WO2011049237A1 - 減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカー - Google Patents

減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカー Download PDF

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desensitization therapy
cnv
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隆親 廣井
公裕 大久保
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    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Definitions

  • the present invention relates to a biomarker for detecting the effectiveness of a desensitization therapy for an immediate (type I) allergic patient such as hay fever.
  • Non-Patent Document 1 As a treatment for allergic diseases such as hay fever, administration of antiallergic drugs and the like as symptomatic treatments is performed. Under such circumstances, immunodesensitization therapy has been performed for the fundamental treatment (Non-Patent Document 1). In Japan, desensitization therapy is currently performed by injecting the causative antigen extract subcutaneously as insurance medical treatment, whereas in Europe, the antigen extract is dripped under the tongue in the oral cavity several years ago. Sublingual hyposensitization therapy is immunized (Non-Patent Documents 2 and 3). However, even if the current desensitization therapy is subcutaneous injection or sublingual method, a long treatment period of 2 to 3 years is required, and depending on the treatment result, the patient is burdened with great time and cost. is the current situation.
  • this invention aims at providing the biomarker for detecting whether the said therapy is effective when desensitization therapy is given with respect to the immediate type
  • the present inventors have found that a copy number variation of a specific gene is useful for detecting the effectiveness of desensitization therapy, and It came to be completed. That is, the present invention is as follows.
  • a method for detecting the effectiveness of desensitization therapy for immediate allergy for a subject wherein the number of copies of at least one gene selected from the following gene group is increased from a test sample collected from the subject. Detecting the type, and comparing the obtained copy number polymorphism detection result with the copy number polymorphism data of the same gene in the population, thereby correlating with the effectiveness of the desensitization therapy, Method.
  • ⁇ Judgment criteria> (a) NAV3, TYRP1, NCAM2, PCDH17, CHODL, BTG3, DIAPH3, GBA3, IFRD1, KCNT2, THOC7, TMEM168, BST1, C7orf53, CD38, DCUN1D1, FGFBP1, FOXP2, GLRB, GTF2B, HSP90AB2P, MCCC1, LDF
  • the copy number of at least one gene selected from the group consisting of PDGFC, SEP15, SH3GLB1, TDRD3 and YEATS2 is smaller than the most frequent copy number of the same gene in the population (eg 2), preferably 1 Sometimes desensitization therapy is effective.
  • a method for detecting the effectiveness of desensitization therapy for immediate allergy for a subject wherein the number of copies of at least one gene selected from the following gene group is increased from a test sample collected from the subject. The type is detected, and the obtained copy number polymorphism detection result is correlated with the effectiveness of desensitization therapy based on any of the following criteria (e) to (h) or a combination thereof: And said method.
  • the copy number of at least one gene selected from the group consisting of PDGFC, SEP15, SH3GLB1, TDRD3 and YEATS2 is 1, desensitization therapy is effective.
  • examples of the desensitization therapy include sublingual desensitization therapy.
  • examples of the immediate allergy include at least one selected from the group consisting of hay fever, urticaria, food allergy, tick allergy, allergic rhinitis, bronchial asthma and atopic dermatitis.
  • Biomarkers are provided that can detect the effectiveness of the therapy. By measuring the copy number variation of a gene collected from a subject, it is possible to examine whether desensitization therapy is effective at present or in the future. As a result, it is possible to provide an effective treatment method for allergic patients.
  • the present invention relates to immediate allergy in a test sample derived from a subject (immediate allergic patient or healthy subject) using gene copy number polymorphism as an index (in association with the effectiveness of desensitization therapy).
  • the present invention relates to a method for detecting the effectiveness of desensitization therapy for a patient.
  • the present inventor has examined the therapeutic effect of sublingual desensitization therapy for Japanese cedar pollinosis patients, and the patient group (therapeutically effective group) in which the therapeutic effect was remarkably observed for allergic symptoms and the effect was not recognized The patient group (treatment invalid group) was classified.
  • the integrated analysis is a method in which clinical symptom data, serum test results, mRNA analysis and copy number polymorphism analysis are summarized as a whole, and all or some of these items are combined to perform a statistical analysis process comprehensively. This allows a gene that can be used to detect the effectiveness of desensitization therapy, i.e. a copy number polymorphism that can detect whether desensitization therapy is effective or ineffective. Genes (described later) can be found.
  • a CNV of a gene contained in a sample of a subject Prior to treatment, a CNV of a gene contained in a sample of a subject is detected, and whether the desensitization therapy is effective or ineffective for the subject depending on whether the CNV corresponds to L, N, or G. Judgment can be made. Therefore, in the present invention, by analyzing the copy number polymorphism of a predetermined gene, the analysis result is associated with the effectiveness of desensitization therapy, and desensitization therapy is effective for immediate allergic patients. It became possible to inspect whether or not.
  • Desensitization therapy is the only fundamental treatment of allergies currently in progress, and gradually exposes the body to allergic antigens to make antigen-specific immune responses unresponsive. It means immunotherapy, and sublingual desensitization and subcutaneous desensitization are now known. Sublingual desensitization therapy allows antigen sensitization at home without going to a specialist, and does not cause pain because the injection needle does not enter the body. It is a feature.
  • antigen sensitization is performed by instilling an antigen extract under the tongue. In the treatment period of about 2 years, antigen sensitization is performed step by step from low to high in the first month. Followed by antigen sensitization twice a week.
  • Subcutaneous desensitization therapy is characterized by a certain amount of pain by injecting the antigen subcutaneously by injection, and requires at least 50 visits to a specialist in a treatment period of 2 years.
  • Subcutaneous desensitization therapy is similar to sublingual desensitization, in which antigen sensitization is performed in a treatment period of about 2 years, and in the first month, daily antigen sensitization is performed stepwise from low to high levels. Thereafter, antigen sensitization is performed twice a week.
  • it is possible to detect whether these therapies are effective for any desensitization therapy but sublingual desensitization is recommended as a desensitization therapy recommended by WHO. It is preferable to be an operation therapy.
  • the subject who is the subject of the method of the present invention is the patient who exhibits the immediate (type I) allergy If it is, it will not specifically limit.
  • type I allergy can be classified as follows. Classification based on antigen: hay fever, food allergy, tick allergy Classification based on pathology: Urticaria, allergic rhinitis, bronchial asthma, atopic dermatitis, Of these, hay fever (cedar pollinosis, rice hay fever, ragweed hay fever, hinoki hay fever etc.) is preferred. Even healthy people may suffer from immediate allergies in the future. Therefore, in this invention, a healthy person can be used as a subject in addition to an immediate allergic patient.
  • Test sample for example, a biological sample derived from a healthy person or an immediate allergic patient can be used.
  • a test sample used for copy number variation (CNV) analysis for example, blood, nasal mucosa, runny nose, sputum and the like collected from the subject can be used, and blood or its components (serum, plasma, etc.) ) Is preferably used. Methods for collecting these biological samples and the like are known to those skilled in the art.
  • the biological sample is blood, for example, extract cells from the blood sample and prepare the lysate, or extract RNA (for example, mRNA) or DNA from the cells, for use in CNV analysis. It is preferable to do.
  • Lysate preparation and DNA extraction can be performed using a known method or a commercially available kit.
  • the cells extracted from the blood sample may be further sorted by Fluorescence Activated Cell Sorter (FACS) or MACS (registered trademark).
  • FACS Fluorescence Activated Cell Sorter
  • MACS registered trademark
  • Examples of cells to be extracted include immune cells.
  • immune cells include lymphocytes, macrophages, neutrophils, eosinophils, basophils, monocytes, dendritic cells, plasmacytoid dendritic cells (PDC), etc.
  • CD4T cells, dendritic cells, and basophils are suggested, which are suggested to be related to each other.
  • the sample may be messenger RNA (mRNA) extracted from the cells.
  • mRNA messenger RNA
  • the biological sample is liquid, it is preferable to use it for DNA measurement after dilution with a buffer solution or the like.
  • the microarray method is preferred because it is easy to operate.
  • genes used for detecting the effectiveness of desensitization therapy are as follows.
  • the said gene is a gene extracted by performing integrated analysis (refer an Example).
  • at least one of the above genes can be used.
  • the base sequence information of a gene can be easily obtained from the above accession number.
  • the gene CNV polymorphism analysis method includes known methods such as a microarray method and a sequencing method, and a commercially available kit can also be used, for example (for example, “Agilent SurePrint G3 Human CNV Microarray Kit 2 x 400 K” (Agilent Technologies).
  • a DNA microarray is one in which one end of a nucleotide probe is fixed in an array on a support, and includes a DNA chip, a Gene chip, a microchip, a bead array, and the like.
  • DNA microarray assays such as DNA chips include GeneChip assay (Affymetrix).
  • GeneChip technology uses a miniaturized high-density microarray of oligonucleotide probes attached to a chip.
  • the sequencing method is a method for analyzing the presence or absence of a copy number polymorphism by amplifying a region containing a copy number polymorphism by PCR and sequencing the DNA sequence using a dye terminator or the like (Sambrook, Fritsch and Maniatis, “Molecular Cloning: A Laboratory Manual” 2nd Edition (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press).
  • an oligonucleotide prepared so as to contain the gene of interest is used as a probe or primer. Therefore, the present invention also provides oligonucleotides prepared so as to include each gene of interest.
  • the oligonucleotide primer or oligonucleotide probe designed as described above can be chemically synthesized by a known means / method, but is generally synthesized using a commercially available chemical synthesizer. It is also possible to automate the work by previously adding a fluorescent label (for example, FITC, FAM, VIC, Redmond Dye, etc.) and a quencher for the fluorescent label to the probe.
  • a fluorescent label for example, FITC, FAM, VIC, Redmond Dye, etc.
  • the correlation between the detection result and the effectiveness of the desensitization therapy can be performed based on any of the following judgment criteria (a) to (d) or a combination thereof.
  • the copy number of at least one gene selected from the group consisting of PDGFC, SEP15, SH3GLB1, TDRD3 and YEATS2 is smaller than the most frequent copy number of the same gene in the population (eg 2), preferably 1 Sometimes desensitization therapy is effective.
  • Example 1 when focusing on CNV of GEMIN4 gene (Table 9) in 25 patients extracted from the population of treated patients, 8 patients with ineffective treatment are CNV Was 1, and CNV was 1, and the number of patients with significant therapeutic effect was zero (0). In contrast, 12 patients with a significant therapeutic effect had a CNV of 3, and only one patient with a CNV of 3 had an ineffective therapeutic effect.
  • the absolute value of this difference is at least 8% or more, preferably 12% or more, more preferably 25% or more of the patients subject to the calculation, it should be included in the target gene that can be judged to be effective or invalid. it can.
  • the value obtained by subtracting the number of invalid patients from the number of effective patients is a positive number, it can be determined as “effective”, and when the value is negative, it can be determined as “invalid”.
  • the determination result based on positive and negative values is opposite to the above.
  • the difference between the number of effective patients and the number of invalid patients can be calculated more strictly.
  • the difference is calculated without considering the patient whose CNV is N.
  • the calculation can be performed considering the patient whose CNV is N.
  • a predetermined percentage from the population for example, 50% or more of the number of patients in the population or subgroup, 60% It is preferable to subtract 70% or more, 80% or more, 90% or more, or the total number of people (100%).
  • CNV N correction value
  • the absolute value of the criterion to be selected is 50, it can be determined that the gene is markedly effective if it is +50 or more, and is invalid if it is -50 or less.
  • the selection criterion for the remarkable efficiency is 50 (absolute value).
  • the value obtained by formula (1) is a negative value, when CNV of the GEMIN4 gene is 1, it is selected as a gene indicating that desensitization therapy is ineffective, and when the CNV of the GEMIN4 gene is 3, It will be selected as a gene for which desensitization therapy is effective.
  • various statistical analysis techniques such as multivariate analysis can be used to select a gene for judging whether it is effective or effective.
  • the multivariate analysis method include multiple regression analysis, discriminant analysis, principal component analysis, and factor analysis. See Example 2 below for details.
  • the CNV measurement result of the gene obtained from a predetermined number of patients (primary population) is used as basic data for each of the subjects other than the primary population. The CNV of the gene and this basic data can be compared to determine the effectiveness of desensitization therapy.
  • data of subjects other than the primary population are incorporated into the values of the primary population, and the expression level is processed again (average value, etc.), and the number of subjects (populations) of the subject subject Can also be increased.
  • the CNV accuracy of each gene can be increased, thereby increasing the detection or diagnosis accuracy.
  • the patient or subject is subjected to desensitization therapy before actually starting treatment using the method of the present invention.
  • the efficacy or invalidity can be judged. That is, genomic DNA is collected from the sample, the number of copies of the gene associated with the efficacy or ineffectiveness of the desensitization therapy is examined, and if the copy number is L or G, the patient or It can be determined whether or not the subject is highly effective or ineffective for the desensitization therapy. For example, when the CNV of the NAV3 gene present in genomic DNA collected from a patient is L, the patient is expected to show significant efficacy for desensitization therapy.
  • the patient is highly effective for desensitization therapy. It can be judged.
  • the total number of points determined for the copy number of a specific gene or the number of copies of a plurality of genes is presented to the patient, and the copy number or total value and the efficacy of desensitization therapy or Explain to the patient the association with invalidity and use it as a risk factor to determine whether the patient should actually take or continue to desensitize in consideration of the copy number or total be able to.
  • the detection result can be used as a main document or an auxiliary document when performing a definitive diagnosis of the therapeutic effect of immediate allergy, for example.
  • a definitive diagnosis that immediate allergy has been treated in addition to the above detection results, combined with at least one selected from the results of physical findings after sensitization therapy, the results of serological tests, etc. Therefore, it can be judged comprehensively.
  • Microarray and kit A microarray can be prepared by fixing one end of the oligonucleotide of the present invention to a support such as glass, silicon or gel.
  • the oligonucleotide array is produced, for example, by a light irradiation chemical synthesis method (Affymetrix) combining a solid-phase chemical synthesis method and a photolithography production technique used in the semiconductor industry. Build a high-density array with oligonucleotide probes affixed in place on the array by using a photolithographic mask to define the boundaries of the chemical reaction sites on the chip and performing specific chemical synthesis steps Can do.
  • Affymetrix a light irradiation chemical synthesis method
  • a CNV polymorphism detection kit for a gene comprising the oligonucleotide of the present invention and / or a microarray prepared using the oligonucleotide.
