JP2002369691A - イネ植物体で活発に転移するｌｉｎｅ型のレトロトランスポゾン、及びその利用 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 イネ植物体で活発に転移するＬＩＮＥ型のレ
トロトランスポゾンを見出すと共に、その利用方法を提
供する。 【解決手段】 本願発明者等がイネから単離したレトロ
トランスポゾンKarma は、ＬＩＮＥ型のレトロトランス
ポゾンであり、組織培養により活性化された場合、組織
培養後の再分化植物（初代植物）の後代の植物（その子
孫植物）中において転移する性質を有する。上記レトロ
トランスポゾンKarma は、組織培養等でひとたび活性化
されると、その後何世代にもわたって転移し続けるた
め、イネ遺伝子の機能解析に代表される種々の遺伝子機
能解析に有効に利用できる。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、イネ植物体で活発
に転移するＬＩＮＥ型のレトロトランスポゾン、及びそ
の利用に関するものである。

【０００２】

【従来の技術】トランスポゾンは、転位性遺伝因子（tr
ansposable genetic element) または可動性遺伝因子
（mobile genetic element, movable genetic element)
とも呼ばれ、染色体ＤＮＡ上のある部位から他の部位へ
転移する性質を有するＤＮＡ断片のことをいう。トラン
スポゾンは、ランダムな位置に転移し、遺伝子の不活性
化等を起こすため、動植物を問わず広く生物学の分野に
おいて、遺伝子解析のツールとして利用されている。

【０００３】このうち、植物のトランスポゾンについ
て、文献Annu.Rev.Genet.1999.33:479-532には、植物
のレトロトランスポゾンの種類等が紹介されている。ま
た、文献The Plant Journal (2001)25(2),169-179 に
は、イネのゲノム全体にこうしたトランスポゾンがいく
つ存在するかが推測されている。

【０００４】植物のトランスポゾンには、Ａｃなどが知
られているほか、イネの内在性レトロトランスポゾンTo
s17 が知られている（文献「植物のゲノム研究プロト
コール」秀潤社66-72 頁参照）。

【０００５】上記Tos17 は、copia と呼ばれるＬＴＲ
（Long Terminal Repeat；端に長いリピートを持つ）タ
イプのレトロトランスポゾンであり（上記文献参
照）、文献Proc.Natl.Acad.Sci.USA Vol.93,pp.7783-77
88,July 1996には、上記Tos17 が培養中に転移すること
が報告されている。

【０００６】レトロトランスポゾンにはこのほかnon-Ｌ
ＴＲタイプが存在し、non-ＬＴＲタイプとしてはＬＩＮ
Ｅ(long interspersed repetitive elements) 型のレト
ロトランスポゾンなどが知られている。動物細胞では、
レトロトランスポゾンの殆どはnon-ＬＴＲタイプである
が、植物では、逆にnon-ＬＴＲタイプは稀である（上記
文献参照）。

【０００７】レトロトランスポゾンは、遺伝子解析のツ
ールとして利用されており（文献Trends in Plant Scie
nce Vol.6 No.3 March 2001 参照）、上記レトロトラン
スポゾンTos17 も、その転移能を利用して遺伝子を破壊
し、その機能を解析することに広く利用されている（上
記文献参照）。

【０００８】

【発明が解決しようとする課題】上記Tos17 は、イネ由
来の活発に転移するＬＴＲ型のレトロトランスポゾンで
あるが、イネ由来のnon-ＬＴＲ型のレトロトランスポゾ
ンの存在についてはよく知られていなかった。

【０００９】文献Mol.Gen.Genet.(1999)261:71-79 に
は、non-ＬＴＲ型に属する複数のＬＩＮＥ様断片をイネ
から単離したことが報告されているが、これらはいずれ
も断片にすぎず、スナップが入ったりフレームが合わな
いなど正確にタンパク質をコードしておらず、機能も未
知のものである。

【００１０】また、上記Tos17 は、組織培養中にのみ転
移し、つまり、組織培養中にそのコピー数を増やし、そ
の後の再分化世代では安定であるが、これに対して、組
織培養等でひとたび活性化されると、その後何世代にも
わたって転移し続けるレトロトランスポゾンがあれば、
遺伝子機能解析のツールとして非常に有用である。

【００１１】本発明は、上記の課題に鑑みなされたもの
であり、その目的は、イネ植物体で活発に転移するＬＩ
ＮＥ型のレトロトランスポゾンを見出すと共に、その利
用方法を提供することにある。

【００１２】

【課題を解決するための手段】本願発明者等は、イネの
突然変異体の解析から、イネ植物体で活発に転移し、産
業上有用な新規なレトロトランスポゾンを見出し、本発
明を完成させるに至った。

【００１３】即ち、本発明に係るレトロトランスポゾン
は、イネから単離されたＬＩＮＥ型のレトロトランスポ
ゾンである。

【００１４】これまでイネなどで報告されている転移活
性を有するレトロトランスポゾンは、すべてＬＴＲ型で
あり、本発明のレトロトランスポゾンはイネなどの植物
ではじめて転移が確認されたＬＴＲを持たない非ＬＴＲ
型のレトロトランスポゾンである。なお、ここで、「Ｌ
ＩＮＥ型」とは、上記文献等に記載されているＬＩＮ
Ｅ型と同じ意味で用いている。

【００１５】本発明のレトロトランスポゾンは、組織培
養などにより活性化されるが、活性化の方法は組織培養
に限定されず、これ以外の方法により活性化できる可能
性もある。組織培養により活性化された場合、本発明の
レトロトランスポゾンは、組織培養後の再分化植物（初
代植物）の後代の植物（その子孫植物）中において転移
する性質を有する。

【００１６】これまで、組織培養などのストレスがレト
ロトランスポゾンの転移を活性化し、再分化植物でコピ
ー数の増加が見られることは知られていたが、再分化当
代（初代植物）後の世代で転移が確認された例はない。
例えば、従来のTos17 は培養中にコピー数を増やすのに
対して、本発明のレトロトランスポゾンは、培養中にお
そらく活性化されるものの、実際に転移が起こるのは後
代の植物中である。したがって、本発明のレトロトラン
スポゾンは、組織培養後の後代の植物体中で活発に転移
することが示された初のレトロトランスポゾンである。

【００１７】そして、本発明のレトロトランスポゾンに
よれば、これを活性化することにより、遺伝子を破壊す
る方法が提供され、この遺伝子破壊方法により作製され
た遺伝子破壊体が提供される。

【００１８】ここで、「遺伝子破壊」とは、本発明のレ
トロトランスポゾンが遺伝子内もしくはその近傍位置に
挿入されるなどして、その遺伝子産物の正常な発現が妨
げられ、またはその発現量が変化することを含む意味で
ある。

【００１９】また、「遺伝子破壊体」とは、イネに限ら
ず、本発明のレトロトランスポゾンにより目的とする任
意の遺伝子が破壊された微生物、動植物細胞、個体とし
ての動植物、およびその組織を含む意義であり、植物お
よびその組織には、プロトプラスト、カルス、再生個体
（初代植物）およびその子孫植物、さらには植物個体か
ら単離された植物組織（根、茎、葉等）および種子等が
含まれ、動植物の種類（対象）は、特に限定されるもの
ではない。

【００２０】イネゲノム解析の進展等に伴い、遺伝子機
能を確実に解析する手法への要求はますます高くなって
いる。トランスポゾンは、遺伝子機能解析において非常
に有効であり、本発明のレトロトランスポゾンは、ゲノ
ム配列決定後のイネ遺伝子の機能解析に代表される種々
の遺伝子機能解析に有効に利用できるものであり、さら
に発展的に遺伝子治療の開発など種々の分野に利用でき
る可能性もある。

【００２１】後述のように、本願発明者等がイネから単
離した本発明に係るレトロトランスポゾンKarma は、配
列番号１で表される配列からなり、配列番号２で表され
るアミノ酸配列をコードする第１のオープンリーディン
グフレーム、および、配列番号３で表されるアミノ酸配
列をコードする第２のオープンリーディングフレームを
有する。

【００２２】また、本発明のレトロトランスポゾンによ
れば、配列番号２で表されるアミノ酸配列からなり、少
なくともその一部が本発明のレトロトランスポゾンの転
写産物のパッケージングに寄与するタンパク質が提供さ
れると共に、このタンパク質をコードするＤＮＡが提供
される。

