JPWO2008066165A1 - Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 - Google Patents
Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2008066165A1 JPWO2008066165A1 JP2008517259A JP2008517259A JPWO2008066165A1 JP WO2008066165 A1 JPWO2008066165 A1 JP WO2008066165A1 JP 2008517259 A JP2008517259 A JP 2008517259A JP 2008517259 A JP2008517259 A JP 2008517259A JP WO2008066165 A1 JPWO2008066165 A1 JP WO2008066165A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- sult1a1
- base
- probe
- primer set
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 101150074490 SULT1A1 gene Proteins 0.000 title claims abstract description 88
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 title claims abstract description 40
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 title claims description 21
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 95
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 49
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 203
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 91
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 75
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 75
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 53
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 42
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 40
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 40
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 39
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 24
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 23
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims description 21
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 18
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 16
- 238000002844 melting Methods 0.000 claims description 13
- 230000008018 melting Effects 0.000 claims description 13
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 11
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 10
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 10
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 10
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 claims description 7
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 claims description 7
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 5
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 claims description 3
- 101000826399 Homo sapiens Sulfotransferase 1A1 Proteins 0.000 abstract description 86
- 102100023986 Sulfotransferase 1A1 Human genes 0.000 abstract description 86
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 abstract description 18
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 60
- 239000000047 product Substances 0.000 description 39
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 37
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 30
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 22
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 14
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 13
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 12
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 12
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 11
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 11
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 10
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 10
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 9
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 9
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 8
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 8
- 230000000171 quenching effect Effects 0.000 description 8
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 7
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 7
- ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N tetramethylrhodamine Chemical compound C=12C=CC(N(C)C)=CC2=[O+]C2=CC(N(C)C)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C([O-])=O ABZLKHKQJHEPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 108010088751 Albumins Proteins 0.000 description 6
- 102000009027 Albumins Human genes 0.000 description 6
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 6
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 6
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 5
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 5
- 108010044467 Isoenzymes Proteins 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 4
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 4
- 208000022602 disease susceptibility Diseases 0.000 description 4
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 4
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 4
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 4
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 4
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 4
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091081021 Sense strand Proteins 0.000 description 3
- 241000589500 Thermus aquaticus Species 0.000 description 3
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 3
- 210000002200 mouth mucosa Anatomy 0.000 description 3
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 3
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 3
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- VVJKKWFAADXIJK-UHFFFAOYSA-N Allylamine Chemical compound NCC=C VVJKKWFAADXIJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 2
- 241000972773 Aulopiformes Species 0.000 description 2
- 108091003079 Bovine Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N Heparin Chemical compound OC1C(NC(=O)C)C(O)OC(COS(O)(=O)=O)C1OC1C(OS(O)(=O)=O)C(O)C(OC2C(C(OS(O)(=O)=O)C(OC3C(C(O)C(O)C(O3)C(O)=O)OS(O)(=O)=O)C(CO)O2)NS(O)(=O)=O)C(C(O)=O)O1 HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M Ilexoside XXIX Chemical compound C[C@@H]1CC[C@@]2(CC[C@@]3(C(=CC[C@H]4[C@]3(CC[C@@H]5[C@@]4(CC[C@@H](C5(C)C)OS(=O)(=O)[O-])C)C)[C@@H]2[C@]1(C)O)C)C(=O)O[C@H]6[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O6)CO)O)O)O.[Na+] DGAQECJNVWCQMB-PUAWFVPOSA-M 0.000 description 2
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- SEQKRHFRPICQDD-UHFFFAOYSA-N N-tris(hydroxymethyl)methylglycine Chemical compound OCC(CO)(CO)[NH2+]CC([O-])=O SEQKRHFRPICQDD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000205156 Pyrococcus furiosus Species 0.000 description 2
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 description 2
- 102000007562 Serum Albumin Human genes 0.000 description 2
- 108090001033 Sulfotransferases Proteins 0.000 description 2
- 102000004896 Sulfotransferases Human genes 0.000 description 2
- 241000589499 Thermus thermophilus Species 0.000 description 2
- 238000011481 absorbance measurement Methods 0.000 description 2
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940098773 bovine serum albumin Drugs 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 239000012295 chemical reaction liquid Substances 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 2
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 2
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 2
- 229960002897 heparin Drugs 0.000 description 2
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 2
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 2
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 2