  • a kit includes a solution for detection reaction, an oligonucleotide for control, a container used for the detection reaction, an instruction manual, and the like. It may be included.
  • ⁇ Method> 1 Selection of treatment effective group and ineffective group First, we examined the therapeutic effect of sublingual desensitization treatment for cedar pollinosis in the administration of hay fever treatment drug (desensitization therapy drug) for 2 years.
  • the drug for desensitization therapy standardized cedar pollen extract (manufactured by Torii Pharmaceutical) was administered according to the administration schedule shown in Table 2.
  • blood was collected 8 times (blood collection 1 to 8) according to the schedule shown in FIG.
  • the amount of blood collected at one time was 8 ml per person, and after the blood collection, centrifugation was performed immediately to separate the serum.
  • the separated serum was dispensed in 1 ml aliquots and stored at ⁇ 80 ° C. until use.
  • DNA and RNA collection RNA samples before and after the sublingual desensitization therapy were collected from blood collection 1 (before treatment) and blood collection 7 (after treatment) in FIG.
  • Sublingual desensitization therapy has been administered to 202 patients for two years since August 2006. Implementation was conducted at eight hospitals in Japan. Blood samples were collected according to the schedule of blood collections 1 to 8 shown in FIG. 1, and DNA samples were extracted by blood collection 2 shown in FIG. The amount of blood collected at one time was 8 ml per person, and immediately after blood collection, the cells were separated by flow cytometry (FACSaria manufactured by Becton) to separate into CD4T cells, dendritic cells, and the like. The separated cells were suspended in a cell cryopreservation medium until use and then stored at -80 ° C.
  • RNA was purified according to customary practice.
  • the purified messenger RNA (mRNA) was immediately subjected to a gene analyzer (DNA chip manufactured by Affymetrix).
  • DNA chip manufactured by Affymetrix
  • DNA was collected once throughout the test period as described above, and the amount of blood collected was 8 ml per person.
  • centrifugation was performed to separate blood cells.
  • DNA was collected from the obtained blood cells according to the usual procedure.
  • the purified and separated DNA was stored at ⁇ 80 ° C. until gene analysis.
  • Serum test The serum obtained as described above was measured by the ELISA method in accordance with customary cedar pollen specific IgE amount (RISA-too much) and total IgE amount (RAST). In addition, 50 kinds of humoral factors involved in immunity in blood (Table 3) were measured by a fluorescent bead measurement method (Bioplex manufactured by Bio-Rad).
  • Integrated analysis A clinical study was conducted on a scale of active drug administration by about 200 people. The treatment period was about 2 years, and finally about 150 patients obtained data such as clinical symptoms. As a result of scoring symptom (severity value) and classifying treatment effect in detail, it is classified into 5 groups, among which the most effective treatment group (treatment effective group) and the bad group (treatment invalid group) ) And the biomaterials of the top 24 and the bottom 25 were used for the following research analysis.
  • Sublingual hyposensitization therapy was performed for 2 years from the start of treatment, and 154 patients who received an inquiry regarding clinical symptoms in June 2008 were included in the analysis. Therefore, in addition to the evaluation of the symptoms so far, the results of investigations including QOL data and the like were carried out, and the results shown in FIG. 2 were obtained.
  • FIG. 2 as shown in the upper left graph, the average of the severity values of the symptoms is compared with the result of the pre-examination, and the symptoms are alleviated every year, indicating that the treatment was successful. In this treatment-effective group, 38 people were extracted.
  • the linear model regression analysis was performed using the value and the effect judgment value of the spring 2008 cedar pollen extract trial as dependent variables.
  • analysis models 1) and 2) P values and contributions (corrected R2 values) were calculated for about 3.63 million analyses.
  • the analysis models 1) and 2) were selected by filtering based on the contribution of the analysis model to the regression line, and the relationship with the P value was evaluated as a Bonferroni corrected P value.
  • the analysis model obtained as described above was examined in detail about the analysis model and each explanatory variable in relation to the clinical serum marker value, mRNA value, CNV value and clinical phenotype, and used as the final candidate model.
  • the GJC3 gene CNV copy number was strongly correlated with clinical symptoms.
  • the copy number (CN; 3copy number) is 3 (“G” bar in FIG. 3)
  • all the treatment effective groups accounting for 30% of the total treatment effective groups (Fig. 3).
  • the CNV copy number of the METT10D gene and CXCR7 gene was strongly correlated with clinical symptoms.
  • the copy number is 3 (“G” bars in FIGS. 4 to 5)
  • all of the treatment effective groups accounted for 50% of the total treatment effective groups (FIGS. 4 to 5). .
  • a variable y (referred to as a criterion variable or dependent variable) and variables x 1 , x 2 ,... X p (explanatory variable or independent variable) variable)), and predicts the value of y from the values of x 1 , x 2 ,... x p , and evaluates the contribution of each x at that time
  • This analysis is called regression analysis.
  • the case where there are two or more explanatory variables is called multiple regression analysis.
  • the AIC model (“Akaike's Information Criterion" model) is an internationally used statistical index created from the standpoint of model selection. Consider multiple models and select the model with the smallest AIC. Multiple regression analysis was performed using the software R-2.9 program (R Development Core Team). The results are shown in Table 10.
  • the regression coefficient ⁇ shows the relationship between the copy number and the effectiveness.
  • a tendency related to the group is shown.
  • ⁇ is negative ( ⁇ )
  • a decrease in the copy number means a tendency related to the invalid group.
  • mRNA analysis was performed using mRNA derived from basophils fractionated by FACS .
  • CNV analysis each patient group (treatment remarkably effective group of 22 people, treatment invalid group 22 people (a total of 44 people)) was performed on.
  • the serum test item, mRNA value and CNV value of the above analysis model were used as explanatory variables, and the effect of the spring 2008 cedar pollen extract trial Linear model regression analysis was performed with the judgment value as the dependent variable.
  • P value and contribution were calculated for about 1.49 million analyses.
  • the relationship with P value was evaluated as Bonferroni corrected P value.
  • the analysis model obtained as described above was examined in detail about the analysis model and each explanatory variable in relation to the clinical serum marker value, mRNA value, CNV value and clinical phenotype, and used as the final candidate model.
  • Example 1 in each gene, focusing on the CNV copy number of patients (22 cases) in which the treatment was effective and patients (22 cases) in which the treatment was ineffective, the CNV copy number of the gene was 1 The number of patients and the number of patients with CNV copy number 3 were compared, and the CNV copy number was scored. The results of applying this score to each patient are shown in Table 14. In addition, Table 15 shows the results of summing up the scores in each patient and showing the distribution of the total score in each patient.
  • Selection of the target gene was carried out according to the following criteria, with the difference in the number of people between the effective group and the ineffective group being 2 or more in each polymorphism of CNV 1 and 3.
  • (a) When CNV is 1, it is effective (b) When CNV is 3, it is effective (c) Invalid when CNV is 1 (d) Invalid when CNV is 3
  • Table 16 shows genes that meet the above criteria. In Table 16, circles are marked on the right side of the table for genes that meet the above criteria.
  • NCAM2, PCDH17, CHODL, BTG3, DIAPH3, GBA3, IFRD1, KCNT2, THOC7, TMEM168, BST1, C7orf53, CD38, DCUN1D1, FGFBP1, FOXP2, GLRB, GTF2B, HSP90AB2P, MCCC1, MDFIC, ODF2P, 15 , SH3GLB1, TDRD3 and YEATS2 showed a tendency that desensitization therapy was effective when the copy number was 1, CCDC127, C14orf180, SIVA1, TNFRSF14, AHNAK2, C14orf79, LOC25845, PLD4, GPR132, LOC389257, BRF1 and With regard to ADSSL1, a tendency that the desensitization therapy was effective when the copy number was 3 was recognized.
  • the present invention can test whether desensitization therapy for immediate allergic patients is effective, and the method of the present invention can be used for treatment of immediate allergy or selection of therapeutic agents.

