JPWO2011049237A1 - 減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
【課題】減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカーの提供。【解決手段】即時型アレルギー患者に対する減感作療法の有効性の検出方法であって、前記患者から採取された被検試料から、AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。【選択図】なし
Description
本発明は、花粉症等の即時型（I型）アレルギー患者に対し減感作療法を施したときに当該療法の有効性を検出するためのバイオマーカーに関する。
花粉症を代表とするアレルギー疾患の治療として、対症療法である抗アレルギー薬等の投与が行われている。このような状況下において、根本治療のために、これまで免疫減感作療法が行われてきた（非特許文献１）。日本においては、現在、保険医療として原因抗原エキスを皮下注射することによって減感作療法が行われているのに対し、欧州においては、数年前より口腔内の舌下に抗原エキスを滴下することで免疫する舌下減感作療法が行われている（非特許文献２、３）。
しかしながら、現行の減感作療法は皮下注射や舌下法であろうと２年から３年の長期の治療期間が必要となり、治療結果次第では、患者に多大な時間的及び経費的な負担がかかるのが現状である。
しかしながら、現行の減感作療法は皮下注射や舌下法であろうと２年から３年の長期の治療期間が必要となり、治療結果次第では、患者に多大な時間的及び経費的な負担がかかるのが現状である。
Rebien W. et al., Eur J Pediatr. 1982 Jul;138(4):341-4.
Passalacqua G. et al., Canonica GW. BioDrugs. 2001;15(8):509-19. Review.
Guez S et al., Allergy. 2000 Apr;55(4):369-75.
患者の医療費を含めた負担軽減を図るためには、減感作療法の治療効果を予測するバイオマーカーの検索が必要である。そこで本発明は、花粉症等の即時型（I型）アレルギー患者に対し減感作療法を施したときに当該療法が有効であるかどうかを検出するためのバイオマーカーを提供することを目的とする。
本発明者らは、上記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、特定の遺伝子のコピー数多型が減感作療法の有効性を検出するために有用であることを見出し、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明は、以下のとおりである。
被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を母集団における同遺伝子のコピー数多型のデータと比較することにより、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
すなわち、本発明は、以下のとおりである。
被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を母集団における同遺伝子のコピー数多型のデータと比較することにより、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
＜遺伝子群＞
AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL 本発明において、コピー数多型の検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)〜(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL 本発明において、コピー数多型の検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)〜(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
＜判断基準＞
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、下記の(e)〜(h)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
(e) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が有効である。
(f) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1 、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が有効である。
(g) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が無効である。
(h) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が無効である。
本発明において、減感作療法としては、例えば舌下減感作療法が挙げられる。また、即時型アレルギーとしては、例えば花粉症、蕁麻疹、食物アレルギー、ダニアレルギー、アレルギー性鼻炎、気管支喘息及びアトピー性皮膚炎からなる群から選ばれる少なくとも１つが挙げられる。
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、下記の(e)〜(h)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
(e) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が有効である。
(f) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1 、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が有効である。
(g) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が無効である。
(h) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が無効である。
本発明において、減感作療法としては、例えば舌下減感作療法が挙げられる。また、即時型アレルギーとしては、例えば花粉症、蕁麻疹、食物アレルギー、ダニアレルギー、アレルギー性鼻炎、気管支喘息及びアトピー性皮膚炎からなる群から選ばれる少なくとも１つが挙げられる。
本発明により、現在罹患している即時型アレルギー患者、又は現在即時型アレルギーに罹患していなくても将来アレルギーに罹患した際、これらの被検者に対し減感作療法を施したときに、当該療法の有効性を検出することが可能なバイオマーカーが提供される。被検者から採取された遺伝子のコピー数多型を測定することにより、現在又は将来において減感作療法が有効であるかどうかを検査することが可能となる。その結果、アレルギー患者に対して有効な治療方法を提供することが可能となる。
以下、本発明を詳細に説明する。
１．概要
本発明は、被検者（即時型アレルギー患者又は健常人等）由来の被検試料において、遺伝子のコピー数多型を指標として（減感作療法の有効性と関連付けて）、即時型アレルギー患者に対する減感作療法の有効性を検出する方法に関するものである。
本発明者は、スギ花粉症患者に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行い、アレルギー症状に対して顕著に治療効果が認められた患者群（治療有効群）と効果が認められなかった患者群（治療無効群）とに分類を行った。
それぞれの患者群について、統合解析と呼ばれる手法を用いて、治療有効群と治療無効群とを含む母集団について治療効果と相関する遺伝子を検出した。統合解析とは、臨床症状データ、血清検査結果、mRNA解析及びコピー数多型解析を全体としてまとめ、これらの項目の全部又は一部を組み合わせて総合的に統計解析処理する方法である。これにより、減感作療法の有効性の検出に使用することが可能な遺伝子、すなわち、減感作療法が有効であるか無効であるかを検出することが可能なコピー数多型を有する所定の遺伝子（後述）を見出すことができる。
コピー数多型(Copy Number Variation: CNV)とは、ある集団のなかで1細胞あたりのコピー数が個人間で異なるゲノムの領域のことをいう。ヒトの細胞には、通常、父方及び母方由来の2個（2コピー）の遺伝子が存在する。しかし、個人によっては1細胞あたり、ある遺伝子が1個（1コピー）しか存在しない場合や、3個（3コピー）以上存在する場合がある。遺伝子におけるこのような個体差をCNVという。例えば、前記母集団に最も高頻度に認められるCNVを「N（Normal）」と定め（CNV=N）、Nよりも数の小さなCNVを「L（Loss）」と定め（CNV=L）、Nよりも数の多きなCNVを「G（Gain）」と定める（CNV=G）。