- 239000003068 molecular probe Substances 0.000 description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 2
- -1 nucleoside triphosphate Chemical class 0.000 description 2
- VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N pacific blue Chemical compound FC1=C(O)C(F)=C2OC(=O)C(C(=O)O)=CC2=C1 VYNDHICBIRRPFP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 235000019515 salmon Nutrition 0.000 description 2
- 229910052708 sodium Inorganic materials 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 2
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 2
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 2
- JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid Chemical compound OCC[NH+]1CCN(CCS([O-])(=O)=O)CC1 JKMHFZQWWAIEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BTJIUGUIPKRLHP-UHFFFAOYSA-N 4-nitrophenol Chemical compound OC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 BTJIUGUIPKRLHP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000702760 Arabidopsis thaliana Cytosolic sulfotransferase 12 Proteins 0.000 description 1
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N Betaine Natural products C[N+](C)(C)CC([O-])=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000008001 CAPS buffer Substances 0.000 description 1
- 206010009944 Colon cancer Diseases 0.000 description 1
- 102000002004 Cytochrome P-450 Enzyme System Human genes 0.000 description 1
- 108010015742 Cytochrome P-450 Enzyme System Proteins 0.000 description 1
- 239000007995 HEPES buffer Substances 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 101000826397 Homo sapiens Sulfotransferase 1A2 Proteins 0.000 description 1
- 108091006905 Human Serum Albumin Proteins 0.000 description 1
- 102000008100 Human Serum Albumin Human genes 0.000 description 1
- WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N Lithium Chemical compound [Li] WHXSMMKQMYFTQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007987 MES buffer Substances 0.000 description 1
- 239000007993 MOPS buffer Substances 0.000 description 1
- 208000019695 Migraine disease Diseases 0.000 description 1
- KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O N,N,N-trimethylglycinium Chemical compound C[N+](C)(C)CC(O)=O KWIUHFFTVRNATP-UHFFFAOYSA-O 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 238000009004 PCR Kit Methods 0.000 description 1
- 108010002747 Pfu DNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M Potassium chloride Chemical compound [Cl-].[K+] WCUXLLCKKVVCTQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 description 1
- 101150010569 SULT1A4 gene Proteins 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L Sulfate Chemical compound [O-]S([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 102100023984 Sulfotransferase 1A2 Human genes 0.000 description 1
- 102100023983 Sulfotransferase 1A3 Human genes 0.000 description 1
- UZMAPBJVXOGOFT-UHFFFAOYSA-N Syringetin Natural products COC1=C(O)C(OC)=CC(C2=C(C(=O)C3=C(O)C=C(O)C=C3O2)O)=C1 UZMAPBJVXOGOFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 241000205180 Thermococcus litoralis Species 0.000 description 1
- 239000007997 Tricine buffer Substances 0.000 description 1
- 208000034953 Twin anemia-polycythemia sequence Diseases 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 1
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000004381 amniotic fluid Anatomy 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 229960003237 betaine Drugs 0.000 description 1
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 1
- 230000000711 cancerogenic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000315 carcinogenic Toxicity 0.000 description 1
- 208000029742 colonic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- KCFYHBSOLOXZIF-UHFFFAOYSA-N dihydrochrysin Natural products COC1=C(O)C(OC)=CC(C2OC3=CC(O)=CC(O)=C3C(=O)C2)=C1 KCFYHBSOLOXZIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000032050 esterification Effects 0.000 description 1
- 238000005886 esterification reaction Methods 0.000 description 1
- DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N ethyl mercaptane Natural products CCS DNJIEGIFACGWOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007429 general method Methods 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004209 hair Anatomy 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 1
- 239000012535 impurity Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 229910052744 lithium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000011880 melting curve analysis Methods 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002207 metabolite Substances 0.000 description 1
- 206010027599 migraine Diseases 0.000 description 1
- 108010083982 monoamine-sulfating phenol sulfotransferase Proteins 0.000 description 1
- 210000000282 nail Anatomy 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N phenol group Chemical group C1(=CC=CC=C1)O ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 1
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 210000001082 somatic cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 description 1
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 1
- DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N β‐Mercaptoethanol Chemical compound OCCS DGVVWUTYPXICAM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/75—Systems in which material is subjected to a chemical reaction, the progress or the result of the reaction being investigated
- G01N21/77—Systems in which material is subjected to a chemical reaction, the progress or the result of the reaction being investigated by observing the effect on a chemical indicator
- G01N21/78—Systems in which material is subjected to a chemical reaction, the progress or the result of the reaction being investigated by observing the effect on a chemical indicator producing a change of colour
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Plasma & Fusion (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
遺伝子増幅法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子におけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出目的部位を含む領域を増幅するためのプライマーセットであって、前記領域を特異的に増幅することができるプライマーセットを提供する。配列番号７の塩基配列からなるフォワードプライマーと、配列番号１８の塩基配列からなるリバースプライマーとを含む１対のプライマーセットを使用する。このプライマーセットを使用することにより、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の２種類の多型（ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３）を生じる部位を両方含んでいる領域を、特異的且つ高効率で増幅することができる。
Description
本発明は、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するためのプライマーセット、それを含むＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途に関する。
ヒト組織硫酸転移酵素（スルフォトランスフェラーゼ；ＳＵＬＴ）は、肝チトクロムＰ４５０等によって水素基が導入された脂溶性基質の代謝物を、さらにＯ-硫酸エステル化することによって、水溶性を向上させて排泄するという機能を担っている。ＳＵＬＴは、スーパーファミリーに分類される酵素群であって、ＳＵＬＴ１やＳＵＬＴ２等の遺伝子ファミリーが存在する。ＳＵＬＴ１ファミリーに属するフェノール性基質の硫酸抱合反応を触媒する酵素（ＰＳＵＬＴ）は、遺伝子多型に基づいて活性に違いが生じることが報告されている。そして、このＰＳＵＬＴ分子種は、がん原性アリルアミンの代謝活性化反応を触媒することからも、遺伝子多型の解析は、疾病感受性の点から非常に重要視されている。具体的に、ＰＳＵＬＴの中でも、ヒトの肝臓や血小板等の組織においてｐ-ニトロフェノールを代表的な基質とする分子種（ＳＴ１Ａ３）は、それをコードするＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の多型に基づいて活性に違いが生じており、活性の形質が、結腸癌や偏頭痛易罹患性等と関連することが知られている。このＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子多型の中でも、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３は、以上のような疾病感受性との関連性が顕著であることから、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子について多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３を調べることは、患者の疾病感受性を予測し、それを予防・治療する上で極めて重要である。なお、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２は、アミノ酸２１３位のアルギニン（Ａｒｇ）がヒスチジン（Ｈｉｓ）に変化した変異であり、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３は、アミノ酸２２３位におけるメチオニン（Ｍｅｔ）がバリン（Ｖａｌ）に変化した変異である。
