由来の特徴量に基づいて個数分析を実行して、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析検査における簡易化および低コスト化に寄与することができる。
第6の形態によれば、第1の形態に係る個数分析方法に基づく個数分析をコンピュータ解析により実行可能であるので、第1形態で説明したコンピュータ制御プログラムによる全ての効果を有し、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、簡便かつ安価に個数分析を行える個数分析装置を提供することができる。
第7の形態によれば、前記特徴量は、パルス状信号由来のパラメータとして、該パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、該パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、簡便かつ安価に個数分析を行える個数分析装置を提供することができる。
本発明に係る個数分析装置において、第1類型または第2類型の特徴量の少なくとも1つ以上の特徴量を使用して個数分析する場合に限らず、第1類型の特徴量と第2類型の特
徴量をそれぞれ少なくとも1つ以上、組み合わせて使用して個数分析を行うことができる。
第8の形態によれば、
前記第1類型の特徴量は、
所定の時間幅内における波形の波高値、
パルス波長ta
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
該波形の鋭さを表す尖度、
パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、簡便かつ安価に粒子種分析を行える個数分析装置を提供することができる。
第9の形態によれば、
前記第2類型の特徴量は、
パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかであるので、これらのうち1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、簡便かつ安価に粒子種分析を行える個数分析装置を提供することができる。
第10の形態によれば、前記基準ライン抽出手段により、前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出し、前記パルス抽出手段により、前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータとして抽出し、前記特徴量抽出手段により、抽出した前記パルス状信号のデータから特徴量を抽出するので、パルス状信号由来の特徴量に基づいて個数分析を実行して、分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度にコンピュータ分析することができ、簡便かつ安価に個数分析を行える個数分析装置を提供することができる。
第11の形態によれば、前記個数導出手段により導出した個数データを分析物種別に所定の出力態様で出力することができるので、例えば、検査現場において即座に検査結果を表示出力するなどして、迅速な検査結果を報知することができ、迅速簡便かつ安価に個数分析を行える個数分析装置を提供することができる。
第12の形態によれば、第1の形態に係る前記コンピュータ制御プログラムを記憶した個数分析用記憶媒体を提供することができる。したがって、本形態に係る記憶媒体は、第1の形態で説明した前記コンピュータ制御プログラムによる効果を有するので、個数分析用記憶媒体に記憶したコンピュータ制御プログラムをコンピュータにインストールして該コンピュータに個数分析動作させることによって簡便かつ安価に個数分析を行うことができる。
本発明における記憶媒体としては、フレキシブルディスク、磁気ディスク、光ディスク、CD、MO、DVD、ハードディスク、モバイル端末等、コンピュータにより読み取り可能な記憶媒体のいずれかを選択することができる。
本発明によれば、コンピュータ端末を利用して、例えば、細菌、微小粒子状物質、分子状物質等の分析物の個数ないし個数分布の分析を安価で、簡易かつ高精度に行うことができる。
本発明の一実施形態である個数分析装置の概略ブロック図である。 マイクロ・ナノポアデバイスの概略構成を示す概略側断面図である。 前記個数分析装置のPC1により実行可能な個数分析処理の説明に必要な処理プログラム構成を示す図である。 実施例の大腸菌と枯草菌につき実測した粒子通過によるパルス波形例を示す図である。 本発明に係る各種特徴量を説明するためのパルス波形図である。 カルマンフィルターを説明するための図である。 カルマンフィルターの各因子を実際の計測電流データで説明するための図である。 カルマンフィルターの予測(8A)と更新(8B)の繰返しの詳細を示す図である。 BL推定処理プログラムに基づくBL推定処理を示すフローチャートである。 カルマンフィルターの因子調整に使用したビーズモデルの波形図である。 大腸菌22と枯草菌23が電解質溶液24中に混在する様子を模式的に示した貫通孔12周辺の拡大図である。 調整因子のm、k、αの組合せに応じてビーズモデルの波形から拾われたパルスの数を示す表である。 特徴量抽出プログラムの実行処理内容の概要を示すフローチャートである。 粒子種推定処理を示すフローチャートである。 1つの波形データに関する各特徴量(15A)と、大腸菌と枯草菌の粒子種における確率密度関数のイメージ図(15B)とを示す図である。 大腸菌と枯草菌の粒子種の個々より得られた確率密度分布の重ね合わせのイメージ図である。 k個の粒子種別の粒子総数と、粒子種別の出現確率と、データ全体の出現頻度の期待値との関係を示すイメージ図である。 ラグランジュ未定乗数法により最適化を行う制約付き対数尤度最大化式の導出過程を説明するための図である。 データファイル作成処理を示すフローチャートである。 確率密度関数の推定処理を示すフローチャートである。 粒子数の推定処理を示すフローチャートである。 Hasselblad反復法による粒子数推定処理を示すフローチャートである。 EMアルゴリズムによる処理手順を示すフローチャートである。 本実施形態に係る個数分析装置により分析した結果の一例を示す図である。 特徴量としてパルス波長、波高を使用した検証例と、特徴量としてパルス波長、ピーク位置比を使用した検証例の各推定結果データを示す表である。 特徴量としてピーク付近波形の広がり、パルス波長を使用した検証例と、特徴量としてピーク付近波形の広がり、波高を使用した検証例の各推定結果データを示す表である。 特徴量として尖度と、パルス波高を使用した場合における個数推結果を示す図である。 BL推定処理プログラムに基づくBL推定処理を示すフローチャートである。 大腸菌と枯草菌の混合比をそれぞれ、1:10、2:10、3:10、35:100とした場合における各個数推定結果を示すヒストグラムである。 大腸菌と枯草菌の混合比をそれぞれ、4:10、45:100、1:2とした場合における各個数推定結果を示すヒストグラムである。 特徴量としてパルス波長、パルス波高を使用した場合における各粒子の散布状態を合成した図である。 特徴量としてピーク付近波形の広がり、パルス波長を使用した場合、特徴量としてピーク付近波形の広がり、ピーク位置比を使用した場合、ピーク付近波形の広がり、パルス波高を使用した場合における各粒子の散布状態を合成した図である。 マイクロ・ナノポアデバイス8を用いて、3種の粒子33a、33b、33cが貫通孔12を通過して得られる検出信号の波形例と、特徴量に基づいて得られる確率密度関数の導出例を示す図である。 俯角および面積の特徴量を説明するためのパルス波形図である。 波高ベクトルの取得の仕方を説明するための図である。 d次元の波高ベクトルとデータサンプリングとの関係を説明するための図である。 時間(波長)および波幅に関する慣性モーメントの特徴量を説明するためのパルス波形図である。 w次元の波幅ベクトルとデータサンプリングと関係を説明するための図である。 波幅に関する慣性モーメントを波幅ベクトルにより取得する取得過程を説明するための図である。 複数の方向に分割した場合の特徴量作成用波形ベクトルの一例を説明するための図である。 特徴量抽出の処理内容を示すフローチャートである。 1MHz、500kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である 250kHz、125kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 63kHz、32kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 16kHz、8kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 4kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 全サンプリングデータに対する各特徴量組合せに関する推定評価表である。 1MHz〜125kHzでの高密度サンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 63kHz〜4kHzでの低密度サンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価表である。 全サンプリングデータを使用したとき(50A)および高密度にサンプリングしたとき(50B)に高い個数推定精度が得られる上位5種の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフである。 低密度にサンプリングしたときに高い個数推定精度が得られる上位5種の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフ(51A)と、全サンプリングデータを使用したときの4種類の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフ(51B)である。 4種類の各特徴量組合せに対する、特徴量作成に要する計算時間とHasselblad法による反復計算に要する計算時間との合計計算時間を示すサンプリング周波数(kHz)−所要計算時間(秒)のグラフ(52A)と、各特徴量組合せに対する特徴量作成に要する計算時間を示すサンプリング周波数(kHz)−所要計算時間(秒)のグラフ(52B)である。 4種類の各特徴量組合せに対する、Hasselblad法による反復計算に要する計算時間を示すサンプリング周波数−所要計算時間(秒)のグラフである。
本発明の一実施形態に係る個数分析装置を図面を参照して以下に説明する。本実施形態においては、分析物の一例として細菌等の微生物粒子を分析する粒子個数分析形態で説明する。
図1は本実施形態の個数分析装置の概略構成を示す。この個数分析装置は、パーソナルコンピュータ(以下、PCという。)1により構成され、PC1にはCPU2、ROM3、RAM4およびデータファイル記憶部5を有する。ROM3には本発明に係る個数分析プログラムが格納されている。個数分析プログラムは、同プログラムを記憶した記憶媒体(CD、DVD等)からインストールされて格納されている。PC1にはキーボード等の入力手段6および液晶ディスプレイ等の表示手段7が入出力可能に接続されている。データファイル記憶部5には個数分析用データが格納可能になっている。
図2はマイクロ・ナノポアデバイス8を用いた粒子検出装置の概略構成を示す。
粒子検出装置は、マイクロ・ナノポアデバイス8およびイオン電流検出部により構成されている。マイクロ・ナノポアデバイス8は、チャンバー9と、チャンバー9を上下の収容空間に区画する隔壁11と、隔壁11の表裏側に配置された一対の電極13、14とを有する。隔壁11は基板10上に形成されている。隔壁11の中央付近には、微小径の貫通孔12が穿設されている。貫通孔12の下方には、基板10の一部を下向きに凹状に取り除いた凹部18を設けている。
マイクロ・ナノポアデバイス8は半導体デバイス等の製造技術(例えば、電子線描画法やフォトリソグラフィ)を用いて作成される。すなわち、基板10はSi材で構成され、表面上にSi34膜による隔壁11が薄膜形成されている。凹部18は基板10の一部をエッチングにより除去して形成されている。
隔壁11は、大きさ10mm角で、厚さ0.6mmのSi基板に50nmのSiN膜を積層して形成されている。Si34膜にレジストを塗布し、電子線描画法により、直径3
μmの円形の開口パターンを形成して、貫通孔12が穿設されている。貫通孔12の裏側においては、KOHによるウェットエッチングを行い50μm角の開口を形成して凹部18を設けている。凹部18の形成は、ウェットエッチングに限らず、例えば、CF4系ガスによるドライエッチングなどによる等方的なエッチング等により行うことができる。
隔壁11用の膜には、SiN膜の他に、SiO2膜、Al23膜、ガラス、サファイア、セラミック、樹脂、ゴム、エラストマー等の絶縁性膜を使用することができる。基板10の基板材料もSiに限定されるものではなく、ガラス、サファイア、セラミック、樹脂、ゴム、エラストマー、SiO2、SiN、Al23等を使用することができる。
貫通孔12は、上記の基板上の薄膜に形成する場合に限らず、例えば、貫通孔12を形成した薄膜状シートを基板上に接着することによって、貫通孔を有する隔壁を形成するようにしてもよい。
イオン電流検出部は、電極13、14の電極対と、電源15、増幅器16および電圧計20により構成されている。電極13、14は貫通孔12を介して対向配置されている。増幅器16はオペアンプ17と帰還抵抗19とにより構成されている。オペアンプ17の(−)入力端子と電極13は接続されている。オペアンプ17の(+)入力端子は接地されている。オペアンプ17の出力側と電源15の間に電圧計20が接続配置されている。電源15により電極13、14間には、0.05〜1Vの印加電圧を使用できるが、本実施例では0.05Vが印加されるようになっている。増幅器16は電極間に流れる電流を増幅して電圧計20側に出力する。電極13、14の電極材料としては、例えば、Ag/AgCl電極、Pt電極、Au電極等を使用でき、好ましくはAg/AgCl電極である。
