JPWO2007034693A1 - 新規なエンドリボヌクレアーゼ - Google Patents
新規なエンドリボヌクレアーゼ Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2007034693A1 JPWO2007034693A1 JP2007536449A JP2007536449A JPWO2007034693A1 JP WO2007034693 A1 JPWO2007034693 A1 JP WO2007034693A1 JP 2007536449 A JP2007536449 A JP 2007536449A JP 2007536449 A JP2007536449 A JP 2007536449A JP WO2007034693 A1 JPWO2007034693 A1 JP WO2007034693A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polypeptide
- sequence
- nucleic acid
- seq
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
- C12N9/14—Hydrolases (3)
- C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
- C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Enzymes And Modification Thereof (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
〔1〕 配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチド、
〔2〕 〔1〕のポリペプチドをコードする核酸、
〔3〕 配列表の配列番号2記載の塩基配列を有することを特徴とする〔2〕の核酸、
〔4〕 〔2〕または〔3〕の核酸にストリンジェントな条件でハイブリダイズ可能であり、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸、
〔5〕 〔2〕〜〔4〕いずれか1項に記載の核酸を含んでなる組換えDNA、
〔6〕 〔5〕の組換えDNAにより形質転換されてなる形質転換体、
〔7〕 〔6〕の形質転換体を培養する工程、および該培養物中より配列特異的なRNA切断活性を有するポリペプチドを採取する工程を包含することを特徴とする〔1〕のポリペプチドの製造方法、
〔8〕 一本鎖RNAに〔1〕のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNA分解物の製造方法、および
〔9〕 一本鎖RNAに〔1〕のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNAの分解方法、
に関する。
本発明のポリペプチドは、配列番号1記載のアミノ酸配列、又は該アミノ酸配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入若しくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を示すことを特徴とする。
本発明は、配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を示すポリペプチドをコードする核酸を提供する。前記核酸としては、本発明を特に限定するものではないが、配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1個以上、例えば1〜10個のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ前記の配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードするものが挙げられる。ここで、配列番号1記載のアミノ酸配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列としては、例えば配列番号1記載のポリペプチドに50%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列、好ましくは70%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列、特に好ましくは90%以上のホモロジーを有するアミノ酸配列が例示される。
本発明のポリペプチドは、例えば、(1)本発明のポリペプチドを生産する微生物の培養物からの精製、(2)本発明のポリペプチドをコードする核酸を含有する形質転換体の培養物からの精製、等の方法により製造することができる。
本発明のポリペプチドを用いることにより、一本鎖RNAを分解し、RNA分解物を製造することができる。本発明のポリペプチドは塩基配列特異的にRNAを切断しうることから、生成するRNA分解物の平均の鎖長は前記ポリペプチドに認識される塩基配列の出現頻度に相関する。すなわち、本発明によりある鎖長分布を有するRNA分解物が提供される。さらに、その配列特異性を利用してRNA中の特定の領域を切り出すことも可能である。
P. horikoshii ATCC700860株由来PH1182遺伝子について、そこにコードされているポリペプチドのアミノ酸配列および塩基配列をNCBI データベースより入手した(accession No.NP_143082およびNC_000961)。PH1182の塩基配列情報より、ポリペプチド全長をコードする領域のDNAをPCRで増幅できるように、プライマーPH1182−F(配列番号3)およびプライマーPH1182−R(配列番号4)をそれぞれ合成した。
実施例1で得られた発現ベクターpCold TF−PH1182で大腸菌BL21(DE3)株(ノバジェン社製)をトランスフォーメーションし、発現用大腸菌pCold TF−PH1182/BL21(DE3)を得た。前記の大腸菌を100μg/mlのアンピシリンを含む5mlのLB培地中、37℃で培養し、OD600nm =0.5になったところで、15℃、30分間インキュベーションした後、IPTG(タカラバイオ社製)を最終濃度1mMになるように加えてポリペプチドの発現を誘導し、15℃、24時間培養した。24時間後に培養を終了し、菌体を遠心分離により回収した。菌体を300μlのリシスバッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、10mM イミダゾール、pH8.0)に懸濁した後、超音波破砕機(Handy sonic、トミー社製)を用いて菌体を破砕した。遠心分離により回収した上清に20μlのNi−NTA agarose(キアゲン社製)を加え、4℃、30分間放置した。遠心分離して回収した沈澱を100μlの洗浄バッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、20mM イミダゾール、pH8.0)で2回洗浄した。洗浄後の沈殿に20μlの溶出バッファー(50mM NaH2PO4、300mM NaCl、250mM イミダゾール、pH8.0)を加えて懸濁し、遠心して上清を回収した。同じ溶出操作をさらに2回繰り返し、合計60μlのPH1182ポリペプチドを含む試料を得た。この試料の一部をSDS−PAGEに供して予想されるサイズのポリペプチドが含有されていることを確認した。また、試料中のPH1182タンパク濃度は約25ng/μlであった。
実施例2で得られたPH1182ポリペプチドのリボヌクレアーゼ活性の塩基配列特異性を調べるために、オリゴリボヌクレオチドを合成し、切断アッセイを行った。
SEQ ID NO:4; PCR primer PH1182-R to amplify a DNA fragment encoding PH1182 protein.
