JPWO2015064594A1 - 癌用唾液バイオマーカー、その測定方法、装置、及び、癌用唾液バイオマーカーの特定方法 - Google Patents

癌用唾液バイオマーカー、その測定方法、装置、及び、癌用唾液バイオマーカーの特定方法 Download PDF

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Abstract

唾液試料の代謝物である低分子化合物のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする癌用唾液バイオマーカーを用いる。ここで、前記癌用唾液バイオマーカーは、例えばクレアチニン、N1-アセチルスペルミジン、アルファ−アミノアジピン酸塩、N-アセチルノイラミン酸塩、1,3-ジアミノブロパンの組合せとすることができる。これにより、濃度変動の大きな唾液でも、健常者から膵癌、乳癌、口腔癌等の早期発見が可能となる。

Description

本発明は、癌用唾液バイオマーカー、その測定方法、装置、及び、癌用唾液バイオマーカーの特定方法に係り、特に、膵癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)、乳癌、口腔癌を早期発見するために用いるのに好適な、癌用唾液バイオマーカー、その測定方法、装置、及び、癌用唾液バイオマーカーの特定方法に関する。
難治癌である膵癌の治療成績は未だ不十分であり、膵癌の化学療法や放射線治療等の非外科切除例の生存期間中央値は一年に到達していない。すなわち、これら難治癌の治療成績を改善するためには、外科切除が可能な早い病期での癌診断が重要である。従って、非侵襲・低侵襲で簡便に採取できる生体試料(体液など)を用いて、高頻度の検査を実施し、早期に、または遅くとも切除治療可能な段階で、癌を検出できる方法を開発する必要がある。
発明者の一人は、特許文献1で腎臓病判定用血清マーカーを提案し、特許文献2、3で肝臓疾患マーカーを提案している。
又、膵癌の早期発見を目的として、血液から腫瘍診断マーカーを発見する取り組みも数多く進められている(特許文献4、5)。消化器系癌に関する血中の蛋白マーカーとしては、CA19-9 (carbohydrate antigen 19-9)が臨床現場で活用されており、膵癌・胆道癌の検出や、化学療法の効果を評価する上で有用であるが、早期の癌を診断することは困難であり、癌のスクリーニングとしては精度が不十分である(非特許文献1)。また、ルイス式血液型陰性者では癌でも上昇しない偽陰性を示す問題もある。他にDUPAN−2(膵癌関連糖蛋白坑原、pancreatic cancer associated antigen)、CEA(Carcinoembryonic Antigen)などもあるが、前者は胆道癌や肝癌、後者は食道癌、胃癌などの消化器系癌でも陽性を示し、膵癌特異的ではない。また、コストの面からも広く汎用されるには至っていない。
又、スペルミン(Spermine)などのポリアミン類と、N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミン(N1-Acetylspermine)など、ポリアミンのアセチル化したものは、血中・尿中では様々な癌のマーカーとして知られている(非特許文献2)。代謝経路でアルギニンがオルニチンに代謝され、その後プトレシンを介して、ポリアミン類に代謝される。これらは癌組織の表面の酸素が多いところで生合成が活性化され、癌中央部の低酸素状態のところでは、細胞外からの取り込みが上昇する。癌組織全体としては濃度が高くなり、血中に流れ出して来ると考えられている。例えば、血中のスペルミジンは、乳癌、前立腺癌、睾丸腫瘍において濃度が上昇することが知られている(非特許文献1)。また、スペルミンやスペルミジンは血中での濃度は急性膵炎で低下することが動物実験で知られている(非特許文献3)。
特開2011−58863号公報 特開2011−232164号公報 WO2011/158590A1号公報 特開2011−247869号公報 特表2009−508493号公報 特開2013−521763号公報
Hamada S, Shimosegawa T., Biomarkers of pancreatic cancer., Pancreatology. 2011;11:14-9. Soda K (2011), The mechanisms by which polyamines accelerate tumor spread. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research. 30(1): 95. Jin HT, Lamsa T, Merentie M, Hyvonen MT, Sand J, Raty S, Herzig KH, Alhonen L , Nordback I (2008). Polyamine levels in the pancreas and the blood change according to the severity of pancreatitis. Pancreatology. 8(1), 15-24. Zhang L, Farrell JJ, Zhou H, Elashoff D, Akin D, Park NH, Chia D, Wong DT. (2010), Salivary transcriptomic biomarkers for detection of resectable pancreatic cancer. Gastroenterology. 138(3):949-57 Sugimoto M, Wong DT, Hirayama A, Soga T, Tomita M, (2010), Capillary electrophoresis mass spectrometry-based saliva metabolomics identified oral, breast and pancreatic cancer-specific profiles, Metabolomics, 6, 78-95 Soga, T., Baran, R., Suematsu M., Ueno, Y., Ikeda, S., Sakurakawa T., Kakazu, Y., Ishikawa, T., Robert, M., Nishioka, T., Tomita, M. (2006), Differential methabolomics reveals ophthalmic acid as an oxidative stress biomarker indicating hepatic glutathione sonsumption., Journal of Biological Chemistry, 281 (24): 16768-16776 Sugimoto et al. Capillary electrophoresis mass spectrometry-based saliva metabolomics identified oral, breast and pancreatic cancer-specific profiles, Metabolomics, 2010, 6, 78-95 Tsutsui et al, High-throughput LC-MS/MS based simultaneous determination of polyamines including N-acetylated forms in human saliva and the diagnostic approach to breast cancer patients, Anal Chem, 2013, 85, 11835-42 Wang Q et al. Investigation and identification of potential biomarkers in human saliva for the early diagnosis of oral squamous cell carcinoma., Clin Chim Acta. 2014; 427:79-85
従来の血中タンパク質を用いた癌の発見では、膵癌の早期発見のスクリーニングとしては不十分な点がある。また、血液検査は低侵襲な検査ではあるが、健康診断や病院での医療従事者による注射による採血が必要であるため、高頻度の検査が事実上難しい。一方、唾液は、非侵襲でまったく痛みを伴わず、被験者個人でも場所を選ばず採取可能であり、高頻度の検査が可能である利点がある。例えば特許文献6には肺癌検出用唾液バイオマーカーが提案されている。特に膵癌は早期発見が難しいといわれており、血液検査より、更に高頻度な検査で癌の可能性をいち早く検知することが重要である。
唾液で膵癌が診断できる可能性があることについては、非特許文献4に、唾液中のmRNAで膵癌を診断できることが記載されている。又、血中代謝物で膵癌診断が可能という報告もある。
しかしながら、mRNAの定量には唾液採取の直後にRNase阻害剤を唾液に添加してmRNAを破壊しないようにする工程が必要であり、更に、測定のために複雑な工程と時間を要する。このため定量のためには定量PCRを用いるが、一般に数個程度のマーカーを定量するのみで非特許文献4でも35物質を定量しているだけである。このため、網羅性と定量性を確保して多くの分子の傾向をとらえることができず、唾液に生じる濃度補正もできないため、高精度な予測ができない。更に工程が複雑であるために定量値に人工的なノイズが混入してしまう可能性も高い。より簡便な処理で定量値にノイズが入る可能性を極力排除し、網羅的に分子を定量することで、唾液に生じる濃度変動の影響も考慮した信頼性の高いマーカー探索例が報告される提案はこれまでなかった。また、このような信頼性の高い唾液バイオマーカーにより癌、特に膵癌や膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)、乳癌、口腔癌を健常者と、識別可能な診断法は提案されていなかった。
本発明は、前記従来の問題点を解消するべくなされたもので、唾液を用いて膵癌、乳癌、口腔癌などの癌を早期発見可能とすることを課題とする。
本発明者らは、生体試料内の低分子を網羅的に測定できるキャピラリー電気泳動装置(CE)と質量分析計(MS)を併用したCE−MSを用いて、膵癌患者の唾液中の低分子(=代謝物)の一斉定量を行い、膵癌と健常者を見分ける複数のバイオマーカーを特定した。また、これらを組み合わせて単独のマーカーより精度の高い識別方法を開発し、かつ膵癌以外の癌の唾液を用いた特異性の評価も行った。合わせて、唾液は採取方法をそろえて日内変動や食事の影響を排除して採取しているが、それでも濃度の変動を排除しきれないため、代謝物濃度の総和を推測するマーカーも探し、膵癌と健常者を見分けるマーカーとを組み合わるアルゴリズムを開発した。
