JPS61167697A - 自動化核酸抽出方法及び装置 - Google Patents

自動化核酸抽出方法及び装置

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JPS61167697A
JPS61167697A JP61005181A JP518186A JPS61167697A JP S61167697 A JPS61167697 A JP S61167697A JP 61005181 A JP61005181 A JP 61005181A JP 518186 A JP518186 A JP 518186A JP S61167697 A JPS61167697 A JP S61167697A
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    • C12N15/10Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるた
め要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 光里■1景 本発明は核酸の細胞からの単離及び精製に関し、特にそ
の様な単離を自動的に達成する装置に関する。
in vitroでの核酸の操作における第一の工程の
一つはそれらの単離を含むものであり、例えば遺伝病の
試験を行うために比較的純粋なゲノムDNAの試料が必
要とされ、又、組換え技術はベクターDNA及びクロー
ン化されるDNAの両者の単離を必要とする。
一般的にDNAは細胞内に遊離分子としては存在せずD
NA、RNA及び蛋白質の複雑な会合物として存在する
。これはDNAの細胞の遺伝的青写真としての役割の結
果である。遺伝′情報を発現するためにDNAはメツセ
ンジャーRNAの産生のための鋳型として用いられこの
メツセンジャーRNAはリポゾームにより蛋白質に翻訳
される。
遺伝子発現のプロセスに直接関連する蛋白質例えばRN
Aポリメラーゼ及び正常蛋白質はDNAとin viv
oで相互作用して核−蛋白質複合体を形成する。DNA
ポリメラーゼ、DNAリガーゼ、各種巻戻し及びスーパ
ーコイル化酸素、組換え及び修復酵素及びDNA複製の
開始或いは維持に関連する蛋白質も又in vivoで
DNAと会合し、それにより純粋DNAの単離を複雑化
している。このDNAのこれらのその他の蛋白質及び核
酸との複雑な会合のためにDNAを得るための精製(単
離)手法は一般的に次の三段階のプロセスに考えること
ができる:(1)崩壊細胞壁及び膜からの可溶性高分子
量DNAの放出、(2)蛋白質変成或いは蛋白質分解に
よるDNA−蛋白質複合体の分解、及び(3)その他の
高分子からのDNA0単離。
このプロセス内において、細菌起源のDNA (原核生
物DNA)はDNAが染色体であるか或いはプラスミド
或いはバクテリオファージなどの染色体外のものである
かに応じて異った方法により典型的に精製される。染色
体DNAの精製においては細菌細胞壁は一般的に凍結−
融解により或いは酵素リゾチーム及びキレート他剤エチ
レンジアミン四酢酸(EDTA)による処理により一般
的に弱められる。細胞溶解は緩衝化された塩溶液中にお
けるドデシル硫酸ナトリウム(SDS)などの洗剤の添
加により達成される。溶解に続き、この溶液を膵臓リボ
ヌクレアーゼで処理してRNAとプロテアーゼを加水分
解して蛍白質を劣化させる。残存蛋白質及びオリゴペプ
チドをフェノール或いはフェノールとクロロホルムの等
量混合物の有機溶媒で抽出する。蛋白質の殆んどは変成
し、有機相に入り、有機相と水相の界面に沈澱し、この
相分離は遠心分離により達成される。その後、DNAを
含む透明な粘稠水性相を取出す。アルコールを添加する
とDNAが水性相から白色繊維状物質として沈澱し、ガ
ラス棒に巻付けることができる。アルコールからの沈澱
はDNA及びRNAの小さいオリゴヌクレオチド類及び
蛋白質の除去に用いた有機溶媒を除去しながら高分子量
DNAを濃縮する役割を果たす。残存洗剤及び塩類は再
懸濁DNA溶液を所望の緩衝液に対して透析することに
より除去することができる。場合によっては、DNAを
平衡密度セシウムクロライド勾配上の遠心分離或いはヒ
ドロキシルアパタイトクロマトグラフィーにより更に精
製するのが好ましい場合がある。上記染色体DNAに対
するプロセスにおいて典型的な実験処方はしばしばDN
A抽出及び精製のプロセスに対して少なくとも2日間要
求する(Recombinant Technique
s、 Ray+nond L、 Ro−drigues
及びRobert  C,Tact著、1983年16
2頁参照)。
プラスミド及びバクテリオファージを含む原核生物DN
Aの染色体外要素の精製に際しては標本を汚染する染色
体DNAの量を最少にするのが望ましい。バクテリオフ
ァージについてはこれはしばしば先ず感染細菌からのフ
ァージ粒子を精製し、次いで精製ファージ粒子をプロテ
アーゼ及び/又はフェノールを用いて処理してバクテリ
オファージDNAを放出させることにより達成されてい
る。
更にDNAの精製は染色体DNAについて説明したのと
同様な手段により達成される。しかしながら、その大き
さのために沈澱バクテリオファージ及びプラスミドDN
Aはガラス棒上には巻付けることができず従って、一般
的に遠心分離により回収されている。ここでも又全体の
単離及び精製プロセスのためには3日間が普通必要であ
る。
真核生物細胞については全細胞DNA0単離及び精製は
上記バクテリアについて説明した洗剤溶解方法の修正に
よりしばしば達成されている。主たる相異は典型的に細
胞溶解及び細胞蛋白質の消化が洗剤の存在下においてプ
ロティナーゼKを用いて達成されていることである。(
M、 GrossBellard、 P 、0udet
’及びP、 Chambon、 Eur、  J。
Biochem、、 36(1973) 32−38 
; N、 B11n、及びり。
W、 5tafford、 Nuc、^cid、 Re
s、、 3 (1976) 2303−2308 ?及
びり、J、Law、P、 M、 Frossard  
及びり、 L、 Rucknagel、 Gene、 
28(1984) 153−158参照〕。プロティナ
ーゼには次いで溶解物のフェノール或いはフェノール/
クロロホルム混合物による抽出により除去される。典型
的には細菌DNへの抽出に対するような混合操作におい
ては溶解物/フェノール或いは溶解物/フェノール−ク
ロロホルムはエマルジョンを形成し、その水相及び有機
相は遠心分離により分離される。DNAを含む上部の即
ち水性の相を次いで注ぎ出すか或いはピペットを用いて
取出し、この実質的に蛋白質のない溶解物を透析して小
分子量の細胞汚染物質及び残存フェノールを除去する。
上記手法において、プロセスを自動化する能力を重大に
制限する抽出における主たる制限はフェノール抽出の際
に水性及び有機相を分離するための遠心分離の必要性で
ある。しばしば所望の純度を達成するために幾つかの抽
出が必要とされ、その各々は遠心分離を必要とする。こ
れらの各種遠心分離のために作業は手動で行われており
、従って高価である。又、これらの構成は抽出操作の自
動化を困難且つ高価にする。
発Hの概 本発明の好ましい実施態様に従えば、遠心分離を用いる
ことなく細胞からの核酸の抽出及び精製の新しい方法を
実施する自動化装置が提供される。
この方法において、溶解物は高濃度の塩を有する溶解緩
衝液の存在下においてプロティナーゼにで細胞を処理す
ることにより形成される。この溶解物をフェノールベー
ス溶媒系と混合してエマルジョンを形成する。このエマ
ルジョンを少なくとも35℃の温度、より好ましくは4
5℃より大きい温度に加熱して相分離を促進する。最適
の結果のためには約55℃の温度が好ましい。相分離の
速度は又エマルジョンの表面積を増大することにより高
められる。−変相分離が完了すると、下部の有機相を除
去し、上部の水相を繰返し所定の回数フェノールベース
溶媒で溶出し、最終的にクロロホルムを用いて抽出する
。この残存水相を次いで透析して更に核酸溶液を精製濃
縮する。
この方法を実施するための装置は試料細胞を保持するた
めの少なくとも一つの抽出溶液及び試薬を抽出溶液に移
送し流体を抽出容器から除去するための移送系を含む。
この相分離操作に際して抽出容器の所望温度を維持する
ための加熱系がちうけられその含有される流体の混合を
得るために抽出容器を穏やかに振動するためのモータが
使用される。このモータは又抽出容器を水平軸の周りに
回転させ、溶解物のフェノールベース溶媒系による処理
により得られるエマルジョンの表面積を増大させる。高
塩濃度と加熱及びエマルジョンの表面積の増大の組合せ
の結果、相分離が2〜8分内に完了し、遠心分離の必要
性を全く除去する。
加熱系、モータ、及び移送系をコントロールするため、
容積をコントロールするため試薬の反応容器中への流れ
の時間設定のために、反応容器内の温度を追跡するため
に、及び抽出容器からの有機相の流れを追跡するために
、コンピュータ系が用いられる。このコンピュータは又
相分離中にモータによる混合時間及び待時間を設定する
マスタータイマーとしても機能し、上記方法に基づいて
設定された所定の指示に従って操作する。加圧透析系も
又装置内に含まれ、移送系により抽出容器に連結される
。この透析系は透析物をし再使用し、過度の補給を避け
るために分光光度計を介して浴容器から透析物を再循環
するためのポンプ及び浴容器に戻すための濾過系を含む
本発明の説明の目的のために次の定義が適用される。
「エマルジョン」とは一方が他の中に懸濁して保たれる
二つの非混和性の混合物である。細胞からの核酸の抽出
において、細胞溶解及び溶解物とフェノールベース溶媒
系との混合後にエマルジョンが形成され、その構成流体
は核酸を含有する水相及びフェノール、変成蛋白質及び
脂質類を含有する有機相である。核酸に加えて水相も又
典型的に不純物を含有し、それらは多くの状況において
更にin vitroの操作が行われる前に除去されな
ければならない、これらの不純物としては多くの炭水化
物、アミノ酸などの小分子量細胞構成物質及びヌクレオ
シド及びヌクレオチド等のより小さな核酸(通常細胞液
と称される)が含まれる。
「透析」とは駆動力が濃度勾配のみである場合における
二つの液体を分離する多孔質の隔壁を通しての異った大
きさの溶質の輸率差に依存する分離方法である。核酸の
抽出において透析はエマルジョンの水相における不純物
を除去するためにしばしば使用される。
「制限」とは独特の塩基配列部位におけるDNAの選択
的切断即ちエンドヌクレアーゼによる切断である。一般
的に、制限性はDNA純度に対する厳格な試験と考えら
れる。
方法 本発明の手法は核酸抽出に際して遠心分離を用いること
なく有機(フェノール)及び水性(DNA及び/又はR
NA)相の分離を達成する新規方法の自動化に依存する
ものである。この使用される実験方法は哺乳動物細胞特
に末梢血管リンパ球、肝臓及び羊膜細胞などの組織から
の高分子量DNA(約10”ダルトン)までの核酸の抽
出に適したものであるが、しかし、それは又抽出が行わ
れる前に組織が適当に調製されるならばその他の真核生
物細胞に対しても用いることができる。この方法は下記
の通りである: 工程1.核酸が抽出されるべき組織が高濃度の塩を有す
る溶解緩衝液の存在下において酵素プロティナーゼにで
消化され、この塩はイオン強度を増大する。好ましい溶
解緩衝液は8M尿素、LMNaCl、1%S D S、
 50 mM Tris−HC(l及び10mM  E
DTASpH8,0である。消化は消化されるべき細胞
の性質に応じて典型的に約55℃において3〜6時間行
われる。8M尿素の濃度はほぼ飽和に対応するものであ
り、従って上限を表わす。これより幾分低い濃度も使用
することができるが、最良の効率のためには8Mが好ま
しいい。下限は約4M尿素のように思われる。又、その
他のカオトロピック剤例えばグアナジン塩酸塩も尿素の
代りに用いることができる。洗剤SDSの濃度も又典型
的に0.5%程度から2%まで変えることができるが、
しかし、約1%が殆んどのタイプの哺乳動物の細胞に対
してより適切であるように思われる。その他の洗剤例え
ばTriton X −100(商標) 、Noned
it  (商標)及びラウロイオルサルコシンなども又
使用される。同様に、高塩濃度も下記の工程3における
相分離を相当に遅らせる0、5 Mから好ましい1MN
aC1溶液を用いた場合に得られる速度よりも相分離の
速度を余り増大させるようには思われない2Mまで変化
させることができる。その他の塩、例えばKCIも又使
用することが出来、その好ましい濃度は用いられる塩の
イオン強度に応じて異なる。又、EDTA以外のキレー
ト化剤例えば8−ヒドロキシキノリンを用いてもよく、
又場合によってはキレート化剤は省略してもよい。Tr
