JPH11235181A - 新規ｔｉｇ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 tigポリペプチドおよびtigポリペプチドをコ
ードしているポリヌクレオチド、および組み換え法によ
るかかるポリペプチドの製造方法、ならびに抗細菌化合
物のスクリーニングのためのtigポリペプチドの使用方
法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドならびに配列番号：２のアミノ酸配列に対して少な
くとも７０％の同一性を有するアミノ酸配列を含むポリ
ペプチド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、ならびにそれら
の製造および使用、ならびにそれらの変種、アゴニスト
およびアンタゴニスト、そしてそれらの使用に関する。
詳細には、これらの点および他の点に関して、本発明
は、トリガーファクターチャペロン（trigger factor c
haperones）ファミリーの新規ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチド（以下、tigという）に関する。

【０００２】

【従来の技術】スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食中
毒、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を包
含する。

【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス感染の頻
度は過去２０年間に劇的に上昇している。これは多重抗
生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した人の集団
の増加に起因している。いくつかのまたは全ての標準的
な抗生物質に対して耐性を有するスタフィロコッカス・
アウレウス株を単離することはもはやめずらしいことで
はない。この現象がこの生物に対する新しい抗菌剤、ワ
クチンおよび診断試験についての必要性を形成した。

【０００４】

【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明tig具体例のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。

【０００５】本発明のある種のポリペプチドは、既知の
ビー・ズブチリス（B. subtilis）のtig蛋白に対するア
ミノ酸配列相同性を有する。Genbank 受託番号Z75208；
さらにGothel et al., "An internal FK506-building d
omain is the catalytic core of the prolyl isomeras
e activity associated with the Bacillus subtilis t
rigger factor," Eur. J. Biochem, 244(1), 59-65 (19
97);およびHesterkamp and Bukau, "Identification of
the prolyl isomerase domain of Escherichia coli t
rigger factor," FEBS Lett, 385(1-2), 67-71 (1996)
参照。

【０００６】

【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２または４）に示すアミノ酸配列およ
び既知アミノ酸配列またはビー・ズブチリスのtig蛋白
のごとき他の蛋白の配列の間の相同性により、新規tig
ポリペプチドであると同定されたポリペプチド提供する
ことが本発明の目的である。tigポリペプチドをコード
しているポリヌクレオチド、詳細には本明細書でtigと
命名されたポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チドを提供することが本発明のさらなる目的である。本
発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチド
は、表１（配列番号：１または３）に示す配列を含むti
gポリペプチドをコードする領域を含み、全長遺伝子ま
たはその変種が包含される。本発明のもう１つの特に好
ましい具体例において、表１（配列番号：２または４）
のアミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウス
由来の新規tig蛋白、またはその変種がある。

【０００７】本発明のさらなる態様は、tig、詳細には
スタフィロコッカス・アウレウスのtigをコードしてい
る単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮＡ、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさらなる具体
例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もしくは治
療的に有用なその変種、およびそれらを含む組成物を包
含する。

【０００８】本発明のもう１つの態様によれば、治療ま
たは予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的とし
た、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。本発
明の特に好ましい具体例には、tigの天然に存在する対
立遺伝子変種およびそれによりコードされるポリペプチ
ドがある。

【０００９】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてtigと称されるスタフィロコッカス・アウレ
ウスの新規ポリペプチド、ならびに生物学的、診断学
的、予防的、臨床的もしくは治療的に有用なそのフラグ
メント、変種および誘導体、および前記したフラグメン
トおよびアナログの変種および誘導体、およびそれらを
含む組成物が提供される。本発明の特に好ましい具体例
には、tig遺伝子の天然に存在する対立遺伝子によりコ
ードされるtigポリペプチドの変種がある。本発明の好
ましい具体例において、上記tigポリペプチドの製造方
法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例えば、
抗体を含め、抗細菌剤として有用なかかるポリペプチド
の阻害剤が提供される。

【００１０】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
tig発現の評価、疾病の治療、遺伝学的変異のアッセ
イ、ならびに細菌、特にスタフィロコッカス・アウレウ
ス細菌に対する免疫学的応答を生起するための生物への
tigポリペプチドまたはポリヌクレオチドの投与のため
の、製品、組成物および方法が提供される。

【００１１】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でtigポリヌ
クレオチド配列にハイブリダイゼーションするポリヌク
レオチドが提供される。本発明の特定の好ましい具体例
において、tigポリペプチドに対する抗体が提供され
る。本発明の他の具体例において、本発明ポリペプチド
またはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作用し
て、それらの活性を阻害または活性化する化合物の同定
方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチドまた
はポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互作用
を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触させ
て、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し（か
かる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポリヌ
クレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応答し
て検出可能なシグナルを提供することのできる第２の化
合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプチド
またはポリヌクレオチドとの結合または相互作用から生
じるシグナルの存在または不存在を検出することによ
り、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに結
合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化または
阻害するかどうかを決定することを含む。

【００１２】本発明のさらにもう１つの態様によれば、
tigアゴニストおよびアンタゴニスト、好ましくは静細
菌性または殺細菌性アゴニストおよびアンタゴニストが
提供される。

【００１３】本発明のさらなる態様において、単細胞ま
たは多細胞生物に投与するための、tigポリヌクレオチ
ドまたはtigポリペプチドを含む組成物が提供される。
開示した本発明の精神および範囲内での種々の変更およ
び修飾は、以下の記載を読むこと、および本明細書のそ
の他の部分を読むことにより、当業者に容易に明らかと
なろう。

【００１４】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規tigポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドに関する。詳細には、本発明は、bi-・ズブチリスのt
igポリペプチドに対するアミノ酸配列相同性により関連
付けられる、スタフィロコッカス・アウレウスの新規ti
gのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。特
に本発明は、それぞれ配列番号：１および配列番号：２
として表１に示すヌクレオチド配列およびアミノ酸配列
を有するtigに関する。

【００１５】 表１ tigポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 （Ａ）スタフィロコッカス・アウレウス tigポリヌクレオチド配列由来の配列 [ 配列番号：1]. 5'-1 ATGACAGCAA CTTGGGAAAA AAAGGAAGGT AACGAAGGTT TATTAACTGT 51 TACTGTTCCT GCAGAAAAAG TAAACAAAGC GTTAGATCAA GCATTCAAAA 101 AAGTGGTTAA ACAAATTAAC GTACCTGGAT TCCGTAAAGG TAAAGTGCCA 151 CGTCCAATTT TTGAACAACG CTTTGGTGTA GAAGCATTAT ATCAAGATGC 201 TATCGACATT TTATTACCAG ATGCTTATGG TGAAGCAATT GACGAAACTG 251 ATATTAAACC AGTTGCACAA CCAGAAGTAA GTGTTACTCA AATTGAAAAA 301 GGTAAAGATT TCATTTTTGA AGCAACAGTT ACAGTTGAGC CAGAAGTTAA 351 ATTAGGAGAC TATAAAGGTC TTGAAATTGA AAAACAAGAA ACTGAATTAT 401 CTGATGATGA GTTACAAGAA GCGATTGACC ACAGCTTAGG ACATTTAGCT 451 GAAATGGTAG TTAAAGAAGA TGGTGTTGTT GAAAATGGCG ACACAGTTAA 501 CATTGACTTT AGTGGTTCAG TTGACGGAGA AGAATTCGAA GGTGGACAAG 551 CTGAAGGTTA CGATTTAGAA ATCGGTTCAG GTTCATTCAT ACCTGGTTTC 601 GAAGAGCAAT TAGAAGGTAT GAAAGTTGAC GAAGAAAAAG ATGTTGTCGT 651 AACATTCCCA GAAGAATACC ATGCTGAAGA ATTAGCTGGT AAAGAAGCAA 701 CTTTCAAAAC AAAAGTTAAC GAAATTAAAT TTAAAGAAGT TCCAGAATTA 751 ACAGATGAAA TTGCTAATGA ATTAGATGCA GAAGCAAATA CAGTAGACGA 801 GTACAAAGAA AACTTACGTA AACGTTTAGC TGAACAAAAA GCTACAGATG 851 CTGAAAATGT TGAAAAAGAA GAAGCGATTA CAAAAGCTAC TGATAATACA 901 ACAATCGATA TTCCTGAAGC AATGGTTAAT ACTGAATTAG ATCGTATGGT 951 GTCTGAATTT GCACAAAGAA TTCAACATCA AGGTTTAGAT TTACAAACGT 1001 ACTTCCAAAT CTCAGGTCAA GATGAAACTC AATTAAGAGA GCAAATGAAA 1051 GACGATGCAG AACAACGTGT TAAAACTAAC TTAACTTTAA CTGCGATCGC 1101 TGAAGCTGAA AAAATCGAAG CTACTGATGA AGATATCGAT AAAGAATTAG 1151 AAAAAATGAG TAAACAATTT AATATCTCAG TTGAAGATAT CAAAAATACT 1201 TTAGGTAATA CTGATATCAT TAAAAATGAT GTTCGTATCC AAAAAGTTAT 1251 CGATTTATTA AGAGATAACG CAAAGTTCGT TGAAGGAACT AAAGAAGATT 1301 AATCTTCATT AAATATTAAA TTACAAAAAT GAGTAGCAGA TGCATAGCTT 1351 ATGTATCTGC TACTATTCTN NAAGCAAAAA GTNTGTATGT TAATATGTTG 1401 CATTGTAATA TCCAATCTAG TATAGNCTTN AACGAATAGG GGTGTAAAAA 1451 GAATGTTTAA ATTCAATGAA GATGAAGAAA ATTGGAATGC TCTTTCTGCG 1501 GAAAAGACCA GATCAAGTAA NAAACTGGTG CAGGAGTNGN GTTTTTTTTG 1551 GATGAATGTT TTGATTATGT CAGAATCGCG AAGGAGAAT -3'