被験者のサンプルに含まれる遺伝子のCNVを検出し、当該CNVが、前記L、N又はGのいずれに該当するのかによって、当該被験者に対し減感作療法が有効又は無効なのかを治療に先立って判断することができる。
従って、本発明において、所定の遺伝子のコピー数多型を解析することにより、解析結果と減感作療法の有効性とを関連付けて、即時型アレルギー患者に対して減感作療法が有効であるか否かを検査することが可能となった。
１．概要
本発明は、被検者（即時型アレルギー患者又は健常人等）由来の被検試料において、遺伝子のコピー数多型を指標として（減感作療法の有効性と関連付けて）、即時型アレルギー患者に対する減感作療法の有効性を検出する方法に関するものである。
本発明者は、スギ花粉症患者に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行い、アレルギー症状に対して顕著に治療効果が認められた患者群（治療有効群）と効果が認められなかった患者群（治療無効群）とに分類を行った。
それぞれの患者群について、統合解析と呼ばれる手法を用いて、治療有効群と治療無効群とを含む母集団について治療効果と相関する遺伝子を検出した。統合解析とは、臨床症状データ、血清検査結果、mRNA解析及びコピー数多型解析を全体としてまとめ、これらの項目の全部又は一部を組み合わせて総合的に統計解析処理する方法である。これにより、減感作療法の有効性の検出に使用することが可能な遺伝子、すなわち、減感作療法が有効であるか無効であるかを検出することが可能なコピー数多型を有する所定の遺伝子（後述）を見出すことができる。
コピー数多型(Copy Number Variation: CNV)とは、ある集団のなかで1細胞あたりのコピー数が個人間で異なるゲノムの領域のことをいう。ヒトの細胞には、通常、父方及び母方由来の2個（2コピー）の遺伝子が存在する。しかし、個人によっては1細胞あたり、ある遺伝子が1個（1コピー）しか存在しない場合や、3個（3コピー）以上存在する場合がある。遺伝子におけるこのような個体差をCNVという。例えば、前記母集団に最も高頻度に認められるCNVを「N（Normal）」と定め（CNV=N）、Nよりも数の小さなCNVを「L（Loss）」と定め（CNV=L）、Nよりも数の多きなCNVを「G（Gain）」と定める（CNV=G）。
被験者のサンプルに含まれる遺伝子のCNVを検出し、当該CNVが、前記L、N又はGのいずれに該当するのかによって、当該被験者に対し減感作療法が有効又は無効なのかを治療に先立って判断することができる。
従って、本発明において、所定の遺伝子のコピー数多型を解析することにより、解析結果と減感作療法の有効性とを関連付けて、即時型アレルギー患者に対して減感作療法が有効であるか否かを検査することが可能となった。
２．減感作療法
減感作療法とは、現在行われているアレルギー治療の中で唯一の根本治療であり、徐々にアレルギー抗原を体内に暴露することによって抗原特異的な免疫応答を不応答にする免疫療法を意味し、現在では舌下減感作療法、皮下減感作療法などが知られている。
舌下減感作療法は、専門医に通院することなく自宅で抗原感作することが可能であり、注射針を体内に侵入させることがないため苦痛を伴わない（患者の負担が少ない）ことが特徴である。舌下減感作療法は、抗原エキスを舌下に滴下することによって抗原感作を行い、約２年間の治療期間において初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
また、皮下減感作療法は、注射により抗原を皮下に注入することによりある程度の苦痛を伴い、２年間の治療期間において専門医に少なくとも５０回以上の通院が必要であることが特徴である。皮下減感作療法は、舌下減感作療法と同様に抗原感作を約２年間の治療期間において行い、初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
本発明においては、いずれの減感作療法に対しても、これらの療法が有効であるかどうかを検出することが可能であるが、WHOが推奨している減感作療法として舌下減感作療法であることが好ましい。
減感作療法とは、現在行われているアレルギー治療の中で唯一の根本治療であり、徐々にアレルギー抗原を体内に暴露することによって抗原特異的な免疫応答を不応答にする免疫療法を意味し、現在では舌下減感作療法、皮下減感作療法などが知られている。
舌下減感作療法は、専門医に通院することなく自宅で抗原感作することが可能であり、注射針を体内に侵入させることがないため苦痛を伴わない（患者の負担が少ない）ことが特徴である。舌下減感作療法は、抗原エキスを舌下に滴下することによって抗原感作を行い、約２年間の治療期間において初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
また、皮下減感作療法は、注射により抗原を皮下に注入することによりある程度の苦痛を伴い、２年間の治療期間において専門医に少なくとも５０回以上の通院が必要であることが特徴である。皮下減感作療法は、舌下減感作療法と同様に抗原感作を約２年間の治療期間において行い、初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
本発明においては、いずれの減感作療法に対しても、これらの療法が有効であるかどうかを検出することが可能であるが、WHOが推奨している減感作療法として舌下減感作療法であることが好ましい。
３．被検者
本発明の方法の対象となる被検者、すなわち、即時型アレルギーに罹患した場合の即時型アレルギーの減感作療法の対象となる患者は、即時型（I型）アレルギーを呈する患者であれば特に限定されるものではない。
例えばI型アレルギーは以下の通り分類することができる。
抗原に基づく分類：花粉症、食物アレルギー、ダニアレルギー
病態に基づく分類：蕁麻疹、アレルギー性鼻炎、気管支喘息、アトピー性皮膚炎、
中でも、花粉症（スギ花粉症、イネ花粉症、ブタクサ花粉症、ヒノキ花粉症等）が好ましい。
また、健常人であっても、将来即時型アレルギーに罹患する可能性がある。したがって、本発明においては、即時型アレルギー患者のほかに健常人も被検者とすることができる。
本発明の方法の対象となる被検者、すなわち、即時型アレルギーに罹患した場合の即時型アレルギーの減感作療法の対象となる患者は、即時型（I型）アレルギーを呈する患者であれば特に限定されるものではない。
例えばI型アレルギーは以下の通り分類することができる。
抗原に基づく分類：花粉症、食物アレルギー、ダニアレルギー
病態に基づく分類：蕁麻疹、アレルギー性鼻炎、気管支喘息、アトピー性皮膚炎、
中でも、花粉症（スギ花粉症、イネ花粉症、ブタクサ花粉症、ヒノキ花粉症等）が好ましい。
また、健常人であっても、将来即時型アレルギーに罹患する可能性がある。したがって、本発明においては、即時型アレルギー患者のほかに健常人も被検者とすることができる。
４．コピー数多型解析
（１）被検試料
被検試料は、例えば、健常人又は即時型アレルギー患者由来の生体試料を用いることができる。
コピー数多型（CNV）解析に用いる被検試料としては、例えば、上記被検者から採取された血液、鼻粘膜、鼻水、喀痰等を用いることができ、血液又はその成分（血清、血漿等）を用いることが好ましい。これらの生体試料等を採取する方法は、当業者において公知である。
生体試料が血液である場合には、CNVの解析に利用するために、例えば、血液試料から、細胞を抽出し、そのライセートを調製すること、又は当該細胞からRNA(例えばmRNA)若しくはDNAを抽出することが好ましい。ライセートの調製及びDNAの抽出は、公知の方法又は市販のキットを使用して行うことができる。あるいは、血液試料から抽出した細胞は、さらにFluorescence Activated Cell Sorter（FACS）又はMACS(登録商標)等により、ソーティングされていてもよい。抽出する細胞の例としては、免疫細胞が挙げられる。免疫細胞としては、例えばリンパ球、マクロファージ、好中球、好酸球、好塩基球、単球、樹状細胞、形質細胞様樹状細胞（plasmacytoid Dendritic Cell：PDC）等が挙げられ、アレルギーとの関連性が示唆されるCD4T細胞、樹状細胞及び好塩基球が好ましい。さらに、前記試料は、前記細胞から抽出されたメッセンジャーRNA(mRNA)であってもよい。
また、生体試料が液状のものである場合には、例えば、緩衝液等で希釈してDNAの測定などに利用することが好ましい。
CNVの測定は、操作が容易である点でマイクロアレイ法が好ましい。
（１）被検試料
被検試料は、例えば、健常人又は即時型アレルギー患者由来の生体試料を用いることができる。