is−HCI!は緩衝液として機能する。
工程2.工程1から得られた溶解物を室温において約2
0分間等容積のフェノールベース溶媒系、好ましくは約
50 : 48 : 2の比率のフェノール/クロロホ
ルム/イソアミルアルコールと穏やかに混合されるがフ
ェノールは蛋白質を変成及び抽出し、クロロホルムは疏
水性を増大し及びDNAが水相に残るのを確実にしく工
程3参照)、及びイソアミルアルコールは主として抗界
面活性剤(消泡剤)として機能する。次いで混合の結果
としてエマルジョンが形成される。この有機溶媒系につ
いて例えばフェノール/クロロホルム/イソアミルアル
コール系をTris−HC(!緩衝液、pH8,0で飽
和したフェノールで置換するなどの変更を用いてもよい
が、しかし、工程3における所望の相分離を行う際の効
率のため、又緩衝液で飽和したフェノールを用いた系の
際に起こり得るようなりNAが有機相と水相の間の界面
において損失しないのでフェノール/クロロホルム/イ
ソアミルアルコール系が好ましい。同様に、この好まし
いフェノールベース溶媒系の正確な容量比(即ち50:
48:2)を変えることが可能であるが、クロロホルム
の濃度が余りに低いとしばしばDNAが水相に溜まるよ
りも有機相に入ることになる。一般的に約1:1のフェ
ノール対クロロホルムの比が最適の性能を与えるように
思われる。同様に、抗界面活性剤の濃度が余りに低いと
泡立ちが生じチューブを目詰りさせる可能性がある。
工程3.工程2から得られたエマルジョンの相分離は次
いで好ましくは35℃〜55℃の温度より好ましくは4
5℃〜55℃の温度、最も好ましくは約55℃に加熱し
ながらエマルジョンの表面積を増大することにより達成
されるが後者の温度はクロロホルムの沸点に近いもので
ある。表面積の増大はエマルジョンを含有する反応容器
を溶解物と有機相の間の界面の断面積を増大し、これら
の二相の深さを減少させる側にエマルジョンを位置する
ことにより典型的に行われる。この工程における高濃度
の塩、大きい界面面積及び高温の組合せはエマルジョン
を二相系に2〜8分以内に分離させ、よって遠心分離の
必要性を全く除去する。
工程40反応容器をゆっくり正常の真直ぐの位置に戻し
、相分離を維持する。
工程5. 下部のフェノール相を抜出し、廃液に排出す
る。
工程6.上記工程2〜5の抽出操作を核酸を含有する上
部相が透明になるまで繰返す。典型的にはリンパ球から
の核酸の単離には1回のみの追加の抽出が必要とされる
のに対し、その他の細胞タイプ例えば肝臓に対しては3
回もの追加の抽出が必要とされる場合がある。典型的に
は最終抽出はフェノール/クロロホルム/イソアミルア
ルコール混合物を用いるよりも残存フェノールの殆んど
を除去するクロロホルムのみを用いて行われる。
工程7.工程6の後に残存する水相を取出す。
工程8.工程7において取出された溶液を典型的には加
圧下に透析し、核酸を濃縮し、残存有機分子を除去する
工程9.任意工程として工程8の後に水相をRN as
e或いはDNaseのいづれかで処理し、抽出工程2〜
8を繰返して水相にそれぞれDNA或いはRNAのみを
残すことができる。
工程10.精製試料を集める。
装置 本発明の好ましい実施態様に従えば細胞から核酸を単離
精製するための装置が第1図、第2A及び2B図、第3
図及び第4図に図示されており、それらは各々系を通し
て各種試薬及びガスを一定経路に従って運ぶための流体
移送系100、抽出操作の際に環境及び抽出容器の物理
的傾きをコントロールするための室/振子系200、透
析系300及び自動コントロールを行うためのコンピュ
ータ系400を示している。
第1図に示される流体移送系100は一連の試薬容器1
〜9、各試薬容器に対して一対のバルブを配置した一連
の電気的に操作されるガスバルブ21〜38を含む、一
連のガスバルブ21〜38の各々は試薬容器内の圧力を
コントロールするために圧力マニホルド40或いはベン
トマニホルド41のいづれか、及び1〜9の特別の試薬
容器に接続されている。その様な試薬容器はその中に含
まれる試薬に応じて典型的にはガラス或いはポリエチレ
ンで構成されている。上記の抽出操作に用いられる特別
の方法に対しては試薬としては酵素、プロティナーゼに
、8M尿素、IM  NaC1゜1% SDS、50m
M  Tris−HCI、及び10mM  EDTA、
pH8,0で構成される溶解緩衝液、フェノール/クロ
ロホルム/イソアミルアルコール(50:48:2)の
混合液、クロロホルム、及びRNase及び/又はDN
aseなどが挙げられる。その他の方法、例えば細菌及
び酵母からの抽出のために使用することのできるその他
の試薬としては例えばリゾチーム、SDS、エタノール
、Tris−H(1%EDTA、各種塩溶液、その他の
緩衝液が挙げられる。
試薬容器の各々は電気的に操作されているバルブブロッ
ク50に連結されており、このパルプブロックは米国特
許4,008,736号明細書(1977年2月22日
発行、発明の名称: VALVII! ARRAN(J
M−ENT FORDISTRIBUTING FLυ
IDS、ウィットマンーリーボルド等(Wite+++
an−Liebold、 et al) )に記載され
ているものと同様なゼロデッドCzero dead)
容積バルブの組立て物であり系内の全てのその他のバル
ブブロックも同様である。その様な電気的に操作される
バルブブロックの一例はApplied Biosys
tems、 Inc、部品番号600656により製造
されている。もう一つの例は同時係属中の出願” Im
proved Apparatus and Meth
od for the 5equ−ential Pe
rformance of Chemical Pro
cesses ”  (L、E、Hood等により5e
rial  11kL4401571 。
kで1982年11月10日に出願され同−被譲渡人に
譲渡されたもの)に記載されている。各種試薬容器から
の流体流れは適当なガスバルブを開け、適当な排気バル
ブを閉じて所望の試薬容器内の圧力を増大させ及びバル
ブブロック50内の適当なバルブを開けることによりコ
ントロールされる。バルブブロック50に連結されてい
るバルブブロック51は次いで容器11〜15の一つで
ある特別の抽出容器に流れを導く。これらの抽出容器内
への流れはその各々がガスマニホルド72或いはベント
マニホルド74のいずれかに連結されている一連の電気
的操作されるガスバルブの対61〜70を介してコント
ロールされる。一度抽出容器内の抽出が完了し、有機及
び水相が分離されると有機相(抽出容器の底部にある)
を所望の抽出容器内の圧力を増大させ、バルブブロック
51内の対応するバルブを開けて抽出容器11上のチュ
ーブ17のような排出チューブを通して流体を容器の外
に押出す。バルブブロック51は流れを電気伝導度検出
器55を通してもう一つのバルブブロック52及び廃液
に導く。水相はその高い塩素量のために高い電気伝導度
を有するので有機相が抜出されると大きな電気伝導度増
大が見られる。
これが相界面が検出されたことを示し、それ以上の如何
なる流体の抽出容器からの除去を停止するのに必要な信
号をコンピュータ系に与える。その信号が一度受取られ
るとバルブブロック52中の廃液バルブが閉じられ、バ
ルブブロック51のいづれかの適当な出入口即ち1以上
の出入口80〜86が開かれ、水相を透析300に排出
するか或いは透析出入口が閉められ流体移送ライン中に
残存する水相を押出してもう一つのフェノール/クロロ
ホルム/イソアミルアルコール抽出の準備中の適当な反
応容器に戻す。ガスバルブ39を使用してTris−H
Cj!のような緩衝液を抽出容器10からブロックバル
ブ52中にパックフラッシングのために押出す。
各種容器及びバルブを接続するための上記装置における
チューブ16のようなチューブは典型的にTeflon
 (商標)で構成されている。系内における液体を移動
するための各チューブは大まかに測定された流れ抵抗を
有し、圧力マンホルドによる移動中に固定された知られ
た圧力で操作される。
よって、移動に必要とされる時間の長さは移動物質の容
積に直接に対応し、コンピータ系によりコントロールさ
れる。系内のガス流も又コンピュータ系によりコントロ
ールされ、ガスバルブ21〜39及び61〜70は典型
的にソレノイド操作されている。その様なバルブの一例
はAnger+ Inc、製のフルオロカーボンバルブ
が挙げられる。適当な電気伝導度検出メータ55の一例
はModel 212−100電気伝導度メータに連結
されたWescon In−sIn−5tru Mod
el 219 200電気伝導度フローセルである。
第2A図及び第2Bにはモータ201、揺り子アーム2
03、及びバンドヒータ221〜225(各抽出容器に
対して1個づつ)及び対応するサーミスタ231〜23
5並びに抽出容器11〜15を含む断熱室205を含む
部屋/揺り子糸が示されている。典型的な実施態様にお
いて、室205は通常構成の容易性及びその透明性のた
めにプレクシガラスで構成されている長方形の平行六面
体であり、この平行六面体は約20インチ(約50.8
cm)の長さLl、約14インチ(約35.6cm)の
高さHl、及び約12インチ(約30.5cn+)の幅
W1を有し、又平行六面体の頂部に温度コントロールを
助けるための絶縁層211を有する。又、1以上のファ
ン(図示せず)を通常使用して抽出容器を冷却するため
に室205を通しての排気を維持する0層211のため
の典型的な材料は約172インチ(約1.3 am)厚
のスタイロフォームである。
室205の上記寸法は抽出容器の所望の数及び大きさ、
及び室内に望まれる空間の量に応じて相当に変化させる
ことができ、抽出容器の操作を容易にすることができる
。揺り子アーム203は典型的には約1/4〜1/2イ
ンチ(約0.1〜1.3 am)厚、及び約16インチ
(約40.6cm)長、及び約4インチ(約10.IC
11)幅のプレクシガラスなどの絶縁材料の平坦なシー
トである。この揺り子アーム203には通常揺り子アー
ムの長さに沿って典型的には金属性であり、本質的にモ
ータ201のための延長された駆動軸である揺り子アー
ム軸213が堅く付着されている。揺り子アーム203
は典型的には抽出容器の各々を保持するためのねじ切さ
れた嵌め合せを堅く所定位置に貫通された穴を有し、抽
出容器は典型的にはねじ切りされた頂部を存し、その嵌
込みは容器内にガス及び液体を流入するためのテフロン
ラインに対応した三つの貫通孔を有する。好ましい状態
において、モータ201はDN^の剪断を避けるために
混合操作中に毎秒はぼ1回の抽出容器のゆっくりした振
動を与えるように連動されているステンパモータであり
、その振動は典型的には50@〜60°の角度を介する
ものである。相分離に際し、モータ201を抽出容器に
対して完全な水平に対応する位置まで押進め、数分間保
持し、次いで通常相分離が維持されることを確実にする
ために約10秒間に亘って正常な位置(即ち、抽出容器
に対して真直ぐな容器)に戻される。その様なモータ2
01の一例はピッチ直径が0.6〜3.6に定速ギヤに
された^IRPAX ModelK82821−P2で
ある。
第5図は抽出容器11〜15のための好ましい設計を図
示するものである。各容器はガラスで構成され、約15
0鶴の全長L2、約280の最大外側断面直径DIを育
し、流体の除去を容易にするために点Pまでテーパして
いる。好ましい態様においては、容器は目盛が付されて
おりねじ頂部212の下に約40calの容積を有する
。その様な容積の一例はCorningストック番号8
082として市販されているパイレックス円錐ねじキャ
ップ遠心目盛付チューブである。これらの容器を揺り手
アーム203の所定位置に保持するために使用される嵌
込みは典型的に三つの部品即ち、ねじ山を切られたキャ
ップ21?、ねじ頂部212を受けるための内部のねじ
山を切られた開口部及びキャップ217を受ける外部の
ねじ山を切られた領域を有するフランジ付カップリング
215、及びフランジ付カップリング215に加圧嵌込
まれて抽出容器の不活性な栓としての役割を果たすテフ
ロンインサート219により典型的に構成されている。
インサート219は通常必要とされる液体及びガスを受
入れるための三つの貫通孔を有する。例えば抽出容器1
1に対しては排出チューブ17、ガスマンホルド72に
連結している加圧チューブ18及びベントマンホルド7
4に連結しているベントチューブ19がある。このチュ
ーブの主たる特徴はチューブが垂直な位置から水平な位
置に再配置される際に生ずるそれが含む流体の表面積の
大きな変化であり、この表面積の変化がエマルジ日ンの
相分離速度を高める。この表面積の変化を達成すること
のできるその他のチューブ形状も又使用することができ
、一般的な場合においてその中に含まれる流体の表面積
