JPH11235183A - シグナル認識粒子ポリペプチドおよびポリヌクレオチド - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 新規細菌リボヌクレオ蛋白複合体およびその
構成部品を提供する。より詳細には、スタフィロコッカ
ス・アウレウスから単離されたＳＲＰ、ならびに抗微生
物化合物の同定のためのスクリーニングにおけるＳＲＰ
またはその成分の使用ならびに治療におけるかかる化合
物の使用を提供する。 【解決手段】 配列番号２または４のアミノ酸配列を含
むポリペプチドコードしているポリヌクレオチドに対し
て少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド
ならびに配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して
少なくとも５０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチド、これらのポリヌクレオチドの特定の
ものにコードされるポリペプチド、ＲＮＡおよびポリペ
プチドの分子複合体、かかるポリヌクレオチド、ポリペ
プチドおよび複合体の使用、ならびにかかるポリヌクレ
オチド、ポリペプチドおよび複合体の製造方法、および
ポリヌクレオチドで形質転換された組み換え宿主細胞に
関する。特に本発明は、スタフィロコッカス属、詳細に
はスタフィロコッカス・アウレウス（Staphylococcus a
ureus）（本明細書においてエス・アウレウス（S. aure
us）ともいう）由来のかかるポリヌクレオチド、ポリペ
プチドおよび複合体に関する。さらに本発明は、生合
成、アッセンブリーまたはかかるポリヌクレオチドおよ
び／またはポリペプチドおよび／または複合体の作用を
阻害または活性化すること、ならびにかかる生合成、ア
ッセンブリーまたは作用を阻害または活性化する化合物
の治療における、詳細には抗微生物療法における使用に
関する。

【０００２】

【従来の技術】本発明は、新規細菌リボヌクレオ蛋白複
合体およびその構成部品に関する。より詳細には、本発
明は、シグナル認識粒子（本明細書においてＳＲＰとい
う）、詳細にはスタフィロコッカス・アウレウス由来の
ＳＲＰ、ならびに抗微生物化合物の同定のためのスクリ
ーニングにおけるＳＲＰおよび／またはその成分の使
用、ならびに治療におけるかかる化合物の使用に関す
る。

【０００３】

【発明が解決しようとする課題】スタフィロコッカス属
（Staphylococci）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物
質の開発に用いることは特に好ましい。スタフィロコッ
カス属は医学的に重要な微生物属を形成している。それ
らは２つのタイプの疾病、すなわち、侵入的および毒素
生成的疾病を引き起こすことが知られている。一般的に
は、侵入的感染は皮膚表面および深部組織の両方に影響
する膿瘍形成により特徴づけられる。エス・アウレウス
（S. aureus）は癌患者における菌血症の第２の主要原
因である。骨髄炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈
炎および急性細菌性心内膜炎も比較的よく見られる。ス
タフィロコッカス属の毒素生成的特性により生じる３つ
の臨床的症状がある。これらの疾病の明らかな徴候は、
組織侵入および菌血症に対立するものとしてのエンドト
キシンの作用により生じる。これらの症状は、スタフィ
ロコッカス食中毒、熱傷皮膚症候群およびトキシンショ
ック症候群を包含する。

【０００４】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたはすべての標準
的な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス
・アウレウス株を単離することはもはやめずらしいこと
ではない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、
ワクチンおよび診断試験についての必要性を形成した。

【０００５】病原性に関連したある種のスタフィロコッ
カスの蛋白、例えばコアグラーゼ、ヘモリシン、ロイコ
シジンならびにエキソ−およびエンテロトキシンが同定
されているが、さらなる標的が常に有用である。なぜな
ら、抗微生物剤スクリーニングの標的はしばしば結果を
片寄らせるからである。よって、本明細書記載のごとき
新たな標的は新たなクラスの抗微生物剤の発見を可能に
する。

【０００６】

【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
本発明は、新規リボヌクレオ蛋白複合体、詳細にはスタ
フィロコッカス・アウレウス由来の複合体、ならびに別
個に単離されたそのＲＮＡおよび蛋白成分に関する。本
発明のもう１つの態様によれば、かかる複合体の蛋白お
よびＲＮＡ成分をコードしているポリヌクレオチド（Ｄ
ＮＡまたはＲＮＡ）が提供される。詳細には、本発明
は、本明細書に示されるＤＮＡ配列を有するポリヌクレ
オチドを提供する。また本発明は、例えばＲＮＡまたは
蛋白成分の発現に対するアンチセンス阻害剤として作用
しうる、本明細書に示される配列由来の新規オリゴヌク
レオチドに関する。オリゴヌクレオチドまたはそのフラ
グメントもしくは誘導体を用いて結合もしくは他の生物
学的活性を直接阻害することができ、あるいはＲＮＡ蛋
白複合体の形成を妨害することにより活性を間接的に阻
害することができる。また、蛋白およびＲＮＡ成分は、
別個にあるいは複合体として、抗微生物化合物を同定す
るための設計されたスクリーニングにおける標的として
有用である。

【０００７】ビー・ズブチリス（B. subtilis）のＦｆ
ｈおよびイー・コリ（E. coli）のＦｆｈのごとき既知
アミノ酸配列との間の相同性により、新規ＳＲＰポリペ
プチドであると同定されたポリペプチド提供することが
本発明の目的である。ＳＲＰポリペプチド、特に、本明
細書でＦｆｈと命名されたポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチド、ならびにＳＲＰ ＲＮＡに転写される
ポリヌクレオチド、特に本明細書でＦｆｓと命名された
ＲＮＡをコードするポリヌクレオチドを提供することが
本発明のさらなる目的である。本発明の特に好ましい具
体例において、ポリヌクレオチドは、表１（配列番号：
１）に示す配列を含むＦｆｈポリペプチドをコードする
領域を含み、全長遺伝子またはその変種が包含される。
本発明のもう１つの特に好ましい具体例において、表１
（配列番号：２）のアミノ酸配列を含むスタフィロコッ
カス・アウレウス由来の新規Ｆｆｈ蛋白、またはその変
種がある。本発明のもう１つの態様によれば、寄託株に
含まれるスタフィロコッカス・アウレウス WCUH29株に
より発現可能な成熟ポリペプチドをコードしている単離
核酸分子が提供される。

【０００８】本発明のさらなる態様は、ＳＲＰ、詳細に
はスタフィロコッカス・アウレウスのＳＲＰをコードし
ている単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮＡ、ｃ
ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさらなる
具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしく
は治療的に有用なその変種、およびそれらを含む組成物
を包含する。本発明のもう１つの態様によれば、治療ま
たは予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的とし
た、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。本発
明の特に好ましい具体例には、ＳＲＰの天然に存在する
対立遺伝子変種ならびにそれによりコードされるポリペ
プチドがある。

【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてＦｆｈと称されるスタフィロコッカス・アウ
レウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診断学
的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なそのフラグ
メント、変種および誘導体、および前記したフラグメン
トおよびアナログの変種および誘導体、およびそれらを
含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体例
には、ｆｆｈ遺伝子の天然に存在する対立遺伝子により
コードされるＦｆｈポリペプチドの変種がある。本発明
の好ましい具体例において、上記Ｆｆｈポリペプチドの
製造方法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例
えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用なかかるポリペ
プチドの阻害剤が提供される。

【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ＳＲＰ発現の評価、疾病の治療、例えば上気道感染（例
えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療、遺伝学的変
異のアッセイ、ならびに細菌、特にスタフィロコッカス
・アウレウス細菌に対する免疫学的応答を生起するため
の生物へのＦｆｈポリペプチドまたはＦｆｈもしくはＦ
ｆｓポリヌクレオチドの投与のための、製品、組成物お
よび方法が提供される。

【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でＳＲＰポリ
ヌクレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリヌ
クレオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具体
例において、ＦｆｈポリペプチドならびにＦｆｈおよび
Ｆｆｓポリヌクレオチドに対する抗体が提供される。本
発明の他の具体例において、本発明ポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作用して、それ
らの活性を阻害または活性化する化合物の同定方法が提
供され、該方法は、化合物とポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドとの間の結合あるいは他の相互作用を可能に
する条件下で、本発明ポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドをスクリーニングすべき化合物と接触させて、化合
物との結合あるいは他の相互作用を評価し（かかる結合
または相互作用は、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ドと化合物との結合あるいは相互作用に応答して検出可
能なシグナルを提供することのできる第２の化合物に関
連している）、次いで、化合物とポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドとの結合または相互作用から生じるシグ
ナルの存在または不存在を検出することにより、化合物
がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結合あるいは
相互作用して、それらの活性を活性化または阻害するか
どうかを決定することを含む。本発明のさらにもう１つ
の態様によれば、ＳＲＰアゴニストおよびアンタゴニス
ト、好ましくは静細菌性または殺細菌性アゴニストおよ
びアンタゴニストが提供される。本発明のさらなる態様
において、単細胞または多細胞生物に投与するための、
ＳＲＰポリヌクレオチドまたはＳＲＰポリペプチドを含
む組成物が提供される。開示した本発明の精神および範
囲内での種々の変更および修飾は、以下の記載を読むこ
と、および本明細書のその他の部分を読むことにより、
当業者に容易に明らかとなろう。

【００１２】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。

【００１３】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で決定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
決定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
は、Computational Molecular Biology，Lesk，A.M.
編，Oxford University Press，New York，1988；Bioco
mputing：Informatics and Genome Projects, Smith,
D.W.編，Academic Press，New York，1993；Computer A
nalysis of Sequence Data，Part I，Griffin, A.M.お
よびGriffin, H.G.編，Humana Press，New Jersey，199
4；Sequence Analysis in Molecular Biology，Von Hei
nje,G．Academic Press，1987；およびSequence Analys
is Primer，Gribskov,M.およびDevereux, J.編，M Stoc
kton Press，New York，1991；およびCarllio,HおよびL
ipman,D.，SIAM J.Applied Math., 48：1073(1988)に記
載されている方法（これらに限らない）を含め、公知方
法により容易に決定することができる。同一性を決定す
る好ましい方法は、テストする配列間に最大の対合を与
えるように設計されている。そのうえ、同一性を測定す
る方法は公に入手できるコンピュータ・プログラムに集
成されている。２つの配列の間の同一性を測定する好ま
しいコンピュータ・プログラム方法は、例えば、ＧＣＳ
プログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nucleic Acids
Research（1984）12（1）：387）、BLASTP、BLASTNお
よびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Biol.（1990）2
15：403−410）を包含するが、これに限らない。BLAST
XプログラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altsh
ul, S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschu
l,S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から
公に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を決定
することもできる。

【００１４】ポリペプチド配列の比較のための好ましい
パラメーターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J. Mol. Bi
ol. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：Hentikoff and Hentikoff, Proc. N
atl. Acad. Sci. USA. 89:10915-10919 (1992)からのBL
OSSUM62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。

【００１５】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号：１中の全ヌクレオチド数であり、ｙは、例えば７０
％なら０．７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．
８５、９０％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７
％なら０．９７、１００％なら１．００であり、・は積
の演算子であり、ｘ_nとｙとの整数でない積は切り捨て
により最も近い整数とした後、ｘ_nから差し引く。配列
番号：２のポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チド配列の変化は、好ましくはコーディング配列中のナ
ンセンス、ミスセンスまたはフレームシフト変異を引き
起こす可能性があり、それゆえ、かかる変化に随伴して
ポリヌクレオチドによりコードされているポリペプチド
が変化する。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列は配
列番号：１の対照配列と同一であってもよく、すなわ
ち、１００％同一であってもよく、あるいは対照配列と
比較してある程度の数までの核酸の変化を有していても
よい（その場合、同一性％は１００％未満である）。か
かる変化は、少なくとも１個の核酸の欠失、置換（トラ
ンジションおよびトランスバージョンを包含）または挿
入からなる群より選択され、該変化は対照ポリヌクレオ
チド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれらの
末端位置の間の位置において、対照配列中の核酸におい
て個々にまたは散在して、あるいは対照配列中の１また
はそれ以上の連続した群として生じてもよい。配列番
号：１中の全核酸数に個々の同一性を示す整数を１００
で割った値をかけて、その積を配列番号：１中の全核酸
数から差し引くことにより同一性％値についての核酸変
化数を決定する。あるいはこのことは下式により説明さ
れる： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nは核酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号：１中
の全核酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．７０、
８５％なら０．８５等であり、ｘ_nとｙとの整数でない
積は切り捨てにより最も近い整数とした後、ｘ_nから差
し引く。

【００１６】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性を示す整数
を１００で割った値とをかけて、その積を配列番号：２
中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ酸変化
の数を決定する。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘ_aとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘ_aから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数に個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）をかけて、そ
の積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこと
により同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_aから差し引く。

【００１７】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。

【００１８】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。

【００１９】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
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編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
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rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。

【００２０】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。

【００２１】リボヌクレオ蛋白、シグナル認識粒子（以
下、ＳＲＰという）は、Ｆｆｈとして知られる蛋白成分
およびｆｆｓ遺伝子によりコードされるリボ核酸成分か
らなる。ＳＲＰは、発生期の固有の細胞質膜蛋白を膜に
輸送すること、およびいくつかの可溶性蛋白をグラム陰
性細菌のペリプラスムまたはグラム陽性細菌の細胞外へ
と輸送することにおいて重要な役割を果たしている。Ｓ
ＲＰは、真正細菌において、ｆｔｓＹ遺伝子の産物であ
るＦｔｓ蛋白および分泌前蛋白の疎水性領域および固有
の膜蛋白の疎水性領域と相互作用することが知られてい
る。ＳＲＰおよびＦｔｓＹの間の相互作用は、各蛋白の
固有のグアノシントリホスフェート（ＧＴＰ）加水分解
活性の相互刺激を引き起こす。Ｆｆｈ蛋白またはＦｔｓ
Ｙ蛋白の生物学的活性の損失は細菌細胞の生存には適さ
ない。

