JP6807319B2 - 自動定量的回帰 - Google Patents
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Description
本願は、米国仮出願第62/107,601号(2015年1月26日出願、名称「Automatic Quantitative Regression」)に対する優先権を主張し、上記出願は、その全体が参照により本明細書に援用される。
本教示は、自動化された方式において回帰モデルを生成する方法を対象とする。
本発明は、例えば、以下を提供する。
(項目1)
検体のための較正曲線モデルのパラメータを生成する方法であって、
a)複数の較正標準を提供することであって、前記較正標準の各々は、既知の濃度の前記検体を含む、ことと、
b)既知の濃度の前記検体を含む前記較正標準の各々を解析デバイス内で分析することによって、前記較正標準の各々に対する解析値を決定し、前記解析値の各々をその対応する較正標準濃度に較正点対としてデータ記憶装置内で関連付けることと、
c)較正曲線を生成することにおける使用のために、所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対のサブセットを識別することであって、前記較正点対のサブセットは、連続した濃度レベルにおける対であり、前記最良適合の決定は、第1の曲線適合メトリックの使用によって行われる、ことと、
d)前記サブセットより高いか、またはより低いかのいずれかのすぐ次の濃度レベルにおける1つ以上の追加の較正点対と、以前に試験された任意の他の較正点対とを含むことが、好適な較正曲線の生成をもたらすであろうかどうかを前記所定の曲線適合タイプを使用した第2の曲線適合メトリックを用いて試験し、該当する場合、前記追加の較正点対を前記サブセットの中に含めることによって、前記サブセット内の前記較正点対の数を増加させることと、
e)全ての較正点対が試験されてしまうまで、ステップd)を繰り返すことと、
f)較正点対の前記結果として生じるサブセットを前記所定の曲線適合タイプに適合させることによって、前記較正曲線モデルのパラメータを計算することと
を含む、方法
(項目2)
前記所定の曲線適合タイプは、線形であり、前記第1の曲線適合メトリックは、rまたはR 2 であり、前記較正点対のサブセットを識別することは、
i)3または4つの連続した濃度レベルの各々において1つ以上の較正点対を選択し、前記較正点対に対して線形回帰を行うことにより、rまたはR 2 と線形方程式の係数とを決定することと、
ii)連続した3または4つの濃度レベルにおける全ての可能な1つ以上の較正点対がそれらのrまたはR 2 と線形方程式の係数とを決定されてしまうまで、ステップa)を反復的に繰り返すことと、
iii)最高のrまたはR 2 値を有する前記3または4つの連続した濃度レベルの各々における1つ以上の較正点対であるように、前記較正対のサブセットを設定することと
によって行われる、項目1に記載の方法。
(項目3)
前記線形回帰は、前記線形方程式の係数を所定の較正点を通るようにすることによって行われる、項目2に記載の方法。
(項目4)
前記所定の較正点は、原点(0,0)である、項目3に記載の方法。
(項目5)
前記曲線適合メトリックは、R 2 である、項目2に記載の方法。
(項目6)
前記所定の曲線適合タイプは、線形または二次関数である、項目1に記載の方法。
(項目7)
前記サブセットは、前記較正点対の総数の少なくとも20%を含む、項目1に記載の方法。
(項目8)
前記点のサブセットは、最初に、3または4つの較正点対を含む、項目1に記載の方法。
(項目9)
前記解析値は、解析的分析のピーク面積である、項目1に記載の方法。
(項目10)
前記解析的分析は、質量分析計分析である、項目9に記載の方法。
(項目11)
前記第1の曲線適合メトリックは、正確度である、項目1に記載の方法。
(項目12)
+/−30%の正確度に対する閾値が、利用される、項目11に記載の方法。
(項目13)
前記第2の曲線適合メトリックは、前記第1の曲線適合メトリックと同一である、項目1に記載の方法。
(項目14)
前記第1の曲線適合メトリックは、前記最良適合が所定の点を通るようにすることを含み、前記第2の曲線適合メトリックは、所定の点を通るようにすることを利用しない、項目1に記載の方法。
(項目15)
前記所定の点は、原点である、項目14に記載の方法。
(項目16)
ステップd)において、追加の較正点対が、前記サブセットに追加されない、項目1に記載の方法。
(項目17)
