JPWO2014125668A1 - 内在性dna配列特異的結合分子を用いる特定ゲノム領域の単離方法 - Google Patents
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Abstract
Description
クロマチン免疫沈降(chromatin immunoprecipitation)法(以下、「ChIP法」という。)は、既知のDNA結合蛋白質に対する抗体を用いて特定ゲノム領域を免疫沈降させ、当該領域を単離する方法である(非特許文献1、2参照)。したがって、ChIP法は、DNA結合蛋白質に関する情報がなければ使用することができないという制限がある。また、一般に、DNA結合蛋白質はゲノムDNAの複数の領域に結合するため、免疫沈降物中にはいろいろなゲノム領域が混在しており、ChIP法によって特定ゲノム領域のみを単離することは難しいという問題を有している。さらに、ChIP法では、既知のDNA結合蛋白質が結合しないゲノム領域を単離できないという問題がある。
3C法またはその派生法では、特定のゲノム領域と相互作用しているゲノム領域を同定することができる(非特許文献3〜5参照)。しかし、3C法では、制限酵素やDNAリガーゼによる酵素反応を、クロスリンク(架橋)下という非最適条件下で行わなくてはならないため、非生理的な相互作用を検出する可能性が高いという問題がある。また、クロスリンク下では制限酵素処理が不完全になるため、標的ゲノム領域に隣接する領域がPCRで増幅されバックグラウンドが極めて高くなり、未知の相互作用の検出が難しいという問題がある。
FISH法単独、もしくは蛍光抗体法と組み合わせることにより、特定ゲノム領域と別のゲノム領域やRNA、蛋白質との相互作用が検出可能である。しかし、この方法は解像度が低く、また、未知の分子との相互作用は検出できない。
PICh法は、特異的な核酸プローブを用いて、特定ゲノム領域を単離する方法であり、プローブに相補的な多数の繰り返し配列からなるテロメア領域を単離できることが示されている(非特許文献6参照)。しかしながら、PICh法ではクロスリンク下での核酸プローブと標的ゲノム領域のアニーリングが必要であり、低コピー数や1コピーの特定ゲノム領域の単離が可能か否かは示されていない。
非特許文献7には、アフィニティー精製により特定ゲノム領域を単離しようとする試みが記載されている。しかし、用いられている細胞は、酵母であり、高等真核細胞への応用は行われていない。また、Cre-loxP系を利用して、特定ゲノム領域を切り出しているが、この操作により、クロマチン構造が変化してしまう可能性がある。加えて、ホルムアルデヒドによるクロスリンク処理を行えないため、精製の過程で結合している蛋白質やDNA等の分子が解離する可能性もある。
本発明者らにより開発された方法である(特許文献1、非特許文献8、9参照)。生理的なクロマチン構造を保持したまま特定ゲノム領域を単離するために、以下の操作を行う。(1)解析対象細胞の標的ゲノム領域近傍領域へ外来性DNA結合分子の認識配列を挿入する。(2)外来性DNA結合分子のDNA結合ドメインと、既存の抗体もしくは他の蛋白質等で認識されるタグとの融合分子を、解析対象細胞に発現させる。(3)上記細胞を必要に応じてホルムアルデヒド等でクロスリンクする。この操作により、標的ゲノム領域と相互作用する蛋白質、RNA、DNAおよび他の分子がクロスリンクされる。また、この操作により、タグ付き外来性DNA結合分子と挿入された認識配列もクロスリンクされる。(4)次いで、細胞を破砕し、クロスリンクされたDNAを制限酵素等のDNA切断酵素処理または超音波処理により断片化する。(5)タグ付き外来性DNA結合分子を含んだ複合体を、タグを認識する抗体または蛋白質等を固定した担体を用いて沈降させる。(6)沈降された複合体中の標的ゲノム領域と相互作用している分子を解析する。
iChIP法の問題点としては、解析対象細胞の標的ゲノム領域の近傍へ外来性DNA結合分子の認識配列を挿入する操作に手間がかかること、および認識配列の挿入が相互作用に影響を及ぼす可能性を排除できないことが挙げられる。
[1]相互作用している分子との相互作用状態を保持したまま特定ゲノム領域を単離する方法であって、以下の工程(A)および(B)を含むことを特徴とする特定ゲノム領域の単離方法。
(A)相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