又、乳癌と口腔癌についても同様の手法でマーカーを見出した。
本発明は、上記研究結果に基づいてなされたもので、唾液試料の代謝物である低分子化合物のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする癌用唾液バイオマーカーにより前記課題を解決したものである。
ここで、前記癌を、膵癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)、乳癌、口腔癌のいずれかとすることができる。
又、膵疾患検出用の前記癌用唾液バイオマーカーとして以下の物質、又は、その組合せの唾液中の絶対濃度を使うことができる。N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、アデノシン(Adenosine)、3-ホスホ-D-グリセリン酸(3PG)、尿素(Urea)、o-アセチルカルニチン(o-Acetylcarnitine)、クエン酸(Citrate)、グリシル-グリシン(Gly-Gly)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、2-オキソペンタン酸メチル(2-Oxoisopentanoate)、リンゴ酸(Malate)、安息香酸エステル(Benzoate)、フマル酸(Fumarate)、N-アセチルアスパラギン酸(N-Acetylaspartate)、イノシン(Inosine)、3-メチルヒスチジン(3-Methylhistidine)、N1-アセチルスペルミン(N1-Acetylspermine)、クレアチン(Creatine)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、ホスホリルコリン(Phosphorylcholine)、2-ヒドロキシペンタアート(2-Hydroxypentanoate)、キサンチン(Xanthine)、コハク酸(Succinate)、6-ホスホグルコン酸(6-Phosphogluconate)、ブタン酸(Butanoate)、ホモバニリン酸(Homovanillate)、O-ホスホセリン(O-Phosphoserine)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、ピペリジン(Piperidine)、シスチン(Cystine)、2-イソプロピルリンゴ酸(2-Isopropylmalate)、N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N-アセチルノイラミン酸(N-Acetylneuraminate)、グルコサミン(Glucosamine)、スペルミン(Spermine)、アグマチン(Agmatine)、N-アセチルヒスタミン(N-Acetylhistamine)、メチオニン(Met)、p-4-ヒドロキシフェニル酢酸(p-4-Hydroxyphenylacetate)、N,N-ジメチルグリシン(N,N-Dimethylglycine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、グルタミン酸-グルタミン酸(Glu-Glu) 、N1,N12-ジアセチルスペルミン(N1,N12-Diacetylspermine)。
又、唾液の濃度を補正した値を用いる場合は、以下の物質、又は、その組合せをマーカーとして利用することができる。N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、クレアチニン(Creatinine)、スペルミン(Spermine)、アスパラギン酸(Asp)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミン(N1-Acetylspermine)、シチジン(Cytidine)、アルファ−アミノアジピン酸塩(alpha-Aminoadipate)、シトシン(Cytosine)、ベタイン(Betaine)、尿素(Urea)、ホモバニリン酸塩(Homovanillate)、N-アセチルノイラミン酸塩(N-Acetylneuraminate)、シスチン(Cystine)、ウロカニン酸塩(Urocanate)、フマル酸塩(Fumarate)、1,3-ジアミノブロパン(1,3-Diaminopropane)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、ニコチン酸塩(Nicotinate)、アグマチン(Agmatine)、バリン(Val)、2-ヒドロキシ-4-メチルペンタン酸塩(2-Hydroxy-4-methylpentanoate)、アラニル‐アラニン(Ala-Ala)、クエン酸塩(Citrate)、グルコサミン(Glucosamine)、カルノシン(Carnosine)、グリシン‐グリシン(Gly-Gly)、2-アミノ酪酸(2AB)、アルギニン(Arg)、N-アセチルグルタミン酸塩(N-Acetylglutamate)、グリセロリン酸塩(Glycerophosphate)、ホスホエノールピルビン酸(PEP)、イソロイシン(Ile)、アデノシン(Adenosine)、グアニン(Guanine)、ジヒドロキシアセトンリン酸(DHAP)、カダベリン(Cadaverine)。
又、膵疾患検出用の前記癌用唾液バイオマーカーの組合せの一例として、クレアチニン、N1-アセチルスペルミジン、アルファ-アミノアジピン酸塩、N-アセチルノイラミン酸塩、1,3-ジアミノブロパンの組合せで高精度な予測を行うことができる。ただし、他の組合せや組合せの方法論を変えて予測を行うこともできる。
又、乳癌検出用の前記癌用唾液バイオマーカーとして以下の物質、又は、その組合せの唾液中の絶対濃度を使うことができる。コリン(Choline)、2-ヒドロキシ酪酸(2-Hydroxybutyrate)、ベータ-アラニン(beta-Ala)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、N-アセチルベータアラニン(N-Acetyl-beta-alanine)、イセチオン酸(Isethionate)、N-アセチルフェニルアラニン(N-Acetylphenylalanine)、トリメチルリシン(N6,N6,N6-Trimethyllysine)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、クレアチン(Creatine)、ガンマ−ブチロベタイン(gamma-Butyrobetaine)、サルコシン(Sarcosine)、ピルビン酸(Pyruvate)、ウロカニン酸(Urocanate)、ピペリジン(Piperidine)、セリン(Ser)、ホモバリニン酸(Homovanillate)、5-オキソプロリン(5-Oxoproline)、ギャバ(GABA)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、2-ヒドロキシ吉草酸(2-Hydroxypentanoate)、カルニチン(Carnitine)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、乳酸(Lactate)、2-ヒドロキシ-4-メチルペンタン酸(2-Hydroxy-4-methylpentanoate)、ヒドロキシプロリン(Hydroxyproline)、酪酸(Butanoate)、アデニン(Adenine)、N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、6-ヒドロキシヘキサン酸(6-Hydroxyhexanoate)、プロピオン酸(Propionate)、ベタイン(Betaine)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、ヒポキサンチン(Hypoxanthine)、クロトン酸(Crotonate)、トリプトファン(Trp)、シトルリン(Citrulline)、グルタミン(Gln)、プロリン(Pro)、2-オキソイソペンタン酸(2-Oxoisopentanoate)、4-安息香酸メチル(4-Methylbenzoate)、3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(3-(4-Hydroxyphenyl)propionate)、システイン酸(Cysteate)、アゼライン酸(Azelate)、リブロース-5-リン酸(Ru5P)、ピペコリン酸(Pipecolate)、フェニルアラニン(Phe)、O-ホスホセリン(O-Phosphoserine)、マロン酸(Malonate)、ヘキサン酸(Hexanoate)、p-ヒドロキシフェニル酢酸(p-Hydroxyphenylacetate)。
上記物質は後出表7において、公知でなく有意な物である。
又、乳癌検出用の前記癌用唾液バイオマーカーの組合せの一例として、べータアラニン、N-アセチルフェニルアラニン、シトルリンの組合せを用いることができる。ただし、他の組合せや組合せの方法論を変えて予測を行うこともできる。