SEQ ID NO:5; Oligonucleotide STPU1 to modify pCold TF.
SEQ ID NO:6; Oligonucleotide STPL2 to modify pCold TF.
SEQ ID NO:7; Oligoribonucleotide DGC001.
SEQ ID NO:8; Oligoribonucleotide MRI017.
SEQ ID NO:9; Oligoribonucleotide ABC007.
SEQ ID NO:10; Oligoribonucleotide MRI023.
SEQ ID NO:11; Oligoribonucleotide MRI002.
SEQ ID NO:12; Oligoribonucleotide MRI014.
SEQ ID NO:13; Oligoribonucleotide MRI027.
SEQ ID NO:14; Oligoribonucleotide MRI031.
SEQ ID NO:15; Oligoribonucleotide ABC001.
SEQ ID NO:16; Oligoribonucleotide ABC017.
SEQ ID NO:17; Oligoribonucleotide ABC018.
Claims (9)
- 配列表の配列番号1記載のアミノ酸配列、または該配列において1個以上のアミノ酸残基の欠失、付加、挿入もしくは置換の少なくとも1つを有するアミノ酸配列で示され、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチド。
- 請求項1記載のポリペプチドをコードする核酸。
- 配列表の配列番号2記載の塩基配列を有することを特徴とする請求項2記載の核酸。
- 請求項3記載の核酸にストリンジェントな条件でハイブリダイズ可能であり、かつ配列特異的なエンドリボヌクレアーゼ活性を有するポリペプチドをコードする核酸。
- 請求項2〜4いずれか1項に記載の核酸を含んでなる組換えDNA。
- 請求項5記載の組換えDNAにより形質転換されてなる形質転換体。
- 請求項6記載の形質転換体を培養する工程、および該培養物中より配列特異的なRNA切断活性を有するポリペプチドを採取する工程を包含することを特徴とする請求項1のポリペプチドの製造方法。
- 一本鎖RNAに請求項1記載のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNA分解物の製造方法。
- 一本鎖RNAに請求項1記載のポリペプチドを作用させる工程を包含することを特徴とする、一本鎖RNAの分解方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2007536449A JP4889647B2 (ja) | 2005-09-21 | 2006-09-08 | 新規なエンドリボヌクレアーゼ |
Applications Claiming Priority (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2005274017 | 2005-09-21 | ||
JP2005274017 | 2005-09-21 | ||
PCT/JP2006/317858 WO2007034693A1 (ja) | 2005-09-21 | 2006-09-08 | 新規なエンドリボヌクレアーゼ |
JP2007536449A JP4889647B2 (ja) | 2005-09-21 | 2006-09-08 | 新規なエンドリボヌクレアーゼ |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2007034693A1 true JPWO2007034693A1 (ja) | 2009-03-19 |
JP4889647B2 JP4889647B2 (ja) | 2012-03-07 |
Family
ID=37888744
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2007536449A Expired - Fee Related JP4889647B2 (ja) | 2005-09-21 | 2006-09-08 | 新規なエンドリボヌクレアーゼ |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7745190B2 (ja) |
EP (1) | EP1947177A4 (ja) |
JP (1) | JP4889647B2 (ja) |
CN (1) | CN101268186B (ja) |
WO (1) | WO2007034693A1 (ja) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2005115477A2 (en) | 2004-04-13 | 2005-12-08 | Quintessence Biosciences, Inc. | Non-natural ribonuclease conjugates as cytotoxic agents |
EP2049151A4 (en) | 2006-07-17 | 2010-03-24 | Quintessence Biosciences Inc | METHOD AND COMPOSITIONS FOR THE TREATMENT OF CANCER |
WO2010039985A1 (en) * | 2008-10-01 | 2010-04-08 | Quintessence Biosciences, Inc. | Therapeutic Ribonucleases |
EP2569425B1 (en) | 2010-05-10 | 2016-07-06 | The Regents of The University of California | Endoribonuclease compositions and methods of use thereof |
CN104491833B (zh) * | 2014-12-01 | 2017-01-11 | 覃启红 | 一种治疗Ebola病毒的药物及其制备方法 |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5866365A (en) * | 1997-06-05 | 1999-02-02 | Smithkline Beecham Corporation | RNC polynucleotides |
US8183011B2 (en) | 2003-06-13 | 2012-05-22 | University Of Medicine And Dentistry Of New Jersey | RNA interferases and methods of use thereof |
-
2006
- 2006-09-08 CN CN2006800346234A patent/CN101268186B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2006-09-08 JP JP2007536449A patent/JP4889647B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-09-08 WO PCT/JP2006/317858 patent/WO2007034693A1/ja active Application Filing
- 2006-09-08 US US12/067,769 patent/US7745190B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2006-09-08 EP EP06797712A patent/EP1947177A4/en not_active Withdrawn
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1947177A4 (en) | 2008-11-19 |
US20090047709A1 (en) | 2009-02-19 |
JP4889647B2 (ja) | 2012-03-07 |
CN101268186B (zh) | 2011-08-03 |
CN101268186A (zh) | 2008-09-17 |
US7745190B2 (en) | 2010-06-29 |
EP1947177A1 (en) | 2008-07-23 |
WO2007034693A1 (ja) | 2007-03-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN102796728B (zh) | 用于通过转座酶的dna片段化和标记的方法和组合物 | |
US7067298B2 (en) | Compositions and methods of using a synthetic Dnase I | |
JP4889647B2 (ja) | 新規なエンドリボヌクレアーゼ | |
WO2023138082A1 (zh) | 一种真核生物来源的Argonaute蛋白及其应用 | |
JP4857260B2 (ja) | 低温性微生物由来エンドヌクレアーゼ | |
JP4974891B2 (ja) | 新規なエンドリボヌクレアーゼ | |
US8017356B2 (en) | Endoribonuclease | |
EP0877084B1 (en) | Thermostable diaphorase gene | |
JPWO2007010740A1 (ja) | 新規なエンドリボヌクレアーゼ | |
JPWO2006123537A1 (ja) | 新規なエンドリボヌクレア−ゼ | |
CN109735516B (zh) | 受核苷酸片段引导具有特异核酸内切酶活性的piwi蛋白 | |
WO2023248870A1 (ja) | エンドリボヌクレアーゼ、タンパク質、ポリヌクレオチド、発現ベクター、形質転換体、複合体、rna分解物の製造方法、rnaの切断方法及び細胞制御方法 | |
JP5787335B2 (ja) | アセチルコリンエステラーゼ遺伝子 | |
JP2019170225A (ja) | エンドリボヌクレアーゼ、およびその阻害物質 | |
CN118019843A (zh) | Ii类v型crispr系统 | |
JPWO2006064721A1 (ja) | 低温活性型サチライシン | |
JP2006042643A (ja) | 無細胞タンパク質合成法を用いる新規ヌクレアーゼのスクリーニング方法 | |
JP2000228986A (ja) | アミノペプチダーゼ前駆体をプロセッシングする酵素遺伝子、該遺伝子を含むベクター及び形質転換体 | |
JP2013176302A (ja) | エクシジョナーゼ及びこれを用いる遺伝子組換え方法 | |
JP2006042642A (ja) | 新規制限酵素PabI |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20090609 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110920 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20111102 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20111129 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20111213 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20141222 Year of fee payment: 3 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |