JPWO2012164954A1 - 集合データの類似性評価方法、類似性評価プログラム、及び類似性評価装置 - Google Patents

集合データの類似性評価方法、類似性評価プログラム、及び類似性評価装置 Download PDF

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Abstract

評価の精度及び効率を向上させることに寄与可能とする。複数のデータが集合した集合データ相互の類似性を評価する集合データの類似性評価装置1であって、各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化部3と、パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出部5と、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定部7とを備え、集合データの類似性を簡易且つ迅速に評価することを特徴とする。

Description

本発明は、集合データの類似性評価方法、類似性評価プログラム、及び類似性評価装置に関する。
多成分物質として、例えば多成分で構成される薬剤(以下、多成分薬剤)である漢方薬などの天然物由来の薬剤がある。これら薬剤の定量的、定性的プロフィールは、使用する原料生薬の、地質学的要因、生態学的要因、収集時期、収集場所、収集年代、生育期の天候等が原因で変化する。
そのため、これら多成分薬剤などについては、その安全性および有効性を担保するための品質として一定の基準を規定し、その基準に基づいて、国家の監督機関、化学的組織、製造業者等が品質評価を行っている。
しかしながら、多成分薬剤の品質等の判定基準は、多成分薬剤中のある特徴的な1ないしは数成分を選択して、その含有量などに基づいて設定することが一般的であった。
例えば、非特許文献1では、多成分薬剤において有効成分の同定ができていない場合、定量分析が可能、水に溶けやすい、熱水中で分解しない、他の成分と化学反応をしない等の物性を持った複数の成分を選択し、化学分析により得られるそれら成分の含有量を評価の基準としている。
また、多成分薬剤にクロマトグラフィーを適用し、保持時間ごとに紫外可視吸収スペクトルを得て、その中の一部の成分情報から評価の基準を設定することも知られている。
例えば、特許文献1では、HPLCクロマトグラム・データ(以下、クロマト)中の一部のピークを選択し、バーコード化することによって多成分薬剤を評価している。
しかしながら、これらの方法は、評価の対象が「特定成分の含有量」又は「特定成分のクロマト・ピーク」に限定されており、多成分薬剤が含有する成分の一部を評価対象にしているに過ぎない。このため、多成分薬剤については、評価の対象外となっている成分が多数存在することから、多成分薬剤の評価方法として精度的に不十分である。
多成分薬剤の品質を正確に評価するには、全ピーク情報或いは数%の細かい情報を除外した全ピーク情報に近いピーク情報を網羅した波形パターンの評価が必要であり、そのため、多成分薬剤間で全ピーク或いはこれに近い個数のピークを対応させる必要がある。
ところが、複数のピークを高精度で効率的に対応させることが困難であり、このことが多成分薬剤の高精度で効率的な評価の妨げとなっていた。
さらに説明すると、同じ製品名の多成分薬剤であっても生薬は天然物であるがために構成成分が僅かに異なる場合がある。このため、同じ品質の薬剤であっても構成成分の含量比率が異なったり、ある薬剤に存在する成分が他の薬剤には存在しないこと(以下、薬剤間誤差)がある。さらに、クロマトにおけるピーク強度やピークの溶出時間には厳密な再現性がない(以下、分析誤差)などの要因もある。これらにより、多成分薬剤間の全ピーク或いはこれに近い個数のピークについて同じ成分に由来するピークに対応させること(以下、ピーク帰属)ができないことが原因となって高精度で効率的な評価の妨げとなっていた。
特開2002−214215号公報
月刊薬事 vol.28, No.3, 67-71 (1986)
解決しようとする問題点は、既存の評価方法では多成分物質の品質等を高精度で効率的に評価することに限界があった点である。
本発明は、評価の精度及び効率を向上させることに寄与するために、複数のデータが集合した集合データ(例えば、液体クロマトグラム(LC)、ガスクロマトグラム(GC)、核磁気共鳴(NMR)スペクトル等の測定データ(チャート)、またはそれらをパターン化等の加工処理して得られるデータ)の相互の類似性評価方法であって、前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化工程と、前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出工程と、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定工程とを備えたことを集合データの類似性評価方法の特徴とする。
本発明は、複数のデータが集合した集合データの相互の類似性評価をコンピュータに実現させる類似性評価プログラムであって、前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化機能と、前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出機能と、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定機能とをコンピュータに実現させることを集合データの類似性評価プログラムの特徴とする。