他方、あらゆる疾患の原因や、個体間の疾患易罹患性（疾患のかかり易さ）、個体間における薬効の違い等を遺伝子レベルで解析する方法として、点突然変異、いわゆる一塩基多型（ＳＮＰ）の検出が広く行われている。点突然変異の一般的な検出方法としては、（１）試料の標的ＤＮＡについて、検出対象配列に相当する領域をＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ ｃｈａｉｎ ｒｅａｃｔｉｏｎ）により増幅させ、その全遺伝子配列を解析するＤｉｒｅｃｔ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法、（２）試料の標的ＤＮＡについて、検出対象配列に相当する領域をＰＣＲにより増幅させ、前記検出対象配列における目的の変異の有無により切断作用が異なる制限酵素によってその増幅産物を切断し、電気泳動することでタイピングを行うＲＦＬＰ解析、（３）３’末端領域に目的の変異が位置するプライマーを用いてＰＣＲを行い、増幅の有無によって変異を判断するＡＳＰ−ＰＣＲ法等があげられる。
しかしなら、これらの方法は、例えば、試料から抽出したＤＮＡの精製、電気泳動、制限酵素処理等が必須であるため、手間やコストがかかってしまう。また、ＰＣＲを行った後、反応容器を一旦開封する必要があるため、前記増幅産物が次の反応系に混入し、解析精度が低下するおそれがある。さらに、自動化が困難であるため、大量のサンプルを解析することができない。また、前記（３）のＡＳＰ−ＰＣＲ法については、特異性が低いという問題もある。
このような問題から、近年、点突然変異の検出方法として、標的核酸とプローブとから形成される二本鎖核酸の融解温度（Ｔｍ：ｍｅｌｔｉｎｇ ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ）を解析する方法が実用化されている。このような方法は、例えば、Ｔｍ解析、または、前記二本鎖の融解曲線の解析により行われることから、融解曲線解析と呼ばれている。これは、以下のような方法である。すなわち、まず、検出目的の点突然変異を含む検出対象配列に相補的なプローブを用いて、検出試料の標的一本鎖ＤＮＡと前記プローブとのハイブリッド（二本鎖ＤＮＡ）を形成させる。続いて、このハイブリッド形成体に加熱処理を施し、温度上昇に伴うハイブリッドの解離（融解）を、吸光度等のシグナルの変動によって検出する。そして、この検出結果に基づいてＴｍ値を決定することにより、点突然変異の有無を判断する方法である。Ｔｍ値は、ハイブリッド形成体の相同性が高い程高く、相同性が低い程低くなる。このため、点突然変異を含む検出対象配列とそれに相補的なプローブとのハイブリッド形成体について予めＴｍ値（評価基準値）を求めておき、検出試料の標的一本鎖ＤＮＡと前記プローブとのＴｍ値（測定値）を測定する。前記測定値が評価基準値と同じであれば、マッチ、すなわち標的ＤＮＡに点突然変異が存在すると判断でき、測定値が評価基準値より低ければ、ミスマッチ、すなわち標的ＤＮＡに点突然変異が存在しないと判断できる。そして、この方法によれば、遺伝子解析の自動化も可能である。
しかしながら、このようなＴｍ解析を利用した検出方法についても、ＰＣＲにおいて、検出目的部位を含む領域を特異的且つ効率的に増幅できなければならないという問題がある。特に、ＳＵＬＴには多くのアイソザイムが存在し、それらをコードする配列も極めて類似しているため、ＰＣＲにおいて、ＳＵＬＴ１Ａ１以外のアイソザイムのコード遺伝子までもが増幅されるおそれがある。また、このように他のアイソザイムのコード遺伝子までも増幅された場合、例えば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の特定の多型（ＳＵＬＴ１Ａ１＊２またはＳＵＬＴ１Ａ１＊３）の解析（非特許文献１、非特許文献２）において、解析結果の信頼性を低下させる原因にもなる。そして、このように、１つのサンプルを解析するにも多大な労力を伴うため、大量のサンプルを解析することは実用的ではないという問題もある。
ＰＭＩＤ：９８５４０２３ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ． １９９９ Ｊａｎ １；３３７ （Ｐｔ １）：４５−９． ＰＭＩＤ：９５６６７４８ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ Ｉｎｔｅｒａｃｔ． １９９８ Ｆｅｂ ２０；１０９（１−３）：２３７−４８．
ＰＭＩＤ：９８５４０２３ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ． １９９９ Ｊａｎ １；３３７ （Ｐｔ １）：４５−９． ＰＭＩＤ：９５６６７４８ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ Ｉｎｔｅｒａｃｔ． １９９８ Ｆｅｂ ２０；１０９（１−３）：２３７−４８．
そこで、本発明は、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の目的領域を特異的に効率良く増幅することができるプライマーセットの提供を目的とする。
前記目的を達成するために、本発明のプライマーセットは、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するためのプライマーセットであって、下記プライマーセット（１）を含むことを特徴とする。
プライマーセット（１）
下記（Ｆ１）のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記（Ｒ１）のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
（Ｆ１）配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基（Ｃ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
（Ｒ１）配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）に相補的なグアニン塩基（Ｇ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）に相補的なチミン塩基（Ｔ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プライマーセット（１）
下記（Ｆ１）のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記（Ｒ１）のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
（Ｆ１）配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基（Ｃ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
（Ｒ１）配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）に相補的なグアニン塩基（Ｇ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）に相補的なチミン塩基（Ｔ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
また、本発明の遺伝子増幅用試薬は、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するための試薬であって、前記本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とする。
本発明の増幅産物の製造方法は、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、下記（Ｉ）工程を含むことを特徴とする。
（Ｉ）試料中の核酸を鋳型として、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅を行う工程
（Ｉ）試料中の核酸を鋳型として、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅を行う工程
本発明の多型解析方法は、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位の多型を解析する方法であって、下記（ｉ）〜（iv）工程を含むことを特徴とする多型解析方法。
（ｉ）本発明の増幅産物の製造方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
（ii）前記（ｉ）工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
（iii）前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
（iv）温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
（ｉ）本発明の増幅産物の製造方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
（ii）前記（ｉ）工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
（iii）前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
（iv）温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
本発明のプライマーセットによれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出目的の多型（ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３）が発生する部位を両方含んでいる領域を、反応液中で特異的且つ高効率で増幅することができる。このため、前述のような従来法とは異なり、手間やコストを低減することが可能となる。また、このようにＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象部位を両方含んでいる領域を増幅できることから、例えば、さらに、少なくとも一方の前記検出対象部位を含む検出対象配列に相補的なプローブを使用することで、前記反応液を用いてそのままＴｍ解析を行い、前記多型をそれぞれタイピングすることが可能となる。また、１つの反応液で、２つの検出対象部位を含む目的領域の増幅ならびに多型のタイピングが可能であることから、操作の自動化も可能になる。さらに、本発明のプライマーセットを用いれば、例えば、夾雑物が含まれる試料（例えば、全血や口腔粘膜等）であっても、前処理を省略できるため、より迅速且つ簡便に増幅反応を行うことができる。また、本発明のプライマーセットを用いれば、従来よりも優れた増幅効率で増幅反応が行えるため、増幅反応も短縮化が可能である。したがって、本発明のプライマーセットやこれを含む試薬、ならびにこれらを用いた増幅産物の製造方法および多型解析方法によれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の２つの多型を迅速かつ簡便に解析できることから、医療分野においてきわめて有効といえる。
＜ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット＞
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットは、前述のように、前記プライマーセット（１）を含むことを特徴とする。このプライマーセット（１）によれば、前述のように、１つの反応液において、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２が発生する検出対象部位と多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊３が発生する検出対象部位の両方を含む目的領域を特異的に増幅することが可能である。このため、本発明のプライマーセットを用いてこの目的領域を増幅すれば、従来よりも効率良く、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の多型の解析を行うことができる。なお、以下、フォワードプライマーをＦプライマー、リバースプライマーをＲプライマーということがある。
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットは、前述のように、前記プライマーセット（１）を含むことを特徴とする。このプライマーセット（１）によれば、前述のように、１つの反応液において、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２が発生する検出対象部位と多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊３が発生する検出対象部位の両方を含む目的領域を特異的に増幅することが可能である。このため、本発明のプライマーセットを用いてこの目的領域を増幅すれば、従来よりも効率良く、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の多型の解析を行うことができる。なお、以下、フォワードプライマーをＦプライマー、リバースプライマーをＲプライマーということがある。
前記プライマーセット（１）は、前述のように、下記（Ｆ１）のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記（Ｒ１）のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセットである。
（Ｆ１）配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基（Ｃ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
（Ｒ１）配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）に相補的なグアニン塩基（Ｇ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）に相補的なチミン塩基（Ｔ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
（Ｆ１）配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基（Ｃ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
（Ｒ１）配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）に相補的なグアニン塩基（Ｇ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）に相補的なチミン塩基（Ｔ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
配列番号１に示す塩基配列は、ヒトのスルフォトランスフェラーゼ１（ｐｈｅｎｏｌ−ｐｒｅｆｅｒｒｉｎｇ ｐｈｅｎｏｌ ｓｕｌｆｏｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ１：ＳＴＰ１）の完全長ＤＮＡの配列であって、例えば、ＮＣＢＩアクセッション：Ｎｏ．Ｕ７１０８６に登録されている。なお、配列番号１は、３５１４番目の塩基がＡであり、３５４３番目の塩基がＧとなった多型の配列を示す。
