JPWO2015137121A1 - アジド基を有するリボヌクレオシド類縁体及びその製造方法、並びに該類縁体から形成されるトリアゾール連結型オリゴリボヌクレオチドを含むキメラ型オリゴリボヌクレオチド類縁体 - Google Patents
アジド基を有するリボヌクレオシド類縁体及びその製造方法、並びに該類縁体から形成されるトリアゾール連結型オリゴリボヌクレオチドを含むキメラ型オリゴリボヌクレオチド類縁体 Download PDFInfo
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Abstract
Description
Xは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
PG2及びPG5は、それぞれ独立して、水素又は保護基である]
で表される化合物の製造方法であって、
D-キシロースを出発原料として、D-キシロースの3α-ヒドロキシルを3β-アジド化し、且つ1-位にプリン塩基又はピリミジン塩基を結合させることを含む、前記方法。
PG1’及びPG2’は、塩基性条件下において安定で、且つ酸処理によって脱保護される保護基であって、
但し、PG1’及びPG2’は、それぞれ同一若しくは異なる独立した基であるか、又は
それらが一緒になって形成される1個の基である]
で表される化合物を形成させる、フラノース環形成工程;
式(II)で表される化合物を3β-アジド化して、式(IV):
PG1’及びPG2’は前記と同義であり;
PG5’は、酸性条件下において安定である保護基である]
で表される化合物を形成させる、アジド基導入工程;
式(IV)で表される化合物を酸処理することによってPG1’及びPG2’を脱保護し、式(V):
で表される化合物を形成させる、脱保護工程;並びに
式(V)で表される化合物に、プリン塩基又はピリミジン塩基に対するグリコシル化反応を用いてプリン塩基又はピリミジン塩基を導入して、式(Ic)で表される化合物を形成させる、塩基導入工程;
を含む、前記(1)に記載の方法。
Xは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
PG2及びPG5は、それぞれ独立して、水素又は保護基である]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。
mは、1以上の整数であり;
X1及びXmは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
R1 2及びRm 2は、それぞれ独立して、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
R1 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
Ymは、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基であり;
R5は、ヒドロキシル又はその保護形態であり、
但し、mが2以上の整数の場合、Xm、Rm 2及びYmは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよい]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。
k、n、r及びsは、それぞれ独立して、0以上の整数であり、
但し、k及びnは、同時に0になることはなく、
r及びsは、同時に0になることはなく;
pは、1以上の整数であり;
m及びqは、それぞれ独立して、0以上の整数であり;
但し、m及びqは、同時に0になることはなく;
tは、0以上の整数であり;
X1、Xk、Xm、Xn、Xp、Xq、Xr及びXsは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
R1 2、Rk 2、Rm 2、Rn 2、Rp 2、Rq 2、Rr 2及びRs 2は、それぞれ独立して、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
R1 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
Ym及びYqは、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基であり;
Pk、Pn、Pp、Pr及びPsは、リン酸ジエステル結合、又はリン酸ジエステル結合の非架橋酸素原子が1個以上の硫黄原子若しくはボラノ基で置換された結合からなる群より選択される二価の基であり;
R5は、ヒドロキシル又はその保護形態であり、
但し、kが2以上の整数の場合、Xk、Rk 2及びPkは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
mが2以上の整数の場合、Xm、Rm 2及びYmは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
nが2以上の整数の場合、Xn、Rn 2及びPnは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
pが2以上の整数の場合、Xp、Rp 2及びPpは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
qが2以上の整数の場合、Xq、Rq 2及びYqは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
rが2以上の整数の場合、Xr、Rr 2及びPrは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
sが2以上の整数の場合、Xs、Rs 2及びPsは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
tが2以上の整数の場合、Xm及びXs、Rm 2及びRs 2、Ym、並びにPsは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよい]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。
*aは、Xm又はXqを含むヌクレオシド部分との結合位置を示し、
*bは、X1、Xn、Xp、Xr又はXsを含むヌクレオシド部分との結合位置を示す]
からなる群より選択される、前記(4)又は(5)に記載の化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。
(7) 前記(4)に記載の式(M)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる、工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とm-2個の式(IA)で表される化合物とを順次連結反応させる、工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(3);
を含む、前記方法。
(8) 前記(5)又は(6)に記載の式(N)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
n個のリボヌクレオチドを連結して得られるオリゴリボヌクレオチドと前記(4)に記載の式(M)で表される化合物とを連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とk個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(2);
を含む、前記方法。
(9) 前記(5)又は(6)に記載の式(Q)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
前記(4)に記載の式(M)で表される化合物とp-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体とq-1個の式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを順次連結反応させる工程(3);
前記工程(3)で得られた工程(3)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4);
を含む、前記方法。
(10) 前記(5)又は(6)に記載の式(R)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
r個のリボヌクレオチドを連結して得られるオリゴリボヌクレオチドと前記(4)に記載の式(M)で表される化合物とを連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とs-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(3);
前記工程(3)で得られた工程(3)の連結体とm-1個の式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを順次連結反応させる工程(4-i)と、
前記工程(4-i)で得られた工程(4-i)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4-ii)と、
前記工程(4-ii)で得られた工程(4-ii)の連結体とs-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(4-iii)と、
前記工程(4-iii)で得られた工程(4-iii)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4-iv)と、
をt-1回繰り返す工程(4);
前記工程(4)で得られた工程(4)の連結体とq-1個の式(IA)で表される化合物とを順次連結反応させる工程(5);
前記工程(5)で得られた工程(5)の連結体と式(IC)で表される化合物とを連結反応させる工程(6);
を含む、前記方法。
本明細書において、「プリン塩基」は、プリン核を有する塩基性化合物又はその9-位窒素原子上の水素原子を除去した1価の基を意味する。プリン塩基としては、限定するものではないが、例えば、アデニン及びグアニン等のプリン核酸塩基、並びにこれらの誘導体を挙げることができる。本明細書において、「ピリミジン塩基」は、ピリミジン核を有する塩基性化合物又はその1-位窒素原子上の水素原子を除去した1価の基を意味する。ピリミジン塩基としては、限定するものではないが、例えば、ウラシル、シトシン及びチミン等のピリミジン核酸塩基、並びにこれらの誘導体を挙げることができる。ピリミジン核酸塩基及びプリン核酸塩基の誘導体としては、限定するものではないが、例えば、ウラシル、シトシン、チミン、アデニン又はグアニンのハロゲン化誘導体及び脱アミノ誘導体、前記化合物の酸素原子が硫黄原子に置換された誘導体、ピリミジンのC-5位修飾塩基、プリンのC-7位修飾塩基、並びに環拡張型修飾塩基等を挙げることができる。
本発明はまた、本発明の式(Ic)で表される化合物の製造方法に関する。
本発明の方法は、D-キシロースから、式(II):
本発明の方法は、式(II)で表される化合物を3β-アジド化して、式(IV):
PG1’、PG2’及びPG5’は前記と同義であり;
L3は、脱離基である]
で表される化合物を形成させる段階、及び式(III)で表される3-位に脱離基を導入した保護誘導体を3β-アジド化して、式(IV)で表される化合物を形成させる段階を含むことが好ましい。前記三段階を含む行程を実施することにより、アジド基の導入を選択的に行うことができる。
本発明の方法は、式(IV)で表される化合物を酸処理することによってPG1’及びPG2’を脱保護し、式(V):
本発明の方法は、式(V)で表される化合物に、プリン塩基又はピリミジン塩基に対するグリコシル化反応を用いてプリン塩基又はピリミジン塩基を導入して、式(Ic)で表される化合物を形成させる工程を含む。本発明において、本工程を「塩基導入工程」と記載する場合がある。
