JPWO2005100240A1 - Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 - Google Patents
Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JPWO2005100240A1 JPWO2005100240A1 JP2006519303A JP2006519303A JPWO2005100240A1 JP WO2005100240 A1 JPWO2005100240 A1 JP WO2005100240A1 JP 2006519303 A JP2006519303 A JP 2006519303A JP 2006519303 A JP2006519303 A JP 2006519303A JP WO2005100240 A1 JPWO2005100240 A1 JP WO2005100240A1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- dna
- sulfite
- deamination
- cytosine
- composition
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C01—INORGANIC CHEMISTRY
- C01D—COMPOUNDS OF ALKALI METALS, i.e. LITHIUM, SODIUM, POTASSIUM, RUBIDIUM, CAESIUM, OR FRANCIUM
- C01D5/00—Sulfates or sulfites of sodium, potassium or alkali metals in general
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C01—INORGANIC CHEMISTRY
- C01B—NON-METALLIC ELEMENTS; COMPOUNDS THEREOF; METALLOIDS OR COMPOUNDS THEREOF NOT COVERED BY SUBCLASS C01C
- C01B17/00—Sulfur; Compounds thereof
- C01B17/62—Methods of preparing sulfites in general
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C01—INORGANIC CHEMISTRY
- C01C—AMMONIA; CYANOGEN; COMPOUNDS THEREOF
- C01C1/00—Ammonia; Compounds thereof
- C01C1/22—Sulfites of ammonium
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Inorganic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Materials Engineering (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
(1)1本鎖DNAを含有する試料を、6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物で処理する工程、
(2)(1)で処理した試料をアルカリ処理する工程。
より詳細には、工程(1)における亜硫酸塩組成物は、項1〜6のいずれかに記載の亜硫酸塩組成物である。
(0)試料中の二本鎖DNAを一本鎖DNAに変性する工程。
(a)1本鎖DNAを含有する試料を、6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物で処理した後、アルカリ処理して、脱アミノ化処理する工程、
(b)(a)で得られた試料中のメチル化DNAを検出する工程。
以下、本発明を詳細に説明する。
本発明の態様の一つは、高い亜硫酸濃度を示す亜硫酸塩組成物である。
本発明における亜硫酸には、化学式で表して、H2SO3,HSO3 −,SO3 −などが含まれる。本発明の好ましい形態である酸性条件下では、ほとんどが重亜硫酸イオン(HSO3 −)として存在する。
本発明の態様の一つは、DNAの脱アミノ化方法である。
本発明の態様の一つは、メチル化DNAの検出方法である。
(a)1本鎖DNAを含有する試料を、6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物で処理した後、アルカリ処理して、脱アミノ化処理する工程、
(b)(a)で得られた試料中のメチル化DNAを検出する工程。
(b)の工程において、メチル化シトシンの検出は、例えば、塩基配列決定、DNAチップまたは制限酵素を用いる手段により行うことができる。
本発明の態様の一つは、DNAの脱アミノ化用キット、又は、メチル化DNAの検出用キットである。
[図2]図2は、DNAの脱アミノ化反応のpH依存性を示した図面である。
[図3]図3は、サケ睾丸DNA試料をHPLCで分析した結果を示した図面である。図3aは本発明の亜硫酸塩組成物で処理した試料、図3bは未処理の試料の分析結果である。図3中、Cは2’−デオキシシチジンを表す。Uは、2’−デオキシウリジンを表す。mCは5−メチル−2’−デオキシシチジンを表す。Gは2’−デオキシグアノシンを表す。Tはチミジンを表す。Aは2’−デオキシアデノシンを表す。