前記データ記憶装置は、コンピュータ制御式デバイス内のメモリアレイであり、前記コンピュータ制御式デバイスは、前記解析デバイスを動作させ、制御するように構成されている、項目1に記載の方法。
(項目18)
前記解析デバイスは、質量分析計である、項目17に記載の方法。
(項目19)
未知の濃度を有するサンプル中の検体の量を決定するための前記較正曲線モデルの使用をさらに含む、項目18に記載の方法。
(項目20)
前記曲線適合メトリックは、正確度と、rまたはR 2 のいずれか一方との両方を含む、項目1に記載の方法。
(項目21)
サンプル中の1つ以上の検体の濃度を決定する方法であって、
a)複数の較正標準を提供することであって、前記較正標準の各々は、既知の濃度の1つ以上の検体を含む、ことと、
b)質量分析計を提供することと、
c)前記質量分析計に動作可能に接続されたデジタルコンピュータを提供することであって、前記デジタルコンピュータは、処理ユニット、情報を前記質量分析計に送信し、かつそこから受信するためのデータI/Oコントローラ、ディスプレイ要素、およびデータ記憶装置デバイスを備えている、ことと、
d)前記既知の濃度を含む前記較正標準の各々を前記質量分析計内で分析することによって、前記較正標準の各々における前記1つ以上の検体の各々に対するピーク面積値を決定し、前記1つ以上の検体の各々に対して、前記ピーク面積値の各々をその対応する較正標準濃度に較正点対として前記データ記憶装置デバイス内で関連付けることと、
e)較正曲線を生成することにおける使用のために、前記処理ユニットを使用して、前記1つ以上の検体の各々に対して、所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対のサブセットを識別することであって、前記較正点対のサブセットは、連続した濃度レベルにおける対であり、前記最良適合の決定は、第1の曲線適合メトリックの使用によって行われる、ことと、
f)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記サブセットより高いか、またはより低いかのいずれかであるすぐ次の濃度レベルにおける1つ以上の追加の較正点対と、以前に試験された任意の他の較正点対とを含むことが、好適な較正曲線の生成をもたらすであろうかどうかを第2の曲線適合メトリックを用いて試験し、該当する場合、前記追加の較正点対を前記サブセットの中に含めることによって、前記サブセット内の前記較正点対の数を増加させることと、
g)前記1つ以上の検体の各々に対して全ての較正点対が試験されてしまうまで、ステップf)を繰り返すことと、
h)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記所定の曲線適合タイプのモデル方程式の係数および/または指数を決定することによって、較正点対の結果として生じるサブセットから較正曲線を作成し、前記モデル方程式の前記係数および/または指数を前記データ記憶装置デバイス内に記憶することと、
i)質量分析計分析を前記サンプルに対して行うことであって、前記サンプルは、前記未知の濃度の検体のうちの1つ以上のものを含むか、または含むと考えられ、前記1つ以上の検体の各々に対する未知のピーク面積値を求めることと、
j)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記未知のピーク面積値を前記モデル方程式を使用して決定された濃度と相関させることと、
k)前記1つ以上の検体の各々に対する前記決定された濃度を前記ディスプレイ要素上に出力することと
を含む、方法。
べき関数:y=axb
一次対数関数y=aln(x)+b
二次対数関数:ln(y)=aln2(x)+bln(x)+c
各場合において、種々の方程式の係数および指数は、較正曲線モデルのパラメータであり、点に対する適合較正曲線モデルを生成する目的のために決定されることができる。概して、較正曲線を生成する方法は、以下のステップを伴う。最初に、各々が既知の濃度の所与の検体を含むいくつかの標準サンプル溶液を提供する。いくつかのタイプの分析、例えば、質量分析では、各標準サンプル溶液が同時に測定され得るいくつかの異なる検体を含むことが可能である。各サンプルは、次いで、定量的解析技法を使用して試験され、その定量的解析技法は、濃度を表すその分析に特有の解析値を提供する。
1)最良適合を与える少数の連続する点(多くの場合、曲線の中央にある点)を見つける。ある実施形態では、これは、最良の3つまたは4つの連続する点(より正確には、1つの濃度に複数の点が存在する場合の3つまたは4つの濃度レベル)であり得る。
2)容認可能な適合および/または正確度が保持されるならば、この開始「シード」を、より低い1つの濃度レベル、またはより高い1つの濃度レベルに拡張する。
