JPH11206374A - トランスポゾン様ｄｎａおよびその利用方法 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 （ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列から成るマイ
クロサテライトを標的配列とするトランスポゾン様ＤＮ
Ａを提供し、このトランスポゾン様ＤＮＡを利用した
（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列から成るマイクロサテラ
イトの単離方法、さらに、この方法によって単離された
マイクロサテライトを提供する。 【解決手段】 （ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列から成る
２つのマイクロサテライトに挟まれて存在する新規なト
ランスポゾン様ＤＮＡを利用し、隣接する（ＴＡ／Ａ
Ｔ）の繰り返し配列から成るマイクロサテライトを単離
する。 【効果】 極めて容易にイネで最も大きな多型性を示す
（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列から成るマイクロサテラ
イトを単離することが可能となった。また、単離したマ
イクロサテライトは、ＤＮＡレベルで近縁品種の識別・
特定が可能となり、イネの新品種の育成を効率化し、イ
ネ種子の純度管理・流通するコメの純度管理にも利用で
きる。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、イネのマイクロサ
テライトを単離するのに有用なトランスポゾン様ＤＮＡ
およびイネのマイクロサテライトの単離に関する。ま
た、本発明は単離したマイクロサテライトを利用したマ
イクロサテライトマーカーの開発とマイクロサテライト
マーカーを用いるイネの品種の育成、イネおよびイネ種
子の純度管理、流通するコメの純度の管理に関する。

【０００２】

【従来の技術】従来、イネ品種の識別は、形態・アイソ
ザイム等によって試みられていた。とはいえ従来の方法
では、近縁品種の識別は極めて困難であった。

【０００３】近年、ＤＮＡ分析の基づく品種の識別技術
が開発されてきた。中でも、遺伝変異の極めて大きなマ
イクロサテライトを利用したマイクロサテライトマーカ
ーが開発され、品種識別に大きな威力を発揮している。
マイクロサテライトとは、１〜数塩基のＤＮＡの単純繰
り返し配列のことで、真核生物のゲノム中に多数散在
し、かつ、極めて多型性に富む。この繰り返し数が、植
物品種によって大きく異なっており、しかも、植物品種
に固有である。この違いを利用して品種の識別を行う技
術としてマイクロサテライトマーカーが開発されてい
る。すなわち、マイクロサテライトマーカーとはマイク
ロサテライトと、そのマイクロサテライトの両側に隣接
するＤＮＡ配列を指す。マイクロサテライトそのものは
生物のゲノム中に多数散在するが、その両側に隣接する
ＤＮＡの配列は各マイクロサテライトに特異的である。
従って、マイクロサテライトマーカーはＰＣＲによって
容易に増幅することが可能で、増幅されたマイクロサテ
ライトマーカーの長さの違いによって容易に個体や品種
を識別することができる。マイクロサテライトマーカー
はＰＣＲによって増幅し、その長さの違いを識別するた
め、実質的にはマイクロサテライトを含む１０００ｂｐ
以下の長さのＤＮＡ配列を指す。

【０００４】一方、ゲノム中に多数散在するＤＮＡ配列
としてトランスポゾンが知られている。トランスポゾン
とは生物のゲノム上の異なる部位に移動できるＤＮＡを
指す。トランスポゾンは生物に進化の過程で転移し、生
物の多様化に大きく関わってきたと考えられている。ト
ランスポゾンは転移機構によって大きく２つの型に分類
されてきた。トランスポゾンにコードされるトランスポ
ゼースによって転移するものと、ＲＮＡへの転写を経て
インテグレースによって転移するものが知られており、
近年、これらには分類されない新たなトランスポゾンも
見出されている。この様に大きく分類されるトランスポ
ゾンとしてこれまで多種類の配列が同定され、構造等の
特徴などによってさらに幾つかに分類されている。

【０００５】トランスポゾンが転移して挿入される配列
は標的配列と呼ばれ、挿入の際に標的配列の重複が生じ
る。この標的配列の重複はトランスポゾンの転移に共通
する現象である。しかしながら、特定の配列を標的とす
るトランスポゾンは殆ど知られておらず、ましてや（Ｔ
Ａ／ＡＴ）の繰り返し配列からなるマイクロサテライト
を含みマイクロサテライトを標的配列とするトランスポ
ゾンは従来全く知られていなかった。

【０００６】

【発明が解決しようとする課題】本発明は、マイクロサ
テライトを単離するためのトランスポゾン様ＤＮＡを提
供し、これを利用した（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列か
らなるマイクロサテライトの検出・単離方法および単離
されたマイクロサテライトおよびマイクロサテライトを
含むマイクロサテライトマーカーを提供することを目的
とする。

【０００７】

【課題を解決するための手段】本発明者らは、イネのフ
ィトクロームＡ遺伝子のプロモーター領域に存在する
（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列からなるマイクロサテラ
イトの解析をする課程で、マイクロサテライト内に３９
１ｂｐから成るＤＮＡ断片を有する品種を見出した。複
数のイネの野生種と栽培種でこの３９１ｂｐからなる挿
入ＤＮＡ配列の有無を解析した結果、この挿入ＤＮＡが
イネの進化の課程で挿入されたものであることを見出
し、この挿入ＤＮＡをトランスポゾン様ＤＮＡであると
結論するに至った。このトランスポゾン様ＤＮＡと相同
性のある複数のＤＮＡ断片（ホモログ）を単離・解析し
た結果、全てのホモログが（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返しか
らなるマイクロサテライト内に挿入されていることを見
出した。さらに、トランスポゾン様のトランスポゾン様
ＤＮＡ配列を標的とすることで、隣接する（ＴＡ／Ａ
Ｔ）の２塩基の繰り返し配列からなるマイクロサテライ
トを単離できることを見出し、本発明を完成するに至っ
た。

【０００８】すなわち、本発明は、イネの核ゲノムにコ
ードされ、（ＴＡ／ＡＴ）の２塩基の単純繰り返し配列
からなる２つのマイクロサテライトに挿まれたトランス
ポゾン様ＤＮＡとこのランスポゾン様ＤＮＡを用いて、
（ＴＡ／ＡＴ）の２塩基の単純繰り返し配列からなるマ
イクロサテライトを単離する方法および得られる（ＴＡ
／ＡＴ）の２塩基の単純繰り返し配列からなるマイクロ
サテライトを提供するものである。

【０００９】

【発明の実施の形態】本発明で言う、トランスポゾン様
ＤＮＡとはイネの染色体上に高度に反復して散在する約
３９０ｂｐから成るＤＮＡ配列を指す。このトランスポ
ゾン様ＤＮＡの最大の特徴として、（ＴＡ／ＡＴ）の単
純繰り返し配列からなるマイクロサテライト内に存在す
ることが挙げられる。さらに、このトランスポゾン様Ｄ
ＮＡはイネの進化の過程で転移した、すなわち、トラン
スポゾンの一種である。

【００１０】トランスポゾン様ＤＮＡの塩基配列とし
て、例えば、配列表の配列番号１の配列番号１３２から
５２２で示されるものが挙げられる。このトランスポゾ
ン様ＤＮＡの塩基配列の両末端部分には（ＴＡ／ＡＴ）
の繰り返しからなるマイクロサテライトが存在する。こ
のマイクロサテライトから１８塩基を隔てた位置には、
２０塩基の逆位反復配列が存在する（配列番号１の番号
１５０から１６９と番号４８６から５０４）。さらに、
トランスポゾン様ＤＮＡは多数の短い繰り返し配列を含
んでおり、一本鎖となった場合に複雑な２次構造を形成
する。

【００１１】また、同等のトランスポゾン様ＤＮＡの塩
基配列としては、例えば、配列表の配列番号２の番号７
３０から１１０４、配列番号３の番号１７４から５６
６、および配列番号４の番号３６３から７５５で示され
るものが挙げられる。配列番号２から４に含まれるトラ
ンスポゾン様ＤＮＡも上記の配列番号１に含まれるもの
と同様の構造上の特徴を有する。すなわち、２０塩基か
らなる逆位反復配列をトランスポゾン様ＤＮＡの両末端
付近に持ち（配列番号２の番号７３０から７４９と番号
１０６７から１０８６、配列番号３の番号１９２から２
１１と番号５２９から５４８、配列番号４の番号３８１
から４００と番号７１８から７３７）、短い多数の繰り
返し配列を含んでいる。これら配列番号１から４に含ま
れるトランスポゾン様ＤＮＡ間の相同性は９０％以上で
ある。配列番号４および配列番号３に含まれるトランス
ポゾン様ＤＮＡの長さは３９３ｂｐである。さらに、配
列番号２に示さされるように一部に配列の欠失があるも
のも含まれる。従って、塩基配列が配列番号１から４に
含まれるトランスポゾン様ＤＮＡの何れかと９０％以上
の相同性があるもの、塩基の一部欠失・付加があるもの
も、本発明で言うトランスポゾン様ＤＮＡと一本鎖とな
った場合に実質的に同じ複雑な２次構造を形成しうる塩
基配列の特徴を有し、本発明のトランスポゾン様ＤＮＡ
に含まれる。

【００１２】本発明のトランスポゾン様ＤＮＡは以下の
方法に従って単離することが出来る。すなわち、配列番
号５で示されるイネ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．
ｃｖ．ＩＲ３６）のフィトクロームＡ遺伝子のプロモー
ター領域に存在する（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返しからなる
マイクロサテライト( Kayら (1989) Nucleic Acids Res
arch 17, 2865-2866；配列番号５の番号１３４３から１
３８５）を夾み、互いに向かい合う１５〜３０ｂｐのオ
リゴヌクレオチドをプライマーとし、ＩＲ３６を除くイ
ネ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ．）より抽出したＤ
ＮＡを鋳型としてＰＣＲを行うことによってＤＮＡ断片
を増幅する。配列番号５から推定されるよりも約４００
ｂｐ長いＤＮＡ断片にはトランスポゾン様ＤＮＡが含ま
れる。

【００１３】例えば温帯ジャポニカに属する品種Ｓｈｉ
ｌｅｗａから抽出したＤＮＡを用い、配列番号６と配列
番号７で示されるオリゴヌクレオチドをプライマーとし
て用いた場合には約６００ｂｐのＤＮＡ断片が得られ
る。このＤＮＡ断片には配列番号１の番号１３２から５
２２で示される３９１ｂｐからなるトランスポゾン様Ｄ
ＮＡが含まれる。さらには、配列番号１の番号１１６か
ら１３１および配列番号１の番号５２３から５４３で示
される、トランスポゾン様ＤＮＡに隣接する（ＴＡ／Ａ
Ｔ）の繰り返しから成るからなるマイクロサテライトも
含まれる。

【００１４】ＤＮＡを抽出するための組織としては根、
葉、種子など植物体のあらゆる部分を利用できる。ま
た、用いるイネ品種としては一般的な大部分の品種が利
用できるが、例えばＩＲ３６など、一部のインディカ種
ではこの領域でのトランスポゾン様ＤＮＡを欠いてお
り、利用できないものがある。

【００１５】次に、トランスポゾン様ＤＮＡを利用した
マイクロサテライトの単離方法について説明する。トラ
ンスポゾン様ＤＮＡを定法によって蛍光・放射性物質等
で標識を行い、プローブを作成する。プローブに用いる
トランスポゾン様ＤＮＡとしては、例えば、配列番号１
の番号１３２から５２１を用いることができるが、この
ＤＮＡと９０％以上の塩基配列の相同性を有するＤＮＡ
を用いることもできる。また、１００ｂｐ程度の例えば
ベクターのマルチクローニングサイトのＤＮＡ断片など
を含んでいてもかまわない。作成したトランスポゾン様
ＤＮＡのプローブを用い、イネのゲノミックＤＮＡライ
ブラリーの中からプラークハイブリダイゼーション又は
コロニーハイブリダイゼーション等の方法によって相補
性のクローンを単離する。単離したクローンの塩基配列
を定法により決定する。単離したクローンにはトランス
ポゾン様ＤＮＡが含まれており、これに隣接する（ＴＡ
／ＡＴ）からなるマイクロサテライトを同時に単離する
ことが出来る。

【００１６】この方法で単離された（ＴＡ／ＡＴ）から
なるマイクロサテライトとして、例えば、配列番号１の
番号１１６から１３１、配列番号１の番号５２２から５
４３、配列番号２の番号６７２から７２９、配列番号２
の番号１１０２から１１２４、配列番号３の番号８４か
ら１７３、配列番号３の番号５６７から６３４、配列番
号４の番号２８１から３６２、配列番号４の番号７５６
から７９４で示されるＤＮＡ配列のものが挙げられる。
これらの（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列からなるマイク
ロサテライトは全てトランスポゾン様ＤＮＡに隣接して
いる。これらのマイクロサテライトと各マイクロサテラ
イトの両側に隣接するＤＮＡの塩基配列を含む部分がマ
イクロサテライトマーカーとなる。従って、それぞれの
マイクロサテライトマーカーにはマイクロサテライトと
これの一方に隣接する特異的なＤＮＡの配列および他方
に隣接するトランスポゾン様ＤＮＡのＤＮＡ配列が含ま
れる。この場合、マイクロサテライトに隣接する特異的
なＤＮＡとはマイクロサテライトを挿んでトランスポゾ
ン様ＤＮＡとは反対側にあるＤＮＡの配列を指し、マイ
クロサテライトの５’側にあるか３’側にあるかはトラ
ンスポゾン様ＤＮＡとマイクロサテライトとの位置関係
で変わる。この各マイクロサテライトマーカーに特異的
なＤＮＡの塩基配列とトランスポゾン様ＤＮＡ内にある
各マイクロサテライトマーカーに共通な塩基配列を有す
るＤＮＡをプライマーとして用いてＰＣＲを行うことに
よって、それぞれのマイクロサテライトを含むマイクロ
サテライトマーカーを特異的に増幅することが出来る。
増幅されたマイクロサテライトマーカーは電気泳動等に
よってマイクロサテライトの長さの違いを検出すること
が可能で、この長さの違いによってイネの近縁な品種の
違いを識別し、品種を特定することが出来る。特に、
（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列からなるマイクロサテラ
イトがイネでは極めて大きな多型性を示し、識別能力が
最も大きい。

【００１７】

【実施例】以下に本発明を実施例に基づき詳細に説明す
る。 ［実施例１］イネ品種"Ｓｈｉｌｅｗａ"の成葉から、 L
ichtenstein & Draper （（1985）DNA cloning vol.3
Practical approach, pp. 67-119, IRL Press, Oxfor
d）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出し
た。トランスポゾン様ＤＮＡを含む領域をＰＣＲによっ
て増幅するため、ＰＣＲプライマーとして配列番号６と
配列番号７のＤＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドを
用いた。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(ABI
社)を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎｇ
ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ ＴＡＫＡＲＡ Ｔａｑ(TA
KARA社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，１０ｐｍｏｌｅ
ｐｒｉｍｅｒ，１０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．
３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ２が含
まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のディネーチ
ャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０秒間
の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反応させ
た。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒｏｓｅ
（FMC社）で分画した。増幅された約６００ｂｐのＤＮ
Ａ断片をゲルから回収し、ＴＡクローニングキット（In
Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭIＩにサブク
ローニングした。得られたクローンｐＳＨ２０３の塩基
配列を３７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ABI社）を用
いて決定した。 ｐＳＨ２０３は配列番号１に示すよう
に５９８ｂｐから成り、トランスポゾン様ＤＮＡの配列
（番号１３２から５２２）とこれに隣接する２つの（Ｔ
Ａ／ＡＴ）からなるマイクロサテライト（番号１１６か
ら１３１および番号５２３から５４３）を含んでいた。

【００１８】［実施例２］イネ品種"ササニシキ"の成葉
から、 Lichtenstein & Draper（(1985) DNA cloning v
ol.3 Practical approach, pp.67-119, IRL Press, Ox
ford）の方法に従い、ＣＴＡＢ法によってＤＮＡを抽出
した。抽出したＤＮＡを制限酵素Ｓａｕ３ＡＩで部分分
解し、Slightom & Drong （(1988) Plant Molecular Bi
ology Manual, A8. 1-42, Kluwer Academic Publisher
s, Dordrecht）の方法に従って、サイズによる分画を行
い、１０ｋｂから２５ｋｂのＤＮＡ断片を回収した。回
収したＤＮＡ断片（１μg）をλＤＡＳＨ ＩＩ（Strat
agene社）のアーム（１μg）とのライゲーション後、Ｇ
ＩＧＡＰＡＣＫ ＩＩ（Stratagene社）を用いてパッケ
ージングし、イネゲノミックライブラリーを得た。ゲノ
ミックライブラリーを宿主大腸菌Ｐ２３９２に感染さ
せ、プラークを形成させた。形成したプラークはアルカ
リブロッティング法でナイロンメンブレン（HybondN+）
（Amersham社）に転写した。プラークハイブリダイゼー
ションはＥＣＬダイレクトＤＮＡ／ＲＮＡラベリング・
検出システム（Amersham社）を用いて行った。プローブ
としては実施例１で得たｐＳＨ２０３を標識して用い
た。約２００００個のプラークをスクリーニングし、６
個の陽性クローンを得た。これら６個の陽性クローンか
らλＤＮＡを大量精製し、制限酵素ＢａｍＨＩで消化
後、 ｐＳＨ２０３プローブでサザンハイブリダイゼー
ションを行った。クローン＃４４でｐＳＨ２０３とハイ
ブリダイズした約１.８ｋｂの断片をｐＵＣ１９にサブ
クローニングし、プラスミドｐ＃４４Ｂ１を得た。 ｐ
＃４４Ｂ１を更に、ＨｉｎｃＩＩとＳｍａＩで断片化
し、ｐＵＣ１１９のＳｍａＩおよびＨｉｎｃＩＩサイト
にサブクローニングした。これらのサブクローンの塩基
配列を３７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ABI社）を用
いて決定し、これらを繋ぎ合わせることでｐ＃４４Ｂ１
中の挿入断片約１．８ｋｂの全塩基配列を決定した。決
定された塩基配列を配列番号２に示した。単離したクロ
ーンには、トランスポゾン様ＤＮＡ（配列番号２の番号
７３０から１１０４）とこれに隣接する２つの（ＴＡ／
ＡＴ）の単純繰り返し配列からなるマイクロサテライト
（配列番号２の番号６７２から７２９および番号１１０
５から１１２４）が含まれていた。

【００１９】［実施例３］配列番号２で示されるトラン
スポゾン様配列を含むＤＮＡ断片をＰＣＲによって増幅
するため、実施例２で抽出したイネ品種"ササニシキ"の
ＤＮＡを鋳型として、配列番号１０と配列番号１１のＤ
ＮＡ配列を有するオリゴヌクレオチドをプライマーとし
て用いた。ＰＣＲはＧｅｎｅＡｍｐ９６００システム(A
BI社)を使用して行った。 反応液２０μｌ中には１０ｎ
ｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓ Ｔａｋａｒａ Ｅｘ
ＴａｑＴＭ(TAKARA社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，１０
ｐｍｏｌｅ ｐｒｉｍｅｒ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣ
ｌ（ｐＨ８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭＭｇ
Ｃｌ２が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間の
ディネーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃
で１分間の伸長反応を１サイクルとし、４０サイクル反
応させた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒｏ
ｓｅ （FMC社）で分画した。増幅された約１．８ｋｂの
ＤＮＡ断片をゲルから回収し、ＴＡクローニングキット
（In Vitrogen社）を用いプラスミドｐＣＲＴＭIＩにサ
ブクローニングした。得られたクローンの塩基配列を３
７３Ｓ ＤＮＡシークエンサー（ABI社）を用いて決定
した。クローンは配列番号２で示されるトランスポゾン
様ＤＮＡを含む１７４７ｂｐのＤＮＡを含んでいた。同
様に、配列番号１２と配列番号１３を用いた場合には配
列番号３で示されるのトランスポゾン様ＤＮＡを含む８
４０ｂｐのＤＮＡが、また、配列番号１４と配列番号１
５をプライマーとして用いた場合には、配列番号４のト
ランスポゾン様ＤＮＡを含む１６３３ｂｐのＤＮＡが得
られた。

【００２０】［実施例４］あそみのり、コシヒカリ、サ
サニシキ、日本晴、ＩＲ２４の各品種のイネの幼植物体
より、Edwardsらの方法（(1992) Nucleic Acid Resarch
19, 1349) に従って全ＤＮＡを粗抽出した。プライマ
ーとして、配列番号８と配列番号９のＤＮＡ配列を有す
るオリゴヌクレオチドを用いた。反応液２０μｌ中には
１０ｎｇ ＤＮＡ，０．５ｕｎｉｔｓＴＡＫＡＲＡ Ｔ
ａｑ(TAKARA社)，４ｎｍｏｌｅ ｄＮＴＰ，１０ｐｍｏ
ｌｅｐｒｉｍｅｒ，１０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ
８．３），５０ｍＭ ＫＣｌ，１．５ｍＭ ＭｇＣｌ２
が含まれる。ＰＣＲ条件は、９５℃で１０秒間のディネ
ーチャー、５５℃で３０秒間のアニール、７２℃で３０
秒間の伸長反応を１サイクルとし、３５サイクル反応さ
せた。反応後、３％Ｍｅｔａｐｈｏｒ Ａｇａｒｏｓｅ
（FMC社）で分画した。増幅したＤＮＡ断片の長さの違
いによって、これらの品種を識別することが出来た。

【００２１】

【発明の効果】本発明により、イネの（ＴＡ／ＡＴ）か
らなるマイクロサテライトを標的配列とするトランスポ
ゾン様ＤＮＡが提供される。このトランスポゾン様ＤＮ
Ａを用いると新規な（ＴＡ／ＡＴ）からなるマイクロサ
テライトを検出・単離することができる。多型性を示す
（ＴＡ／ＡＴ）の繰り返し配列からなるマイクロサテラ
イトは、従来、クローニングされた遺伝子のイントロン
等に偶然見出されたもの利用されており、積極的に本発
明の方法でこの様なマイクロサテライトを見出し、マイ
クロサテライトマーカーとして利用することは現在でも
極めて困難である。本発明の方法により得られるマイク
ロサテライトおよびトランスポゾン様配列を含むマイク
ロサテライトマーカーを利用すると、イネ品種の特定・
イネの種子の純度管理、流通するコメの純度管理が可能
となり、さらには、イネ品種の育成が効率化される。

【００２２】

【００２３】

【配列表】

配列番号：１ 配列の長さ：５９８ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"Ｓｈｉｌｅｗａ" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：116..131 特徴を決定した方法：S 特徴を表す記号：insertion seq 存在位置：132..522 特徴を決定した方法：E 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：523..543 特徴を決定した方法：S 配列： ATCCCATTAG CCAAACATTG CCTTAGTCAT AGGTGAATAG ATCCCACTGC AAGAAACTCA 60 ATCAGTTGAT CTACGTTTAT TTTACATGTT TTCTAAATTT TCCCTTTGTA TTATTTATAT 120 ATATATATAT AGGACACTCA TATGGGGCAC CATGGTGCTC GGGCACCATG ATATCAAATA 180 CACAAAATCA CTCAAATTTT TCAAAATTTT CAAATTGTGA GTATATACCT AGTTATAATA 240 ACTCGATTCA TACCTATACC TATCAACAAA ACAACTCAAA TTTAACTTTA TTTCACAATC 300 CATGATTACA TACCTAACTA ATTATATGTA TGGATGCTAT ATACCTAGAA TCAAAATCTA 360 ACAAAAACAA GTTCAAATTC AGTTCAAACT TGCTTTGAAC TAGTTAGTAA AGTAGCTAAT 420 GTTAATATCT AAGTAATTGA AAAAGTTTCA TACTCATTTG AATTAGGTAT ATACTCAATT 480 TCACAATGGT GCCCGGGCAC ATGGAGCACC AAACAAATTT AATATATATA TATATATATA 540 TATCTCCCTA GGTTAATTAT TGGCGGTAAT TAACTCCAGG TTGGCGTCGA GGTAAATC 598

【００２４】配列番号：２ 配列の長さ：１７４７ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ササニシキ" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：672..729 特徴を決定した方法：S 特徴を表す記号：insertion seq 存在位置：730..1104 特徴を決定した方法：E 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：1105..1124 特徴を決定した方法：S 配列： GGATCCAATT ATGCTACTCT GGAAGCCTTC CTTGTCAATT GCTGATTTTG CAGTATACTA 60 TGTTTGACCG TAGATATATA GGCCTCTTGT GTGTGTGTGT GTGTGCCTGT GTGGGTATAT 120 AGGTAGACAG GCTGGGTCTT GCTCATGTAT AGTGGCAACC ACTGTTGATG TTGCATGCTC 180 CCTCCGTCCC CAAAAAATCC AACTTCTGCC TATGTCTAGG TTCGTAGCTA GAAGTTGTTG 240 TTTTTTTGAC GGAGGTGTAG GATATAGTTG ACTCAGTCTG CGCTGGATAC TTGGATCTAA 300 TAATACTGAA GCATCAACAT CAATATGATA TGTATTCAAA GATCATAGTC ATAGTGTGTA 360 CTGTATAGTG GCAAACTTTT TTTGTTGCCT TTATATCATC TAATATACCG AACCCCATAT 420 TTTCCGGGAC AAAAACTATT ACAGTTGAAG ATTAGCAGAC CTTAGCAATT AATCATATTG 480 CTTTGTGCCT TGCTGCTTTG ATGTGTCAAC TTCCCGTTCA TAAAACACAG GTTTTCAATT 540 TGACAGATAC TATGTTACAG GTTTTCAATT TGACAGATAC TATGTTTTGT TTAGGATCGA 600 CTGCGATATT GTCACTGCAG CATATTGTCG TTAGTCCCGA TTTCTTTTGA ATGTGATCTG 660 GGCTTCTTTC CTATATATAT ATACATATAT ATATATACAT ATATATATAT ATACATATAT 720 ATATATATAC CATGGTGCCC GGGCACCATG GTTTCAAATG CTCAAAATCA CTCAAATTTT 780 TCAAAATTTT CAAATTATGA GTATATACCT AGTTATAAGA ATTTGATTCA TACATATACC 840 TATCAATAAA ACAACTCAAA TTTAATTTTA TTTCACAATT CATGATTACA TACCTAACTA 900 ATTATATGTA TGGATGCTAT ATACCGAGAA TCAAAATCTA ACAAAAACAA GTTCAAATTC 960 AGTTCAAACT TGCTTTGAAC TAGTTAGTAA AGTAGTTAAT GTTAATACCT AAATAATTGA 1020 AAAGGTTTCA TACTCATTTG ATATAGGTAT ATACTCAATT TCAACAATGG TGCCCGGGCA 1080 CTATGGAGCA CCAAACAAAT TTACTATATC TATATATATA TATAGAGAGA GAGAGAACTA 1140 TTGTATGGCG CTACAGGCGC CACGTATTAG ATGGCGCCTG ACACAATCAA CCCCCTGCCC 1200 CACCCCCACA CACATTCAAT TTAAACAGAC CACGTAGTTA ATTTTTAACT CAACGACCCA 1260 CCACCCCGCC ACCCCCACAC GAACTTGATC TGGTGCAAGC TACACAGTTA ACTGTTAACT 1320 CAACCACCCA CCCCCACGCG CAAGTTAAAT TTTAACTCTG CAACCCACAA CCCAACCTGT 1380 CCCCCACGCG CACTCGATCT GGTGCATACC ACACAGTTAA ATTTTAACTC AGCTACCCAC 1440 CCCACGCGCA CTCGATCTGA TGCATACCAC ACTGTTAAAT TTTAACTCGA CATACTGCCT 1500 CTATCTGGTA TATATATATT ACGGATTCCC ATCATAGAAA CCGTCCACCC ACTCTTTCCT 1560 CTTCCTCTCC ACATTTTACG GATCAGTGAC GACTTGTGGT TCCTTGTGCA GAGAGGAGGA 1620 ACGGCGACGG TGATTAGGGG ATGAGGAGTG GCAGCGAGGC GGTTCCGGTG ATGGCTTGGC 1680 GACGAGGAGG AGCAGCGGTG GTGGTTCGGG GATGAGAGGA GTGACGAGGA GGAGGAGCGG 1740 CGGATCC 1747

【００２５】配列番号：３ 配列の長さ：８６４ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ササニシキ" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：84..173 特徴を決定した方法：S 特徴を表す記号：insertion seq 存在位置：174..566 特徴を決定した方法：E 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：567..634 特徴を決定した方法：S 配列： GAATTCCGGA CATAATTAAA AGAACTTGAT TTGGCTGTGT ATATCTTATT TCTGTCCATT 60 ATCTTGAAAA ATAAAAAATT TGGTATATAT ATATATATAT ATATTATAAC TTATATATAT 120 ATATATATAT ATATATATAT ATATATATAT ATATATATAT ATATATATAT ATAGGACACT 180 CATATGGGGC ACCATGGTGC CCGGGCACCA TGGTATCAAA TGCAAAAAAT CACTCAAATT 240 TTTCAAAATT TTCAAATTAT GAGTATATAC CTAGTTATAA TAATTCGATT CATACCTATA 300 CCTATCAACA AAACAACTCA AATTTAACTT TATTTCACAA TCCATGATTA CATACCTAGC 360 TAAATATATG TATGGATGCT ATATACCTAG AATCAAAATC TAACAAAAAC AAGTTCAAAT 420 TCAGTTCAAA CTTGCTTTGA ACTAGTTAGT AAAGTGGTTA ATGTTAATAC CTAAGTAATT 480 GAAAAAGATT CATACTCATT TGAATTGGGT ATATACTCAA TTTCAACAAT GGTGCCCGGG 540 CACCATGGAG CACCAAACAA ATTTACTATA TATATATATA TATATATATA TATATATATA 600 TATATATATA TATATATATA TATATATATA TATAATAACT TGAGTAAAAT TATGGCAATT 660 TTTACTGATC TTTATGATAT AAATCAATAA ATGTGAACGA CAGGAGTAAA AGGTTTTATC 720 TTCTGTATAG TAATAAAACG GACAGACATA AAAACAAGTT ATTCAATTCC ATTTCCAATG 780 AGCAGCACAA TAAGATTTCA ATAGATACAT ACGTCCTACC TAAACAACAC TAATCCGTTC 840 GATTTTTTTT AATGTCCGCA ATTC 864

【００２６】配列番号：４ 配列の長さ：１８６５ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ササニシキ" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：281..362 特徴を決定した方法：S 特徴を表す記号：insertion seq 存在位置：363..755 特徴を決定した方法：S 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：756..794 特徴を決定した方法：S 配列： AGCAGCGAGT ACTACTACGT CGAAATCGTA GCTAGCAAGG ACATATAATG GATTGTAATT 60 AATACATGAC TACATATGTT TCTATATGCA TGTGTACACA TTTTCTATAA TGTAAATATA 120 TTTTGTTCAT ATATATATCT ATATACATAT GCATTTGCAT AACATATATA TGTATAAATA 180 CATATATATT ATGCATGTAT ATACATATAA TATAATATAT ATATATATAC ATATATATAT 240 GTATGCATAT ATATGTATTT AAATATATAT ATGCATGGTT TATATATATA TATATATATA 300 TATATATATA TATATATATA TATATATATA TATATATATA TATATATATA TATATATATA 360 TAGTAAATTT GTTTGGTGCT CCATGGTGCC CGGGCACCAT TGTTGAAATT GAGTATATAC 420 CCAATTCAAA TGAGTTTGAA ACTTTTTCAA TTACTTAGGT ATTAACATTA ACTACTTTTC 480 TAACTAGTTT AAAGCAAGTT TGAACTGAAT TTGAACTTGT TTTTGTTAGA TTTTGATTCT 540 AGGTATATAG CATCCATACA TATAATTAGT TAGGTATGTA ATCATGGATT GTGAAATAAA 600 GTTAAATTTA AGTTGTTTTG TTGATAAGTA TAGGTATGAA TCAAATTATT ATAACTAGGT 660 ATATACTCAC AATTTGAAAA TTTTGAAAAA TTTGAGTGAT TTTGTGCATT AGATACCATG 720 GTGCCCGGGC ACCATGGTGC CCCATATGAG TGTCCTATAT ATATATATAT ATATATATAT 780 ATATATATAT ATATAAACCA TGCAGCAACA GGGGCATGCA AAAAAAAAAA GGTCAGCTCG 840 ATCTTTAGTC CCGGATTGGT ACTCCCGATT TGGAAACCGG GACTAAAGGG GGGTTACGAA 900 CCGGGACTAC AAAGGGTTTC TCCACCAGTG TTTTTAATTA TCTCCTGGGA AACTGAAATC 960 ATTTATTATC TCATTTAAAC AAGGCACTAA AAAGCGGTCA CCAACAATGA CCCTTGAGTA 1020 TCCCCTCCTA TCCCATTCAA GTATTCAAAG CATTGTTTTC TCCACAAGGA GATGATGCCT 1080 GACGGCCGGA TA TCTCGAT CAAGGCACGG CAGATAGCAG GGCCGCCACC GGCCAGCATT 1140 TCTCCGGCGC ACGTATGACC ACGTCGGTCT GGCAGTCATG AGGGTAGCAT ATGATATTGC 1200 TTCCTCTGCA GCACCCAACA ATTAATTTGG ATTGGCCAAT TGGAATTTCC AGCGCTTATG 1260 ATTGGTGGTT GCGAGCTCCT CTTCCATTGC TGGTATGGTG TCTTGCATCT TGAAGCCATC 1320 CCCATTTCTG AGTTCTCCAC CGTCTACATA TGCCTTTCAT CTGCAGTTCT AAACAGGACA 1380 TTGCTAGATT CTTTATATTT TTTTACAAAT TTAATTCCTT CCCATTTCAT CTAAACATTA 1440 TCTTATCTAC ATTTTTGTTT GTACCACTAT TAAATGAGTT AAGATTATTG ACCAATTTAA 1500 TACTCACGGT TCAATACGAT GAACTGTGAA GTTTCTCGAT CAAACATTCG ATGTAATATC 1560 TTGGTTCGTT GTTTTGCACC AGTTTATTTA GATGTGTTCT CTTTTTTTTC CCTTAAGGTA 1620 TGGGTAAGCT TCCATTGTCT TTTTTTTCAT TAGTTTCCTA GATTAAATGT GGTCTTTTAG 1680 GGTTTTGTCT ATGAAGTGCC AATATAATCT ACTATCATAC TCCTTTTTGG AAACATAAAG 1740 GTGCTATACT CTATATCGAT TTGTGTGTAA TTAGGTATTA TATAAACTTT TTTTAAGTTC 1800 TCGTGGGTGT AACATAAAAT CTACATCTTA ATGCATAACA AAATTTTACT TATTGCTTTA 1860 TAAGG 1865

【００２７】配列番号：５ 配列の長さ：２１６０ 配列の型：核酸 鎖の数：２本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：genomicDNA 起源 生物名：Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｌ． 株名：品種"ＩＲ３６" 配列の特徴 特徴を表す記号：repeat unit 存在位置：1343..1385 特徴を決定した方法：S 配列： AAATTCTTTT GCAGCTAACG AAAAAGGAAG TCGAAAAAGA ACCAAAGCCC AAAGAGCAAG 60 TGCAACTCCA ACTCTTGGCC ACTGCTCCCT CGCTCTACTT AATTAAACCC CAATTAGATG 120 ATGGTGATAA TGATGGCACT AACGCTAATC TCGATCTATA ATCTAGTAAT CTCTACTAAC 180 CCCGAGCTGT TCGTCCAATA GAGTATCATG GCCACTGGTG TACAGCTGCG TACTATTACT 240 AAATTTGTAA GTTTGTTGGG AGTTTTTCTA TGCGTTCTTC TGTCCCAATC AGCTTACGGA 300 TTGTGCTTAA AGAAGGGAGG AGTACTAGTT TACTACGCAG GCTATTGGGT TAAGCAGGAC 360 AGGTTAAACA GTTTTGCTAA GTCACTTTTT TCTATTACGT GATTACATTT TTTTAGGAGC 420 TATTAAGTGA TTATTACTAG GACTGAGTTC GGTAGACCCG CTGAGTTAGC TTGGATTTTG 480 GACGTCATGC GAAAAAAACA TATTAGTGCA TAATTAATCG ATTATTATTA TAAACTTGGA 540 AAAAATATAT TTATTTTTTA AAAAATCACA TGAAATACGC TATTTAATTG TTCAGGAAAC 600 GTGATTAAAA AAGAAGAAAG ATACCGTTTA CCGAACTCAG CCTAACTCTC TCTTGTATGT 660 ACTCCATGTT TCATATCTCT TTCTCATTAA CTTTTCTATT TATGTGTGGA AGTTACACTA 720 GCAATTTTTC CAAGGATTTT AAGTACATAA GCAAGTACTG AAGTTTCGTA AGATTTAAAA 780 ATCAGGCTAT AAATATTTAA AATTTATATT ACACTACATA TAATTCATAG TGTAAATATA 840 TACAGAAATT TTGGTGTCCT TTAATAAAAA CACGGTCATA AATATAACGG CCAATTTATT 900 TGGTCTTATT GTTAAAAAAT CCACGAAGTA AAAAAAATCA TCTTATTGAT ACATTTATTA 960 TCACGTAAGA TGGTATTTTA CACCTCACGT ATCCATCTTG CAATGGTATT TTCTAAATTT 1020 TATTTTTCCT AATACAAACT TATTAGTATA TTTTGAGATT GAACACGTCA TCTACTACTT 1080 AAAAAAGTAA TTAGGGTGTG TTTGGATAAT GAAAAATAGG GGGTGGGATT GGGATTAGTA 1140 AATGAACGAA GGGTTAGGAT TAAATGAAAG AGAGAGAATG AATGATTAAG ATTTAAATAT 1200 ATCTTTTGGT GGGTGGGAAA TCATTTCCCT ATCCCATTAG CCAAACATTG CTTTAGTCAT 1260 AGGTGAATAG ATCCCACTAC AAGAAACTCA ATCAGTTGAT CTACGTTTAT TTTACATGTT 1320 TTCTAAATTT TGCTCTTCGT ATTATATATA TATATATATA TATATATATA TATATATATA 1380 TATATCCCCC TAGGTTAATT ATTGGCGGTA ATTAACTCCA GGTTGGCGTC GAGGTAAATC 1440 CGCGACACCT CACCTCCCCA CGGCGACCCC ATCCGCGCCG GCCGGTGATC GGGGTGATGG 1500 GGGAAGGATG GGGCCGGTGC GTGCGTGCGA TGCGACGCGA GCCCCGGCCT AAGCACAGCA 1560 CAGCTGACTA GCTGAGCCCC CACACCATCA CAGGCTAGGC TATTTATTTA TTCAGCTCGC 1620 CACTGCCACC CGAGTGCGGC TGCCTTGGCT TTGTCTCGTC CCGTCTCGTC TGCCTCCTCC 1680 TCTTCTTCCC GCACAGTCCA CACGTCCGCC ACTACTGGAG CAGAGCTGAG CTGAGCCGAG 1740 CAGGTACCCC GGTCGATCCC TCCTCTTCCC CCATCTTTGC TGCTCTTCGC TTGTATGGTT 1800 GGATGCTGCC TTAGCTAGCA TCATCTGCTG CTTGTTCGTT TCTTGGAGAG GAACGGGCTG 1860 TGCTGCCCTG TAGTGTGGTG TTCTCTTTCT CTGATGATTT TGGGGGGGAC AAGAGATGTG 1920 GTGAGAGATG TTTGGGAGTT GGGGACTGGA GGGTCCTCTT GTTTAGTTCG TATTTTTTGT 1980 GATCAGGGCT TAGCATCTTT GAGCTTAACA AAAAAACTTG AACTTGTATG CGAGTGTGAT 2040 GAACTGATGA TTGATGATTC AGAAATCCCC TTTCCTGGGG TTTGTGATGG ATGGCAAGCA 2100 AAGAGGATAA AATTCGGTGC TTGTCTCTGT TGAGATGGGT TTTTTTAGGA TTTGTTTAGT 2160

【００２８】配列番号：６ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CCTATACCCA TTAGCCAAAC ATTGC 25

【００２９】配列番号：７ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GATTTACCTC GACGCCAACC TG 22

【００３０】配列番号：８ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： CAAGTTCAAA TTCAGTTCAA AC 22

【００３１】配列番号：９ 配列の長さ：２３ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： TAGCGCCATA CAATAGTTCT CTC 23

【００３２】配列番号：１０ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGATCCAATT ATGCTACTCT GGAAG 24

【００３３】配列番号：１１ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGATCCGCCG CTCCTCCTCC TCGTC 25

【００３４】配列番号：１２ 配列の長さ：２５ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GAATTCCGGA CATAATTAAA AGAAC 25

【００３５】配列番号：１３ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GAACGGATTA GTGTTGTTTA GG 22

【００３６】配列番号：１４ 配列の長さ：２２ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： AGCAGCGAGT ACTACTACGT CG 22

【００３７】配列番号：１５ 配列の長さ：２４ 配列の型：核酸 鎖の数：１本鎖 トポロジ−：直鎖状 配列の種類：他の核酸 合成DNA 配列： GGAAGCTTAC CCATACCTTA AGGG 24

Claims (5)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】イネの核ゲノムにコードされ、（ＴＡ／Ａ
   Ｔ）の２塩基の単純繰り返し配列からなる２つのマイク
   ロサテライトに挿まれたトランスポゾン様ＤＮＡ 。
2. 【請求項２】トランスポゾン様ＤＮＡが配列番号１の番
   号１３２から５２２、配列番号２の番号７３０から１１
   ０４、配列番号３の番号１７４から５６６、および配列
   番号４の番号３６３から７５５で示される何れかのＤＮ
   Ａ配列を有する請求項１のトランスポゾン様ＤＮＡ。
3. 【請求項３】請求項２に記載のトランスポゾン様ＤＮＡ
   の何れか１つのＤＮＡ配列と９０％以上の相同性を有す
   るＤＮＡ配列であるトランスポゾン様ＤＮＡ。
4. 【請求項４】請求項１から請求項３の何れか一つに記載
   のトランスポゾン様ＤＮＡを用いて、（ＴＡ／ＡＴ）の
   ２塩基の単純繰り返し配列からなるマイクロサテライト
   を単離する方法。
5. 【請求項５】請求項１から３を利用して得られる（ＴＡ
   ／ＡＴ）の２塩基の単純繰り返し配列からなるマイクロ
   サテライト。