コピー数多型（CNV）解析に用いる被検試料としては、例えば、上記被検者から採取された血液、鼻粘膜、鼻水、喀痰等を用いることができ、血液又はその成分（血清、血漿等）を用いることが好ましい。これらの生体試料等を採取する方法は、当業者において公知である。
生体試料が血液である場合には、CNVの解析に利用するために、例えば、血液試料から、細胞を抽出し、そのライセートを調製すること、又は当該細胞からRNA(例えばmRNA)若しくはDNAを抽出することが好ましい。ライセートの調製及びDNAの抽出は、公知の方法又は市販のキットを使用して行うことができる。あるいは、血液試料から抽出した細胞は、さらにFluorescence Activated Cell Sorter（FACS）又はMACS(登録商標)等により、ソーティングされていてもよい。抽出する細胞の例としては、免疫細胞が挙げられる。免疫細胞としては、例えばリンパ球、マクロファージ、好中球、好酸球、好塩基球、単球、樹状細胞、形質細胞様樹状細胞（plasmacytoid Dendritic Cell：PDC）等が挙げられ、アレルギーとの関連性が示唆されるCD4T細胞、樹状細胞及び好塩基球が好ましい。さらに、前記試料は、前記細胞から抽出されたメッセンジャーRNA(mRNA)であってもよい。
また、生体試料が液状のものである場合には、例えば、緩衝液等で希釈してDNAの測定などに利用することが好ましい。
CNVの測定は、操作が容易である点でマイクロアレイ法が好ましい。
（２）遺伝子
本発明において、減感作療法の有効性の検出に使用される遺伝子は以下の通りである。
上記遺伝子は、統合解析を行うことにより抽出された遺伝子である（実施例参照）。
本発明においては、上記遺伝子のうち、少なくとも1つの遺伝子を用いることができる。
なお、遺伝子の塩基配列情報は、上記アクセッション番号から容易に入手することができる。
本発明において、減感作療法の有効性の検出に使用される遺伝子は以下の通りである。
本発明においては、上記遺伝子のうち、少なくとも1つの遺伝子を用いることができる。
なお、遺伝子の塩基配列情報は、上記アクセッション番号から容易に入手することができる。
（３）遺伝子コピー多型解析手法
本発明において、遺伝子のCNV多型解析方法としては、例えばマイクロアレイ法、シーケンス法などの公知の方法が挙げられ、例えば市販のキットを用いることも可能である（例えば「Agilent SurePrint G3 Human CNV マイクロアレイキット 2 x 400 K」（Agilent Technologies社））。
DNAマイクロアレイは、ヌクレオチドプローブの一端が支持体上にアレイ状に固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイ等を含むものである。DNAチップなどのDNAマイクロアレイアッセイとしてはGeneChipアッセイが挙げられる（Affymetrix社）。GeneChip技術は、チップに貼り付けたオリゴヌクレオチドプローブの小型化高密度マイクロアレイを利用するものである。
シークエンス法とは、コピー数多型を含む領域をPCRにて増幅させ、Dye Terminatorなどを用いてDNA配列をシークエンスすることで、コピー数多型の有無を解析する方法である（Sambrook, Fritsch and Maniatis, ”Molecular Cloning: A Laboratory Manual” 2nd Edition (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press）。
本発明において、遺伝子のCNV多型解析方法としては、例えばマイクロアレイ法、シーケンス法などの公知の方法が挙げられ、例えば市販のキットを用いることも可能である（例えば「Agilent SurePrint G3 Human CNV マイクロアレイキット 2 x 400 K」（Agilent Technologies社））。
DNAマイクロアレイは、ヌクレオチドプローブの一端が支持体上にアレイ状に固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイ等を含むものである。DNAチップなどのDNAマイクロアレイアッセイとしてはGeneChipアッセイが挙げられる（Affymetrix社）。GeneChip技術は、チップに貼り付けたオリゴヌクレオチドプローブの小型化高密度マイクロアレイを利用するものである。
シークエンス法とは、コピー数多型を含む領域をPCRにて増幅させ、Dye Terminatorなどを用いてDNA配列をシークエンスすることで、コピー数多型の有無を解析する方法である（Sambrook, Fritsch and Maniatis, ”Molecular Cloning: A Laboratory Manual” 2nd Edition (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press）。
上記に例示されるような検出方法においては、目的の遺伝子を含むように作製されたオリゴヌクレオチドが、プローブ又はプライマーとして使用される。したがって、本発明は、目的の各遺伝子を含むように作製されたオリゴヌクレオチドもそれぞれ提供する。
以上のように設計されたオリゴヌクレオチドプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブは、公知の手段・方法により化学合成することができるが、一般には、市販の化学合成装置を使用して合成される。
なお、プローブには、予め蛍光標識（例えば、FITC、FAM、VIC、Redmond Dye等）及び蛍光標識に対するクエンチャーを付加して作業の自動化を図ることも可能である。
以上のように設計されたオリゴヌクレオチドプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブは、公知の手段・方法により化学合成することができるが、一般には、市販の化学合成装置を使用して合成される。
なお、プローブには、予め蛍光標識（例えば、FITC、FAM、VIC、Redmond Dye等）及び蛍光標識に対するクエンチャーを付加して作業の自動化を図ることも可能である。
（４）判断基準
検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)〜(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
なお、本明細書において「著効」と「有効」とは同義である。
検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)〜(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
なお、本明細書において「著効」と「有効」とは同義である。
本発明において使用される遺伝子のコピー数と減感作療法の有効性との関連付けを行う際に、対象となる遺伝子を上記判断基準(a)〜(d)のどの基準に属させるかは、当業者が適宜設定することができる。例えば、減感作治療を行った患者の母集団、あるいは当該母集団から抽出されたサブ集団から、コピー数（CNVがL又はG）及び治療効果（著効又は無効）に基づいて4通りの群に分類する。次に、CNVがL及びGのそれぞれの群において、著効群に属する人数と無効群に属する人数との差を計算する。そして、その差が大きい場合には、どのCNVを有すると治療効果が著効なのか、あるいは無効なのかを判定することができる。
例えば、実施例１において、治療を行った患者の母集団から抽出された25名の患者においてGEMIN4遺伝子のCNV（表９）に着目してみると、治療効果が無効の患者8名は、CNVが1であり、CNVが1において治療効果が著効の患者数はゼロ（０）であった。これに対し、治療効果が著効の患者12名は、CNVが3であり、CNVが3の患者で治療効果が無効の患者数はわずか1名であった。CNVが1における著効患者数とCNVが1における無効患者数との差は0-8=-８となる。また、CNVが3における著効患者数とCNVが1における無効患者数との差は12-1=11となる。この差の絶対値が、計算の対象となった患者の少なくとも8％以上、好ましくは12％以上、さらに好ましくは25％以上のときは、著効又は無効と判断できる対象の遺伝子に含めることができる。後述の実施例では、著効群は24名、無効群は25名を解析したため、患者数の差が全体の8％以上、すなわち2名以上（24×0.08≒2、又は25×0.08=2）のときは、著効又は無効と判定するための対象にすることができる。そして、著効の患者数から無効の患者数を引いた値が正の数字のときは「著効」、負の数字のときは「無効」と判断できる。無効の患者数から著効の患者数を引いた場合は、正、負の値による判定結果は上記と逆になる。