3)点の範囲がさらに拡張されることができなくなるまで、ステップ(2)を繰り返す。
4)前述のステップは、少数の不正確な点が、完全モデルが決定されることを妨げないように、外れ値を除去するための標準技法を使用して行われる。
Nは、yの値の総数である。
10個のデータ点のセットが、表1に描写される。このデータは、種々の濃度において求められたピーク面積の形態の一連の解析値を含み、線形相関を示すと仮定される。データはまた、同一濃度において求められたいくつかの解析点を含む。
23個のデータ点のセットが、表3に描写され、1/x重み係数および線形適合を利用して本教示を受ける。
殺虫剤スクリーニング運転が、質量分析計において実施され、175個を上回る化合物が、監視された。種々の化合物に対する全ダイナミックレンジを対象とするために、各化合物に対して12個の異なる濃度レベルを使用した標準曲線が、本教示を使用して行われ、訓練されたオペレータによって手動で生成された曲線と比較され、好適ではないと見なされる個々の点は、曲線適合プロセスから除去された。
Claims (21)
- 検体のための較正曲線モデルのパラメータを生成する方法であって、
a)複数の較正標準を提供することであって、前記較正標準の各々は、既知の濃度の前記検体を含む、ことと、
b)既知の濃度の前記検体を含む前記較正標準の各々を解析デバイス内で分析することによって、前記較正標準の各々に対する解析値を決定し、前記解析値の各々をその対応する較正標準濃度に較正点対としてデータ記憶装置内で関連付けることと、
c)較正曲線を生成することにおける使用のために、所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対のサブセットを識別することであって、前記較正点対のサブセットは、連続した濃度レベルにおける対であり、前記最良適合の決定は、前記較正点対の各々の第1の曲線適合メトリックを相互に比較することと、前記比較に基づいて、前記所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対を選択することとによって行われ、前記第1の曲線適合メトリックは、前記較正点対が前記所定の曲線適合タイプにいかに良く適合するかを決定する、ことと、
d)前記サブセットより高いか、またはより低いかのいずれかのすぐ次の濃度レベルにおける1つ以上の追加の較正点対と、以前に試験された任意の他の較正点対とを含むことが、好適な較正曲線の生成をもたらすであろうかどうかを前記所定の曲線適合タイプを使用した第2の曲線適合メトリックを用いて試験し、該当する場合、前記追加の較正点対を前記サブセットの中に含めることによって、前記サブセット内の前記較正点対の数を増加させることと、
e)全ての較正点対が試験されてしまうまで、ステップd)を繰り返すことと、
f)較正点対の前記結果として生じるサブセットを前記所定の曲線適合タイプに適合させることによって、前記較正曲線モデルのパラメータを計算することと
を含む、方法 - 前記所定の曲線適合タイプは、線形であり、前記第1の曲線適合メトリックは、rまたはR2であり、前記較正点対のサブセットを識別することは、
i)3または4つの連続した濃度レベルの各々において1つ以上の較正点対を選択し、前記較正点対に対して線形回帰を行うことにより、rまたはR2と線形方程式の係数とを決定することと、
ii)連続した3または4つの濃度レベルにおける全ての可能な1つ以上の較正点対がそれらのrまたはR2と線形方程式の係数とを決定されてしまうまで、ステップi)を反復的に繰り返すことと、
iii)最高のrまたはR2値を有する前記3または4つの連続した濃度レベルの各々における1つ以上の較正点対であるように、前記較正対のサブセットを設定することと
によって行われる、請求項1に記載の方法。 - 前記線形回帰は、前記線形方程式の係数を所定の較正点を通るようにすることによって行われる、請求項2に記載の方法。
- 前記所定の較正点は、原点(0,0)である、請求項3に記載の方法。
- 前記曲線適合メトリックは、R2である、請求項2に記載の方法。
- 前記所定の曲線適合タイプは、線形または二次関数である、請求項1に記載の方法。
- 前記サブセットは、前記較正点対の総数の少なくとも20%を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記点のサブセットは、最初に、3または4つの較正点対を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記解析値は、解析的分析のピーク面積である、請求項1に記載の方法。