前記プライマーセット（１）は、配列番号１における３４１９番目〜３６０６番目の領域または３４１９番目〜３５７５番目の領域を含むＤＮＡ鎖ならびにその相補鎖を増幅させるためのプライマーセットである。この領域内の３５１４番目の塩基（配列番号１における３５１４番目の塩基）、および、３５４３番目の塩基（配列番号１における３５４３番目の塩基）には、ＳＵＬＴ１Ａ１の機能に影響を与える点突然変異（３５１４Ｇ、３５１４Ａ、および、３５４３Ｇ、３５４３Ａ）の存在が知られている。前者の多型が、前述のＳＵＬＴ１Ａ１＊２であり、３５１４番目の塩基がＧであれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子がタンパク質に翻訳された際、アミノ酸２１３位はアルギニン（Ａｒｇ）となり、３５１４番目の塩基がＡであれば、アミノ酸２１３位はヒスチジン（Ｈｉｓ）となる多型を示す。本発明において、この部位の多型は、ホモ接合体の場合、３５１４Ｇ／Ｇ、３５１４Ａ／Ａ、ヘテロ接合体の場合、３５１４Ｇ／Ａで表すことができる。また、後者の多型が、前述のＳＵＬＴ１Ａ１＊３であり、３５４３番目の塩基がＡであれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子がタンパク質に翻訳された際、アミノ酸２２３位はメチオニン（Ｍｅｔ）となり、３５４３番目の塩基がＧであれば、アミノ酸２２３位はバリン（Ｖａｌ）となる多型を示す。本発明において、この部位の多型は、ホモ接合体の場合、３５４３Ｇ／Ｇ、３５４３Ａ／Ａ、ヘテロ接合体の場合、３５４３Ｇ／Ａで表すことができる。なお、以下、このプライマーセット（１）を、「ＳＵＬＴ１Ａ１用プライマーセット」ともいう。
本発明において、プライマーセット（１）のＦ１プライマーおよびＲ１プライマーは、ＤＮＡポリメラーゼによる増幅の開始点を決定する役割を果たす３’末端の塩基が、前述の条件を満たしていればよい。このように各プライマーの３’末端の塩基を固定することによって、プライマーセット（１）が、例えば、類似する他のアイソザイムの遺伝子（例えば、ＳＵＬＴ１Ａ２、ＳＵＬＴ１Ａ３、ＳＵＬＴ１Ａ４遺伝子等）に結合することを十分に防止することができる。
このように、Ｆ１プライマーおよびＲ１プライマーは、その３’末端の塩基が固定されていればよいことから、各プライマーの長さ自体は特に制限されず、一般的な長さに適宜調整することができる。プライマーの長さの一例としては、例えば、１３〜５０ｍｅｒの範囲であり、好ましくは１４〜４５ｍｅｒであり、より好ましくは１５〜４０ｍｅｒである。具体例として、前記Ｆ１プライマーは、配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目（好ましくは、２５〜３２塩基目、より好ましくは２６〜３１塩基目）までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであることが好ましい。また、前記Ｒ１プライマーは、配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目（好ましくは、２１〜２６塩基目、より好ましくは２２〜２５塩基目）までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチド、または、配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目（好ましくは、２５〜３０塩基目、より好ましくは、２６〜２８塩基目）までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであることが好ましい。なお、Ｆ１プライマーとＲ１プライマーの３’末端が固定されていることから、プライマーから伸長する領域は、例えば、前述のように配列番号１における３４１９番目〜３６０６番目の領域または３４１９番目〜３５７５番目の領域であるが、得られる増幅産物の全体の長さは使用するプライマーの長さに応じて変化する。
また、Ｒ１プライマーは、配列番号１に示す塩基配列に対して、Ｆ１プライマーは、前記塩基配列の相補鎖に対して、それぞれ完全に相補なオリゴヌクレオチドでなくともよい。すなわち、各プライマーにおける３’末端の塩基を除く部分において、完全に相補なオリゴヌクレオチドと１個〜５個の塩基が異なっていてもよい。
以下に、Ｆ１プライマーとＲ１プライマーの具体例を示すが、本発明は、これには限定されない。また、これらのＦ１プライマーとＲ１プライマーとの組み合わせは何ら制限されないが、これらの中でも、配列番号７のオリゴヌクレオチドからなるＦ１’プライマーと、配列番号１８または配列番号３９のオリゴヌクレオチドからなるＲ１’プライマーとを含むプライマーセット（１’）が、特に好ましい。なお、下記表における「Ｔｍ（℃）」は、下記表の配列と完全に相補的な配列とがハイブリッドした場合のＴｍ（℃）であり、ＭＥＬＴＣＡＬＣソフトウエア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｅｌｔｃａｌｃ．ｃｏｍ／）により、パラメーターをオリゴヌクレオチド濃度０．２μＭ、ナトリウム当量（Ｎａ ｅｑ．）５０ｍＭとして算出した値である。前記Ｔｍ値は、例えば、従来公知のＭＥＬＴＣＡＬＣソフトウエア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｅｌｔｃａｌｃ．ｃｏｍ／）等により算出でき、また、隣接法（Ｎｅａｒｅｓｔ Ｎｅｉｇｈｂｏｒ Ｍｅｔｈｏｄ）によって決定することもできる（以下、同様）。
また、前述したプライマーセット（１）の各プライマーは、例えば、増幅反応の反応温度を上げるために、従来公知の任意の配列を５’末端に付加したものでもよい。
このようなプライマーセット（１）を含む本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットは、例えば、全血試料等の生体試料におけるＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅させる際に使用することが好ましい。特に、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを、後述するような多型の検出用プローブとともに使用する際には、遺伝子増幅用反応液における全血試料の添加割合を０．１〜０．５体積％とすることが好ましい。この点については、後述する。
＜ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬＞
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、前述のように、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するための試薬であって、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とする。本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、本発明のプライマーセットを含むことが特徴であり、これ以外の組成等については何ら制限されない。
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、前述のように、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するための試薬であって、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とする。本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、本発明のプライマーセットを含むことが特徴であり、これ以外の組成等については何ら制限されない。
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、例えば、本発明のプライマーセットを用いた遺伝子増幅法により得られる増幅産物を検出するために、さらに、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを含んでもよい。前述のように本発明のプライマーセットによれば、遺伝子増幅法によって、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象部位を両方含んでいる目的領域を増幅することができる。このため、前記目的領域における検出対象部位を含む検出対象配列に相補的なプローブを共存させることによって、例えば、増幅の有無や対象部位の遺伝子型（多型）等を、後述する方法によって検出することが可能である。このようなプローブやその利用方法に関しては、後の多型の解析方法において説明する。また、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬は、例えば、全血等の生体試料におけるＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅させる際に使用することが好ましい。特に、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬を、前述のようなプローブとともに使用する際には、遺伝子増幅用反応液における全血試料の添加割合を０．１〜０．５体積％とすることが好ましい。なお、本発明において、「検出対象配列」とは、多型が発生する部位（検出対象部位）を含む配列を意味する。
本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬の形態は、特に制限されず、例えば、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを含有する液体試薬でもよいし、使用前に溶媒で懸濁する乾燥試薬であってもよい。また、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットの含有量も、特に制限されない。
＜増幅産物の製造方法＞
本発明の増幅産物の製造方法は、前述のように、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、下記（Ｉ）工程を含むことを特徴とする。
（Ｉ）試料中の核酸を鋳型として、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅を行う工程
本発明の増幅産物の製造方法は、前述のように、遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、下記（Ｉ）工程を含むことを特徴とする。
（Ｉ）試料中の核酸を鋳型として、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅を行う工程
このように本発明のプライマーセットを用いて増幅反応を行うことによって、前述のようにＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３が発生する検出対象部位を両方含む目的領域を特異的に高効率で増幅させることができる。なお、本発明の増幅産物の製造方法においては、本発明のプライマーセットを使用することが特徴であって、遺伝子増幅法の種類や条件等は何ら制限されない。
前記遺伝子増幅法としては、前述のように特に制限されず、例えば、ＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ）法、ＮＡＳＢＡ（Ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｂａｓｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＴＭＡ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ−ｍｅｄｉａｔｅｄ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法、ＳＤＡ（Ｓｔｒａｎｄ Ｄｉｓｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ）法等があげられるが、ＰＣＲ法が好ましい。なお、以下、ＰＣＲ法を例にあげて、本発明を説明するが、これには制限されない。
本発明を適用する試料としては、例えば、鋳型となる核酸を含んでいればよく、特に制限されないが、例えば、夾雑物が含まれる試料に適用することが好ましい。前記夾雑物が含まれる試料としては、例えば、全血、口腔内細胞（例えば、口腔粘膜）、爪や毛髪等の体細胞、生殖細胞、喀痰、羊水、パラフィン包埋組織、尿、胃液（例えば、胃洗浄液）等や、それらの懸濁液等があげられる。本発明のプライマーセットを用いた増幅産物の製造方法によれば、例えば、全血のように様々な夾雑物が含まれる試料（特に、全血や口腔内細胞等の生体試料）であっても、その影響を受け難く、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の前記領域を特異的に増幅することができる。このため、本発明によれば、従来法では困難であった全血等の夾雑物の多い試料であっても、例えば、精製等の前処理を行うことなく、そのまま使用することが可能である。したがって、試料の前処理の観点からも、従来法よりさらに迅速に増幅産物を調製することが可能といえる。
前記反応液における試料の添加割合は、特に制限されない。具体例として、前記試料が生体試料（例えば、全血試料）の場合、前記反応液における添加割合の下限が、例えば、０．０１体積％以上であることが好ましく、より好ましくは０．０５体積％以上、さらに好ましくは０．１体積％以上である。また、前記添加割合の上限も、特に制限されないが、例えば、２体積％以下が好ましく、より好ましくは１体積％以下、さらに好ましくは０．５体積％以下である。
また、後述するような光学的検出を目的とする場合、特に、標識化プローブを用いた光学的検出を行う場合、全血試料のような生体試料の添加割合は、例えば、０．１〜０．５体積％に設定することが好ましい。ＰＣＲ反応においては、通常、ＤＮＡ変性（一本鎖ＤＮＡへの解離）のために熱処理が施されるが、この熱処理によって試料に含まれる糖やタンパク質等が変性し、不溶化の沈殿物や濁り等が発生するおそれがある。このため、増幅産物の有無や検出対象部位の遺伝子型（多型）を光学的手法により確認する場合、このような沈殿物や濁りの発生が、測定精度に影響を及ぼす可能性がある。しかしながら、反応液における全血試料の添加割合を前述の範囲に設定すれば、メカニズムは不明であるが、例えば、変性による沈殿物等の発生による影響を十分に防止することができるため、光学的手法による測定精度を向上できる。また、全血試料中の夾雑物によるＰＣＲの阻害も十分に抑制されるため、増幅効率をより一層向上することができる。したがって、本発明のプライマーセットの使用に加えて、さらに、全血試料等の試料の添加割合を前述の範囲に設定することによって、より一層、試料の前処理の必要性を排除できる。
また、前記反応液中の全血試料の割合は、前述のような体積割合（例えば、０．１〜０．５体積％）ではなく、ヘモグロビン（以下、「Ｈｂ」という）の重量割合で表すこともできる。この場合、前記反応液における全血試料の割合は、Ｈｂ量に換算して、例えば、０．５６５〜１１３ｇ／Ｌの範囲が好ましく、より好ましくは２．８２５〜５６．５ｇ／Ｌの範囲、さらに好ましくは５．６５〜２８．２５μｇ／Ｌの範囲である。なお、前記反応中における全血試料の添加割合は、例えば、前記体積割合とＨｂ重量割合の両方を満たしてもよいし、いずれか一方を満たしてもよい。
全血としては、例えば、溶血した全血、未溶血の全血、抗凝固全血、凝固画分を含む全血等のいずれであってもよい。
本発明において、試料に含まれる標的核酸は、例えば、ＤＮＡである。前記ＤＮＡは、例えば、生体試料等の試料に元来含まれるＤＮＡでもよいし、遺伝子増幅法により増幅させた増幅産物ＤＮＡであってもよい。後者の場合、前記試料に元来含まれているＲＮＡ（トータルＲＮＡ、ｍＲＮＡ等）から逆転写反応（例えば、ＲＴ−ＰＣＲ（Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ＰＣＲ））により生成させたｃＤＮＡがあげられる。
本発明の増幅産物の製造方法において、遺伝子増幅反応の開始に先立ち、前記反応液にさらにアルブミンを添加することが好ましい。このように、アルブミンを添加すれば、例えば、前述のような沈殿物や濁りの発生による影響をより一層低減することができ、且つ、増幅効率もさらに向上することができる。具体的には、前記（Ｉ）工程の増幅反応や、一本鎖ＤＮＡへの解離工程前に、アルブミンを添加することが好ましい。