(B)ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、ゲノムDNAとを接触させる工程
[2]さらに、(C)ゲノムDNAと、当該ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態を保持する処理を行う工程を含むことを特徴とする前記[1]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[3]前記外来性分子が、外来性DNA結合蛋白質、外来性核酸または外来性蛋白質−核酸複合体であることを特徴とする前記[1]または[2]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[4]前記外来性分子が、ジンクフィンガー蛋白質、TALエフェクター蛋白質または不活性型Cas9蛋白質とガイドRNA(gRNA)の複合体であることを特徴とする前記[1]または[2]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[5]以下の工程1〜3を含むことを特徴とする前記[1]〜[4]のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
工程1:前記外来性分子と、細胞内のゲノムDNAとを接触させる工程
工程2:相互作用している分子との相互作用状態を保持している前記細胞内のゲノムDNAを断片化する工程
工程3:前記外来性分子と特異的に結合する分子を、外来性分子が結合しているゲノムDNA断片に結合させて複合体を生成し、当該複合体を回収する工程
[6]前記外来性分子が、1種以上のタグ配列を含む融合分子であることを特徴とする前記[5]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[7]前記外来性分子が、核移行シグナルを含む融合分子であることを特徴とする前記[5]または[6]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[8]工程1において、解析対象細胞に、前記外来性分子をコードする遺伝子を導入し、当該細胞内で発現させることを特徴とする前記[5]〜[7]のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[9]以下の工程I〜IIIを含むことを特徴とする前記[1]〜[4]のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
工程I:相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
工程II:前記外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させる工程
工程III:前記外来性分子に結合したゲノムDNA断片を回収する工程
[10]工程IIにおいて、担体に固定化された前記外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させることを特徴とする前記[9]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
[11]工程IIにおいて、前記外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させた後に、前記外来性分子を担体に固定化することを特徴とする前記[9]に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
本発明の特定ゲノム領域の単離方法(以下、「本発明の方法」という。)は、以下の工程(A)および(B)を含むものであればよい。
(A)相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
(B)ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、ゲノムDNAとを接触させる工程
工程(A)および(B)の順序は限定されず、先に工程(A)、後に工程(B)を行ってもよく、先に工程(B)、後に工程(A)を行ってもよい。
本発明の方法は、さらに以下の工程(C)を含むことが好ましい。