を増大するために必要とされる回転角度は90°でなく
てもよい。
第3図には抽出容器11〜15から取出された核酸を更
に精製及び濃縮するために使用される加圧透析系300
の概略が示されている。系300はマンホルド収納部3
51及び浴容器350を含み、これらの両者は典型的に
直方体断面であり、浴容器は通常約81の溶解物370
を含有する。
浴容器350及びマンホルド収納部351は共に透析物
から異物を排除するために使用されるカバー352に対
向し、容器350がそれにシール353を介して密封さ
れており、マンホルド収納部351はその一方の側に蝶
番354により、他方の側において締め金355により
接続されている。浴容器350は通常周囲雰囲気に排気
されている。好ましい態様において、浴容器、マンホル
ド収納部、及びカバーはプレキシガラスで構成されてい
る。
カバーに付着されその中の孔を通して透析物中に懸架さ
れて複数の透析バッグ311〜315があり、それらは
典型的には抽出容器11〜15とそれらにパルプブロッ
ク51を介して対応関係にある。マンホルド収納部35
1は収納部351が透析バッグを受入れる底部部品35
6を貫通する孔を除いては閉じられた容器であるように
底部部品356を含み、ガスチューブ323及び324
、及び流体ライン101〜105のための孔はフィード
スルーにより密封されている。第6図は圧力が透析時に
マンホルド収納部351において維持することができる
ような透析バッグと密封系の詳細を図示するものである
。一般的に、これらの透析バッグは透析装置とは独立に
ガラス嵌込み部に付着される。例えば、透析バッグ31
1は一端においてテーパに磨かれているガラスチューブ
371の小片の一部にかぶせて置かれている。次いでこ
のチューブ371と透析バッグ311を対応する磨かれ
たガラスチューブ片372中に堅く押込まれ、回転が与
えられて三片のチューブ間に密封が行われることにより
この透析バッグを堅く両者の間に保持する。
カバー352はこのより大きなチューブ372及び透析
バッグ311に適合するようにドリル加工されており、
O−リングシール374に適合するようにさら孔が開け
られている。この透析バッグ及びチューブ371及び3
72で作られているガラス嵌込部を次いで孔を通して置
く。底部片356はマンホルド収納部が蝶番354の周
りに閉じられた位置に回転される際にこのガラス嵌込み
部と並べられる孔375を有する。グロメットシール3
76が孔375内に配置され、ガラス嵌込部とマンホル
ド間の密封を行うために用いられる。
この透析系300は又透析物370を浴容器から抜出す
ための再循環チューブ336、透析物を再循環系を通し
てポンプ送りするための駆動ポンプ337、透析物の吸
光度を追跡するための分光光度計335及びフェノール
及びその他の有機物質を滲出するための二重のライン内
フィルター333を有する再循環系330をも含むもの
である。典型的な実施において、フィルター333は有
機物質を除去するための炭素室フィルター332及び無
機物質を除去するための温床イオン交換樹脂フィルター
331を含む。又、分光光度計335は透析物中に残存
するフェノールの目安を与える際に典型的に270nm
における吸光度を測定する。
この系は吸光度(A270)が0.O1以下に低下する
際にフラッグを通常設定し、コンピュータ系に透析機能
が完全であ<1ことを示す。透析操作の際にマンホルド
収納部351内の圧力は窒素などの不活性ガスを用いて
維持され、通常5chleicherand 5chu
ellから販売されている2〜8mI2の容積を有する
コロジオンバッグなどの透析バッグを有する際には約1
200mHg (ゲージ)に維持される。ポンプ337
は典型的には15psi  (約1.1kg/ a” 
)のベッド及び約11/分の流速を与える。二重蒸留水
が典型的に透析物370として使用される。この再循環
系の目的は規則的間隔で補給される代りに透析物を再使
用して更に自動的操作を容易にすることである。
第4図は自動的コントロールのために用いられるコンピ
ュータ系400の概略図を示す。この系はHewlet
t−Packard 85などのマイクロプロセッサベ
ースのコンピュータ401により構成されており、それ
は抽出時に抽出容器の加熱をコントロールするための加
熱コントローラ409を駆動し、及びそれぞれバルブロ
ック、ガスバルブ及び駆動ポンプ436のソレノイドを
コントロールするための駆動材410.4111及び4
12に信号を入力するためにコンピュータ401からの
デジタル信号をアナログ信号に変換するための変換系4
03に連結されている。変換系403も又分光光度計3
35及び電気伝導度メータ55及びサーミスター231
〜235からの信号をコンピュータ401に与えるアナ
ログからデジタルへの変換器として作用する。その様な
変換器403の一例はHewlett−Packard
 349 フィンターフエースである。このコンピュー
タは又混合操作の際に抽出容器を振動させ、文相分離の
ために抽出容器を水平に位置させるために使用されるス
テッパーモータをコントロールするためのモーターコン
トローラ405に信号を与える。その様なコントローラ
405の典型例は5uperior Electric
からのModulynx (商標)Motion Co
ntrol Interface Card sタイプ
l0D005Aである。
コンピュータソフトウェア系 最も基体的レベルにおいて、抽出装置のソフトウェアコ
ントロールは各種物質の一つの容器からもう一つの容器
への所望の流れを達成し、必要な操作を行うために適当
な時点において、バルブを開閉し、スイッチを入れたり
切ったりする事柄である0本発明の方法が一連の工程で
あるという事実はソフトウェアコントロールには便利な
ものである。以下に使用することが望ましい如何なるプ
ログラム言語にも容易に翻訳することのできる抽出方法
の各工程に示される特別の指示事項の一例を示す、それ
は試薬容器lが溶解緩衝液を含存し、試薬容器2がプロ
ティナーゼKを含有し、試薬容器3がフェノール/クロ
ロホルム/イソアミルアルコールを含有し、試薬容器4
がクロロホルムを含有し、及び試薬容器5がRNase
を含有するとの想定に基づくものである。
工程l:組織消化 ユヱヱ上l豆 コマンド 10 バルブ22;50 (出入口91);51 (出
入口80.81)  ;61を開ける。
コマンドlOO後4分後に全ての バルブを閉める。
