JPWO2010001923A1 - 結核菌におけるイソニアジド感受性を検出するための方法および試験片 - Google Patents
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Abstract
Description
検体中の結核菌のfurA遺伝子を取得する工程、および
該取得したfurA遺伝子について、イソニアジド耐性に関与する変異を検出する工程
を含む。
該少なくとも1つのプローブが、結核菌のfurA遺伝子の変異を有する塩基配列の領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなるか、あるいは該結核菌のfurA遺伝子の変異を有する塩基配列の領域において、該変異を有する塩基配列の領域とはハイブリダイズし得ないが、該領域に対応する野生型塩基配列からなる領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなる。
検体中の結核菌のfurA遺伝子を取得する工程、
該取得したfurA遺伝子を上記のいずれかの試験片と接触させて、該試験片に固定されたプローブに結合させる工程、および
該プローブに結合したfurA遺伝子を発色させる工程
を含む。
上記検体中の結核菌のfabG1遺伝子を取得する工程、
該取得したfabG1遺伝子を上記のいずれかの試験片と接触させて、該試験片に固定されたプローブに結合させる工程、および
該プローブに結合したfabG1遺伝子を発色させる工程
をさらに含む。
本発明において、結核菌(Mycobacterium tuberculosis)のイソニアジド(INH)感受性遺伝子とは、結核治療用薬剤イソニアジド(INH)の作用に関連する遺伝子をいう。INH耐性菌では、この野生型のINH感受性遺伝子に変異が生じ、INHの作用に対する薬剤耐性が獲得されている。具体的には、変異を持つINH感受性遺伝子から発現した酵素では、構成するアミノ酸配列において置換、挿入および/または欠落が生じているため、酵素活性の低下や薬剤結合部位の構造変化が生じ、INHの効果が抑制される。
本発明の結核菌におけるイソニアジド感受性を検出するために用いられるプローブとしては、結核菌のfurA遺伝子の変異を有する領域と結合(ハイブリダイズ)し得るオリゴヌクレオチドプローブ(以下、「furA変異プローブ」という場合がある)、ならびにこのfurA遺伝子の変異を有する領域において、変異を有する塩基配列の領域とはハイブリダイズし得ないが、該領域に対応する野生型塩基配列からなる領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドプローブ(以下、「furA野生型プローブ」という場合がある)が挙げられる。
本発明の、結核菌におけるイソニアジド感受性を検出するための試験片には、少なくとも1つのプローブが固定されている。固定されている少なくとも1つのプローブは、上記furA変異プローブまたはfurA野生型プローブである。furA変異プローブおよびfurA野生型プローブが、試験片のそれぞれ異なる位置に固定されることが好ましい。furA遺伝子が変異を有する場合、furA遺伝子はfurA変異プローブと結合するが、furA野生型プローブとは結合しない。一方、変異がない場合には、furA野生型プローブと結合する。したがって、INH感受性の場合はfurA野生型プローブにのみ結合し、INH耐性の場合は、furA野生型プローブには結合せずにfurA変異型プローブに結合する。
1.検体
本発明において、「検体」は、通常、結核菌検査に必要な検体であればよい。例えば、喀痰、咽頭ぬぐい液、胃液、気管支肺胞洗浄液、気管内吸引物、喉からの拭取物および/または組織生検物などの体液、ならびにこれらから培養して得られた培養物が挙げられる。
上記検体からのDNAの抽出は、公知の方法で行うことができる。例えば、フェノール抽出法、グアニジンチオシナネート抽出法、バナジルリボヌクレオシド複合抽出法などが挙げられる。
得られたDNAから目的の遺伝子を取得する。PCR法で目的の遺伝子を増幅する場合、例えば、以下の工程で行われる:(1)2本鎖ゲノムDNAを約92〜95℃、約30秒〜1分間の反応条件で熱処理することにより1本鎖にする変性工程;(2)該1本鎖DNAのそれぞれに約50〜65℃を約20秒〜1分間の反応条件で、少なくとも2種類の増幅プライマーを結合させることによりPCRの反応開始点となる2本鎖部分を作製するアニール工程;(3)約70〜75℃を約20秒〜5分間の反応条件でDNAポリメラーゼを用いて反応させる鎖伸張工程;ならびに(1)〜(3)の工程を通常の方法により20〜40回繰り返す工程。
本発明において、結核菌のINH感受性は、PCR−SSOP法によって検出することができる。より簡便には、固定されたプローブの位置と、PCR−SSOP法において検出されたスポットの位置とを比較することにより検出することもできる。例えば、上記のプローブが固定された試験片を使用する場合、PCR−SSOP法におけるハイブリダイズは、非特異的な結合反応が起きにくい点で、約60〜65℃の温度で行うことが好ましい。検出されたスポットの位置が、furA野生型プローブの位置であれば、結核菌は変異を有さない、すなわちINH感受性であり、一方、検出されたスポットの位置がfurA変異プローブの位置であれば、結核菌はINH耐性であると判断することができる。また、検出されたスポットの位置がfabG1野生型プローブの位置であれば、結核菌はINH感受性であると判断され、一方、検出されたスポットの位置がfabG1変異プローブの位置であれば、結核菌はINH耐性であると判断できる。
本発明の検出用キットは、上記の試験片を含む。好適には、結核菌のイソニアジド感受性を検出するために適切な任意の試薬類を含み得る。例えば、上記のDNAの抽出のための試薬、遺伝子増幅用試薬、プローブへの遺伝子の結合を検出するための試薬などが挙げられる。具体的なキットとして、上記のPCR−SSOP法を実施するためのキットを例示する。