又、唾液の濃度を補正した値を用いる場合は、以下の物質、又は、その組合せをマーカーとして利用することができる。コリン(Choline)、ベータ-アラニン(beta-Ala)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、N-アセチルベータアラニン(N-Acetyl-beta-alanine)、イセチオン酸(Isethionate)、N-アセチルフェニルアラニン(N-Acetylphenylalanine)、トリメチルリシン(N6,N6,N6-Trimethyllysine)、ウロカニン酸(Urocanate)、ピペリジン(Piperidine)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、ヒドロキシプロリン(Hydroxyproline)、N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、6-ヒドロキシヘキサン酸(6-Hydroxyhexanoate)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、アゼライン酸(Azelate)、ジヒドロキシアセトンリン酸(DHAP)、グリコール酸(Glycolate)、4-メチル-2-オキソペンタノン酸(4-Methyl-2-oxopentanoate)、N-アセチルアスペラギン酸(N-Acetylaspartate)、グリセロリン酸(Glycerophosphate)、3-ヒドロキシブチル酸(3-Hydroxybutyrate)、安息香酸(Benzoate)、アジペート(Adipate)、2-イソプロピルマレート(2-Isopropylmalate)、ホスホリルクロリン(Phosphorylcholine)、N-アセチルノイラミネート(N-Acetylneuraminate)、ヒスタミン(His)、o-アセチルカルニチン(o-Acetylcarnitine)、N-アセチルグルコサミン1-リン酸(N-Acetylglucosamine 1-phosphate)、クレアチニン(Creatinine)、アルギニン(Arg)、シリング酸(Syringate)。
上記物質は後出表8において、公知でなく有意な物である。
又、乳癌検出用の前記癌用唾液バイオマーカーの組合せの一例として、N-アセチルフェニルアラニン、N-アセチルスペルミジン、クレアチンの組合せを用いることができる。ただし、他の組合せや組合せの方法論を変えて予測を行うこともできる。
又、口腔癌検出用の前記癌用唾液バイオマーカーとして以下の物質、又は、その組合せの唾液中の濃度を使うことができる。グリシル−グリシン(Gly-Gly)、シトルリン(Citrulline)、ガンマ−ブチロベタイン(gamma-Butyrobetaine)、3‐フェニルラクタート(3-Phenyllactate)、酪酸(Butanoate)、ヘキサン酸(Hexanoate)、メチオニン(Met)、ヒポキサンチン(Hypoxanthine)、スペルミジン(Spermidine)、トリプトファン(Trp)、アスパラギン酸(Asp)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、アラニン−アラニン(Ala-Ala)、N,N-ジメチルグリシン(N,N-Dimethylglycine)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N1-,N8-ジアセチルスペルミジン(N1,N8-Diacetylspermidine)、N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、N-アセチルアスパラギン酸(N-Acetylaspartate)、アデニン(Adenine)、2-ヒドロキシ吉草酸(2-Hydroxypentanoate)、プトレシン (Putrescine(1,4-Butanediamine))、3-ホスホグリセリン酸バリウム(3PG)、3-フェニルプロピオン酸(3-Phenylpropionate)、セリン(Ser)、1-メチルニコチンアミド(1-Methylnicotinamide)、3-ヒドロキシ-3-メチルグルタル酸(3-Hydroxy-3-methylglutarate)、グアニン(Guanine)、3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(3-(4-Hydroxyphenyl)propionate)、4-安息香酸メチル(4-Methylbenzoate)、リブロース-5-リン酸(Ru5P)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、 N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、 グルコサミン(Glucosamine)、 シスチン(Cystine)、カルノシン(Carnosine)、ウロカニン酸(Urocanate)、フェニルアラニン(Phe)、2-デオキシリボース-1-リン酸(2-Deoxyribose 1-phosphate)、シチジン5'-一りん酸二ナトリウム(CMP)、p-ヒドロキシフェニル酢酸(p-Hydroxyphenylacetate)、ポリヒドロキシ酪酸(3-Hydroxybutyrate)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、7-メチルグアニン(7-Methylguanine)、イノシン(Inosine)、リシン(Lys)、ジヒドロキシアセトンりん酸(DHAP)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、カルバモイルアスパラギン酸(Carbamoylaspartate)、クレアチニン(Creatinine)、N-メチル-2-ピロリドン(1-Methyl-2-pyrrolidinone)、ピルビン酸(Pyruvate)、プロピオン酸(Propionate)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、N-アセチルオルニチン(N-Acetylornithine)、5-オキソプロリン(5-Oxoproline)、クレアチン(Creatine)、ホモセリン(Homoserine)、フマル酸(Fumarate)、グリシン(Gly) 、N1,N12-ジアセチルスペルミン(N1,N12-Diacetylspermine)。
上記物質は後出表9において、公知でない物である。
本発明は、又、唾液試料を採取する工程と、採取した唾液試料中の前記癌用唾液バイオマーカーを検出する工程を含むことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの測定方法を提供するものである。
本発明は、又、唾液試料を採取する手段と、採取した唾液試料中の前記癌用唾液バイオマーカーを検出する手段を備えたことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの測定装置を提供するものである。
本発明は、又、唾液試料を限外ろ過する手順と、限外ろ過後の唾液試料中のイオン性代謝物を網羅的に測定する手段と、測定された代謝物の濃度に基づいて、健常者と膵疾患者を見分ける能力の高い物質を選定する手順を含むことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの特定方法を提供するものである。
ここで、前記癌用唾液バイオマーカーの選定に際して、測定された代謝物間の相関値を計算し、最も多くの物質と相関する物質の濃度で各物質の濃度を正規化することができる。
又、数理モデルを用いて、前記癌用唾液バイオマーカーの組合せを決定することができる。
本発明によれば、非侵襲で簡便に採取できる唾液を用いて、膵癌だけでなく、IPMNや慢性膵炎を含む膵疾患、乳癌、口腔癌などを早期に検出することが可能となる。特に、ポリアミンと他の新規物質との組合せで、高精度の予測が可能になる。
本発明の実施例におけるバイオマーカーの決定手順を示す流れ図 同じく唾液中代謝物の相関ネットワークを示す図 同じく数理モデルの開発手順を示す流れ図 同じく膵癌を健常者から見分ける決定木(Decision Tree)のモデルを示す図 同じく濃度マーカーで正規化した代謝物濃度を用いた場合の膵癌を健常者から見分ける数理モデルの受信者動作特性(ROC)曲線を示す図 同じく健常者(C)と膵癌(PC)を分類するモデルで、健常者と膵癌と慢性膵炎(CP)とIPMNも含めて、膵癌のリスクをプロットした図 同じく濃度マーカーの絶対濃度をそのまま利用した場合の膵癌を健常者から見分けるMLRモデルで変数選択に変数増減法を用いた場合の図 同じく濃度マーカーの絶対濃度をそのまま利用した場合の膵癌を健常者から見分けるMLRモデルで変数選択に変数増加法を用いた場合の図 同じく唾液中アミノ酸の総濃度の例を示す図 乳癌患者を健常者から識別するためのMLRモデルで変数をベータアラニン、N-アセチルフェニルアラニン、シトルリンとした場合のROC曲線を示す図 同じく変数をN-アセチルフェニルアラニン、N1-アセチルスペルミジン、クレアチンとした場合のROC曲線を示す図 乳癌用バイオマーカーの濃度補正物質を決めるための代謝物間のネットワーク図 健常者と乳癌患者の間で有意差があった物質の中でポリアミン類に属する物質を示す図 健常者と乳癌患者の間で有意差があった物質の中でポリアミン類以外の物質の例を示す図 濃度補正の有無に関わらず健常者と乳癌患者で有意差があった物質のp値が小さかった上位5物質とROC曲線を示す図 Glyを補正マーカーにした根拠を示す相関ネットワーク図 口腔癌の手術時に得られる癌組織検体と、その近傍の健常組織検体の代謝物濃度を示す図 口腔癌患者の唾液採取方法を変えた場合の健常者の唾液との濃度の違いを示す図
以下、本発明を好適に実施するための形態(以下、実施形態という)につき、詳細に説明する。なお、本発明は以下の実施形態及び実施例に記載した内容により限定されるものではない。また、以下に記載した実施形態及び実施例における構成要素には、当業者が容易に想到できるもの、実質的に同一のもの、所謂均等の範囲のものが含まれる。更に、以下に記載した実施形態及び実施例で開示した構成要素は適宜組み合わせてもよいし、適宜選択して用いてもよい。
まず、図1を参照しながら膵疾患用バイオマーカーの決定手順について説明する。
1.唾液提供者
膵癌患者の病期ステージの異なる唾液サンプルと、健常者、また、特異性の評価のため、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)、および慢性膵炎患者の唾液検体、合計199検体を収集した。各群の症例数、男女の構成、年齢を表1に示す。すべて治療前の症例で化学療法の治療履歴のない症例を対象とした。表1中の欠損数は、値がわからない症例数である。
2.唾液の採取方法(図1のステップ100)
○採取日に関して
できるだけ手術の当日以外に採取を行う
○食事に関して
前日21:00以降、水以外飲まない
当日朝食を取らない
○当日、唾液採取までに気をつけること
唾液採取は朝食前でAM8:30〜11:00の間に行う
唾液採取の1時間以上前に、歯磨き粉なしで歯磨きする
唾液採取の1時間前は激しい運動を行わない
口腔内の手入れ(爪楊枝の使用など)を行わない
煙草も吸わない
水以外飲まない
○唾液採取の方法
唾液採取前に水で口内をゆすぎ、非刺激性の混合唾液を採取する。