さらに、本発明は、有効患者数と無効患者数との差をより厳格に計算することも可能である。上記の例ではCNVがNの患者を考慮せずに差の計算を行ったが、CNVがNの患者を考慮して計算することもできる。但し、CNVがNの患者数は、遺伝子を判断基準に当てはめるための基準にならないため、バックグラウンドと考え、母集団から所定割合、例えば母集団又はサブ集団の患者数の50％以上、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上、又は全員（100％）の人数を差し引くことが好ましい。この場合、CNV=Nに属する患者数から差し引いた人数が負の数になるときは、CNV=Nの患者は0（ゼロ）として計算する。この値を補正値(「CNV=N補正値」)として、例えば以下の計算を行う。
CNVがL、Gをそれぞれ「CNV=L」、「CNV=G」とすると、著効率を以下の計算式で計算する。
(1) CNV=Lにおける著効率
[{CNV=Lの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } − {CNV=Lの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=G の人数)}]x100
(2) CNV=Gにおける著効率
[{CNV=Gの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } − {CNV=Gの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) }]x100
(3) 上記(1)と(2)で得られた値が、基準値（正の数）以上のときは、計算の対象となった遺伝子を著効のマーカー遺伝子として選択し、基準値（負の数）以下のときは、計算の対象となった遺伝子を無効のマーカー遺伝子として選択する。上記計算式によれば、得られた値が正の数のときは、対象となった遺伝子が著効を示す遺伝子、負の数のときは対象となった遺伝子が無効を示す遺伝子であると判断できる。
(1) CNV=Lにおける著効率
[{CNV=Lの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } − {CNV=Lの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=G の人数)}]x100
(2) CNV=Gにおける著効率
[{CNV=Gの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } − {CNV=Gの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) }]x100
(3) 上記(1)と(2)で得られた値が、基準値（正の数）以上のときは、計算の対象となった遺伝子を著効のマーカー遺伝子として選択し、基準値（負の数）以下のときは、計算の対象となった遺伝子を無効のマーカー遺伝子として選択する。上記計算式によれば、得られた値が正の数のときは、対象となった遺伝子が著効を示す遺伝子、負の数のときは対象となった遺伝子が無効を示す遺伝子であると判断できる。
例えば、上述のGEMIN4遺伝子に着目して上記条件で著効率を計算すると、著効率は、
式(1)：(0/12-8/9)x100=-88.9
式(2)：(12/12-1/9)x100=88.9
となる。なお、 CNV=2（CNV=N）はバックグラウンドと考え、母集団の80％に相当する人数部分（例えばCNV=1は24×0.8＝19名）を差し引いた。19名を引くことにより負の数字になったので、この場合は0とした。
式(1)：(0/12-8/9)x100=-88.9
式(2)：(12/12-1/9)x100=88.9
となる。なお、 CNV=2（CNV=N）はバックグラウンドと考え、母集団の80％に相当する人数部分（例えばCNV=1は24×0.8＝19名）を差し引いた。19名を引くことにより負の数字になったので、この場合は0とした。
次に、選択の対象となる基準の絶対値を50とした場合、+50以上であれば著効を示す遺伝子、-50以下であれば無効を示す遺伝子であると判断できる。上記の例では著効率の選択基準を50（絶対値）としたが、本発明においては、10、20、30、40、50、60、70、80又は90のように、解析目的に応じて適宜設定することができる。
従って、式(1)により得られた値は負の値であるため、GEMIN4遺伝子のCNVが1のときは減感作療法が無効を示す遺伝子として選択され、GEMIN4遺伝子のCNVが3のときは減感作療法が著効を示す遺伝子として選択されることとなる。
従って、式(1)により得られた値は負の値であるため、GEMIN4遺伝子のCNVが1のときは減感作療法が無効を示す遺伝子として選択され、GEMIN4遺伝子のCNVが3のときは減感作療法が著効を示す遺伝子として選択されることとなる。
さらに、本発明においては、著効又は有効を判断するための遺伝子を選択するために、多変量解析等の各種統計解析手法を用いることができる。多変量解析法としては、例えば重回帰分析、判別分析、主成分分析、因子分析等が挙げられる。詳細は後述の実施例2を参照のこと。
ところで、本発明の方法では、予め規定された数の患者（１次母集団）から得られた上記遺伝子のCNVの測定結果を基本データとして、１次母集団以外の被検者においてもその各遺伝子のCNVとこの基本データとを比較して、減感作療法の有効性を判定することができる。
また、一次母集団以外の被検者のデータを前記１次母集団の値に組み込んで発現レベルを再度データ処理し（平均値化等）、対象となる被検者（母集団）の例数を増やすこともできる。例数を増やすことにより、各遺伝子のCNVの精度を高め、これにより検出又は診断精度を高めることができる。
ところで、本発明の方法では、予め規定された数の患者（１次母集団）から得られた上記遺伝子のCNVの測定結果を基本データとして、１次母集団以外の被検者においてもその各遺伝子のCNVとこの基本データとを比較して、減感作療法の有効性を判定することができる。
また、一次母集団以外の被検者のデータを前記１次母集団の値に組み込んで発現レベルを再度データ処理し（平均値化等）、対象となる被検者（母集団）の例数を増やすこともできる。例数を増やすことにより、各遺伝子のCNVの精度を高め、これにより検出又は診断精度を高めることができる。
実際の臨床の場において、各患者又は健康診断の各被験者等から個別に採取したサンプルに対し、本発明の方法を用いて実際に治療を開始する前に当該患者又は被験者の減感作療法に対する著効性又は無効性を判断することができる。即ち、当該サンプルからゲノムDNAを採取して、減感作療法の著効性又は無効性と関連する遺伝子のコピー数を検査し、そのコピー数がL又はGである場合には、当該患者又は被験者が減感作療法に著効性又は無効性を示すかを、判断することができる。
例えば、ある患者から採取したゲノムDNAに存在するNAV3遺伝子のCNVがLである場合には、当該患者は、減感作療法に対し著効性を示すことが期待される。
また、ある患者から採取したゲノムにNAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2の遺伝子のうち、M個の遺伝子についてコピー数を検査し、検査した一部の遺伝子でコピー数がLであるが、残りの遺伝子についてはコピー数がN又はGである場合には、各遺伝子のコピー数がL、N、Gの場合をそれぞれ、＋1、0、-1点と定めて、各遺伝子ごとに点数を合計し、得られた合計値から、総合的に著効性又は無効性を判断することができる。この場合、合計値がMの50％以上、好ましくは、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上又は100％の場合に、当該患者は 減感作療法に著効性を示すと判断することができる。
あるいは、このような特定の遺伝子のコピー数又は複数の遺伝子のコピー数について定めた点数の合計値は、これを患者に提示し、そのコピー数又は合計値と減感作療法の著効性又は無効性との関連性を患者に説明することにより、患者自身が前記コピー数又は合計値を考慮して実際に減感作療法を行うべきか又は続けるべきかを決断するためのリスクファクターとして用いることができる。
例えば、ある患者から採取したゲノムDNAに存在するNAV3遺伝子のCNVがLである場合には、当該患者は、減感作療法に対し著効性を示すことが期待される。
また、ある患者から採取したゲノムにNAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2の遺伝子のうち、M個の遺伝子についてコピー数を検査し、検査した一部の遺伝子でコピー数がLであるが、残りの遺伝子についてはコピー数がN又はGである場合には、各遺伝子のコピー数がL、N、Gの場合をそれぞれ、＋1、0、-1点と定めて、各遺伝子ごとに点数を合計し、得られた合計値から、総合的に著効性又は無効性を判断することができる。この場合、合計値がMの50％以上、好ましくは、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上又は100％の場合に、当該患者は 減感作療法に著効性を示すと判断することができる。