本実施例では、INH含有溶液(MGIT 960:日本ベクトン・ディッキンソン株式会社製)またはINH含有寒天培地(小川培地、7H10)における発育の確認によりINH耐性結核菌と判定された92検体を入手し、これらの92検体からフェノール抽出法によりゲノムDNAを抽出し精製した。
以下に示すプライマー対を用いてfurA遺伝子を増幅した。PCRの反応条件は、変性過程を94℃、30秒、アニール過程を55℃、20秒、鎖伸長過程を72℃、20秒とし、この工程を30サイクルにより、増幅を行った。
furAプライマー1 gccatcccac gatccagcgg (配列番号6)
furAプライマー2 gtcgggcagc gcaaaacgca c (配列番号7)
以下に示すプライマー対を用いてfabG1遺伝子を増幅した。PCRの反応条件は、変性過程を94℃、30秒、アニール過程を55℃、20秒、鎖伸長過程を72℃、20秒とし、この工程を30サイクルにより、増幅を行った。
fabG1プライマー1 ggctacatcg acaccgatat gacc (配列番号13)
fabG1プライマー2 gcgtccttgt gttgtgtcag tgg (配列番号14)
上記92検体について、既知の変異を有するkatG遺伝子およびinhA遺伝子をそれぞれ増幅して、既知の変異の有無を検出した。
1.プローブの設計
結核菌のINH感受性を検出し得るプローブとして、以下の2つのプローブ(プローブ1および2:それぞれfurA野生型プローブおよびfabG1野生型プローブ)を設計した。これらはいずれも、変異がある場合には結合せず、野生型の遺伝子とのみ結合(ハイブリダイズ)する野生型プローブである。
プローブ2 ggggcgctgc aatttatccc (配列番号10)
上記プローブ1および2(それぞれ配列番号3および10)のそれぞれの5’末端にターミナルトランスフェラーゼ(Promega社)を用いて、ポリチミンの付加を行った。具体的には、ターミナルトランスフェラーゼ(30unit/μL)を0.4μL、チミジン三リン酸(10pmol/μL)を2μL、オリゴヌクレオチドプローブ(50mM)を2μL、製品添付の反応緩衝液を2μL、および精製水3.6μLを混合して反応溶液を調製し、37℃で4時間反応させた後、10×SSC緩衝液90μLを加えることにより、ポリチミン付加されたオリゴヌクレオチドプローブ1pmol/μLを得た。
Claims (11)
- 結核菌におけるイソニアジド感受性を検出する方法であって、
検体中の結核菌のfurA遺伝子を取得する工程、および
該取得したfurA遺伝子について、イソニアジド耐性に関与する変異を検出する工程
を含む、方法。 - 前記変異が、配列表の配列番号1に記載の塩基配列の41位の塩基CからTへの変異、またはその相補配列の変異である、請求項1に記載の方法。
- 結核菌におけるイソニアジド感受性を検出するための試験片であって、
少なくとも1つのプローブが固定されており、
該少なくとも1つのプローブが、結核菌のfurA遺伝子の変異を有する塩基配列の領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなるか、あるいは該結核菌のfurA遺伝子の変異を有する塩基配列の領域において、該変異を有する塩基配列の領域とはハイブリダイズし得ないが、該領域に対応する野生型塩基配列からなる領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなる、
試験片。 - 前記furA遺伝子の変異が、配列表の配列番号1に記載の塩基配列の41位の塩基CからTへの変異、またはその相補配列の変異である、請求項3に記載の試験片。
- 前記野生型塩基配列の領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドが、配列表の配列番号3に記載の塩基配列またはその相補配列からなる、請求項4に記載の試験片。
- さらに、結核菌のfabG1遺伝子の変異を有する塩基配列の領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなるか、あるいは該結核菌のfabG1遺伝子の変異を有する塩基配列の領域において、該変異を有する塩基配列の領域とはハイブリダイズし得ないが、該fabG1遺伝子の領域に対応する野生型塩基配列からなる領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドからなるプローブが固定されている、請求項3から5のいずれかの項に記載の試験片。
- 前記fabG1遺伝子の変異が、配列表の配列番号8に記載の塩基配列の609位の塩基GからAまたはTへの変異、またはその相補配列の変異である、請求項6に記載の試験片。
- 前記fabG1遺伝子の野生型塩基配列の領域とハイブリダイズし得るオリゴヌクレオチドが、配列表の配列番号10に記載の塩基配列またはその相補配列からなる、請求項7に記載の試験片。
- 請求項3から8のいずれかの項に記載の試験片を含む、結核菌におけるイソニアジド感受性の検出用キット。
- 結核菌におけるイソニアジド感受性を検出する方法であって、
検体中の結核菌のfurA遺伝子を取得する工程、
該取得したfurA遺伝子を請求項3から8のいずれかの項に記載の試験片と接触させて、該試験片に固定されたプローブに結合させる工程、および
該プローブに結合したfurA遺伝子を発色させる工程
を含む、方法。 - 請求項10に記載の方法であって、
前記検体中の結核菌のfabG1遺伝子を取得する工程、
該取得したfabG1遺伝子を請求項6から8のいずれかの項に記載の試験片と接触させて、該試験片に固定されたプローブに結合させる工程、および
該プローブに結合したfabG1遺伝子を発色させる工程
をさらに含む、方法。
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