【００２３】さらに、本発明のレトロトランスポゾンに
よれば、配列番号３で表されるアミノ酸配列からなり、
エンドヌクレアーゼ領域と逆転写酵素領域とを有するタ
ンパク質が提供されると共に、このタンパク質をコード
するＤＮＡが提供される。

【００２４】ここで、上記「タンパク質」は、細胞など
から単離精製された状態であってもよいし、タンパク質
をコードする遺伝子を宿主細胞に導入して、そのタンパ
ク質を細胞内発現させた状態であってもよい。また、本
発明のタンパク質は、付加的なポリペプチドを含むもの
であってもよい。

【００２５】また、上記「ＤＮＡ」とは、２本鎖ＤＮＡ
のみならず、それを構成するセンス鎖およびアンチセン
ス鎖といった各１本鎖ＤＮＡを包含する。また、上記
「ＤＮＡ」は、本発明のタンパク質をコードする配列以
外に、ベクター配列（発現ベクター配列を含む）などの
配列を含むものであってもよい。例えば、本発明のタン
パク質をコードする配列をベクター配列につないで本発
明のＤＮＡを構成し、これを適当な宿主で増幅させるこ
とにより、本発明のＤＮＡを所望に増幅させることがで
きる。

【００２６】同様に、本発明のレトロトランスポゾン
は、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成するセンス鎖
およびアンチセンス鎖といった各１本鎖ＤＮＡを包含す
る。また、本発明のレトロトランスポゾンは、ベクター
配列などの他の配列を含むものであってもよい。

【００２７】

【発明の実施の形態】本発明の実施の一形態について図
面に基づいて説明すれば、以下のとおりである。

【００２８】（１）本発明に係るレトロトランスポゾン
Karma の構造 本願発明者等は、後述の実施例においても詳述するよう
に、イネの突然変異体の解析から、イネ植物体で活発に
転移するレトロトランスポゾンKarma を単離し、その塩
基配列を決定した。決定した塩基配列は、配列番号１に
示される配列（図１〜３にも同配列を示す）である。ま
た、解析の結果、上記レトロトランスポゾンKarma が転
写された一つのＲＮＡからは、二つのオープンリーディ
ングフレーム（ＯＲＦ）がつくられることがわかった。
二つのＯＲＦのうち、第一のオープンリーディングフレ
ーム（ＯＲＦ１）がコードするアミノ酸配列は、配列番
号２に示される配列（図４にも同配列を各アミノ酸１文
字表記の形で示す）であり、第二のオープンリーディン
グフレーム（ＯＲＦ２）がコードするアミノ酸配列は、
配列番号３に示される配列（図５にも同配列を各アミノ
酸１文字表記の形で示す）である。

【００２９】図６および図７には、解析の結果明らかに
なった上記レトロトランスポゾンKarma の模式的構成が
示される。レトロトランスポゾンKarma は、７０８４ｂ
ｐからなり、上記ＯＲＦ１に対応するｇａｇ様遺伝子
と、上記ＯＲＦ２に対応するｐｏｌ遺伝子とを持つ。ｇ
ａｇ様遺伝子は、ＬＴＲ型のｇａｇタンパク質と相同性
の高い領域を持つｇａｇ様タンパク質をコードし、ｐｏ
ｌ遺伝子は少なくともエンドヌクレアーゼおよび逆転写
酵素をコードするものと考えられる。また、上記ＯＲＦ
１の＋３０ｂｐに位置し、ＧＣＧＧＴＧＧの配列からな
るプロモーターを有する。このレトロトランスポゾンKa
rma のプロモーターは、DrosophilaやLiliumのＬＩＮＥ
型のプロモーターで保存されているＧＡＣＧＴＧＰｙの
配列モチーフに類似するものである。

【００３０】上記ＯＲＦ１がコードする計１１３８個の
アミノ酸からなるタンパク質は、上記ｇａｇ様タンパク
質と考えられ、このうち、ＬＴＲ型のｇａｇタンパク質
と特に相同性の高いｇａｇ領域（アミノ酸配列では２８
２番目〜３２８番目、塩基配列では８４５番目〜９８５
番目に相当) は、核酸との結合に関係するＣＸ２ＣＸ４
ＨＸ４Ｃのシステインモチーフ（ＣＦＲＣＬＧＳＤＨＱ
ＶＫＤＣ）を含んでいる。このシステインモチーフは、
ＬＩＮＥ型のＯＲＦ１で良好に保存されており、また、
ＬＴＲ型のレトロトランスポゾン、レトロウイルス、カ
リモウイルスのｇａｇタンパク質でも良好に保存されて
いる。上記ｇａｇ様タンパク質は、少なくともその一部
が、レトロトランスポゾンのカプシド化（capsidation
）、つまり、レトロトランスポゾンKarma の転写産物
をパッケージングし、ウイルス様粒子(VLP) を形成する
際に寄与するものと考えられる。

【００３１】上記ＯＲＦ２がコードする計１１４６個の
アミノ酸からなるタンパク質は、エンドヌクレアーゼ領
域（アミノ酸配列では１４番目〜１５２番目、塩基配列
では３４４２番目〜３８５８番目に相当) と、逆転写酵
素領域（アミノ酸配列では４６２番目〜７６２番目、塩
基配列では４７８６番目〜５６８８番目に相当) とを有
する。エンドヌクレアーゼ領域は、すべてのＬＩＮＥ型
で良好に保存されており、このエンドヌクレアーゼは、
本発明に係るレトロトランスポゾンKarma がゲノムＤＮ
Ａに組み込まれる際の標的ＤＮＡの開裂に関係すると考
えられる。逆転写酵素領域は、すべてのＬＩＮＥ型のＯ
ＲＦ２で良好に保存されている７つのドメインからな
り、挿入（インテグレーション）時における核酸との結
合に関係するＣＸ1-3 ＣＸ7-8 ＨＸ４のシステインモチ
ーフ（ＣＤＩＣＳＴＴＤＥＴＡＤＨＬＳＦＮ）を含んで
いる。この逆転写酵素は、本発明に係るレトロトランス
ポゾンKarma の転写産物からＤＮＡへの逆転写に関係す
ると考えられる。

【００３２】上記レトロトランスポゾンKarma は、イネ
第７染色体上に存在し、後述の実施例においても詳述す
るように、野生型イネには２コピー存在しているが、組
織培養などにより活性化され、再分化植物の後代で転移
する。その結果、再分化植物の後代で上記レトロトラン
スポゾンKarma のコピー数が増加する。一旦、転移能が
活性化された後は、上記レトロトランスポゾンKarma の
転移活性は消失せず、再分化後自殖を繰り返した植物に
おいても転移活性が維持され、コピー数が増加し続け
る。

【００３３】上記レトロトランスポゾンKarma の場合、
再分化植物７〜８世代目でも転移が観察されている。し
たがって、上記レトロトランスポゾンKarma は、ひとた
び活性化されると、後はただ育てているだけで転移し続
けるということができ、予備的な実験の結果では、１コ
ピー／１世代程度に増えることが確認されている。

【００３４】上記レトロトランスポゾンKarma は、組織
培養により活性化されるまでは、過去何千年もサイレン
トだったものと推定されるが、このような特徴を有する
レトロトランスポゾンKarma は、単に現象が面白いとい
うだけではなく、後述のように、遺伝子機能解析のツー
ルとしても高い有用性を有するものである。

【００３５】（２）レトロトランスポゾンKarma の取得
方法、その活性化方法 上記レトロトランスポゾンKarma を取得する方法は、後
述の実施例に記載の方法に限定されず、得られた配列情
報等に基づいて種々の方法により、上記レトロトランス
ポゾンKarma を含むＤＮＡ断片を単離し、クローニング
することができる。例えば、上記レトロトランスポゾン
Karma （またはその近傍領域）の塩基配列と特異的にハ
イブリダイズするプローブを調製し、イネのゲノムＤＮ
Ａライブラリーをスクリーニングすればよい。このよう
なプローブとしては、上記レトロトランスポゾンKarma
（またはその近傍領域）の塩基配列またはその相補配列
の少なくとも一部に特異的にハイブリダイズするプロー
ブであれば、いずれの配列・長さのものを用いてもよ
い。また、上記スクリーニングにおける各ステップにつ
いては、通常用いられる条件の下で行えばよい。