チャンバー9は、マイクロ・ナノポアデバイス8周囲を密閉状に囲む流動性物質収容容器であり、電気的および化学的に不活性な材質、例えば、ガラス、サファイア、セラミック、樹脂、ゴム、エラストマー、SiO2、SiN、Al23等により形成されてよい。
チャンバー9内には注入口(図示せず)から検体21を含む電解質溶液24が充填される。検体21は、例えば、細菌、微小粒子状物質、分子状物質等の分析物である。検体21を、流動性物質である電解質溶液24に混入して、マイクロ・ナノポアデバイス8による計測が行われる。イオン電流検出部による計測終了時には排出口(図示せず)より充填溶液は排出可能になっている。電解質溶液には、例えば、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)、Tris−EDTA(TE)バッファーやそれらの希釈液の他、これらと同様なすべての電解質溶液剤を使用することができる。計測は、検体含有電解質溶液をチャンバー9内に導入、充填するごとに行う場合に限らず、溶液溜から簡易ポンプ装置により検体含有電解質溶液(流動性物質)を汲み出して注入口よりチャンバー9内に充填し、計測後に排出口から排出させ、さらに、別の溶液溜あるいは新たな溶液を溶液溜に貯留し、新たに汲み出して次の計測を行う連続計測システムを構成するようにしてもよい。
電解質溶液24をチャンバー9内に充填した状態で、貫通孔12の上下の電極13、14間に電源15の電圧印加を行うと、貫通孔12に比例した一定のイオン電流が電極間に流れる。電解質溶液24中の細菌等の検体が貫通孔12を通過する際には、一部のイオン電流が検体により阻害されるため、電圧計20によりパルス状のイオン電流減少を計測することができる。したがって、マイクロ・ナノポアデバイス8を用いた粒子検出装置によれば、計測電流の波形変化を検出することにより、検体(例えば、粒子)毎の貫通孔12通過による、流動性物質中に含まれる粒子個々の存在を高精度に検出することができる。計測態様には、流動性物質を強制的に流動させながら計測する場合に限らず、流動性物質を非強制的に流動させながら計測する場合を含むことができる。
電圧計20によるイオン電流の計測出力は外部出力可能になっている。この外部出力は、変換回路装置(図示せず)によりデジタル信号データ(計測電流データ)に変換されて記憶装置(図示せず)に一旦保存された後、データファイル記憶部5に格納される。
本実施形態に係る個数分析装置は、分析対象として1種または2種以上の粒子(分析物の一例)を含む流動性物質(電解質溶液24)を隔壁11上側の一面側に供給し、粒子が貫通孔12を通過することにより生ずる電極13、14間の通電変化を検出した検出信号のデータ(計測電流データ)に基づいてコンピュータ制御プログラム(個数分析プログラム)の実行によって粒子種別の個数ないし個数分布を分析する個数分析方法であって、該検出信号に含まれ粒子通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、粒子種別の個数を導出する個数分析方法に基づいて、粒子種別個数の自動分析を行う。PC1は、CPU2の制御によりROM3に格納した個数分析プログラムを実行することにより、データファイル記憶部5に格納、記憶した計測電流データに対する個数分析処理を行うことができる。
図3は,PC1により実行可能な個数分析処理の説明に必要な処理プログラム構成を示す。分析対象のデータ実施例としては、分析物としての2種の粒子(大腸菌と枯草菌)を含む電解質溶液24を用いて抽出した計測電流データ(各粒子のパルス抽出データ)を元データに使用している。
個数分析プログラムには、検出信号として得られた、貫通孔12の粒子通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度関数を求める確率密度関数モジュールプログラムと、確率密度推定の結果から粒子種別の個数を導出する粒子種分布推定プログラムとを含む。さらに、個数分析プログラムには、データ群から抽出したベースラインを基準にして、パルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量を抽出する特徴量抽出プログラムと、抽出した特徴量に基づいて得られる粒子毎のパルス特徴量データによるデータファイルを作成するデータファイル作成プログラムとを含む。確率密度推定処理および粒子種別の個数導出処理は、データファイル作成プログラムにより作成されたデータファイルから取込んだ特徴量のスカラーデータに対して実行可能になっている。特徴量抽出プログラムには、元の計測電流データから該ベースラインを抽出するベースライン推定処理プログラムを含む。
粒子種分布推定の前提として真の確率密度関数の形式が未知であるから、確率密度関数モジュールプログラムの実行により、カーネル法と呼ばれるノンパラメトリック(関数形式を指定しない)確率密度推定が行われる。推定対象の元データは、パルス状信号から得られた、例えば、波高h・時間幅Δt・出現数等を含むパルス出現分布データである。元の計測データ分布の各データを計測誤差不確定性を導入したガウス分布で表し、各ガウス分布の重ね合わせにより確率密度関数が得られる。確率密度関数モジュールプログラムの実行により確率密度推定処理を行い、元データを該元データに基づいた未知の複雑な確率密度関数(例えば、特徴量のパルス波高・パルス幅・出現確率)で表すことができる。
図33は、マイクロ・ナノポアデバイス8を用いて、3種の粒子33a、33b、33cが貫通孔12を通過して得られる検出信号の波形例と、特徴量に基づいて得られる確率密度関数の導出例を示す。同図(33A)は、マイクロ・ナノポアデバイス8を用いた粒子検出装置を模式的に示す。同図(33B)〜(33D)は、各検出信号の波形データを示す。同図(33E)〜(33G)は、各波形データから得られた確率密度関数の3次元分布図を示す。(33E)〜(33G)における、x軸、y軸、z軸は、それぞれ、特徴量のパルス波高、パルス幅および確率密度推定により得られた確率密度を示す。
本実施形態においては、上記のように、ノンパラメトリックな密度関数の推定法の一つであるカーネル法に基づいて確率密度推定処理が行われる。カーネル法は、1つのデータ点にある関数(カーネル関数)を当てはめ、これを全てのデータ点について行い、配置された関数を重ね合わせる推定法であり、滑らかな推定値を得るに適する。
確率密度関数モジュールプログラムの実行により、計測電流波形のパルス波高、パルス幅等のデータから多変数多次元確率密度とみなして2次元以上に拡張して加重の最適推定を行い粒子種別個数分布の推定処理が行われる。加重の最適推定にはHasselbald反復法に基づいて実行されるEMアルゴリズムソフトウエアが使用される。EMアルゴリズムは、PC1にあらかじめインストールされている。粒子種別個数分布の推定処理により得られた粒子種別個数分布結果は、表示手段7に粒子種別に対する出現頻度(粒子個数)のヒストグラムで表示出力可能になっている。
本発明に係る特徴量は、パルス状信号由来のパラメータとして、該パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型に属するものと、該パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型に属するもののいずれかである。これらのうちの1または2以上の特徴量を使用して個数分析を行うことによって、粒子種等の分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができる。
図11は、大腸菌22と枯草菌23の2種の粒子が電解質溶液24中に混在する様子を模式的に示した貫通孔12周辺の拡大図である。
<特徴量について>
図4は、実施例の大腸菌と枯草菌につき実測した粒子通過によるパルス波形例を示す。図4の(4−1)〜(4−9)は、大腸菌の実測パルス波形例(9種類)を示し、(4−10)〜(4−18)は、枯草菌の実測パルス波形例(9種類)を示す。両者を外観で比較すると、両者間に波高や波長には差異はあまりないが、ピーク位置や波形尖度等の粒子通過パルス波形形態の属性に顕著な相違がみられる。例えば、大腸菌の場合、ピークが時間経過に伴い前倒し傾向にあり、全体的に波形が尖っている(波形尖度が大きい)。枯草菌の場合、ピークが時間経過に伴い後倒し傾向にあり、波形尖度が小さい。
本発明者らは、上記の粒子通過パルス波形形態の属性の違いに基づいて、確率分布作成のベースに用いる特徴量をパルス波形データから粒子種(大腸菌と枯草菌)別に抽出することに着目した。
図5は、本発明に係る各種特徴量を説明するためのパルス波形図である。図5において、横軸は時間、縦軸はパルス波高を示す。
第1類型の特徴量は、
所定の時間幅内における波形の波高値、
パルス波長ta
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
該波形の鋭さ(ピーク波形の広がり)を表す尖度、
パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかである。
図5の5a〜5dは、それぞれ、パルス波長、波高値、ピーク位置比、尖度を示す。図
5のBLは、パルス波形データから抽出(後述のBL抽出処理参照)した基準ライン(以下、ベースラインという。)を示す。これら4種類のパルス特徴量は、図5に基づいて示すと以下の(1)〜(4)で定義される。
(1)波長(パルス幅)Δt: Δt=te−ts(tsはパルス波形の開始時間、teはパルス波形の終了時間、Δt=ta
(2)波高|h|: h=xp−xo(BLのxoを基準にしてパルスピークPPのxpまでのパルス波形の高さ)
(3)ピーク位置比r: r=(tp−ts)/(te−ts)(パルス波長(=Δt)と、パルス開始からパルスピークppに至るまでの時間tb(=tp−ts)との比)
(4)ピーク尖度κ: 波高|h|=1、ts=0、te=1となるように正規化し、パルスピークPPから波高30%の水平線と交差する時刻の時刻集合[T]=[[ti]|i=1,・・・,m]を収集して、下記数1に示すように、時刻集合[T]のデータの分散をパルス波形広がりとしてκが求められる。
Figure 2017110753
図34は、俯角、面積および面積比の特徴量を説明するためのパルス波形図である。図34において横軸は時間、縦軸はパルス波高を示す。これら3種類のパルス特徴量は、図34に基づいて示すと以下の(5)、(6)、(7)で定義される。
(5)俯角θは、(34A)に示すように、パルス開始からパルスピークに至る傾きであり、下記数2により定義される。
Figure 2017110753
(6)面積mは、下記数3に示すように、単位べクトル[u]と波高ベクトル[p]との内積による面積[m]で定義される。なお、以下の説明において、変数Aのベクトル表記は[A]で示される。例えば、(34B)の10分割例に示すように、面積mは、一つの波形を所定の時間毎に10分割したときの時間区分面積hi(幅hx、高さhyとしたとき、hi=hx×hy、i=1〜10)の総和を表す面積である。
Figure 2017110753
ここで、特徴量計算の準備として、以下に定義するd次元波高ベクトル[p](=(h1,h2,・・・,hd))をあらかじめ計算して求めておく必要がある。
図35は、波高ベクトルの取得の仕方を説明するための図である。
(35A)に示すように、一つの波形データにつき、波長をd等分してd個のデータグループの分化が行われる。ついで、(35B)に示すように、各グループ(各分割区間)ごとに波高の値を平均化して、例えば、10等分するときには平均値A1〜A10が求められる。この平均化には、波高値を規格化しない場合と、波高値を規格化する場合とを含むことができる。数3で表記した面積[m]は、規格化しない場合を示す。このようにして求めた平均値を成分とするd次元ベクトルが「波高ベクトル」と定義される。
図36は、d次元の波高ベクトルとデータサンプリングと関係を説明するための図である。
(36A)に示すように、パルスデータの取得に関わるサンプリングレートが大きい場合、パルス部分におけるステップ数(データ数)Tがベクトルの次元数dを上回るので、上述の取得手順により各区分の平均値を成分した波高ベクトルを得ることができる。一方、サンプリングレートを下げていくと、パルス部分におけるステップ数Tがベクトルの次元数d(>T)を下回る事態が生ずる。T<dの場合、上述の取得手順により各区分の平均値を取得できないので、3次スプライン補間によってd次元の波高ベクトルを取得することができる。
特徴量抽出プログラムには、波高ベクトルデータを取得するための波高ベクトル取得プログラムが含まれている。波高ベクトル取得プログラムの実行により、パルスステップ数Tがベクトルの次元数dを上回るか(T>d)同等の場合(T=d)、時間方向にd等分した各区分の平均値を求め、該平均値を成分とするd次元波高ベクトルを取得し、パルスステップ数Tがベクトルの次元数dを下回る場合(T<d)、3次スプライン補間を実行してd次元波高ベクトルを取得するようになっている。すなわち、3次スプライン補間法を用いた補間処理を行うことにより、パルスステップ数が少ない場合にもベクトルの次元数を一定にすることができる。
(7)面積比rmは、(34B)に図示した時間区分面積hiをパルス開始からパルスピークに至るまでの区間での和の、全波形面積に対する面積比で定義される。下記数4は、面積比rmを示す。
Figure 2017110753
第1類型の特徴量は、パルス波高、パルス波長、パルス面積等のパルス状信号の波形に一義的に由来し、局所的特徴を示す特徴量である。第2類型の特徴量は、第1類型の局所的特徴に対し全体的特徴を示す特徴量である。
第2類型の特徴量は、
パルス開始時点を中心にして時間区分面積を質量に、かつ該中心から時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかである。