本発明は、複数のデータが集合した集合データの相互の類似性評価装置であって、前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化部と、前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出部と、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定部とを備えたことを集合データの類似性評価装置の特徴とする。
本発明の集合データの類似性評価方法は、上記構成であるから、複数のデータが集合した集合データの類似性を簡易且つ迅速に評価することができる。
したがって、例えば評価対象の多成分物質の対象FPを、評価基準の複数の薬剤の基準FPと比較して評価するとき、その前処理として対象FPのピーク帰属に適した多成分物質のFPを複数の基準FPから選定するに際し、簡易且つ迅速な選定を行わせることができる。
本発明の集合データの類似性評価プログラムは、上記構成であるから、機能をコンピュータに実現させ、FPの類似性を評価し、前記基準FP等の選定を簡易かつ迅速に行わせることができる。
本発明の集合データの類似性評価装置は、上記構成であるから、各部を作用させ、前記基準FP等の選定を簡易かつ迅速に行わせることができる。
集合データの類似性評価装置のブロック図である。(実施例1) 集合データの類似性評価方法の工程図である。(実施例1) 薬剤ごとのFPを示し、(A)は薬剤A、(B)は薬剤B、(C)は薬剤Cを示すグラフである。(実施例1) 対象FP及び基準FPのリテンション・タイムを示す説明図である。(実施例1) 対象FPのリテンション・タイム・出現パターンを示す説明図である。(実施例1) 基準FPのリテンション・タイム・出現パターンを示す説明図である。(実施例1) 対象及び基準FPの出現距離の一致数を示す説明図である。(実施例1) 対象FPと基準FPの全リテンション・タイム・出現距離の一致数を示す説明図である。(実施例1) 対象FPと基準FPの全リテンション・タイム・出現パターンの一致度を示す説明図である。(実施例1) 対象FPのピーク高さ比パターンを示す説明図である。(実施例2) FP類似性評価処理におけるデータ処理フローチャートである。(実施例1) FP類似性評価処理におけるリテンション・タイム・出現パターンの一致度計算処理のフローチャートである。(実施例1)
評価の精度及び効率の向上に寄与可能にするという目的を、パターン化部と、一致数抽出部と、一致度判定部とにより実現した。
本発明の実施例1は、集合データの類似性評価装置を、多成分物質、例えば多成分薬剤を評価する多成分薬剤の評価装置の前処理として適用するものである。
多成分薬剤は、複数の有効化学成分を含有する薬剤と定義され、限定はされないが、生薬、生薬の組合せ、それらの抽出物、漢方薬等が含まれる。また剤形も特に限定されず、例えば、第15改正日本薬局方の製剤総則で規定されている液剤、エキス剤、カプセル剤、顆粒剤、丸剤、懸濁剤・乳剤、散剤、酒精剤、錠剤、浸剤・煎剤、チンキ剤、トローチ剤、芳香水剤、流エキス剤等が含まれる。多成分物質としては、薬剤以外のものも含まれる。
漢方薬の具体例は、医療用漢方製剤148処方「使用上の注意」の業界統一と自主改訂、一般用漢方処方の手引き(1978年)に記載されている。
多成分薬剤の評価装置では、評価対象薬剤が正常品と定めた複数の薬剤と同等であるかどうかを評価するため、まず、評価対象薬剤の三次元クロマトグラム・データ(以下、3Dクロマト)からその薬剤特有の情報を抽出した対象FPを作成する。次に、対象FPのピーク帰属に適した多成分薬剤のFPを複数の基準FPから選定する。この選定した基準FPのピークに、対象FPの各ピークを帰属させる。
そして、全基準FPからピーク帰属処理し作成した全基準FPのピーク対応データ(以下、基準群FP)に、前記のように帰属された対象FPの各ピークを帰属する。
次に、基準群FPのピークと帰属した対象FPのピーク(以下、対象FP帰属ピーク)の同等性をMT法で評価する。最後に、得られた評価値(以下、MD値)と予め設定しておいた判定値(MD値の上限値)を比較し、評価対象薬剤が正常品と同等であるかどうかを判定する。
なお、3Dクロマトは、評価対象となる多成分物質である多成分薬剤としての漢方薬のHPLCクロマトグラム・データ(以下、クロマト)であり、UVスペクトルを含んでいる。
FPとは、特定の波長で検出されたピークにおけるシグナル強度(高さ)の極大値又は面積値(以下、ピーク)とそのピークの出現時間(以下、リテンション・タイム)、とで構成するフィンガー・プリント・データである。
対象FPは、評価対象である漢方薬の三次元クロマトグラム・データである3Dクロマトから、特定の検出波長における複数のピークとそのリテンション・タイムならびにUVスペクトルを抽出したものである。したがって、対象FPは、複数のデータとしてピークが集合した集合データである。
基準FPは、正常品と定めた多成分物質である多成分薬剤としての漢方薬のFPであり、対象FP同様、三次元クロマトグラム・データである3Dクロマトから、特定の検出波長における複数のピークとそのリテンション・タイムならびにUVスペクトルを抽出したものである。したがって、基準FPも、複数のデータとしてピークが集合した集合データである。
[FPの類似性評価装置、類似性評価方法]
図1は、FPの類似性評価装置のブロック図、図2は、FPの類似性評価方法の工程図である。