あるいは、このような特定の遺伝子のコピー数又は複数の遺伝子のコピー数について定めた点数の合計値は、これを患者に提示し、そのコピー数又は合計値と減感作療法の著効性又は無効性との関連性を患者に説明することにより、患者自身が前記コピー数又は合計値を考慮して実際に減感作療法を行うべきか又は続けるべきかを決断するためのリスクファクターとして用いることができる。
さらに、上記検出結果は、例えば即時型アレルギーの治療効果の確定診断を行う場合の主要資料又は補助資料とすることができる。即時型アレルギーが治療されたことの確定診断を行う場合には、上記検出結果に加えて、減感作療法後の理学所見の結果、血清学的検査の結果等から選択される少なくとも１つと組み合わせて、総合的に判断すればよい。
５．マイクロアレイ及びキット
また、本発明のオリゴヌクレオチドの一端をガラス、シリコン、ゲルなどの支持体に固定することでマイクロアレイを作製することができる。オリゴヌクレオチドのアレイは、例えば、固相化学合成法と半導体産業において用いられているフォトリソグラフィー製造技術とを組み合わせた光照射化学合成法（Affymetrix社）により製造される。チップの化学反応部位の境界を明確するためにフォトリソグラフィーマスクを利用し、特定の化学合成工程を行うことによって、アレイの所定の位置にオリゴヌクレオチドプローブが貼り付けられた高密度アレイを構築することができる。
また、本発明の別の態様では、本発明のオリゴヌクレオチド及び/又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイを含む、遺伝子のCNV多型検出用キットが提供される。このようなキットには、本発明のオリゴヌクレオチド又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイ以外にも、検出反応用の溶液、コントロール用のオリゴヌクレオチド、検出反応に利用する容器、使用説明書などが含まれていてもよい。
また、本発明のオリゴヌクレオチドの一端をガラス、シリコン、ゲルなどの支持体に固定することでマイクロアレイを作製することができる。オリゴヌクレオチドのアレイは、例えば、固相化学合成法と半導体産業において用いられているフォトリソグラフィー製造技術とを組み合わせた光照射化学合成法（Affymetrix社）により製造される。チップの化学反応部位の境界を明確するためにフォトリソグラフィーマスクを利用し、特定の化学合成工程を行うことによって、アレイの所定の位置にオリゴヌクレオチドプローブが貼り付けられた高密度アレイを構築することができる。
また、本発明の別の態様では、本発明のオリゴヌクレオチド及び/又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイを含む、遺伝子のCNV多型検出用キットが提供される。このようなキットには、本発明のオリゴヌクレオチド又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイ以外にも、検出反応用の溶液、コントロール用のオリゴヌクレオチド、検出反応に利用する容器、使用説明書などが含まれていてもよい。
以下、実施例により本発明を更に具体的に説明するが、これらの実施例は、本発明の例示を目的とするものであり、本発明を限定するものではない。
＜方法＞
１．治療有効群と無効群との選別
まず、２年間にわたる花粉症治療薬（減感作療法用薬）の投与において、スギ花粉症に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行った。減感作療法用薬（標準化スギ花粉エキス〔鳥居薬品製〕）は表２に示す投与スケジュールで行った。
１．治療有効群と無効群との選別
まず、２年間にわたる花粉症治療薬（減感作療法用薬）の投与において、スギ花粉症に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行った。減感作療法用薬（標準化スギ花粉エキス〔鳥居薬品製〕）は表２に示す投与スケジュールで行った。
アレルギー症状に対して顕著な治療効果が認められた患者群（治療有効群）と治療効果が認められなかった群（症状が治療によって悪化又は変化がない群：治療無効群）とに分類を行った。その方法として、平成１８（2006）年８月における治療前の症状と平成１９（2007）年４月における治療中間期の症状、さらに平成２０年（2008）４月における治療後期における症状について、アレルギー日誌における鼻粘膜の症状を総括的にスコア化された臨床症状を指標として、花粉症治療の有効群と無効群の選別を行った。
２．血清採取
舌下減感作療法期間中、採血は図１のスケジュールにて８回（採血１〜採血８）行った。１回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちに遠心分離操作を行い、血清を分離した。分離された血清は、1mlずつ分注し、使用時まで-80℃にて保存を行った。
舌下減感作療法期間中、採血は図１のスケジュールにて８回（採血１〜採血８）行った。１回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちに遠心分離操作を行い、血清を分離した。分離された血清は、1mlずつ分注し、使用時まで-80℃にて保存を行った。
３．DNAとRNA採取
舌下減感作療法を施す前後のRNAサンプルは、上記の血清とは別に、図１における採血１（治療前）と採血７（治療後）より採取した。
舌下減感作療法は、202名の患者に対し実薬投与を行っており、平成18（2006）年8月より2年間の実施を行った。実施は、日本国内の8か所の病院で行った。血液サンプルは図１に示す採血１〜８のスケジュールで行い、DNAサンプルは、図１に示す採血２により抽出した。
１回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちにフローサイトメトリー（ベクトン社製FACSaria）にて細胞分離操作を行い、CD4T細胞、樹状細胞などに分離した。分離された細胞は、それぞれ使用時まで細胞用凍結保存培地に懸濁後-80℃にて保存を行った。
舌下減感作療法を施す前後のRNAサンプルは、上記の血清とは別に、図１における採血１（治療前）と採血７（治療後）より採取した。
舌下減感作療法は、202名の患者に対し実薬投与を行っており、平成18（2006）年8月より2年間の実施を行った。実施は、日本国内の8か所の病院で行った。血液サンプルは図１に示す採血１〜８のスケジュールで行い、DNAサンプルは、図１に示す採血２により抽出した。
１回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちにフローサイトメトリー（ベクトン社製FACSaria）にて細胞分離操作を行い、CD4T細胞、樹状細胞などに分離した。分離された細胞は、それぞれ使用時まで細胞用凍結保存培地に懸濁後-80℃にて保存を行った。
平成２０（2008）年６月に行われた治療効果判定に伴い、治療有効と無効に分類したサンプルより２５人ずつ選別し、通例に従いRNAを精製した。精製されたメッセンジャーRNA（mRNA）は直ちに遺伝子解析装置（アフィメトリックス社製DNAチップ）に供した。
一方、DNAの採取は上記の通り試験期間を通じて１回行い、採血量は一人当たり８mlであった。採血後直ちに遠心分離操作を行い血液細胞を分離した。得られた血液細胞より通例に従ってDNAを採取した。精製分離されたDNAは遺伝子解析時まで-80℃にて保存を行った。
一方、DNAの採取は上記の通り試験期間を通じて１回行い、採血量は一人当たり８mlであった。採血後直ちに遠心分離操作を行い血液細胞を分離した。得られた血液細胞より通例に従ってDNAを採取した。精製分離されたDNAは遺伝子解析時まで-80℃にて保存を行った。
４．血清検査
上記にて得られた血清は、スギ花粉特異的IgE量（ＲＩＳＡ−すぎ）ならびに総IgE量（ＲＡＳＴ）を通例に従いELISA法にて測定した。また血液中の免疫に関与する50種類（表３）の液性因子を蛍光ビーズ測定法（Bio-Rad社製バイオプレックス）にて測定を行った。
上記にて得られた血清は、スギ花粉特異的IgE量（ＲＩＳＡ−すぎ）ならびに総IgE量（ＲＡＳＴ）を通例に従いELISA法にて測定した。また血液中の免疫に関与する50種類（表３）の液性因子を蛍光ビーズ測定法（Bio-Rad社製バイオプレックス）にて測定を行った。
５．統合解析
約200人による実薬投与規模で臨床研究を行った。治療期間は約２年間であり、最終的には約150名の患者で臨床症状などのデーターを得た。症状のスコア化（重症度値）を行い詳細に治療効果の分類を行った結果、５つの群に分類され、その中でも最も治療効果がよい群（治療著効群）と悪い群（治療無効群）とを抽出し、その中から上位２４名と下位２５名の生体材料を以下の研究解析に供することとした。
約200人による実薬投与規模で臨床研究を行った。治療期間は約２年間であり、最終的には約150名の患者で臨床症状などのデーターを得た。症状のスコア化（重症度値）を行い詳細に治療効果の分類を行った結果、５つの群に分類され、その中でも最も治療効果がよい群（治療著効群）と悪い群（治療無効群）とを抽出し、その中から上位２４名と下位２５名の生体材料を以下の研究解析に供することとした。
以下、詳細に説明する。
治療開始時より２年間の舌下減感作療法を施行し、２００８年（平成２０年）６月における臨床症状に関する問診を受けた患者１５４人を解析の対象にした。そこでこれまでの症状の評価に加え、QOLのデータ等を加味し調査した結果、図２に示す結果となった。
図２において、上段左のグラフが示すように、症状の重症度値の平均を事前検診の結果と比較して年度ごとに症状が緩和されており、治療が成功したことを表している。この治療著効群においては、３８人を抽出した。一方、下段のグラフに示したように、事前検診のアレルギー症状の平均重症度値の推移が年次ごとに変化がないかむしろ上昇しているのが認められる。これは、２年間の舌下減感作療法が結果的に有効ではなかった患者群を示している。この治療無効群から３７人を抽出した。さらに抽出された患者群においてその治療効果が悪かった順に上から色別の百分位で図２の右パネルに示した。
症状は、最高（症状が重症）が重症度値５で赤く示しており、最低（症状が軽症）が１で緑で示している。最高と最低の重症度値の間は赤から緑への濃度勾配によって示している。治療効果別に抽出された患者は、著効群においては上から下にかけて効果が高い順に並んでおり、治療無効群においては上から治療効果が悪かった順に並んでいる。そこで、著効群の上位24名、治療無効群の上位25名を今後の解析へ供した。
治療開始時より２年間の舌下減感作療法を施行し、２００８年（平成２０年）６月における臨床症状に関する問診を受けた患者１５４人を解析の対象にした。そこでこれまでの症状の評価に加え、QOLのデータ等を加味し調査した結果、図２に示す結果となった。
図２において、上段左のグラフが示すように、症状の重症度値の平均を事前検診の結果と比較して年度ごとに症状が緩和されており、治療が成功したことを表している。この治療著効群においては、３８人を抽出した。一方、下段のグラフに示したように、事前検診のアレルギー症状の平均重症度値の推移が年次ごとに変化がないかむしろ上昇しているのが認められる。これは、２年間の舌下減感作療法が結果的に有効ではなかった患者群を示している。この治療無効群から３７人を抽出した。さらに抽出された患者群においてその治療効果が悪かった順に上から色別の百分位で図２の右パネルに示した。
症状は、最高（症状が重症）が重症度値５で赤く示しており、最低（症状が軽症）が１で緑で示している。最高と最低の重症度値の間は赤から緑への濃度勾配によって示している。治療効果別に抽出された患者は、著効群においては上から下にかけて効果が高い順に並んでおり、治療無効群においては上から治療効果が悪かった順に並んでいる。そこで、著効群の上位24名、治療無効群の上位25名を今後の解析へ供した。
＜解析項目と統合解析方法＞
（１）臨床症状解析
重症度の指標として、減感作療法開始時（2006年時）の重症度値を、１(軽い)〜５(重い)の５段階とし、用いた。軽症化の指標として、減感作療法２年経過時（2008年時）の効果判定において、無症状化した場合あるいは重症度値の２段階の改善をグレード１（治療著効群）、重症度値の１段階の改善をグレード2、変化なしあるいは悪化をグレード3（治療無効群）とした。
（２）血清検査
前記の免疫液性因子50項目（表３）に加えて、抗原特異的IgEと総IgEの値を追加した。
（３）mRNA解析
採血ポイント１及び７の重症度評価時及び軽症化評価時の採血サンプルから、FACSにより分画したCD4+ T Cell由来のmRNAを用い、Affymetrix社 GeneChip(R) Human Gene 1.9 ST arrayにて検出を行い、プリプロセスとしてaroma.affymetrixパーケージ[Rプログラム]によるRMAアルゴリズム(１)を用いたmRNA発現値の正規化を行い、補正遺伝子mRNA値とした。
（１）臨床症状解析
重症度の指標として、減感作療法開始時（2006年時）の重症度値を、１(軽い)〜５(重い)の５段階とし、用いた。軽症化の指標として、減感作療法２年経過時（2008年時）の効果判定において、無症状化した場合あるいは重症度値の２段階の改善をグレード１（治療著効群）、重症度値の１段階の改善をグレード2、変化なしあるいは悪化をグレード3（治療無効群）とした。
（２）血清検査
前記の免疫液性因子50項目（表３）に加えて、抗原特異的IgEと総IgEの値を追加した。
（３）mRNA解析
採血ポイント１及び７の重症度評価時及び軽症化評価時の採血サンプルから、FACSにより分画したCD4+ T Cell由来のmRNAを用い、Affymetrix社 GeneChip(R) Human Gene 1.9 ST arrayにて検出を行い、プリプロセスとしてaroma.affymetrixパーケージ[Rプログラム]によるRMAアルゴリズム(１)を用いたmRNA発現値の正規化を行い、補正遺伝子mRNA値とした。
（４）CNV解析
Agilent Sure Print３G CNV microarray kitを用い、以下の方法により各患者群 計49名（治療著効群24名、治療無効群25名）のCNVコピー数を検出した。
末梢血由来血液サンプルより抽出したゲノムDNAを由来としたゲノムDNAについて、プリプロセスとしてHapMap日本人サンプルNA19000リファレンスDNAとの競合ハイブリダイゼーションにより得られたLog２値についてNormtools(２)による集団データによる正規化を行い、この補正Log２値を用いてCBSアルゴリズム[Rプログラム]によるCopy Number Aberration(CNA)としてセグメント判定を行いCNVデータとした。このCNVデータをもとに、CNVデータ値の中央値population+/-２SDpopulation*中央値indivisualを閾値(Copy number=２)とした遺伝子単位のCNVコピー数を判定した。
Agilent Sure Print３G CNV microarray kitを用い、以下の方法により各患者群 計49名（治療著効群24名、治療無効群25名）のCNVコピー数を検出した。
末梢血由来血液サンプルより抽出したゲノムDNAを由来としたゲノムDNAについて、プリプロセスとしてHapMap日本人サンプルNA19000リファレンスDNAとの競合ハイブリダイゼーションにより得られたLog２値についてNormtools(２)による集団データによる正規化を行い、この補正Log２値を用いてCBSアルゴリズム[Rプログラム]によるCopy Number Aberration(CNA)としてセグメント判定を行いCNVデータとした。このCNVデータをもとに、CNVデータ値の中央値population+/-２SDpopulation*中央値indivisualを閾値(Copy number=２)とした遺伝子単位のCNVコピー数を判定した。
（５）解析モデルと統合解析
1) 2006年 花粉症の重症度 〜 CNV:mRNA(治療前採血ポイント1)
2) 2008年 効果評価(軽症化) 〜CNV:mRNA(治療後採血ポイント7)
解析モデルは、1)については2006年の臨床研究開始前の個人の花粉症の症状を反映した内容として重症度との関係、2)については2008年の臨床研究による減感作療法の効果判定を反映した内容として軽症化との関係について解析を行った。
1) 2006年 花粉症の重症度 〜 CNV:mRNA(治療前採血ポイント1)
2) 2008年 効果評価(軽症化) 〜CNV:mRNA(治療後採血ポイント7)
解析モデルは、1)については2006年の臨床研究開始前の個人の花粉症の症状を反映した内容として重症度との関係、2)については2008年の臨床研究による減感作療法の効果判定を反映した内容として軽症化との関係について解析を行った。
mRNAデータ及びCNVデータより遺伝子シンボルで絡み付けた18,945遺伝子について、上記解析モデル1)及び2)の血清検査項、mRNA値、CNV値の３つのパラメータを説明変数とし、2006年 花粉症の重症度値および2008年春 スギ花粉エキス治験の効果判定値を従属変数とした線形モデル回帰分析を行った。
解析モデル1)及び2)として約363万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデル1)及び2)について、解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