PG1及びPG2は、酸性条件下において安定で、且つアルカリ処理によって脱保護される保護基であって、
但し、PG1及びPG2は、それぞれ同一若しくは異なる独立した基であるか、又は
それらが一緒になって形成される1個の基であり;
PG5’は前記と同義である]
で表される化合物を形成させる段階、プリン塩基又はピリミジン塩基に対するグリコシル化反応を用いて、式(VI)で表される化合物にプリン塩基又はピリミジン塩基を導入して、式(VII):
で表される化合物を形成させる段階、並びに、該式(VII)で表される化合物の5-位のヒドロキシル基の保護基をPG5’からPG5に交換して式(Ic)で表される化合物を形成させる段階を含む。式(V)において、PG5’が、式(Ic)の基PG5と同一の基である場合、本工程は、式(V)で表される化合物の1,2-位のヒドロキシル基を保護化して、式(VI)で表される化合物を形成させる段階、プリン塩基又はピリミジン塩基に対するグリコシル化反応を用いて、式(VI)で表される化合物にプリン塩基又はピリミジン塩基を導入して、式(Ic)で表される化合物を形成させる段階を含む。この場合、本工程は、前記保護基の交換段階を含まない。
本発明はまた、式(M):
*aは、Xmを含むヌクレオシド部分との結合位置を示し、
*bは、X1を含むヌクレオシド部分との結合位置を示す]
からなる群より選択されることが好ましい。分子中に、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基をヌクレオシドの架橋基として含むことにより、本発明の式(M)で表される化合物は、生体内における高い安定性、標的細胞内に移行するための高い細胞膜透過性、及び/又は相補鎖に対する高い結合力を有することができる。
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(1)、前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とm-2個の式(IA)で表される化合物とを順次連結反応させる工程(2)、前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体と式(IC)で表される化合物とを連結反応させる工程(3)を含む方法によって製造することができる。
本発明はまた、式(N)、(Q)及び(R)のいずれか:
*aは、Xm又はXqを含むヌクレオシド部分との結合位置を示し、
*bは、X1、Xn、Xp、Xr又はXsを含むヌクレオシド部分との結合位置を示す]
からなる群より選択されることが好ましい。分子中に、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基をヌクレオシドの架橋基として一定の割合で含むことにより、本発明の式(N)、(Q)及び(R)で表される化合物は、生体内における高い安定性、標的細胞内に移行するための高い細胞膜透過性、及び/又は相補鎖に対する高い結合力を有することができる。
全ての反応は、窒素の不活性雰囲気下で実施した。高速液体クロマトグラフィー(HPLC)による反応混合物の分析及び生成物の精製は、ODSカラム(COSMOSIL C18-MS-II, 4.6×250 mm, ナカライテスク;カラム温度:40℃)を装着し、0〜25% H2O (100 mM CH3CO2NEt4にて緩衝化, pH 7)/CH3CNで60分間、流速:1.0 mL/minのグラジエント溶出を用いるHPLCシステム上で実施した。分析用薄層クロマトグラフィー(TLC)は、蛍光検出試薬を含有するシリカゲル(230-400メッシュ、0.25 mm厚)を塗布したガラスプレート(Silica gel 60F254, Merck社)を用いて実施した。フラッシュシリカゲルカラムクロマトグラフィーは、シリカゲル60N (球状且つ中性ゲル, 40〜50 μm, 関東化学)を用いて実施した(Still, W. C.; Kahn, M.; Mitra, A. J. Org. Chem. 1978年, 43巻, p. 2923-2925)。中圧液体クロマトグラフィー(MPLC)は、シリカゲルカラム (SNAP Ultra, 100 g; Biotage社)を装着したMPLCシステムを用いて実施した。赤外吸収(IR)スペクトルは、全反射測定法(ATR)を備えたNicolet iS10 FT-IRを用いて記録し、波数(ν)をcm-1単位で出力した。プロトン(1H)及びカーボン(13C)核磁気共鳴(NMR)スペクトルは、JEOL JNM-ECS 400 (1H: 400 MHz; 13C: 100 MHz)及びBruker AVANCE 400 (1H: 400 MHz, 13C: 100 MHz)分光計を用いて測定した。13C NMRスペクトル中のメチル (CH3)、メチレン (CH2)及びメチン (CH) シグナルを、DEPTスペクトルによって帰属した。CDCl3中で測定した1H NMRスペクトル13C NMRスペクトルを、溶媒の吸収に対して補正した。質量分析は、JEOL JMS-T100LC (ESI-TOF MS)質量分析計を用いて、レセルピン(1 ng/μL)を内部標準として測定した。MALDI-TOFマススペクトルは、Bruker Daltonicsマイクロフレックス装置 (リニアモード, 負イオン, マトリクス:シナピン酸)を用いて測定した。
全ての標準的なβ-シアノエチルRNAホスホロアミダイト、試薬及び固相担体は、グレンリサーチ社から購入した。全ての改変オリゴヌクレオチドは、日本テクノサービス M-2-MX DNA/RNA合成機を用いて合成した。全ての市販ホスホロアミダイトは、無水アセトニトリルに溶解して70 mMの濃度とした。化学合成されたトリアゾール連結型ホスホロアミダイトは、70 mMの濃度に溶解した。
[III-1:5-O-ベンジル-1,2-O-イソプロピリデン-α-D-キシロフラノース(1-3)の合成]
z, 1H); HRMS (ESI-TOF), C56H62N8O13SiNa [M+Na]+に対する計算値:1105.4103, 実測値:1105.4066.