(C)ゲノムDNAと、当該ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態を保持する処理を行う工程
工程(C)は、工程(A)より先に行うことが好ましい。
ファージディスプレイやツーハイブリッドシステム等を用いる特異性の選択方法は、米国特許第5,789,538号;米国特許第5,925,523号;米国特許第6,007,988号;米国特許第6,013,453号;米国特許第6,410,248号;米国特許第6,140,466号;米国特許第6,200,759号;米国特許第6,242,568号;国際公開WO98/37186;国際公開WO98/53057;国際公開WO00/27878;国際公開WO01/88197、英国特許第2,338,237号等に開示されている。
制限酵素を用いる場合、単離しようとするゲノム領域の内部を切断せず、目的のゲノム領域以外の部分をできるだけ含まない位置で切断可能な制限酵素を選択することが好ましい。
DNA分解酵素(エンドヌクレアーゼ)を用いる場合は、単離しようとするゲノム領域のサイズより少し大きい断片を生成する反応条件を予め決定しておくことが好ましい。
超音波処理を行う場合は、単離しようとするゲノム領域のサイズより少し大きい断片に切断される処理条件を予め決定しておくことが好ましい。
本発明の方法は、以下の工程1〜3を含むものであればよい。本発明の方法により、相互作用している分子との相互作用状態を保持したまま特定ゲノム領域を単離することが可能となる。相互作用状態を保持した特定ゲノム領域が単離できる限り、工程1〜3以外の工程を含んでもよく、その内容は限定されない。なお、第1の実施形態の解析対象細胞は、生細胞であることが好ましい。
工程1:ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、細胞内のゲノムDNAとを接触させる工程
工程2:相互作用している分子との相互作用状態を保持している前記細胞内のゲノムDNAを断片化する工程
工程3:前記外来性分子と特異的に結合する分子を、外来性分子が結合しているゲノムDNA断片に結合させて複合体を生成し、当該複合体を回収する工程
(1)工程1
工程1は、ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、細胞内のゲノムDNAとを接触させる工程である。
本発明の方法を第1の実施形態で行う場合、外来性分子は1種以上のタグ配列を含む融合分子であることが好ましい。外来性分子がタグ配列を含むことにより、当該外来性分子と特異的に結合する分子を容易に入手することができる。タグ配列は特に限定されず、公知のタグ配列から適宜選択して使用することができる。具体的には、例えば、ヒスチジンタグ、FLAGタグ、Strepタグ、カルモジュリン結合ペプチド、GSTタグ、MBPタグ、Haloタグ、HAタグなどが挙げられる。
ゲノムDNAと接触した外来性分子は、標的の内在性DNA配列に結合することができる。
工程2は、相互作用している分子との相互作用状態を保持している前記細胞内のゲノムDNAを断片化する工程である。工程2を行う前にゲノムDNAと、当該ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態を保持する処理を行うことが好ましいが、相互作用状態を保持する処理を行うことなく、工程2を行ってもよい。
ゲノムDNAには、転写因子等のDNA結合蛋白質、DNA、RNAなどの核酸、その他の分子などが細胞周期や外からの刺激等に応じて相互作用しているので、解析目的に合わせたタイミングで、相互作用状態を保持する処理またはゲノムDNAの断片化処理を行うことが好ましい。また、これらの処理を行う前に、必要に応じて細胞に刺激を与えてもよい。なお、断片化処理を効率よく行うために、断片化処理の前に、公知の方法を用いて細胞を溶解または破砕またはクロマチン分画を抽出しておくことが好ましい。
工程2により、外来性分子が結合しているDNA断片と、外来性分子が結合していないDNA断片が生成する。
工程3は、前記外来性分子と特異的に結合する分子を、外来性分子が結合しているDNA断片に結合させて複合体を生成し、当該複合体を回収する工程である。外来性分子は、単離しようとするゲノム領域内またはその近傍に存在する特定の内在性DNA配列部分でゲノムDNAと結合しているので、外来性分子が結合しているDNA断片には目的の特定ゲノム領域が含まれていると考えられる。したがって、外来性分子と特異的に結合する分子が結合して生成した複合体を回収することにより、目的の特定ゲノム領域を単離することができる。