【００３６】上記スクリーニングによって得られたクロ
ーンは、制限酵素地図の作成およびその塩基配列決定
（シークエンシング）によって、さらに詳しく解析する
ことができる。これらの解析によって、本発明に係るレ
トロトランスポゾンKarma を含むＤＮＡ断片を取得した
か容易に確認することができる。

【００３７】また、上記プローブの配列を、ＬＩＮＥ型
のレトロトランスポゾンで良好に保存されている領域
（例えば、図６に示されるエンドヌクレアーゼ領域）の
中から選択し、イネのゲノムＤＮＡライブラリーをスク
リーニングすれば、上記レトロトランスポゾンKarma 以
外のＬＩＮＥ型のレトロトランスポゾンをイネから単離
できる可能性がある。

【００３８】上記レトロトランスポゾンKarma を活性化
する方法は特に限定されるものではなく、組織培養によ
り活性化する場合の組織培養の条件、組織培養に供され
る組織についても特に限定されるものではないが、後述
の実施例において活性化のために行った組織培養の条件
は、以下のステップ１〜３のとおりである。

【００３９】ステップ１ イネ完熟種子を滅菌後、植物ホルモンであるオーキシン
を含む下記培地で約１カ月培養する。培養温度は２８
〜３０℃である（下記ステップ２・３でも同じ温度範囲
に設定した）。培地 ＭＳ培地あるいはＲ２培地 ３％ショ糖 ４ｍｇ／ｌ 2,4-D （オーキシン） ０．８％アガロース ステップ２ 完熟種子から形成されたカルスを液体培地（下記培地
）で２〜３カ月培養する。この間、１０日から２週間
に一度、新しい培地に植え替える。定した）。培地 ＭＳ培地あるいはＲ２培地 ３％ショ糖 ４ｍｇ／ｌ 2,4-D （オーキシン） ステップ３ 下記培地でカルスから植物体を再分化させる。培地 Ｒ２培地 ３％ショ糖、３％ソルビトール １％アガロース 組織培養以外に上記レトロトランスポゾンKarma を活性
化する方法としては、高温、低温、乾燥、ＵＶ照射、変
異原物質の使用など極端なストレスを与えることで転移
を活性化する方法が考えられる。

【００４０】（３）レトロトランスポゾンKarma の利用
方法（遺伝子破壊体の作製方法） 他のトランスポゾンであるＡｃやTos17 などを利用した
遺伝子破壊体の解析と同様に、既知の配列を持つプライ
マーと上記レトロトランスポゾンKarma 中の配列から選
ばれたプライマーとを用いてPCR を行うことにより、既
知の遺伝子配列に上記レトロトランスポゾンKarma が挿
入している（つまり、その遺伝子機能が破壊されている
可能性が高い）植物体を同定することができる。

【００４１】多数の植物体からＤＮＡを単離し、それら
を３次元的にプールして多数の個体の効率的なスクリー
ニングを行うシステムを作ることもできる（例えば、
「植物のゲノム研究プロトコール」秀潤社73-81 頁参
照）。

【００４２】ＤＮＡ型トランスポゾンであるＡｃと比較
すると、レトロトランスポゾンは一般に転移先のゲノム
で安定に維持されるため、すべての転移を解析対象とで
きる利点がある。また、同じイネのレトロトランスポゾ
ンであり遺伝子機能解析に利用されているTos17 やタバ
コのレトロトランスポゾンTto が組織培養中にのみ転移
する（＝その後の再分化世代では安定）のに対して、今
回発見した上記レトロトランスポゾンKarma は、組織培
養に由来する系統であれば再分化後代でも転移を続ける
（後述のように、現在再分化後７世代目でも転移してい
ることが確認されている）ため、少数の再分化個体を作
製し、その後代を育成することにより容易に解析個体の
集団規模を拡大することができる。

【００４３】組織培養からの再分化植物の後代を何世代
にもわたり育成し、新たな突然変異体（遺伝子破壊体）
が出現すれば、その変異は上記レトロトランスポゾンKa
rmaにより引き起こされている可能性が高い。したがっ
て、レトロトランスポゾンKarma を用いて原因遺伝子を
単離することができる。このように、突然変異体のスク
リーニングを何世代にもわたり行える点が、従来のレト
ロトランスポゾンとは大きく異なる上記レトロトランス
ポゾンKarma の利点である。

【００４４】つまり、上記レトロトランスポゾンKarma
の場合は、少数の再分化植物からスタートして、それら
の後代を増殖させることによって、上記レトロトランス
ポゾンKarma の挿入により引き起こされた種々の遺伝子
破壊体（突然変異体）が得られることとなり、大規模な
プールを比較的容易に作製できるという利点がある。

【００４５】また、上記レトロトランスポゾンKarma を
イネ以外の植物に導入することにより、他の植物におい
ても遺伝子機能解析に用いることができる。特に、組織
培養や培養からの再分化が困難な植物種であっても、最
低１個体のレトロトランスポゾンKarma 導入植物を作製
するだけで、その個体からスタートることにより、理論
的には無限の規模のタグ集団を作ることができるため、
その利点は大きい。

【００４６】さらに、前述のように、上記レトロトラン
スポゾンKarma の配列情報からプローブを調製しスクリ
ーニングを行うことにより、他種の植物から転移活性を
もつＬＩＮＥ型のレトロトランスポゾンを単離すること
ができる。イネ以外の植物種においても内在性の転移活
性をもつＬＩＮＥ型のレトロトランスポゾンを見出すこ
とができれば、これらのレトロトランスポゾンをその植
物種の遺伝子機能解析に用いることができる。

【００４７】現在解析中であるが、上記レトロトランス
ポゾンKarma の転写は、組織特異的、あるいは成長時期
特異的に起こると考えられる。したがって、レトロトラ
ンスポゾンKarma のプロモーターは、組織特異的（ある
いは成長時期特異的）な遺伝子発現に利用できる可能性
がある。

【００４８】

【実施例】以下、本発明の実施例について説明するが、
本発明は、これに限定されるものではない。

【００４９】（Ａ）レトロトランスポゾンKarma の取得 本願発明者等は、トランスポゾンＡｃによる突然変異体
fzp-k と同様の表現型を示す変異体fzp-m を得た。そし
て、Ａｃが挿入しているゲノム領域(Ac-FZP)をＡｃの塩
基配列を利用したインバースPCR により取得した。さら
に、上記変異体fzp-m のサザン解析を行ったところ、fz
p-m 系統においても、fzp-k 系統でＡｃが挿入している
ゲノム領域に何らかの配列が挿入されていることが判明
した。しかしながら、ＡｃおよびAc-FZPをプローブとし
たサザン解析の結果を比較することにより、fzp-m にお
いて、Ac-FZP領域に挿入されているのはＡｃでないこと
が分かった。既にAc-FZP領域の塩基配列は決定済みであ
ったので、この配列情報を用いてfzp-m に挿入されてい
る配列をfzp-m のゲノムＤＮＡを鋳型としたPCR により
増幅した。

【００５０】上記増幅されたＤＮＡ断片をプロメガ社TA
クローニングキットを利用してプラスミド(pGEM-T)にク
ローニングし、塩基配列を決定した。さらに、このＤＮ
Ａ断片をプローブとしてイネゲノムライブラリーをスク
リーニングし、約１０kbのゲノム領域を得た。このゲノ
ム領域に上記レトロトランスポゾンKarma が含まれてお
り、その塩基配列等の解析を行った。塩基配列の決定に
はABI 社Dye-terminatorシークエンシングキット、ABI
社シークエンサー301 を用いた。塩基配列、アミノ酸配
列の解析は、アメリカNCBIが提供するBLAST サーチによ
り行った。

【００５１】（Ｂ）レトロトランスポゾンKarma の構造
と保存領域 図６は、クローニングされた上記レトロトランスポゾン
Karma の構造を模式的に示すと共に、このレトロトラン
スポゾンKarma がコードするエンドヌクレアーゼ領域の
アミノ酸配列（OsLINE EN ）を他のクローン（RILN1, R
ILN6, RILN12)と共に整列化してこれら配列の相同性を
比較した図である。これらのコンセンサス配列（Consen
sus ）も最下段に示される。

【００５２】なお、上記各クローン（RILN1, RILN6, RI
LN12) は、その配列からイネのＬＩＮＥ型レトロトラン
スポゾンと予想されるものの、全長ではなく断片であ
り、また、タンパク質の全部をコードしておらず、機能
も未知である。

【００５３】同図において、「ｇａｇ」はｇａｇ様タン
パク質がコードされている領域（gag-like domain)を、
「ｅｎ」はエンドヌクレアーゼがコードされている領域
を、「ｒｔ」は逆転写酵素がコードされている領域をそ
れぞれ示す。また、両端の三角印は標的部位の重複部
（target site duplication ）を、★印は多くのＬＩＮ
Ｅ型レトロトランスポゾンで保存されている部位を、斜
線領域は前述のシステインを含むモチーフをそれぞれ示
す。

【００５４】（Ｃ）野生型におけるレトロトランスポゾ
ンKarma のコピー数の検討 図７は、野生型のノトヒカリの葉から抽出したゲノムＤ
ＮＡにおいて、上記レトロトランスポゾンKarma のコピ
ー数がいくつあるかをサザンブロット法により解析した
結果を示す図である。また、同図には、上記レトロトラ
ンスポゾンKarma の模式的構造と共に、その塩基配列中
における４種の制限酵素（BamH1(B), EcoR1(EI), EcoRV
(EV), HindIII(H)) の切断部位がそれぞれ示される。

【００５５】サザンブロット解析では、上記ゲノムＤＮ
Ａをそれぞれ上記４種の制限酵素で消化し、得られた各
サンプルを電気泳動後、ハイブリダイゼーションを行っ
た。プローブには、同図に示されるように第２６１１位
〜第４５４９位の範囲内のＤＮＡ配列を用い、６５℃、
１６時間でハイブリダイゼーションを行った。その後、
室温にて２×ＳＳＣ，０．１％ＳＤＳで６回洗浄し、さ
らに、６５℃にて０．１×ＳＳＣ，０．１％ＳＤＳで１
５分洗浄した。その結果を図７左側に示す。同図に示す
ように、野生型植物は、上記レトロトランスポゾンKarm
a を２コピー持っていることが分かる。

【００５６】図８は、組織培養物において、上記レトロ
トランスポゾンKarma のコピー数がいくつあるかをサザ
ンブロット法により解析した結果を示す図である。試料
には、野生型のcv.Kinmaze（ジャポニカ）の葉（Ｌ）、
５月齢（５ｍ）、２年齢（２ｙ）、４年齢（４ｙ）のKi
nmaze の培養細胞、および C5924（インディカ）のＯｃ
細胞を用い、各試料から抽出したゲノムＤＮＡをそれぞ
れ制限酵素EcoRV で消化し、得られた各サンプルを電気
泳動後、ハイブリダイゼーションを行った。プローブお
よびハイブリダイゼーションの条件は上記と同様であ
る。上記Ｏｃ細胞は２０年以上培養されているcell lin
e であるが、同図に示すように、組織培養のみでは、４
年経っても、それ以上でも、上記レトロトランスポゾン
Karma は転移しない（つまり、コピー数が増加しない）
ことが分かる。

【００５７】（Ｄ）後代の植物体中におけるレトロトラ
ンスポゾンKarma のコピー数の増加 図９は、上記レトロトランスポゾンKarma が組織培養に
より活性化された後、その子孫植物の連続する２世代を
通じて、上記レトロトランスポゾンKarma のコピー数が
どのように増加しているかを解析した結果を示す図であ
る。

【００５８】同図において、「parental」は再分化後７
世代目の形質転換植物であり、35-6-3-3と59-8-8との２
系統が示される。「progeny 」はその子供であり、35-6
-3-3に対しては１〜４の４サンプル、59-8-8に対しては
１〜６の６サンプルが示される。「ＷＴ」は形質転換さ
れていない品種トリデの葉である。各試料から抽出した
ゲノムＤＮＡをそれぞれ上記と同様に電気泳動後、ハイ
ブリダイゼーションを行った。プローブおよびハイブリ
ダイゼーションの条件は上記と同様である。

【００５９】同図に示すように、同図右から２レーン目
に示されるＷＴでは、上記レトロトランスポゾンKarma
のコピー数が２コピーであるが、再分化後７世代目のpa
rentalでは７〜８コピーになっていること、１世代経る
ことで、さらに転移が起こっていること（つまり、親に
はないバンドがprogeny に出現していること）が分か
る。

【００６０】また、ここに示した２つの系統で、親のバ
ンドは子孫に安定に伝わっており、一旦転移したバンド
は安定に子孫に伝わるものと考えられる。

【００６１】このように、上記レトロトランスポゾンKa
rma については、転移に必要な何らかの活性化は組織培
養中に起こるが、実際の転移には減数分裂を経ることが
必要なのではないかと考えられる。これはおそらく、上
記レトロトランスポゾンKarma の転写がmeiosis-specif
icなためと推測される。

【００６２】

【発明の効果】本発明に係るレトロトランスポゾンは、
以上のように、イネから単離されたＬＩＮＥ型のレトロ
トランスポゾンであり、組織培養により活性化された場
合、組織培養後の再分化植物（初代植物）の後代の植物
（その子孫植物）中において転移する性質を有する。

【００６３】それゆえ、本発明のレトロトランスポゾン
は、組織培養等でひとたび活性化されると、その後何世
代にもわたって転移し続けるため、イネ遺伝子の機能解
析に代表される種々の遺伝子機能解析に有効に利用でき
る、という効果を奏する。

【００６４】

【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> Japan Science and Technology Corporation <120> イネ植物体で活発に転移するＬＩＮＥ型のレトロトランスポゾン、及びそ の利用 <130> A182P13 <160> 3 <170> PatentIn Ver. 2.1 <210> 1 <211> 7084 <212> DNA <213> Oryzae Sativa <400> 1 tctccagttg gtgaataggg aaacgtggcg cggtgggatg agagggcgag gcgagagggg 60 cgacctggct ggcgacgggc cgaccaccgc ggctgtcacc tccggcggcc gctccagtgc 120 cctcaccatt gacttgccgc ctctcctccc ttctccggca ggtatctcca agctgcgcct 180 cccttctcca gcccgggctc ttaacctctc tcaagttcga ccaggtgaag ctttccaaaa 240 cctcatcctt catctcttcc actgccctgt tacccctatc gccactaccc ttggcccgtc 300 aaaaatcatc ccaactccta tttggctttg cgctgctccc tctaagccgc tcaactcgct 360 ctatgtcaaa aatgctctta atttctggtt cagttcttcg ttttcgtctt tctctgtttc 420 ctctttgggt tttggtttgt ttctttcaca tgttgcgaac aaagatgtgg ctacctcgtt 480 gtttcttgcg ggttcgtctg ttcttaagtc tgctggtttg tccatccatt tgaccaaaga 540 ttcagctgca aaggatattc aagaaaatgt tacccggttc ttggttcagt ttgaaggcag 600 ttcgtccgtt ccctctctgg tgggtgaaaa agttgttccc gcgcttcaaa cagttaagcc 660 agcctttact gcaacgtcac gtcatattgg atgctcccaa caatccagca agacctctac 720 cccctctgtg ccgacaggcc ctgcattgaa gtctgtttac tgccctgtaa caaactcctt 780 cagagacgct ctcctctcac agccaaaacc taaacccccc gctcgctcag ccacttctcg 840 ccttcctagc aggggcagaa aaaacctcac catgctcaac cgatgctttc gctgccttgg 900 ttctgatcat caggtcaaag attgccggga tcccttgatt tgcgcatcct gccgtcgagc 960 aggtcacagg caagattctt gccggtcatc tatggcttcc aacatctccc ctcgccgctc 1020 atcttcctcc ttccacccat ccacagcaaa ctccacctcc cgcttcacta cccgctgggt 1080 caggcgtgct ctaaacactc cagccccacc tccgcctcgc ttacctactg ccccataccc 1140 tcgatccaac cacagctccc cccctccaga taacctagcc attgttcctt atgttcctcc 1200 tctgactcat gtggatgcgc agctggaaga tgtgattgcc atgttggaga gcagtctttg 1260 ttcctctccg gtcagatctg ttactgctgg acctctggtc cccatggagg ttagtgagaa 1320 tgcggtcact tcttctgttg cttctccttt accggacgta agaaatgccc tagtctgtgt 1380 gcaagatagt tcaatctcag tggctgcctt agttccagtt cttgcatgtg ctgttaatga 1440 tctagagact gtctcaactg aagtggtacc tgcgactgtt tccttggtgt ctgttatgcc 1500 tacaagagct gctgcggttg ctgaagttgc tcatgctact gttgagtccg ttgttgttcc 1560 gtcctctgtc agcgaagatc tctcgccagc ggtcaacctt agcagtatgc cacctcgtct 1620 cagatgcaag aataaaggtt tcctcgcttg gtacggcgcc tgtccatctt cgaggcagcc 1680 aagctcggtc cccccacagg aacctaggga tatcttcgtc tgttcggaac agttgtctgc 1740 caacccaatt ctgtctccac ctcaggatcc tgatagcacg agatcgccac ctccgacatt 1800 gagtggcccc tcagctgctg agcaaatcag aagagctcta gcaggtctaa gtccagaagg 1860 atctattcac tctgcttcac tctctccagg tcgggtgcca gtcattactt ccaatgacac 1920 tactgctgcg caggactttg cttttgggga accagatcca gttaacatat caggagacag 1980 tgacgatgat attcttgata tctttatccc ctttgttgac atgagagtaa ctgctcatta 2040 cgccactgct tatgttaccc ctccatgtga atgccctggc agagtaattc gaaaagcaat 2100 gcaggatgct caccctcgtt ttcagttcac tctcatctca gcttgtagag gtgcaatgac 2160 tctaagattt attcacagtc aggacagaga ctttgcagtt gatcaccagg agaatcttac 2220 agctgaaggc cacttggtta ggcttgaacg gcctgaggac agtgcggctc gcttcattca 2280 acacaacact atgctgtccg aactagactg tattgacttc ccgccagaga tgttgttccc 2340 taacaagata agaaatgctt ttgaaaatta cggcgagctg atggaagtag atgatcaatg 2400 cctctatggg gacgaacaat cctctctgcg tcttgttgtt ctgcactatc ctggcaagag 2460 gatgagccct agatttcggc tgcgctacaa tttggggatt gtctgcactg tctatgtcag 2520 ggttctaaga acatgggagc tggccatgaa cgtggatgaa gatggaaatt acattaagca 2580 ttatgaacag tttctattcc ctcatcagtt ggatcctccc cgttcaggac caactgttgg 2640 accagaggca gagttggaca acttgaatca ggctccttca aatcaaatct ctaacaacca 2700 aggacttcag aacaggggaa gattgcttgc gattctgcct gcagctagca ctgtcttcat 2760 tgaggaaatc tctgatacac ctgaaatttt tgtccctccg tcaatccatt ctgctccctc 2820 cagtatccat gactgcctcc aggacctcgt gccctcagat actgaaaatg aacatgagct 2880 ttcagcccgg aaacgcagaa ggcagaagaa acggacaatt gattcagatg tcaagaggcg 2940 atatagcgaa agactggcgg ccaaagaagg acatttgtac atttcgatgg aatccaaagc 3000 agccagagcg aaaaaactaa aggaacaact tgccaaatgc tcatccaaac tcaatgacgc 3060 ggtacacaag cacaatctgc tcgaccttaa cttcaagact actccgaaag cgttggaaga 3120 tctggctatt gcttgcagtt tgaatgatca cgatattgcc cagcttcgaa ggtgttctcg 3180 tcagtggact gatggtgatc aataccctca atgggatgga caagcccacc gcatgcgtct 3240 gcttctctcc ctttgttatg ttctttcagc tcttcttcag ttctctagtg tcttctctcc 3300 cttcgttatg ttctctttca gtctatttac tccatgtaag ctggattatg tgatgctgtg 3360 gccttttgct cttgggtctg ccatgtgcta tttcggtgaa cctattatta tttcatgaat 3420 cgttctttct ctgttctttg ctggaatgtt cgtggtttgg gcgacaaaaa caagtgtgac 3480 attgtgaaaa attcgatttc agattgcaac ccgtcttttg ttctccttca ggaaactaaa 3540 cttcaaaaca tcccacctga aaaagcaaaa actattctac ctcctaacct cgctaattat 3600 gattttgtgg gttcttatgg ctctagaggg ggcatgctta ctgcctggaa tgctgacttt 3660 acaaaaactt ctttcatctc cagacacttc tcgctgacaa tctccttcac ctcaaccttc 3720 acagacctgt ccttttcttt aaccaacatc tatgggccag ccgagcttga tcaaaaacaa 3780 gacttccttc atgagctttt agaaatagat cccctaatcc agggccctag acttctcata 3840 ggagacttca accttactag atccccttcc gacaaggact cccaaaactt ttcaactggt 3900 cttgcagctg ctttcaacca aacaataaac tccctaagcc tgtttgaatt accacttcca 3960 gacagactat acacctggtc gaacaaaaga gaagttccag tcctggcaag gctagaccga 4020 gctttcttca acaatgctgg aacaacaccc tcccaaacac ctcctttttc ttgcactaga 4080 accacctctg accatgttcc acttcttctc actgcttcta cttccattcc aaaatcgaaa 4140 actttccgct ttgagaatca tcttttgctg gaccgagatt ttcttccttc agtcatgcac 4200 aggtggccac aacagctcaa tatgaatgat ccggctgctt gccttgctgc caagctaaaa 4260 cagacaagat ctatcatcaa agtttggatg aaagaacaca ggaaacgtag ttctctcaat 4320 gaagactgta agttcacaat tgatctcctc gactatattg aagaactcag acctttgaat 4380 gatggggaac gctgcctaag aaatcttgta caggagaaat tgtttcaggc catccaaagc 4440 aaggttgcat actggaaaca aaggggaaag gtcaagcggc taaagattgg aattgacaat 4500 tcggcattct tcaaggctca tgcatcaaaa aattacagga attcaaggat cagatcaatc 4560 aagcacaatg gggcagaaat tgcagatcac aatggaaaag ctctgcttcc gcactccttc 4620 ttccaacatt ttctagggtc cgactgtcag ccgttgtggg acttcgatct gtcaacacta 4680 tactcagaag atgaacgaga ctataatctt ttggcttcgc aaggattgca attttctacg 4740 gaagagataa taacatcaat taaaggcatg aactccaaca gtgcaccggg accggatggt 4800 ttcggaccaa gcttctacaa ttcagcttgg aattctataa aggaggatat tatcaagctg 4860 gctgcgagtt tctgctcaaa ttcagtccaa ctggaaagaa ttaacagagc tcacattgtt 4920 ctaattccaa aacctggcaa ggagaataca gtagatggct atcgaccaat ctccctccaa 4980 aactgctcag taaaaattct ttcaaaggtt ttggcaaata ggcttcaaaa agttctgaca 5040 agaatgattc atctggacca gacaggcttc cttaaaggta gatgcatctc tgaaaattta 5100 atttatgcca ctgaactgat acaagcgtgc catgcaagga aatgcaagac cctcattatc 5160 aagttagatt ttgctaaagc tttcgattca gttctctgga cgagcctgtt ccaaaccttg 5220 gctgtccggg ggtttccaaa caattggatt tcttggatca aaagcctact tcaaacatca 5280 aagtcggcag tgcttcttaa tggaattcca ggaaaatgga ttaactgcaa aaaagggctt 5340 cgccagggag accccttatc tccttattta tttattctag tggcagatgt gctgcaacga 5400 ctgctggaga aaaacttcca gattcggcac cctatctatc aggacagacc acgtgcgacc 5460 attcagtacg ccgatgacac gctggtgata tgccgagcag aggaggatga tgttcttgct 5520 cttagatcga ccttgctgca attctccaaa gccacaggat tacaaaccaa ctttgccaaa 5580 agtacaatga tctcccttca tatcgaccgt tcaaaggaat cgtcattgtc ggaattgcta 5640 cagtgcaagc tggaatcgct tccaatgtct tacttgggcc tacctctatc cttgcataaa 5700 ctcaccaaca atgatctaca accaattgtg gtcaaagtgg atagttttct tacaggctgg 5760 gaggcatctc tactttcaca ggccgaacgc ctaatcctag ttaatgcagt gctaagcagt 5820 gttccagttt atgcaatgtc cgcgttcaaa ctcccaccaa aggtaataga agcaattgat 5880 aaacggcgac gagccttttt ttggaccggt gatgacacct gctccggagc aaagtgttta 5940 gtggcctggg atgaggtttg taccgcaaaa gaaaagggag gactaggaat caaaagttta 6000 aagactcaaa atgaagctct tcttctcaaa agacttttca accttttctc agataattcc 6060 tcctggacta attggatttg gaaagaattt ggtggaagat cactattaaa atctctaccg 6120 ttaggtcaac actggagtgt ctttcagaaa ctgctgccag agcttttcaa gataactacg 6180 gtgcacattg gggacggctc gagaacatcc ttttggcatg atcgctggac tggcaatatg 6240 actcttgcag cacagtttga atctctcttc tcgcattcaa ctgacgactt agccactgtt 6300 gagcaaattt tatccttcgg aatttacgat attctcaccc ctaggctttc atctgcagcg 6360 caaaacgacc tacaagaact gcaaaccatt cttcagaatt tttccttgac aaatgaatcg 6420 gatactcggc tcaacaatcg ccttggcaat ttaacaacca agacaatcta tgatttaagg 6480 tctccgcctg gctttccttc accaaattgg aaattcattt gggactgcag aatgccatta 6540 aagatcaagc tctttgcttg gcttctagtc agagatcgac tgtccacaaa attgaatctc 6600 ttgaaaaaga aaatagtaca gacagcaacc tgtgacatat gcagcaccac tgatgaaaca 6660 gcagatcacc tcagcttcaa ctgccctttt gctatcagtt tctggcaagc acttcatatc 6720 caaccgatca tcaatgagac taagtacctg tcccaactaa aggcaccagc aagtatccca 6780 acaagacatt ttcagagttt cttcatgctt ctgcttttgg gtcctgtgga accacaggca 6840 tgatgttgta ttccgaggaa gaccaccttc aattgcttca tgcttgcaac gcggaatttc 6900 ggaatcctcc ctatgggctg aaacttttac acctgatgat agatttgtaa tagatgtttg 6960 gaaaggtgtt ttctcttcta gtctacagac tcttcatccg atgcaataag acatttcttc 7020 ctcaattaat gcaatgacaa ttcaggtggg gaacctctcc cccccggtga gttagtcaaa 7080 aaaa 7084 <210> 2 <211> 1138 <212> PRT <213> Oryzae Sativa <400> 2 Leu Gln Leu Val Asn Arg Glu Thr Trp Arg Gly Gly Met Arg Gly Arg 1 5 10 15 Gly Glu Arg Gly Asp Leu Ala Gly Asp Gly Pro Thr Thr Ala Ala Val 20 25 30 Thr Ser Gly Gly Arg Ser Ser Ala Leu Thr Ile Asp Leu Pro Pro Leu 35 40 45 Leu Pro Ser Pro Ala Gly Ile Ser Lys Leu Arg Leu Pro Ser Pro Ala 50 55 60 Arg Ala Leu Asn Leu Ser Gln Val Arg Pro Gly Glu Ala Phe Gln Asn 65 70 75 80 Leu Ile Leu His Leu Phe His Cys Pro Val Thr Pro Ile Ala Thr Thr 85 90 95 Leu Gly Pro Ser Lys Ile Ile Pro Thr Pro Ile Trp Leu Cys Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Lys Pro Leu Asn Ser Leu Tyr Val Lys Asn Ala Leu Asn Phe 115 120 125 Trp Phe Ser Ser Ser Phe Ser Ser Phe Ser Val Ser Ser Leu Gly Phe 130 135 140 Gly Leu Phe Leu Ser His Val Ala Asn Lys Asp Val Ala Thr Ser Leu 145 150 155 160 Phe Leu Ala Gly Ser Ser Val Leu Lys Ser Ala Gly Leu Ser Ile His 165 170 175 Leu Thr Lys Asp Ser Ala Ala Lys Asp Ile Gln Glu Asn Val Thr Arg 180 185 190 Phe Leu Val Gln Phe Glu Gly Ser Ser Ser Val Pro Ser Leu Val Gly 195 200 205 Glu Lys Val Val Pro Ala Leu Gln Thr Val Lys Pro Ala Phe Thr Ala 210 215 220 Thr Ser Arg His Ile Gly Cys Ser Gln Gln Ser Ser Lys Thr Ser Thr 225 230 235 240 Pro Ser Val Pro Thr Gly Pro Ala Leu Lys Ser Val Tyr Cys Pro Val 245 250 255 Thr Asn Ser Phe Arg Asp Ala Leu Leu Ser Gln Pro Lys Pro Lys Pro 260 265 270 Pro Ala Arg Ser Ala Thr Ser Arg Leu Pro Ser Arg Gly Arg Lys Asn 275 280 285 Leu Thr Met Leu Asn Arg Cys Phe Arg Cys Leu Gly Ser Asp His Gln 290 295 300 Val Lys Asp Cys Arg Asp Pro Leu Ile Cys Ala Ser Cys Arg Arg Ala 305 310 315 320 Gly His Arg Gln Asp Ser Cys Arg Ser Ser Met Ala Ser Asn Ile Ser 325 330 335 Pro Arg Arg Ser Ser Ser Ser Phe His Pro Ser Thr Ala Asn Ser Thr 340 345 350 Ser Arg Phe Thr Thr Arg Trp Val Arg Arg Ala Leu Asn Thr Pro Ala 355 360 365 Pro Pro Pro Pro Arg Leu Pro Thr Ala Pro Tyr Pro Arg Ser Asn His 370 375 380 Ser Ser Pro Pro Pro Asp Asn Leu Ala Ile Val Pro Tyr Val Pro Pro 385 390 395 400 Leu Thr His Val Asp Ala Gln Leu Glu Asp Val Ile Ala Met Leu Glu 405 410 415 Ser Ser Leu Cys Ser Ser Pro Val Arg Ser Val Thr Ala Gly Pro Leu 420 425 430 Val Pro Met Glu Val Ser Glu Asn Ala Val Thr Ser Ser Val Ala Ser 435 440 445 Pro Leu Pro Asp Val Arg Asn Ala Leu Val Cys Val Gln Asp Ser Ser 450 455 460 Ile Ser Val Ala Ala Leu Val Pro Val Leu Ala Cys Ala Val Asn Asp 465 470 475 480 Leu Glu Thr Val Ser Thr Glu Val Val Pro Ala Thr Val Ser Leu Val 485 490 495 Ser Val Met Pro Thr Arg Ala Ala Ala Val Ala Glu Val Ala His Ala 500 505 510 Thr Val Glu Ser Val Val Val Pro Ser Ser Val Ser Glu Asp Leu Ser 515 520 525 Pro Ala Val Asn Leu Ser Ser Met Pro Pro Arg Leu Arg Cys Lys Asn 530 535 540 Lys Gly Phe Leu Ala Trp Tyr Gly Ala Cys Pro Ser Ser Arg Gln Pro 545 550 555 560 Ser Ser Val Pro Pro Gln Glu Pro Arg Asp Ile Phe Val Cys Ser Glu 565 570 575 Gln Leu Ser Ala Asn Pro Ile Leu Ser Pro Pro Gln Asp Pro Asp Ser 580 585 590 Thr Arg Ser Pro Pro Pro Thr Leu Ser Gly Pro Ser Ala Ala Glu Gln 595 600 605 Ile Arg Arg Ala Leu Ala Gly Leu Ser Pro Glu Gly Ser Ile His Ser 610 615 620 Ala Ser Leu Ser Pro Gly Arg Val Pro Val Ile Thr Ser Asn Asp Thr 625 630 635 640 Thr Ala Ala Gln Asp Phe Ala Phe Gly Glu Pro Asp Pro Val Asn Ile 645 650 655 Ser Gly Asp Ser Asp Asp Asp Ile Leu Asp Ile Phe Ile Pro Phe Val 660 665 670 Asp Met Arg Val Thr Ala His Tyr Ala Thr Ala Tyr Val Thr Pro Pro 675 680 685 Cys Glu Cys Pro Gly Arg Val Ile Arg Lys Ala Met Gln Asp Ala His 690 695 700 Pro Arg Phe Gln Phe Thr Leu Ile Ser Ala Cys Arg Gly Ala Met Thr 705 710 715 720 Leu Arg Phe Ile His Ser Gln Asp Arg Asp Phe Ala Val Asp His Gln 725 730 735 Glu Asn Leu Thr Ala Glu Gly His Leu Val Arg Leu Glu Arg Pro Glu 740 745 750 Asp Ser Ala Ala Arg Phe Ile Gln His Asn Thr Met Leu Ser Glu Leu 755 760 765 Asp Cys Ile Asp Phe Pro Pro Glu Met Leu Phe Pro Asn Lys Ile Arg 770 775 780 Asn Ala Phe Glu Asn Tyr Gly Glu Leu Met Glu Val Asp Asp Gln Cys 785 790 795 800 Leu Tyr Gly Asp Glu Gln Ser Ser Leu Arg Leu Val Val Leu His Tyr 805 810 815 Pro Gly Lys Arg Met Ser Pro Arg Phe Arg Leu Arg Tyr Asn Leu Gly 820 825 830 Ile Val Cys Thr Val Tyr Val Arg Val Leu Arg Thr Trp Glu Leu Ala 835 840 845 Met Asn Val Asp Glu Asp Gly Asn Tyr Ile Lys His Tyr Glu Gln Phe 850 855 860 Leu Phe Pro His Gln Leu Asp Pro Pro Arg Ser Gly Pro Thr Val Gly 865 870 875 880 Pro Glu Ala Glu Leu Asp Asn Leu Asn Gln Ala Pro Ser Asn Gln Ile 885 890 895 Ser Asn Asn Gln Gly Leu Gln Asn Arg Gly Arg Leu Leu Ala Ile Leu 900 905 910 Pro Ala Ala Ser Thr Val Phe Ile Glu Glu Ile Ser Asp Thr Pro Glu 915 920 925 Ile Phe Val Pro Pro Ser Ile His Ser Ala Pro Ser Ser Ile His Asp 930 935 940 Cys Leu Gln Asp Leu Val Pro Ser Asp Thr Glu Asn Glu His Glu Leu 945 950 955 960 Ser Ala Arg Lys Arg Arg Arg Gln Lys Lys Arg Thr Ile Asp Ser Asp 965 970 975 Val Lys Arg Arg Tyr Ser Glu Arg Leu Ala Ala Lys Glu Gly His Leu 980 985 990 Tyr Ile Ser Met Glu Ser Lys Ala Ala Arg Ala Lys Lys Leu Lys Glu 995 1000 1005 Gln Leu Ala Lys Cys Ser Ser Lys Leu Asn Asp Ala Val His Lys His 1010 1015 1020 Asn Leu Leu Asp Leu Asn Phe Lys Thr Thr Pro Lys Ala Leu Glu Asp 1025 1030 1035 1040 Leu Ala Ile Ala Cys Ser Leu Asn Asp His Asp Ile Ala Gln Leu Arg 1045 1050 1055 Arg Cys Ser Arg Gln Trp Thr Asp Gly Asp Gln Tyr Pro Gln Trp Asp 1060 1065 1070 Gly Gln Ala His Arg Met Arg Leu Leu Leu Ser Leu Cys Tyr Val Leu 1075 1080 1085 Ser Ala Leu Leu Gln Phe Ser Ser Val Phe Ser Pro Phe Val Met Phe 1090 1095 1100 Ser Phe Ser Leu Phe Thr Pro Cys Lys Leu Asp Tyr Val Met Leu Trp 1105 1110 1115 1120 Pro Phe Ala Leu Gly Ser Ala Met Cys Tyr Phe Gly Glu Pro Ile Ile 1125 1130 1135 Ile Ser 1138 <210> 3 <211> 1146 <212> PRT <213> Oryzae Sativa <400> 3 Tyr Tyr Tyr Phe Met Asn Arg Ser Phe Ser Val Leu Cys Trp Asn Val 1 5 10 15 Arg Gly Leu Gly Asp Lys Asn Lys Cys Asp Ile Val Lys Asn Ser Ile 20 25 30 Ser Asp Cys Asn Pro Ser Phe Val Leu Leu Gln Glu Thr Lys Leu Gln 35 40 45 Asn Ile Pro Pro Glu Lys Ala Lys Thr Ile Leu Pro Pro Asn Leu Ala 50 55 60 Asn Tyr Asp Phe Val Gly Ser Tyr Gly Ser Arg Gly Gly Met Leu Thr 65 70 75 80 Ala Trp Asn Ala Asp Phe Thr Lys Thr Ser Phe Ile Ser Arg His Phe 85 90 95 Ser Leu Thr Ile Ser Phe Thr Ser Thr Phe Thr Asp Leu Ser Phe Ser 100 105 110 Leu Thr Asn Ile Tyr Gly Pro Ala Glu Leu Asp Gln Lys Gln Asp Phe 115 120 125 Leu His Glu Leu Leu Glu Ile Asp Pro Leu Ile Gln Gly Pro Arg Leu 130 135 140 Leu Ile Gly Asp Phe Asn Leu Thr Arg Ser Pro Ser Asp Lys Asp Ser 145 150 155 160 Gln Asn Phe Ser Thr Gly Leu Ala Ala Ala Phe Asn Gln Thr Ile Asn 165 170 175 Ser Leu Ser Leu Phe Glu Leu Pro Leu Pro Asp Arg Leu Tyr Thr Trp 180 185 190 Ser Asn Lys Arg Glu Val Pro Val Leu Ala Arg Leu Asp Arg Ala Phe 195 200 205 Phe Asn Asn Ala Gly Thr Thr Pro Ser Gln Thr Pro Pro Phe Ser Cys 210 215 220 Thr Arg Thr Thr Ser Asp His Val Pro Leu Leu Leu Thr Ala Ser Thr 225 230 235 240 Ser Ile Pro Lys Ser Lys Thr Phe Arg Phe Glu Asn His Leu Leu Leu 245 250 255 Asp Arg Asp Phe Leu Pro Ser Val Met His Arg Trp Pro Gln Gln Leu 260 265 270 Asn Met Asn Asp Pro Ala Ala Cys Leu Ala Ala Lys Leu Lys Gln Thr 275 280 285 Arg Ser Ile Ile Lys Val Trp Met Lys Glu His Arg Lys Arg Ser Ser 290 295 300 Leu Asn Glu Asp Cys Lys Phe Thr Ile Asp Leu Leu Asp Tyr Ile Glu 305 310 315 320 Glu Leu Arg Pro Leu Asn Asp Gly Glu Arg Cys Leu Arg Asn Leu Val 325 330 335 Gln Glu Lys Leu Phe Gln Ala Ile Gln Ser Lys Val Ala Tyr Trp Lys 340 345 350 Gln Arg Gly Lys Val Lys Arg Leu Lys Ile Gly Ile Asp Asn Ser Ala 355 360 365 Phe Phe Lys Ala His Ala Ser Lys Asn Tyr Arg Asn Ser Arg Ile Arg 370 375 380 Ser Ile Lys His Asn Gly Ala Glu Ile Ala Asp His Asn Gly Lys Ala 385 390 395 400 Leu Leu Pro His Ser Phe Phe Gln His Phe Leu Gly Ser Asp Cys Gln 405 410 415 Pro Leu Trp Asp Phe Asp Leu Ser Thr Leu Tyr Ser Glu Asp Glu Arg 420 425 430 Asp Tyr Asn Leu Leu Ala Ser Gln Gly Leu Gln Phe Ser Thr Glu Glu 435 440 445 Ile Ile Thr Ser Ile Lys Gly Met Asn Ser Asn Ser Ala Pro Gly Pro 450 455 460 Asp Gly Phe Gly Pro Ser Phe Tyr Asn Ser Ala Trp Asn Ser Ile Lys 465 470 475 480 Glu Asp Ile Ile Lys Leu Ala Ala Ser Phe Cys Ser Asn Ser Val Gln 485 490 495 Leu Glu Arg Ile Asn Arg Ala His Ile Val Leu Ile Pro Lys Pro Gly 500 505 510 Lys Glu Asn Thr Val Asp Gly Tyr Arg Pro Ile Ser Leu Gln Asn Cys 515 520 525 Ser Val Lys Ile Leu Ser Lys Val Leu Ala Asn Arg Leu Gln Lys Val 530 535 540 Leu Thr Arg Met Ile His Leu Asp Gln Thr Gly Phe Leu Lys Gly Arg 545 550 555 560 Cys Ile Ser Glu Asn Leu Ile Tyr Ala Thr Glu Leu Ile Gln Ala Cys 565 570 575 His Ala Arg Lys Cys Lys Thr Leu Ile Ile Lys Leu Asp Phe Ala Lys 580 585 590 Ala Phe Asp Ser Val Leu Trp Thr Ser Leu Phe Gln Thr Leu Ala Val 595 600 605 Arg Gly Phe Pro Asn Asn Trp Ile Ser Trp Ile Lys Ser Leu Leu Gln 610 615 620 Thr Ser Lys Ser Ala Val Leu Leu Asn Gly Ile Pro Gly Lys Trp Ile 625 630 635 640 Asn Cys Lys Lys Gly Leu Arg Gln Gly Asp Pro Leu Ser Pro Tyr Leu 645 650 655 Phe Ile Leu Val Ala Asp Val Leu Gln Arg Leu Leu Glu Lys Asn Phe 660 665 670 Gln Ile Arg His Pro Ile Tyr Gln Asp Arg Pro Arg Ala Thr Ile Gln 675 680 685 Tyr Ala Asp Asp Thr Leu Val Ile Cys Arg Ala Glu Glu Asp Asp Val 690 695 700 Leu Ala Leu Arg Ser Thr Leu Leu Gln Phe Ser Lys Ala Thr Gly Leu 705 710 715 720 Gln Thr Asn Phe Ala Lys Ser Thr Met Ile Ser Leu His Ile Asp Arg 725 730 735 Ser Lys Glu Ser Ser Leu Ser Glu Leu Leu Gln Cys Lys Leu Glu Ser 740 745 750 Leu Pro Met Ser Tyr Leu Gly Leu Pro Leu Ser Leu His Lys Leu Thr 755 760 765 Asn Asn Asp Leu Gln Pro Ile Val Val Lys Val Asp Ser Phe Leu Thr 770 775 780 Gly Trp Glu Ala Ser Leu Leu Ser Gln Ala Glu Arg Leu Ile Leu Val 785 790 795 800 Asn Ala Val Leu Ser Ser Val Pro Val Tyr Ala Met Ser Ala Phe Lys 805 810 815 Leu Pro Pro Lys Val Ile Glu Ala Ile Asp Lys Arg Arg Arg Ala Phe 820 825 830 Phe Trp Thr Gly Asp Asp Thr Cys Ser Gly Ala Lys Cys Leu Val Ala 835 840 845 Trp Asp Glu Val Cys Thr Ala Lys Glu Lys Gly Gly Leu Gly Ile Lys 850 855 860 Ser Leu Lys Thr Gln Asn Glu Ala Leu Leu Leu Lys Arg Leu Phe Asn 865 870 875 880 Leu Phe Ser Asp Asn Ser Ser Trp Thr Asn Trp Ile Trp Lys Glu Phe 885 890 895 Gly Gly Arg Ser Leu Leu Lys Ser Leu Pro Leu Gly Gln His Trp Ser 900 905 910 Val Phe Gln Lys Leu Leu Pro Glu Leu Phe Lys Ile Thr Thr Val His 915 920 925 Ile Gly Asp Gly Ser Arg Thr Ser Phe Trp His Asp Arg Trp Thr Gly 930 935 940 Asn Met Thr Leu Ala Ala Gln Phe Glu Ser Leu Phe Ser His Ser Thr 945 950 955 960 Asp Asp Leu Ala Thr Val Glu Gln Ile Leu Ser Phe Gly Ile Tyr Asp 965 970 975 Ile Leu Thr Pro Arg Leu Ser Ser Ala Ala Gln Asn Asp Leu Gln Glu 980 985 990 Leu Gln Thr Ile Leu Gln Asn Phe Ser Leu Thr Asn Glu Ser Asp Thr 995 1000 1005 Arg Leu Asn Asn Arg Leu Gly Asn Leu Thr Thr Lys Thr Ile Tyr Asp 1010 1015 1020 Leu Arg Ser Pro Pro Gly Phe Pro Ser Pro Asn Trp Lys Phe Ile Trp 1025 1030 1035 1040 Asp Cys Arg Met Pro Leu Lys Ile Lys Leu Phe Ala Trp Leu Leu Val 1045 1050 1055 Arg Asp Arg Leu Ser Thr Lys Leu Asn Leu Leu Lys Lys Lys Ile Val 1060 1065 1070 Gln Thr Ala Thr Cys Asp Ile Cys Ser Thr Thr Asp Glu Thr Ala Asp 1075 1080 1085 His Leu Ser Phe Asn Cys Pro Phe Ala Ile Ser Phe Trp Gln Ala Leu 1090 1095 1100 His Ile Gln Pro Ile Ile Asn Glu Thr Lys Tyr Leu Ser Gln Leu Lys 1105 1110 1115 1120 Ala Pro Ala Ser Ile Pro Thr Arg His Phe Gln Ser Phe Phe Met Leu 1125 1130 1135 Leu Leu Leu Gly Pro Val Glu Pro Gln Ala 1140 1145

【図面の簡単な説明】

【図１】本発明の実施の一形態に係るレトロトランスポ
ゾンKarma の塩基配列（１〜２４６０）を示す図であ
る。

【図２】上記レトロトランスポゾンKarma の塩基配列
（２４６１〜４９８０）を示す図である。

【図３】上記レトロトランスポゾンKarma の塩基配列
（４９８１〜７０８４）を示す図である。

【図４】上記レトロトランスポゾンKarma の第一のオー
プンリーディングフレームがコードするアミノ酸配列を
示す図である。

【図５】上記レトロトランスポゾンKarma の第二のオー
プンリーディングフレームがコードするアミノ酸配列を
示す図である。

【図６】上記レトロトランスポゾンKarma の構造を模式
的に示すと共に、このレトロトランスポゾンKarma がコ
ードするエンドヌクレアーゼ領域のアミノ酸配列を他の
クローンと共に整列化してこれら配列の相同性を比較し
た図である。

【図７】上記レトロトランスポゾンKarma の構造を模式
的に示すと共に、野生型のノトヒカリの葉から抽出した
ゲノムＤＮＡにおいて、上記レトロトランスポゾンKarm
a のコピー数がいくつあるかをサザンブロット法により
解析した結果を示す図である。

【図８】組織培養物において、上記レトロトランスポゾ
ンKarma のコピー数がいくつあるかをサザンブロット法
により解析した結果を示す図である。

【図９】上記レトロトランスポゾンKarma が組織培養に
より活性化された後、その子孫植物の連続する２世代を
通じて、上記レトロトランスポゾンKarma のコピー数が
どのように増加しているかを解析した結果を示す図であ
る。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (72)発明者 島本 功 京都府相楽郡木津町兜台５−１−３−20− 401 Ｆターム(参考） 4B024 AA07 AA11 BA07 BA80 CA03 HA12 4B050 CC03 DD13 LL03 LL10 4H045 AA10 BA10 CA30 DA89 EA05 EA50 FA71

Claims (11)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】イネから単離されたＬＩＮＥ型のレトロト
   ランスポゾン。
2. 【請求項２】組織培養後の再分化植物の後代の植物中に
   おいて転移する性質を有する請求項１記載のレトロトラ
   ンスポゾン。
3. 【請求項３】配列番号１で表される配列からなる請求項
   １記載のレトロトランスポゾン。
4. 【請求項４】配列番号２で表されるアミノ酸配列をコー
   ドするオープンリーディングフレームを有する請求項１
   記載のレトロトランスポゾン。
5. 【請求項５】配列番号３で表されるアミノ酸配列をコー
   ドするオープンリーディングフレームを有する請求項１
   記載のレトロトランスポゾン。
6. 【請求項６】請求項１記載のレトロトランスポゾンを活
   性化することにより遺伝子を破壊する方法。
7. 【請求項７】請求項６記載の遺伝子破壊方法により作製
   された遺伝子破壊体。
8. 【請求項８】配列番号２で表されるアミノ酸配列からな
   り、少なくともその一部が請求項１記載のレトロトラン
   スポゾンの転写産物のパッケージングに寄与するタンパ
   ク質。
9. 【請求項９】請求項８記載のタンパク質をコードするＤ
   ＮＡ。
10. 【請求項１０】配列番号３で表されるアミノ酸配列から
    なり、エンドヌクレアーゼ領域と逆転写酵素領域とを有
    するタンパク質。
11. 【請求項１１】請求項１０記載のタンパク質をコードす
    るＤＮＡ。