- 前記解析的分析は、質量分析計分析である、請求項9に記載の方法。
- 前記第1の曲線適合メトリックは、正確度である、請求項1に記載の方法。
- +/−30%の正確度に対する閾値が、利用される、請求項11に記載の方法。
- 前記第2の曲線適合メトリックは、前記第1の曲線適合メトリックと同一である、請求項1に記載の方法。
- 前記第1の曲線適合メトリックは、前記最良適合が所定の点を通るようにすることを含み、前記第2の曲線適合メトリックは、所定の点を通るようにすることを利用しない、請求項1に記載の方法。
- 前記所定の点は、原点である、請求項14に記載の方法。
- ステップd)において、追加の較正点対が、前記サブセットに追加されない、請求項1に記載の方法。
- 前記データ記憶装置は、コンピュータ制御式デバイス内のメモリアレイであり、前記コンピュータ制御式デバイスは、前記解析デバイスを動作させ、制御するように構成されている、請求項1に記載の方法。
- 前記解析デバイスは、質量分析計である、請求項17に記載の方法。
- 未知の濃度を有するサンプル中の検体の量を決定するための前記較正曲線モデルの使用をさらに含む、請求項18に記載の方法。
- 前記曲線適合メトリックは、正確度と、rまたはR2のいずれか一方との両方を含む、請求項1に記載の方法。
- サンプル中の1つ以上の検体の濃度を決定する方法であって、
a)複数の較正標準を提供することであって、前記較正標準の各々は、既知の濃度の1つ以上の検体を含む、ことと、
b)質量分析計を提供することと、
c)前記質量分析計に動作可能に接続されたデジタルコンピュータを提供することであって、前記デジタルコンピュータは、処理ユニット、情報を前記質量分析計に送信し、かつ前記質量分析計から受信するためのデータI/Oコントローラ、ディスプレイ要素、およびデータ記憶装置デバイスを備えている、ことと、
d)前記既知の濃度を含む前記較正標準の各々を前記質量分析計内で分析することによって、前記較正標準の各々における前記1つ以上の検体の各々に対するピーク面積値を決定し、前記1つ以上の検体の各々に対して、前記ピーク面積値の各々をその対応する較正標準濃度に較正点対として前記データ記憶装置デバイス内で関連付けることと、
e)較正曲線を生成することにおける使用のために、前記処理ユニットを使用して、前記1つ以上の検体の各々に対して、所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対のサブセットを識別することであって、前記較正点対のサブセットは、連続した濃度レベルにおける対であり、前記最良適合の決定は、前記較正点対の各々の第1の曲線適合メトリックを相互に比較することと、前記比較に基づいて、前記所定の曲線適合タイプに最良適合する較正点対を選択することとによって行われ、前記第1の曲線適合メトリックは、前記較正点対が前記所定の曲線適合タイプにいかに良く適合するかを決定する、ことと、
f)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記サブセットより高いか、またはより低いかのいずれかであるすぐ次の濃度レベルにおける1つ以上の追加の較正点対と、以前に試験された任意の他の較正点対とを含むことが、好適な較正曲線の生成をもたらすであろうかどうかを第2の曲線適合メトリックを用いて試験し、該当する場合、前記追加の較正点対を前記サブセットの中に含めることによって、前記サブセット内の前記較正点対の数を増加させることと、
g)前記1つ以上の検体の各々に対して全ての較正点対が試験されてしまうまで、ステップf)を繰り返すことと、
h)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記所定の曲線適合タイプのモデル方程式の係数および/または指数を決定することによって、較正点対の結果として生じるサブセットから較正曲線を作成し、前記モデル方程式の前記係数および/または指数を前記データ記憶装置デバイス内に記憶することと、
i)質量分析計分析を前記サンプルに対して行うことであって、前記サンプルは、未知の濃度の前記検体のうちの1つ以上のものを含むか、または含むと考えられ、前記1つ以上の検体の各々に対する未知のピーク面積値を求めることと、
j)前記1つ以上の検体の各々に対して、前記処理ユニットを使用して、前記未知のピーク面積値を前記モデル方程式を使用して決定された濃度と相関させることと、
k)前記1つ以上の検体の各々に対する前記決定された濃度を前記ディスプレイ要素上に出力することと
を含む、方法。
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