前記反応液におけるアルブミンの添加割合は、例えば、０．０１〜２重量％の範囲であり、好ましくは０．１〜１重量％であり、より好ましくは０．２〜０．８重量％である。前記アルブミンとしては、特に制限されず、例えば、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、ヒト血清アルブミン、ラット血清アルブミン、ウマ血清アルブミン等があげられ、これらはいずれか１種類でもよいし２種類以上を併用してもよい。
つぎに、本発明の増幅産物の製造方法について、全血試料について、ＤＮＡを標的核酸とし、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いたＰＣＲによりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の前記目的領域の増幅産物を製造する例をあげて説明する。なお、本発明は、本発明のプライマーセットを使用することが特徴であり、他の構成ならびに条件は何ら制限されない。
まず、ＰＣＲ反応液を調製する。本発明のプライマーセットの添加割合は、特に制限されないが、プライマーセット（１）のＦプライマーを、０．１〜２μｍｏｌ／Ｌとなるように添加することが好ましく、より好ましくは０．２５〜１．５μｍｏｌ／Ｌであり、特に好ましくは０．５〜１μｍｏｌ／Ｌである。また、プライマーセット（１）のＲプライマーを、０．１〜２μｍｏｌ／Ｌとなるように添加することが好ましく、より好ましくは０．２５〜１．５μｍｏｌ／Ｌであり、特に好ましくは０．５〜１μｍｏｌ／Ｌである。プライマーセットにおけるＦプライマーとＲプライマーとの添加割合（Ｆ：Ｒ、モル比）は、特に制限されないが、例えば、１：０．２５〜１：４が好ましく、より好ましくは１：０．５〜１：２である。
反応液における全血試料の割合は、特に制限されないが、前述の範囲が好ましい。全血試料は、そのまま反応液に添加してもよいし、予め、水や緩衝液等の溶媒で希釈してから反応液に添加してもよい。全血試料を予め希釈する場合、その希釈率は特に制限されず、例えば、反応液での最終的な全血添加割合が前記範囲となるように設定できるが、例えば、１００〜２０００倍であり、好ましくは２００〜１０００倍である。
前記反応液における他の組成成分は、特に制限されず、従来公知の成分があげられ、その割合も特に制限されない。前記組成成分としては、例えば、ＤＮＡポリメラーゼ、ヌクレオチド（ヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ））および溶媒があげられる。また、前述のように前記反応液はさらにアルブミンを含有することが好ましい。なお、前記反応液において、各組成成分の添加順序は何ら制限されない。
前記ＤＮＡポリメラーゼとしては、特に制限されず、例えば、従来公知の耐熱性細菌由来のポリメラーゼが使用できる。具体例としては、テルムス・アクアティカス（Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ）由来ＤＮＡポリメラーゼ（米国特許第４，８８９，８１８号および同第５，０７９，３５２号）（商品名Ｔａｑポリメラーゼ）、テルムス・テルモフィラス（Ｔｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）由来ＤＮＡポリメラーゼ（ＷＯ ９１／０９９５０）（ｒＴｔｈ ＤＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ）、ピロコッカス・フリオサス（Ｐｙｒｏｃｏｃｃｕｓ ｆｕｒｉｏｓｕｓ）由来ＤＮＡポリメラーゼ（ＷＯ ９２／９６８８）（Ｐｆｕ ＤＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ：Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅｓ社製）、テルモコッカス・リトラリス（Ｔｈｅｒｍｏｃｏｃｃｕｓ ｌｉｔｏｒａｌｉｓ）由来ＤＮＡポリメラーゼ（ＥＰ−Ａ ４５５ ４３０）（商標Ｖｅｎｔ：Ｂｉｏｌａｂ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ社製）等が商業的に入手可能であり、中でも、テルムス・アクアティカス（Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ）由来の耐熱性ＤＮＡポリメラーゼが好ましい。
前記反応液中のＤＮＡポリメラーゼの添加割合は、特に制限されないが、例えば、１〜１００Ｕ／ｍＬであり、好ましくは５〜５０Ｕ／ｍＬであり、より好ましくは２０〜３０Ｕ／ｍＬである。なお、ＤＮＡポリメラーゼの活性単位（Ｕ）は、一般に、活性化サケ精子ＤＮＡを鋳型プライマーとして、活性測定用反応液中、７４℃で、３０分間に１０ｎｍｏｌの全ヌクレオチドを酸不溶性沈殿物に取り込む活性が１Ｕである。前記活性測定用反応液の組成は、例えば、２５ｍＭ ＴＡＰＳ ｂｕｆｆｅｒ（ｐＨ９．３、２５℃）、５０ｍＭ ＫＣｌ、２ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭメルカプトエタノール、２００μＭ ｄＡＴＰ、２００μＭ ｄＧＴＰ、２００μＭ ｄＴＴＰ、１００μＭ「α−３２Ｐ」ｄＣＴＰ、０．２５ｍｇ／ｍＬ活性化サケ精子ＤＮＡである。
前記ヌクレオシド三リン酸としては、通常、ｄＮＴＰ（ｄＡＴＰ、ｄＣＴＰ、ｄＴＴＰ）があげられる。前記反応液中のｄＮＴＰの添加割合は、特に制限されないが、例えば、０．０１〜１ｍｍｏｌ／Ｌであり、好ましくは０．０５〜０．５ｍｍｏｌ／Ｌであり、より好ましくは０．１〜０．３ｍｍｏｌ／Ｌである。
前記溶媒としては、例えば、Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、Ｔｒｉｃｉｎｅ、ＭＥＳ、ＭＯＰＳ、ＨＥＰＥＳ、ＣＡＰＳ等の緩衝液があげられ、市販のＰＣＲ用緩衝液や市販のＰＣＲキットの緩衝液等が使用できる。
また、前記ＰＣＲ反応液は、さらに、ヘパリン、ベタイン、ＫＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＭｇＳＯ４、グリセロール等を含んでもよく、これらの添加割合は、例えば、ＰＣＲ反応を阻害しない範囲で設定すればよい。
反応液の全体積は、特に制限されず、例えば、使用する機器（サーマルサイクラー）等に応じて適宜決定できるが、通常、１〜５００μＬであり、好ましくは１０〜１００μＬである。
つぎに、ＰＣＲを行う。ＰＣＲのサイクル条件は特に制限されないが、例えば、（１）全血由来二本鎖ＤＮＡの１本鎖ＤＮＡへの解離、（２）プライマーのアニーリング、（３）プライマーの伸長（ポリメラーゼ反応）は、それぞれ以下の通りである。また、サイクル数も特に制限されないが、下記（１）〜（３）の３ステップを１サイクルとして、例えば、３０サイクル以上が好ましい。上限は特に制限されないが、例えば、合計１００サイクル以下、好ましくは７０サイクル以下、さらに好ましくは５０サイクル以下である。各ステップの温度変化は、例えば、サーマルサイクラー等を用いて自動的に制御すればよい。本発明のプライマーセットを使用した場合、前述のように増幅効率に優れるため、従来の方法によれば５０サイクルに３時間程度を要していたのに対して、本発明によれば、約１時間程度（好ましくは１時間以内）で５０サイクルを完了することも可能である。
以上のようにして、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子におけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象部位を両方含む領域に相補的な増幅産物を製造することができる。
本発明の増幅産物の製造方法は、さらに、前述の増幅反応によって得られた目的領域の増幅産物を検出する工程を含んでもよい。これによって、増幅産物の有無や、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の遺伝子型（多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２またはＳＵＬＴ１Ａ１＊３）を検出することもできる。増幅産物の有無は、従来公知の方法により確認できる。具体的には、例えば、前記（Ｉ）工程において、前記反応液に、さらに、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の一方の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブ（例えば、蛍光標識化プローブ）を添加しておき、さらに、（II）工程として、前記反応液について、前記プローブにおける蛍光標識の蛍光強度を測定することによって確認できる。また、前記２つの検出対象部位にそれぞれハイブリダイズ可能な２種類のプローブ（例えば、蛍光標識化プローブ）を添加しておき、さらに、（II）工程として、前記反応液について、各プローブにおける各蛍光標識の蛍光強度を測定することによって確認できる。なお、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出については、本発明の一形態として、以下に説明する。
＜ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の多型解析方法＞
本発明の多型解析方法は、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における２つの検出対象部位の多型を解析する方法であって、下記（ｉ）〜（iv）工程を含むことを特徴とする。
（ｉ）本発明の増幅産物の製造方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
（ii）前記（ｉ）工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
（iii）前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
（iv）温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
本発明の多型解析方法は、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における２つの検出対象部位の多型を解析する方法であって、下記（ｉ）〜（iv）工程を含むことを特徴とする。
（ｉ）本発明の増幅産物の製造方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
（ii）前記（ｉ）工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
（iii）前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
（iv）温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程
このように本発明のプライマーセットを用いて増幅産物を製造することによって、前述のようにＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象塩基を両方含んでいる領域を増幅し、前記目的領域における前記各多型を解析することができる。
前記（ii）工程におけるプローブは、特に制限されず、例えば、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２の発生部位にハイブリダイズするプローブ（以下、「ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ」ともいう）、および、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊３の発生部位にハイブリダイズするプローブ（以下、「ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ」ともいう）があげられる。これらのプローブは、前記検出対象配列を含む検出対象配列に相補的なプローブであることが好ましい。これらのプローブは、いずれか１種類でもよいし、２種類全てであってもよい。２種類のプローブを用いた場合、例えば、同一反応液を用いて、前記２つ全ての検出対象部位の多型を解析することができる。
前記多型を検出するためのプローブは、特に制限されず、従来公知の方法によって設定できる。例えば、多型の検出対象部位を含む検出対象配列として、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子のセンス鎖の配列に基づいて設計してもよいし、アンチセンス鎖の配列に基づいて設計してもよい。また、多型の検出対象部位の塩基は、各多型の種類に応じて適宜決定できる。すなわち、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２の場合、配列番号１における３５１４番目の塩基に「Ｇ」および「Ａ」の多型が知られていることから、例えば、３５１４番目がＧである検出対象配列、および、３５１４番目がＡである検出対象配列のいずれかに相補的なプローブ（センス鎖の検出用プローブ）や、そのアンチセンス鎖の配列に相補的なプローブ（アンチセンス鎖の検出用プローブ）があげられる。また、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３の場合、配列番号１における３５４３番目の塩基に「Ｇ」および「Ａ」の多型が知られていることから、例えば、３５４３番目がＧである検出対象配列、および、３５４３番目がＡである検出対象配列のいずれかに相補的なプローブ（センス鎖の検出用プローブ）や、そのアンチセンス鎖の配列に相補的なプローブ（アンチセンス鎖の検出用プローブ）があげられる。このように、多型が生じる検出対象部位の塩基を前述のようないずれかの塩基に設定してプローブを設計しても、後述するような方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の各検出対象部位においてどのような多型を示すかを判断することが可能である。
前記各プローブは、前記（ｉ）工程の後、すなわち、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の目的領域について増幅反応を行った後、増幅反応液に添加することもできるが、容易且つ迅速に解析を行えることから、前記（ｉ）工程の増幅反応に先立って、予め反応液に添加しておくことが好ましい。
前記反応液におけるプローブの添加割合は、特に制限されないが、例えば、各プローブを１０〜４００ｎｍｏｌの範囲となるように添加することが好ましく、より好ましくは２０〜４００ｎｍｏｌである。また、プローブの標識として蛍光色素を用いている場合、例えば、検出する蛍光強度を調整するために、標識化プローブと同じ配列である未標識プローブを併用してもよく、この未標識プローブは、その３’末端にリン酸が付加されてもよい。この場合、標識化プローブと非標識プローブのモル比は、例えば、１：１０〜１０：１が好ましい。前記プローブの長さは、特に制限されず、例えば、５〜５０ｍｅｒであり、好ましくは１０〜３０ｍｅｒである。
Ｔｍ値について説明する。二本鎖ＤＮＡを含む溶液を加熱していくと、２６０ｎｍにおける吸光度が上昇する。これは、二本鎖ＤＮＡにおける両鎖間の水素結合が加熱によってほどけ、一本鎖ＤＮＡに解離（ＤＮＡの融解）することが原因である。そして、全ての二本鎖ＤＮＡが解離して一本鎖ＤＮＡになると、その吸光度は加熱開始時の吸光度（二本鎖ＤＮＡのみの吸光度）の約１．５倍程度を示し、これによって融解が完了したと判断できる。この現象に基づき、融解温度Ｔｍとは、一般に、吸光度が、吸光度全上昇分の５０％に達した時の温度と定義される。
前記（iii）工程において、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナルの測定は、前述した、２６０ｎｍの吸光度測定でもよいが、標識物質のシグナル測定であってもよい。具体的には、前記プローブとして、標識物質で標識化された標識化プローブを使用し、前記標識物質のシグナル測定を行うことが好ましい。前記標識化プローブとしては、例えば、単独でシグナルを示し且つハイブリッド形成によりシグナルを示さない標識化プローブ、または、単独でシグナルを示さず且つハイブリッド形成によりシグナルを示す標識化プローブがあげられる。前者のようなプローブであれば、検出対象配列とハイブリッド（二本鎖ＤＮＡ）を形成している際にはシグナルを示さず、加熱によりプローブが遊離するとシグナルを示す。また、後者のプローブであれば、検出対象配列とハイブリッド（二本鎖ＤＮＡ）を形成することによってシグナルを示し、加熱によりプローブが遊離するとシグナルが減少（消失）する。したがって、この標識によるシグナルをシグナル特有の条件（吸収波長等）で検出することによって、前記２６０ｎｍの吸光度測定と同様に、融解の進行ならびにＴｍ値の決定を行うことができる。