解析モデル1)及び2)として約363万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデル1)及び2)について、解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
すなわち、R-2.9プログラムを用い、解析モデル１）の１〜５段階、及び解析モデル２）の１から３段階のグレードに対して、(a) mRNAの遺伝子Log2強度値、(b) 遺伝子上のCNVセグメント相対的Log2Ratio値、及び(c) mRNA採取採血ポイントの前後に設定した血清検査項、の３つのパラメータ項の交互作用項(Interaction Terms)として、非相加的な関連性として任意の項が他の項の大きさに比例して修飾される組み合わせについて、寄与度としてR2値およびP値の算出を行った。なお、血清検査項は解析モデル１）については採血１、２とし、解析モデル２）については採血５、６の値を対応させた。
統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、各解析モデルにおいて、R２>0.2、P値<0.05の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、解析モデル１）については７９の組み合わせが得られ、解析モデル２）については396の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、上記(4)CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、各解析モデルにおいて、R２>0.2、P値<0.05の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、解析モデル１）については７９の組み合わせが得られ、解析モデル２）については396の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、上記(4)CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
この結果、解析モデル１）では20の組み合わせが、解析モデル２）では227の組み合わせが得られ、遺伝子としては解析モデル１）においては１２遺伝子、解析モデル２）においては８６遺伝子が得られた。これらの遺伝子において、３段階目のフィルタリングとして、解析モデル２）と血清検査項とを用いて一般線形回帰モデル解析を行い、このモデル解析において有意な血清検査項 (P値<0.05)を抽出した。その結果、３７の組み合わせによる２２遺伝子が得られた。
＜CNVの解析と統合解析結果＞
上記結果から、解析モデル１）についてはフィルタリングの２段階までによる１２遺伝子（表４）、解析モデル２）についてはフィルタリングの３段階までによる２２遺伝子が得られ（表５）、解析モデル１）および解析モデル２）で計３４遺伝子となった（表６）。
上記結果から、解析モデル１）についてはフィルタリングの２段階までによる１２遺伝子（表４）、解析モデル２）についてはフィルタリングの３段階までによる２２遺伝子が得られ（表５）、解析モデル１）および解析モデル２）で計３４遺伝子となった（表６）。
解析モデル1）の中で例えば、GJC3遺伝子CNVコピー数は臨床症状との強い相関が認められた。特にコピー数（CN; copy number）が３の場合（図３の「G」のバー）は全て治療著効群であり、治療著効群全体の３割を占めている結果となった（図３）。
また、解析モデル2）の中では、例えば、METT10D遺伝子やCXCR7遺伝子のCNVコピー数は臨床症状との強い相関が認められた。特にコピー数が３の場合（図４〜５の「G」のバー）は全て治療著効群であり、治療著効群全体の５割を占めている結果となった（図４〜５）。
このスコアを各患者に適用した結果が表７である。そして、それぞれの患者におけるこのスコアを合計し、各患者におけるスコアの合計の分布を示したものが表８である。
対象とする遺伝子の選択は、CNVが1、3のそれぞれの多型において、著効群と無効群との人数の差が2以上の遺伝子とし、以下の基準で行った。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
上記基準に該当する遺伝子を表９に示す。表９において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
上記基準に該当する遺伝子を表９に示す。表９において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
その結果、NAV3及びTYRP1については、コピー数が１のときは減感作療法が有効である傾向を認め、AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1 、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13及び ZNFX1については、コピー数が３のときに減感作療法が有効である傾向を認めた。
これに対し、AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13及びZNFX1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、C12orf60、NAV3及びTYRP1については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
これに対し、AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13及びZNFX1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、C12orf60、NAV3及びTYRP1については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
より高確率で有効性の評価に寄与する遺伝子の探索
本実施例では、有効性の判断をより高確率で行うために必要な遺伝子を探索することを目的として、重回帰分析を行った。
ある変数ｙ (目的変数(criterion variable)又は従属変数(dependent variable)という）と、それに影響すると考えられる変数ｘ１、ｘ２、・・・ｘｐ (説明変数(explanatory variable)又は独立変数(independent variable)という）との間の関係式を求め、それに基づいてｘ１、ｘ２、・・・ｘｐの値からｙの値を予測したり、その際の各ｘの寄与の大きさを評価する分析を回帰分析(regression analysis)という。特に、説明変数が２つ以上の場合を重回帰分析(multiple regression anaysis)という。
本実施例では、有効性の判断をより高確率で行うために必要な遺伝子を探索することを目的として、重回帰分析を行った。
ある変数ｙ (目的変数(criterion variable)又は従属変数(dependent variable)という）と、それに影響すると考えられる変数ｘ１、ｘ２、・・・ｘｐ (説明変数(explanatory variable)又は独立変数(independent variable)という）との間の関係式を求め、それに基づいてｘ１、ｘ２、・・・ｘｐの値からｙの値を予測したり、その際の各ｘの寄与の大きさを評価する分析を回帰分析(regression analysis)という。特に、説明変数が２つ以上の場合を重回帰分析(multiple regression anaysis)という。
本実施例においては、上記３４遺伝子について、著効および無効を2項値の従属変数ｙとし、各遺伝子のコピー数について２コピー（CNV=2）を基本として増幅（CNV=3)を1、減少（CNV=1)を-1とした３項値の説明変数による一般線形モデルに基づく重回帰分析を行い、変数項減少法アルゴリズム(ステップ設定値10,000)によるAICモデルの選定を行った。なお、AICモデル（「赤池の情報量規準」（Akaike's Information Criterion）モデル）とは、モデル選択の立場から作成された国際的に使用頻度の高い統計指標であり、同一のデータセットに対して、複数のモデルを考え、AIC 最小のモデルを選択するというものである。
重回帰分析は、ソフトウエアR-2.9プログラム（R Development Core Team）を用いて行った。
結果を表１０に示す。
重回帰分析は、ソフトウエアR-2.9プログラム（R Development Core Team）を用いて行った。
結果を表１０に示す。
その結果、１８段階の段階的AIC最適モデル選択過程の後、AIC=97.94として１７遺伝子が認められた。このことから、著効/無効群判定においては上記１７遺伝子を用いるのが最適な解析モデルである事が分かった。回帰係数βは、コピー数と有効性との関係を示しており、解析モデルにおいてβが正(+)の値は、著効、無効群解析においてコピー数の増加(CN=3)が著効群と関係している傾向性を示し、βが負（−）の場合は、コピー数の減少が無効群と関係している傾向性を意味している。