図37は、時間(波長)および波幅に関する慣性モーメントの特徴量を説明するためのパルス波形図である。図37において横軸は時間、縦軸はパルス波高を示す。これらのパルス特徴量は、図37に基づいて示すと、以下の(8)、(9)、(10)、(11)、(12)、(13)で定義される。
(8)時間慣性モーメントは、(34B)と同様に一つの波形を所定の時間毎にi次元で等分割したときの時間区分面積hiを質量に、かつ該中心から時間区分面積hiに至る時間を回転半径に擬制したときに定まる特徴量である。すなわち、時間慣性モーメントの特徴量は、下記数5に示すように、ベクトル[v]と波高ベクトル[p]との内積による[I]で定義される。ここで、ベクトルの次元をnとしたとき、[v]=(12,22,32,・・・n2)および[p]=(h1,h2,・・・,hd)である。例えば、時間慣性モーメントは、(37A)の10分割例に示すように、(34B)と同様に一つの波形を所定の時間毎に10分割したとき、時間区分面積hi(幅hx、高さhyとしたとき、hi=hx×hy、i=1〜10)を質量に、かつ該中心から時間区分面積hiに至る時間を回転半径に擬制したときに定まる特徴量であり、(6)の面積mと同様に、波高ベクトルにより求めることができる。
Figure 2017110753
(9)規格化された時間慣性モーメントは、(8)で示した時間区面積を作成した波形に対して波高が基準値の「1」になるように波高方向に規格化した波形を用いて、(8)と同様にして作成した波高ベクトルhiにより数5で定義される特徴量である。
(10)波幅平均値慣性モーメントは、(37B)の10分割例に示すように、(8)と同様に一つの波形を波高方向にi次元で等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位(分割領域wi)毎に時刻値の平均値を算出し、分割領域wiの同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布hi(ベクトルの次元数をnとしたとき、i=1〜n)と擬制して波形裾野の時間軸Atを回転中心にした場合の慣性モーメントとして定義される特徴量である。定義式は、数5と同じであり、(10)の特徴量は、ベクトル[v]と質量分布hiとの内積により求めることができる。
(11)規格化された波幅平均値慣性モーメントは、(10)で示した分割領域wiを作成した波形に対して波長が基準値の「1」になるように波長方向に規格化した波形を用いて、(10)と同様にして作成した質量分布hiにより数5で定義される特徴量である。
(12)波幅分散慣性モーメントは、波幅平均値慣性モーメントと同様に、
一つの波形を波高方向にi次元で等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位(分割領域wi)毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布hi(ベクトルの次元数をnとしたとき、i=1〜n)と擬制して波形裾野の時間軸Atを回転中心にした場合の慣性モーメントとして定義される特徴量であり、波幅平均値慣性モーメントと同様に、数5で定義される。
(13)規格化された波幅分散慣性モーメントは、(12)で示した分割領域wiを作成した波形に対して波長が基準値の「1」になるように波長方向に規格化した波形を用いて、(12)と同様にして作成した質量分布hiにより数5で定義される特徴量である。
波幅平均値慣性モーメントおよび波幅分散慣性モーメントは、上記のように、数5で定義される特徴量であり、該定義中のベクトル[p]は、波幅平均値慣性モーメントの場合、時刻値の平均値の差のベクトルであり、波幅分散慣性モーメントの場合、時刻値の分散ベクトルである。以下の説明で、(10)〜(13)の波幅に関する慣性モーメントにおけるベクトル[p]を[pw]と表す。
(10)〜(13)の波幅に関する慣性モーメントのデータ作成演算には、図36に示した波高ベクトルの縦横軸を交換した波幅ベクトル[pw](=[p1,p2,・・・,pdw])を用いて行われる。波幅ベクトルは、(10)〜(13)の特徴量の定義で示した平均値の差ベクトルまたは分散ベクトルである。波幅ベクトルを密度分布として捉えることによって、(10)と(11)の波幅平均値慣性モーメントおよび(12)と(13)の波幅分散慣性モーメントを求めることができる。波幅ベクトルは、パルス波形データを波高
方向にdw等分し、各区分毎に求めた波高値の平均値の差または分散を成分にもつdw次元ベクトルである。(37B)の場合、波幅ベクトルの次元は10次元である。(37B)に示した時間軸Atは、ベースラインBLと異なり、波幅ベクトルから得られるパルス裾野周りの回転軸ラインである。
図38は、dw次元の波幅ベクトルとデータサンプリングとの関係を説明するための図である。
特徴量抽出プログラムには、以下のdw次元の波幅ベクトルの作成演算処理により波幅ベクトルを取得するための波幅ベクトル取得プログラムが含まれている。
パルス波形データは、波高方向に様々な間隔で分布しているため、波高方向に分割した区画においてデータ点が存在しない不存在領域Bdを1または2以上含む場合が生ずる。(38A)においては、不存在領域Bdの1例を矢印で示している。不存在領域Bdは、データ間隔が粗くなってデータ点が存在せず、上記の数6で定義される波幅に関する慣性モーメントの成分を得ることができない。そこで、前述のパルス波形広がりの場合と同様に、パルスピークまでの波高をdw等分したときの各波高の時刻集合[Tk]=[[ti]|i=1,・・・,m]を収集することにより波幅ベクトルの成分が作成される。このとき、データ点が存在しない不存在領域Bdにおいては、線形補間によって成分データの取得が行われる。該線形補間は、パルスピークの(10k+5)%(k=0,1,2,3、・・・)の値をまたぐ連続した2つのデータに対して行われる。(38B)は、データ点tiとti+1の間に生じた不存在領域Bdの高さkについての線形補間点tkの一例を示している。なお、波幅ベクトルの作成に際して、(38C)に示すように、パルス波形データの裾野領域URに波高データの食い違いが生じている場合、パルスピークに近い方に揃えるように、パルスピークに遠い側の波高データDuは切り捨てられる。波幅ベクトル取得プログラムの実行処理には、不存在領域Bdに対する線形補間処理と、波高データの食い違いに対する波高データDuの切り捨て処理が含まれている。
図39は、波幅に関する慣性モーメントを波幅ベクトルにより取得する取得過程を説明するための図である。
(39A)は、波形を波高方向に10等分した例であり、一つの波形39aに対して、上記の線形補間処理および切り捨て処理を行うことにより得られた、波幅ベクトルの分割領域39bおよび回転軸ライン39cを示す。
(39B)に示すように、各分割単位ごとに、パルスピーク前後それぞれにおいて時刻値の平均値を算出し、分割領域の同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルの波幅ベクトルを取得することができる。この平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して回転軸ライン39c(時間軸)を回転中心にした(10)の波幅平均値慣性モーメントを作成することができる。また、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを取得することができる。この分散ベクトルを質量分布と擬制して回転軸ライン39c(時間軸)を回転中心にした(12)の波幅分散慣性モーメントを作成することができる。
第2類型の特徴量には、上記の6種類に限らず、例えば、時刻値の平均値を算出して定まる平均値ベクトルおよびそれを規格化した特徴量を含めることができる。平均値ベクトルは、(37B)の10分割例に示すように、一つの波形を波高方向にi次元で等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位(分割領域wi)毎に時刻値の平均値を算出し、分割領域wiの同一波高位置の平均値をベクトルの成分とする特徴量である。平均値ベクトルを規格化した特徴量は、該平均値ベクトルに対し波長が基準値になるように規
格化した場合の特徴量である。また、特徴量の作成に用いた波高ベクトルおよび波幅ベクトルのベクトル次元数は、分割数に拘泥する必要はなく任意に設定することができる。波高ベクトルおよび波幅ベクトルは、波長ないし波高の一方向に細分化した場合であるが、特徴量の作成には、複数方向に細分化したベクトルを使用することができる。
図40は、複数の方向に分割した場合の特徴量作成用波形ベクトルの一例を説明するための図である。
(40A)は、一つの波形データをメッシュ状に分割したデータマップ40aを示す。データマップ40aは、波形データを横軸の時間軸方向にdn分割し、縦軸の波高方向にdw分割してマトリクス状にデータ点の数の分布状態を示す。(40B)は、マトリクス状の区画(格子)の一部を拡大した分布状態を示す。(40B)の分布状態において、11×13個の格子に0〜6個のデータ点数が分布している。このマトリクス分割によって、各格子内のデータ点数/総データ点数をdn×dw次元ベクトルの成分とした波形ベクトルを、マトリクス配列のデータ群を走査状に並べ替えたベクトルに変換することにより波高ベクトルや波幅ベクトルに代えて特徴量の作成に使用することができる。
<ベースラインの推定について>
一般に細菌等は微細に異なる形態を有する微小物体である。例えば、平均的な大腸菌の場合、2〜4μmの体長で外径が0.4〜0.7μmである。平均的な枯草菌の場合、2〜3μmの体長で外径が0.7〜0.8μmである。さらに、大腸菌などには20〜30nmの鞭毛が付随している。
検体粒子として細菌等を使用する場合には、パルス波形データから僅かの違いを見逃すと、個数判定精度の低下をもたらしてしまう。このため、特徴量を正確に算出して確率分布の推定基礎とするために、粒子通過パルス波高を正確に把握する必要があり、これには計測信号のベースラインの推定を行う必要がある。しかし、計測信号の元データのベースラインには、ノイズデータや微弱な計測電流による揺らぎが含まれているために、この揺らぎ成分等を除いたベースラインを確定してからパルス波高等を検出する必要がある。ベースラインの推定(以下、BLの推定という。)は実用上、コンピュータによりオンラインで(即時的に)行うのが好ましい。
BLの推定をコンピュータ上で行う手法として、離散的な誤差のある観測から時々刻々変化する量を推定するに好適なカルマンフィルターを使用すれば、これにより外乱(システム雑音や観測雑音)を取り除いてベースラインBLを推定することができる。
カルマンフィルターとは、離散的制御過程が図6の(6A)に示す線形差分方程式により定義され、更新可能な状態ベクトル[x]の時刻[t]における値を推定する手法である。カルマンフィルターにおいては、状態ベクトル[x]およびシステム制御入力[ut]の値は直接観測できないものとされる。
状態ベクトル[x]は、図6の(6B)に示す観測モデルにより、間接的に推定されるものとする。システム制御入力[ut]については、その統計的変動幅[σu,t]のみをパラメータとして仮定する。
本実施形態における計測電流データ[X]はベクトルではなくスカラーであり、さらに各種行列もスカラーであり、[F]=[G]=[H]=[1]とみなすことができる。したがって、時刻tの実際の電流値のベースラインレベル、時刻tで計測された電流、時刻tの観測ノイズをそれぞれ、[xt]、[yt]、[νt]とすると、[xt]および[yt]は図6の(6C)に示すように表される。[xt]、[ut]、[νt]は観測不可能な因子であり、[yt]は観測可能
な因子である。イオン電流検出部による計測周波数をf(Hz)とすると時刻データは1/f(秒)刻みとなる。システム制御入力[ut]の影響は実際上非常に小さいものと仮定してベースラインの推定を行うことができる。
図7は上記の各因子を実際の計測電流データで示した図である。イオン電流検出部による実際の計測の際には、粒子が貫通孔12に詰まったりして、ベースラインの歪みが生ずるが、計測時には歪みの発生時点で中断して、歪み原因を除去してから計測が行われるので、元のデータ集合には歪みのないベースラインを含むデータのみが収集されている。
カルマンフィルターによる推定は予測と更新の繰返しにより行われる。ベースラインの推定にもカルマンフィルターによる予測と更新を繰返して実行される。
図8は、カルマンフィルターにおける予測(8A)と更新(8B)の繰返しの詳細を示す図である。図8において、ベクトル表記に付加した「ハット」記号は推定値を示している。添え字の「t|t−1」は(t−1)時点の値に基づく、t時点の値の推定値であることを示している。
図9はBL推定処理プログラムに基づくBL推定処理を示す。BL推定処理にいては、BLの推定と、それに基づくパルス波高値の抽出が行われる。
BL推定処理の実行に際しては、カルマンフィルターにおける予測と更新の処理に必要な調整因子の開始時刻m、定数k、αの値は推定対象のデータ属性に応じて適切な値にあらかじめ調整(チューニング)して決めておく必要がある。αの値はベースラインの推定値の分散を調整するための値である。kの値は図8に示したカルマンフィルターにおける更新Aの実行回数に関係する値である(図9のステップS57、S62参照)。開始時刻mは計測サンプリングの1個分を1ステップとして計算されたステップ数分の時間データである。
図10は該調整に使用したビーズモデルの波形図を示す。図2においては、粒子として細菌等と同程度の大きさの微小ビーズ玉を混入させた場合(ビーズモデル)の溶液状態を示している。図10の(10A)はイオン電流検出部によってサンプリング周波数900000Hzで取得した波形データである。(10A)に示すビーズモデルの波形はなだらかに減衰していく波形を示している。(10A)の右端部分に激しい落ち込みが生じており、それを拡大して(10B)に示している。