(1)図1Aに示すように、解析対象細胞の目的のゲノム領域内またはその近傍に存在し、外来性分子の標的とする内在性DNA配列を決定する。
(2)決定した内在性DNA配列に特異的に結合するTALエフェクター蛋白質を設計する。これと核移行シグナル(NLS: Nuclear localization signal)配列およびFLAGを3回繰り返したタグ配列との融合蛋白質(3×FN-TAL、図1B参照)を発現させるための発現ベクターを作製し、解析対象細胞内で発現可能に導入する。
(3)3×FN-TALの発現ベクターを導入した解析対象細胞に対して、必要に応じで刺激を与える。単離しようとするゲノム領域においてゲノムDNAと相互作用している蛋白質、RNA、DNA、およびその他の分子の相互作用状態を保持させるために、必要に応じてホルムアルデヒド等の架橋剤で細胞を架橋処理する。もちろん、3×FN-TALは、標的の内在性DNA配列と結合している(図1C上段参照)。
(4)細胞を溶解し、相互作用状態を保持しているゲノムDNAを制限酵素等のDNA切断酵素で消化して断片化する。断片化は、超音波処理で行ってもよい。この工程により、3×FN-TALが結合しているDNA断片と、3×FN-TALが結合していないDNA断片が生成する。
(5)3×FN-TALが結合しているDNA断片は、抗FLAG抗体と結合して複合体(免疫沈降複合体)を生成する(図1C下段参照)。
(6)単離した複合体はゲノム領域と相互作用している分子を保持している。したがって、相互作用(架橋)を解除し、蛋白質、RNA、DNA、およびその他の分子を精製してこれらの分子を同定することができる。
本発明の方法は、以下の工程I〜IIIを含むものであればよい。本発明の方法により、相互作用している分子との相互作用状態を保持したまま特定ゲノム領域を単離することが可能となる。相互作用状態を保持した特定ゲノム領域が単離できる限り、工程I〜III以外の工程を含んでもよく、その内容は限定されない。なお、第2の実施形態の解析対象細胞は生細胞に限定されず、組織標本等の細胞も解析対象細胞として好適である。
工程I:相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
工程II:ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させる工程
工程III:前記外来性分子に結合したゲノムDNA断片を回収する工程
(1)工程I
工程Iは、相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程である。解析対象として生細胞を用いる場合には、工程1を行う前にゲノムDNAと、当該ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態を保持する処理を行うことが好ましいが、相互作用状態を保持する処理を行うことなく、工程1を行ってもよい。生細胞は細胞の細胞周期や外からの刺激等に応じて相互作用している分子が異なると考えられるので、解析目的に合わせたタイミングで、相互作用状態を保持する処理またはゲノムDNAの断片化処理を行うことが好ましい。また、これらの処理を行う前に、必要に応じて細胞に刺激を与えてもよい。
組織標本等の細胞を解析対象とする場合には、ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態は保持されていると考えられるので、通常改めて相互作用状態を保持する処理を行うことは要しない。
いずれの細胞を解析対象とする場合も、断片化処理を効率よく行うために、断片化処理の前に、公知の方法を用いて細胞を溶解または破砕またはクロマチン分画を抽出しておくことが好ましい。
工程IIは、ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させる工程である。外来性分子は、工程Iで調製した断片化ゲノムDNAと接触させる前に、予め担体に固定化されていることが好ましい。あるいは、外来性分子と断片化ゲノムDNAと接触させた後に、外来性分子を担体に固定化してもよい。外来性分子を担体に固定化することにより、外来性分子が結合する内在性DNA配列を含むDNA断片のみを担体に結合させることができる。外来性分子は、第1の実施形態において説明した方法で製造することができる。