採血ポイント７の採血サンプルから、FACSにより分画した好塩基球由来のmRNAを用いてmRNA解析を行った。また、CNV解析は各患者群（治療著効群22名、治療無効群22名（計44名））について行った。解析モデルとして、「2008年 効果評価(軽症化) 〜 CNV:mRNA(治療後採血ポイント7)」を用いた。上記の点以外は、実施例1と同様に解析を行った。
即ち、mRNAデータ及びCNVデータより遺伝子シンボルで絡み付けた13,792個の遺伝子について、上記解析モデルの血清検査項、mRNA値及びCNV値の３つのパラメータを説明変数とし、2008年春 スギ花粉エキス治験の効果判定値を従属変数とした線形モデル回帰分析を行った。
解析モデルとして約149万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。
上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
解析モデルとして約149万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。
上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
すなわち、R-2.9プログラムを用い、解析モデルの１から３段階のグレードに対して、(a) mRNAの遺伝子Log2強度値、(b) 遺伝子上のCNVセグメント相対的Log2Ratio値、及び(c) mRNA採取採血ポイントの前後に設定した血清検査項、の３つのパラメータ項の交互作用項(Interaction Terms)として、非相加的な関連性として任意の項が他の項の大きさに比例して修飾される組み合わせについて、寄与度としてR2値およびP値の算出を行った。なお、解析モデルには採血６の値を対応させた。
統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、R２>0.25、P値<0.00000363の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、254個の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、R２>0.25、P値<0.00000363の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、254個の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
この結果、本解析モデルと血清検査項とを用いて一般線形回帰モデル解析を行い、このモデル解析において有意な血清検査項 (P値<0.05)を抽出した。その結果、254個の組み合わせによる２１遺伝子が得られた（表１１及び１２を参照）。
各遺伝子のCNVコピー数と臨床症状との相関性を図6〜8に示す。
上記の遺伝子の他に、以下の遺伝子についても有意性が示唆された。従って、本実施例では、有意性の認められる上記21遺伝子と、有意性が示唆される以下の18遺伝子（表１３）とを合わせた39遺伝子について解析を行った。
実施例１と同様に、各遺伝子において、治療が著効であった患者（22症例）及び無効であった患者（22症例）のCNVコピー数に着目し、当該遺伝子のCNVコピー数１となった患者数とCNVコピー数３となった患者数を比較し、CNVコピー数のスコアリングを行った。このスコアを各患者に適用した結果を表１４に示す。また、それぞれの患者におけるこのスコアを合計し、各患者におけるスコアの合計の分布を示した結果を表１５に示す。
対象とする遺伝子の選択は、CNVが1、3のそれぞれの多型において、著効群と無効群との人数の差が2以上の遺伝子とし、以下の基準で行った。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
上記基準に該当する遺伝子を表１６に示す。表１６において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
上記基準に該当する遺伝子を表１６に示す。表１６において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
その結果、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3及びYEATS2については、コピー数が１のときは減感作療法が有効である傾向を認め、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1については、コピー数が３のときに減感作療法が有効である傾向を認めた。
これに対し、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及びTDRD3については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
これに対し、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及びTDRD3については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
本発明は、即時型アレルギー患者の減感作療法が有効であるか否かを検査することができ、本発明の方法を、即時型アレルギーの治療又は治療薬の選定に利用することができる。
Claims (8)
- 被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を母集団における同遺伝子のコピー数多型のデータと比較することにより、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
＜遺伝子群＞
AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1 - コピー数多型の検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)〜(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうものである、請求項１に記載の方法。
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも小さいときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも大きいときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも小さいときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも大きいときは減感作療法が無効である。 - 被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、下記の(e)〜(h)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
(e) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が有効である。
(f) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が有効である。
(g) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が無効である。
(h) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が無効である。 - 減感作療法が舌下減感作療法である請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
- 即時型アレルギーが、花粉症、蕁麻疹、食物アレルギー、ダニアレルギー、アレルギー性鼻炎、気管支喘息及びアトピー性皮膚炎からなる群から選ばれる少なくとも１つである請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
- 被検試料が血液又は免疫細胞である、請求項１〜５のいずれか1項に記載の方法。
- 被検試料が、CD4T細胞、樹状細胞又は好塩基球である、請求項１〜５のいずれか1項に記載の方法。
- 被検試料が、請求項６又は７に記載の細胞から抽出されたmRNAである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
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