ビーズモデルの波形から(10B)に示すベースラインの段差部分(10C)が検出された場合に、その直前期間が初期値計算期間となる。例えば、m=100000とした場合、当該初期値計算期間を除いた期間において有意性のあるパルスが11〜12個目視で確認することができる。
図12は、調整因子のm、k、αの組合せに応じてビーズモデルの波形から拾われたパルスの数を示す表である。
図12の(12A)は、m=10000の場合のk値(10、30、50、70、90)、α値(2、3、4、6)の組合せによるパルス数を示す。同図(12B)は、m=50000の場合のk値(10、30、50、70、90)、α値(2、3、4、6)の組合せによるパルス数を示す。(12C)は、m=100000の場合のk値(10、30、50、70、90)、α値(2、3、4、6)の組合せによるパルス数を示す。
図12の3種のシミュレーション結果を比較すると、(12A)と(12B)の場合、
計測されるべきパルス数は12になり、(12C)では11となっている。したがって、実施例では、パルス数の最大値の最も小さい(12C)を採用して、m=100000、k=50、α=6のチューニング設定を行っている。これらのチューニング設定データはあらかじめRAM23の設定エリアに記憶、設定されている。
図9のBL推定処理は上記チューニング設定下、図8に示したカルマンフィルターによるBL推定で行われる。まず、ステップS51にて、時刻mにおけるカルマンフィルターの初期値がRAM23のワークエリアに設定される。このとき、データファイル記憶部5に格納したパルス波形データはRAM23のワークエリアに読み込まれる。ついで、時刻(m+1)におけるカルマンフィルターの予測と更新(図8のAおよびB)が実行される(ステップS52)。予測と更新においては、図8に示したカルマンフィルターの各演算が実行され、RAM23に記憶される。以降、所定の単位時間毎に予測と更新(AおよびB)が繰り返し実行され、時刻tにおけるカルマンフィルターの予測と更新Aが行われたとき、下記数6の条件が満たされたか否かが判断される(ステップS53、S54)。単位時間は元データのサンプリング周波数により定まる値であり、あらかじめRAM23にセットされている。
Figure 2017110753
数6の条件が満たされない場合、時刻tにおけるカルマンフィルターの更新Bが実行され、単位時間経過したデータ毎にステップS53〜S55の処理が繰り返される。上記数6の条件が満たされた場合、その回数値が1回ごとにRAM23のカウントエリアに累積記憶される(ステップS54、S56)。ついで、該カウント値に基づき、数6の条件が時刻sを起点としてk回連続して満たされたか否かが判断される(ステップS57)。k回連続していない場合はステップS55に進み、更新Bが行われる。
k回連続した場合はステップS58に進み、BL確定のためのホールド必要期間が開始したと判定される。このとき、ホールド必要期間のホールド開始時刻をsとしてRAM23に記憶されるとともに、時刻(s+1)〜時刻(s+k−1)の間のカルマンフィルターの演算結果は記憶されずに捨てられる。
ホールド必要期間の開始により、時刻tにおけるパルスの落ち込み最大値がRAM23に更新可能に記憶される(ステップS59)。ついで、ステップS54と同様に、ホールド必要期間における、下記数7の条件が満たされているか否かの判断が行われる(ステップS60)。
Figure 2017110753
上記数7の条件が満たされない場合、パルスの落ち込み最大値の更新が行われる(ステップS59、S60)。数7の条件が満たされた場合、その回数値が1回ごとにRAM23のカウントエリアに累積記憶される(ステップS60、S61)。ついで、該カウント値に基づき、数7の条件が時刻s2を起点としてk回連続して満たされたか否かが判断される(ステップS62)。k回連続していない場合はステップS59に戻る。
k回連続した場合はステップS63に進み、このとき更新記憶されたパルスの落ち込み最大値がパルス波高値の推定値としてRAM23に記憶される。パルス波高値の推定値はパルス開始時刻およびパルス終了時刻のデータとともに記憶される。パルス波高値の推定を終えると、ホールド必要期間は終了と判定される。この終了によりホールド必要期間のホールド終了時刻がs2としてRAM23に記憶される(ステップS64)。次に、ステップS65に進み、時刻sの値はカルマンフィルターの演算処理の再開時の初期値として、時刻s2〜時刻(s+k−1)の期間について遡及してカルマンフィルターの演算が実行される。ステップS65の後は、全パルス波形データのBL推定処理を行ったか否かが判断されて(ステップS66)、全パルス波形データの推定完了で終了し、残データがあるときはステップS53に移る。
<特徴量抽出について>
図13は、特徴量抽出プログラムの実行処理内容の概要を示す。
特徴量抽出処理は、図9の上記BL推定処理の実行によってパルス波高値(波高|h|)の抽出データがあることを条件に実行可能になる(ステップS41)。パルス波高値の抽出データがある場合、前述の波高ベクトル取得プログラムおよび波幅ベクトル取得プログラムが実行されて、各種ベクトルのデータ作成演算が実行される(ステップS42)。波高ベクトルおよび波幅ベクトルの全てのデータ取得を終えると、該ベクトルデータが保存される(ステップS43、S44)。ついで、各種の特徴量の抽出処理が実行される(ステップS45)。波高ベクトルおよび波幅ベクトルのデータ取得に際しては、3次スプライン補間法を用いた補間処理、線形補間処理および切り捨て処理が随時行われる。
図41は、特徴量の抽出処理(ステップS45)の実行処理内容を示す。ステップS71〜S83は、それぞれ上記(1)〜(13)で定義された第1類型および第2類型の特徴量の算出と、算出された特徴量の記憶、保存の処理を示す。
第1類型の特徴量は、ステップS71〜S76において算出される。波長(パルス幅)Δtは、パルス波高値の抽出データ群に対し時系列的に順次算出されて記憶される(ステップS71)。算出された特徴量は、RAM4の特徴量記憶用メモリエリアに記憶される。パルス幅は、Δt(=te−ts;sはパルス波形の開始時刻、teはパルス波形の終了時刻)を演算して求められる。ピーク位置比rは、パルス波高値の抽出データ群に対し時系列的に順次算出されて記憶される(ステップS72)。ピーク位置比rは、r=(tp−ts)/(te−ts)(パルス幅Δtと、パルス開始からパルスピークppに至るまで
の時間(=tp−ts)との比)を演算して求められる。
ピーク尖度κは、パルス波高値の抽出データ群に対し時系列的に順次算出されて記憶される(ステップS73)。パルス波高値|h|=1、ts=0、te=1となるように正規化し、パルスピークPPから波高30%の水平線と交差する時刻の時刻集合T=[[ti]|i=1,・・・,m]を収集して、時刻集合Tのデータの分散を演算してパルス波形広がりとしてκが求められる。
俯角θは、パルス開始からパルスピークまでの時刻と波高のデータと、前掲の数2の演算とに基づいて求められる(ステップS74)。面積mは、波高ベクトルのデータにより求められ、時間区分面積hiを区分数(あらかじめ設定された区分数:10)に応じて求め、それらの総和を求めることにより算出、記憶される(ステップS75)。面積比rmは、全波形面積と、時間区分面積hiをパルス開始からパルスピークに至るまでの区間での部分和とをそれぞれ求め、部分和の全波形面積に対する面積比を算出して記憶される(ステップS76)。
第2類型の特徴量は、ステップS77〜S82において算出される。時間慣性モーメントは、波高ベクトルのデータにより求められ、区分数に応じて求めた時間区分面積hiと、前掲の数5の演算とに基づいて算出され、記憶される(ステップS77)。(9)の規格化された時間慣性モーメントは、ステップS77において得られた時間慣性モーメントに対し波高が基準値の「1」になるように波高方向に規格化処理(波高ベクトルと規格化ベクトルの内積)した規格化データとして記憶される(ステップS78)。波幅平均値慣性モーメントは、ステップS42〜S44で求めた波幅ベクトル(平均値の差ベクトル)のデータから、パルスピーク前後それぞれにおいて分割単位(あらかじめ設定された分割数:10)毎に算出した時刻値の平均値の差と、前掲の数6の演算とに基づいて算出され、記憶される(ステップS79)。(11)の規格化された波幅平均値慣性モーメントは、ステップS79において得られた波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値「1」になるように波長方向に規格化処理(平均値の差ベクトルと規格化ベクトルの内積)した規格化データとして記憶される(ステップS80)。波幅分散慣性モーメントは、波幅ベクトル(分散ベクトル)のデータから、分割単位毎に算出した時刻値の分散と、前掲の数6の演算とに基づいて算出され、記憶される(ステップS81)。(13)の規格化された波幅分散慣性モーメントは、ステップS81において得られた波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値「1」になるように波長方向に規格化処理(分散ベクトルと規格化ベクトルの内積)した規格化データとして記憶される(ステップS82)。
全データからの特徴量の抽出を終了すると、各データのファイル保存が行われ、別のデータ群があるか否かが判断される(ステップS83、S84)。引き続き別ファイルのデータ群があれば、上記処理(ステップS71〜S82)が繰返し実行可能になっている。処理すべきデータがなくなれば特徴量の抽出処理は終了する(ステップS85)。上記の抽出処理においては、第1類型および第2類型の特徴量を全て求めるようにしているが、入力手段6の指定入力により所望の特徴量を指定可能にし、該指定による特徴量だけを抽出可能にすることができる。
図14は、粒子種分布推定プログラムに基づいて実行される粒子種推定処理を示す。
<確率密度関数の推定について>
同種の粒子であっても計測されるパルス波形が一定とは限らないので、粒子種分布推定のための準備として、テストデータから予め粒子種別のパルス波形の確率密度関数の推定が行われる。確率密度関数の推定により導出される確率密度関数によって各パルスの出現確率を表すことができる。
図15の(15B)は大腸菌と枯草菌の粒子種において、パルス波形の特徴量としてパルス幅とパルス波高が用いて得られたパルス波形に対する確率密度関数のイメージ図であり、図中の濃淡によりパルスの出現確率を表している。図15の(15A)は1つの波形データに関する第1類型の特徴量の一部を示す。
パルス幅Δtとパルス波高hの真の密度関数は未知であるので、ノンパラメトリックな確率密度関数の推定を行う必要がある。本実施形態では、カーネル関数としてガウス関数を採用したカーネル密度推定を用いている。
カーネル密度推定とは、計測データにカーネル関数で与えられた確率密度分布を想定し、それらの分布を重ね合わせた分布を確率密度関数とみなす手法である。カーネル関数としてガウス関数を用いた場合は、各データに対して正規分布を想定し、それらを重ね合わせた分布を確率密度関数とみなすことができる。
図16は、大腸菌と枯草菌の粒子種の個々より得られた確率密度分布の重ね合わせのイメージ図である。同図(16C)は、パルス幅Δtとパルス波高hの特徴量データ(16A)から、各粒子につき求めた確率密度分布(16B)を重ね合わせた状態を示している。
入力データ[x]に対する確率密度関数[p(x)]は教師データ数[N]、教師データ[μi]、分散共分散行列[Σ]を用いて、下記数8で表される。
Figure 2017110753
さらに、確率密度関数[p(x)]は下記数9に示すように、各次元のガウス関数の積で表すことができる。
Figure 2017110753
数9からわかるように、各パルス属性が正規分布に従う独立な確率変数であると仮定していることに相当し、これは3次元以上にも同様に拡張可能である。したがって、本実施形態においては2種以上の粒子種個数の分析が可能である。
確率密度関数モジュールプログラムは、2種の特徴量に対する確率密度関数を演算して求める機能を有する。すなわち、2つの特徴量[(β,γ)]による推定対象データを使う場合、カーネル関数としてガウス関数を採用したカーネル密度推定における確率密度関数[p(β,γ)]は下記数10で表される。
Figure 2017110753
数10に基づいて確率密度関数モジュールプログラムにより実行される確率密度関数推定処理は後述の図20により詳述するように、2つの特徴量における確率密度関数の推定処理を行う。
図17はk個の粒子種別の粒子総数と、粒子種別の出現確率と、データ全体の出現頻度の期待値との関係を示すイメージ図である。同図(17A)はデータ全体の出現頻度を示す。同図(17−1)〜(17−k)は粒子種別の出現頻度を示す。パルス[x]が計測される出現頻度の期待値は、粒子種別の確率密度関数に従ってパルス[x]が計測される出現頻度の期待値の和となる。図17に示すように、粒子種別の粒子総数[ni]と、粒子種別出現確率[pi(x)]とから粒子種別の期待値の和として下記数11で表すことができる。
Figure 2017110753
本実施形態においては、あらかじめ求められた粒子種別の確率密度関数の推定を行った確率密度関数データ(数9参照)が分析参照データとしてRAM23に記憶されている。粒子種別個数分析は、数11に基づいて、分析対象の全体データの出現頻度を各分析データから適合する粒子種別の個数を割り出すことにより行われる。個数分析は異なる粒子種のヒストグラム(粒子種に対する出現頻度(粒子数))を推定することにより行われる。
図14の粒子種推定処理においては、データの編集によって特徴量によるデータファイルを作成するデータファイル作成処理(ステップS1)と、粒子数の推定処理(ステップS2)と、推定粒子種分布の算出処理(ヒストグラム作成処理)(ステップS3)が行われる。粒子数の推定処理においては、最尤法、ラグランジュ未定乗数法およびHasselblad反復法による推定手法が用いることができる。
<最尤法(maxium likelihood estimation:統計学において与えられたデータからそれが従う確率分布の母数を点推定する方法である。)について

