JPH11164696A - 新規ホスホリボシルトランスフェラーゼ - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ホスホリボシルトランスフェラーゼポリペプ
チドおよびホスホリボシルトランスフェラーゼポリペプ
チドをコードしているＤＮＡ（ＲＮＡ）、および組み換
え法によるかかるポリペプチドの製造方法、ならびに抗
細菌化合物のスクリーニングのためのホスホリボシルト
ランスフェラーゼポリペプチドの使用方法を提供する。 【解決手段】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して少
なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプ
チドならびに配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチドに対して少な
くとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、一つには、新たに
同定されたポリヌクレオチドおよびポリペプチド、なら
びにそれらの製造および使用、ならびにそれらの変種、
アゴニストおよびアンタゴニスト、そしてそれらの使用
に関する。詳細には、これらの点および他の点に関し
て、本発明は、アデニンホスホリボシルトランスフェラ
ーゼファミリーの新規ポリヌクレオチドおよびポリペプ
チド（以下、ホスホリボシルトランスフェラーゼとい
う）に関する。

【０００２】

【従来の技術】スタフィロコッカス属（Staphylococc
i）の遺伝子および遺伝子産物を抗生物質の開発に用い
ることは特に好ましい。スタフィロコッカス属は医学的
に重要な微生物属を形成している。それらは２つのタイ
プの疾病、すなわち、侵入的および毒素生成的疾病を引
き起こすことが知られている。一般的には、侵入的感染
は皮膚表面および深部組織の両方に影響する膿瘍形成に
より特徴づけられる。エス・アウレウス（S. aureus）
は癌患者における菌血症の第２の主要原因である。骨髄
炎、敗血性関節炎、敗血性の血栓性静脈炎および急性細
菌性心内膜炎も比較的よく見られる。スタフィロコッカ
ス属の毒素生成的特性により生じる３つの臨床的症状が
ある。これらの疾病の明らかな徴候は、組織侵入および
菌血症に対立するものとしてのエンドトキシンの作用に
より生じる。これらの症状は、スタフィロコッカス食品
汚染、熱傷皮膚症候群およびトキシンショック症候群を
包含する。

【０００３】スタフィロコッカス・アウレウス（Staphy
lococcus aureus）感染の頻度は過去２０年間に劇的に
上昇している。これは多重抗生物質耐性株の出現、およ
び免疫系が低下した人の集団の増加に起因している。い
くつかのまたはすべての標準的な抗生物質に対して耐性
を有するスタフィロコッカス・アウレウス株を単離する
ことはもはやめずらしいことではない。この現象がこの
生物に対する新しい抗菌剤、ワクチンおよび診断試験に
ついての必要性を形成した。

【０００４】アデニンホスホリボシルトランスフェラー
ゼは細菌細胞におけるプリン代謝に関与しており、アデ
ニンをアデノシン一リン酸に変換する（Hochstadt, J.
(1978) Methods in Enzymol. 51: 558-567）。該酵素
は、２，６−ジアミノプリンのごときアデニンアナログ
を細胞に対して致命的な毒性を有するヌクレオチドに変
換することもできる。

【０００５】今世紀になって抗生物質の発見および開発
の成功において多大な努力がなされてきた。逆説的に言
えば、抗細菌剤は哺乳動物における感染を根絶するため
に工夫されているが、我々は、宿主中の感染状態の細菌
病原体の生理学についてはほとんどわかっていない。ス
タフィロコッカス・アウレウス染色体由来の配列を用い
て、我々はＲＴ−ＰＣＲに基づく方法を開発し、それに
より、感染のいずれかの段階さらに感染の異なる状態に
おいて転写される細菌遺伝子の同定が可能となってい
る。かかる情報から得られることは、宿主環境を補う細
菌遺伝子の全体的な応答を理解する最初の重要なステッ
プである。宿主中で広範に転写される細菌遺伝子の既知
機能および未知機能の両方についての知識から、真正細
菌にのみ存在する遺伝子をデータベース検索により確認
することが可能である。感染の維持に対する遺伝子産物
の可能な役割りならびに特徴づけされた遺伝子に対する
相同性により示される生化学的機能に対する阻害剤のス
クリーニングをセットアップすることの容易さを考慮す
ることにより、有利なことに、かかる遺伝子は、遺伝学
的欠失または制御された調節法を用いる遺伝子必須性の
研究のための候補の蓄積を可能にする。インビトロにお
いてあるいは動物モデルにおける発病において増殖に必
要であることが示された遺伝子により発現される蛋白
は、発病を広範に抑制する作用剤を見いだすための抗細
菌剤スクリーニングのための新規標的を提供する。本発
明は、感染組織において、詳細には、急性および慢性両
方の感染における感染組織において転写されるエス・ア
ウレウスＷＣＵＨ２９のポリヌクレオチドを提供する。

【０００６】

【発明が解決しようとする課題】明らかに、抗生物質活
性に関して化合物をスクリーニングするのに有用である
という目下の利益を有する本発明新規化合物のごとき因
子に対する必要性がある。かかる因子は、感染、機能不
全および疾病の発生におけるそれらの役割を調べるのに
も有用である。感染、機能不全または疾病の予防、改善
または修正において役割を果たしうる、かかる因子なら
びにそれらのアンタゴニストおよびアゴニストに対する
必要性もある。

【０００７】本発明ポリペプチドは、イー・コリ（E. c
oli）の既知アデニンホスホリボシルトランスフェラー
ゼ（EC 2.4.2.7）蛋白に対するアミノ酸配列相同性を有
する。SWISS PROT受託番号P07672、P09993に見いだされ
る、APT ECOLI参照。

【０００８】

【課題を解決するための手段および発明の実施の形態】
表１（配列番号：２）に示すアミノ酸配列およびイー・
コリ（E. coli）のアデニンホスホリボシルトランスフ
ェラーゼ（EC 2.4.2.7）蛋白のごとき既知アミノ酸配列
または他の蛋白の配列の間の相同性により、新規ホスホ
リボシルトランスフェラーゼポリペプチドであると同定
されたポリペプチド提供することが本発明の目的であ
る。ホスホリボシルトランスフェラーゼポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド、詳細には本明細書で
ホスホリボシルトランスフェラーゼと命名されたポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチドを提供するこ
とが本発明のさらなる目的である。本発明の特に好まし
い具体例において、ポリヌクレオチドは、表１（配列番
号：１）に示す配列を含むホスホリボシルトランスフェ
ラーゼポリペプチドをコードする領域を含み、全長遺伝
子またはその変種が包含される。本発明のもう１つの特
に好ましい具体例において、表１（配列番号：２）のア
ミノ酸配列を含むスタフィロコッカス・アウレウス由来
の新規ホスホリボシルトランスフェラーゼ蛋白、または
その変種がある。

【０００９】本発明のもう１つの態様によれば、寄託株
に含まれるスタフィロコッカス・アウレウス WCUH29株
により発現可能な成熟ポリペプチドをコードしている単
離核酸分子が提供される。

【００１０】本発明のさらなる態様は、ホスホリボシル
トランスフェラーゼ、詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウスのホスホリボシルトランスフェラーゼをコード
している単離核酸分子が提供され、それにはｍＲＮＡ、
ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡが包含される。本発明のさらな
る具体例は、生物学的、診断学的、予防的、臨床的もし
くは治療的に有用なその変種、およびそれらを含む組成
物を包含する。本発明のもう１つの態様によれば、治療
または予防を目的とした、特に遺伝学的免疫を目的とし
た、本発明ポリヌクレオチドの使用が提供される。本発
明の特に好ましい具体例には、ホスホリボシルトランス
フェラーゼの天然の対立遺伝子変種およびそれによりコ
ードされるポリペプチドがある。

【００１１】本発明のもう１つの態様において、本明細
書においてホスホリボシルトランスフェラーゼと称され
るスタフィロコッカス・アウレウスの新規ポリペプチ
ド、ならびに生物学的、診断学的、予防的、臨床的もし
くは治療的に有用なそのフラグメント、変種および誘導
体、および前記したフラグメントおよびアナログの変種
および誘導体、およびそれらを含む組成物が提供され
る。本発明の特に好ましい具体例には、ホスホリボシル
トランスフェラーゼ遺伝子の天然の対立遺伝子によりコ
ードされるホスホリボシルトランスフェラーゼポリペプ
チドの変種がある。本発明の好ましい具体例において、
上記ホスホリボシルトランスフェラーゼポリペプチドの
製造方法がある。本発明のさらに別の態様によれば、例
えば、抗体を含め、抗細菌剤として有用なかかるポリペ
プチドの阻害剤が提供される。

【００１２】本発明の特定の好ましい具体例によれば、
ホスホリボシルトランスフェラーゼ発現の評価、疾病の
治療、例えば上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管
炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、
蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜
炎）、胃腸感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜
後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染
（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔お
よび眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例え
ば、副睾丸炎、腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショ
ック症候群）、皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮
膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨
および関節感染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）の
ごとき疾病の治療、遺伝学的変異のアッセイ、ならびに
細菌、特にスタフィロコッカス・アウレウス細菌に対す
る免疫学的応答を生起するための生物へのホスホリボシ
ルトランスフェラーゼポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドの投与のための、製品、組成物および方法が提供さ
れる。

【００１３】本発明のこのおよび他の態様の特定の好ま
しい具体例によれば、特に、厳密な条件下でホスホリボ
シルトランスフェラーゼポリヌクレオチド配列にハイブ
リダイゼーションするポリヌクレオチドが提供される。
本発明の特定の好ましい具体例において、ホスホリボシ
ルトランスフェラーゼポリペプチドに対する抗体が提供
される。本発明の他の具体例において、本発明ポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドの結合、あるいは相互作用
して、それらの活性を阻害または活性化する化合物の同
定方法が提供され、該方法は、化合物とポリペプチドま
たはポリヌクレオチドとの間の結合あるいは他の相互作
用を可能にする条件下で、本発明ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドをスクリーニングすべき化合物と接触さ
せて、化合物との結合あるいは他の相互作用を評価し
（かかる結合または相互作用は、ポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答して検出可能なシグナルを提供することのできる第２
の化合物に関連している）、次いで、化合物とポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドとの結合または相互作用か
ら生じるシグナルの存在または不存在を検出することに
より、化合物がポリペプチドまたはポリヌクレオチドに
結合あるいは相互作用して、それらの活性を活性化また
は阻害するかどうかを決定することを含む。

【００１４】本発明のさらにもう１つの態様によれば、
ホスホリボシルトランスフェラーゼアゴニストおよびア
ンタゴニスト、好ましくは静細菌性または殺細菌性アゴ
ニストおよびアンタゴニストが提供される。

【００１５】本発明のさらなる態様において、単細胞ま
たは多細胞生物に投与するための、ホスホリボシルトラ
ンスフェラーゼポリヌクレオチドまたはホスホリボシル
トランスフェラーゼポリペプチドを含む組成物が提供さ
れる。開示した本発明の精神および範囲内での種々の変
更および修飾は、以下の記載を読むこと、および本明細
書のその他の部分を読むことにより、当業者に容易に明
らかとなろう。

【００１６】用語 以下の説明は、本明細書、とりわけ実施例において汎用
される特定の用語の理解を容易にするために示すもので
ある。「宿主細胞」は外来性ポリヌクレオチド配列によ
り形質転換もしくはトランスフェクションされた、また
は形質転換またはトランスフェクションすることのでき
る細胞である。

【００１７】当該分野にて周知であるように「同一性」
または「類似性」は、場合によっては、配列を比較して
測定されるような、二つまたはそれ以上のポリペプチド
配列間または二つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配
列間の関係である。当該分野において、「同一性」とは
また、時には、かかる配列の２つの鎖の間の合致により
決定されるような２つのポリペプチドまたはポリヌクレ
オチド配列間の関連性の程度をも意味する。「同一性」
および「類似性」は共に容易に算出できる（Computatio
nal Molecular Biology，Lesk,A.M.編、オックスフォー
ド・ユニバーシティー・プレス、ニューヨーク、1988
年；Biocomputing：Informatics and Genome Project
s，Smith,D.W.編、アカデミック・プレス、ニューヨー
ク、1993年；Computer Analysis of Sequence Data，パ
ートＩ，Griffin,A.M.およびGriffin,H.G.編、ヒューマ
ナ・プレス、ニュージャージー、1994年；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，von Heinje,G.、アカデ
ミック・プレス、1987年；およびSequence Analysis Pr
imer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、Ｍストックト
ン・プレス、ニューヨーク、1991年）。２つのポリヌク
レオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性および類
似性を測定するための多くの方法がある一方で、その両
方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysis in
Molecular Biology, von Heinje,G.,Academic Press,1
987; Squence Analysis Primer, Gribskov,M.およびDev
ereux,J.,編、M Stockton Press, New York,1991;およ
びCarillo,H.,およびLipman,D.,SIAM J., Applied Mat
h., 48:1073(1988)）。２つの配列間で同一性または類
似性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.
およびLipman,D., SIAM J. Applied Math.,48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する２つの配列間で最も良く適合するように
設計される。同一性および類似性を測定する方法は、公
に利用できるコンピュータープログラムに集成されてい
る。二つの配列間の同一性および類似性を測定する好ま
しいコンピュータープログラム法は、ＧＣＧプログラム
パッケージ（Devereux,J.ら、Nucleic AcidsResearch 1
2(1):387（1984）、BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atsch
ul,S.F.ら、J.Molec.Biol.215：403（1990）））を包含
するが、これらに限定されるものではない。一例とし
て、配列番号：１の対照ヌクレオチド配列に対して、例
えば少なくとも９５％の同一性を有するヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを挙げると、そのポリヌク
レオチド配列が配列番号：１の対照ヌクレオチド酸配列
のヌクレオチド１００個ごとに５個までのヌクレオチド
の変化を含みうることを除き、そのポリヌクレオチドの
ヌクレオチド配列は対照配列と同一である。言い換える
と、対照酸配列に対して少なくとも９５％同一であるヌ
クレオチド配列を有するポリペプチドを得るためには、
対照配列中の５％までのヌクレオチドが欠失または別の
ヌクレオチドと置換されていてもよく、あるいは対照配
列中の全ヌクレオチドのうち５％までの数のヌクレオチ
ドが対照配列に挿入されたものであってもよい。対照配
列のこれらの変異は、対照ヌクレオチド配列の５’また
は３’末端位置に存在していてもよく、あるいはそれら
の末端位置の間のいずれかの位置に存在していてもく、
対照配列のヌクレオチドに散在していてもよく、あるい
は対照配列内の１個またはそれ以上の一連の群となって
いてもよい。同様に、配列番号：２の対照アミノ酸配列
に対して少なくとも例えば９５％の同一性を有するアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドを例に挙げると、そのポ
リペプチド配列が配列番号：２の対照アミノ酸配列のア
ミノ酸１００個ごとに５個までのアミノ酸の変化を含み
うることを除き、そのポリペプチドのアミノ酸配列は対
照配列と同一である。言い換えると、対照アミノ酸配列
に対して少なくとも９５％同一であるアミノ酸配列を有
するポリペプチドを得るためには、対照配列中のアミノ
酸の５％までが欠失または他のアミノ酸と置換していて
もよく、あるいは対照配列中の全アミノ酸のうち５％ま
での数のアミノ酸が対照配列中に挿入されたものであっ
てもよい。対照配列におけるこれらの変化は、対照アミ
ノ酸配列のアミノまたはカルボキシ末端位置に存在して
もよく、あるいはそれらの末端間のいずれかの位置に存
在してもよく、対照配列中に散在していてもよく、ある
いは対照配列内で１個またはそれ以上の一連の群をなし
ていてもよい。

【００１８】「単離」とは、「人の手によって」天然の
状態から変化させられた、すなわち、天然物の場合、そ
の本来の環境から変化または除去あるいはその両方が行
われたことを意味する。例えば、天然において生体に存
在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、「単
離」されていないが、その天然状態で共存する物質から
分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチド
は、本明細書に用いる用語としての「単離」がなされて
いる。

【００１９】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、ポリ
リボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌクレオチド
をも意味する。従って、「ポリヌクレオチド」は、とり
わけ一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領
域の混合物または一本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混
合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならび
に一本鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本
鎖もしくはより典型的には二本鎖もしくは三本鎖、また
は一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮ
ＡおよびＲＮＡを含むハイブリッド分子を包含するが、
これらに限らない。加えて、本明細書で用いる「ポリヌ
クレオチド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡと
ＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。かかる領域
における鎖は同一の分子または異なる分子由来のもので
よい。この領域はこれらの分子の一つまたはそれ以上の
全てを含んでいてもよいが、より典型的にはいくつかの
分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分子の一つ
は、オリゴヌクレオチドであることがしばしばである。
本明細書で用いる場合、「ポリヌクレオチド」なる用語
は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有する、前
記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このように、安
定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤＮＡま
たはＲＮＡも、本明細書が意図するろところの「ポリヌ
クレオチド」である。さらに、イノシン等の普通でない
塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩基を含むＤＮＡ
またはＲＮＡ（二つの例だけを示す）も、本明細書の用
語ポリヌクレオチドである。当業者に既知の多くの有用
な目的を提供するＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの
修飾がなされていることは、明らかであろう。「ポリヌ
クレオチド」なる用語は、本明細書で用いる場合、ポリ
ヌクレオチドのこのような化学的、酵素的または代謝的
に修飾した形態、ならびにウイルス、とりわけ単純型細
胞および複雑型細胞を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよ
びＲＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチ
ド」は、しばしば、オリゴヌクレオチド（複数でも可）
と称される短鎖ポリヌクレオチドを包含する。

【００２０】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、ペ
プチド結合により直鎖で互いに結合している２個または
それ以上のアミノ酸を含むペプチドまたは蛋白をいうの
に用いる。「ポリペプチド」は、当該分野で通常例えば
ペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも称され
る短鎖、および多くの型があり、当該分野で一般的に蛋
白と称する長鎖の両方を意味する。ポリペプチドは、遺
伝子によりコードされる２０種のアミノ酸以外のアミノ
酸を含んでいてもよい。「ポリペプチド」は、プロセッ
シングおよび他の翻訳後修飾のような自然の工程によ
り、ならびに化学修飾によるものを包含する。かかる修
飾は基礎的なテキストおよびさらに詳細な論文ならびに
多数の研究文献にも詳しく記載されており、これらは当
業者に周知である。同じタイプの修飾がポリペプチド中
にいくつかの部位に同程度または種々の程度で存在して
もよいことが理解されるであろう。修飾は、ペプチド骨
格、アミノ酸側鎖、およびアミノもしくはカルボキシ末
端を包含するポリペプチドのいずれの場所にあってもよ
い。修飾としては、例えば、アセチル化、アシル化、Ａ
ＤＰ−リボシル化、アミド化、フラビンの共有結合、ヘ
ム部分の共有結合、ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘
導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結合、ホ
スホチジルイノシトールの共有結合、架橋結合、環化、
ジスルフィド結合形成、脱メチル化、共有結合架橋形
成、シスチン形成、ピログルタミン酸塩形成、ホルミル
化、ガンマー−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアン
カー形成、ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリ
ストイル化、酸化、蛋白加水分解プロセッシング、リン
酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、
アルギニル化などの転移ＲＮＡ媒介の蛋白へのアミノ酸
付加、およびユビキチネーションがある。例えば、Prot
eins-Structure and Molecular Properties、第2版、T.
E.Creighton、W.H.Freeman and Company、ニューヨーク
（1993）に記載されている。例えば、Posttranslationa
l Covalent Modification of Proteins、B.C.Johnson
編、アカデミック・プレス、ニューヨーク（1983）のWo
ld,F., Posttranslational Protein Modifications：Pe
rspective and Prospects、1〜12頁；Seifterら、Meth.
Enzymol. 182:626-646（1990）およびRattanら、Prote
in Synthesis：Posttranslational Modifications and
Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1992）参
照。ポリペプチドは分枝状あるいは分枝ありまたはなし
の環状であってもよい。環状、分枝状、および分枝状か
つ環状のポリペプチドは、翻訳後の天然プロセスから生
じるものであってもよく、同様に全く合成的な方法によ
り製造されるものであってもよい。

【００２１】本明細書で用いる「変種」なる用語は、対
照ポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは各々異なる
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドであるが、本質的
な特性は保持している。典型的なポリヌクレオチドの変
種は、別の対照ポリヌクレオチドとはヌクレオチド配列
が異なる。変種のヌクレオチド配列の変化は、対照ポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列を変化させるものであってもよく、変化させない
ものであってもよい。以下に論じるように、ヌクレオチ
ドの変化は結果的に、対照配列によりコードされるポリ
ペプチドにおけるアミノ酸置換、付加、欠損、融合およ
び末端切断を招く。典型的なポリペプチドの変種は、別
の対照ポリペプチドとはアミノ酸配列が異なる。一般的
には、差異は、対照ポリペプチドおよび変種の配列が、
全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一なもの
に限られる。変種および対照ポリペプチドは、１または
それ以上の置換、付加、欠損が任意の組み合わせで起こ
ることにより、アミノ酸配列が変化し得る。置換または
挿入されたアミノ酸残基は、遺伝学的コードによりコー
ドされたものであってもなくてもよい。ポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチドの変種は、例えば対立遺伝子変種
のような自然発生的なものでもよく、または自然発生す
ることが知られていない変種でもよい。ポリヌクレオチ
ドおよびポリペプチドの非自然発生変種は、突然変異技
術または直接的合成および当業者に知られた他の組み換
え法により製造できる。

【００２２】本発明は、とりわけ、以下に非常に詳細に
説明する、新規ホスホリボシルトランスフェラーゼポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドに関する。詳細には、
本発明は、イー・コリ（E. coli）のアデニンホスホリ
ボシルトランスフェラーゼ（EC 2.4.2.7）蛋白に対する
アミノ酸配列相同性により関連付けられる、スタフィロ
コッカス・アウレウスの新規ホスホリボシルトランスフ
ェラーゼのポリペプチドおよびポリヌクレオチドに関す
る。SWISS PROT受託番号P07672、P09993に見いだされ
る、APT ECOLI参照。特に本発明は、それぞれ表１（配
列番号：１）および表１（配列番号：２）に示すヌクレ
オチド配列およびアミノ酸配列を有するホスホリボシル
トランスフェラーゼに関し、さらに寄託株中のＤＮＡの
ホスホリボシルトランスフェラーゼヌクレオチド配列お
よびそれによりコードされるアミノ酸配列に関する。

【００２３】 表１ ホスホリボシルトランスフェラーゼポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列 (A) スタフィロコッカス・アウレウスのホスホリボシルトランスフェラーゼポリ ヌクレオチド配列由来の配列 [配列番号：1] 5'-1 ATGGATTTAA AGCAATACGT ATCAGAAGTT CAAGATTGGC CGAAACCAGG 51 TGTTAGTTTC AAGGATATTA CTACAATTAT GGATAATGGT GAAGCATATG 101 GCTATGCAAC AGATAAAATT GTAGAATACG CAAAAGACAG AGATGTTGAT 151 ATCGTTGTAG GACCTGAAGC GCGTGGCTTT ATCATTGTCT GTCCTGTAGC 201 TTATTCAATG GGGATTGGCT TTGCACCTGT TAGAAAAGAA GGGAAATTAC 251 CTCGTGAAGT CATTCGTTAT GAGTATGACC TAGAATATGG TACAAATGTT 301 TTAACAATGC ACAAAGATGC AATTAAACCA GGTCAACGTG TGTTAATTAC 351 AGATGATTTA TTAGCTACTG GTGGTACGAT TGAAGCAGCA ATAAAATTAG 401 TTGAAAAATT AGGCGGTATC GTAGTAGGTA TCGCATTTAT AATTGAATTG 451 AAATATTANA TTGGTATTGA CAAAATCAAA GATTACGATG TTATGAATTT 501 ATCTCATACG ACGAATAATA GATAA-3'

【００２４】 (B)この表中のポリヌクレオチド配列から推定されるホスホリボシルトランスフ ェラーゼポリペプチド配列 [配列番号：2] NH₂-1 MDLKQYVSEV QDWPKPGVSF KDITTIMDNG EAYGYATDKI VEYAKDRDVD 51 IVVGPEARGF IIVCPVAYSM GIGFAPVRKE GKLPREVIRY EYDLEYGTNV 101 LTMHKDAIKP GQRVLITDDL LATGGTIEAA IKLVEKLGGI VVGIAFIIEL 151 KYXIGIDKIK DYDVMNLSHT TNNR-COOH

【００２５】 (C)ポリヌクレオチド配列の具体例 [配列番号：1]. X-(R1)n-1 ATGGATTTAA AGCAATACGT ATCAGAAGTT CAAGATTGGC CGAAACCAGG 51 TGTTAGTTTC AAGGATATTA CTACAATTAT GGATAATGGT GAAGCATATG 101 GCTATGCAAC AGATAAAATT GTAGAATACG CAAAAGACAG AGATGTTGAT 151 ATCGTTGTAG GACCTGAAGC GCGTGGCTTT ATCATTGTCT GTCCTGTAGC 201 TTATTCAATG GGGATTGGCT TTGCACCTGT TAGAAAAGAA GGGAAATTAC 251 CTCGTGAAGT CATTCGTTAT GAGTATGACC TAGAATATGG TACAAATGTT 301 TTAACAATGC ACAAAGATGC AATTAAACCA GGTCAACGTG TGTTAATTAC 351 AGATGATTTA TTAGCTACTG GTGGTACGAT TGAAGCAGCA ATAAAATTAG 401 TTGAAAAATT AGGCGGTATC GTAGTAGGTA TCGCATTTAT AATTGAATTG 451 AAATATTANA TTGGTATTGA CAAAATCAAA GATTACGATG TTATGAATTT 501 ATCTCATACG ACGAATAATA GATAA-(R2)n-Y

【００２６】 (D)ポリペプチド配列の具体例 [配列番号：2] X-(R1)n-1 MDLKQYVSEV QDWPKPGVSF KDITTIMDNG EAYGYATDKI VEYAKDRDVD 51 IVVGPEARGF IIVCPVAYSM GIGFAPVRKE GKLPREVIRY EYDLEYGTNV 101 LTMHKDAIKP GQRVLITDDL LATGGTIEAA IKLVEKLGGI VVGIAFIIEL 151 KYXIGIDKIK DYDVMNLSHT TNNR-(R2)n-Y

【００２７】 （Ｅ）スタフィロコッカス・アウレウスのホスホリボシルトランスフェラーゼポ リヌクレオチドのＯＲＦ配列由来の配列［配列番号：３］ 5'-ATGGATTTAA AGCAATACGT ATCAGAAGTT CAAGATTGGC CGAAACCAGG 51 TGTTAGTTTC AAGGATATTA CTACAATTAT GGATAATGGT GAAGCATATG 101 GCTATGCAAC AGATAAAATT GTAGAATACG CAAAAGACAG AGATGTTGAT 151 ATCGTTGTAG GACCTGAAGC GCGTGGCTTT ATCATTGTCT GTCCTGTAGC 201 TTATTCAATG GGGATTGGCT TTGCACCTGT TAGAAAAGAA GGGAAATTAC 251 CTCGTGAAGT CATTCGTTAT GAGTATGACC TAGAATATGG TACAAATGTT 301 TTAACAATGC ACAAAGATGC AATTAAACCA GGTCAACGTG TGTTAATTAC 351 AGATGATTTA TTAGCTACTG GTGGTACGAT TGAAGCAGCA ATAAAATTAG 401 TTGAAAAATT AGGCGGTATC GTAGTAGGTA TCGCATTTAT AATTGAATTG 451 AAATATTANA TTGGTATTGA CAAAATCAAA GATTACGATG TTATGAATTT 501 ATCTCATACG ACGAATAATA GA-3'

【００２８】 （Ｆ）この表中のポリヌクレオチドＯＲＦ配列から推定されるホスホリボシルト ランスフェラーゼポリペプチド配列［配列番号：４］ NH₂-1 MDLKQYVSEV QDWPKPGVSF KDITTIMDNG EAYGYATDKI VEYAKDRDVD 51 IVVGPEARGF IIVCPVAYSM GIGFAPVRKE GKLPREVIRY EYDLEYGTNV 101 LTMHKDAIKP GQRVLITDDL LATGGTIEAA IKLVEKLGGI VVGIAFIIEL 151 KYXIGIDKIK DYDVMNLSHT TNNR -COOH

【００２９】寄託材料 スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29株を含有する
寄託物は、ナショナル・コレクション・オブ・インダス
トリアル・アンド・マリン・バクテリア・リミテッド
（ＮＣＩＭＢという）、２３ストリート、マッカードラ
イブ、アベルディーンＡＢ２１ＲＹ、スコットランドに
１９９５年９月１１日寄託し、ＮＣＩＭＢ受託番号４０
７７１が付与された。寄託したことにより、寄託株をス
タフィロコッカス・アウレウス WCUH29株という。本明
細書においてスタフィロコッカス・アウレウス株の寄託
物を「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」という。寄託
株は全長のホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子を
含んでいる。寄託株中に含まれるポリヌクレオチド配列
ならびにそれによりコードされるポリペプチドのアミノ
酸配列は、本明細書の配列に関する任意の記載に矛盾す
る事象において支配的である。寄託株の寄託は、特許手
続き上の微生物寄託の国際承認に関するブダペスト条約
の条件下でなされている。特許が発行されると何らの制
限または条件もなく、最終的に株は分譲される。寄託は
当業者の便宜のためにのみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ. １
１２条のもとに要求されるような、寄託が実施可能要件
であることを承認するものではない。寄託物を製造、使
用または販売するためにはライセンスが必要であるが、
そのようなライセンスはここでは賦与されていない。

【００３０】ポリペプチド 本発明ポリペプチドは表１［配列番号：２］のポリペプ
チド（詳細には、成熟ポリペプチド）ならびにポリペプ
チドおよびフラグメント、詳細にはホスホリボシルトラ
ンスフェラーゼの生物学的活性を有するものを包含し、
さらに表１［配列番号：２および４］のポリペプチドま
たはその重要部分に対して少なくとも７０％、好ましく
は表１［配列番号：２および４］のポリペプチドに対し
て少なくとも８０％の同一性を有するポリペプチドおよ
びフラグメント、より好ましくは表１［配列番号：２お
よび４］のポリペプチドに対して少なくとも９０％の類
似性を有し（より好ましくは、少なくとも９０％の同一
性を有し）、さらにより好ましくは表１［配列番号：２
および４］のポリペプチドに対して少なくとも９５％の
類似性を有する（さらにより好ましくは少なくとも９５
％の同一性を有する）ポリペプチドおよびフラグメン
ト、さらに通常には少なくとも３０個、より好ましくは
少なくとも５０個のアミノ酸を含むかかるポリペプチド
の部分を包含する。

【００３１】また本発明は表１（Ｄ）に示す式のポリペ
プチドを包含し、式中のアミノ末端においてＸは水素で
あり、カルボキシル末端においてＹは水素または金属で
あり、Ｒ１およびＲ２はアミノ酸残基、ｎは１ないし１
０００の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも
多い）により示されるアミノ酸残基の伸長部分はヘテロ
ポリマーであってもホモポリマーであってもよく、好ま
しくはヘテロポリマーである。

【００３２】フラグメントは、前述のポリペプチドのア
ミノ酸配列のすべてではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドである。ホス
ホリボシルトランスフェラーゼポリペプチドについて
は、フラグメントは「独立して存在（free standin
g）」しているか、または一部分もしくは領域を形成す
ることにより、大型のポリペプチド内に含まれていても
よく、最も好ましくは単一の連続した領域、すなわち大
型の単一ポリペプチドとして含まれる。好ましいフラグ
メントは、表１［配列番号：２および４］のアミノ酸配
列の一部分を有する末端切断されたポリペプチド、また
はそれらの変種を包含するが、その例としてはアミノ末
端を含む一連の残基を切断、またはカルボキシル末端を
含む一連の残基を切断したものがある。宿主、とりわけ
スタフィロコッカス・アウレウスにおける、本発明のポ
リペプチドの分解形態もまた好ましい。また、構造的ま
たは機能的属性により特徴づけられたフラグメント、例
えばアルファーヘリックスおよびアルファーヘリックス
形成領域、ベータシートおよびベータシート形成領域、
ターンおよびターン形成領域、コイルおよびコイル形成
領域、親水性領域、疎水性領域、アルファー両親媒性領
域、ベータ両親媒性領域、可変領域、表面形成領域、基
質結合領域、および高抗原性指標領域を含むフラグメン
トなども好ましい。ホスホリボシルトランスフェラーゼ
活性を媒介し、あるいは活性を改善し、望ましくない活
性を減じられたフラグメントである生物学的に活性のあ
るフラグメントも好ましい。動物、とりわけヒトにおい
て抗原的または免疫原的なフラグメントもまた含まれ
る。個体、特にヒトにおけるスタフィロコッカス・アウ
レウスの生存に必須の機能、あるいは疾病を開始または
維持する能力を付与する酵素の受容体またはドメインを
含むフラグメントが特に好ましい。本発明ポリペプチド
のフラグメントである変種を、ペプチド合成による対応
全長ポリペプチドの製造に使用してもよく、それゆえ、
これらの変種を全長のポリペプチド製造のための中間体
として用いてもよい。本発明ポリヌクレオチドのフラグ
メントである変種を用いて本発明の全長のポリヌクレオ
チドを合成してもよい。

【００３３】ポリヌクレオチド 本発明の別の態様は単離ポリヌクレオチドに関するもの
であり、それには表１［配列番号：２および４］の推定
アミノ酸配列を有するホスホリボシルトランスフェラー
ゼポリペプチドをコードする全長遺伝子およびそれに密
接に関連するポリヌクレオチドおよびそれらの変種が包
含される。本明細書に提供される情報を用いて、例えば
表１［配列番号：１および３］に示すポリヌクレオチド
配列を用い、出発物質スタフィロコッカス・アウレウス
WCUH29細胞からの染色体ＤＮＡフラグメントをクロー
ニングおよび配列決定するために用いるような標準的な
クローニングおよびスクリーニングを用いて、ホスホリ
ボシルトランスフェラーゼポリペプチドをコードしてい
る本発明ポリヌクレオチドを得て、次いで、全長のクロ
ーンを得てもよい。例えば、本発明ポリヌクレオチド配
列、例えば表１［配列番号：１および３］に示す配列を
得るために、イー・コリ（E.coli）またはいくつかの他
の適切な宿主におけるスタフィロコッカス・アウレウス
WCUH29の染色体ＤＮＡのクローンの典型的なライブラ
リーを、部分的配列に由来する、好ましくは１７量体ま
たはそれ以上の長さの放射性標識化オリゴヌクレオチド
にてプローブする。プローブのＤＮＡに同一であるＤＮ
Ａを担持するクローンは厳密な条件を用いて区別でき
る。元の配列から設計した配列決定プライマーを用いて
このように同定した個々のクローンを配列決定すること
により、両方向で配列が伸長できるようになり、全遺伝
子配列を決定できる。このような配列決定は便宜的にプ
ラスミドクローンから調製した変性二本鎖ＤＮＡを用い
て実施する。適切な技法については、Maniatis,T.、Fit
sch,F.F.およびSambrookら、Molecular Cloning，A Lab
oratory Manual、第２版；コールド・スプリング・ハー
バー・ラボラトリー・プレス、コールド・スプリング・
ハーバー、ニューヨーク（1989）に記載されている（Sc
reening By Hybridization 1.90およびSequencing Dena
tured Double-Stranded DNA Templates 13.70参照）。
本発明の典型例において、表１［配列番号：１］に示す
ポリヌクレオチドが、スタフィロコッカス・アウレウス
WCUH29由来のＤＮＡライブラリー中に見いだされた。

【００３４】表１［配列番号：１］に示すＤＮＡ配列
は、表１［配列番号：２］に示すアミノ酸残基数とほぼ
同数のアミノ酸からなる蛋白をコードしている読み枠を
含んでおり、蛋白の推定分子量は、当該分野でよく知ら
れたアミノ酸の分子量を用いて算出できる。ヌクレオチ
ド番号１から５２２の間の配列番号：１のポリヌクレオ
チドは配列番号：２のポリペプチドをコードする。停止
コドンは配列番号：１のヌクレオチド番号５２５から開
始する。本発明ホスホリボシルトランスフェラーゼ蛋白
は、寄託株のホスホリボシルトランスフェラーゼをコー
ドしているＤＮＡの配列決定結果により示されるよう
に、アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼファミ
リーの他の蛋白に構造的に関連している。本発明蛋白
は、イー・コリ（E. coli）のAPT ECOLIアデニンホスホ
リボシルトランスフェラーゼに対して最大の相同性を示
す。表１（配列番号：２）のホスホリボシルトランスフ
ェラーゼは、イー・コリ（E. coli）の既知アデニンホ
スホリボシルトランスフェラーゼ（EC 2.4.2.7）蛋白の
アミノ酸配列に対し、その全長にわたり約５５％の同一
性および約７２％の相同性を有する。SWISS PROT受託番
号P07672、P09993に見いだされる、APT ECOLI参照。

【００３５】本発明は、表１［配列番号：１］のコーデ
ィング配列に対して全長にわたり同一であるポリヌクレ
オチド配列を提供する。成熟ポリペプチドのコーディン
グ配列またはそれらのフラグメント、ならびにその他の
コーディング配列を有する読み枠中の成熟ポリペプチド
のコーディング配列またはそのフラグメント、例えばリ
ーダーまたは分泌配列、プレ、プロ、プレプロ蛋白配列
をコードする配列も本発明により提供される。ポリヌク
レオチドは、例えば、転写された非翻訳配列、終止シグ
ナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡを安定化する配
列、イントロン、ポリアデニル化シグナル等の転写非翻
訳配列、および付加アミノ酸をコードする付加コーディ
ング配列等の非コーディング５'および３'配列等の非コ
ーディング配列をも含有しうるが、これらに限定するの
ではない。例えば、融合ポリペプチドの精製を促すマー
カー配列をコードすることもできる。本発明のある好ま
しい態様において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター
（Qiagen, Inc.）中に提供されるようなヘキサ−ヒスチ
ジンペプチド（Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., US
A， 86:821-824（1989）に記載される）またはＨＡタグ
（Wilsonら、Cell，37:767（1984））である。本発明の
ポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子および遺伝子発現
を調節する天然の配列をも含むが、これらに限定するも
のではない。

【００３６】本発明の好ましい具体例は、ホスホリボシ
ルトランスフェラーゼポリペプチドをコードいしてい
る、表１の配列番号：１に示すヌクレオチド１から５２
２または５２５までを含むポリヌクレオチドである。

【００３７】また本発明は、表１（Ｃ）に示す式のポリ
ヌクレオチドを包含し、式中の５’末端においてＸは水
素であり、３’末端においてＹは水素または金属であ
り、Ｒ１およびＲ２は核酸残基、ｎは１ないし１０００
の整数である。いずれかのＲ基（Ｒは１個よりも多い）
により示される核酸残基の伸長部分はヘテロポリマーで
あってもホモポリマーであってもよく、好ましくはヘテ
ロポリマーである。

【００３８】上記した本明細書の用語「ポリペプチドを
コードしているポリヌクレオチド」は、本発明ポリペプ
チド配列を含むポリヌクレオチドを包含し、詳細には、
細菌のポリペプチド、より詳細には表１［配列番号：
２］に示すアミノ酸配列を有するスタフィロコッカス・
アウレウスのホスホリボシルトランスフェラーゼのポリ
ペプチドを包含する。該用語は、コーディング配列およ
び／または非コーディング配列を含んでいてもよいさら
なる領域を伴った、ポリペプチドをコードしている単一
の連続領域または不連続領域（例えば、組み込まれたフ
ァージまたは配列の挿入または配列の編集により分断さ
れたもの）を含むポリヌクレオチドを包含する。さらに
本発明は、表１［配列番号：２］の推定アミノ酸配列を
有するポリペプチドの変種をコードする上記ポリヌクレ
オチドの変種にも関する。本発明ポリヌクレオチドのフ
ラグメントである変種を用いて本発明の全長ポリヌクレ
オチドを合成してもよい。

【００３９】さらに特に好ましい具体例は、表１［配列
番号：２および４］のホスホリボシルトランスフェラー
ゼポリペプチドのアミノ酸配列を有するホスホリボシル
トランスフェラーゼ変種をコードするポリヌクレオチド
であり、その中には、いくつか、少しの、５ないし１
０、１ないし５、１ないし３、２、１または０個のアミ
ノ酸残基を置換、欠損または付加を任意の組み合わせで
施したアミノ酸配列を有する。中でもとりわけ好ましい
ものは、ホスホリボシルトランスフェラーゼの特性およ
び活性を変化させないサイレント置換、付加および欠損
である。

【００４０】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号：２］に示すアミノ酸配列を有するホスホリ
ボシルトランスフェラーゼポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチドに対して、その全長にわたり少なく
とも７０％の同一性があるポリヌクレオチド、およびか
かるポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチ
ドである。あるいはまた、寄託株のホスホリボシルトラ
ンスフェラーゼポリペプチドをコードしているポリヌク
レオチドに対してその全長にわたり少なくとも８０％同
一である領域を含むポリヌクレオチド、およびそれに対
して相補的なポリヌクレオチドが最も非常に好ましい。
この点に関して、全長で少なくとも９０％同一であるポ
リヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なくとも
９５％の同一性を有するものが特に好ましく、さらに少
なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少なくと
も９７％であるのがより好ましく、中でも少なくとも９
８％および少なくとも９９％であるのが特に好ましく、
さらに少なくとも９９％であるのがより好ましい。特に
好ましい具体例は、表１［配列番号：１］によりコード
される成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物学的機能ま
たは活性を保持するポリペプチドをコードしているポリ
ヌクレオチドである。

【００４１】本発明はさらに本明細書上述の配列にハイ
ブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に関
して、本発明は特に厳密な条件で本明細書上述のポリヌ
クレオチドにハイブリダイズするポリヌクレオチドに関
する。本明細書で用いる「厳密な条件」および「厳密な
ハイブリダイゼーション条件」なる用語は、配列間の同
一性が少なくとも９５％、好ましくは少なくとも９７％
である場合のみに起こるハイブリダイゼーションを意味
する。厳密なハイブリダイゼーション条件の例として
は、５０％ホルムアミド。５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ Ｎ
ａＣｌ、１５ｍＭクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリ
ン酸ナトリウム（ｐＨ７.６）、５ｘデンハーツ溶液、
１０％硫酸デキストラン、および２０マイクログラム／
ｍｌの変性し、剪断されたサケ精子ＤＮＡを含有する溶
液中、４２℃で一晩インキュベーションし、続いて約６
５℃で０.１ｘＳＳＣ中でフィルターを洗浄するもので
ある。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は周知で
あり、Sambrookら、Molecular Cloning，A Laboratory
Manual、第２版；コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）、とりわけその第１１章に実例が示
されている。

【００４２】本発明はまた、厳密なハイブリダイゼーシ
ョン条件で、配列番号：１または配列番号：３に示すポ
リヌクレオチド配列に関する完全遺伝子を含む適当なラ
イブラリーを、配列番号：１に示す上記ポリヌクレオチ
ド配列またはそのフラグメントの配列を有するプローブ
でスクリーニングし、ＤＮＡ配列を単離することにより
得ることのできるポリヌクレオチド配列を本質的に含む
ポリヌクレオチドをも提供する。かかるポリヌクレオチ
ドを得るために有用なフラグメントには、例えば本明細
書の別の箇所において説明するプローブおよびプライマ
ー等がある。

【００４３】本発明のポリヌクレオチドアッセイに関し
てここでさらに論じるが、例えば上述の本発明のポリヌ
クレオチドは、ホスホリボシルトランスフェラーゼをコ
ードするｃＤＮＡ全長およびゲノムクローンを単離する
ための、およびホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝
子に高度な配列類似性を有するその他の遺伝子のｃＤＮ
Ａおよびゲノムクローンを単離するための、ＲＮＡ、ｃ
ＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼーション
プローブとして使用することができる。このようなプロ
ーブは通常少なくとも１５塩基を含む。好ましくはこの
ようなプローブは少なくとも３０塩基を有し、少なくと
も５０塩基を有していてもよい。とりわけ好ましいプロ
ーブは少なくとも３０塩基を有し、５０塩基またはそれ
以下である。例えば、ホスホリボシルトランスフェラー
ゼ遺伝子のコーディング領域は、配列番号：１に示すＤ
ＮＡ配列を用いてオリゴヌクレオチドプローブを合成し
てスクリーニングすることにより単離できる。次いで、
本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有する標識オリ
ゴヌクレオチドを、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡまたはｍＲ
ＮＡのライブラリーのスクリーニングに用い、プローブ
がライブラリーのいずれのメンバーにハイブリダイゼー
ションするのかを決定する。

【００４４】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、例えば、疾病とりわけヒトの疾病の治療法およ
び診断法の発見のための研究試薬および材料として使用
でき、とりわけポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに論じる。配列番号：１および／または２
の配列由来のオリゴヌクレオチドである本発明ポリヌク
レオチドを本明細書記載の方法に使用してもよいが、好
ましくはＰＣＲに使用して、本明細書で同定したポリヌ
クレオチドの全体または一部が感染した組織に転写され
るかどうかを決定する。かかる配列が、病原体が達成し
た感染段階および感染型の診断にも有用であることが理
解される。

【００４５】また本発明は、さらなるアミノもしくはカ
ルボキシル末端アミノ酸、または成熟ポリペプチドに内
在するアミノ酸を加えた成熟蛋白であるポリペプチドを
コードできるポリヌクレオチドも提供する（例えば成熟
形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場合）。この
ような配列は、前駆体から成熟形態への蛋白のプロセッ
シングに役割を担い、蛋白の輸送を可能にし、蛋白の半
減期を延長もしくは短縮し、またはとりわけアッセイも
しくは製造のための蛋白の操作を容易にすることができ
る。一般的にインビボの場合、付加アミノ酸は、細胞性
酵素によりプロセッシングされ、成熟蛋白から取り除か
れる。１またはそれ以上のプロ配列と融合した成熟形態
のポリペプチドを有する前駆蛋白は、ポリペプチドの不
活性形態でありうる。プロ配列が除去されると、通常に
はこのような不活性前駆体が活性化される。プロ配列の
いくつかまたはすべてを活性化の前に除去できる。通
常、このような前駆体はプロ蛋白と称される。要する
に、本発明のポリヌクレオチドは成熟蛋白、リーダー配
列を加えた成熟蛋白（プレ蛋白と称することができ
る）、プレ蛋白のリーダー配列ではない１またはそれ以
上のプロ配列を有する成熟蛋白の前駆体、またはリーダ
ー配列および１またはそれ以上のプロ配列を有するプロ
蛋白の前駆体であるプレプロ蛋白をコードしていてもよ
く、プロ配列は通常ポリペプチドの活性および成熟形態
を生成するプロセッシング段階で除去される。

【００４６】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、ポリヌクレオチドまたは本発明のポリヌ
クレオチドを含むベクター、本発明ベクターで遺伝子操
作される宿主細胞および組換え技法による本発明のポリ
ペプチドの製造にも関する。本発明ＤＮＡ構築物に由来
するＲＮＡを用い、無細胞翻訳系を用いてこのような蛋
白を製造できる。組換え体を製造するために、宿主細胞
を遺伝子操作して、発現系もしくはそれらの一部、また
は本発明のポリヌクレオチドを組み込むことができる。
ポリヌクレオチドの宿主細胞への導入は、例えば、Davi
sら、Basic Methods in Molecular Biology（1986）；S
ambrookら、Molecular Cloning；A Laboratory Manua
l、第２版；コールド・スプリング・ハーバー・ラボラ
トリー・プレス、コールド・スプリング・ハーバー、ニ
ューヨーク（1989）のように、多くの標準的な実験マニ
ュアルに記載される方法により行うことができ、例えば
リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デ
キストラン媒介トランスフェクション、トランスベクシ
ョン、マイクロインジェクション、陽イオン脂質媒介ト
ランスフェクション、エレクトロポレーション、トラン
スダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入お
よび感染等がある。

【００４７】適当な宿主の代表的なものには、細菌細
胞、例えばストレプトコッカス属（Streptococci）、ス
タフィロコッカス属（Staphylococci）、エンテロコッ
カス属（Enterococci）、イー・コリ（E.coli）、スト
レプトミセス（Streptomyces）およびバチルス・ズブチ
リス（Bacillus subtiis）細胞；真菌細胞、例えば酵母
細胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆
虫細胞、例えばドロソフィラＳ２（Drosophila S2）お
よびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；動物
細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３
Ｔ３、ＢＨＫ、２９３およびボウズ（Bows）黒色腫細
胞；ならびに植物細胞等がある。

【００４８】本発明のポリペプチドを製造するために非
常に多くの発現系を使用できる。このようなベクターに
は、染色体、エピソームおよびウイルス由来のベクタ
ー、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入エ
レメント由来、酵母染色体エレメント由来、例えばバキ
ュロウイルス、パポバウイルス、例えばＳＶ４０、ワク
シニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性
狂犬病ウイルスおよびレトロウイルス等のウイルス由来
のベクター、ならびにそれらを組み合わせたものに由来
するベクター、例えばプラスミドおよびバクテリオファ
ージの遺伝学的エレメント由来のベクター、例えばコス
ミドおよびファージミド等がある。発現系の構築物は発
現を制御および引き起こす調節領域を含有していてもよ
い。この点に関して、一般的には、宿主中にポリヌクレ
オチドを保持、伸長または発現するのに、および／また
はポリペプチドを発現するのに適した任意の系またはベ
クターを発現に使用できる。周知のおよび通常的な種々
の任意の技術により、適当なＤＮＡ配列を発現系に挿入
してもよく、例えばSambrookら、Molecular Cloning，A
Laboratory Manual（上述）に記載されている。

【００４９】翻訳蛋白を、小胞体内腔、ペリプラスミッ
クスペースまたは細胞外環境へ分泌させるために、適当
な分泌シグナルを発現するポリペプチドに組み込むこと
ができる。これらのシグナルはポリペプチドに本来的な
ものであってもく、あるいは異種性のシグナルでもよ
い。

【００５０】本発明のポリペプチドは周知の方法によ
り、組換え細胞培養物から回収および精製でき、その方
法には、例えば硫酸アンモニウムまたはエタノール沈
殿、酸抽出、陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラ
フィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水性
相互作用クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよび
レクチンクロマトグラフィー等がある。高速液体クロマ
トグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペ
プチドが単離および／または精製中に変性した場合、再
び活性なコンホーメーションにするために、蛋白再生の
ための周知の技法を用いることができる。

【００５１】診断アッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明のホ
スホリボシルトランスフェラーゼポリヌクレオチドの使
用にも関する。真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトに
おけるホスホリボシルトランスフェラーゼの検出は、疾
患の診断のための診断法を提供する。ホスホリボシルト
ランスフェラーゼ遺伝子を含む生物に感染した真核生物
（本明細書において「個体」とも称する）とりわけ哺乳
動物、特にヒトを種々の方法によりＤＮＡレベルで検出
できる。診断用の核酸は、感染した個体の細胞および組
織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚より得るこ
とができる。ゲノムＤＮＡを直接検出に使用してもよ
く、あるいは分析の前にＰＣＲもしくはその他の増幅法
を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡまたは
ｃＤＮＡもまた同じ方法で用いることができる。増幅法
を用いると、真核生物とりわけ哺乳動物、特にヒトに存
在する原核生物株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の分析
により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝子型
と比較した場合の増幅産物の大きさの変化により、欠損
および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを
標識化ホスホリボシルトランスフェラーゼポリヌクレオ
チド配列にハイブリダイズさせることにより同定でき
る。完全に対合した配列はＲＮアーゼ消化により、また
は融解温度の差により、誤対合二重らせんから区別でき
る。変性剤含有または不含ゲル中のＤＮＡフラグメント
の電気泳動の移動度の変化を検出することにより、また
は直接的なＤＮＡの配列決定により、ＤＮＡ配列の差を
検出してもよい。例えばMeyersら、Science，230:1242
（1985）参照。また、特異的な位置での配列の変化を、
ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮアーゼおよびＳ
１保護または化学的切断法によって明らかにしてもよ
い。例えばCottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA，
85:4397-4401（1985）参照。

【００５２】本発明の遺伝子の突然変異または多型性を
担持する細胞を、種々の技術により、ＤＮＡレベルで、
例えばセロタイピングすることにより検出してもよい。
例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて突然変異を検出すること
ができる。ＲＴ−ＰＣＲは自動検出系、例えばGeneScan
等と組み合わせて用いるのがとりわけ好ましい。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡを同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲ
に用いてもよい。例を挙げると、ホスホリボシルトラン
スフェラーゼをコードする核酸に相補的なＰＣＲプライ
マーは、突然変異を同定および分析するのに用いること
ができる。典型的なプライマーの例を下表２に示す。

【００５３】表２ ホスホリボシルトランスフェラーゼポリヌクレオチドの
増幅のためのプライマー 配列番号 プライマー配列 5 5'-GCAATACGTATCAGAAGTTC-3' 6 5'-GATACCGCCTAATTTTTCAAC-3'

【００５４】本発明はまた、５'および／または３'末端
から１、２、３または４個のヌクレオチド除去したプラ
イマーをも提供する。該プライマーを用いて、感染個体
から単離された遺伝子を増幅してもよく、次いで、該遺
伝子をＤＮＡ配列を調べるための種々の技法に供しても
よい。このように、ＤＮＡ配列における突然変異を検出
し、感染の診断および感染性物質のセロタイピングおよ
び／または分類に使用することができる。

【００５５】本発明はまた、疾患、好ましくは細菌感
染、より好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスに
よる感染、および最も好ましくは、上気道感染（例え
ば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状腺
炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓感
染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、分
泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例え
ば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、角
膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、腎
および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周囲
膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の診断方法を提供
し、該方法は、表１［配列番号：１］の配列を有するポ
リヌクレオチドのの発現レベルの上昇を個体由来の試料
から検出することを特徴とする。ホスホリボシルトラン
スフェラーゼポリヌクレオチドの発現の増加または低下
は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野でよく知
られたいずれかの方法、例えば増幅、ＰＣＲ、ＲＴ−Ｐ
ＣＲ、ＲＮアーゼ保護、ノーザンブロッティングおよび
その他のハイブリダイゼーション法を用いて測定でき
る。

【００５６】さらに、正常対照組織サンプルと比較し
て、ホスホリボシルトランスフェラーゼ蛋白の過剰発現
を検出するための本発明診断アッセイを用いて、例えば
感染の存在を検出してもよい。宿主由来のサンプル中の
ホスホリボシルトランスフェラーゼ蛋白のレベルを決定
するために用いることができるアッセイ技法は、当業者
に周知である。かかるアッセイ法には、ラジオイムノア
ッセイ、競争結合アッセイ、ウェスタンブロット分析お
よびＥＬＩＳＡアッセイ等がある。

【００５７】抗体 本発明のポリペプチドもしくはそれらの変種、またはそ
れらを発現する細胞を免疫源として用いて、かかるポリ
ペプチドに免疫特異的な抗体を得ることができる。本明
細書で用いる「抗体」には、モノクローナルおよびポリ
クローナル抗体、キメラ、一本鎖、サル化抗体およびヒ
ト化抗体、ならびにＦａｂフラグメントが包含され、さ
らに免疫グロブリン発現ライブラリーの産物等のＦａｂ
フラグメントも包含される。本発明のポリペプチドに対
して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトープが付
いたフラグメント、アナログまたは細胞を、好ましくは
ヒトはでない動物に通常の実験法を用いて投与すること
により得ることができる。連続的細胞系培養により産生
される抗体を提供する、当業者周知の技術を用いて、モ
ノクローナル抗体を調製することができる。例として
は、Kohler， G.およびMilstein, C.，Nature， 256:49
5-497 （1975）； Kozborら、Immunology Today， 4:72
（1983）； Coleら、Monoclonal Antibodies and Canc
er Therapy, Alan R Liss, Inc.、77-96頁（1985）に記
載されるような種々の技法がある。一本鎖抗体の産生の
ために記載された技術（米国特許第４９４６７７８号）
を適用して、本発明ポリペプチドに対する一本鎖抗体を
得ることができる。また、トランスジェニックマウスま
たはその他の生物、例えばその他の哺乳動物を用いてヒ
ト化抗体等の抗体を発現させてもよい。

【００５８】別法として、ファージディスプレイ技法を
用いて、抗−ポリペプチドを有することにつきスクリー
ニングされたヒト・リンパ球のＰＣＲ増幅されたｖ遺伝
子のレパートリーから、抗−ホスホリボシルトランスフ
ェラーゼを有することについてスクリーニングされたヒ
トから、あるいは無処理のライブラリーから、ポリペプ
チドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選別するこ
ともできる（McCafferty, J.ら、Nature 348:552-554
（1990）； Marks, J.ら、Biotechnology 10:779-783
（1992））。これらの抗体の親和性はチェインシャフリ
ング（chain shuffling）により改善することもできる
（Clackson, T.ら、Nature 352:624-628 （1991））。

【００５９】二つの抗原結合ドメインが存在する場合、
各ドメインは「二特異性」抗体と称する異なるエピトー
プに対して指向される。上記抗体を用いてポリペプチド
を発現するクローンを単離または同定してもよく、上記
抗体を親和性クロマトグラフィーにより精製することが
できる。

【００６０】従って、とりわけホスホリボシルトランス
フェラーゼに対する抗体を、感染、とりわけ細菌感染、
特に上気道感染（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性
咽頭蓋炎、甲状腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、
肺膿瘍）、心臓感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸
感染（例えば、分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、
ＣＮＳ感染（例えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼
瞼炎、結膜炎、角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣
炎、涙嚢炎)、腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、
腎内および腎周囲膿瘍、トキシックショック症候群）、
皮膚感染（例えば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣
炎、創傷感染、細菌性筋炎）、ならびに骨および関節感
染（例えば、敗血症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の
治療に用いてもよい。

【００６１】ポリペプチド変種には抗原的、エピトープ
的または免疫学的に等価な変種等があり、本発明の特定
の態様である。本明細書で用いる「抗原的に等価な誘導
体」なる用語は、本発明により蛋白またはポリペプチド
に対して生成した場合、病原および哺乳動物宿主間での
即時的な物理的相互作用を妨害する特定の抗体により特
異的に認識されるポリペプチドまたはその同等物を包含
する。本明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」な
る用語は、脊椎動物において抗体を産生させるのに適し
た処方を用いた場合、抗体が病原および哺乳動物宿主間
での即時的な物理的相互作用を妨害するように作用する
ペプチドまたはその等価物を包含する。

【００６２】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはそれらの融合蛋白は、マウスまた
はその他の動物例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用できる。融合蛋白はポリペプチ
ドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合すること
により、免疫原性キャリヤ蛋白、例えばウシ血清アルブ
ミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リンペット・ヘモシ
アニン（keyhole limpet haemocyanin：ＫＬＨ）に結合
することができる。あるいはまた、蛋白もしくはポリペ
プチド、またはそれらに抗原的もしくは免疫学的に等価
なポリペプチドの多重コピーを含む多重抗原ペプチド
は、免疫原性を改良するための十分な抗原性を有してい
るので、キャリヤーを使用しなくてすむ。

【００６３】好ましくは、抗体またはそれらの変種を、
個体における免疫原性を減じるために修飾する。例え
ば、個体がヒトである場合、最も好ましくは、抗体は
「ヒト化」されており；この場合、ハイブリドーマ由来
の抗体の相補性決定領域がヒト・モノクローナル抗体に
移植されており、例えばJones,P.ら、Nature 321:522-5
25（1986）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273
（1991）に記載されている。本発明のポリヌクレオチド
を遺伝学的免疫において使用する場合、例えばプラスミ
ドＤＮＡの筋肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Gene
t.1:363（1992）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther.4:419
（1963））、特異的蛋白キャリヤーとＤＮＡとの複合体
の送達（Wuら、J.Biol.Chem.264:16985（1989））、リ
ン酸カルシウムとのＤＮＡ共沈（Benvenisty & Reshe
f、PNAS 83:9551（1986））、種々の形態のリポソーム
中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243:375（198
9））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356:152（199
2）；Eisenbraunら、DNA Cell Biol.12:791（1993））
およびクローン化レトロウイルスベクターを用いたイン
ビボ感染（Seegerら、PNAS 81:5849（1984））等の適切
な送達方法を用いるのが好ましい。

【００６４】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明ポリペプチドを用いて、例えば、細胞、無細胞標
品、化学ライブラリー、および天然産物混合物中におけ
る小型分子基質およびリガンドの結合を評価してもよ
い。これらの基質およびリガンドは天然基質およびリガ
ンドであってもよく、構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい。例えば、Coligan et al.,Current Protoco
ls in Immunology 1(2):Chapter 5 (1991)参照。

【００６５】また本発明は、ホスホリボシルトランスフ
ェラーゼポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を
増強（アゴニスト）または阻害（アンタゴニスト）する
化合物、詳細には、静菌性および／または殺菌性化合物
を同定するための、化合物のスクリーニング方法をも提
供する。該スクリーニング方法は高処理量の方法であ
る。例えば、アゴニストまたはアンタゴニストをスクリ
ーニングするために、ホスホリボシルトランスフェラー
ゼポリペプチドを含む、合成反応混合物、膜、細胞表面
膜もしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、また
はそれらのいずれかの調製物、およびこのようなポリペ
プチドの標識基質またはリガンドを、ホスホリボシルト
ランスフェラーゼアゴニストまたはアンタゴニストとな
りうる候補分子の存在下または不在下でインキュベーシ
ョンする。候補分子がホスホリボシルトランスフェラー
ゼポリペプチドにアゴナイズまたは拮抗する能力は、標
識化リガンドの結合の低下またはこのような基質からの
生成物の産生の低下に反映される。結合しても影響を及
ぼさない分子、すなわちホスホリボシルトランスフェラ
ーゼの効果を誘導しない分子は、最も良好なアンタゴニ
ストである可能性がある。結合性が良好で、基質からの
生成物の生成速度を高める分子はアゴニストである。基
質からの生成物の生成速度またはレベルはリポーターシ
ステムを用いることにより強調できる。この点に関して
有用なリポーターシステムには、生成物に転換される比
色測定用標識化基質、ホスホリボシルトランスフェラー
ゼポリヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に反
応するリポーター遺伝子、および当該分野で周知の結合
アッセイ等があるが、これらに限定するものではない。

【００６６】ホスホリボシルトランスフェラーゼアンタ
ゴニストのアッセイのもう１つの例は競争アッセイであ
り、競争阻害アッセイに適した条件下で、ホスホリボシ
ルトランスフェラーゼおよび潜在的アンタゴニストを、
ホスホリボシルトランスフェラーゼ結合分子、組換えホ
スホリボシルトランスフェラーゼ結合分子、天然基質も
しくはリガンド、または基質もしくはリガンド模倣物と
混合する。例えば放射活性または比色測定用化合物によ
りホスホリボシルトランスフェラーゼ分子を標識し、結
合分子に結合した、または生成物に変換されたホスホリ
ボシルトランスフェラーゼ分子の数を正確に決定して、
潜在的なアンタゴニストの効果を評価できる。

【００６７】潜在的アンタゴニストには、本発明ポリペ
プチドに結合し、そのことによりその活性を阻害し消失
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体などがある。また、潜在的アンタゴニストは、密接に
関連した蛋白または抗体のごとき小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドであってもよく、それらは結合分子の
同じ部位に結合するが、ホスホリボシルトランスフェラ
ーゼにより誘導される活性を誘導せず、それゆえホスホ
リボシルトランスフェラーゼを結合から排除することに
よりホスホリボシルトランスフェラーゼの作用を妨害す
る。潜在的アンタゴニストには、ポリペプチドの結合部
位に結合し、およびそれを占領し、それにより細胞性結
合分子への結合を防御して、正常の生物学的活性を防御
する小型分子等がある。小型分子の例としては、小型有
機分子、ペプチド、ペプチド様分子等があるが、これら
に限定するものではない。その他の潜在的アンタゴニス
トにはアンチセンス分子等がある（これらの分子につい
ての記載に関してはOkano,J.，Neurochem.56:560（199
1）；Oligodeoxy-nucleotides as Antisense Inhibitor
s of Gene Expression，ＣＲＣプレス、ボッカラート
ン、フロリダ州（1988）参照）。好ましい潜在的アンタ
ゴニストには、ホスホリボシルトランスフェラーゼ関連
化合物およびホスホリボシルトランスフェラーゼ変種等
がある。

【００６８】本明細書に示す各ＤＮＡ配列を、抗細菌化
合物の発見および開発に使用してもよい。コードされて
いる蛋白は、発現した場合、抗細菌剤のスクリーニング
のための標的として使用されうる。さらに、コードされ
ている蛋白のアミノ末端領域または各ｍＲＮＡのシャイ
ン−ダルガノ配列または他の翻訳容易化配列をコードし
ているＤＮＡ配列を用いてアンチセンス配列を構築し、
目的コーディング配列の発現を制御することもできる。

【００６９】本発明は、感染の続発症に関与する病因お
よび哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を妨害する
ための本発明ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは阻
害物質の使用を提供する。とりわけ本発明分子を、内在
デバイス上の哺乳動物細胞外マトリックス蛋白または傷
における細胞外マトリックス蛋白への細菌の付着、詳細
にはグラム陽性細菌の付着の防止；例えば、哺乳動物チ
ロシンキナーゼのホスホリレーションを開始することに
よる、ホスホリボシルトランスフェラーゼ蛋白により媒
介される哺乳動物細胞への侵入のブロック（Rosenshine
et al.,Infect.Immunol.60:2211(1992)）；哺乳動物細
胞外マトリックス蛋白と細菌ホスホリボシルトランスフ
ェラーゼ蛋白との間の、組織ダメージを媒介する細菌付
着のブロック；内在デバイスの移植または他の外科的方
法以外により開始される、感染における通常の病状の進
行のブロックに使用することができる。

【００７０】本発明アンタゴニストおよびアゴニスト
を、例えば、感染、とりわけ細菌感染、特に上気道感染
（例えば、中耳炎、細菌性気管炎、急性咽頭蓋炎、甲状
腺炎）、下気道感染（例えば、蓄膿症、肺膿瘍）、心臓
感染（例えば、感染性心内膜炎）、胃腸感染（例えば、
分泌性下痢、脾臓膿瘍、腹膜後膿瘍）、ＣＮＳ感染（例
えば、大脳膿瘍）、眼感染（例えば、眼瞼炎、結膜炎、
角膜炎、眼内炎、前中隔および眼窩蜂巣炎、涙嚢炎)、
腎および尿管感染（例えば、副睾丸炎、腎内および腎周
囲膿瘍、トキシックショック症候群）、皮膚感染（例え
ば、膿痂疹、毛嚢炎、皮膚膿瘍、蜂巣炎、創傷感染、細
菌性筋炎）、ならびに骨および関節感染（例えば、敗血
症性関節炎、骨髄炎）のごとき疾病の抑制および治療に
用いてもよい。

【００７１】ワクチン 本発明の別の態様は、個体とりわけ哺乳動物における免
疫学的反応を誘導する方法に関し、該方法は、感染、詳
細には細菌感染、最も詳細にはスタフィロコッカス・ア
ウレウス感染から個体を防御するための抗体および／ま
たはＴ細胞応答を生じさせるに十分なホスホリボシルト
ランスフェラーゼまたはそのフラグメントもしくは変種
を個体に接種することを特徴とする。かかる免疫学的応
答が細菌の複製を遅らせる方法も提供される。本発明の
さらにもう１つの態様は、個体における免疫学的応答の
誘導方法に関し、該方法は、疾病が個体においてすでに
確立されているか否かにかかわらず、インビボでホスホ
リボシルトランスフェラーゼ、またはそのフラグメント
もしくは変種を発現させるためにホスホリボシルトラン
スフェラーゼまたはそのフラグメントもしくは変種の発
現を指令する核酸ベクターをかかる個体に送達して、例
えば、抗体および／またはＴ細胞免疫応答（例えば、サ
イトカイン産生Ｔ細胞または細胞毒性Ｔ細胞）を生じさ
せる免疫学的応答を誘導して、該個体を疾病から防御す
る抗体を産生させることを特徴とする。迅速に遺伝子を
所望細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーディ
ングすること等がある。 かかる核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸、また
はＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。

【００７２】本発明のさらなる態様は、免疫学的反応を
宿主内に誘導できる、または誘導されたた宿主に導入し
た場合、ホスホリボシルトランスフェラーゼまたはそれ
によりコードされている蛋白に対する免疫学的反応を該
宿主に誘導する免疫学的組成物に関し、その組成物は組
換えホスホリボシルトランスフェラーゼまたはそれによ
りコードされている蛋白を含み、ホスホリボシルトラン
スフェラーゼまたはそれによりコードされている蛋白に
対する抗原をコードし発現するＤＮＡを含む。免疫学的
応答を治療的または予防的に用いてもよく、また免疫学
的応答はＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生じるような
抗体免疫または細胞性免疫の形態であってもよい。

【００７３】ホスホリボシルトランスフェラーゼポリペ
プチドまたはそれらのフラグメントを、それ自身は抗体
を産生しないが、第１の蛋白を安定化し、免疫原的およ
び保護特性を有する融合蛋白を産生する能力のある共存
蛋白（co-protein）と融合させてもよい。好ましくは、
かかる融合組換え蛋白は、抗原補蛋白、例えばヘモフィ
ルス・インフルエンザエ（Hemophilus influenzae）由
来のリポ蛋白Ｄ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラー
ゼ（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼのごとき
共存蛋白、蛋白を可溶化してそれらの産生および精製を
促進する比較的大きな共存蛋白等を含む。さらに、共存
蛋白は免疫系において普遍的な刺激を提供するという意
味で、アジュバントとして作用することができる。共存
蛋白は第１の蛋白のアミノまたはカルボキシル末端のど
ちらかに結合できる。

【００７４】本発明は、本発明のポリペプチドまたはポ
リヌクレオチドおよびSato Y.ら、Science 273:352 (19
66)に記載されているような免疫刺激ＤＮＡ配列を含む
組成物、とりわけワクチン組成物、および方法を提供す
る。

【００７５】また、本発明は、スタフィロコッカス・ア
ウレウスに感染した動物モデルにおいて、かかる遺伝的
免疫化実験に用られるＤＮＡ構築物中の細菌細胞表面蛋
白の不変領域をコードすることが示されている、説明し
たポリヌクレオチドまたはとりわけそれらのフラグメン
トを用いる方法を提供し、これらはとりわけ予防的また
は治療的免疫反応を刺激することができる蛋白エピトー
プを同定するのに有用である。この研究は、哺乳動物、
とりわけヒトにおける細菌感染とりわけスタフィロコッ
カス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置の開発
のために、感染に抵抗しこれを一掃するのに成功した動
物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗体をう
まく調製することを可能にすると思われる。

【００７６】ポリペプチドを宿主接種用抗原として用い
て、例えば損傷組織への細菌の付着を阻害することによ
り細菌の侵入に対して防御する特異的抗体を得てもよ
い。組織損傷の例としては、例えば機械的、化学的もし
くは熱的ダメージにより、または内在デバイスの埋め込
みにより引き起こされた皮膚または結合組織の創傷、ま
たは粘膜、例えば口、乳腺、尿道または膣の創傷等があ
る。

【００７７】また本発明は、適切な担体と一緒になった
免疫原性組換え蛋白を含有するワクチン処方を包含す
る。蛋白は胃で分解されうるので、非経口的に、例えば
皮下、筋肉内、静脈内または皮膚内等に投与するのが好
ましい。非経口投与に適した処方には、抗酸化剤、緩衝
液、静細菌剤、および処方を個体の体液（好ましくは血
液）と等張にする溶質を含有していてもよい水性または
非水性無菌注射液、および懸濁化剤または増粘剤を含有
していてもよい水性または非水性無菌懸濁液等がある。
処方は１回投与または多回投与用容器、例えばシールし
たアンプルおよびバイアルに入れてよく、使用直前に無
菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥状態として
保存してもよい。ワクチン処方は処方の免疫原性を高め
るアジュバント系を含有していてもよく、例えば水中油
系または当該分野で周知のその他の系等がある。投与量
はワクチンの特異的活性に依存し、通常の実験法により
容易に決定できる。本発明を特定のホスホリボシルトラ
ンスフェラーゼ蛋白に関して説明したが、本発明は天然
に存在する蛋白および、実質的に組換え蛋白の免疫原特
性に影響しない付加、欠失または置換を施した類似の蛋
白のフラグメントを包含することが理解されよう。

【００７８】組成物、キットおよび投与 本発明はまた上述のポリヌクレオチドもしくはポリペプ
チド、またはそれらのアゴニストもしくはアンタゴニス
トを含む組成物にも関する。本発明ポリペプチドを、細
胞、組織もしくは生物に用いられる未滅菌もしくは滅菌
済み担体と混合して、例えば対象への投与に適した医薬
的担体と混合して用いることができる。このような組成
物は、例えば溶媒添加物または治療上有効量の本発明ポ
リペプチド、および医薬的に許容できる担体または賦形
剤を含む。このような担体には生理食塩水、緩衝化生理
食塩水、デキストロース、水、グリセロール、エタノー
ルおよびそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定
するものではない。処方は投与法に適したものにすべき
である。さらに本発明は、１またはそれ以上の上記本発
明組成物成分を充填した１またはそれ以上の容器を含む
診断用および医薬用パックおよびキットにも関する。

【００７９】本発明ポリペプチドおよびその他の化合物
を、単独で、あるいは治療用化合物等のその他の化合物
と組み合わせて用いてもよい。いずれかの有効かつ利便
的な方法、例えば、とりわけ局所、経口、経膣、静脈
内、腹膜腔内、筋肉内、皮下、鼻腔内、または皮膚内の
経路で医薬組成物を投与してもよい。治療において、ま
たは予防薬として、活性物質を注射用組成物として、例
えば好ましくは等張の無菌水性分散物として個体に投与
できる。別法として、組成物を局所適用用、例えば軟
膏、クリーム、ローション、眼軟膏、点眼液、点耳液、
洗口剤、含浸包帯および縫合用の糸、ならびにエアロゾ
ール等の形態に処方してもよく、適当な慣用的な添加
物、例えば保存剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならび
に軟膏およびクリームには軟化剤を含有していてもよ
い。かかる局所用処方は、適合した慣用的な担体、例え
ばクリームまたは軟膏基剤、およびローションにはエタ
ノールまたはオレイルアルコールを含有していてもよ
い。このような担体は重量で処方の約１％から約９８％
であってよく、より通常には重量で処方の約８０％まで
とする。哺乳動物とりわけヒトに投与するために、活性
物質の１日あたりの投与量は、０.０１ｍｇ／ｋｇから
１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には約１ｍｇ／ｋｇであ
る。医者はあらゆる場合、個体に最も適した実際の投与
量を決定し、年齢、体重および特に個体の反応性に応じ
て変化させる。上述の投与量は、平均的なケースの典型
例である。もちろん、高用量および低用量の範囲が適合
する個々の例もあり、かかる例は本発明の範囲内であ
る。

【００８０】内在デバイスには外科的インプラント、補
てつデバイスおよびカテーテル等があり、即ち個体の体
に導入し、長時間その位置に存在するものである。この
ようなデバイスには、例えば人工関節、心臓弁、ペース
メーカー、血管移植片、血管カテーテル、脳脊髄液シャ
ント、尿カテーテル、継続的歩行可能腹膜透析（contin
uous ambulatory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カ
テーテル等がある。本発明の組成物を注射により投与
し、内在デバイスの挿入の直前に、関連細菌に対する全
身的な効果を得てもよい。手術後、デバイスが体内に存
在する期間中、処置を続けてもよい。さらに、外科的手
技中に広げるカバーに用いて、細菌性創傷感染、とりわ
けスタフィロコッカス・アウレウスの創傷感染を防御す
ることもできる。

【００８１】多くの整形外科医は、補てつ関節を有する
ヒトについては、菌血症を生じうる歯科的処置の前に抗
生物質予防法を考慮すべきであると考えている。遅延性
の重篤な感染は、時々補てつ関節を失うに至る深刻な合
併症であり、有意性のある罹病率および死亡率を伴う。
それゆえ、この状況において、予防的な抗生物質に代わ
るものとして、活性物質の使用を拡張することが可能で
ある。

【００８２】上述の治療に加え、一般的には本発明組成
物を創傷の治療薬として使用して、創傷組織に曝露した
マトリックス蛋白に細菌が付着するのを防いでもよく、
歯科治療においては抗生物質による予防法に代えて、ま
たはそれと組み合わせて予防的に使用してもよい。

【００８３】別法として、本発明の組成物を用いて挿入
直前の内在デバイスを浸してもよい。創傷または内在デ
バイスを浸すためには、活性物質は１μｇ／ｍｌから１
０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ましい。ワクチン組成
物を便宜的に注射可能な形態にする。慣用的なアジュバ
ントを用いて免疫反応を高めてもよい。ワクチン化に適
した単位投与量は、抗原０.５〜５μｇ／ｋｇであり、
このような投与量は１〜３週間隔で１〜３回投与するの
が好ましい。本発明化合物については、指示した投与量
範囲では、適切な個体への投与を妨げるような不利な毒
性効果は観察されない。本明細書に開示した各文献を、
参照によりその全体が本明細書に記載されているものと
みなす。本願が優先権を主張しているいずれの特許出願
も、参照によりその全体が本明細書に記載されているも
のとみなす。

【００８４】

【実施例】以下の実施例は、詳細に説明したこと以外
は、当業者に周知で通常的な標準的な技法を用いて実施
する。実施例は説明のためにのみ示すもので、本発明を
限定するものではない。 実施例１：菌株の選択、ライブラリーの製造および配列
決定 配列番号：１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチ
ドを、イー・コリ（E.coli）中のスタフィロコッカス・
アウレウスの染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーか
ら得た。重複するスタフィロコッカス・アウレウスのＤ
ＮＡを含有する２個またはそれ以上のクローンからの配
列決定データを用いて配列番号：１の隣接ＤＮＡ配列を
構築した場合もある。通常の方法、例えば以下の方法１
および２によりライブラリーを製造できる。全細胞ＤＮ
Ａは、スタフィロコッカス・アウレウス WCUH29から、
標準法に準じて単離し、二つの方法のどちらかによりサ
イズ分画する。

【００８５】方法１ 標準法に準じてサイズ分画化するために、全細胞ＤＮＡ
を注射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの
大きさのフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよびＤ
ＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断されているベクターラムダＺａｐＩＩに
連結し、標準法によりライブラリーをパッケージング
し、次いでパッケージングしたライブラリーで大腸菌を
感染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。

【００８６】方法２ 全細胞ＤＮＡは、ライブラリーベクター（例えば、Ｒｓ
ａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓｈｌ２３５Ｉ）にクロ
ーニングするための一連のフラグメントを適切に生じる
１の制限酵素または制限酵素の組み合わせで部分的加水
分解し、かかるフラグメントを標準法に準じてサイズ分
画化する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメ
ントに連結し、次いでＥｃｏＲＩで切断されているベク
ターラムダＺａｐＩＩに連結し、標準法によりライブラ
リーをパッケージングし、次いでパッケージングしたラ
イブラリーで大腸菌を感染させる。ライブラリーを標準
法により増幅する。

【００８７】実施例２ この実施例は、感染中のスタフィロコッカス・アウレウ
スからの遺伝子発現の決定について説明する。スタフィ
ロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９に感染７２時間目
のマウス鼠蹊部あるいは慢性感染した８日目のマウスの
腎臓由来の壊死脂肪組織を、カオトロピック剤およびＲ
ＮＡａｓｅ阻害剤の存在下で効果的に破砕し処理して動
物ＲＮＡおよび細菌ＲＮＡの混合物を得る。安定な調合
物および高収率の細菌ＲＮＡを得るための破砕および処
理の最適条件は、その後のノーザンブロット上における
スタフロコッカス・アウレウスエ １６Ｓ ＲＮＡに特異
的な放射性標識オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼ
ーションの使用にも用いる。得られたＲＮＡについての
ＲＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡａｓｅ不含、ＤＮＡおよび蛋
白不含の調合物は、スタフィロコッカス・アウレウスＷ
ＣＵＨ２９の各遺伝子の配列から設計されたユニークな
プライマーペアーを用いる逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣ
Ｒ）に適する。

【００８８】ａ）感染のマウス動物モデル（鼠蹊部）か
らのスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９感染
組織の単離は以下の手順を含む。体積１０ｍｌの滅菌栄
養培地（No.2 Oxoid）に、寒天培養プレートから単離し
た個々のスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９
のコロニーを撒く。３７℃で１６〜２０時間培養物を好
気的にインキュベーション（静置培養）する。このスタ
フィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９ブロス培養物
（ブロス中に約１０⁸ｃｆｕ／ｍｌとなるよう希釈）
０．５ｍｌを右前足の大腿部（鼠蹊部）に皮下注射する
ことにより４週齢のマウス（メス、１８〜２２ｇ、ＭＦ
１株）をそれぞれ感染させる。感染後２４時間は、マウ
スを定期的にモニターすべきであり、その後、研究終了
まで毎日モニターすべきである。全身感染の徴候、すな
わち、昏睡、逆立った毛、群れからの離脱を示す動物を
詳細にモニターすべきであり、徴候が瀕死状態に至る場
合には動物を即座に除去すべきである。傷害進展を示す
外部から目で見てわかる徴候は感染２４〜４８時間後に
現れるであろう。動物の腹部の試験により、皮膚下の膿
瘍の盛り上がった輪郭が示されるであろう。局所的な傷
害は右の下大腿部にとどまるはずであるが、場合によっ
ては左の下大腿部および上に広がって胸部に至るかもし
れない。場合によっては、膿瘍が皮膚層から破裂してく
るかもしれない。このような場合、感染動物を即座に除
去し、可能ならば組織をサンプリングする。動物を除去
しないと、膿瘍を覆っている壊死皮膚組織が脱落し、腹
部筋肉壁が露出するかもしれない。感染から約９６時間
後に、二酸化炭素による窒息を用いて動物を殺す。死亡
と組織処理／保存との間の時間を最短にするために、グ
ループにおいてではなく、個々にマウスを殺すべきであ
る。死亡したマウスを仰向けに置き、７０％アルコール
で毛を横向けに拭く。左下大腿部から腹部へと、はさみ
を用いる最初の皮膚の切開を行い、次いで、胸部を切
る。腹部から右の下大腿部への切開により切開を完了す
る。腹膜を貫通しないように注意すべきである。鉗子で
皮膚を固定し、含むから皮膚を静かに引っ張る。腹膜を
覆っているが通常には筋肉シートを完全には貫通してい
ない、露出した膿瘍を切除するが、内蔵を傷つけないよ
うに注意する。液体窒素中での迅速凍結の前に、膿瘍／
筋肉シートおよび他の感染組織を切片化する必要がある
かもしれない。切片化によりプラスチック製収集バイア
ル中での保存が容易となる。

【００８９】ｂ）血液原性腎盂腎炎のネズミモデルから
のスタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９感染組
織の単離は下記手順を含む。エス・アウレウスＷＣＵＨ
２９の一晩培養を、５ｍｌのトリプシン消化ソイブロス
（ＴＳＢ）中の単一コロニーから開始し、振盪しながら
３７℃で増殖させた。次いで、滅菌リン酸塩緩衝化セイ
ライン（ＰＢＳ）で培養物を２回洗浄し、希釈してＡ
₆₀₀＝０．３とした。この懸濁液０．２ｍｌをツベルク
リン注射器に装着した３０ｇの注射針を用いて尾の静脈
から接種することによりオスのＣＤ−１マウス（体重１
８〜２０ｇ）を感染させた。この方法で各マウスに４ｘ
１０⁷個の細菌を与える。疾病の徴候に関してマウスを
モニターし、通常には、４８時間以内に昏睡、逆立った
毛、不活発の徴候が見られる。瀕死と思われる動物を、
実験終了前に安楽死させる。感染７日後にすべての動物
を二酸化炭素過剰投与により安楽死させる。動物を仰向
けに置き、エタノール、次いで、ＲＮＡＺａｐで毛を拭
き、同様に器具も拭く。腹腔を開け、腎臓を無菌的に取
り、４つに切断し、凍結バイアルに入れ、即座に液体窒
素で凍結する。

【００９０】ｃ）感染組織試料からのスタフィロコッカ
ス・アウレウスＷＣＵＨ２９の単離は以下の手順を含
む。２ｍｌの凍結保存チューブ中の４〜６個の感染組織
試料（各０．５〜０．７ｇ）を−８０℃の貯蔵庫からド
ライアイス−エタノール浴中に取り出す。微生物安全キ
ャビネット中で試料を破砕し、残った試料をドライアイ
ス−エタノール浴中で保存する。組織試料中の細菌を破
砕するために、TRIzol Reagent（Gibco BRL, Life Tech
nologies）を添加し、次いで、０．１ｍｍジルコニア／
シリカビーズをチューブにほとんどいっぱいになるまで
満たし、ネジの部分にビーズか付かないように注意して
ふたをして、良好な密閉状態を保ち、エアロゾル発生を
なくす。次いで、試料をMini-BeadBeater Type BX-4（B
iospec Products）でホモジナイズする。壊死脂肪組織
を５０００ｒｐｍで１００秒間処理して細菌溶解物を得
る。インビボで増殖した細菌はインビトロで増殖したス
タフィロコッカス・アウレウス（３０秒のビーズ処理で
破砕される）よりも長時間処理を要する。ビーズ処理
後、フーム−フード（fume-hood）中で開栓する前に、
氷でチューブを冷却する。なぜなら、破砕中に熱が発生
し、TRIzolが分解され、シアニドが遊離する可能性があ
るためである。次いで、２００ｍｌのクロロホルムを添
加し、チューブを手で１５秒間振盪して完全に混合す
る。室温で２〜３分後、チューブを１２０００ｘｇ、４
℃で遠心分離し、TRIzol Reagentの製造者による方法に
よりＲＮＡ抽出を続行する。すなわち、約０．６ｍｌの
水相を滅菌エッペンドルフチューブに移し、０．５ｍｌ
のイソプロパノールを添加する。室温で１０分後、試料
を１２０００ｘｇ、４℃で１０分遠心分離する。上清を
取って捨て、次いで、ＲＮＡペレットを１ｍｌの７５％
エタノールで洗浄する。短時間ボルテックス撹拌して試
料を混合し、その後７５００ｘｇ、４℃で５分間遠心分
離する。エタノールを除去し、ＲＮＡペレットを５分以
上減圧乾燥する。次いで、試料を１００マイクロリット
ルのＤＥＰＣ処理水中に繰り返しピペッティングするこ
とにより再懸濁し、次いで、５５℃で５〜１０分置く。
最後に氷上で少なくとも１分置いた後、２００ユニット
のＲｎａｓｉｎ（Promega）を添加する。ＲＮＡ調合物
は−８０℃で１カ月まで保存される。長期保存には、プ
ロトコールの洗浄段階における７５％エタノール中のＲ
ＮＡ沈殿は−２０℃で少なくとも１年保存できる。１％
アガロースゲル上に試料を泳動することにより単離ＲＮ
Ａの品質を評価する。臭化エチジウム染色した１ｘＴＢ
Ｅゲルを用いて収集全ＲＮＡを可視化する。感染組織か
らの細菌ＲＮＡの単離を示すために、１ｘＭＯＰＳ、
２．２Ｍホルムアルデヒドゲルで泳動を行い、Hybond-N
（Amersham）に減圧ブロッティングする。次いで、ブロ
ットを、スタフィロコッカス・スレウスの１６Ｓ ｒＲ
ＮＡに特異的な³²Ｐ標識オリゴヌクレオチドプローブ
（K. Greisen, M. Loeffelholz,A. Purohit and D. leo
ng. J. Clin. (1994) Microbiol. 32 335-351）とハイ
ブリダイゼーションさせる。配列のオリゴヌクレオチド
をプローブとして使用する。ハイブリダイゼーションし
ているバンドのサイズを、インビボ増殖したスタフィロ
コッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９から単離された対照
ＲＮＡのものとノーザンブロットにおいて比較する。全
ＲＮＡ試料中において正しいサイズの細菌１６Ｓ ｒＲ
ＮＡバンドが検出でき、ＴＢＥゲル上で可視化した場
合、哺乳動物ＲＮＡの分解が示される。

【００９１】ｄ）スタフィロコッカス・アウレウスＷＣ
ＵＨ２９由来のＲＮＡからのＤＮＡの除去は以下の手順
を含む。最終体積９０マイクロリットルのバッファー
（２００ユニットのRnasin（Promega）を添加補足）中
で、３ユニットのＤＮＡａｓｅＩ（増幅グレード）（Gi
bco BRL, Life Technologies）を用いて、氷上で１５分
処理することにより、７３マイクロリットルのＲＮＡ試
料からＤＮＡを除去した。製造者のプロトコールに従っ
てTRIzol LS試薬（Gibco BRL, Life Technologies）に
よりＤＮＡａｓｅを不活性化し除去した。ＤＮＡａｓｅ
処理したＲＮＡを、方法１記載のごとくＲｎａｓｉｎを
添加したＤＰＥＣ処理水７３マイクロリットル中に再懸
濁した。

【００９２】ｅ）感染組織由来のＲＮＡ試料からのｃＤ
ＮＡの調製は以下の手順を含む。製造者の指示に従っ
て、ＤＮＡａｓｅ処理したＲＮＡの試料１０マイクロリ
ットルを、First Strand cDNA合成キット用のSuperScri
pt Preamplification System（Gibco BRL, Life Techno
logies）を用いて逆転写する。１ナノグラムのランダム
ヘキサマーを用いて各反応を開始する。SuperScriptII
逆転写酵素を添加しない対照も反応させる。＋／−ＲＴ
双方の試料をＲＮａｓｅＨで処理し、次いで、ＰＣＲ反
応に供する。

【００９３】ｆ）細菌ｃＤＮＡ種の存在を調べるための
ＰＣＲの使用は以下の手順を含む。下記成分を添加する
ことにより氷上で０．２ｍｌのチューブにおいてＰＣＲ
反応物をセットアップする：４５マイクロリットルのPC
R SUPERMIX（Gibco BRL, LifeTechnologies）；マクロ
リットルの５０ｍＭ ＭｇＣｌ₂（最終濃度２．５ｍＭと
する）；１マイクロリットルのＰＣＲプライマー（最適
には、１８〜２５塩基対の長さで、類似のアニーリング
温度を有するように設計されたもの）（各プライマーは
初発濃度１０ｍＭ）；および５マイクロリットルのｃＤ
ＮＡ。Perkin Elmer GeneAmp PCR System 9600において
ＰＣＲ反応を行った：９５℃で５分、次いでそれぞれ９
４℃、５０℃そして７２℃で３０秒を５０サイクル、そ
の後７２℃で３分、次いで、保持温度４℃とする（最適
には、ＰＣＲ生成物の出現または欠乏を決定するための
サイクル数は３０〜５０回、ＲＴ反応からの初発ｃＤＮ
Ａ量の評価を行う場合には、最適には８〜３０サイク
ル）。次いで、１０マイクロリットルの部分試料を１％
ＴＢＥゲルで泳動し、臭化エチジウム染色する。ＰＣ
Ｒ生成物については、存在するならば、１００ｂｐのＤ
ＮＡラダー（Gibco BRL, Life Technologies）との比較
によりサイズを評価する。別法として、便利には、標識
ＰＣＲプライマー（例えば、５’末端を標識したもの）
を用いてＰＣＲ生成物を標識し、ＰＣＲ生成物の適当な
部分試料をポリアクリルアミドゲルで泳動し、適当なゲ
ルスキャンニングシステム（例えば、Perkin Elmerによ
り提供されるGeneScanTMソフトウェアを用いたABI Pris
mTM 377 Sequencer）を用いてその存在および量を調べ
る。ＲＴ／ＰＣＲ対照は＋／−逆転写酵素反応物、非転
写スタフィロコッカス・アウレウスＷＣＵＨ２９ゲノム
配列からＰＣＲ生成物を生じるように設計された１６Ｓ
ｒＲＮＡプライマーもしくはＤＮＡ特異的プライマー
ペアーを含んでいてもよい。プライマーペアーの効率を
試験するために、それらをスタフィロコッカス・アウレ
ウスＷＣＵＨ２９全ＤＮＡを用いるＤＮＡ ＰＣＲに使
用する。ＰＣＲ反応をセットアップし、ｃＤＮＡの代わ
りに約１マイクログラムのＤＮＡを用いて上記のごとく
３５サイクルのＰＣＲ反応を行う。ＤＮＡ ＰＣＲまた
はＰＴ／ＰＣＲのいずれにおいても予想サイズの生成物
を生じないプライマーペアーはＰＣＲ反応できず、その
ようなものとしては不均一である。ＤＮＡ ＰＣＲで正
しいサイズの生成物を生じるものは２つのクラスに分類
される：１．インビボで転写されない遺伝子であって、
ＲＴ／ＰＣＲにおいて生成物を生じる再現性がないも
の；および２．インビボで転写される遺伝子であって、
ＲＴ／ＰＣＲにおいて正しいサイズの生成物を再現性を
もって生じ、＋ＲＴ試料において−ＲＴ対照におけるシ
グナル（生じた場合には）よりも強力なシグナルを生じ
るもの。

【００９４】

【配列表】（１）一般的情報： （ｉ）出願人：Burnham, Martin K. R. Lonetto, Michael A. Warren, Ratrick V. （ｉｉ）発明の名称：新規ホスホリボシルトランスフェ
ラーゼ （ｉｉｉ）配列の数：6 （ｖｉ）連絡先： （Ａ）宛て名：Dechert Price & Phoads （Ｂ）通り名：4000 Bell Atlantic Tower, 1717 Arch
Stre （Ｃ）都市名：Philadelphia （Ｄ）州名：PA （Ｅ）国名：アメリカ合衆国 （Ｆ）ＺＩＰ：19103-2793 （ｖ）コンピューター・リーダブル・フォーム： （Ａ）媒体タイプ：ディスケット （Ｂ）コンピューター：ＩＢＭコンパチブル （Ｃ）作動システム：DOS （Ｄ）Windows用FastSEQバージョン２．０ （ｖｉ）現出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （Ｃ）分類： （ｖｉｉ）先の出願データ： （Ａ）出願番号： （Ｂ）出願日： （ｖｉｉｉ）代理人等の情報： （Ａ）氏名：Dickinsin, Q. Todd （Ｂ）登録番号：28354 （Ｃ）代理人等における処理番号：GM10053 （ｘｉ）テレコミュニケーションの情報： （Ａ）電話番号：２１５−９９４−２２５２ （Ｂ）ファックス番号：２１５−９９４−２２２２ （Ｃ）テレックス：

【００９５】（２）配列番号：１に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５２５塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：１： ATGGATTTAA AGCAATACGT ATCAGAAGTT CAAGATTGGC CGAAACCAGG TGTTAGTTTC 60 AAGGATATTA CTACAATTAT GGATAATGGT GAAGCATATG GCTATGCAAC AGATAAAATT 120 GTAGAATACG CAAAAGACAG AGATGTTGAT ATCGTTGTAG GACCTGAAGC GCGTGGCTTT 180 ATCATTGTCT GTCCTGTAGC TTATTCAATG GGGATTGGCT TTGCACCTGT TAGAAAAGAA 240 GGGAAATTAC CTCGTGAAGT CATTCGTTAT GAGTATGACC TAGAATATGG TACAAATGTT 300 TTAACAATGC ACAAAGATGC AATTAAACCA GGTCAACGTG TGTTAATTAC AGATGATTTA 360 TTAGCTACTG GTGGTACGAT TGAAGCAGCA ATAAAATTAG TTGAAAAATT AGGCGGTATC 420 GTAGTAGGTA TCGCATTTAT AATTGAATTG AAATATTANA TTGGTATTGA CAAAATCAAA 480 GATTACGATG TTATGAATTT ATCTCATACG ACGAATAATA GATAA 525

【００９６】（２）配列番号：２に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１７４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：２： Met Asp Leu Lys Gln Tyr Val Ser Glu Val Gln Asp Trp Pro Lys Pro 1 5 10 15 Gly Val Ser Phe Lys Asp Ile Thr Thr Ile Met Asp Asn Gly Glu Ala 20 25 30 Tyr Gly Tyr Ala Thr Asp Lys Ile Val Glu Tyr Ala Lys Asp Arg Asp 35 40 45 Val Asp Ile Val Val Gly Pro Glu Ala Arg Gly Phe Ile Ile Val Cys 50 55 60 Pro Val Ala Tyr Ser Met Gly Ile Gly Phe Ala Pro Val Arg Lys Glu 65 70 75 80 Gly Lys Leu Pro Arg Glu Val Ile Arg Tyr Glu Tyr Asp Leu Glu Tyr 85 90 95 Gly Thr Asn Val Leu Thr Met His Lys Asp Ala Ile Lys Pro Gly Gln 100 105 110 Arg Val Leu Ile Thr Asp Asp Leu Leu Ala Thr Gly Gly Thr Ile Glu 115 120 125 Ala Ala Ile Lys Leu Val Glu Lys Leu Gly Gly Ile Val Val Gly Ile 130 135 140 Ala Phe Ile Ile Glu Leu Lys Tyr Xaa Ile Gly Ile Asp Lys Ile Lys 145 150 155 160 Asp Tyr Asp Val Met Asn Leu Ser His Thr Thr Asn Asn Arg 165 170

【００９７】（２）配列番号：３に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：５２２塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：２本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：３： ATGGATTTAA AGCAATACGT ATCAGAAGTT CAAGATTGGC CGAAACCAGG TGTTAGTTTC 60 AAGGATATTA CTACAATTAT GGATAATGGT GAAGCATATG GCTATGCAAC AGATAAAATT 120 GTAGAATACG CAAAAGACAG AGATGTTGAT ATCGTTGTAG GACCTGAAGC GCGTGGCTTT 180 ATCATTGTCT GTCCTGTAGC TTATTCAATG GGGATTGGCT TTGCACCTGT TAGAAAAGAA 240 GGGAAATTAC CTCGTGAAGT CATTCGTTAT GAGTATGACC TAGAATATGG TACAAATGTT 300 TTAACAATGC ACAAAGATGC AATTAAACCA GGTCAACGTG TGTTAATTAC AGATGATTTA 360 TTAGCTACTG GTGGTACGAT TGAAGCAGCA ATAAAATTAG TTGAAAAATT AGGCGGTATC 420 GTAGTAGGTA TCGCATTTAT AATTGAATTG AAATATTANA TTGGTATTGA CAAAATCAAA 480 GATTACGATG TTATGAATTT ATCTCATACG ACGAATAATA GA 522

【００９８】（２）配列番号：４に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：１７４アミノ酸 （Ｂ）配列の型：アミノ酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：４： Met Asp Leu Lys Gln Tyr Val Ser Glu Val Gln Asp Trp Pro Lys Pro 1 5 10 15 Gly Val Ser Phe Lys Asp Ile Thr Thr Ile Met Asp Asn Gly Glu Ala 20 25 30 Tyr Gly Tyr Ala Thr Asp Lys Ile Val Glu Tyr Ala Lys Asp Arg Asp 35 40 45 Val Asp Ile Val Val Gly Pro Glu Ala Arg Gly Phe Ile Ile Val Cys 50 55 60 Pro Val Ala Tyr Ser Met Gly Ile Gly Phe Ala Pro Val Arg Lys Glu 65 70 75 80 Gly Lys Leu Pro Arg Glu Val Ile Arg Tyr Glu Tyr Asp Leu Glu Tyr 85 90 95 Gly Thr Asn Val Leu Thr Met His Lys Asp Ala Ile Lys Pro Gly Gln 100 105 110 Arg Val Leu Ile Thr Asp Asp Leu Leu Ala Thr Gly Gly Thr Ile Glu 115 120 125 Ala Ala Ile Lys Leu Val Glu Lys Leu Gly Gly Ile Val Val Gly Ile 130 135 140 Ala Phe Ile Ile Glu Leu Lys Tyr Xaa Ile Gly Ile Asp Lys Ile Lys 145 150 155 160 Asp Tyr Asp Val Met Asn Leu Ser His Thr Thr Asn Asn Arg 165 170

【００９９】（２）配列番号：５に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２０塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：５： GCAATACGTA TCAGAAGTTC 20

【０１００】（２）配列番号：６に関する情報： （ｉ）配列の特徴： （Ａ）配列の長さ：２１塩基対 （Ｂ）配列の型：核酸 （Ｃ）鎖の数：１本 （Ｄ）トポロジー：直鎖状 （ｘｉ）配列の記載：配列番号：６： GATACCGCCT AATTTTTCAA C 21

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１７ Ａ６１Ｋ 31/00 ６１７Ａ ６１９ ６１９ ６１９Ａ ６２５ ６２５ ６２７ ６２７Ｈ ６２７Ａ ６３１ ６３１Ｃ ６４３ ６４３Ｄ 38/00 39/09 39/09 39/395 Ｄ 39/395 Ｒ 45/00 45/00 48/00 48/00 Ｃ０７Ｋ 16/40 Ｃ０７Ｋ 16/40 Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｃ１２Ｎ 9/12 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｇ０１Ｎ 33/53 Ａ６１Ｋ 37/02 //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡ Ｃ１２Ｒ 1:445） (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 マーティン・カール・ラッセル・バーナム アメリカ合衆国19403ペンシルベニア州ノ ーリスタウン、タングルウッド・レイン 2927番 (72)発明者 マイケル・アーサー・ロネット アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州カ レッジビル、ビクトリア・サークル18番 (72)発明者 パトリック・バーノン・ウオーレン アメリカ合衆国19136ペンシルベニア州フ ィラデルフィア、シェフィールド・アベニ ュー3507番

Claims (20)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸配列を含むポ
   リペプチドコードしているポリヌクレオチドに対して少
   なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチド； （ｂ）寄託株のスタフィロコッカス・アウレウス中に含
   まれるホスホリボシルトランスフェラーゼ遺伝子により
   発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコードしている
   ポリヌクレオチドに対して少なくとも７０％の同一性を
   有するポリヌクレオチド； （ｃ）配列番号：２のアミノ酸配列に対して少なくとも
   ７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコ
   ードしているポリヌクレオチド； （ｄ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
   に対して相捕的であるポリヌクレオチド；および （ｅ）（ａ）、（ｂ）または（ｃ）のポリヌクレオチド
   の少なくとも１５個の連続した塩基を含むポリヌクレオ
   チドからなる群より選択されるポリヌクレオチド配列を
   含む単離ポリヌクレオチド。
2. 【請求項２】 ＤＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
   ド。
3. 【請求項３】 ＲＮＡである請求項１のポリヌクレオチ
   ド。
4. 【請求項４】 配列番号１に示す核酸配列を含む請求項
   ２のポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 配列番号１に示すヌクレオチド１から５
   ２２までを含む請求項２のポリヌクレオチド。
6. 【請求項６】 配列番号：２のアミノ酸配列を含むポリ
   ペプチドをコードしている請求項２のポリヌクレオチ
   ド。
7. 【請求項７】 請求項１のポリヌクレオチドを含むベク
   ター。
8. 【請求項８】 請求項７のベクターを含む宿主細胞。
9. 【請求項９】 請求項８の宿主細胞から上記ＤＮＡによ
   りコードされているポリペプチドを発現させることを含
   む、ポリペプチドの製造方法。
10. 【請求項１０】 ホスホリボシルトランスフェラーゼポ
    リペプチドまたはフラグメントの製造方法であって、該
    ポリペプチドまたはフラグメントの生成に十分な条件下
    で請求項８の宿主を培養することを含む方法。
11. 【請求項１１】 配列番号：２のアミノ酸配列に対して
    少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を含むポリペ
    プチド。
12. 【請求項１２】 配列番号：２に示すアミノ酸配列を含
    むポリペプチド。
13. 【請求項１３】 請求項１１のポリペプチドに対する抗
    体。
14. 【請求項１４】 請求項１１のポリペプチドの活性また
    は発現を阻害するアンタゴニスト。
15. 【請求項１５】 治療上有効量の請求項１１のポリペプ
    チドを個体に投与することを含む、ホスホリボシルトラ
    ンスフェラーゼポリペプチドを必要とする個体の治療方
    法。
16. 【請求項１６】 治療上有効量の請求項１４のアンタゴ
    ニストを個体に投与することを含む、ホスホリボシルト
    ランスフェラーゼポリペプチドの阻害を必要とする個体
    の治療方法。
17. 【請求項１７】 個体における請求項１１のポリペプチ
    ドの発現または活性に関連した疾病の診断方法であっ
    て、 （ａ）該ポリペプチドをコードしている核酸配列を決定
    すること、および／または（ｂ）個体由来の試料中の該
    ポリペプチドの存在または量について分析することを含
    む方法。
18. 【請求項１８】 請求項１１のポリペプチドと相互作用
    して、その活性を阻害または活性化する化合物の同定方
    法であって、 化合物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条
    件下で、ポリペプチドとスクリーニングすべき化合物と
    を接触させて化合物の相互作用を評価し（かかる相互作
    用はポリペプチドと化合物との相互作用に応答した検出
    可能シグナルを提供しうる第２の成分に関連したもので
    ある）、 次いで、化合物とポリペプチドとの相互作用により生じ
    るシグナルの存在または不存在を検出することにより、
    化合物がポリペプチドと相互作用して、その活性を活性
    化または阻害するかどうかを決定することを含む方法。
19. 【請求項１９】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、抗体および／またはＴ細胞を生じさ
    せて動物を疾病から防御するに十分な請求項１１のホス
    ホリボシルトランスフェラーゼポリペプチドまたはその
    フラグメントもしくは変種を哺乳動物に接種することを
    含む方法。
20. 【請求項２０】 哺乳動物における免疫学的応答を誘導
    する方法であって、ホスホリボシルトランスフェラーゼ
    ポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは変種をイ
    ンビボで発現させて、抗体および／またはＴ細胞を生じ
    させる免疫学的応答を誘導して該動物を疾病から防御す
    るするために、請求項１１のホスホリボシルトランスフ
    ェラーゼポリペプチドまたはそのフラグメントもしくは
    変種の発現を指令する核酸ベクターを送達することを含
    む方法。