工程IIIは、前記外来性分子に結合したゲノムDNA断片を回収する工程である。外来性分子は、単離しようとするゲノム領域内またはその近傍に存在する特定の内在性DNA配列部分でゲノムDNAと結合するので、外来性分子に結合したゲノムDNA断片には目的の特定ゲノム領域が含まれていると考えられる。したがって、外来性分子に結合したゲノムDNA断片を回収することにより、目的の特定ゲノム領域を単離することができる。
(1)図2Aに示すように、解析対象細胞の目的のゲノム領域内またはその近傍に存在し、外来性分子の標的とする内在性DNA配列を決定する。
(2)決定した内在性DNA配列に特異的に結合するTALエフェクター蛋白質を設計し、これにタグを付けた組み換え蛋白質として取得する。タグは、例えばプロメガ社製のHaloTag(登録商標)である。これをプロメガ社製のHaloLink Magnetic Beads(商品名)に共有結合により固定化する(TAL-conjugated beads、図2B参照)。あるいは、タグは、例えばGSTタグである。これをGEヘルスケア社製のGlutathione Sepharose 4Bにアフィニティー結合により固定化する。
(3)解析対象細胞に対して、必要に応じて刺激を与える。単離しようとするゲノム領域においてゲノムDNAと相互作用している蛋白質、RNA、DNA、およびその他の分子の相互作用状態を保持させるために、必要に応じてホルムアルデヒド等の架橋剤で細胞を架橋処理する(図2C上段参照)。
(4)細胞を溶解し、相互作用状態を保持しているゲノムDNAを制限酵素等のDNA切断酵素で消化して断片化する。断片化は、超音波処理で行ってもよい。この工程により、TAL-conjugated beadsが結合する内在性DNA配列を含むDNA断片と、これを含まないDNA断片が生成する。
(5)TAL-conjugated beadsが結合する内在性DNA配列を含むDNA断片は、TAL-conjugated beadsと結合する(図2C下段参照)。
(6)TAL-conjugated beadsを回収することにより目的のゲノム領域を単離することができる。単離したゲノム領域は相互作用している分子を保持している。したがって、相互作用(架橋)を解除し、蛋白質、RNA、DNA、およびその他の分子を精製してこれらの分子を同定することができる。
本発明の方法により単離した特定ゲノム領域は、ゲノム機能発現の分子機構解析のための試料として非常に有用である。すなわち、単離した特定ゲノム領域には、ゲノムDNAと相互作用している分子(蛋白質、DNA、RNAなど)の相互作用状態が保持されているので、相互作用している分子を同定し、その機能を推定することが可能となり、ゲノム機能発現の分子機構解析に大きな貢献をもたらすことが期待できる。
(1)解析用細胞の作製
テロメアリピート(TTAGGG)を認識するTALエフェクター蛋白質を発現する細胞を作製した。TAGGGTTAGGGTTAGGGTT(配列番号1)のテロメアリピートを含む19-merの二本鎖DNA(TAGGGTTAGGGTTAGGGTT:配列番号1)に結合するTelomere-TALをコードするDNAを合成した。合成はライフテクノロジーズ社に委託した。Telomere-TALに3×FLAGタグおよび核移行シグナル(NLS)を融合した蛋白質3×FN-Tel-TAL(配列番号2)を発現するレトロウイルスベクター3×FN-Tel-TAL/pMXs-puroを作製し、マウス血球系細胞株Ba/F3に感染させ、ピューロマイシンセレクションにより、感染細胞のみを選別した。3×FN-Tel-TAL蛋白質のアミノ酸配列を配列番号2に示した。
陰性対照細胞は以下のようにして作製した。3×FLAGタグ、NLSおよび細菌のLexA蛋白質からなる融合蛋白質3×FNLDD(Fujita and Fujii. Adv. Biosci. Biotechnol. 3, 626-629 (2012))を発現するレトロウイルスベクター3×FNLDD/pMXs-puroをBa/F3細胞に感染させ、ピューロマイシンセレクションにより、感染細胞のみを選別した。
(a) インターロイキン3含有RPMI完全培地30mL中に2×107個の細胞を含む細胞懸濁液に810μLの37%ホルムアルデヒドを添加して37℃で5分間置き細胞を架橋処理した。続いて、1.25Mグリシン溶液を3 mL添加して室温で10分間置き、中和した。
(b) 遠心分離(1.3 krpm、5分間、4℃)により細胞を氷冷PBSで2回洗浄した後、10 mLの細胞溶解バッファー(10 mM Tris (pH8.0)、1 mM EDTA、0.5% IGEPAL CA-630、プロテアーゼインヒビターカクテル)に懸濁した。氷上で10分間置いた後、遠心分離 (2.0 krpm、8分間、4℃)後、上清を捨て、ペレットを10 mLの核溶解バッファー(10 mM Tris (pH8.0)、1 mM EDTA、0.5M NaCl、1% Trion X-100、0.5% sodium deoxycholate、0.5% lauroylsarcosine salt、プロテアーゼインヒビターカクテル)に懸濁し、2〜3分おきにボルテックスをかけながら氷上で10分間置いた。遠心分離(2.0 krpm、8分間、4℃)後、上澄みを捨て、氷冷PBSを用いて洗浄したペレットをクロマチン分画とした。
(d) 遠心分離(1.3 krpm、10分間、4℃)して上清800μLを回収した。このうち、160μL(4×106細胞相当)に240μLの溶解バッファー3、50μLの10% Triton X-100を含んだ溶解バッファー3、50μLの10×プロテアーゼインヒビター溶液を加えて、500μLとした。続いて、対照IgGを結合させたDynabeadsを用いて、プレクリアー操作を行い、非特異的結合物を除いた。次いで、抗FLAG抗体M2(シグマ−アルドリッチ社製、anti-FLAG M2、F1804)を結合させたDynabeadsを用いて、免疫沈降した。
(f) 得られたDNAをサザンブロット解析に用いた。テロメアDNAの検出には、Roche社製Telo TAGGG Telomerase Length Assay kit(12209136001)を用いた。
(g) 上記(a)〜(d)と同様の操作により、免疫沈降物を得た。免疫沈降には、300μLのDynabeadsと、30μLの抗体を用いた。免疫沈降物に200μLの3×FLAGペプチド溶液(シグマ−アルドリッチ社製、F4799、0.5 mg/mL)を加えて37℃、20分間インキュベートすることでビーズから溶出した。イソプロパノールを用いて溶出した免疫沈降物を沈殿させ、40μLの2×SDSサンプルバッファーに懸濁して100℃、30分間インキュベートし、蛋白質の変性と架橋の解除を同時に行った。
(h) 次いで、4-20%SDS-PAGEゲルで、サンプルが1.5 cm程ゲル内に入るまで電気泳動し、クマシーブリリアントブルー (CBB) 染色した後、5分割して質量分析解析を行った。
(i) 上記(a)〜(e)と同様の操作により、免疫沈降物を得た。全てのバッファーにRNasin Plus(プロメガ社)を加えた。Proteinase K処理後に、Isogen II(ニッポンジーン社)を用いてRNAを精製した。
(j) 次いで、TITANIUM One-Step RT-PCR(クローンテック社)を用いてRT-PCRを行い、テロメラーゼRNAの検出を試みた。RT-PCRに用いたプライマーは5’-CCGGCGCCCCGCGGCTGACAGAG-3’(配列番号3)(逆転写用)、5'-GCTGTGGGTTCTGGTCTTTTGTTC-3'(配列番号4)、5’-GCGGCAGCGGAGTCCTAAG-3’(配列番号5)である。
(1)解析用細胞の作製
ヒトSox2遺伝子プロモーター領域に存在する塩基配列(TTATTCCCTGACA、配列番号6)を認識するTALエフェクター蛋白質を発現する細胞を作製した。上記配列(配列番号6)を認識するTALエフェクター蛋白質をコードするDNAをAddgeneより購入した(Addgene #35388)。この蛋白質に3×FLAGタグおよび核移行シグナル(NLS)を融合した蛋白質3×FN-Sox2-TALを発現するプラスミドベクターを作製し、ヒト胎児腎細胞293Tにトランスフェクションし、3×FN-Sox2-TAL発現細胞を作製した。
陰性対照として、以下の細胞を作製した。ヒトKLF4遺伝子プロモーター領域に存在する塩基配列(TCTTACTTATAAC、配列番号7)を認識するTALエフェクター蛋白質をコードするDNA(Addgene #35389)およびサイトメガウイルスのプロモーター領域に存在する塩基配列(ACCACTCACTATA、配列番号8)を認識するTALエフェクター蛋白質をコードするDNA(Addgene #27970)をそれぞれAddgeneより購入し、同様の操作を行って、各蛋白質(3×FN-KLF4-TAL、3×FN-CMV-TAL8)発現細胞を作製した。
(a) DMEM完全培地30 mL中に1.5×107個の細胞を含む細胞懸濁液に810μLの37%ホルムアルデヒドを添加して37℃で5分間置き、細胞を架橋処理した。続いて、1.25Mグリシン溶液を3 mL添加して室温で10分間置き、中和した。
(b)〜(d) 実施例1の(2)(b)〜(d)と同様の操作を行い、解析対象領域であるSox2プロモーター領域を免疫沈降した。
(e) 洗浄後、免疫沈降物に40μLの3×FLAGペプチド溶液(シグマ−アルドリッチ社製、F4799、0.5 mg/mL)を加えて37℃、30分間インキュベートすることでビーズから溶出した。溶出した免疫沈降物を60μLのTEに懸濁し、RNase AおよびProteinase K処理、ならびに架橋除去後、ChIP DNA Clean & Concentrator-Capped column(ZYMO RESEARCH社製、D5205)を用いてDNAを精製した。
(f) 得られたDNAを用いてリアルタイムPCRを行った。リアルタイムPCRに用いたプライマーは、5’-ATTGGTCGCTAGAAACCCATTTATT-3’(配列番号9)、5’-CTGCCTTGACAACTCCTGATACTTT-3’(配列番号10)であり、ヒトSox2遺伝子プロモーター領域内の3×FN-Sox2-TAL認識配列(TTATTCCCTGACA、配列番号6)を挟むように設計した(図7参照)。
本実施例のスキームを図9に示した。
(1)解析用CRISPR系の作製
SV40 T抗原由来の核移行シグナルを含むCas9 D10A変異体をコードするプラスミドをAddgeneより購入した(Addgene #41816)。これを基に、H840A変異を導入して、酵素活性を持たないCas9変異体(dCas9)を作製した。dCas9のコーディング配列をp3XFLAG-CMV-7.1(シグマ−アルドリッチ社)に組み込み、3×FLAGタグ付きのdCas9蛋白質を発現するベクター3×F-dCas9/pCMV-7.1を作製した。ヒト胎児腎由来の293T細胞に3×F-dCas9/pCMV-7.1を一過性にトランスフェクトして、3×F-dCas9を発現させた。また、3×FNLDD/pCMV-7.1を293T細胞に一過性にトランスフェクトして、3×F-dCas9を発現させたものと比較した。
各細胞から核抽出物を調製し、3×F-dCas9の発現および3×FNLDDの発現を、FLAGタグに対する抗体(シグマ−アルドリッチ社製、anti-FLAG M2、F1804)を用いてウエスタンブロットにより検出した。結果を図10に示した。図中(−)は宿主細胞のみを表す。下段のCBB染色像から、各レーンのサンプル量が同じであることがわかる。ウエスタンブロットの結果から、3×F-dCas9の発現および3×FNLDDの発現は同程度であった。
(a) 上記3×F-dCas9/pCMV-7.1とgRNA-hIRF-1 #12を、ヒト胎児腎由来の293T細胞3×106個にリポフェクタミン2000(インビトロジェン社)を用いて導入した。トランスフェクションの翌日に、細胞を播き直し、更に翌日に、DMEM完全培地30 mL中の細胞に810μLの37%ホルムアルデヒドを添加して37℃で5分間置き、細胞を架橋処理した。続いて、1.25Mグリシン溶液を3 mL添加して室温で10分間置き、中和した。
(b)〜(d) 実施例1の(2)(b)〜(d)と同様の操作を行い、解析対象領域であるIRF-1領域を免疫沈降した。
(e) 洗浄後、免疫沈降物複合体を285μLのTEに懸濁し、12μLの5M NaClを加えて65℃で終夜処理し、架橋除去後、RNase AおよびProteinase K処理を行い、次いでフェノール/クロロフォルム処理によって、DNAを精製した。
(f) 得られたDNAを用いてリアルタイムPCRを行った。リアルタイムPCRに用いたプライマーは、5'-CGCCTGCGTTCGGGAGATATAC-3'(配列番号14)、5'-CTGTCCTCTCACTCCGCCTTGT-3'(配列番号15)であり、ヒトIRF-1遺伝子座の標的DNA配列近傍に設計した。また、無関係な領域であるSox2遺伝子座の定量のため、配列番号9および10のプライマーを用いた。
(g) 上記(a)〜(d)と同様の操作により、免疫沈降物を得た。免疫沈降には、300μLのDynabeadsと、30μLの抗体を用いた。免疫沈降物に200μLの3×FLAGペプチド溶液(シグマ−アルドリッチ社製、F4799、0.5 mg/mL)を加えて37℃、20分間インキュベートすることでビーズから溶出した。イソプロパノールを用いて溶出した免疫沈降物を沈殿させ、40μLの2×SDSサンプルバッファーに懸濁して100℃、30分間インキュベートし、蛋白質の変性と架橋の解除を同時に行った。
(h) 次いで、4-20%SDS-PAGEゲルで、サンプルが1.0 cm程ゲル内に入るまで電気泳動し、クマシーブリリアントブルー染色した後、5分割して質量分析解析を行った(図12参照)。
Claims (11)
- 相互作用している分子との相互作用状態を保持したまま特定ゲノム領域を単離する方法であって、以下の工程(A)および(B)を含むことを特徴とする特定ゲノム領域の単離方法。
(A)相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
(B)ゲノムDNA中の特定の内在性DNA配列に結合する外来性分子と、ゲノムDNAとを接触させる工程 - さらに、(C)ゲノムDNAと、当該ゲノムDNAと相互作用している分子との相互作用状態を保持する処理を行う工程を含むことを特徴とする請求項1に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 前記外来性分子が、外来性DNA結合蛋白質、外来性核酸または外来性蛋白質−核酸複合体であることを特徴とする請求項1または2に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 前記外来性分子が、ジンクフィンガー蛋白質、TALエフェクター蛋白質または不活性型Cas9蛋白質とガイドRNA(gRNA)の複合体であることを特徴とする請求項1または2に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 以下の工程1〜3を含むことを特徴とする請求項1〜4のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
工程1:前記外来性分子と、細胞内のゲノムDNAとを接触させる工程
工程2:相互作用している分子との相互作用状態を保持している前記細胞内のゲノムDNAを断片化する工程
工程3:前記外来性分子と特異的に結合する分子を、外来性分子が結合しているゲノムDNA断片に結合させて複合体を生成し、当該複合体を回収する工程 - 前記外来性分子が、1種以上のタグ配列を含む融合分子であることを特徴とする請求項5に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 前記外来性分子が、核移行シグナルを含む融合分子であることを特徴とする請求項5または6に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 工程1において、解析対象細胞に、前記外来性分子をコードする遺伝子を導入し、当該細胞内で発現させることを特徴とする請求項5〜7のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 以下の工程I〜IIIを含むことを特徴とする請求項1〜4のいずれかに記載の特定ゲノム領域の単離方法。
工程I:相互作用している分子との相互作用状態を保持しているゲノムDNAを断片化する工程
工程II:前記外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させる工程
工程III:前記外来性分子に結合したゲノムDNA断片を回収する工程 - 工程IIにおいて、担体に固定化された前記外来性分子と、断片化した前記ゲノムDNAとを接触させることを特徴とする請求項9に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
- 工程IIにおいて、前記外来性分子と断片化した前記ゲノムDNAとを接触させた後に、前記外来性分子を担体に固定化することを特徴とする請求項9に記載の特定ゲノム領域の単離方法。
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