本発明においては、前述のように、増幅させた目的領域に、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の両方の多型を示す検出対象部位が含まれる。したがって、例えば、各検出対象部位にそれぞれハイブリダイズ可能な２種類のプローブを使用することで、両方の多型を解析することができる。この場合、前記２種類のプローブは、それぞれ異なる条件で検出される異なる標識によって標識化されていることが好ましい。このように異なる標識を使用することによって、同一反応液であっても、検出条件を変えることによって、各増幅産物を別個に解析することが可能となる。
前記標識化プローブにおける標識物質の具体例としては、例えば、蛍光色素（蛍光団）があげられる。前記標識化プローブの具体例としては、例えば、蛍光色素で標識され、単独で蛍光を示し且つハイブリッド形成により蛍光が減少（例えば、消光）するプローブが好ましい。このような蛍光消光現象（Ｑｕｅｎｃｈｉｎｇ ｐｈｅｎｏｍｅｎｏｎ）を利用したプローブは、一般に、蛍光消光プローブと呼ばれる。中でも、前記プローブとしては、オリゴヌクレオチドの３’末端もしくは５’末端が蛍光色素で標識化されていることが好ましく、標識化される前記末端の塩基は、Ｃであることが好ましい。この場合、前記標識化プローブがハイブリダイズする検出対象配列において、前記標識化プローブの末端塩基Ｃと対をなす塩基もしくは前記対をなす塩基から１〜３塩基離れた塩基がＧとなるように、前記標識化プローブの塩基配列を設計することが好ましい。このようなプローブは、一般的にグアニン消光プローブと呼ばれ、いわゆるＱＰｒｏｂｅ（登録商標）として知られている。このようなグアニン消光プローブが検出対象配列にハイブリダイズすると、蛍光色素で標識化された末端のＣが、前記検出対象ＤＮＡにおけるＧに近づくことによって、前記蛍光色素の発光が弱くなる（蛍光強度が減少する）という現象を示す。このようなプローブを使用すれば、シグナルの変動により、ハイブリダイズと解離とを容易に確認することができる。
前記蛍光色素としては、特に制限されないが、例えば、フルオレセイン、リン光体、ローダミン、ポリメチン色素誘導体等があげられ、市販の蛍光色素としては、例えば、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ（商標、モレキュラー・プローブ社製）、ＦｌｕｏｒｅＰｒｉｍｅ（商品名、アマシャムファルマシア社製）、Ｆｌｕｏｒｅｄｉｔｅ（商品名、ミリポア社製）、ＦＡＭ（ＡＢＩ社製）、Ｃｙ３およびＣｙ５（アマシャムファルマシア社製）、ＴＡＭＲＡ(モレキュラープローブ社製)等があげられる。２種類のプローブに使用する蛍光色素の組み合わせは、例えば、異なる条件で検出できればよく、特に制限されないが、例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｌｕｅ（検出波長４５０〜４８０ｎｍ）、ＴＡＭＲＡ（検出波長５８５〜７００ｎｍ）およびＢＯＤＩＰＹ ＦＬ（検出波長５１５〜５５５ｎｍ）の組み合わせ等があげられる。
以下に、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３を検出するためのプローブの配列の具体例を示すが、本発明は、これには制限されない。下記プローブ（１）は、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブの一例であり、アンチセンス鎖を検出するためのプローブである。また、下記プローブ（２）は、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブの一例であり、アンチセンス鎖を検出するためのプローブである。
プローブ（１）
配列番号１における３５１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１５〜１９塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１における３５１７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１４〜１９塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プローブ（２）
配列番号１における３５５６番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１５〜２０塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド
配列番号１における３５１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１５〜１９塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１における３５１７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１４〜１９塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
プローブ（２）
配列番号１における３５５６番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって１５〜２０塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基を３’末端とするオリゴヌクレオチド
前記プローブ（１）において、配列番号１の３５１４番目にあたる塩基は、ｒで表され、前記ｒは、ＡまたはＧであり、前記プローブ（２）において、配列番号１の３５４３番目にあたる塩基は、ｒで表され、前記ｒは、ＡまたはＧである。
さらに、前記プローブ（１）およびプローブ（２）の具体例を下記表に示す。なお、下記表における「Ｔｍ（℃）」は、下記表の配列と完全に相補的な配列とがハイブリッドした場合のＴｍ（℃）であり、ＭＥＬＴＣＡＬＣソフトウエア（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｍｅｌｔｃａｌｃ．ｃｏｍ／）により、パラメーターをオリゴヌクレオチド濃度０．２μＭ、ナトリウム当量（Ｎａ ｅｑ．）５０ｍＭとして算出した値である。
前記表のプローブ（１）において、配列番号２２で表されるプローブは、配列番号１における３５１４番目がＧである領域と同じ配列からなり、配列番号２３〜２６、４３〜４８で表されるプローブは、配列番号１における３５１４番目がＡである領域と同じ配列からなり、いずれも、大文字の塩基が、配列番号１の３５１４番目の塩基に相補的な塩基を示す。なお、前記プローブ（１）において、前記大文字の塩基は、ｒで表すことができ、前記ｒは、ＧおよびＡのいずれでもよい。前記表のプローブ（２）は、配列番号１における３５４３番目がＧである領域と同じ配列からなり、大文字の塩基が、配列番号１における３５４３番目の塩基を示す。なお、前記プローブ（２）において、前記大文字の塩基は、ｒで表すことができ、前記ｒは、ＧおよびＡいずれでもよい。なお、本発明におけるプローブの具体例としては、例えば、前述のように、前記表に示すオリゴヌクレオチドの相補鎖であってもよい。
前記プローブは一例であって、本発明はこれには限定されないが、これらのプローブの中でも、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブとしては、（Ｐ１’）配列番号２３の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、または、配列番号４６の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドが好ましく、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブとしては、（Ｐ２’）配列番号３０の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドが好ましい。
そして、これらのプローブは、前述のように２種類以上を使用する際には、それぞれ異なる蛍光色素（異なる波長で検出される蛍光色素）で標識化することが好ましい。例えば、前記表に示すプローブをグアニン消光プローブとする場合、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ（Ｐ１プローブ）およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ（Ｐ２プローブ）は、３’末端のシトシンを前述のような蛍光色素（例えば、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、ＴＡＭＲＡ等）で標識化することが好ましい。また、５’末端に蛍光色素を標識化したプローブは、例えば、プローブ自体が伸長することを予防するために、その３’末端に、さらにリン酸基が付加されてもよい。
次に、本発明の検出方法について、一例として、下記プローブを用いて、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における２つの多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３を検出する方法を説明する。なお、本発明はこれには制限されない。
（プローブ）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−gagtttgtggggcActcc−(BODIPY FL)−3' （配列番号２３）、または、
5'−agtttgtggggcActc−(BODIPY FL)−3' （配列番号４６）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ
5'−ttcGtggttcagcacac−(TAMRA)-3' （配列番号３０）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−gagtttgtggggcActcc−(BODIPY FL)−3' （配列番号２３）、または、
5'−agtttgtggggcActc−(BODIPY FL)−3' （配列番号４６）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ
5'−ttcGtggttcagcacac−(TAMRA)-3' （配列番号３０）
まず、前記２種類の標識化プローブを添加した反応液を用いて、前述のようにＰＣＲを行い、反応液中で、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の前記領域を増幅させる。前記反応液は、例えば、本発明のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、ＤＮＡポリメラーゼ、ｄＮＴＰ、鋳型となる核酸を含む試料、および、前記２種類のプローブを含む。この他に、核酸増幅に使用できる種々の添加剤を含んでもよい。
次に、得られた増幅産物の解離、および、解離により得られた一本鎖ＤＮＡと前記標識化プローブとのハイブリダイズを行う。これは、例えば、前記反応液の温度変化によって行うことができる。
前記解離工程における加熱温度は、前記増幅産物が解離できる温度であれば特に制限されないが、例えば、８５〜９５℃である。加熱時間も特に制限されないが、通常、１秒〜１０分であり、好ましくは１秒〜５分である。
解離した一本鎖ＤＮＡと前記標識化プローブとのハイブリダイズは、例えば、前記解離工程の後、前記解離工程における加熱温度を降下させることによって行うことができる。温度条件としては、例えば、４０〜５０℃である。
そして、前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記標識化プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する。具体的には、例えば、前記反応液（前記一本鎖ＤＮＡと前記標識化プローブとのハイブリッド形成体）を加熱し、温度上昇に伴うシグナル値の変動を測定する。前述のように、末端のＣ塩基が標識化されたプローブ（グアニン消光プローブ）を使用した場合、一本鎖ＤＮＡとのハイブリダイズした状態では、蛍光が減少（または消光）し、解離した状態では、蛍光を発する。したがって、例えば、蛍光が減少（または消光）しているハイブリッド形成体を徐々に加熱し、温度上昇に伴う蛍光強度の増加を測定すればよい。
蛍光強度の変動を測定する際の温度範囲は、特に制限されないが、例えば、開始温度が室温〜８５℃であり、好ましくは２５〜７０℃であり、終了温度は、例えば、４０〜１０５℃である。また、温度の上昇速度は、特に制限されないが、例えば、０．１〜２０℃／秒であり、好ましくは０．３〜５℃／秒である。
次に、前記シグナルの変動を解析してＴｍ値として決定する。具体的には、得られた蛍光強度から各温度における単位時間当たりの蛍光強度変化量（−ｄ蛍光強度増加量／ｄｔ）を算出し、最も低い値を示す温度をＴｍ値を決定できる。また、単位時間当たりの蛍光強度増加量（蛍光強度増加量／ｔ）が最も高い点をＴｍ値として決定することもできる。なお、標識化プローブとして、消光プローブではなく、単独でシグナルを示さず且つハイブリッド形成によりシグナルを示すプローブを使用した場合には、反対に、蛍光強度の減少量を測定すればよい。
本発明においては、２つの多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３を検出するため、２種類のプローブの各標識に応じた条件で、それぞれのＴｍ値を決定する。ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブのＢＯＤＩＰＹ ＦＬは、例えば、検出波長５１５〜５５５ｎｍ、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブのＴＡＭＲＡは、例えば、検出波長５８５〜７００ｎｍで検出することができる。また、標識がＰａｃｉｆｉｃ Ｂｌｕｅの場合は、例えば、検出波長４５０〜４８０ｎｍで検出することができる。
そして、これらのＴｍ値から、各検出対象配列における遺伝子型を決定する。Ｔｍ解析において、完全に相補であるハイブリッド（マッチ）は、一塩基が異なるハイブリッド（ミスマッチ）よりも、解離を示すＴｍ値が高くなるという結果が得られる。したがって、予め、前記プローブについて、完全に相補であるハイブリッドのＴｍ値と、一塩基が異なるハイブリッドのＴｍ値とを決定しておくことにより、各検出対象部位における遺伝子型を決定することができる。例えば、検出対象部位の塩基を変異型（例えば、配列番号１における３５１４番目の塩基がＡ）と仮定し、それを含む検出対象配列に相補的なプローブを使用した場合、形成したハイブリッドのＴｍ値が、完全に相補なハイブリッドのＴｍ値と同じであれば、前記増幅産物の多型は、変異型と判断できる。また、形成したハイブリッドのＴｍ値が、一塩基異なるハイブリッドのＴｍ値と同じ（完全に相補なハイブリッドのＴｍ値より低い値）であれば、前記増幅産物の多型は、野生型（例えば、配列番号１における３５１４番目の塩基がＧ）と判断できる。さらに、両方のＴｍ値が検出された場合には、ヘテロ接合体と決定できる。このようにして、各標識化プローブに対する２つのＴｍ値から、多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の遺伝子型を判断することができる。
また、本発明においては、前述のように、前記プローブを含む反応液の温度を上昇させて（ハイブリッド形成体を加熱して）、温度上昇に伴うシグナル変動を測定する方法に代えて、例えば、ハイブリッド形成時におけるシグナル変動の測定を行ってもよい。すなわち、前記プローブを含む反応液の温度を降下させてハイブリッド形成体を形成する際に、前記温度降下に伴うシグナル変動を測定してもよい。
具体例として、単独でシグナルを示し且つハイブリッド形成によりシグナルを示さない標識化プローブ（例えば、グアニン消光プローブ）を使用した場合、一本鎖ＤＮＡとプローブとが解離している状態では蛍光を発しているが、温度の降下によりハイブリッドを形成すると、前記蛍光が減少（または消光）する。したがって、例えば、前記反応液の温度を徐々に降下して、温度下降に伴う蛍光強度の減少を測定すればよい。他方、単独でシグナルを示さず且つハイブリッド形成によりシグナルを示す標識化プローブを使用した場合、一本鎖ＤＮＡとプローブとが解離している状態では蛍光を発していないが、温度の降下によりハイブリッドを形成すると、蛍光を発するようになる。したがって、例えば、前記反応液の温度を徐々に降下して、温度下降に伴う蛍光強度の増加を測定すればよい。