[IV-1:遺伝子サイレンシングアッセイ]
ヒトHeLa細胞を、10%(v/v)ウシ胎児血清(FBS, BioWest)及び1%(v/v)ペニシリン−ストレプトマイシン(和光純薬工業)を添加したE-MEM(和光純薬工業)中で、37℃、5%CO2雰囲気下で培養した。10%(v/v)FBSを添加したE-MEMと混合した細胞(1.5×105/mL)を、12ウェルプレート(FALCON)の各ウェルに播種(1 mL/ウェル)し、遺伝子導入前に24時間接着させた。lipofectamine(登録商標) 2000(2.0 μL, Invitrogen)を用いて、製造者の指示に従い、細胞を、0.15 μg pEYFP-N1及び0.15 μg TagRFP-Cプラスミド及び10 pmolトリアゾール連結型オリゴリボヌクレオチドを含むキメラ型RNA類縁体からなるsiRNA(表1)で同時導入した。ネガティブコントロールとして、等量の非標的化対照RNA二本鎖(duplex)(p0及びg0)を用いるアッセイを実施した。遺伝子導入から4時間後に、10%(v/v)FBSを添加した新鮮生育培地で培地を交換した。細胞を、合計48時間生育させた後、全RNAの一定分量を用いる定量的RT-PCRによって分析した。ISOGEN(ニッポンジーン)を用いて得たsiRNAを遺伝子導入したHeLa細胞からのRNAを、DNase処理(TURBO DNase, Ambion)し、逆転写した(Prime Script RT reagent Kit, Perfect Real Time, タカラバイオ)。その結果得られたcDNA、プライマー及びFAM-標識されたTaqman(登録商標)プローブ(配列を表2に示す)、並びにPremix Ex Taq(Probe qPCR, タカラバイオ)の混合物を、PCR反応前に95℃で3分間インキュベートした。増幅プロトコールは、95℃で15秒間、60℃で1分間の40サイクルであった。PCR産物のレベルは、ABI 7300リアルタイムPCRシステムでモニターし、7300システムSDSソフトウェア(Applied Biosystems)を用いて分析した。各試料のEYFP mRNAのレベルは、TagRFP mRNAのレベルに対して規格化した。
Claims (10)
- 式(Ic):
Xは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
PG2及びPG5は、それぞれ独立して、水素又は保護基である]
で表される化合物の製造方法であって、
D-キシロースを出発原料として、D-キシロースの3α-ヒドロキシルを3β-アジド化し、且つ1-位にプリン塩基又はピリミジン塩基を結合させることを含む、前記方法。 - D-キシロースから、式(II):
PG1’及びPG2’は、塩基性条件下において安定で、且つ酸処理によって脱保護される保護基であって、
但し、PG1’及びPG2’は、それぞれ同一若しくは異なる独立した基であるか、又は
それらが一緒になって形成される1個の基である]
で表される化合物を形成させる、フラノース環形成工程;
式(II)で表される化合物を3β-アジド化して、式(IV):
PG1’及びPG2’は前記と同義であり;
PG5’は、酸性条件下において安定である保護基である]
で表される化合物を形成させる、アジド基導入工程;
式(IV)で表される化合物を酸処理することによってPG1’及びPG2’を脱保護し、式(V):
で表される化合物を形成させる、脱保護工程;並びに
式(V)で表される化合物に、プリン塩基又はピリミジン塩基に対するグリコシル化反応を用いてプリン塩基又はピリミジン塩基を導入して、式(Ic)で表される化合物を形成させる、塩基導入工程;
を含む、請求項1に記載の方法。 - 式(Ic):
Xは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
PG2及びPG5は、それぞれ独立して、水素又は保護基である]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。 - 式(M):
mは、1以上の整数であり;
X1及びXmは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
R1 2及びRm 2は、それぞれ独立して、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
R1 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
Ymは、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基であり;
R5は、ヒドロキシル又はその保護形態であり、
但し、mが2以上の整数の場合、Xm、Rm 2及びYmは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよい]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。 - 式(N)、(Q)及び(R)のいずれか:
k、n、r及びsは、それぞれ独立して、0以上の整数であり、
但し、k及びnは、同時に0になることはなく、
r及びsは、同時に0になることはなく;
pは、1以上の整数であり;
m及びqは、それぞれ独立して、0以上の整数であり;
但し、m及びqは、同時に0になることはなく;
tは、0以上の整数であり;
X1、Xk、Xm、Xn、Xp、Xq、Xr及びXsは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
R1 2、Rk 2、Rm 2、Rn 2、Rp 2、Rq 2、Rr 2及びRs 2は、それぞれ独立して、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
R1 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
Ym及びYqは、1,2,3-トリアゾール環を含む二価の基であり;
Pk、Pn、Pp、Pr及びPsは、リン酸ジエステル結合、又はリン酸ジエステル結合の非架橋酸素原子が1個以上の硫黄原子若しくはボラノ基で置換された結合からなる群より選択される二価の基であり;