今、実際のパルス推定結果として、データセット[D]=[x1,x2,x3,・・・xN]が得られれているとする。推定されたj番目のパルス波高データが出現する尤度(尤もらしさ)は下記数12で表わされる。
Figure 2017110753
するとデータセットDが出現する尤度は下記数13で表される。
Figure 2017110753
数13の尤度を最大化する様な粒子種分布の値セット[n]=[n1,・・・,nk]Tが最も尤もらしい粒子種分布である。
<ラグランジュ未定乗数法(束縛条件のもとで最適化を行う解析学的方法であり、各束縛条件に対して未定乗数を用意し、これらを係数にする線形結合を新しい関数(未定乗数も新たな変数とする)として捉えることによって束縛問題を通常の極値問題として解く方法である。)について>
データセットDが出現する尤度を最大化することは、データセット[D]が出現する対数尤度を最大化することに等しい。下記数14はラグランジュ未定乗数法の適否を調べるための対数尤度を導出する過程を示す。
Figure 2017110753
数14において、途中の係数1/NNは最終式では省略している。
ここで、粒径個数分布の値セットn=[n1,・・・,nk]Tには、「合計がNである」という制約(下記数15参照)がある。
Figure 2017110753
したがって、最も尤もらしい粒子種分布を得るという命題は、制約付き対数尤度最大化の問題になるので、ラグランジュ未定乗数法により最適化を行うことが可能である。ラグランジュ未定乗数法により最適化を行う制約付き対数尤度最大化式を下記数16で表すことができる。
Figure 2017110753
数16に示す制約付き対数尤度最大化式からは、図18に示す数学的導出過程を経て下記数17に示す[k]個の連立方程式を導き出すことができる。
Figure 2017110753
数17に示す連立方程式を数値的に解くには、Hasselbladが提唱した反復法を用いて行うことができる。Hasselblad反復法によれば、下記数18の反復計算を行えばよい。この反復法の詳細は提唱論文(Hasselblad V .,1966,Estimation of parameters for a mixture
of normal distributions. Technomerics,8,pp.431−444)に記述されている。
Figure 2017110753
数18の反復計算には、市販のEMアルゴリズムのソフトウエアを利用して行われる。EMアルゴリズムは、命名の由来から明らかなように、確率分布のパラメータを、尤度関数を最大化することで計算する方法、つまり尤度関数である確率分布の期待値(Expectation)を最大化(Maximization)することができるアルゴリズムである。EMアルゴリズムによれば、求めたいパラメータの初期値を設定して、その値から尤度(期待値)を計算して、多くの場合、尤度関数の偏微分が0になる条件を使って、繰り返し計算で最大尤度のパラメータを計算することができる。EMアルゴリズムを使用して行うHasselblad反復法の演算処理は、求めるパラメータの初期値を設定して、その値から尤度(期待値)を計算し、さらに尤度関数の偏微分が0になる条件を使って繰り返し計算を行って最大尤度のパラメータを計算する工程を有する。
<粒子種推定処理について>
図14に示した粒子種推定処理において実行可能な、データファイル作成処理(ステップS1)、確率密度関数の推定処理(ステップS2)、粒子数の推定処理(ステップS3)および推定粒子種分布の算出処理(ステップS4)を以下に詳述する。
図19はデータファイル作成プログラムにより実行されるデータファイル作成処理(ステップS1)を示す。
PC1の入力手段6を使用して、データファイルを作成するk個(実施例では2個)ずつの特徴量の指定操作を行うことができる。指定された特徴量の組合せ入力がRAM23に設定される(ステップS30)。特徴量の設定毎の特徴量データファイルのデータがRAM23のワークエリアに読み込まれる(ステップS31)。特徴量データファイルは、図9のBL推定処理および図13の特徴量推定処理で推定され抽出され、ファイル保存されている特徴量(パルス波高値等)データである。
個数推定に使う特徴量をk個指定することにより、N行k列の行列データが作成される(ステップS32)。作成された行列データは、粒子種分布推定用データファイルに出力され、指定特徴量別に保存される(ステップS33)。指定特徴量に対するすべてのデータファイルの生成を終えると終了する(ステップS34)。
図20は、確率密度関数モジュールプログラムにより実行される確率密度関数の推定処理(ステップS2)を示す。確率密度関数推定処理は、数5に基づいて2つの特徴量における確率密度関数の推定処理が行われる。
データファイル作成処理(ステップS1)において作成された、確率密度関数推定対象のデータファイルのデータを読み込んで、N行2列の行列[D]が作成される(ステップS20、S21)。行列[D]の列ごとの下記数19に示す分散
Figure 2017110753
が算出される(ステップS22)。ついで、下記数20に示す分散パラメータが標準偏差係数cを用いて下記数21に示すように設定される(ステップS23)。
Figure 2017110753
Figure 2017110753
分散パラメータおよび行列[D]の各行を下記数22に示す教師データとして代入されて確率密度関数が求められ、RAM23の所定エリアに記憶される(ステップS24、S25)。上記のステップS20〜S25の処理は全ての処理対象データからの確率密度関数の導出を行うまで行われる(ステップS26)。
Figure 2017110753
図21は粒子数の推定処理(ステップS3)を示す。
まず、上記のステップS20、S21と同様に、データファイル作成処理において作成された、粒子数推定対象のデータファイルのデータを読み込んで、N行2列の行列[D]が作成される(ステップS10、S11)。行列[D]データに対して、Hasselblad反復法による推定処理が実行される(ステップS12)。
図22は、EMアルゴリズムによって実行される、Hasselblad反復法による粒子数推定処理を示す。図23はEMアルゴリズムによる処理手順を示す。
まず、初期値の設定(処理19A)を行った後、確率密度関数に基づく個数計算が順次実行される(処理19B)(ステップS12a、S12b)。個数計算の反復は(19C)に示す収束条件を満たすまで実行される(ステップS12c)。EMアルゴリズムの実行結果(粒子種ごとの推定個数データ)はRAM23の所定エリアに格納される(ステップS12d)。
粒子数推定処理により得られた粒子種ごとの推定個数データは、ステップ4において、粒子種別の個数分布データに編集され、表示指定に応じて表示手段7にヒストグラム表示出力可能になる。図14では省略しているが、本実施形態においては、分散図出力の指定を受けた場合には、特徴量データによる粒子種別の分散図を表示出力可能になっている。
図24は本実施形態に係る粒子種個数分析装置により分析した結果の一例を示す。同図(24A)および(25B)は分析対象の粒子種である大腸菌、枯草菌の顕微鏡拡大写真
である。(24C)および(25D)は特徴量としてパルス波高およびパルス尖度を注して粒子数推定処理の実行により得られた粒子種ごとの推定個数データのヒストグラム、分散図を示す。
<特徴量による粒子種個数の分析精度の検証1について>
本発明者らは、上記実施例の大腸菌と枯草菌の計測電流データを用いて下記の評価条件下で粒子種個数の分析性能の検証1を行った。
検証1の評価条件は以下の通りである。
(1)大腸菌と枯草菌の1000kHz実験測定データで評価を行う。
(2)特徴量には、波長Δt、波高h、ピーク位置比r、ピーク尖度kの4つの第1類型の特徴量を算出して用いる。
(3)各特徴量の組合せについて個数推定処理を実施する。
(4)大腸菌と枯草菌の実測データをランダムに学習用とテスト用に分けて推定評価する。この推定評価を10回反復して実施し、それらの平均精度と標準偏差を算出する。この場合、実際に近い精度を評価する交差検定法(cross validation)により行う。
(5)検証粒子(大腸菌と枯草菌)の実測データの一部を個別に個数分析し、残りを所定の混合比δによりランダムに混合して検証用として、個数分析結果を比較する。ランダムデータ混合用データ混合プログラムをROM3に格納しPC1を利用してデータのランダム混合を実行して、そのランダム混合したデータに対する個数推定を行う。すなわち、図19のステップS32における行列データには、データ混合プログラムにより作成されたN行k列のランダム置換行列データを使用する。混合比δには、大腸菌の混合率として10、20、30、35、40、45、50%の7種類を使用する。BL推定用のパラメータ(調整因子)m、k、αの値はそれぞれ、100000、400、6を使用し、確率密度関数の推定用の標準偏差係数cには0.1を設定する。粒子種個数推定時の収束条件αは0.1に設定する。なお、評価に使用した上記調整因子の値には、図12で示したシミュレーション例と同様にしてより厳密な調整を行って得られた値が使用されている。
図25の(25A)および(25B)は、特徴量としてパルス波長、波高を使用した検証例と、特徴量としてパルス波長、ピーク位置比を使用した検証例の各推定結果データを示す。
本検証により得られた全パルスの数は大腸菌で146個、枯草菌で405個であった。
図26の(26A)および(26B)は特徴量としてピーク付近波形の広がり、パルス波長を使用した検証例と、特徴量としてピーク付近波形の広がり、波高を使用した検証例の各推定結果データを示す。
図26の(26A)および(26B)は特徴量としてピーク付近波形の広がり、パルス波長を使用した検証例と、特徴量としてピーク付近波形の広がり、波高を使用した検証例の各推定結果データを示す。
粒子種別個数の評価は、図27の(27B)に示す数式で表わされる「重み付き平均相対誤差」により行うことができる。「重み付き平均相対誤差」は各粒径の相対誤差にその
粒径の真の個数割合を掛けたものを、全粒径について足した数値である。
図27の(27A)は特徴量として尖度と、パルス波高を使用した場合における個数推結果を示す。
図28の(28A)および(28B)は特徴量としてパルス波長、パルス波高を使用した場合における各混合比δ別の個数推定結果と、特徴量としてパルス波長、ピーク位置比を使用した場合における各混合比δ別の個数推定結果を示す。
図29の(29A)〜(29D)は大腸菌と枯草菌の混合比をそれぞれ、1:10、2:10、3:10、35:100とした場合における各個数推定結果を示すヒストグラムである。
図30の(30A)〜(30C)は、大腸菌と枯草菌の混合比をそれぞれ、4:10、45:100、1:2とした場合における各個数推定結果を示すヒストグラムである。
図31の(31A)および(31B)は、特徴量としてパルス波長、パルス波高を使用した場合における各粒子の散布状態を合成した図である。
図32の(32A)、(32B)および(32C)は、特徴量としてピーク付近波形の広がり、パルス波長を使用した場合、特徴量としてピーク付近波形の広がり、ピーク位置比を使用した場合、ピーク付近波形の広がり、パルス波高を使用した場合における各粒子の散布状態を合成した図である。
上記の性能評価実験から、以下の評価結果が得られた。
(1)図31および図32のデータ散布図では、4つの特徴量に関して、大腸菌と枯草菌の特徴は大きく重なるが、明らかな相違があることが認められる。
(2)図27の(27A)等に示す種別個数分布の推定結果からは、この評価検証の特徴量の中でパルス波高とピーク尖度の特徴量を組み合わせた場合が最も精度がよく、重み付き平均相対誤差の評価で4〜12%の分析精度を得ることができる。上記実施形態においては4種類全部の特徴量を抽出しているが、上記検証結果を踏まえて一部の特徴量(例えば、パルス波高とピーク尖度)だけを抽出して個数分析するようにしてもよい。
<特徴量による粒子種個数の分析精度の検証2について>
本発明者らは、上記実施例の大腸菌と枯草菌の計測電流データを用いて、検証1とは別の粒子種個数の分析性能の検証2を行った。検証2においては、検証1とは異なり、第1類型および第2類型の特徴量((1)〜(13)の13種類)を算出して用い、これらの組合せに係る特徴量とサンプリングデータ数との関連性および各組合せの分析性能を検証した。