[図4]図4は、MCF−7細胞におけるCDH1遺伝子の亜硫酸塩処理による解析に関する図面である。図4(A)は増幅させたゲノム領域を示す。図4(B)は増幅させた領域の配列を示す。太文字はCpGジヌクレオチドを示す。図4(C)は亜硫酸処理したゲノムDNAを段階希釈した時のPCR増幅結果を示す。aは従来法(3.6M亜硫酸濃度の亜硫酸塩組成物を用いて55℃で20時間)で処理したものである。bは本発明の亜硫酸塩組成物を用いて90℃で20分処理したものである。cは、本発明の亜硫酸塩組成物を用いて70℃で40分処理したものである。レーン1では500ng、レーン2では50ng、レーン3では5ng、レーン4では500pg、レーン5では50pgのDNAを鋳型として使用した。図4(D)はプラスミドクローンの塩基配列分析結果を示す。各列は個々のプラスミドクローンを示す。○及び●はそれぞれチミン及びシトシンを示す。ポジション2のドットサークルは、このポジションがMCF−7細胞ではヘテロ接合体であるためカウントしていない。矢印はCpGヌクレオチドにおけるシトシンの位置を示す。
[図5]図5は、MCF−7細胞におけるRASSF1A遺伝子の亜硫酸塩処理による解析に関する図面である。図5(A)は増幅させたゲノム領域を示す。図5(B)は増幅させた領域の配列を示す。太文字はCpGジヌクレオチドを示す。相補鎖を鋳型として使用したため、相補鎖のメチル化シトシンの位置はグアニン残基として示される。図5(C)は亜硫酸処理したゲノムDNAを段階希釈した時のPCR増幅結果を示す。aは従来法(3.6M亜硫酸濃度の亜硫酸塩組成物を用いて55℃で20時間)で処理したものである。bは本発明の亜硫酸塩組成物を用いて90℃で20分で処理したものである。cは、本発明の亜硫酸塩組成物を用いて、70℃で40分処理したものである。レーン1では500ng、レーン2では50ng、レーン3では5ng、レーン4では500pg、レーン5では50pgのDNAをテンプレートとして使用した。図5(D)はプラスミドクローンの塩基配列分析結果を示す。各列は個々のプラスミドクローンを示す。○及び●はそれぞれチミン及びシトシンを示す。矢印はCpGヌクレオチドにおけるシトシンの位置を示す。
0−A.亜硫酸濃度の測定
亜硫酸濃度の測定は、塩酸溶液中で亜硫酸塩から二酸化硫黄が生成し、生成した二酸化硫黄の量に依存して、276nmの吸光度(A276)が変化することを利用して行った。
亜硫酸水素ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、及び亜硫酸アンモニウム1水和物(いずれも和光純薬工業株式会社製)の溶解度は、次のように測定した。
表中の濃度において、計算値とは溶解した各亜硫酸塩の質量と分子量から計算した亜硫酸濃度(M(mol/l))を表す。また、測定値とは上記0−Aの方法に従って測定した亜硫酸濃度(M)を表す。
5.0mlの50%亜硫酸水素アンモニウム溶液に2.08gの亜硫酸水素ナトリウム及び0.67gの亜硫酸アンモニウムを加えて70℃で5分間攪拌して、溶解した。得られた溶液のpHは5.4、亜硫酸濃度は10Mであった。この溶液のpH及び亜硫酸濃度は70℃、4時間でも変化なかった。
脱アミノ化反応物の定量はSonoらの文献(Sonoら、J.Am.Chem.Soc.、Vol.96、p.4745−4749、(1973))に記載の方法に従った。
1−Bと同様の方法にて、9M亜硫酸水素ナトリウム−アンモニウム溶液(pH5.4)を用いて、90℃、50℃、37℃で処理した場合における、デオキシシチジンのt1/2を測定した。その結果、それぞれ1分以下、5分及び17分であった。
以下の手順に従って、2’−デオキシシチジンが完全に2’−デオキウリジンに変換する時間を測定した。
0.2Mの2’−デオキシシチジン溶液25μlに、1−Aで調製した10Mの亜硫酸水素ナトリウム−アンモニウム溶液(反応終濃度9M)を250μl加えて、種々の時間処理した後、500μlの冷水を加えて反応を停止した。75μlの反応液を5mlの0.2Mリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.2)と混合して室温で40分放置した。
HPLC分析システム(日立計測器サービス株式会社製)にウルトラスフェアーODS4.6mm×25cmカラム(ベックマン−コールター社製)を接続した。緩衝液A(100mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.0))、及び緩衝液B(90%メタノール、1mMリン酸カリウム緩衝液(pH7.0))を調製した。HPLCシステムのプログラムは流速0.7ml/分、緩衝液濃度プロファイルは、100%A:0分、100%A:5分、85%A:25分、55%A:35分、0%A:60分とした。
測定の結果、9M亜硫酸水素ナトリウム−アンモニウム溶液(pH5.4)を用いて脱アミノ化処理を行う場合、2’−デオキシシチジンが完全に(100%)、2’−デオキウリジンに変換する時間は、70℃で30分、90℃で8分であることがわかった。
50%亜硫酸水素アンモニウム溶液に、任意の割合の亜硫酸水素ナトリウムと亜硫酸ナトリウムを溶解させ、pH4.0から6.0の7M亜硫酸塩溶液を調製した。この溶液を用いて、1−Bの記載と同様の方法にて、2−デオキシシチジンの脱アミノ化率を測定した。反応時間は5分、温度は60℃とした。