図1、図2のように、FPの類似性評価装置1が機能して行われるFPの類似性評価方法は、対象FP及び基準FP相互の一致度を調べるものである。
FPの類似性評価装置1は、コンピュータで構成され、図示はしないが、CPU、ROM、RAMなどを備えている。FPの類似性評価装置1は、コンピュータにインストールされた集合データの類似性評価プログラムを実現させ、対象FPの類似性評価を行わせることができる。但し、集合データの類似性評価プログラムは、これを記録した集合データの類似性評価プログラム記録媒体を用い、コンピュータで構成されたFPの類似性評価装置1にこれを読み取らせることで、対象FPの類似性評価を実現させることもできる。
FPの類似性評価方法は、パターン化部3が機能して行われるパターン化工程S1と、一致数抽出部5が機能して行われる一致数抽出工程S2と、一致度判定部7が機能して行われる一致度判定工程S3とを備えている。
このFPの類似性評価方法で、前記最終的な評価の前処理として、対象FPのピーク帰属に適した多成分薬剤のFPを複数の集合データとしての基準FPから選定することになる。
パターン化部3の機能により、パターン化工程S1は、各集合データである対象FP及び基準FPの各データである各ピークを選択された尺度でパターン化する。この尺度は、本実施例においてピークの出現距離としてのリテンション・タイム間距離である。具体的には、後述する。
一致数抽出部5の機能により、一致数抽出工程S2は、パターン化した各ピークを総当たりで比較し各パターン間での一致数を求める。この一致数は、本実施例において出現距離の一致数である。具体的には、後述する。
一致度判定部7の機能により、一致度判定工程S3は、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて各パターン間での一致度を求める。
一致度判定工程S3では、前記Tanimoto係数を、
「出現距離の一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−出現距離の一致数)」
とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで前記一致度を求める。
この(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−出現距離の一致数+1)の重み付けをし、
「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−出現距離の一致数+1)」
としても良い。
この重み付けで、対象FPのピークがより多く一致している基準FPを選ぶことができる。
[FPの類似性評価装置、類似性評価方法の動作原理]
図3(A)は、薬剤A、(B)は、薬剤B、(C)は、薬剤CのFPである。
例えば薬剤AのFPが対象FPであるとし、薬剤B、CのFPが基準FPであるとすると、薬剤B、Cから作成した基準群FPに、対象FPの各ピークを帰属する前に、複数の基準FPから対象FPの帰属に適した薬剤B、C何れかの基準FPを選定し、この選定した基準FPのピークに、対象FPの各ピークを帰属させることになる。
すなわち、対象FPの各ピークのピーク帰属を高い精度で行うため、図4〜図9のように対象FPと基準FPとの間でピークのリテンション・タイム・出現パターンの一致度を算出し、この一致度が最小となる基準FPを全基準FPから選定する。
図4〜図9は、対象FPと基準FPとのリテンション・タイム・出現距離の一致数ならびにリテンション・タイム・出現パターンの一致度について説明した図である。図4は、対象FP及び基準FPのリテンション・タイムを示す説明図、図5は、対象FPのリテンション・タイム・出現パターンを示す説明図、図6は、基準FPのリテンション・タイム・出現パターンを示す説明図である。図7は、対象及び基準FPの出現距離の一致数を示す説明図、図8は、対象FPと基準FPの全リテンション・タイム・出現距離の一致数を示す説明図、図9は、対象FPと基準FPの全リテンション・タイム・出現パターンの一致度を示す説明図である。
図4では、対象FP15及び基準FP17それぞれのリテンション・タイムを示す。図5、図6では、対象FP15及び基準FP17それぞれのリテンション・タイムから全てのリテンション・タイム間距離を算出し、それら距離を表形式にまとめたリテンション・タイム・出現パターンを示す。図7では、対象FP、基準FPのリテンション・タイム・出現パターンの各セルの値をそれぞれの行で比較し2つの値の差が一定以内となる数をカウントし算出したリテンション・タイム・出現距離の一致数を示す。図8では、このリテンション・タイム・出現距離の一致数を対象FPと基準FP間の全ての組み合わせで算出し、それら一致数を表形式にまとめたリテンション・タイム・出現距離の一致数を示す。図9では、この一致数をもとにリテンション・タイム・出現パターンの一致度を算出し、それら一致度を表形式にまとめたリテンション・タイム・出現パターンの一致度を示す。
対象FP15のピーク帰属処理において、対象FP15とできるだけFPパターンが類似した基準FPで対象FP15の各ピークを帰属する。この対象FP15に類似した基準FPを複数の基準FPから選定することが精度の高い帰属を行う上で重要なポイントである。
そこで、対象FP15のFPパターンとの類似性を客観的かつ簡易的に評価する方法として、リテンション・タイム・出現パターンの一致度によりFPパターンの類似性を評価する。
例えば、対象FP15及び基準FP17のリテンション・タイムが図4のような場合、対象FP15及び基準FP17それぞれのリテンション・タイム・出現パターンは、図5、図6のようになる。図5、図6では、上段の対象FP15及び基準FP17に対し、下段の図表のように、各セルの値がリテンション・タイム間距離で構成された表形式のパターンとして作成している。