図42の(42A)および(42B)は、それぞれ、全データのうち、1MHz、500kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図43の(43A)および(43B)は、それぞれ、全データのうち、250kHz、125kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図44の(44A)および(44B)は、それぞれ、全データのうち、63kHz、32kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図45の(45A)および(45B)は、それぞれ、全データのうち、16kHz、8kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図46は、4kHzでサンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。これらの表中の各組合せご
との推定評価結果は、検証1の(4)と同様に交差検定法により得られた、上側に記載の平均精度と、下側に括弧書きで示した標準偏差を表す。表中の慣性I、慣性I(規格化)、慣性I w、慣性I wv、慣性I w(規格化)、慣性I wv(規格化)は、それぞれ、(8)の時間慣性モーメント、(9)の規格化された時間慣性モーメント、(10)の波幅平均値慣性モーメント、(12)の波幅分散慣性モーメント、(11)の規格化された波幅平均値慣性モーメント、(13)の規格化された波幅分散慣性モーメントの特徴量を示す。
図47は、全サンプリングデータにおける各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図48は、全データのうち1MHz〜125kHzでの高密度サンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。図49は、全データのうち63kHz〜4kHzでの低密度サンプリングしたときの各特徴量組合せに関する推定評価結果を示す。
図50は、全サンプリングデータを使用したとき(50A)および高密度にサンプリングしたとき(50B)に高い個数推定精度が得られる上位5種の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフである。図50における上位5種の特徴量の組合せは、波長Δt−面積m、波長Δt−慣性I、ピーク位置比r−慣性I、俯角θ−慣性I、慣性I−慣性I w(規格化)である。
図51は、低密度にサンプリングしたときに高い個数推定精度が得られる上位5種の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフ(51A)と、全サンプリングデータを使用したときの4種類の特徴量の組合せに関するサンプリング周波数−重み付き平均相対誤差(平均値)のグラフ(51B)である。図50および図51の縦軸の値は、50回の交差検定を行って得られた重み付き平均相対誤差の平均値である。51Aにおける上位5種の特徴量の組合せは、波長Δt−面積m、波長Δt−慣性I、ピーク位置比r−面積m、俯角θ−面積m、面積m−慣性I wv(規格化)である。51Bにおける4種類の特徴量の組合せは、波長Δt−面積m、波長Δt−慣性I、尖度k−波高|h|、尖度k−ピーク位置比rである。
検証2から得られた結果は、以下の通りである。
(R1)図47および図50に示すように、全サンプリングデータを使用したときには、上位5種の組合せ、すなわち、波長Δt−慣性I、波長Δt−面積m、ピーク位置比r−慣性I、俯角θ−慣性I、慣性I−慣性I w(規格化)の特徴量の場合、高い個数推定精度を得ることができる。これらの特徴量の組合せによる個数推定精度(重み付き平均相対誤差)は、例えば、波長Δt−慣性Iで250〜1000kHzのサンプリング領域において約9〜10%、波長Δt−面積mで125〜250kHzのサンプリング領域において約9〜10%、、波長Δt−慣性Iで16〜63kHzのサンプリング領域において約13〜15%である。
(R2)図48に示すように、全サンプリングデータより少ないが高密度なサンプリングデータを使用したときに高い個数推定精度が得られる特徴量は、上位5種の組合せで示せば、波長Δt−慣性I、波長Δt−面積m、ピーク位置比r−慣性I、慣性I−慣性I w、俯角θ−慣性Iの5種である。これらの特徴量の組合せによる個数推定精度(重み付き平均相対誤差)は、例えば、波長Δt−慣性Iで250〜1000kHzのサンプリング領域において約9〜10%、波長Δt−面積mで125〜250kHzのサンプリング領域において約9〜10%、、波長Δt−慣性Iで16〜63kHzのサンプリング領域において約13〜15%である。
(R3)図49に示すように、高密度サンプリングデータと比べてさらに少ない低密度サンプリングデータを使用した場合に高い個数推定精度が得られる特徴量は、上位5種の組
合せで示せば、波長Δt−面積m、波長Δt−慣性I、俯角θ−面積m、面積m−慣性I
wv(規格化)、ピーク位置比r−面積mの5種である。これらの特徴量の組合せによる個数推定精度(重み付き平均相対誤差)は、波長Δt−慣性Iで250〜1000kHzのサンプリング領域において約9〜10%、波長Δt−面積mで125〜250kHzのサンプリング領域において約9〜10%、、波長Δt−慣性Iで16〜63kHzのサンプリング領域において約13〜16%である。
(R4)(R1)〜(R3)からわかるように、第1類型と第2類型の特徴量の組合せを使用しても高精度の個数推定を行うことができる。さらに、本発明に係る個数分析方法によれば、サンプリング数が十分に多くなくても、所定のサンプリング数が得られれば十分あるときと同程度の精度で個数分析を行うことができる。例えば、検証1で調べた尖度kとピーク位置比rとの組合せでは、12%の最大誤差を生じていたが、例えば、波長Δt−慣性Iの特徴量による場合には、全データを使用しなくとも1MHz〜125kHzでの高密度サンプリングデータを使用して、つまり部分的なデータであっても個数推定処理を約9%の高精度で行うことができる。したがって、本実施形態に係る個数分析装置は、定常的な個数分析にとどまらず、例えば、緊急性を要する検疫検査や医療現場において、菌類等の粒子有無や個数の判別に即応的実施に好適な検査ツールとして使用することができる。
<個数分析処理時間の検証3について>
個数推定には、Hasselblad法による反復計算に要する所要計算時間がかかるので、この所要計算時間とサンプリング周波数との関係について特徴量の比較検討を検証3で検証した。検証3の比較検討例には、図51の(51B)に示した、波長Δt−面積m、波長Δt−慣性I、尖度k−波高|h|、尖度k−ピーク位置比rの4種類の特徴量の組合せを使用した。これらの組合せは、他の組合せと比較して交差検定精度の良い組合せである。個数分析の計算に要する時間には、特徴量作成に要する時間と、Hasselblad法による反復計算に要する計算時間とが含まれるので、特徴量作成に要する計算時間CT1、Hasselblad法による反復計算に要する計算時間CT2およびそれらの合計計算時間CT3(=CT1+CT2)について比較検討を行った。この場合も、それぞれの所要計算時間は、50回の交差検定を行って得られた各計算時間の平均値である。
図52は、4種類の各特徴量組合せに対する合計計算時間CT3を示すサンプリング周波数(kHz)−所要計算時間(秒)のグラフ(52A)と、各特徴量組合せに対する特徴量作成に要する計算時間CT1を示すサンプリング周波数(kHz)−所要計算時間(秒)のグラフ(52B)である。図53は、各特徴量組合せに対する計算時間CT2を示すサンプリング周波数−所要計算時間(秒)のグラフである。
(52A)に示すように、波長Δt−面積mと波長Δt−慣性Iの特徴量組合せG1は、ほぼ同じ合計計算時間になっており、尖度k−波高|h|と尖度k−ピーク位置比rの特徴量組合せG2は、ほぼ同じ合計計算時間になっている。(52B)に示すように、特徴量組合せG1のそれぞれの特徴量作成に要する計算時間は同じであり、特徴量組合せG2のそれぞれの特徴量作成に要する計算時間は同じになっている。図53に示すように、Hasselblad法による反復計算に要する時間は、特徴量組合せG1、G2のいずれにおいても、1MHz〜16kHzでのサンプリング領域において約3,5秒以下の短時間で処理可能になっている。
検証3の特徴量組合せG1、G2の比較結果から明らかに、第1類型と第2類型の同一類型との組合せであっても異なる混合組合せであっても特徴量を使用して所要計算時間の短縮化を図ることができる。したがって、本実施形態に係る個数分析装置によれば。定常
的な個数分析にとどまらず、例えば、緊急性を要する検疫検査や医療現場において、菌類等の粒子有無や個数の判別処理を迅速に行うことができる。
以上の性能評価からわかるように、本実施形態によれば、ナノポアデバイス8により検出した検出信号のデータ群をベースにして、コンピュータ制御プログラム(個数分析プログラム)における、個数導出手段である粒子種分布推定プログラムの実行によって、該検出信号として得られた粒子通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、粒子種別の個数を導出することができる。したがって、本実施形態に係る個数分析装置を用いることによって、例えば、細菌や微小粒子状物質等の分析物種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、個数分析検査における簡易化および低コスト化を実現することができる。ナノポアデバイス8による検出信号を個数分析装置に直接的に取り込んでデータ保存可能にすることにより、検査・分析を統合した粒子種統合分析システムを構築するようにしてもよい。
本実施形態に係る個数分析装置において、特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、粒子種別の個数を導出した結果を、出力手段である表示手段7に表示出力あるいはプリンタにプリント出力することができる。したがって、本実施形態によれば、高精度の導出結果(粒子個数、粒子個数分布、推定精度等)を、例えば、ヒストグラムや散布図の出力形態で認知可能に即応的に報知することができるので、例えば、迅速な対応を要する医療現場や検疫場における有用な検査ツールとして本実施形態に係る個数分析装置を使用することができる。
本発明は、個数分析プログラムを搭載した特定のPC等のコンピュータ端末に限らず、該個数分析プログラムの一部ないし全部を記憶した個数分析用記憶媒体に適用することができる。すなわち、所定のコンピュータ端末に該個数分析用記憶媒体に記憶した個数分析プログラムをインストールして所望のコンピュータに個数分析動作させることができるので、簡便かつ安価に個数分析を行うことができる。本発明の適用可能な記憶媒体には、フレキシブルディスク、磁気ディスク、光ディスク、CD、MO、DVD、ハードディスク、モバイル端末等、コンピュータにより読み取り可能な記憶媒体のいずれかを選択して使用することができる。
尚、本発明は上記実施形態に限定されるものではなく、本発明の技術的思想を逸脱しない範囲における種々変形例、設計変更などをその技術的範囲内に包含するものであることは云うまでもない。
本発明によれば、例えば、細菌や微小粒子状物質等の粒子種別に応じた個数ないし個数分布を高精度に分析することができ、分析物の個数分析検査における簡易化、迅速化および低コスト化に寄与することができる。本発明に係る個数分析技術は、例えば、一刻を争う医療検査に有用であるとともに、感染症状が顕在化する前の微量な細菌・ウイルスの検査にも適応でき、近年注目されている先制医療に対する有力な分析技術にもなり、さらに、迅速な検査結果を必要とする食品の出荷前検査や検疫検査など広範囲に適用することができる。
1 パーソナルコンピュータ
2 CPU
3 ROM
4 RAM
5 データファイル記憶部
6 入力手段
7 表示手段
8 マイクロ・ナノポアデバイス
9 チャンバー
10 基板
11 隔壁
12 貫通孔
13 電極
14 電極
15 電源
16 増幅器
17 オペアンプ
18 凹部
19 帰還抵抗
20 電圧計
21 検体
22 大腸菌
23 枯草菌
24 電解質溶液