サケ睾丸DNA(シグマ社製)を1.6mg/mlになるように滅菌水で溶解した。この溶液50μlに3N水酸化ナトリウム(和光純薬社製)を5μl加えて、30℃、30分間処理して、二本鎖DNAを一本鎖DNAに変性した。
9Mの亜硫酸アンモニウム−ナトリウム溶液中、90℃、10分間処理した時のゲノムDNA中のシトシンの脱アミノ化率(シトシンからウラシルへの変換率)は99.6%であった。また5−メチルシトシンの変換率は10%以下であった。さらに他の塩基の変換は認められなかった。70℃及び37℃で同様の脱アミノ化率が得られる反応時間は、それぞれ16分と170分であった。
1μgの制限酵素ScaI(NEB社製)で処理したpUC119(タカラバイオ社製)を、50μlの0.3N水酸化ナトリウム溶液中で37℃、30分間処理して1本鎖DNAに変性した。処理液に500μlの10Mアンモニウム−ナトリウム亜硫酸溶液(pH5.4)を加えて良く混合してミネラルオイルを重層し、70℃または90℃で、5分から40分間反応させた。反応液130μlを抜き取り、氷冷した等量の滅菌水と混合した。取扱い説明書にしたがって、Wizard DNA Clean−UPシステム(プロメガ社製)を用いてDNAを精製し、90μlの滅菌水に溶解した。11μlの2N水酸化ナトリウム溶液を添加して37℃、10分間処理した。10μgの酵母tRNA(シグマ社製)をキャリアーとしてエタノール沈澱操作によりDNAを回収し、100μlのTE緩衝液(10mM Tris−HCl(pH8.0)、1mM EDTA)に溶解した。
MCF−7細胞において、CDH1遺伝子とRASSF1A遺伝子のCpG島はそれぞれ非メチル化、又はメチル化されていることが報告されている(Koizumeら、Nucleic Acids Res.,30,4770−4780,2002及び、Dammannら、Cancer Res.,61,3105−3109,2001等参照)。そこで、9Mの亜硫酸塩組成物の処理後、これらのCpG島のメチル化状態が再現されるかを調べた。
ヒト乳ガン細胞MCF−7細胞から得たゲノムDNAを、制限エンドヌクレアーゼTSP509Iで消化した。フェノール−クロロホルム処理及びエタノール沈殿処理を行って、乾燥後、DNAを45μlの滅菌水に溶解し、更に3N水酸化ナトリウム5μl加えて、37℃、30分間処理して1本鎖DNAに変性した。1本鎖に変性したDNA溶液に10M亜硫酸塩組成物565μl(90℃)、545μl(70℃)を加えて、90℃で20分、又は、70℃で40分処理した。反応後、取扱い説明書にしたがって、Wizard DNA Clean−UPシステム(プロメガ社製)を用いてDNAを精製し、90μlの滅菌水に溶解した。11μlの2N水酸化ナトリウム溶液を添加して37℃、10分間処理した。10μgの酵母tRNA(シグマ社製)をキャリアーとしてエタノール沈澱操作によりDNAを回収し、16μlのTE緩衝液(10mM Tris−HCl(pH7.5)、1mM EDTA)に溶解した。
まず、MCF−7細胞におけるCDH1遺伝子のメチル化状態を解析した。亜硫酸塩組成物で処理した後の試料を鋳型として、図4B(又は配列表の配列番号3)に示される配列280塩基対の断片を増幅した。PCR解析は、以下の手順で行った。
亜硫酸塩組成物で処理後のMCF−7DNAを、酵母tRNA1.25mg/mlを含むTE(10mM Tris・HCl(pH7.5)/1mM EDTA(pH8.0))で段階的に希釈した。95℃で3分間インキュベートした後、Ampli Taq DNAポリメラーゼStoffelフラグメントを加えて、第1段階の増幅を95℃で30秒、55℃で30秒、72℃で30秒の条件で20サイクル行った。反応は、Koizumeらの文献(Nucleic Acids Res.,30,p.4770−4780,(2002))に従った。鋳型DNAは、500ng、50ng、5ng又は500pgの量で使用した。またPCRプライマーは表3又は配列表の配列番号4(CDH1−L1)及び配列番号5(CDH1−R1)に示す配列を用いた。次いで、第1段階のPCR反応液2μl、PCRプライマーとして、表3又は配列表の配列番号6(CDH1−L2)及び配列番号7(CDH1−R2)に示す配列を用いて30サイクル行う以外は上述したのと同様の条件で、semi−nested PCRを行った。
初めに、どの程度の量のDNAが鋳型として用い得るかについて調べた。従来の方法で処理したMCF−7DNAを鋳型として使用した場合(図4C,a,レーン2)、9Mの重亜硫酸組成物で90℃で20分(図4C,b,レーン2)及び70℃で40分(図4C,c,レーン2)処理したMCF−7DNAを使用した場合いずれも50ngのDNAを適用した際、明瞭なPCR産物が検出された。
次いで、MCF−7細胞におけるRASSF1A遺伝子のCpG島のメチル化状態を解析した。亜硫酸塩組成物で処理した後の試料を鋳型として、図5B(又は配列表の配列番号8)に示される配列151塩基対の断片を増幅した。
次に示す点以外は、上記4−Bと同様の方法でPCR解析を行った。第1段階PCRプライマーとして、表3又は配列表の配列番号9(RASSF1A−L1)及び配列番号10(RASSF1A−R1)に示す配列を用いた。semi−nested PCRにおいては、第一段階PCR反応液を6μl使用した。PCRプライマーとしては、表3又は配列表の配列番号9(RASSF1A−L1)及び配列番号11(RASSF1A−R2)に示す配列を使用した。