コメント:溶解緩衝液あ容器lへの移送が今や完了した
30 バルブ24;50 (出入口92);51(出入
口80.81):61 を開ける。
40 コマンド30後0.5分後に全てのバルブを閉め
る。
コメント:プロティナーゼにの移送が今や完了した。
50 容器lのヒータ221のスイッチを入れ、温度を
55℃に昇げて維 持する。
60 モータ201のスイッチを入れ、回転角を一秒の
周期で±60°に 設定する。
70 コマンド60後3時間後にモータ201及びヒー
タ チを切る。
80 消化混合物の冷却を持つ。
工程2:抽出 90 バルブ26;50  (出入口93) ;51 
(出入口80.81)  ;61を開ける。
100 コマンド90後5分後にパルプ61以外の全て
のバルブを閉じる。
コメント:抽出混合物(フェノール/クロロホルム/イ
ソアミルアルコール) の移送が今や完了した。
110  モータ201のスイッチを入れ、回転角を±
60°に設定する;周 期1秒。
120  コマンド140後20分後にモータ201の
スイッチを切る。
工程3:相分離 140  モータ201のスイッチを入れ、回転角を9
0@に設定する。
150 回転角が90”に達するとモータ201のスイ
ッチを切る。
コメント:抽出容器は今や水平位置に保持されている。
160 サーミスタニ231のスイッチを入れ温度を5
5℃に上昇させて維 持する。
170  温度がコマンド150の下に55℃に達した
後12分後にサーミスタ 231のスイッチを切る。
工程4:抽出容器の真直ぐな位置への変換180  温
度が55℃に到達後12分後にモータ201のスイッチ
を入れる。
回転角をO@に設定、降下速度は 9°/秒に設定。
工程5:フェノール相の抜出し 190  バルブ61を閉める。
200 バルブ62;51 (出入口81) ;52 
(出入ロア1.72)を開け る。
210  !気任導度を電気伝導度メーター55で追跡
する。
220  i!気伝導度が10 ’ Mhosに到達後
1秒後に全てのバルブを閉じる。
コメント:を気任導度が高くなった後にコマンド220
における1秒間の遅れ はバルブブロック52への移送ラ イン中に残された残存フェノール が除去されたことを確実にするた めである。
230 バルブ52 (出入ロア4);61を開ける。
240  コマンド230後30秒後に全てのパル分を
閉じる。
250 バルブ52(出入ロア1.73);39;51
  (出入口81);61 を開ける。
コメント:コマンド250はバルブブロック52を逆流
させ、移送ライン中に 残された水溶液を更に抽出或いは 精製のために抽出容器11に押戻 す。
260 全てのバルブを閉じる。
工程6:抽出操作の繰返し 270 コマンド90〜250をN回行う。
コメント二抽出が行われる数であるNは経験及び試料組
織のタイプに応じてプ ログラマ−により選択される。
280 バルブ28;50 (出入口94);51 (
出入口80.81)i61を開ける。
コメント:コマンド280は最終抽出のための抽出容器
11に添加する。
290 バルブ61以外の全てのバルブを閉じる。
300 工程110〜26を1回繰返す。
工程7:水溶液の取出しく透析へ) 310 バルブ51 (出入口81.82)i62;3
21を開ける。
320  :2マント310後5分後に全てのバルブを
閉じる。
コメント:抽出容器11内の水溶液は今や透析バッグ4
11内に入る。
工程8:水溶液の透析 330 ポンプ337のスイッチを入れる。
340 バルブ324を開ける。
350  A270を分光光度計335で追跡する。
360  A270が0.01ニ等シイか或いは未満に
なった際に全てのバルブを 閉じ、ポンプ337のスイッチを 切る。
工程9:水溶液からのRNAの取出しく任意) 370 バルブ324を開ける;バルブ51(出入口8
1.82);61を開 ける。
380 コマンド370後5分後に全てのバルブを閉じ
る。
コメイン:透析バッグ311中の透析された水溶液は抽
出容器ll内にある。
390 バルブ30i50(出入口95);51 (出
入口80.81);61 を開ける。
400 工程90〜360を繰返す。
工程10:試料の採集 410 バルブ324;51  (出入口82);52
 (出入ロア1.75)を開け る。
420  コマンド410の後5分後に全てのバルブを
閉じる。
又里至宣里民 実施例、 ヒトリンパ球からのDNAの調整リンパ球は
先ず1単位の全血から洗浄し、4IIllの平衡化塩溶
液中に際懸濁した。(平衡化塩溶液は1容の溶液A及び
9容の溶液Bによりなり、溶液Aは0.1%グルコース
、5X10−10M  CaCj!29.8 ’xio
−’MMg Cltt −5,4Xl0−3M  KC
I!。
0.145 M  Tris−HCj!、 pH7,6
であり、溶液Bは0.14M  NaCj!である。)
次いで0.35m j!の上記リンパ球懸濁液を4nl
の溶解緩衝液(LMNaCl、1%SDS、8M尿素、
10mMEDTA、 50mM  Tris−HCj!
、  pH8,0)及び0.65m lの溶解緩衝液中
の1mgのプロティナーゼにと混合し、5m/の全容量
を得た。消化は前記円錐チューブ(抽出容器11)中で
55℃において3時間行った。約5mlのフェノール/
クロロホルム/イソアミルアルコール50:48:2を
チューブに添加し、2相を実験処法に従って20分間混
合した。抽出容器を次いで水平位置に55℃において1
0分間回転させ、相を分離させた。この抽出容器を次い
でゆっくり約10秒間に亘って垂直位置に回転して戻し
、下方の有機層を廃液に除去した。2回目の抽出をフェ
ノール/クロロホルム/イソアミルアルコール混合物を
用いて行い、第3回目の抽出を5mj!のクロホルムを
用いて行った。クロロホルムを廃液に除去し、水性DN
A含有層を透析バッグ311のような透析バッグに圧送
した。この水溶液を次いでA 270が0.01未満に
なるまで実験処法に従って加圧透析した。最終DNA溶
液を次いでバッグから抜出し採集した。
この方法に従って約250ugのDNAを含有する約1
mj!のDNA溶液が得られた。得られた溶液ハ0.5
2(7)吸光度比A230:A260及び1.90の吸
光度比A260:A280を有し、極めて高い純度を示
している。(完全に純粋なりNAについては吸光度比A
230:A260は0.5±0.05であり、A260
:A280は1.9±0.1である。)この試料の0.
8%アガロースゲル及び標準エチジウムブロマイド染色
技術を用いた分析は50キロベース対より大きなく即ち
3.5 XIO’ダルトンより大)大きさの単一バンド
を示す。又、最も重要なことに酵素EcoRIを用いた
消化は陽性でありDNAが純粋であり従って制限可能で
あることを示しており、DNA純度に対して極めて厳格
な試験に合格している。
上記具体例についての変化は相分離工程を行うために加
熱及び表面積の増大の重要性を示している。例えばヒト
リンパ球について抽出容器が加熱されず室温に維持され
且つ抽出容器が水平位置に回転されないならば相分離は
典型的に60分を越える時間を必要とする。又、抽出容
器が55℃に加熱されるが、水平位置に回転されない場
合には相分離は4分間を越える時間を必要とする。55
℃に加熱して抽出容器を水平位置に回転すると相分離は
典型的には5分間を必要とするのみである。
しかしながら、これらの変更の各々において高塩濃度が
相分離速度をほぼ2倍の因子で高めている。
以上本発明の装置及び方法の好ましい態様を説明したが
、本発明のその広い面から離れることなく多くの変更及
び修正がなされることは当業者に明らかであろう。例え
ば、抽出容器は大きな影響を有するにも拘らず必ずしも
相分離を高速化するために水平位置に回転する必要はな
い。同様に、45℃〜55℃の好ましい範囲未満の温度
において相分離を行うことができるが、その場合にはよ
り低速で進行し、又それよりも更に低ければ速度は尚一
層遅くなる。装置に関して、本発明による自動化装置は
より多くの或いはより少ない抽出容器、試薬容器及び透
析バッグを用いて調整することができる。又、幾つかの
バルブは装置の異った場所に送るのが便利な場合があり
、例えばバルブブロック52を電気伝導度メーター55
の前方に置いてもよい。しかしながら、これは流れが停
止された場合に水相の幾らかの損失を生ずるであろう。
加えて、自動化抽出系に含まれる各種装置の部品に選ば
れる特別のモデル数は使用され得る特別のモデルに関し
て限定的なものでな(、単に例示として提供されている
に過ぎない。又、装置は液体移送系100及び透析系3
00に独立した室/振子系を提供することにより部分的
にのみ自動化されてもよいことが明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
第1図は本発明による流体移送系の概略図を示す。 第2A図及び第2B図は本発明による室/振子系の二つ
の図面を示す。 第3図は本発明による加圧透析系を示す。 第4図は本発明によるコンピュータ系の概略図を示す。 第5図は抽出容器に対する好ましい設計及びその装置内
における取付けを示す。 第6図は透析系における透析バンクの懸架系の詳細を示
す。

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1、下記工程を含んでなることを特徴とする細胞から核
    酸を抽出する方法: (a)該細胞を塩の高濃度を有する溶解緩衝液の存在下
    にプロティナーゼKを処理することにより溶解物を形成
    する工程、 (b)該溶解物をフェノールベース溶媒系で混合してエ
    マルジョンを形成する工程、 (c)該エマルジョンを35℃より高温に加熱して該エ
    マルジョンの核酸を含有する水相とフェノール及び変成
    蛋白質を含んでなる有機相への分離を促進する工程、及
    び (d)該有機相を除去して該核酸を含有する残存水相を
    残す工程。 2、工程(c)における温度が45℃より大きい特許請
    求の範囲第1項記載の方法。 3、工程(c)における温度が約55℃である特許請求
    の範囲第1項記載の方法。 4、工程(b)、(c)及び(d)が順番にN回繰返さ
    れ、Nが1より大であるか或いは等しい特許請求の範囲
    第1項記載の方法。 5、工程(b)、(c)及び(d)がN回繰返された後
    に残りの水相をクロロホルムと混合してエマルジョンを
    形成し、及び工程(c)及び(d)を繰返して該核酸を
    含有する水相を残す特許請求の範囲第4項記載の方法。 6、クロロホルムと混合後の残存水相が透析される特許
    請求の範囲第5項記載の方法。 7、工程(c)の温度が約55℃である特許請求の範囲
    第6項記載の方法。 8、該フェノールベース溶媒系がフェノールクロロホル
    ム及び抗界面活性剤の混合物よりなる特許請求の範囲第
    9項記載の方法。 9、フェノール対クロロホルム対イソアミルアルコール
    の比が約50:48:1である特許請求の範囲第8項記
    載の方法。 10、該溶解緩衝液が洗剤及び高濃度の塩を含んでなる
    特許請求の範囲第5項記載の方法。 11、該溶解緩衝液が更にカオトロピック剤を含んでな
    る特許請求の範囲第10項記載の方法。 12、該溶解緩衝液が更にキレート化剤を含んでなる特
    許請求の範囲第11項記載の方法。 13、該溶解緩衝液が更に緩衝液を含んでなる特許請求
    の範囲第12項記載の方法。 14、該溶解緩衝液が尿素、0.5〜2のモル濃度を有
    するNaCl、洗剤Tris−HCl、及びEDTAを
    含んでなる特許請求の範囲第13項記載の方法。 15、溶解緩衝液が8M尿素、1M NaCl、1%S
    DS、50mM Tris−HCl、及び10mM E
    DTA、pH8.0を含んでなる特許請求の範囲第6項
    記載の方法。 16、更にエマルジョンの表面積を増大して更に相分離
    を促進する工程を含み、工程(e)が工程(c)の後、
    しかし工程(d)の前に行われる特許請求の範囲第1項
    記載の方法。 17、工程(b)、(c)、(e)及び(d)がその順
    序でN回繰返され、Nが1よりも大きいか或いは等しい
    数である特許請求の範囲第16項記載の方法。 18、工程(b)、(c)、(e)及び(d)がN回繰
    返された後に残存水相がクロロホルムと混合されてエマ
    ルジョンを形成し、及び工程(c)、(e)及び(d)
    がその順序で繰返されて該核酸を含有する水相を残す特
    許請求の範囲第17項記載の方法。 19、クロロホルムと混合後の残存水相が透析される特