Claims (12)

  1. 貫通孔を形成した隔壁と、前記貫通孔を介して前記隔壁の表裏側に配置された電極とを配置し、
    粒子状または分子状の分析物を含む流動性物質を前記隔壁の一面側に供給し、
    前記分析物が前記貫通孔を通過することにより生ずる電極間の通電変化を検出した検出信号のデータに基づいてコンピュータ制御プログラムの実行によって分析物種別の個数を分析する個数分析方法であって、
    前記コンピュータ制御プログラムは、
    前記検出信号として得られた分析物通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、分析物種別の個数を導出する個数導出手段を少なくとも有することを特徴とする個数分析方法。
  2. 前記特徴量は、
    前記パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、
    前記パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかである請求項1に記載の個数分析方法。
  3. 前記第1類型の特徴量は、
    所定の時間幅内における波形の波高値、
    パルス波長ta
    パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
    該波形の鋭さを表す尖度、
    パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
    波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
    パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかである請求項2に記載の個数分析方法。
  4. 前記第2類型の特徴量は、
    パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
    前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
    波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
    前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
    波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
    前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかである請求項2に記載の個数分析方法。
  5. 前記コンピュータ制御プログラムは、
    前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出する基準ライン抽出手段と、
    前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータ
    として抽出するパルス抽出手段と、
    抽出した前記パルス状信号のデータから前記特徴量を抽出する特徴量抽出手段と、を含む請求項1〜4のいずれかに記載の個数分析方法。
  6. 貫通孔を形成した隔壁と、前記貫通孔を介して前記隔壁の表裏側に配置された電極とを配置し、
    粒子状または分子状の分析物を含む流動性物質を前記隔壁の一面側に供給し、
    前記分析物が前記貫通孔を通過することにより生ずる電極間の通電変化を検出した検出信号のデータに基づいてコンピュータ制御プログラムの実行によって分析物種別の個数を分析する個数分析装置であって、
    前記検出信号のデータを記憶する記憶手段と、
    前記検出信号のデータに基づく前記コンピュータ制御プログラムの実行制御を行う制御手段と、を有し、
    前記コンピュータ制御プログラムは、
    前記検出信号として得られた分析物通過に対応するパルス状信号の波形形態の特徴を示す特徴量に基づくデータ群から確率密度推定を行い、分析物種別の個数を導出する個数導出手段を少なくとも有することを特徴とする個数分析装置。
  7. 前記特徴量は、
    前記パルス状信号の波形の局所的特徴を示す第1類型と、
    前記パルス状信号の波形の全体的特徴を示す第2類型のいずれかである請求項6に記載の個数分析装置。
  8. 前記第1類型の特徴量は、
    所定の時間幅内における波形の波高値、
    パルス波長ta
    パルス開始からパルスピークに至るまでの時間tbとtaとの比tb/taで表わされるピーク位置比、
    該波形の鋭さを表す尖度、
    パルス開始からパルスピークに至る傾きを表す俯角、
    波形を所定の時間毎に区分した時間区分面積の総和を表す面積、および
    パルス開始からパルスピークに至るまでの時間区分面積の和の、全波形面積に対する面積比のいずれかである請求項7に記載の個数分析装置。
  9. 前記第2類型の特徴量は、
    パルス開始時点を中心にして前記時間区分面積を質量に、かつ該中心から前記時間区分面積に至る時間を回転半径に擬制したときに定まる時間慣性モーメント、
    前記時間慣性モーメントに対し波高が基準値になるように規格化した場合の規格化された時間慣性モーメント、
    波形を波高方向に等分割し、パルスピーク前後それぞれにおいて各分割単位毎に時刻値の平均値を算出し、同一波高位置の平均値の差をベクトルの成分とする平均値の差ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅平均値慣性モーメント、
    前記波幅平均値慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅平均値慣性モーメント、
    波形を波高方向に等分割し、分割単位毎の時刻値から分散を求め、該分散をベクトルの成分とする分散ベクトルを質量分布と擬制して波形裾野の時間軸を回転中心にしたときに定まる波幅分散慣性モーメント、および
    前記波幅分散慣性モーメントに対し波長が基準値になるように規格化した場合の規格化された波幅分散慣性モーメントのいずれかである請求項7に記載の個数分析装置。
  10. 前記コンピュータ制御プログラムは、
    前記検出信号のデータないしそれに含まれる揺らぎ成分から、分析物通過のないときの基準ラインを抽出する基準ライン抽出手段と、
    前記基準ラインを基準にして所定範囲を超える信号データを前記パルス状信号のデータとして抽出するパルス抽出手段と、
    抽出した前記パルス状信号のデータから前記特徴量を抽出する特徴量抽出手段と、を含む請求項6〜9のいずれかに記載の個数分析装置。
  11. 前記個数導出手段により導出した個数データを分析物種別に所定の出力態様で出力する出力手段を有する請求項6〜10のいずれかに記載の個数分析装置。
  12. 請求項1に記載の前記コンピュータ制御プログラムを記憶したことを特徴とする個数分析用記憶媒体。
JP2017558125A 2015-12-25 2016-12-19 個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体 Active JP6621039B2 (ja)

