JPWO2005033339A1 - アレルギー疾患の遺伝的素因マーカーとしてのヒトトル様レセプター3遺伝子多型およびその使用 - Google Patents
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Abstract
Description
(a)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−7番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(b)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1638番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(c)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1656番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(d)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の3519番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(e)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4792番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(f)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4960番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(g)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の5252番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(h)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6301番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(i)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(v)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−8921番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;および
(j)上記いずれかのポリヌクレオチドに対して相補的な配列を有するポリヌクレオチド。
(a)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−7番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(b)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1638番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(c)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1656番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(d)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の3519番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(e)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4792番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(f)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4960番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(g)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の5252番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(h)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6301番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(i)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(v)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−8921番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;および
(j)上記いずれかのポリヌクレオチドに対して相補的な配列を有するポリヌクレオチド。
(k)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−7番目に存在する一塩基多型部位;
(l)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1638番目に存在する一塩基多型部位;
(m)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1656番目に存在する一塩基多型部位;
(n)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の3519番目に存在する一塩基多型部位;
(o)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4792番目に存在する一塩基多型部位;
(p)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4960番目に存在する一塩基多型部位;
(q)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の5252番目に存在する一塩基多型部位;
(r)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6301番目に存在する一塩基多型部位;
(s)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位;
(t)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−8921番目に存在する一塩基多型部位;および
(u)ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位と連鎖不平衡にあるヒトトル様レセプター3遺伝子における一塩基多型部位。
(k)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−7番目に存在する一塩基多型部位;
(l)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1638番目に存在する一塩基多型部位;
(m)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の1656番目に存在する一塩基多型部位;
(n)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の3519番目に存在する一塩基多型部位;
(o)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4792番目に存在する一塩基多型部位;
(p)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の4960番目に存在する一塩基多型部位;
(q)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の5252番目に存在する一塩基多型部位;
(r)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6301番目に存在する一塩基多型部位;
(s)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の翻訳領域の6444番目に存在する一塩基多型部位;および
(t)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の非翻訳領域の−8921番目に存在する一塩基多型部位。
関連性研究
十分なインフォームドコンセントの上で、アレルギー疾患(小児喘息および成人喘息)患者および対照者(健常者)の検体を、臨床情報と共に収集した。なお、被験者は、全て日本人であった。
上述のようにTLR3遺伝子におけるアレル頻度を算出した。それぞれの多型について、小児喘息患者群と対照群との間の有意差を検定したところ、特に6444番目の塩基置換が小児喘息患者に多く存在することが分かった。すなわち、健常者におけるTのホモ接合体の場合が、Cのホモ接合体およびCTのヘテロ接合体の場合にくらべて有意に高かった(p=0.000020)。結果を表1に示す。したがって、TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型がTのホモ接合体である場合、小児喘息疾患群に比べて健常者である確率が有意に高く、この特定の遺伝子多型が疾患の表現型との強い関連を有するという結果を得た。また、それぞれの多型について、成人喘息患者群と対照群との間の有意差を検定したところ、この場合も、特に6444番目の塩基置換が成人喘息患者に多く存在することが分かった。すなわち、健常者におけるTのホモ接合体の場合が、Cのホモ接合体およびCTのヘテロ接合体の場合にくらべて有意に高かった(p=0.0097)。結果を表2に示す。したがって、TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型がTのホモ接合体である場合、成人喘息疾患群に比べて健常者である確率が有意に高く、この遺伝子多型が疾患の表現型との強い関連を有するという結果を得た。
遺伝子多型と表現型の関連
TLR3遺伝子領域の6444番目における遺伝子多型のアレル型とTLR3遺伝子の発現についての相関を調べた。TLR3遺伝子領域の6444番目の遺伝子多型TまたはCアレル検体の末梢血から「リンフォプレップ」(Axis shield社製)を用いて、ヒト末梢血単球画分を得た。単離した末梢血単球画分は、磁気分離法(MACS,Miltenyi社製)に供し、分化抗原CD14を持つ単球画分を得た。この画分をTLR3リガンド(poly(I:C)、アマシャムファルマシア社製)10μg/mL濃度で添加したRPMI1640培養液において培養した。培養後の細胞からRNA抽出液(Trizol、Invitrogen社製)を用いて、総RNAを抽出した。抽出した総RNAからcDNA合成試薬(Thirmoscript、RT−PCR System、Invitrogen社製)を用いて、総RNA中のmRNAを鋳型にしてcDNAを合成した。TLR3のcDNA量をリアルタイムPCR(Taqman PCR、Applied Biosystems社製)により定量してTLR3の発現量を調べた。
6444番目の塩基の一塩基多型Tアレルのホモ接合体4名、Cアレルのホモ接合体4名を検体として、TLR3発現量を比較した。各アレル4検体分の発現量比の平均値を図1に示す。poly(I:C)を10μg/mLで添加し、培養した場合、Tアレル試料におけるTLR3発現量は、Cアレル試料よりも約8倍多かった。試験した各アレル4検体ともに同様の傾向であり、C6444Tの多型によりTLR3発現量に大きな差がみられることがわかった。すなわち、小児喘息に罹りやすい遺伝子型の検体では、TLR3の発現量が少なかった。
Claims (15)
- 以下の(a)〜(j)および(v)に記載のポリヌクレオチドからなる群より選ばれる、いずれか1つのポリヌクレオチドからなるアレルギー疾患の遺伝的素因マーカー:
(a)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−7番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(b)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1638番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(c)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1656番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(d)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の3519番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(e)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4792番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(f)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4960番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(g)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の5252番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(h)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6301番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(i)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6444番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(v)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−8921番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;および
(j)上記いずれかのポリヌクレオチドに対して相補的な配列を有するポリヌクレオチド。 - 以下の(a)〜(j)および(v)に記載のポリヌクレオチドからなる群より選ばれる、いずれか1つまたはそれ以上のポリヌクレオチドからなるアレルギー疾患の遺伝的素因マーカーと特異的にハイブリダイズし、該マーカーを検出するための連続する塩基長10以上のポリヌクレオチド:
(a)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−7番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(b)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1638番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(c)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1656番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(d)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の3519番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(e)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4792番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(f)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4960番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(g)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の5252番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(h)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6301番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(i)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6444番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;
(v)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−8921番目に存在する一塩基多型部位を含むポリヌクレオチド;および
(j)上記いずれかのポリヌクレオチドに対して相補的な配列を有するポリヌクレオチド。 - 請求項2に記載のポリヌクレオチドを少なくとも1種含んで成る、アレルギー疾患の遺伝的素因マーカーの検出用プライマー。
- 請求項2に記載のポリヌクレオチドを含んで成る、アレルギー疾患の遺伝的素因マーカーの検出用プローブ。
- アレルギー疾患の遺伝的素因マーカーの検出用キットであって、請求項3に記載の検出用プライマーを含むことを特徴とする検出用キット。
- アレルギー疾患の遺伝的素因マーカーの検出用キットであって、請求項4に記載の検出用プローブを含むことを特徴とする検出用キット。
- ヒトトル様レセプター3遺伝子を請求項3に記載のプライマーでPCR増幅することによって得られることを特徴とする増幅産物。
- アレルギー疾患の遺伝的素因を検査する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における遺伝子多型を検出することを特徴とする検査方法。
- 前記遺伝子多型が以下の(k)〜(u)に記載の一塩基多型部位からなる群より選ばれる、少なくとも一箇所の一塩基多型であることを特徴とする請求項8に記載の検査方法:
(k)配列番号1または配列番号2で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−7番目に存在する一塩基多型部位;
(l)配列番号3または配列番号4で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1638番目に存在する一塩基多型部位;
(m)配列番号5または配列番号6で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の1656番目に存在する一塩基多型部位;
(n)配列番号7または配列番号8で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の3519番目に存在する一塩基多型部位;
(o)配列番号9または配列番号10で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4792番目に存在する一塩基多型部位;
(p)配列番号11または配列番号12で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の4960番目に存在する一塩基多型部位;
(q)配列番号13または配列番号14で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の5252番目に存在する一塩基多型部位;
(r)配列番号15または配列番号16で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6301番目に存在する一塩基多型部位;
(s)配列番号17または配列番号18で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の6444番目に存在する一塩基多型部位;
(t)配列番号19または配列番号20で特定され、ヒトトル様レセプター3遺伝子の−8921番目に存在する一塩基多型部位;および
(u)ヒトトル様レセプター3遺伝子の6444番目に存在する一塩基多型部位と連鎖不平衡にあるヒトトル様レセプター3遺伝子における一塩基多型部位。 - アレルギー疾患が喘息であることを特徴とする請求項8または9に記載の検査方法。
- 前記喘息が小児喘息であることを特徴とする請求項10に記載の検査方法。
- ウイルス疾患の罹患性を判定する方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子における遺伝子多型が罹患性の指標となる分析を行うステップを含むことを特徴とする判定方法。
- 前記遺伝子多型が請求項9に記載の一塩基多型部位からなる群より選ばれる、少なくとも一箇所の一塩基多型であることを特徴とする請求項12に記載の判定方法。
- アレルギー疾患の治療剤のスクリーニング方法であって、ヒトトル様レセプター3遺伝子発現細胞に候補薬剤を接触させ、ヒトトル様レセプター3遺伝子の発現をアッセイすることを特徴とするスクリーニング方法。
- ヒトトル様レセプター3遺伝子の発現を調節する薬剤を有効成分として含むことを特徴とするアレルギー疾患の治療剤。
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