図5において、対象FP15の各ピーク(19、21、23、25、27、29、31、33、35、37)のリテンション・タイムは、(10.2)、(10.5)、(10.8)、(11.1)、(11.6)、(12.1)、(12.8)、(13.1)、(13.6)、(14.0)となっている。
したがって、ピーク19及びピーク21間のリテンション・タイム間距離は、(10.5)−(10.2)=(0.3)となる。同様に、ピーク19及びピーク23間は、(0.6)、ピーク21及びピーク23間は、(0.3)などとなる。以下、同様であり、図5の下段図表の対象FP出現パターンとなる。
図6において、基準FP17の各ピーク(39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59)のリテンション・タイムは、(10.1)、(10.4)、(10.7)、(11.1)、(11.7)、(12.3)、(12.7)、(13.1)、(13.6)、(14.1)、(14.4)となっている。
したがって、同様にリテンション・タイム間距離は、図6の下段図表の基準FP出現パターンとなる。
この図5、図6ようにパターン化した各ピークを総当たりで比較し一致数を求める。例えば、図5下段図表の対象FP出現パターンの各セルの値と図6下段図表の基準FP出現パターンの各セルの値とを図7のように比較し、図8のように一致数を得る。
図7では、対象FP15と基準FP17のリテンション・タイム・出現パターンの全てのリテンション・タイム間距離によるパターンを行単位で順番に総当たりで比較し、設定した範囲内で距離が一致した数を算出した。
例えば、図7の対象及び基準FPリテンション・タイム・出現パターンの各1行目のパターンを比較すると、丸で囲まれた数値が一致しており、一致数は7個である。この7個の一致数が、図8の対象及び基準FPリテンション・タイム・出現パターンの1行目にリテンション・タイム・出現距離の一致数が書き込まれる。図7中のその他の行についても同様であり、対象FPリテンション・タイム・出現パターンの1行〜9行までと、基準FPリテンション・タイム・出現パターンの1行〜10行までとを総当たりで比較し、それぞれ一致数が得られる。
図8に結果を示した。この図8において、丸で囲まれた左端の7の数値は、対象及び基準FPリテンション・タイム・出現パターンの各1行目を比較した結果であり、その隣の7の数値は、対象FPリテンション・タイム・出現パターンの1行目と基準FPリテンション・タイム・出現パターンの2行目とを比較した結果である。
また、出現距離の一致を判定するための設定値の範囲に限定はなく、好ましくは0.05分〜0.2分の範囲である。実施例1は、0.1分とした。
リテンション・タイム・出現パターンの一致度をRPとすると、対象FP15のf行目のリテンション・タイム・出現パターンと基準FP17のg行目のリテンション・タイム・出現パターンの一致度(RPfg)は、Tanimoto係数を用いて、
RPfg = {1−(m/(a+b−m))}×(a−m+1)
として算出する。
なお、式中aは対象FP15のピーク数(対象FPピーク数)、bは基準FP17のピーク数(基準FPピーク数)、mはリテンション・タイム・出現距離の一致数である(図8参照)。
図8の一致数をもとに前記式により各リテンション・タイム・出現パターンの一致度(RP)を算出した(図9参照)。
これらRPの最小値であるRP_minを対象FP15と基準FP17とのリテンション・タイム・出現パターンの一致度とする。図9では、(0.50)が対象FP15の基準FPに対する一致度となる。
この一致度を全ての基準FPについて算出し、最も小さい一致度の基準FPが選定され、この基準FPに対して対象FPのピーク帰属を行わせる。
[類似性評価プログラム]
図11、12は、類似性評価プログラムに係るフローチャートである。
図11は、FP間の類似性を評価するための処理全体のステップを示すフローチャートであり、システム起動によりスタートし、パターン化機能と、一致数抽出機能と、一致度判定機能とをコンピュータに実現させ、正常品とされた複数の基準FPと対象FP17間でリテンション・タイム出現パターンの類似性を評価し、対象FP17の帰属に適した基準FPを選定する。
図12は、図11の「FP類似性評価処理」における「サブルーチン1」の詳細を示すフローチャートである。この処理では、FP間(例えば、対象FPと基準FP)のリテンション・タイム・出現パターンの一致度を計算する。
[FP類似性評価処理]
ステップS201では、「対象FPを読み込む」の処理が実行される。この処理では、帰属対象のFPを読み込み、ステップS202へ移行する。
ステップS202では、「全リテンション・タイム(R1)を取得」の処理が実行される。この処理では、S201で読み込んだ対象FPのリテンション・タイム情報を全て取得し、ステップS203へ移行する。
ステップS203では、「全基準FPのファイル名をリスト化」の処理が実行される。この処理では、後で全基準FPを順番に処理するために予め全基準FPのファイル名をリスト化し、ステップS204へ移行する。
ステップS204では、全基準FPを順番に処理するためのカウンタの初期値としてnに1を代入(n←1)し、ステップS205へ移行する。
ステップS205では、「リストn番目の基準FP(基準FP)を読み込む」の処理が実行される。この処理では、S203でリスト化した全基準FPのファイル名リストのn番目のFPを読み込み、ステップS206へ移行する。