【００１６】 （Ｂ）この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるtigポリペプチド配列 [ 配列番号：2]. NH₂-1 MTATWEKKEG NEGLLTVTVP AEKVNKALDQ AFKKVVKQIN VPGFRKGKVP 51 RPIFEQRFGV EALYQDAIDI LLPDAYGEAI DETDIKPVAQ PEVSVTQIEK 101 GKDFIFEATV TVEPEVKLGD YKGLEIEKQE TELSDDELQE AIDHSLGHLA 151 EMVVKEDGVV ENGDTVNIDF SGSVDGEEFE GGQAEGYDLE IGSGSFIPGF 201 EEQLEGMKVD EEKDVVVTFP EEYHAEELAG KEATFKTKVN EIKFKEVPEL 251 TDEIANELDA EANTVDEYKE NLRKRLAEQK ATDAENVEKE EAITKATDNT 301 TIDIPEAMVN TELDRMVSEF AQRIQHQGLD LQTYFQISGQ DETQLREQMK 351 DDAEQRVKTN LTLTAIAEAE KIEATDEDID KELEKMSKQF NISVEDIKNT 401 LGNTDIIKND VRIQKVIDLL RDNAKFVEGT KED*SSLNIK LQK*VADA*L 451 MYLLLFXKQK VCMLICCIVI SNLV*XXTNR GVKRMFKFNE DEENWNALSA 501 EKTRSSXKLV QEXXFFWMNV LIMSESRRR -COOH

【００１７】 （Ｃ）スタフィロコッカス・アウレウスのtig ＯＲＦ配列を含むポリヌクレオチ ド配列［配列番号：３］ 5'-1 GATCAAGCAT TCAAAAAAGT GGTTAAACAA ATTAACGTAC CTGGATTCCG 51 TAAAGGTAAA GTGCCACGTC CAATTTTTGA ACAACGCTTT GGTGTAGAAG 101 CATTATATCA AGATGCTATC GACATTTTAT TACCAGATGC TTATGGTGAA 151 GCAATTGACG AAACTGATAT TAAACCAGTT GCACAACCAG AAGTAAGTGT 201 TACTCAAATT GAAAAAGGTA AAGATTTCAT TTTTGAAGCA ACAGTTACAG 251 TTGAGCCAGA AGTTAAATTA GGAGACTATA AAGGTCTTGA AATTGAAAAA 301 CAAGAAACTG AATTATCTGA TGATGAGTTA CAAGAAGCGA TTGACCACAG 351 CTTAGGACAT TTAGCTGAAA TGGTAGTTAA AGAAGATGGT GTTGTTGAAA 401 ATGGCGACAC AGTTAACATT GACTTTAGTG GTTCAGTTGA CGGAGAAGAA 451 TTCGAAGGTG GACAAGCTGA AGGTTACGAT TTAGAAATCG GTTCAGGTTC 501 ATTCATACCT GGTTTCGAAG AGCAATTAGA AGGTATGAAA GTTGACGAAG 551 AAAAAGATGT TGTCGTAACA TTCCCAGAAG AATACCATGC TGAAGAATTA 601 GCTGGTAAAG AAGCAACTTT CAAAACAAAA GTTAACGAAA TTAAATTTAA 651 AGAAGTTCCA GAATTAACAG ATGAAATTGC TAATGAATTA GATGCAGAAG 701 CAAATACAGT AGACGAGTAC AAAGAAAACT TACGTAAACG TTTAGCTGAA 751 CAAAAAGCTA CAGATGCTGA AAATGTTGAA AAAGAAGAAG CGATTACAAA 801 AGCTACTGAT AATACAACAA TCGATATTCC TGAAGCAATG GTTAATACTG 851 AATTAGATCG TATGGTGTCT GAATTTGCAC AAAGAATTCA ACAACAAGGT 901 TTAGATTTAC AAACGTACTT CCAAATCTCA GGTCAAGATG AAACTCAATT 951 AAGAGAGCAA ATGAAAGACG ATGCAGAACA ACGTGTTAAA ACTAACTTAA 1001 CTTTAACTGC GATCGCTGAA GCTGAAAAAA TCGAAGCTAC TGATGAAGAT 1051 ATCGATAAAG AATTAGAAAA AATGAGTAAA CAATTTAATA TCTCAGTTGA 1101 AGATATCAAA AATACTTTAG GTAATACTGA TATCATTAAA AATGATGTTC 1151 GTATCCAAAA AGTTATCGAT TTATTAAGAG ATAACGCAAA GTTCGTTGGA 1201 AGGAACTAA-3'

【００１８】 （Ｄ）この表中のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるスタフィロコッカ ス・アウレウスのtigポリペプチド配列 [配列番号：４]. NH₂-1 DQAFKKVVKQ INVPGFRKGK VPRPIFEQRF GVEALYQDAI DILLPDAYGE 51 AIDETDIKPV AQPEVSVTQI EKGKDFIFEA TVTVEPEVKL GDYKGLEIEK 101 QETELSDDEL QEAIDHSLGH LAEMVVKEDG VVENGDTVNI DFSGSVDGEE 151 FEGGQAEGYD LEIGSGSFIP GFEEQLEGMK VDEEKDVVVT FPEEYHAEEL 201 AGKEATFKTK VNEIKFKEVP ELTDEIANEL DAEANTVDEY KENLRKRLAE 251 QKATDAENVE KEEAITKATD NTTIDIPEAM VNTELDRMVS EFAQRIQQQG 301 LDLQTYFQIS GQDETQLREQ MKDDAEQRVK TNLTLTAIAE AEKIEATDED 351 IDKELEKMSK QFNISVEDIK NTLGNTDIIK NDVRIQKVID LLRDNAKFVG 401 RN-COOH

【００１９】寄託物質 スタフィロコッカス・アウレウス ＷＣＵＨ２９株を含
有する寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・イ
ンダストリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテ
ッド（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカー
ドライブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットラン
ドに１９９６年４月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号
４０７９４が付与された。寄託したことにより、寄託株
をスタフィロコッカス・アウレウス ＷＣＵＨ２９株と
いう。１９９６年４月１７日に、E. coli中のスタフィ
ロコッカス・アウレウス ＷＣＵＨ２９のＤＮＡライブ
ラリーが同様にＮＣＩＭＢに寄託され、受託番号４０８
００を付与された。スタフィロコッカス・アウレウス株
寄託物を、本明細書では「寄託株」または「寄託株のＤ
ＮＡ」という。寄託株は全長のtig遺伝子を含んでい
る。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列ならびに
それによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列
は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾する事象
において支配的である。寄託株の寄託は、特許手続き上
の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条件
下でなされている。特許が発行されると何らの制限また
は条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は当業者
の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条
のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件である
ことを承認するものではない。寄託物を製造、使用また
は販売するためにはライセンスが必要であるが、そのよ
うなライセンスはここでは賦与されていない。

【００２０】１の態様において、寄託株中に含まれるス
タフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９株により発
現可能な成熟ポリペプチドをコードしている単離核酸分
子が提供される。さらに寄託株中のＤＮＡのtigヌクレ
オチド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列
が本発明により提供される。また寄託株から単離された
tigポリペプチド配列およびそれに由来するアミノ酸配
列も本発明により提供される。

【００２１】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２または４］の
ポリペプチド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびに
ポリペプチドおよびフラグメント、詳細にはtigの生物
学的活性を有するものを包含し、さらに表１［配列番
号：２または４］のポリペプチドまたはその重要部分に
対して少なくとも７０％、好ましくは表１［配列番号：
２または４］のポリペプチドに対して少なくとも８０％
の同一性を有するポリペプチドおよびフラグメント、よ
り好ましくは表１［配列番号：２または４］のポリペプ
チドに対して少なくとも９０％の類似性を有し（より好
ましくは、少なくとも９０％の同一性を有し）、さらに
より好ましくは表１［配列番号：２または４］のポリペ
プチドに対して少なくとも９５％の類似性を有する（さ
らにより好ましくは少なくとも９５％の同一性を有す
る）ポリペプチドおよびフラグメント、さらに通常には
少なくとも３０個、より好ましくは少なくとも５０個の
アミノ酸を含むかかるポリペプチドの部分を包含する。

【００２２】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるポリペプチドを包含する。式中、アミノ末端
においてＸは水素であり、カルボキシル末端においてＹ
は水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃はアミノ酸残
基、ｍは１ないし１０００の間の整数またはゼロ、ｎは
１ないし１０００の間の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明
アミノ酸配列、詳細には表１から選択されるアミノ酸配
列である。上式中、Ｒ₂は、そのアミノ末端残基が左に
あってＲ₁に結合し、そのカルボキシル末端残基が右に
あってＲ₃に結合するように方向づけられる。ｍおよび
／またはｎが１よりも大きいいずれのＲ基により示され
るアミノ酸残基鎖も、ヘテロポリマーまたはホモポリマ
ーであってよく、ヘテロポリマーが好ましい。

【００２３】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。tig
ポリペプチドについては、フラグメントは「独立して存
在（free standing）」しているか、または一部分もし
くは領域を形成することにより、大型のポリペプチド内
に含まれていてもよく、最も好ましくは単一の連続した
領域、すなわち大型の単一ポリペプチドとして含まれ
る。好ましいフラグメントは、表１［配列番号：２また
は４］のアミノ酸配列の一部分を有する末端切断された
ポリペプチド、またはそれらの変種を包含するが、その
例としてはアミノ末端を含む一連の残基を切断、または
カルボキシル末端を含む一連の残基を切断したものがあ
る。宿主、とりわけスタフィロコッカス・アウレウスに
おける、本発明のポリペプチドの分解形態もまた好まし
い。また、構造的または機能的属性により特徴づけられ
たフラグメント、例えばアルファーヘリックスおよびア
ルファーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベー
タシート形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイ
ルおよびコイル形成領域、親水性領域、疎水性領域、ア
ルファー両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領
域、表面形成領域、基質結合領域、および高抗原性指標
領域を含むフラグメントなども好ましい。tig活性を媒
介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活性を減じ
られたフラグメントである生物学的に活性のあるフラグ
メントも好ましい。動物、とりわけヒトにおいて抗原的
または免疫原的なフラグメントもまた含まれる。個体、
特にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウレウス の
生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または維持する
能力を付与する酵素の受容体またはドメインを含むフラ
グメントが特に好ましい。本発明ポリペプチドのフラグ
メントである変種を、ペプチド合成による対応全長ポリ
ペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、これらの
変種を全長のポリペプチド製造のための中間体として用
いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントで
ある変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオチドを合
成してもよい。

【００２４】アミノ酸を示す標準的な１文字および３文
字法のほかに、本発明の特定のポリペプチドを説明する
際にＸまたはＸａａを用いる。ＸおよびＸａａは、天然
に存在する２０種のアミノ酸のいずれかが、ポリペプチ
ド配列中のそのように記載された位置にあることを意味
する。

【００２５】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２または４］の推定
アミノ酸配列を有するtigポリペプチドをコードする全
長遺伝子およびそれに密接に関連するポリヌクレオチド
およびそれらの変種が包含される。本明細書に提供され
る情報を用いて、例えば表１［配列番号：１または３］
に示すポリヌクレオチド配列を用い、出発物質スタフィ
ロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９細胞からの染色体
ＤＮＡフラグメントをクローニングおよび配列決定する
ために用いるような標準的なクローニングおよびスクリ
ーニングを用いて、tigポリペプチドをコードしている
本発明ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクロー
ンを得てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配
列、例えば表１［配列番号：１または３］に示す配列を
得るために、イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他
の適切な宿主におけるスタフィロコッカス・アウレウス
ＷＣＵＨ２９の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なラ
イブラリーを、部分的配列に由来する、好ましくは１７
量体またはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレ
オチドにてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であ
るＤＮＡを担持するクローンは厳密な条件を用いて区別
できる。元の配列から設計した配列決定プライマーを用
いてこのように同定した個々のクローンを配列決定する
ことにより、両方向で配列が伸長できるようになり、全
遺伝子配列を決定できる。このような配列決定は便宜的
にプラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを
用いて実施する。適切な技法については、Maniatis,
T.、Fitsch,F.F.およびSambrookら、Molecular Clonin
g，A Laboratory Manual、第２版；コールド・スプリン
グ・ハーバー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプ
リング・ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されて
いる（Screening By Hybridization 1.90およびSequenc
ing Denatured Double-Stranded DNA Templates 13.70
参照）。本発明の典型例において、表１［配列番号：１
または３］に示すポリヌクレオチドが、スタフィロコッ
カス・アウレウス ＷＣＵＨ２９由来のＤＮＡライブラ
リー中に見いだされた。

【００２６】表１［配列番号：１または３］に示すＤＮ
Ａ配列は、表１［配列番号：２または４］に示すアミノ
酸残基数とほぼ同数のアミノ酸からなる蛋白をコードし
ている読み枠を含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該
分野でよく知られたアミノ酸の分子量を用いて算出でき
る。ヌクレオチド番号１からヌクレオチド番号１３００
で始まるストップコドンまでの間の配列番号：１のポリ
ヌクレオチドは配列番号：２の１〜４３３のポリペプチ
ドをコードする。本発明tigは、トリガーファクターチ
ャペロンファミリーの他の蛋白に構造的に関連してい
る。Genbank 受託番号Z75208；さらにGothel et al., "
An internal FK506-building domain is the catalytic
core of the prolyl isomerase activity associated
with the Bacillus subtilis trigger factor," Eur.
J. Biochem, 244(1), 59-65 (1997);およびHesterkamp
and Bukau, "Identificationof the prolyl isomerase
domain of Escherichia coli trigger factor," FEBSLe
tt, 385(1-2), 67-71 (1996)参照。

【００２７】本発明は、表１［配列番号：１または３］
のコーディング配列に対して全長にわたり同一であるポ
リヌクレオチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコ
ーディング配列またはそれらのフラグメント、ならびに
その他のコーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリ
ペプチドのコーディング配列またはそのフラグメント、
例えばリーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ
蛋白配列をコードする配列も本発明により提供される。
ポリヌクレオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、
終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化
する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転
写非翻訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コ
ーディング配列等の非コーディング５'および３'配列等
の非コーディング配列をも含有しうるが、これらに限定
するのではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促
すマーカー配列をコードすることもできる。本発明のあ
る好ましい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベク
ター（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒ
スチジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci.,
USA， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡ
タグ（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発
明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子
発現を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定す
るものではない。

【００２８】本発明の好ましい具体例は、tigポリペプ
チドをコードいしている、表１の配列番号：１に示すヌ
クレオチド１からヌクレオチド１３００のすぐ上流まで
を含むポリヌクレオチドあるいはヌクレオチド１３００
までを含むポリヌクレオチドである。

【００２９】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるポリヌクレオチドを包含する。式中、分子の
５’末端においてＸは水素であり、分子の３’末端にお
いてＹは水素または金属、Ｒ₁およびＲ₃は核酸残基、ｍ
は１ないし３０００の間の整数またはゼロ、ｎは１ない
し３０００の間の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明の核酸
配列、詳細には表１から選択される核酸配列である。上
のポリヌクレオチドの式中、Ｒ₂は、５’末端残基が左
にあってＲ₁に結合し、３’末端残基が右にあってＲ₃に
結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎが
１よりも大きいいずれかのＲ基により示される核酸鎖は
ヘテロポリマーまたはホモポリマーであってよく、ヘテ
ロポリマーが好ましい。好ましい具体例において、Ｘお
よびＹが一緒になって共有結合となる場合、上式のポリ
ヌクレオチドは閉環ポリヌクレオチドであり、それは２
本鎖ポリヌクレオチドであってもよい。式は第１鎖を示
す（第２鎖は第１鎖に相捕的である）。もう１つの好ま
しい具体例においてｍおよび／またはｎは１ないし１０
００の間の整数である。

【００３０】本発明ポリヌクレオチドがスタフィロコッ
カス・アウレウス由来であるのが最も好ましいが、例え
ば、同じ分類学上の属の生物であっても好ましい。例え
ば、それらを同じ分類学上の科または目の生物から得て
もよい。

【００３１】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有す
るスタフィロコッカス・アウレウスのtigのポリペプチ
ドを包含する。該用語は、コーディング配列および／ま
たは非コーディング配列を含んでいてもよいさらなる領
域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一の連続
領域または不連続領域（例えば、組み込まれたファージ
または配列の挿入または配列の編集により分断されたも
の）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに本発明
は、表１［配列番号：２または４］の推定アミノ酸配列
を有するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌク
レオチドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドの
フラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌク
レオチドを合成してもよい。

【００３２】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２または４］のtigポリペプチドのアミノ酸配列
を有するtigポリペプチド変種をコードするポリヌクレ
オチドであり、その中には、いくつか、少しの、５ない
し１０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個の
アミノ酸残基を置換、欠失または付加を任意の組み合わ
せで施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ま
しいものは、tigの特性および活性を変化させないサイ
レント置換、付加および欠失である。

【００３３】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有する
tigポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに
対して、その全長にわたり少なくとも７０％の同一性が
あるポリヌクレオチド、およびかかるポリヌクレオチド
に対して相補的なポリヌクレオチドである。あるいはま
た、寄託株のtigポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％
同一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに
対して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好まし
い。この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であ
るポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なく
とも９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さら
に少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少な
くとも９７％であるのがより好ましく、中でも少なくと
も９８％および少なくとも９９％であるのが特に好まし
く、さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。
ポリヌクレオチドによりコードされるｔｉｇポリペプチ
ドが表１の配列に十分に関連しているかどうかを決定す
るための好ましいリファレンスポリペプチドは配列番
号：２のアミノ酸１〜４３３の配列である。好ましい具
体例は、表１［配列番号：１または３］によりコードさ
れる成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能また
は活性を保持するポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドである。

【００３４】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。

【００３５】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１に示すポリヌクレオチド配列
に関する完全遺伝子を含む適当なライブラリーを、配列
番号：１に示す上記ポリヌクレオチド配列またはそのフ
ラグメントの配列を有するプローブでスクリーニング
し、ＤＮＡ配列を単離することにより得ることのできる
ポリヌクレオチド配列を本質的に含むポリヌクレオチド
をも提供する。かかるポリヌクレオチドを得るために有
用なフラグメントには、例えば本明細書の別の箇所にお
いて説明するプローブおよびプライマー等がある。

【００３６】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドを、tigをコードするｃＤＮＡ全長およびゲ
ノムクローンを単離するための、およびtig遺伝子に高
度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤＮＡおよ
びゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ
およびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーションプロー
ブとして使用することができる。このようなプローブは
通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこのような
プローブは少なくとも３０塩基を有し、少なくとも５０
塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプローブは
少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそれ以下で
ある。例えば、tig遺伝子のコーディング領域は、配列
番号：１または３に示すＤＮＡ配列を用いてオリゴヌク
レオチドプローブを合成してスクリーニングすることに
より単離できる。次いで、本発明の遺伝子の配列に相補
的な配列を有する標識オリゴヌクレオチドを、ｃＤＮ
Ａ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーのスク
リーニングに用い、プローブがライブラリーのいずれの
メンバーにハイブリダイゼーションするのかを決定す
る。

【００３７】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１または２または３
または４の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明
ポリヌクレオチドを本明細書記載の方法に使用してもよ
いが、好ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定し
たポリヌクレオチドの全体または一部が感染した組織に
転写されるかどうかを決定する。かかる配列が、病原体
が達成した感染段階および感染型の診断にも有用である
ことが理解される。

【００３８】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。

【００３９】核酸塩基を示す標準的なＡ、Ｇ、Ｃ、Ｔ／
Ｕのほかに、本発明のある種のポリヌクレオチドを説明
する場合にＮを用いる。Ｎは、隣接するヌクレオチド位
置と一緒になって作用する場合において、正確な読み枠
を読中で読まれる場合で、Ｎがそのような読み枠におい
て未成熟終止コドンを形成する効果を有する塩基でない
ことが好ましい場合を除き、４種のＤＮＡ塩基またはＲ
ＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮＡ配列のその指
定位置にあることを意味する。

【００４０】要するに、本発明のポリヌクレオチドは成
熟蛋白、リーダー配列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称
することができる）、プレ蛋白のリーダー配列ではない
１またはそれ以上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆
体、またはリーダー配列および１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロ蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコ
ードしていてもよく、プロ配列は通常ポリペプチドの活
性および成熟形態を生成するプロセッシング段階で除去
される。

【００４１】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。

【００４２】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。

【００４３】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。

【００４４】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。

【００４５】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。

【００４６】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のti
gポリヌクレオチドの使用にも関する。真核生物とりわ
け哺乳動物、特にヒトにおけるtigの検出は、疾患の診
断のための診断法を提供する。tig遺伝子を含む生物に
感染した真核生物（本明細書において「個体」とも称す
る）とりわけ哺乳動物、特にヒトを種々の方法によりＤ
ＮＡレベルで検出できる。診断用の核酸は、感染した個
体の細胞および組織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨およ
び皮膚より得ることができる。ゲノムＤＮＡを直接検出
に使用してもよく、あるいは分析の前にＰＣＲもしくは
その他の増幅法を用いることにより酵素的に増幅でき
る。ＲＮＡ、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡもまた同じ方
法で用いることができる。増幅法を用いると、真核生物
とりわけ哺乳動物、特にヒトに存在する原核生物株を、
原核生物遺伝子の遺伝子型の分析により特徴づけするこ
とができる。対照配列の遺伝子型と比較した場合の増幅
産物の大きさの変化により、欠失および挿入を検出でき
る。点突然変異は、増幅ＤＮＡを標識化tigポリヌクレ
オチド配列にハイブリダイズさせることにより同定でき
る。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、また
は融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別でき
る。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメント
の電気泳動の移動度の変化を検出することにより、また
は直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の差を
検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1242
（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化を、
ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ
１保護または化学的切断法によって明らかにしてもよ
い。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA，
85:4397-4401 （1985）参照。

【００４７】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮ
Ａ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを同じ目的でＰＣＲま
たはＲＴ−ＰＣＲに用いてもよい。例を挙げると、tig
をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーは、突然
変異を同定および分析するのに用いることができる。典
型的なプライマーの例を下表２に示す。

【００４８】 表２ tigポリヌクレオチドの増幅のためのプライマー 配列番号： プライマー配列 5 5'-TTGAAGCAACAGTTACAGTTGAGCC-3' 6 5'-ATACCTTCTAATTGCTCTTCGAAACC-3'

【００４９】また本発明は、式： X-(R1)m-(R2)-(R3)n-Y で示されるプライマーを包含する。式中、分子の５’末
端においてＸは水素であり、分子の３’末端においてＹ
は水素または金属であり、Ｒ₁およびＲ₃は核酸残基、ｍ
は１ないし２０の間の整数またはゼロ、ｎは１ないし２
０の間の整数またはゼロ、Ｒ₂は本発明のプライマー配
列、詳細には表２から選択されるプライ−配列である。
上のポリヌクレオチドの式中、Ｒ₂は、５’末端残基が
左にあってＲ₁に結合し、３’末端残基が右にあってＲ₃
に結合するように方向づけられる。ｍおよび／またはｎ
が１よりも大きいいずれかのＲ基により示される核酸鎖
はヘテロポリマーまたはホモポリマーであってよく、表
１のポリヌクレオチドの領域に相捕的なヘテロポリマー
が好ましい。好ましい具体例においてｍおよび／または
ｎは１ないし１０の間の整数である。

【００５０】本発明はまた、５'および／または３'末端
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。

【００５１】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスに
よる感染の診断方法を提供し、該方法は、表１［配列番
号：１または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発
現レベルの上昇を個体由来の試料から検出することを特
徴とする。tigポリヌクレオチドの発現の増加または低
下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野でよく
知られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−
ＰＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよ
びその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。

【００５２】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、tig蛋白の過剰発現を検出するための本発明診断ア
ッセイを用いて、例えば感染の存在を検出してもよい。
宿主由来のサンプル中のtig蛋白のレベルを決定するた
めに用いることができるアッセイ技法は、当業者に周知
である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノアッセ
イ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析および
ＥＬＩＳＡアッセイ等がある。

【００５３】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）；Coleら、Monoclonal Antibodies and Cance
r Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。

【００５４】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−tigを有することについて
スクリーニングされたヒトから、あるいは無処理のライ
ブラリーから、ポリペプチドに対する結合活性を有する
抗体遺伝子を選別することもできる（McCafferty, J.
ら、Nature 348:552-554 （1990）； Marks, J.ら、Bio
technology 10:779-783 （1992））。これらの抗体の親
和性はチェインシャフリング（chain shuffling）によ
り改善することもできる（Clackson, T.ら、Nature 35
2:624-628 （1991））。

【００５５】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。

【００５６】上記抗体を用いてポリペプチドを発現する
クローンを単離または同定してもよく、上記抗体を親和
性クロマトグラフィーにより精製することができる。従
って、とりわけtigに対する抗体を、感染、とりわけ細
菌感染の治療に用いてもよい。

【００５７】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。

【００５８】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyholelimpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。

【００５９】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。

【００６０】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。

【００６１】また本発明は、tigポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドの作用を増強（アゴニスト）または阻害
（アンタゴニスト）する化合物、詳細には、静菌性およ
び／または殺菌性化合物を同定するための、化合物のス
クリーニング方法をも提供する。該スクリーニング方法
は高処理量の方法である。例えば、アゴニストまたはア
ンタゴニストをスクリーニングするために、tigポリペ
プチド、このようなポリペプチドの標識基質またはリガ
ンドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面膜もしくは
細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそれらの
いずれかの調製物を、tigアゴニストまたはアンタゴニ
ストとなりうる候補分子の存在下または不在下でインキ
ュベーションする。候補分子がtigポリペプチドにアゴ
ナイズまたはアンタゴナイズする能力は、標識化リガン
ドの結合の低下またはこのような基質からの生成物の産
生の低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分
子、すなわちtigの効果を誘導しない分子は、最も良好
なアンタゴニストである可能性がある。結合性が良好
で、基質からの生成物の生成速度を高める分子はアゴニ
ストである。基質からの生成物の生成速度またはレベル
はリポーターシステムを用いることにより強調できる。
この点に関して有用なリポーターシステムには、生成物
に転換される比色測定用標識化基質、tigポリヌクレオ
チドまたはポリペプチド活性の変化に応答するリポータ
ー遺伝子、および当該分野で周知の結合アッセイ等があ
るが、これらに限定するものではない。

【００６２】tigアンタゴニストのアッセイのもう１つ
の例は競争アッセイであり、競争阻害アッセイに適した
条件下で、tigおよび潜在的アンタゴニストを、tig結合
分子、組換えtig結合分子、天然基質もしくはリガン
ド、または基質もしくはリガンド模倣物と混合する。例
えば放射活性または比色測定用化合物によりtigを標識
し、結合分子に結合した、または生成物に変換されたti
g分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニスト
の効果を評価できる。

【００６３】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、tigにより誘導される活性を誘
導せず、それゆえtigを結合から排除することによりtig
の作用を妨害する。潜在的アンタゴニストには、ポリペ
プチドの結合部位に結合し、およびそれを占領し、それ
により細胞性結合分子への結合を妨害して、正常の生物
学的活性を妨害する小型分子等がある。小型分子の例と
しては、小型有機分子、ペプチド、ペプチド様分子等が
あるが、これらに限定するものではない。その他の潜在
的アンタゴニストにはアンチセンス分子等がある（これ
らの分子についての記載に関してはOkano,J.，Neuroche
m.56:560（1991）；Oligodeoxy-nucleotides as Antise
nse Inhibitors of Gene Expression，ＣＲＣプレス、
ボッカラートン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい
潜在的アンタゴニストには、tig関連化合物およびtig変
種等がある。

【００６４】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。

【００６５】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、tig蛋白により媒介される哺乳動物細胞への侵入
のブロック（Rosenshine et al., Infect. Immunol. 6
0: 2211 (1992)）；哺乳動物細胞外マトリックス蛋白と
細菌tig蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌付
着のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的方
法以外により開始される、感染における通常の病状の進
行のブロックに使用することができる。

【００６６】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、疾病の抑制および治療に用いてもよい。

【００６７】ヘリコバクター・ピロリ（Ｈelicobacter
pylori）（本明細書中、エッチ・ピロリともいう）菌
は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病している世界中の人々の３
分の１以上の胃に感染している（国際癌研究機関（Inte
rnational Agency for Research on Cancer）（1994）S
chistomoses，Liver Flukes and Helicobacter Pylori
（International Agency for Research on Cancer，Lyo
n，France；http：／／www．uicc．ch／ecp／ecp2904．
htm））。さらに、この国際癌研究機関は、最近になっ
て、ヘリコバクター・ピロリと胃腺癌の間の因果関係を
認識し、その細菌をグループＩ（限定的）発癌物質と分
類した。本発明により提供されるスクリーニング法を用
いて見出される本発明の好ましい抗菌化合物（ｇｉｄＢ
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニ
ストおよびアンタゴニスト）、特に狭スペクトルの抗生
物質は、ヘリコバクター・ピロリ感染の治療に有用であ
る。このような治療はヘリコバクター・ピロリ誘発性
癌、例えば胃腸癌の出現を減少させる。かかる治療はま
た胃潰瘍および胃炎も治癒する。

【００６８】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウス感染から個体を防御するための抗体および／ま
たはＴ細胞応答を生じさせるに十分なtigまたはそのフ
ラグメントもしくは変種を個体に接種することを特徴と
する。かかる免疫学的応答が細菌の複製を遅らせる方法
も提供される。本発明のさらにもう１つの態様は、個体
における免疫学的応答の誘導方法に関し、該方法は、疾
病が個体においてすでに確立されているか否かにかかわ
らず、インビボでtig、またはそのフラグメントもしく
は変種を発現させるためにtigまたはそのフラグメント
もしくは変種の発現を指令する核酸ベクターをかかる個
体に送達して、例えば、抗体および／またはＴ細胞免疫
応答（例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性
Ｔ細胞）を生じさせる免疫学的応答を誘導して、該個体
を疾病から防御する抗体を産生させることを特徴とす
る。迅速に遺伝子を所望細胞中に投与する方法として
は、粒子上にコーディングすること等がある。かかる核酸
ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、またはＤＮＡ／
ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。

【００６９】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、tigまたはそれによりコードされている蛋白に
対する免疫学的反応を該宿主に誘導する免疫学的組成物
に関し、その組成物は組換えtigまたはそれによりコー
ドされている蛋白を含み、tigまたはそれによりコード
されている蛋白に対する抗原をコードし発現するＤＮＡ
を含む。免疫学的応答を治療的または予防的に用いても
よく、また免疫学的応答はＣＴＬまたはＣＤ４⁺Ｔ細胞
から生じるような抗体免疫または細胞性免疫の形態であ
ってもよい。

【００７０】tigポリペプチドまたはそれらのフラグメ
ントを、それ自身は抗体を産生しないが、第１の蛋白を
安定化し、免疫原的および保護特性を有する融合蛋白を
産生する能力のある共存蛋白（co-protein）と融合させ
てもよい。好ましくは、かかる融合組換え蛋白は、抗原
補蛋白、例えばヘモフィルス・インフルエンザエ（Hemo
philus influenzae）由来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン
−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）またはベーターガ
ラクトシダーゼのごとき共存蛋白、蛋白を可溶化してそ
れらの産生および精製を促進する比較的大きな共存蛋白
等を含む。さらに、共存蛋白は免疫系において普遍的な
刺激を提供するという意味で、アジュバントとして作用
することができる。共存蛋白は第１の蛋白のアミノまた
はカルボキシル末端のどちらかに結合できる。

【００７１】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。

【００７２】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウスに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的
免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋
白の不変領域をコードすることが示されている、説明し
たポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメン
トを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的また
は治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトー
プを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、
とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフィロコッ
カス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発
のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動
物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をう
まく調製することを可能にすると思われる。

【００７３】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。

【００７４】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のtig蛋白に関して説
明したが、本発明は天然に存在する蛋白および、実質的
に組換え蛋白の免疫原特性に影響しない付加、欠失また
は置換を施した類似の蛋白のフラグメントを包含するこ
とが理解されよう。

【００７５】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。

【００７６】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。

【００７７】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御す
ることもできる。

【００７８】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。

【００７９】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。

【００８０】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。

【００８１】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「疾病」は、細菌による感染により引き起こされ
る疾病または細菌による感染に関連した疾病、例えば、
上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭
蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿
瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染
（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮ
Ｓ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼
炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣
炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、
腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、
皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣
炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨および関節感
染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）を意味する。
「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列により形質
転換もしくはトランスフェクションされた、または形質
転換またはトランスフェクションすることのできる細胞
である。

【００８２】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により
決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレ
オチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」
および「類似性」は共に下記のものを包含する既知方法
（これらに限らない）により容易に算出できる（Comput
ational Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフ
ォード・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、19
88年；Biocomputing：Informatics and Genome Project
s，Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨー
ク、1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パ
ートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマ
ナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、アカデ
ミック・プレス、1987年；Sequence Analysis Primer，
Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックトン・プ
レス、ニューヨーク、1991年；およびCarillo,H.,およ
びLipman,D.,SIAM J., Applied Math., 48:1073(198
8)）。同一性を決定するための好ましい方法は、試験す
る２つの配列間で最も良く適合するように設計される。
同一性および類似性を測定する方法は、公に利用できる
コンピュータープログラムに集成されている。二つの配
列間の同一性および類似性を測定する好ましいコンピュ
ータープログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ
（Devereux,J.ら、Nucleic Acids Research 12(1):387
（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.
ら、J.Molec.Biol.215：403-410（1990）））を包含す
るが、これらに限定されるものではない。BLAST Xプロ
グラムはＮＣＢＩおよび他のソースから公に利用できる
（BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH
Bethesda, MD 20894; Altschul, S., et al., J.Mol.
Biol. 215:403-410 (1990)）。一例として、配列番号：
１の対照ヌクレオチド配列に対して、例えば少なくとも
９５％の同一性を有するヌクレオチド配列を有するポリ
ヌクレオチドを挙げると、そのポリヌクレオチド配列が
配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列のヌクレオチド
１００個ごとに５個までのヌクレオチドの変化を含みう
ることを除き、そのポリヌクレオチドのヌクレオチド配
列は対照配列と同一である。言い換えると、対照酸配列
に対して少なくとも９５％同一であるヌクレオチド配列
を有するポリペプチドを得るためには、対照配列中の５
％までのヌクレオチドが欠失または別のヌクレオチドと
置換されていてもよく、あるいは対照配列中の全ヌクレ
オチドのうち５％までの数のヌクレオチドが対照配列に
挿入されたものであってもよい。対照配列のこれらの変
異は、対照ヌクレオチド配列の５’または３’末端位置
に存在していてもよく、あるいはそれらの末端位置の間
のいずれかの位置に存在していてもく、対照配列のヌク
レオチドに散在していてもよく、あるいは対照配列内の
１個またはそれ以上の一連の群となっていてもよい。同
様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列に対して少なく
とも例えば９５％の同一性を有するアミノ酸配列を有す
るポリペプチドを例に挙げると、そのポリペプチド配列
が配列番号：２の対照アミノ酸配列のアミノ酸１００個
ごとに５個までのアミノ酸の変化を含みうることを除
き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対照配列と同一
である。言い換えると、対照アミノ酸配列に対して少な
くとも９５％同一であるアミノ酸配列を有するポリペプ
チドを得るためには、対照配列中のアミノ酸の５％まで
が欠失または他のアミノ酸と置換していてもよく、ある
いは対照配列中の全アミノ酸のうち５％までの数のアミ
ノ酸が対照配列中に挿入されたものであってもよい。対
照配列におけるこれらの変化は、対照アミノ酸配列のア
ミノまたはカルボキシ末端位置に存在してもよく、ある
いはそれらの末端間のいずれかの位置に存在してもよ
く、対照配列中に散在していてもよく、あるいは対照配
列内で１個またはそれ以上の一連の群をなしていてもよ
い。

【００８３】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。

【００８４】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するがこ
れらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌク
レオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤ
ＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域に
おける鎖は同一の分子または異なる分子由来のものでよ
い。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の全
てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの分
子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書での
用語ポリペプチドである。当業者に既知の多くの有用な
目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修
飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌク
レオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリヌ
クレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的に
修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細胞
および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよび
ＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド」
は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）と称
される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。

【００８５】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Protei
n Synthesis：Posttranslational Modifications and A
ging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。

【００８６】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠失が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成、および当業者に知られた他の組み
換え法により製造できる。

【００８７】

【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１または３に示すＤＮＡ配列を有するポリヌ
クレオチドを、イー・コリ（E. coli）中のスタフィロ
コッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライ
ブラリーから得た。重複するスタフィロコッカス・アウ
レウスのＤＮＡを含有する２個またはそれ以上のクロー
ンからの配列決定データを用いて配列番号：１の隣接Ｄ
ＮＡ配列を構築した場合もある。通常の方法、例えば以
下の方法１および２によりライブラリーを製造できる。
全細胞ＤＮＡは、スタフィロコッカス・アウレウス Ｗ
ＣＵＨ２９から、標準法に準じて単離し、二つの方法の
どちらかによりサイズ分画する。

【００８８】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。

【００８９】方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。

【００９０】実施例２ ｔｉｇの特徴づけ：感染の間の
スタフィロコッカス・アウレウスからの遺伝子発現の決
定 スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９に感染し
た４日目のマウス鼠蹊部由来の壊死脂肪組織を、カオト
ロピック剤およびＲＮＡａｓｅ阻害剤の存在下で効果的
に破砕し処理して動物ＲＮＡおよび細菌ＲＮＡの混合物
を得る。安定な調合物および高収率の細菌ＲＮＡを得る
ための破砕および処理の最適条件は、その後のノーザン
ブロット上におけるスタフロコッカス・アウレウスエ
１６Ｓ ＲＮＡに特異的な放射性標識オリゴヌクレオチ
ドとのハイブリダイゼーションの使用にも用いる。得ら
れたＲＮＡについてのＲＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡａｓｅ
不含、ＤＮＡおよび蛋白不含の調合物は、スタフィロコ
ッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９の各遺伝子の配列から
設計されたユニークなプライマーペアーを用いる逆転写
ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）に適する。

【００９１】ａ）感染のマウス動物モデルからのスタフ
ィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９感染組織の単離 体積１０ｍｌの滅菌栄養培地（No.2 Oxoid）に、寒天培
養プレートから単離した個々のスタフィロコッカス・ア
ウレウスＷＣＵＨ２９のコロニーを撒く。３７℃で１６
〜２０時間培養物を好気的にインキュベーション（静置
培養）する。このスタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９ブロス培養物（ブロス中に約１０８ｃｆｕ／ｍ
ｌとなるよう希釈）０．５ｍｌを右前足の大腿部（鼠蹊
部）に皮下注射することにより４週齢のマウス（メス、
１８〜２２ｇ、ＭＦ１株）をそれぞれ感染させる。感染
後２４時間は、マウスを定期的にモニターすべきであ
り、その後、研究終了まで毎日モニターすべきである。
全身感染の徴候、すなわち、昏睡、逆立った毛、群から
の離脱を示す動物を詳細にモニターすべきであり、徴候
が瀕死状態に至る場合には動物を即座に除去すべきであ
る。傷害進展を示す外部から目で見てわかる徴候は感染
２４〜４８時間後に現れるであろう。動物の腹部の試験
により、皮膚下の膿瘍の盛り上がった輪郭が示されるで
あろう。局所的な傷害は右の下大腿部にとどまるはずで
あるが、場合によっては左の下大腿部および上に広がっ
て胸部に至るかもしれない。場合によっては、膿瘍が皮
膚層から破裂してくるかもしれない。このような場合、
感染動物を即座に除去し、可能ならば組織をサンプリン
グする。動物を除去しないと、膿瘍を覆っている壊死皮
膚組織が脱落し、腹部筋肉壁が露出するかもしれない。
感染から約９６時間後に、二酸化炭素による窒息を用い
て動物を殺す。死亡と組織処理／保存との間の時間を最
短にするために、グループにおいてではなく、個々にマ
ウスを殺すべきである。死亡したマウスを仰向けに置
き、７０％アルコールで毛を横向けに拭く。左下大腿部
から腹部へと、はさみを用いる最初の皮膚の切開を行
い、次いで、胸部を切る。腹部から右の下大腿部への切
開により切開を完了する。腹膜を貫通しないように注意
すべきである。鉗子で皮膚を固定し、含むから皮膚を静
かに引っ張る。腹膜を覆っているが通常には筋肉シート
を完全には貫通していない、露出した膿瘍を切除する
が、内蔵を傷つけないように注意する。液体窒素中での
迅速凍結の前に、膿瘍／筋肉シートおよび他の感染組織
を切片化する必要があるかもしれない。切片化によりプ
ラスチック製収集バイアル中での保存が容易となる。

【００９２】ｂ）感染組織試料からのスタフィロコッカ
ス・アウレウスＷＣＵＨ２９の単離 ２ｍｌの凍結保存チューブ中の４〜６個の感染組織試料
（各０．５〜０．７ｇ）を−８０℃の貯蔵庫からドライ
アイス−エタノール浴中に取り出す。微生物安全キャビ
ネット中で試料を破砕し、残った試料をドライアイス−
エタノール浴中で保存する。組織試料中の細菌を破砕す
るために、TRIzol Reagent（Gibco BRL,Life Technolog
ies）を添加し、次いで、０．１ｍｍジルコニア／シリ
カビーズをチューブにほとんどいっぱいになるまで満た
し、ネジの部分にビーズか付かないように注意してふた
をして、良好な密閉状態を保ち、エアロゾル発生をなく
す。次いで、試料をMini-BeadBeater Type BX-4（Biosp
ec Products）でホモジナイズする。壊死脂肪組織を５
０００ｒｐｍで１００秒間処理して細菌溶解物を得る。
インビボで増殖した細菌はインビトロで増殖したスタフ
ィロコッカス・アウレウス（３０秒のビーズ処理で破砕
される）よりも長時間処理を要する。ビーズ処理後、フ
ーム−フード（fume-hood）中で開栓する前に、氷でチ
ューブを冷却する。なぜなら、破砕中に熱が発生し、TR
Izolが分解され、シアニドが遊離する可能性があるため
である。次いで、２００μｌのクロロホルムを添加し、
チューブを手で１５秒間振盪して完全に混合する。室温
で２〜３分後、チューブを１２０００ｘｇ、４℃で遠心
分離し、TRIzol Reagentの製造者による方法によりＲＮ
Ａ抽出を続行する。すなわち、約０．６ｍｌの水相を滅
菌エッペンドルフチューブに移し、０．５ｍｌのイソプ
ロパノールを添加する。室温で１０分後、試料を１２０
００ｘｇ、４℃で１０分遠心分離する。上清を取って捨
て、次いで、ＲＮＡペレットを１ｍｌの７５％エタノー
ルで洗浄する。短時間ボルテックス撹拌して試料を混合
し、その後７５００ｘｇ、４℃で５分間遠心分離する。
エタノールを除去し、ＲＮＡペレットを５分以上減圧乾
燥する。次いで、試料を１００マイクロリットルのＤＥ
ＰＣ処理水中に繰り返しピペッティングすることにより
再懸濁し、次いで、５５℃で５〜１０分置く。最後に氷
上で少なくとも１分置いた後、２００ユニットのＲｎａ
ｓｉｎ（Promega）を添加する。ＲＮＡ調合物は−８０
℃で１カ月まで保存される。長期保存には、プロトコー
ルの洗浄段階における７５％エタノール中のＲＮＡ沈殿
は−２０℃で少なくとも１年保存できる。１％アガロー
スゲル上に試料を泳動することにより単離ＲＮＡの品質
を評価する。臭化エチジウム染色した１ｘＴＢＥゲルを
用いて収集全ＲＮＡを可視化する。感染組織からの細菌
ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭＯＰＳ、２．２Ｍホ
ルムアルデヒドゲルで泳動を行い、Hybond-N（Amersha
m）に減圧ブロッティングする。次いで、ブロットを、
スタフィロコッカス・スレウスの１６Ｓ ｒＲＮＡに特
異的な³²Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブ（K. Greis
en, M. Loeffelholz,A. Purohit and D. leong. J. Cli
n. (1994) Microbiol. 32 335-351）とハイブリダイゼ
ーションさせる。配列のオリゴヌクレオチドをプローブ
として使用する。ハイブリダイゼーションしているバン
ドのサイズを、インビボ増殖したスタフィロコッカス・
アウレウスＷＣＵＨ２９から単離された対照ＲＮＡのも
のとノーザンブロットにおいて比較する。全ＲＮＡ試料
中において正しいサイズの細菌１６Ｓ ｒＲＮＡバンド
が検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場合、哺乳動物
ＲＮＡの分解が示される。

【００９３】ｃ）スタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去 最終体積９０マイクロリットルのバッファー（２００ユ
ニットのRnasin（Promega）を添加補足）中で、３ユニ
ットのＤＮＡａｓｅＩ（増幅グレード）（GibcoBRL, Li
fe Technologies）を用いて、氷上で１５分処理するこ
とにより、７３マイクロリットルのＲＮＡ試料からＤＮ
Ａを除去した。製造者のプロトコールに従ってTRIzol L
S試薬（Gibco BRL, Life Technologies）によりＤＮＡ
ａｓｅを不活性化し除去した。ＤＮＡａｓｅ処理したＲ
ＮＡを、Ｒｎａｓｉｎを添加したＤＰＥＣ処理水７３マ
イクロリットル中に再懸濁した。

【００９４】ｄ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤ
ＮＡの調製 製造者の指示に従って、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡの
試料１０マイクロリットルを、First Strand cDNA合成
キット用のSuperScript Preamplification System（Gib
co BRL, Life Technologies）を用いて逆転写する。１
ナノグラムのランダムヘキサマーを用いて各反応を開始
する。SuperScriptII逆転写酵素を添加しない対照も反
応させる。＋／−ＲＴ双方の試料をＲＮａｓｅＨで処理
し、次いで、ＰＣＲ反応に供する。

【００９５】ｅ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を調べるための
ＰＣＲの使用 下記成分を添加することにより氷上で０．２ｍｌのチュ
ーブにおいてＰＣＲ反応物をセットアップする：４５マ
イクロリットルのPCR SUPERMIX（Gibco BRL, Life Tech
nologies）；マクロリットルの５０ｍＭ ＭｇＣｌ₂（最
終濃度２．５ｍＭとする）；１マイクロリットルのＰＣ
Ｒプライマー（最適には、１８〜２５塩基対の長さで、
類似のアニーリング温度を有するように設計されたも
の）（各プライマーは初発濃度１０ｍＭ）；および２マ
イクロリットルのｃＤＮＡ。Perkin Elmer GeneAmp PCR
System 9600においてＰＣＲ反応を行った：９５℃で５
分、次いでそれぞれ９４℃、５０℃そして７２℃で３０
秒を５０サイクル、その後７２℃で３分、次いで、保持
温度４℃とする（最適には、ＰＣＲ生成物の出現または
欠乏を決定するためのサイクル数は３０〜５０回、ＲＴ
反応からの初発ｃＤＮＡ量の評価を行う場合には、最適
には８〜３０サイクル）。次いで、１０マイクロリット
ルの部分試料を１％ ＴＢＥゲルで泳動し、臭化エチジ
ウム染色する。ＰＣＲ生成物については、存在するなら
ば、１００ｂｐのＤＮＡラダー（Gibco BRL, Life Tech
nologies）との比較によりサイズを評価する。別法とし
て、便利には、標識ＰＣＲプライマー（例えば、５’末
端を標識したもの）を用いてＰＣＲ生成物を標識し、Ｐ
ＣＲ生成物の適当な部分試料をポリアクリルアミドゲル
で泳動し、適当なゲルスキャンニングシステム（例え
ば、Perkin Elmerにより提供されるGeneScanTMソフトウ
ェアを用いたABI PrismTM 377 Sequencer）を用いてそ
の存在および量を調べる。ＲＴ／ＰＣＲ対照は＋／−逆
転写酵素反応物、非転写スタフィロコッカス・アウレウ
スＷＣＵＨ２９ゲノム配列からＰＣＲ生成物を生じるよ
うに設計された１６Ｓ ｒＲＮＡプライマーもしくはＤ
ＮＡ特異的プライマーペアーを含んでいてもよい。プラ
イマーペアーの効率を試験するために、それらをスタフ
ィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９全ＤＮＡを用い
るＤＮＡ ＰＣＲに使用する。ＰＣＲ反応をセットアッ
プし、ｃＤＮＡの代わりに約１マイクログラムのＤＮＡ
を用いて上記のごとく３５サイクルのＰＣＲ反応を行
う。ＤＮＡ ＰＣＲまたはＰＴ／ＰＣＲのいずれにおい
ても予想サイズの生成物を生じないプライマーペアーは
ＰＣＲ反応できず、そのようなものとしては不均一であ
る。ＤＮＡ ＰＣＲで正しいサイズの生成物を生じるも
のは２つのクラスに分類される：１．インビボで転写さ
れない遺伝子であって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて生成物を
生じる再現性がないもの；および２．インビボで転写さ
れる遺伝子であって、ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイ
ズの生成物を再現性をもって生じ、＋ＲＴ試料において
−ＲＴ対照におけるシグナル（生じた場合には）よりも
強力なシグナルを生じるもの。

【００９６】

【配列表】（１）一般的情報： （ｉ）出願人： （Ａ）氏名：SmithKline Beecham Corporation （Ｂ）通り名：One Franklin Plaza （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）郵便番号： １９１０３ （ｉｉ）発明の名称：新規tig （ｉｉｉ）配列の数：６ （ｖｉ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：Windows 95 （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ｂ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号：

【００９７】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１５８９塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： ATGACAGCAA CTTGGGAAAA AAAGGAAGGT AACGAAGGTT TATTAACTGT TACTGTTCCT 60 GCAGAAAAAG TAAACAAAGC GTTAGATCAA GCATTCAAAA AAGTGGTTAA ACAAATTAAC 120 GTACCTGGAT TCCGTAAAGG TAAAGTGCCA CGTCCAATTT TTGAACAACG CTTTGGTGTA 180 GAAGCATTAT ATCAAGATGC TATCGACATT TTATTACCAG ATGCTTATGG TGAAGCAATT 240 GACGAAACTG ATATTAAACC AGTTGCACAA CCAGAAGTAA GTGTTACTCA AATTGAAAAA 300 GGTAAAGATT TCATTTTTGA AGCAACAGTT ACAGTTGAGC CAGAAGTTAA ATTAGGAGAC 360 TATAAAGGTC TTGAAATTGA AAAACAAGAA ACTGAATTAT CTGATGATGA GTTACAAGAA 420 GCGATTGACC ACAGCTTAGG ACATTTAGCT GAAATGGTAG TTAAAGAAGA TGGTGTTGTT 480 GAAAATGGCG ACACAGTTAA CATTGACTTT AGTGGTTCAG TTGACGGAGA AGAATTCGAA 540 GGTGGACAAG CTGAAGGTTA CGATTTAGAA ATCGGTTCAG GTTCATTCAT ACCTGGTTTC 600 GAAGAGCAAT TAGAAGGTAT GAAAGTTGAC GAAGAAAAAG ATGTTGTCGT AACATTCCCA 660 GAAGAATACC ATGCTGAAGA ATTAGCTGGT AAAGAAGCAA CTTTCAAAAC AAAAGTTAAC 720 GAAATTAAAT TTAAAGAAGT TCCAGAATTA ACAGATGAAA TTGCTAATGA ATTAGATGCA 780 GAAGCAAATA CAGTAGACGA GTACAAAGAA AACTTACGTA AACGTTTAGC TGAACAAAAA 840 GCTACAGATG CTGAAAATGT TGAAAAAGAA GAAGCGATTA CAAAAGCTAC TGATAATACA 900 ACAATCGATA TTCCTGAAGC AATGGTTAAT ACTGAATTAG ATCGTATGGT GTCTGAATTT 960 GCACAAAGAA TTCAACATCA AGGTTTAGAT TTACAAACGT ACTTCCAAAT CTCAGGTCAA 1020 GATGAAACTC AATTAAGAGA GCAAATGAAA GACGATGCAG AACAACGTGT TAAAACTAAC 1080 TTAACTTTAA CTGCGATCGC TGAAGCTGAA AAAATCGAAG CTACTGATGA AGATATCGAT 1140 AAAGAATTAG AAAAAATGAG TAAACAATTT AATATCTCAG TTGAAGATAT CAAAAATACT 1200 TTAGGTAATA CTGATATCAT TAAAAATGAT GTTCGTATCC AAAAAGTTAT CGATTTATTA 1260 AGAGATAACG CAAAGTTCGT TGAAGGAACT AAAGAAGATT AATCTTCATT AAATATTAAA 1320 TTACAAAAAT GAGTAGCAGA TGCATAGCTT ATGTATCTGC TACTATTCTN NAAGCAAAAA 1380 GTNTGTATGT TAATATGTTG CATTGTAATA TCCAATCTAG TATAGNCTTN AACGAATAGG 1440 GGTGTAAAAA GAATGTTTAA ATTCAATGAA GATGAAGAAA ATTGGAATGC TCTTTCTGCG 1500 GAAAAGACCA GATCAAGTAA NAAACTGGTG CAGGAGTNGN GTTTTTTTTG GATGAATGTT 1560 TTGATTATGT CAGAATCGCG AAGGAGAAT 1589

【００９８】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５２９アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Thr Ala Thr Trp Glu Lys Lys Glu Gly Asn Glu Gly Leu Leu Thr 1 5 10 15 Val Thr Val Pro Ala Glu Lys Val Asn Lys Ala Leu Asp Gln Ala Phe 20 25 30 Lys Lys Val Val Lys Gln Ile Asn Val Pro Gly Phe Arg Lys Gly Lys 35 40 45 Val Pro Arg Pro Ile Phe Glu Gln Arg Phe Gly Val Glu Ala Leu Tyr 50 55 60 Gln Asp Ala Ile Asp Ile Leu Leu Pro Asp Ala Tyr Gly Glu Ala Ile 65 70 75 80 Asp Glu Thr Asp Ile Lys Pro Val Ala Gln Pro Glu Val Ser Val Thr 85 90 95 Gln Ile Glu Lys Gly Lys Asp Phe Ile Phe Glu Ala Thr Val Thr Val 100 105 110 Glu Pro Glu Val Lys Leu Gly Asp Tyr Lys Gly Leu Glu Ile Glu Lys 115 120 125 Gln Glu Thr Glu Leu Ser Asp Asp Glu Leu Gln Glu Ala Ile Asp His 130 135 140 Ser Leu Gly His Leu Ala Glu Met Val Val Lys Glu Asp Gly Val Val 145 150 155 160 Glu Asn Gly Asp Thr Val Asn Ile Asp Phe Ser Gly Ser Val Asp Gly 165 170 175 Glu Glu Phe Glu Gly Gly Gln Ala Glu Gly Tyr Asp Leu Glu Ile Gly 180 185 190 Ser Gly Ser Phe Ile Pro Gly Phe Glu Glu Gln Leu Glu Gly Met Lys 195 200 205 Val Asp Glu Glu Lys Asp Val Val Val Thr Phe Pro Glu Glu Tyr His 210 215 220 Ala Glu Glu Leu Ala Gly Lys Glu Ala Thr Phe Lys Thr Lys Val Asn 225 230 235 240 Glu Ile Lys Phe Lys Glu Val Pro Glu Leu Thr Asp Glu Ile Ala Asn 245 250 255 Glu Leu Asp Ala Glu Ala Asn Thr Val Asp Glu Tyr Lys Glu Asn Leu 260 265 270 Arg Lys Arg Leu Ala Glu Gln Lys Ala Thr Asp Ala Glu Asn Val Glu 275 280 285 Lys Glu Glu Ala Ile Thr Lys Ala Thr Asp Asn Thr Thr Ile Asp Ile 290 295 300 Pro Glu Ala Met Val Asn Thr Glu Leu Asp Arg Met Val Ser Glu Phe 305 310 315 320 Ala Gln Arg Ile Gln His Gln Gly Leu Asp Leu Gln Thr Tyr Phe Gln 325 330 335 Ile Ser Gly Gln Asp Glu Thr Gln Leu Arg Glu Gln Met Lys Asp Asp 340 345 350 Ala Glu Gln Arg Val Lys Thr Asn Leu Thr Leu Thr Ala Ile Ala Glu 355 360 365 Ala Glu Lys Ile Glu Ala Thr Asp Glu Asp Ile Asp Lys Glu Leu Glu 370 375 380 Lys Met Ser Lys Gln Phe Asn Ile Ser Val Glu Asp Ile Lys Asn Thr 385 390 395 400 Leu Gly Asn Thr Asp Ile Ile Lys Asn Asp Val Arg Ile Gln Lys Val 405 410 415 Ile Asp Leu Leu Arg Asp Asn Ala Lys Phe Val Glu Gly Thr Lys Glu 420 425 430 Asp Ser Ser Leu Asn Ile Lys Leu Gln Lys Val Ala Asp Ala Leu Met 435 440 445 Tyr Leu Leu Leu Phe Xaa Lys Gln Lys Val Cys Met Leu Ile Cys Cys 450 455 460 Ile Val Ile Ser Asn Leu Val Xaa Xaa Thr Asn Arg Gly Val Lys Arg 465 470 475 480 Met Phe Lys Phe Asn Glu Asp Glu Glu Asn Trp Asn Ala Leu Ser Ala 485 490 495 Glu Lys Thr Arg Ser Ser Xaa Lys Leu Val Gln Glu Xaa Xaa Phe Phe 500 505 510 Trp Met Asn Val Leu Ile Met Ser Glu Ser Arg Arg Arg 515 520 525

【００９９】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１２０９塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： GATCAAGCAT TCAAAAAAGT GGTTAAACAA ATTAACGTAC CTGGATTCCG TAAAGGTAAA 60 GTGCCACGTC CAATTTTTGA ACAACGCTTT GGTGTAGAAG CATTATATCA AGATGCTATC 120 GACATTTTAT TACCAGATGC TTATGGTGAA GCAATTGACG AAACTGATAT TAAACCAGTT 180 GCACAACCAG AAGTAAGTGT TACTCAAATT GAAAAAGGTA AAGATTTCAT TTTTGAAGCA 240 ACAGTTACAG TTGAGCCAGA AGTTAAATTA GGAGACTATA AAGGTCTTGA AATTGAAAAA 300 CAAGAAACTG AATTATCTGA TGATGAGTTA CAAGAAGCGA TTGACCACAG CTTAGGACAT 360 TTAGCTGAAA TGGTAGTTAA AGAAGATGGT GTTGTTGAAA ATGGCGACAC AGTTAACATT 420 GACTTTAGTG GTTCAGTTGA CGGAGAAGAA TTCGAAGGTG GACAAGCTGA AGGTTACGAT 480 TTAGAAATCG GTTCAGGTTC ATTCATACCT GGTTTCGAAG AGCAATTAGA AGGTATGAAA 540 GTTGACGAAG AAAAAGATGT TGTCGTAACA TTCCCAGAAG AATACCATGC TGAAGAATTA 600 GCTGGTAAAG AAGCAACTTT CAAAACAAAA GTTAACGAAA TTAAATTTAA AGAAGTTCCA 660 GAATTAACAG ATGAAATTGC TAATGAATTA GATGCAGAAG CAAATACAGT AGACGAGTAC 720 AAAGAAAACT TACGTAAACG TTTAGCTGAA CAAAAAGCTA CAGATGCTGA AAATGTTGAA 780 AAAGAAGAAG CGATTACAAA AGCTACTGAT AATACAACAA TCGATATTCC TGAAGCAATG 840 GTTAATACTG AATTAGATCG TATGGTGTCT GAATTTGCAC AAAGAATTCA ACAACAAGGT 900 TTAGATTTAC AAACGTACTT CCAAATCTCA GGTCAAGATG AAACTCAATT AAGAGAGCAA 960 ATGAAAGACG ATGCAGAACA ACGTGTTAAA ACTAACTTAA CTTTAACTGC GATCGCTGAA 1020 GCTGAAAAAA TCGAAGCTAC TGATGAAGAT ATCGATAAAG AATTAGAAAA AATGAGTAAA 1080 CAATTTAATA TCTCAGTTGA AGATATCAAA AATACTTTAG GTAATACTGA TATCATTAAA 1140 AATGATGTTC GTATCCAAAA AGTTATCGAT TTATTAAGAG ATAACGCAAA GTTCGTTGGA 1200 AGGAACTAA 1209

【０１００】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：４０２アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Asp Gln Ala Phe Lys Lys Val Val Lys Gln Ile Asn Val Pro Gly Phe 1 5 10 15 Arg Lys Gly Lys Val Pro Arg Pro Ile Phe Glu Gln Arg Phe Gly Val 20 25 30 Glu Ala Leu Tyr Gln Asp Ala Ile Asp Ile Leu Leu Pro Asp Ala Tyr 35 40 45 Gly Glu Ala Ile Asp Glu Thr Asp Ile Lys Pro Val Ala Gln Pro Glu 50 55 60 Val Ser Val Thr Gln Ile Glu Lys Gly Lys Asp Phe Ile Phe Glu Ala 65 70 75 80 Thr Val Thr Val Glu Pro Glu Val Lys Leu Gly Asp Tyr Lys Gly Leu 85 90 95 Glu Ile Glu Lys Gln Glu Thr Glu Leu Ser Asp Asp Glu Leu Gln Glu 100 105 110 Ala Ile Asp His Ser Leu Gly His Leu Ala Glu Met Val Val Lys Glu 115 120 125 Asp Gly Val Val Glu Asn Gly Asp Thr Val Asn Ile Asp Phe Ser Gly 130 135 140 Ser Val Asp Gly Glu Glu Phe Glu Gly Gly Gln Ala Glu Gly Tyr Asp 145 150 155 160 Leu Glu Ile Gly Ser Gly Ser Phe Ile Pro Gly Phe Glu Glu Gln Leu 165 170 175 Glu Gly Met Lys Val Asp Glu Glu Lys Asp Val Val Val Thr Phe Pro 180 185 190 Glu Glu Tyr His Ala Glu Glu Leu Ala Gly Lys Glu Ala Thr Phe Lys 195 200 205 Thr Lys Val Asn Glu Ile Lys Phe Lys Glu Val Pro Glu Leu Thr Asp 210 215 220 Glu Ile Ala Asn Glu Leu Asp Ala Glu Ala Asn Thr Val Asp Glu Tyr 225 230 235 240 Lys Glu Asn Leu Arg Lys Arg Leu Ala Glu Gln Lys Ala Thr Asp Ala 245 250 255 Glu Asn Val Glu Lys Glu Glu Ala Ile Thr Lys Ala Thr Asp Asn Thr 260 265 270 Thr Ile Asp Ile Pro Glu Ala Met Val Asn Thr Glu Leu Asp Arg Met 275 280 285 Val Ser Glu Phe Ala Gln Arg Ile Gln Gln Gln Gly Leu Asp Leu Gln 290 295 300 Thr Tyr Phe Gln Ile Ser Gly Gln Asp Glu Thr Gln Leu Arg Glu Gln 305 310 315 320 Met Lys Asp Asp Ala Glu Gln Arg Val Lys Thr Asn Leu Thr Leu Thr 325 330 335 Ala Ile Ala Glu Ala Glu Lys Ile Glu Ala Thr Asp Glu Asp Ile Asp 340 345 350 Lys Glu Leu Glu Lys Met Ser Lys Gln Phe Asn Ile Ser Val Glu Asp 355 360 365 Ile Lys Asn Thr Leu Gly Asn Thr Asp Ile Ile Lys Asn Asp Val Arg 370 375 380 Ile Gln Lys Val Ile Asp Leu Leu Arg Asp Asn Ala Lys Phe Val Gly 385 390 395 400 Arg Asn

【０１０１】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２５塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： TTGAAGCAAC AGTTACAGTT GAGCC 25

【０１０２】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２６塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： ATACCTTCTA ATTGCTCTTC GAAACC 26

─────────────────────────────────────────────────────

【手続補正書】

【提出日】平成１０年１２月２５日

【手続補正１】

【補正対象書類名】明細書

【補正対象項目名】００３１

【補正方法】変更

【補正内容】

【００３１】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列をコードする配列を含むポリヌクレオチドを包
含し、詳細には、細菌のポリペプチド、より詳細には表
１［配列番号：２または４］に示すアミノ酸配列を有す
るスタフィロコッカス・アウレウスのtigのポリペプチ
ドをコードする配列を含むポリヌクレオチド包含する。
該用語は、コーディング配列および／または非コーディ
ング配列を含んでいてもよいさらなる領域を伴った、ポ
リペプチドをコードしている単一の連続領域または不連
続領域（例えば、組み込まれたファージまたは配列の挿
入または配列の編集により分断されたもの）を含むポリ
ヌクレオチドを包含する。さらに本発明は、表１［配列
番号：２または４］の推定アミノ酸配列を有するポリペ
プチドの変種をコードする上記ポリヌクレオチドの変種
にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフラグメントで
ある変種を用いて本発明の全長ポリヌクレオチドを合成
してもよい。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/70 ６２３ Ａ６１Ｋ 31/70 ６２３ 35/76 35/76 38/00 39/085 39/085 45/00 45/00 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/31 Ｃ０７Ｋ 14/31 16/12 16/12 Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 5/10 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｚ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｃ１２Ｑ 1/68 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/53 33/569 Ｆ 33/566 33/577 Ｂ 33/569 Ａ６１Ｋ 37/02 33/577 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ Ｃ (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 エリザベス・ジェイ・ローラー アメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マ ルバーン、ラップ・ロード260番 (72)発明者 デボラ・ディ・ジャワースキー アメリカ合衆国19382ペンシルベニア州ウ エスト・チェスター、スキルズ・ブールバ ード1800番、アパートメント227 (72)発明者 ミン・ワン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、センテニアル・ドライブ302 番 (72)発明者 リチャード・エル・ウォーレン アメリカ合衆国19422ペンシルベニア州ブ ルー・ベル、キャスカート・ロード825番 (72)発明者 クリストファー・エム・トレイニ アメリカ合衆国19063ペンシルベニア州メ ディア、ポッター・コート50番 (72)発明者 マーティン・バーナム アメリカ合衆国19403ペンシルベニア州ノ ーリスタウン、タングルウッド・レイン 2927番 (72)発明者 アンドリュー・フォスベリー イギリス、ケンブリッジシャー、リント ン、ザ・ウッドランズ42番 (72)発明者 ジョン・ホッジソン アメリカ合衆国19355ペンシルベニア州マ ルバーン、ラップ・ロード260番 (72)発明者 マーティン・ローゼンバーグ アメリカ合衆国19468ペンシルベニア州ロ イヤーズフォード、ミンゴ・ロード241番 (72)発明者 ジュディス・ウォード イギリス、アールエイチ４・２ビーティ、 ドーキング、コトマンディーン19番、カー メラ・コテージ

Claims (24)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 配列番号２のアミノ酸１〜４３３を含む
   ポリペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して
   少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを
   含む単離ポリヌクレオチド。
2. 【請求項２】 寄託株のスタフィロコッカス・アウレウ
   ス中に含まれるtig遺伝子により発現されるのと同じ成
   熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
   して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
   ドを含む単離ポリヌクレオチド。
3. 【請求項３】 配列番号：２のアミノ酸１〜４３３に対
   して少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポ
   リペプチドをコードしているポリヌクレオチドを含む単
   離ポリヌクレオチド。
4. 【請求項４】 請求項１のポリヌクレオチドに相捕的な
   単離ポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 ポリヌクレオチドがＤＮＡまたはＲＮＡ
   である請求項１のポリヌクレオチド。
6. 【請求項６】 配列番号：１に示す核酸配列を含む請求
   項１のポリヌクレオチド。
7. 【請求項７】 配列番号１に示すヌクレオチド１からヌ
   クレオチド番号１３００で始まるストップコドンまでを
   含む請求項１のポリヌクレオチド。
8. 【請求項８】 配列番号：２のアミノ酸１〜４３３を含
   むポリペプチドをコードしている請求項１のポリヌクレ
   オチド。
9. 【請求項９】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
   ター。
10. 【請求項１０】 請求項９のベクターを含む宿主細胞。
11. 【請求項１１】 請求項１０の宿主細胞から上記ＤＮＡ
    によりコードされているポリペプチドを発現させること
    を含む、ポリペプチドの製造方法。
12. 【請求項１２】 tigポリペプチドまたはフラグメント
    の製造方法であって、該ポリペプチドまたはフラグメン
    トの生成に十分な条件下で請求項１０の宿主を培養する
    ことを含む方法。
13. 【請求項１３】 配列番号：２のアミノ酸１〜４３３に
    対して少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含む
    ポリペプチド。
14. 【請求項１４】 配列番号：２のアミノ酸１〜４３３に
    示すアミノ酸配列を含むポリペプチド。
15. 【請求項１５】 請求項１４のポリペプチドに対する抗
    体。
16. 【請求項１６】 請求項１４のポリペプチドの活性また
    は発現を阻害するアンタゴニスト。
17. 【請求項１７】 治療上有効量の請求項１４のポリペプ
    チドを個体に投与することを含む、tigポリペプチドを
    必要とする個体の治療方法。
18. 【請求項１８】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
    ニストを個体に投与することを含む、tigポリペプチド
    の阻害を必要とする個体の治療方法。
19. 【請求項１９】 個体における請求項１４のポリペプチ
    ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
    て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
    すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
    ポリペプチドの存在または量について分析することを含
    む方法。
20. 【請求項２０】 請求項１４のポリペプチドと相互作用
    して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
    法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
    件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
    を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
    用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
    可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
    ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
    るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
    化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
    化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。
21. 【請求項２１】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫応答
    を生じさせて動物を疾病から防御するに十分な請求項１
    ４のtigポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは
    変種を哺乳動物に接種することを含む方法。
22. 【請求項２２】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、tigポリペプチドまたはそのフラグ
    メントもしくは変種をインビボで発現させて、抗体およ
    び／またはＴ細胞免疫応答を生じさせる免疫学的応答を
    誘導して該動物を疾病から防御するするために、請求項
    １４のtigポリペプチドまたはそのフラグメントもしく
    は変種の発現を指令する核酸ベクターを送達することを
    含む方法。
23. 【請求項２３】 配列番号：４のアミノ酸配列を含むポ
    リペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対して
    少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドを
    含む単離ポリヌクレオチド。
24. 【請求項２４】 配列番号：３のポリヌクレオチド配列
    に対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレ
    オチドを含む単離ポリヌクレオチド。