Applications Claiming Priority (4)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2015254398 2015-12-25
JP2015254398 2015-12-25
JP2016244326A JP6719773B2 (ja) 2015-12-25 2016-12-16 分類分析方法、分類分析装置および分類分析用記憶媒体
PCT/JP2016/087821 WO2017110753A1 (ja) 2015-12-25 2016-12-19 個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JPWO2017110753A1 true JPWO2017110753A1 (ja) 2018-10-25
JP6621039B2 JP6621039B2 (ja) 2019-12-18

Family

ID=67979611

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2016244326A Active JP6719773B2 (ja) 2015-12-25 2016-12-16 分類分析方法、分類分析装置および分類分析用記憶媒体
JP2017558125A Active JP6621039B2 (ja) 2015-12-25 2016-12-19 個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体
JP2020100372A Active JP6971499B2 (ja) 2015-12-25 2020-06-09 分類分析方法、分類分析装置および分類分析用記憶媒体

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2016244326A Active JP6719773B2 (ja) 2015-12-25 2016-12-16 分類分析方法、分類分析装置および分類分析用記憶媒体

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2020100372A Active JP6971499B2 (ja) 2015-12-25 2020-06-09 分類分析方法、分類分析装置および分類分析用記憶媒体

Country Status (5)

Country Link
US (1) US11597898B2 (ja)
EP (2) EP3396354B1 (ja)
JP (3) JP6719773B2 (ja)
CN (1) CN108474726B (ja)
WO (2) WO2017110753A1 (ja)

Families Citing this family (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US11781099B2 (en) * 2015-12-25 2023-10-10 Aipore Inc. Number analyzing method, number analyzing device, and storage medium for number analysis
DE112016007312T5 (de) * 2016-10-03 2019-07-04 Mitsubishi Electric Corporation Netzwerk-bildungsvorrichtung und netzwerk-bildungsverfahren
US20210285911A1 (en) * 2018-07-19 2021-09-16 Osaka University Virus measuring method, virus measuring device, virus determining program,stress determining method, and stress determining device
JP7082013B2 (ja) 2018-09-04 2022-06-07 株式会社アドバンテスト 微粒子測定システム、計測装置
CN113316713A (zh) 2018-10-17 2021-08-27 贝克顿·迪金森公司 颗粒分析仪的自适应分选
EP3951372A4 (en) 2019-04-01 2022-04-13 Aipore Inc. MACHINE LEARNING PROGRAM, METHOD, AND APPARATUS FOR MEASURING, BY AN ELECTRICAL PORE RESISTANCE METHOD, A TRANSIENT CHANGE IN ION CURRENT ASSOCIATED WITH THE PASSAGE OF MEASURED PARTICLES THROUGH PORES AND FOR ANALYZING A PULSE WAVEFORM OF SAID TRANSITIONAL CHANGE
US20220155207A1 (en) 2019-05-10 2022-05-19 Aipore Inc. Particle Identification Sensor and Particle Identification Device
EP4043861A4 (en) * 2019-10-11 2022-10-12 Aipore Inc. PARTICLE IDENTIFICATION SENSOR, MEASURING INSTRUMENT, COMPUTER DEVICE AND SYSTEM
CN111999490B (zh) 2019-12-19 2021-07-30 瑞芯智造(深圳)科技有限公司 一种检测样品体系中微量蛋白的方法
FR3106412A1 (fr) * 2020-01-17 2021-07-23 Horiba Abx Sas Dispositif d’analyses médicales à traitement de signaux d’impédance
JP2021156712A (ja) * 2020-03-26 2021-10-07 株式会社アドバンテスト 微粒子測定システム、計測装置
CN111554351B (zh) * 2020-04-26 2021-05-04 深圳市儒翰基因科技有限公司 病毒识别的方法、终端及存储介质
JPWO2022024389A1 (ja) * 2020-07-31 2022-02-03

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5841336A (ja) * 1981-09-04 1983-03-10 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JPS5883234A (ja) * 1981-11-13 1983-05-19 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JPS58189543A (ja) * 1982-04-28 1983-11-05 Toa Medical Electronics Co Ltd 血液分析装置
JPH01250037A (ja) * 1988-03-30 1989-10-05 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子解析装置
JPH08136438A (ja) * 1994-11-14 1996-05-31 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JP2001305041A (ja) * 2000-04-21 2001-10-31 Sysmex Corp 粒子信号処理装置およびそれを用いた粒子測定装置
WO2013137209A1 (ja) * 2012-03-13 2013-09-19 株式会社 東芝 一粒子解析装置および解析方法
WO2015099116A1 (ja) * 2013-12-27 2015-07-02 株式会社堀場製作所 粒子計数方法および粒子計数装置

Family Cites Families (13)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3961249A (en) 1973-10-15 1976-06-01 Coulter Electronics, Inc. Particle size distribution analyzation employing trailing edge differentiation
JPS61153545A (ja) * 1984-12-27 1986-07-12 Toshiba Corp 粒子分析装置
US6337564B2 (en) * 1999-04-13 2002-01-08 Alcoa Inc. Detecting and classifying hard and soft inclusions in liquid metal
AU2008232616B2 (en) * 2007-03-28 2014-08-07 Bionano Genomics, Inc. Methods of macromolecular analysis using nanochannel arrays
WO2009045472A1 (en) * 2007-10-02 2009-04-09 President And Fellows Of Harvard College Capture, recapture, and trapping of molecules with a nanopore
CN101842688B (zh) * 2007-10-29 2017-02-08 希森美康株式会社 细胞分析仪及细胞分析方法
GB201113309D0 (en) * 2011-08-02 2011-09-14 Izon Science Ltd Characterisation of particles
US8702940B2 (en) * 2012-07-27 2014-04-22 International Business Machines Corporation Increased molecule capture rate into a nanopore
WO2014138253A1 (en) * 2013-03-05 2014-09-12 Arizona Board Of Regents, Acting For And On Behalf Of Arizona State University Translocation of a polymer through a nanopore
JP2015087176A (ja) * 2013-10-29 2015-05-07 シスメックス株式会社 尿検体分析装置および尿検体分析方法
CA2969912A1 (en) * 2014-12-10 2016-06-16 Neogenomics Laboratories, Inc. Automated flow cytometry analysis method and system
US9804116B2 (en) * 2014-12-26 2017-10-31 Kabushiki Kaisha Toshiba Method and device for detecting sample
JP7082013B2 (ja) * 2018-09-04 2022-06-07 株式会社アドバンテスト 微粒子測定システム、計測装置

Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPS5841336A (ja) * 1981-09-04 1983-03-10 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JPS5883234A (ja) * 1981-11-13 1983-05-19 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JPS58189543A (ja) * 1982-04-28 1983-11-05 Toa Medical Electronics Co Ltd 血液分析装置
JPH01250037A (ja) * 1988-03-30 1989-10-05 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子解析装置
JPH08136438A (ja) * 1994-11-14 1996-05-31 Toa Medical Electronics Co Ltd 粒子分析装置
JP2001305041A (ja) * 2000-04-21 2001-10-31 Sysmex Corp 粒子信号処理装置およびそれを用いた粒子測定装置
WO2013137209A1 (ja) * 2012-03-13 2013-09-19 株式会社 東芝 一粒子解析装置および解析方法
WO2015099116A1 (ja) * 2013-12-27 2015-07-02 株式会社堀場製作所 粒子計数方法および粒子計数装置

Also Published As

Publication number Publication date
EP3396354A4 (en) 2019-08-28
JP6971499B2 (ja) 2021-11-24
EP3557225A4 (en) 2020-02-26
US20190257787A1 (en) 2019-08-22
CN108474726A (zh) 2018-08-31
JP2020173259A (ja) 2020-10-22
JP2017120257A (ja) 2017-07-06
JP6719773B2 (ja) 2020-07-08
EP3396354A1 (en) 2018-10-31
US11597898B2 (en) 2023-03-07
EP3557225A1 (en) 2019-10-23
WO2018110540A1 (ja) 2018-06-21
EP3396354B1 (en) 2022-08-17
WO2017110753A1 (ja) 2017-06-29
JP6621039B2 (ja) 2019-12-18
CN108474726B (zh) 2021-10-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP6621039B2 (ja) 個数分析方法、個数分析装置および個数分析用記憶媒体
WO2018207524A1 (ja) 識別方法、分類分析方法、識別装置、分類分析装置および記憶媒体
CN110178012B (zh) 分类分析方法、分类分析装置及分类分析用记录介质
JP2009537811A (ja) 提案構造解析処理の実行可能性を判断する方法
AU2020203717A1 (en) Detecting a transient error in a body fluid sample
JP6807319B2 (ja) 自動定量的回帰
CN114880940A (zh) 基于多域分析和人工神经网络的压实质量检测方法及装置
TWI595229B (zh) 訊號分析裝置、訊號分析方法及電腦程式產品
US11781099B2 (en) Number analyzing method, number analyzing device, and storage medium for number analysis
JP5693973B2 (ja) 高分解能分類
Baginska Estimating and verifying soil unit weight determined on the basis of SCPTu tests
Barros et al. Application of a computer sound card for measurement of mechanical vibrations
CN111613266A (zh) 基于定量构效关系的离群值检测方法
San Millán-Castillo et al. A practical method for vibration frequency response characterization of handheld probes using Bootstrap in building acoustics
Brock et al. Toolbox for chemical acoustic emission data acquisition and analysis
CN114166813A (zh) 烃源岩有机显微组分识别方法、装置、电子设备及介质
CN111077346A (zh) 基于微悬臂梁的土壤湿度监测方法、装置、设备及介质
Szczurek et al. Semi-quantitative Monitoring of VOCs Emission Decay based on Gas Sensor Array and Graphical Display
JPH10260130A (ja) 分布データ生成装置
Hasse et al. Nondestructive testing in diagnostics of high-voltage varistors
Zielonko et al. Time domain diagnosis of anticorrosion coatings via shape designed measurement signals
WO2008056693A1 (fr) Procédé de traitement de données de micro-réseau d'adn, dispositif de traitement et programme de traitement

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20180705

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821

Effective date: 20180705

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20190813

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20190925

TRDD Decision of grant or rejection written
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20191025

A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20191029

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20191108

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 6621039

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150

S111 Request for change of ownership or part of ownership

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313113

R350 Written notification of registration of transfer

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250

R250 Receipt of annual fees

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250