ステップS206では、「全リテンション・タイム(R2)を取得」の処理が実行される。この処理では、S205で読み込んだ基準FPのリテンション・タイム情報を全て取得し、ステップS207へ移行する。
ステップS207では、「R1とR2のリテンション・タイム・出現パターンの一致度を算出(RP_min)」の処理が実行される。この処理では、S202で取得した対象FPのリテンション・タイムとS206で取得した基準FPのリテンション・タイムからRP_minを算出し、ステップS208へ移行する。なお、RP_minの詳細な計算フローは、図12のサブルーチン1により別途説明する。
ステップS208では、「RP_minの保存(RPall_min」の処理が実行される。この処理では、S207で算出したRP_minをRPall_minに保存し、ステップS209へ移行する。
ステップS209では、「nの更新(n←n+1)」の処理が実行される。この処理では、処理を次のFPへ移行するためnの更新としてnにn+1を代入し、ステップS210へ移行する。
ステップS210では、「全基準FP処理終了?」の判断処理が実行される。この処理では、基準FP全てが処理されたか否かが判断され、処理済み(YES)の場合は、ステップS211へ移行する。未処理の基準FPがある(NO)場合は、未処理のFPに対してS205〜S210の処理を実行するため、S205へ移行する。全基準FPの処理が終了するまでS205〜S210の処理を繰り返す。
ステップS211では、「RPall_minから一致度が最小となる基準FPを選定」の処理が実行される。この処理では、全基準FPに対して算出したRP_minからRP_minを比較し、対象FPとのリテンション・タイム・出現パターンの一致度が最小となる基準FPを選定する。
[サブルーチン1]
ステップS1001では、「x←R1、y←R2」の処理が実行される。この処理では、図80のS202とS206で取得したR1及びR2をそれぞれxとyに代入し、ステップS1002へ移行する。
ステップS1002では、「x、yのデータ数を取得(a、b)」の処理が実行される。この処理では、x、yのデータ数をそれぞれa、bとして取得し、ステップS1003へ移行する。
ステップS1003では、xのリテンション・タイムを順番に呼び出すためのカウンタの初期値としてiに1を代入(i←1)し、ステップS1004へ移行する。
ステップS1004では、「xi番目のリテンション・タイムからの全距離を取得(f)」の処理が実行される。この処理では、xi番目のリテンション・タイムとそれ以降の全リテンション・タイム間距離をfとして取得し、ステップS1005へ移行する。
ステップS1005では、yのリテンション・タイムを順番に呼び出すためのカウンタの初期値としてjに1を代入(j←1)し、ステップS1006へ移行する。
ステップS1006では、「yj番目のリテンション・タイムからの全距離を取得(g)」の処理が実行される。この処理では、yj番目のリテンション・タイムとそれ以降の全リテンション・タイム間距離をgとして取得し、ステップS1007へ移行する。
ステップS1007では「”|fの各リテンション・タイム間距離−gの各リテンション・タイム間距離|<閾値”の条件を満たしたデータ数を取得(m)」の処理が実行される。この処理では、S1004及びS1006で取得したリテンション・タイム間距離fとgを総当りで比較し、”|fの各リテンション・タイム間距離−gの各リテンション・タイム間距離|<閾値”の条件を満たしたデータ数をmとして取得し、ステップS1008へ移行する。
ステップS1008では、「fとgのリテンション・タイム・出現パターンの一致度を算出(RPfg)」の処理が実行される。この処理では、S1002で取得したa、bとS1007で取得したmからRPfgを、
RPfg = (1−(m/(a+b−m)))×(a−m+1)
として算出し、ステップS1009へ移行する。
ステップS1009では、「RPfgを保存(RP_all)」の処理が実行される。この処理では、S1008で算出した一致度をRP_allに保存し、ステップS1010へ移行する。
ステップS1010では、「jの更新(j←j+1)」の処理が実行される。この処理では、yの処理を次のリテンション・タイムへ移行するためjの更新としてjにj+1を代入し、ステップS1011へ移行する。
ステップS1011では、「yの全リテンション・タイムで処理終了?」の判断処理が実行される。この処理では、yの全てのリテンション・タイムの処理が終了したか否かが判断される。終了している(YES)場合は、yの全リテンション・タイムの処理が終了したと判断し、ステップS1012へ移行する。終了していない(NO)場合は、y中に未処理のリテンション・タイムが残っていると判断し、ステップS1006へ移行する。つまり、S1006〜S1011までの処理はyの全てのリテンション・タイムが処理されるまで繰り返す。
ステップS1012では、「iの更新(i←i+1)」の処理が実行される。この処理では、xの処理を次のリテンション・タイムへ移行するためiの更新としてiにi+1を代入し、ステップS1013へ移行する。
ステップS1013では、「xの全リテンション・タイムで処理終了?」の判断処理が実行される。この処理では、xの全てのリテンション・タイムの処理が終了したか否かが判断される。終了している(YES)場合は、xの全リテンション・タイムの処理が終了したと判断し、ステップS1014へ移行する。終了していない(NO)場合は、x中に未処理のリテンション・タイムが残っていると判断し、ステップS1004へ移行する。つまり、S1004〜S1013までの処理はxの全てのリテンション・タイムが処理されるまで繰り返す。