【００２２】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規ＳＲＰポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドに関する。詳細には、本発明は、配列番号：２に示
すＦｆｈポリペプチドに対するアミノ酸配列相同性によ
り関連付けられる、スタフィロコッカス・アウレウスの
新規Ｆｆｈのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関
する。特に本発明は、それぞれ表１（配列番号：１）お
よび表１（配列番号：２）に示すヌクレオチド配列およ
びアミノ酸配列を有するＦｆｈに関し、さらに寄託株中
のＤＮＡのｆｆｈヌクレオチド配列およびそれによりコ
ードされるアミノ酸配列に関する。また本発明は、特に
その蛋白結合形態のＳＲＰ ＲＮＡ成分、およびかかる
成分が転写される配列に関する。

【００２３】ＳＲＰ ＲＮＡ成分 系統発生論的比較により、最小コンセンサス構造の２次
構造のモデル化および同定が可能となる。真正細菌のｆ
ｆｓ配列に含まれるいくつかのリボヌクレオチドはＳＲ
Ｐの機能発揮に重要な役割を果たしており、それらは同
定されている。

【００２４】ＳＲＰ 蛋白成分 当該蛋白の正確な機能的役割は、ｆｆｓ ＲＮＡ、ＧＴ
Ｐ、ＦｔｓＹおよび分泌前蛋白の疎水性領域および固有
の膜蛋白の疎水性領域の認識およびこれらとの結合を包
含する。ＳＲＰとＦｔｓＹとの間の相互作用は、各蛋白
の固有のグアノシントリホスフェート（ＧＴＰ）加水分
解活性の相互刺激を引き起こす。無傷のＳＲＰ蛋白成分
をコードしている全長配列が得られており、配列番号：
１としてここに示す。全長のＦｆｈ蛋白配列を配列番
号：２に示す。無傷のＳＲＰ蛋白成分をコードしている
全長配列を、例えば表１に示す配列に基づいて得られた
プローブを用いてin situコロニーハイブリダイゼーシ
ョン（後記するManiatisらの文献に詳説されている）に
よりゲノムライブラリーを探索することによって得るこ
とができる。

【００２５】 表１ ＳＲＰポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）スタフィロコッカス・アウレウスのｆｆｈポリヌクレオチド配列由来の配 列［配列番号：１］ ストップコドン（ＴＡＡ）に下線を付し、スタートコドン（ＡＴＧ）を太字とし てこれに下線を付す。 5'-ATGGCATTTGAAGGCTTATCAGAACGCCTGCAAGCGACGATGCAAAAAATGCGTGGTAAG GGTAAACTTACTGAAGCTGATATAAAGATAATGATGCGTGAAGTAAGATTAGCGTTATTT GAGGCTGACGTAAACTTTAAAGTGGTAAAAGAATTTATTAAAACAGTATCAGAACGCGCA TTAGGTTCCGATGTAATGCAATCATTAACACCAGGGCAACAAGTTATTAAAATAGTTCAA GATGAATTAACGAAGTTGATGGGTGGAGAAAATACATCGATTAATATGTCAAATAAACCA CCTACTGTTGTTATGATGGTTGGTTTACAAGGTGCTGGTAAAACAACAACTGCAGGTAAA TTAGCATTATTGATGCGTAAAAAATACAACAAAAAACCTATGTTAGTTGCAGCAGATATT TATCGTCCAGCAGCGATAAATCAATTACAAACAGTAGGGAAACAAATTGATATTCCTGTA TACAGTGAAGGAGATCAAGTAAAGCCACAACAAATTGTAACTAATGCATTAAAACATGCT AAAGAAGAACATTTAGACTTTGTAATCATTGATACAGCAGGTCGATTACACATCGATGAA GCATTGATGAACGAATTAAAAGAAGTAAAAGAAATTGCTAAACCAAACGAAATTATGTTA GTTGTCGATTCAATGACGGGTCAAGATGCTGTCAATGTTGCAGAATCTTTTGACGATCAA CTTGATGTCACAGGTGTTACCTTAACTAAATTAGATGGTGATACACGTGGTGGTGCAGCT TTATCTATTCGTTCGGTGACACAAAAACCAATTAAATTTGTTGGTATGAGTGAAAAGTTA GATGGTTTAGAGCTATTCCATCCTGAACGTATGGCATCACGTATTTTAGGTATGGGTGAT GTGTTAAGTTTAATTGAAAAAGCGCAACAAGATGTGGATCAAGAAAAAGCAAAAGATTTA GAGAAAAAGATGCGTGAGTCATCGTTTACTTTAGATGATTTTTTAGAACAACTTGATCAG GTGAAAAATCTAGGACCACTGGATGATATTATGAAAATGATTCCAGGTATGAATAAAATG AAAGGGCTAGATAAGCTTAATATGAGTGAAAAGCAAATTGATCATATTAAAGCGATTATC CAGTCAATGACGCCGGCTGAAAGAAACAATCCAGACACATTGAATGTATCACGTAAAAAG CGTATTGCTAAAGGGTCTGGTCGTTCATTACAAGAAGTCAATCGTTTGATGAAACAATTT AACGATATGAAGAAAATGATGAAACAATTCACTGGTGGCGGTAAAGGTAAAAAAGGTAAA CGCAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAA-3'

【００２６】 （Ｂ） この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるＦｆｈポリ ペプチド配列 [配列番号：2]. NH₂-MAFEGLSERLQATMQKMRGKGKLTEADIKIMMREVRLALFEADVNFKVVKEFIKTVSERA LGSDVMQSLTPGQQVIKIVQDELTKLMGGENTSINMSNKPPTVVMMVGLQGAGKTTTAGK LALLMRKKYNKKPMLVAADIYRPAAINQLQTVGKQIDIPVYSEGDQVKPQQIVTNALKHA KEEHLDFVIIDTAGRLHIDEALMNELKEVKEIAKPNEIMLVVDSMTGQDAVNVAESFDDQ LDVTGVTLTKLDGDTRGGAALSIRSVTQKPIKFVGMSEKLDGLELFHPERMASRILGMGD VLSLIEKAQQDVDQEKAKDLEKKMRESSFTLDDFLEQLDQVKNLGPLDDIMKMIPGMNKM KGLDKLNMSEKQIDHIKAIIQSMTPAERNNPDTLNVSRKKRIAKGSGRSLQEVNRLMKQF NDMKKMMKQFTGGGKGKKGKRNQMQNMLKGMNLPF-COOH

【００２７】 （Ｃ） ポリヌクレオチド配列の具体例 [配列番号：1].ATG GCATTTGAAGGCTTATCAGAACGCCTGCAAGCGACGATGCAAAAAATGCGTGGTAAG GGTAAACTTACTGAAGCTGATATAAAGATAATGATGCGTGAAGTAAGATTAGCGTTATTT GAGGCTGACGTAAACTTTAAAGTGGTAAAAGAATTTATTAAAACAGTATCAGAACGCGCA TTAGGTTCCGATGTAATGCAATCATTAACACCAGGGCAACAAGTTATTAAAATAGTTCAA GATGAATTAACGAAGTTGATGGGTGGAGAAAATACATCGATTAATATGTCAAATAAACCA CCTACTGTTGTTATGATGGTTGGTTTACAAGGTGCTGGTAAAACAACAACTGCAGGTAAA TTAGCATTATTGATGCGTAAAAAATACAACAAAAAACCTATGTTAGTTGCAGCAGATATT TATCGTCCAGCAGCGATAAATCAATTACAAACAGTAGGGAAACAAATTGATATTCCTGTA TACAGTGAAGGAGATCAAGTAAAGCCACAACAAATTGTAACTAATGCATTAAAACATGCT AAAGAAGAACATTTAGACTTTGTAATCATTGATACAGCAGGTCGATTACACATCGATGAA GCATTGATGAACGAATTAAAAGAAGTAAAAGAAATTGCTAAACCAAACGAAATTATGTTA GTTGTCGATTCAATGACGGGTCAAGATGCTGTCAATGTTGCAGAATCTTTTGACGATCAA CTTGATGTCACAGGTGTTACCTTAACTAAATTAGATGGTGATACACGTGGTGGTGCAGCT TTATCTATTCGTTCGGTGACACAAAAACCAATTAAATTTGTTGGTATGAGTGAAAAGTTA GATGGTTTAGAGCTATTCCATCCTGAACGTATGGCATCACGTATTTTAGGTATGGGTGAT GTGTTAAGTTTAATTGAAAAAGCGCAACAAGATGTGGATCAAGAAAAAGCAAAAGATTTA GAGAAAAAGATGCGTGAGTCATCGTTTACTTTAGATGATTTTTTAGAACAACTTGATCAG GTGAAAAATCTAGGACCACTGGATGATATTATGAAAATGATTCCAGGTATGAATAAAATG AAAGGGCTAGATAAGCTTAATATGAGTGAAAAGCAAATTGATCATATTAAAGCGATTATC CAGTCAATGACGCCGGCTGAAAGAAACAATCCAGACACATTGAATGTATCACGTAAAAAG CGTATTGCTAAAGGGTCTGGTCGTTCATTACAAGAAGTCAATCGTTTGATGAAACAATTT AACGATATGAAGAAAATGATGAAACAATTCACTGGTGGCGGTAAAGGTAAAAAAGGTAAA CGCAATCAAATGCAAAATATGTTAAAAGGTATGAATTTACCGTTTTAA-(R2)n-Y

【００２８】 （Ｄ） ポリペプチド配列の具体例 [配列番号：2]. X-(R1)n-MAFEGLSERLQATMQKMRGKGKLTEADIKIMMREVRLALFEADVNFKVVKEFIKTVSERA LGSDVMQSLTPGQQVIKIVQDELTKLMGGENTSINMSNKPPTVVMMVGLQGAGKTTTAGK LALLMRKKYNKKPMLVAADIYRPAAINQLQTVGKQIDIPVYSEGDQVKPQQIVTNALKHA KEEHLDFVIIDTAGRLHIDEALMNELKEVKEIAKPNEIMLVVDSMTGQDAVNVAESFDDQ LDVTGVTLTKLDGDTRGGAALSIRSVTQKPIKFVGMSEKLDGLELFHPERMASRILGMGD VLSLIEKAQQDVDQEKAKDLEKKMRESSFTLDDFLEQLDQVKNLGPLDDIMKMIPGMNKM KGLDKLNMSEKQIDHIKAIIQSMTPAERNNPDTLNVSRKKRIAKGSGRSLQEVNRLMKQF NDMKKMMKQFTGGGKGKKGKRNQMQNMLKGMNLPF-(R2)n-Y

【００２９】 （Ｅ）スタフィロコッカス・アウレウスのＳＲＰ ＲＮＡ遺伝子ｆｆｓ由来の配 列［配列番号：５］ 5'-AAACATCTTGCAAATGAATTTAAATTTAACGACTTCTCAAGACGTCGTATAAAGTAAACA ATGATATAAATGATTTATACTTGCAATTAACTATTAAAATATAGTAATATATATCTTGCC GTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTTAAT TCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTT CGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGT GGATCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGAGATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGT GAATTACGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTT TTTTATTTTTTAAATATTAAACCGATTATT AAGAGTTGAAAATATATATTTATTTATAGAAGCTACTTTCTTGAAGACAATTCAGCGTAT TATACGTGGAACATGTTTGT-3'

【００３０】 （Ｆ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号：５］ X-(R1)n- AAACATCTTGCAAATGAATTTAAATTTAACGACTTCTCAAGACGTCGTATAAAGTAAACA ATGATATAAATGATTTATACTTGCAATTAACTATTAAAATATAGTAATATATATCTTGCC GTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTTAAT TCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTT CGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGT GGATCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGAGATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGT GAATTACGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTTTTTTATTTTTTAAATATTAAACCGATTATT AAGAGTTGAAAATATATATTTATTTATAGAAGCTACTTTCTTGAAGACAATTCAGCGTAT TATACGTGGAACATGTTTGT-(R2)n-Y

【００３１】 （Ｇ）前駆体ＲＮＡを転写するスタフィロコッカス・アウレウスのＡＲＰ ＲＮ Ａ遺伝子由来の配列［配列番号：６］ この配列は配列番号：５のヌクレオチド残基７８から４３６までに対応する。 5'- ACTTGCAATTAACTATTAAAATATAGTAATATATATCTTGCCGTGCTAGGTGGGGAGGTAGCG GTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTTAATTCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTG CGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTTCGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAA CCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGTGGATCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGA GATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGTGAATTACGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTTTTT TATTTTTTAAATATTAAACCGATTATTAAGAGTTGAAAATATA-3'

【００３２】 （Ｈ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号：６］ X-(R1)n-ACTTGCAATTAACTATTAAAATATAGTAATATATATCTTGCC GTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTTAAT TCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTT CGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGT GGATCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGAGATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGT GAATTACGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTTTTTTATTTTTTAAATATTAAACCGATTATT AAGAGTTGAAAATATA -(R2)n-Y

【００３３】 （Ｉ）成熟ＲＮＡを転写するスタフィロコッカス・アウレウスのＡＲＰのＲＮＡ 遺伝子由来の配列［配列番号：７］ この配列は配列番号：６のヌクレオチド残基１１５から３９０までに対応する。 5'- CTTGCCGTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTT AATTCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTT CGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGTGGA TCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGAGATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGTGAATTA CGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTT-3'

【００３４】 （Ｊ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号：７］ X-(R1)n- CTTGCCGTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCCGCTTTATGCGAGGCTT AATTCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACGTAGTGTTTGAAGATTT CGGTCCTATGCAATATGAACCCATGAACCATGTCAGGTCCTGACGGAAGCAGCATTAAGTGGA TCATCATATGTGCCGTAGGGTAGCCGAGATTTAGCTAACGACTTTGGTTACGTTCGTGAATTA CGTTCGATGCTTAGGTGCACGGTT -(R2)n-Y

【００３５】 （Ｋ）スタフィロコッカス・アウレウスのｆｆｈポリヌクレオチド配列の配列具 体例［配列番号：３］ 5'- ATGGCATTTGAAGGCTTATCAGAACGCCTGCAAGCGACGATGCAAAAAATGCGTGGTAAGGGT AAACTTACTGAAGCTGATATAAAGATAATGATGCGTGAAGTAAGATTAGCGTTATTTGAGGCT GACGTAAACTTTAAAGTGGTAAAAGAATTTATTAAAACAGTATCAGAACGCGCATTAGGTTCC GATGTAATGCAATCATTAACACCAGGGCAACAAGTTATTAAAATAGTTCAAGATGAATTAACG AAGTTGATGGGTGGAGAAAATACATCGATTAATATGTCAAATAAACCACCTACTGTTGTTATG ATGGTTGGTTTACAAGGTGCTGGTAAAACAACAACTGCAGGTAAATTAGCATTATTGATGCGT AAAAAATACAACAAAAAACCTATGTTAGTTGCAGCAGATATTTATCGTCCAGCAGCGATAAAT CAATTACAAACAGTAGGGAAACAAATTGATATTCCTGTATACAGTGAAGGAGATCAAGTAAAG CCACAACAAATTGTAACTAATGCATTAAAACATGCTAAAGAAGAACATTTAGACTTTGTAATC ATTGATACAGCAGGTCGATTACACATCGATGAAGCATTGATGAACGAATTAAAAGAAGTAAAA GAAATTGCTAAACCAAACGAAATTATGTTAGTTGTCGATTCAATGACGGGTCAAGATGCTGTC AATGTTGCAGAATCTTTTGACGATCAACTTGATGTCACAGGTGTTACCTTAACTAAATTAGAT GGTGATACCCGTGGTGGTGCAGCTTTATCTATTCGT-3'

【００３６】 （Ｌ）配列番号：３から推定されるＦｆｈポリペプチド配列の具体例［配列番号 ：４］ NH₂- MAFEGLSERLQATMQKMRGKGKLTEADIKIMMREVRLALFEADVNFKVVKEFIKTVSERALGS DVMQSLTPGQQVIKIVQDELTKLMGGENTSINMSNKPPTVVMMVGLQGAGKTTTAGKLALLMR KKYNKKPMLVAADIYRPAAINQLQTVGKQIDIPVYSEGDQVKPQQIVTNALKHAKEEHLDFVI IDTAGRLHIDEALMNELKEVKEIAKPNEIMLVVDSMTGQDAVNVAESFDDQLDVTGVTLTKLD GDTRGGAALSIR-COOH

【００３７】 （Ｍ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号：３］ X-(R1)n ATGGCATTTGAAGGCTTATCAGAACGCCTGCAAGCGACGATGCAAAAAATGCGTGGTAAGGGT AAACTTACTGAAGCTGATATAAAGATAATGATGCGTGAAGTAAGATTAGCGTTATTTGAGGCT GACGTAAACTTTAAAGTGGTAAAAGAATTTATTAAAACAGTATCAGAACGCGCATTAGGTTCC GATGTAATGCAATCATTAACACCAGGGCAACAAGTTATTAAAATAGTTCAAGATGAATTAACG AAGTTGATGGGTGGAGAAAATACATCGATTAATATGTCAAATAAACCACCTACTGTTGTTATG ATGGTTGGTTTACAAGGTGCTGGTAAAACAACAACTGCAGGTAAATTAGCATTATTGATGCGT AAAAAATACAACAAAAAACCTATGTTAGTTGCAGCAGATATTTATCGTCCAGCAGCGATAAAT CAATTACAAACAGTAGGGAAACAAATTGATATTCCTGTATACAGTGAAGGAGATCAAGTAAAG CCACAACAAATTGTAACTAATGCATTAAAACATGCTAAAGAAGAACATTTAGACTTTGTAATC ATTGATACAGCAGGTCGATTACACATCGATGAAGCATTGATGAACGAATTAAAAGAAGTAAAA GAAATTGCTAAACCAAACGAAATTATGTTAGTTGTCGATTCAATGACGGGTCAAGATGCTGTC AATGTTGCAGAATCTTTTGACGATCAACTTGATGTCACAGGTGTTACCTTAACTAAATTAGAT GGTGATACCCGTGGTGGTGCAGCTTTATCTATTCGT-(R2)n-Y

【００３８】 （Ｎ）ポリペプチド配列の具体例［配列番号：４］ X-(R1)n- MAFEGLSERLQATMQKMRGKGKLTEADIKIMMREVRLALFEADVNFKVVKEFIKTVSERALGS DVMQSLTPGQQVIKIVQDELTKLMGGENTSINMSNKPPTVVMMVGLQGAGKTTTAGKLALLMR KKYNKKPMLVAADIYRPAAINQLQTVGKQIDIPVYSEGDQVKPQQIVTNALKHAKEEHLDFVI IDTAGRLHIDEALMNELKEVKEIAKPNEIMLVVDSMTGQDAVNVAESFDDQLDVTGVTLTKLD GDTRGGAALSIR -(R2)n-Y

【００３９】 （Ｏ）スタフィロコッカス・アウレウスのＳＲＰ ＲＮＡ遺伝子ｆｆｓ由来の配 列［配列番号：８］ 5'- AACAATGCCGTTTCAATATAATATTTCAAAACATCTTGCAAATGAATTTAAATTTACCGACTT CTCAAGACGTCGTATAAAGTAAACAATGATATAAATGATTTATACTTGCAATTAACTATTNAA ATATAGTAATATATATCTTTCCGTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCC GCTTTATGCGAGGCTTAATTCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACG TAGTGTTTGAAGATTTCGGTCCT-3'

【００４０】 （Ｐ）ポリヌクレオチド配列の具体例［配列番号：８］ X-(R1)n AACAATGCCGTTTCAATATAATATTTCAAAACATCTTGCAAATGAATTTAAATTTACCGACTT CTCAAGACGTCGTATAAAGTAAACAATGATATAAATGATTTATACTTGCAATTAACTATTNAA ATATAGTAATATATATCTTTCCGTGCTAGGTGGGGAGGTAGCGGTTCCCTGTACTCGAAATCC GCTTTATGCGAGGCTTAATTCCTTTGTTGAGGCCGTATTTTTGCGAAGTCTGCCCAAAGCACG TAGTGTTTGAAGATTTCGGTCCT-(R2)n-Y

【００４１】本発明のポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２、４］のポリ
ペプチド（詳細には、成熟ポリペプチド［配列番号：
２］）ならびにポリペプチドおよびフラグメント、詳細
にはＦｆｈの生物学的活性を有するものを包含し、さら
に表１［配列番号：２、４］のポリペプチドまたはその
重要部分に対して少なくとも７０％、好ましくは表１
［配列番号：２、４］のポリペプチドに対して少なくと
も８０％の同一性を有するポリペプチドおよびフラグメ
ント、より好ましくは表１［配列番号：２、４］のポリ
ペプチドに対して少なくとも９０％の類似性を有し（よ
り好ましくは、少なくとも９０％の同一性を有し）、さ
らにより好ましくは表１［配列番号：２、４］のポリペ
プチドに対して少なくとも９５％の類似性を有する（さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性を有す
る）ポリペプチドおよびフラグメント、さらに通常には
少なくとも３０個、より好ましくは少なくとも５０個の
アミノ酸を含むかかるポリペプチドの部分を包含する。

【００４２】また本発明は表１（Ｄ）および（Ｎ）［配
列番号：２、４］に示す式のポリペプチドを包含し、式
中のアミノ末端においてＸは水素または金属であり、カ
ルボキシル末端においてＹは水素または金属であり、Ｒ
１およびＲ２はアミノ酸残基、ｎは１ないし１０００の
整数またはゼロである。いずれかのＲ基（Ｒは１個より
も多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテ
ロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好
ましくはヘテロポリマーである。

【００４３】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。Ｆｆ
ｈポリペプチドについては、フラグメントは「独立して
存在（free standing）」しているか、または一部分も
しくは領域を形成することにより、大型のポリペプチド
内に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続し
た領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含まれ
る。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２、
４］のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断されたポ
リペプチド、またはそれらの変種を包含するが、その例
としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、またはカ
ルボキシル末端を含む一連の残基を切断したものがあ
る。宿主、とりわけスタフィロコッカス・アウレウスに
おける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好まし
い。また、構造的または機能的属性により特徴づけられ
たフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびア
ルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、ア
ルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領
域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標
領域を含むフラグメントなども好ましい。Ｆｆｈ活性を
媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減
じられたフラグメントである生物学的に活性のあるフラ
グメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原
的または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個
体、特にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウレウス
の生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持
する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを含む
フラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフ
ラグメントである変種を、ペプチド合成による対応全長
ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これ
らの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体とし
て用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメン
トである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチド
を合成してもよい。

【００４４】本発明のポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２］の推定アミノ酸
配列を有するＳＲＰポリペプチドをコードする全長遺伝
子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチドおよび
それらの変種が包含される。本明細書に提供される情報
を用いて、例えば配列番号：１または３に示すポリヌク
レオチド配列を用い、出発物質としてのスタフィロコッ
カス・アウレウス WCUH29細胞からの染色体ＤＮＡフラ
グメントをクローニングおよび配列決定するために用い
るような標準的なクローニングおよびスクリーニングを
用いて、ＳＲＰポリペプチドまたはＲＮＡ（配列番号：
１または３から転写されるような）をコードしている本
発明ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクローン
を得てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配列、
例えば配列番号：１、３、５、６または７に示す配列を
得るために、イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他
の適切な宿主中のスタフィロコッカス・アウレウス WCU
H29の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラリー
を、表１の配列の由来するような部分的配列に由来す
る、好ましくは１７量体またはそれ以上の長さの放射性
標識化オリゴヌクレオチドにてプローブする。プローブ
のＤＮＡに同一であるＤＮＡを担持するクローンは厳密
な条件を用いて区別できる。元の配列から設計した配列
決定プライマーを用いてこのように同定した個々のクロ
ーンを配列決定することにより、両方向で配列が伸長で
きるようになり、全遺伝子配列を決定できる。このよう
な配列決定は便宜的にプラスミドクローンから調製した
変性二本鎖ＤＮＡを用いて実施する。適切な技法につい
ては、Maniatis,T.、Fitsch,F.F.およびSambrookら、Mo
lecular Cloning，A Laboratory Manual、第２版；コー
ルド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス、
コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク（198
9）に記載されている（Screening By Hybridization 1.
90およびSequencing Denatured Double-Stranded DNA T
emplates 13.70参照）。本発明の典型例において、表１
［配列番号：１、３および５］に示すポリヌクレオチド
が、スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29由来のＤ
ＮＡライブラリー中に見いだされた。

【００４５】表１［配列番号：１または３］に示す特定
のＤＮＡ配列は、表１［配列番号：２または４］に示す
アミノ酸残基数とほぼ同数のアミノ酸からなる蛋白をコ
ードしている読み枠を含んでおり、蛋白の推定分子量
は、当該分野でよく知られたアミノ酸の分子量を用いて
算出できる。本発明Ｆｆｈ蛋白は、寄託株のＳＲＰをコ
ードしているＤＮＡの配列決定結果により示されるよう
に、Ｆｆｈファミリーの他の蛋白に構造的に関連してい
る。本発明蛋白は、知られた蛋白の中でもバチルス・ズ
ブチリス（Bacillus subtilis）の蛋白に対して最大の
相同性を示す。表１［配列番号：２、４］のＦｆｈは、
バチルス・ズブチリスのＦｆｈポリペプチドのアミノ酸
配列に対して、その全長にわたり、有為な同一性および
類似性を示す。

【００４６】本発明は、表１［配列番号：１、３］のコ
ーディング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌ
クレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーデ
ィング配列またはそれらのフラグメント、ならびにその
他のコーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプ
チドのコーディング配列またはそのフラグメント、例え
ばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白
配列をコードする配列も本発明により提供される。ポリ
ヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止
シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する
配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非
翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーデ
ィング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非
コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定する
のではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマ
ーカー配列をコードすることもできる。本発明のある好
ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci.,US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。

【００４７】本発明の好ましい具体例は、Ｆｆｈポリペ
プチドをコードいしている、表１の配列番号：１および
３に示すポリヌクレオチドである。

【００４８】また本発明は、それぞれ表１（Ｃ）、
（Ｍ）、（Ｆ）、（Ｈ）、（Ｊ）および（Ｐ）［配列番
号：１、３、５、６、７および８］に示す式のポリヌク
レオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水素ま
たは金属であり、カルボキシル末端においてＹは水素ま
たは金属であり、Ｒ１およびＲ２は核酸残基、ｎは１な
いし３０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個
よりも多い）により示される核酸残基の伸長部分はヘテ
ロポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好
ましくはヘテロポリマーである。それぞれ表１（Ｃ）、
（Ｍ）、（Ｆ）、（Ｈ）、（Ｊ）および（Ｐ）［配列番
号：１、３、５、６、７および８］に示す配列について
の好ましい具体例は、Ｒ₁またはＲ₂が１ないし１０また
は１ないし２０、特別には１または３である。また本発
明は、かかるポリヌクレオチドから転写されるＲＮＡ、
特に、Ｆｆｈポリペプチドに結合するＲＮＡを提供す
る。

【００４９】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２、４］に示すアミノ酸配列を有するス
タフィロコッカス・アウレウスのＳＲＰのポリペプチド
を包含する。該用語は、コーディング配列および／また
は非コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領域
を伴った、ポリペプチドをコードしている単一の連続領
域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージま
たは配列の挿入または配列の編集により分断されたも
の）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明
は、表１［配列番号：２、４］の推定アミノ酸配列を有
するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレオ
チドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラ
グメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオ
チドを合成してもよい。

【００５０】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読中で読まれる場合で、Ｎ
がそのような読み枠において未成熟終止コドンを形成す
る効果を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、
４種のＤＮＡ塩基またはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡ
またはＲＮＡ配列のその指定位置にあることを意味す
る。

【００５１】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２、４］のＦｆｈポリペプチドのアミノ酸配列を
有するＦｆｈ変種をコードしているポリヌクレオチドで
あり、その中には、いくつか、少しの、５ないし１０、
１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミノ酸
残基を置換、欠失または付加を任意の組み合わせで施し
たアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましいもの
は、ＳＲＰの特性および活性を変化させないサイレント
置換、付加および欠失である。

【００５２】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２、４］に示すアミノ酸配列を有するＦｆ
ｈポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
して、その全長にわたり少なくとも５０％、６０％また
は７０％の同一性があるポリヌクレオチド、およびかか
るポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチド
である。あるいはまた、寄託株のＳＲＰポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチドに対してその全長にわ
たり少なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレ
オチド、およびそれに対して相補的なポリヌクレオチド
が最も非常に好ましい。この点に関して、全長で少なく
とも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ま
しく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが
特に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有す
るものの中でも少なくとも９７％であるのがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％で
あるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％である
のがより好ましい。

【００５３】本発明のさらに好ましい具体例は、配列番
号：１または３に示すヌクレオチド配列を有するＦｆｈ
ポリヌクレオチドに対し、その全長にわたり少なくとも
５０％、６０％または７０％の同一性があるポリヌクレ
オチド、およびかかるポリヌクレオチドに対して相補的
なポリヌクレオチド、ならびにかかるポリヌクレオチド
に相捕的なポリヌクレオチドである。あるいはまた、寄
託株のＦｆｈポリヌクレオチドに対し、その全長にわた
って少なくとも８０％同一である領域を含むポリヌクレ
オチドが最も好ましい。この点に関して、全長で少なく
とも９０％同一であるポリヌクレオチドがとりわけ好ま
しく、中でも少なくとも９５％の同一性を有するものが
特に好ましく、さらに少なくとも９５％の同一性を有す
るものの中でも少なくとも９７％であるのがより好まし
く、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９％で
あるのが特に好ましく、さらに少なくとも９９％である
のがより好ましい。特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：１、３］によりコードされる成熟ポリペプチドあ
るいは配列番号：５、６、７または８のＤＮＡにより転
写されるＳＲＰ ＲＮＡ成分と実質的に同じ生物学的機
能または活性を保持するポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドをコードしているポリヌクレオチドである。

【００５４】さらに、好ましい具体例は、配列番号：
５、６、７または８に示すＤＮＡ、あるいはそれらから
転写されるポリヌクレオチドである。これらの具体例の
うちで特に好ましいのは、細菌、特にストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ(Streptococcus pneumoniae)、バチ
ルス・ズブチリス、エシャリシア・コリ（Escherichiac
oli）、ヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemophilus
influenzae）、エンテロコッカス・フェカリス（Entero
coccus faecalis）、ミコバクテリウム・ツベルクロー
シス（Mycobacterium tuberclosis）、スタフィロコッ
カス・アウレウス、ヘリコバクター・ピロリ（Helicoba
cter pylori）、およびシュードモナス・アエリギノサ
（Pseudomonas aeriginosa）からなる群から選択される
細菌中で配列番号：５、６、７または８に示すＤＮＡの
いずれか１つまたはすべてが発現される場合、これらの
ＤＮＡから転写されるＲＮＡである。さらに、好ましい
具体例は、前駆体および／または成熟ＳＲＰ ＲＮＡを
発現する本発明ｆｆｓポリヌクレオチド具体例である。

【００５５】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０μｇ／ｍｌの変性
し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶液中、４２
℃で一晩インキュベーションし、続いて約６５℃で０.
１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するものである。ハイ
ブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知であり、Samb
rookら、Molecular Cloning，A Laboratory Manual、第
２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニューヨーク
（1989）、とりわけその第１１章に実例が示されてい
る。

【００５６】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１または３に示すポリヌクレオ
チド配列に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリー
を、配列番号：１または３に示す上記ポリヌクレオチド
配列またはそのフラグメントの配列を有するプローブで
スクリーニングし、ＤＮＡ配列を単離することにより得
ることのできるポリヌクレオチド配列を本質的に含むポ
リヌクレオチドをも提供する。かかるポリヌクレオチド
を得るために有用なフラグメントには、例えば本明細書
の別の箇所において説明するプローブおよびプライマー
等がある。

【００５７】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ＳＲＰをコードするｃＤＮＡ全長および
ゲノムクローンを単離するための、およびＳＲＰ遺伝子
に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤＮＡ
およびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプ
ローブとして使用することができる。このようなプロー
ブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこのよ
うなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なくとも
５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプロー
ブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそれ以
下である。

【００５８】配列番号：１〜８の配列のいずれか１つま
たはいずれかの組み合わせに由来するオリゴヌクレオチ
ドである本発明ポリヌクレオチドを、説明するように本
発明方法において使用してもよいが、好ましくはＰＣＲ
にしようして、本発明において同定されるポリヌクレオ
チドが全体的または部分的に感染組織中の細菌において
転写されるか否かを決定してもよい。かかる配列は、病
原体が到達した感染の段階または感染のタイプの診断に
も有用であろうと認識される。

【００５９】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。

【００６０】さらなる説明および定義 例えば、ナショナル・コレクション・オブ・インダスト
リアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド（Ｎ
ＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカードライ
ブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに１
９９５年９月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０７
７１が付与されたスタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９株を含む寄託物を用いるスクリーニングによ
り、ＳＲＰ遺伝子のコーディング領域を単離してもよ
い。寄託したことにより、寄託株をStaphylococcus aur
eus WCUH29株という。本明細書においてStaphylococcus
aureus株の寄託物を「寄託株」または「寄託株のＤＮ
Ａ」という。寄託株は全長のＳＲＰ遺伝子を含んでい
る。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事象
において支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件
下でなされている。特許が発行されると何らの制限また
は条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件である
ことを承認するものではない。寄託物を製造、使用また
は販売するためにはライセンスが必要であるが、そのよ
うなライセンスはここでは賦与されていない。

【００６１】本明細書開示のヌクレオチド配列を当該分
野で知られた合成化学的方法により得ることもでき、あ
るいは本明細書開示の特定の配列から構築されたプロー
ブを用いてＤＮＡ調合物を探索することによりエス・ア
ウレウス ＷＣＵＨ２９から得ることもできる。別法と
して、細菌ゲノムソース由来の配列のＰＣＲによるクロ
ーニングのプロセスにおいて開示配列に由来するオリゴ
ヌクレオチドをＰＣＲプライマーとして作用させること
もできる。かかる配列は病原体が達成した感染のタイプ
の診断においても有用であることが認識される。

【００６２】本発明ポリヌクレオチドはＲＮＡの形態ま
たはＤＮＡの形態であってよく、ＤＮＡはｃＤＮＡ、ゲ
ノムＤＮＡおよび合成ＤＮＡを包含する。ＤＮＡは２本
鎖または１本鎖であってよく、１本鎖の場合にはコーデ
ィング鎖または非コーディング鎖（アンチセンス）であ
ってよい。ポリペプチドをコードするコーディング配列
は示されたコーディング配列と同一であってもよく、あ
るいは同じポリペプチドをコードするが遺伝暗号の縮重
の結果異なっているコーディング配列であってもよい。
よって、用語「ポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チド」は、ポリペプチドのコーディング配列のみを含む
ポリヌクレオチド、ならびにさらなるコーディング／非
コーディング配列を含むポリヌクレオチドを包含する。
それゆえ、本発明は、成熟ポリペプチドのコーディング
配列が宿主からのポリペプチドの発現および分泌を促進
するポリヌクレオチド配列（例えば、細胞からのポリペ
プチドの輸送を制御するための分泌配列として機能する
リーダー配列）に同じ読み枠において融合しているポリ
ヌクレオチドを包含する。リーダー配列を有するポリペ
プチドはプレ蛋白であり、宿主細胞により開裂されて成
熟形態のポリペプチドを生じるリーダー配列を有してい
てもよい。ポリヌクレオチドは成熟蛋白ならびにさらな
る５’アミノ酸残基からなるプロ蛋白をコードしていて
もよい。プロ配列を有する成熟蛋白はプロ蛋白であり、
蛋白の不活性形態である。プロ配列が開裂されると、活
性成熟蛋白が残る。よって、例えば、本発明ポリヌクレ
オチドは成熟蛋白をコードしていてもよく、あるいはプ
ロ配列を有する蛋白またはプロ配列およびプレ配列（リ
ーダー配列）の両方を有する蛋白をコードしていてもよ
い。さらに、本発明において提供されるアミノ酸配列は
ＮＨ₂−末端にメチオニンを示してある。しかしなが
ら、ペプチドの翻訳前修飾の間にこの残基が欠失されて
もよいことが理解されよう。したがって、本発明は、本
明細書開示の各蛋白についてメチオニン含有およびメチ
オニン不含のアミノ末端変種の使用を企図する。

【００６３】本発明ポリヌクレオチドは、本発明ポリペ
プチドの精製を可能にする、遺伝子の３’または５’末
端のマーカー配列とインフレームで融合したコーディン
グ配列を有していてもよい。マーカー配列はｐＱＥシリ
ーズのベクター（Qiagen Inc.により市販されている）
により供給されるヘキサ−ヒスチジンタグであってもよ
く、それは細菌宿主の場合にマーカー配列に融合したポ
リペプチドの精製を可能にする。別法として、マルトー
ス結合蛋白（ＭＢＰ）融合系を用いてもよい。この系に
おいて、目的遺伝子はＭＢＰをコードしているｍａｌＥ
遺伝子に融合している（New England BioLabsにより供
給されている）。マルトースに対するＭＢＰのアフィニ
ティーにより融合生成物は１工程で精製される。前以て
付加されたＸａ開裂部位は目的遺伝子産物からのＭＢＰ
成分の効率的な除去を可能にする。

【００６４】下記実施例の理解を容易にするために、頻
繁に用いられる方法および／または用語を説明する。
「プラスミド」は、大文字および／または番号の前およ
び／または後の小文字ｐにより標記される。本発明の初
発プラスミドは市販品、制限なく公に利用可能なもので
あってもよく、あるいは公表された方法により市販プラ
スミドから構築可能なものであってもよい。さらに、記
載されたものと等価なプラスミドは当該分野で知られて
おり、当業者に明かであろう。ＤＮＡの「消化」は、Ｄ
ＮＡ中の特定の配列のみに作用する制限酵素でのＤＮＡ
の触媒的開裂をいう。本発明に使用される種々の制限酵
素は市販されており、それらの反応条件、コファクター
および他の必須因子は当業者に知られているであろう。
分析のためのは、典型的には約２０μｌのバファー溶液
中、１μｇのプラスミドまたはＤＮＡフラグメントを約
２ユニットの酵素とともに使用する。プラスミド構築用
のＤＮＡフラグメントの単離には、典型的にはより大き
な体積中で、５ないし５０μｇのＤＮＡを２０ないし２
５０ユニットの酵素で消化する。個々の制限酵素につい
ての適当なバッファーおよび基質量は製造者により詳述
されている。３７℃で約１時間のインキュベーション時
間が通常用いられるが、供給者の指示に従って変更して
もよい。消化後、反応物をアガロースゲルで直接電気泳
動して所望フラグメントを単離する。一般的には、開裂
フラグメントのサイズ分画を、１％アガロースゲルを用
いて行う。

【００６５】「オリゴヌクレオチド」は、１本鎖ポリデ
オキシヌクレオチドまたは２本の相捕的なポリデオキシ
ヌクレオチド鎖をいい、それらは化学的に合成されう
る。かかる合成オリゴヌクレオチドは５’リン酸を有し
ておらず、それゆえ、キナーゼ存在下でＡＴＰを用いて
リン酸を付加しなければ別のオリゴヌクレオチドに連結
されない。合成オリゴヌクレオチドは脱リン酸化されて
いないフラグメントに連結される。「連結」は、２つの
２本鎖核酸間のホスホジエステル結合形成プロセスをい
う（maniatis, T., et al.,上記文献の１４６頁）。特
記しない限り、０．５μｇのほぼ等モル量の連結すべき
ＤＮＡフラグメントに対して１０ユニットのＴ４ＤＮＡ
リガーゼ（「リガーゼ」という）を用い、既知バッファ
ーおよび条件を用いて連結を行ってもよい。好ましく
は、本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドは単離
形態で提供され、好ましくは、均一に精製される。「レ
プリコン」は、ＤＮＡ複製の自律的単位として機能す
る、すなわち、自分自身の制御下で複製可能な遺伝学的
エレメント（例えば、プラスミド、染色体、ウイルス）
である。「ベクター」は、プラスミド、ファージ、また
はコスミドのごときレプリコンであり、それに別のＤＮ
Ａセグメントを結合させて結合セグメントを複製させて
もよい。「２本鎖ＤＮＡ分子」は、弛緩ならびにスーパ
ーコイル状の２本鎖ヘリックスとなったデオキシリボヌ
クレオチド（塩基アデニン、グアニン、チミン、または
シトシン）のポリマー形態をいう。この用語は分子の１
次および２次構造についてのみ用い、個々の３次元形態
を限定しない。よって、この用語は、とりわけ直鎖状Ｄ
ＮＡ分子（例えば、制限フラグメント）、ウイルス、プ
ラスミド、および染色体に見いだされる２本鎖ＤＮＡを
包含する。特定の２本鎖ＤＮＡ分子についていう場合、
ＤＮＡの非転写鎖（すなわち、ｍＲＮＡに対して相同的
な配列を有する鎖）を５’から３’方向に従来通り示す
ことにより本明細書に配列を記載する。「コーディング
配列」または「特定蛋白をコードしているヌクレオチド
配列」は、適当な調節配列の制御下に置いた場合、ポリ
ペプチドにまで転写され翻訳されるＤＮＡ配列である。
「プロモーター配列」は、細胞中でＲＮＡポリメラーゼ
を結合でき、下流（３’方向）コーディング配列の転写
を開始しうるＤＮＡ調節領域である。本発明を定義する
目的で、プロモーター配列はその３’末端においてコー
ディング配列の翻訳開始コドン（例えば、ＡＴＧ）に結
合しており、コーディング配列の５’方向に伸長し、バ
ックグラウンド以上の検出レベルでの転写を開始させる
に必要な最小数の塩基またはエレメントを含むものとす
る。転写開始部位（便利には、ヌクレアーゼＳ１でのマ
ッピングにより決定される）、ならびにＲＮＡポリメラ
ーゼの結合に関与する蛋白結合ドメイン（コンセンサス
配列）がプロモーター配列中に見いだされるであろう。
真核プロモーターは、しばしば（常にではない）、ＴＡ
ＴＡボックスおよびＣＡＴボックスを含むであろう。原
核プロモーターは−１０および−３５コンセンサス配列
を含む。ＤＮＡ「制御配列」は、プロモーター配列、リ
ボソーム結合部位、ポリアデニレーションシグナル、転
写終結配列、上流調節ドメイン、エンハンサー等を総称
し、それらはまとまって宿主細胞においてコーデイング
配列の発現（すなわち、転写および翻訳）を引き起こ
す。ＲＮＡポリメラーゼがプロモーター配列に結合し、
コーディング配列をｍＲＮＡに転写し、ついで、ｍＲＮ
Ａがコーディング配列によりコードされたポリペプチド
にまで翻訳される場合、制御配列はコーディング配列の
「発現を指令」するという。

【００６６】「宿主細胞」は、外来ＤＮＡ配列により形
質転換またはトランスフェクションされた、あるいは形
質転換またはトランスフェクションされうる細胞であ
る。かかる外来ＤＮＡが細胞膜内に導入された場合、外
来ＤＮＡにより細胞は「形質転換」されたという。外来
ＤＮＡは染色体中に組み込まれて（共有結合して）細胞
のゲノムを形成していてもよく、あるいはしていなくて
もよい。例えば、原核細胞および酵母においては、外来
ＤＮＡはプラスミドのごときエピソームエレントとして
維持されうる。真核細胞については、安定に形質転換ま
たはトランスフェクションされた細胞は、その中で外来
ＤＮＡが染色体中に組み込まれるようになり、その結
果、染色体複製により外来ＤＮＡは娘細胞に遺伝され
る。真核細胞が外来ＤＮＡを含有する娘細胞の集団を含
む細胞系またはクローンを確立する能力によりこの安定
性が示される。「クローン」は、有糸分裂により単一の
細胞または共通の祖先に由来する細胞の集団である。
「細胞系」は、何世代にもわたってインビトロで安定に
増殖しうる１次細胞のクローンである。ＤＮＡ構築物の
「異種」領域は、天然において他の分子に結合した状態
では見いだされない別のＤＮＡ分子に含まれた、あるい
は結合したＤＮＡの同定可能なセグメントである。

【００６７】ＳＲＰ蛋白成分の調製 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。それゆえ、本発明のさらな
る態様によれば、ポリペプチドコードするポリヌクレオ
チドを宿主中で発現させ、ついで、発現生成物を回収す
ることによる、組換法による本発明ポリペプチドの製造
方法が提供される。別法として、慣用的なペプチド合成
により本発明ポリペプチドを合成的に製造することもで
きる。例えばクローニングベクターまたは発現ベクター
であってもよい本発明ベクターを用いて宿主細胞を遺伝
子操作（トランスダクションまたは形質転換またはトラ
ンスフェクション）する。ベクターは、例えばプラスミ
ド、コスミド、ファージ等の形態であってもよい。プロ
モーターの活性化、形質転換体の選択または遺伝子の増
幅のために適宜修飾された慣用的な栄養培地中で、遺伝
子操作された宿主細胞を培養することができる。温度、
ｐＨ等の培養条件は当該宿主細胞についてすでに使用さ
れたものであり、当業者に明かであろう。適当な発現ベ
クターは、染色体、非染色体および合成ＤＮＡ配列、例
えば細菌プラスミド、ファージＤＮＡ、バキュロウイル
ス、酵母プラスミド、プラスミドおよびファージＤＮＡ
の組み合わせ由来のベクターを包含する。しかしなが
ら、宿主中で複製可能で生存可能である限り他のベクタ
ーを用いてもよい。

【００６８】組換え体を製造するために、宿主細胞を遺
伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、または本
発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。ポリ
ヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davis
ら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；Sa
mbrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manual、
第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリ
ー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニュー
ヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニュア
ルに記載される方法により行うことができ、例えばリン
酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキス
トラン媒介トランスフェクション、トランスベクショ
ン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介トラ
ンスフェクション、エレクトロポレーション、トランス
ダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入およ
び感染等がある。

【００６９】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。

【００７０】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。

【００７１】適当なＤＮＡ配列を種々の方法によりベク
ター中に挿入してもよい。一般的には、当該分野におい
て知られた方法により、ＤＮＡ配列を適当な制限エンド
ニクレアーゼ部位中に挿入する。発現ベクター中のＤＮ
Ａ配列は、ｍＲＮＡ合成を指令する適当な発現制御配列
（プロモーター）に作動可能に連結される。かかるプロ
モーターの典型例としては以下のものがある：ＬＴＲま
たはＳＶ４０プロモーター、イー・コリのｌａｃまたは
ｔｒｐ、ラムダファージのＰＬプロモーター、および真
核細胞または原核細胞またはそれらのウイルス中で遺伝
子発現を制御することが知られている他のプロモータ
ー。発現ベクターは、翻訳開始および／または転写終結
のためのリボソーム結合部位も含んでいる。ベクターは
発現増幅のための適当な配列を含んでいてもよい。さら
に、好ましくは、発現ベクターは、形質転換した宿主細
胞の選択のための表現型を提供するための１またはそれ
以上の選択可能マーカー遺伝子を含む（例えば、真核細
胞培養についてはジヒドロ葉酸レダクターゼまたはネオ
マイシン耐性、あるいはイー・コリにおいてはテトラサ
イクリンまたはアンピシリン耐性）。

【００７２】プロモーター、リボソーム結合部位（細菌
での発現のために）および所望によりオペレーター（本
明細書では、まとめて「制御」エレメントという）の制
御下に遺伝子を置いて、好ましくは発現構築物を含むベ
クターにより形質転換された宿主細胞において、所望蛋
白をコードするＤＮＡ配列がＲＮＡに転写されるように
することができる。コーディング配列はシグナルペプチ
ドまたはリーダー配列を含んでいても、あるいは含んで
いなくてもよい。例えばイー・コリのｔａｃプロモータ
ーまたはプロテインＡ遺伝子（ｓｐａ）プロモーターお
よびシグナル配列を用いて本発明ポリペプチドを発現さ
せることができる。翻訳後プロセッシングにおいて細菌
宿主によりリーダー配列は除去されうる。例えば、米国
特許第４４３１７３９号、第４４２５４３７号、第４３
３８３９７号参照。ＣＡＴ（クロラムフェニコールトラ
ンスフェラーゼ）ベクターまたは選択可能マーカーを有
する他のベクターを用いて所望遺伝子からプロモーター
領域を選択することができる。２種の適当なベクターは
ｐＫＫ２３２−８およびｐＣＭ７である。ｌａｃＩ、ｌ
ａｃＺ、Ｔ３、Ｔ７、ｇｐｔ、ラムダＰＲ、ＰＬおよび
ｔｒｐ等を特に挙げておく。真核プロモーターはＣＭＶ
即時初期、ＨＳＶチミジンキナーゼ、初期および後期Ｓ
Ｖ４０、レトロウイルス由来のＬＴＲｓ、およびマウス
メタロチオネイン−Ｉを包含する。適当なベクターおよ
びプロモーターの選択は当業者のレベル内のことであ
る。

【００７３】制御配列のほかに、宿主細胞の増殖に関連
して蛋白配列の発現を調節可能な調節配列を付加するこ
とが望ましいかもしれない。調節配列は当業者に知られ
ており、例としては、調節化合物の存在などの化学的ま
たは物理的刺激に応じて遺伝子発現をオンまたはオフに
するもの等が挙げられる。他のタイプの調節エレメン
ト、例えば、エンハンサー配列がベクター中に存在して
もよい。特定のコーデイング配列が適当な調節配列とと
もにベクター中に存在するように発現ベクターを構築
し、制御配列に対するコーディング配列の位置および方
向は、コーディング配列が制御配列の「制御」下で転写
されるようなものとする（すなわち、制御配列のところ
でＤＮＡ分子に結合するＲＮＡポリメラーゼがコーディ
ング配列を転写するようにする）。コーディング配列の
修飾はこの目的の達成にとり望ましいかもしれない。例
えば、いくつかの場合、配列を修飾して適当な方向で、
すなわち読み枠を維持するように制御配列に結合させる
ことが必要であるかもしれない。上記クローニングベク
ターのごときベクター中に挿入する前に制御配列および
他の調節配列をコーディング配列に連結してもよい。別
法として、コーディング配列を、すでに制御配列および
適当な制限部位を有する発現ベクター中に直接クローン
してもよい。

【００７４】一般的には、組み換え発現ベクターは複製
開始点および宿主細胞の形質転換を可能にする選択可能
マーカー、例えばイー・コリのアンピシリン耐性遺伝子
およびエス・セレビシアエ（S. cerevisiae）のＴＲＰ
１遺伝子ならびに下流構造遺伝子の直接転写のための高
発現遺伝子由来のプロモーターを含むであろう。翻訳開
始および終結配列ならびに好ましくはペリプラスム空間
または細胞外培地中に翻蛋白を直接分泌させうるリーダ
ー配列とともに異種構造配列を集合させて適当な配置と
する。所望により、異種配列は、所望特性を付与する、
例えば安定化させ、あるいは発現組み換え生成物の精製
を容易にするＮ−末端同定ペプチドを含む融合蛋白をコ
ードしていてもよい。

【００７５】適当な上記ＤＮＡ配列ならびに適当なプロ
モーターまたは制御配列を含むベクターを用いて適当な
宿主を形質転換して、宿主に蛋白を発現させてもよい。
より詳細には、本発明は、上でおおまかに説明した１ま
たはそれ以上の配列を含む組み換え構築物をも包含す
る。構築物は、プラスミドもしくはウイルスベクターの
ごときベクターを含み、ベクター中に本発明配列が順方
向または逆方向に挿入されている。この具体例の好まし
い態様において、構築物はさらに調節配列（例えば当該
配列に作動可能に連結されたプロモーターを包含）を含
む。多数の適当なベクターおよびプロモーターが当業者
に知られており、市販されている。例えば、下記ベクタ
ーがある。細菌ベクター：ｐＥＴ３ベクター（Stratage
ne）、ｐＱＥ７０、ｐＱＥ６０、ｐＱＥ−９（Qiage
n）、ｐｂｓ、ｐＤ１０、phargescript、ｐｓｉＸ１７
４、pbluescript SK、ｐｂｓｋｓ、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ
１６ａ、ｐＮＨ１８Ａ、ｐＮＨ４６Ａ、（Stratagen
e）、ｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４
０、ｐＲＩＴ５（Pharmacia）。真核細胞ベクター：pBl
ueBacIII（Invitrogen）、ｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡ
Ｔ、ｐＯＧ４４、ｐＸＴ１、ｐＳＧ（Stratagene）、ｐ
ＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧ、ｐＳＶＬ（Pharmaci
a）。しかしながら、宿主中で複製可能で生存可能であ
る限り、他のプラスミドまたはベクターを用いてもよ
い。クローニング用の組み換えＤＮＡベクターおよびそ
れらが形質転換可能な宿主細胞の例は、バクテリオファ
ージλ（イー・コリ）、ｐＢＲ３２２（イー・コリ）、
ｐＡＣＹＣ１７７（イー・コリ）、ｐＫＴ２３０（グラ
ム陰性細菌）、ｐＧＶ１１０６（グラム陰性細菌）、ｐ
ＬＡＦＲ１（グラム陰性細菌）、ｐＭＥ２９０（非イー
・コリグラム陰性細菌）、ｐＨＶ１４（イー・コリおよ
びバチルス・ズブチリス）、ｐＢＤ９（バチルス）、ｐ
ＩＪ６１（ストレプトミセス）、ｐＵＣ６（ストレプト
ミセス）、ＹＩｐ５（サッカロミセス）、バキュロウイ
ルス昆虫細胞系、ＹＣｐ１９（サッカロミセス）。一般
的には、"DNA Cloning": Vols.I & II, Glover et al.
ed. IRL Press Oxford (1985)(1987)およびT. Maniatis
et al. "Molecular Cloning" Cold Spring Harbor Lab
oratory (1982)参照。

【００７６】いくつかの場合、宿主細胞からのポリペプ
チドの分泌、その後の分泌シグナルの開裂を引き起こす
配列を付加することが好ましいかもしれない。適当なプ
ロモーターの制御下でポリペプチドを宿主細胞中で発現
させることができる。無細胞翻訳系を用い、本発明ＤＮ
Ａ構築物由来のＲＮＡを用いてかかる蛋白を得てもよ
い。原核細胞および真核細胞に使用する適当なクローニ
ングおよび発現ベクターはSambrook, et al., Molecula
r Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Co
ld Spring Harbor, N. Y., (1989)により記載されてお
り、これを参照により本明細書に記載されているものと
みなす。適当な宿主株の形質転換および適当な細胞密度
までの宿主細胞の増殖の後、適当な手段（例えば、温度
シフトまたは化学的誘導）により選択プロモーターを誘
導し、さらなる期間細胞を培養する。典型的には、遠心
分離により細胞を集め、物理的または化学的手段により
細胞を破壊し、ついで、得られた粗抽出物をさらなる精
製のためにとっておく。凍結溶解繰り返し、超音波処
理、機械的破壊、あるいは細胞溶解剤の使用を包含する
慣用的方法により、蛋白発現に使用される微生物細胞を
破壊することができ、かかる方法は当業者によく知られ
ている。

【００７７】選択した発現系および宿主にもよるが、上
記発現ベクターにより形質転換した宿主細胞を目的ポリ
ペプチドが発現される条件下で増殖させることにより本
発明ポリペプチドを製造してもよい。ついで、ポリペプ
チドを宿主細胞から単離し、精製する。発現系がポリペ
プチドを増殖培地中に分泌する場合、ポリペプチドを培
地から直接精製することができる。ポリペプチドが分泌
されない場合、ポリペプチドを細胞溶解物から単離する
か、あるいは細胞膜フラクションから回収する。ポリペ
プチドが細胞表面に局在化する場合、細胞全体または単
離細胞膜を所望遺伝子産物のアッセイ可能ソースとして
使用することができる。イー・コリのごとき細菌宿主に
おいて発現されたポリペプチドは封入体からの単離およ
び再生を必要とするかもしれない。成熟蛋白が不溶性生
成物の過剰発現を導く非常に疎水性の領域を有する場
合、疎水性領域が欠失された末端切断蛋白を発現させる
ことが望ましいかもしれない。適当な増殖条件および回
収方法の選択は当業者のなしうるところである。

【００７８】硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、
酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグラフィ
ー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性相互
作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラ
フィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、
およびレクチンクロマトグラフィーを包含する方法によ
り、ポリペプチドを組み換え細胞培養物から回収し、精
製することができる。天然蛋白の立体配置を完成させる
ことにおいて、必要に応じて蛋白再生工程を用いること
ができる。最後に、高品質液体クロマトグラフィー（Ｈ
ＰＬＣ）を最終精製工程に用いてもよい。組み換え製造
方法に用いる宿主にもよるが、本発明ポリペプチドは糖
鎖付加されていてもよく、あるいはされていなくてもよ
い。本発明ポリペプチドは、最初のメチオニンアミノ酸
残基を含んでいてもよい。

【００７９】ＳＲＰ ＲＮＡ成分の調製 供給者、例えばPromegaにより通常に推奨される標準的
条件に従って、ラン−オフ・インビトロ転写（run-off
invitro transcription）によりＡＲＰ ＲＮＡ分子を調
製する。適当な酵素を用いてプラスミドを直鎖状にし
て、ＳＲＰ ＲＮＡをコードしている漸騰遺伝子を含む
直鎖状ｄｓＤＮＡを得る。ＲＮＡを調製用変性アクリル
アミドゲルから精製するか、あるいはインビトロ開裂ア
ッセイに使用する前に沈殿させる。自動合成によりＲＮ
Ａを調製してもよい。

【００８０】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明は、本明細書記載のＳＲＰのＲＮＡ部分、蛋白部
分および／または無傷のＲＮＡ／蛋白複合体を妨害する
薬剤を同定するための薬剤スクリーニング法であって、
試験薬剤による蛋白および／またはＲＮＡの活性の妨害
を測定することを含む方法を提供する。例えば、選択さ
れたＲＮＡ部分はＦｆｈポリペプチドに対する結合活性
を有するので、適当な精製および処方後、その天然また
は合成ＲＮＡ基質を変換する能力によりＲＮＡの活性を
追跡することができる。化学合成された異なる試験化合
物または天然生成物をかかる酵素活性のアッセイに取り
入れることにより、天然または合成基質と競合し、さも
なくば酵素活性を阻害する添加物を検出することができ
る。

【００８１】本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞標品、化学ライブラリー、および天然産物混
合物中における小型分子基質およびリガンドの結合を評
価してもよい。これらの基質およびリガンドは天然基質
およびリガンドであってもよく、構造上または機能上の
模倣物であってもよい。例えば、Coligan et al.,Curre
nt Protocols in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参
照。

【００８２】また本発明は、ＳＲＰポリペプチドまたは
ポリヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または阻
害（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性お
よび／または殺菌性化合物を同定するための、化合物の
スクリーニング方法をも提供する。該スクリーニング方
法は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまたは
アンタゴニストをスクリーニングするために、Ｆｆｈポ
リペプチドおよびこのようなポリペプチドの標識基質ま
たはリガンドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面膜
もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、または
それらのいずれかの調製物を、ＳＲＰアゴニストまたは
アンタゴニストとなりうる候補分子の存在下または不在
下でインキュベーションする。候補分子がＦｆｈポリペ
プチドにアゴナイズまたはアンタゴナイズする能力は、
標識化リガンドの結合の低下またはこのような基質から
の生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響を
及ぼさない分子、すなわちＦｆｈポリペプチドの効果を
誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニストである可
能性がある。結合性が良好で、基質からの生成物の生成
速度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成
物の生成速度またはレベルはリポーターシステムを用い
ることにより強調できる。この点に関して有用なリポー
ターシステムには、生成物に転換される比色測定用標識
化基質、ＳＲＰポリヌクレオチドまたはポリペプチド活
性の変化に応答するリポーター遺伝子、および当該分野
で周知の結合アッセイ等があるが、これらに限定するも
のではない。

【００８３】ＳＲＰアンタゴニストのアッセイのもう１
つの例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適し
た条件下で、ＳＲＰおよび潜在的アンタゴニストを、Ｓ
ＲＰ結合分子、組換えＳＲＰ結合分子、天然基質もしく
はリガンド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合
する。例えば放射活性または比色測定用化合物によりＳ
ＲＰを標識し、結合分子に結合した、または生成物に変
換されたＳＲＰ分子の数を正確に決定して、潜在的なア
ンタゴニストの効果を評価できる。

【００８４】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ＳＲＰにより誘導される活性を
誘導せず、それゆえＳＲＰを結合から排除することによ
りＳＲＰの作用を妨害する。潜在的アンタゴニストに
は、ポリペプチドの結合部位に結合し、およびそれを占
領し、それにより細胞性結合分子への結合を妨害して、
正常の生物学的活性を妨害する小型分子等がある。小型
分子の例としては、小型有機分子、ペプチド、ペプチド
様分子等があるが、これらに限定するものではない。そ
の他の潜在的アンタゴニストにはアンチセンス分子等が
ある（これらの分子についての記載に関してはOkano,
J.，Neurochem.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotid
es as Antisense Inhibitors of Gene Expression，Ｃ
ＲＣプレス、ボッカラートン、フロリダ州（1988）参
照）。好ましい潜在的アンタゴニストには、ＳＲＰ関連
化合物およびＳＲＰ変種等がある。

【００８５】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。

【００８６】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ＳＲＰ蛋白により媒介される哺乳動物細胞への侵
入のブロック（Rosenshine et al.,Infect.Immunol.60:
2211(1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と細菌
Ｆｆｈ蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌付着
のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的方法
以外により開始される、感染における通常の病状の進行
のブロックに使用することができる。

【００８７】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。

【００８８】ＨＴＰスクリーニング法 ＨＴＳ法により、リン酸の蓄積を測定することによりＧ
ＴＰの加水分解が測定されよう。

【００８９】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のＳ
ＲＰポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物とり
わけ哺乳動物、特にヒトにおけるＳＲＰの検出は、疾患
の診断のための診断法を提供する。ＳＲＰ遺伝子を含む
生物に感染した真核生物（本明細書において「個体」と
も称する）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法に
よりＤＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感染
した個体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟
骨および皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを直
接検出に使用してもよく、あるいは分析の前にＰＣＲも
しくはその他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅
できる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた同じ方法で用いる
ことができる。増幅法を用いると、真核生物とりわけ哺
乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、原核生物遺
伝子の遺伝子型の分析により特徴づけすることができ
る。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅産物の大
きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突
然変異は、増幅ＤＮＡを標識ＳＲＰポリヌクレオチド配
列にハイブリダイズさせることにより同定できる。完全
に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、または融解温
度の差により、誤対合二重らせんから区別できる。変性
剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳
動の移動度の変化を検出することにより、または直接的
なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の差を検出して
もよい。例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）
参照。また、特異的な位置での配列の変化を、ヌクレア
ーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ１保護ま
たは化学的切断法によって明らかにしてもよい。例えば
Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA， 85:4397-44
01 （1985）参照。

【００９０】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ＳＲＰをコードする核
酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然変異を同定およ
び分析するのに用いることができる。本発明はまた、
５'および／または３'末端から１、２、３または４個の
ヌクレオチド除去したプライマーをも提供する。これら
のプライマーを用いて、感染個体から単離されたＳＲＰ
ＤＮＡを増幅してもい。プライマーを用いて、個体か
ら単離された遺伝子を増幅し、ついで、遺伝子をＤＮＡ
配列を調べるための種々の技法に供してもよい。このよ
うに、ＤＮＡ配列における突然変異を検出し、感染の診
断および感染性物質のセロタイピングおよび／または分
類に使用することができる。

【００９１】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスに
よる感染、および最も好ましくは、上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供
し、該方法は、表１［配列番号：１］の配列を有するポ
リヌクレオチドの発現レベルの上昇を個体由来の試料か
ら検出することを特徴とする。ＳＲＰポリヌクレオチド
の発現の増加または低下は、ポリヌクレオチドの定量法
として当該分野でよく知られたいずれかの方法、例えば
増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザ
ンブロッティングおよびその他のハイブリダイゼーショ
ン法を用いて測定できる。

【００９２】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、Ｆｆｈ蛋白の過剰発現を検出するための本発明診断
アッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよ
い。宿主由来のサンプル中のＦｆｈ蛋白のレベルを決定
するために用いることができるアッセイ技法は、当業者
に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノア
ッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析お
よびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。

【００９３】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。酵素処理により、例えば、
パパインを用いてＦｃ部分からＦａｂ部分を開裂するこ
とにより、親モノクローナル抗体からＦａｂフラグメン
トを調製してもよい。本発明のポリペプチドに対して生
じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付いたフ
ラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒトは
でない動物に通常の実験法を用いて投与することにより
得ることができる。連続的細胞系培養により産生される
抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モノクロ
ーナル抗体を調製することができる。例としては、Kohl
er， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:495-497
（1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72 （198
3）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer Ther
apy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記載され
るような種々の技法がある。１種またはそれ以上のもと
のポリペプチドおよび／または融合蛋白を用いてハイブ
リドーマをスクリーニングして、高い結合アフィニティ
ーを有し、他のスタフィロコッカス種との好ましい交差
反応をする細胞系を選択する。一本鎖抗体の産生のため
に記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）を適
用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を得る
ことができる。また、トランスジェニックマウスまたは
その他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒト化
抗体等の抗体を発現させてもよい。別法として、ファー
ジディスプレイ技法を用いて、抗−ポリペプチドを有す
ることにつきスクリーニングされたヒト・リンパ球のＰ
ＣＲ増幅されたｖ遺伝子のレパートリーから、抗−ＳＲ
Ｐを有することについてスクリーニングされたヒトか
ら、あるいは無処理のライブラリーから、ポリペプチド
に対する結合活性を有する抗体遺伝子を選別することも
できる（McCafferty, J.ら、Nature 348:552-554 （199
0）； Marks, J.ら、Biotechnology 10:779-783 （199
2））。これらの抗体の親和性はチェインシャフリング
（chain shuffling）により改善することもできる（Cla
ckson, T.ら、Nature 352:624-628 （1991））。ポリペ
プチドおよび／または融合蛋白に対する高アフィニティ
ーに関して抗体を再度スクリーニングすべきである。上
記のごとく、最終抗体のフラグメントを調製してもよ
い。抗体は分子量約１５００００の無傷の抗体あるいは
その誘導体、例えばSkerra, A and Pluckthum, A., Sci
ence 240:1038-1040 (1988)に記載されたようなＦａｂ
フラグメントまたはＦｖフラグメントであってもよい。
二つの抗原結合ドメインが存在する場合、各ドメインは
「二特異性」抗体と称する異なるエピトープに対して指
向される。詳細には、本発明のもとの蛋白またはポリペ
プチドフラグメントよりもわずかに長いまたは短い誘導
体を用いてもよい。さらに、１またはそれ以上のアミノ
酸残基が修飾されているポリペプチドを用いてもよい。
かかるペプチドは、例えば、アミノ酸の置換、付加、ま
たは再配列により、またはアミノ酸の化学修飾により調
製してもよい。すべてのかかる置換および修飾はペプチ
ド化学の当業者に広く知られている。上記抗体を用いて
ポリペプチドを発現するクローンを単離または同定して
もよく、上記抗体を親和性クロマトグラフィーにより精
製することができる。

【００９４】従って、とりわけＦｆｈポリペプチドに対
する抗体を、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の治療に用いてもよ
い。

【００９５】好ましくは、本発明ポリペプチドの発現に
ついて上記したような適当な発現系において該抗体をコ
ードしているＤＮＡポリマーを発現させることにより抗
体を調製する。発現系のベクターの選択は、一部には宿
主に応じてなされるであろうし、宿主としては、例えば
イー・コリ（好ましくはＢ株）もしくはストレプトミセ
ス種のごとき原核細胞、あるいはマウスＣ１２７、マウ
スミエローマ、ヒトＨｅＬａ、チャイニーズハムスター
卵巣、糸状菌もしくは単細胞真菌または昆虫細胞であっ
てもよい。宿主はトランスジェニック動物またはトラン
スジェニック植物（例えば、Hiatt, A. et al., Nature
340:76-78 (1989)に記載されたような）であってもよ
い。適当なベクターはプラスミド、バクテリオファー
ジ、コスミド、ならびに例えばバキュロウイルスおよび
ワクシニアに由来する組み換えウイルスを包含する。

【００９６】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。

【００９７】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。

【００９８】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。ヒト化モノクローナル抗
体、または結合活性を有するそのフラグメントは本発明
の特別な態様を形成する。修飾は必ずしも「ヒト化」抗
体に限定するものではなく、他の霊長類配列（例えば、
Newman, R. et al., Biotechnology 10: 1455-1460 (19
92)）を用いてもよい。本発明のポリヌクレオチドを遺
伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミドＤ
ＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet.1:3
63（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419（196
3））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体の送
達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リン酸
カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshef、PNA
S 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム中への
ＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（1989））、
微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（1992）；Eisenb
raunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））およびクロー
ン化レトロウイルスベクターを用いたインビボ感染（Se
egerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切な送達方法を
用いるのが好ましい。

【００９９】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウス感染から個体を防御するための抗体および／ま
たはＴ細胞応答を生じさせるに十分なＳＲＰまたはその
フラグメントもしくは変種を個体に接種することを特徴
とする。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅らせる方
法も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、個
体における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法は、
疾病が個体においてすでに確立されているか否かにかか
わらず、インビボでＳＲＰ、またはそのフラグメントも
しくは変種を発現させるためにＳＲＰまたはそのフラグ
メントもしくは変種の発現を指令する核酸ベクターをか
かる個体に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細
胞免疫応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細
胞毒性Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導して、
該個体を疾病から防御する抗体を産生させることを特徴
とする。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する方法とし
ては、粒子上にコーディングすること等がある。 かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。

【０１００】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ＳＲＰまたはそれによりコードされている蛋白
に対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組成
物に関し、その組成物は組換えＳＲＰまたはそれにより
コードされている蛋白を含み、ＳＲＰまたはそれにより
コードされている蛋白に対する抗原をコードし発現する
ＤＮＡを含む。免疫学的応答を治療的または予防的に用
いてもよく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ４＋
Ｔ細胞から生じるような抗体免疫または細胞性免疫の形
態であってもよい。

【０１０１】Ｆｆｈポリペプチドまたはそれらのフラグ
メントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白
を安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋白
を産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合さ
せてもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗
原補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ（He
mophilus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオ
ン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーター
ガラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化して
それらの産生および精製を促進する比較的大きな共存蛋
白等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普遍的
な刺激を提供するという意味で、アジュバントとして作
用することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミノま
たはカルボキシル末端のどちらかに結合できる。

【０１０２】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。

【０１０３】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウスに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的
免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋
白の不変領域をコードすることが示されている、説明し
たポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメン
トを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的また
は治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトー
プを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、
とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフィロコッ
カス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発
のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動
物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をう
まく調製することを可能にすると思われる。

【０１０４】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。

【０１０５】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のＦｆｈ蛋白に関して
説明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実質
的に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失ま
たは置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含する
ことが理解されよう。

【０１０６】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。

【０１０７】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮内の経
路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、また
は予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例え
ば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与で
きる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟膏、
クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、洗口
剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾール
等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加物、例
えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟膏
およびクリームには軟化剤を含有していてもよい。かか
る局所用処方は、適合した慣用的な担体、例えばクリー
ムまたは軟膏基剤、およびローションにはエタノールま
たはオレイルアルコールを含有していてもよい。このよ
うな担体は重量で処方の約１％から約９８％であってよ
く、より通常には重量で処方の約８０％までとする。哺
乳動物とりわけヒトに投与するために、活性物質の１日
あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／
ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。医者は
あらゆる場合、個体に最も適した実際の投与量を決定
し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じて変化さ
せる。上述の投与量は、平均的なケースの典型例であ
る。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合する個
々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内である。

【０１０８】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御す
ることもできる。

【０１０９】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。

【０１１０】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。

【０１１１】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。

【０１１２】

【実施例】本発明をさらに下記実施例により説明する。
実施例は特定の具体例を参照することにより本発明を説
明することのみを目的とする。これらの説明は本発明の
特定の態様を説明するものであるが、本発明の範囲を限
定するものと解してはならない。詳細に特記した以外
は、当業者によく知られ、常套的である標準的方法を用
いてすべての実施例を行った。下記実施例の常套的な分
子生物学的手法を、Sambrook et al., MOLECULAR CLONI
NG: A LABORATORY MANUAL, 2nd Ed; Cold Spring Harbo
r Press, Cold Spring Harbor, N. Y. (1989)のごとき
標準的な研究室マニュアルに記載されたように行うこと
ができる。下記実施例に示したすべての部および量は、
特記しない限り重量である。特記しない限り、Sambrook
et al., MOLECULAR CLONING: A LABORATORY MANUAL, 2
nd Ed; Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbo
r, N. Y. (1989)および他の多くの文献、例えばGoeddel
et al., Nucleic Acids Res. 8: 4057 (1980)にあるよ
うなアガロースおよびポリアクリルアミドゲル電気泳動
（ＰＡＧＥ）を用いて下記実施例におけるサイズ分画を
行った。

【０１１３】実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のスタフィロコッカス・
アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーか
ら得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスのＤ
ＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配
列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築した場合もある。通常の方法、例えば以下の方法１
および２によりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮ
Ａは、スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29から、
標準法に準じて単離し、二つの方法のどちらかによりサ
イズ分画する。

【０１１４】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。

【０１１５】方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。

【０１１６】

【配列表】（１）一般的情報： （ｉ）出願人：Black, Michael （ｉｉ）発明の名称：シグナル認識粒子ポリペプチドお
よびポリヌクレオチド （ｉｉｉ）配列の数：８ （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：SmithKline Beecham Corporation （Ｂ）通り名：709 Swedland Road （Ｃ）都市名：King of Prussia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：19406-0939 （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：ＤＯＳ （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号：０６／０５７８９８０ （Ｂ）出願日：１９９７年９月３日 （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Gimmi, Edward R （Ｂ）登録番号：３８８９１ （Ｃ）代理人等における処理番号：ＧＭ５００３５ （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：６１０−２７０−４４７８ （Ｂ）ファックス番号：６１０−２７０−５０９０ （Ｃ）テレックス：

【０１１７】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１３６８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： ATGGCATTTG AAGGCTTATC AGAACGCCTG CAAGCGACGA TGCAAAAAAT GCGTGGTAAG 60 GGTAAACTTA CTGAAGCTGA TATAAAGATA ATGATGCGTG AAGTAAGATT AGCGTTATTT 120 GAGGCTGACG TAAACTTTAA AGTGGTAAAA GAATTTATTA AAACAGTATC AGAACGCGCA 180 TTAGGTTCCG ATGTAATGCA ATCATTAACA CCAGGGCAAC AAGTTATTAA AATAGTTCAA 240 GATGAATTAA CGAAGTTGAT GGGTGGAGAA AATACATCGA TTAATATGTC AAATAAACCA 300 CCTACTGTTG TTATGATGGT TGGTTTACAA GGTGCTGGTA AAACAACAAC TGCAGGTAAA 360 TTAGCATTAT TGATGCGTAA AAAATACAAC AAAAAACCTA TGTTAGTTGC AGCAGATATT 420 TATCGTCCAG CAGCGATAAA TCAATTACAA ACAGTAGGGA AACAAATTGA TATTCCTGTA 480 TACAGTGAAG GAGATCAAGT AAAGCCACAA CAAATTGTAA CTAATGCATT AAAACATGCT 540 AAAGAAGAAC ATTTAGACTT TGTAATCATT GATACAGCAG GTCGATTACA CATCGATGAA 600 GCATTGATGA ACGAATTAAA AGAAGTAAAA GAAATTGCTA AACCAAACGA AATTATGTTA 660 GTTGTCGATT CAATGACGGG TCAAGATGCT GTCAATGTTG CAGAATCTTT TGACGATCAA 720 CTTGATGTCA CAGGTGTTAC CTTAACTAAA TTAGATGGTG ATACACGTGG TGGTGCAGCT 780 TTATCTATTC GTTCGGTGAC ACAAAAACCA ATTAAATTTG TTGGTATGAG TGAAAAGTTA 840 GATGGTTTAG AGCTATTCCA TCCTGAACGT ATGGCATCAC GTATTTTAGG TATGGGTGAT 900 GTGTTAAGTT TAATTGAAAA AGCGCAACAA GATGTGGATC AAGAAAAAGC AAAAGATTTA 960 GAGAAAAAGA TGCGTGAGTC ATCGTTTACT TTAGATGATT TTTTAGAACA ACTTGATCAG 1020 GTGAAAAATC TAGGACCACT GGATGATATT ATGAAAATGA TTCCAGGTAT GAATAAAATG 1080 AAAGGGCTAG ATAAGCTTAA TATGAGTGAA AAGCAAATTG ATCATATTAA AGCGATTATC 1140 CAGTCAATGA CGCCGGCTGA AAGAAACAAT CCAGACACAT TGAATGTATC ACGTAAAAAG 1200 CGTATTGCTA AAGGGTCTGG TCGTTCATTA CAAGAAGTCA ATCGTTTGAT GAAACAATTT 1260 AACGATATGA AGAAAATGAT GAAACAATTC ACTGGTGGCG GTAAAGGTAA AAAAGGTAAA 1320 CGCAATCAAA TGCAAAATAT GTTAAAAGGT ATGAATTTAC CGTTTTAA 1368

【０１１８】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４５５アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：蛋白 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Ala Phe Glu Gly Leu Ser Glu Arg Leu Gln Ala Thr Met Gln Lys 1 5 10 15 Met Arg Gly Lys Gly Lys Leu Thr Glu Ala Asp Ile Lys Ile Met Met 20 25 30 Arg Glu Val Arg Leu Ala Leu Phe Glu Ala Asp Val Asn Phe Lys Val 35 40 45 Val Lys Glu Phe Ile Lys Thr Val Ser Glu Arg Ala Leu Gly Ser Asp 50 55 60 Val Met Gln Ser Leu Thr Pro Gly Gln Gln Val Ile Lys Ile Val Gln 65 70 75 80 Asp Glu Leu Thr Lys Leu Met Gly Gly Glu Asn Thr Ser Ile Asn Met 85 90 95 Ser Asn Lys Pro Pro Thr Val Val Met Met Val Gly Leu Gln Gly Ala 100 105 110 Gly Lys Thr Thr Thr Ala Gly Lys Leu Ala Leu Leu Met Arg Lys Lys 115 120 125 Tyr Asn Lys Lys Pro Met Leu Val Ala Ala Asp Ile Tyr Arg Pro Ala 130 135 140 Ala Ile Asn Gln Leu Gln Thr Val Gly Lys Gln Ile Asp Ile Pro Val 145 150 155 160 Tyr Ser Glu Gly Asp Gln Val Lys Pro Gln Gln Ile Val Thr Asn Ala 165 170 175 Leu Lys His Ala Lys Glu Glu His Leu Asp Phe Val Ile Ile Asp Thr 180 185 190 Ala Gly Arg Leu His Ile Asp Glu Ala Leu Met Asn Glu Leu Lys Glu 195 200 205 Val Lys Glu Ile Ala Lys Pro Asn Glu Ile Met Leu Val Val Asp Ser 210 215 220 Met Thr Gly Gln Asp Ala Val Asn Val Ala Glu Ser Phe Asp Asp Gln 225 230 235 240 Leu Asp Val Thr Gly Val Thr Leu Thr Lys Leu Asp Gly Asp Thr Arg 245 250 255 Gly Gly Ala Ala Leu Ser Ile Arg Ser Val Thr Gln Lys Pro Ile Lys 260 265 270 Phe Val Gly Met Ser Glu Lys Leu Asp Gly Leu Glu Leu Phe His Pro 275 280 285 Glu Arg Met Ala Ser Arg Ile Leu Gly Met Gly Asp Val Leu Ser Leu 290 295 300 Ile Glu Lys Ala Gln Gln Asp Val Asp Gln Glu Lys Ala Lys Asp Leu 305 310 315 320 Glu Lys Lys Met Arg Glu Ser Ser Phe Thr Leu Asp Asp Phe Leu Glu 325 330 335 Gln Leu Asp Gln Val Lys Asn Leu Gly Pro Leu Asp Asp Ile Met Lys 340 345 350 Met Ile Pro Gly Met Asn Lys Met Lys Gly Leu Asp Lys Leu Asn Met 355 360 365 Ser Glu Lys Gln Ile Asp His Ile Lys Ala Ile Ile Gln Ser Met Thr 370 375 380 Pro Ala Glu Arg Asn Asn Pro Asp Thr Leu Asn Val Ser Arg Lys Lys 385 390 395 400 Arg Ile Ala Lys Gly Ser Gly Arg Ser Leu Gln Glu Val Asn Arg Leu 405 410 415 Met Lys Gln Phe Asn Asp Met Lys Lys Met Met Lys Gln Phe Thr Gly 420 425 430 Gly Gly Lys Gly Lys Lys Gly Lys Arg Asn Gln Met Gln Asn Met Leu 435 440 445 Lys Gly Met Asn Leu Pro Phe 450 455

【０１１９】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：７９２塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： ATGGCATTTG AAGGCTTATC AGAACGCCTG CAAGCGACGA TGCAAAAAAT GCGTGGTAAG 60 GGTAAACTTA CTGAAGCTGA TATAAAGATA ATGATGCGTG AAGTAAGATT AGCGTTATTT 120 GAGGCTGACG TAAACTTTAA AGTGGTAAAA GAATTTATTA AAACAGTATC AGAACGCGCA 180 TTAGGTTCCG ATGTAATGCA ATCATTAACA CCAGGGCAAC AAGTTATTAA AATAGTTCAA 240 GATGAATTAA CGAAGTTGAT GGGTGGAGAA AATACATCGA TTAATATGTC AAATAAACCA 300 CCTACTGTTG TTATGATGGT TGGTTTACAA GGTGCTGGTA AAACAACAAC TGCAGGTAAA 360 TTAGCATTAT TGATGCGTAA AAAATACAAC AAAAAACCTA TGTTAGTTGC AGCAGATATT 420 TATCGTCCAG CAGCGATAAA TCAATTACAA ACAGTAGGGA AACAAATTGA TATTCCTGTA 480 TACAGTGAAG GAGATCAAGT AAAGCCACAA CAAATTGTAA CTAATGCATT AAAACATGCT 540 AAAGAAGAAC ATTTAGACTT TGTAATCATT GATACAGCAG GTCGATTACA CATCGATGAA 600 GCATTGATGA ACGAATTAAA AGAAGTAAAA GAAATTGCTA AACCAAACGA AATTATGTTA 660 GTTGTCGATT CAATGACGGG TCAAGATGCT GTCAATGTTG CAGAATCTTT TGACGATCAA 720 CTTGATGTCA CAGGTGTTAC CTTAACTAAA TTAGATGGTG ATACCCGTGG TGGTGCAGCT 780 TTATCTATTC GT 792

【０１２０】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２６４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：蛋白 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Met Ala Phe Glu Gly Leu Ser Glu Arg Leu Gln Ala Thr Met Gln Lys 1 5 10 15 Met Arg Gly Lys Gly Lys Leu Thr Glu Ala Asp Ile Lys Ile Met Met 20 25 30 Arg Glu Val Arg Leu Ala Leu Phe Glu Ala Asp Val Asn Phe Lys Val 35 40 45 Val Lys Glu Phe Ile Lys Thr Val Ser Glu Arg Ala Leu Gly Ser Asp 50 55 60 Val Met Gln Ser Leu Thr Pro Gly Gln Gln Val Ile Lys Ile Val Gln 65 70 75 80 Asp Glu Leu Thr Lys Leu Met Gly Gly Glu Asn Thr Ser Ile Asn Met 85 90 95 Ser Asn Lys Pro Pro Thr Val Val Met Met Val Gly Leu Gln Gly Ala 100 105 110 Gly Lys Thr Thr Thr Ala Gly Lys Leu Ala Leu Leu Met Arg Lys Lys 115 120 125 Tyr Asn Lys Lys Pro Met Leu Val Ala Ala Asp Ile Tyr Arg Pro Ala 130 135 140 Ala Ile Asn Gln Leu Gln Thr Val Gly Lys Gln Ile Asp Ile Pro Val 145 150 155 160 Tyr Ser Glu Gly Asp Gln Val Lys Pro Gln Gln Ile Val Thr Asn Ala 165 170 175 Leu Lys His Ala Lys Glu Glu His Leu Asp Phe Val Ile Ile Asp Thr 180 185 190 Ala Gly Arg Leu His Ile Asp Glu Ala Leu Met Asn Glu Leu Lys Glu 195 200 205 Val Lys Glu Ile Ala Lys Pro Asn Glu Ile Met Leu Val Val Asp Ser 210 215 220 Met Thr Gly Gln Asp Ala Val Asn Val Ala Glu Ser Phe Asp Asp Gln 225 230 235 240 Leu Asp Val Thr Gly Val Thr Leu Thr Lys Leu Asp Gly Asp Thr Arg 245 250 255 Gly Gly Ala Ala Leu Ser Ile Arg 260

【０１２１】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５００塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： AAACATCTTG CAAATGAATT TAAATTTAAC GACTTCTCAA GACGTCGTAT AAAGTAAACA 60 ATGATATAAA TGATTTATAC TTGCAATTAA CTATTAAAAT ATAGTAATAT ATATCTTGCC 120 GTGCTAGGTG GGGAGGTAGC GGTTCCCTGT ACTCGAAATC CGCTTTATGC GAGGCTTAAT 180 TCCTTTGTTG AGGCCGTATT TTTGCGAAGT CTGCCCAAAG CACGTAGTGT TTGAAGATTT 240 CGGTCCTATG CAATATGAAC CCATGAACCA TGTCAGGTCC TGACGGAAGC AGCATTAAGT 300 GGATCATCAT ATGTGCCGTA GGGTAGCCGA GATTTAGCTA ACGACTTTGG TTACGTTCGT 360 GAATTACGTT CGATGCTTAG GTGCACGGTT TTTTATTTTT TAAATATTAA ACCGATTATT 420 AAGAGTTGAA AATATATATT TATTTATAGA AGCTACTTTC TTGAAGACAA TTCAGCGTAT 480 TATACGTGGA ACATGTTTGT 500

【０１２２】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：３５８塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： ACTTGCAATT AACTATTAAA ATATAGTAAT ATATATCTTG CCGTGCTAGG TGGGGAGGTA 60 GCGGTTCCCT GTACTCGAAA TCCGCTTTAT GCGAGGCTTA ATTCCTTTGT TGAGGCCGTA 120 TTTTTGCGAA GTCTGCCCAA AGCACGTAGT GTTTGAAGAT TTCGGTCCTA TGCAATATGA 180 ACCCATGAAC CATGTCAGGT CCTGACGGAA GCAGCATTAA GTGGATCATC ATATGTGCCG 240 TAGGGTAGCC GAGATTTAGC TAACGACTTT GGTTACGTTC GTGAATTACG TTCGATGCTT 300 AGGTGCACGG TTTTTTATTT TTTAAATATT AAACCGATTA TTAAGAGTTG AAAATATA 358

【０１２３】（２）配列番号：７に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２７６塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：７： CTTGCCGTGC TAGGTGGGGA GGTAGCGGTT CCCTGTACTC GAAATCCGCT TTATGCGAGG 60 CTTAATTCCT TTGTTGAGGC CGTATTTTTG CGAAGTCTGC CCAAAGCACG TAGTGTTTGA 120 AGATTTCGGT CCTATGCAAT ATGAACCCAT GAACCATGTC AGGTCCTGAC GGAAGCAGCA 180 TTAAGTGGAT CATCATATGT GCCGTAGGGT AGCCGAGATT TAGCTAACGA CTTTGGTTAC 240 GTTCGTGAAT TACGTTCGAT GCTTAGGTGC ACGGTT 276

【０１２４】（２）配列番号：８に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２７５塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｉｉ）配列の種類：ゲノムＤＮＡ （ｘｉ）配列の記載：配列番号：８： AACAATGCCG TTTCAATATA ATATTTCAAA ACATCTTGCA AATGAATTTA AATTTACCGA 60 CTTCTCAAGA CGTCGTATAA AGTAAACAAT GATATAAATG ATTTATACTT GCAATTAACT 120 ATTNAAATAT AGTAATATAT ATCTTTCCGT GCTAGGTGGG GAGGTAGCGG TTCCCTGTAC 180 TCGAAATCCG CTTTATGCGA GGCTTAATTC CTTTGTTGAG GCCGTATTTT TGCGAAGTCT 240 GCCCAAAGCA CGTAGTGTTT GAAGATTTCG GTCCT 275

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１３ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１３Ａ ６１７ ６１７ ６１９ ６１９Ａ ６２５ ６２５ ６２７ ６２７ ６３１ ６３１Ｃ 31/70 ６２３ 31/70 ６２３ 35/76 35/76 39/085 39/085 39/395 39/395 Ｄ Ｒ 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/31 Ｃ０７Ｋ 14/31 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 5/10 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/566 33/566 Ｃ１２Ｐ 21/08 // Ｃ１２Ｐ 21/08 Ｇ０１Ｎ 33/577 Ｂ Ｇ０１Ｎ 33/577 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ Ｃ１２Ｒ 1:445）

Claims (29)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】（ａ）配列番号２または４のアミノ酸配列
   を含むポリペプチドコードしているポリヌクレオチドに
   対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオ
   チド； （ｂ）配列番号：１、３、５、６、７または８の核酸配
   列を含むポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の
   同一性を有するポリヌクレオチド （ｃ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含
   まれるＦｆｈ遺伝子により発現されるのと同じ成熟ポリ
   ペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少
   なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｄ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含
   まれるｆｆｓ ＲＮＡ遺伝子により発現されるのと同じ
   ＳＲＰ ＲＮＡを含むポリヌクレオチドに対して少なく
   とも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド （ｅ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）のポリヌク
   レオチドに相捕的なポリヌクレオチド からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を含む
   単離ポリヌクレオチド。
2. 【請求項２】 ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項
   １のポリヌクレオチド。
3. 【請求項３】 ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項
   １のポリヌクレオチド。
4. 【請求項４】 配列番号１、３、５、６、７または８に
   示す核酸配列を含む請求項２のポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 エス・アウレウス（S. aureus）のＳＲ
   Ｐをコードしている配列番号：１または３に示すヌクレ
   オチドを含む請求項２のポリヌクレオチド。
6. 【請求項６】 配列番号：２または４のアミノ酸配列を
   含むポリペプチドをコードしている請求項２のポリヌク
   レオチド。
7. 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
   ター。
8. 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
9. 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
   りコードされているポリペプチドを発現させることを含
   む、ポリペプチドの製造方法。
10. 【請求項１０】 Ｆｆｈポリペプチドまたはフラグメン
    トの製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグメ
    ントの生成に十分な条件下で請求項８の宿主を培養する
    ことを含む方法。
11. 【請求項１１】 配列番号：２または４のアミノ酸配列
    に対して少なくとも５０％同一であるアミノ酸配列を含
    むポリペプチド。
12. 【請求項１２】 配列番号：２または４に示すアミノ酸
    配列を含むポリペプチド。
13. 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
    体。
14. 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
    は発現を阻害するアンタゴニスト。
15. 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
    チドを個体に投与することを含む、Ｆｆｈポリペプチド
    を必要とする個体の治療方法。
16. 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
    ニストを個体に投与することを含む、Ｆｆｈポリペプチ
    ドの阻害を必要とする個体の治療方法。
17. 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
    ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
    て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
    すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
    ポリペプチドの存在または量について分析することを含
    む方法。
18. 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
    して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
    法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
    件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
    を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
    用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
    可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
    ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
    るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
    化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
    化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。
19. 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答
    を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１
    １のＦｆｈポリペプチドまたはそのフラグメントもしく
    は変種を哺乳動物に接種することを含む方法。
20. 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、Ｆｆｈポリペプチドまたはそのフラ
    グメントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体お
    よび／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的応答
    を誘導して該動物を疾病から防御するするために、請求
    項１１のＦｆｈポリペプチドまたはそのフラグメントも
    しくは変種の発現を指令する核酸ベクターを送達するこ
    とを含む方法。
21. 【請求項２１】 スタフィロコッカス・アウレウスから
    単離されたＳＲＰ。
22. 【請求項２２】 配列番号：５、６、７または８の配列
    のＲＮＡ成分を有する請求項１記載のＳＲＰ。
23. 【請求項２３】 配列番号：２または４の配列の蛋白成
    分を含む請求項１記載のＳＲＰ。
24. 【請求項２４】 請求項２３の成分をコードしている単
    離ＤＮＡ。
25. 【請求項２５】 請求項２４のＤＮＡの個別発現または
    同時発現のための方法。
26. 【請求項２６】 配列番号：１、２、３、４、５、６、
    ７または８に示すＳＲＰ成分のうち１種またはそれ以上
    を含むＳＲＰの阻害剤の同定のためのスクリーニング。
27. 【請求項２７】 請求項２１のＳＲＰの単離ＲＮＡ成
    分。
28. 【請求項２８】 請求項２１のＳＲＰの単離蛋白成分。
29. 【請求項２９】 請求項２２の成分をコードしている単
    離ＤＮＡ。