    許請求の範囲第16項記載の方法。 20、下記手段を含んでなる細胞から核酸を抽出するた
    めの装置: 該細胞を保持するための抽出容器手段、 該抽出容器手段に試薬を移送し及び該抽出容器手段から
    流体を除去するための移送手段、 該抽出手段を加熱するための加熱器手段、 該抽出容器手段の温度を測定するための温度測定手段、 該抽出容器手段を振動させて該細胞と該試薬を混合させ
    るためのモータ手段、 該加熱器手段、該モータ手段、及び該移送手段をコント
    ロールするための、該試薬の該抽出容器手段中への流れ
    の容積をコントロールするための、該温度測定手段によ
    って測定された温度を追跡するための、該抽出容器手段
    からの流体の流れを追跡するための、該加熱手段による
    該抽出容器の加熱を時間を設定するための、及び該モー
    タ手段による混合の時間の設定をするためのコンピュー
    タ手段であって、該コンピュータ手段は該核酸の該細胞
    からの抽出を遠心分離なしに行わせるように設定された
    予め選ばれた指示に従って操作される。 21、該抽出容器手段がそれがある角度で水平軸の周り
    を回転させられた場合にその中に含有される流体が該抽
    出容器手段が回転されない場合よりもより大きな表面積
    を有し、及び該モータ手段が該抽出容器手段を該角度に
    回転させるためのものであり且つ該抽出容器手段を該角
    度に保持して該抽出容器手段内に含有されるエマルジョ
    ンの相分離を行わせるように立体配置されている特許請
    求の範囲第20項記載の装置。 22、該抽出容器手段が複数のチューブを含んでなる特
    許請求の範囲第21項記載の方法。 23、更に該移送手段を介して該抽出容器手段に連結さ
    れた透析手段、及び流体を該透析手段へ及びそれから移
    送するための該移送手段を含んでなる特許請求の範囲第
    20項記載の装置。 24、該透析手段が透析時に透析物を再循環させ、及び
    濾過するための再循環手段よりなる特許請求の範囲第2
    3項記載の装置。 25、細胞から核酸を抽出するための装置において下記
    手段を含んでなることを特徴とする水相と有機相よりな
    るエマルジョンの相分離の速度を高めるための装置: 該細胞を保持するための抽出容器であって該抽出容器は
    該抽出容器を通した水平面内にA1の断面積を有し、水
    平に対して角度θで傾いた面内に断面積A2を有する(
    但し、A2はA1よりも大である)、及び 該抽出容器を角度θで回転するための及び該相分離中に
    該抽出容器を該角度θで保持するための該抽出容器に連
    結した駆動軸を有するモータ手段。 26、更に相分離中に該抽出容器を少なくとも35℃に
    加熱するための加熱手段を含んでなる特許請求の範囲第
    25項記載の装置。 27、該モータ手段が該抽出容器を相分離に0°の角度
    まで戻して回転させるためのものである特許請求の範囲
    第26項記載の装置。 28、下記手段を含んでなることを特徴とする細胞から
    の核酸の自動化抽出のための装置: 該抽出に用いられる試薬を保持するための保持手段、 該抽出をコントロールするためのコンピュータ手段、 該細胞を含有するための抽出容器、 複数の出入口を有する第一のバルブブロック手段であっ
    て該第一のバルブブロック手段は該コンピュータ手段か
    らの該試薬を該抽出容器に移送することを指示するため
    の信号に対して応答するものである、 該コンピュータ手段からの該抽出容器手段を加熱するた
    めの信号に応答する加熱手段、 該試薬を該保持手段から該第一のバルブブロック手段に
    、及び第一のバルブブロック手段から該抽出容器手段に
    移送するために該コンピュータ手段に応答する移送手段
    であって該移送手段は又該抽出容器の底部から流体を取
    出すためのものであり、且つ該流体を該底部部分から該
    第一のバルブブロック手段に移送するためのものである
    。 ゆっくり該抽出容器をゆすってその中に含有される試薬
    及び細胞を混合し、及びその中に含まれる試薬及び溶解
    物を混合するために該コンピュータ手段からの信号に応
    答するモータ手段、 該第一のバルブブロック手段に連結されてそれから流体
    を受取り及び該第一のバルブブロック手段から受取った
    該流体の電気伝導度を測定し、且つ該電気伝導度が所定
    の閾値を越える場合に該コンピュータ手段に信号を与え
    るための測定手段。 29、該抽出容器が第一の位置における場合には水平面
    内に断面積A1を有し、水平軸の周りに角度θで回転さ
    れた面内においてA1より大きい断面積A2を有するチ
    ューブを含んでなる特許請求の範囲第28項記載の装置
    。 30、該モータ手段が該チューブを該角度θだけ回転さ
    せ、及び該チューブをそこに所定時間保持し、及び該チ
    ューブを該第一の位置に戻すためのものである特許請求
    の範囲第29項記載の装置。 31、該抽出容器からの流体を受取るために連結され、
    該抽出容器から受取った該流体を透析するための透析手
    段を更に含んでなる特許請求の範囲第28項記載の装置
    。 32、該透析手段が透析物を含有するための浴容器、該
    浴容器に連結された該透析物の吸光度を測定するための
    文光光度計、該透析物を濾過するための該浴容器に連結
    された濾過手段、及び透析物を該分光光度計及び該濾過
    手段にポンプ送りし、及び該浴容器に戻すためのポンプ
    手段を含んでなる特許請求の範囲第31項記載の装置。 33、該透析手段が透析膜を保持するための保持手段を
    更に含んでなる特許請求の範囲第32項記載の装置。 34、該透析手段が該透析膜を通して圧力差を形成する
    ための加圧手段を更に含んでなる特許請求の範囲第33
    項記載の装置。
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