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Abstract

【課題】減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカーの提供。 【解決手段】即時型アレルギー患者に対する減感作療法の有効性の検出方法であって、前記患者から採取された被検試料から、AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。

Description

減感作療法における治療効果を予測するバイオマーカー
　本発明は、花粉症等の即時型（I型）アレルギー患者に対し減感作療法を施したときに当該療法の有効性を検出するためのバイオマーカーに関する。
　花粉症を代表とするアレルギー疾患の治療として、対症療法である抗アレルギー薬等の投与が行われている。このような状況下において、根本治療のために、これまで免疫減感作療法が行われてきた（非特許文献１）。日本においては、現在、保険医療として原因抗原エキスを皮下注射することによって減感作療法が行われているのに対し、欧州においては、数年前より口腔内の舌下に抗原エキスを滴下することで免疫する舌下減感作療法が行われている（非特許文献２、３）。
しかしながら、現行の減感作療法は皮下注射や舌下法であろうと２年から３年の長期の治療期間が必要となり、治療結果次第では、患者に多大な時間的及び経費的な負担がかかるのが現状である。
Rebien W. et al., Eur J Pediatr. 1982 Jul;138(4):341-4. Passalacqua G. et al., Canonica GW. BioDrugs. 2001;15(8):509-19. Review. Guez S et al., Allergy. 2000 Apr;55(4):369-75.
　患者の医療費を含めた負担軽減を図るためには、減感作療法の治療効果を予測するバイオマーカーの検索が必要である。そこで本発明は、花粉症等の即時型（I型）アレルギー患者に対し減感作療法を施したときに当該療法が有効であるかどうかを検出するためのバイオマーカーを提供することを目的とする。
　本発明者らは、上記課題を解決するため鋭意研究を行った結果、特定の遺伝子のコピー数多型が減感作療法の有効性を検出するために有用であることを見出し、本発明を完成するに至った。
　すなわち、本発明は、以下のとおりである。
被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を母集団における同遺伝子のコピー数多型のデータと比較することにより、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
＜遺伝子群＞
AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL　本発明において、コピー数多型の検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)～(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
＜判断基準＞
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
　被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、下記の(e)～(h)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
(e) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が有効である。
(f) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1 、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が有効である。
(g) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が無効である。
(h) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が無効である。
　本発明において、減感作療法としては、例えば舌下減感作療法が挙げられる。また、即時型アレルギーとしては、例えば花粉症、蕁麻疹、食物アレルギー、ダニアレルギー、アレルギー性鼻炎、気管支喘息及びアトピー性皮膚炎からなる群から選ばれる少なくとも１つが挙げられる。
　本発明により、現在罹患している即時型アレルギー患者、又は現在即時型アレルギーに罹患していなくても将来アレルギーに罹患した際、これらの被検者に対し減感作療法を施したときに、当該療法の有効性を検出することが可能なバイオマーカーが提供される。被検者から採取された遺伝子のコピー数多型を測定することにより、現在又は将来において減感作療法が有効であるかどうかを検査することが可能となる。その結果、アレルギー患者に対して有効な治療方法を提供することが可能となる。
舌下減感作療法の実施計画を示す図である。 舌下減感作療法における臨床症状の推移と治療効果判定結果を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。 コピー数多型と治療効果との関係を示す図である。
以下、本発明を詳細に説明する。
１．概要
　本発明は、被検者（即時型アレルギー患者又は健常人等）由来の被検試料において、遺伝子のコピー数多型を指標として（減感作療法の有効性と関連付けて）、即時型アレルギー患者に対する減感作療法の有効性を検出する方法に関するものである。
  本発明者は、スギ花粉症患者に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行い、アレルギー症状に対して顕著に治療効果が認められた患者群（治療有効群）と効果が認められなかった患者群（治療無効群）とに分類を行った。
  それぞれの患者群について、統合解析と呼ばれる手法を用いて、治療有効群と治療無効群とを含む母集団について治療効果と相関する遺伝子を検出した。統合解析とは、臨床症状データ、血清検査結果、mRNA解析及びコピー数多型解析を全体としてまとめ、これらの項目の全部又は一部を組み合わせて総合的に統計解析処理する方法である。これにより、減感作療法の有効性の検出に使用することが可能な遺伝子、すなわち、減感作療法が有効であるか無効であるかを検出することが可能なコピー数多型を有する所定の遺伝子（後述）を見出すことができる。
　コピー数多型(Copy Number Variation: CNV)とは、ある集団のなかで1細胞あたりのコピー数が個人間で異なるゲノムの領域のことをいう。ヒトの細胞には、通常、父方及び母方由来の2個（2コピー）の遺伝子が存在する。しかし、個人によっては1細胞あたり、ある遺伝子が1個（1コピー）しか存在しない場合や、3個（3コピー）以上存在する場合がある。遺伝子におけるこのような個体差をCNVという。例えば、前記母集団に最も高頻度に認められるCNVを「N（Normal）」と定め（CNV=N）、Nよりも数の小さなCNVを「L（Loss）」と定め（CNV=L）、Nよりも数の多きなCNVを「G（Gain）」と定める（CNV=G）。
　被験者のサンプルに含まれる遺伝子のCNVを検出し、当該CNVが、前記L、N又はGのいずれに該当するのかによって、当該被験者に対し減感作療法が有効又は無効なのかを治療に先立って判断することができる。
  従って、本発明において、所定の遺伝子のコピー数多型を解析することにより、解析結果と減感作療法の有効性とを関連付けて、即時型アレルギー患者に対して減感作療法が有効であるか否かを検査することが可能となった。
２．減感作療法
　減感作療法とは、現在行われているアレルギー治療の中で唯一の根本治療であり、徐々にアレルギー抗原を体内に暴露することによって抗原特異的な免疫応答を不応答にする免疫療法を意味し、現在では舌下減感作療法、皮下減感作療法などが知られている。
舌下減感作療法は、専門医に通院することなく自宅で抗原感作することが可能であり、注射針を体内に侵入させることがないため苦痛を伴わない（患者の負担が少ない）ことが特徴である。舌下減感作療法は、抗原エキスを舌下に滴下することによって抗原感作を行い、約２年間の治療期間において初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
　また、皮下減感作療法は、注射により抗原を皮下に注入することによりある程度の苦痛を伴い、２年間の治療期間において専門医に少なくとも５０回以上の通院が必要であることが特徴である。皮下減感作療法は、舌下減感作療法と同様に抗原感作を約２年間の治療期間において行い、初めの１か月は低濃度から高濃度まで段階的に毎日抗原感作を行い、その後は週２回の抗原感作をすることにより行われる。
本発明においては、いずれの減感作療法に対しても、これらの療法が有効であるかどうかを検出することが可能であるが、WHOが推奨している減感作療法として舌下減感作療法であることが好ましい。
３．被検者
　本発明の方法の対象となる被検者、すなわち、即時型アレルギーに罹患した場合の即時型アレルギーの減感作療法の対象となる患者は、即時型（I型）アレルギーを呈する患者であれば特に限定されるものではない。
　例えばI型アレルギーは以下の通り分類することができる。
　抗原に基づく分類：花粉症、食物アレルギー、ダニアレルギー
　病態に基づく分類：蕁麻疹、アレルギー性鼻炎、気管支喘息、アトピー性皮膚炎、
　中でも、花粉症（スギ花粉症、イネ花粉症、ブタクサ花粉症、ヒノキ花粉症等）が好ましい。
　また、健常人であっても、将来即時型アレルギーに罹患する可能性がある。したがって、本発明においては、即時型アレルギー患者のほかに健常人も被検者とすることができる。
４．コピー数多型解析
（１）被検試料
　被検試料は、例えば、健常人又は即時型アレルギー患者由来の生体試料を用いることができる。
コピー数多型（CNV）解析に用いる被検試料としては、例えば、上記被検者から採取された血液、鼻粘膜、鼻水、喀痰等を用いることができ、血液又はその成分（血清、血漿等）を用いることが好ましい。これらの生体試料等を採取する方法は、当業者において公知である。
　生体試料が血液である場合には、CNVの解析に利用するために、例えば、血液試料から、細胞を抽出し、そのライセートを調製すること、又は当該細胞からRNA(例えばmRNA)若しくはDNAを抽出することが好ましい。ライセートの調製及びDNAの抽出は、公知の方法又は市販のキットを使用して行うことができる。あるいは、血液試料から抽出した細胞は、さらにFluorescence Activated Cell Sorter（FACS）又はMACS(登録商標)等により、ソーティングされていてもよい。抽出する細胞の例としては、免疫細胞が挙げられる。免疫細胞としては、例えばリンパ球、マクロファージ、好中球、好酸球、好塩基球、単球、樹状細胞、形質細胞様樹状細胞（plasmacytoid Dendritic Cell：PDC）等が挙げられ、アレルギーとの関連性が示唆されるCD4T細胞、樹状細胞及び好塩基球が好ましい。さらに、前記試料は、前記細胞から抽出されたメッセンジャーRNA(mRNA)であってもよい。
　また、生体試料が液状のものである場合には、例えば、緩衝液等で希釈してDNAの測定などに利用することが好ましい。
　CNVの測定は、操作が容易である点でマイクロアレイ法が好ましい。
（２）遺伝子
本発明において、減感作療法の有効性の検出に使用される遺伝子は以下の通りである。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000001
  