なお、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の２種類の多型（ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３）のうち一方の多型を解析する場合には、例えば、目的の検出対象部位にハイブリダイズするいずれか１種類のプローブを使用すればよい。
つぎに、本発明の実施例について説明する。ただし、本発明は、下記実施例により制限されない。
被検者８人からヘパリンリチウム採血管を用いて採血を行った（サンプル１〜８）。得られた血液１０μＬと蒸留水９０μＬを混合し、さらに、この混合液１０μＬと蒸留水９０μＬとを混合した。これら混合液１０μＬを、下記組成のＰＣＲ反応液４０μＬに添加し、サーマルサイクラーを用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲの条件は、９５℃で６０秒処理した後、９５℃１秒および６６℃１０秒を１サイクルとして５０サイクル繰り返し、さらに９５℃で１秒、４０℃で６０秒処理した。そして、続けて、温度の上昇速度を１℃／３秒として、前記ＰＣＲ反応液を４０℃から９５℃に加熱していき、経時的な蛍光強度の変化を測定した。測定波長は、５１５〜５５５ｎｍ（蛍光色素ＢＯＤＩＰＹ ＦＬの検出）、および、５８５〜７００ｎｍ（蛍光色素ＴＡＭＲＡの検出）とした。なお、５０サイクルのＰＣＲに要した時間は、約１時間であった。
（プローブ）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−gagtttgtggggcactcc−(BODIPY FL)−3' （配列番号２３）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ
5'−ttcgtggttcagcacac−(TAMRA)−3' （配列番号３０）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−gagtttgtggggcactcc−(BODIPY FL)−3' （配列番号２３）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブ
5'−ttcgtggttcagcacac−(TAMRA)−3' （配列番号３０）
（プライマーセット）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｆ１プライマー
5'−tgaggttagagaaggggaccccttttac−3' （配列番号７）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｒ１プライマー
5'−gctgtggtccatgaactcctggg−3' （配列番号１８）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｆ１プライマー
5'−tgaggttagagaaggggaccccttttac−3' （配列番号７）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｒ１プライマー
5'−gctgtggtccatgaactcctggg−3' （配列番号１８）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブとマッチするハイブリッドのＴｍ値は６７．０℃、ミスマッチのハイブリッドのＴｍ値は６０．０℃、ＳＵＬＴ１Ａ１＊３用プローブとマッチするハイブリッドのＴｍ値は６４．０℃、ミスマッチのハイブリッドのＴｍ値は５８．０℃である。
サンプル１〜８の結果を図１〜３にそれぞれ示す。これらの図は、温度上昇に伴う蛍光強度の変化を示すＴｍ解析のグラフであり、縦軸の微分値は「−ｄ蛍光強度増加量／ｄｔ」を示し、横軸は温度を示す（以下、同様）。同図に示すように、シグナルのピークから、各サンプルにおけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の遺伝子型を決定した。これらの実施例の結果を裏付けるために、被検者８人について、ＲＦＬＰ法によって、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の多型を確認した結果、実施例と同じ結果が得られた。このように、本発明のプライマーセットを使用することにより、前処理を施していない全血試料を使用して、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子におけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象部位を両方含む領域を、効率良く増幅し、且つ、前記同一反応液を用いて２種類の多型を解析することができた。
被検者２人からＥＤＴＡ採血管を用いて採血を行った（サンプル１〜２）。得られた血液１０μＬと下記希釈液Ａ ７０μＬとを混合し、さらに、この混合液１０μＬと下記希釈液Ｂ ７０μＬとを混合した。得られた混合液１０μＬを９５℃で５分間加熱処理した後、下記組成のＰＣＲ反応液４６μＬに添加し、サーマルサイクラーを用いてＰＣＲを行った。ＰＣＲの条件は、９５℃で６０秒処理した後、９５℃１秒および６２℃１５秒を１サイクルとして５０サイクル繰り返し、さらに９５℃で１秒、４０℃で６０秒処理した。そして、続けて、温度の上昇速度を１℃／３秒として、前記ＰＣＲ反応液を４０℃から７５℃に加熱していき、経時的な蛍光強度の変化を測定した。測定波長は、５１５〜５５５ｎｍ（蛍光色素ＢＯＤＩＰＹ ＦＬの検出）とした。
（希釈液Ａ）
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ ＮａＮ３、０．３％ ＳＤＳ
（希釈液Ｂ）
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ ＮａＮ３
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ ＮａＮ３、０．３％ ＳＤＳ
（希釈液Ｂ）
１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ ＮａＮ３
（プローブ）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−agtttgtggggcActc−(BODIPY FL)−3' （配列番号４６）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブ
5'−agtttgtggggcActc−(BODIPY FL)−3' （配列番号４６）
（プライマーセット）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｆ１プライマー
5'−tgaggttagagaaggggaccccttttac−3' （配列番号７）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｒ１プライマー
5'−ggtggtgtagttggtcatagggttctt−3' （配列番号３９）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｆ１プライマー
5'−tgaggttagagaaggggaccccttttac−3' （配列番号７）
ＳＵＬＴ１Ａ１ Ｒ１プライマー
5'−ggtggtgtagttggtcatagggttctt−3' （配列番号３９）
ＳＵＬＴ１Ａ１＊２用プローブとマッチするハイブリッドのＴｍ値は５９℃、ミスマッチのハイブリッドのＴｍ値は５１℃である。
サンプル１および２の結果を図４に示す。この図は、温度上昇に伴う蛍光強度の変化を示すＴｍ解析のグラフであり、縦軸の微分値は「−ｄ蛍光強度増加量／ｄｔ」を示し、横軸は温度を示す。同図に示すように、シグナルのピークから、サンプル１および２におけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２の遺伝子型を決定した。この実施例の結果を裏付けるために、被検者２人について、ＲＦＬＰ法によって、ＳＵＬＴ１Ａ１＊２の多型を確認した結果、実施例と同じ結果が得られた。このように、本発明のプライマーセットを使用することにより、前処理を施していない全血試料を使用して、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子におけるＳＵＬＴ１Ａ１＊２の検出対象部位を両方含む領域を、効率良く増幅し、且つ、前記同一反応液を用いて２種類の多型を解析することができた。
以上のように、本発明のプライマーセットによれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における多型ＳＵＬＴ１Ａ１＊２およびＳＵＬＴ１Ａ１＊３の検出対象部位を両方含む領域を、特異的に高効率で増幅することができる。このため、前述のような従来法とは異なり手間やコストを低減することが可能となる。また、このように２つの多型の検出対象部位を両方含む領域を特異的に増幅されることから、例えば、各検出対象部位をそれぞれ含む検出対象配列に相補的な２種類のプローブを使用することで、前記反応液を用いてそのままＴｍ解析を行い、前記２種類の多型をそれぞれタイピングすることが可能となる。また、１つの反応液で増幅やタイピングが可能であることから、操作の自動化も可能になる。さらに、本発明のプライマーセットを用いれば、例えば、夾雑物が含まれる試料（例えば、全血や口腔粘膜等）であっても、前処理を省略できるため、より迅速且つ簡便に増幅反応を行うことができる。また、本発明のプライマーセットを用いれば、従来よりも優れた増幅効率で増幅反応が行えるため、増幅反応も短縮化が可能である。したがって、本発明のプライマーセットやこれを含む試薬、ならびにこれらを用いた増幅産物の製造方法によれば、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の多型を迅速かつ簡便に解析できることから、医療分野においてきわめて有効といえる。
Claims (18)
- 遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するためのプライマーセットであって、下記プライマーセット（１）を含むことを特徴とするＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット。
プライマーセット（１）
下記（Ｆ１）のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記（Ｒ１）のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
（Ｆ１）配列番号１の塩基配列における３４１８番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として５’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域と同じ配列である少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記シトシン塩基（Ｃ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
（Ｒ１）配列番号１の塩基配列における３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）を１塩基目として３’方向に向かって２０〜２９塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３６０７番目のシトシン塩基（Ｃ）に相補的なグアニン塩基（Ｇ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド、
および、
配列番号１の塩基配列における３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）を１塩基目として３’方向に向かって２４〜３３塩基目までの領域に相補的な少なくとも１つのオリゴヌクレオチドであって、前記３５７６番目のアデニン塩基（Ａ）に相補的なチミン塩基（Ｔ）を３’末端とするオリゴヌクレオチド
の少なくとも一方のオリゴヌクレオチド - 前記（１）のプライマーセットが、下記（１’）のプライマーセットである、請求の範囲１記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット。
プライマーセット（１’）
下記（Ｆ１’）のオリゴヌクレオチドからなるフォワードプライマーおよび下記（Ｒ１’）のオリゴヌクレオチドからなるリバースプライマーを含む一対のプライマーセット
（Ｆ１’）配列番号７の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド
（Ｒ１’）配列番号１８の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号３９の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド - ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットが、生体試料中のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するためのプライマーセットである、請求の範囲１記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット。
- 前記生体試料が、全血である、請求の範囲３記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセット。
- 遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子を増幅するための試薬であって、請求の範囲１記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを含むことを特徴とするＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬。
- さらに、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを含む、請求の範囲５記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬。
- 前記プローブが、下記（Ｐ１’）および（Ｐ２’）に示すオリゴヌクレオチドの少なくとも一方からなるプローブである、請求の範囲６記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬。
（Ｐ１’）配列番号２３の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号４６の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
（Ｐ２’）配列番号３０の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 前記プローブが、蛍光標識化プローブである、請求の範囲６記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用試薬。
- 遺伝子増幅法によりＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅産物を製造する方法であって、
下記（Ｉ）工程を含むことを特徴とする増幅産物の製造方法。
（Ｉ）試料中の核酸を鋳型として、請求の範囲１記載のＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子増幅用プライマーセットを用いて、反応液中で、前記ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の増幅を行う工程 - 前記（Ｉ）工程において、前記反応液に、さらに、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子の検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを添加する、請求の範囲９記載の増幅産物の製造方法。