従来の方法で処理したMCF−7DNAを鋳型として使用した場合、PCR産物は50ngのDNAを適用したときに検出された(図5C,a,レーン2)。しかし、9M亜硫酸塩組成物を用いて90℃で20分又は70℃で40分処理したMCF−7DNAを鋳型として使用した場合、PCR産物は、500ngのDNAを適用した際にのみ検出された。
Claims (18)
- 6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物。
- 6.2Mより大きく10M以下の亜硫酸濃度を有する請求項1記載の亜硫酸塩組成物。
- pHが5.0から5.6である請求項1に記載の亜硫酸塩組成物。
- 2種以上の亜硫酸塩を含有する請求項1に記載の亜硫酸塩組成物。
- 亜硫酸のアンモニウム塩及びナトリウム塩からなる群から選ばれる2種以上の亜硫酸塩を含有する請求項1に記載の亜硫酸塩組成物。
- 亜硫酸アンモニウム、亜硫酸水素アンモニウム及び亜硫酸水素ナトリウムを含有する請求項1に記載の亜硫酸塩組成物。
- 下記工程を有するDNAの脱アミノ化方法:
(1)1本鎖DNAを含有する試料を、6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物で処理する工程、
(2)(1)で処理した試料をアルカリで処理する工程。 - 工程(1)の前に下記工程(0)を有する請求項7に記載のDNAの脱アミノ化方法:
(0)試料中の二本鎖DNAを一本鎖DNAに変性する工程。 - 工程(1)におけるDNAがシトシンを含んでなるDNAである、請求項7に記載のDNAの脱アミノ化方法。
- 工程(1)における亜硫酸塩組成物が、6.2Mより大きく10M以下の亜硫酸濃度を有する亜硫酸組成物である請求項7に記載のDNAの脱アミノ化方法。
- 工程(1)が、pHの範囲が5〜5.6程度で処理する工程である請求項7に記載のDNAの脱アミノ化方法。
- 工程(1)が、60〜95℃程度の温度で、5〜60分程度処理する工程である請求項7に記載のDNAの脱アミノ化方法。
- 以下の工程を有するメチル化DNAの検出方法:
(a)1本鎖DNAを含有する試料を、6.2Mより大きい亜硫酸濃度を有する亜硫酸塩組成物で処理した後、アルカリ処理して、脱アミノ化処理する工程、
(b)(a)で得られた試料中のメチル化DNAを検出する工程。 - 工程(a)におけるDNAがシトシンを含んでなるDNAであり、工程(b)が(a)で得られた試料中のメチル化シトシンを検出する工程である請求項13に記載のメチル化DNAの検出方法。
- 工程(b)が、塩基配列決定、DNAチップまたは制限酵素のいずれかを用いて試料中のメチル化シトシンを検出する工程である、請求項14に記載のメチル化DNAの検出方法。
- 工程(b)が、DNAのシトシンがウラシルに変換された場合に核酸増幅できる少なくとも1つのプライマー、及びシトシンがウラシルに変換されない場合に核酸増幅できる少なくとも1つのプライマーを用いて、試料中のDNAを増幅させ、増幅の有無により、5−メチルシトシンとウラシルの存在位置を同定する手段によりメチル化シトシンを検出する工程である請求項14記載のメチル化DNAの検出方法。
- 請求項1に記載の亜硫酸塩組成物を含んでなるDNAの脱アミノ化用キット。
- 請求項1に記載の亜硫酸塩組成物を含んでなるメチル化DNAの検出用キット。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2004114476 | 2004-04-08 | ||
JP2004114476 | 2004-04-08 | ||
PCT/JP2004/017782 WO2005100240A1 (ja) | 2004-04-08 | 2004-11-30 | Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2005100240A1 true JPWO2005100240A1 (ja) | 2008-03-06 |
Family
ID=35149901
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006519303A Pending JPWO2005100240A1 (ja) | 2004-04-08 | 2004-11-30 | Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20080070240A2 (ja) |
JP (1) | JPWO2005100240A1 (ja) |
WO (1) | WO2005100240A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20060063189A1 (en) * | 2004-09-21 | 2006-03-23 | Applera Corporation Applied Biosystems Group | Methods of using sulfur nucleophiles as improved alternatives to sodium bisulfite for methylated DNA analysis |
JP2008136404A (ja) * | 2006-11-30 | 2008-06-19 | Sysmex Corp | Dnaメチル化検出における非メチル化シトシン変換処理後のdna量の確認方法 |