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000002
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000003
   上記遺伝子は、統合解析を行うことにより抽出された遺伝子である（実施例参照）。
　本発明においては、上記遺伝子のうち、少なくとも1つの遺伝子を用いることができる。
　なお、遺伝子の塩基配列情報は、上記アクセッション番号から容易に入手することができる。
（３）遺伝子コピー多型解析手法
　本発明において、遺伝子のCNV多型解析方法としては、例えばマイクロアレイ法、シーケンス法などの公知の方法が挙げられ、例えば市販のキットを用いることも可能である（例えば「Agilent SurePrint G3 Human CNV マイクロアレイキット 2 x 400 K」（Agilent Technologies社））。
　DNAマイクロアレイは、ヌクレオチドプローブの一端が支持体上にアレイ状に固定されたものであり、DNAチップ、Geneチップ、マイクロチップ、ビーズアレイ等を含むものである。DNAチップなどのDNAマイクロアレイアッセイとしてはGeneChipアッセイが挙げられる（Affymetrix社）。GeneChip技術は、チップに貼り付けたオリゴヌクレオチドプローブの小型化高密度マイクロアレイを利用するものである。
　シークエンス法とは、コピー数多型を含む領域をPCRにて増幅させ、Dye Terminatorなどを用いてDNA配列をシークエンスすることで、コピー数多型の有無を解析する方法である（Sambrook, Fritsch and Maniatis, ”Molecular Cloning: A Laboratory Manual” 2nd Edition (1989), Cold Spring Harbor Laboratory Press）。
　上記に例示されるような検出方法においては、目的の遺伝子を含むように作製されたオリゴヌクレオチドが、プローブ又はプライマーとして使用される。したがって、本発明は、目的の各遺伝子を含むように作製されたオリゴヌクレオチドもそれぞれ提供する。
　以上のように設計されたオリゴヌクレオチドプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブは、公知の手段・方法により化学合成することができるが、一般には、市販の化学合成装置を使用して合成される。
　なお、プローブには、予め蛍光標識（例えば、FITC、FAM、VIC、Redmond Dye等）及び蛍光標識に対するクエンチャーを付加して作業の自動化を図ることも可能である。
（４）判断基準
　検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)～(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうことができる。
(a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が有効である。
(b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が有効である。
(c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも小さいとき、好ましくは１のときは減感作療法が無効である。
(d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数（例えば２）よりも大きいとき、好ましくは３のときは減感作療法が無効である。
　なお、本明細書において「著効」と「有効」とは同義である。
　本発明において使用される遺伝子のコピー数と減感作療法の有効性との関連付けを行う際に、対象となる遺伝子を上記判断基準(a)～(d)のどの基準に属させるかは、当業者が適宜設定することができる。例えば、減感作治療を行った患者の母集団、あるいは当該母集団から抽出されたサブ集団から、コピー数（CNVがL又はG）及び治療効果（著効又は無効）に基づいて4通りの群に分類する。次に、CNVがL及びGのそれぞれの群において、著効群に属する人数と無効群に属する人数との差を計算する。そして、その差が大きい場合には、どのCNVを有すると治療効果が著効なのか、あるいは無効なのかを判定することができる。
　例えば、実施例１において、治療を行った患者の母集団から抽出された25名の患者においてGEMIN4遺伝子のCNV（表９）に着目してみると、治療効果が無効の患者8名は、CNVが1であり、CNVが1において治療効果が著効の患者数はゼロ（０）であった。これに対し、治療効果が著効の患者12名は、CNVが3であり、CNVが3の患者で治療効果が無効の患者数はわずか1名であった。CNVが1における著効患者数とCNVが1における無効患者数との差は0-8=-８となる。また、CNVが3における著効患者数とCNVが1における無効患者数との差は12-1=11となる。この差の絶対値が、計算の対象となった患者の少なくとも8％以上、好ましくは12％以上、さらに好ましくは25％以上のときは、著効又は無効と判断できる対象の遺伝子に含めることができる。後述の実施例では、著効群は24名、無効群は25名を解析したため、患者数の差が全体の8％以上、すなわち2名以上（24×0.08≒2、又は25×0.08=2）のときは、著効又は無効と判定するための対象にすることができる。そして、著効の患者数から無効の患者数を引いた値が正の数字のときは「著効」、負の数字のときは「無効」と判断できる。無効の患者数から著効の患者数を引いた場合は、正、負の値による判定結果は上記と逆になる。
　さらに、本発明は、有効患者数と無効患者数との差をより厳格に計算することも可能である。上記の例ではCNVがNの患者を考慮せずに差の計算を行ったが、CNVがNの患者を考慮して計算することもできる。但し、CNVがNの患者数は、遺伝子を判断基準に当てはめるための基準にならないため、バックグラウンドと考え、母集団から所定割合、例えば母集団又はサブ集団の患者数の50％以上、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上、又は全員（100％）の人数を差し引くことが好ましい。この場合、CNV=Nに属する患者数から差し引いた人数が負の数になるときは、CNV=Nの患者は0（ゼロ）として計算する。この値を補正値(「CNV=N補正値」)として、例えば以下の計算を行う。 
　CNVがL、Gをそれぞれ「CNV=L」、「CNV=G」とすると、著効率を以下の計算式で計算する。
(1) CNV=Lにおける著効率
[{CNV=Lの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } － {CNV=Lの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=G の人数)}]x100
(2) CNV=Gにおける著効率
[{CNV=Gの著効数/(著効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) } － {CNV=Gの無効数/(無効におけるCNV=Lの人数+CNV=N補正値+CNV=Gの人数) }]x100 
(3) 上記(1)と(2)で得られた値が、基準値（正の数）以上のときは、計算の対象となった遺伝子を著効のマーカー遺伝子として選択し、基準値（負の数）以下のときは、計算の対象となった遺伝子を無効のマーカー遺伝子として選択する。上記計算式によれば、得られた値が正の数のときは、対象となった遺伝子が著効を示す遺伝子、負の数のときは対象となった遺伝子が無効を示す遺伝子であると判断できる。
　例えば、上述のGEMIN4遺伝子に着目して上記条件で著効率を計算すると、著効率は、
式(1)：(0/12-8/9)x100=-88.9
式(2)：(12/12-1/9)x100=88.9
となる。なお、 CNV=2（CNV=N）はバックグラウンドと考え、母集団の80％に相当する人数部分（例えばCNV=1は24×0.8＝19名）を差し引いた。19名を引くことにより負の数字になったので、この場合は0とした。
　次に、選択の対象となる基準の絶対値を50とした場合、+50以上であれば著効を示す遺伝子、-50以下であれば無効を示す遺伝子であると判断できる。上記の例では著効率の選択基準を50（絶対値）としたが、本発明においては、10、20、30、40、50、60、70、80又は90のように、解析目的に応じて適宜設定することができる。
　従って、式(1)により得られた値は負の値であるため、GEMIN4遺伝子のCNVが1のときは減感作療法が無効を示す遺伝子として選択され、GEMIN4遺伝子のCNVが3のときは減感作療法が著効を示す遺伝子として選択されることとなる。
　さらに、本発明においては、著効又は有効を判断するための遺伝子を選択するために、多変量解析等の各種統計解析手法を用いることができる。多変量解析法としては、例えば重回帰分析、判別分析、主成分分析、因子分析等が挙げられる。詳細は後述の実施例2を参照のこと。
　ところで、本発明の方法では、予め規定された数の患者（１次母集団）から得られた上記遺伝子のCNVの測定結果を基本データとして、１次母集団以外の被検者においてもその各遺伝子のCNVとこの基本データとを比較して、減感作療法の有効性を判定することができる。
　また、一次母集団以外の被検者のデータを前記１次母集団の値に組み込んで発現レベルを再度データ処理し（平均値化等）、対象となる被検者（母集団）の例数を増やすこともできる。例数を増やすことにより、各遺伝子のCNVの精度を高め、これにより検出又は診断精度を高めることができる。
　実際の臨床の場において、各患者又は健康診断の各被験者等から個別に採取したサンプルに対し、本発明の方法を用いて実際に治療を開始する前に当該患者又は被験者の減感作療法に対する著効性又は無効性を判断することができる。即ち、当該サンプルからゲノムDNAを採取して、減感作療法の著効性又は無効性と関連する遺伝子のコピー数を検査し、そのコピー数がL又はGである場合には、当該患者又は被験者が減感作療法に著効性又は無効性を示すかを、判断することができる。
　例えば、ある患者から採取したゲノムDNAに存在するNAV3遺伝子のCNVがLである場合には、当該患者は、減感作療法に対し著効性を示すことが期待される。
　また、ある患者から採取したゲノムにNAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2の遺伝子のうち、M個の遺伝子についてコピー数を検査し、検査した一部の遺伝子でコピー数がLであるが、残りの遺伝子についてはコピー数がN又はGである場合には、各遺伝子のコピー数がL、N、Gの場合をそれぞれ、＋1、0、-1点と定めて、各遺伝子ごとに点数を合計し、得られた合計値から、総合的に著効性又は無効性を判断することができる。この場合、合計値がMの50％以上、好ましくは、60％以上、70％以上、80％以上、90％以上又は100％の場合に、当該患者は 減感作療法に著効性を示すと判断することができる。
　あるいは、このような特定の遺伝子のコピー数又は複数の遺伝子のコピー数について定めた点数の合計値は、これを患者に提示し、そのコピー数又は合計値と減感作療法の著効性又は無効性との関連性を患者に説明することにより、患者自身が前記コピー数又は合計値を考慮して実際に減感作療法を行うべきか又は続けるべきかを決断するためのリスクファクターとして用いることができる。
　さらに、上記検出結果は、例えば即時型アレルギーの治療効果の確定診断を行う場合の主要資料又は補助資料とすることができる。即時型アレルギーが治療されたことの確定診断を行う場合には、上記検出結果に加えて、減感作療法後の理学所見の結果、血清学的検査の結果等から選択される少なくとも１つと組み合わせて、総合的に判断すればよい。
５．マイクロアレイ及びキット
　また、本発明のオリゴヌクレオチドの一端をガラス、シリコン、ゲルなどの支持体に固定することでマイクロアレイを作製することができる。オリゴヌクレオチドのアレイは、例えば、固相化学合成法と半導体産業において用いられているフォトリソグラフィー製造技術とを組み合わせた光照射化学合成法（Affymetrix社）により製造される。チップの化学反応部位の境界を明確するためにフォトリソグラフィーマスクを利用し、特定の化学合成工程を行うことによって、アレイの所定の位置にオリゴヌクレオチドプローブが貼り付けられた高密度アレイを構築することができる。
　また、本発明の別の態様では、本発明のオリゴヌクレオチド及び/又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイを含む、遺伝子のCNV多型検出用キットが提供される。このようなキットには、本発明のオリゴヌクレオチド又は該オリゴヌクレオチドを用いて作製したマイクロアレイ以外にも、検出反応用の溶液、コントロール用のオリゴヌクレオチド、検出反応に利用する容器、使用説明書などが含まれていてもよい。
　以下、実施例により本発明を更に具体的に説明するが、これらの実施例は、本発明の例示を目的とするものであり、本発明を限定するものではない。
＜方法＞
１．治療有効群と無効群との選別
まず、２年間にわたる花粉症治療薬（減感作療法用薬）の投与において、スギ花粉症に対する舌下減感作療法の治療効果に関する検討を行った。減感作療法用薬（標準化スギ花粉エキス〔鳥居薬品製〕）は表２に示す投与スケジュールで行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000004
   アレルギー症状に対して顕著な治療効果が認められた患者群（治療有効群）と治療効果が認められなかった群（症状が治療によって悪化又は変化がない群：治療無効群）とに分類を行った。その方法として、平成１８（2006）年８月における治療前の症状と平成１９（2007）年４月における治療中間期の症状、さらに平成２０年（2008）４月における治療後期における症状について、アレルギー日誌における鼻粘膜の症状を総括的にスコア化された臨床症状を指標として、花粉症治療の有効群と無効群の選別を行った。
２．血清採取
舌下減感作療法期間中、採血は図１のスケジュールにて８回（採血１～採血８）行った。１回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちに遠心分離操作を行い、血清を分離した。分離された血清は、1mlずつ分注し、使用時まで-80℃にて保存を行った。
３．DNAとRNA採取
　舌下減感作療法を施す前後のRNAサンプルは、上記の血清とは別に、図１における採血１（治療前）と採血７（治療後）より採取した。
　舌下減感作療法は、202名の患者に対し実薬投与を行っており、平成18（2006）年8月より2年間の実施を行った。実施は、日本国内の8か所の病院で行った。血液サンプルは図１に示す採血１～８のスケジュールで行い、DNAサンプルは、図１に示す採血２により抽出した。
  １回の採血量は一人当たり８mlであり、採血後直ちにフローサイトメトリー（ベクトン社製FACSaria）にて細胞分離操作を行い、CD4T細胞、樹状細胞などに分離した。分離された細胞は、それぞれ使用時まで細胞用凍結保存培地に懸濁後-80℃にて保存を行った。
　平成２０（2008）年６月に行われた治療効果判定に伴い、治療有効と無効に分類したサンプルより２５人ずつ選別し、通例に従いRNAを精製した。精製されたメッセンジャーRNA（mRNA）は直ちに遺伝子解析装置（アフィメトリックス社製DNAチップ）に供した。
　一方、DNAの採取は上記の通り試験期間を通じて１回行い、採血量は一人当たり８mlであった。採血後直ちに遠心分離操作を行い血液細胞を分離した。得られた血液細胞より通例に従ってDNAを採取した。精製分離されたDNAは遺伝子解析時まで-80℃にて保存を行った。
４．血清検査
上記にて得られた血清は、スギ花粉特異的IgE量（ＲＩＳＡ－すぎ）ならびに総IgE量（ＲＡＳＴ）を通例に従いELISA法にて測定した。また血液中の免疫に関与する50種類（表３）の液性因子を蛍光ビーズ測定法（Bio-Rad社製バイオプレックス）にて測定を行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000005
 ５．統合解析
　約200人による実薬投与規模で臨床研究を行った。治療期間は約２年間であり、最終的には約150名の患者で臨床症状などのデーターを得た。症状のスコア化（重症度値）を行い詳細に治療効果の分類を行った結果、５つの群に分類され、その中でも最も治療効果がよい群（治療著効群）と悪い群（治療無効群）とを抽出し、その中から上位２４名と下位２５名の生体材料を以下の研究解析に供することとした。
　以下、詳細に説明する。
　治療開始時より２年間の舌下減感作療法を施行し、２００８年（平成２０年）６月における臨床症状に関する問診を受けた患者１５４人を解析の対象にした。そこでこれまでの症状の評価に加え、QOLのデータ等を加味し調査した結果、図２に示す結果となった。
  図２において、上段左のグラフが示すように、症状の重症度値の平均を事前検診の結果と比較して年度ごとに症状が緩和されており、治療が成功したことを表している。この治療著効群においては、３８人を抽出した。一方、下段のグラフに示したように、事前検診のアレルギー症状の平均重症度値の推移が年次ごとに変化がないかむしろ上昇しているのが認められる。これは、２年間の舌下減感作療法が結果的に有効ではなかった患者群を示している。この治療無効群から３７人を抽出した。さらに抽出された患者群においてその治療効果が悪かった順に上から色別の百分位で図２の右パネルに示した。
　症状は、最高（症状が重症）が重症度値５で赤く示しており、最低（症状が軽症）が１で緑で示している。最高と最低の重症度値の間は赤から緑への濃度勾配によって示している。治療効果別に抽出された患者は、著効群においては上から下にかけて効果が高い順に並んでおり、治療無効群においては上から治療効果が悪かった順に並んでいる。そこで、著効群の上位24名、治療無効群の上位25名を今後の解析へ供した。
＜解析項目と統合解析方法＞
（１）臨床症状解析
　重症度の指標として、減感作療法開始時（2006年時）の重症度値を、１(軽い)～５(重い)の５段階とし、用いた。軽症化の指標として、減感作療法２年経過時（2008年時）の効果判定において、無症状化した場合あるいは重症度値の２段階の改善をグレード１（治療著効群）、重症度値の１段階の改善をグレード2、変化なしあるいは悪化をグレード3（治療無効群）とした。
（２）血清検査 
　前記の免疫液性因子50項目（表３）に加えて、抗原特異的IgEと総IgEの値を追加した。
（３）mRNA解析
　採血ポイント１及び７の重症度評価時及び軽症化評価時の採血サンプルから、FACSにより分画したCD4+ T Cell由来のmRNAを用い、Affymetrix社　GeneChip(R) Human Gene 1.9 ST arrayにて検出を行い、プリプロセスとしてaroma.affymetrixパーケージ[Rプログラム]によるRMAアルゴリズム(１)を用いたmRNA発現値の正規化を行い、補正遺伝子mRNA値とした。
（４）CNV解析
　Agilent Sure Print３G CNV microarray kitを用い、以下の方法により各患者群　計49名（治療著効群24名、治療無効群25名）のCNVコピー数を検出した。
　末梢血由来血液サンプルより抽出したゲノムDNAを由来としたゲノムDNAについて、プリプロセスとしてHapMap日本人サンプルNA19000リファレンスDNAとの競合ハイブリダイゼーションにより得られたLog２値についてNormtools(２)による集団データによる正規化を行い、この補正Log２値を用いてCBSアルゴリズム[Rプログラム]によるCopy Number Aberration(CNA)としてセグメント判定を行いCNVデータとした。このCNVデータをもとに、CNVデータ値の中央値population+/-２SDpopulation*中央値indivisualを閾値(Copy number=２)とした遺伝子単位のCNVコピー数を判定した。
（５）解析モデルと統合解析
1)　2006年 花粉症の重症度 ～ CNV:mRNA(治療前採血ポイント1)
2)　2008年 効果評価(軽症化) ～CNV:mRNA(治療後採血ポイント7)
解析モデルは、1)については2006年の臨床研究開始前の個人の花粉症の症状を反映した内容として重症度との関係、2)については2008年の臨床研究による減感作療法の効果判定を反映した内容として軽症化との関係について解析を行った。
　mRNAデータ及びCNVデータより遺伝子シンボルで絡み付けた18,945遺伝子について、上記解析モデル1)及び2)の血清検査項、mRNA値、CNV値の３つのパラメータを説明変数とし、2006年 花粉症の重症度値および2008年春 スギ花粉エキス治験の効果判定値を従属変数とした線形モデル回帰分析を行った。
　解析モデル1)及び2)として約363万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデル1)及び2)について、解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
　すなわち、R-2.9プログラムを用い、解析モデル１）の１～５段階、及び解析モデル２）の１から３段階のグレードに対して、(a) mRNAの遺伝子Log2強度値、(b) 遺伝子上のCNVセグメント相対的Log2Ratio値、及び(c) mRNA採取採血ポイントの前後に設定した血清検査項、の３つのパラメータ項の交互作用項(Interaction Terms)として、非相加的な関連性として任意の項が他の項の大きさに比例して修飾される組み合わせについて、寄与度としてR2値およびP値の算出を行った。なお、血清検査項は解析モデル１）については採血１、２とし、解析モデル２）については採血５、６の値を対応させた。
統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、各解析モデルにおいて、R２>0.2、P値<0.05の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、解析モデル１）については７９の組み合わせが得られ、解析モデル２）については396の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、上記(4)CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
　この結果、解析モデル１）では20の組み合わせが、解析モデル２）では227の組み合わせが得られ、遺伝子としては解析モデル１）においては１２遺伝子、解析モデル２）においては８６遺伝子が得られた。これらの遺伝子において、３段階目のフィルタリングとして、解析モデル２）と血清検査項とを用いて一般線形回帰モデル解析を行い、このモデル解析において有意な血清検査項 (P値<0.05)を抽出した。その結果、３７の組み合わせによる２２遺伝子が得られた。
＜CNVの解析と統合解析結果＞
上記結果から、解析モデル１）についてはフィルタリングの２段階までによる１２遺伝子（表４）、解析モデル２）についてはフィルタリングの３段階までによる２２遺伝子が得られ（表５）、解析モデル１）および解析モデル２）で計３４遺伝子となった（表６）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000006
  
　解析モデル1）の中で例えば、GJC3遺伝子CNVコピー数は臨床症状との強い相関が認められた。特にコピー数（CN; copy number）が３の場合（図３の「G」のバー）は全て治療著効群であり、治療著効群全体の３割を占めている結果となった（図３）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000007
  
また、解析モデル2）の中では、例えば、METT10D遺伝子やCXCR7遺伝子のCNVコピー数は臨床症状との強い相関が認められた。特にコピー数が３の場合（図４～５の「G」のバー）は全て治療著効群であり、治療著効群全体の５割を占めている結果となった（図４～５）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000008
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000009
 さらに、各遺伝子において、治療が著効であった患者（24症例）及び無効であった患者（２５症例）のCNVコピー数に着目し、当該遺伝子のCNVコピー数１となった患者数とCNVコピー数３となった患者数を比較した。そして、当該遺伝子において著効群に多いCNVコピー数の方のスコアを＋１とし、無効群に多いCNVコピー数のスコアの方を－１とした。また、当該遺伝子において、CNVコピー数１とCNVコピー数３の患者数の差が１以下の場合はスコア０とした。
このスコアを各患者に適用した結果が表７である。そして、それぞれの患者におけるこのスコアを合計し、各患者におけるスコアの合計の分布を示したものが表８である。
[規則26に基づく補充 28.12.2010]　
Figure WO-DOC-TABLE-7
 
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000011
  
　対象とする遺伝子の選択は、CNVが1、3のそれぞれの多型において、著効群と無効群との人数の差が2以上の遺伝子とし、以下の基準で行った。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
　上記基準に該当する遺伝子を表９に示す。表９において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000012
  
　その結果、NAV3及びTYRP1については、コピー数が１のときは減感作療法が有効である傾向を認め、AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1 、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13及び ZNFX1については、コピー数が３のときに減感作療法が有効である傾向を認めた。
　これに対し、AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13及びZNFX1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、C12orf60、NAV3及びTYRP1については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
  より高確率で有効性の評価に寄与する遺伝子の探索
　本実施例では、有効性の判断をより高確率で行うために必要な遺伝子を探索することを目的として、重回帰分析を行った。
　ある変数ｙ (目的変数(criterion variable)又は従属変数(dependent variable)という）と、それに影響すると考えられる変数ｘ１、ｘ２、・・・ｘｐ (説明変数(explanatory variable)又は独立変数(independent variable)という）との間の関係式を求め、それに基づいてｘ１、ｘ２、・・・ｘｐの値からｙの値を予測したり、その際の各ｘの寄与の大きさを評価する分析を回帰分析(regression analysis)という。特に、説明変数が２つ以上の場合を重回帰分析(multiple regression anaysis)という。
　本実施例においては、上記３４遺伝子について、著効および無効を2項値の従属変数ｙとし、各遺伝子のコピー数について２コピー（CNV=2）を基本として増幅（CNV=3)を1、減少（CNV=1)を-1とした３項値の説明変数による一般線形モデルに基づく重回帰分析を行い、変数項減少法アルゴリズム(ステップ設定値10,000)によるAICモデルの選定を行った。なお、AICモデル（「赤池の情報量規準」（Akaike's Information Criterion）モデル）とは、モデル選択の立場から作成された国際的に使用頻度の高い統計指標であり、同一のデータセットに対して、複数のモデルを考え、AIC 最小のモデルを選択するというものである。
　重回帰分析は、ソフトウエアR-2.9プログラム（R Development Core Team）を用いて行った。
結果を表１０に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000013
  
　その結果、１８段階の段階的AIC最適モデル選択過程の後、AIC=97.94として１７遺伝子が認められた。このことから、著効/無効群判定においては上記１７遺伝子を用いるのが最適な解析モデルである事が分かった。回帰係数βは、コピー数と有効性との関係を示しており、解析モデルにおいてβが正(+)の値は、著効、無効群解析においてコピー数の増加(CN=3)が著効群と関係している傾向性を示し、βが負（－）の場合は、コピー数の減少が無効群と関係している傾向性を意味している。
　採血ポイント７の採血サンプルから、FACSにより分画した好塩基球由来のmRNAを用いてmRNA解析を行った。また、CNV解析は各患者群（治療著効群22名、治療無効群22名（計44名））について行った。解析モデルとして、「2008年 効果評価(軽症化) ～ CNV:mRNA(治療後採血ポイント7)」を用いた。上記の点以外は、実施例1と同様に解析を行った。
　即ち、mRNAデータ及びCNVデータより遺伝子シンボルで絡み付けた13,792個の遺伝子について、上記解析モデルの血清検査項、mRNA値及びCNV値の３つのパラメータを説明変数とし、2008年春 スギ花粉エキス治験の効果判定値を従属変数とした線形モデル回帰分析を行った。
解析モデルとして約149万解析についてP値および寄与度(補正R２値)を算出した。解析モデルの回帰直線への寄与度を基準としたフィルタリングによる選別を行った後、P値との関係についてボンフェローニ補正P値として評価を行った。
上記により得られた解析モデルについて、臨床血清マーカー値、mRNA値、CNV値と臨床表現型との関連として解析モデルと各説明変数について詳細に検討を行い、最終的な候補モデルとした。
　すなわち、R-2.9プログラムを用い、解析モデルの１から３段階のグレードに対して、(a) mRNAの遺伝子Log2強度値、(b) 遺伝子上のCNVセグメント相対的Log2Ratio値、及び(c) mRNA採取採血ポイントの前後に設定した血清検査項、の３つのパラメータ項の交互作用項(Interaction Terms)として、非相加的な関連性として任意の項が他の項の大きさに比例して修飾される組み合わせについて、寄与度としてR2値およびP値の算出を行った。なお、解析モデルには採血６の値を対応させた。
　統計値の算出の後、１段階目のフィルタリングとして、R２>0.25、P値<0.00000363の組み合わせについて候補となる組み合わせを抽出した。この結果、254個の組み合わせが得られた。これらの組み合わせについて、２段階目のフィルタリングとして得られた組み合わせとして遺伝子のCNVコピー数について、CNV解析で得たコピー数判定結果を改めて評価した。
　この結果、本解析モデルと血清検査項とを用いて一般線形回帰モデル解析を行い、このモデル解析において有意な血清検査項 (P値<0.05)を抽出した。その結果、254個の組み合わせによる２１遺伝子が得られた（表１１及び１２を参照）。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000014
  
　各遺伝子のCNVコピー数と臨床症状との相関性を図6～8に示す。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000015
  
　上記の遺伝子の他に、以下の遺伝子についても有意性が示唆された。従って、本実施例では、有意性の認められる上記21遺伝子と、有意性が示唆される以下の18遺伝子（表１３）とを合わせた39遺伝子について解析を行った。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000016
  
　実施例１と同様に、各遺伝子において、治療が著効であった患者（22症例）及び無効であった患者（22症例）のCNVコピー数に着目し、当該遺伝子のCNVコピー数１となった患者数とCNVコピー数３となった患者数を比較し、CNVコピー数のスコアリングを行った。このスコアを各患者に適用した結果を表１４に示す。また、それぞれの患者におけるこのスコアを合計し、各患者におけるスコアの合計の分布を示した結果を表１５に示す。
[規則26に基づく補充 28.12.2010]　　
Figure WO-DOC-TABLE-14
 
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000018
  
　対象とする遺伝子の選択は、CNVが1、3のそれぞれの多型において、著効群と無効群との人数の差が2以上の遺伝子とし、以下の基準で行った。
(a) CNVが1で著効
(b) CNVが3で著効
(c) CNVが1で無効
(d) CNVが3で無効
　上記基準に該当する遺伝子を表１６に示す。表１６において、上記基準に当てはまる遺伝子について、表の右側に○印を付した。
Figure JPOXMLDOC01-appb-T000019
  
　その結果、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3及びYEATS2については、コピー数が１のときは減感作療法が有効である傾向を認め、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1については、コピー数が３のときに減感作療法が有効である傾向を認めた。
　これに対し、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1については、コピー数が１のときは減感作療法が無効である傾向を認め、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及びTDRD3については、コピー数が３のときは減感作療法が無効である傾向を認めた。
  本発明は、即時型アレルギー患者の減感作療法が有効であるか否かを検査することができ、本発明の方法を、即時型アレルギーの治療又は治療薬の選定に利用することができる。

Claims (8)

  1. 被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を母集団における同遺伝子のコピー数多型のデータと比較することにより、減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
    ＜遺伝子群＞
    AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C12orf60、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NAV3、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、TYRP1、WFDC13、ZNFX1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、 TDRD3、YEATS2、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1
  2. 　コピー数多型の検出結果と減感作療法の有効性との関連づけは、下記の(a)～(d)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて行なうものである、請求項１に記載の方法。
    (a) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも小さいときは減感作療法が有効である。
    (b) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも大きいときは減感作療法が有効である。
    (c) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも小さいときは減感作療法が無効である。
    (d) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が、母集団における同遺伝子の最も高頻度なコピー数よりも大きいときは減感作療法が無効である。
  3. 被検者に対する即時型アレルギーの減感作療法の有効性の検出方法であって、前記被検者から採取された被検試料から、下記の遺伝子群から選ばれる少なくとも1つの遺伝子のコピー数多型を検出し、得られたコピー数多型の検出結果を、下記の(e)～(h)のいずれかの判断基準又はその組み合わせに基づいて減感作療法の有効性と関連づけることを特徴とする、前記方法。
    (e) NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、DCUN1D1、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MCCC1、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1、TDRD3及びYEATS2からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が有効である。
    (f) AGXT2L2、AZGP1、CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、ITCH、HTT、MARK2、METT10D、PAFAH2、PLEKHG4B、PPFIA1、SCARNA11、SDF2L1、SNORA44、ST6GALNAC1、SULF2、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が有効である。
    (g) AGXT2L2、 CAV3、CEP72、CUL4A、CXCR7、C16orf48、C19orf34、DNAJB8、FTH1、GEMIN4、GIGYF2、GJC3、HTT、ITCH、MARK2、METT10D、NOB1、PAFAH2、PLEKHG4B、SCARNA11、SDF2L1、SMPD3、SNORA44、SRP14、ST6GALNAC1、SULF2、TMED6、WFDC13、ZNFX1、CCDC127、C14orf180、SIVA1、TNFRSF14、AHNAK2、C14orf79、LOC25845、PLD4、GPR132、LOC389257、BRF1及びADSSL1からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が１のときは減感作療法が無効である。
    (h) C12orf60、NAV3、TYRP1、NCAM2、PCDH17、CHODL、BTG3、DIAPH3、GBA3、IFRD1、KCNT2、THOC7、TMEM168、BST1、C7orf53、CD38、FGFBP1、FOXP2、GLRB、GTF2B、HSP90AB2P、MDFIC、ODF2L、PDGFC、SEP15、SH3GLB1及び TDRD3からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子のコピー数が３のときは減感作療法が無効である。
  4. 減感作療法が舌下減感作療法である請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
  5. 即時型アレルギーが、花粉症、蕁麻疹、食物アレルギー、ダニアレルギー、アレルギー性鼻炎、気管支喘息及びアトピー性皮膚炎からなる群から選ばれる少なくとも１つである請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
  6. 　被検試料が血液又は免疫細胞である、請求項１～５のいずれか1項に記載の方法。
  7. 　被検試料が、CD4T細胞、樹状細胞又は好塩基球である、請求項１～５のいずれか1項に記載の方法。
  8. 　被検試料が、請求項６又は７に記載の細胞から抽出されたmRNAである、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
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