R5は、ヒドロキシル又はその保護形態であり、
但し、kが2以上の整数の場合、Xk、Rk 2及びPkは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
mが2以上の整数の場合、Xm、Rm 2及びYmは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
nが2以上の整数の場合、Xn、Rn 2及びPnは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
pが2以上の整数の場合、Xp、Rp 2及びPpは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
qが2以上の整数の場合、Xq、Rq 2及びYqは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
rが2以上の整数の場合、Xr、Rr 2及びPrは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
sが2以上の整数の場合、Xs、Rs 2及びPsは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよく;
tが2以上の整数の場合、Xm及びXs、Rm 2及びRs 2、Ym、並びにPsは、それぞれ互いに同一の基であってもよく、異なる基であってもよい]
で表される化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。 - Ym及びYqが、それぞれ独立して、以下の式(Y-I)及び(Y-II):
*aは、Xm又はXqを含むヌクレオシド部分との結合位置を示し、
*bは、X1、Xn、Xp、Xr又はXsを含むヌクレオシド部分との結合位置を示す]
からなる群より選択される、請求項4又は5に記載の化合物若しくはその塩、又はそれらの溶媒和物。 - 請求項4に記載の式(M)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる、工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とm-2個の式(IA)で表される化合物とを順次連結反応させる、工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(3);
を含む、前記方法。 - 請求項5又は6に記載の式(N)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
n個のリボヌクレオチドを連結して得られるオリゴリボヌクレオチドと請求項4に記載の式(M)で表される化合物とを連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とk個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(2);
を含む、前記方法。 - 請求項5又は6に記載の式(Q)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
請求項4に記載の式(M)で表される化合物とp-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体とq-1個の式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを順次連結反応させる工程(3);
前記工程(3)で得られた工程(3)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4);
を含む、前記方法。 - 請求項5又は6に記載の式(R)で表される化合物の製造方法であって、以下の工程:
r個のリボヌクレオチドを連結して得られるオリゴリボヌクレオチドと請求項4に記載の式(M)で表される化合物とを連結反応させる工程(1);
前記工程(1)で得られた工程(1)の連結体とs-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(2);
前記工程(2)で得られた工程(2)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(3);
前記工程(3)で得られた工程(3)の連結体とm-1個の式(IA):
XIAは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIA 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIA 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを順次連結反応させる工程(4-i)と、
前記工程(4-i)で得られた工程(4-i)の連結体と式(IC):
R5は、前記と同義であり;
R2は、Rm 2と同義であり;
Xは、Xmと同義である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4-ii)と、
前記工程(4-ii)で得られた工程(4-ii)の連結体とs-1個のリボヌクレオチドとを順次連結反応させる工程(4-iii)と、
前記工程(4-iii)で得られた工程(4-iii)の連結体と式(IB):
XIBは、それぞれ独立して、プリン塩基及びピリミジン塩基から選択され;
RIB 2は、水素、ヒドロキシル又はその保護形態であり;
RIB 3は、ヒドロキシル又はその保護形態若しくは活性化形態であり;
RIB 5は、水素又は保護基である]
で表される化合物とを連結反応させる工程(4-iv)と、
をt-1回繰り返す工程(4);
前記工程(4)で得られた工程(4)の連結体とq-1個の式(IA)で表される化合物とを順次連結反応させる工程(5);
前記工程(5)で得られた工程(5)の連結体と式(IC)で表される化合物とを連結反応させる工程(6);
を含む、前記方法。
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