ステップS1014では、「RP_allから最小値を取得(RP_min)」の処理が実行される。この処理では、対象FPと基準FPとのリテンション・タイム・出現パターンの全組み合わせでのRPが保存されたRP_all中の最小値を、RP_minとして取得し、そのRP_minを図11のS207に渡し、リテンション・タイム・出現パターンの一致度計算処理を終了する。
[実施例1の効果]
本発明の実施例1は、複数のピーク(19、21、・・・)、(39、41、・・・)が集合した対象FP15と基準FP17との類似性を評価するFPの類似性評価方法であって、対象FP15及び基準FP17の各ピーク(19、21、・・・)、(39、41、・・・)を出現距離で図5、図6のようにパターン化するパターン化工程S1と、パターン化した各パターンを総当たりで比較し、図8のように一致数を求める一致数抽出工程S2と、求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて図9のように一致度を求める一致度判定工程S3とを備えた。
このため、対象FP15と基準FP17との類似性を簡易且つ迅速に評価することができ、対象FP15とできるだけFPパターンが類似した基準FPで対象FP15の各ピークを帰属することが可能となる。この対象FP15に類似した基準FPを複数の基準FPから選定することで、より精度の高い帰属を行うことができる。
一致度判定工程S3は、Tanimoto係数を、
「出現距離の一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−出現距離の一致数)」とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで一致度を求め、(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−出現距離の一致数+1)の重み付けをし、
「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−出現距離の一致数+1」
として一致度を求める。
このため、重み付けにより対象FP15のピーク(19、21、・・・)がより多く一致している基準FPを選ぶことができる。
本発明実施例1の集合データの類似性評価プログラムは、パターン化機能、一致数抽出機能、一致度判定機能の実現により、FPの類似性を評価し、基準FPの選定を簡易かつ迅速に行わせることに寄与できる。
本発明実施例1のFPの類似性評価装置1では、パターン化部3、一致数抽出部5、一致度判定部7により、FPの類似性評価方法を実現することができる。
図10は、対象FPのピーク高さ比パターンを示す説明図である。
本実施例2では、図10上段の対象FP15に対し、下段の図表のように、各セルの値がピーク高さ比で構成された表形式のパターン化としている。
図10において、対象FP15の各ピーク(19、21、23、25、27、29、31、33、35、37)の各ピーク高さは、(5、9、2、30、2、21、32、4、4、11)となっている。
したがって、ピーク19及びピーク21間の高さ比は、(9÷5)=(1.8)となる。同様に、ピーク19及びピーク23間は、(0.4)、ピーク21及びピーク23間は、(0.2)などとなる。以下、同様であり、図10の下段図表の対象FPのピークの高さ比パターンとなる。
基準FPについても、同様に基準FPのピークの高さ比パターンが得られる。
したがって、本実施例2において、パターン化工程S1は、尺度をピークの高さ比としてパターン化する。
一致数抽出工程S2は、一致数を高さ比の一致数とし、ピークの高さ比でパターン化した各ピークを総当たりで比較し、設定した範囲内で高さ比が一致した数を算出する。この算出により図8と同様に一致数を得ることができる。
なお、ピークの高さ比でパターン化する本実施例では、図10下段図表で示す1行中に、同じような値が複数存在するケースがあり、これらを複数回カウントしないようにしなければならない。
一致度判定工程S2は、Tanimoto係数を、「高さ比の一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−高さ比の一致数)」とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで前記一致度を求めることができる。
また、(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−高さ比の一致数+1)の重み付けをし、「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−高さ比の一致数+1)」とし、重み付けにより対象FP15のピーク(19、21、・・・)がより多く一致している基準FPを選ぶことができる。
したがって、本実施例2においても、実施例1と同様の効果を奏することができる。
[その他]
本発明実施例は、多成分薬剤として漢方薬の評価について適用したが、その他の多成分物質の評価にも適用することができる。クロマトは、3Dクロマトに限らず、FPとしてUVスペクトルを除いたピークとそのリテンション・タイムとで構成されたものを用いることもできる。
本発明の集合データの類似性評価方法は、複数のデータが集合した集合データ相互の一致度を調べる類似性評価方法であって、前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化工程と、前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出工程と、前記求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定工程とを備えて、集合データ相互の類似性を評価することに広く適用することができる。集合データとしては、FPに限らず、その他の信号データ等にも適用することができる。
上記実施例の集合データであるFPは、ピーク高さに基づいて作成し、上記手法により類似性を評価したが、FPをピークの面積値で作成するときも同様の手法により評価することができる。
すなわち、本発明の集合データの類似性評価方法、類似性評価プログラム、及び類似性評価装置において用いるピークについては、上記のようにシグナル強度(高さ)の極大値を意味する場合と、シグナル強度の面積値(ピーク面積)を高さで表現したものを意味する場合の何れも含めることができる。
この場合、FPをピーク面積で作成するときも、面積値を高さで表現してFPを作成するため、FPとしては上記実施例のピーク高さで作成する場合と同様の表現となる。このため、FPをピーク面積で作成したときも、FPをシグナル強度のピーク高さで作成した場合と同様に上記実施例1又は実施例2の処理により類似性を評価することができる。
したがって、本発明において、パターン化部、パターン化工程、パターン化機能は、各集合データの各データを選択された尺度を、実施例1のピークの出現距離、実施例2のピークの高さ比以外に、ピーク面積の面積比を用いて実施例2と同様に行わせることができる。
1 FPの類似性評価装置(集合データの類似性評価装置)
3 パターン化部
5 一致数抽出部
7 一致度判定部
S1 パターン化工程
S2 一致数抽出工程
S3 一致度判定工程

Claims (18)

  1. 複数のデータが集合した集合データ相互の類似性を評価する集合データの類似性評価方法であって、
    前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化工程と、
    前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出工程と、
    前記求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定工程と、
    を備えたことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  2. 請求項1記載の集合データの類似性評価方法であって、
    前記集合データは、ピークとそのリテンション・タイムとからなるFPであり、
    前記パターン化工程は、前記尺度をピークの出現距離、高さ比、面積比の何れかとし、対象FPに最も近い基準FPを複数種の基準FPから前記一致度により選定する場合に、
    前記一致数抽出工程は、前記一致数を前記出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数とし、
    前記一致度判定工程は、前記Tanimoto係数を、
    「出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数)」
    とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで前記一致度を求める、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  3. 請求項2記載の集合データの類似性評価方法であって、
    前記(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)の重み付けをし、
    「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)」
    とした、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  4. 請求項2又は3記載の集合データの類似性評価方法であって、
    前記FPは、多成分物質のクロマトから検出された、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  5. 請求項4記載の集合データの類似性評価方法であって、
    前記多成分物質は、多成分薬剤である、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  6. 請求項5記載の集合データの類似性評価方法であって、
    前記多成分薬剤は、生薬、生薬の組合せ、それらの抽出物、漢方薬の何れかである、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価方法。
  7. 複数のデータが集合した集合データ相互の類似性を評価する集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化機能と、
    前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出機能と、
    前記求めた一致数を基にTanimoto係数を用いて一致度を求める一致度判定機能と、