CA3111723A1 (en) | 2012-01-30 | 2013-08-08 | Exact Sciences Development Company, Llc | Sulfonated small dna compositions and methods for sulfonating and desulfonating small dnas |
CN111269963B (zh) * | 2019-12-31 | 2021-07-13 | 广东凯普生物科技股份有限公司 | 一步法核酸提取转化试剂盒及其使用方法 |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004000128A (ja) * | 2002-04-05 | 2004-01-08 | Japan Science & Technology Corp | 造血器腫瘍細胞検出方法および造血器腫瘍細胞検出キット |
JP2004500892A (ja) * | 2000-06-19 | 2004-01-15 | エピゲノミクス アーゲー | シトシン−メチル化の検出方法 |
JP2004089195A (ja) * | 2002-08-29 | 2004-03-25 | F Hoffmann La Roche Ag | 亜硫酸水素塩処理のための改善された方法 |
JP2004527241A (ja) * | 2001-03-09 | 2004-09-09 | エピゲノミクス アーゲー | シトシンメチル化型の高感度での実証方法 |
JP2005514035A (ja) * | 2002-01-08 | 2005-05-19 | エピゲノミクス アーゲー | ハイブリダイゼーションしたプローブオリゴヌクレオチド(mla)の指数的ライゲーションによるシトシン−メチル化パターンの検出方法 |
JP2006516391A (ja) * | 2003-01-29 | 2006-07-06 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | 重亜硫酸塩処理の改良された方法 |
Family Cites Families (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3909408A (en) * | 1971-02-27 | 1975-09-30 | Asahi Chemical Ind | Process for treating aldehydes |
US3971734A (en) * | 1973-08-28 | 1976-07-27 | Nl Industries, Inc. | Sulfite compositions, aqueous sulfite solutions and method of decreasing their rate of oxidation |
US3966880A (en) * | 1975-06-17 | 1976-06-29 | American Chemical & Refining Company Inc. | Method for producing alkali metal gold sulfite |
EP1443052A1 (en) * | 2003-01-29 | 2004-08-04 | Roche Diagnostics GmbH | Improved method for bisulfite treatment of nucleic acid |
-
2004
- 2004-11-30 US US10/593,130 patent/US20080070240A2/en not_active Abandoned
- 2004-11-30 WO PCT/JP2004/017782 patent/WO2005100240A1/ja active Application Filing
- 2004-11-30 JP JP2006519303A patent/JPWO2005100240A1/ja active Pending
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004500892A (ja) * | 2000-06-19 | 2004-01-15 | エピゲノミクス アーゲー | シトシン−メチル化の検出方法 |
JP2004527241A (ja) * | 2001-03-09 | 2004-09-09 | エピゲノミクス アーゲー | シトシンメチル化型の高感度での実証方法 |
JP2005514035A (ja) * | 2002-01-08 | 2005-05-19 | エピゲノミクス アーゲー | ハイブリダイゼーションしたプローブオリゴヌクレオチド(mla)の指数的ライゲーションによるシトシン−メチル化パターンの検出方法 |
JP2004000128A (ja) * | 2002-04-05 | 2004-01-08 | Japan Science & Technology Corp | 造血器腫瘍細胞検出方法および造血器腫瘍細胞検出キット |
JP2004089195A (ja) * | 2002-08-29 | 2004-03-25 | F Hoffmann La Roche Ag | 亜硫酸水素塩処理のための改善された方法 |
JP2006516391A (ja) * | 2003-01-29 | 2006-07-06 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲー | 重亜硫酸塩処理の改良された方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20070178466A1 (en) | 2007-08-02 |
WO2005100240A1 (ja) | 2005-10-27 |
US20080070240A2 (en) | 2008-03-20 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
ES2882401T3 (es) | Método de detección de polimorfismos basado en AFLP de alto rendimiento | |
JP6224689B2 (ja) | シトシンとこれの修飾物とを識別するための、およびメチローム分析のための方法および組成物 | |
EP2740806B1 (en) | Methods for accurate sequence data and modified base position determination | |
EP3837379B1 (en) | Method of nucleic acid enrichment using site-specific nucleases followed by capture | |
JP7240337B2 (ja) | ライブラリー調製方法ならびにそのための組成物および使用 | |
CN110719957B (zh) | 用于核酸靶向富集的方法和试剂盒 | |
JPH11512607A (ja) | 核酸分子を特性化する方法 | |
JPH08505535A (ja) | 一本鎖dna分子の生成方法 | |
JP2005535283A (ja) | ランダムフラグメント化により生成されたdna分子を用いたdna増幅および配列決定 | |
US6335165B1 (en) | Methods and kits for characterizing GC-rich nucleic acid sequences | |
JP2007509629A (ja) | 二本鎖dnaの切断による複合核酸分析 | |
WO2000043531A9 (en) | Methods and kits for characterizing gc-rich nucleic acid sequences | |
US20200063194A1 (en) | Comprehensive single molecule enhanced detection of modified cytosines | |
EP1907587A1 (en) | Methylation specific primer extension assay for the detection of genomic imprinting disorders | |
JPWO2005100240A1 (ja) | Dnaの脱アミノ化のための組成物及びメチル化dnaの検出方法 | |
US6777188B2 (en) | Genotyping by mass spectrometric analysis of allelic fragments | |
KR20230124636A (ko) | 멀티플렉스 반응에서 표적 서열의 고 감응성 검출을위한 조성물 및 방법 | |
US20130309667A1 (en) | Primers for analyzing methylated sequences and methods of use thereof | |
CN115874291A (zh) | 一种对样本中dna和rna分子进行标记并同时检测的方法 | |
EP2044214A2 (en) | A method for determining the methylation rate of a nucleic acid | |
KR100477766B1 (ko) | 염기변이 분석 프라이머 및 그 방법 | |
US11639521B2 (en) | Method for determining the copy number of a tandem repeat sequence | |
US11312995B2 (en) | Method for detecting SNP site on SMA gene | |
CN115109845A (zh) | Rna中次黄嘌呤的高通量测序检测方法 | |
JPWO2005116254A1 (ja) | Dnaのメチル化を定量的に評価する方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A712 Effective date: 20100507 |
|
RD02 | Notification of acceptance of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7422 Effective date: 20100727 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20100727 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20100727 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110125 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20111025 |