唾液は意図的に出さず、自然に垂れてくるものだけを採取する(吐唾法)。あるいは、口内に唾液がある程度たまった時点(時間の目安は3分程度)でストローをくわえ、チューブに唾液を流しだす(Passive Drool法)。顔を下に向け、ストローを垂直にして口内の唾液を押し出せば、自然と垂れ流れ易いが、ストローの中間で唾液が付着して下に落ち切らない場合、息で押し出す(口をチューブに開けっぱなしにするより、ある程度口の中に唾液をためてから、一度にチューブに落としたほうが集めやすい)。
(できれば)200μL以上採取する。
唾液採取時、できるだけチューブは氷上に置き低温を保つ、15分以内に採取を終える(15分で200μL集まらない場合でも、切り上げる)。
5分以内に氷上から−80度あるいはドライアイスで凍結保存する。
ポリプロピレン素材のチューブとストローで唾液を採取する。
なお、唾液の採取方法は、上記に限定されず、他の方法で採取することも可能である。
3.唾液の代謝物質測定のための前処理方法(図1ステップ110)
唾液サンプルを400μLとり、これを、限外ろ過フィルター(分画分子量5,000Da)にとり4℃,9,100gで3.5時間遠心分離を行う。ろ液の45μLとメチオニンスルホン(Methionine sulfone)、2-モルホリノエタンスルホン酸・一水和物(2-Morpholinoethanesulfonic acid, monohydrate)、CSA(D-Camphor-10-sulfonic acid)、ナトリウム塩、3-アミノピロリジン(3-Aminopyrrolidine)、トリメシン酸塩(Trimesate)が各2mMとなる水溶液5μLを混合して50μLのサンプルとし、次の方法により測定した。
4.キャピラリー電気泳動−飛行時間型質量分析計(CE-TOFMS)での唾液中代謝物の絶対濃度の測定(図1のステップ120)
CE−MSを用いたメタボローム解析によって、唾液からイオン性代謝物を同定・定量した。
測定方法は、非特許文献6に記載の方法に従った。以下にパラメータを記載する。
1)陽イオン性代謝物質測定モード
・HPCE
キャピラリー:フューズドシリカ、内径50μm×長さ100cm
バッファ:1M蟻酸(Formate)
電圧:ポジティブ、30kV
温度:20℃
注入:加圧注入 50mbar、5秒(約3nL)
測定前の洗浄:30mM、pH9.0の蟻酸アンモニウム(Ammonium Formate)で5分、Milli-Q水で5分、バッファーで5分
・TOFMS
極性:ポジティブ
キャピラリー電圧:4,000V
フラグメンター電圧:75V
スキマー電圧:50V
OCT RFV:125V
ドライガス:窒素(N)、10L/分
ドライガス温度:300℃
ネブライザーガス圧力:7psig
シース液:50% MeOH / 0.1μM Hexakis (2,2-difluoroethoxy) phosphazene含有水
流速:10L/分
リファレンスm/z:2MeOH 13C同位体 [M+H]+m/z66.063061,
Hexakis(2,2-difluoroethoxy)phosphazene [M+H]+m/z622.028963
2)陰イオン性代謝物質測定モード
・HPCEキャピラリー:COSMO(+)、内径50μm×長さ10、6cm
バッファ:50mM酢酸アンモニウム、pH8.5
電圧:ネガティブ、30kV
温度:20℃
注入:加圧注入50mbar、30秒、(約30nL)
測定前の洗浄:50mM酢酸アンモニウム、pH3.4で2分間洗浄、50mM、pH8.5の酢酸アンモニウムで5分間洗浄
・TOFMS
極性:負
キャピラリー電圧:3,500V
フラグメンター電圧:100V
スキマー電圧:50V
OCT RFV:200V
ドライングガス:窒素(N)、10L/分
ドライングガス温度:300℃
ネブライザーガス圧力:7psig
シース液:5mM酢酸アンモニウム入り50%MeOH / 0.1μM Hexakis (2,2-difluoroethoxy) phosphazene含有水
流速:10μL/分
リファレンスm/z:2[CH3COOH] 13C同位体[M-H]-m/z120.038339,
Hexakis(2,2-difluoroethoxy) phosphazene +CH3COOH [M-H]- 680.035541
ESIニードル:白金
なお、陽イオン性代謝物質測定の前に陰イオン性代謝物質測定を行っても良い。
5.ノイズの除去(図1のステップ130)
測定日によって値の変動の大きな物質や、代謝物由来ではない信号などを除去する。
最初に測定データから信号ノイズ比が1.5以上のピークを全て検出した。商用で入手可能な標準物質を唾液検体測定前に測定し、質量分析装置から得られる質量電荷比(m/z)の値と、移動時間が一致するピークに物質名を割り振り、同定を実施した。定量は、各ピークのピーク面積を内部標準物質の面積で割って、質量分析装置の測定感度の振れを補正し比ピーク面積を算出し、唾液検体内の比ピークと面積と、標準物質の比ピーク面積の比率を用いて絶対濃度を計算した。
6.各群で検出数の多い物質を選定(図1のステップ140)
各群で30%以上の症例(例えば、10人中3人)でピークが検出できた物質だけを選別した。
7.群間で統計的な有意差のある物質を選定(図1のステップ150)
通常の検定(今回はMann-Whitney検定)を実施した後、False Discovery Rate(FDR)を用いて、P値を補正しQ値を計算し、Q値でQ<0.05と有意差のある物質を選別した。
この手順により選定された物質が請求項3に記載した物質である。
8.唾液中の総代謝物の濃度を推測して濃度補正するための物質を選出(図1のステップ142)
測定した全検体(健常、乳癌、口腔癌、IPMN、膵癌を含む)にて、定量した代謝物の定量値を用いて代謝物間の相関値を総当たりで計算した。ピアソン相関係数(R)でR≧0.8を満たす物質の組合せを列挙する。最も多くの物質がお互いに相関する代謝物群の中から、更に最も多くの物質と相関する物質を選出した。
図2に唾液中代謝物の相関ネットワーク図の一例を示す。
9.濃度補正後の物質で統計的な有意差のある物質を選定(図1のステップ152)
各物質の濃度をステップ142で選別した物質の濃度で補正した値により、通常の検定(今回はMann-Whitney検定)を実施した後、False Discovery Rate(FDR)を用いて、P値を補正しQ値を計算し、Q値でQ<0.05と有意差のある物質を選別した。
次に、図3を参照して、健常者と膵癌を識別する数理モデルの開発手順を説明する。
図1のステップ150又はステップ152で選定したマーカーを用いて、ステップ200で変数が無い状態から数理モデルである多重ロジスティック回帰モデル(MLRモデル)を開発した。この多重ロジスティック回帰(MLR)分析では、目的変数である比率Pに対して、k個の説明変数x、x、x、・・・、xを使って、
In(P/1−P)=b+b+b+b+・・・+b
…(1)というPの回帰式を求める。
具体的には、ステップ210で、例えばステップワイズ変数選択の変数増減方法を用いて、お互いに相関しない独立で最小の変数の組合せを選択した。変数を追加するときのP値を0.05、変数を除去するときのP値も0.05とし、変数xを選択した。
次いでステップ220に進み、データを学習用と評価用に分割した後、ステップ230で学習用データでモデルを作り、評価用データで評価した。図3中のループ1で構成されるクロスバリデーションの中でステップ220とステップ230を繰り返した。
選択したモデルを用いてステップ240で受信者動作特性(ROC)解析を実施し、ROC曲線以下の面積(AUC)とともに、95%信頼区間(CI)を計算してモデルを評価した。また、ROC曲線で、Y=X+α(αは定数)の曲線を描き、αの数値を1から0に向かって小さくしてゆき、ROC曲線と最初に接するところでαの値を決め、最適カットオフ値を決定した。
次いでステップ250に進み、クロスバリデーションの結果で最も精度の良いモデルを選択した。
ここでは、ステップワイズ法を用いているが、ステップワイズ法にも変数増加、変数増減、変数減少と3種類あり、P<0.05の閾値で変数を追加するなど、閾値の調整もあるので、図3中の大きなループ2で何度もモデルを作って、一番精度の良いものを選ぶことができる。
具体的には、MLRモデルの評価として、乳癌、口腔癌(CP)とIPMNの唾液に関しても、膵癌(PC)のリスクの値を計算した。また、健常者(C)とCPとIPMNを1つの群とし、この群から膵癌を識別できるAUC値を計算した。また、データをランダムに10分割して、90%のデータを用いてモデルを作り、残り10%の値でモデルの評価を行い、これを10回繰り返して、全ての症例が1度は必ず評価側に選ばれるようにし、評価データを集めてAUC値を計算するクロスバリデーション(CV)も実施した。
10.探索した物質と、膵癌を識別するモデルの結果図1のステップ120にて定量した代謝物に対し、ステップ142でお互いに相関関係の高い値を示した物質を図2に示した。図2では、R≧0.8となる物質間に線を結んでいる。8つのクラスター(代謝物の集団)がみられるが、図中の一番左上のクラスターが一番多くの物質を含む。この中でもアラニン(Ala)が他の物質と最も多くネットワークで結ばれているため、本物質を、唾液全体の濃度を正規化するための代謝物とする。なお、正規化に用いる代謝物は、他の物質と最も多くネットワークで結ばれている物質に限定されない。例えば、代謝濃度の総量や、CE−MSで唾液測定時に得られるシグナルの総和(Total Ion Electropherogram)、または検出した全てのシグナルを大きさ順に並べてその中央の順位に位置するピークの面積を正規化に用いることも可能である。また、変数選択と数理モデルもステップワイズ法とMLRに限定されない。
例えば変数選択では、Correlation-based Feature Subset法(M. A. Hall (1998). Correlation-based Feature Subset Selection for Machine Learning. Hamilton, New Zealand.参照)、Relief法(Marko Robnik-Sikonja, Igor Kononenko (1997). An adaptation of Relief for attribute estimation in regression. In: Fourteenth International Conference on Machine Learning, 296-304.参照)、SVM変数選択法(I. Guyon, J. Weston, S. Barnhill, V. Vapnik (2002). Gene selection for cancer classification using support vector machines. Machine Learning. 46(1-3): 389-422.参照)などでも適応可能である。
数理モデルでは、2群を分ける機械学習法の適応も可能である。例えば、ベイズ推定(Berger, James O (1985). Statistical Decision Theory and Bayesian Analysis. Springer Series in Statistics (Second ed.). Springer-Verlag. ISBN 0-387-96098-8.参照)、ニューラル・ネットワーク(ANN)(D. E. Rumelhart, G. E. Hinton, and R. J. Williams, (1986): Learning representaions by back-propagating errors, Nature, 323-9, 533-536.参照)、サポートベクターマシン(SVM)(J. Platt (1998) Fast Training of Support Vector Machines using Sequential Minimal Optimization. In B. Schoelkopf and C. Burges and A. Smola, editors, Advances in Kernel Methods - Support Vector Learning, 参照)、Alternative decision tree (ADTree)(Yoav Freund and Llew Mason (1999) The Alternating Decision Tree Algorithm. Proceedings of the 16th International Conference on Machine Learning, 124-133、及び、Freund, Y., Mason, L. (1999) The alternating decision tree learning algorithm. In: Proceeding of the Sixteenth International Conference on Machine Learning, Bled, Slovenia, 124-133参照)、決定木(Ross Quinlan (1993). C4.5: Programs for Machine Learning. Morgan Kaufmann Publishers, San Mateo, CA参照)、PARTモデル(Eibe Frank, Ian H. Witten (1998) Generating Accurate Rule Sets Without Global Optimization. In: Fifteenth International Conference on Machine Learning, 144-151.参照)、Random forest、PLS判別分析(Partial least squares-discriminant analysis; PLS-DA)(Lindgren, F; Geladi, P; Wold, S (1993). The kernel algorithm for PLS. J. Chemometrics 7: 45-59. doi:10.1002/cem.1180070104.参照)、Orthogonal PLS判別分析(OPLS-DA)(Trygg, J., & Wold, S. (2002). Orthogonal projections to latent structures (O-PLS). Journal of Chemometrics, 16(3), 119-128、及び、Breiman, Leo (2001). Random Forests. Machine Learning 45 (1):5-32. doi:10.1023/A:1010933404324.参照)などでも適応可能である。また、これらの2群を分ける機械学習法を複数生成して、複数の数理モデルの予測値の平均や多数決を用いて予測するBootstrap法やBagging法(Breiman, Leo (1996) Bagging predictors. Machine, Learning24 (2): 123-140参照)を用いることも可能である。更に、教師なし学習である主成分分析(Principal Component Analysis; PCA)(Hotelling, H. (1933). Analysis of a complex of statistical variables into principal components. Journal of Educational Psychology, 24, 417-441.参照)の主成分を用いて分離することも可能である。図4は、膵癌を健常者から見分ける決定木のモデルである。代謝物の濃度は濃度マーカー(ここではAla)で正規化したものを利用した。ROC曲線以下の面積は、0.856、10分割クロスバリデーション時で0.653となった。
前項9.のステップ152で健常者と膵癌を見分ける能力の高い物質を表2に示す。
表2中で、検出率は、健常者と膵癌それぞれの群の中で、全症例中、何症例でピークが検出できたかという割合を示す。95% CI(Confidential Interval)は、95%信頼区間の値を示す。
健常者と膵癌の間で、健常者群と膵癌群でノンパラメトリックな2群検定であるMann-Whitney検定を実施し、代謝物ごとにp値を計算し、False Discovery Rate(FDR)を用いてp値を補正してq値の検定を実施した。
また、これらの物質が膵癌(PC)と健常者(C)の2群をどれだけ見分けられるかの感度と特異性の評価のため、受信者動作特性(ROC)解析を行った。この結果を図5に示す。代謝物の濃度は、濃度マーカーで正規化したものを利用した。このMLRモデルに含まれる物質と、そのパラメータとオッズ比を表3に示す。
図5におけるROC曲線以下の面積は、0.8763(95% CI:0.8209−0.9317,p<0.0001)であった。また、最適カットオフ値の感度は0.8348、(1−特異度)は0.2169となった。
健常者と膵癌を見分けることができるMLRモデルを用いて、健常者(C)と膵癌(PC)だけでなく、乳癌、口腔癌(CP)とIPMNの患者の膵癌リスクを計算した値を図6に示す。
図6は、健常者(C)と膵癌(PC)を分離するモデルで、C、PCと乳癌、口腔癌(CP)とIPMNも含めて、膵癌のリスクをプロットした図であり、箱ひげ図は、上から、10%、25%、50%、75%、90%の値を示し、10%と90%より外側の値はプロットで表示している。
表4にMLRモデルの特異性と汎用性を評価したAUC値を示す。
ここで、CVはクロスバリデーションの場合である。
また、濃度補正を行わずに、絶対濃度を用いてMLRのモデルを作成したときのROC曲線を、図7に示す。また選択されたマーカーと係数を表5に示す。ROC曲線以下の面積は、0.8264(95% CI:0.7619−0.8874,p<0.0001)であり、濃度補正を実施しない場合と比べてやや精度が落ちるものの、それでも尚高い予測精度で予測が可能であった。また、本モデルの作成には、ステップワイズ変数選択の変数増減方法を用いて、変数を追加するときのP値を0.05、変数を除去するときのP値も0.05としたが、変数選択の方法として変数増加方法を用いて、変数を追加するときのP値を0.05とした場合のROC曲線を図8に示す。また、選択されたマーカーと係数を表6に示す。ROC曲線以下の面積は、0.8373(95% CI:0.7792−0.8954,p<0.0001)であり、図7のモデルと異なるマーカーや係数を用いているにも関わらず同水準の予測精度を出すことができた。
11.探索した物質に対する考察
本発明では、唾液に含まれるイオン性代謝物の濃度を一斉に測定し、健常者と膵癌を識別できる能力の高いマーカーを選出した。更にこのマーカーの組合せにて、単一の物質よりもより精度(感度と特異度)の高いモデルを開発することができた。
唾液を扱う問題点として、血液に比べて濃度変動が大きいことがあげられる。本方法では、採取時間や採取前の食事制限によって、統一された条件で唾液を採取したが、それでもなお、明らかに全物質が濃い、または、薄い傾向にあるサンプルがあった。図9に唾液中のアミノ酸の総濃度の疾患ごとの違いを示す。箱ひげの意味は図6と同じである。検定はノンパラメトリックの多重検定であるクラリカル・ウォリス(Kruskal-Wallis)で実施し、P=0.0138であった。またこの後Dunnのポスト検定を実施したところ、CとPCの間だけp<0.05であった。
膵癌(PC)は健常者(C)に比べて有意に濃度が高く、唾液中の総濃度が高いことそのものも膵癌のリスクを示す指標として利用できる可能性がある。ただし、CでもPCより濃度の高い検体や、逆にPCでもCより濃度の低い検体も存在するため、単純にこれらをリスクとして扱っても精度が悪い(図8のデータでCとPC間でROC解析をした結果では、AUC=0.6282,p=0.004756となる)。
このため、これら(Cで濃度が高い、PCで濃度が低い)検体を除外して濃度が一定の範囲内の検体だけを検査対象とする場合は、濃度全体も考慮できるが、検査対象の症例を減らさなければならない。このため、図2に示す方法にて、唾液の代謝物濃度全体に相関が高く、全検体で検出できる物質で正規化して全体濃度の変動をキャンセルしたうえでマーカー物質を探索した。なお、正規化を省略することも可能である。
マーカーとして候補になった表2中の物質の内、スペルミンなどのポリアミン類と、N8-アセチルスペルミジン、N1-アセチルスペルミジン、N1-アセチルスペルミンなど、ポリアミンのアセチル化した物質は、様々な癌での変動とともに、膵臓の状態を反映する物質ではあるが、例えば尿中のスペルミンなどは、濃度補正をクレアチニンで行うだけしか考慮しておらず、血液検査で腫瘍マーカーを測定することに匹敵する精度は達成できていない。更に血液ではポリアミン類は赤血球に取り込まれているために(Fu NN, Zhang HS, MaM, Wang H. (2007) Quantification of polyamines in human erythrocytes using a new near-infrared cyanine 1-(epsilon-succinimidyl-hexanoate)-1'-methyl-3,3,3',3'-tetramethyl-indocarbocyanine-5,5'-disulfonate potassium with CE-LIF detection. Electrophoresis. 28(5): 822-9.参照)、遊離した状態での存在量が極めて少なく、尿でも濃度が極めて薄い。乳癌で血液や尿中のポリアミン類を測定しても、最も濃度が高いスペルミジンで約140nM(ナノモル)で、N-アセチルスペルミジンでは約64nM(ナノモル)と、唾液中の濃度よりもきわめて低いことが報告されている(Byun JA, Lee SH, Jung BH, Choi MH, Moon MH, Chung BC. (2008) Analysis of polyamines as carbamoyl derivatives in urine and serum by liquid chromatography-tandem mass spectrometry. Biomed Chromatogr. 22(1):73-80.参照)。また赤血球中のポリアミン類の定量には複雑な工程も要求される。このため、本発明で検出した診断法は、マーカー物質を高濃度で検出できる唾液で行うこと、また、測定のために行う処理工程が簡便なために測定ごとに発生するばらつきを小さくすること、マーカーを組み合わせて数理モデルを用いる3点が寄与して高精度な予測が達成されることが特徴的な点である。また、唾液中のmRNAが膵癌患者と健常者の間で違いがあることは既知の事実である(非特許文献4)が、本発明が対象とする分子群は代謝物であり、全く異なる。また唾液中の代謝物そのものが膵癌で変動することは既知であるが(非特許文献5)、本発明では既知文献に含まれていない物質をマーカーとしており、更に唾液で特有の濃度変動をキャンセルし、かつ、これらの物質の組合せにより、感度と特異性の高い膵癌識別数理モデルを開発することができた。
健常者、慢性膵炎、IPMN、膵癌の4群に関して、MLRモデルが予測する膵癌のリスク分布から本モデルが膵癌に高い特異性を示すことがわかる(図6)。また、クロスバリデーション(表4)の結果や、膵癌と膵癌以外の群を分ける試験の結果からも、本モデルが従来の方法では達成できない高い感度と特異性を持っていることも示している。
また実施例では、唾液中の代謝物の測定に、キャピラリー電気泳動―質量分析(CE−MS)法を用いたが、高速液体クロマトグラフィー(LC)、ガスクロマトグラフィー(GC)、チップLCや、チップCE、それらに質量分析計(MS)を組み合わせたGC−MS、LC−MS、CE−MS法、各種のMS単独の測定法、NMR法、代謝物質を蛍光物質やUV吸収物質に誘導体化してから測定する方法、抗体を作成してELISA法などで測定する、酵素法を用いるなど、測定法にこだわらず、あらゆる分析法で測定することが可能である。
次に乳癌用のバイオマーカーについて説明する。
症例としては、健常者(20症例)、治療開始前の乳癌患者(37症例)、化学療法やホルモン療法などの治療を受けた方を含む乳癌患者(90症例)で、乳癌で1症例だけ男性を含み、残りは全て女性症例を採用した。治療開始前の乳癌患者は8症例がDCIS、29症例が浸潤性乳管癌である。
唾液の採取方法、代謝物の測定方法などは、膵癌のものと同じとした。
多重ロジスティック回線モデル(MLRモデル)を作成するときに行う変数選択法として、Q値≦0.05の物質のみを用いた。図10では、変数増減法により、P≦0.05で変数追加、P≧0.05で変数削除として、ベータアラニン(Beta-Ala)、N-アセチルフェニルアラニン(N-Acetylphenylalanie)、シトルリン(Citrulline)を用いた。図11では、公知のマーカーとして知られているN1-アセチルスピルミジン(N1-Acetylspermidine)を含み、変数増減法により、P≦0.05で変数追加(増加)を行う方法で、N-アセチルフェニルアラニン、N1-アセチルスピルミジン、クレアチン(Creatine)を採用した。図10のモデルでは、個々の物質のROC値は、ベータアラニンが0.8373、N-アセチルフェニルアラニンが0.7122、シトルリンが0.698であり、これらをMLRモデルにすることで、0.9622に向上する。また公知のマーカーを含む図12でも、N-アセチルフェニルアラニンが0.7122、N-アセチルスペルミジンが0.7811、クレアチンが0.7824であったのが、これらをMLRモデルにして組合わせると、0.9365に向上することが確認できた。
乳癌と健常者の間で絶対濃度で、統計的有意差(Mann-Whitney検定でp<0.05)を示す物質を表7−1、表7−2、表7−3、表7−4に示す。健常者は20症例、乳癌患者は化学療法やホルモン療法などが行われていない治療前の患者(37症例)と、全症例(90症例)の両方のケースで比較を実施した。Q値はFalse Discovery Rate(FDR)にて計算した。
公知と記載した項目に7と8と記載がある物質は、非特許文献7と8で公知の物質である。
次いで、図10に示す治療開始前の乳癌患者(37症例)を健常者(20症例)の代謝物でR>0.92で相関を示す代謝物間に線を引いたネットワーク図を作成し、この中で他の物質と多くを結合線を持つ物質で、全検体で検出できている物質グルタミン(Gln)を、濃度補正物質として選択した。図中に○で示す。
そして、乳癌と健常者の間で相対濃度で、統計的有意差(Mann-Whitney検定でp<0.05)を示す物質を表8−1、表8−2、表8−3、表8−4に示す。相対濃度の計算には、各物質をグルタミンの濃度にて割り、無単位の値とした。
今回唾液の含まれる代謝物を数多く測定したため、個々の物質の有意差を計算するために、(例えばMann-Whitney検定などで)独立した統計を繰り返す必要がある。従って、有意水準α=0.05にて検定を繰り返すと、偶然棄却される帰無仮説が増えるため、False Discovery Rate (FDR)の方法(Storey, J. D., & Tibshirani, R. (2003). Statistical significance for genomewide studies. Proceedings of the National academy of Sciences of the United States of America, 100, 9440-9445)を用いて、P値を補正し、Q値を計算した。例えばQ値が0.5の場合は、P<0.05で棄却された帰無仮説のうち、真の帰無仮説が半分含まれていることになる。
このように、最も多くの代謝物と相関を示す物質で、かつ全検体で検出可能な物質を濃度補正マーカーとしてグルタミンを用いることで、高齢な患者の唾液など全体濃度が高くなる場合も、本方法を用いて濃度変動の影響を差し引いて癌と健常者を見分けることができる。一方、70歳以上では唾液の全体の濃度が上昇する傾向にあるため、絶対濃度を用いる場合は、70歳未満のデータだけを使ってモデルを構築することで高精度な分離が行える。
健常者(C、n=20)と乳癌患者(BC、治療前だけでなく全症例を含むn=90)の間で、有意差のあった物質の中でポリアミン類に属する物質を図13に示す。
又、健常者(C、n=20)と乳癌患者(BC、治療前だけでなく全症例を含むn=90)の間で、有意差のあった物質の中でポリアミン類以外の物質例(P値が小さかったものから上位5位)を図14に示す。
又、濃度補正有り無しのいずれでも健常者(C、20症例)と乳癌患者(BC、90症例)で有意差(p<0.05)のあった物質を図15に示す。全検体(C、20症例とBC、90症例)の全症例を用いてネットワーク図を作成し(図16に示す)濃度補正物質Gly(グリシン、図中に○にて示す)を決定した。この濃度補正マーカーにて濃度補正をしない場合73物質が有意差を示し、濃度補正(対象となる代謝物の濃度をGlyの濃度で割る)をした場合、35物質が有意差を示し、その中で11物質が濃度補正ありでもなしでも有意差を示した。この中でP値が小さかった上位5物質を示す。また、Spermineと6-Hydroxyhexanoateの2物質を用いてMLRモデルを作成したときのROC曲線を右下に示す。
次に、口腔癌用のバイオマーカーについて説明する。
表9−1、表9−2は、口腔癌と健常者の唾液の代謝物に関して絶対濃度で、違いを示す物質である。健常者は20症例、乳癌患者は(20症例)。健常者は食後1.5時間の唾液採取で、癌患者は食前(前夜から絶食状態)と食後1.5時間に採取の2回を実施した。このどちらかの比較でMann-Whitney検定でP値を計算し、更にFalse Discovery Rate(FDR)にてQ値を計算して、Q<0.05となる物質を列挙した。
公知と記載した項目に7、9と記載がある物質は、非特許文献7と9に示されている物質である。
ここで、口腔癌患者はステージI〜IVaまでを含み、口腔扁平上皮癌(17症例)、悪性黒色腫(2症例)、腺様のう胞癌(1症例)を含む。尚、スペルミン、スペルミジン、またはこれらのアセチル化した物質は手術時に得られる口腔癌検体と近傍の健常部位の比較でも濃度が高く整合性が取れている。
例えばこの中のコリン(表で上から2番目)は、文献7と9にて公知の物質であり、唾液中で物質の濃度上昇が確認されているが、膵癌や乳癌と同一の手法にて複数の新規マーカーを組み合わせた数理モデルにより、より高精度に口腔癌を識別することができる。また、本物質は口腔癌で上昇するものの、乳癌で上昇しないため、数理モデルの中の変数に含めることで、癌種の特異性を出すことができる。
口腔癌の手術時に得られる癌組織検体と、その近傍の健常組織検体の代謝物濃度(ここでは組織重量で補正したμM/gを使用)を図17に示す。図左部分が健常組織で、右側が癌組織である。I、II、III、Viaは癌の進行度(グレード)を表す。健常部分と癌部分で有意差があった物質の一部である。
又、口腔癌の唾液採取方法を変えた場合の健常者(C)の唾液との濃度の違いを図18に示す。健常者も口腔癌患者の唾液の比較で、最もP値が小さかったCholine(コリン)を例として表示している。健常者(C)は食後1.5時間に採取、口腔癌は同じ患者からP1は食後1.5時間、P2は食後3.5時間、P3は絶食時(朝食前)に採取した。
表10は、健常者17名、膵癌21名、乳癌16名、口腔癌は20名を全て絶食時(前日夜9時から空腹で、採取当日は食事なし)に採取した唾液で、液体クロマトグラフィー・質量分析装置(LC−MS)を使い、ポリアミン類及びヒポキサンチンに関して絶対濃度を測定した結果である。平均値の違いを評価するためのP-valueは、症例数が少ないためパラメトリックな検定であるStudent’st-testにて算出している。
ポリアミン及びポリアミン以外の代謝物としてヒポキサンチン(Hypoxanthine)の定量結果を表10に示す。ポリアミン類の中でもN1, N12-Diacetylspermine(N1、N12−ジアセチルスペルミジン)はCE-TOFMSで測定した場合、他の物質とピークが重なるが、LC-qTOFMSの場合はこれらを別々のピークとして測定することができる。ここでは、全て絶食時に採取した検体のみを用いて、健常者17症例、膵癌21症例、口腔癌18症例、乳癌16症例に関して測定した定量値を掲載した。(定量値の単位はμM)
LC−MS用の唾液の処理は以下の通りである。
1)2 uM MESになるように調整したMeOH +NH4OH 270uLに, −80℃保存していた唾液を溶解し、30uL加えて撹拌する。
2)4℃、 15,000 rpmで10分遠心分離をし、 上層を全量別チューブへ移動する。
3)その液体全量を遠心濃縮したものに90%MeOH 18uL, BrateBuffer 12uL加えて再溶解する。
4)うち5uLをLC−MS測定に、20uLをELAISA測定に使用する。
5)LC-MS測定では上記の5uLの溶液に、4uM Methionine-sulfone を含むMilliQ水10uL加え希釈したものをサンプルとする。
LC−MSの測定条件は以下の通りである。
LC system : Agilent Technologies 1290 infinity
Mobile phase : Solvent A;Water containing 1% Formic acid
: Solvent B; Acetonitrile containing 0.1% formic acid
Flow rate : 0.5 mL/min
Gradient [min. (%B)] : 0(98)-1(98)-3(55)-5(5)
Stop time: 7 min
Post time: 3 min
Column : CAPCELL CORE PC (Shiseido: 2.1mm×50mm, 2.7mm)
Column temp. : 50 ℃
Injection volume : 1 ・L
MS : Agilent Technologies G6230A
Gas temp :350 ℃
Gas flow :13 L/min
Neblizer Gas :55 psig
Fragmentor :150
Skimmer :90
OCT1 RF Vpp :200
VCap :3500
Reference :121.050873, 922.009798
Mode : Positive
本発明により、唾液の濃度を相関ネットワークのデータ解析で補正(正規化)することで、濃度の影響を軽減でき、濃度変動の大きな唾液でも、健常者から膵癌を見分けることができる。また、本方法は慢性膵炎やIPMN、乳癌、口腔癌の予測も可能とする。
さらに、唾液濃度を反映する濃度補正マーカーの値で、本発明のマーカーによる検査が実施できる範囲を決め、範囲外の唾液は検査対象外とし、範囲内のものだけは、絶対濃度あるいは補正を行った相対濃度のマーカーの組合せの数理モデルで健常者と各癌疾患者を見分けることも可能である。
濃度変動の大きな唾液でも、健常者から膵癌、乳癌、口腔癌等の早期発見が可能になる。











Claims (15)

  1. 唾液試料の代謝物である低分子化合物のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする癌用唾液バイオマーカー。
  2. 前記癌が、膵癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)、乳癌、口腔癌のいずれかであることを特徴とする請求項1に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  3. N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、アデノシン(Adenosine)、3-ホスホ-D-グリセリン酸(3PG)、尿素(Urea)、o-アセチルカルニチン(o-Acetylcarnitine)、クエン酸(Citrate)、グリシル-グリシン(Gly-Gly)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、2-オキソペンタン酸メチル(2-Oxoisopentanoate)、リンゴ酸(Malate)、安息香酸エステル(Benzoate)、フマル酸(Fumarate)、N-アセチルアスパラギン酸(N-Acetylaspartate)、イノシン(Inosine)、3-メチルヒスチジン(3-Methylhistidine)、N1-アセチルスペルミン(N1-Acetylspermine)、クレアチン(Creatine)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、ホスホリルコリン(Phosphorylcholine)、2-ヒドロキシペンタアート(2-Hydroxypentanoate)、キサンチン(Xanthine)、コハク酸(Succinate)、6-ホスホグルコン酸(6-Phosphogluconate)、ブタン酸(Butanoate)、ホモバニリン酸(Homovanillate)、O-ホスホセリン(O-Phosphoserine)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、ピペリジン(Piperidine)、シスチン(Cystine)、2-イソプロピルリンゴ酸(2-Isopropylmalate)、N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N-アセチルノイラミン酸(N-Acetylneuraminate)、グルコサミン(Glucosamine)、スペルミン(Spermine)、アグマチン(Agmatine)、N-アセチルヒスタミン(N-Acetylhistamine)、メチオニン(Met)、p-4-ヒドロキシフェニル酢酸(p-4-Hydroxyphenylacetate)、N,N-ジメチルグリシン(N,N-Dimethylglycine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、グルタミン酸-グルタミン酸(Glu-Glu) 、N1,N12-ジアセチルスペルミン(N1,N12-Diacetylspermine)のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする膵疾患検出用の請求項1又は2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  4. N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、クレアチニン(Creatinine)、スペルミン(Spermine)、アスパラギン酸(Asp)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N1-アセチルスペルミン(N1-Acetylspermine)、シチジン(Cytidine)、アルファ−アミノアジピン酸塩(alpha-Aminoadipate)、シトシン(Cytosine)、ベタイン(Betaine)、尿素(Urea)、ホモバニリン酸塩(Homovanillate)、N-アセチルノイラミン酸塩(N-Acetylneuraminate)、シスチン(Cystine)、ウロカニン酸塩(Urocanate)、フマル酸塩(Fumarate)、1,3-ジアミノブロパン(1,3-Diaminopropane)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、ニコチン酸塩(Nicotinate)、アグマチン(Agmatie)、バリン(Val)、2-ヒドロキシ-4-メチルペンタン酸塩(2-Hydroxy-4-methylpentanoate)、アラニル-アラニン(Ala-Ala)、クエン酸塩(Citrate)、グルコサミン(Glucosamine)、カルノシン(Carnosine)、グリシル-グリシン(Gly-Gly)、2-アミノ酪酸(2AB)、アルギニン(Arg)、N-アセチルグルタミン酸塩(N-Acetylglutamate)、グリセロリン酸塩(Glycerophosphate)、ホスホエノールピルビン酸(PEP)、イソロイシン(Ile)、アデノシン(Adenosine)、グアニン(Guanine)、ジヒドロキシアセトンリン酸(DHAP)、カダベリン(Cadaverine)のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする膵疾患検出用の請求項1又は2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  5. クレアチニン、N1-アセチルスペルミジン、アルファ−アミノアジピン酸塩、N-アセチルノイラミン酸塩、1,3-ジアミノブロパンの組合せであることを特徴とする膵疾患検出用の請求項4に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  6. コリン(Choline)、2-ヒドロキシ酪酸(2-Hydroxybutyrate)、ベータ-アラニン(beta-Ala)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、N-アセチルベータアラニン(N-Acetyl-beta-alanine)、イセチオン酸(Isethionate)、N-アセチルフェニルアラニン(N-Acetylphenylalanine)、トリメチルリシン(N6,N6,N6-Trimethyllysine)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、クレアチン(Creatine)、ガンマ−ブチロベタイン(gamma-Butyrobetaine)、サルコシン(Sarcosine)、ピルビン酸(Pyruvate)、ウロカニン酸(Urocanate)、ピペリジン(Piperidine)、セリン(Ser)、ホモバリニン酸(Homovanillate)、5-オキソプロリン(5-Oxoproline)、ギャバ(GABA)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、2-ヒドロキシ吉草酸(2-Hydroxypentanoate)、カルニチン(Carnitine)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、乳酸(Lactate)、2-ヒドロキシ-4-メチルペンタン酸(2-Hydroxy-4-methylpentanoate)、ヒドロキシプロリン(Hydroxyproline)、酪酸(Butanoate)、アデニン(Adenine)、N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、6-ヒドロキシヘキサン酸(6-Hydroxyhexanoate)、プロピオン酸(Propionate)、ベタイン(Betaine)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、ヒポキサンチン(Hypoxanthine)、クロトン酸(Crotonate)、トリプトファン(Trp)、シトルリン(Citrulline)、グルタミン(Gln)、プロリン(Pro)、2-オキソイソペンタン酸(2-Oxoisopentanoate)、4-安息香酸メチル(4-Methylbenzoate)、3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(3-(4-Hydroxyphenyl)propionate)、システイン酸(Cysteate)、アゼライン酸(Azelate)、リブロース-5-リン酸(Ru5P)、ピペコリン酸(Pipecolate)、フェニルアラニン(Phe)、O-ホスホセリン(O-Phosphoserine)、マロン酸(Malonate)、ヘキサン酸(Hexanoate)、p-ヒドロキシフェニル酢酸(p-Hydroxyphenylacetate)のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする乳癌検出用の請求項2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  7. べータアラニン、N-アセチルフェニルアラニン、シトルリンの組合せであることを特徴とする乳癌検出用の請求項2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  8. コリン(Choline)、ベータ-アラニン(beta-Ala)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、N-アセチルベータアラニン(N-Acetyl-beta-alanine)、イセチオン酸(Isethionate)、N-アセチルフェニルアラニン(N-Acetylphenylalanine)、トリメチルリシン(N6,N6,N6-Trimethyllysine)、ウロカニン酸(Urocanate)、ピペリジン(Piperidine)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、ヒポタウリン(Hypotaurine)、ヒドロキシプロリン(Hydroxyproline)、N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、6-ヒドロキシヘキサン酸(6-Hydroxyhexanoate)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、アゼライン酸(Azelate)、ジヒドロキシアセトンリン酸(DHAP)、グリコール酸(Glycolate)、4-メチル-2-オキソペンタノン酸(4-Methyl-2-oxopentanoate)、N-アセチルアスペラギン酸(N-Acetylaspartate)、グリセロリン酸(Glycerophosphate)、3-ヒドロキシブチル酸(3-Hydroxybutyrate)、安息香酸(Benzoate)、アジペート(Adipate)、2-イソプロピルマレート(2-Isopropylmalate)、ホスホリルクロリン(Phosphorylcholine)、N-アセチルノイラミネート(N-Acetylneuraminate)、ヒスタミン(His)、o-アセチルカルニチン(o-Acetylcarnitine)、N-アセチルグルコサミン1-リン酸(N-Acetylglucosamine 1-phosphate)、クレアチニン(Creatinine)、アルギニン(Arg)、シリング酸(Syringate)のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする乳癌検出用の請求項2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  9. N-アセチルフェニルアラニン、N-アセチルスペルミジン、クレアチンの組合せであることを特徴とする乳癌検出用の請求項2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  10. グリシル−グリシン(Gly-Gly)、シトルリン(Citrulline)、ガンマ−ブチロベタイン(gamma-Butyrobetaine)、3‐フェニルラクタート(3-Phenyllactate)、酪酸(Butanoate)、ヘキサン酸(Hexanoate)、メチオニン(Met)、ヒポキサンチン(Hypoxanthine)、スペルミジン(Spermidine)、トリプトファン(Trp)、アスパラギン酸(Asp)、イソプロパノールアミン(Isopropanolamine)、アラニル−アラニン(Ala-Ala)、N,N-ジメチルグリシン(N,N-Dimethylglycine)、N1-アセチルスペルミジン(N1-Acetylspermidine)、N1-,N8-ジアセチルスペルミジン(N1,N8-Diacetylspermidine)、N8-アセチルスペルミジン(N8-Acetylspermidine)、アルファ-アミノ酪酸(2AB)、トリメチルアミン-N-オキシド(Trimethylamine N-oxide)、N-アセチルアスパラギン酸(N-Acetylaspartate)、アデニン(Adenine)、2-ヒドロキシ吉草酸(2-Hydroxypentanoate)、プトレシン (Putrescine(1,4-Butanediamine))、3-ホスホグリセリン酸バリウム(3PG)、3-フェニルプロピオン酸(3-Phenylpropionate)、セリン(Ser)、1-メチルニコチンアミド(1-Methylnicotinamide)、3-ヒドロキシ-3-メチルグルタル酸(3-Hydroxy-3-methylglutarate)、グアニン(Guanine)、3-(4-ヒドロキシフェニル)プロピオン酸(3-(4-Hydroxyphenyl)propionate)、4-安息香酸メチル(4-Methylbenzoate)、リブロース-5-リン酸(Ru5P)、アルファ-アミノアジピン酸(alpha-Aminoadipate)、 N6-アセチルリシン(N-epsilon-Acetyllysine)、 グルコサミン(Glucosamine)、 シスチン(Cystine)、カルノシン(Carnosine)、ウロカニン酸(Urocanate)、フェニルアラニン(Phe)、2-デオキシリボース-1-リン酸(2-Deoxyribose 1-phosphate)、シチジン5'-一りん酸二ナトリウム(CMP)、p-ヒドロキシフェニル酢酸(p-Hydroxyphenylacetate)、ポリヒドロキシ酪酸(3-Hydroxybutyrate)、N-アセチルプトレシン(N-Acetylputrescine)、7-メチルグアニン(7-Methylguanine)、イノシン(Inosine)、リシン(Lys)、ジヒドロキシアセトンりん酸(DHAP)、3-メチルヒスジン(3-Methylhistidine)、カルバモイルアスパラギン酸(Carbamoylaspartate)、クレアチニン(Creatinine)、N-メチル-2-ピロリドン(1-Methyl-2-pyrrolidinone)、ピルビン酸(Pyruvate)、プロピオン酸(Propionate)、5-アミノ吉草酸(5-Aminovalerate)、N-アセチルオルニチン(N-Acetylornithine)、5-オキソプロリン(5-Oxoproline)、クレアチン(Creatine)、ホモセリン(Homoserine)、フマル酸(Fumarate)、グリシン(Gly) 、N1,N12-ジアセチルスペルミン(N1,N12-Diacetylspermine)のいずれか、又は、その組合せであることを特徴とする口腔癌検出用の請求項2に記載の癌用唾液バイオマーカー。
  11. 唾液試料を採取する工程と、
    採取した唾液試料中の請求項1乃至10のいずれかに記載の癌用唾液バイオマーカーを検出する工程と、
    を含むことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの測定方法。
  12. 唾液試料を採取する手段と、
    採取した唾液試料中の請求項1乃至10のいずれかに記載の癌用唾液バイオマーカーを検出する手段と、
    を備えたことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの測定装置。
  13. 唾液試料を限外ろ過する手順と、
    限外ろ過後の唾液試料中のイオン性代謝物を網羅的に測定する手段と、
    測定された代謝物の濃度に基づいて、健常者と膵疾患者を見分ける能力の高い物質を選定する手順と、
    を含むことを特徴とする癌用唾液バイオマーカーの特定方法。
  14. 前記癌用唾液バイオマーカーの選定に際して、測定された代謝物間の相関値を計算し、最も多くの物質と相関する物質の濃度で各物質の濃度を正規化することを特徴とする請求項13に記載の癌用唾液バイオマーカーの特定方法。
  15. 数理モデルを用いて、前記癌用唾液バイオマーカーの組合せを決定することを特徴とする請求項13又は14に記載の癌用唾液バイオマーカーの特定方法。
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