    をコンピュータに実現させることを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  8. 請求項7記載の集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記集合データは、ピークとそのリテンション・タイムとからなるFPであり、
    前記パターン化機能は、前記尺度をピークの出現距離、高さ比、面積比の何れかとし、対象FPに最も近い基準FPを複数種の基準FPから前記一致度により選定する場合に、
    前記一致数抽出機能は、前記一致数を前記出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数とし、
    前記一致度判定機能は、前記Tanimoto係数を、
    「出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数)」
    とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで前記一致度を求める、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  9. 請求項8記載の集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)の重み付けをし、
    「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)」
    とした、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  10. 請求項8又は9記載の集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記FPは、多成分物質のクロマトから検出された、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  11. 請求項10記載の集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記多成分物質は、多成分薬剤である、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  12. 請求項11記載の集合データの類似性評価プログラムであって、
    前記多成分薬剤は、生薬、生薬の組合せ、それらの抽出物、漢方薬の何れかである、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価プログラム。
  13. 複数のデータが集合した集合データ相互の類似性を評価する類似性評価装置であって、
    前記各集合データの各データを選択された尺度でパターン化するパターン化部と、
    前記パターン化した各データを総当たりで比較し一致数を求める一致数抽出部と、
    前記求めた一致数を基にTanimoto係数により一致度を求める一致度判定部と、
    を備えたことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
  14. 請求項13記載の集合データの類似性評価装置であって、
    前記集合データは、ピークとそのリテンション・タイムとからなるFPであり、対象FPに最も近い基準FPを複数種の基準FPから前記一致度により選定する場合に、
    前記パターン化部は、前記尺度をピークの出現距離、高さ比、面積比の何れかとし、
    前記一致数抽出部は、前記一致数を前記出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数とし、
    前記一致度判定部は、前記Tanimoto係数を、
    「出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数/(対象FPピーク数+基準FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数)」
    とし、(1−Tanimoto係数)が零に近いことで前記一致度を求める、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
  15. 請求項14記載の集合データの類似性評価装置であって、
    前記(1−Tanimoto係数)に、(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)の重み付けをし、
    「(1−Tanimoto係数)×(対象FPピーク数−出現距離、高さ比、面積比の何れかの一致数+1)」
    とした、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
  16. 請求項14又は15記載の集合データの類似性評価装置であって、
    前記FPは、多成分物質のクロマトから検出された、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
  17. 請求項16記載の集合データの類似性評価装置であって、
    前記多成分物質は、多成分薬剤である、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
  18. 請求項17記載の集合データの類似性評価装置であって、
    前記多成分薬剤は、生薬、生薬の組合せ、それらの抽出物、漢方薬の何れかである、
    ことを特徴とする集合データの類似性評価装置。
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