- 前記プローブが、下記（Ｐ１’）および（Ｐ２’）に示すオリゴヌクレオチドの少なくとも一方からなるプローブである、請求の範囲１０記載の増幅産物の製造方法。
（Ｐ１’）配列番号２３の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド、および、配列番号４６の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドの少なくとも一方のオリゴヌクレオチド
（Ｐ２’）配列番号３０の塩基配列からなるオリゴヌクレオチド - 前記プローブが、蛍光標識化プローブである、請求の範囲１０記載の増幅産物の製造方法。
- さらに、下記（II）工程を含む、請求の範囲１２記載の増幅産物の製造方法。
（II）前記反応液について、前記蛍光標識化プローブにおける蛍光標識の蛍光強度を測定する工程 - 前記試料が、生体試料である、請求の範囲９記載の増幅産物の製造方法。
- 前記生体試料が、全血である、請求の範囲１４記載の増幅産物の製造方法。
- 前記反応液における全血試料の添加割合が、０．１〜０．５体積％である、請求の範囲１５記載の増幅産物の製造方法。
- ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位の多型を解析する方法であって、
下記（ｉ）〜（iv）工程を含むことを特徴とする多型解析方法。
（ｉ）請求の範囲９記載の増幅産物の製造方法により、ＳＵＬＴ１Ａ１遺伝子における検出対象部位を含む領域を反応液中で増幅させる工程
（ii）前記（ｉ）工程における増幅産物と、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブとを含む反応液を準備する工程
（iii）前記反応液の温度を変化させ、前記増幅産物と前記プローブとのハイブリッド形成体の融解状態を示すシグナル値を測定する工程
（iv）温度変化に伴う前記シグナル値の変動から、前記検出対象部位の多型を決定する工程 - 前記（ｉ）工程において、増幅反応に先立って、前記反応液に、前記検出対象部位にハイブリダイズ可能なプローブを添加する、請求の範囲１７記載の多型解析方法。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2008517259A JP5367365B2 (ja) | 2006-11-30 | 2007-11-30 | Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 |
Applications Claiming Priority (6)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| JP2006322958 | 2006-11-30 | ||
| JP2006322958 | 2006-11-30 | ||
| JP2007232615 | 2007-09-07 | ||
| JP2007232615 | 2007-09-07 | ||
| PCT/JP2007/073208 WO2008066165A1 (fr) | 2006-11-30 | 2007-11-30 | Jeu d'amorces pour l'amplification du gène sult1a1, réactif pour l'amplification du gène sult1a1 comprenant ledit jeu d'amorces et utilisation du réactif |
| JP2008517259A JP5367365B2 (ja) | 2006-11-30 | 2007-11-30 | Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JPWO2008066165A1 true JPWO2008066165A1 (ja) | 2010-03-11 |
| JP5367365B2 JP5367365B2 (ja) | 2013-12-11 |
Family
ID=39467951
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2008517259A Active JP5367365B2 (ja) | 2006-11-30 | 2007-11-30 | Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 |
Country Status (6)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US8404438B2 (ja) |
| EP (2) | EP2584036B1 (ja) |
| JP (1) | JP5367365B2 (ja) |
| KR (1) | KR101107831B1 (ja) |
| CN (1) | CN102199662B (ja) |
| WO (1) | WO2008066165A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US9115391B2 (en) | 2008-07-02 | 2015-08-25 | Arkray, Inc. | Method of detecting a polymorphism at a polymorphism site |
| WO2011090154A1 (ja) | 2010-01-21 | 2011-07-28 | アークレイ株式会社 | 標的配列の増幅方法、多型検出方法およびそれに用いる試薬 |
| JP5917248B2 (ja) * | 2011-05-09 | 2016-05-11 | アークレイ株式会社 | ＨＧＦ遺伝子のｐｏｌｙＡｒｅｐｅａｔ数変異多型検出用プローブおよびその用途 |
| JP2013074888A (ja) * | 2011-09-15 | 2013-04-25 | Arkray Inc | ＩＬ２８Ｂ（ｒｓ８０９９９１７）とＩＴＰＡ（ｒｓ１１２７３５４）の変異を検出する方法 |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5079352A (en) * | 1986-08-22 | 1992-01-07 | Cetus Corporation | Purified thermostable enzyme |
| US4889818A (en) | 1986-08-22 | 1989-12-26 | Cetus Corporation | Purified thermostable enzyme |
| ATE169337T1 (de) | 1989-12-22 | 1998-08-15 | Hoffmann La Roche | Rekombinante expressionsvektoren und reinigungsverfahren für dns-polymerase aus thermus thermophilus |
| US5322785A (en) | 1990-04-26 | 1994-06-21 | New England Biolabs, Inc. | Purified thermostable DNA polymerase obtainable from thermococcus litoralis |
| AU9076191A (en) | 1990-11-21 | 1992-06-25 | Massachusetts Institute Of Technology | Mice having beta 2 microglobulin gene disruption |
| WO1992009689A1 (en) | 1990-12-03 | 1992-06-11 | Stratagene | PURIFIED THERMOSTABLE $i(PYROCOCCUS FURIOSUS) |
| EP1613771B1 (en) * | 2003-04-04 | 2012-03-21 | Roche Diagnostics GmbH | Improved system for multi color real time pcr |
| CN100374579C (zh) * | 2003-04-04 | 2008-03-12 | 霍夫曼-拉罗奇有限公司 | 改良的多色实时pcr系统 |
| JP4454265B2 (ja) | 2003-08-13 | 2010-04-21 | アークレイ株式会社 | 融解曲線解析法 |
| JP2005261354A (ja) * | 2004-03-19 | 2005-09-29 | Arkray Inc | 核酸の蛍光検出法 |
| GB0613840D0 (en) * | 2006-07-12 | 2006-08-23 | Progenika Biopharma Sa | Methods and products for in vitro genotyping |
-
2007
- 2007-11-30 KR KR1020087020757A patent/KR101107831B1/ko active IP Right Grant
- 2007-11-30 JP JP2008517259A patent/JP5367365B2/ja active Active
- 2007-11-30 EP EP13151710.4A patent/EP2584036B1/en active Active
- 2007-11-30 EP EP07832873A patent/EP2055774A4/en not_active Withdrawn
- 2007-11-30 US US12/302,111 patent/US8404438B2/en active Active
- 2007-11-30 WO PCT/JP2007/073208 patent/WO2008066165A1/ja active Application Filing
- 2007-11-30 CN CN2011100636916A patent/CN102199662B/zh active Active
-
2011
- 2011-04-14 US US13/086,979 patent/US8455192B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN102199662B (zh) | 2013-10-23 |
| EP2584036A1 (en) | 2013-04-24 |
| US20110294120A1 (en) | 2011-12-01 |
| CN102199662A (zh) | 2011-09-28 |
| EP2055774A4 (en) | 2012-07-18 |
| WO2008066165A1 (fr) | 2008-06-05 |
| US8455192B2 (en) | 2013-06-04 |
| EP2584036B1 (en) | 2014-02-12 |
| US20090104616A1 (en) | 2009-04-23 |
| EP2055774A1 (en) | 2009-05-06 |
| KR101107831B1 (ko) | 2012-02-09 |
| KR20080107393A (ko) | 2008-12-10 |
| US8404438B2 (en) | 2013-03-26 |
| JP5367365B2 (ja) | 2013-12-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP5307538B2 (ja) | Ｕｇｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｕｇｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| JP5637850B2 (ja) | 標的核酸配列の増幅方法、それを用いた変異の検出方法、および、それに用いる試薬 | |
| JP5224526B2 (ja) | 遺伝子増幅用プライマーセット、それを含む遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| JPWO2008066162A1 (ja) | Ｃｙｐ２ｃ１９遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｃｙｐ２ｃ１９遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| WO2011062258A1 (ja) | Ｍｔｈｆｒ遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｍｔｈｆｒ遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| EP3064596B1 (en) | Method for analysing cyp2c19 gene polymorphism, kit and use thereof for analysing the cyp2c19 gene polymorphisms and to evaluate drug efficacy. | |
| JPWO2008066163A1 (ja) | Ｃｙｐ２ｃ９遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｃｙｐ２ｃ９遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| JP5279492B2 (ja) | 肥満遺伝子増幅用プライマーセット、それを含む肥満遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| JP5367365B2 (ja) | Ｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用プライマーセット、それを含むｓｕｌｔ１ａ１遺伝子増幅用試薬およびその用途 | |
| KR101110425B1 (ko) | Ｎａｔ2 유전자 증폭용 프라이머 셋트, 그것을 포함하는 ｎａｔ2 유전자 증폭용 시약 및 그 용도 | |
| JP5635496B2 (ja) | Ｅｇｆｒ遺伝子多型検出用プローブおよびその用途 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20101021 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121211 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130129 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20130426 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130516 |
|
| A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20130626 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130716 |
|
| A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130726 |
|
| TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
| A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130821 |
|
| A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130911 |
|
| R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5367365 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
| R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |