JPH06509942A - アシビヤ・ゴシピィの所望の遺伝的変性法 - Google Patents

アシビヤ・ゴシピィの所望の遺伝的変性法

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JPH06509942A JP5504107A JP50410793A JPH06509942A JP H06509942 A JPH06509942 A JP H06509942A JP 5504107 A JP5504107 A JP 5504107A JP 50410793 A JP50410793 A JP 50410793A JP H06509942 A JPH06509942 A JP H06509942A
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Abstract

(57)【要約】本公報は電子出願前の出願データであるため要約のデータは記録されません。

Description

【発明の詳細な説明】 アシビヤ・ゴシビイの所望の遺伝的変性広本発明は、相同的組換えによる、アシ ビヤ・ゴシビイ(Ashbya gossypii)の特異的な遺伝的変性法、 並びにこの方法により変性されたアシビヤ・ゴシビイー菌株に関する。
糸状辛子a薗煩アシビヤ・ゴシビイは、例えば、リボフラビン生産微生物として 、極めて重要である。
相同的組換えによる特異的な遺伝的変性法は、5truhl et al(Pr oc、Natl、Acad、Sci、USA、76.1035−1039.19 79)によって、酵母サツカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyc es cerevisiae)について、記載され、かつその後に、Roths tein(Meth、Enzymology V。
1.194、S、281ff)によって、拡張された。
糸状子嚢菌頭、例えばアスペルギルス(Aspergi l Ius)又は=、 −oスポラ(NeuroSpora)の場合には、相同的組換えが認められた。
しかしながら、相同的組換えの割合は、非−相同的i換えに比べて、屡々僅少で ある。更に、郁利に又は殆んど独占的に相同的組換えに結びつく確実なパラメー ターは挙げられていない(Microbiological Revrecvs  、 53、148−170、1989)。
従って、相同的組換えによるアシビヤ・ゴシビイの特異的な遺伝的変性を可能と する方法を得ることが課題であった。
それに応じて、アシビヤ・ゴシビイの1つ又はい(つかの遺伝子領域によって側 面に接せられた、組換えすべき新DNAを含有するベクターで、アシビヤ・ゴシ ビイを形質転換する場合に、相同的組換えによるアシビヤ・ゴシビイの特異的な 遺伝的変性が特に効果的に行なわれることが判明した。アシビヤ・ゴシビイの遺 伝子領域として、翻訳延長因子EF−1α(TEF−遺伝子)の遺伝子座の領域 におけるDNA−配列が、本発明による方法に有利に使用される。
アシビヤ・ゴシビイの翻訳延長因子EF−1α(TEF)の遺伝子は、4.6k bの大きさのEcoRr−EcoRI−フラグメント及び6.3kbの大きさの B amHI−B amHI−フラグメント中に含有されていて、これは、アシ ビヤ−DNA−遺伝子バンクから、サツカロミセス・セレビジアエよりなるTE F−プローブを用いるハイブリッド形成(EMBOJ。
3.3311−3315.1984)によって単離されうる(第12図)。
TEF−遺伝子のコード部分は、重複する2、1kbの大きさのEcoRT−B amHI−フラグメントの内部にあり、その配列は、隣接する配列と一緒に、D NA−配列記録SEQ ID N○;1に挙げられている。
更に、この方法で変性されたアシビヤ・ゴシビイー菌株微生物は重要な特性を有 することが判明した。
アシビヤ・ゴシビイの形質転換とは、種々の方法で、アシビヤ・ゴシビイー核又 は他のDNA−保有組織に、組換えされたDNAが転移することである。好適な 転移法は、プロトプラスト−形質転換及びエレクトロボレーシコンである。
プロトプラスト−形質転換は、酵素、例えばチモリアーゼ(Zymolyase )を用いて、ミセルからプロトプラストを製造する方法で、有利に実施される。
プロトプラストは、カルシウム−イオンを含有する水性緩衝液中で、1〜10X lOa/m1、有利に3〜5xlO’/mlの濃度で、@濁され、かつM製DN Aと共に恒温保持される。精製DNAは、プロトプラスト懸濁液100m1当り 、1〜50μg、有利に10〜25μgの比率で添加される。形質転換されたア シビヤ・ゴシビイー細胞は、栄養培地中で恒温保持され、かつ寒天平板上に塗布 される0選択マーカー、例えば、抗生物貿耐性遺伝子を使用する場合には、効果 的に形質転換された細胞は、抗生物質−含有の栄養培地上での成長によって特に 容易に確認することができる。引続いて、胞子分離を介するクローン精製が有利 である。
形質転換のためのベクターとして、アシビヤ・ゴシビイの1つ又はいくつかの遺 伝子領域によって側面に接せられた、組換えすべき新DNAを保有する組換え体 DNA−構築体を使用する。相同的組換えに特に好適である側面に接する遺伝子 領域は、TEF−遺伝子領域である0組換えすべき新DNAは、例えば、プラス ミドpAG−102及びpAG−145(第4図及び第11図)中に示されてい るように、側面に接せられる。
組換えすべき新DNAは、同様に、アシビヤ・ゴシビイから由来し得る;しかじ 、他の生物、原核生物並びに真核生物起源からのDNA又は合成のDNAを使用 することもできる。
組換えすべき新DNAとして、アシビヤ・ゴシビイからのDNAを使用する場合 に、例えば、表現の弱いアシビヤ・ゴシビイー遺伝子を、強力なプロモーター( 例えばTEF−プロモーター)の制擲下で、塩基対的に正確な組込みによって、 配置すること、かつ従って、異種の表現シグナルを使用する必要なしに、表現増 加を生ぜしめることが可能である。
本発明による方法では、アシビヤ・ゴシビイ以外の生物、例えば遺伝的により良 好に定義された酵母サツカロミセス・セレビシアエ(Saccharomyce s Cerevisiae)又は細菌バチルス・スブチリス(Bacillus  5ubtilis)、又はニジエリチア・コリ(EscherichiaCo li)からのDNAを、特異的に、アシビヤ・ゴシビイ細胞中に導入すること、 及びそこで増殖すること、もしくは場合により表現することも可能である。
組換えすべきDNAとは、コード化DNA、又は、非−コード化DNAのことで あり、コード化DNA(Codierender DNA)の使用が有利である 。
本発明による方法で使用されるベクターは、更に他のDNA配列、例えば選択マ ーカーを保有してよい。
細菌中で複製し、並びにアシビヤ・ゴシビイの形質転換のために使用されるシャ トル−ベクターが有利に使用される。そのために、このベクターは、通例、DN A−複製の細菌起始点及び1つ又はいくつかの抗生物質−耐性遺伝子を有する。
ベクターとして、プラスミドpAG−102及びプラスミドpAG−145又は それから誘導された誘導体(j14及び11図)が特に有利である。誘導体とは 、0418−耐性一遺伝子に付加的に、又はその代りに、A、ゴシビイDNAに よって側面に接せられた、他のDNA−配列を保有するようなプラスミドと解さ れる。
ベクターとして環状DNAを使用する場合には、これを、アシビヤ・ゴシビイの 形質転換の前に、相同的組換えを導入する末端A、ゴシビイ配列を有するフラグ メントが生じるように、線状化する。
この方法により特異的に変性されたアシビヤ・ゴシビイー菌株は、相同領域(例 えばTEF−遺伝子座)の前もって決められた位置に、ベクター−DNAの組込 みが起こったことによって、確認すること力(できる。
これは、例えば、ベクター−プローブを用lvλるサザンープロッテイングによ って、立証すること力(できる。
ベクター−DNA中に選択マーカーが保有されてしする場合には、変性されたア シビヤ・ゴシビイー菌株の分離は、特に藺単である。その場合、選択的条件下、 例えば抗生物質−選択によって、最終的4:、変性された菌株を分離することが できる。
プラスミドpAG−102を用し1て、相同的組換えによって遺伝的に変性され た菌株をよ、LU8334〜LU8341と表示される。これらの菌株をよ、D eutschen Sammlung von Mikroorganisme n und Zellkulturen GmbH、Braunschweig t二 、次の番号で寄託された。
LU 8334:DSM 6661 LU 8335:DSM 6662 LU 8336:DSM 6663 LU 8337:DSM 6664 LU 8338:DSM 6665 LU 8339:DSM 6666 LU 8340 : DsM 6667LU 8341:DSM 666B 本発明による方法により、所望の遺伝的変性、例えば塩基対的に正確な挿入、欠 失及び置換を、筒単に、かつ所望に応じて、遺伝的に安定に、又は不安定に、構 築することができる。それによって、例えば相同プロモーターによる遺伝的に安 定な過表現を目指す遺伝技術的方法のための半子嚢薗アシビヤ・ゴシビイが、単 一細胞、酵母S、セレビシアエのように、良好に得られる。
次の例で本発明を説明する。
例1 アシビヤ・ゴシビイーTEF−遺伝子領域の単離A、ゴシビイーミセルから単離 されたDNAを、制限−エンドヌクレアーゼEcoRI及びBamHrで切断し た。TEF−遺伝子又はその一部分を有するDNA−フラグメントを、アガロー ス−ゲル電気泳動での制限フラグメントの大きさによる分離、及び32p−標識 化の異種のTEF−遺伝子プローブを用いる後続のハイブリッド形成の後に、同 定した。TEF−遺伝子プローブは、S、セレビジアエTEF2−遺伝子の13 77bp長さの開いた読み枠のヌクレオチド363〜1235を包含する(Sc hirmaierund Ph1lippsen、EMBOJ、3(1984) 、3311−3315)、4.6kb長さのEcoRI−フラグメント及び6. 3kb長さのBamHI−フラグメントは、異種のTEF−遺伝子プローブと、 ハイブリッド形成した。この範囲の長さのフラグメントを、アガロース−ゲルか ら溶離させ、EcoRIもしくはB amHIで切断されたベクターpUC8( Vieira und Messing。
Gene 19 (1982)、259−268)中にクローン化し、かつE、 コリ中に形質転換させた。TEF−DNAを有するクローンは、32p−標識化 の異種プローブを用いるコロニーハイブリッド形成(Grunstein及びH ogness、Proc、Nat 1.Acad、Sc i、USA72 (1 975)、3961−3965)によって、確認された。ポジチブのクローンは 4.6kbの長さのEcoRI−フラグメントか、又は6.3kbの長さのBa mHI−フラグメントを、保有した。2つのクローンは、TEF−遺伝子プロー ブとの相同性を有し、かつ配列決定された2、lkbの領域で重複する。2.1 kbフラグメント及び隣接する領域の配列は、SEQ II) NOl中に保有 されている。SEQ ID NO:1は、1377bp (SEQ ID NO :2)、5’−非コード領域の436bp及び3′−非コード領域の686bp の開放読み枠を保有する。引続いて、プロモーター領域を、379bpのほかに 、スタートコドンの前で、更にTEF−遺伝子の開放読み枠の最初の24bpを 有する403bp長さのHinclr r I/HincII−フラグメントと して、単離し、かつpAG−1ooの構築のために使用した。
例2 プラスミド構築 &) ベクターpAG−1(ji1図)(DSM6010寄託)、ベクターp  EX4の誘導体を、Ern5t及びChan、J、Bacteriol、163  (1985)、8−14に依り、製造した。pAG−1は、アミノグリコシド ホスホトランスフェラーゼ(A P R(3’)I)に関してコードする、トラ ンスポゾンTn903のG418−耐性遺伝子(G418r)を有する1、7k b 5alI−フラグメントを保有する。
起源のpEX4−構築体中で、先ず、Tn903 (OKa et al、、J 、Mo1.Biol、147(1981)、217−226)の1695bp  PvulT−フラグメントを、補充された5all−切断部位を有するプラスミ ド中に、連結させた。その際、5alI−切断部位は保持されたままであり、か つ耐性遺伝子は、1.7kb 5allフラグメントとして分離され得る。pA G−1は、サツカロミセス・セレビジアエAR3−エレメントAR3I及び2μ  AR3を保有し、かつ自律的にアシビヤ・ゴシビイ中で復製する。
b) pAG−2(第2図)。G418−耐性遺伝子を育する1、7kb 5a ll−フラグメントを、pAG−1から切り出し、かつS、セレビジアエーE。
コリシャトルベクターYEp24の5ai1−切断部位(Botstein e t al、、Gene8(1979)、17−24;New EnglandB iolabs Inc、、Beverly、MA。
USA、1988−1989 Calalog、112−113)中に挿入した 。新たに生成したプラスミド−pAG−2−の構造を、制限エンドヌクレアーゼ マツピングによって、調べ、その際、1.7kb 5alI−フラグメント中に あるXhoI−切断部位を、挿入配向の調査のために利用した。pAG−2は、 サツカロミセス・セレビジアエAR3−エレメント2μAR3を含有し、かつ自 律的にアシビヤ・ゴシビイ中で複製する(Wright及びPh1lippse n、Gene 109.99−105(1991,)。
c) pAG−100(第3図)、G4L8−耐性遺伝子の翻訳開始の後の3′ 一方向で30bpにあるpAG−2のXhoI切断部位に、突出末端の補充後に 、プロモーター領域及びA、ゴシビイからの翻訳伸長因子EF−1αのための遺 伝子(TEF−遺伝子)の開放読み枠の最初の24bpを保有する403bp長 さのHinclII I/)(inall−フラグメントを、挿入した。そうし て生成したプラスミドpAG−100中のフラグメントの配向を、制限エンドヌ クレアーゼマツピングによって、HindIIIを用いて調べた。403bP長 さのフラグメントの挿入によって、APH(3’ )rの10個のN−末端アミ ノ酸を、A。
ゴシビイ翻訳延長因子EF−1αの最初の8個のアミノ酸に代えた。他のアミノ 酸によるAPR(3”)rの最初の19個のアミノ酸の欠失又は置換は、活性の 損失に結びつかない(Chen及びFukuhara、Gene69 (198 8)、181−192)、pAG−100は、サツカロミセス・セレビジアエA R3−エレメント2μ AR3を保有し、かつ自律的にアシビヤ・ゴシビイ中で 複製する。
d) pAG−102(第4図)、開始ベクターは、その中のB amHI一部 位が、切断、補充及び再連結の後に不活性化されたpUc19である。TEF− 領域の4.6kb EcoRI−フラグメントは、pUC19のEcoRI一部 位に、クローン化されたく矢印=TEF−遺伝子の開放読取み枠)、引続いて、 pAGlooからの2.1kb 5alI−フラグメントを、末端の補充後に、 Ssp I一部位中にクローンさせた(細い矢印=0418−耐性遺伝子の開放 読み枠、太い白色矢印÷TEF−プロモーターHindIT l−Hlncr  r−7ラグメント)。
e) pAG−103の構築(第1O図)プラスミドpBluescript  II SK−(Alting−Mees及び5hort+Nuc I。
Ac1ds Res、、17、9494ff、、1989)のB amHI−切 断部位に、A、ゴシビイからのTEF−遺伝子を有する6、3kb BamHI  −フラグメントをクローンさせた。このフラグメントの配向を、制限切断によ って、EcoRI、HincII及びHindTIIを用いて、調べた(TEF −A。
ゴシビイからのTEF−遺伝子、黒地上の白色矢印冨TEF−プロモーター〕。
f) pAG−121の構築 0418−耐性遺伝子の31−末端を有する669bpの大きさのSal l− Hindl I I−フラグメントを、pAG−100から単離し、かっ5al I−Hindrll−切断プラスミドpBlueskript II SK+( Alting−Mees及び5hort、1989)中に挿入した。
g) pAG−122の構築 pAG−121のHindr I I−切断部位に、TEF−プロモーターに融 合したG418−耐性遺伝子の補完性5′ −末端を有する940bpの大きさ のフラグメントを神大した。このフラグメントを、HindllrでのpAG− 100の切断によって得た。このフラグメントの挿入によって、新たに、完全な G418−耐性遺伝子が生じる。
h ) p A G −145の構築(第11図)pAG−103をHindl  I rで部分的に切断し、かつ線状化プラスミドをアガロースゲルから分離し た。
突出末端を、DNA−ポリメラーゼエのフレノウ−フラグメントの使用下で、補 充によって、鈍端に変え、かつTEF−プロモーターの制御下で、カナマイシン 耐性遺伝子を有するpAG−122がらの1.64kbの大きさのBamHI/ 5alr−フラグメントを、突出末端の補充後に、挿入した。0418−耐性遺 伝子の位置及び配向を、制限切断によって調べた(黒地上の白もしくは陰線矢印 −TEF−プロモーター(HindIrI/1Hincll−フラグメント); 陰線コG418−耐性遺伝子)、補充された5alr−及びHindlII−切 断部位の融合は、再びHindIII−切断部位を生ずる。
例3 TEF−遺伝子領域−ベクターを用いるA、ゴシビイの形質転換 形質転換は、次の概要により行なったニー胞子的1−2X10’を有するMA2 (200ml)を接種する、 一阻板付きフラスコ(Schikanenkolben)中、350Upmで、 27℃で、32−40時間、恒温保持する、 一ミセルを吸引濾過で濾別し、かつHz O30m l中で1x洗浄する、 一新鮮重量を測定する(約2−3g)、−ミセルをSD30ml中に@濁させ、 かつ振盪語中で30℃で30分間恒温保持する、 −ミセルを、新鮮重量1g当りSPEZ5−10ml中に懸濁させる、 一水浴振盪器中で、30℃で恒温保持し、プロトプラスト化を顕微鏡で調べる( 30分間後に、90%以上のプロトプラスト化度が達成しているはずである)− ブロトプラスト!!濁液を、ガラス濾過器(S c h 。
11、孔度1)を介して濾過する、 −濾液を5分間遠心分離する(Sorvall 5M24 Rotor、180 0Upm)、−沈殿物をST2Om1中でIX及び37020ml中でlx洗浄 する、 一プロトプラストを37020ml中に!!!4させ、かつ計数室で力価を測定 する、 一遠心分離後に、プロトプラストをSTC中4×108/m1の密度まで再!! !濁させる、−プロトプラスト懸濁100m1を、TE最大15m1中のDNA に加え、かつ混合させる(線状化TEF−遺伝子領域一ベクターでの組込み形質 転換のためのDNA−量:15−15−2O、 −室温で15分間恒温保持する、 −PTC40(1ml)を慎重に加え、かつ転回によって混合させる、 一5分間遠心分離する(Heraeus Biofuge A、1500Upm )、 一上澄液を慎重に除去し、かつ沈殿をSMTCI 1ml中に懸濁させる、 一27℃で3時間恒温保持し、全部で約45分間、転回によって混合させる、 一遠心分離後に、沈殿物をSM 1mlに懸濁させる、−懸濁液を、5MA2上 層9mlと混合させ、かつ5MA2平板上に加える(平板1個当り5MA2−寒 天20m1)、 一平板を27℃で18時間恒温保持する、−平板を0418で被覆する(G41 8[液0.54m1+)!、o o、46m1+0.5%アガロース6 ml  (Hs O中、42℃に予備加熱した))、−平板を27℃で更に恒温保持し、 形質転換体は3−6日間後に可視可能である。
培地及び溶液 培地:MA2:ペプトン(Gibco、カゼイン加水分解物、No、140)+  Log/l酵母エキス(Gibco): Ig/lブドウW 、 Log/l ミオ−イノシトール 0.3g/l 5MA2−寒天:ソルビトール、 1Mペプトン、 Log/l 酵母エキス:’ 1 g / 1 ブドウ糖 20 g / 1 ミオ−イノシトール 0.3g/l 寒天(Gibco)) 12g/l 5MA2−上層 5MA2−寒天と同様、寒天の代りに0.8%アガロース 溶液: SD:ンルビトールLM、ジチオトレイトール50m5PEZ : /ルビトー ルLM;Na−燐酸塩、緩衝液’ lomM pH5,8;EDTA10mMチ モリアーゼ2072mg/ml” (Se ikagaku Togyo Co 、、T。
kyo) ST:ンルビ)−ル1M; トlJス−HCl 10mM、H8 5TC:ソルビト−)L4M ; ト1)ス−HCl 10nM、pH8; C aClzl OmM TEA)、リス−HCl lomM;EDTAlmMEDTA・エチレンジアミ ンテトラ酢酸トリス:トリス(ヒドロキシメチル)アミノメタンSDS・ラウリ ル硫酸ナトリウム cldH,O・再蒸留水 TBE : トリス100mM、lal酸100mM、EDTA2mM、pH= 8.0 PTC40: 40%(w / v )ポリエチレングリコール4000 (M e r ck); トリス−C110mM pH8;CaC1,10 ’ mM SMTC置50%SM (ffl記参照);50%STC;ミオーイノシトール 0.03g/I SM:5Q%2Mソルビトール:50%MA2G418−rlH:HsOCPG 41B 20mg/m1(Geneticin、Gibco) 例4 pAG−102でのA、ゴシビイの形質転換プラスミドpAG−102(第4図 )は、アシビヤ・ゴシビイーTEF−@域(TEF−翻訳延長因子EF−1aの 遺伝子)からの4.6kb EcoRI −7ラグメントを保有する。更に、プ ラスミドは、アシビヤ・ゴシビイ形質転換体にアミノグリコシド0418に対す る耐性を与えるTEF−プロモーターの制御下で、G418−耐性遺伝子を有す る。プラスミドは、アシビヤ・ゴシビイ中の自律的複製のためのシグナルヲ持t =tイ、p AG −102DNAハ、TEF−相同領域(TEF−遺伝子の3 ′末端)内で、BamHI一部位で切断され、がつアシビヤ・ゴシビイの形質転 換のために、例3によるプロトプラストを使用する。
それによって、TEF−遺伝子の相同の組換え3′が誘発され得る。8つの独立 して得られるG418−Iitf%Mlt転a体(LU8334−LU8341 .DSMBraunschweigに寄託された)は、クローン精製、及び選択 圧力無しで、その6418−耐性を保持していた。pAG−102DNAは、ア シビヤ・ゴシビイゲノムに、安定して、組み込まれた。
第5a図は、8つの形質転換体及び野性型菌株(中央の軌道)の染色体分画化を 示す。TEF−遺伝子は、可視の5つの染色体の最大のものの上にあり、その中 に、全8例において、プラスミドが同様に組み込まれていた(第5b図)。
TEF−遺伝子座を有するBglII−フラグメントは、野性型8g111−フ ラグメントに比較して、全8つの形質転換体において、約10kb程長い(第6 図)ので、この組み込みは、独占的に、TEF−遺伝子座で起った。相同lIr 換えは、第7図により、4゜6kb TEF−領域の正確な二重に結びつくはず である。このことは、BamF(I及びEcoRIでの切断後の形質転換体及び 野性型DNAの分析が示すように、正当である(第8a、b図)。
検査のために、染色体及びプラスミドのN D Aの間の“ノベル・ジョインッ (novel joints)“を有するDNA−フラグメントを、8つの形質 転換体の3つから、クローン化した。BamH[部位の領域での配列分析は、野 性型DNAに比較して、変性を示さなかった。
一70℃で1年間貯蔵した後に、8つの形質転換体を再び、しかも新たなミセル 成長及び胞子形成後に、分析した。その際、分析されたクローンの3つが、部分 的に配列−置換(Umlagerung)を伴なう、2つのプラスミドコピー、 及び2つどころか、むしろ3つのプラスミドコピーを有する(′M9図)ので、 増幅についての指摘がなされた。この置換は、0418−耐性遺伝子の縦列置換 になるらしい、この置換についての理由は、多分、プラスミドコピー1つ当り、 2つのTEF−プロモーター領域に基因する(第4図参照)。
例5 pAG−145でのA、ゴシビイの形質転換A、ゴシビイーブロトブラストを、 BamHI−切断プラスミドpAG−145で形質転換した。それによって、T EF−遺伝子からの相同組換え5′及び3′が同時に誘発された。5つの形質転 換体をクローン精製I製し、かつカナマイシン耐性遺伝子の組込みについて、サ ザン(Southern)−分析によって、調べた。EcoRr−切断DNAの 分析を、各形質転換体の2つのクローン精製菌株で行ない、B[(lIr−切F rDNAの分析を、各形質転換体の1つのクローン精製菌株で行なった。これら の分析の結果は、第13図及び第14図に示されていて、データの説明は、第1 5図中の模型により行なわれる。
全ての形質転換体は、Bgltl−サザンにおいて、2つの帯域を示す:約18 .6kbの長さを有する大きい方の帯域は、非形質転換野性型には現われない。
それは、G418−耐性遺伝子の組込み後のTEF−遺伝子座に相応する(第1 5b図参照)、約17kbの長さを有する小さい方の帯域は、野性型にも現われ 、これは組込まれる0418−耐性遺伝子無しのTEF−遺伝子座に相応する。
それは、TEF−遺伝子座の野性型−コピーから、形成され得るか、又は、組込 み後の二次的現象によって、つまり、2つのTEF−プロモーターコピーの間の 相同組換えによる0418−耐性遺伝子の欠失によって生成されつる(第15c 図参照)。
このことは、組込まれた異種マーカーが、配列シグナル又は遺伝子の組込みが行 なわれた後に、欠失されなければならないという条件下では有利であろう。
これを調べるために、EcoRI−切断DNAでの分析を実施した。0418− 耐性遺伝子のTEF−プロモーターフラグメントの前に、付加的なEcoRI− 切断部位があり、これはpAG−122のポリリンカーから由来し、従ってTE F−遺伝子のTEF−プロモーターフラグメントの前には現われない。組込み及 び引続いての欠失により、形質転換体中に17kbの大きさのBglll−フラ グメントが生成される場合には、付加的なEcoRr−切断部位が実証されるは ずであり、なぜならば、それは倍加された領域の前にあり、従って欠失されるは ずがないからである(第15c図参照)、この場合には、おそらく形質転換体は 、もはや、野性型−遺伝子座の1.55kbの大きさのEcoRI−フラグメン トを有せず、その代りに、1.32kb及び0.27kbの大きさのフラグメン トを有するにちがいない、形質転換体1.3.4及び5については、1.55k bの大きさのフラグメントの不在、並びに1.32kbの大きさのフラグメント の出現を示すことができた(第14図)。
クローン精製形質転換体1〜5を用いて、安定性試験を実施した。ミセルを、非 選択培地上で、6日間恒温保持し、引続いてミセルを各コロニーの縁から、非選 択培地の新しい平板上に、並びに選択培地を有する平板上に移した。非選択培地 上で更に3日間恒温保持した後に、再びミセルを新しい平板上に移した。非選択 性の成長の6日間後に、全ての形質転換体は、未だ0418−耐性であった。9 日間後に、形質転換体l、2及び3は、G418に対するその耐性を失った。そ の損失は、TEF−プロモーターフラグメント間の相同組換えによって制限され ていることを、サザンデータは示す、この構築で認められた、異種マーカー(0 418−耐性遺伝子)の比較的に高い欠失頻度は、同時形質転換の場合には、事 情によっては、有利である。
a) アシビヤ・ゴシピイの培養 液体培地中又は平板培地上での培養は、ミセル又は胞子を接種することによって 達成される。
培地:MA−2(11):ペプトン 1g酵母エキス 1g ブドウ糖 log 寒天 12g 選択培地:MA−2−G4]、8 :MA−2+G418(200mg>/m1 b) DNA−分離 1、阻板付きフラスコ中で、MA−2−培地中の液体培養を調製する。その際、 培地200m1は、ミセル約1.5gを産出する。27℃で48時間にわたる恒 温保持。
2、ミセル洗浄 ミセルを吸引ポンプで吸引濾過する。
ミセルをd d H! 030 m l中に入れる。
2〜3回繰り返す。
3、次いで、ミセル(約1.5g)を、5CE−緩衝液30μl中に入れる SEC1M ソルビトール 0.1M クエン酸ナトリウム 60mM EDTA pH8 4,2−メルカプトエタノール(14M)30mlの添加 ミセル1.5当り、チモリアーゼ5mgの添加。
5.37℃で1時間恒温保持 6、プロトプラスト化を顕微鏡で検査し、力1つ場合1二より、恒温保持時間を 延長する 7、0.5M EDTA pH7,5(3ml)の添加lO%SD33mlの添 加 8、室温で5分間の恒温保持 9、ミセル1.5g当り、プロテイナーゼに5mgの添加 10.37℃で1時間恒温保持 11、容量の測定 5M酢酸アンモニウム−溶液同容量の添加12、 遠心分1115分間−150 00U/分13、沈殿物を捨てる 14.2.5倍の容量でエタノール沈殿15、遠心分離10分間−10000U /分16、沈殿物を70%エタノール中で洗浄し、乾燥させかつTE10 :  1 (4ml)中で再!!濁させる 17、リボヌクレアーゼ0.5mgの添加18.37℃で1時間恒温保持 19、フェノール−抽出 20、フェノール−クロロホルム−抽出21、容量の測定 22.5M酢酸アンモニウム−溶液同容量及びエタノール2.5倍容量でのD  N A−沈殿23、TEIO: 1 (1ml)中にDNAを再!!濁させる。
C) サザンー分析のためのDNA−切断バッチ毎に、D N A約1μgを切 断した。
EcoRI−BamHI−二重消化 DNA 20μl lO本MS−緩衝液 20μm 37℃で一晩恒温保持 As−MIWt液10μlの添加 EcoR710単位の添加 37℃で一晩恒温保持 BglTI−消化: DNA 20μm 10*MS−緩衝液 20μm 37℃で1晩恒温保持。
引続き。
5M酢酸アンモニウム−溶液同容量及びエタノール2.5倍容量でのDNA−沈 殿。
遠心分離15分間−15000U/分 沈殿物を70%エタノール中で洗浄 沈殿物を乾燥させ、かつTEIo・1(20μm)中で再@濁させる。
!1aIr液+ 1 *M’5−Jl@液:50mM NaC110mM Mg CL As−緩衝液:500mM NaC1 経過条件: Eco/Bam−消化のため:0.8%アガロースゲル3v/Cm 連続時間8時間 BglII−消化のため一〇、6%アガロースゲルl V / Cm 連続時間66時間 そうして得られるゲルを、Hybond−N−膜上0℃で2時間焼いた。ブレノ 1イブ1ノ・ソド形成、ノーイブリッド形成及び引続t1ての後洗浄を、厳正な 条f牛下で、非放射性テ実施した(’ Non−radioakt in’Ap plications Manual、B。
ehringer Mannheim、Bestellnummer:1093  657)。
d) 0PAGE−調製 1、ミセルの新鮮重量を、M A −2液体培地の吸引濾過後に、測定する 2、ミセル0.5gを、50mM EDTA pH7゜5 (2ml)中に再懸 濁させる 3、緩衝液■の添加 4、低融点アガロース(Low Melting Agarose)(40℃) 5mlの慎重な添加5、混合物をベトリシャーレ(直径5cm)中に入れ、かつ 凝固させる 6、緩衝液IIを上に入れる 7、37℃で一晩恒温保持する 8、緩衝液IIを吸引濾過し、かつ緩衝液IIIを添加する 9、55℃で一晩恒温保持する 10、調製物の保存のために、緩衝液IIIを吸引濾過し、かつ0.5M ED TA pH8,5(5ml)と代え、かつベトリシャーレを4℃で保存する。
緩衝液 I・チモリアーゼ 3mg 0.5Mジチオトレイトール 20m1 SCE 0.9m1 II:0.5M EDTA pH8,54,5ml 1Mトリス−MCI pH8 0m1 085Mジチオトレイトール 00m1 d d Hz 0 250 m I III プロティナーゼK 5mg N−ラウロイルザルコシネート 0mg 0.5M EDTA pH8 4,5m1 1Mトリス−MCI pH8 50μI ddH,0450μl 低融点アガO−ス:0.125M EDTA pH7゜5中1% e ) Q F A G E−経過(装置:RotaphorOlB i on e t r a) 1.0PAGE−調製物から、小塊を切り取る2、50mM EDTA pH7 ,5(5ml)中で室温でlIlllIM、3回洗浄する 3、ゲル袋状物中に小塊を挿入する ゲル:0.4ITBE中1%アガロースゲル4、経過条件、経過時間20時間 パルス時間 48秒間 am液温度 4−9℃ 経過緩衝液 0.4*、TBE 電圧 300V 電流の強度 8080−9O 第5〜9図及び第12〜14図についての説明第5図a : 0PAGEでの染 色体分離左から右へ LU8334、LU8335、LU8336. LtJ8 337. ATCC10985、LU8338、LU8339、LU8340、 LtJ8341゜ b・分離された染色体のpUC19DNAプローブでのハイブリッド形成。
第6図 菌株のBgllr切断DNAの分画化(右から左へ):LU8334、 LU8335、LU8336、LU8337、ATCC10985、LU833 8.LU8339、LU8340、LU8341及びpAG−102DNAプロ ーブでのハイブリッド形成。
第7図 相同組換えを経たプラスミドpAG−102の挿入図、染色体DNAは 、太い線、プラスミドDNAは細い、又は二重の線によって示されている。
矢印は、TEF−読み枠の位置を示す。B=BamHI、E=EcoRI、Bg l−8g+11 第8図a : B amHIプラスEcoRI切断pAG−102及びアシビヤ ・ゴシビイDNA並びにHindI I I及びEcoRI切断切λDNAの分 画化、左から右へ:λ、pAG−102、ATC:CI O895、LU833 4〜LU8341、λ。
b : pAG−102DNAブローブテノノーイブリツド形成。
C1露出不足(Unterexponierun、 g >時のpAG−102 帯。
第9図:2回クローン精製されたpAG−102形質転換体1〜8のBglll −切断DNAの分析。
2回クローン精製されたpAG−102−形質転換体、並びに非形質転換化の野 性型のDNAを、Bg l f rテ切断し、0.4%のアガロースゲル上で分 画し、かつサザンー実験で、放射性標識化のp AG−102−DNAに対して 、ハイブリッド形成させた。野性型−コピーに対応した約17kbの大きさのフ ラグメントは、形質転換体のどれにも出現しなかった。その代りに存在する帯域 は、形質転換体2.3及び6においては、単一の組込みを示し、並びに形質転換 体1.4.5.7及び8においては、二重−もしくは三重の組込みを示し、この ことは、その他の切断によって確認される。形質転換体1〜8は、LU8334 〜LU8341から誘導される。それらは、これらの菌株に比較して、もう1回 、クローン精製されている(wt:野性を)。
長さの表示は概数を示す。
第12図 pAG−102及びpAG−145の組込みのために使用された相同 領域の対比。
a:pAG−102の相同領域:4.6kbb+pAG−145の相同領域:6 .3kbB amHI − フラグメント 矢印は、相同組換え後の、ゲノム中のどの部位に、異種−DNAが組込まれてい るかを示す。
第13図:5つのpAG−145−形質転換体のBgIll−切断DNAでのサ ザン Sつのクローン精製されたプラスミドpAG−145の形質転換体及び非形質転 換化の出発菌株のゲノムDNAを、Bglllで切断し、0.4%のアガロース ゲル上で分画し、かつ放射性標識化のpAG−145−DNAに対するサザンー 実験でハイブリッド形成させた。全ての形質転換体(帯域1〜5)は、約17k bの長さを有するシグナルを示し、これは野性型−DNA帯域6)においても出 現する。全ての形質転換体は、その他に、約18.6kbの長さのフラグメント を有し、これは17kbの大きさのBglII−フラグメントへのG418−I t性遺伝子の組込みを示す。
第14図、5つのpAG−145−形質転換体のEcoRI−切断DNAでのサ ザン プラスミドpAG−145の5つの形質転換体の2つずつのクローン精製厘株並 びに非形質転換化の出発菌株のゲノムDNAを、EcoRIで切断し、0.8% のアガロースゲル上で分画し、かつサザンー実験で、放射性標識化p AG − 103−DNAに対して、ハイブリッド形成させた。形質転換体l(帯域1.2 )、3 (帯域5.6)、4(帯域7.8)及び5(帯域9.10)は、野性型 −DNA (帯域11)中に出現する1、55kbのフラグメントを、もはや持 たないが、その代りに、1.32kbの大きさのフラグメント及び付加的に1゜ 6kbの大きさのフラグメントを有し、これはG418−11を性遺伝子に相応 する。この長さのフラグメントは、EcoRI−切断pAG−145−DNAで の帯域(帯域12.13)中にも現われる。形質転換体2(帯域3.4)は、1 .6kbの大きさのフラグメント(0418−耐性遺伝子)及び1.55kbフ ラグメントを示し、このことは、二倍体化又は遺伝子変換を示す。
従って、相同領域が局在化されている最も大きい染色体について、二倍体化が起 フたかどうかを、0PAGE (orthog。
nal field alternation get electropho resis)に依り検査した。これについて、何の言及も得られなかった。全て の形質転換体において、5.15kb及び4,6kbフラグメント及び他のシグ ナルの不在が、相同組換えを証明する。
第15図、A、ゴシビイのゲノムへのpAG−145からのB amHr−フラ グメントの組込み、並びに引続いての、相同組換えによるG418−耐性遺伝子 の欠失の模型。
黒横線 TEF−プロモーター(HindfIr/Hinclr−フラグメ ント)、 G418r:G418−耐性遺伝子、 TEF:A、ゴシビイTEF−遺伝子、矢印、転写方向。
CTT、CCTCGT CCCGCCGGGT CACCCGGCCA GCG ACAπGAφCCCAG触T ACCCTCcπG 12O TGAATTCTCCCC入Ccct:ccc CCCCTGTAGA CAA ATATAAA AGGTTAGGAT TTGccAcTfA 360 cc7r′cT’rcrr TCATATACTT CCTrTrAAAA T CTrGCTAGG ATACAGTrCT CACATC`CAT 420 CCにAACATAA ACAAAA ATG GGT渇G GAA AAG  ACT CACGTT靜CC胃Gπ 469MeCGIY Lys Glu L yS Thr His Val ASn Val VaLl 5 10 CTCATCGGT CACGTCC;ACTCT GGT AAG TCT  ACT Ace ACCGGT CACTTG 517val Ile Gly  His Val 入sp Ser Gly Lys Ser Thr Thr  Thr Gly ドis LeuGAG GCT GGT ATCTCCAA G GACGGT CAG Ace ’AGA (JcG CACGCT TT G T”1℃ W53 TrCGTr CCA ATCTCCGC;CTGG AAC(JT GACA ACATG ATr GAG GCCACC1045ACCACT GAA G TCAAG Tcc CTCGAG ATG CACCACCAGCAA Tr G GAG GAG 13]3Thr Thx Glu Val Lys Se r Val Glu Mec His )lis Glu Gin Leu G lu GL■ GGT GTCCCA GCT CACAACcrr ccT TTc 入AC GTCAAG AACGTCTCCGTClコ81Gly Val Pro G ly Asp Asn Val Gly Phe Asn vaL Lys A sn Val Ser VaLAAG GAG ATCAGA AGA (、G T AACGTT ’I’jSCGCT GACTCCAAG AACGACC CA 14Q9 Lys Glu Ile Arg Mg GLy Asn Val Cys G ly Asp Ser Lys 入sn Asp Pr。
320 325 3]0 CCA AAG (、CT GCTGAG TCCTTCAACα:T Ace  GTCATT GTCTI’G AACCAC1477Pro Lys Al a ALa GLu Ser Phi Asn Ala Thr Val rl eVal Leu Asn HisCCA GGT CAA ATCTCT G CCGCT TACTCT CCA GTCTTG GACTGT CACAC T 1525Pro GLy Gin Ile Sir ALa Gly Ty r Ser Pro Val Lau Asp Cys His Thr350  355 、360 GCCCACATT GCT TG”r AAG TTCGACGAG TTG  TTG GAG AAG AAG GACACA 15’c Ala HLs XLe Ala Cys Lys Phe Asp GLu  Leu Leu Glu Lys Asn Asp ArgM;A ACCGG T AAG AAG TTG GAA GACTCT CCA AAG TTC CTA AAG GCCGGT 162P Arg Thr C;IY Ll/S LYS Lau Glu Asp Se r pro Lys Phs Lau Lys Ala GPy 380 、、 385 390 395GACGCT C;CCA’TG GT C入AG T’rT GTCCCA、TCCAAG CC入ATG TGT G TT GAG ’ P569 Asp Ala Aia Mee VaL Lys Phe Van Pro  Ser Lys Pro MeこCys van GluGCT TTCACC GACTA(CCA CCA T?’G 圓T AGA γ℃ズT GTCAG A GACAに 1717Ala Phe Thr Asp Tyr Pro  Pro Leu Gly Arg Phe Ala Val Arg A59  Mec415 ’ 420 425 AC;A CACACCGTT GCT GTCGGT GTCATCAAG  TCT GTT GTCAAG TCCGAC1765紅q Gin Thr  Val Ala VaL GIYI/aL Ile Lys Sar valV al Lys Ser AspAAG GCT GGT AAG GTCACC AAG GCCGCCCAA AAG GCT GGT AAG AAA Lf liOLys Ala GLy Lys Val Thr Lys Ala A La Glr+ Lys Ala GLy Lys LysGACATCATC T GCCCkGkTGCGAAGTTAAGT GCGCAGAAAG TM TATCATC,CGTCMTCGT P990 ATGTGAATズTα;TCGCTAT ACCCTGTCC; ATπGA TACT晶CヱCGCCA TCCAGπTCT 2050ACCTにTCAA A frTGccAGcG TCAAATGCCT CCAGGATAGA A TATGCTCGA CAACTGTTfA 2110 AGTCCATCAA CAAφATAACCCATATGCπTAπGGCG GA Gλり仏CG宵G CCAGAα:CGC2170TTCCTTCCC; CAGACGTCCCCCTTCCACTGCTAGATGAGAA C;TA CGGにGTA GTTAGTGTIs 2230 CCAG(、CCTCC,TAAATGCCC;CAATんりLTGCT TC CTTGαZ−α;CTACGCCA TCTCA圓CAG@2290 ACGλG7rCT ACAAMCTTC八AGGACCGCCTrTrCAT ATA TGGCCACCAG GTCAATATAG 2R50 AGCCAGCGAA GCATGATGCA TrCTGGTATA TTG AACGCGA GGATCCGCGA GCATGCCA`C24LO GCGTGCGCAA ACACCGACCG CCAGTTGCTG ATC CAGAAGCCAAGTTGCGT GTTCGTAGC` 2470 ACCGCCGCCT GGCCAGGTTA cc、iφGC2495Mee  GLy Lys GLu Lys Thr His Val Asn VaL  Val VaL Ile Gly His Vatl 5 10 15 Asp Ser GLy Lys Ser Thr Thr Thr GLy  His Leu工1e Tyr Lys Cys GlyLau Gly Ly s Gly Ser Ph、e Lys Tyr ALa Trp Va、l  Leu Asp Lys Leu L凾■ Ala Glu Arg Glu Arg GLy ILe Thr Ile  Asp 工1e ALa Leu Trp Lys Phe116! Leu  Ile ILe Ala Gly Gly Val Gly Glu ’Pha  Glu Ala Gly Ile H■■ cly Trp Asn GIY Asp ASn Men Xle Glu  Ala Thr、Thr ASn A1.a Pro Tr■ Tyr Lys GLy Trp Glu Lys Glu Thr Lys  Ala Gly Ala Val LYs Gly LysThr Leu L eu Glu Ala Zle Asp Ala Ile Glu Pro P ro Val xrg Pro ThrGly Meこ Val Vat Th f Phe Ala Pro Ser Gly vaL Thr Thr Gl u van LysSer Val Glu Mee )!is His GL u Gin Leu Glu Glu Gly Val Pro Gly A3 P) ser Phe ASn Ala Thr Val rle Val Leu  ASn l’lls Pro GIYGin 工Le 5a■ Thr Lys ALa Ala Gin Lys ALa GLy Lys  LysFIG、1 FIG、2 FIG、3 FIG、4 ゛1−1會匿i F工、+) 1 23456 78wt “ −17kb FIG、12 ↑ ↑ 〒1 FTG、D FIG、11◆ +234567891011 1213FICr、15 フロントページの続き (51) Int、 C1,5識別記号 庁内整理番号C12R1:645) (72)発明者 ライト、マーティン シー。
ドイツ連邦共和国 D −7950ビーベラツバ マルティンールターーシュト ラーセI (72)発明者 タルト、ローランド ドイツ連邦共和国 D−6703リムブルガーホーフ ヘルダーシュトラーセ  29(72)発明者 フィリプゼン、ベータースイス国 CH−4125リーヘ シ ミューレシュ ティークシュトラーセ 28

Claims (6)

    【特許請求の範囲】
  1. 1.アシビヤ・ゴシピィの1つ又はそれ以上の遺伝子領域によって側面に接せら れた新たに組換えるべきDNAを保持するベクターでアシビヤ・ゴシピィを形質 転換することを特徴とする、相同組換えによるアシビヤ・ゴシピィの特異的な遺 伝的変性法。
  2. 2.アシビヤ・ゴシピィの遺伝子領域として、翻訳延長因子EF−1αの遺伝子 座の範囲のDNA−配列を使用する、請求項1に記載の方法。
  3. 3.ベクターとして、プラスミドPAG−102又はそれから誘導された誘導体 を使用する、請求項1に記載の方法。
  4. 4.ベクターとして、プラスミドpAG−145又はそれから誘導された誘導体 を使用する、請求項1に記載の方法。
  5. 5.請求項1〜4に記載方法によって得られる遺伝的に変性されたアシビヤ・ゴ シピィ−菌株。
  6. 6.LU8334〜LU8341から成る群から選択された、遺伝的に変性され たアシビヤ・ゴシピィ−菌株。
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